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<em>Aplysia</em> Ganglia Preparation for Electrophysiological and Molecular Analyses of Single Neurons

A major challenge in neurobiology is to understand the molecular underpinnings of neural circuitry that govern a specific behavior. Once the specific ...

The Scripps Research Institute, Florida

Die Dynamik der Ribozyme stellt eine gro&szlig;e Herausforderung in ihrer Struktur-Dynamik-Funktions-Beziehung elucidating. Hier zeigen Femtosekundenspektroskopie Zeit aufgel&ouml;st und andere biophysikalische Tools, wir, dass die aktive Seite des Leadzyme verf&uuml;gt nicht &uuml;ber eine einzigartige Struktur, aber eher Proben ein Ensemble von Konformationen, die Pikosekunden strukturelle Ver&auml;nderungen unterzogen werden. Verschiedene base Modifikationen haben kontextabh&auml;ngig tief greifende Auswirkungen auf die Katalyse.

Konformations&auml;nderungen Distribution und ultraschnelle base Dynamik der Leadzyme.

La natura dinamica dei ribozimi rappresenta una sfida significativa nel loro rapporto struttura-dinamica-funzione di chiarimento. Qui, utilizzando la spettroscopia tempo-risolta femtosecond e altri strumenti biofisici, dimostrare che il sito attivo della leadzyme non ha una struttura unica, ma piuttosto campioni di un ensemble di conformazioni che subiscono cambiamenti strutturali picosecondi. Varie modifiche di base hanno un profondo impatto del contesto-dipendente sulla catalisi.

Distribuzione conformazionali e ultrafast dynamics base di leadzyme.

&#x6838;&#x9176;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x6027;&#x8D28;&#x8868;&#x793A;&#x5728;&#x9610;&#x660E;&#x5176;&#x7ED3;&#x6784;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x51FD;&#x6570;&#x5173;&#x7CFB;&#x7684;&#x4E00;&#x9879;&#x91CD;&#x5927;&#x6311;&#x6218;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x98DE;&#x79D2;&#x65F6;&#x95F4;&#x5206;&#x8FA8;&#x5149;&#x8C31;&#x6280;&#x672F;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x751F;&#x7269;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x7684; leadzyme &#x6D3B;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x4E0D;&#x5177;&#x6709;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x4F46;&#x800C;&#x662F;&#x6837;&#x54C1;&#x5408;&#x594F;&#x7684;&#x76AE;&#x79D2;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x3002;&#x5404;&#x79CD;&#x57FA;&#x5730;&#x4FEE;&#x6539;&#x5BF9;&#x50AC;&#x5316;&#x4EA7;&#x751F;&#x6DF1;&#x523B;&#x7684;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x76F8;&#x5173;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

&#x6784;&#x8C61;&#x5206;&#x5E03;&#x548C;&#x8D85;&#x5FEB;&#x57FA;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7684; leadzyme&#x3002;

The dynamic nature of ribozymes represents a significant challenge in elucidating their structure-dynamics-function relationship. Here, using femtosecond time-resolved spectroscopy and other biophysical tools, we demonstrate that the active site of leadzyme does not have a unique structure, but rather samples an ensemble of conformations that undergo picosecond structural changes. Various base modifications have a profound context-dependent impact on the catalysis.

Conformational distribution and ultrafast base dynamics of leadzyme.

La nature dynamique des ribozymes repr&eacute;sente un d&eacute;fi important pour &eacute;lucider leur relation structure-fonction dynamique. Ici, &agrave; l&#39;aide de la spectroscopie r&eacute;solue en temps femtoseconde et autres outils biophysiques, nous d&eacute;montrons que le site actif de la leadzyme n&#39;a pas une structure unique, mais plut&ocirc;t &eacute;chantillonne un ensemble des conformations qui subissent des changements structurels picoseconde. Diverses modifications de base ont un profond impact contextuel sur la catalyse.

Distribution conformationnelle et ultrarapide dynamique base de leadzyme.

