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Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

Viruses, particularly bacteriophages (phages), are the most numerous biological entities on Earth1,2.  Viruses modulate host cell abundance and diversity, ...

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Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

The J. Craig Venter Institute

&#x6D77;&#x6D0B; pseudotemperate &#x6210;&#x5458;&#x7684; Siphoviridae phiHSIC &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5DF2;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x653E;&#x5927;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x3001; &#x9650;&#x5236;&#x6458;&#x8981;&#x5E93;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x548C;&#x5E95;&#x6F06;&#x6B65;&#x884C;&#x7EC4;&#x5408;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x8FDB;&#x5165;&#x751F;&#x4EA7;&#x7684; sigmoidal &#x589E;&#x957F;&#x66F2;&#x7EBF;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x53CA;&#x5176;&#x4E3B;&#x673A;&#xFF0C;Listonella &#x4F69;&#x62C9;&#x8D3E;&#xFF0C;pseudolysogenic &#x4E0E; phiHSIC &gt; 10(9) &#x7EC6;&#x80DE;/ml &#x548C; &gt; 10(11) &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;/ml&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; (37,966 bp &#xFF1B;G + C &#x542B;&#x91CF;&#xFF0C;44%&#xFF09; &#x6240;&#x8F7D; 47 &#x6307;&#x8BA4;&#x5F00;&#x653E;&#x9605;&#x8BFB;&#x6846;&#x67B6; &#xFF08;ORFs&#xFF09;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; &beta; &#x4E9A;&#x57FA;&#x7684; DNA &#x805A;&#x5408;&#x9176; III&#x3001; &#x89E3;&#x65CB;&#x9176;&#x3001; &#x89E3;&#x65CB;&#x9176;&#x6837;&#x4E9A;&#x57FA;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x7684; resolvasome&#x3001; terminase&#x3001; &#x5C3E;&#x5377;&#x5C3A;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3001; &#x51E0;&#x4E2A;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x6837;&#x7ED3;&#x6784;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; 1 &#x8113;&#x75B1;&#x53EF;&#x534F;&#x52A9;&#x4E3B;&#x673A;&#x81F4;&#x75C5; (ADP ribosyltransferase) &#x91CD;&#x5927; BLASTP &#x547D;&#x4E2D; 17&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5706; permuted&#xFF0C;&#x7528;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6216;&#x9650;&#x5236;&#x9176;&#x6D88;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x6CA1;&#x6709;&#x7269;&#x7406;&#x7AEF;&#x70B9;&#x548C;&#x7F3A;&#x4E4F; cos &#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x8BC1;&#x636E;&#x662F;&#x7B26;&#x5408;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6EE1;&#x5934;&#x7684;&#x9999;&#x6CE2;&#x5305;&#x88C5;&#x673A;&#x5236;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x6C99;&#x95E8;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53; P22 &#x548C;&#x5FD7;&#x8D3A;&#x6C0F;&#x83CC;&#x566C; Sf6&#x3002;&#x56E0;&#x4E3A;&#x65E0;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x6837; ORFs &#x4E0E;&#x4EFB;&#x4F55;&#x73B0;&#x6709;&#x7684;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173; &#xFF08;&#x5373;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#x7684; 62%&#x4EE5;&#x4E0A;&#x548C;&#x6700; &lt; &#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x4E00;&#x7EA7;&#x76F8;&#x540C;&#x7684; 25%)&#xFF0C;phiHSIC &#x662F;&#x552F;&#x4E00;&#x7684;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x88AB;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x5F3A;&#x8C03;&#x5BF9;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE;&#x6D77;&#x6D0B;&#x73AF;&#x5883;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x8BB8;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x5C1A;&#x672A;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x4FE1;&#x606F;&#x6C34;&#x5E93;&#x3002;

&#x5B8C;&#x6210; phiHSIC&#xFF0C;pseudotemperate &#x7684; Listonella &#x4F69;&#x62C9;&#x8D3E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;

The genome for the marine pseudotemperate member of the Siphoviridae phiHSIC has been sequenced using a combination of linker amplification library construction, restriction digest library construction, and primer walking. phiHSIC enters into a pseudolysogenic relationship with its host, Listonella pelagia, characterized by sigmoidal growth curves producing >10(9) cells/ml and >10(11) phage/ml. The genome (37,966 bp; G+C content, 44%) contained 47 putative open reading frames (ORFs), 17 of which had significant BLASTP hits in GenBank, including a beta subunit of DNA polymerase III, a helicase, a helicase-like subunit of a resolvasome complex, a terminase, a tail tape measure protein, several phage-like structural proteins, and 1 ORF that may assist in host pathogenicity (an ADP ribosyltransferase). The genome was circularly permuted, with no physical ends detected by sequencing or restriction enzyme digestion analysis, and lacked a cos site. This evidence is consistent with a headful packaging mechanism similar to that of Salmonella phage P22 and Shigella phage Sf6. Because none of the phage-like ORFs were closely related to any existing phage sequences in GenBank (i.e., none more than 62% identical and most <25% identical at the amino acid level), phiHSIC is unique among phages that have been sequenced to date. These results further emphasize the need to sequence phages from the marine environment, perhaps the largest reservoir of untapped genetic information.

Complete genome sequence of phiHSIC, a pseudotemperate marine phage of Listonella pelagia.

Le g&#xE9;nome de la marine pseudotemperate membre de l&#x26;#39;phiHSIC Siphoviridae a &#xE9;t&#xE9; s&#xE9;quenc&#xE9; en utilisant une combinaison de la biblioth&#xE8;que de l&#x26;#39;amplification de la construction de liaison, la restriction de la construction digest biblioth&#xE8;que, et la marche amorce. phiHSIC entre dans une relation pseudolysogenic avec son h&#xF4;te, Listonella Pelagia, caract&#xE9;ris&#xE9; par des courbes de croissance sigmo&#xEF;de producteurs&#x26;gt; 10 (9) cellules / ml et&#x26;gt; 10 (11) phage / ml. Le g&#xE9;nome (37 966 pb; contenu G + C, 44%) contenaient 47 cadres de lecture ouverts putatifs (ORF), dont 17 avaient coups BLASTP importantes dans GenBank, y compris une sous-unit&#xE9; b&#xEA;ta de l&#x26;#39;ADN polym&#xE9;rase III, une h&#xE9;licase, une h&#xE9;licase de type sous-unit&#xE9; d&#x26;#39;un complexe resolvasome, un terminase, une prot&#xE9;ine queue mesure de bande, plusieurs phages comme les prot&#xE9;ines structurelles, et 1 ORF qui peut aider dans la pathog&#xE9;nicit&#xE9; h&#xF4;te (ADP ribosyltransf&#xE9;rase). Le g&#xE9;nome a &#xE9;t&#xE9; permut&#xE9;es circulairement, sans extr&#xE9;mit&#xE9;s physiques d&#xE9;tect&#xE9;es par s&#xE9;quen&#xE7;age ou l&#x26;#39;analyse de digestion d&#x26;#39;enzyme de restriction, et manquait un site cos. Cette preuve est compatible avec un m&#xE9;canisme d&#x26;#39;empaquetage headful similaire &#xE0; celle de Salmonella et Shigella phage P22 phage SF6. &#xC9;tant donn&#xE9; qu&#x26;#39;aucun des ORFs phage-comme ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;troitement li&#xE9;e &#xE0; toutes les s&#xE9;quences phagiques existants dans GenBank (c.-&#xE0;-pas de plus de 62% identique et plus &#x26;lt;25% identique au niveau des acides amin&#xE9;s), phiHSIC est unique parmi les phages qui ont &#xE9;t&#xE9; s&#xE9;quenc&#xE9;s &#xE0; date. Ces r&#xE9;sultats soulignent davantage la n&#xE9;cessit&#xE9; de phages s&#xE9;quence de l&#x26;#39;environnement marin, peut-&#xEA;tre le plus grand r&#xE9;servoir de l&#x26;#39;information g&#xE9;n&#xE9;tique inexploit&#xE9;.

S&#xE9;quence compl&#xE8;te du g&#xE9;nome PhiHSIC, un phage Marine Pseudotemperate de Listonella Pelagia

Komplette Genomsequenz von phiHSIC, ein pseudotemperate marine Phagen von Listonella Pelagia.

&Egrave; stato sequenziato il genoma per la marino pseudotemperate membro del phiHSIC Siphoviridae utilizzando una combinazione di costruzione della libreria amplificazione del linker, costruzione della libreria digest restrizione e primer a piedi. phiHSIC entra in un rapporto pseudolysogenic con il suo ospite, Listonella pelagia, caratterizzata da curve di crescita sigmoidal producendo &amp;gt; arrecavano cellule/ml e &amp;gt; 10(11) fago/ml. Il genoma (37.966 bp; Contenuto G + C, 44%) conteneva 47 putativo open reading frame (ORF), 17 dei quali ha avuto significativi successi BLASTP in GenBank, tra cui una subunit&agrave; beta della DNA polimerasi III, un&#39;elicasi, una subunit&agrave; elicasi-come di un complesso di resolvasome, un terminase, una proteina di misura di nastro coda, diverse proteine strutturali dei fagi-come e 1 ORF che possono aiutare nella patogenicit&agrave; host (un Ribosyltransferase di ADP). Il genoma &egrave; stato permutato circolarmente, con nessuna estremit&agrave; fisiche rilevate dal sequenziamento o analisi di restrizione enzimatica digestione e mancava una cos sito. Questa prova &egrave; coerenza con un meccanismo di imballaggio headful simile a quello della Salmonella phage P22 e Shigella phage Sf6. Poich&eacute; nessuno di ORFs dei fagi-come erano strettamente correlati ad eventuali sequenze dei fagi esistenti in GenBank (cio&egrave;, nessuno pi&ugrave; del 62% identici e pi&ugrave; &lt; 25% identico a livello dell&#39;amminoacido), phiHSIC &egrave; unico tra i fagi che sono stati sequenziati fino ad oggi. Ulteriormente questi risultati sottolineano la necessit&agrave; di fagi sequenza dall&#39;ambiente marino, forse il pi&ugrave; grande serbatoio di informazioni genetiche non sfruttati.

Sequenza completa del genoma del phiHSIC, un pseudotemperate dei fagi marino di Listonella pelagia.

Siphoviridae phiHSIC&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;pseudotemperate&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x5897;&#x5E45;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3001;&#x5236;&#x9650;&#x30C0;&#x30A4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x30A6;&#x30A9;&#x30FC;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x914D;&#x5217;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; phiHSIC&#x26;gt; 10&#xFF08;9&#xFF09;&#x7D30;&#x80DE;/ ml&#x3068;&#x26;gt; 10&#xFF08;11&#xFF09;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;/ ml&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;S&#x5B57;&#x578B;&#x6210;&#x9577;&#x66F2;&#x7DDA;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x3001;Listonella&#x30A2;&#x30AE;&#x30A2;&#x30DA;&#x30E9;&#x30AE;&#x30FC;&#x30A2;&#x3001;&#x3068;&#x507D;&#x6EB6;&#x539F;&#x6027;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x5165;&#x308B;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#xFF08;37966 bp&#x3067;&#x3001;G + C&#x542B;&#x91CF;&#x3001;44&#xFF05;&#xFF09;&#x306F;&#x3001;DNA&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;III&#x3001;&#x30D8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x3B2;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x542B;&#x3080;GenBank&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;BLASTP&#x306E;&#x30D2;&#x30C3;&#x30C8;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x305D;&#x306E;&#x3046;&#x3061;17 47&#x63A8;&#x5B9A;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#xFF08;ORF&#xFF09;&#x3001;&#x30D8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;resolvasome&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3001;terminase&#x3001;&#x5C3E;&#x5DFB;&#x304D;&#x5C3A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#xFF08;ADP&#x30EA;&#x30DC;&#x30B7;&#x30EB;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#xFF09;&#x306B;&#x88DC;&#x52A9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;1 ORF&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x74B0;&#x72B6;&#x306B;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5236;&#x9650;&#x9175;&#x7D20;&#x6D88;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x306A;&#x7AEF;&#x3067;&#x3001;&#x9806;&#x5E8F;&#x3092;&#x5909;&#x3048;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;cos&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x6B20;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306F;&#x3001;&#x30B5;&#x30EB;&#x30E2;&#x30CD;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;P22&#x3068;&#x8D64;&#x75E2;&#x83CC;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;SF6&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x77E5;&#x8B58;&#x5305;&#x88C5;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3068;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;ORF&#x306E;&#x3069;&#x308C;&#x3082;&#x304C;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;GenBank&#x306E;&#x65E2;&#x5B58;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#xFF08;&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x3001;&#x3069;&#x308C;&#x3082;62&#x4EE5;&#x4E0A;&#xFF05;&#x306E;&#x540C;&#x4E00;&#x6027;&#x3068;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x26;lt;25&#xFF05;&#x306E;&#x540C;&#x4E00;&#x6027;&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x305F;&#x3081;&#x3001;phiHSIC&#x306F;&#x306B;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x65E5;&#x4ED8;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x672A;&#x958B;&#x62D3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x60C5;&#x5831;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x8CAF;&#x6C34;&#x6C60;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x74B0;&#x5883;&#x304B;&#x3089;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x5FC5;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

PhiHSIC&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3001;Listonella&#x30A2;&#x30AE;&#x30A2;&#x30DA;&#x30E9;&#x30AE;&#x30FC;&#x30A2;&#x306E;Pseudotemperate&#x6D77;&#x6D0B;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;

Siphoviridae Phihsic&#xC758; &#xD574;&#xC591; pseudotemperate &#xBA64;&#xBC84;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xB9C1;&#xCEE4; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00; &#xAC74;&#xC124;, &#xC81C;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC774;&#xC81C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xAC74;&#xC124; &#xBC0F; &#xB1CC;&#xAD00; &#xC0B0;&#xCC45;&#xC758; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB2E4;. Phihsic&#xAC00; Listonella &#xD3A0; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xC790;&#xD615; &#xC131;&#xC7A5; &#xACE1;&#xC120;&#xC744; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC73C;&#xB85C;&#xD558;&#xB294; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC640; pseudolysogenic &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC785;&#xB825; &amp;gt; 10(9) &#xC140;/ml&#xC640; &amp;gt; 10(11) &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C;/ml. &#xAC8C;&#xB188; (37,966 &#xD608;&#xC555;; G + C &#xD568;&#xB7C9;, 44%) &#xD3EC;&#xD568; 47 putative &#xC5F4;&#xB824;&#xC788;&#xB294; &#xB3C5;&#xC11C; &#xD504;&#xB808;&#xC784; (ORFs) 17&#xB294; DNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; III&#xC758; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;, &#xD55C; helicase, &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; resolvasome&#xC758; helicase &#xAC19;&#xC740; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;, &#xD55C; terminase, &#xAF2C;&#xB9AC; &#xD14C;&#xC774;&#xD504; &#xCE21;&#xC815; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; &#xAC19;&#xC740; &#xAD6C;&#xC870; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 1 ORF &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; pathogenicity (ADP ribosyltransferase)&#xC5D0; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB4F1; &#xC740;&#xD589;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; BLASTP &#xC548;&#xD0C0;&#xB97C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB610;&#xB294; &#xAE08;&#xC9C0; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC18C;&#xD654; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC10;&#xC9C0; &#xC2E4;&#xC81C; &#xB05D; &#xC5C6;&#xB294; &#xC21C;&#xD658; &#xBC30;&#xCE58;&#xB294; &#xD558; &#xACE0; &#xBD80;&#xC871; &#xD55C; cos &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;. &#xC774; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; &#xC0B4; &#xBAA8; &#xB12C; &#xB77C; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; p22&#xC640; Shigella &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; Sf6 &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; headful &#xD3EC;&#xC7A5; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xC77C;&#xCE58; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; &#xAC19;&#xC740; ORFs &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xC740;&#xD589;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAE30;&#xC874; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; (&#xC989;, &#xC544;&#xBB34;&#xB3C4; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; 62% &#xC774;&#xC0C1; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAC00;&#xC7A5; &lt; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; 25%), Phihsic&#xC740; &#xCD5C;&#xC2E0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xAC04;&#xC5D0; &#xACE0;&#xC720;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB354;&#xC6B1; &#xAC15;&#xC870; &#xD544;&#xC694; &#xC21C;&#xC11C; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xD574;&#xC591; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xBBF8; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC720;&#xC804; &#xC815;&#xBCF4;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;.

PhiHSIC, Listonella &#xD3A0;&#xC758; pseudotemperate &#xD574;&#xC591; &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC644;&#xB8CC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El genoma del miembro marino pseudotemperate del phiHSIC Siphoviridae ha sido secuenciado utilizando una combinaci&#xF3;n de biblioteca enlazador amplificaci&#xF3;n construcci&#xF3;n, la restricci&#xF3;n de construcci&#xF3;n digesto biblioteca, y caminar cebador. phiHSIC entra en una relaci&#xF3;n pseudolysogenic con su anfitri&#xF3;n, Listonella Pelagia, que se caracteriza por las curvas de crecimiento sigmoidal productores de&#x26;gt; 10 (9) c&#xE9;lulas / ml y&#x26;gt; 10 (11) fagos / ml. El genoma (37966 pb; contenido de G + C, 44%) conten&#xED;an 47 putativo marcos de lectura abiertos (ORFs), 17 de los cuales ten&#xED;a importantes &#xE9;xitos BLASTP en GenBank, incluyendo una subunidad beta de la DNA polimerasa III, una helicasa, una como helicasa- subunidad de un complejo resolvasome, un terminasa, una cinta de cola de la prote&#xED;na medida, como varios fagos prote&#xED;nas estructurales, y una ORF que pueda ayudar en la patogenicidad de acogida (un ADP ribosiltransferasa). El genoma fue permutada circularmente, sin extremos f&#xED;sicos detectados por el an&#xE1;lisis de la secuenciaci&#xF3;n o la digesti&#xF3;n con enzimas de restricci&#xF3;n, y carec&#xED;a de un sitio cos. Esta evidencia es consistente con un mecanismo de embalaje similar a la cabeza llena de Salmonella y Shigella fago P22 fago SF6. Debido a que ninguno de los ORFs fagos como estaban estrechamente relacionados con las secuencias de fagos existentes en el GenBank (es decir, no m&#xE1;s del 62% id&#xE9;ntica y la mayor&#xED;a &#x26;lt;25% id&#xE9;ntica a nivel de amino&#xE1;cidos), phiHSIC es &#xFA;nico entre los fagos que han sido secuenciados hasta la fecha. Estos resultados enfatizan la necesidad de fagos secuencia en el medio marino, tal vez el mayor reservorio de informaci&#xF3;n gen&#xE9;tica sin explotar.

Secuencia completa del genoma PhiHSIC, un fago Marina Pseudotemperate de Listonella Pelagia

&#x57FA;&#x4E8E;&#x79CD;&#x7FA4;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x4EA7;&#x91CF;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x9E1F;&#x67AA;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x9879;&#x76EE;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x805A;&#x7C7B;&#x548C;&#x7EFC;&#x5408;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x9884;&#x6D4B;&#x4ECE; 770 &#x4E07;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x53D6;&#x6837; (GOS) &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x7684; 612 &#x4E07;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E00;&#x8D77;&#x63A2;&#x8BA8;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x89C2;&#x6D4B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x6DB5;&#x76D6;&#x4E86;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6240;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3002;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 3,995 &#x4E2D;&#x578B;&#x548C;&#x5927;&#x578B;&#x96C6;&#x7FA4;&#x7684;&#x53EA;&#x6709; GOS &#x5E8F;&#x5217;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D; 1,700 &#x6709;&#x6CA1;&#x6709;&#x63A2;&#x6D4B;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x4E3A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3002;&#x53EA;&#x6709; GOS &#x7FA4;&#x96C6;&#x5305;&#x542B;&#x9AD8;&#x6BD4;&#x9884;&#x671F;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6765;&#x6E90;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x53CD;&#x6620;&#x75C5;&#x6BD2;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x76F4;&#x5230;&#x73B0;&#x5728;&#x5DEE;&#x62BD;&#x6837;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3002;&#x86CB;&#x767D;&#x57DF;&#x5206;&#x5E03;&#x89C2;&#x6D4B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x548C;&#x5F53;&#x524D;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x4E2D;&#x7684;&#x663E;&#x793A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4EE5;&#x524D;&#x88AB;&#x5F52;&#x7C7B;&#x4E3A;&#x738B;&#x56FD;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x57DF;&#x90FD;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x5728;&#x5176;&#x4ED6;&#x738B;&#x56FD; GOS &#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x3002;&#x7EA6; 6,000 &#x5E8F;&#x5217; &#xFF08;ORFans&#xFF09; &#x4ECE;&#x8FC4;&#x4ECA;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5DF2;&#x77E5;&#x86CB;&#x767D;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684;&#x6587;&#x732E; GOS &#x6570;&#x636E;&#x4E2D;&#x6709;&#x5339;&#x914D;&#x9879;&#x3002;&#x5168;&#x7403;&#x89C2;&#x6D4B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x8FD8;&#x7528;&#x4E8E;&#x6539;&#x5584;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x540C;&#x6E90;&#x6027;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;&#x603B;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x9664;&#x4E86;&#x5F53;&#x524D;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x6570;&#x91CF;&#x589E;&#x957F;&#x4E00;&#x500D;&#xFF0C;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; GOS &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x8FD8;&#x5411;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#x6DFB;&#x52A0;&#x4E86;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x548C;&#x9610;&#x660E;&#x5176;&#x6F14;&#x5316;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x610F;&#x89C1;&#x662F;&#x7528;&#x51E0;&#x4E2A;&#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x3001; &#x7D2B;&#x5916;&#x7EBF;&#x7167;&#x5C04; DNA &#x635F;&#x4F24;&#x4FEE;&#x590D;&#x9176;&#x3001; &#x8C37;&#x6C28;&#x9170;&#x80FA;&#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x548C;&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;&#x52A0;&#x4EE5;&#x9610;&#x91CA;&#x3002;&#x7531;&#x5168;&#x7403;&#x89C2;&#x6D4B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6570;&#x636E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5DF2;&#x9009;&#x62E9;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x52AA;&#x529B;&#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7ED3;&#x6784;&#x8868;&#x5F81;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x65B0;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x90FD;&#x53D1;&#x73B0;&#x662F;&#x7EBF;&#x6027;&#x6216;&#x52A0;&#x4E0A;&#x7684;&#x65B0;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E4E;&#x5448;&#x7EBF;&#x6027;&#x7684;&#x901F;&#x5EA6;&#x6697;&#x793A;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECD;&#x7136;&#x8FDC;&#x8FDC;&#x6CA1;&#x6709;&#x53D1;&#x73B0;&#x6240;&#x6709;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x6027;&#x8D28;&#x3002;

&#x5DEB;&#x5E08;&#x4E8C;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x53D6;&#x6837;&#x8FDC;&#x5F81;&#xFF1A; &#x6269;&#x5927;&#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x5B87;&#x5B99;&#x3002;

Metagenomics projects based on shotgun sequencing of populations of micro-organisms yield insight into protein families. We used sequence similarity clustering to explore proteins with a comprehensive dataset consisting of sequences from available databases together with 6.12 million proteins predicted from an assembly of 7.7 million Global Ocean Sampling (GOS) sequences. The GOS dataset covers nearly all known prokaryotic protein families. A total of 3,995 medium- and large-sized clusters consisting of only GOS sequences are identified, out of which 1,700 have no detectable homology to known families. The GOS-only clusters contain a higher than expected proportion of sequences of viral origin, thus reflecting a poor sampling of viral diversity until now. Protein domain distributions in the GOS dataset and current protein databases show distinct biases. Several protein domains that were previously categorized as kingdom specific are shown to have GOS examples in other kingdoms. About 6,000 sequences (ORFans) from the literature that heretofore lacked similarity to known proteins have matches in the GOS data. The GOS dataset is also used to improve remote homology detection. Overall, besides nearly doubling the number of current proteins, the predicted GOS proteins also add a great deal of diversity to known protein families and shed light on their evolution. These observations are illustrated using several protein families, including phosphatases, proteases, ultraviolet-irradiation DNA damage repair enzymes, glutamine synthetase, and RuBisCO. The diversity added by GOS data has implications for choosing targets for experimental structure characterization as part of structural genomics efforts. Our analysis indicates that new families are being discovered at a rate that is linear or almost linear with the addition of new sequences, implying that we are still far from discovering all protein families in nature.

