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Quantifying the Activity of <em>cis</em>-Regulatory Elements in the Mouse Retina by Explant Electroporation

Transcription factors within cellular gene networks control the spatiotemporal pattern and levels of expression of their target genes by binding to ...

Washington University School of Medicine

&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x4F24;&#x53E3;&#x6108;&#x5408;&#x4E0D;&#x4F73;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x80F6;&#x539F;&#x751F;&#x4EA7;&#x548C;&#x53D7;&#x635F;&#x8840;&#x7BA1;&#x751F;&#x6210;&#x3002;HoxD3&#xFF0C;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x8840;&#x7BA1;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x80F6;&#x539F;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x76D2;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x662F;&#x4E0A;&#x8C03;&#x671F;&#x95F4;&#x6B63;&#x5E38;&#x521B;&#x9762;&#x4FEE;&#x590D;&#x800C;&#x964D;&#x4F4E;&#x5176;&#x8868;&#x8FBE;&#x5DEE;&#x6108;&#x5408;&#x4F24;&#x53E3;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5; (db/db) &#x9F20;&#x6807;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x786E;&#x5B9A;&#x662F;&#x5426;&#x6062;&#x590D; HoxD3 &#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x4F1A;&#x52A0;&#x901F;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x4F24;&#x53E3;&#x7684;&#x6108;&#x5408;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x79FB;&#x3001; HoxD3 &#x8D28;&#x7C92; DNA &#x7EB3;&#x5165;&#x7532;&#x57FA;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x7D20;&#x819C;&#xFF0C;&#x653E;&#x5728;&#x4F24;&#x53E3;&#x4E0A; db/db &#x5C0F;&#x9F20;&#x521B;&#x5EFA;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;HoxD3 &#x8F6C;&#x57FA;&#x56E0;&#x6709;&#x4EBA;&#x5728;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3001; &#x6210;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x89D2;&#x8D28;&#x5F62;&#x6210;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x4F24;&#x53E3;&#x957F;&#x8FBE; 10 &#x5929;&#x3002;&#x66F4;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5355;&#x4E2A;&#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684; HoxD3 &#x5230; db/db &#x5C0F;&#x9F20;&#x9020;&#x6210;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x4E0A;&#x7684;&#x663E;&#x8457;&#x52A0;&#x901F;&#x4F24;&#x53E3;&#x95ED;&#x5408;&#x63A7;&#x5236;&#x6CBB;&#x7597;&#x4F24;&#x53E3;&#x76F8;&#x6BD4;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x6CE8;&#x610F;&#x5230;&#xFF0C;HoxD3 &#x4ECB;&#x5BFC;&#x6539;&#x5584;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x60A3;&#x8005;&#x5230;&#x589E;&#x5F3A;&#x8840;&#x7BA1;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x80F6;&#x539F;&#x6C89;&#x79EF;&#x5728;&#x4F24;&#x53E3;&#x521B;&#x9762;&#x4FEE;&#x590D;&#x966A;&#x540C; HoxD3 &#x9776;&#x57FA;&#x56E0;&#x3001; Col1A1 &#x548C; &beta; 3 &#x6574;&#x5408;&#x7D20;&#x9886;&#x5148; mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;HoxD3 &#x6CBB;&#x7597;&#x4F24;&#x53E3;&#x8FD8;&#x663E;&#x793A;&#x6539;&#x5584;&#x7684;&#x521B;&#x9762;&#x800C;&#x63A7;&#x5236; db/db &#x4F24;&#x53E3;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6548;&#x679C;&#x4E0D;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x89D2;&#x8D28;&#x5F62;&#x6210;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FC1;&#x79FB;&#x7531; HoxD3 &#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x523A;&#x6FC0;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x80F6;&#x539F;&#x5408;&#x6210;&#x548C;&#x6C89;&#x79EF;&#x5728; HoxD3 &#x6CBB;&#x7597;&#x4F24;&#x53E3;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4F24;&#x53E3;&#x7684;&#x6025;&#x5267;&#x589E;&#x52A0;&#x663E;&#x793A;&#x6B63;&#x5E38;&#x91CD;&#x5851;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6CA1;&#x6709;&#x53D1;&#x73B0;&#x8BC1;&#x636E;&#x7684;&#x5F02;&#x5E38;&#x4F24;&#x53E3;&#x6108;&#x5408;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;HoxD3 &#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x76F4;&#x63A5;&#x6539;&#x5584;&#x80F6;&#x539F;&#x6C89;&#x79EF;&#x3001; &#x8840;&#x7BA1;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x95ED;&#x5408;&#x7684;&#x5DEE;&#x6108;&#x5408;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x4F24;&#x53E3;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#x3002;

HoxD3 &#x52A0;&#x901F;&#x4F24;&#x53E3;&#x6108;&#x5408;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x5C0F;&#x9F20;&#x3002;

Poorly healing diabetic wounds are characterized by diminished collagen production and impaired angiogenesis. HoxD3, a homeobox transcription factor that promotes angiogenesis and collagen synthesis, is up-regulated during normal wound repair whereas its expression is diminished in poorly healing wounds of the genetically diabetic (db/db) mouse. To determine whether restoring expression of HoxD3 would accelerate diabetic wound healing, we devised a novel method of gene transfer, which incorporates HoxD3 plasmid DNA into a methylcellulose film that is placed on wounds created on db/db mice. The HoxD3 transgene was expressed in endothelial cells, fibroblasts, and keratinocytes of the wounds for up to 10 days. More importantly, a single application of HoxD3 to db/db mice resulted in a statistically significant acceleration of wound closure compared to control-treated wounds. Furthermore, we also observed that the HoxD3-mediated improvement in diabetic wound repair was accompanied by increases in mRNA expression of the HoxD3 target genes, Col1A1 and beta 3-integrin leading to enhanced angiogenesis and collagen deposition in the wounds. Although HoxD3-treated wounds also show improved re-epithelialization as compared to control db/db wounds, this effect was not due to direct stimulation of keratinocyte migration by HoxD3. Finally, we show that despite the dramatic increase in collagen synthesis and deposition in HoxD3-treated wounds, these wounds showed normal remodeling and we found no evidence of abnormal wound healing. These results indicate that HoxD3 may provide a means to directly improve collagen deposition, angiogenesis and closure in poorly healing diabetic wounds.

HoxD3 accelerates wound healing in diabetic mice.

Mal de gu&eacute;rison des plaies diab&eacute;tiques sont caract&eacute;ris&eacute;s par la production de collag&egrave;ne r&eacute;duite et ayant une d&eacute;ficience de l&#39;angiogen&egrave;se. HoxD3, un facteur de transcription de bo&icirc;te hom&eacute;otique qui favorise la synth&egrave;se de collag&egrave;ne et de l&#39;angiogen&egrave;se, est r&eacute;gul&eacute;e au cours de la cicatrisation normale alors que son expression est diminu&eacute;e en mal gu&eacute;rir les plaies de souris g&eacute;n&eacute;tiquement diab&eacute;tique (db/db). Pour d&eacute;terminer si restauration d&#39;expression de HoxD3 serait acc&eacute;l&eacute;rer la gu&eacute;rison des plaies diab&eacute;tiques, nous avons mis au point une nouvelle m&eacute;thode de transfert de g&egrave;nes, qui incorpore l&#39;ADN de plasmide HoxD3 dans un film de m&eacute;thylcellulose qui est plac&eacute; sur les plaies cr&eacute;&eacute;es sur des souris db/db. Le transg&egrave;ne de HoxD3 a &eacute;t&eacute; exprim&eacute; dans les cellules endoth&eacute;liales, les fibroblastes et les k&eacute;ratinocytes des blessures pendant 10 jours. Plus important encore, une seule application de HoxD3 &agrave; des souris db/db sold&eacute;e par une acc&eacute;l&eacute;ration significative compar&eacute;e aux t&eacute;moins trait&eacute;s plaies pour refermer les plaies. En outre, nous avons &eacute;galement constat&eacute; que l&#39;am&eacute;lioration induite par le HoxD3 chez les diab&eacute;tiques cicatrisation &eacute;tait accompagn&eacute;e d&#39;une augmentation dans l&#39;expression de l&#39;ARNm des g&egrave;nes cibles, Col1A1 et attaque 3-int&eacute;grine b&ecirc;ta HoxD3 aux d&eacute;p&ocirc;ts de l&#39;angiogen&egrave;se et de collag&egrave;ne accrue dans les plaies. Bien que plaies trait&eacute;es HoxD3 montrent &eacute;galement r&eacute;&eacute;pith&eacute;lialisation am&eacute;lior&eacute;e par rapport aux blessures db/db contr&ocirc;le, cet effet n&#39;&eacute;tait pas due &agrave; une stimulation directe de la migration des k&eacute;ratinocytes par HoxD3. Enfin, nous montrons que malgr&eacute; l&#39;augmentation dramatique de la synth&egrave;se du collag&egrave;ne et d&eacute;p&ocirc;t dans les plaies HoxD3 trait&eacute;s, ces blessures remodelage normal ont montr&eacute; et nous avons ne trouv&eacute; aucun signe de cicatrisation anormale. Ces r&eacute;sultats indiquent que HoxD3 peut &ecirc;tre un moyen d&#39;am&eacute;liorer directement le d&eacute;p&ocirc;t de collag&egrave;ne, de l&#39;angiogen&egrave;se et de fermeture en mal de gu&eacute;rison des plaies diab&eacute;tiques.

HoxD3 acc&eacute;l&egrave;re la cicatrisation des plaies chez les souris diab&eacute;tiques.

HoxD3 beschleunigt die Wundheilung bei diabetischen M&#xE4;usen.

Le ferite diabetiche scarsamente curative sono caratterizzate dalla produzione di collagene diminuita e alterata angiogenesi. HoxD3, un fattore di trascrizione homeobox che favorisce la sintesi di collagene e l&#39;angiogenesi, &egrave; up-regolato durante la riparazione della ferita normale considerando che la sua espressione &egrave; diminuita in scarsa guarigione delle ferite del mouse geneticamente diabetico (db/db). Per determinare se ripristino espressione di HoxD3 vuoi accelerare la guarigione della ferita diabetica, abbiamo ideato un nuovo metodo di trasferimento del gene, che incorpora il DNA del plasmide HoxD3 in un film di metilcellulosa che &egrave; posto sulle ferite create su topi db/db. Il transgene HoxD3 &egrave; stato espresso nelle cellule endoteliali, fibroblasti e cheratinociti delle ferite per fino a 10 giorni. Ancora pi&ugrave; importante, una singola applicazione di HoxD3 di topi db/db ha provocato un&#39;accelerazione di chiusura ferita rispetto alle ferite trattate con controllo statisticamente significativa. Inoltre, abbiamo anche osservato che il miglioramento HoxD3-mediata in diabetici riparazione della ferita &egrave; stato accompagnato da aumenti nell&#39;espressione del mRNA dei geni bersaglio, Col1A1 e leader 3-integrina beta HoxD3 alla deposizione di collagene e l&#39;angiogenesi rafforzata nelle ferite. Anche se le ferite trattate con HoxD3 Visualizza anche re-epithelialization migliorata rispetto alle ferite di controllo db/db, questo effetto non era dovuta a stimolazione diretta della migrazione dei cheratinociti da HoxD3. Infine, ci mostra che nonostante il drammatico aumento nella sintesi del collagene e deposizione nelle ferite trattate con HoxD3, queste ferite ha mostrato rimodellamento normale e abbiamo trovato alcuna prova di guarigione della ferita anormale. Questi risultati indicano che il HoxD3 pu&ograve; fornire un mezzo per migliorare direttamente la deposizione di collagene, l&#39;angiogenesi e chiusura in scarsa guarigione delle ferite diabetiche.

HoxD3 accelera la guarigione della ferita in topi diabetici.

&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x7652;&#x3057;&#x306E;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x6027;&#x5275;&#x50B7;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x30B3;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B2;&#x30F3;&#x306E;&#x751F;&#x7523;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x8840;&#x7BA1;&#x65B0;&#x751F;&#x306E;&#x969C;&#x5BB3;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306F;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5; (db/db) &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x50B7;&#x3092;&#x6CBB;&#x7652;&#x306B;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x8840;&#x7BA1;&#x65B0;&#x751F;&#x3068;&#x30B3;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B2;&#x30F3;&#x5408;&#x6210;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x30DB;&#x30E1;&#x30AA; &#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50; HoxD3 &#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x5275;&#x50B7;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x4E2D;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x6027;&#x5275;&#x50B7;&#x6CBB;&#x7652;&#x3092; HoxD3 &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x5FA9;&#x5143;&#x3059;&#x308B;&#x52A0;&#x901F;&#x3059;&#x308B;&#x3060;&#x308D;&#x3046;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x3092;&#x5224;&#x65AD;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;HoxD3 &#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x30DF;&#x30C9; DNA db/db &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306B;&#x4F5C;&#x6210;&#x306E;&#x50B7;&#x306B;&#x7F6E;&#x304B;&#x308C;&#x308B;&#x30BB;&#x30EB;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9; &#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x7D44;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x307E;&#x3059;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5C0E;&#x5165;&#x6CD5;&#x3092;&#x8003;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;HoxD3 transgene &#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x3001;&#x7DDA;&#x7DAD;&#x82BD;&#x7D30;&#x80DE;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x50B7;&#x306E;&#x30B1;&#x30E9;&#x30C1;&#x30CE; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067; 10 &#x65E5;&#x9593;&#x3092;&#x8868;&#x73FE;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x306F;&#x3001;HoxD3 &#x306E; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; db/db &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x50B7;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x5275;&#x50B7;&#x9589;&#x9396;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x306B;&#x6709;&#x610F;&#x306A;&#x52A0;&#x901F;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x89B3;&#x5BDF;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x306E; HoxD3 &#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x6539;&#x5584;&#x50B7;&#x4FEE;&#x7406;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x540C;&#x884C; HoxD3 &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;, Col1A1 &beta; 3 &#x30A4;&#x30F3;&#x30C6;&#x30B0;&#x30EA;&#x30F3; &#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E; mRNA &#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F37;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8840;&#x7BA1;&#x65B0;&#x751F;&#x3068;&#x30B3;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B2;&#x30F3;&#x6C88;&#x7740;&#x306B;&#x50B7;&#x306B;&#x3002;HoxD3 &#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x50B7;&#x3082;&#x306E;&#x6539;&#x826F;&#x3055;&#x308C;&#x305F; re-epithelialization &#x5236;&#x5FA1; db/db &#x5275;&#x50B7;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x8868;&#x793A;&#x304C;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x30B1;&#x30E9;&#x30C1;&#x30CE; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x79FB;&#x52D5;&#x306B;&#x3088;&#x308B; HoxD3 &#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x523A;&#x6FC0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;, &#x30B3;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B2;&#x30F3;&#x5408;&#x6210;&#x3068;&#x84B8;&#x7740; HoxD3 &#x6CBB;&#x7642;&#x50B7;&#x3067;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x50B7;&#x306E;&#x5287;&#x7684;&#x306A;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x901A;&#x5E38;&#x6539;&#x9020;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x7570;&#x5E38;&#x5275;&#x50B7;&#x6CBB;&#x7652;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x767A;&#x898B;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;HoxD3 &#x76F4;&#x63A5;&#x30B3;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B2;&#x30F3;&#x6C88;&#x7740;&#x3001;&#x8840;&#x7BA1;&#x65B0;&#x751F;&#x3001;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x6027;&#x5275;&#x50B7;&#x6CBB;&#x7652;&#x904E;&#x7A0B;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x9589;&#x9396;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x624B;&#x6BB5;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

HoxD3 &#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x5275;&#x50B7;&#x6CBB;&#x7652;&#x3092;&#x52A0;&#x901F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; &#xC0C1;&#xCC98; &#xC81C;&#xB300;&#xB85C; &#xCE58;&#xC720; &#xAC10;&#xC18C; &#xCF5C;&#xB77C;&#xAC90;&#xC758; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xBC0F; &#xC2E0;&#xC0DD; &#xC7A5;&#xC560;. HoxD3, &#xC2E0;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xCF5C;&#xB77C;&#xAC90; &#xD569;&#xC131; &#xCD09;&#xC9C4; homeobox &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xB294; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC0C1;&#xCC98; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xC911; &#xC5C5; &#xADDC;&#xC81C;&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xC81C;&#xB300;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; (db/db) &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xC758; &#xC0C1;&#xCC98;&#xB97C; &#xCE58;&#xC720; &#xAC10;&#xC18C;. &#xD655;&#xC778; &#xC5EC;&#xBD80; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; &#xC0C1;&#xCC98; &#xCE58;&#xC720; &#xCD09;&#xC9C4; &#xAC83;&#xC774; Hoxd3&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xBCF5;&#xC6D0;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC1A1; db/db &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB9CC;&#xB4E0; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xBC30;&#xCE58; &#xB418;&#xB294; fd&amp;amp;c &#xC601;&#xD654;&#xB85C; HoxD3 &#xD50C;&#xB77C;&#xC2A4; &#xBBF8;&#xB4DC; DNA&#xB97C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xACE0;&#xC548;. HoxD3 transgene&#xC740; 10 &#xC77C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;, &#xC12C;&#xC720; &#xC544; &#xC138;&#xD3EC;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; keratinocytes&#xC758; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB354; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC740; db/db &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; Hoxd3&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0C1;&#xCC98; &#xD3D0;&#xC1C4; &#xC81C;&#xC5B4; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xD1B5;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xC758; &#xD55C; &#xAC00;&#xC18D;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xAD00;&#xCC30; &#xD558;&#xB294; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; HoxD3 &#xC911;&#xC7AC; &#xAC1C;&#xC120; &#xC0C1;&#xCC98; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xC99D;&#xAC00; HoxD3 &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;, Col1A1 &#xBC0F; &#xBCA0;&#xD0C0; 3 integrin &#xD589;&#xAC04;&#xC758; mRNA &#xD45C;&#xD604;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xC2E0;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xCF5C;&#xB77C;&#xAC90; &#xC99D; &#xCC29;&#xC744; &#xB3D9;&#xD589; &#xD588;&#xB2E4;. HoxD3 &#xCE58;&#xB8CC; &#xC0C1;&#xCC98; &#xB610;&#xD55C; &#xC81C;&#xC5B4; db/db &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; re-epithelialization&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC9C0;&#xB9CC;,&#xC774; &#xD6A8;&#xACFC; Hoxd3&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; keratinocyte &#xB9C8;&#xC774;&#xADF8;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811;&#xC801;&#xC778; &#xC790;&#xADF9; &#xB54C;&#xBB38; &#xC544;&#xB2C8;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCF5C;&#xB77C;&#xAC90; &#xD569;&#xC131; &#xBC0F; HoxD3 &#xCE58;&#xB8CC; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC99D; &#xCC29;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C1;&#xCC98;&#xC758; &#xADF9;&#xC801;&#xC778; &#xC99D;&#xAC00;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xC815;&#xC0C1; &#xAC1C;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC0C1;&#xCC98; &#xCE58;&#xC720;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; HoxD3 &#xC9C1;&#xC811; &#xCF5C;&#xB77C;&#xAC90; &#xC99D; &#xCC29;, &#xC2E0;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xB2F9;&#xB1E8; &#xC0C1;&#xCC98; &#xCE58;&#xC720;&#xC5D0; &#xD3D0;&#xC1C4;&#xB97C; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xB2E8;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

HoxD3 &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; &#xC950;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xCC98; &#xCE58;&#xC720; &#xCD09;&#xC9C4;.

Mal curaci&oacute;n heridas diab&eacute;ticas se caracterizan por la producci&oacute;n de col&aacute;geno disminuida y deterioraron la angiog&eacute;nesis. HoxD3, un factor de transcripci&oacute;n homeobox que promueve la s&iacute;ntesis de col&aacute;geno y angiog&eacute;nesis, est&aacute; regulado para arriba durante la reparaci&oacute;n de la herida normal considerando que su expresi&oacute;n es disminuida en mal curar heridas del rat&oacute;n gen&eacute;ticamente diab&eacute;tica (db/db). Para determinar si restaurar la expresi&oacute;n de HoxD3 acelerar&iacute;a diab&eacute;tica la cicatrizaci&oacute;n de heridas, ideamos un novedoso m&eacute;todo de transferencia de genes, que incorpora el ADN del pl&aacute;smido de HoxD3 en una pel&iacute;cula de metilcelulosa que se coloca en las heridas creadas en ratones db/db. El transg&eacute;n HoxD3 fue expresado en las c&eacute;lulas endoteliales, fibroblastos y queratinocitos de las heridas hasta 10 d&iacute;as. M&aacute;s importante a&uacute;n, una sola aplicaci&oacute;n de HoxD3 a los ratones db/db dio lugar a una aceleraci&oacute;n estad&iacute;sticamente significativa del cierre de la herida en comparaci&oacute;n con las heridas tratadas con control. Adem&aacute;s, tambi&eacute;n observamos que la mejora HoxD3-mediada en diab&eacute;tico herida reparaci&oacute;n fue acompa&ntilde;ada por el aumento en la expresi&oacute;n del ARNm de los genes diana HoxD3, Col1A1 y l&iacute;der en 3-integrina beta mayor deposici&oacute;n de col&aacute;geno y angiog&eacute;nesis en las heridas. Aunque las heridas tratadas con HoxD3 tambi&eacute;n muestran reepitelizaci&oacute;n mejorada en comparaci&oacute;n con las heridas de db/db de control, este efecto no fue debido a la estimulaci&oacute;n directa de la migraci&oacute;n de queratinocitos por HoxD3. Finalmente, nos muestran que a pesar del aumento dram&aacute;tico en la s&iacute;ntesis de col&aacute;geno y deposici&oacute;n en las heridas tratadas con HoxD3, estas heridas demostr&oacute; remodelaci&oacute;n normal y no encontraron evidencia de cicatrizaci&oacute;n anormal. Estos resultados indican que el HoxD3 puede proporcionar un medio para mejorar directamente la deposici&oacute;n del col&aacute;geno, angiog&eacute;nesis y cierre en mal curar heridas diab&eacute;ticas.