&#x30EA;&#x30DC;&#x30B6;&#x30A4;&#x30E0;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x6027;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8AB2;&#x984C;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30A7;&#x30E0;&#x30C8;&#x79D2;&#x6642;&#x9593;&#x5206;&#x89E3;&#x5206;&#x5149;&#x3068;&#x5E74;&#x4F1A;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;leadzyme &#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x304C;&#x3080;&#x3057;&#x308D;&#x30D4;&#x30B3;&#x79D2;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x3092;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x57FA;&#x672C;&#x4FEE;&#x6B63;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x4F9D;&#x5B58;&#x578B;&#x306E;&#x6DF1;&#x9060;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x89E6;&#x5A92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x5206;&#x5E03;&#x3068; leadzyme &#x306E;&#x57FA;&#x672C;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3002;

Ribozymes&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xD2B9;&#xC131; elucidating &#xAD6C;&#xC870; &#xC5ED;&#xD559; &#xAE30;&#xB2A5; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB3C4;&#xC804;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xD3A8; &#xC2DC;&#xAC04; &#xD574;&#xACB0; &#xBD84;&#xAD11;&#xD559; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9AC; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC2DC;&#xC5F0; &#xC561;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; leadzyme&#xC758; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xC5C6;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC624;&#xD788;&#xB824; conformations &#xD53C;&#xCF54; &#xAD6C;&#xC870; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC758; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14;&#xC744; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xAC1C;&#xC870;&#xB294; &#xCD09;&#xB9E4;&#xC5D0; &#xC2EC;&#xC624;&#xD55C; &#xB9DE;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60;.

&#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC30;&#xD3EC; &#xBC0F; leadzyme&#xC758; &#xCD08;&#xACE0;&#xC18D; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC5ED;&#xD559;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La naturaleza din&aacute;mica de ribozimas representa un desaf&iacute;o significativo en la aclaraci&oacute;n de su relaci&oacute;n estructura-funci&oacute;n-din&aacute;mica. Aqu&iacute;, mediante espectroscop&iacute;a de femtosegundos resuelta en el tiempo y otras herramientas biof&iacute;sicos, demostramos que el sitio activo de la leadzyme no tiene una estructura &uacute;nica, pero m&aacute;s bien muestras de un conjunto de conformaciones que experimentan cambios estructurales picosegundo. Varias modificaciones de base tienen un profundo impacto contextual en la cat&aacute;lisis.

Distribuci&oacute;n conformacional y ultrarr&aacute;pida din&aacute;mica base de leadzyme.