The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: expanding the universe of protein families.

Projets m&#xE9;tag&#xE9;nomiques bas&#xE9;e sur le s&#xE9;quen&#xE7;age shotgun des populations de perspicacit&#xE9; rendement des micro-organismes dans les familles de prot&#xE9;ines. Nous avons utilis&#xE9; le regroupement de similarit&#xE9; de s&#xE9;quence pour explorer les prot&#xE9;ines avec un ensemble complet de donn&#xE9;es constitu&#xE9; de s&#xE9;quences de bases de donn&#xE9;es disponibles avec 6.12 million de prot&#xE9;ines pr&#xE9;dites &#xE0; partir d&#x26;#39;un ensemble de 7,7 millions d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage Global Ocean (SMO) des s&#xE9;quences. L&#x26;#39;ensemble de donn&#xE9;es GOS couvre presque tous les familles de prot&#xE9;ines connues procaryotes. Un total de grappes moyennes et grandes entreprises 3.995 consistant dans des s&#xE9;quences GOS seulement sont identifi&#xE9;s, dont 1700 n&#x26;#39;ont pas d&#x26;#39;homologie d&#xE9;tectable &#xE0; des familles connues. Les grappes GOS-seulement contiennent une proportion plus &#xE9;lev&#xE9;e que pr&#xE9;vu des s&#xE9;quences d&#x26;#39;origine virale, refl&#xE9;tant ainsi une m&#xE9;diocre de l&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage de la diversit&#xE9; virale jusqu&#x26;#39;&#xE0; pr&#xE9;sent. Distributions de domaines prot&#xE9;iques dans l&#x26;#39;ensemble de donn&#xE9;es et de bases de donn&#xE9;es prot&#xE9;iques GOS actuelles montrent biais distincts. Plusieurs domaines prot&#xE9;iques qui ont &#xE9;t&#xE9; pr&#xE9;c&#xE9;demment class&#xE9;es comme royaume sp&#xE9;cifiques sont montr&#xE9;s pour avoir des exemples GOS dans les autres royaumes. Environ 6.000 s&#xE9;quences (ORFans) &#xE0; partir de la litt&#xE9;rature qui, jusqu&#x26;#39;ici, n&#x26;#39;avaient pas de similitude avec des prot&#xE9;ines connues de correspondance dans les donn&#xE9;es du gouvernement soudanais. L&#x26;#39;ensemble de donn&#xE9;es SMO est &#xE9;galement utilis&#xE9; pour am&#xE9;liorer la d&#xE9;tection &#xE0; distance d&#x26;#39;homologie. Dans l&#x26;#39;ensemble, plus pr&#xE8;s de doubler le nombre de prot&#xE9;ines actuelles, les prot&#xE9;ines pr&#xE9;dites GOS &#xE9;galement ajouter une grande diversit&#xE9; de familles de prot&#xE9;ines connues et faire la lumi&#xE8;re sur leur &#xE9;volution. Ces observations sont illustr&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;aide de plusieurs familles de prot&#xE9;ines, y compris les phosphatases, prot&#xE9;ases, les rayons ultraviolets endommagent l&#x26;#39;ADN d&#x26;#39;irradiation enzymes de r&#xE9;paration, la glutamine synth&#xE9;tase, et la Rubisco. La diversit&#xE9; des donn&#xE9;es ajout&#xE9;es par GOS a des implications pour le choix des cibles pour la caract&#xE9;risation structure exp&#xE9;rimentale dans le cadre de la g&#xE9;nomique structurelle des efforts. Notre analyse indique que de nouvelles familles sont d&#xE9;couvertes &#xE0; un rythme qui est lin&#xE9;aire ou presque lin&#xE9;aire avec l&#x26;#39;ajout de nouvelles s&#xE9;quences, ce qui implique que nous sommes encore loin de d&#xE9;couvrir toutes les familles de prot&#xE9;ines dans la nature.

The Sorcerer II mondiale Expedition &#xE9;chantillonnage Oc&#xE9;an: L&#x26;#39;expansion de l&#x26;#39;Univers des familles de prot&#xE9;ines

Metagenomik Projekte basierend auf Schrotflinte Sequenzierung der Populationen von Mikroorganismen Ausbeute Einblick in Protein-Familien. Wir verwendet Sequenz &Auml;hnlichkeit Clusterunterst&uuml;tzung, um Proteine mit einem umfassenden Dataset bestehend aus Sequenzen aus verf&uuml;gbaren Datenbanken zusammen mit 6,12 Millionen Proteine aus einer Assembly von 7,7 Millionen Global Ocean Sampling (GOS) Sequenzen vorhergesagt zu erkunden. Das GOS-Dataset deckt fast alle bekannten prokaryotischen Proteinfamilien. Insgesamt 3.995 mittlere und gro&szlig;e Cluster bestehend aus nur GOS Sequenzen werden identifiziert, von denen 1.700 haben keine erkennbare Homologie zu bekannten Familien. Die nur-GOS-Cluster enthalten eine h&ouml;here als erwarteten Anteil von Sequenzen von viralen Ursprungs, was eine schlechte Probenahme von viralen Vielfalt bis jetzt. Protein-Dom&auml;ne-Distributionen in der GOS Dataset und aktuelle Proteindatenbanken zeigen unterschiedliche Neigungen. Mehrere Protein-Gebiete, die zuvor als K&ouml;nigreich bestimmte kategorisiert wurden werden gezeigt, GOS-Beispiele in anderen K&ouml;nigreichen zu haben. Etwa 6.000 Sequenzen (ORFans) aus der Literatur, die &Auml;hnlichkeit mit bekannten Proteinen bisher gefehlt haben &Uuml;bereinstimmungen in den GOS-Daten. GOS Dataset wird auch verwendet, um entfernte Homologie Nachweis zu verbessern. Insgesamt neben nahezu verdoppelt die Anzahl der aktuellen Proteine, die vorhergesagte GOS-Proteine auch viel Vielfalt zu bekannten Proteinfamilien hinzuf&uuml;gen und Aufschluss &uuml;ber deren Entwicklung. Diese Beobachtungen werden mit verschiedenen Proteinfamilien, Phosphatasen, Proteasen, UV-Bestrahlung DNA-Schaden-Reparatur-Enzyme, Glutamin-Synthetase und RuBisCO illustriert. Die Vielfalt von GOS-Daten hinzugef&uuml;gt hat Folgen f&uuml;r die Auswahl der Ziele f&uuml;r experimentelle Struktur Charakterisierung als Teil der strukturellen Genomics Bem&uuml;hungen. Unsere Analyse zeigt, dass die neue Familien entdeckt werden mit einer Rate, die linear oder nahezu linear mit dem Zusatz von neuen Sequenzen, was bedeutet, dass wir sind noch lange nicht alle Protein-Familien in der Natur zu entdecken.

Der Zauberer II Global Ocean Sampling-Expedition: erweitert die Welt von Proteinfamilien.

Metagenomica progetti basati sul sequenziamento shotgun delle popolazioni di microrganismi resa spaccato famiglie della proteina. Abbiamo usato sequence clustering somiglianza per esplorare le proteine con un dataset completo composto da sequenze di basi di dati disponibili insieme a proteine 6,12 milioni prevedere da un&#39;Assemblea di sequenze di campionamento oceano globale (GOS) 7,7 milioni. Il dataset GOS copre quasi tutte le famiglie di proteine procariotiche conosciuto. Un totale di 3.995 ammassi di medie e grandi dimensioni costituito solo sequenze di GOS sono identificati, di cui 1.700 non hanno alcuna omologia rilevabile a famiglie note. Il GOS-cluster contengono una pi&ugrave; alta rispetto a proporzione prevista di sequenze di origine virale, riflettendo cos&igrave; un povero campionamento della diversit&agrave; virale fino ad ora. Distribuzioni di dominio della proteina nel dataset GOS e attuale database di proteine mostrano pregiudizi distinti. Diversi domini della proteina che erano precedentemente classificati come Regno specifico sono dimostrati di avere esempi GOS in altri regni. Circa 6.000 sequenze (ORFans) dalla letteratura che finora mancava la somiglianza di proteine conosciute sono partite nei dati di GOS. Il dataset GOS &egrave; utilizzato anche per migliorare il rilevamento remoto di omologia. Nel complesso, oltre a quasi raddoppiare il numero di proteine corrente, le proteine GOS previste anche aggiungere una grande quantit&agrave; di diversit&agrave; per famiglie della proteina conosciuta e fanno luce sulla loro evoluzione. Queste osservazioni sono illustrate utilizzando diverse famiglie di proteine, tra cui fosfatasi, proteasi, enzimi di riparazione danni del DNA irradiazione ultravioletta, sintetasi glutamina e RuBisCO. La diversit&agrave; di aggiunta di dati GOS ha implicazioni per la scelta di obiettivi per la caratterizzazione della struttura sperimentale come parte degli sforzi di genomica strutturale. La nostra analisi indica che nuove famiglie sono essere scoperto ad un tasso che &egrave; lineare o quasi lineare con l&#39;aggiunta di nuove sequenze, che implica che siamo ancora lontani dallo scoprire tutte le famiglie di proteine in natura.

La spedizione di Sorcerer II Global Ocean campionamento: espansione dell&#39;universo delle famiglie della proteina.

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&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; yield &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C;&#xC758; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; Metagenomics &#xD504;&#xB85C;&#xC81D;&#xD2B8;. &#xC6B0;&#xB9AC; 6.12&#xB9CC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC608;&#xCE21; 7.7&#xB9CC; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC624;&#xC158; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; (GOS) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD568;&#xAED8; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD0D0;&#xAD6C; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xC0AC;&#xC6A9;. GOS &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC740; &#xAC70;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; prokaryotic &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC744; &#xB2E4;&#xB8E8;&#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 1700 &#xC788;&#xB2E4; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xAC10;&#xC9C0; homology &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xB9CC; GOS &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; 3,995 &#xB9E4;&#xCCB4; &#xBC0F; &#xB300;&#xD615; &#xADDC;&#xBAA8; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xC758; &#xCD1D; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. GOS &#xC804;&#xC6A9; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xD3EC;&#xD568; &#xB192;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAE30;&#xC6D0;, &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC9C0;&#xAE08;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xAC00;&#xB09C;&#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xBC18;&#xC601;&#xC758; &#xC608;&#xC0C1;&#xB41C; &#xBE44;&#xC728; &#xBCF4;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310; GOS &#xC9D1;&#xD569;&#xACFC; &#xD604;&#xC7AC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD3B8;&#xACAC;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xC815; &#xC655;&#xAD6D;&#xC73C;&#xB85C; &#xBD84;&#xB958; &#xB41C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xB2E4;&#xB978; &#xC655;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; GOS &#xC608;&#xC81C;&#xB97C; &#xAC19;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9C0;&#xAE08;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC774; &#xBD80;&#xC871; &#xBB38;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 6000 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; (ORFans) GOS &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294;. GOS dataset&#xB3C4; &#xC6D0;&#xACA9; homology &#xD0D0;&#xC9C0;&#xB97C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xAC70;&#xC758; &#xD604;&#xC7AC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC218;&#xB97C; &#xB450; &#xBC30;&#xB85C;, &#xAC8C;&#xB2E4;&#xAC00; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; GOS &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB610;&#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xCD94;&#xAC00; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBC1C;&#xC804;&#xC744; &#xBE44;&#xCD9C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAD00;&#xCE21;&#xC740; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574;, &#xD504;&#xB85C; &#xD14C;&#xC544; &#xC81C;, &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xBC29;&#xC0AC;&#xC120; DNA &#xC190;&#xC0C1; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD6A8;&#xC18C;, &#xAE00;&#xB8E8;&#xD0C0;&#xBBFC; &#xD569;&#xC131; &#xBC0F; Rubisco&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC124;&#xBA85; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. GOS &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCD94;&#xAC00; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xAD6C;&#xC870; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xB178;&#xB825;&#xC758; &#xC77C;&#xD658;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xAD6C;&#xC870; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC758;&#xBBF8;&#xB97C; &#xAC16;&#xB294;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAC00;&#xC871;&#xC740; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418; &#xACE0; &#xC120;&#xD615; &#xB610;&#xB294; &#xC0C8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xD568;&#xAED8; &#xAC70;&#xC758; &#xC120;&#xD615; &#xC18D;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871; &#xC790;&#xC5F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBA40;&#xB9AC; &#xC554;&#xC2DC;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB9C8;&#xBC95;&#xC0AC; 2 &#xCC28; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC624;&#xC158; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xC6D0;&#xC815;&#xB300;: &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xC6B0;&#xC8FC;&#xB97C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Metagen&#xF3;mica proyectos sobre la base de secuenciaci&#xF3;n escopeta de las poblaciones de visi&#xF3;n del rendimiento de microorganismos en las familias de prote&#xED;nas. Se utiliz&#xF3; la agrupaci&#xF3;n de similitud de secuencias para explorar las prote&#xED;nas con un conjunto de datos completo que consta de secuencias de bases de datos disponibles, junto con 6.12 millones de predecir las prote&#xED;nas a partir de un conjunto de 7,7 millones de muestreo Oc&#xE9;anos Mundiales (SMO) secuencias. El conjunto de datos SMO cubre casi todas las familias conocidas de prote&#xED;nas procariotas. Un total de 3.995 agrupaciones de mediano y gran tama&#xF1;o-que consisten en secuencias de SMO s&#xF3;lo se identifican, de los cuales 1.700 no tienen homolog&#xED;a detectables a las familias conocidas. Los grupos de GOS-s&#xF3;lo contienen una proporci&#xF3;n mayor de lo esperado de las secuencias de origen viral, lo que refleja un muestreo de los pobres de la diversidad viral hasta ahora. Distribuci&#xF3;n de las prote&#xED;nas de dominio en el conjunto de datos y bases de datos actuales SMO prote&#xED;nas muestran sesgos diferentes. Varios dominios de prote&#xED;nas que se clasificaron previamente como reino espec&#xED;fica se demuestra que tienen ejemplos SMO en otros reinos. Cerca de 6.000 secuencias (ORFans) de la literatura que hasta ahora carec&#xED;a de similitud con prote&#xED;nas conocidas tienen coincidencias en los datos SMO. El conjunto de datos SMO tambi&#xE9;n se utiliza para mejorar la detecci&#xF3;n remota de homolog&#xED;a. En general, adem&#xE1;s de casi duplicar el n&#xFA;mero de prote&#xED;nas actuales, las prote&#xED;nas predichas SMO tambi&#xE9;n a&#xF1;adir una gran diversidad de familias de prote&#xED;nas conocidas y arrojar luz sobre su evoluci&#xF3;n. Estas observaciones se ilustran con varias familias de prote&#xED;nas, incluyendo las fosfatasas, proteasas, irradiaci&#xF3;n ultravioleta, las enzimas de reparaci&#xF3;n del ADN, los da&#xF1;os a la glutamina sintetasa, y Rubisco. La diversidad de datos a&#xF1;adido por el SMO tiene implicaciones para la elecci&#xF3;n de objetivos para la caracterizaci&#xF3;n de la estructura experimental como parte de los esfuerzos estructurales de la gen&#xF3;mica. Nuestro an&#xE1;lisis indica que las familias se descubren nuevas a un ritmo que es lineal o casi lineal con la adici&#xF3;n de nuevas secuencias, lo que implica que a&#xFA;n estamos lejos de conocer todas las familias de prote&#xED;nas en la naturaleza.

El Sorcerer II Global Ocean expedici&#xF3;n de muestreo: ampliar el universo de familias de prote&#xED;nas

&#x75C5;&#x6BD2;&#x662F;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x661F;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B9E;&#x4F53;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4E0E;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5F71;&#x54CD;&#x5728;&#x4E16;&#x754C;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6C34;&#x5E73;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x79FB;&#x3001; &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x5FAA;&#x73AF;&#x7B49;&#x51E0;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x751F;&#x7269;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x9B54;&#x6CD5;&#x5E08; II &#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x63A2;&#x9669; (GOS) &#x5BA1;&#x8BAF;&#x53D1;&#x73B0;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5360;&#x5927;&#x7EA6; 3%&#x7684;&#x603B;&#x9884;&#x6D4B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E30;&#x5EA6;&#x8F83;&#x9AD8;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x805A;&#x7C7B;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x6570;&#x767E;&#x81F3;&#x6570;&#x5343;&#x79CD;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x5404;&#x79CD;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5B9A;&#x91CF;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x548C;&#x5BF9;&#x6C34;&#x4EA7;&#x54C1;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5206;&#x6570;&#x6267;&#x884C;&#x4E3B;&#x6301;&#x4EBA;&#x51FA;&#x8EAB;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x6027;&#x8D28;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x6C34;&#x4EA7;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x793E;&#x533A;&#x76F8;&#x5F53;&#x5927;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x5145;&#x5F53;&#x8FD9;&#x79CD;&#x9057;&#x4F20;&#x7269;&#x8D28;&#x7684;&#x6C34;&#x5E93;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4E3B;&#x673A;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x5E03;&#x53CA;&#x5206;&#x5B50;&#x8FDB;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x8FD8;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x73AF;&#x5883;&#x6709;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E3B;&#x6301;&#x4EBA;&#x51FA;&#x8EAB;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x6536;&#x8D2D;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x66F4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x548C;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x73B0;&#x8C61;&#xFF0C;&#x6BD4;&#x4EE5;&#x524D;&#x6240;&#x4E86;&#x89E3;&#x3002;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5206;&#x6570;&#x6E90;&#x81EA;&#x5C3E;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x548C;&#x5C55;&#x793A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x5206;&#x5E03;&#x6839;&#x636E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x5185;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x62DB;&#x8058; GOS &#x75C5;&#x6BD2;&#x5E8F;&#x5217;&#x7247;&#x6BB5;&#x5BF9; 27 &#x5B8C;&#x6574;&#x6C34;&#x751F;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5F15;&#x7528;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x662F;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E30;&#x5BCC;&#x800C;&#x662F;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#xFF0C;P SSM4 cyanomyovirus&#x3002;P-SSM4 &#x6837;&#x5E8F;&#x5217;&#x53CA;&#x5176;&#x4E3B;&#x673A;&#xFF0C;&#x8FD1;&#x6D77;&#x4F18;&#x52BF;&#x751F;&#x6001;&#x578B;&#x7684;&#x8DE8;&#x6240;&#x6709;&#x91C7;&#x6837;&#x70B9;&#x53D1;&#x884C;&#x652F;&#x6301;&#x4F5C;&#x4E3A; P SSM4 &#x6837;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x75C5;&#x6BD2;&#x53EF;&#x80FD;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x3001; &#x5206;&#x5E03;&#x548C;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x5FAE;&#x5FAE;&#x578B;&#x8D2B;&#x8425;&#x517B;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x7684;&#x6700;&#x4E3B;&#x8981;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x3002;&#x5728;&#x6458;&#x8981;&#x3001; &#x4E30;&#x5EA6;&#x548C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x5730;&#x57DF;&#x5206;&#x914D;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x5185;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x5206;&#x6570;&#xFF0C;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x751F;&#x7406;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x5176;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x5E03;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E4B;&#x95F4;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x6D41;&#x884C;&#x5927;&#x529B;&#x652F;&#x6301;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x91C7;&#x96C6;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x548C;&#x6B63;&#x5728;&#x8FDB;&#x884C;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x5728;&#x6D77;&#x6D0B;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x751F;&#x6210;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x6982;&#x5FF5;&#x3002;

&#x5DEB;&#x5E08;&#x4E8C;&#x53F7;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x53D6;&#x6837;&#x8003;&#x5BDF;&#xFF1A; &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6C34;&#x751F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6837;&#x672C;&#x5185;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x8868;&#x5F81;&#x3002;

Viruses are the most abundant biological entities on our planet. Interactions between viruses and their hosts impact several important biological processes in the world's oceans such as horizontal gene transfer, microbial diversity and biogeochemical cycling. Interrogation of microbial metagenomic sequence data collected as part of the Sorcerer II Global Ocean Expedition (GOS) revealed a high abundance of viral sequences, representing approximately 3% of the total predicted proteins. Cluster analyses of the viral sequences revealed hundreds to thousands of viral genes encoding various metabolic and cellular functions. Quantitative analyses of viral genes of host origin performed on the viral fraction of aquatic samples confirmed the viral nature of these sequences and suggested that significant portions of aquatic viral communities behave as reservoirs of such genetic material. Distributional and phylogenetic analyses of these host-derived viral sequences also suggested that viral acquisition of environmentally relevant genes of host origin is a more abundant and widespread phenomenon than previously appreciated. The predominant viral sequences identified within microbial fractions originated from tailed bacteriophages and exhibited varying global distributions according to viral family. Recruitment of GOS viral sequence fragments against 27 complete aquatic viral genomes revealed that only one reference bacteriophage genome was highly abundant and was closely related, but not identical, to the cyanomyovirus P-SSM4. The co-distribution across all sampling sites of P-SSM4-like sequences with the dominant ecotype of its host, Prochlorococcus supports the classification of the viral sequences as P-SSM4-like and suggests that this virus may influence the abundance, distribution and diversity of one of the most dominant components of picophytoplankton in oligotrophic oceans. In summary, the abundance and broad geographical distribution of viral sequences within microbial fractions, the prevalence of genes among viral sequences that encode microbial physiological function and their distinct phylogenetic distribution lend strong support to the notion that viral-mediated gene acquisition is a common and ongoing mechanism for generating microbial diversity in the marine environment.