HoxD3 acelera la cicatrizaci&oacute;n de heridas en ratones diab&eacute;ticos.

&#x5728;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E73;&#x817A;&#x4E0A;&#x76AE;&#x817A;&#x6CE1;&#x540E;&#x80F8;&#x819C;&#x5E95;&#x6781;&#x6027;&#x7EF4;&#x62A4;&#x9700;&#x8981;&#x7EC6;&#x80DE;&#x589E;&#x6B96;&#x3001; &#x7EC6;&#x80DE;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x548C;&#x9002;&#x5F53;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5916;&#x57FA;&#x8D28;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5E73;&#x8861;&#x3002;&#x7578;&#x53D8;&#x5728;&#x4EFB;&#x4F55;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7834;&#x574F;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x5E76;&#x542F;&#x52A8;&#x80BF;&#x7624;&#x5F62;&#x6210;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x5C0F;&#x86CB;&#x767D; Rap1 &#x7EC4;&#x7EC7;&#x817A;&#x6CE1;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x7BA1;&#x8154;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;Rap1 &#x7EC6;&#x80DE;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x6076;&#x6027; HMT 3522 T4-2 &#x662F;&#x660E;&#x663E;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x5728; S1 &#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x975E;&#x6076;&#x6027;&#x7684;&#x540C;&#x884C;&#x3002;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x663E;&#x6027;&#x8D1F; Rap1 &#x5BFC;&#x81F4; T4 2 &#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x578B;&#x9006;&#x8F6C;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x817A;&#x6CE1;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5F62;&#x6210;&#x4E0E;&#x6B63;&#x786E;&#x7684;&#x6781;&#x6027;&#xFF0C;&#x548C;&#x5927;&#x5927;&#x964D;&#x4F4E;&#x80BF;&#x7624;&#x53D1;&#x75C5;&#x7387;&#x6301;&#x7EED;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5F02;&#x5E38;&#x4E0E;&#x57FA;&#x7EBF;&#x589E;&#x957F;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x3002;&#x7531;&#x6B64;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x817A;&#x6CE1;&#x6240;&#x8F7D;&#x7A81;&#x51FA;&#x4E2D;&#x592E;&#x9C81;&#x7C73;&#x90A3;&#x4E0D;&#x9075;&#x5B88;&#x65F6;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E86;&#x5176;&#x4ED6;&#x6062;&#x590D;&#x4EE3;&#x7406;&#x3002;&#x76F8;&#x53CD;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x4E3B;&#x52A8; Rap1 &#x5728; T4-2 &#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6291;&#x5236;&#x8868;&#x578B;&#x9006;&#x8F6C;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5BFC;&#x81F4;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x4FB5;&#x88AD;&#x548C;&#x81F4;&#x7624;&#x6027;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;Rap1 &#x884C;&#x4E3A;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7684;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x6B63;&#x5E38;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x6307;&#x793A;&#x6781;&#x6027;&#x817A;&#x6CE1;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x53D1;&#x751F;&#x548C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x80BF;&#x7624;&#x5F62;&#x6210;&#x548C;&#x8FDB;&#x5C55;&#x6076;&#x6027;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x671F;&#x95F4;&#x4E2D;&#x592E;&#x76D1;&#x7BA1;&#x3002;

Rap1 &#x96C6;&#x6210;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6781;&#x6027;&#x3001; &#x7BA1;&#x8154;&#x5F62;&#x6210;&#x53CA;&#x5176;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E73;&#x817A;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x81F4;&#x7624;&#x6027;&#x6F5C;&#x529B;&#x3002;

Maintenance of apico-basal polarity in normal breast epithelial acini requires a balance between cell proliferation, cell death, and proper cell-cell and cell-extracellular matrix signaling. Aberrations in any of these processes can disrupt tissue architecture and initiate tumor formation. Here, we show that the small GTPase Rap1 is a crucial element in organizing acinar structure and inducing lumen formation. Rap1 activity in malignant HMT-3522 T4-2 cells is appreciably higher than in S1 cells, their nonmalignant counterparts. Expression of dominant-negative Rap1 resulted in phenotypic reversion of T4-2 cells, led to the formation of acinar structures with correct polarity, and dramatically reduced tumor incidence despite the persistence of genomic abnormalities and baseline growth. The resulting acini contained prominent central lumina not observed when other reverting agents were used. Conversely, expression of dominant-active Rap1 in T4-2 cells inhibited phenotypic reversion and led to increased invasiveness and tumorigenicity. Thus, Rap1 acts as a central regulator of breast architecture, with normal levels of activation instructing polarity during acinar morphogenesis, and increased activation inducing tumor formation and progression to malignancy.

Rap1 integrates tissue polarity, lumen formation, and tumorigenic potential in human breast epithelial cells.

Maintien de la polarit&eacute; apico-basale dans les acini &eacute;pith&eacute;liales normales du sein exige un &eacute;quilibre entre la prolif&eacute;ration cellulaire, mort cellulaire et bonne cellule-cellule et matrice extracellulaire-cellule signalisation. Aberrations dans aucun de ces processus peuvent perturber l&#39;architecture tissulaire et entamer la formation de tumeurs. Ici, nous montrons que la petite GTPase Rap1 est un &eacute;l&eacute;ment crucial dans l&#39;organisation structure acineuse et induisant la formation de lumen. Activit&eacute; Rap1 dans les cellules malignes de HMT-3522 T4-2 est sensiblement plus &eacute;lev&eacute;e que dans les cellules de S1, leurs homologues non malins. Expression de Rap1 dominant n&eacute;gatif a entra&icirc;n&eacute; une r&eacute;version ph&eacute;notypique des cellules T4-2, a conduit &agrave; la formation de structures acineuses en respectant la polarit&eacute; et r&eacute;duit de fa&ccedil;on spectaculaire l&#39;incidence tumorale malgr&eacute; la persistance d&#39;anomalies g&eacute;nomiques et croissance de la base. Les acini r&eacute;sultants contenaient &eacute;minent lumina central ne pas observ&eacute;e lorsque les autres agents de r&eacute;tablissement ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;s. &Agrave; l&#39;inverse, expression de Rap1 dominants actifs dans les cellules T4-2 inhibe la r&eacute;version ph&eacute;notypique et conduit &agrave; la tumorig&eacute;nicit&eacute; et son caract&egrave;re invasif accrue. Ainsi, Rap1 agit comme un r&eacute;gulateur central de l&#39;architecture du sein, avec des niveaux normaux de la polarit&eacute; de donneur d&#39;ordres d&#39;activation au cours de la morphogen&egrave;se acineuse et augmentation de l&#39;activation induisant la formation de tumeurs et de progression vers une tumeur maligne.

Rap1 int&egrave;gre la polarit&eacute; de tissu, formation de lumen et potentiel tumorig&egrave;ne dans les cellules &eacute;pith&eacute;liales mammaires humains.

Wartung der Apico-basale Polarit&auml;t in normalen Brust epitheliale Acini erfordert eine Balance zwischen Zellproliferation, Zelltod, und richtige Zell-Zell und Zelle-extrazellul&auml;ren Matrix zu signalisieren. Aberrationen in jeder dieser Prozesse k&ouml;nnen st&ouml;ren Gewebe Architektur und Tumorbildung initiieren. Hier zeigen wir, dass die kleine GTPase Rap1 ein entscheidendes Element bei der Organisation Azinus Struktur und induzierende Lumen Bildung ist. Rap1 Aktivit&auml;t in malignen HMT-3522 T4-2-Zellen ist sp&uuml;rbar h&ouml;her als in S1 Zellen, nonmalignant Gegenst&uuml;cke. Ausdruck der Dominant-negativen Rap1 ph&auml;notypische Umkehrung des T4-2 Zellen f&uuml;hrte, f&uuml;hrte zur Gr&uuml;ndung des Azinus Strukturen mit der korrekten Polarit&auml;t und deutlich geringere Inzidenz der Tumor trotz das Fortbestehen von genomischen Anomalien und geplantes Wachstum. Die resultierende Acini enthaltenen prominente zentrale Lumina nicht eingehalten werden, wenn andere zur&uuml;cksetzen Agenten verwendet wurden. Umgekehrt Ausdruck der Dominant-aktiver Rap1 in T4-2-Zellen gehemmt ph&auml;notypische R&uuml;ckfall und f&uuml;hrte zu h&ouml;heren Invasivit&auml;t und Tumorigenicity. So fungiert Rap1 als einen zentralen Regulator der Brust Architektur, mit normalen Niveau der Aktivierung belehren Polarit&auml;t w&auml;hrend Azinus Morphogenese und erh&ouml;hte Aktivierung induzierende Tumorbildung und Progression zu Hyperkalz&auml;mie.

Rap1 integriert Gewebe Polarit&auml;t, Lumen-Bildung und tumorigenic Potenzial in der menschlichen Brust Epithelzellen.

Manutenzione di apico-basale polarit&agrave; in acini epiteliale mammario normale richiede un equilibrio tra proliferazione cellulare, morte cellulare e corretta cellula-cellula e cellula-tabella extracellulare segnalando. Aberrazioni in uno qualsiasi di questi processi possono perturbare architettura tissutale e avviare la formazione di tumori. Mostriamo qui, che il piccolo GTPase Rap1 &egrave; un elemento cruciale nell&#39;organizzazione struttura acinose e indurre la formazione di lumen. Attivit&agrave; Rap1 HMT-3522 T4-2 cellule maligne &egrave; sensibilmente superiore a nelle cellule S1, controparti nonmalignant. Espressione di Rap1 dominante-negativo provocato reversione fenotipica delle cellule T4-2, port&ograve; alla formazione di strutture acinose con polarit&agrave; corretta e drasticamente ridotta incidenza di tumore nonostante la persistenza di anomalie genomiche e crescita di baseline. Gli acini risultante contenevano prominente lumina centrale che non si osserva quando altri agenti di ripristino sono stati utilizzati. Al contrario, espressione di Rap1 dominante-attivo nelle cellule T4-2 inibito reversione fenotipica e portato a tumorigenicity e maggiore invasivit&agrave;. Cos&igrave;, Rap1 agisce come un regolatore centrale dell&#39;architettura del seno, con livelli normali di polarit&agrave; istruire attivazione durante la morfogenesi acinose, aumentata attivazione e indurre la formazione di tumori e progressione verso la malignit&agrave;.

Rap1 integra polarit&agrave; tessuto, formazione lume e potenziale tumorigeno in cellule epiteliali umane del seno.

&#x30E1;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CA;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E73;&#x817A;&#x4E0A;&#x76AE;&#x817A;&#x7AA9;&#x6D1E;&#x306F;&#x5207;&#x7AEF;&#x57FA;&#x5E95;&#x6975;&#x6027;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5897;&#x6B96;, &#x7D30;&#x80DE;&#x6B7B;&#x3068;&#x9069;&#x5207;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7D30;&#x80DE;-&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x30D0;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x53CE;&#x5DEE;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x7D44;&#x7E54;&#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x3092;&#x59A8;&#x5BB3;&#x3057;&#x3001;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; GTPase Rap1 &#x817A;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x7D44;&#x7E54;&#x3057;&#x7BA1;&#x8154;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3059;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x60AA;&#x6027; HMT 3522 T4 2 &#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; Rap1 &#x6D3B;&#x52D5; S1 &#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306F;, &#x305D;&#x306E;&#x975E;&#x60AA;&#x6027;&#x306E;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30C9;&#x30DF;&#x30CA;&#x30F3;&#x30C8; &#x30CD;&#x30AC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6; Rap1 &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x3001;T4 2 &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x8FD4;&#x9084;&#x306B;&#x8D77;&#x56E0;&#x3057;&#x305F;&#x817A;&#x623F;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x6B63;&#x3057;&#x3044;&#x6975;&#x6027;&#x3067;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7570;&#x5E38;&#x306E;&#x6C38;&#x7D9A;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x816B;&#x760D;&#x767A;&#x751F;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x524A;&#x6E1B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x817A;&#x4ED6;&#x306B;&#x623B;&#x3059;&#x306E;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B8;&#x30A7;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x306B;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x8457;&#x540D;&#x306A;&#x4E2D;&#x592E;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9006;&#x306B;&#x3001;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6; Rap1 T4 2 &#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x5F62;&#x8CEA;&#x306E;&#x8FD4;&#x9084;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3057;&#x3001;&#x5897;&#x52A0;&#x4FB5;&#x8972;&#x3068;&#x816B;&#x760D;&#x5316;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;Rap1 &#x4E73;&#x623F;&#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x306E;&#x4E2D;&#x592E;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x6307;&#x5C0E;&#x6975;&#x6027;&#x817A;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x5F62;&#x6210;&#x3068;&#x5897;&#x52A0;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x8A98;&#x767A;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x60AA;&#x6027;&#x816B;&#x760D;&#x3078;&#x306E;&#x9032;&#x884C;&#x4E2D;&#x306E;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Rap1 &#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x6975;&#x6027;&#x3001;&#x7BA1;&#x8154;&#x5F62;&#x6210;&#x3068;&#x3072;&#x3068;&#x4E73;&#x817A;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x767A;&#x764C;&#x6027;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC720; &#xBC29; &#xC0C1;&#xD53C; acini apico &#xAE30;&#xC800; &#xADF9;&#xC131;&#xC758; &#xC720;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xC218; &#xC138;&#xD3EC; &#xC99D;&#xC2DD;, &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC8FD;&#xC74C;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC801;&#xC808; &#xD55C; &#xC140; &#xBC0F; &#xC140; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4; &#xC2E0;&#xD638; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xADE0;&#xD615;&#xC774; &#xD544;&#xC694;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xCC29;&#xC624; &#xC870;&#xC9C1; &#xC544;&#xD0A4;&#xD14D;&#xCC98;&#xB97C; &#xC911;&#xB2E8; &#xD558; &#xACE0; &#xC885;&#xC591;&#xC758; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC2DC;&#xC791; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC791;&#xC740; GTPase Rap1 acinar &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xC720;&#xB3C4; &#xD558;&#xB294; &#xB8E8;&#xBA58; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC694;&#xC18C;&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. Rap1 &#xD65C;&#xB3D9; &#xC545;&#xC131; HMT 3522 t 4-2 &#xC140;&#xC5D0; s 1 &#xC140;, &#xC544; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB300;&#xC751;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xBD84;&#xBA85; &#xD558; &#xAC8C; &#xB192;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; Rap1 &#xC2DD; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4; t 4-2 &#xC140; phenotypic &#xADC0;&#xC120; &#xC62C;&#xBC14;&#xB978; &#xADF9;&#xC131;&#xC640; acinar &#xAD6C;&#xC870; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC8FC;&#xB3C4;&#xD558; &#xACE0; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC774;&#xC0C1;&#xC774; &#xCD08;&#xAE30; &#xC131;&#xC7A5;&#xC758; &#xC9C0; &#xC18D;&#xC131;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC885;&#xC591; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xB960;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C;. &#xADF8; &#xACB0;&#xACFC; acini &#xC800;&#xBA85;&#xD55C; &#xC911;&#xC559; &#xB8E8;&#xBBF8;&#xB098; &#xB2E4;&#xB978; &#xB418;&#xB3CC;&#xB9AC;&#xAE30; &#xC5D0;&#xC774;&#xC804;&#xD2B8; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0;&#xB97C; &#xAD00;&#xCC30; &#xD558;&#xC9C0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xB300;&#xB85C; t 4-2 &#xC140;&#xC5D0; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; &#xC561;&#xD2F0;&#xBE0C; Rap1 &#xD45C;&#xD604;&#xC758; phenotypic &#xADC0;&#xC120; &#xC800;&#xD574; &#xBC0F; &#xC99D;&#xAC00; &#xCE68;&#xC785; &#xBC0F; tumorigenicity &#xC8FC;&#xB3C4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, Rap1 acinar morphogenesis &#xBC0F; &#xC885;&#xC591; &#xD615;&#xC131; &#xBC0F; &#xC9C4;&#xD589; &#xC131; &#xC545;&#xC131; &#xC885;&#xC591;&#xC744; &#xC720;&#xBC1C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xC9C0;&#xC2DC; &#xADF9;&#xC131; &#xC815;&#xC0C1; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC720; &#xBC29; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC911;&#xC559; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB85C; &#xC11C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Rap1 &#xD1B5;&#xD569; &#xC870;&#xC9C1; &#xADF9;&#xC131; &#xB8E8;&#xBA58; &#xD615;&#xC131;&#xACFC; &#xC778;&#xAC04; &#xC720; &#xBC29; &#xC0C1;&#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; tumorigenic &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;.

Mantenimiento de polaridad apico-basal en acinos epiteliales de mama normal requiere un equilibrio entre la proliferaci&oacute;n celular, muerte celular y c&eacute;lula apropiada y se&ntilde;alizaci&oacute;n de la matriz extracelular de la c&eacute;lula. Aberraciones en cualquiera de estos procesos pueden alterar la arquitectura del tejido e iniciar la formaci&oacute;n de tumores. Aqu&iacute;, demostramos que el peque&ntilde;o GTPase Rap1 es un elemento fundamental en la organizaci&oacute;n de la estructura acinar e inducir la formaci&oacute;n de la luz. Rap1 actividad en las c&eacute;lulas malignas de HMT-3522 T4-2 es sensiblemente mayor que en S1 c&eacute;lulas, sus contrapartes no malignas. Expresi&oacute;n de Rap1 dominante negativo dio lugar a la reversi&oacute;n fenot&iacute;pica de c&eacute;lulas T4-2, condujo a la formaci&oacute;n de estructuras acinares con la polaridad correcta y reducido considerablemente la incidencia de tumor a pesar de la persistencia de alteraciones gen&oacute;micas y crecimiento de la base. Los acinos resultantes contienen lumina central prominente no observada cuando otros agentes de inversi&oacute;n fueron utilizados. Por el contrario, expresi&oacute;n de Rap1 dominante activa en las c&eacute;lulas T4-2 inhibe la reversi&oacute;n fenot&iacute;pica y llev&oacute; a la colonizaci&oacute;n y mayor invasividad. As&iacute;, Rap1 act&uacute;a como un regulador central de la arquitectura de la mama, con niveles normales de polaridad que manda de activaci&oacute;n durante la morfog&eacute;nesis acinar y mayor activaci&oacute;n induciendo la formaci&oacute;n de tumores y la progresi&oacute;n a la malignidad.

Rap1 integra polaridad de tejidos, formaci&oacute;n de lumen y potencial tumor&iacute;geno en c&eacute;lulas epiteliales de mama humano.

Mutazioni nei geni arricchita di fotorecettori sono state implicate in decine di malattie della retina umane, eppure non sono stata effettuata alcuna analisi sistematica dei pattern di espressione genica rod e cono. Inoltre, anche se la perdita di fotorecettori cono conti per gran parte della morbilit&agrave; della malattia della retina, relativamente pochi geni specifici del cono sono noti. In questo studio, abbiamo effettuato microarray e l&#39;ibridazione in situ analisi del mouse retina neurale della leucina zipper gene (Nrl) mutante, che mostra una conversione di massa en di canne in coni, per stabilire una tipologia di espressione genica di fotorecettori e per identificare nuovi geni specifici del cono. Abbiamo trovato un totale di 18 nuovi geni cono-arricchito, alcuni dei quali mappa vicino loci malattia della retina non duplicata. Molti di questi geni hanno un pattern di dorsale-ventrale (D-V) di espressione simile a quella di opsins di breve o media lunghezza d&#39;onda. Abbiamo svolto analisi di microarray della dorsale e ventrale microdissected WT retina e trovato geni fotorecettore supplementare con una distribuzione asimmetrica. Nel complesso, abbiamo trovato che geni fotorecettore cadono su uno spettro di espressione da rod specifiche cono-specifico, con molti mostrando diverse per i gradi di coexpression rod e cono. Questi pattern di espressione possono essere previsto in modo affidabile da dati di microarray da solo. I nostri risultati dimostrano definitive molecolare differenze fra coni e bastoncelli che possono essere alla base delle differenze fisiologiche tra queste due classi di fotorecettori.

Una tipologia di modelli di espressione del gene fotorecettore nel topo.