RNA &#x6784;&#x8C61;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x548C;&#x7531;&#x6B64;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x975E;&#x5747;&#x8D28;&#x6027;&#x5728; RNA &#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x5982;&#x8BC6;&#x522B;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x7740;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x7126;&#x6CB9; RNA &#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x62DF;&#x901A;&#x8FC7;&#x6784;&#x8C61;&#x6355;&#x83B7;&#x673A;&#x5236;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x8D85;&#x5FEB;&#x65F6;&#x95F4;&#x5206;&#x8FA8;&#x8367;&#x5149;&#x5149;&#x8C31;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6709;&#x63A2;&#x6D4B;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x7126;&#x6CB9; RNA &#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x666F;&#x89C2;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x548C;&#x76D1;&#x6D4B;&#x7684; Tat &#x6E90;&#x6027;&#x86CB;&#x767D;&#x591A;&#x80BD;&#x548C;&#x65B0;&#x9709;&#x7D20; B.&#x7ED1;&#x5B9A;&#x540E;&#x666F;&#x89C2;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x5728;&#x65E0;&#x914D;&#x4F53;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x7126;&#x6CB9; RNA &#x6837;&#x54C1;&#x6784;&#x8C61;&#x4E0D;&#x540C;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x7684;&#x4E09;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x80C0;&#x533A;&#x57DF;&#x5468;&#x56F4;&#x57FA;&#x5806;&#x53E0;&#x591A;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3002;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E9A;&#x7FA4;&#x90E8;&#x5206;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x56FD;&#x5BB6;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4F4E;&#x4E8E;&#x68C0;&#x6D4B;&#x9650;&#x7684;&#x540C;&#x8F74;&#x5806;&#x79EF;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x3002;&#x5F53;&#x8FBE;&#x6216;&#x65B0;&#x9709;&#x7D20; B &#x7ED1;&#x5B9A;&#x65F6;&#xFF0C;&#x80C0;&#x533A;&#x57DF;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6574;&#x4F53;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x7ECF;&#x5386;&#x6784;&#x8C61;&#x7684;&#x8F6C;&#x53D8;&#x3002;&#x8FBE;&#x548C;&#x65B0;&#x9709;&#x7D20; B &#x8BF1;&#x4F7F;&#x7126;&#x6CB9; RNA &#x7684;&#x4E92;&#x65A5;&#x53D8;&#x5316;&#x57FA;&#x7840;&#x53D8;&#x6784;&#x6291;&#x5236;&#x5408;&#x594F;&#x56E2;&#x4E00;&#x7EA7;&#x4E0E;&#x6B8B;&#x7559;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x3002;&#x65F6;&#x95F4;&#x5206;&#x8FA8;&#x5404;&#x5411;&#x5F02;&#x6027;&#x8870;&#x51CF;&#x6D4B;&#x91CF;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;&#x76AE;&#x79D2;&#x8FD0;&#x52A8;&#x7684;&#x57FA;&#x5730;&#x5728;&#x65E2;&#x65E0;&#x914D;&#x4F53;&#x548C;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x72B6;&#x6001;&#x3002;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x7A81;&#x51FA;&#x90E8;&#x6218;&#x5F79; &mdash; &mdash; &#x5728;&#x5E72;&#x4EA4;&#x754C;&#x5904;&#x6709;&#x80C0;&#x57FA;&#x5730;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x5206;&#x5E03;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x63D0;&#x8BAE;&#x4E3A;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x7126;&#x6CB9; RNA &#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x666F;&#x89C2;&#x7684;&#x5408;&#x594F;&#x89C6;&#x56FE;&#x52A8;&#x6001;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x7684; RNA &#x8BC6;&#x522B;&#x548C; RNA &#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x5BF9;&#x5176;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x4E00;&#x822C;&#x673A;&#x5236;&#x7684;&#x610F;&#x4E49;&#x3002;

&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x7126;&#x6CB9; RNA &#x4E0E;&#x53D8;&#x6784;&#x8BC6;&#x522B;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x666F;&#x89C2;&#x52A8;&#x6001;&#x96C6;&#x6210;&#x89C6;&#x56FE;&#x3002;

RNA conformational dynamics and the resulting structural heterogeneity play an important role in RNA functions, e.g., recognition. Recognition of HIV-1 TAR RNA has been proposed to occur via a conformational capture mechanism. Here, using ultrafast time-resolved fluorescence spectroscopy, we have probed the complexity of the conformational landscape of HIV-1 TAR RNA and monitored the position-dependent changes in the landscape upon binding of a Tat protein-derived peptide and neomycin B. In the ligand-free state, the TAR RNA samples multiple families of conformations with various degrees of base stacking around the three-nucleotide bulge region. Some subpopulations partially resemble those ligand-bound states, but the coaxially stacked state is below the detection limit. When Tat or neomycin B binds, the bulge region as an ensemble undergoes a conformational transition in a position-dependent manner. Tat and neomycin B induce mutually exclusive changes in the TAR RNA underlying the mechanism of allosteric inhibition at an ensemble level with residue-specific details. Time-resolved anisotropy decay measurements revealed picosecond motions of bases in both ligand-free and ligand-bound states. Mutation of a base pair at the bulge--stem junction has differential effects on the conformational distributions of the bulge bases. A dynamic model of the ensemble view of the conformational landscape for HIV-1 TAR RNA is proposed, and the implication of the general mechanism of RNA recognition and its impact on RNA-based therapeutics are discussed.

Dynamic ensemble view of the conformational landscape of HIV-1 TAR RNA and allosteric recognition.