The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: metagenomic characterization of viruses within aquatic microbial samples.

Les virus sont des entit&#xE9;s biologiques les plus abondants sur notre plan&#xE8;te. Les interactions entre les virus et leurs h&#xF4;tes d&#x26;#39;impact plusieurs processus biologiques importants dans les oc&#xE9;ans du monde tels que le transfert horizontal de g&#xE8;nes, la diversit&#xE9; microbienne et des cycles biog&#xE9;ochimiques. Interrogation de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences microbiennes m&#xE9;tag&#xE9;nomiques recueillies dans le cadre de l&#x26;#39;&#xE9;cole des sorciers Mondial II Expedition oc&#xE9;an (SMO) a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; une grande abondance de s&#xE9;quences virales, ce qui repr&#xE9;sente environ 3% des prot&#xE9;ines totales pr&#xE9;vues. Des analyses de groupement des s&#xE9;quences virales a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des centaines de milliers de g&#xE8;nes viraux codant pour diff&#xE9;rentes m&#xE9;tabolique et les fonctions cellulaires. Les analyses quantitatives des g&#xE8;nes viraux d&#x26;#39;origine h&#xF4;te effectu&#xE9;e sur la fraction virale des &#xE9;chantillons aquatiques a confirm&#xE9; la nature virale de ces s&#xE9;quences et a sugg&#xE9;r&#xE9; que des parties importantes de communaut&#xE9;s virales aquatiques se comportent comme des r&#xE9;servoirs de mat&#xE9;riel g&#xE9;n&#xE9;tique tel. Analyses distribution et phylog&#xE9;n&#xE9;tique de ces s&#xE9;quences virales d&#xE9;riv&#xE9;s h&#xF4;te a &#xE9;galement sugg&#xE9;r&#xE9; que l&#x26;#39;acquisition virale de g&#xE8;nes pertinents pour l&#x26;#39;environnement d&#x26;#39;origine h&#xF4;te est un ph&#xE9;nom&#xE8;ne plus abondante et r&#xE9;pandue qu&#x26;#39;auparavant appr&#xE9;ci&#xE9;. Les s&#xE9;quences virales qui pr&#xE9;dominent dans les fractions microbiennes identifi&#xE9;s provenaient de bact&#xE9;riophages &#xE0; queue et expos&#xE9; des r&#xE9;partitions vari&#xE9;es selon mondiaux &#xE0; la famille virale. Le recrutement des fragments GOS s&#xE9;quence virale contre 27 complets aquatiques g&#xE9;nomes viraux a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; qu&#x26;#39;un seul g&#xE9;nome du bact&#xE9;riophage de r&#xE9;f&#xE9;rence a &#xE9;t&#xE9; tr&#xE8;s abondante et &#xE9;tait &#xE9;troitement li&#xE9;, mais pas identique, &#xE0; la cyanomyovirus P-SSM4. La co-distribution &#xE0; travers tous les sites d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage de P-SSM4 s&#xE9;quences de type avec l&#x26;#39;&#xE9;cotype dominante de son h&#xF4;te, Prochlorococcus supporte la classification des s&#xE9;quences virales que le P-SSM4-like et sugg&#xE8;re que ce virus pourrait influer sur l&#x26;#39;abondance, la distribution et de la diversit&#xE9; de l&#x26;#39;une des composantes les plus dominantes de picophytoplancton dans les oc&#xE9;ans oligotrophes. En r&#xE9;sum&#xE9;, l&#x26;#39;abondance et la large r&#xE9;partition g&#xE9;ographique des s&#xE9;quences virales au sein des fractions microbiennes, la pr&#xE9;valence des g&#xE8;nes entre les s&#xE9;quences virales qui codent microbienne fonction physiologique et leur distribution phylog&#xE9;n&#xE9;tique distincte apporter un soutien fort &#xE0; la notion que l&#x26;#39;acquisition du g&#xE8;ne viral m&#xE9;di&#xE9;e est une commune et continue m&#xE9;canisme pour g&#xE9;n&#xE9;rer la diversit&#xE9; microbienne dans l&#x26;#39;environnement marin.

The Sorcerer II mondiale Expedition &#xE9;chantillonnage Oc&#xE9;an: caract&#xE9;risation m&#xE9;tag&#xE9;nomique des virus dans les &#xE9;chantillons microbiens aquatiques

Viren sind die am h&auml;ufigsten vorkommenden biologischen Wesen auf unserem Planeten. Interaktionen zwischen Viren und ihre Gastgeber Auswirkungen auf mehrere wichtige biologische Prozesse in den Ozeanen der Welt wie Horizontaler Gentransfer, mikrobielle Vielfalt und biogeochemische Radfahren. Verh&ouml;r von mikrobiellen durchgef&uuml;hrte metagenomische Sequenzdaten zusammengestellt als Teil von Sorcerer II Global Ocean Expedition (GOS) ergab eine hohe F&uuml;lle virale Sequenzen, etwa 3 % der gesamten vorhergesagten Proteine darstellt. Cluster-Analysen der viralen Sequenzen offenbart Hunderte bis Tausende von virale Gene Kodierung verschiedene metabolische und zellul&auml;re Funktionen. Quantitative Analysen der viralen Gene Host Ursprungs auf den viralen Bruch der aquatischen Proben durchgef&uuml;hrt best&auml;tigt der virale Charakter dieser Sequenzen und schlug vor, dass wichtige Teile der aquatischen virale Gemeinschaften wie Stauseen solchen genetischen Materials Verhalten. Verteilungsfragen und Phylogenetische Analysen dieser Host-abgeleitete virale Sequenzen auch vorgeschlagen, dass virale &Uuml;bernahme von &ouml;kologisch relevante Gene Host Ursprungs mehr reichlich vorhanden und weit verbreitete Ph&auml;nomen als zuvor angenommen. Die vorherrschenden viralen Sequenzen identifiziert in mikrobiellen Bruchteilen von Schwanz Bakteriophagen stammt und unterschiedlichen globale Distributionen nach viralen Familie ausgestellt. Rekrutierung von GOS virale Sequenz Fragmente gegen 27 komplette aquatischen virale Genome ergab, dass nur ein Verweis Bakteriophage Genom war sehr reichlich und war eng verwandte, aber nicht identisch mit der Cyanomyovirus P-SSM4. Der Produktionsund standort&uuml;bergreifend Probenahme von P-SSM4-&auml;hnliche Sequenzen mit der dominanten &Ouml;kotyp von seinem Gastgeber, Prochlorococcus unterst&uuml;tzt die Einstufung der viralen Sequenzen als P-SSM4-&auml;hnliche und legt nahe, dass dieses Virus der bestand, die Verteilung und die Vielfalt eines der dominierenden Komponenten des Picophytoplankton in oligotrophen Ozeanen beeinflussen kann. In der Zusammenfassung, die F&uuml;lle und Breite geografische Verteilung der viralen Sequenzen in mikrobiellen Br&uuml;che die Pr&auml;valenz von Genen unter virale Sequenzen, die mikrobielle physiologische Funktion und deren unterschiedliche phylogenetische Verteilung codieren verleihen starken Unterst&uuml;tzung der Vorstellung, dass virale-vermittelte gen &Uuml;bernahme eines gemeinsamen und anhaltenden Mechanismus zur Erzeugung von mikrobiellen Vielfalt der marinen Umwelt.

Der Zauberer II Global Ocean Sampling-Expedition: durchgef&uuml;hrte metagenomische Charakterisierung von Viren in aquatischen mikrobielle Proben.

I virus sono entit&agrave; biologiche pi&ugrave; abbondanti sul nostro pianeta. Interazioni tra virus e loro ospiti impatto diversi importanti processi biologici negli oceani del mondo come trasferimento orizzontale di geni, diversit&agrave; microbica e biogeochimici in bicicletta. Interrogatorio della metagenomica microbica sequenza dati raccolti nell&#39;ambito del Sorcerer II Global Ocean spedizione (GOS) ha rivelato un&#39;elevata abbondanza di sequenze virali, che rappresentano circa il 3% delle proteine totali previsti. Cluster analisi delle sequenze virali ha rivelato centinaia di migliaia di geni virali codifica varie funzioni metaboliche e cellulari. Analisi quantitativa dei geni virali di origine host eseguita sulla frazione virale dei campioni acquatici ha confermato la natura virale di queste sequenze e suggerito che porzioni significative delle Comunit&agrave; acquatiche virale si comportano come serbatoi di tale materiale genetico. Analisi filogenetiche e distributivi di queste sequenze virali derivate da host ha anche suggerito che acquisizione virale dei geni ecologicamente rilevanti di origine host &egrave; un fenomeno pi&ugrave; abbondante e diffuso che precedentemente apprezzato. Il predominante sequenze virali identificate all&#39;interno delle frazioni microbiche ha provenuto dalla coda batteriofagi ed esposto diverse distribuzioni globali secondo la famiglia virale. Assunzione di frammenti di sequenza virale GOS contro 27 completa acquatica genoma virale ha rivelato che un solo genoma del batteriofago riferimento era molto abbondante e strettamente correlati, ma non identico, a cyanomyovirus P-SSM4. I contratti su tutti i siti di campionamento delle sequenze di P-SSM4-come con l&#39;ecotipo dominante del suo ospite, Acinetobacter supporta la classificazione delle sequenze virali come P-SSM4-like e suggeriscono che questo virus pu&ograve; influenzare l&#39;abbondanza, la distribuzione e la diversit&agrave; di uno dei componenti pi&ugrave; dominante di Odum negli oceani oligotrofe. In sintesi, l&#39;abbondanza e ampia distribuzione geografica delle sequenze virali all&#39;interno delle frazioni microbiche, la prevalenza di geni tra sequenze virali che codificano la funzione fisiologica microbica e la loro distribuzione filogenetica distinti dare forte sostegno alla nozione che acquisizione virale-mediata del gene &egrave; un meccanismo comune e in corso per generare diversit&agrave; microbica in ambiente marino.

Campionamento spedizione Sorcerer II Global Ocean: caratterizzazione metagenomica del virus all&#39;interno di campioni microbiche acquatiche.

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27&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x6C34;&#x751F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;GOS&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x914D;&#x5217;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x52DF;&#x96C6;&#x306F;1&#x3064;&#x3060;&#x3051;&#x53C2;&#x7167;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x540C;&#x4E00;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x3044;&#x3001;cyanomyovirus P-SSM4&#x3078;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x751F;&#x614B;&#x578B;&#x3068;P-SSM4&#x69D8;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x9593;&#x3067;&#x306E;&#x5171;&#x540C;&#x5206;&#x5E03;&#x306F;&#x3001;Prochlorococcus&#x306F;&#x3001;P-SSM4-&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306F;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3001;&#x5206;&#x5E03;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x8CA7;&#x6804;&#x990A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x30D4;&#x30B3;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x6210;&#x5206;&#x306E;&#x4E00;&#x3064;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x8981;&#x7D04;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x3068;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x753B;&#x5185;&#x3067;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x751F;&#x7406;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x9593;&#x3067;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6709;&#x75C5;&#x7387;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x5A92;&#x4ECB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x53D6;&#x5F97;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x3067;&#x9032;&#x884C;&#x4E2D;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8003;&#x3048;&#x3092;&#x5F37;&#x529B;&#x306B;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3092;&#x8CB8;&#x3059;&#x6D77;&#x6D0B;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3002;

&#x30BD;&#x30FC;&#x30B5;&#x30E9;&#x30FC;II&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#xB7;&#x30AA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E3;&#x30F3;&#xB7;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x63A2;&#x691C;&#xFF1A;&#x6C34;&#x751F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x5185;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;

&#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB294; &#xC9C0;&#xAD6C;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xC5D4;&#xD130;&#xD2F0;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xAC04;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC218;&#xD3C9; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC774;&#xB3D9;, &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xBC0F; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB9C1; &#xB4F1; &#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xACFC;&#xC815;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744;. &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC218;&#xC9D1; &#xB9C8;&#xBC95;&#xC0AC; II &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD574;&#xC591; &#xD0D0;&#xC0AC; (GOS)&#xC758; &#xC2EC;&#xBB38; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, &#xCD1D; &#xC608;&#xC0C1;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC57D; 3%&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xBC0F; &#xC138;&#xD3EC; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xC218;&#xBC31;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC218;&#xC0DD; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC77C;&#xBD80;&#xC5D0; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xAE30;&#xC6D0;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; &#xD655;&#xC778; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC790;&#xC5F0; &#xC218;&#xC0DD; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xBD80;&#xBD84; &#xAC19;&#xC740; &#xC720;&#xC804; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC758; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xB85C; &#xB3D9;&#xC791; &#xD558;&#xB294; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD30C;&#xC0DD; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC; &#xBC0F; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D; &#xB610;&#xD55C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xCD9C;&#xC2E0;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC778;&#xC218; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xD3C9;&#xAC00; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xACE0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xD604;&#xC0C1; &#xC784;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC8FC;&#xB41C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xBD84;&#xC218; &#xAF2C;&#xB9AC; bacteriophages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xB798; &#xD558; &#xACE0; &#xC804;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0; &#xB530;&#xB974;&#xBA74; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. GOS &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC870;&#xAC01; 27 &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xC218;&#xC0DD; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xC9D1; &#xD558;&#xB098;&#xB9CC; &#xCC38;&#xC870; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC624;&#xD30C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; &#xBC1D;&#xD600; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD48D;&#xBD80; &#xD588;&#xB2E4; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xD588;&#xC9C0;&#xB9CC; P SSM4 cyanomyovirus&#xB97C; &#xB3D9;&#xC77C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB294; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. P SSM4 &#xAC19;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;, Prochlorococcus&#xC758; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; ecotype &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; co-distribution&#xB85C; P SSM4 &#xAC19;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xB958;&#xB97C; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xD558; &#xACE0; &#xD48D;&#xBD80;, &#xC720;&#xD1B5; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; picophytoplankton oligotrophic &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC774; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC601;&#xD5A5; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC694;&#xC57D;, &#xD48D;&#xBD80; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xBD84;&#xC218; &#xB0B4; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBD84;&#xD3EC;, &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; phylogenetic &#xBA54;&#xC77C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC720;&#xD589; &#xC911;&#xC7AC; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD68D;&#xB4DD; &#xD574;&#xC591; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC740; &#xAC1C;&#xB150;&#xC5D0; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC9C0;&#xC6D0;&#xC744; &#xBE4C;&#xB824;.

&#xC218; &#xC911; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xB0B4;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xB9C8;&#xBC95;&#xC0AC; 2 &#xCC28; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC624;&#xC158; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xD0D0;&#xD5D8;: metagenomic &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;.

Los virus son las entidades biol&#xF3;gicas m&#xE1;s abundantes en nuestro planeta. Las interacciones entre los virus y sus anfitriones impacto de varios procesos biol&#xF3;gicos importantes en los oc&#xE9;anos del mundo, como la transferencia horizontal de genes, la diversidad microbiana y los ciclos biogeoqu&#xED;micos. El interrogatorio de datos de secuencias de metagen&#xF3;mica microbiana recopilados como parte de la Sorcerer II Expedition Oce&#xE1;nicos Mundiales (SMO), revel&#xF3; una alta abundancia de secuencias virales, lo que representa aproximadamente el 3% de las prote&#xED;nas totales previstos. El an&#xE1;lisis estratigr&#xE1;fico de las secuencias virales revel&#xF3; cientos de miles de genes virales que codifican metab&#xF3;lica diversas funciones celulares. Los an&#xE1;lisis cuantitativos de los genes virales de origen del hu&#xE9;sped a cabo en la fracci&#xF3;n viral de muestras acu&#xE1;ticos confirm&#xF3; la naturaleza viral de estas secuencias, y sugiri&#xF3; que una porci&#xF3;n significativa de las comunidades acu&#xE1;ticas virales se comportan como reservorios de material gen&#xE9;tico tal. An&#xE1;lisis de la distribuci&#xF3;n y filogen&#xE9;tico de las secuencias virales derivadas de acogida, tambi&#xE9;n sugiere que la adquisici&#xF3;n de genes de virus de relevancia ambiental de origen del hu&#xE9;sped es un fen&#xF3;meno m&#xE1;s abundante y extendida de lo que se pensaba anteriormente. Las secuencias virales predominantes identificados en las fracciones microbianas origin&#xF3; a partir de bacteri&#xF3;fagos de cola y mostrado diferentes distribuciones globales de acuerdo a la familia viral. La contrataci&#xF3;n de fragmentos de secuencias virales contra GOS 27 completos de genomas virales acu&#xE1;ticos revel&#xF3; que s&#xF3;lo un genoma del bacteri&#xF3;fago referencia era muy abundante y estaba estrechamente relacionada, pero no id&#xE9;ntica, a la cyanomyovirus P-SSM4. El co-distribuci&#xF3;n en todos los sitios de muestreo de la P-SSM4-igual que las secuencias con el ecotipo dominante de su anfitri&#xF3;n, Prochlorococcus apoya la clasificaci&#xF3;n de las secuencias virales como la P-SSM4 similar y sugiere que este virus puede influir en la abundancia, distribuci&#xF3;n y diversidad de uno de los componentes m&#xE1;s dominantes de picofitoplancton en los oc&#xE9;anos oligotr&#xF3;ficas. En resumen, la abundancia y amplia distribuci&#xF3;n geogr&#xE1;fica de las secuencias virales en fracciones microbianas, la prevalencia de genes entre las secuencias virales que codifican la funci&#xF3;n microbiana fisiol&#xF3;gica y su distribuci&#xF3;n filogen&#xE9;tica clara prestar un fuerte apoyo a la idea de que los virus mediada por la adquisici&#xF3;n del gen es com&#xFA;n y permanente mecanismo para la generaci&#xF3;n de la diversidad microbiana en el medio marino.