&#x5BCC;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x6709;&#x7275;&#x8FDE;&#x6570;&#x5341;&#x540D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x7136;&#x800C;&#x6746;&#x548C;&#x9525;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x6CA1;&#x6709;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x9525;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x635F;&#x5931;&#x5360;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75C5;&#x7684;&#x53D1;&#x75C5;&#x7387;&#xFF0C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x9525;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x662F;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x82AF;&#x7247;&#x548C;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4;&#x7684;&#x9F20;&#x6807;&#x795E;&#x7ECF;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x4EAE;&#x6C28;&#x9178;&#x62C9;&#x94FE;&#x57FA;&#x56E0; (Nrl) &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x68D2; en &#x57CB;&#x522E;&#x677F;&#x8F6C;&#x6362;&#x6210;&#x9525;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5206;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x5E76;&#x786E;&#x5B9A;&#x65B0;&#x578B;&#x9525;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 18 &#x65B0;&#x9525;&#x6D53;&#x7F29;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x672A;&#x514B;&#x9686;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x70B9;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x5730;&#x56FE;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x6709;&#x8868;&#x8FBE;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x7EFF;&#x5149;&#x66F4;&#x77ED;&#x6CE2;&#x957F;&#x7684;&#x80CC;&#x8179;&#x4FA7; (D-V) &#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x5C55;&#x7684;&#x80CC;&#x548C;&#x8179;&#x95F4; WT &#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x53D1;&#x73B0;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E0E;&#x4E0D;&#x5BF9;&#x79F0;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x603B;&#x7684;&#x6765;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x4ECE;&#x6746;&#x5177;&#x4F53;&#x5230;&#x9525;&#x5177;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x8BB8;&#x591A;&#x663E;&#x793A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x7684;&#x6746;&#x548C;&#x9525;&#x5171;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E0B;&#x964D;&#x5BF9;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x6A21;&#x5F0F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x53EF;&#x9760;&#x5730;&#x9884;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x82AF;&#x7247;&#x6570;&#x636E;&#x672C;&#x8EAB;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x68D2;&#x548C;&#x9525;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x751F;&#x7406;&#x5DEE;&#x5F02;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x6700;&#x7EC8;&#x5206;&#x5B50;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;

&#x9F20;&#x6807;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;

Mutations in photoreceptor-enriched genes have been implicated in dozens of human retinal diseases, yet no systematic analysis of rod and cone gene expression patterns has been carried out. In addition, although cone photoreceptor loss accounts for much of the morbidity of retinal disease, relatively few cone-specific genes are known. In this study, we carried out microarray and in situ hybridization analyses of the mouse Neural retina leucine zipper gene (Nrl) mutant, which shows an en masse conversion of rods into cones, to establish a typology of photoreceptor gene expression and to identify novel cone-specific genes. We found a total of 18 new cone-enriched genes, some of which map near uncloned retinal disease loci. Several of these genes have a dorsal-ventral (D-V) pattern of expression similar to that of short- or medium-wavelength opsins. We carried out microarray analysis of dorsal and ventral microdissected WT retina and found additional photoreceptor genes with an asymmetric distribution. Overall, we found that photoreceptor genes fall on an expression spectrum from rod-specific to cone-specific, with many showing varying degrees of rod and cone coexpression. These expression patterns can be reliably predicted from microarray data alone. Our results demonstrate definitive molecular differences between rods and cones that may underlie the physiological differences between these two classes of photoreceptors.

A typology of photoreceptor gene expression patterns in the mouse.

Des mutations dans photor&#xE9;cepteur enrichies g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; impliqu&#xE9;s dans des dizaines de maladies de la r&#xE9;tine de l&#x26;#39;homme, mais aucune analyse syst&#xE9;matique des modes de b&#xE2;tonnets et des c&#xF4;nes d&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;alis&#xE9;e. En outre, bien que les comptes c&#xF4;ne de perte des photor&#xE9;cepteurs pour une grande partie de la morbidit&#xE9; de la maladie de la r&#xE9;tine, relativement peu de c&#xF4;ne g&#xE8;nes sp&#xE9;cifiques sont connus. Dans cette &#xE9;tude, nous avons effectu&#xE9; des micror&#xE9;seaux et dans les analyses d&#x26;#39;hybridation in situ de la souris Neural r&#xE9;tine leucine zipper g&#xE8;ne (LNR) mutant, ce qui montre une conversion en masse des tiges en c&#xF4;nes, d&#x26;#39;&#xE9;tablir une typologie de l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique des photor&#xE9;cepteurs et d&#x26;#39;identifier c&#xF4;ne roman g&#xE8;nes sp&#xE9;cifiques. Nous avons trouv&#xE9; un total de 18 nouveaux g&#xE8;nes enrichis de c&#xF4;ne, dont certains &#xE0; proximit&#xE9; de la carte non clon&#xE9;es loci maladie de la r&#xE9;tine. Plusieurs de ces g&#xE8;nes ont une dorso-ventral (DV) profil d&#x26;#39;expression similaire &#xE0; celle de opsines &#xE0; court ou moyen-longueur d&#x26;#39;onde. Nous avons effectu&#xE9; l&#x26;#39;analyse des micror&#xE9;seaux de la r&#xE9;tine WT dorsale et ventrale microdiss&#xE9;qu&#xE9;es et d&#xE9;couvert des g&#xE8;nes photor&#xE9;cepteurs suppl&#xE9;mentaires avec une distribution asym&#xE9;trique. Dans l&#x26;#39;ensemble, nous avons constat&#xE9; que les g&#xE8;nes photor&#xE9;cepteurs tomber sur un spectre d&#x26;#39;expression de tige sp&#xE9;cifique &#xE0; c&#xF4;ne sp&#xE9;cifique, avec de nombreux montrant des degr&#xE9;s divers de la tige et la coexpression c&#xF4;ne. Ces profils d&#x26;#39;expression peut &#xEA;tre pr&#xE9;dit de fa&#xE7;on fiable &#xE0; partir des donn&#xE9;es microarray seuls. Nos r&#xE9;sultats d&#xE9;montrent d&#xE9;finitives diff&#xE9;rences mol&#xE9;culaires entre b&#xE2;tonnets et les c&#xF4;nes qui peuvent sous-tendent les diff&#xE9;rences physiologiques entre ces deux cat&#xE9;gories de photor&#xE9;cepteurs.

Une typologie des mod&#xE8;les de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes photor&#xE9;cepteurs chez la souris

Mutationen in Genen Photorezeptor-bereichert haben in Dutzenden von menschlichen Netzhauterkrankungen verwickelt worden, aber keine systematischer Analyse der Rute und Kegel Genausdruck Muster wurde durchgef&uuml;hrt. Obwohl Kegel Photorezeptor Verlust f&uuml;r einen Gro&szlig;teil der Morbidit&auml;t der Netzhautkrankheit ausmacht, sind dar&uuml;ber hinaus relativ wenige Kegel-spezifische Gene bekannt. In dieser Studie durchgef&uuml;hrt wir Microarray und in situ Hybridisierung Analysen von der Maus neuronale Netzhaut Leucin Rei&szlig;verschluss-gen (Nrl) Mutante, die eine de Masse Umwandlung der St&auml;be in Zapfen zeigt, eine Typologie der Photorezeptor-Genexpression und neuartige Kegel-spezifische Gene zu identifizieren. Wir fanden insgesamt 18 neue Kegel angereicherten Gene, einige der welche Karte nahe uncloned Netzhautkrankheit Loci. Einige dieser Gene haben ein dorsal-Ventral (D-V) Muster des Ausdrucks des Opsins kurze oder mittlere Wellenl&auml;nge vergleichbar. Wir Microarray Analyse der dorsalen und ventralen Microdissected WT Netzhaut durchgef&uuml;hrt und fand weitere Photorezeptoren Gene mit einer asymmetrischen Verteilung. Insgesamt fanden wir, dass Photorezeptoren Gene auf einem Ausdruck-Spektrum von Kegel-spezifisch, mit vielen unterschiedlichen Ergebnis-Stab-spezifische Grad von Rod und Kegel Coexpression fallen. Diese Muster k&ouml;nnen von Microarray Daten allein zuverl&auml;ssig vorhergesagt werden. Unsere Ergebnisse zeigen endg&uuml;ltige Molekulare Unterschiede zwischen St&auml;bchen und Zapfen, die die physiologischen Unterschiede zwischen diesen beiden Klassen von Lichtrezeptoren zugrunde liegen k&ouml;nnten.

Eine Typologie der Photorezeptoren Genausdruck Muster in der Maus.

&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306B;&#x5BCC;&#x3093;&#x3060;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x591A;&#x6570;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x3001;&#x687F;&#x4F53;&#x3068;&#x9310;&#x4F53;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x304C;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x7F79;&#x60A3;&#x7387;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9310;&#x4F53;&#x8996;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306E;&#x30A2;&#x30AB;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x5C11;&#x6570;&#x306E;&#x9310;&#x4F53;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x985E;&#x578B;&#x8AD6;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x3001;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3068;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x306B;&#x68D2;&#x306E;&#x4E00;&#x6589;&#x8EE2;&#x63DB;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x795E;&#x7D4C;&#x7DB2;&#x819C;&#x30ED;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B8;&#x30C3;&#x30D1;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#xFF08;NRL&#xFF09;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x5B9F;&#x65BD;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;18&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x306B;&#x5BCC;&#x3080;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;uncloned&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;&#x3069;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306F;&#x3001;&#x77ED;&#x671F;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4E2D;&#x671F;&#x6CE2;&#x9577;&#x30AA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3;&#x306B;&#x4F3C;&#x305F;&#x5F0F;&#x306E;&#x80CC;&#x8179;&#xFF08;DV&#xFF09;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x80CC;&#x5074;&#x3068;&#x8179;&#x5074;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BB;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;WT&#x7DB2;&#x819C;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x3001;&#x975E;&#x5BFE;&#x79F0;&#x5206;&#x5E03;&#x3067;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x3068;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x5171;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5EA6;&#x5408;&#x3044;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x3067;&#x3001;&#x611F;&#x5149;&#x4F53;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x7279;&#x6709;&#x306E;&#x5186;&#x9310;&#x304B;&#x3089;&#x56FA;&#x6709;&#x306B;&#x767A;&#x73FE;&#x30B9;&#x30DA;&#x30AF;&#x30C8;&#x30EB;&#x4E0A;&#x306B;&#x843D;&#x3061;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x78BA;&#x5B9F;&#x306B;&#x5358;&#x72EC;&#x3067;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x304B;&#x3089;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x9593;&#x306E;&#x751F;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x304C;&#x6839;&#x5E95;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x3068;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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Las mutaciones en fotorreceptor enriquecidas en genes han sido implicados en decenas de humanos enfermedades de la retina, sin embargo, ning&#xFA;n an&#xE1;lisis sistem&#xE1;tico de los patrones de varilla y el cono de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica ha llevado a cabo. Adem&#xE1;s, aunque las cuentas de la p&#xE9;rdida de fotorreceptores conos de gran parte de la morbilidad de la enfermedad de la retina, relativamente pocos genes espec&#xED;ficos de cono se conocen. En este estudio, se llev&#xF3; a cabo en los an&#xE1;lisis de microarrays y de hibridaci&#xF3;n in situ de la retina neural del rat&#xF3;n gen cremallera de leucina (NRL) mutante, que muestra una conversi&#xF3;n en masa de las barras en los conos, para establecer una tipolog&#xED;a de la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica para identificar los fotorreceptores y cono de la novela de genes espec&#xED;ficos. Hemos encontrado un total de 18 nuevos cono-enriquecidos genes, algunos de los cuales cerca de mapa uncloned loci enfermedad de la retina. Varios de estos genes tienen un dorsal-ventral (DV) patr&#xF3;n de expresi&#xF3;n similar a la de opsinas a corto o medio de longitud de onda. Se realiz&#xF3; un an&#xE1;lisis de microarrays de la retina WT dorsal y ventral microdissected y encontraron otros genes fotorreceptores con una distribuci&#xF3;n asim&#xE9;trica. En general, hemos encontrado que los genes fotorreceptores caer sobre un espectro de expresi&#xF3;n de la varilla-espec&#xED;fico para cono-espec&#xED;fico, con muchos mostrando diferentes grados de varilla y coexpresi&#xF3;n cono. Estos patrones de expresi&#xF3;n puede ser fiable a partir de datos de microarrays por s&#xED; solos. Nuestros resultados demuestran definitivas diferencias moleculares entre los conos y bastones que pueden subyacer a las diferencias fisiol&#xF3;gicas entre estas dos clases de fotorreceptores.

Una tipolog&#xED;a de los patrones de expresi&#xF3;n gen&#xE9;tica de fotorreceptores en el rat&#xF3;n

&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x7684;&#x611F;&#x5149;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D7;&#x5230;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x6BD4;&#x5728;&#x4EBA;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x4EFB;&#x4F55;&#x5176;&#x4ED6;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;&#x8D85;&#x8FC7; 120 &#x514B;&#x9686;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5931;&#x660E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x591A;&#x6570;&#x4EE5;&#x611F;&#x5149;&#x7EC6;&#x80DE;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8868;&#x793A;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7EFC;&#x5408;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x7528;&#x6765;&#x4E86;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x91C7;&#x53D6;&#x4E86;&#x7531;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001; Crx&#x3001; &#x6D77;&#x519B;&#x7814;&#x7A76;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6240;&#x548C; Nr2e3 &#x63A7;&#x5236;&#x7684;&#x7F51;&#x7EDC;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x548C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x82AF;&#x7247;&#x548C;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x4F5C;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7F51;&#x7EDC;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x8D85;&#x8FC7; 600 &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4F17;&#x591A;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x70B9;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4EE5;&#x524D;&#x65E0;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x6F84;&#x6E05;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x8FDE;&#x901A;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x8BA1;&#x7B97;&#x7684;&#x7B97;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x8C03;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E0E;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x7279;&#x5B9A;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x8981;&#x7D20; (CREs)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA1;&#x7B97;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x7ED3;&#x679C;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E86; 19 &#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x7279;&#x5B9A; CREs &#x9644;&#x8FD1;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x5141;&#x8BB8;&#x7B80;&#x5355;&#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x8BED;&#x6CD5;&#x89C4;&#x5219;&#x7684;&#x5B9A;&#x4E49;&#x8FD9;&#x4E9B; CREs &#x8003;&#x8BD5;&#x4E0E;&#x9AD8;&#x7EA7;&#x522B;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x6B64;&#x89C4;&#x5219;&#x7684;&#x4E00;&#x822C;&#x6027;&#x7684;&#x539F;&#x5219;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B83;&#x7684;&#x6269;&#x5C55;&#x7684;&#x5F62;&#x5F0F;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x9009;&#x62E9;&#x7B5B;&#x9009;&#x5668;&#x8FDB;&#x5316;&#x4ECE;&#x968F;&#x673A;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5728;&#x7845;&#x4E2D; CREs &#x611F;&#x5149;&#x3002;&#x5F53;&#x878D;&#x5408;&#x5230;&#x8367;&#x5149;&#x8BB0;&#x8005;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6F14;&#x53D8; CREs &#x5F00;&#x8F66;&#x5F3A;&#x3001; &#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x7279;&#x5B9A;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x793A;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C; CREs &#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7C7B;&#x578B;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x548C;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x5960;&#x5B9A;&#x4E86;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x903B;&#x8F91;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7F51;&#x7EDC;&#x3002;

The photoreceptor cells of the retina are subject to a greater number of genetic diseases than any other cell type in the human body. The majority of more than 120 cloned human blindness genes are highly expressed in photoreceptors. In order to establish an integrative framework in which to understand these diseases, we have undertaken an experimental and computational analysis of the network controlled by the mammalian photoreceptor transcription factors, Crx, Nrl, and Nr2e3. Using microarray and in situ hybridization datasets we have produced a model of this network which contains over 600 genes, including numerous retinal disease loci as well as previously uncharacterized photoreceptor transcription factors. To elucidate the connectivity of this network, we devised a computational algorithm to identify the photoreceptor-specific cis-regulatory elements (CREs) mediating the interactions between these transcription factors and their target genes. In vivo validation of our computational predictions resulted in the discovery of 19 novel photoreceptor-specific CREs near retinal disease genes. Examination of these CREs permitted the definition of a simple cis-regulatory grammar rule associated with high-level expression. To test the generality of this rule, we used an expanded form of it as a selection filter to evolve photoreceptor CREs from random DNA sequences in silico. When fused to fluorescent reporters, these evolved CREs drove strong, photoreceptor-specific expression in vivo. This study represents the first systematic identification and in vivo validation of CREs in a mammalian neuronal cell type and lays the groundwork for a systems biology of photoreceptor transcriptional regulation.

The cis-regulatory logic of the mammalian photoreceptor transcriptional network.

Les cellules photor&#xE9;ceptrices de la r&#xE9;tine sont soumis &#xE0; un plus grand nombre de maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques que tout autre type de cellule dans le corps humain. La majorit&#xE9; des plus de 120 g&#xE8;nes clon&#xE9;s c&#xE9;cit&#xE9; de l&#x26;#39;homme sont fortement exprim&#xE9;s dans les photor&#xE9;cepteurs. Afin d&#x26;#39;&#xE9;tablir un cadre int&#xE9;gr&#xE9; permettant de comprendre ces maladies, nous avons entrepris une analyse exp&#xE9;rimentale et computationnelle du r&#xE9;seau contr&#xF4;l&#xE9; par les facteurs de transcription de mammif&#xE8;res photor&#xE9;ceptrices, CRX, NRL, et Nr2e3. Utilisation de puces &#xE0; ADN et &#xE0; des ensembles de donn&#xE9;es d&#x26;#39;hybridation in situ, nous avons produit un mod&#xE8;le de ce r&#xE9;seau qui contient plus de 600 g&#xE8;nes, y compris de nombreux loci maladie de la r&#xE9;tine ainsi que des facteurs de transcription non d&#xE9;finies auparavant photor&#xE9;cepteurs. Pour &#xE9;lucider la connectivit&#xE9; de ce r&#xE9;seau, nous avons con&#xE7;u un algorithme de calcul pour identifier les photor&#xE9;cepteurs sp&#xE9;cifiques &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs (CRE) de m&#xE9;diation des interactions entre ces facteurs de transcription et de leurs g&#xE8;nes cibles. Dans la validation in vivo de nos pr&#xE9;visions de calcul a abouti &#xE0; la d&#xE9;couverte de 19 nouveaux photor&#xE9;cepteurs sp&#xE9;cifiques CRE pr&#xE8;s de g&#xE8;nes de maladies r&#xE9;tiniennes. L&#x26;#39;examen de ces CRE a permis la d&#xE9;finition d&#x26;#39;une r&#xE8;gle de grammaire cis-r&#xE9;gulation simple associ&#xE9; &#xE0; haut niveau d&#x26;#39;expression. Pour tester la g&#xE9;n&#xE9;ralit&#xE9; de cette r&#xE8;gle, nous avons utilis&#xE9; une forme &#xE9;largie de celui-ci comme un filtre de s&#xE9;lection &#xE0; &#xE9;voluer CRE photor&#xE9;ceptrices &#xE0; partir de s&#xE9;quences al&#xE9;atoires d&#x26;#39;ADN in silico. Lorsque fusionn&#xE9; &#xE0; des journalistes fluorescents, ces CRE &#xE9;volu&#xE9; conduit forte, photor&#xE9;cepteur expression sp&#xE9;cifique in vivo. Cette &#xE9;tude repr&#xE9;sente la premi&#xE8;re identification syst&#xE9;matique et la validation in vivo de la CRE dans un type de cellule neuronale chez les mammif&#xE8;res et jette les bases d&#x26;#39;une biologie des syst&#xE8;mes de r&#xE9;gulation de la transcription photor&#xE9;cepteur.

La logique de cis-r&#xE9;gulation du R&#xE9;seau photor&#xE9;cepteur mammif&#xE8;res transcriptionnelle

Die Sehzellen der Netzhaut unterliegen einer gr&ouml;&szlig;eren Anzahl von genetischen Krankheiten als alle anderen Zelltyp im menschlichen K&ouml;rper. Die Mehrheit der mehr als 120 geklonten menschlichen Blindheit Gene werden hoch in Photorezeptoren ausgedr&uuml;ckt. Um einen integrativen Rahmen, um diese Krankheiten zu verstehen zu schaffen, haben wir eine experimentelle und computergest&uuml;tzte Analyse des Netzwerks Auswahlteam der S&auml;ugetier-Photorezeptor Transkriptionsfaktoren, Crx, Nrl und Nr2e3 durchgef&uuml;hrt. Mit Microarray und in situ Hybridisierung Datasets haben wir ein Modell dieses Netzes produziert enth&auml;lt &uuml;ber 600 Gene, darunter zahlreiche Netzhautkrankheit Loci sowie zuvor uncharakterisiertes Photorezeptor Transkriptionsfaktoren. Um die Anbindung an dieses Netzwerk zu erhellen, entwickelten wir einen computational Algorithmus zur Identifizierung der Photorezeptor-spezifische Cis-regulatorischen Elements (CREs) vermitteln die Wechselwirkungen zwischen diesen Transkriptionsfaktoren und ihrer Zielgene. In-vivo Validierung unserer computational Vorhersagen f&uuml;hrte zur Entdeckung der 19 Roman Photorezeptor-spezifische CREs nahe Netzhautkrankheit Gene. Pr&uuml;fung der diese CREs erlaubt die Definition einer einfachen Cis-regulatorische Grammatik-Regel mit hochrangigen Ausdruck verkn&uuml;pft. Um die Allgemeing&uuml;ltigkeit dieser Regel zu testen, haben wir eine erweiterte Form es als einen Auswahlfilter Photorezeptor CREs aus zuf&auml;lligen DNA-Sequenzen in Silico zu entwickeln. Wenn fluoreszierende Reportern verschmolzen, entwickelt diese CREs fuhr stark, Photorezeptor-spezifischen Ausdruck in-vivo. Diese Studie stellt die erste systematische Identifizierung und in-vivo Validierung von CREs in einem S&auml;ugetier-neuronal Zelltyp und legt den Grundstein f&uuml;r eine Systembiologie von Photorezeptoren transkriptionelle Regulation.