Dynamique conformationnelle RNA et l&#39;h&eacute;t&eacute;rog&eacute;n&eacute;it&eacute; structurelle qui en r&eacute;sulte jouent un r&ocirc;le important dans les fonctions de RNA, par exemple, la reconnaissance. Reconnaissance d&#39;ARN TAR du VIH-1 a &eacute;t&eacute; propos&eacute;e de se produire par un m&eacute;canisme de capture de conformation. Ici, en utilisant la spectroscopie ultrarapide de fluorescence r&eacute;solue en temps, nous avons sond&eacute; la complexit&eacute; du paysage conformationnelle d&#39;ARN TAR du VIH-1 et surveill&eacute; les changements d&eacute;pendant de la position dans le paysage lors de la liaison d&#39;un peptide d&eacute;riv&eacute; de prot&eacute;ine de Tat et la n&eacute;omycine B. Dans l&#39;&Eacute;tat exempt de ligand, l&#39;ARN TAR &eacute;chantillons multiples familles de conformations avec divers degr&eacute;s d&#39;empilement de base autour de la r&eacute;gion de trois-nucl&eacute;otide renflement. Certaines sous-populations partiellement ressemblent aux ligand li&eacute; aux &Eacute;tats, mais l&#39;&eacute;tat coaxialement empil&eacute; est inf&eacute;rieure &agrave; la limite de d&eacute;tection. Lorsque Tat ou n&eacute;omycine B lie, un ensemble de la r&eacute;gion Ardennes subit une transition conformationnelle d&#39;une mani&egrave;re d&eacute;pendant de la position. Tat et n&eacute;omycine B induisent des modifications s&#39;excluent mutuellement dans l&#39;ARN TAR qui sous-tendent le m&eacute;canisme d&#39;inhibition allost&eacute;rique &agrave; un niveau d&#39;ensemble avec les d&eacute;tails sp&eacute;cifiques d&#39;un r&eacute;sidu. Mesures anisotropie r&eacute;solue dans le temps de la d&eacute;croissance a r&eacute;v&eacute;l&eacute; des mouvements de picoseconde de bases &agrave; la fois sans ligand et ligand li&eacute; aux &Eacute;tats. Mutation d&#39;un nucl&eacute;otide &agrave; Ardennes--tige jonction a des effets diff&eacute;rentiels sur les distributions conformationnelles des bases renflement. On propose un mod&egrave;le dynamique de la vue d&#39;ensemble du paysage conformationnelle d&#39;ARN TAR du VIH-1, et l&#39;implication du m&eacute;canisme g&eacute;n&eacute;ral de reconnaissance des RNA et son impact sur les th&eacute;rapies &agrave; base d&#39;ARN sont discut&eacute;es.

Vue d&#39;ensemble dynamique du paysage conformationnels d&#39;ARN TAR du VIH-1 et reconnaissance allost&eacute;rique.

RNA Konformations&auml;nderungen Dynamik und die daraus resultierenden strukturellen Heterogenit&auml;t spielen eine wichtige Rolle in RNA-Funktionen, z. B. Anerkennung. Anerkennung von HIV-1-TAR-RNA wurde vorgeschlagen, &uuml;ber einen Mechanismus Konformations&auml;nderungen Einnahme auftreten. Hier mithilfe von ultraschnellen Zeit aufgel&ouml;st Fluoreszenzspektroskopie, wir haben sondiert die Komplexit&auml;t der Konformations&auml;nderungen Landschaft von HIV-1 RNA-TAR und &uuml;berwacht die wegabh&auml;ngigen Ver&auml;nderungen in der Landschaft nach Bindung eines Tat abgeleitete Protein Peptid und Neomycin B. In der Ligand-freien Zustand Proben die TAR-RNA mehrere Familien der Konformationen mit unterschiedlichem base Stapeln rund um die drei-Nukleotid-Ausbuchtung-Region. Einige Subpopulationen teilweise &auml;hneln jenen Staaten Ligand gebunden, aber der Koaxial gestapelte Zustand ist unterhalb der Nachweisgrenze. Wenn Tat oder Neomycin B bindet, wird die Ardennenoffensive-Region als Ensemble einen Konformations&auml;nderungen &Uuml;bergang in gewissem Sinne wegabh&auml;ngigen unterzogen. Tat und Neomycin B induzieren gegenseitig &Auml;nderungen in der TAR-RNA zugrunde liegt des Mechanismus der allosterische Hemmung agierende Ensemble mit R&uuml;ckstand-spezifischen Details. Zeit aufgel&ouml;st Anisotropie Zerfall Messungen ergeben Pikosekunden Bewegungen der Basen in Ligand-freie und gebundene Liganden Staaten. Mutation eines Base-Paares bei der Ardennenoffensive--Vorbau Kreuzung hat Wirkungen auf die Konformations&auml;nderungen Verteilungen der Ausbuchtung Grundlagen. Ein dynamisches Modell der Ensemble-Ansicht der Konformations&auml;nderungen Landschaft f&uuml;r HIV-1-TAR-RNA wird vorgeschlagen, und die Implikation des allgemeinen Mechanismus der RNA-Anerkennung und deren Auswirkung auf RNA-basierten Therapeutika werden diskutiert.

