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Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

Methylated DNA Immunoprecipitation

The identification of DNA methylation patterns is a common procedure in the study of epigenetics, as methylation is known to have significant effects on ...

BC Cancer Research Centre

University of British Columbia - UBC

DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6539;&#x9020;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x673A;&#x6784;&#x7B49;&#x91CD;&#x590D;&#x5143;&#x7D20;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x76F8;&#x5173;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x5728;&#x51E0;&#x79CD;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x4E2D;&#x770B;&#x5230;&#x4E86;&#x6270;&#x4E71;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x540E;&#x7EED;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x6C89;&#x6DC0; (IP)-&#x57FA;&#x4E8E;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8BC4;&#x4F30;&#x7684; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x72B6;&#x6001;&#x5728;&#x53D1;&#x6325;&#x4E86;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x68C0;&#x8BA8;&#x63CF;&#x8FF0;&#x901A;&#x5E38;&#x7528;&#x6765;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x4E0E;&#x57FA;&#x4E8E; IP &#x7684;&#x5E73;&#x53F0;&#x4E3A;&#x91CD;&#x70B9;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x5DE9;&#x56FA;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4FE1;&#x606F;&#x548C;&#x7A81;&#x51FA;&#x7684;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA &#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6837;&#x54C1;&#x6CE8;&#x610F;&#x4E8B;&#x9879;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5206;&#x6790;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x548C; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6570;&#x636E;&#x7ED3;&#x5408;&#x4E92;&#x8865;&#x5C3A;&#x5BF8;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x597D;&#x5904;&#x3002;

&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7684; DNA &#x6C89;&#x6DC0;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

DNA methylation regulates gene expression primarily through modification of chromatin structure. Global methylation studies have revealed biologically relevant patterns of DNA methylation in the human genome affecting sequences such as gene promoters, gene bodies, and repetitive elements. Disruption of normal methylation patterns and subsequent gene expression changes have been observed in several diseases especially in human cancers. Immunoprecipitation (IP)-based methods to evaluate methylation status of DNA have been instrumental in such genome-wide methylation studies. This review describes techniques commonly used to identify and quantify methylated DNA with emphasis on IP based platforms. In an effort to consolidate the wealth of information and highlight critical aspects of methylated DNA analysis, sample considerations, experimental and bioinformatic approaches for analyzing genome-wide methylation profiles, and the benefit of integrating DNA methylation data with complementary dimensions of genomic data are discussed.

Methylation analysis by DNA immunoprecipitation.

M&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN r&#xE9;gule l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique principalement par la modification de structure de la chromatine. Des &#xE9;tudes de m&#xE9;thylation mondiales ont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des tendances biologiquement pertinentes de m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN dans le g&#xE9;nome de l&#x26;#39;homme affectant des s&#xE9;quences telles que les promoteurs des g&#xE8;nes, les organismes de g&#xE8;nes, et les &#xE9;l&#xE9;ments r&#xE9;p&#xE9;titifs. Perturbation des profils de m&#xE9;thylation normaux et les changements ult&#xE9;rieurs de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9;es dans plusieurs maladies en particulier dans les cancers humains. Immunopr&#xE9;cipitation (IP) bas&#xE9;s sur des m&#xE9;thodes pour &#xE9;valuer l&#x26;#39;&#xE9;tat de m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN ont jou&#xE9; un r&#xF4;le dans de telles &#xE9;tudes de m&#xE9;thylation du g&#xE9;nome entier. Cette revue d&#xE9;crit les techniques couramment utilis&#xE9;es pour identifier et quantifier l&#x26;#39;ADN m&#xE9;thyl&#xE9; en mettant l&#x26;#39;accent sur les plates-formes bas&#xE9;es IP. Dans un effort pour consolider la richesse de l&#x26;#39;information et mettre en &#xE9;vidence les aspects essentiels de l&#x26;#39;analyse ADN m&#xE9;thyl&#xE9;, les consid&#xE9;rations d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage, des approches exp&#xE9;rimentales et bioinformatiques pour l&#x26;#39;analyse des profils de m&#xE9;thylation du g&#xE9;nome entier, et l&#x26;#39;avantage d&#x26;#39;int&#xE9;grer des donn&#xE9;es m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN avec des dimensions compl&#xE9;mentaires de donn&#xE9;es g&#xE9;nomiques sont discut&#xE9;s.