El Sorcerer II Global Ocean expedici&#xF3;n de muestreo: Caracterizaci&#xF3;n metagen&#xF3;mica de virus en muestras de microorganismos acu&#xE1;ticos

&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x611F;&#x67D3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x793E;&#x533A;&#x5185;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x662F;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x7684;&#x6027;&#x8D28;&#x3002;&#x4E4B;&#x95F4;&#x53EF;&#x80FD;&#x51FA;&#x73B0;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x662F;&#x5BF9;&#x901A;&#x8FC7;&#x5404;&#x79CD;&#x5F62;&#x5F0F;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x4EA4;&#x6362;&#x6EB6;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x6E29;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x91CD;&#x5927;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x59CB;&#x7EC8;&#x663E;&#x793A;&#x4E3A;&#x542B;&#x6709;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x6E29;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x6613;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5F25;&#x6F2B;&#x6027;&#x6D41;&#x6DF1;&#x6D77;&#x70ED;&#x6DB2;&#x55B7;&#x53E3;&#x6C34;&#x57DF;&#x663E;&#x793A;&#x6EB6;&#x4E3B;&#x673A;&#x59CB;&#x7EC8;&#x5982;&#x4E00;&#x7684;&#x9AD8;&#x53D1;&#x75C5;&#x7387;&#x548C;&#x6E2F;&#x6E7E;&#x7684;&#x6E29;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5927;&#x91CF;&#x4EBA;&#x53E3;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x6307;&#x7EB9;&#x548C;&#x521D;&#x59CB;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x6392;&#x6C14;&#x53E3;&#x6C34;&#x57DF;&#x4E2D;&#x7684;&#x6E29;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x8F83;&#x5927;&#x7684;&#x6D6E;&#x6E38;&#x75C5;&#x6BD2;&#x793E;&#x533A;&#x7684;&#x4E0D;&#x5C11;&#x4E0D;&#x540C;&#x5B50;&#x96C6;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5305;&#x542B;&#x65B0;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x975E;&#x5E38;&#x9AD8;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x5B83;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x51FA;&#x73B0;&#x6E29;&#x5E26;&#x75C5;&#x6BD2;&#x662F;&#x5728;&#x6DF1;&#x6D77;&#x7684;&#x6781;&#x7AEF;&#x5730;&#x70ED;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5185;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x89D2;&#x8272;&#x3002;

&#x6EB6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4E0E;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5F25;&#x6F2B;&#x6D41;&#x6DF1;&#x6D77;&#x70ED;&#x6DB2;&#x55B7;&#x53E3;&#x5360;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x5730;&#x4F4D;&#x3002;

The consequences of viral infection within microbial communities are dependent on the nature of the viral life cycle. Among the possible outcomes is the substantial influence of temperate viruses on the phenotypes of lysogenic prokaryotes through various forms of genetic exchange. To date, no marine microbial ecosystem has consistently shown a predisposition for containing significant numbers of inducible temperate viruses. Here, we show that deep-sea diffuse-flow hydrothermal vent waters display a consistently high incidence of lysogenic hosts and harbor substantial populations of temperate viruses. Genetic fingerprinting and initial metagenomic analyses indicate that temperate viruses in vent waters appear to be a less diverse subset of the larger virioplankton community and that these viral populations contain an extraordinarily high frequency of novel genes. Thus, it appears likely that temperate viruses are key players in the ecology of prokaryotes within the extreme geothermal ecosystems of the deep sea.

Lysogenic virus-host interactions predominate at deep-sea diffuse-flow hydrothermal vents.

Las consecuencias de la infecci&#xF3;n viral dentro de las comunidades microbianas son dependientes de la naturaleza del ciclo de vida viral. Entre los posibles resultados es la influencia sustancial de los virus templados en los fenotipos de los procariotas lisog&#xE9;nicas mediante diversas formas de intercambio gen&#xE9;tico. Hasta la fecha, ning&#xFA;n ecosistema microbiano marino ha mostrado una predisposici&#xF3;n a que contiene un n&#xFA;mero significativo de los virus templados inducibles. Aqu&#xED;, mostramos que el mar profundo de flujo difuso aguas hidrotermales presentan una incidencia consistentemente alta de los ej&#xE9;rcitos y las poblaciones portuarias lisog&#xE9;nicas sustanciales de los virus de clima templado. Huellas gen&#xE9;ticas y los an&#xE1;lisis iniciales indican que los virus de metagen&#xF3;mica en las aguas templadas de ventilaci&#xF3;n parece ser un subconjunto menos diversos de la comunidad virioplankton m&#xE1;s grande y que estas poblaciones virales contienen una frecuencia extremadamente alta de nuevos genes. As&#xED; pues, parece probable que los virus templados son actores clave en la ecolog&#xED;a de los procariotas dentro de los ecosistemas extremos geot&#xE9;rmicos de las profundidades del mar.

Lisog&#xE9;nicos interacciones virus-hu&#xE9;sped predominan en aguas profundas de flujo difuso Ventilas Hidrotermales

Les cons&#xE9;quences de l&#x26;#39;infection virale au sein des communaut&#xE9;s microbiennes sont tributaires de la nature du cycle de vie du virus. Parmi les r&#xE9;sultats possibles, c&#x26;#39;est l&#x26;#39;influence consid&#xE9;rable de virus temp&#xE9;r&#xE9;es sur les ph&#xE9;notypes de procaryotes lysog&#xE8;nes &#xE0; travers diverses formes d&#x26;#39;&#xE9;change g&#xE9;n&#xE9;tique. &#xC0; ce jour, aucun &#xE9;cosyst&#xE8;me microbien marin a toujours montr&#xE9; une pr&#xE9;disposition pour contenir un nombre important de virus temp&#xE9;r&#xE9;es inductibles. Ici, nous montrons que la mer profonde diffuse d&#xE9;bit des eaux hydrothermales afficher une incidence &#xE9;lev&#xE9;e et constante des arm&#xE9;es et des populations portuaires lysog&#xE8;nes importantes de virus temp&#xE9;r&#xE9;es. Les empreintes g&#xE9;n&#xE9;tiques et les premi&#xE8;res analyses indiquent que les virus m&#xE9;tag&#xE9;nomiques dans les eaux temp&#xE9;r&#xE9;es de ventilation semblent &#xEA;tre un sous-ensemble moins diversifi&#xE9;e de la communaut&#xE9; plus large virioplankton et que ces populations virales contiennent une fr&#xE9;quence extraordinairement &#xE9;lev&#xE9;e de nouveaux g&#xE8;nes. Ainsi, il semble probable que les virus temp&#xE9;r&#xE9;es sont des acteurs cl&#xE9;s dans l&#x26;#39;&#xE9;cologie des procaryotes dans les &#xE9;cosyst&#xE8;mes extr&#xEA;mes g&#xE9;othermiques de la mer profonde.

Lysog&#xE8;nes interactions virus-h&#xF4;te Pr&#xE9;dominance &#xE0; Deep-mer diffuse d&#xE9;bit champ hydrothermal

Die Folgen einer viralen Infektion in mikrobielle Gemeinschaften sind abh&auml;ngig von der Art des viralen Lebenszyklus. Unter den m&ouml;glichen Ergebnissen ist der erhebliche Einfluss der gem&auml;&szlig;igten Viren auf den Ph&auml;notypen des lysogenen Prokaryoten durch verschiedene Formen der genetischen Austausch. Bis heute hat keine mikrobielles &Ouml;kosystem eine Pr&auml;disposition f&uuml;r, bedeutende Zahlen durch Induktion gem&auml;&szlig;igten Viren enthalten durchweg. Hier zeigen wir die Tiefsee diffuse-Flow hydrothermalen Entl&uuml;ftungs&ouml;ffnung Gew&auml;sser eine gleich bleibend hohe Inzidenz von lysogenen Hosts anzeigen und betr&auml;chtliche Bev&ouml;lkerungen gem&auml;&szlig;igten Viren beherbergen. Genetischen Fingerabdruck und erste durchgef&uuml;hrte metagenomische Analysen zeigen, dass die gem&auml;&szlig;igten Viren im Schlot Gew&auml;sser erscheinen weniger vielf&auml;ltig Teilmenge der gr&ouml;&szlig;eren Virioplankton Gemeinschaft sein und diese viralen Populationen eine au&szlig;erordentlich hohe Frequenz der neuartige Gene enthalten. So erscheint es wahrscheinlich, dass gem&auml;&szlig;igten Viren wichtige Akteure in der &Ouml;kologie von Prokaryoten innerhalb der extreme Geothermie &Ouml;kosysteme der Tiefsee.

Lysogenen Virus-Host Interaktionen dominieren Tiefsee diffuse-Flow hydrothermale.

Le conseguenze dell&#39;infezione virale all&#39;interno delle comunit&agrave; microbiche dipendono dalla natura del ciclo di vita virale. Tra i possibili esiti &egrave; l&#39;influenza notevole di virus temperati su fenotipi di procarioti lisogene attraverso varie forme di scambio genetico. Fino ad oggi, nessun ecosistema microbico Marino ha indicato costantemente una predisposizione per contenente un numero significativo di viscoelastico virus temperati. Qui, vi mostriamo che acque d&#39;altura del flusso diffuso idrotermali visualizzare costantemente elevata incidenza di host lisogeni e notevoli popolazioni di virus temperati del porto. Le impronte genetiche e analisi metagenomica iniziali indicano che temperato virus nelle acque di sfiato sembrano essere un sottoinsieme della pi&ugrave; grande comunit&agrave; virioplankton meno diversificato e che queste popolazioni virali contengono una straordinariamente elevata frequenza di nuovi geni. Cos&igrave;, sembra probabile che virus temperati sono giocatori chiave nell&#39;ecologia dei procarioti entro gli ecosistemi geotermici estremi di mare profondo.

Interazioni ospite-virus lisogeno predominano in altura diffusa-flusso idrotermali.

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x5185;&#x3067;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x611F;&#x67D3;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306E;&#x6027;&#x8CEA;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x4EA4;&#x63DB;&#x306E;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x5F62;&#x614B;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x3001;&#x6EB6;&#x539F;&#x6027;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x4E0A;&#x306E;&#x6E29;&#x5E2F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x307E;&#x3067;&#x306B;&#x3001;&#x4F55;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306F;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x8A98;&#x5C0E;&#x6E29;&#x5E2F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x6570;&#x3092;&#x53CE;&#x5BB9;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D20;&#x56E0;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x6D77;&#x306E;&#x62E1;&#x6563;&#x6D41;&#x71B1;&#x6C34;&#x5674;&#x51FA;&#x5B54;&#x6C34;&#x304C;&#x6EB6;&#x539F;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x6E2F;&#x6E29;&#x5E2F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x96C6;&#x56E3;&#x306E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x305F;&#x9AD8;&#x767A;&#x751F;&#x7387;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6307;&#x7D0B;&#x6CD5;&#x3068;&#x521D;&#x671F;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x6D77;&#x57DF;&#x3067;&#x6E29;&#x5E2F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304C;&#x5927;&#x304D;&#x3044;virioplankton&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3068;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x96C6;&#x56E3;&#x304C;&#x65B0;&#x898F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x9AD8;&#x200B;&#x200B;&#x3044;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x6E29;&#x5E2F;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x6D77;&#x306E;&#x6975;&#x7AEF;&#x306A;&#x5730;&#x71B1;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x5185;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306E;&#x30AD;&#x30FC;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E4;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6EB6;&#x539F;&#x6027;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; - &#x5BBF;&#x4E3B;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x6D77;&#x62E1;&#x6563;&#x6D41;&#x71B1;&#x6C34;&#x5674;&#x51FA;&#x5B54;&#x3067;&#x4E00;&#x4E16;&#x3092;&#x98A8;&#x9761;

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2EC;&#xB77C; &#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD615;&#xD0DC;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD50;&#xB958;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC6A9;&#xC6D0;&#xC131; prokaryotes &#xACE0;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC778; &#xC601;&#xD5A5;&#xC774; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC9C0;&#xAE08;&#xAE4C;&#xC9C0;, &#xC544;&#xB2C8; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC22B;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD0C0;&#xACE0; &#xB0AC;&#xB2E4; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xD655;&#xC0B0; &#xD750;&#xB984; &#xC5F4; &#xC218; &#xD658;&#xAE30; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC6A9;&#xC6D0;&#xC131; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC758; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xBC1C;&#xBCD1; &#xB960;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xD56D;&#xAD6C;&#xC758; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C0;&#xBB38; &#xBC0F; &#xCD08;&#xAE30; metagenomic &#xBD84;&#xC11D; &#xD070; virioplankton &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB35C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569; &#xC774;&#xC5B4;&#xC57C; &#xD558; &#xD1B5;&#xD48D;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xB098;&#xD0C0;&#xB098;&#xACE0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC778;&#xAD6C; &#xD3EC;&#xD568; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC758; &#xADF9;&#xB2E8;&#xC801;&#xC778; &#xC9C0; &#xC5F4; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; prokaryotes&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD575;&#xC2EC; &#xC120;&#xC218;&#xB294; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC6A9;&#xC6D0;&#xC131; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;-&#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC740; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xD655;&#xC0B0; &#xD750;&#xB984; &#xC5F4; &#xC218; &#xAD6C;&#xBA4D;&#xC5D0; predominate.

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x786E;&#x5B9A;&#x5404;&#x79CD;&#x6838;&#x9178;&#x6210;&#x5206;&#x590D;&#x6742;&#x3001; &#x5F80;&#x5F80;&#x5C06;&#x3001; &#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x793E;&#x533A;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x9AD8;&#x6548; fractionate &#x53CC;&#x94FE; DNA (&#x4F5C;&#x7528;)&#xFF0C;&#x5355;&#x94FE; DNA &#xFF08;ssDNA&#xFF09;&#xFF0C;dsRNA&#xFF0C;ssRNA &#x4ECE;&#x5DF2;&#x77E5;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x6563;&#x5F39;&#x67AA;&#x5E93;&#x800C;&#x5174;&#x5EFA;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x5206;&#x6570;&#x751F;&#x6210;&#x987A;&#x5E8F;&#x8BFB;&#x53D6;&#x3002;&#x5927;&#x4E8E; 90%&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x663E;&#x793A;&#x7ED9;&#x9884;&#x671F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6C34;&#x5E73;&#x5728;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x4ECE;&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#x548C;&#x5E72;&#x6258;&#x5C14;&#x56FE;&#x52A0;&#x56FD;&#x5BB6;&#x516C;&#x56ED;&#x6536;&#x96C6;&#x6D77;&#x6D0B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;&#x5B64;&#x7ACB;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x88AB;&#x5206;&#x5272;&#x4F7F;&#x7528;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#x8DDF;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x653E;&#x5927;&#x730E;&#x67AA;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x5206;&#x7C7B;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x8003;&#x8651;&#x5176;&#x6E90;&#x6838;&#x9178;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x6700;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x53CD;&#x6620;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;

&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x53CC;&#x94FE; DNA&#x3001; &#x5355;&#x7EDE; DNA &#x548C; RNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4ECE;&#x5929;&#x7136;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7EC4;&#x5408;&#x3002;

Metagenomics can be used to determine the diversity of complex, often unculturable, viral communities with various nucleic acid compositions. Here, we report the use of hydroxyapatite chromatography to efficiently fractionate double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), dsRNA, and ssRNA genomes from known bacteriophages. Linker-amplified shotgun libraries were constructed to generate sequencing reads from each hydroxyapatite fraction. Greater than 90% of the reads displayed significant similarity to the expected genomes at the nucleotide level. These methods were applied to marine viruses collected from the Chesapeake Bay and the Dry Tortugas National Park. Isolated nucleic acids were fractionated using hydroxyapatite chromatography followed by linker-amplified shotgun library construction and sequencing. Taxonomic analysis demonstrated that the majority of environmental sequences, regardless of their source nucleic acid, were most similar to dsDNA viruses, reflecting the bias of viral metagenomic sequence databases.

Hydroxyapatite-mediated separation of double-stranded DNA, single-stranded DNA, and RNA genomes from natural viral assemblages.

La m&#xE9;tag&#xE9;nomique peut &#xEA;tre utilis&#xE9;e pour d&#xE9;terminer la diversit&#xE9; des complexes, souvent non cultivables, des communaut&#xE9;s virales avec diverses compositions d&#x26;#39;acides nucl&#xE9;iques. Nous rapportons ici l&#x26;#39;utilisation de la chromatographie d&#x26;#39;hydroxyapatite pour fractionner efficacement l&#x26;#39;ADN double brin (ADNdb), l&#x26;#39;ADN simple brin (ADNsb), ARNdb, et les g&#xE9;nomes ARN simple brin de bact&#xE9;riophages connus. Biblioth&#xE8;ques de fusil de chasse Linker-amplifi&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; construits de mani&#xE8;re &#xE0; g&#xE9;n&#xE9;rer des s&#xE9;quen&#xE7;age lit de chaque fraction d&#x26;#39;hydroxyapatite. Plus de 90% de la similitude lit affich&#xE9;e de mani&#xE8;re significative aux g&#xE9;nomes escompt&#xE9;s au niveau des nucl&#xE9;otides. Ces m&#xE9;thodes ont &#xE9;t&#xE9; appliqu&#xE9;es &#xE0; des virus marins pr&#xE9;lev&#xE9;s dans la baie de Chesapeake et le Parc national de Dry Tortugas. Des acides nucl&#xE9;iques isol&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; fractionn&#xE9;s par chromatographie en phase hydroxyapatite suivie par l&#x26;#39;&#xE9;diteur de liens-amplifi&#xE9; de la construction fusil biblioth&#xE8;que et le s&#xE9;quen&#xE7;age. L&#x26;#39;analyse taxonomique a d&#xE9;montr&#xE9; que la majorit&#xE9; des s&#xE9;quences de l&#x26;#39;environnement, ind&#xE9;pendamment de leur source d&#x26;#39;acide nucl&#xE9;ique, &#xE9;taient les plus semblables &#xE0; des virus dsDNA, refl&#xE9;tant le biais de bases de donn&#xE9;es virales de s&#xE9;quences m&#xE9;tag&#xE9;nomiques.

G&#xE9;nomes hydroxyapatite-m&#xE9;diation de s&#xE9;paration des ADN double brin, l&#x26;#39;ADN simple brin, et de l&#x26;#39;ARN &#xE0; partir assemblages naturels virales

Metagenomik kann verwendet werden, um zu bestimmen, die Vielfalt der komplexen, oft unculturable, virale Gemeinschaften mit verschiedenen Nukleins&auml;ure-Kompositionen. Hier berichten wir &uuml;ber die Verwendung von Hydroxyapatit-Chromatographie, doppelstr&auml;ngige DNA (DsDNA), einzeln-angeschwemmte DNA (SsDNA) und sequenzspezifischen SsRNA Genome von bekannten Bakteriophagen effizient zu fractionate. Linker-amp Schrotflinte Bibliotheken wurden errichtet, um Sequenzierung liest aus jeden Hydroxylapatit-Bruch zu generieren. Mehr als 90 % des lautet erhebliche &Auml;hnlichkeit, die erwarteten Genome auf der Nukleotid-Ebene angezeigt. Diese Methoden wurden f&uuml;r marine Viren von der Chesapeake Bay und der Dry-Tortugas-Nationalpark gesammelt angewendet. Isoliert Nukleins&auml;uren wurden mit Hydroxylapatit-Chromatographie, gefolgt von Linker-amp Schrotflinte Bibliotheksbau und Sequenzierung fraktioniert. Taxonomische Analyse zeigte, dass die Mehrheit der Umwelt-Sequenzen, unabh&auml;ngig von ihrer Quelle-Nukleins&auml;ure, DsDNA Viren, am &auml;hnlichsten waren reflektieren die Voreingenommenheit der viralen durchgef&uuml;hrte metagenomische Sequenzdatenbanken.

Hydroxylapatit-vermittelte Trennung von Double-Stranded DNA einzelstr&auml;ngige DNA und RNA Genome von nat&uuml;rlichen virale Assemblagen.

Metagenomica pu&ograve; essere utilizzato per determinare la diversit&agrave; delle Comunit&agrave; complesse, spesso unculturable, virale con varie composizioni dell&#39;acido nucleico. Qui, segnaliamo l&#39;uso della cromatografia di idrossiapatite efficientemente frazionare DNA double-stranded (dsDNA), DNA a singola elica (ssDNA), dsRNA e genomi ssRNA dal noti batteriofagi. Librerie linker-amplificato fucile sono state costruite per generare il sequenziamento letture da ogni frazione di idrossiapatite. Superiore al 90% della recita visualizzato somiglianza significativa per i genomi previsti a livello del nucleotide. Questi metodi sono stati applicati ai virus marini raccolti dalla baia di Chesapeake e il parco nazionale di Dry Tortugas. Acidi nucleici isolati erano frazionati mediante cromatografia di idrossiapatite seguita da sequenziamento e costruzione della libreria fucile amplificato dal linker. L&#39;analisi tassonomica ha dimostrato che la maggior parte delle sequenze ambientale, indipendentemente dalla loro origine dell&#39;acido nucleico, era pi&ugrave; simile ai virus dsDNA, riflettendo il bias di banche dati di sequenza virale metagenomica.

Separazione di idrossiapatite-mediata di double-stranded del DNA single-stranded del DNA e RNA genoma da assemblaggi virali naturali.

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x6838;&#x9178;&#x7D44;&#x6210;&#x7269;&#x3068;&#x306E;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;unculturable&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x304B;&#x3089;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306B;&#x5206;&#x5225;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#xFF08;dsDNA&#xFF09;&#x3001;&#x5358;&#x672C;&#x9396;DNA&#xFF08;ssDNA&#xFF09;&#x306F;&#x3001;dsRNA&#x3001;&#x53CA;&#x3073;ssRNA&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5404;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x753B;&#x5206;&#x304B;&#x3089;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x5897;&#x5E45;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x671F;&#x5F85;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306E;90&#xFF05;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x3068;&#x30C9;&#x30E9;&#x30A4;&#xB7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A5;&#x30AC;&#x30B9;&#x56FD;&#x7ACB;&#x516C;&#x5712;&#x304B;&#x3089;&#x63A1;&#x53D6;&#x3057;&#x305F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6838;&#x9178;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x5897;&#x5E45;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x7D9A;&#x3044;&#x3066;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x5206;&#x753B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x4E0A;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x5143;&#x306E;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30CA;&#x30C1;&#x30E5;&#x30E9;&#x30EB;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x3001;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;DNA&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;RNA&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x5A92;&#x4ECB;&#x5206;&#x96E2;

Metagenomics &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD575; &#xC0B0; &#xC791;&#xACE1;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xACE0; &#xC885;&#xC885; unculturable, &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCDA9;&#xBD84;&#xCE58; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA (dsDNA), &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; DNA (ssDNA), dsRNA, &#xBC0F; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; bacteriophages&#xC5D0;&#xC11C; ssRNA &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; hydroxyapatite &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC01; hydroxyapatite &#xBD84;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC77D;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xB9C1;&#xCEE4; &#xC99D;&#xD3ED; &#xC0F7;&#xAC74; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xAC74;&#xC124; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC77D;&#xAE30;&#xC758; 90% &#xC774;&#xC0C1; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC608;&#xC0C1;&#xB41C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; &#xCCB4;&#xC0AC;&#xD53C;&#xD06C; &#xBCA0;&#xC774;&#xC640; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774; Tortugas &#xAD6D;&#xB9BD; &#xACF5;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1;&#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xACA9;&#xB9AC; &#xB41C; &#xD575; &#xC0B0; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB9C1;&#xCEE4; &#xC99D;&#xD3ED; &#xC0F7;&#xAC74; &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00; &#xAC74;&#xC124; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; hydroxyapatite &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; fractionated &#xD588;&#xB2E4;. Taxonomic &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4; &#xD575; &#xC0B0;&#xC5D0; &#xAD00;&#xACC4; &#xC5C6;&#xC774; &#xD658;&#xACBD; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC740; dsDNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC640; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC18;&#xC601; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA, &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBC0F; RNA&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC; hydroxyapatite &#xC911;&#xC7AC; &#xC790;&#xC5F0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; assemblages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;.