Dynamische Ensemble Ansicht der Konformations&auml;nderungen Landschaft von HIV-1-TAR-RNA und allosterische Anerkennung.

RNA conformazionale dinamica e la conseguente eterogeneit&agrave; strutturali svolgono un ruolo importante nelle funzioni di RNA, per esempio, riconoscimento. Riconoscimento di HIV-1 RNA TAR &egrave; stato proposto a verificarsi tramite un meccanismo di cattura conformazionali. Qui, utilizzando la spettroscopia di fluorescenza risolta in tempo velocissimo, abbiamo sondato la complessit&agrave; del paesaggio conformazionale di HIV-1 RNA TAR e monitorare i cambiamenti di posizione-dipendente nel paesaggio dell&#39;associazione di un peptide derivato da proteina Tat e neomicina B. Nello stato privo di legante, il RNA TAR campioni pi&ugrave; famiglie di conformazioni con vari gradi di base accatastamento intorno alla regione del tre-nucleotide rigonfiamento. Alcune sottopopolazioni parzialmente simili a quelli Stati associati a ligando, ma lo stato coassialmente impilato &egrave; inferiore al limite di rilevazione. Quando Tat o neomicina B si lega, la regione di rigonfiamento come un ensemble subisce una transizione conformazionale in maniera dipendente dalla posizione. Tat e neomicina B indurre cambiamenti escludono in RNA TAR sottostante il meccanismo di inibizione allosterica a livello ensemble con dettagli specifici di residui. Le misure di anisotropia Time-resolved decadimento ha rivelato moti di picosecondo di basi negli Stati sia privo di ligando e ligando-bound. Mutazione di una coppia di base presso il rigonfiamento - staminali giunzione ha effetti differenziali sulle distribuzioni conformazionali delle basi rigonfiamento. Viene proposto un modello dinamico della vista del paesaggio conformazionale per HIV-1 RNA TAR ensemble, e l&#39;implicazione del generale meccanismo di riconoscimento di RNA e il suo impatto sulle terapie basate sul RNA sono discussi.

Vista dinamica ensemble del paesaggio conformazionale di HIV-1 RNA TAR e riconoscimento allosterico.