Die Cis-regulatorische Logik des S&auml;ugetier-Photorezeptor transkriptionelle Netzwerks.

Le cellule fotorecettrici della retina sono soggette a un maggior numero di malattie genetiche rispetto a qualsiasi altro tipo di cellula del corpo umano. La maggior parte dei geni clonati cecit&agrave; umana pi&ugrave; di 120 &egrave; altamente espressi in fotorecettori. Al fine di stabilire un quadro integrativo in cui capire queste malattie, abbiamo intrapreso un&#39;analisi sperimentale e computazionale della rete controllata da fattori di trascrizione dei mammiferi fotorecettore, Crx, Nrl e Nr2e3. Tramite l&#39;ibridazione in situ DataSet e microarray che abbiamo prodotto un modello di questo network che contiene oltre 600 geni, tra cui numerosi loci malattia della retina cos&igrave; come i fattori di trascrizione fotorecettore precedentemente atipici. Per chiarire la connettivit&agrave; della rete, abbiamo ideato un algoritmo computazionale per identificare gli elementi cis-regolatori specifici del fotorecettore (CREs) mediando le interazioni tra questi fattori di trascrizione e loro geni bersaglio. Convalida in vivo delle nostre previsioni computazionali ha portato alla scoperta di 19 nuovi fotorecettori specifici CREs vicino geni malattia della retina. Esame di questi CREs consentito la definizione di una regola semplice grammatica cis-regolatori associati con espressione ad alto livello. Per testare la genericit&agrave; di questa regola, abbiamo utilizzato una forma espansa di esso come un filtro di selezione per evolvere fotorecettore CREs dal casuale delle sequenze di DNA in silico. Quando fusa al reporter fluorescente, questi evoluti CREs ha guidato fotorecettore-specifiche, forte espressione in vivo. Questo studio rappresenta la prima identificazione sistematica e convalida in vivo di Cherso in un tipo di mammifero cellule neuronali e pone le basi per una biologia dei sistemi di regolazione trascrizionale fotorecettore.

La logica di cis-regolatori della rete transcriptional fotorecettore dei mammiferi.

&#x7DB2;&#x819C;&#x306E;&#x8996;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x3001;&#x4EBA;&#x4F53;&#x5185;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x3088;&#x308A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 120&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5931;&#x660E;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x7684;&#x306A;&#x67A0;&#x7D44;&#x307F;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001;CRX&#x3001;NRL&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;Nr2e3&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x5FA1;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5B9F;&#x65BD;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;600&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x63A5;&#x7D9A;&#x6027;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF08;CRES&#xFF09;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x8003;&#x6848;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x691C;&#x8A3C;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;19&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;CRES&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;CRES&#x306E;&#x691C;&#x8A0E;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5F0F;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B7;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306A;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x6587;&#x6CD5;&#x898F;&#x5247;&#x200B;&#x200B;&#x306E;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EB;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x6027;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;in silico&#x3067;&#x306E;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x306A;DNA&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x611F;&#x5149;&#x4F53;CRES&#x3092;&#x767A;&#x5C55;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9078;&#x629E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30BF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x62E1;&#x5F35;&#x5F62;&#x5F0F;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x86CD;&#x5149;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306B;&#x878D;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3057;&#x305F;CRES&#x306F;&#x3001;in vivo&#x3067;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x3001;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x884C;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7684;&#x306A;&#x540C;&#x5B9A;&#x3068;CRES&#x306E;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x691C;&#x8A3C;&#x306E;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x8EE2;&#x5199;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30ED;&#x30B8;&#x30C3;&#x30AF;

&#xB9DD;&#xB9C9;&#xC758; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xC138;&#xD3EC; &#xC778;&#xCCB4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xC138;&#xD3EC; &#xC720;&#xD615; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218; &#xC720;&#xC804; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 120 &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB41C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC2E4;&#xBA85; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB300;&#xB2E4;&#xC218;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB300;&#xB1CC;&#xC5D0; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xD1B5;&#xD569; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC124;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;, Crx, &#xAD6D;&#xAC00; &#xC9C0;&#xC815; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC2E4;, &#xBC0F; nr2e3&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xC5B4; &#xB418;&#xB294; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xBC0F; &#xC804;&#xC0B0; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xCC29;&#xC218; &#xD588;&#xB2E4;. Microarray &#xBC0F; &#xC81C;&#xC790;&#xB9AC; &#xAD50; &#xC7A1; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC9C8;&#xD658; loci&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; 600 &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294;&#xC774; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC0DD;&#xC0B0;. &#xC774; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC744; &#xBA85;&#xB8CC; &#xD558; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xD2B9;&#xC815; cis &#xADDC;&#xC815; (CREs)&#xC774; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC04;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xACC4;&#xC0B0; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xACE0;&#xC548; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACC4;&#xC0B0; &#xC608;&#xCE21;&#xC758; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC; &#xACB0;&#xACFC; &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xADFC;&#xCC98; 19 &#xC18C;&#xC124; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xD2B9;&#xC815; &#xD06C;&#xB808;&#xC2A4;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; ci &#xADDC;&#xC815; &#xBB38;&#xBC95; &#xADDC;&#xCE59;&#xC758; &#xC815;&#xC758; &#xD5C8;&#xC6A9;&#xC774; &#xD06C;&#xB808;&#xC2A4;&#xC758; &#xAC80;&#xC0AC; &#xACE0;&#xAE09; &#xC2DD;&#xACFC; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C;. &#xC774; &#xADDC;&#xCE59;&#xC758; &#xC77C;&#xBC18; &#xC131;&#xC744; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD558; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xD06C;&#xB808;&#xC2A4; silico&#xC5D0;&#xC11C; &#xC784;&#xC758;&#xC758; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654;&#xB97C; &#xC120;&#xD0DD; &#xD544;&#xD130;&#xB85C; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xD655;&#xC7A5; &#xB41C; &#xD615;&#xD0DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9;. &#xD615;&#xAD11; &#xAE30;&#xC790; &#xB4E4;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC735;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD06C;&#xB808;&#xC2A4; &#xBAB0;&#xACE0; &#xAC15;&#xD55C;, &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xD2B9;&#xC815; &#xC2DD; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C4;&#xD654;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xCD5C;&#xCD08;&#xC758; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xC2E0;&#xBD84;&#xC99D;&#xACFC; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC138;&#xD3EC; &#xC720;&#xD615;&#xC5D0; &#xD06C;&#xB808;&#xC2A4;&#xC758; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; transcriptional &#xADDC;&#xC81C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB0B3;&#xB294;&#xB2E4;.

&#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; transcriptional &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xB17C;&#xB9AC;.

Las c&#xE9;lulas fotorreceptoras de la retina est&#xE1;n sujetos a un mayor n&#xFA;mero de enfermedades gen&#xE9;ticas que cualquier otro tipo de c&#xE9;lula en el cuerpo humano. La mayor&#xED;a de los m&#xE1;s de 120 genes clonados ceguera humanos son altamente expresado en fotorreceptores. Con el fin de establecer un marco integrador en el que para entender estas enfermedades, hemos llevado a cabo un an&#xE1;lisis experimental y computacional de la red controlada por los factores de transcripci&#xF3;n de mam&#xED;feros fotorreceptoras, CRX, NRL, y NR2E3. Uso de bases de datos de microarrays y de hibridaci&#xF3;n in situ se ha producido un modelo de esta red, que contiene m&#xE1;s de 600 genes, entre ellos numerosos loci enfermedad de la retina, as&#xED; como los factores de transcripci&#xF3;n no caracterizados previamente fotorreceptoras. Para dilucidar la conectividad de esta red, que ide&#xF3; un algoritmo computacional para identificar los espec&#xED;ficos de fotorreceptores-cis-elementos reguladores (CRES) que median las interacciones entre estos factores de transcripci&#xF3;n y sus genes diana. En la validaci&#xF3;n in vivo de nuestras predicciones computacionales como resultado el descubrimiento de 19 nuevos fotorreceptores espec&#xED;ficos-CRE cerca de genes de las enfermedades retinianas. El examen de estas CRE permite la definici&#xF3;n de una regla gramatical sencilla cis-regulador asociado con alto nivel de expresi&#xF3;n. Para poner a prueba la generalidad de esta norma, se utiliz&#xF3; una forma ampliada de la misma como un filtro de selecci&#xF3;n para evolucionar CRE fotorreceptoras de secuencias de ADN al azar in silico. Cuando fusionado a reporteros fluorescentes, estos CREs evolucionados condujo fuerte, fotorreceptor espec&#xED;ficos de expresi&#xF3;n in vivo. Este estudio representa la primera identificaci&#xF3;n sistem&#xE1;tica y en la validaci&#xF3;n in vivo de la CRE en un tipo de c&#xE9;lulas neuronales de mam&#xED;feros y sienta las bases para una biolog&#xED;a de sistemas de regulaci&#xF3;n transcripcional de los fotorreceptores.

La l&#xF3;gica de cis-regulador de la Red de fotorreceptores de la transcripci&#xF3;n de mam&#xED;feros

&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E73;&#x817A;&#x80BF;&#x7624;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x6B65;&#x9AA4;&#x662F;&#x4FB5;&#x88AD;&#x7684;&#x91C7;&#x96C6;&#x3002;&#x90A3;&#x91CC;&#x662F;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57F9;&#x517B;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x7814;&#x7A76;&#x4ECE;&#x6D78;&#x6DA6;&#x524D;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x521B;&#x8868;&#x578B;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5B83;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x51FA;&#x73B0;&quot;&#x81EA;&#x53D1;&#x5730;&quot;&#x4F53;&#x5185;&#x660E;&#x663E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x3002;&#x6765;&#x63CF;&#x7ED8;&#x8FD9;&#x4E00;&#x8FC7;&#x6E21;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x9057;&#x4F20;&#x5B66;&#x6539;&#x53D8;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5B64;&#x7ACB;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E73;&#x817A;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7EBF;&#x8868;&#x660E;&#x5728;&#x4E09;&#x7EF4;&#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x57FA;&#x5E95;&#x819C;&#x6587;&#x5316;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6781;&#x6027;&#x7684;&#x90E8;&#x5206;&#x635F;&#x5931;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4ECD;&#x7136;&#x662F;&#x65E0;&#x521B;&#x6027; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x975E;&#x6076;&#x6027;&#x7684;&#x540C;&#x884C;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x662F;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x503E;&#x5411;&#x4E8E;&#x83B7;&#x5F97;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x5E95;&#x819C;&#x4E2D;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x4FB5;&#x88AD;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7578;&#x53D8;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5728;&#x6B64;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x663E;&#x793A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x5BF9;&#x539F;&#x53D1;&#x6027;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x80BF;&#x7624;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;&#x5F02;&#x79CD;&#x79FB;&#x690D;&#x80BF;&#x7624;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7CFB;&#x5728;&#x88F8;&#x9F20;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x4E09;&#x79CD;&#x4E0D;&#x540C;&#x5FAE;&#x89C2;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x5316;&#x751F;&#x578B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x9CDE;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x764C;&#x548C;&#x57FA;&#x5E95;&#x7279;&#x5F81;&#x540C;&#x521B;&#x5C55;&#x793A;&#x54C1;&#x4F4D;&#x80BF;&#x7624;&#x7279;&#x5F81;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x67E5;&#x627E;&#x4ECE;&#x6D78;&#x6DA6;&#x524D;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x521B;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0A;&#x7684;&#x91CD;&#x5927;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D78;&#x6DA6;&#x524D;&#x548C;&#x521B;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x540D;&#x5355;&#x4E0A;&#x7684;&#x805A;&#x7C7B;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5C5E;&#x6027;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x79EF;&#x5206;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x3001; &#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001; &#x6FC0;&#x9176;&#x3001; &#x8FD0;&#x8F93;&#x5206;&#x5B50;&#x548C;&#x8D8B;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x6D3E;&#x4EE3;&#x8868;&#x51FA;&#x5E2D;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x57FA;&#x8D28;&#x91D1;&#x5C5E;&#x86CB;&#x767D;&#x9176; MMP9&#x3001; MMP13&#x3001; MMP15 &#x548C; MMP17 &#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x662F;&#x4E0A;&#x8C03;&#x521B;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5C0F;&#x5E72;&#x6270; RNA &#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x8D28;&#x91D1;&#x5C5E;&#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x9700;&#x521B;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x3002;&#x6B64;&#x6A21;&#x578B;&#x5939;&#x5C42;&#x7684;&#x539F;&#x53D1;&#x6027;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53EF;&#x4EE5;&#x83B7;&#x5F97;&#x5728;&#x5316;&#x751F;&#x7684;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x4E2D;&#x4FB5;&#x88AD;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x65B0;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x6D78;&#x6DA6;&#x524D;&#x521B;&#x8FC7;&#x6E21;&#x3002;

A crucial step in human breast cancer progression is the acquisition of invasiveness. There is a distinct lack of human cell culture models to study the transition from preinvasive to invasive phenotype as it may occur "spontaneously" in vivo. To delineate molecular alterations important for this transition, we isolated human breast epithelial cell lines that showed partial loss of tissue polarity in three-dimensional reconstituted basement membrane cultures. These cells remained noninvasive; however, unlike their nonmalignant counterparts, they exhibited a high propensity to acquire invasiveness through basement membrane in culture. The genomic aberrations and gene expression profiles of the cells in this model showed a high degree of similarity to primary breast tumor profiles. The xenograft tumors formed by the cell lines in three different microenvironments in nude mice displayed metaplastic phenotypes, including squamous and basal characteristics, with invasive cells exhibiting features of higher-grade tumors. To find functionally significant changes in transition from preinvasive to invasive phenotype, we performed attribute profile clustering analysis on the list of genes differentially expressed between preinvasive and invasive cells. We found integral membrane proteins, transcription factors, kinases, transport molecules, and chemokines to be highly represented. In addition, expression of matrix metalloproteinases MMP9, MMP13, MMP15, and MMP17 was up-regulated in the invasive cells. Using small interfering RNA-based approaches, we found these MMPs to be required for the invasive phenotype. This model provides a new tool for dissection of mechanisms by which preinvasive breast cells could acquire invasiveness in a metaplastic context.

A human breast cell model of preinvasive to invasive transition.

Une &eacute;tape cruciale dans la progression du cancer du sein est l&#39;acquisition de techniques invasives. Il y a un manque de mod&egrave;les de culture cellulaire humaine pour &eacute;tudier la transition entre preinvasive et ph&eacute;notype invasif, car il peut se produire &laquo; spontan&eacute;ment &raquo; in vivo. Pour d&eacute;limiter des alt&eacute;rations mol&eacute;culaires importantes pour cette transition, les auteurs ont isol&eacute; des lign&eacute;es de cellules &eacute;pith&eacute;liales mammaires humains qui ont montr&eacute; une perte partielle de la polarit&eacute; des tissus dans les cultures de la membrane plasmique basale reconstitu&eacute;e en trois dimensions. Ces cellules sont rest&eacute;s non invasifs ; Cependant, contrairement &agrave; leurs homologues non malins, ils ont montr&eacute; une forte propension &agrave; acqu&eacute;rir des techniques invasives &agrave; travers la membrane basale en culture. Les aberrations g&eacute;nomiques et les profils d&#39;expression g&eacute;nique des cellules de ce mod&egrave;le a montr&eacute; un degr&eacute; &eacute;lev&eacute; de similitude aux profils de tumeur mammaire primaire. Les tumeurs de x&eacute;nogreffe form&eacute;s par les lign&eacute;es de cellules en trois microenvironnements diff&eacute;rents chez la souris nude affichent des ph&eacute;notypes m&eacute;taplasique, y compris les caract&eacute;ristiques basales et squameuses, avec cellules envahissantes caract&eacute;ristiques des tumeurs plus riches. Pour trouver des changements significatifs sur le plan fonctionnel dans la transition entre preinvasive et ph&eacute;notype invasif, nous avons effectu&eacute; profil attribut clustering analyse sur la liste de g&egrave;nes diff&eacute;rentiellement exprim&eacute;s entre cellules preinvasive et envahissantes. Nous avons trouv&eacute; les prot&eacute;ines int&eacute;grales de membrane, facteurs de transcription, kinases, transport de mol&eacute;cules et les chimiokines &agrave; &ecirc;tre fortement repr&eacute;sent&eacute;s. En outre, expression de m&eacute;talloprot&eacute;inases matricielles MMP9, MMP13, MMP15 et MMP17 &eacute;tait r&eacute;gul&eacute;e dans les cellules envahissantes. &Agrave; l&#39;aide de petites approches de base d&#39;ARN interf&eacute;rents, nous avons trouv&eacute; ces peines minimales obligatoires n&eacute;cessaires pour le ph&eacute;notype invasif. Ce mod&egrave;le offre un nouvel outil pour la dissection des m&eacute;canismes par lequel des cellules mammaires preinvasive pourraient prendre envahissant dans un contexte m&eacute;taplasique.

Un mod&egrave;le de cellules mammaires humains de preinvasive de transition envahissante.

Ein entscheidender Schritt in der menschlichen Brust Fortschreiten ist der Erwerb der Invasivit&auml;t. Gibt es ein deutlichen Mangel an menschlichen Zelle Kultur Modelle, den &Uuml;bergang vom preinvasive zum invasiven Ph&auml;notyp zu studieren, da es &quot;spontan&quot; in-vivo auftreten kann. Um f&uuml;r diesen &Uuml;bergang wichtigen molekulare Ver&auml;nderungen abzugrenzen, isoliert wir menschliche Brust epithelialen Zelllinien, die teilweisen Verlust der Gewebe Polarit&auml;t in dreidimensionale rekonstituierten Basalmembran Kulturen zeigte. Diese Zellen, die nicht-invasive blieb; im Gegensatz zu ihren nonmalignant stellte sie jedoch eine ausgepr&auml;gte Neigung zum Invasivit&auml;t durch Basalmembran in Kultur zu erwerben. Die genomische Aberrationen und Gen-Ausdruck-Profile der Zellen in diesem Modell zeigte einen hohen Grad an &Auml;hnlichkeit mit prim&auml;ren Brustkrebs-Tumor-Profile. Die Xenograft--Tumoren gebildet, indem die Zelllinien in drei unterschiedliche Mikroumgebungen nackten M&auml;usen angezeigt metaplastischen Ph&auml;notypen, einschlie&szlig;lich Plattenepithelkarzinom und basale Merkmale, mit invasiven Zellen ausstellenden Features von h&ouml;herwertigen Tumoren. Um funktionell bedeutende &Auml;nderungen im &Uuml;bergang vom preinvasive zum invasiven Ph&auml;notyp zu finden, f&uuml;hrten wir Attribut Profil clustering-Analyse auf der Liste der Gene, die zwischen preinvasive und invasive Zellen differenziell ausgedr&uuml;ckt. Wir fanden integrale Membranproteine, Transkriptionsfaktoren, Kinasen, Transport-Molek&uuml;le und Chemokine stark vertreten sein. Dar&uuml;ber hinaus war Ausdruck der Matrix Metalloproteinasen MMP9, MMP13, MMP15 und MMP17 oben-geregelt in den invasiven Zellen. Mit kleinen interferierender RNA-basierte Ans&auml;tze, fanden wir diese MMPs f&uuml;r die invasive Ph&auml;notyp erforderlich sein. Dieses Modell bietet ein neues Tool f&uuml;r die Pr&auml;paration der Mechanismen, mit denen preinvasive Brustkrebs-Zellen Invasivit&auml;t in einem metaplastischen Kontext erwerben konnte.

Eine menschliche Brust Zelle Modell preinvasive invasive &Uuml;bergang.

Un passo cruciale nella progressione del cancro al seno umano &egrave; l&#39;acquisizione di invasivit&agrave;. C&#39;&egrave; una netta mancanza di modelli cultura cellule umane per studiare la transizione da preinvasive fenotipo invasivo come pu&ograve; avvenire &quot;spontaneamente&quot; in vivo. Per delineare le alterazioni molecolari importanti per questa transizione, abbiamo isolato linee delle cellule epiteliali del seno umano che ha mostrato parziale perdita di polarit&agrave; di tessuto nelle culture tridimensionale ricostituito membrana basale. Queste cellule sono rimasto non invasive; Tuttavia, a differenza delle loro controparti nonmalignant, hanno esibito un&#39;alta propensione ad acquisire invasivit&agrave; attraverso la membrana basale nella cultura. Le aberrazioni genomiche e profili di espressione genica delle cellule in questo modello ha dimostrato un alto grado di somiglianza con profili di tumore primario al seno. I tumori xenoinnesto formati dalle linee cellulari in tre diversi microambienti nei topi nudi visualizzato metaplastiche fenotipi, incluse le caratteristiche basali e squamose, con cellule invasive esibendo caratteristiche dei tumori di grado pi&ugrave; elevati. Per trovare funzionalmente significativi cambiamenti nella transizione dal preinvasive fenotipo invasivo, abbiamo eseguito il profilo attributo clustering di analisi sulla lista dei geni differenzialmente espressi tra cellule preinvasive e invasive. Abbiamo trovato le proteine integrali di membrana, fattori di trascrizione, chinasi, molecole di trasporto e chemochine per essere altamente rappresentato. Inoltre, espressione delle metalloproteinasi di matrice MMP9, MMP13, MMP15 e MMP17 era up-regolato nelle cellule invasive. Utilizzando piccoli approcci basati su RNA interferenti, abbiamo trovato questi MMP essere richiesto per il fenotipo invasivo. Questo modello fornisce un nuovo strumento per dissezione dei meccanismi con cui cellule mammarie preinvasive potrebbero acquisire invasivit&agrave; in un contesto metaplastiche.