Analyse de la m&#xE9;thylation de l&#x26;#39;ADN immunopr&#xE9;cipitation

DNA-Methylierung regelt die Genexpression in erster Linie durch &Auml;nderung der Chromatin-Struktur. Global-Methylierung Studien ergaben biologisch relevanten Muster der DNA-Methylierung im menschlichen Genom Sequenzen wie gen-Promotoren, Gen stellen und sich wiederholenden Elemente beeinflussen. St&ouml;rung des normalen Methylierungsmuster und nachfolgende Gen Ausdruck &Auml;nderungen in mehrere Krankheiten vor allem in menschlichen Krebserkrankungen beobachtet worden. Immunopr&auml;zipitation (IP)-basierte Methoden DNA Methylierung Status ausgewertet wurden ma&szlig;geblich an solche genomweiten Methylierung-Studien. Diesen Bericht beschreibt Techniken, die h&auml;ufig zum Identifizieren und quantifizieren methylierte DNA mit Schwerpunkt auf IP-basierte Plattformen. In dem Bem&uuml;hen, die F&uuml;lle an Informationen zu konsolidieren und kritische Aspekte methylierte DNA-Analyse werden Beispiel &Uuml;berlegungen, experimentelle und bioinformatische Ans&auml;tze zur Analyse von genomweiten Methylierung-Profile und den Nutzen der Integration von DNA-Methylierungs-Daten mit komplement&auml;ren Dimensionen der genomischen Daten erl&auml;utert.

Analyse der Methylierung von DNA-Immunopr&auml;zipitation.

La metilazione del DNA regola l&#39;espressione genica principalmente attraverso la modificazione della struttura della cromatina. Metilazione globale studi hanno rivelato biologicamente rilevanti pattern di metilazione del DNA nel genoma umano che interessano sequenze quali elementi ripetitivi, corpi gene e promotori del gene. Rottura del pattern di metilazione normale e cambiamenti di espressione genica successive sono state osservate in diverse malattie soprattutto nei tumori umani. Immunoprecipitazione (IP)-metodi di base per valutare lo stato di metilazione del DNA sono state strumentali in tali studi genome-wide metilazione. Questa recensione descrive tecniche comunemente usate per identificare e quantificare il DNA metilato con enfasi sulle piattaforme IP basata. Nel tentativo di consolidare la ricchezza di informazioni ed evidenziare gli aspetti critici dell&#39;analisi del DNA metilato, considerazioni di campione, sperimentale e approcci di bioinformatica per l&#39;analisi dei profili di metilazione genome-wide e il vantaggio di integrare dati di metilazione del DNA con dimensioni complementari di dati genomici sono discussi.

Analisi di metilazione di DNA immunoprecipitazione.

DNA&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x4FEE;&#x98FE;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x672C;&#x4F53;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x53CD;&#x5FA9;&#x7684;&#x306A;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;DNA&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x6DF7;&#x4E71;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x764C;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; DNA&#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x72B6;&#x614B;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;IP&#xFF09;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x200B;&#x200B;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306B;&#x5C3D;&#x529B;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;IP&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x4E0A;&#x3067;&#x91CD;&#x8996;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;DNA&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B9A;&#x91CF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;DNA&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x8003;&#x616E;&#x4E8B;&#x9805;&#x3001;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3068;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5074;&#x9762;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684;&#x306A;&#x5BF8;&#x6CD5;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;DNA&#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7D71;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x5229;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x52AA;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