RNA &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x5316;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x8CEA;&#x6027;&#x304C;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272; RNA &#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3092;&#x518D;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;HIV 1 &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB; RNA &#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x306F;&#x3001;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3; &#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;.&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8D85;&#x9AD8;&#x901F;&#x6642;&#x9593;&#x5206;&#x89E3;&#x86CD;&#x5149;&#x5206;&#x5149;&#x6CD5;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x6211;&#x3005; HIV 1 &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB; RNA &#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x98A8;&#x666F;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x3092;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x3057;&#x3001;&#x7D50;&#x5408;&#x306E; Tat &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7531;&#x6765;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;&#x30CD;&#x30AA;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3; B. &#x666F;&#x89B3;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x76E3;&#x8996;&#x7121;&#x6599;&#x306E;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x72B6;&#x614B;&#x3067;&#x306F;&#x3001;TAR RNA &#x5869;&#x57FA;&#x30B9;&#x30BF;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0; 3 &#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; &#x30D0;&#x30EB;&#x30B8;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x5468;&#x308A;&#x306E;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x5B66;&#x4F4D;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x3092;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30DD;&#x30D4;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x72B6;&#x614B;&#x306B;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x91CD;&#x306A;&#x308A;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x306F;&#x691C;&#x51FA;&#x9650;&#x754C;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;Tat &#x3084;&#x30CD;&#x30AA;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3; B &#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x30D0;&#x30EB;&#x30B8;&#x9818;&#x57DF;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x9AD8;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x8EE2;&#x79FB;&#x3092;&#x7D4C;&#x308B;&#x3002;Tat &#x3068;&#x30CD;&#x30AA;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3; B &#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB; &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x6B8B;&#x57FA;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x3068;&#x30A2;&#x30ED;&#x30B9;&#x30C6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x963B;&#x5BB3;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB; RNA &#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x306B;&#x6392;&#x4ED6;&#x7684;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x8A98;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6642;&#x9593;&#x5206;&#x89E3;&#x7570;&#x65B9;&#x6027;&#x6E1B;&#x8870;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x57FA;&#x5730;&#x7121;&#x6599;&#x306E;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x30D4;&#x30B3;&#x79D2;&#x52D5;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x3067;&#x81A8;&#x3089;&#x307F;--&#x5E79;&#x30B8;&#x30E3;&#x30F3;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x81A8;&#x3089;&#x307F;&#x62E0;&#x70B9;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x5206;&#x5E03;&#x5DEE;&#x52D5;&#x52B9;&#x679C;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;HIV-1 &#x306E; TAR &#x306E; RNA &#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x98A8;&#x666F;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB; &#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3001;, RNA &#x8A8D;&#x8B58;&#x3068; RNA &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x85AC;&#x7269;&#x6CBB;&#x7642;&#x3078;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306E;&#x542B;&#x610F;&#x3092;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x52D5;&#x7684;&#x30A2;&#x30F3;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB; &#x30D3;&#x30E5;&#x30FC; &#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x98A8;&#x666F;&#x306E; HIV-1 &#x306E; TAR &#x306E; RNA &#x3068;&#x30A2;&#x30ED;&#x30B9;&#x30C6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3002;

RNA &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC5ED;&#xD559;&#xACFC; &#xACB0;&#xACFC; &#xAD6C;&#xC870; &#xC774;&#xC885; RNA &#xAE30;&#xB2A5;, &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xC778;&#xC2DD;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;. &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xD0C0;&#xB974; RNA&#xC758; &#xC778;&#xC2DD; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xCEA1;&#xCC98; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xAC83; &#xC81C;&#xC548; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xCD08;&#xACE0;&#xC18D; &#xC2DC;&#xAC04; &#xD574;&#xACB0; &#xD615;&#xAD11; &#xBD84;&#xAD11;&#xD559;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC; V 1 &#xD0C0;&#xB974; RNA&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD48D;&#xACBD;&#xC758; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558; &#xACE0; Tat &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC;&#xC640; &#xB124;&#xC624; &#xB9C8;&#xC774; &#xC2E0; 2. &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xD48D;&#xACBD; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xBCC0;&#xD654; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xC5C6;&#xB294; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD0C0;&#xB974; RNA &#xC0D8;&#xD50C; 3-&#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xB3CC;&#xCD9C; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD559;&#xC704;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; conformations&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC871;. &#xC77C;&#xBD80; &#xBD80;&#xBD84; &#xBD80;&#xBD84;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD574;&#xB2F9; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; coaxially &#xC2A4;&#xD0DD; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xAC00; &#xAC80;&#xCD9C; &#xD55C;&#xACC4; &#xC544;&#xB798;. &#xBB38;&#xC2E0; &#xB610;&#xB294; &#xB124;&#xC624; &#xB9C8;&#xC774; &#xC2E0; B &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC804;&#xD658; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14;&#xC73C;&#xB85C; &#xB3CC;&#xCD9C; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xACAA; &#xC2B5;. &#xBB38;&#xC2E0;&#xACFC; &#xB124;&#xC624; &#xB9C8;&#xC774; &#xC2E0; B &#xB0B4;&#xBD80; &#xCC0C; &#xAEBC; &#xAE30; &#xAD00;&#xB828; &#xC138;&#xBD80; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14; &#xC218;&#xC900; allosteric &#xC5B5;&#xC81C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xD0C0;&#xB974; RNA&#xC758; &#xB3D9;&#xC2DC; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC720;&#xB3C4;. &#xC2DC;&#xAC04; &#xD574;&#xACB0; &#xC774;&#xBC29;&#xC131; &#xBD80;&#xD328; &#xCE21;&#xC815; &#xB9AC;&#xAC04;&#xB4DC; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBC0F; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE30;&#xC9C0;&#xC758; &#xD53C;&#xCF54; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC784;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB3CC;&#xCD9C;-&#xC5D0; &#xAE30;&#xBCF8;&#xC801;&#xC778; &#xC30D;&#xC758; &#xBCC0;&#xC774; &#xC904;&#xAE30; &#xC811;&#xD569; &#xC19F;&#xC544;&#xC624;&#xB978; &#xAE30;&#xC9C0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310;&#xC5D0; &#xCC28;&#xB3D9; &#xD6A8;&#xACFC;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xD0C0;&#xB974; RNA&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD504;&#xB9AC; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14; &#xBDF0;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD558; &#xACE0; RNA &#xC778;&#xC2DD;&#xACFC; RNA &#xAE30;&#xBC18; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC758; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xC758;&#xBBF8;&#xB97C; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294;.