Un modello di cellula del seno umano di preinvasive transizione invasivo.

&#x3072;&#x3068;&#x4E73;&#x764C;&#x9032;&#x884C;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x4FB5;&#x8972;&#x6027;&#x306E;&#x8CB7;&#x53CE;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x300C;&#x81EA;&#x767A;&#x7684;&#x306B;&#x300D;in vivo &#x3067;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3068;&#x4FB5;&#x8972;&#x6027;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306B; preinvasive &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x3092;&#x52C9;&#x5F37;&#x3059;&#x308B;&#x3072;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x57F9;&#x990A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x660E;&#x78BA;&#x306A;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x518D;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x57FA;&#x5E95;&#x819C;&#x306E;&#x6587;&#x5316;&#x3067;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x6975;&#x6027;&#x306E;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3072;&#x3068;&#x4E73;&#x764C;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x3092;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x4FB5;&#x8972;&#x7684;&#x6B8B;&#x3063;&#x305F;;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x975E;&#x60AA;&#x6027;&#x306E;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x4FB5;&#x8972;&#x6027;&#x57F9;&#x990A;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x57FA;&#x5E95;&#x819C;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x50BE;&#x5411;&#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7570;&#x5E38;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3053;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x5185;&#x306E;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306A;&#x4E00;&#x6B21;&#x4E73;&#x764C;&#x306E;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3078;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30BB;&#x30EB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x30CC;&#x30FC;&#x30C9;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; 3 &#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5FAE;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F62;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7570;&#x7A2E;&#x79FB;&#x690D;&#x816B;&#x760D;&#x306F;&#x30B0;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x4FB5;&#x8972;&#x7684;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x6241;&#x5E73;&#x4E0A;&#x76AE;&#x764C;&#x3068;&#x57FA;&#x5E95;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5316;&#x751F;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4FB5;&#x8972;&#x7684;&#x306A;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306B; preinvasive &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x691C;&#x7D22;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8; preinvasive &#x3068;&#x6D78;&#x6F64;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x767A;&#x73FE;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF; 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Mmp &#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306F; preinvasive &#x4E73;&#x764C;&#x7D30;&#x80DE;&#x4FB5;&#x8972;&#x5316;&#x751F;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x53D6;&#x5F97;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306E;&#x90ED;&#x6E05;&#x3092;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720; &#xBC29; &#xC554; &#xC9C4;&#xD589;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB294; &#xCE68;&#xC785;&#xC758; &#xC778;&#xC218;. &#xC778;&#xAC04; &#xC138;&#xD3EC; &#xBB38;&#xD654; &#xBAA8;&#xB378; &quot;&#xC790;&#xBC1C;&#xC801; &#xC73C;&#xB85C;&quot; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; preinvasive&#xC5D0;&#xC11C; &#xCE68; &#xC2B5; &#xD615;&#xC73C;&#xB85C; &#xC804;&#xD658; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xBD80;&#xC871;&#xC774; &#xC774;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC790; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC774;&#xC774; &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC724;&#xACFD;&#xC744; &#xADF8;&#xB9AC; &#xB2E4;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131;&#xB41C; &#xC9C0;&#xD558;&#xC2E4; &#xB9C9; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC870;&#xC9C1; &#xADF9;&#xC131;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC190;&#xC2E4;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xC778;&#xAC04; &#xC720; &#xBC29; &#xC0C1;&#xD53C; &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778; &#xACE0;&#xB9BD;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC720;&#xC9C0; &#xBE44; &#xCE68; &#xD22C; &#xC801;&#xC778;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC544; &#xB4E4;&#xACFC; &#xB2EC;&#xB9AC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC804;&#xC2DC; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; &#xC9C0;&#xD558;&#xC2E4; &#xB9C9; &#xD1B5;&#xD574; &#xCE68;&#xC785;&#xC744; &#xC5BB;&#xC73C;&#xB824;&#xACE0; &#xB192;&#xC740; &#xC131;&#xD5A5;. &#xAC8C;&#xB188; &#xCC29;&#xC624;&#xAC00;&#xC774; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC140;&#xC758; &#xC9C4; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC720; &#xBC29; &#xC885;&#xC591; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xB204;&#xB4DC; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; microenvironments&#xC5D0; &#xC140; &#xB77C;&#xC778;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD615;&#xC131; &#xB41C; &#xB1CC;&#xC885;&#xC591; &#xC885;&#xC591; metaplastic &#xACE0;&#xAE30;, &#xB192;&#xC740; &#xC885;&#xC591;&#xC758; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC744; &#xC804;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xCE68;&#xB7B5; &#xC801; &#xC140;&#xC73C;&#xB85C; &#xD3B8;&#xD3C9; &#xD558; &#xACE0; &#xAE30;&#xC800; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. Preinvasive&#xC5D0;&#xC11C; &#xCE68; &#xC2B5; &#xD615;&#xC73C;&#xB85C;&#xC758; &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xCC28;&#xB3D9; preinvasive &#xD558; &#xACE0; &#xCE68;&#xB7B5; &#xC801; &#xC140; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xD45C;&#xD604; &#xBAA9;&#xB85D;&#xC5D0; &#xBD84;&#xC11D; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xC218;&#xD589;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC815;&#xC218; &#xB9C9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;, kinases, &#xC804;&#xC1A1; &#xBD84;&#xC790; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; chemokines &#xB192;&#xAC8C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0BC; &#xC218; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB610;&#xD55C;, &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4; metalloproteinases MMP9, MMP13, MMP15, &#xBC0F; mmp17&#xC758; &#xD45C;&#xD604;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4; &#xC704;&#xB85C; &#xCE68;&#xC785; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;. &#xC791;&#xC740; &#xAC04;&#xC12D; RNA &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mmps&#xB97C; &#xCE68;&#xB7B5; &#xC801; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC694;&#xAD6C;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBAA8;&#xB378;&#xC740; preinvasive &#xC720; &#xBC29; &#xC138;&#xD3EC;&#xB294; metaplastic &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCE68;&#xC785;&#xC744; &#xD68D;&#xB4DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xD574; &#xBD80;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCE68;&#xB7B5; &#xC801; &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; preinvasive&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xC720; &#xBC29; &#xC138;&#xD3EC; &#xBAA8;&#xB378;.

Un paso crucial en la progresi&oacute;n del c&aacute;ncer de mama humano es la adquisici&oacute;n de invasividad. Hay una clara falta de modelos de cultivo de c&eacute;lulas humanas para estudiar la transici&oacute;n del Preinvasivo al fenotipo invasivo como puede ocurrir &quot;espont&aacute;neamente&quot; en vivo. Delinear alteraciones moleculares importantes para esta transici&oacute;n, se aislaron l&iacute;neas de c&eacute;lulas epiteliales de mama humana que mostraron p&eacute;rdida parcial de la polaridad del tejido en las culturas reconstituido tridimensional de la membrana basal. Estas c&eacute;lulas se mantuvo no invasivas; sin embargo, a diferencia de sus contrapartes no malignas, exhibieron una alta propensi&oacute;n a adquirir la invasi&oacute;n a trav&eacute;s de la membrana del s&oacute;tano en la cultura. La gen&oacute;micas aberraciones y perfiles de expresi&oacute;n g&eacute;nica de las c&eacute;lulas en este modelo demostraron un alto grado de similitud con perfiles de tumor primario de mama. Los tumores xenoinjerto formados por las l&iacute;neas de celulares en tres diferentes microambientes en ratones desnudos muestran fenotipos metapl&aacute;sicos, incluyendo caracter&iacute;sticas basales y escamosas, con c&eacute;lulas invasoras que exhib&iacute;an caracter&iacute;sticas del alto-grado tumores. Para encontrar funcionalmente importantes cambios en la transici&oacute;n de Preinvasivo al fenotipo invasivo, realizamos perfil atributo an&aacute;lisis de agrupamiento en la lista de genes expresados diferencialmente entre c&eacute;lulas preinvasoras e invasores. Encontramos prote&iacute;nas de membrana integral, factores de transcripci&oacute;n, quinasas, transportar mol&eacute;culas y quimiocinas altamente representarse. Adem&aacute;s, expresi&oacute;n de metaloproteinasas de la matriz MMP9, MMP13, MMP15 y MMP17 era regulado hasta en las c&eacute;lulas invasoras. Usando enfoques basados en RNA interferentes peque&ntilde;os, encontramos estas MMPs que se requerir&aacute;n para el fenotipo invasivo. Este modelo proporciona una nueva herramienta para la disecci&oacute;n de los mecanismos por el cual las c&eacute;lulas mamarias preinvasor podr&iacute;an adquirir invasividad en un contexto metapl&aacute;sico.

Un modelo de celular de mama humano de Preinvasivo transici&oacute;n invasivos.

3D &#xC138;&#xD3EC; &#xBC30;&#xC591; ex vivo &#xBE44; &#xC545;&#xC131; &#xBC0F; &#xC545;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xD589;&#xB3D9;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xCE21;&#xBA74;&#xC758; &#xC21C;&#xC218; &#xAD00;&#xB828; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC120;&#xD0DD; &#xB418; &#xACE0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC788;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7FC;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xC218;&#xC758; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xC140; &#xD615;&#xC2DD; &#xB0A0;&#xC9DC;&#xB85C;&#xC774; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xC54A;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720; &#xBC29; &#xC554; &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC778; &#xD328;&#xB110;&#xC758; 3D &#xC140; &#xBB38;&#xD654; &#xACE0;&#xAE30; transcriptional &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBE44;&#xAD50;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xAC01; &#xC140; &#xB77C;&#xC778; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xD615;&#xD0DC;&#xB97C; &#xCC44;&#xD0DD; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBB38;&#xBC95;&#xACFC; &#xBC18;&#xC601;, &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; &#xBD80;&#xBD84;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xAE30;&#xBCF8; &#xC9C4; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xACFC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xD328;&#xD134; &#xC140; &#xB77C;&#xC778;&#xACFC; &#xBCC4;&#xAC1C; &#xBB38;&#xBC95;&#xACFC; &#xD588;&#xB2E4; &#xB610;&#xD55C; &#xC140; &#xB77C;&#xC778; &#xC804;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xC885;&#xC591; &#xC138;&#xD3EC; &#xCE68;&#xC785;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828;. &#xCD94;&#xAC00; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC77C;&#xAD00; &#xB41C; &#xCC28;&#xC774; &#xB4F1;&#xC7A5;&#xB3C4; &#xC885;&#xC591; &#xC138;&#xD3EC; 3D microenvironments&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD50;&#xC591; &#xB54C; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC720; &#xBC29; &#xC554; &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xBB38;&#xBC95;&#xACFC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xC5F0;&#xAD00;.

Cultures cellulaires 3D deviennent rapidement la m&eacute;thode de choix pour la mod&eacute;lisation physiologiquement pertinente de nombreux aspects du comportement des cellules b&eacute;nignes et malignes ex vivo. N&eacute;anmoins, seul un nombre limit&eacute; de types cellulaires distincts ont &eacute;t&eacute; &eacute;valu&eacute; dans ce test &agrave; ce jour. Nous pr&eacute;sentons la premi&egrave;re comparaison &agrave; grande &eacute;chelle des profils transcriptionnelles et ph&eacute;notypes de la culture cellulaire 3D d&#39;un panel important de lign&eacute;es cellulaires de cancer du sein humain. Chaque lign&eacute;e cellulaire adopte une morphologie de la colonie de l&#39;une des quatre classes principales dans la culture 3D. Ces morphologies refl&egrave;tent, au moins en partie, les g&egrave;ne expression le profil et la prot&eacute;ine expression mod&egrave;les sous-jacents des lign&eacute;es cellulaires et morphologies distinctes &eacute;taient aussi associ&eacute;es &agrave; caract&egrave;re invasif de la tumeur cellulaire et avec des lign&eacute;es de cellules provenant de m&eacute;tastases. Par ailleurs, nous d&eacute;montrent que de diff&eacute;rences dans les g&egrave;nes codant des prot&eacute;ines de transduction de signal &eacute;mergent quand m&ecirc;me les cellules tumorales sont cultiv&eacute;es dans des micro-environnements 3D.

Les morphologies des lign&eacute;es de cellules canc&eacute;reuses du sein dans les essais en trois dimensions sont en corr&eacute;lation avec leurs profils d&#39;expression g&eacute;nique.

3D Zellkulturen werden zunehmend die Methode der Wahl f&uuml;r die physiologisch relevanten Modellierung vieler Aspekte der nicht-b&ouml;sartige und b&ouml;sartige Zelle Verhalten ex Vivo. Dennoch haben nur eine begrenzte Anzahl von unterschiedlichen Zelltypen hervorrufen bisher evaluiert. Hier berichten wir der erste gro&szlig; angelegte Vergleich der transcriptional Profile und 3D Zelle Kultur Ph&auml;notypen eines erheblichen Panels der menschlichen Brust-Krebs-Zelllinien. Jede Zelllinie nimmt eine Kolonie Morphologie eines der vier Hauptklassen im 3D Kultur. Diese Morphologien widerspiegeln, wurden zumindest teilweise, die zugrunde liegenden Genausdruck Profil und Protein Ausdrucksmuster der Zelllinien und unterschiedliche Morphologien auch Tumor Zelle Invasivit&auml;t und Zelllinien aus Metastasen zugeordnet. Weiter zeigen wir, dass die eindeutigen Unterschiede in Genen Signaltransduktion Proteine entstehen, wenn auch Tumorzellen in 3D Mikroumgebungen kultiviert werden.

Die Morphologien von Brust-Krebszelllinien in dreidimensionale Tests korrelieren mit ihren Profilen der Genexpression.

Colture cellulari 3D stanno rapidamente diventando il metodo di scelta per la modellazione fisiologicamente rilevante di molti aspetti del comportamento delle cellule maligne e non maligne ex vivo. Tuttavia, solo un numero limitato di tipi cellulari distinti &egrave; stato valutato in questo dosaggio fino ad oggi. Qui riportiamo il primo confronto su larga scala dei profili trascrizionali e fenotipi cultura cellulare 3D di un pannello di notevole di linee di cellule di cancro al seno umano. Ogni linea cellulare adotta una morfologia della colonia di una delle quattro classi principali nella cultura 3D. Queste morfologie riflettono, almeno in parte, i sottostanti gene espressione della proteina e profilo modelli di espressione di linee cellulari e morfologie distinte erano anche associata ad invasivit&agrave; delle cellule tumorali e con linee cellulari provenienti da metastasi. Noi dimostrare ulteriormente che differenze consistenti in geni che codificano per proteine di trasduzione del segnale emergono quando anche le cellule tumorali sono coltivate in microambienti 3D.

Le morfologie delle linee di cellule di cancro al seno nelle analisi tridimensionali correlano con i loro profili di espressione genica.

3 D &#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x57F9;&#x990A;&#x306F;&#x3001;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x751F;&#x7406;&#x95A2;&#x9023;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; ex vivo &#x975E;&#x60AA;&#x6027;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x60AA;&#x6027;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6319;&#x52D5;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5074;&#x9762;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x65B9;&#x5F0F;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x7A2E;&#x985E;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x307F;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x65E5;&#x4ED8;&#x306B;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3067;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x3072;&#x3068;&#x4E73;&#x623F;&#x764C;&#x306E;&#x30BB;&#x30EB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x30D1;&#x30CD;&#x30EB;&#x306E; 3 D &#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x6587;&#x5316;&#x8868;&#x73FE;&#x7CFB;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5404;&#x30BB;&#x30EB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x57F9;&#x990A;&#x3067;&#x306E; 4 &#x3064;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x5F62;&#x614B;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x57FA;&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x5F0F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3068;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x3068;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5F62;&#x614B;&#x3082;&#x816B;&#x760D;&#x7D30;&#x80DE;&#x4FB5;&#x8972;&#x6027;&#x3068;&#x8EE2;&#x79FB;&#x304B;&#x3089;&#x7531;&#x6765;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3068;&#x304D;&#x3067;&#x3082;&#x816B;&#x760D;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E; 3&#x6B21;&#x5143;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x57F9;&#x990A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x9055;&#x3044;&#x3092; emerge &#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x80F8;&#x764C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

3D &#x7EC6;&#x80DE;&#x57F9;&#x517B;&#x6B63;&#x5728;&#x8FC5;&#x901F;&#x5730;&#x6210;&#x4E3A;&#x975E;&#x6076;&#x6027;&#x53CA;&#x6076;&#x6027;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x7684;&#x884C;&#x4E3A;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x65B9;&#x9762;&#x7684;&#x751F;&#x7406;&#x6709;&#x5173;&#x5EFA;&#x6A21;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x53EA;&#x6709;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x6570;&#x91CF;&#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x5DF2;&#x8FDB;&#x884C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5927;&#x578B;&#x6BD4;&#x8F83;&#x548C; 3D &#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6587;&#x5316;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x5927;&#x91CF;&#x9762;&#x677F;&#x3002;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x884C;&#x91C7;&#x7528;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x5F62;&#x6001;&#x7684; 3D &#x6587;&#x5316;&#x4E2D;&#x7684;&#x56DB;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x7C7B;&#x4E4B;&#x4E00;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5F62;&#x6001;&#x53CD;&#x6620;&#xFF0C;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x57FA;&#x672C;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x548C;&#x4E0D;&#x540C;&#x5F62;&#x6001;&#x4E5F;&#x4E0E;&#x80BF;&#x7624;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4FB5;&#x88AD;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x548C;&#x8054;&#x7CFB;&#x6E90;&#x81EA;&#x8F6C;&#x79FB;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8BC1;&#x660E;&#x4E00;&#x81F4;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x5DEE;&#x5F02;&#x51FA;&#x73B0;&#x65F6;&#x751A;&#x81F3;&#x80BF;&#x7624;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5728;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B; 3D &#x7684;&#x5FAE;&#x89C2;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;

&#x5728;&#x4E09;&#x7EF4;&#x68C0;&#x6D4B;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x5173;&#x8054;&#x3002;

3D cell cultures are rapidly becoming the method of choice for the physiologically relevant modeling of many aspects of non-malignant and malignant cell behavior ex vivo. Nevertheless, only a limited number of distinct cell types have been evaluated in this assay to date. Here we report the first large scale comparison of the transcriptional profiles and 3D cell culture phenotypes of a substantial panel of human breast cancer cell lines. Each cell line adopts a colony morphology of one of four main classes in 3D culture. These morphologies reflect, at least in part, the underlying gene expression profile and protein expression patterns of the cell lines, and distinct morphologies were also associated with tumor cell invasiveness and with cell lines originating from metastases. We further demonstrate that consistent differences in genes encoding signal transduction proteins emerge when even tumor cells are cultured in 3D microenvironments.

The morphologies of breast cancer cell lines in three-dimensional assays correlate with their profiles of gene expression.

Cultivos celulares 3D se est&aacute; convirtiendo r&aacute;pidamente en el m&eacute;todo de elecci&oacute;n para la modelaci&oacute;n fisiol&oacute;gicamente relevante de muchos aspectos del comportamiento de c&eacute;lulas malignas y no malignas ex vivo. Sin embargo, s&oacute;lo un n&uacute;mero limitado de tipos celulares distintos ha sido evaluado en este ensayo hasta la fecha. Aqu&iacute; divulgamos la primera comparaci&oacute;n de gran escala de los perfiles transcripcionales y fenotipos de cultura celular 3D de un importante panel de l&iacute;neas de c&eacute;lulas de c&aacute;ncer de mama humano. Cada l&iacute;nea celular adopta una morfolog&iacute;a de las colonias de una de cuatro clases principales de cultura 3D. Estas morfolog&iacute;as reflejan, al menos en parte, las subyacentes gene expresi&oacute;n perfil y prote&iacute;na patrones de expresi&oacute;n de las l&iacute;neas celulares y distintas morfolog&iacute;as tambi&eacute;n se asociaron con la invasi&oacute;n de c&eacute;lulas del tumor y con l&iacute;neas celulares procedentes de las met&aacute;stasis. Adem&aacute;s, demostramos que diferencia consistente en los genes que codifican prote&iacute;nas de transducci&oacute;n de se&ntilde;al surgen cuando a&uacute;n las c&eacute;lulas del tumor se cultivan en microambientes 3D.

Las morfolog&iacute;as de l&iacute;neas de c&eacute;lulas de c&aacute;ncer de mama en an&aacute;lisis tridimensionales se correlacionan con sus perfiles de expresi&oacute;n g&eacute;nica.