DNA&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x89E3;&#x6790;

DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; chromatin &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC218;&#xC815;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC870;&#xC808;. &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBAB8;&#xACFC; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xC694;&#xC18C; &#xAC19;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xBC1D;&#xD600; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBC18; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D; &#xC9C4; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC758; &#xC7A5;&#xC560; &#xD2B9;&#xD788; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC554; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Immunoprecipitation (IP)-DNA&#xC758; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC218;&#xB2E8;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAC80;&#xD1A0;&#xC5D0;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; IP &#xAE30;&#xBC18; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xC911;&#xC810;&#xC744; &#xB450;&#xACE0; methylated DNA&#xB97C; &#xACC4;&#xB7C9; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558; &#xACE0; methylated DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xCE21;&#xBA74;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;, &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC0D8;&#xD50C; &#xACE0;&#xB824; &#xC0AC;&#xD56D; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xBCF4;&#xC644;&#xC801;&#xC778; &#xCC28;&#xC6D0; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD1B5;&#xD569;&#xC758; &#xD61C;&#xD0DD;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; bioinformatic &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

DNA immunoprecipitation&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xBD84;&#xC11D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Metilaci&#xF3;n del ADN regula la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica principalmente a trav&#xE9;s de la modificaci&#xF3;n de la estructura de la cromatina. Estudios mundiales han puesto de manifiesto los patrones de metilaci&#xF3;n biol&#xF3;gicamente relevantes de la metilaci&#xF3;n del ADN en el genoma humano que afecta a las secuencias, tales como los promotores de genes, los organismos de genes y elementos repetitivos. La alteraci&#xF3;n de los patrones de metilaci&#xF3;n normales y los posteriores cambios de expresi&#xF3;n g&#xE9;nica se han observado en varias enfermedades, especialmente en los c&#xE1;nceres humanos. Inmunoprecipitaci&#xF3;n (IP) basados &#x200B;&#x200B;en los m&#xE9;todos para evaluar el estado de metilaci&#xF3;n del ADN han sido fundamentales en estos estudios de metilaci&#xF3;n del genoma completo. Esta revisi&#xF3;n se describen las t&#xE9;cnicas utilizadas para identificar y cuantificar ADN metilado con &#xE9;nfasis en las plataformas basadas en IP. En un esfuerzo por consolidar la riqueza de la informaci&#xF3;n y resaltar los aspectos cr&#xED;ticos de an&#xE1;lisis de ADN metilado, las consideraciones de ejemplo, los enfoques experimentales y bioinform&#xE1;ticas para el an&#xE1;lisis de todo el genoma perfiles de metilaci&#xF3;n, y el beneficio de la integraci&#xF3;n de los datos de la metilaci&#xF3;n del ADN, con dimensiones complementarias de la informaci&#xF3;n gen&#xF3;mica se discuten.