Metagen&#xF3;mica se puede utilizar para determinar la diversidad de complejos, a menudo no cultivables, comunidades virales con diversas composiciones de &#xE1;cidos nucleicos. Aqu&#xED;, nos informe el uso de la cromatograf&#xED;a de hidroxiapatita a la eficiencia fraccionar ADN de doble cadena (dsDNA), ADN de cadena simple (ssDNA), dsRNA, y de genomas de bacteri&#xF3;fagos ssRNA conocidos. Amplificados Enlazador-bibliotecas escopeta fueron construidos para generar lecturas de secuenciaci&#xF3;n de cada fracci&#xF3;n hidroxiapatita. M&#xE1;s del 90% de la similitud lee muestra significativa de los genomas esperadas en el nivel de nucle&#xF3;tidos. Estos m&#xE9;todos se aplicaron a los virus marinos recogidos en la bah&#xED;a de Chesapeake y el Parque Nacional Dry Tortugas. &#xC1;cidos nucleicos aislados se fraccionaron mediante cromatograf&#xED;a de hidroxiapatita seguida de enlazador-amplificado construcci&#xF3;n de la biblioteca de escopeta y la secuenciaci&#xF3;n. El an&#xE1;lisis taxon&#xF3;mico demostrado que la mayor&#xED;a de las secuencias ambientales, independientemente de su fuente de &#xE1;cido nucleico, eran m&#xE1;s similares a los virus dsDNA, reflejando el sesgo de bases de datos de secuencias virales metagenomic.

Genomas hidroxiapatita mediada por separaci&#xF3;n de la doble h&#xE9;lice del ADN, el ADN de cadena sencilla, y el ARN viral de Natural Conjuntos

&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x548C;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x7406;&#x89E3;&#x4E00;&#x76F4;&#x53D7;&#x5230;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5316;&#x7684;&#x5F15;&#x7528;&#x3002;&#x4E3A;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A; 137 &#x4E0D;&#x540C;&#x6D77;&#x6D0B;&#x682A;&#x4ECE;&#x4E16;&#x754C;&#x5404;&#x5730;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x5148;&#x540E;&#x987A;&#x5E8F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4EE5;&#x524D;&#x53D1;&#x5E03;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x539F;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5728;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x81EA;&#x7136;&#x751F;&#x6001;&#x7684;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x539F;&#x6838;&#x5FAE;&#x5FAE;&#x5185; (0.1-3.0 &mu; m &#x5927;&#x5C0F;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#xFF09;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x5DF2;&#x7F16;&#x5E8F;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x4F53;&#xFF1A; &#x4E00;&#x4E2A;&#x7531;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x53EA;&#x6709;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x7684;&#x51E0;&#x4E4E;&#x603B;&#x662F;&#x5728; picoplanktonic &#x793E;&#x533A;&#x548C;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5219;&#x5305;&#x62EC;&#x5F88;&#x591A;&#xFF0C;&#x5F88;&#x5C11;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x7EC4;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5185;&#x5BB9;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x80FD;&#x591F;&#x589E;&#x957F;&#x7F13;&#x6162;&#x548C;&#x80FD;&#x6E90;&#x6709;&#x9650;&#x516C;&#x53F8;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#x548C;&#x5BCC;&#x542B;&#x80FD;&#x91CF;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x5FEB;&#x901F;&#x589E;&#x957F;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8868;&#x793A;&#x5F62;&#x5F0F;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x548C;&#x5927;&#x90FD;&#x4F1A; picoplanktonic &#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x66F4;&#x5C0F;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3001; &#x8005;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x80FD;&#x529B;&#x589E;&#x957F;&#x7F13;&#x6162;&#x548C;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x76F8;&#x5BF9;&#x65E0;&#x6CD5;&#x611F;&#x89C9;&#x5230;&#x6216;&#x8FC5;&#x901F;&#x9002;&#x5E94;&#x5BCC;&#x542B;&#x80FD;&#x91CF;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x5176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7279;&#x5F81;&#x4E5F;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7531;&#x75C5;&#x6BD2;&#x548C; &#xFF08;&#x6216;&#xFF09; bacterivores &#x7528;&#x6765;&#x907F;&#x514D;&#x6355;&#x98DF;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x7F13;&#x6162;&#x7684;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x7EF4;&#x6301;&#x4F4E;&#x751F;&#x7269;&#x91CF;&#x3002;

&#x5728;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x9002;&#x5E94;&#x3002;

The understanding of marine microbial ecology and metabolism has been hampered by the paucity of sequenced reference genomes. To this end, we report the sequencing of 137 diverse marine isolates collected from around the world. We analysed these sequences, along with previously published marine prokaryotic genomes, in the context of marine metagenomic data, to gain insights into the ecology of the surface ocean prokaryotic picoplankton (0.1-3.0â€‰Î¼m size range). The results suggest that the sequenced genomes define two microbial groups: one composed of only a few taxa that are nearly always abundant in picoplanktonic communities, and the other consisting of many microbial taxa that are rarely abundant. The genomic content of the second group suggests that these microbes are capable of slow growth and survival in energy-limited environments, and rapid growth in energy-rich environments. By contrast, the abundant and cosmopolitan picoplanktonic prokaryotes for which there is genomic representation have smaller genomes, are probably capable of only slow growth and seem to be relatively unable to sense or rapidly acclimate to energy-rich conditions. Their genomic features also lead us to propose that one method used to avoid predation by viruses and/or bacterivores is by means of slow growth and the maintenance of low biomass.

Genomic and functional adaptation in surface ocean planktonic prokaryotes.

La compr&#xE9;hension de l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne marine et le m&#xE9;tabolisme a &#xE9;t&#xE9; entrav&#xE9;e par le manque de g&#xE9;nomes s&#xE9;quenc&#xE9;s de r&#xE9;f&#xE9;rence. &#xC0; cette fin, nous rapportons le s&#xE9;quen&#xE7;age de 137 isolats marins divers recueillis &#xE0; travers le monde. Nous avons analys&#xE9; ces s&#xE9;quences, ainsi que pr&#xE9;c&#xE9;demment publi&#xE9;es marins g&#xE9;nomes procaryotes, dans le contexte des donn&#xE9;es m&#xE9;tag&#xE9;nomiques marins, afin de mieux comprendre l&#x26;#39;&#xE9;cologie de l&#x26;#39;picoplancton procaryote surface de l&#x26;#39;oc&#xE9;an (0,1-3,0 um gamme de taille). Les r&#xE9;sultats sugg&#xE8;rent que les g&#xE9;nomes s&#xE9;quenc&#xE9;s de d&#xE9;finir deux groupes microbiens: l&#x26;#39;un compos&#xE9; de seulement quelques taxons qui sont presque toujours abondante dans les communaut&#xE9;s picoplanctoniques, et l&#x26;#39;autre constitu&#xE9; de taxons microbienne beaucoup qui sont rarement abondants. Le contenu g&#xE9;nomique de la deuxi&#xE8;me groupe sugg&#xE8;re que ces microbes sont capable d&#x26;#39;une croissance lente et la survie de l&#x26;#39;&#xE9;nergie limit&#xE9;es environnements, et la croissance rapide de l&#x26;#39;&#xE9;nergie des milieux riches. En revanche, les procaryotes picoplanctoniques abondantes et cosmopolite dont il est la repr&#xE9;sentation g&#xE9;nomique ont de plus petits g&#xE9;nomes, sont probablement capable d&#x26;#39;une croissance lente et ne semblent &#xEA;tre relativement incapable de sens ou rapidement s&#x26;#39;acclimater &#xE0; des conditions riches en &#xE9;nergie. Leurs caract&#xE9;ristiques g&#xE9;nomiques &#xE9;galement nous conduire &#xE0; proposer cette m&#xE9;thode celle utilis&#xE9;e pour &#xE9;viter la pr&#xE9;dation par des virus et / ou nourrissent de bact&#xE9;ries est au moyen d&#x26;#39;une croissance lente et le maintien d&#x26;#39;une faible biomasse.

Adaptation g&#xE9;nomique fonctionnelle chez les procaryotes et oc&#xE9;aniques de surface planctoniques

Das Verst&auml;ndnis der marine Mikrobielle &Ouml;kologie und Stoffwechsel hat durch den Mangel an Referenz sequenzierten Genome behindert. Zu diesem Zweck teilen wir Ihnen die Sequenzierung von 137 diverse marine Isolaten von auf der ganzen Welt gesammelt. Wir analysieren diese Sequenzen, zusammen mit der bereits ver&ouml;ffentlichten marine prokaryotische Genome, im Zusammenhang mit der marine durchgef&uuml;hrte metagenomische Daten, tiefere Einblicke in die &Ouml;kologie der der Oberfl&auml;che Ozean prokaryotischen Bakterio-und Virioplankton (0.1-3.0 Gr&ouml;&szlig;enbereich &mu;m). Die Ergebnisse legen nahe, dass der sequenzierten Genome zwei mikrobielle Gruppen definieren: eine bestehend aus nur wenigen Taxa, die fast immer in Picoplanktonic Gemeinschaften und die anderen bestehend viele mikrobielle Taxa, die nur selten reichlich sind reichlich vorhanden. Der genomische Inhalt der zweiten Gruppe legt nahe, dass diese Mikroben langsames Wachstum und &Uuml;berleben in Energie-begrenzte Umgebungen und schnelles Wachstum in energiereichen Umgebungen geeignet sind. Hingegen die reichlich vorhanden und kosmopolitischen Picoplanktonic Prokaryoten wof&uuml;r genomische Darstellung steht haben kleinere Genome, sind wahrscheinlich nur langsames Wachstum und scheinen relativ nicht sp&uuml;ren oder energiereiche Bedingungen schnell akklimatisieren. Ihre genomischen Eigenschaften f&uuml;hren auch uns vorzuschlagen, dass eine Methode verwendet, um Pl&uuml;nderung zu vermeiden durch Viren und/oder Bakterivore durch langsames Wachstum und die Aufrechterhaltung der niedrigen Biomasse ist.

Genomische und funktionelle Anpassung in Oberfl&auml;che Ozean Plankton Prokaryoten.

La comprensione dell&#39;ecologia microbica Marina e il metabolismo &egrave; stata ostacolata dalla scarsit&agrave; di genomi sequenziati riferimento. A tal fine, riportiamo il sequenziamento di 137 diversi isolati marini raccolti da tutto il mondo. Abbiamo analizzato queste sequenze, insieme a precedentemente pubblicati genomes prokaryotic marino, nel contesto dei dati marini metagenomica, per acquisire conoscenze in ecologia della superficie oceano procariotico picoplankton (0,1-3,0 granulometria di &mu;m). I risultati suggeriscono che i genomi sequenziati definiscono due gruppi microbici: una composta di solo alcuni taxa che quasi sempre &egrave; abbondanti nella comunit&agrave; di picoplanktonic e il composto di molti taxa microbici che sono raramente abbondanti. Il contenuto genomico del secondo gruppo suggerisce che questi microbi sono in grado di lenta crescita e sopravvivenza in ambienti di energia limitata e la rapida crescita in ambienti ricchi di energia. Al contrario, i procarioti picoplanktonic abbondante e cosmopolita per cui non c&#39;&egrave; rappresentazione genomic hanno genomi pi&ugrave; piccoli, sono probabilmente in grado di solo una crescita lenta e sembrano essere relativamente incapaci di senso o acclimate rapidamente a condizioni di ricchi di energia. Loro caratteristiche genomiche inoltre ci portano a proporre che &egrave; un metodo utilizzato per evitare la predazione da virus e/o bacterivores mediante una crescita lenta e il mantenimento della biomassa bassa.

Adattamento genomica e funzionale nei procarioti planctoniche oceano superficiale.

&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x3068;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x59A8;&#x3052;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x4E16;&#x754C;&#x4E2D;&#x304B;&#x3089;&#x96C6;&#x3081;&#x305F;137&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30D4;&#x30B3;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#xFF08;0.1&#x304B;&#x3089;3.0&#x3BC;m&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#xFF09;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x767A;&#x884C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002; picoplanktonic&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x3067;&#x307B;&#x307C;&#x5E38;&#x306B;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306B;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x6570;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x4E00;&#x3064;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x307E;&#x308C;&#x306B;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x304B;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x4ED6;&#xFF1A;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;2&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306F;&#x4F4E;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x751F;&#x5B58;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x304C;&#x9650;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x3001;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x304C;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x6210;&#x9577;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306F;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3067;&#x56FD;&#x969B;&#x7684;&#x306A;picoplanktonic&#x306E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x306E;&#x9045;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x611F;&#x899A;&#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x304B;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x9AD8;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x72B6;&#x614B;&#x306B;&#x9806;&#x5FDC;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x3060;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3082;&#x4E00;&#x3064;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;/&#x307E;&#x305F;&#x306F;bacterivores&#x3067;&#x6355;&#x98DF;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6211;&#x3005;&#x3092;&#x5C0E;&#x304F;&#x4F4E;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x4F4E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30B9;&#x306E;&#x7DAD;&#x6301;&#x306E;&#x624B;&#x6BB5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;

&#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xACFC; &#xB300;&#xC0AC; &#xC774;&#xD574; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC18C;&#xC218;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC29;&#xD574; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC704;&#xD574; &#xC138;&#xACC4; &#xAC01;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1;&#xB41C; 137 &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xD574;&#xC591; prokaryotic &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4; prokaryotic picoplankton&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC5BB;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD574;&#xC591; metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; (0.1-3.0 &mu; m &#xD06C;&#xAE30;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;). &#xACB0;&#xACFC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB450; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xADF8;&#xB8F9; &#xC815;&#xC758; &#xC81C;&#xC548;: &#xD558;&#xB098;&#xB294; &#xAC70;&#xC758; &#xD56D;&#xC0C1; picoplanktonic &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC640;&#xB294; &#xAC70;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; taxa&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; consisting &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C;&#xB9CC; &#xBA87; taxa&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;. &#xB450; &#xBC88;&#xC9F8; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xC81C;&#xC548; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xB290;&#xB9B0; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC874; &#xD558; &#xACE0; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xC131;&#xC7A5;&#xC744; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xB300;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xAC8C;&#xB188; &#xD45C;&#xD604;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xACE0; &#xAD6D;&#xC81C; picoplanktonic prokaryotes &#xC791;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xB290;&#xB9B0; &#xC131;&#xC7A5;&#xB9CC; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4; &#xACE0; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC801;&#xC751; &#xC218; &#xC788;&#xC744; &#xAC83; &#xAC19;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB610;&#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xB04C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xB610;&#xB294; bacterivores&#xB85C; &#xD3EC;&#xC2DD;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xD55C; &#xAC00;&#xC9C0; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xB290;&#xB9B0; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; &#xB0AE;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xB9E4;&#xC2A4;&#xC758; &#xC720;&#xC9C0; &#xAD00;&#xB9AC;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574;&#xAC00; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;.

&#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4; planktonic prokaryotes&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC801;&#xC751;.

La comprensi&#xF3;n de la ecolog&#xED;a microbiana marina y el metabolismo se ha visto obstaculizada por la escasez de los genomas secuenciados de referencia. Con este fin, se presenta la secuencia de 137 aislamientos marinos recogidos en diversas partes del mundo. Se analizaron estas secuencias, junto con los publicados anteriormente genomas procariotas marinos, en el contexto de los datos de metagen&#xF3;mica marina, para obtener informaci&#xF3;n sobre la ecolog&#xED;a de la superficie del picoplancton marino procariota (0.1-3.0 rango de tama&#xF1;o de micras). Los resultados sugieren que los genomas secuenciados definir dos grupos microbianos: una compuesta de s&#xF3;lo un pocos taxones que son casi siempre abundantes en las comunidades picoplanct&#xF3;nicos, y el otro formado por taxones microbianos muchos de los que rara vez son abundantes. El contenido gen&#xF3;mico del segundo grupo sugiere que estos microbios son capaces de lento crecimiento y la supervivencia en entornos limitados de energ&#xED;a, y el r&#xE1;pido crecimiento de la energ&#xED;a ambientes ricos. Por el contrario, los procariotas picoplanct&#xF3;nicos abundantes y cosmopolita para los que no tienen representaci&#xF3;n gen&#xF3;mica genomas m&#xE1;s peque&#xF1;os, son, probablemente, capaz de un crecimiento lento y s&#xF3;lo parecen ser relativamente incapaces de sentir o r&#xE1;pidamente aclimatarse a las condiciones ricas en energ&#xED;a. Sus caracter&#xED;sticas gen&#xF3;micas tambi&#xE9;n nos llevan a proponer que el m&#xE9;todo que se utiliza para evitar la depredaci&#xF3;n por el virus y / o bacterivores es por medio de un lento crecimiento y el mantenimiento de la biomasa baja.

Adaptaci&#xF3;n gen&#xF3;mica y funcional en procariotas la superficie del oc&#xE9;ano planct&#xF3;nicas

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells has significantly influenced genomics and microbial ecology by facilitating direct recovery of reference genome data. However, viral genomics continues to suffer due to difficulties related to the isolation and characterization of uncultivated viruses. We report here on a new approach called 'Single Virus Genomics', which enabled the isolation and complete genome sequencing of the first single virus particle. A mixed assemblage comprised of two known viruses; E. coli bacteriophages lambda and T4, were sorted using flow cytometric methods and subsequently immobilized in an agarose matrix. Genome amplification was then achieved in situ via multiple displacement amplification (MDA). The complete lambda phage genome was recovered with an average depth of coverage of approximately 437X. The isolation and genome sequencing of uncultivated viruses using Single Virus Genomics approaches will enable researchers to address questions about viral diversity, evolution, adaptation and ecology that were previously unattainable.

Single virus genomics: a new tool for virus discovery.

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5355;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5927;&#x5927;&#x5F71;&#x54CD;&#x4E86;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4E0E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x901A;&#x8FC7;&#x4FBF;&#x5229;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x76F4;&#x63A5;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7EE7;&#x7EED;&#x906D;&#x53D7;&#x56F0;&#x96BE;&#x7684;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x8868;&#x5F81;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x62A5;&#x544A;&#x79F0;&#x4E3A;&#x5355;&#x5C31; &#39; &#x4E00;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0; &#39;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5B8C;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x5355;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x3002;&#x6DF7;&#x5408;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#xFF0C;&#x7531;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2; &#xFF1B;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53; lambda &#x548C; T4&#x3001; &#x8FDB;&#x884C;&#x6392;&#x5E8F;&#x4F7F;&#x7528;&#x6D41;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x672F;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x743C;&#x8102;&#x7CD6;&#x77E9;&#x9635;&#x4E2D;&#x3002;&#x7136;&#x540E;&#x53D6;&#x5F97;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x4E86;&#x539F;&#x4F4D;&#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927; (MDA)&#x3002;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; lambda &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x7387;&#x7EA6; 437 X &#x5E73;&#x5747;&#x6C34;&#x6DF1;&#x6536;&#x56DE;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5355;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5C06;&#x542F;&#x7528;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x9065;&#x4E0D;&#x53EF;&#x53CA;&#x7684;&#x5904;&#x7406;&#x95EE;&#x9898;&#x6709;&#x5173;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3001; &#x8FDB;&#x5316;&#x3001; &#x9002;&#x5E94;&#x548C;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x5458;&#x3002;

&#x5355;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;: &#x75C5;&#x6BD2;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x65B0;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome entier et le s&#xE9;quen&#xE7;age des cellules microbiennes simples a fortement influenc&#xE9; l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne et la g&#xE9;nomique en facilitant la r&#xE9;cup&#xE9;ration directe des donn&#xE9;es du g&#xE9;nome de r&#xE9;f&#xE9;rence. Toutefois, la g&#xE9;nomique viral continue de souffrir en raison de difficult&#xE9;s li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;isolement et la caract&#xE9;risation des virus incultes. Nous rapportons ici une nouvelle approche appel&#xE9;e &#xAB;g&#xE9;nomique de virus unique&#xBB;, ce qui a permis l&#x26;#39;isolement et le s&#xE9;quen&#xE7;age complet du g&#xE9;nome de la particule virale premier single. Un assemblage mixte compos&#xE9; de deux virus connus; E. coli bact&#xE9;riophages lambda et T4, ont &#xE9;t&#xE9; tri&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;aide des m&#xE9;thodes de cytom&#xE9;trie en flux et par la suite immobilis&#xE9; dans une matrice d&#x26;#39;agarose. D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome a ensuite &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;alis&#xE9;e in situ par l&#x26;#39;amplification par d&#xE9;placement multiple (MDA). Le phage lambda compl&#xE8;te du g&#xE9;nome a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9; avec une profondeur moyenne de la couverture d&#x26;#39;environ 437X. L&#x26;#39;isolement et s&#xE9;quen&#xE7;age du g&#xE9;nome de virus incultes en utilisant des approches de g&#xE9;nomique de virus unique permettra aux chercheurs de r&#xE9;pondre aux questions sur la diversit&#xE9; virale, l&#x26;#39;&#xE9;volution, l&#x26;#39;adaptation et de l&#x26;#39;&#xE9;cologie qui &#xE9;taient auparavant inaccessibles.