&#x5927;&#x7EA6; 98%&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269; DNA &#x7F16;&#x7801;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6211;&#x4EEC;&#x7406;&#x89E3;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E0D;&#x592A;&#x4E86;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x795E;&#x79D8;&#x7684;&#x90E8;&#x5206;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x63A7;&#x5236;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x7D20;&#x9A7B;&#x7559;&#x5728;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x533A;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E14;&#x53EF;&#x4EE5;&#x901A;&#x8FC7;&#x6620;&#x5C04;&#x7684;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x786E;&#x5B9A;&#x3002;&#x540C;&#x6E90;&#x76D2;&#x57FA;&#x56E0;&#x9525;&#x6746; (CRX) &#x662F;&#x5173;&#x952E;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x5728;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x5206;&#x5316;&#x548C;&#x751F;&#x5B58;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5176;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x672A;&#x77E5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x4E8E;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0;&#x4E0E;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x5E76;&#x884C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5; (&#x82AF;&#x7247; seq) &#x5BF9; CRX &#x6807;&#x8BC6;&#x5728;&#x6210;&#x5E74;&#x5C0F;&#x9F20;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x63A7;&#x5404;&#x5730;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x3002;CRX &#x76F4;&#x63A5;&#x89C4;&#x5B9A;&#x4E86;&#x4E0B;&#x6E38;&#x611F;&#x5149;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x8F68;&#x8FF9;&#x5468;&#x56F4;&#x7684;&#x7A7A;&#x95F4;&#x5206;&#x5E03;&#x89C4;&#x7BA1;&#x5143;&#x7D20;&#x53CA;&#x5176;&#x9776;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;CRX &#x7ED1;&#x5B9A;&#x533A;&#x57DF;&#x4EE5;&#x534F;&#x540C;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6765;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5E76;&#x5305;&#x542B;&#x591A;&#x4E2A; CRX &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x95F4;&#x8DDD;&#x548C;&#x65B9;&#x5411;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6765;&#x5FAE;&#x8C03;&#x8A8A;&#x672C;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x884C;&#x4E3A;&#x3002;Nrl(-/-) &#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#xFF0C;&#x6240;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x9525;&#x4F53;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x6D53;&#x7F29;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#x4E0A;&#x4E5F;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86; CRX &#x82AF;&#x7247; seq&#x3002;&#x4E0E;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x82AF;&#x7247; seq &#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x6BD4;&#x8F83;&#x786E;&#x5B9A;&#x4F17;&#x591A;&#x6746;&#x548C;&#x9525;&#x7279;&#x5B9A; CRX &#x7ED1;&#x5B9A;&#x533A;&#x57DF;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5F88;&#x591A;&#x5171;&#x4EAB;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;CRX combinatorially &#x7F16;&#x6392;&#x68D2;&#x548C;&#x9525;&#x72B6;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7F51;&#x7EDC;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x534F;&#x8C03;&#x5305;&#x62EC;&#x6700;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x67E5;&#x660E;&#x4E86;&#x6570;&#x4EE5;&#x5343;&#x8BA1;&#x7684;&#x5B5F;&#x5FB7;&#x5C14;&#x548C;&#x590D;&#x6742;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x533A;&#x3002;

CRX &#x82AF;&#x7247; seq &#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x9F20;&#x6807;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

Approximately 98% of mammalian DNA is noncoding, yet we understand relatively little about the function of this enigmatic portion of the genome. The cis-regulatory elements that control gene expression reside in noncoding regions and can be identified by mapping the binding sites of tissue-specific transcription factors. Cone-rod homeobox (CRX) is a key transcription factor in photoreceptor differentiation and survival, but its in vivo targets are largely unknown. Here, we used chromatin immunoprecipitation with massively parallel sequencing (ChIP-seq) on CRX to identify thousands of cis-regulatory regions around photoreceptor genes in adult mouse retina. CRX directly regulates downstream photoreceptor transcription factors and their target genes via a network of spatially distributed regulatory elements around each locus. CRX-bound regions act in a synergistic fashion to activate transcription and contain multiple CRX binding sites which interact in a spacing- and orientation-dependent manner to fine-tune transcript levels. CRX ChIP-seq was also performed on Nrl(-/-) retinas, which represent an enriched source of cone photoreceptors. Comparison with the wild-type ChIP-seq data set identified numerous rod- and cone-specific CRX-bound regions as well as many shared elements. Thus, CRX combinatorially orchestrates the transcriptional networks of both rods and cones by coordinating the expression of photoreceptor genes including most retinal disease genes. In addition, this study pinpoints thousands of noncoding regions of relevance to both Mendelian and complex retinal disease.

CRX ChIP-seq reveals the cis-regulatory architecture of mouse photoreceptors.

Environ 98% de l&#x26;#39;ADN des mammif&#xE8;res est non codante, mais nous comprenons relativement peu de choses sur la fonction de cette partie &#xE9;nigmatique du g&#xE9;nome. Les &#xE9;l&#xE9;ments cis-r&#xE9;gulateurs que l&#x26;#39;expression du g&#xE8;ne de commande r&#xE9;sident dans les r&#xE9;gions non codantes et peuvent &#xEA;tre identifi&#xE9;es par la cartographie des sites de liaison de facteurs de transcription sp&#xE9;cifiques de tissus. C&#xF4;ne-tige hom&#xE9;obo&#xEE;te (CRX) est un facteur de transcription cl&#xE9; dans la diff&#xE9;renciation et la survie des photor&#xE9;cepteurs, mais son in vivo dans les objectifs sont largement inconnues. Ici, nous avons utilis&#xE9; immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine avec le s&#xE9;quen&#xE7;age massivement parall&#xE8;le (ChIP-seq) sur CRX &#xE0; identifier des milliers de cis-r&#xE9;gulatrices r&#xE9;gions autour des g&#xE8;nes photor&#xE9;cepteurs de la r&#xE9;tine de souris adulte. CRX r&#xE9;gule directement en aval des facteurs de transcription photor&#xE9;ceptrices et de leurs g&#xE8;nes cibles par l&#x26;#39;interm&#xE9;diaire d&#x26;#39;un r&#xE9;seau de distribution dans l&#x26;#39;espace des &#xE9;l&#xE9;ments de r&#xE9;gulation autour de chaque locus. CRX assortis r&#xE9;gions agissent de fa&#xE7;on synergique pour activer la transcription et de contenir plusieurs sites de liaison CRX qui interagissent dans un espace et d&#xE9;pendant de l&#x26;#39;orientation de mani&#xE8;re &#xE0; niveaux de transcription peaufiner. CRX ChIP-seq a &#xE9;galement &#xE9;t&#xE9; effectu&#xE9;e sur NRL (- / -) r&#xE9;tines, qui repr&#xE9;sentent une source enrichie de photor&#xE9;cepteurs &#xE0; c&#xF4;nes. Comparaison avec les sauvages de type ChIP-seq ensemble de donn&#xE9;es a identifi&#xE9; la canne et de nombreux c&#xF4;nes sp&#xE9;cifiques li&#xE9;s CRX-r&#xE9;gions ainsi que de nombreux &#xE9;l&#xE9;ments communs. Ainsi, CRX orchestre combinatoire des r&#xE9;seaux transcriptionnels de deux c&#xF4;nes et les b&#xE2;tonnets en coordonnant l&#x26;#39;expression de g&#xE8;nes photor&#xE9;cepteurs dont les g&#xE8;nes des maladies les plus r&#xE9;tiniennes. En outre, cette &#xE9;tude localise des milliers de r&#xE9;gions non codantes de la pertinence &#xE0; la fois la maladie mend&#xE9;lienne et complexe de la r&#xE9;tine.

CRX ChIP-seq r&#xE9;v&#xE8;le l&#x26;#39;architecture cis-r&#xE9;gulatrices des photor&#xE9;cepteurs de la souris

Aproximadamente el 98% del ADN de los mam&#xED;feros es no codificante, sin embargo, entendemos muy poco acerca de la funci&#xF3;n de esta parte enigm&#xE1;tica del genoma. Los elementos cis-reguladores que controlan la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica residen en regiones no codificantes y pueden ser identificados por la cartograf&#xED;a de los sitios de uni&#xF3;n de factores de transcripci&#xF3;n espec&#xED;ficos de tejido. De conos y bastones homeobox (CRX) es un factor de transcripci&#xF3;n clave en la diferenciaci&#xF3;n y la supervivencia de los fotorreceptores, pero est&#xE1; en los objetivos vivo son en gran parte desconocido. En este caso, hemos utilizado inmunoprecipitaci&#xF3;n de la cromatina con la secuenciaci&#xF3;n masiva en paralelo (chip-ss) en el CRX para identificar miles de cis-regulador regiones en torno a los genes fotorreceptores en la retina de ratones adultos. CRX regula directamente aguas abajo de factores de transcripci&#xF3;n fotorreceptoras y su objetivo genes a trav&#xE9;s de una red de distribuci&#xF3;n espacial de los elementos de regulaci&#xF3;n en torno a cada lugar. CRX con destino las regiones actuar de manera sin&#xE9;rgica para activar la transcripci&#xF3;n y contienen m&#xFA;ltiples sitios de uni&#xF3;n CRX que interact&#xFA;an en un espacio-y depende de la orientaci&#xF3;n de manera que los niveles de transcripci&#xF3;n afinar. CRX chip-ss se llev&#xF3; a cabo tambi&#xE9;n en Nrl (- / -) retinas, las cuales representan una fuente enriquecida de los conos. La comparaci&#xF3;n con los de tipo salvaje y siguientes chip-conjunto de datos identificaron numerosos ca&#xF1;a y conos espec&#xED;ficos de las regiones CRX-encuadernados, as&#xED; como muchos elementos en com&#xFA;n. As&#xED;, CRX combinatoriamente organiza las redes transcripcionales de ambas barras y conos mediante la coordinaci&#xF3;n de la expresi&#xF3;n de genes fotorreceptores incluyendo genes de enfermedades m&#xE1;s retina. Adem&#xE1;s, este estudio se&#xF1;ala a miles de regiones no codificantes de inter&#xE9;s para ambas enfermedades de la retina mendeliana y complejo.

CRX chip-ss revela la arquitectura de cis-regulador de los fotorreceptores de rat&#xF3;n

Etwa 98 % der S&auml;ugetier-DNA wird nichtkodierende, doch wir wissen relativ wenig &uuml;ber die Funktion von dem r&auml;tselhaften Teil des Genoms. Die Cis-regulatorischen Elementen, die Genexpression steuern in nichtkodierende Regionen befinden und durch Zuordnen der Bindungsstellen der Gewebe-spezifischen Transkriptionsfaktoren identifiziert werden k&ouml;nnen. Zapfen-St&auml;bchen-Homeobox (CRX) ist ein wichtiger Transkriptionsfaktor in Photorezeptoren Differenzierung und &uuml;berleben, aber seine in-vivo-Ziele sind weitgehend unbekannt. Hier haben wir Chromatin Immunopr&auml;zipitation mit massiv parallelen Sequencing (ChIP-Seq) am CRX um Tausende von Cis-regulatorischen Regionen um Photorezeptor Gene in adulten Maus Netzhaut zu identifizieren. CRX regelt direkt nachgeschaltete Photorezeptor Transkriptionsfaktoren und ihrer Zielgene &uuml;ber ein Netzwerk von r&auml;umlich verteilten regulatorischen Elementen um jeden Ort. CRX gebundene Regionen handeln in synergistischer Weise aktivieren Transkription und enthalten mehrere CRX-Bindungsstellen, die in gewissem Abstand und Orientierung-abh&auml;ngigen Feinabstimmung Abschrift Ebenen interagieren. CRX ChIP-Seq erfolgte auch auf Nrl(-/-) Netzhaut, die eine angereicherte Quelle der Kegel Photorezeptoren darstellen. Vergleich mit dem Wildtyp-ChIP-Seq-Datensatz identifiziert zahlreiche Stab und Kegel-spezifische CRX gebundene Regionen sowie viele gemeinsame Elemente. So orchestriert CRX combinatorially die transkriptionelle Netze der St&auml;bchen und Zapfen durch Koordination die Expression von Genen der Photorezeptoren einschlie&szlig;lich die Netzhaut Krankheit Gene. Diese Studie weist dar&uuml;ber hinaus Tausende von nichtkodierende Regionen von Bedeutung sowohl komplex als auch Mendelian Netzhautkrankheit.

CRX ChIP-Seq offenbart die Cis-regulatorische Architektur der Maus Photorezeptoren.

Circa il 98% del DNA dei mammiferi &egrave; non codificante, eppure sappiamo relativamente poco circa la funzione di questa enigmatica porzione del genoma. Gli elementi cis-regolatori che controllano l&#39;espressione genica risiedono in regioni non codificante e possono essere identificati eseguendo il mapping tra i siti di legame dei fattori di trascrizione tessuto-specifica. Coni-bastoncelli homeobox (CRX) &egrave; un fattore di trascrizione chiave nella differenziazione dei fotorecettori e sopravvivenza, ma gli obiettivi prefissati in vivo sono in gran parte sconosciuti. Qui, abbiamo usato immunoprecipitazione della cromatina con sequenziamento parallelismo massivo (ChIP-seq) su CRX per identificare migliaia di regioni cis-regolatori intorno a geni di fotorecettori nella retina di topo adulto. CRX regola direttamente i fattori di trascrizione fotorecettore a valle e loro geni bersaglio tramite una rete di elementi regolatori spazialmente distribuiti intorno a ciascun locus. CRX-associati a regioni agiscono in maniera sinergica per attivare la trascrizione e contengono pi&ugrave; siti di legame CRX che interagiscono in maniera dipendente dalla spaziatura e orientamento per ottimizzare i livelli di trascrizione. CRX ChIP-seq &egrave; stata eseguita anche su retine Nrl(-/-), che rappresentano una fonte arricchita di fotorecettori cono. Confronto con il set di dati del ChIP-seq selvaggio-tipo identificato numerose regioni asta e cono-specifici associati a CRX come pure molti elementi condivisi. Cos&igrave;, CRX combinatoriamente orchestra le reti di transcriptional di sia bastoncelli e coni coordinando l&#39;espressione dei geni fotorecettore compreso pi&ugrave; geni di malattia della retina. Inoltre, questo studio individua migliaia di regioni non codificante di pertinenza a mendeliana e complessa malattia della retina.

CRX ChIP-seq rivela l&#39;architettura cis-regolatori dei fotorecettori del mouse.

&#x54FA;&#x4E73;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;DNA&#x306E;&#x7D04;98&#xFF05;&#x306F;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x8B0E;&#x3081;&#x3044;&#x305F;&#x90E8;&#x5206;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x7406;&#x89E3;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5236;&#x5FA1;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3001;&#x7D44;&#x7E54;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3002;&#x5186;&#x9310;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x30DB;&#x30E1;&#x30AA;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#xFF08;CRX&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x611F;&#x5149;&#x4F53;&#x306E;&#x5206;&#x5316;&#xB7;&#x751F;&#x5B58;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x4E0D;&#x660E;&#x306A;&#x70B9;&#x304C;&#x591A;&#x3044;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6210;&#x4F53;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x7DB2;&#x819C;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5468;&#x56F2;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x6570;&#x5343;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;CRX&#x306B;&#x8D85;&#x4E26;&#x5217;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIP-SEQ&#xFF09;&#x3068;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; CRX&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;&#x5404;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306E;&#x5468;&#x308A;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x5206;&#x6563;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x7D4C;&#x7531;&#x3057;&#x3066;&#x4E0B;&#x6D41;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002; CRX-&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x9818;&#x57DF;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3057;&#x3001;&#x5FAE;&#x8ABF;&#x6574;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x9593;&#x9694;&#x3068;&#x65B9;&#x5411;&#x4F9D;&#x5B58;&#x7684;&#x306B;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x8907;&#x6570;&#x306E;CRX&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x76F8;&#x4E57;&#x7684;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x884C;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x3002; &#xFF08; -  /  - &#xFF09;&#x9310;&#x4F53;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x7DB2;&#x819C;&#x3001;CRX&#x306E;ChIP-seq&#x306E;&#x306F;&#x3001;NRL&#x3067;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x306E;ChIP-seq&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x3068;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x7279;&#x6709;&#x306E;CRX-&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5730;&#x57DF;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5171;&#x6709;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;CRX&#x306F;&#x7D44;&#x5408;&#x305B;&#x7684;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x6574;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x3068;&#x30B3;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x8ABF;&#x6574;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30D4;&#x30F3;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x8907;&#x5408;&#x578B;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x3068;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x6027;&#x306E;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x3002;

CRX&#x306E;ChIP-seq&#x306F;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xD3EC;&#xC720;&#xB958; DNA&#xC758; &#xC57D; 98 %noncoding, &#xC544;&#xC9C1; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC218;&#xC218;&#xAED8;&#xB07C;&#xC758;&#xC774; &#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xC870;&#xAE08; &#xC774;&#xD574; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C; noncoding &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xC870;&#xC9C1;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551;&#xD558;&#xC5EC; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCF58; &#xB85C;&#xB4DC; homeobox (CRX) &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654;&#xC640; &#xC0DD;&#xC874;, &#xD575;&#xC2EC; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xC774;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xB300;&#xC0C1; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC218;&#xCC9C; &#xBA85;&#xC758; &#xC131;&#xC778; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xB9DD;&#xB9C9;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC8FC;&#xBCC0; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC601;&#xC5ED;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBCD1;&#xB82C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xCE69;-seq) CRX chromatin immunoprecipitation &#xC0AC;&#xC6A9;. CRX&#xB294; &#xC9C1;&#xC811; &#xB2E4;&#xC6B4;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;&#xACFC; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xBD84;&#xC0B0;&#xB41C; &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C; &#xAC01; &#xB85C;&#xCEE4; &#xC2A4;&#xC758; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC870;&#xC808;. CRX &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xC601;&#xC5ED; &#xC2DC;&#xB108;&#xC9C0; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC804;&#xC0AC;&#xB97C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xC131;&#xC801; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xC138;&#xBC00; &#xD558; &#xAC8C; &#xC870;&#xC815; &#xAC04;&#xACA9; &#xBC0F; &#xBC29;&#xD5A5; &#xC758;&#xC874; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; CRX &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xD589;&#xB3D9;. CRX &#xCE69;-seq&#xB294; &#xCF58; &#xB300;&#xB1CC;&#xC758; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; Nrl(-/-) &#xB9DD;&#xB9C9;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC218;&#xD589; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xCE69; seq &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; &#xB9C9;&#xB300; &#xBC0F; &#xC6D0;&#xBFD4; &#xD2B9;&#xC815; CRX &#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xC601;&#xC5ED;&#xC73C;&#xB85C; &#xB9CE;&#xC740; &#xACF5;&#xC720; &#xC694;&#xC18C; &#xC2DD;&#xBCC4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, CRX combinatorially &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC;&#xC758; &#xC2DD;&#xC744; &#xC870;&#xC815; &#xD558; &#xC5EC; &#xB9C9;&#xB300; &#xBC0F; &#xC6D0;&#xBFD4;&#xC758; transcriptional &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xCD1D;&#xAD04;. &#xB610;&#xD55C;,&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C; pinpoints noncoding &#xC9C0;&#xC5ED; &#xBA58;&#xB378;&#xC758; &#xBC0F; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC9C8;&#xD658; &#xAD00;&#xB828;&#xC131;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C;.