El an&#xE1;lisis por metilaci&#xF3;n del ADN inmunoprecipitaci&#xF3;n

&#x4E00;&#x65E6;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x662F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6697;&#x7269;&#x8D28;&#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#xFF0C;&#x957F;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; Rna &#xFF08;lncRNAs&#xFF09; &#x6B63;&#x5728;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;LncRNAs &#x662F;&#x4E00;&#x7C7B;&#x65B0;&#x578B; mRNA &#x6837;&#x8A8A;&#x672C;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x6CA1;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x6F5C;&#x529B;&#xFF0C;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x5728;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x4E2D;&#x7684;&#x89D2;&#x8272;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x4EBA;&#x4F53;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x548C;&#x764C;&#x75C7;&#x7684; lncRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x6240;&#x4F5C;&#x8D21;&#x732E;&#x7684;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x5DF2;&#x4E0D;&#x5168;&#x9762;&#x5730;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7F16;&#x8BD1; 272 &#x4EBA;&#x7CFB;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE; (SAGE) &#x5E93;&#x6765;&#x63CF;&#x7ED8; lncRNA &#x8F6C;&#x5F55;&#x6A21;&#x5F0F;&#x5728;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x4EBA;&#x4F53;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x548C;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x7684; lncRNA &#x53D1;&#x73B0;&#x7BA1;&#x9053;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x8D85;&#x8FC7; 2400 &#x4E07; SAGE &#x6807;&#x8BB0;&#x548C;&#x62A5;&#x544A; lncRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x8FC7;&#x6574;&#x4E2A;&#x9762;&#x677F; 26 &#x4E0D;&#x540C;&#x6B63;&#x5E38;&#x4EBA;&#x4F53;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x548C; 19 &#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x663E;&#x793A;&#x6B63;&#x5E38;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x548C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x5F02;&#x5E38; lncRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x4E2D;&#x7684; lncRNA &#x5E7F;&#x6CDB;&#x3001; &#x7EC4;&#x7EC7;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D; lncRNA &#x5206;&#x6790;&#x5728;&#x764C;&#x75C7;&#x4E2D;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4EE3;&#x7684;&#x56FE;&#x96C6;&#x3002;

&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x957F;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; RNA transcriptomes&#x3002;

Once thought to be a part of the 'dark matter' of the genome, long non-coding RNAs (lncRNAs) are emerging as an integral functional component of the mammalian transcriptome. LncRNAs are a novel class of mRNA-like transcripts which, despite no known protein-coding potential, demonstrate a wide range of structural and functional roles in cellular biology. However, the magnitude of the contribution of lncRNA expression to normal human tissues and cancers has not been investigated in a comprehensive manner. In this study, we compiled 272 human serial analysis of gene expression (SAGE) libraries to delineate lncRNA transcription patterns across a broad spectrum of normal human tissues and cancers. Using a novel lncRNA discovery pipeline we parsed over 24 million SAGE tags and report lncRNA expression profiles across a panel of 26 different normal human tissues and 19 human cancers. Our findings show extensive, tissue-specific lncRNA expression in normal tissues and highly aberrant lncRNA expression in human cancers. Here, we present a first generation atlas for lncRNA profiling in cancer.

Human cancer long non-coding RNA transcriptomes.

Une fois pens&#xE9; pour &#xEA;tre une partie de la &#xAB;mati&#xE8;re noire&#xBB; du g&#xE9;nome, de longues ARN non-codants (lncRNAs) sont en train de devenir une composante int&#xE9;grale fonctionnelle du transcriptome chez les mammif&#xE8;res. LncRNAs sont une nouvelle classe de l&#x26;#39;ARNm de type relev&#xE9;s de notes qui, malgr&#xE9; l&#x26;#39;absence de connu codant pour des prot&#xE9;ines potentiel, d&#xE9;montrent un large &#xE9;ventail de r&#xF4;les structurels et fonctionnels de la biologie cellulaire. Toutefois, l&#x26;#39;ampleur de la contribution de l&#x26;#39;expression lncRNA &#xE0; des tissus humains normaux et les cancers n&#x26;#39;a pas &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tudi&#xE9; d&#x26;#39;une mani&#xE8;re globale. Dans cette &#xE9;tude, nous avons compil&#xE9; 272 analyse humaine de s&#xE9;rie de l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique (SAGE) des biblioth&#xE8;ques de cerner les profils de transcription lncRNA travers un large spectre de tissus humains normaux et les cancers. Utilisation d&#x26;#39;un roman lncRNA d&#xE9;couverte par pipeline, nous analys&#xE9; plus de 24 millions d&#x26;#39;&#xE9;tiquettes SAGE et les profils d&#x26;#39;expression Rapport lncRNA &#xE0; travers un panel de 26 diff&#xE9;rents tissus humains normaux et 19 cancers de l&#x26;#39;homme. Nos r&#xE9;sultats montrent une vaste, expression tissu-sp&#xE9;cifique dans les tissus normaux lncRNA et d&#x26;#39;expression lncRNA tr&#xE8;s aberrante dans les cancers humains. Ici, nous pr&#xE9;sentons un atlas de la premi&#xE8;re g&#xE9;n&#xE9;ration pour le profilage lncRNA dans le cancer.