G&#xE9;nomique seul virus: un nouvel outil pour le virus de la d&#xE9;couverte

Whole Genome Amplifikation und Sequenzierung des mikrobiellen Einzelzellen hat ma&szlig;geblich beeinflusst Genomics und Mikrobielle &Ouml;kologie durch direkte Wiederherstellung des Genoms Referenzdaten zu erleichtern. Virale Genomics weiterhin jedoch wegen der Schwierigkeiten, die Isolierung und Charakterisierung von Wildpflanze Viren zu leiden. Wir berichten hier &uuml;ber einen neuen Ansatz namens &#39;Einzigen Virus Genomics&#39;, die die Isolation aktiviert und Sequenzierung des Genoms von den ersten einzelnen Virus-Partikel. Eine gemischte Gef&uuml;ge, bestehend aus zwei bekannten Viren; E. Coli Bakteriophagen Lambda und T4, wurden sortiert, mit flie&szlig;en Cytometric Methoden und anschlie&szlig;end in eine Agarose-Matrix immobilisiert. Genom-Verst&auml;rkung wurde dann an Ort und Stelle &uuml;ber mehrere Verschiebung Verst&auml;rkung (MDA) erreicht. Das komplette Lambda Phage Genom wurde mit einer durchschnittlichen Tiefe von Berichterstattung &uuml;ber ca. 437 X wiederhergestellt. Die Isolation und Genom-Sequenzierung Wildpflanze Virenarten, die einzigen Virus Genomics Ans&auml;tze k&ouml;nnen Forscher Fragen &uuml;ber virale Vielfalt, Entwicklung, Anpassung und &Ouml;kologie, die bisher unerreichbar waren.

Einzelzimmer Virus Genomics: ein neues Tool f&uuml;r Virus-Entdeckung.

Intero genoma amplificazione e sequenziamento delle singole cellule microbiche ha significativamente influenzato genomica ed ecologia microbica agevolando il recupero diretto dei dati del genoma di riferimento. Tuttavia, genomica virale continua a soffrire a causa delle difficolt&agrave; relative all&#39;isolamento e caratterizzazione dei virus incolto. Abbiamo relazione qui su un nuovo approccio, chiamato &#39;Singolo Virus genomica&#39;, che ha permesso l&#39;isolamento e completare il sequenziamento del genoma della prima particella singolo virus. Un assemblaggio misto composto da due virus conosciuti; E. coli batteriofagi lambda e T4, furono ordinati utilizzando metodi cytometric di flusso e successivamente immobilizzato in una matrice di agarosio. Amplificazione del genoma &egrave; stato poi raggiunto in situ tramite amplificazione multipla di cilindrata (MDA). Il genoma del fago lambda completo &egrave; stato recuperato con una profondit&agrave; media di copertura di circa 437 X. Il sequenziamento isolamento e del genoma del virus incolto mediante approcci di genomica Virus singolo permetter&agrave; ai ricercatori di domande di indirizzo sulla diversit&agrave; virale, evoluzione, adattamento ed ecologia che erano precedentemente irraggiungibile.

Singolo virus genomica: un nuovo strumento per la scoperta del virus.

&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x56DE;&#x53CE;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5358;&#x96E2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7279;&#x6027;&#x8A55;&#x4FA1;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x56F0;&#x96E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x82E6;&#x3057;&#x3080;&#x3057;&#x7D9A;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305A;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3057;&#x3066; &#x26;quot;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x26;quot;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x3002; 2&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x6DF7;&#x5408;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3001;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x3068;T4&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x30A2;&#x30AC;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#xFF08;MDA&#xFF09;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x306E;&#x5834;&#x3067;&#x9054;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x7D04;437X&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x6DF1;&#x3055;&#x3067;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306F;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x9054;&#x6210;&#x4E0D;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3001;&#x9032;&#x5316;&#x3001;&#x9069;&#x5FDC;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x8CEA;&#x554F;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC21C;&#xC11C;&#xB294; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC744; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xB97C; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD558; &#xC5EC; &#xC88C;&#xC6B0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6C0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xACE0;&#xD1B5;&#xC744; &#xACC4;&#xC18D; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC5EC;&#xAE30; &#xB77C;&#xB294; &#39; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#39;, &#xC808;&#xC5F0;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD558; &#xACE0; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC644;&#xB8CC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xD63C;&#xD569;&#xB41C; &#xC870;&#xB9BD; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; bacteriophages &#xB78C;&#xB2E4; &#xBC0F; T4, &#xD750;&#xB984; cytometric &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xD6C4;&#xC5D0; agarose &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC77C; &#xC218; &#xC815;&#xB82C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA)&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD604;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2EC;&#xC131; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xB78C;&#xB2E4; &#xD30C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC57D; 437 X&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xC758; &#xD3C9;&#xADE0; &#xAE4A;&#xC774; &#xD568;&#xAED8; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC790;&#xC5D0; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB2EC;&#xC131; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;, &#xC9C4;&#xD654;, &#xC801;&#xC751; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC18C;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xB41C;&#xB2E4;.

&#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2F1;&#xAE00;: &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3C4;&#xAD6C;.

Amplificaci&#xF3;n del genoma entero y la secuencia de las c&#xE9;lulas microbianas individuales ha influido significativamente en la ecolog&#xED;a microbiana y la gen&#xF3;mica, al facilitar la recuperaci&#xF3;n directa de datos del genoma de referencia. Sin embargo, la gen&#xF3;mica viral contin&#xFA;a sufriendo debido a las dificultades relacionadas con el aislamiento y la caracterizaci&#xF3;n de los virus no cultivadas. Presentamos aqu&#xED; un nuevo enfoque llamado &#x26;#39;Gen&#xF3;mica solo virus &#x26;quot;, lo que permiti&#xF3; el aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n completa del genoma de la part&#xED;cula del virus primer single. Un conjunto mixto compuesto por dos virus conocidos; bacteri&#xF3;fagos lambda de E. coli y T4, se ordena utilizando m&#xE9;todos de citometr&#xED;a de flujo y, posteriormente, inmovilizado en una matriz de agarosa. Genoma amplificaci&#xF3;n se logr&#xF3; luego in situ a trav&#xE9;s de la amplificaci&#xF3;n de desplazamiento m&#xFA;ltiple (MDA). El genoma del fago lambda completa se recuper&#xF3; con una profundidad promedio de cobertura de aproximadamente el 437X. El aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n del genoma de los virus cultivados con m&#xE9;todos simples de virus Gen&#xF3;mica permitir&#xE1; a los investigadores para hacer frente a preguntas acerca de la diversidad viral, la evoluci&#xF3;n, la adaptaci&#xF3;n y la ecolog&#xED;a que antes eran inalcanzables.

Gen&#xF3;mica individuales de virus: &#xBF;una nueva herramienta para el virus de Descubrimiento

&#x4ECE;&#x8FDC;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC4;&#x5408;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x4E25;&#x91CD;&#x9650;&#x5236;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x7D22;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x5206;&#x6790;&#x88AB;&#x63D0;&#x4EA4;&#x4ECE; 6 000 &#x7C73;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x5185;&#x6CE2;&#x591A;&#x9ECE;&#x5404;&#x6D77;&#x6C9F; (PRT) hadopelagic &#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; 454-&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x3002;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 145 Mbp &#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x4ECE;&#x9A6C;&#x5C3E;&#x85FB;&#x6D77;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42;&#x6DF1;&#x6D77; metagenomes &#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4EE3;&#x8868;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6C34;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x76F8;&#x6BD4;&#x3002;&#x5728;&#x4E00;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6DF1; metagenomes &#x663E;&#x793A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8D8B;&#x52BF;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6700;&#x88AB;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x767D;&#x9886;&#x3001; &#x5305;&#x62EC;&#x6D53;&#x7F29;&#x4E3A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5206;&#x91CF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x4EFB;&#x804C;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x5305;&#x62EC;&#x5916;&#x819C;&#x5B54;&#x3001; &#x591A;&#x6837;&#x7684;&#x9633;&#x79BB;&#x5B50;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x548C;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE3;&#x8C22;&#x8FC7;&#x7A0B;&#xFF0C;&#x5982; butanoate&#x3001; &#x4E59;&#x919B;&#x9178;&#x548C;&#x4E8C;&#x7FA7;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5F88;&#x76F8;&#x914D;&#x7684; di &#x548C;&#x4E09;&#x7FA7;&#x9178;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;Sulfatases &#x786B;&#x9178;&#x591A;&#x7CD6;&#x964D;&#x89E3;&#x51FA;&#x5947;&#x9AD8;&#x4E30;&#x5EA6;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x4E5F;&#x5728;&#x573A;&#x3002;&#x7231;&#x4E50;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x6700;&#x620F;&#x5267;&#x5316;&#x987A;&#x5E94;&#x6027;&#x7279;&#x70B9;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x8010;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3001; &#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x672C;&#x4E3A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x642C;&#x8FC1;&#x5927;&#x6279;&#x6240;&#x793A;&#x3002;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x8865;&#x5145;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5355;&#x4E00;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6280;&#x672F;&#x88AB;&#x7528;&#x4E8E;&#x4ECE;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x95E8;&#x5185;&#x7231;&#x4E50;&#x3001; Alphaproteobacteria&#x3001; Gammaproteobacteria&#x3001; Bacteroidetes &#x548C; Planctomycetes &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4ECE;&#x56DB;&#x8352;&#x5730;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4E3A;&#x8BB8;&#x591A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5927;&#x91CF;&#x62DB;&#x8058;&#x76F8;&#x6BD4; 172 &#x53EF;&#x7528;&#x5F15;&#x7528;&#x6D77;&#x6D0B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; PRT metagenomic &#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x591A;&#x65B9;&#x9762;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x65B0;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x5230;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x72EC;&#x7279;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x4ECE;&#x4E0A;&#x9762;&#x66F4;&#x6709;&#x6210;&#x6548;&#x9633;&#x5149;&#x666E;&#x7167;&#x533A;&#x57DF;&#x5C45;&#x4F4F;&#x5728;&#x8FDC;&#x8FDC;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x5C42;&#x5C42;&#x5220;&#x9664;&#x3002;

&#x6DF1;&#x5165;&#xFF1A; &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; hadopelagic &#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;

The paucity of sequence data from pelagic deep-ocean microbial assemblages has severely restricted molecular exploration of the largest biome on Earth. In this study, an analysis is presented of a large-scale 454-pyrosequencing metagenomic dataset from a hadopelagic environment from 6,000 m depth within the Puerto Rico Trench (PRT). A total of 145 Mbp of assembled sequence data was generated and compared to two pelagic deep ocean metagenomes and two representative surface seawater datasets from the Sargasso Sea. In a number of instances, all three deep metagenomes displayed similar trends, but were most magnified in the PRT, including enrichment in functions for two-component signal transduction mechanisms and transcriptional regulation. Overrepresented transporters in the PRT metagenome included outer membrane porins, diverse cation transporters, and di- and tri-carboxylate transporters that matched well with the prevailing catabolic processes such as butanoate, glyoxylate and dicarboxylate metabolism. A surprisingly high abundance of sulfatases for the degradation of sulfated polysaccharides were also present in the PRT. The most dramatic adaptational feature of the PRT microbes appears to be heavy metal resistance, as reflected in the large numbers of transporters present for their removal. As a complement to the metagenome approach, single-cell genomic techniques were utilized to generate partial whole-genome sequence data from four uncultivated cells from members of the dominant phyla within the PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes and Planctomycetes. The single-cell sequence data provided genomic context for many of the highly abundant functional attributes identified from the PRT metagenome, as well as recruiting heavily the PRT metagenomic sequence data compared to 172 available reference marine genomes. Through these multifaceted sequence approaches, new insights have been provided into the unique functional attributes present in microbes residing in a deeper layer of the ocean far removed from the more productive sun-drenched zones above.

Going deeper: metagenome of a hadopelagic microbial community.

La raret&#xE9; des donn&#xE9;es sur les s&#xE9;quences de p&#xE9;lagiques assemblages microbiens profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an a s&#xE9;v&#xE8;rement restreint l&#x26;#39;exploration mol&#xE9;culaire de la plus vaste biome sur la Terre. Dans cette &#xE9;tude, une analyse est pr&#xE9;sent&#xE9;e d&#x26;#39;une grande &#xE9;chelle 454-pyros&#xE9;quen&#xE7;age donn&#xE9;es m&#xE9;tag&#xE9;nomique d&#x26;#39;un environnement hadopelagic de 6.000 m de profondeur dans la fosse de Porto Rico (PRT). Un total de 145 Mbp de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences assembl&#xE9;es a &#xE9;t&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; et par rapport &#xE0; deux p&#xE9;lagiques oc&#xE9;aniques profonds et m&#xE9;tag&#xE9;nomes deux ensembles de donn&#xE9;es repr&#xE9;sentatives de surface d&#x26;#39;eau de mer de la mer des Sargasses. Dans un certain nombre de cas, tous les trois m&#xE9;tag&#xE9;nomes profondes affich&#xE9; des tendances similaires, mais ont &#xE9;t&#xE9; les plus amplifi&#xE9;s dans l&#x26;#39;EPR, y compris l&#x26;#39;enrichissement des fonctions de deux composants m&#xE9;canismes de transduction du signal et r&#xE9;gulation de la transcription. Transporteurs surrepr&#xE9;sent&#xE9;s dans le m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR inclus porines la membrane externe, les transporteurs de cations divers, et di-et tri-carboxylates transporteurs qui correspondent bien avec les processus en vigueur cataboliques comme un m&#xE9;tabolisme butanoate, glyoxylate et dicarboxylate. Une abondance &#xE9;tonnamment &#xE9;lev&#xE9; de sulfatases de la d&#xE9;gradation des polysaccharides sulfat&#xE9;s &#xE9;taient &#xE9;galement pr&#xE9;sents dans l&#x26;#39;EPR. La caract&#xE9;ristique la plus spectaculaire d&#x26;#39;adaptation de l&#x26;#39;EPR aux microbes semble r&#xE9;sistance aux m&#xE9;taux lourds, comme en t&#xE9;moigne le grand nombre de transporteurs pr&#xE9;sents pour leur suppression. En compl&#xE9;ment &#xE0; l&#x26;#39;approche m&#xE9;tag&#xE9;nome, des techniques de g&#xE9;nomique unicellulaires ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s pour g&#xE9;n&#xE9;rer des donn&#xE9;es partielles de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome entier de quatre cellules non cultiv&#xE9;es par les membres du phylums dominante au sein de l&#x26;#39;EPR, Alphaproteobacteria, les Gammaproteobacteria, les Bacteroidetes et Planctomyc&#xE8;tes. Les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence unique de cellules fourni un contexte g&#xE9;nomique pour la plupart des attributs tr&#xE8;s abondants fonctionnels identifi&#xE9;s &#xE0; partir du m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR, ainsi que le recrutement largement les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence PRT m&#xE9;tag&#xE9;nomiques par rapport &#xE0; 172 disponibles g&#xE9;nomes marins de r&#xE9;f&#xE9;rence. Gr&#xE2;ce &#xE0; ces approches multiples de s&#xE9;quences, de nouvelles id&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; fournis dans les attributs uniques fonctionnels pr&#xE9;sents dans les microbes vivant dans une couche plus profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an loin des plus productives ensoleill&#xE9;es zones ci-dessus.

Approfondir: M&#xE9;tag&#xE9;nome d&#x26;#39;une communaut&#xE9; microbienne Hadopelagic

Der Mangel an Sequenzdaten aus pelagische Deep Ocean mikrobielle Assemblagen hat Molekulare Erforschung der gr&ouml;&szlig;ten BioM auf der Erde stark eingeschr&auml;nkt. In dieser Studie ist eine Analyse eines gro&szlig; angelegten 454-Pyrosequencing durchgef&uuml;hrte metagenomische DataSet aus einer Hadopelagic Umgebung aus 6.000 m Tiefe innerhalb der Puerto-Rico-Graben (PRT) dargestellt. Insgesamt 145 Mbp montierten Sequenz Daten wurde generiert und im Vergleich zu zwei pelagische tiefen Ozean Metagenomes und zwei repr&auml;sentative Oberfl&auml;che Meerwasser-Datens&auml;tze aus der Sargassosee. In einigen F&auml;llen alle drei tiefe Metagenomes angezeigt &auml;hnliche Tendenzen, aber waren am meisten in der PRT, einschlie&szlig;lich der Anreicherung in Funktionen f&uuml;r zwei-Komponenten-Signaltransduktion Mechanismen und transkriptionelle Regulation vergr&ouml;&szlig;ert. &Uuml;berrepr&auml;sentiert Transporteure in der PRT-Metagenome enthalten Au&szlig;enmembran Porins, diverse kation Transporter und di - und Tri-carboxylat-Transporter, die gut mit den vorherrschenden katabolischen Prozessen wie Butanoate, Glyoxylat und Dicarboxylate Stoffwechsel abgestimmt. Eine &uuml;berraschend hohe F&uuml;lle von Sulfatasen beim Abbau des sulfatierten Polysaccharide waren auch in der PRT. Das dramatischste passungslehrg&auml;nge an die PRT-Mikroben scheint Heavy-Metal-Widerstand, wie Sie sich in die gro&szlig;e Zahl der Transporter f&uuml;r ihren Umzug. Als Erg&auml;nzung zu den Metagenome Ansatz wurden einzelne Zelle genomische Techniken genutzt, um ganze-Genom Teilsequenz Daten aus vier Wildpflanze Zellen von Mitgliedern der dominanten St&auml;mme im PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroides und Planctomyceten zu generieren. Die einzelne Zelle Sequenzdaten vorgesehenen viele sehr reichlich funktionelle Attribute aus der PRT-Metagenome identifiziert, sowie die Rekrutierung stark metagenomic PRT-Sequenzdaten, die im Vergleich zu 172 verf&uuml;gbaren Referenz marine Genome genomische Kontext. Durch diese vielf&auml;ltigen Sequenz-Ans&auml;tze wurden neue Erkenntnisse vorausgesetzt in die einzigartige funktionelle Attribute im Mikroben wohnten in einer tieferen Schicht des Ozeans weit produktiveren sonnenreichen Zonen oben entfernt.

Tiefer: Metagenome einer mikrobiellen Gemeinschaft von Hadopelagic.

La scarsit&agrave; di dati di sequenza da pelagici deep ocean microbial assemblages ha gravemente limitata esplorazione molecolare del bioma pi&ugrave; grande sulla terra. In questo studio, viene presentata un&#39;analisi di un dataset metagenomica pyrosequencing 454 su larga scala da un ambiente hadopelagic da 6.000 m di profondit&agrave; all&#39;interno della trincea Puerto Rico (PRT). Un totale di 145 Mbp di dati di sequenza montata &egrave; stato generato e rispetto a due metagenomica pelagici profondo oceano e due set di dati rappresentativi dell&#39;acqua di mare superficiale dal Mar dei Sargassi. In un numero di istanze, tutte tre profonde metagenomica visualizzato un andamento simile, ma era pi&ugrave; ingrandita in PRT, tra cui arricchimento nelle funzioni per meccanismi di trasduzione del segnale del due-componente e regolazione trascrizionale. Trasportatori sovrarappresentati nel PRT metagenome includono porine della membrana esterna, i trasportatori diversi cationi e trasportatori di - e tri-carbossilato che ha trovato bene con i processi catabolici prevalenti come butanoato, gliossilato e carbossilato del metabolismo. Erano presenti in PRT anche una sorprendentemente elevata abbondanza di sulfatasi per la degradazione dei polisaccaridi. La funzione di adattamento pi&ugrave; drammatica dei microbi PRT sembra essere resistenza di heavy metal, che si riflette nel gran numero di trasportatori presenti per la loro rimozione. Come complemento all&#39;approccio metagenome, sono state utilizzate tecniche genomiche a cella singola per generare dati di sequenza del genoma intero parziale da quattro celle incolte da membri del phyla dominante all&#39;interno del PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes e Planctomycetes. I dati di cella singola sequenza fornito contesto genomico per molti degli attributi funzionali altamente abbondanti identificato da metagenome il PRT, cos&igrave; come reclutamento pesantemente i dati di sequenza metagenomici PRT rispetto ai 172 genomi marino di riferimento disponibili. Attraverso questi approcci multiforme sequenza, nuove intuizioni sono state fornite in attributi funzionali unici presenti in microbi che risiedono in uno strato pi&ugrave; profondo dell&#39;oceano lontano rimossi dalle zone assolate pi&ugrave; produttive sopra.

Andando pi&ugrave; in profondit&agrave;: metagenome di una comunit&agrave; microbica hadopelagic.