CRX &#xCE69; seq &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xB300;&#xB1CC;&#xC758; cis &#xADDC;&#xC815; &#xC544;&#xD0A4;&#xD14D;&#xCC98;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

&#x5341;&#x4E94;&#x53D8;&#x5F02;&#x4F53; 10q26 &#x4E2D;&#x5F3A;&#x8FDE;&#x9501;&#x4E0D;&#x5E73;&#x8861;&#x548C;&#x5173;&#x8054;&#x4E0E;&#x5E74;&#x9F84;&#x76F8;&#x5173;&#x9EC4;&#x6591;&#x53D8;&#x6027; &#xFF08;AMD&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x539F;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5728;&#x53D1;&#x8FBE;&#x56FD;&#x5BB6;&#x4E2D;&#x5931;&#x660E;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x4F53;&#x6807;&#x7B7E;&#x5305;&#x62EC; ARMS2 &#x57FA;&#x56E0;&#x5355;&#x98CE;&#x9669;&#x5355;&#x500D;&#x578B; (&#x4E0E;&#x5E74;&#x9F84;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x9EC4;&#x6591;&#x75C5;&#x53D8;&#x654F; 2) &#x548C; HTRA1 &#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206; (HtrA &#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;&#x80BD;&#x9176; 1)&#x3002;&#x5728; 10q26 &#x4E2D;&#x5B9A;&#x4E49;&#x771F;&#x6B63;&#x7684; AMD &#x6613;&#x611F;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7814;&#x7A76;&#x4FA7;&#x91CD;&#x4E8E; ARMS2 &#x548C;/&#x6216; HTRA1&#xFF0C;&#x8868;&#x8FBE;&#x5BF9;&#x98CE;&#x9669;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;&#x4F46;&#x7ED3;&#x679C;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E0D;&#x4E00;&#x81F4;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; ARMS2 &#x53D8;&#x79CD;&#x5F02;&#x6E90;&#x8868;&#x8FBE;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x73B0;&#x5728;&#x663E;&#x793A; ARMS2 mRNA &#x663E;&#x8457;&#x964D;&#x4F4E;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x98CE;&#x9669;&#x5355;&#x500D;&#x578B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6C34;&#x5E73;&#x76F8;&#x6BD4;&#x975E;&#x98CE;&#x9669; mRNA &#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x3002;&#x5206;&#x6790;&#x53D8;&#x91CF; ARMS2 &#x6784;&#x9020;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6548;&#x679C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4E13;&#x95E8;&#x5206;&#x914D;&#x7ED9;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x63D2;&#x5165;/&#x7F3A;&#x5931;&#x591A;&#x6001;&#x6027; (c.(*)372_815del443ins54) ARMS2 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8BB0;&#x8005;&#x57FA;&#x56E0;&#x68C0;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x5242;&#x76D2;&#x4E0E; HTRA1 &#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x5E8F;&#x5217;&#x8868;&#x660E;&#x5B58;&#x5728; M&uuml;ller &#x80F6;&#x8D28;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7279;&#x5B9A;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x533A;&#x57DF;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x4E0A;&#x6E38;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8D77;&#x59CB;&#x70B9;&#x3002;&#x4E0D;&#x8FC7;&#xFF0C;AMD &#x98CE;&#x9669;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x4E2D;&#x4E86; HTRA1 &#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x6D3B;&#x6027;&#x5F88;&#x5C11;&#x6216;&#x6CA1;&#x6709;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x5206;&#x6790;&#x4E00;&#x5927;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x9A8C;&#x5C38;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;/&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x4E0A;&#x76AE;&#x6837;&#x54C1;&#x6742;&#x5408;&#x6027;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x5355;&#x500D;&#x578B;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x4F53;&#x5916; / ex &#x4F53;&#x5185;&#x7ED3;&#x679C;&#x5E76;&#x8868;&#x660E;&#x98CE;&#x9669;&#x5355;&#x500D;&#x578B;&#x5F71;&#x54CD; ARMS2 &#x4F46;&#x4E0D;&#x662F; HTRA1 &#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5E38;&#x89C1;&#x975E;&#x98CE;&#x9669;&#x5173;&#x8054;&#x975E;&#x540C;&#x4E49;&#x53D8;&#x79CD; (rs2736911) &#x4E5F;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4; ARMS2 &#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0B;&#x964D;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E; ARMS2 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x865A;&#x81F4;&#x75C5;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0D;&#x5927;&#x53EF;&#x80FD;&#x8003;&#x8651; AMD &#x75C5;&#x7406;&#x5B66;&#x3002;

10Q26 AMD &#x8F68;&#x8FF9;&#x5728;&#x98CE;&#x9669;-&#x548C;&#x975E;&#x98CE;&#x9669;-&#x76F8;&#x5173;&#x53D8;&#x79CD; ARMS2 mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6392;&#x9664;&#x7531;&#x4E8E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x75C7;&#x7684;&#x81F4;&#x75C5;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

Fifteen variants in 10q26 are in strong linkage disequilibrium and are associated with an increased risk for age-related macular degeneration (AMD), a frequent cause of blindness in developed countries. These variants tag a single-risk haplotype encompassing the genes ARMS2 (age-related maculopathy susceptibility 2) and part of HTRA1 (HtrA serine peptidase 1). To define the true AMD susceptibility gene in 10q26, several studies have focused on the influence of risk alleles on the expression of ARMS2 and/or HTRA1, but the results have been inconsistent. By heterologous expression of genomic ARMS2 variants, we now show that ARMS2 mRNA levels transcribed from the risk haplotype are significantly reduced compared with non-risk mRNA isoforms. Analyzing variant ARMS2 constructs, this effect could specifically be assigned to the known insertion/deletion polymorphism (c.(*)372_815del443ins54) in the 3'-untranslated region of ARMS2. Reporter gene assays with HTRA1 promoter sequences demonstrated the presence of a MÃ¼ller glia-specific cis-regulatory region further upstream of the transcription start site. However, AMD risk alleles had little or no effect on HTRA1 promoter activity in the retina. Analysis of a large series of human post-mortem retina/retinal pigment epithelial samples heterozygous for the risk haplotype confirmed the in vitro/ex vivo results and demonstrated that the risk haplotype affects ARMS2 but not HTRA1 mRNA expression. Furthermore, we provide in vivo evidence that a common non-risk-associated non-synonymous variant (rs2736911) also leads to decreased ARMS2 transcript levels. Consequently, our data suggest that pathogenic effects due to ARMS2 protein deficiency are unlikely to account for AMD pathology.

Risk- and non-risk-associated variants at the 10q26 AMD locus influence ARMS2 mRNA expression but exclude pathogenic effects due to protein deficiency.

Quinze variantes dans 10q26 sont en fort d&#xE9;s&#xE9;quilibre de liaison et sont associ&#xE9;es &#xE0; un risque accru de d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence maculaire li&#xE9;e &#xE0; l&#x26;#39;&#xE2;ge (DMLA), une cause fr&#xE9;quente de c&#xE9;cit&#xE9; dans les pays d&#xE9;velopp&#xE9;s. Ces variantes marquer un haplotype unique des risques couvrant les g&#xE8;nes ARMS2 (li&#xE9;e &#xE0; l&#x26;#39;&#xE2;ge de sensibilit&#xE9; maculopathie 2) et une partie de HTRA1 (HtrA s&#xE9;rine peptidase 1). Pour d&#xE9;finir le g&#xE8;ne de susceptibilit&#xE9; vrai AMD en 10q26, plusieurs &#xE9;tudes ont mis l&#x26;#39;accent sur l&#x26;#39;influence des all&#xE8;les &#xE0; risque sur l&#x26;#39;expression de ARMS2 et / ou HTRA1, mais les r&#xE9;sultats ont &#xE9;t&#xE9; contradictoires. Par l&#x26;#39;expression h&#xE9;t&#xE9;rologue de g&#xE9;nomique ARMS2 variantes, nous allons montrer que ARMS2 niveaux ARNm transcrit &#xE0; partir de l&#x26;#39;haplotype risques sont consid&#xE9;rablement r&#xE9;duits par rapport aux isoformes d&#x26;#39;ARNm non-risque. Analyser variante ARMS2 constructions, cet effet peut &#xEA;tre sp&#xE9;cifiquement attribu&#xE9;e &#xE0; l&#x26;#39;connue d&#x26;#39;insertion / suppression polymorphisme (m. (*) 372_815del443ins54) dans la r&#xE9;gion 3 &#x26;#39;non traduite du ARMS2. Essais de g&#xE8;nes rapporteurs avec HTRA1 s&#xE9;quences promotrices ont d&#xE9;montr&#xE9; la pr&#xE9;sence d&#x26;#39;un M&#xFC;ller glie sp&#xE9;cifique cis-r&#xE9;gion r&#xE9;gulatrice en amont du site d&#x26;#39;initiation de la transcription. Cependant, les all&#xE8;les &#xE0; risque AMD a eu un effet faible ou nul sur HTRA1 activit&#xE9; de promoteur dans la r&#xE9;tine. Analyse d&#x26;#39;une grande s&#xE9;rie de l&#x26;#39;homme post-mortem r&#xE9;tine / &#xE9;chantillons &#xE9;pith&#xE9;lium pigmentaire r&#xE9;tinien h&#xE9;t&#xE9;rozygotes pour l&#x26;#39;haplotype risque confirm&#xE9; les r&#xE9;sultats in vivo in vitro / ex et a d&#xE9;montr&#xE9; que l&#x26;#39;haplotype risque affecte ARMS2 mais pas HTRA1 expression de l&#x26;#39;ARNm. En outre, nous fournissons des preuves in vivo qu&#x26;#39;une commune non-risque associ&#xE9; non-synonyme de variante (rs2736911) conduit &#xE9;galement &#xE0; une diminution de ARMS2 niveaux de transcription. Par cons&#xE9;quent, nos donn&#xE9;es sugg&#xE8;rent que les effets pathog&#xE8;nes en raison d&#x26;#39;une carence prot&#xE9;ique ARMS2 sont peu susceptibles de repr&#xE9;senter pour les processeurs AMD pathologie.

Risque-et non de risque associ&#xE9;s &#xE0; la Variantes 10q26 AMD influencer l&#x26;#39;expression d&#x26;#39;ARNm Locus ARMS2 mais exclure les effets pathog&#xE8;nes due &#xE0; une carence prot&#xE9;ique

F&uuml;nfzehn Varianten in 10q26 sind in starke Bindung Ungleichgewicht und ein erh&ouml;htes Risiko f&uuml;r altersbedingte Makula-Degeneration (AMD), eine h&auml;ufige Ursache f&uuml;r Erblindung in den entwickelten L&auml;ndern. Diese Varianten kennzeichnen eine Einzel-Risiko Haplotype umfasst die Gene ARMS2 (altersbedingte Maculopathy Anf&auml;lligkeit 2) und Teil des HTRA1 (HtrA Serin Peptidase 1). Um das wahre AMD Anf&auml;lligkeit gen in 10q26 definieren, mehrere Studien konzentrierten sich auf den Einfluss der Risiko-Allele auf den Ausdruck der ARMS2 und/oder HTRA1, aber die Ergebnisse waren widerspr&uuml;chlich. Durch heterologe Expression genomische ARMS2 Varianten zeigen wir nun, dass ARMS2-mRNA, die aus dem Risiko Haplotype transkribiert erheblich reduziert werden mit nicht-Risiko-mRNA-Isoformen verglichen. Analysieren variant ARMS2 Konstrukte, kann dieser Effekt speziell die bekannten einf&uuml;gen/l&ouml;schen-Polymorphismus (c.(*)372_815del443ins54) in der Region nicht 3&#39;-&uuml;bersetzte ARMS2. zugeordnet werden Reporter-Gen-Proben mit HTRA1 Projekttr&auml;ger Sequenzen gezeigt das Vorhandensein einer M&uuml;ller Glia-spezifische Cis-regulatorischen Region weiter stromaufw&auml;rts der Transkription Start Site. Allerdings hatte AMD-Risiko-Allele wenig oder gar keine Wirkung auf HTRA1 Promotor-Aktivit&auml;t in der Netzhaut. Analyse einer gro&szlig;en Reihe von Post-Mortem-menschliche Netzhaut/Retina pigment Epithel Proben heterozygote f&uuml;r das Risiko Haplotype der in-vitro best&auml;tigt / ex Vivo Ergebnisse und zeigte, dass das Risiko Haplotype ARMS2 aber nicht HTRA1 mRNA Ausdruck betrifft. Zus&auml;tzlich bieten wir in-vivo Beweise, die eine gemeinsame Risiko-assoziierte nicht Synonyme Variante (rs2736911) auch zu verminderter ARMS2 Abschrift Ebenen f&uuml;hrt. Daher zufolge unsere Daten aufgrund ARMS2 Eiwei&szlig;mangel pathogene Wirkungen unwahrscheinlich, dass AMD Pathologie zu ber&uuml;cksichtigen sind.

Risiko - und Risiko-assoziierte Varianten bei der AMD-Locus 10q26 ARMS2 mRNA Ausdruck beeinflussen aber aufgrund Eiwei&szlig;mangel pathogene Wirkungen auszuschlie&szlig;en.

Quindici varianti in 10q26 sono in forte linkage disequilibrium e sono associati ad un aumentato rischio per relativo all&#39;et&agrave; degenerazione macular (AMD), una frequente causa di cecit&agrave; nei paesi sviluppati. Queste varianti tag un aplotipo single-rischio che comprende i geni ARMS2 (David et&agrave;-correlate predisposizione 2) e parte del HTRA1 (peptidasi di serina HtrA 1). Per definire il vero gene di suscettibilit&agrave; AMD in 10q26, diversi studi si sono concentrati sull&#39;influenza degli alleli di rischio sull&#39;espressione di ARMS2 e/o HTRA1, ma i risultati sono stati incoerenti. Espressione eterologa di genomic ARMS2 varianti, mostriamo ora che ARMS2 mRNA trascritti dall&#39;aplotipo rischio livelli sono significativamente ridotto rispetto ai isoforme di mRNA non a rischio. Analizzando la variante ARMS2 costrutti, questo effetto potrebbe essere assegnato specificamente per il polimorfismo noto inserimento/cancellazione (c.(*)372_815del443ins54) in 3&#39;-untranslated regione di ARMS2. Analisi gene reporter con sequenze promotore HTRA1 hanno dimostrato la presenza di una regione cis-regolatori specifici glia di M&uuml;ller ulteriormente a monte del sito di inizio della trascrizione. Tuttavia, gli alleli di rischio AMD ha avuto poco o nessun effetto sull&#39;attivit&agrave; del promotore HTRA1 nella retina. Analisi di una serie grande della retina umana post-mortem/retinico del pigmento epiteliale campioni eterozigoti per l&#39;aplotipo rischio confermata in vitro / ex vivo risultati e ha dimostrato che l&#39;aplotipo rischio colpisce ARMS2 ma non espressione del mRNA HTRA1. Inoltre, forniamo prove in vivo che una comune non associati a rischio non sinonima variante (rs2736911) porta anche a livelli di trascrizione ARMS2 diminuiti. Di conseguenza, i nostri dati suggeriscono che gli effetti patogeni dovuta a deficit di proteina ARMS2 improbabili tenere conto di patologia AMD.

Varianti di rischio - e non-rischio associati presso il locus AMD 10q26 influenzano l&#39;espressione del mRNA di ARMS2 ma escludono effetti patogeni a causa di carenza di proteine.

10q26&#x306E;15&#x306E;&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306F;&#x5F37;&#x3044;&#x9023;&#x9396;&#x4E0D;&#x5E73;&#x8861;&#x306B;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x52A0;&#x9F62;&#x9EC4;&#x6591;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#xFF08;AMD&#xFF09;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x3001;&#x5148;&#x9032;&#x56FD;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5931;&#x660E;&#x306E;&#x983B;&#x7E41;&#x306A;&#x539F;&#x56E0;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30B0;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;ARMS2&#xFF08;&#x52A0;&#x9F62;&#x9EC4;&#x6591;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;2&#xFF09;&#x3068;HTRA1&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#xFF08;HtrA&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C0;&#x30FC;&#x30BC;1&#xFF09;&#x3092;&#x5305;&#x542B;&#x3059;&#x308B;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3092;&#x3002; 10q26&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x771F;&#x306E;AMD&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;ARMS2&#x304A;&#x3088;&#x3073;/&#x307E;&#x305F;&#x306F;HTRA1&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x306B;&#x7126;&#x70B9;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;ARMS2&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306E;&#x7570;&#x7A2E;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x304B;&#x3089;&#x8EE2;&#x5199;ARMS2 mRNA&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x975E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;mRNA&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;ARMS2&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;ARMS2&#x306E;3&#x26;#39;-&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x633F;&#x5165;/&#x6B20;&#x5931;&#x591A;&#x578B;&#xFF08;C.&#xFF08;&#x200B;&#x200B;&#xFF09;372_815del443ins54&#xFF09;&#x306B;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002; HTRA1&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x958B;&#x59CB;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x4E0A;&#x6D41;&#x306B;&#x30DF;&#x30E5;&#x30E9;&#x30FC;&#x30B0;&#x30EA;&#x30A2;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;AMD&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x7DB2;&#x819C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;HTRA1&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x6D3B;&#x6027;&#x306B;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x3001;&#x3042;&#x308B;&#x3044;&#x306F;&#x307E;&#x3063;&#x305F;&#x304F;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x6B7B;&#x5F8C;&#x7DB2;&#x819C;/&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306E;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x63A5;&#x5408;&#x4F53;&#x7DB2;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x4E0A;&#x76AE;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x4E00;&#x9023;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;in vitro / ex vivo&#x3067;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3067;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3001;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x30CF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306F;ARMS2&#x306A;&#x304F;HTRA1 mRNA&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x200B;&#x200B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x975E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x975E;&#x540C;&#x7FA9;&#x5909;&#x7570;&#xFF08;rs2736911&#xFF09;&#x3082;ARMS2&#x8EE2;&#x5199;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x6E1B;&#x5C11;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;ARMS2&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x75C5;&#x539F;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;AMD&#x306E;&#x75C5;&#x7406;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x305D;&#x3046;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x3068;10q26 AMD&#x8ECC;&#x8DE1;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;ARMS2 mRNA&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x975E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x304C;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x9664;&#x5916;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

10Q26 15 &#xBCC0;&#xC885; &#xAC15;&#xD55C; &#xC5F0;&#xACC4; &#xBD88;&#xADE0;&#xD615;&#xC5D0; &#xC788;&#xACE0; &#xB098;&#xC774; &#xAD00;&#xB828; &#xD669; &#xBC18; &#xBCC0;&#xC131; (AMD), &#xC120;&#xC9C4;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E4;&#xBA85;&#xC758; &#xBE48;&#xBC88;&#xD55C; &#xC6D0;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC704;&#xD5D8; &#xC99D;&#xAC00;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBCC0;&#xC885; &#xC720;&#xC804;&#xC790; arms2&#xB97C; &#xD3EC;&#xAD04; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC704;&#xD5D8; haplotype &#xD0DC;&#xADF8; (maculopathy &#xB098;&#xC774; &#xAD00;&#xB828; &#xBBFC;&#xAC10;&#xC131; 2) &#xBC0F; htra1&#xC758; &#xC77C;&#xBD80; (HtrA &#xB5A0;&#xB4E4;&#xACE0; peptidase 1). &#xC0AC;&#xC2E4; AMD &#xBBFC;&#xAC10;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; 10q26&#xC758; &#xC815;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; ARMS2 &#xBC0F; HTRA1, &#xD45C;&#xD604;&#xC5D0; &#xC704;&#xD5D8; &#xB300;&#xB9BD;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;&#xC744; &#xB9DE;&#xCD98; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xACB0;&#xACFC;&#xAC00; &#xC77C;&#xCE58; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; ARMS2 &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; heterologous &#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9C0;&#xAE08; ARMS2 mRNA &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC704;&#xD5D8; haplotype &#xBCF5;&#xC0AC;&#xD560; &#xC218; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xBE44; &#xC704;&#xD5D8; mRNA isoforms&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xBCC0;&#xD615; ARMS2 &#xAD6C;&#xBB38; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558; &#xACE0;,&#xC774; &#xD6A8;&#xACFC; &#xD2B9;&#xD788; &#xAC8C; &#xD560;&#xB2F9; &#xB420; &#xC218; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC0BD;&#xC785;/&#xC0AD;&#xC81C; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; (c.(*)372_815del443ins54) arms2&#xC758; 3&#39;-untranslated &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C;. &#xCDE8;&#xC7AC; &#xC6D0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; HTRA1 &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640; &#xBB90;&#xB7EC; &#xBA85;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC601;&#xC5ED;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xC99D;&#xBA85; &#xCD94;&#xAC00; &#xB179;&#xC74C; &#xC2DC;&#xC791; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC5C5;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, AMD &#xC704;&#xD5D8; &#xB300;&#xB9BD; &#xB9DD;&#xB9C9;&#xC5D0; HTRA1 &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; &#xB610;&#xB294; &#xC804;&#xD600; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCCE4;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC0AC;&#xD6C4; &#xB9DD;&#xB9C9;/&#xB9DD;&#xB9C9;&#xC758; &#xD070; &#xC77C;&#xB828;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC704;&#xD5D8; haplotype &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD655;&#xC778; / ex vivo &#xACB0;&#xACFC; &#xC0C1;&#xD53C; &#xC0D8;&#xD50C; heterozygous &#xC548;&#xB8CC; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xC704;&#xD5D8; haplotype&#xC5D0; ARMS2 &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; HTRA1 mRNA &#xC2DD; &#xD558;&#xC9C0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC704;&#xD5D8; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBE44; &#xB3D9;&#xC758;&#xC5B4; &#xBCC0;&#xD615; (rs2736911)&#xB3C4; &#xAC10;&#xC18C; ARMS2 &#xB300; &#xBCF8; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAC8C; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; ARMS2 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xACB0;&#xD54D;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xD6A8;&#xACFC; AMD &#xBCD1; &#xB9AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACC4;&#xC815; &#xAC83;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

10Q26 AMD &#xB85C;&#xCEE4; &#xC2A4;&#xC5D0; &#xC704;&#xD5D8;-&#xBC0F;-&#xC704;&#xD5D8; &#xBE44;&#xC5F0;&#xAD00; &#xBCC0;&#xC885; ARMS2 mRNA &#xC2DD;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xACB0;&#xD54D;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC81C;&#xC678;.

Quince variantes en 10q26 se encuentran en desequilibrio de ligamiento fuerte y se asocian con un mayor riesgo para la degeneraci&#xF3;n macular relacionada con la edad (DMAE), una causa frecuente de ceguera en pa&#xED;ses desarrollados. Estas variantes marcar un &#xFA;nico haplotipo de riesgo que abarca los genes ARMS2 (relacionada con la edad la susceptibilidad maculopat&#xED;a 2) y parte de HTRA1 (HtrA serina peptidasa 1). Para definir el verdadero gen de susceptibilidad en AMD 10q26, varios estudios se han centrado en la influencia de los alelos de riesgo en la expresi&#xF3;n de ARMS2 y / o HTRA1, pero los resultados han sido inconsistentes. Por la expresi&#xF3;n heter&#xF3;loga de la gen&#xF3;mica ARMS2 variantes, ahora nos muestran que los niveles de mRNA transcrito ARMS2 del haplotipo de riesgo se redujo significativamente en comparaci&#xF3;n con las isoformas de ARNm no de riesgo. Analizando variante ARMS2 construcciones, este efecto espec&#xED;ficamente podr&#xED;an ser asignados a la conocida inserci&#xF3;n / deleci&#xF3;n polimorfismo (c. (*) 372_815del443ins54) en la regi&#xF3;n 3 &#x26;#39;no traducida de ARMS2. Ensayos de gen reportero con HTRA1 secuencias promotoras demostrado la presencia de un M&#xFC;ller gl&#xED;a espec&#xED;fica cis regi&#xF3;n reguladora aguas arriba del sitio de inicio de la transcripci&#xF3;n. Sin embargo, los alelos de riesgo de AMD ten&#xED;an poco o ning&#xFA;n efecto sobre la actividad del promotor HTRA1 en la retina. El an&#xE1;lisis de una gran serie de los derechos humanos post mortem retina / muestras epiteliales del pigmento retinal heterocigotos para el haplotipo de riesgo confirm&#xF3; los resultados in vivo in vitro / ex y demostr&#xF3; que el haplotipo de riesgo afecta ARMS2 pero no HTRA1 la expresi&#xF3;n del ARNm. Adem&#xE1;s, proporcionamos pruebas in vivo de que una com&#xFA;n, no el riesgo asociado no es sin&#xF3;nimo de la variante (rs2736911) tambi&#xE9;n conduce a una disminuci&#xF3;n de los niveles de transcripci&#xF3;n ARMS2. Por lo tanto, nuestros datos sugieren que los efectos pat&#xF3;genos debido a la deficiencia de prote&#xED;nas ARMS2 es poco probable que tener en cuenta para AMD patolog&#xED;a.