&#xC5D0;&#xC774;&#xC988;-1 &#xD0C0;&#xB974; RNA &#xBC0F; allosteric &#xC778;&#xC2DD;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD48D;&#xACBD;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xC559;&#xC0C1;&#xBE14; &#xBCF4;&#xAE30;.

Din&aacute;mica conformacional de RNA y la heterogeneidad estructural resultante juegan un papel importante en funciones de RNA, por ejemplo, reconocimiento. Reconocimiento de alquitr&aacute;n de ARN de VIH-1 ha comenzado a ocurrir a trav&eacute;s de un mecanismo de captura conformacional. Aqu&iacute;, usando la espectroscopia de fluorescencia de tiempo resuelto ultrarr&aacute;pida, hemos sondeado la complejidad del paisaje conformacional de HIV-1 RNA de alquitr&aacute;n y supervisar los cambios de posici&oacute;n-dependiente en el paisaje al atascamiento de un p&eacute;ptido de derivados de la prote&iacute;na Tat y neomicina B. En el estado libre de ligando, el RNA de TAR muestras m&uacute;ltiples familias de conformaciones con diversos grados de apilamiento base alrededor de la regi&oacute;n de bombeo de tres nucle&oacute;tidos. Algunas subpoblaciones parcialmente se asemejan a los Estados de ligand-limite, pero el estado coaxial apilado est&aacute; por debajo del l&iacute;mite de detecci&oacute;n. Cuando se une Tat o neomicina B, la regi&oacute;n de la protuberancia en su conjunto sufre una transici&oacute;n conformacional en una forma dependiente de la posici&oacute;n. TAT y neomicina B inducen cambios mutuamente excluyentes en el RNA de alquitr&aacute;n que el mecanismo de inhibici&oacute;n alost&eacute;rica nivel conjunto con detalles espec&iacute;ficos del residuo. Mediciones de decaimiento de anisotrop&iacute;a resuelta en el tiempo revelaron movimientos picosegundo de bases en Estados libres de ligando y ligando-limite. Mutaci&oacute;n de un par de base en las Ardenas--madre cruce tiene efectos diferenciales sobre la distribuci&oacute;n conformacional de las bases de bombeo. Se propone un modelo din&aacute;mico de la visi&oacute;n de conjunto del paisaje conformacional para alquitr&aacute;n de ARN de VIH-1, y la implicaci&oacute;n del mecanismo general de reconocimiento de RNA y su impacto en terapias basadas en el RNA se discuten.

Vista de conjunto din&aacute;mico del paisaje conformacional de HIV-1 RNA de alquitr&aacute;n y reconocimiento alost&eacute;rico.