&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x523B;&#x306A;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x7CFB;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x67FB;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x30D7;&#x30A8;&#x30EB;&#x30C8;&#x30EA;&#x30B3;&#x6D77;&#x6E9D;&#xFF08;PRT&#xFF09;&#x5185;&#x306E;6000&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x304B;&#x3089;hadopelagic&#x74B0;&#x5883;&#x304B;&#x3089;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;454-&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x63D0;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;145 MBP&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x304C;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;2&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x30B5;&#x30EB;&#x30AC;&#x30C3;&#x30BD;&#x30FC;&#x6D77;&#x304B;&#x3089;2&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;&#x8868;&#x5C64;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6570;&#x3067;&#x306F;&#x3001;3&#x3064;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x50BE;&#x5411;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x4E8C;&#x6210;&#x5206;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3068;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5145;&#x5B9F;&#x3092;&#x542B;&#x3081;&#x3001;PRT&#x306B;&#x62E1;&#x5927;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5916;&#x819C;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30AB;&#x30C1;&#x30AA;&#x30F3;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B8;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x30D6;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EA;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30EB;&#x9178;&#x3068;&#x30B8;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6709;&#x529B;&#x306A;&#x7570;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3068;&#x3088;&#x304F;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA; - &#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x786B;&#x9178;&#x5316;&#x591A;&#x7CD6;&#x985E;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;PRT&#x306B;&#x3082;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002; PRT&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x5287;&#x7684;&#x306A;adaptational&#x7279;&#x5FB4;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x9664;&#x53BB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x5927;&#x91CF;&#x306B;&#x53CD;&#x6620;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x8010;&#x6027;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x88DC;&#x5B8C;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;PRT&#x3001;Alphaproteobacteria&#x3001;&#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3001;Bacteroidetes&#x3068;Planctomycetes&#x5185;&#x3067;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x9580;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;4&#x3064;&#x306E;&#x672A;&#x958B;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x8B58;&#x5225;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5C5E;&#x6027;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x304F;172&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x53C2;&#x7167;&#x30DE;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x52DF;&#x96C6;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x591A;&#x9762;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x3001;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x304C;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x4E0A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x751F;&#x7523;&#x6027;&#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x65E5;&#x5DEE;&#x3057;&#x3092;&#x6D74;&#x3073;&#x305F;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x524A;&#x9664;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6D77;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x5C64;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x5C5E;&#x6027;&#x306B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;Hadopelagic&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#xFF1A;&#x3088;&#x308A;&#x6DF1;&#x3044;&#x884C;&#x304F;

&#xC6D0;&#xC591; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; assemblages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC18C;&#xC218;&#xB294; &#xC9C0;&#xAD6C;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; biome &#xBD84;&#xC790; &#xD0D0;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xD55C; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xC11D; 6000 m &#xAE4A;&#xC774; &#xD478;&#xC5D0;&#xB974;&#xD1A0;&#xB9AC;&#xCF54; &#xD2B8;&#xB80C;&#xCE58; (PRT) &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; hadopelagic &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; 454 pyrosequencing metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD1D; 145 Mbp &#xC870;&#xB9BD;&#xB41C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC0AC;&#xB974;&#xAC00;&#xC18C; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450; &#xC6D0;&#xC591; &#xC2EC;&#xD574; metagenomes&#xC640; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB300;&#xD45C;&#xC801;&#xC778; &#xD45C;&#xBA74; &#xD574; &#xC218;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;. &#xC778;&#xC2A4;&#xD134;&#xC2A4; &#xC218;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB4E0; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; metagenomes &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xCD94;&#xC138;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xAC00;&#xC7A5; 2 &#xCEF4;&#xD3EC;&#xB10C;&#xD2B8; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xACFC; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD568;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB77C;&#xB284; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; PRT&#xC5D0; &#xD655;&#xB300; &#xD588;&#xB2E4;. PRT metagenome overrepresented &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; &#xC678;&#xBD80; &#xB9C9; porins, &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC591;&#xC774;&#xC628; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC640; &#xB514; &#xBC0F; &#xD2B8;&#xB77C;&#xC774; &#xCE74;&#xBCF5;&#xC2E4;&#xC0B0; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; butanoate, glyoxylate &#xBC0F; dicarboxylate &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xB4F1; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801; catabolic &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC640; &#xC798; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294; &#xD3EC;&#xD568;. Sulfated &#xB2E4; &#xB2F9; &#xB958; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; sulfatases&#xC758; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B8; &#xC815;&#xB3C4;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xB3C4;&#xB294; PRT&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC758; &#xD070; &#xC22B;&#xC790;&#xC5D0; &#xBC18;&#xC601; PRT &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xADF9;&#xC801;&#xC778; adaptational &#xAE30;&#xB2A5; &#xC911; &#xAE08;&#xC18D; &#xC800;&#xD56D; &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. Metagenome &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xBCF4;&#xC644;, &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xBC95; PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes &#xBC0F; Planctomycetes &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; phyla &#xD68C;&#xC6D0;&#xC758; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC140;&#xC5D0; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC2EC;&#xD558;&#xAC8C; PRT metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; 172 &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xD574;&#xC591; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xBAA8;&#xC9D1;&#xC73C;&#xB85C; PRT metagenome&#xC5D0;&#xC11C; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E4;&#xAC01;&#xC801;&#xC778; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825; &#xC704;&#xC758; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC131; &#xD587;&#xC0B4;&#xC774; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xAC70;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; &#xCE35;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE4A;&#xC774; &#xAC04;&#xB2E4;: hadopelagic &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; metagenome.

La escasez de datos de la secuencia de asociaciones microbianas pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo ha restringido severamente la exploraci&#xF3;n molecular del bioma m&#xE1;s grande en la Tierra. En este estudio, se presenta un an&#xE1;lisis de una gran escala de 454-pirosecuenciaci&#xF3;n conjunto de datos de metagen&#xF3;mica de un ambiente hadopelagic de 6.000 m de profundidad dentro de la fosa de Puerto Rico (PRT). Un total de 145 Mbps de datos de secuencias ensambladas se gener&#xF3; y se compar&#xF3; con dos metagenomes pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo y dos conjuntos de datos representativos de la superficie del agua de mar del Mar de los Sargazos. En varios casos, los tres metagenomes profundas muestran tendencias similares, pero fueron m&#xE1;s ampliada en la PRT, incluyendo el enriquecimiento de las funciones de dos componentes de mecanismos de transducci&#xF3;n de se&#xF1;ales y la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n. Transportadores excesivamente en el metagenoma PRT incluye porinas de membrana externa, transportistas diversos cationes, y di-y tri-carboxilato transportadores que coinciden bien con los procesos predominantes catab&#xF3;licos tales como el metabolismo butanoato, glioxilato y dicarboxilato. Una abundancia sorprendentemente alto de sulfatasas para la degradaci&#xF3;n de los polisac&#xE1;ridos sulfatados tambi&#xE9;n estaban presentes en el PRT. La funci&#xF3;n adaptativa m&#xE1;s dram&#xE1;tico de los microbios PRT parece ser la resistencia a metales pesados, como se refleja en el gran n&#xFA;mero de transportadores de presentar para su eliminaci&#xF3;n. Como complemento al enfoque metagenoma, una sola c&#xE9;lula de t&#xE9;cnicas gen&#xF3;micas se utilizaron para generar parciales de todo el genoma secuencia de datos de cuatro c&#xE9;lulas cultivadas de los miembros de los filos dominante dentro de los PRT, Alphaproteobacteria, los Bacteroidetes Gammaproteobacteria y Planctomycetes. Los datos de la secuencia de una sola c&#xE9;lula proporcionado contexto gen&#xF3;mico para muchos de los atributos funcionales muy abundantes identificados a partir de la metagenoma PRT, as&#xED; como el reclutamiento fuertemente los datos metagenomic PRT secuencia en comparaci&#xF3;n con 172 genomas de referencia disponibles marinos. A trav&#xE9;s de estos enfoques multifac&#xE9;ticos de la secuencia, nuevos puntos de vista han sido proporcionados a los atributos &#xFA;nicos funcionales presentes en los microbios que residen en una capa m&#xE1;s profunda del oc&#xE9;ano lejos de las m&#xE1;s productivas zonas ba&#xF1;adas por el sol de arriba.

Profundizando: Metagenoma de una comunidad microbiana Hadopelagic

&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#xFF0C;&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x53D8;&#x6E29;&#x5E26;&#x6CB3;&#x53E3;&#x4E3A;&#x5BA1;&#x67E5;&#x7684;&#x6CE2;&#x52A8;&#x548C;&#x6C34;&#x751F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x75C5;&#x6BD2;&#x88C2;&#x89E3;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5929;&#x7136;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x4E30;&#x5EA6; (VA) &#x548C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x751F;&#x4EA7; (VP) &#x76D1;&#x6D4B;&#x5728;&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#x8D85;&#x8FC7; 4 1/2 &#x5E74;&#x5EA6;&#x5468;&#x671F;&#xFF0C;&#x751F;&#x4EA7;&#x6D6E;&#x6E38;&#x75C5;&#x6BD2;&#x751F;&#x4EA7;&#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x7684;&#x3001; &#x957F;&#x671F;&#x7684;&#x3001; &#x5E74;&#x9645;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x9AD8;&#x548C;&#x52A8;&#x6001;&#x526F;&#x603B;&#x88C1;&#x7387;&#xFF0C;&#x5E73;&#x5747;&#x4E3A; 7.9 &times; 10(6) &#x75C5;&#x6BD2;&#x6BCF;&#x6BEB;&#x5347;&#x6BCF; h&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8BE5;&#x75C5;&#x6BD2;&#x88C2;&#x89E3;&#x5F71;&#x54CD;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5728;&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x4E2D;&#x7684;&#x5F88;&#x5927;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x3001; VA&#x3001; &#x526F;&#x603B;&#x88C1;&#x548C;&#x6709;&#x673A;&#x78B3;&#x5728;&#x65E9;&#x6625;&#x548C;&#x590F;&#x5B63;&#x91CA;&#x653E;&#x6240;&#x6709;&#x663E;&#x793A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x5E74;&#x9645;&#x548C;&#x5B63;&#x8282;&#x8D8B;&#x52BF;&#x4E0E;&#x9AD8;&#x503C;&#x5728; 2003&#x5E74;&#x548C; 2004&#x5E74;&#x548C; 2005 &#x5E74;&#x6BD4; 2006 &#x5E74;&#x548C;&#x9AD8;&#x5CF0;&#x3002;&#x51FA;&#x4EBA;&#x610F;&#x6599;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x6EB6;&#x89E3;&#x7387;&#x9AD8;&#x5728;&#x51AC;&#x5929;&#xFF0C;&#x53D1;&#x751F;&#x9020;&#x6210;&#x75C5;&#x6BD2;&#x88C2;&#x89E3;&#x5BF9;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x653E;&#x5927;&#x5F71;&#x54CD;&#x751F;&#x4EA7;&#x529B;&#x4E0B;&#x964D;&#x7684;&#x65F6;&#x671F;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x88C2;&#x89E3;&#x76F4;&#x63A5;&#x5F71;&#x54CD;&#x6709;&#x673A;&#x78B3;&#x5E93;&#x3001; &#x6D3E;&#x9063;&#x5E73;&#x5747; 76 &#x5FAE;&#x514B;&#x6BCF; L c d &#x6BCF;&#x3001; &#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x751F;&#x4EA7;&#x80FD;&#x591F;&#x6301;&#x7EED; &sim;55%&#x7684;&#x91CF;&#x3002;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x5E74;&#x9645;&#x91CD;&#x590D;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;VP &#x548C;&#x6EB6;&#x89E3;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x4E0E;&#x4E3B;&#x673A;&#x4E30;&#x5EA6;&#x548C;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x53CD;&#x8FC7;&#x6765;&#x53C8;&#x63A8;&#x52A8;&#x5728;&#x73AF;&#x5883;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x5F3A;&#x8C03;&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x548C;&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x5E74;&#x5EA6;&#x5468;&#x671F;&#x7684;&#x5B63;&#x8282;&#x6027;&#x5468;&#x671F;&#x76F8;&#x4E92;&#x8054;&#x7CFB;&#x7684;&#x3002;

&#x6D6E;&#x6E38;&#x75C5;&#x6BD2;&#x751F;&#x4EA7;&#x6CB3;&#x53E3;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5185;&#x7684;&#x91CD;&#x590D;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;

The Chesapeake Bay, a seasonally variable temperate estuary, provides a natural laboratory for examining the fluctuations and impacts of viral lysis on aquatic microorganisms. Viral abundance (VA) and viral production (VP) were monitored in the Chesapeake Bay over 4 1/2 annual cycles, producing a unique, long-term, interannual study of virioplankton production. High and dynamic VP rates, averaging 7.9 Ã— 10(6) viruses per mL per h, indicate that viral lysis impacts a significant fraction of microorganisms in the Chesapeake. Viral-mediated bacterial mortality, VA, VP, and organic carbon release all displayed similar interannual and seasonal trends with higher values in 2003 and 2006 than in 2004 and 2005 and peaks in early spring and summer. Surprisingly, higher rates of viral lysis occurred in winter, resulting in a magnified effect of viral lysis on bacterioplankton during times of reduced productivity. Viral lysis directly impacted the organic carbon pool, contributing on average 76 Î¼g of C per L per d, an amount capable of sustaining âˆ¼55% of Chesapeake Bay bacterial production. The observed repeating interannual patterns of VP and lysis are likely interlinked with seasonal cycles of host abundance and diversity, which are in turn driven by annual cycles in environmental conditions, emphasizing the complex interplay of seasonality and microbial ecology in the Chesapeake Bay.

Repeating patterns of virioplankton production within an estuarine ecosystem.

La baie de Chesapeake, un estuaire variable selon les saisons temp&#xE9;r&#xE9;es, constitue un laboratoire naturel pour examiner les fluctuations et les impacts de la lyse virale sur les micro-organismes aquatiques. L&#x26;#39;abondance virale (VA) et la production virale (VP) ont &#xE9;t&#xE9; surveill&#xE9;s dans la baie de Chesapeake sur 4 1/2 cycles annuels, la production d&#x26;#39;un unique, &#xE0; long terme, l&#x26;#39;&#xE9;tude interannuelle de la production virioplankton. Taux VP haute et la plus dynamique, avec une moyenne 7,9 &#xD7; 10 (6) virus par mL par h, indiquent que la lyse virale affecte une fraction importante de micro-organismes dans la baie de Chesapeake. Virale m&#xE9;di&#xE9;e par la mortalit&#xE9; bact&#xE9;rienne, VA, vice-pr&#xE9;sident, et la lib&#xE9;ration de carbone organique toutes affich&#xE9;es similaires tendances interannuelles et saisonni&#xE8;res avec des valeurs plus &#xE9;lev&#xE9;es en 2003 et 2006 qu&#x26;#39;en 2004 et 2005 et des pics au d&#xE9;but du printemps et en &#xE9;t&#xE9;. &#xC9;tonnamment, des taux plus &#xE9;lev&#xE9;s de la lyse virale a eu lieu en hiver, ce qui entra&#xEE;ne un effet amplifi&#xE9; de la lyse virale sur bact&#xE9;rioplancton pendant les p&#xE9;riodes de baisse de la productivit&#xE9;. Lyse virale impact direct sur la piscine de carbone organique, contribuant en moyenne 76 mg de C par L par d, une quantit&#xE9; capable de soutenir ~ 55% de la baie de Chesapeake la production bact&#xE9;rienne. Les motifs r&#xE9;p&#xE9;titifs observ&#xE9;s interannuelles de VP et de la lyse sont susceptibles li&#xE9;s &#xE0; des cycles saisonniers d&#x26;#39;abondance d&#x26;#39;accueil et de la diversit&#xE9;, qui sont &#xE0; leur tour entra&#xEE;n&#xE9; par cycles annuels dans des conditions environnementales, en insistant sur l&#x26;#39;interaction complexe de la saisonnalit&#xE9; et de l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne dans la baie de Chesapeake.

R&#xE9;p&#xE9;ter des mod&#xE8;les de production Virioplankton Dans un &#xE9;cosyst&#xE8;me estuarien

Der Chesapeake Bay, eine saisonal Variable gem&auml;&szlig;igten M&uuml;ndung, bietet ein nat&uuml;rliches Labor f&uuml;r die Pr&uuml;fung der Auswirkungen der viral-Zerst&ouml;rung auf aquatischer Mikroorganismen und Schwankungen. Virale F&uuml;lle (VA) und virale Produktion (VP) wurden in der Chesapeake Bay &uuml;ber 4 1/2 j&auml;hrlichen Zyklen, &uuml;berwacht produzieren eine einzigartige, langfristige, zwischenj&auml;hrliche Studie Virioplankton Produktion. Hohe und dynamische VP-Preise, mit durchschnittlich 7,9 &times; 10 6 Viren pro mL / h, anzugeben, dass die virale Lyse wirkt sich einen betr&auml;chtlicher Anteil der Mikroorganismen in der Chesapeake. Viral-bedingte bakterielle Sterblichkeit, VA, VP und organischem Kohlenstoff lassen Sie alle angezeigten &auml;hnliche zwischenj&auml;hrliche und saisonalen Trends mit h&ouml;heren Werten in 2003 und 2006 als in 2004 und 2005 und Gipfel im Fr&uuml;hjahr und Sommer. &Uuml;berraschenderweise aufgetreten ist die h&ouml;here Preise der viral-Zerst&ouml;rung im Winter f&uuml;hrt eine vergr&ouml;&szlig;erte Wirkung der viral-Zerst&ouml;rung auf Bacterioplankton in Zeiten der verringerte Produktivit&auml;t. Virale Lyse beeinflusst direkt die organischen Kohlenstoff-Pool, Beitragenden durchschnittlich 76 &mu;g c pro L je d, einen Betrag der erhaltende &sim;55 % der Chesapeake Bay bakterielle Produktion. Die beobachteten wiederholten zwischenj&auml;hrliche Muster des VP und Zerst&ouml;rung sind wahrscheinlich miteinander verbunden mit saisonalen Zyklen der Host F&uuml;lle und Vielfalt, die wiederum von der allj&auml;hrlichen Umweltbedingungen, Betonung des komplexen Zusammenspiels der Saisonalit&auml;t und Mikrobielle &Ouml;kologie in der Chesapeake Bay angetrieben werden.

Sich wiederholende Muster Virioplankton Produktion in M&uuml;ndungs-&Ouml;kosystem.

La baia di Chesapeake, un estuario temperato stagionalmente variabile, fornisce un laboratorio naturale per esaminare l&#39;impatto della lisi virale su microrganismi acquatici e fluttuazioni. Abbondanza virale (VA) e produzione virale (VP) sono stati monitorati nella baia di Chesapeake oltre 4 1/2 cicli annuali, producendo uno studio unico, a lungo termine, interannuale della produzione virioplankton. Tariffe VP alti e dinamici, con una media di 7,9 &times; 10 virus per mL / h, indicano che Lisi virale urta una frazione significativa di microrganismi nel Chesapeake. Mortalit&agrave; batterica virale-mediata, VA, VP e carbonio organico rilasciare tutti visualizzate stagionale e interannuale tendenze simili con pi&ugrave; elevati valori nel 2003 e nel 2006 che nel 2004 e nel 2005 e picchi in estate e all&#39;inizio della primavera. Sorprendentemente, tassi pi&ugrave; elevati di lisi virale si &egrave; verificato in inverno, risultando in un effetto ingrandito della lisi virale su bacterioplankton durante i periodi di riduzione della produttivit&agrave;. Lisi virale direttamente influenzato il pool di carbonio organico, che contribuisce in media 76 &mu;g di C / L / d, una quantit&agrave; in grado di sostenere &sim;55% della produzione batterica di baia di Chesapeake. Modelli osservati ripetuti interannuale di VP e lisi probabilmente sono interconnessi con i cicli stagionali di host abbondanza e diversit&agrave;, che a loro volta sono guidati da cicli annuali in condizioni ambientali, sottolineando l&#39;interazione complessa di stagionalit&agrave; ed ecologia microbica nella baia di Chesapeake.

Ripetizione di modelli di produzione virioplankton all&#39;interno di un ecosistema di estuario.

&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x3001;&#x5B63;&#x7BC0;&#x5909;&#x6570;&#x6E29;&#x5E2F;&#x6CB3;&#x53E3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6C34;&#x751F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x6EB6;&#x89E3;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x81EA;&#x200B;&#x200B;&#x7136;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x5BA4;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#xFF08;VA&#xFF09;&#x3068;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7523;&#x751F;&#xFF08;VP&#xFF09;&#x306F;virioplankton&#x751F;&#x7523;&#x306E;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x3001;&#x9577;&#x671F;&#x7684;&#x3001;&#x7D4C;&#x5E74;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x3001;4 1/2&#x5E74;&#x6B21;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3067;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x306B;&#x30E2;&#x30CB;&#x30BF;&#x30FC;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 7.9&#xD7;10&#xFF08;6&#xFF09;&#x6642;&#x9593;&#x5F53;&#x305F;&#x308A;mL&#x5F53;&#x305F;&#x308A;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3092;&#x5E73;&#x5747;&#x9AD8;&#x3068;&#x52D5;&#x7684;VP&#x7387;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x6EB6;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x5A92;&#x4ECB;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7387;&#x3001;VA&#x3001;VP&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#x306E;&#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;2004&#x5E74;&#x3068;2005&#x5E74;&#x3088;&#x308A;2003&#x5E74;&#x3068;2006&#x5E74;&#x306E;&#x5024;&#x3068;&#x65E9;&#x6625;&#x3068;&#x590F;&#x306B;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x7D4C;&#x5E74;&#x53CA;&#x3073;&#x5B63;&#x7BC0;&#x7684;&#x306A;&#x50BE;&#x5411;&#x3002;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x6EB6;&#x89E3;&#x7387;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x304C;&#x751F;&#x7523;&#x6027;&#x306E;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x306E;&#x6642;&#x671F;&#x306B;bacterioplankton&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x6EB6;&#x89E3;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x52B9;&#x679C;&#x304C;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x3001;&#x51AC;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x6EB6;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;D&#x5F53;&#x305F;&#x308A;L&#x3042;&#x305F;&#x308A;&#x3001;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x7D30;&#x83CC;&#x751F;&#x7523;&#x306E;&#x301C;55&#xFF05;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x91CF;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;76&#x3BC;g&#x306E;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x3001;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002; VP&#x3068;&#x6EB6;&#x89E3;&#x306E;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3092;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x7D4C;&#x5E74;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5B63;&#x7BC0;&#x6027;&#x3068;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x91CD;&#x8996;&#x3057;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067;&#x6BCE;&#x5E74;&#x6052;&#x4F8B;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x99C6;&#x52D5;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x5185;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x3068;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x5B63;&#x7BC0;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3068;&#x9023;&#x52D5;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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Virioplankton &#xC0DD;&#xC0B0; &#xBC00;&#xB824; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC18;&#xBCF5; &#xB418;&#xB294; &#xD328;&#xD134;.