L&#x26;#39;homme cancer &#xE0; long non-codantes transcriptomes ARN

Einmal angenommen, dass ein Teil der &quot;dunklen Materie&quot; des Genoms, entstehen lange nicht-kodierenden RNAs (LncRNAs) als funktionalen Bestandteil der S&auml;ugetier-Transkriptom. LncRNAs sind eine neuartige Klasse von mRNA-wie Abschriften, die trotz keine bekannten Proteinkodierung Potenzial, eine Vielzahl von strukturellen und funktionellen Rollen in der zellularen Biologie belegen. Jedoch ist das Ausma&szlig; des Beitrags der LncRNA Ausdruck f&uuml;r die normalen menschlichen Geweben und Krebserkrankungen nicht umfassend untersucht worden. In dieser Studie haben wir 272 menschliche serielle Analyse der Gen-Ausdruck (SAGE) Bibliotheken, LncRNA Transkription Muster f&uuml;r ein breites Spektrum von normalen menschlichen Geweben und Krebserkrankungen abzugrenzen. Mit eine neuartigen LncRNA-Entdeckung-Pipeline analysiert wir &uuml;ber 24 Millionen Salbei Markierungen und Bericht LncRNA Ausdruck Profile &uuml;ber ein Panel von 26 verschiedenen normalen menschlichen Geweben und 19 menschlichen Krebserkrankungen. Unsere Ergebnisse zeigen umfangreiche, Gewebe-spezifischen LncRNA Ausdruck in normalen Geweben und stark abweichenden LncRNA Ausdruck im menschlichen Krebserkrankungen. Hier pr&auml;sentieren wir einen erste Generation-Atlas f&uuml;r LncRNA, die Profilerstellung in Krebs.

Menschlichen Krebs lange non-coding RNA Transcriptomes.

Una volta pensato per essere una parte di &#39;materia oscura&#39; del genoma, lunga non-coding RNAs (lncRNAs) stanno emergendo come un componente integrale funzionale del transcriptome dei mammiferi. LncRNAs sono una classe di romanzo dei trascritti di mRNA-come che, nonostante non noto rischio di proteina-codificazione, dimostrano un&#39;ampia gamma di ruoli strutturali e funzionali in biologia cellulare. Tuttavia, l&#39;entit&agrave; del contributo dell&#39;espressione lncRNA di tessuti umani normali e tumori non &egrave; stato studiato in modo esauriente. In questo studio, abbiamo compilato 272 umano analisi seriale delle librerie di espressione (SAGE) gene per delineare modelli di trascrizione lncRNA attraverso un ampio spettro di tessuti umani normali e tumori. Utilizzando una pipeline di scoperta lncRNA romanzo analizzato i tag salvia oltre 24 milioni e profili di espressione lncRNA relazione attraverso un pannello di 26 diversi tessuti umani normali e 19 tumori umani. I nostri risultati mostrano espressione tessuto-specifiche, vasto lncRNA in tessuti normali e lncRNA altamente aberrante espressione nei tumori umani. Presentiamo qui, un Atlante di prima generazione per profilatura in cancro lncRNA.

Cancro umano lungo non codificanti RNA transcriptomes.