The human brain is extraordinarily complex, composed of billions of neurons and trillions of synaptic connections. Neurons are organized into circuit assemblies that are modulated by specific interneurons and non-neuronal cells, such as glia and astrocytes. Data on human genome sequences predicts that each of these cells in the human brain has the potential of expressing ∼20 000 protein coding genes and tens of thousands of noncoding RNAs. A major challenge in neuroscience is to determine (1) how individual neurons and circuitry utilize this potential during development and maturation of the nervous system, and for higher brain functions such as cognition, and (2) how this potential is altered in neurological and psychiatric disorders. In this review, we will discuss how recent advances in next generation sequencing, proteomics and bioinformatics have transformed our understanding of gene expression and the functions of neural circuitry, memory storage, and disorders of cognition.

Genomics and proteomics in solving brain complexity.

Despite the advances in our understanding of aging-associated behavioral decline, relatively little is known about how aging affects neural circuits that regulate specific behaviors, particularly the expression of genes in specific neural circuits during aging. We have addressed this by exploring a peptidergic neuron R15, an identified neuron of the marine snail Aplysia californica. R15 is implicated in reproduction and osmoregulation and responds to neurotransmitters such as acetylcholine, serotonin and glutamate and is characterized by its action potential bursts.

Age-associated bidirectional modulation of gene expression in single identified R15 neuron of Aplysia.

How aging affects the communication between neurons is poorly understood. To address this question, we have studied the electrophysiological properties of identified neuron R15 of the marine mollusk Aplysia californica. R15 is a bursting neuron in the abdominal ganglia of the central nervous system and is implicated in reproduction, water balance, and heart function. Exposure to acetylcholine (ACh) causes an increase in R15 burst firing. Whole-cell recordings of R15 in the intact ganglia dissected from mature and old Aplysia showed specific changes in burst firing and properties of action potentials induced by ACh. We found that while there were no significant changes in resting membrane potential and latency in response to ACh, the burst number and burst duration is altered during aging. The action potential waveform analysis showed that unlike mature neurons, the duration of depolarization and the repolarization amplitude and duration did not change in old neurons in response to ACh. Furthermore, single neuron quantitative analysis of acetylcholine receptors (AChRs) suggested alteration of expression of specific AChRs in R15 neurons during aging. These results suggest a defect in cholinergic transmission during aging of the R15 neuron.

Decreased Response to Acetylcholine during Aging of Aplysia Neuron R15.

Apolipoprotein A1 (APOA1) is the major protein component of high-density lipoprotein (HDL) in plasma. We have identified an endogenously expressed long noncoding natural antisense transcript, APOA1-AS, which acts as a negative transcriptional regulator of APOA1 both in vitro and in vivo. Inhibition of APOA1-AS in cultured cells resulted in the increased expression of APOA1 and two neighboring genes in the APO cluster. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) analyses of a ∼50 kb chromatin region flanking the APOA1 gene demonstrated that APOA1-AS can modulate distinct histone methylation patterns that mark active and/or inactive gene expression through the recruitment of histone-modifying enzymes. Targeting APOA1-AS with short antisense oligonucleotides also enhanced APOA1 expression in both human and monkey liver cells and induced an increase in hepatic RNA and protein expression in African green monkeys. Furthermore, the results presented here highlight the significant local modulatory effects of long noncoding antisense RNAs and demonstrate the therapeutic potential of manipulating the expression of these transcripts both in vitro and in vivo.

Article	Year
Conformational distribution and ultrafast base dynamics of leadzyme. Biochemistry\| PubMed ID: 19301929	2009
Dynamic ensemble view of the conformational landscape of HIV-1 TAR RNA and allosteric recognition. Biochemistry\| PubMed ID: 21553929	2011
Genomics and proteomics in solving brain complexity. Molecular bioSystems\| PubMed ID: 23615871	2013
Age-associated bidirectional modulation of gene expression in single identified R15 neuron of Aplysia. BMC genomics\| PubMed ID: 24330282	2013
Decreased Response to Acetylcholine during Aging of Aplysia Neuron R15. PloS one\| PubMed ID: 24386417	2013
Regulation of the Apolipoprotein Gene Cluster by a Long Noncoding RNA. Cell reports\| PubMed ID: 24388749	2013

Beena M. Kadakkuzha

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