Riesgo y no riesgo asociados a las variantes en el 10q26 Expresi&#xF3;n AMD Influencia Locus ARNm ARMS2, pero excluir los efectos pat&#xF3;genos debido a la deficiencia de prote&#xED;nas

Exome &#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x57FA;&#x672C;&#x6311;&#x6218;&#x533A;&#x5206;&#x4ECE;&#x80CC;&#x666F;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x7684;&#x81F4;&#x75C5;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x8981;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x95EE;&#x9898;&#x5728;&#x5F02;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x75C5;&#x3001; &#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x53D8;&#x6027; (RP) &#x8303;&#x56F4;&#x5185;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x5019;&#x9009;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F18;&#x5148;&#x6218;&#x7565;&#x79F0;&#x4E3A;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6620;&#x5C04;&#xFF0C;&#x5B83;&#x5229;&#x7528;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; CRX &#x6392;&#x540D;&#x5019;&#x9009;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247; seq &#x6570;&#x636E;&#x3002;Exome &#x6D4B;&#x5E8F;&#x7ED3;&#x5408;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0E; RP &#x4E2D;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x8840;&#x7F18;&#x7684;&#x571F;&#x8033;&#x5176;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x786E;&#x5B9A;&#x5408;&#x5B50;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7537;&#x6027;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x76F8;&#x5173;&#x6FC0;&#x9176; (MAK)&#x3002;&#x9EA6;&#x5BF9;&#x5176;&#x804C;&#x80FD;&#x5BF9;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5B88;&#x6052;&#x7EA4;&#x6BDB;&#x7684;&#x83B1;&#x8335;&#x8863;&#x85FB;&#x3001; &#x84DD;&#x85FB;&#x7EA4;&#x6BDB;&#x76F8;&#x5173;&#x4E1D;&#x88C2;&#x7D20;&#x6D3B;&#x5316;&#x86CB;&#x767D;&#x6FC0;&#x9176;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x3002;&#x9EA6; orthologs &#x5728;&#x5C0F;&#x9F20;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x6A21;&#x5F0F;&#x751F;&#x7269;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7684;&#x5F02;&#x5E38;&#x957F;&#x7EA4;&#x6BDB;&#x548C;&#x5C0F;&#x9F20;&#xFF0C;&#x5FEB;&#x901F;&#x7684;&#x5149;&#x611F;&#x53D7;&#x5668;&#x53D8;&#x6027;&#x3002;&#x9644;&#x52A0;&#x4E2A;&#x4EBA; RP &#x4E0E;&#x540E;&#x7EED;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x53D1;&#x73B0;&#x9519;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x9EA6;&#x4E94;&#x8BC1;&#x8005;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6539;&#x53D8;&#x6240;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x6FC0;&#x9176;&#xFF0C;&#x5728;&#x4FDD;&#x5B88;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x548C;&#x4F53;&#x5916;&#x6FC0;&#x9176;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4E22;&#x5931;&#x7684;&#x6FC0;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6FC0;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E2D;&#x7684;&#x9EA6;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x611F;&#x5149;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7EA4;&#x6BDB;&#x57FA;&#x56E0;&#x76F4;&#x63A5;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x8282;&#x7684; CRX &#x7A81;&#x51FA;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x88AB;&#x4F4E;&#x4F30;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5B83;&#x6F14;&#x793A;&#x57FA;&#x4E8E; CRX &#x7684;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6620;&#x5C04;&#x4E2D;&#x4F18;&#x5148;&#x8003;&#x8651;&#x5019;&#x9009;&#x57FA;&#x56E0;&#x4ECE; exome &#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x6027;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5E94;&#x5C06;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6218;&#x7565;&#x4E00;&#x822C;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;

Exome &#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6620;&#x5C04;&#x786E;&#x5B9A; MAK&#xFF0C;&#x776B;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x89C4;&#x7BA1;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5F15;&#x8D77;&#x7684;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x53D8;&#x6027;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;

A fundamental challenge in analyzing exome-sequence data is distinguishing pathogenic mutations from background polymorphisms. To address this problem in the context of a genetically heterogeneous disease, retinitis pigmentosa (RP), we devised a candidate-gene prioritization strategy called cis-regulatory mapping that utilizes ChIP-seq data for the photoreceptor transcription factor CRX to rank candidate genes. Exome sequencing combined with this approach identified a homozygous nonsense mutation in male germ cell-associated kinase (MAK) in the single affected member of a consanguineous Turkish family with RP. MAK encodes a cilium-associated mitogen-activated protein kinase whose function is conserved from the ciliated alga, Chlamydomonas reinhardtii, to humans. Mutations in MAK orthologs in mice and other model organisms result in abnormally long cilia and, in mice, rapid photoreceptor degeneration. Subsequent sequence analyses of additional individuals with RP identified five probands with missense mutations in MAK. Two of these mutations alter amino acids that are conserved in all known kinases, and an inÂ vitro kinase assay indicates that these mutations result in a loss of kinase activity. Thus, kinase activity appears to be critical for MAK function in humans. This study highlights a previously underappreciated role for CRX as a direct transcriptional regulator of ciliary genes in photoreceptors. In addition, it demonstrates the effectiveness of CRX-based cis-regulatory mapping in prioritizing candidate genes from exome data and suggests that this strategy should be generally applicable to a range of retinal diseases.

Exome sequencing and cis-regulatory mapping identify mutations in MAK, a gene encoding a regulator of ciliary length, as a cause of retinitis pigmentosa.

Un d&#xE9;fi fondamental dans l&#x26;#39;analyse de donn&#xE9;es de s&#xE9;quence exome est de distinguer les mutations pathog&#xE8;nes des polymorphismes de fond. Pour r&#xE9;soudre ce probl&#xE8;me dans le contexte d&#x26;#39;une maladie g&#xE9;n&#xE9;tiquement h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE8;ne, la r&#xE9;tinite pigmentaire (RP), nous avons con&#xE7;u une strat&#xE9;gie priorit&#xE9;s candidat-g&#xE8;ne appel&#xE9; cis-r&#xE9;gulation de cartographie qui utilise des donn&#xE9;es ChIP-seq pour la CRX facteur de transcription photor&#xE9;cepteur pour classer les g&#xE8;nes candidats. S&#xE9;quen&#xE7;age exome combin&#xE9; avec cette approche ont identifi&#xE9; une mutation non-sens homozygote dans les cellules germinales m&#xE2;les-kinase associ&#xE9;e (MAK) dans le seul membre affect&#xE9; d&#x26;#39;une famille consanguine turque avec le RP. MAK code pour une kinase cil-associated protein mitogen-activated dont la fonction est conserv&#xE9;e &#xE0; partir de l&#x26;#39;algue cili&#xE9;, Chlamydomonas reinhardtii, pour les humains. Des mutations dans MAK orthologues chez la souris et autres organismes mod&#xE8;les entra&#xEE;ner dans les cils anormalement longue et, chez la souris, la d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence des photor&#xE9;cepteurs rapide. Analyses de s&#xE9;quences ult&#xE9;rieures de personnes suppl&#xE9;mentaires avec RP a identifi&#xE9; cinq mutations faux-sens avec probants dans MAK. Deux de ces mutations alt&#xE8;rent les acides amin&#xE9;s qui sont conserv&#xE9;s dans toutes les kinases connues, et une kinase in vitro test indique que ces mutations entra&#xEE;nent une perte de l&#x26;#39;activit&#xE9; kinase. Ainsi, l&#x26;#39;activit&#xE9; kinase semble &#xEA;tre critique pour la fonction MAK chez les humains. Cette &#xE9;tude met en &#xE9;vidence un r&#xF4;le sous-estim&#xE9; pr&#xE9;c&#xE9;demment pour CRX comme un r&#xE9;gulateur direct transcriptionnelle des g&#xE8;nes ciliaires dans les photor&#xE9;cepteurs. En outre, il d&#xE9;montre l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de CRX &#xE0; base de cis-r&#xE9;gulation de cartographie des g&#xE8;nes candidats priorit&#xE9; &#xE0; partir des donn&#xE9;es exome et sugg&#xE8;re que cette strat&#xE9;gie devrait &#xEA;tre g&#xE9;n&#xE9;ralement applicables &#xE0; toute une gamme de maladies de la r&#xE9;tine.

Exome s&#xE9;quen&#xE7;age et de cartographie cis-r&#xE9;gulatrices identifier des mutations dans MAK, un g&#xE8;ne codant pour un r&#xE9;gulateur de la longueur ciliaire, comme une cause de la r&#xE9;tinite pigmentaire

Ein grundlegendes Problem bei der Analyse der Exome-Sequenzdaten ist pathogene Mutationen von Hintergrund-Polymorphismen unterscheiden. Dieses Problem im Zusammenhang mit Krankheit ist genetisch heterogen, Retinitis Pigmentosa (RP), entwickelten wir eine Kandidaten-gen Priorisierung Strategie namens Cis-regulatorische Zuordnung, die ChIP-Seq-Daten f&uuml;r den Photorezeptoren Transkriptionsfaktor CRX Kandidat Gene Rang nutzt. Exome-Sequenzierung, die zusammen mit diesem Ansatz identifiziert eine homozygote Nonsense-Mutation im m&auml;nnlichen Keimzellen-assoziierten Kinase (MAK) mit RP in den einzelnen betroffenen Mitgliedstaaten einer blutsverwandten t&uuml;rkischen Familie. MAK codiert eine Zilie-assoziierte Mitogen-aktivierte Proteinkinase deren Funktion f&uuml;r den Menschen von der ciliated Alge Chlamydomonas Reinhardtii, konserviert wird. Mutationen im MAK Orthologen in M&auml;usen und anderen Modellorganismen f&uuml;hren in ungew&ouml;hnlich langen Cilien und M&auml;usen, schnelle Photorezeptor-Degeneration. Nachfolgende Sequenz Analysen der weitere Personen mit RP identifiziert f&uuml;nf Probanden Missense-Mutationen im MAK. Zwei von diesen Mutationen ver&auml;ndern Aminos&auml;uren, die in allen bekannten Kinasen konserviert werden, und ein in-vitro-Kinase Assay weist darauf hin, dass diese Mutationen zu einem Verlust der Kinaseaktivit&auml;t f&uuml;hren. So erscheint die Kinase-Aktivit&auml;t f&uuml;r MAK-Funktion beim Menschen kritisch zu sein. Diese Studie unterstreicht eine bisher untersch&auml;tztes Rolle f&uuml;r CRX als direkte transcriptional Regulator der Zilien Gene in den Photorezeptoren. Zus&auml;tzlich, es zeigt die Wirksamkeit des CRX-basierte Cis-regulatorische Zuordnung in die Priorisierung von Kandidatengenen aus Exome Daten und legt nahe, dass diese Strategie allgemein g&uuml;ltigen zu einer Reihe von Netzhauterkrankungen sein sollte.

Exome-Sequenzierung und Cis-regulatorische Zuordnung identifizieren Mutationen im MAK, ein gen einen Regulator der Zilien L&auml;nge, als Ursache der Retinitis Pigmentosa.

Una sfida fondamentale nell&#39;analisi dei dati di sequenza exome &egrave; distinguere mutazioni patogene da polimorfismi di sfondo. Per risolvere questo problema nel contesto di una malattia geneticamente eterogenea, retinite pigmentosa (RP), abbiamo messo a punto una strategia di prioritizzazione gene candidato chiamata cis-regolatori mapping che utilizza dati ChIP-seq per il fattore di trascrizione fotorecettore CRX Rank candidato geni. Sequenziamento Exome combinato con questo approccio identificato una mutazione omozigote sciocchezze chinasi associate delle cellule germinali maschio (MAK) nel singolo membro interessato di una famiglia turca consanguineo con RP. MAK codifica una chinasi cilio-associati proteina mitogene-attivata funzione di cui &egrave; conservato dall&#39;alga ciliato, Chlamydomonas reinhardtii, agli esseri umani. Mutazioni in MAK orthologs nei topi e altri organismi modello causare anormalmente lunghe ciglia e, nei topi, degenerazione fotorecettori rapida. Analisi delle sequenze successive di altri individui con RP identificati cinque probandi con mutazioni missenso nel MAK. Due di queste mutazioni alterano gli aminoacidi che sono conservati in tutte le chinasi conosciute, e un&#39;analisi in vitro della chinasi indica che queste mutazioni determinano una perdita di attivit&agrave; della chinasi. Cos&igrave;, l&#39;attivit&agrave; della chinasi sembra essere critico per funzione MAK in esseri umani. Questo studio mette in evidenza un ruolo precedentemente sottovalutato per CRX come diretto regolatore trascrizionale dei geni ciliare in fotorecettori. Inoltre, dimostra l&#39;efficacia della mappatura cis-regolatori basati su CRX in priorit&agrave; geni candidati da exome dati e suggerisce che questa strategia dovrebbe essere generalmente applicabile a una vasta gamma di malattie della retina.

Exome sequenziamento e la mappatura cis-regolatori identificare mutazioni in un gene che codifica per un regolatore di lunghezza ciliare, come causa di retinite pigmentosa, MAK.

exome&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x57FA;&#x672C;&#x7684;&#x306A;&#x8AB2;&#x984C;&#x306F;&#x3001;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B0;&#x30E9;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x591A;&#x578B;&#x304B;&#x3089;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x7570;&#x8CEA;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3001;&#x7DB2;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#xFF08;RP&#xFF09;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x3053;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x4ED8;&#x3051;&#x3059;&#x308B;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;CRX&#x7528;CHIP-SEQ&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x512A;&#x5148;&#x9806;&#x4F4D;&#x4ED8;&#x3051;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x8003;&#x6848;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;Exome&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;RP&#x3068;&#x8840;&#x65CF;&#x306E;&#x30C8;&#x30EB;&#x30B3;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x90E8;&#x6750;&#x306E;&#x96C4;&#x6027;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#xFF08;MAK&#xFF09;&#x306E;&#x30DB;&#x30E2;&#x63A5;&#x5408;&#x6027;&#x306E;&#x30CA;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; MAK&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x4EBA;&#x9593;&#x306B;&#x6BDB;&#x85FB;&#x985E;&#x3001;&#x30AF;&#x30E9;&#x30DF;&#x30C9;&#x30E2;&#x30CA;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7E4A;&#x6BDB;&#x95A2;&#x9023;&#x30DE;&#x30A4;&#x30C8;&#x30B8;&#x30A7;&#x30F3;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3084;&#x4ED6;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30AA;&#x30EB;&#x30BD;&#x30ED;&#x30B0;MAK&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x304C;&#x3001;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x5909;&#x6027;&#x304C;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x9577;&#x3044;&#x6BDB;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; RP&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;MAK&#x306E;&#x30DF;&#x30B9;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x6301;&#x3064;5&#x767A;&#x7AEF;&#x8005;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x4E8C;&#x3064;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;in vitro&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;MAK&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x3068;&#x3063;&#x3066;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x601D;&#x308F;&#x308C;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5149;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x6BDB;&#x69D8;&#x4F53;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;CRX&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x904E;&#x5C0F;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;exome&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x304B;&#x3089;&#x512A;&#x5148;&#x9806;&#x4F4D;&#x306E;&#x5019;&#x88DC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;CRX-&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x6709;&#x52B9;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x7DB2;&#x819C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3079;&#x304D;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

Exome&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x30B7;&#x30B9;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x7DB2;&#x819C;&#x8272;&#x7D20;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;MAK&#x3001;&#x7E4A;&#x6BDB;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;

Exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xADFC;&#xBCF8;&#xC801;&#xC778; &#xB3C4;&#xC804;&#xC744; &#xBC30;&#xACBD; polymorphisms&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBCC0;&#xC774; &#xAD6C;&#xBCC4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC720;&#xD615;&#xC774; &#xB2E4;&#xB978; &#xC9C8;&#xD658;, &#xB9DD;&#xB9C9; &#xD654; (RP)&#xC758; &#xB9E5;&#xB77D;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xCE69; seq &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; CRX &#xC21C;&#xC704; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; cis &#xADDC;&#xC815; &#xB9E4;&#xD551; &#xC774;&#xB77C;&#xB294; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC6B0;&#xC120; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xACE0;&#xC548;. &#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC; Exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; RP consanguineous &#xD130;&#xD0A4; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBA64;&#xBC84;&#xC5D0; &#xB0A8;&#xC131; &#xC0DD;&#xC2DD; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xB828; &#xD0A4; (MAK) homozygous &#xB10C;&#xC13C;&#xC2A4; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC;. MAK&#xB294; &#xADF8;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC774; &#xC778; &#xAC04;&#xC5D0; &#xAC8C; Chlamydomonas reinhardtii ciliated &#xC870;&#xB958;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC874;&#xC740; cilium &#xAD00;&#xB828; &#xBB3C;&#xC9C8; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xBAA8;&#xB378; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; MAK orthologs&#xC5D0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xACB0;&#xACFC; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE34; &#xC18D;&#xB208;&#xC379;&#xACFC; &#xC0DD;&#xC950;, &#xBE60;&#xB978; &#xD3EC;&#xD1A0; &#xB9AC;&#xC149;&#xD130; &#xBCC0;&#xC131;. RP&#xC640; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; 5 &#xD310;&#xB2E8;&#xC740; MAK&#xC5D0; missense &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB450; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; kinases&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;&#xC774; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD558; &#xACE0; &#xCCB4; &#xC678; &#xB2C8; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC774;&#xB4E4;&#xC774; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4; &#xB420; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C; &#xD65C;&#xB3D9; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; MAK &#xD568;&#xC218;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83; &#xC778; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xB300;&#xB1CC; &#xC18D;&#xB208;&#xC379; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; transcriptional &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB85C; &#xC11C; CRX&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBC1B;&#xB294; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; CRX &#xAE30;&#xBC18; cis &#xADDC;&#xC815; &#xB9E4;&#xD551; exome &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC6B0;&#xC120; &#xC21C;&#xC704;&#xC5D0; &#xD6A8;&#xACFC; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xACE0;&#xC774; &#xC804;&#xB7B5; &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5B4;&#xC57C; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; cis &#xADDC;&#xC815; &#xB9E4;&#xD551; MAK, &#xB9DD;&#xB9C9; &#xD654; &#xC6D0;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC18D;&#xB208;&#xC379; &#xAE38;&#xC774;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Un reto fundamental en el an&#xE1;lisis de la secuencia del exoma-los datos es la de distinguir mutaciones patog&#xE9;nicas de polimorfismos de fondo. Para abordar este problema en el contexto de una enfermedad gen&#xE9;ticamente heterog&#xE9;nea, retinitis pigmentosa (RP), se dise&#xF1;&#xF3; una estrategia priorizaci&#xF3;n candidato gen llamado cis-regulador de mapas que utiliza el chip-y siguientes datos para el CRX fotorreceptor factor de transcripci&#xF3;n para clasificar los genes candidatos. Secuenciaci&#xF3;n exoma combinado con este enfoque identificado una mutaci&#xF3;n sin sentido homocig&#xF3;tica en masculina asociada a las c&#xE9;lulas germinales quinasa (MAK) en el &#xFA;nico miembro afectado de una familia consangu&#xED;nea turco con RP. MAK codifica un cilio asociada quinasa activada por mit&#xF3;genos prote&#xED;na cuya funci&#xF3;n se conserva debido a las algas ciliadas, Chlamydomonas reinhardtii, a los seres humanos. Las mutaciones en el MAK orthologs en ratones y otros organismos modelo como resultado de los cilios anormalmente largo y, en ratones, la r&#xE1;pida degeneraci&#xF3;n de los fotorreceptores. Los an&#xE1;lisis posteriores de la secuencia de las personas adicionales con RP identificado cinco probandos con mutaciones sin sentido en el MAK. Dos de estas mutaciones alteran los amino&#xE1;cidos que est&#xE1;n conservados en todas las quinasas conocidas, y un ensayo in vitro quinasa indica que estas mutaciones dan como resultado una p&#xE9;rdida de actividad quinasa. As&#xED;, la actividad quinasa parece ser cr&#xED;tica para la funci&#xF3;n de MAK en seres humanos. Este estudio pone de relieve un papel previamente subestimado por CRX como un regulador transcripcional de los genes directa ciliares en los fotorreceptores. Adem&#xE1;s, se demuestra la eficacia de la CRX-cis-regulador basado en la cartograf&#xED;a de genes candidatos priorizar a partir de datos del exoma y sugiere que esta estrategia deber&#xED;a ser de aplicaci&#xF3;n general a una gama de enfermedades de la retina.

Exoma secuenciaci&#xF3;n y cartograf&#xED;a de la cis-regulador identificar las mutaciones en el MAK, un gen que codifica un regulador de la longitud ciliar, como causa de la Retinosis Pigmentaria

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Connie A. Myers

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