&#x4E00;&#x5EA6;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E; &#x26;quot;&#x30C0;&#x30FC;&#x30AF;&#x30DE;&#x30BF;&#x30FC;&#x26;quot;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3001;&#x9577;&#x3044;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;RNA&#xFF08;lncRNAs&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x6027;&#x6210;&#x5206;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6D6E;&#x4E0A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; LncRNAs&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x5F79;&#x5272;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;mRNA&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x30D2;&#x30C8;&#x7D44;&#x7E54;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x764C;&#x306B;lncRNA&#x5F0F;&#x306E;&#x5BC4;&#x4E0E;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x306F;&#x7DCF;&#x5408;&#x7684;&#x306B;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6B63;&#x5E38;&#x30D2;&#x30C8;&#x7D44;&#x7E54;&#x3068;&#x764C;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x308F;&#x305F;&#x3063;&#x3066;lncRNA&#x8EE2;&#x5199;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x63CF;&#x304F;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;272&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B7;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x89E3;&#x6790;&#xFF08;SAGE&#xFF09;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3092;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;26&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30D2;&#x30C8;&#x6B63;&#x5E38;&#x7D44;&#x7E54;&#x3068;19&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x764C;&#x30D1;&#x30CD;&#x30EB;&#x5168;&#x4F53;2400&#x4E07;SAGE&#x30BF;&#x30B0;&#x3068;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;lncRNA&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x89E3;&#x6790;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5C0F;&#x8AAC;lncRNA&#x767A;&#x898B;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;&#x4ECA;&#x56DE;&#x306E;&#x77E5;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#x6B63;&#x5E38;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x3001;&#x7D44;&#x7E54;&#x7279;&#x7570;&#x7684;lncRNA&#x767A;&#x73FE;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x764C;&#x3067;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;lncRNA&#x5F0F;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x304C;&#x3093;&#x306E;lncRNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E16;&#x4EE3;&#x306E;&#x30A2;&#x30C8;&#x30E9;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;&#x764C;&#x9577;&#x3044;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;RNA&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;

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&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC554; &#xC624;&#xB798; &#xBE44; &#xCF54;&#xB529; RNA transcriptomes&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una vez que piensa que es una parte de la &#x26;quot;materia oscura&#x26;quot; del genoma, ARN largos no codificantes (lncRNAs) se est&#xE1;n convirtiendo en un componente integral funcional del transcriptoma de los mam&#xED;feros. LncRNAs son una nueva clase de ARNm como las transcripciones que, a pesar de no conocido potencial de la codificaci&#xF3;n de prote&#xED;nas, demuestran una amplia gama de funciones estructurales y funcionales de la biolog&#xED;a celular. Sin embargo, la magnitud de la contribuci&#xF3;n de expresi&#xF3;n lncRNA de tejidos humanos normales y el c&#xE1;ncer no se ha investigado de manera exhaustiva. En este estudio, hemos recopilado 272 an&#xE1;lisis humano de serie de la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica (SAGE) de las bibliotecas para delinear los patrones de transcripci&#xF3;n lncRNA en un amplio espectro de tejidos humanos normales y el c&#xE1;ncer. Usando una nueva lncRNA descubrimiento de tuber&#xED;as que analiza m&#xE1;s de 24 millones de etiquetas SAGE y el informe de perfiles de expresi&#xF3;n de todo lncRNA un panel de 26 diferentes tejidos humanos normales y 19 c&#xE1;nceres humanos. Nuestros resultados muestran una amplia, expresi&#xF3;n espec&#xED;fica de tejido lncRNA en los tejidos normales y de expresi&#xF3;n lncRNA sumamente aberrante en los c&#xE1;nceres humanos. A continuaci&#xF3;n, presentamos un atlas de la primera generaci&#xF3;n de perfiles de lncRNA en el c&#xE1;ncer.

ArticleTotal : 2	Year
Publication title Cited by 5	2008
Publication title Cited by 43	2009

Article	Year
Methylation analysis by DNA immunoprecipitation. Journal of cellular physiology\| PubMed ID: 20020444	2010
Human cancer long non-coding RNA transcriptomes. PloS one\| PubMed ID: 21991387	2011

Jennifer Y. Kennett

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