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A High Throughput Screen for Biomining Cellulase Activity from Metagenomic Libraries

Cellulose, the most abundant source of organic carbon on the planet, has wide-ranging industrial applications with increasing emphasis on biofuel ...

University of British Columbia - UBC

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This article summarizes general design principles for functional metagenomics. The focus is on Escherichia coli as an expression host, although alternative host-vector systems are discussed in relation to optimizing gene recovery in activity-based screens. Examples of DNA isolation and enrichment approaches, library construction and phenotypic read-out are described with special emphasis on the use of high throughput technologies for rapid isolation of environmental clones encoding phenotypic traits of interest.

The art and design of functional metagenomic screens.

Cet article r&#xE9;sume les principes g&#xE9;n&#xE9;raux de conception pour la m&#xE9;tag&#xE9;nomique fonctionnels. L&#x26;#39;accent est mis sur Escherichia coli comme h&#xF4;te d&#x26;#39;expression, bien que d&#x26;#39;autres syst&#xE8;mes h&#xF4;te-vecteur sont discut&#xE9;es en relation avec la r&#xE9;cup&#xE9;ration du g&#xE8;ne d&#x26;#39;optimisation de l&#x26;#39;activit&#xE9; &#xE0; base d&#x26;#39;&#xE9;crans. Exemples d&#x26;#39;isolement de l&#x26;#39;ADN et les approches d&#x26;#39;enrichissement, construction de la biblioth&#xE8;que et ph&#xE9;notypiques de lecture sont d&#xE9;crits avec un accent particulier sur l&#x26;#39;utilisation de technologies &#xE0; haut d&#xE9;bit pour l&#x26;#39;isolement rapide de clones codant pour l&#x26;#39;environnement des traits ph&#xE9;notypiques d&#x26;#39;int&#xE9;r&#xEA;t.

L&#x26;#39;art et la conception des &#xE9;crans fonctionnels m&#xE9;tag&#xE9;nomiques

Dieser Artikel beschreibt allgemeine Design-Prinzipien f&uuml;r funktionale Metagenomik. Der Schwerpunkt liegt auf Escherichia coli als Ausdruck Host, obwohl Alternativen Host-Vektor-Systeme in Bezug auf die Optimierung von Gen-Erholung in ma&szlig;nahmenbezogenen Bildschirme diskutiert werden. Beispiele f&uuml;r DNA Isolierung und Bereicherung Ans&auml;tze, Bibliotheksbau und ph&auml;notypische Auslesen werden mit besonderem Schwerpunkt auf die Verwendung von Hochdurchsatz-Technologien f&uuml;r die schnelle Isolierung Umwelt Klone Codierung ph&auml;notypische Merkmale von Interesse beschrieben.

Die Kunst und Design von funktionalen durchgef&uuml;hrte metagenomische Bildschirmen.

Questo articolo riassume i principi di progettazione generali per metagenomica funzionale. Il focus &egrave; su Escherichia coli come un host di espressione, anche se sistemi alternativi ospite-vettore sono discusse in relazione al recupero del gene in schermi basati su attivit&agrave; di ottimizzazione. Esempi di approcci di isolamento e di arricchimento del DNA, costruzione della libreria e read-out fenotipiche sono descritti con particolare enfasi sull&#39;uso delle tecnologie high throughput per rapido isolamento dei cloni ambientali codifica tratti fenotipici di interesse.

L&#39;arte e il design degli schermi metagenomica funzionale.

&#x3053;&#x306E;&#x8CC7;&#x6599;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x8A2D;&#x8A08;&#x539F;&#x5247;&#x3092;&#x307E;&#x3068;&#x3081;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4EE3;&#x66FF;&#x5BBF;&#x4E3B; - &#x30D9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x7CFB;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x753B;&#x9762;&#x3067;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3068;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3067;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x7126;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x767A;&#x73FE;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306B;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; DNA&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3068;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x51FA;&#x3057;&#x306E;&#x4F8B;&#x306F;&#x3001;&#x95A2;&#x5FC3;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x5F62;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x5206;&#x96E2;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x306B;&#x7279;&#x5225;&#x306A;&#x91CD;&#x70B9;&#x3092;&#x7F6E;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xC774; &#xBB38;&#xC11C; &#xC694;&#xC57D; &#xAE30;&#xB2A5; metagenomics&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xB514;&#xC790;&#xC778; &#xC6D0;&#xCE59;. &#xD3EC;&#xCEE4;&#xC2A4;&#xB294; &#xC2DD; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB85C; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC5D0; &#xB300;&#xCCB4; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xBCA1;&#xD130; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xCD5C;&#xC801;&#xD654; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB454; &#xC2A4;&#xD06C;&#xB9B0;&#xC5D0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD558;&#xC5EC; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;. DNA &#xBD84;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xB18D;&#xCD95; &#xBC29;&#xBC95;, &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00; &#xAC74;&#xC124; phenotypic &#xC77D;&#xC5B4;&#xC758; &#xC608; &#xAD00;&#xC2EC; phenotypic &#xD2B9;&#xC131; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xD658;&#xACBD; &#xD074;&#xB860;&#xC758; &#xC2E0;&#xC18D;&#xD55C; &#xACA9;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xBCC4; &#xD55C; &#xAC15;&#xC870;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC124;&#xBA85; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC608;&#xC220;&#xACFC; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC131; metagenomic &#xD654;&#xBA74;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Este art&#xED;culo resume los principios generales de dise&#xF1;o para la metagen&#xF3;mica funcionales. La atenci&#xF3;n se centra en Escherichia coli como una expresi&#xF3;n de acogida, a pesar de alternativas hu&#xE9;sped-vector sistemas se discuten en relaci&#xF3;n a la recuperaci&#xF3;n de la optimizaci&#xF3;n en el gen basados &#x200B;&#x200B;en la actividad de las pantallas. Ejemplos de aislamiento de ADN y los enfoques de enriquecimiento, construcci&#xF3;n de la biblioteca y fenot&#xED;pica leer-se describen con especial &#xE9;nfasis en el uso de tecnolog&#xED;as de alto rendimiento para el aislamiento r&#xE1;pido de los clones ambientales que codifican rasgos fenot&#xED;picos de inter&#xE9;s.

Keith Mewis

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