La Bah&#xED;a de Chesapeake, el estuario templado variable seg&#xFA;n la estaci&#xF3;n, ofrece un laboratorio natural para el examen de las fluctuaciones y los impactos de la lisis viral en microorganismos acu&#xE1;ticos. La abundancia viral (AV) y la producci&#xF3;n viral (VP) fueron controlados en la bah&#xED;a de Chesapeake durante 4 1/2 ciclos anuales, la producci&#xF3;n de un &#xFA;nico, a largo plazo, el estudio interanual de la producci&#xF3;n virioplankton. Las tasas de VP de alta y din&#xE1;mica, con un promedio 7,9 &#xD7; 10 (6) los virus por ml por hora, indican que la lisis viral afecta a una fracci&#xF3;n significativa de los microorganismos en la bah&#xED;a de Chesapeake. Viral mediada por la mortalidad bacteriana, VA, VP, y la liberaci&#xF3;n de carbono org&#xE1;nico todos los que se muestran tendencias similares interanuales y estacionales, con valores m&#xE1;s altos en 2003 y 2006 que en 2004 y 2005 y picos en primavera y verano. Sorprendentemente, tasas m&#xE1;s altas de lisis viral se produjo en invierno, lo que resulta en un efecto magnificada de lisis viral en bacterioplancton durante los tiempos de reducci&#xF3;n de la productividad. Lisis viral impactado directamente la reserva de carbono org&#xE1;nico, que contribuye en promedio 76 g de C por L por d, una cantidad capaz de sostener ~ 55% de la producci&#xF3;n de la Bah&#xED;a de Chesapeake bacteriana. Las observadas se repiten los patrones interanuales de VP y de lisis es probable que interrelacionado con los ciclos estacionales de la abundancia y la diversidad de acogida, que son a su vez impulsada por los ciclos anuales de las condiciones ambientales, haciendo hincapi&#xE9; en la compleja interacci&#xF3;n de la estacionalidad y la ecolog&#xED;a microbiana en la bah&#xED;a de Chesapeake.

Repetici&#xF3;n de patrones de producci&#xF3;n Virioplankton Dentro de un ecosistema de estuario

In the past few years, the field of metagenomics has been growing at an accelerated pace, particularly in response to advancements in new sequencing technologies. The large volume of sequence data from novel organisms generated by metagenomic projects has triggered the development of specialized databases and tools focused on particular groups of organisms or data types. Here we describe a pipeline for the functional annotation of viral metagenomic sequence data. The Viral MetaGenome Annotation Pipeline (VMGAP) pipeline takes advantage of a number of specialized databases, such as collections of mobile genetic elements and environmental metagenomes to improve the classification and functional prediction of viral gene products. The pipeline assigns a functional term to each predicted protein sequence following a suite of comprehensive analyses whose results are ranked according to a priority rules hierarchy. Additional annotation is provided in the form of enzyme commission (EC) numbers, GO/MeGO terms and Hidden Markov Models together with supporting evidence.

TheViral MetaGenome Annotation Pipeline(VMGAP):an automated tool for the functional annotation of viral Metagenomic shotgun sequencing data.

&#x5728;&#x8FC7;&#x53BB;&#x7684;&#x51E0;&#x5E74;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x9886;&#x57DF;&#x589E;&#x957F;&#x52A0;&#x5FEB;&#x6B65;&#x4F10;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x5728;&#x5E94;&#x5BF9;&#x65B0;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x8FDB;&#x6B65;&#x3002;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x83CC;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9879;&#x76EE;&#x6240;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x89E6;&#x53D1;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E13;&#x95E8;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x548C;&#x91CD;&#x70B9;&#x7279;&#x6B8A;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#x6216;&#x6570;&#x636E;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7BA1;&#x9053;&#x529F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91CA;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6CE8;&#x91CA;&#x7BA1;&#x9053; &#xFF08;VMGAP&#xFF09; &#x7BA1;&#x9053;&#x91C7;&#x7528;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E13;&#x95E8;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x5982;&#x79FB;&#x52A8;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x56E0;&#x7D20;&#x548C;&#x73AF;&#x5883;&#x7684; metagenomes &#x6539;&#x5584;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x96C6;&#x5408;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x9884;&#x6D4B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x54C1;&#x7684;&#x4F18;&#x52BF;&#x3002;&#x7BA1;&#x9053;&#x5411;&#x540E;&#x4E00;&#x5957;&#x5168;&#x9762;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x5176;&#x7ED3;&#x679C;&#x6392;&#x540D;&#x6839;&#x636E;&#x4F18;&#x5148;&#x89C4;&#x5219;&#x5C42;&#x6B21;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x914D;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x672F;&#x8BED;&#x3002;&#x8FDE;&#x540C;&#x6709;&#x5173;&#x8BC1;&#x660E;&#x9176;&#x59D4;&#x5458;&#x4F1A; (EC) &#x53F7;&#x3001; GO/&#x8C01;&#x6761;&#x6B3E;&#x548C;&#x9690;&#x85CF;&#x9A6C;&#x5C14;&#x79D1;&#x592B;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x5F62;&#x5F0F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x989D;&#x5916;&#x7684;&#x6CE8;&#x91CA;&#x3002;

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x793A;&#x8303;&#x6279;&#x6CE8;&#x7BA1;&#x9053; &#xFF08;VMGAP&#xFF09;&#xFF1A; &#x4E00;&#x4E2A;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x529F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91CA;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9E1F;&#x67AA;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6570;&#x636E;&#x3002;

Dans les derni&#xE8;res ann&#xE9;es, le domaine de la m&#xE9;tag&#xE9;nomique a &#xE9;t&#xE9; de plus en plus &#xE0; un rythme acc&#xE9;l&#xE9;r&#xE9;, en particulier en r&#xE9;ponse aux progr&#xE8;s de la nouvelles technologies de s&#xE9;quen&#xE7;age. Le grand volume de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences provenant d&#x26;#39;organismes nouveaux g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;s par les projets m&#xE9;tag&#xE9;nomiques a d&#xE9;clench&#xE9; le d&#xE9;veloppement de bases de donn&#xE9;es sp&#xE9;cialis&#xE9;es et des outils ax&#xE9;s sur des groupes particuliers d&#x26;#39;organismes ou de types de donn&#xE9;es. Nous d&#xE9;crivons ici un pipeline pour l&#x26;#39;annotation fonctionnelle des donn&#xE9;es sur les s&#xE9;quences virales m&#xE9;tag&#xE9;nomiques. L&#x26;#39;annotation virale Pipeline M&#xE9;tag&#xE9;nome (VMGAP) pipeline tire parti d&#x26;#39;un certain nombre de bases de donn&#xE9;es sp&#xE9;cialis&#xE9;es, comme les collections d&#x26;#39;&#xE9;l&#xE9;ments g&#xE9;n&#xE9;tiques mobiles et m&#xE9;tag&#xE9;nomes l&#x26;#39;environnement pour am&#xE9;liorer la classification et la pr&#xE9;diction fonctionnelle des produits de g&#xE8;nes viraux. Le pipeline assigne un terme fonctionnel &#xE0; chaque s&#xE9;quence de la prot&#xE9;ine pr&#xE9;dite &#xE0; la suite d&#x26;#39;une suite d&#x26;#39;analyses compl&#xE8;tes dont les r&#xE9;sultats sont class&#xE9;s selon une hi&#xE9;rarchie de priorit&#xE9; des r&#xE8;gles. Annotation suppl&#xE9;mentaire est fourni sous la forme de l&#x26;#39;enzyme de la Commission (CE) le nombre, GO / terms Mego et mod&#xE8;les de Markov cach&#xE9;s avec preuves &#xE0; l&#x26;#39;appui.

TheViral pipeline d&#x26;#39;annotation M&#xE9;tag&#xE9;nome (VMGAP): un outil automatis&#xE9; pour l&#x26;#39;annotation fonctionnelle des Shotgun m&#xE9;tag&#xE9;nomique viral s&#xE9;quen&#xE7;age des donn&#xE9;es

In den vergangenen Jahren Bereich Metagenomik w&auml;chst in einem beschleunigten Tempo, besonders in Erwiderung auf Fortschritte in der neuen Technologien. Das gro&szlig;e Volumen von Sequenzdaten aus neuartigen Organismen von durchgef&uuml;hrte metagenomische Projekte generierten ausgel&ouml;st hat die Entwicklung von Fachdatenbanken und Werkzeuge konzentrierte sich auf bestimmte Gruppen von Organismen oder Daten-Typen. Hier beschreiben wir eine Pipeline f&uuml;r die funktionale Anmerkung von viralen durchgef&uuml;hrte metagenomische Sequenzdaten. Die virale MetaGenome Anmerkung Pipeline (VMGAP)-Pipeline nutzt eine Reihe von spezialisierten Datenbanken, z. B. Sammlungen von mobilen genetischen Elementen und &ouml;kologische Metagenomes zur Verbesserung der Einstufung und funktionale Vorhersage virale Gentransfer-Produkte. Die Pipeline weist einen funktionalen Begriff jeden vorhergesagten Protein-Reihenfolge nach eine Suite von umfassende Analysen, deren Ergebnisse nach einer Priorit&auml;t-Regeln-Hierarchie eingestuft werden. Zus&auml;tzliche Anmerkung steht in Form von Enzym-Kommission EG-Nummern, GO/MeGO Begriffe und Hidden-Markov-Modelle zur Verf&uuml;gung, zusammen mit entsprechenden nachweisen.

TheViral MetaGenome Anmerkung Pipeline (VMGAP): ein automatisiertes Tool f&uuml;r die funktionale Anmerkung virale durchgef&uuml;hrte metagenomische Schrotflinte Sequenzierung Daten.

Negli ultimi anni, il campo della metagenomica &egrave; in crescita in un accelerato ritmo, particolarmente in risposta ai progressi nelle nuove tecnologie di sequenziamento. Il grande volume di dati di sequenza dal romanzo organismi generati da progetti metagenomica ha innescato lo sviluppo di banche dati specializzate e strumenti focalizzati su particolari gruppi di organismi o di dati tipi. Qui descriviamo una pipeline per l&#39;annotazione funzionale dei dati di sequenza metagenomica virale. La pipeline virale MetaGenome annotazione Pipeline (VMGAP) si avvale di un certo numero di banche dati specializzate, quali insiemi di elementi genetici mobili e metagenomica ambientali per migliorare la classificazione e previsione funzionale dei prodotti genici virali. La pipeline assegna un termine funzionale per ogni sequenza proteica previsto seguendo una suite completa analisi i cui risultati sono classificati secondo una gerarchia di regole di priorit&agrave;. Annotazione supplementare &egrave; fornito sotto forma di enzima Commissione (CE) numeri, GO/MeGO termini e modelli di Markov nascosti insieme a sostenere la prova.

TheViral MetaGenome annotazione Pipeline (VMGAP): uno strumento automatico per l&#39;annotazione funzionale di virali dei dati di sequenziamento di fucile metagenomica.

&#x904E;&#x53BB;&#x6570;&#x5E74;&#x9593;&#x3067;&#x3001;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x30EB;&#x30C9;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x3001;&#x52A0;&#x901F;&#x306E;&#x30DA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x6210;&#x9577;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5927;&#x5BB9;&#x91CF;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x578B;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x7126;&#x70B9;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x305F;&#x7279;&#x6B8A;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3084;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x5F15;&#x304D;&#x91D1;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6CE8;&#x91C8;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#xFF08;VMGAP&#xFF09;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5206;&#x985E;&#x3068;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30E2;&#x30D0;&#x30A4;&#x30EB;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x74B0;&#x5883;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B3;&#x30EC;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5C02;&#x9580;&#x7684;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6570;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x7D50;&#x679C;&#x512A;&#x5148;&#x9806;&#x4F4D;&#x306E;&#x30EB;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x968E;&#x5C64;&#x306B;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x4ED8;&#x3051;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x30B9;&#x30A4;&#x30FC;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x6B21;&#x306E;&#x5404;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x7528;&#x8A9E;&#x3092;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x6CE8;&#x91C8;&#x306F;&#x3001;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;/ MEGO&#x7528;&#x8A9E;&#x3068;&#x96A0;&#x308C;&#x30DE;&#x30EB;&#x30B3;&#x30D5;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;GO&#x3001;&#x9175;&#x7D20;&#x59D4;&#x54E1;&#x4F1A;&#xFF08;EC&#xFF09;&#x756A;&#x53F7;&#x306E;&#x5F62;&#x5F0F;&#x3067;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

TheViral&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6CE8;&#x91C8;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#xFF08;VMGAP&#xFF09;&#xFF1A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6563;&#x5F3E;&#x9283;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;

Metagenomics &#xBD84;&#xC57C; &#xAC00;&#xC18D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4; &#xC9C0;&#xB09C; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548;, &#xD2B9;&#xD788; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220; &#xBC1C;&#xC804;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; &#xC18D;&#xB3C4;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC591;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; metagenomic &#xD504;&#xB85C;&#xC81D;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xB97C; &#xC804;&#xBB38;&#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC774; &#xC2DC;&#xC791; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xD615;&#xC2DD; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB610;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;&#xC744; &#xB3C4;&#xAD6C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC744; &#xC124;&#xBA85;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; MetaGenome &#xC8FC;&#xC11D; &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; (VMGAP) &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC740; &#xBAA8;&#xBC14;&#xC77C; &#xC720;&#xC804; &#xC694;&#xC18C;&#xC640; &#xBD84;&#xB958;&#xB97C; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD658;&#xACBD; metagenomes&#xC758; &#xCEEC;&#xB809;&#xC158; &#xC81C;&#xD488; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC608;&#xCE21; &#xB4F1; &#xD2B9;&#xD654; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xC218;&#xB97C; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC6B0;&#xC120; &#xC21C;&#xC704; &#xADDC;&#xCE59; &#xACC4;&#xCE35; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC21C;&#xC704;&#xAC00; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC2A4;&#xC704;&#xD2B8;&#xB8F8; &#xB2E4;&#xC74C; &#xAC01; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC6A9;&#xC5B4;&#xB97C; &#xD560;&#xB2F9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xC8FC;&#xC11D; &#xD568;&#xAED8; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC9C0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC704;&#xC6D0;&#xD68C; (EC) &#xBC88;&#xD638; &#xC774;&#xB3D9;/MeGO &#xACC4;&#xC57D; &#xB0B4;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xC228;&#xACA8;&#xC9C4; &#xB9C8;&#xB974;&#xCF54;&#xD504; &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xD615;&#xD0DC;&#xB85C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

TheViral MetaGenome &#xC8FC;&#xC11D; &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; (VMGAP): &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; Metagenomic &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC8FC;&#xC11D; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB3C4;&#xAD6C;.

En los &#xFA;ltimos a&#xF1;os, el campo de la metagen&#xF3;mica ha estado creciendo a un ritmo acelerado, en particular en respuesta a los avances en nuevas tecnolog&#xED;as de secuenciaci&#xF3;n. El gran volumen de datos de la secuencia de organismos nuevos generados por proyectos de metagen&#xF3;mica ha provocado el desarrollo de bases de datos especializadas y herramientas centradas en determinados grupos de organismos o tipos de datos. Aqu&#xED; se describe un conducto para la anotaci&#xF3;n funcional de datos de secuencias virales metagen&#xF3;mica. La anotaci&#xF3;n viral Metagenoma Pipeline (VMGAP) la tuber&#xED;a se aprovecha de una serie de bases de datos especializadas, como las colecciones de elementos gen&#xE9;ticos m&#xF3;viles y metagenomas ambientales para mejorar la clasificaci&#xF3;n y la predicci&#xF3;n funcional de los productos de los genes virales. El oleoducto asigna un t&#xE9;rmino funcional a cada secuencia de la prote&#xED;na predicha despu&#xE9;s de una serie de an&#xE1;lisis exhaustivos, cuyos resultados se ordenan seg&#xFA;n una jerarqu&#xED;a de reglas de prelaci&#xF3;n. Anotaci&#xF3;n adicional se proporciona en la forma de la enzima de la Comisi&#xF3;n (CE) n&#xFA;mero, IR o t&#xE9;rminos Mego y Modelos Ocultos de Markov, junto con las pruebas correspondientes.

TheViral Metagenoma Pipeline anotaci&#xF3;n (VMGAP): una herramienta automatizada para la anotaci&#xF3;n funcional de la escopeta viral datos de secuenciaci&#xF3;n metagen&#xF3;mica

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x57F9;&#x990A;&#x306E;&#x524D;&#x63D0;&#x6761;&#x4EF6;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3059;&#x308B;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x306E;&#x5206;&#x91CE;&#x306B;&#x9769;&#x547D;&#x3092;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x96C6;&#x56E3;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x4FE1;&#x3058;&#x3089;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x307B;&#x3069;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3068;&#x9069;&#x5FDC;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5B89;&#x3044;&#x3001;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x81A8;&#x5927;&#x306A;&#x91CF;&#x3092;&#x751F;&#x7523;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x53CE;&#x96C6;&#x3001;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3084;&#x8AB2;&#x984C;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BD;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x884C;&#x3063;&#x305F;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x4F8B;&#x3068;&#x7D50;&#x8AD6;&#x4ED8;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#xFF08;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#xFF09;&#x306B;

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x9769;&#x547D;&#x6027;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x6D88;&#x9664;&#x4E86;&#x57F9;&#x517B;&#x7684;&#x524D;&#x63D0;&#x901A;&#x8FC7;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x9886;&#x57DF;&#x3002;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x79CD;&#x7FA4;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x63ED;&#x793A;&#x7684;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x96BE;&#x4EE5;&#x7F6E;&#x4FE1;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x7684;&#x9002;&#x5E94;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x968F;&#x7740;&#x66F4;&#x4FBF;&#x5B9C;&#x3001; &#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x51FA;&#x73B0;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x8FD8;&#x4EA7;&#x751F;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x5305;&#x62EC;&#x6837;&#x54C1;&#x91C7;&#x96C6;&#x3001; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x3001; &#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7A81;&#x51FA;&#x663E;&#x793A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x95EE;&#x9898;&#x548C;&#x6311;&#x6218;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5BA1;&#x67E5;&#x7684;&#x662F;&#x5F53;&#x524D;&#x6B63;&#x5728;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x4E0E;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x8FDB;&#x884C;&#x5404;&#x79CD;&#x590D;&#x6742;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x3002;

&#x4ECE;&#x5BF9;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF; &#xFF08;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;) &#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3002;

Metagenomics is revolutionizing the field of microbial ecology through techniques that eliminate the prerequisite of culturing. Metagenomic studies of microbial populations in different environments reveal the incredible diversity and adaptive capabilities of these organisms. With the advent of cheaper, high-throughput sequencing technologies, these studies are also producing vast amounts of sequence data. Here, we discuss the different components of a metagenomic study including sample collection, DNA extraction, sequencing, and informatics. We highlight their issues and challenges, and review the solutions that are currently in use. We conclude with examples of metagenomic studies conducted on environments of varying complexities.

From bacterial to microbial ecosystems (metagenomics).

La m&#xE9;tag&#xE9;nomique est en train de r&#xE9;volutionner le domaine de l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne gr&#xE2;ce &#xE0; des techniques qui &#xE9;liminent la condition sine qua non de la culture. Des &#xE9;tudes m&#xE9;tag&#xE9;nomiques des populations microbiennes dans des environnements diff&#xE9;rents r&#xE9;v&#xE8;lent l&#x26;#39;incroyable diversit&#xE9; et les capacit&#xE9;s d&#x26;#39;adaptation de ces organismes. Avec l&#x26;#39;av&#xE8;nement de moins cher, technologies de s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit, ces &#xE9;tudes sont &#xE9;galement produire de grandes quantit&#xE9;s de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences. Ici, nous discutons les diff&#xE9;rentes composantes d&#x26;#39;une &#xE9;tude m&#xE9;tag&#xE9;nomique y compris la collecte de l&#x26;#39;&#xE9;chantillon, l&#x26;#39;extraction d&#x26;#39;ADN, s&#xE9;quen&#xE7;age, et de l&#x26;#39;informatique. Nous mettons en &#xE9;vidence leurs enjeux et les d&#xE9;fis, et d&#x26;#39;examiner les solutions qui sont actuellement en cours d&#x26;#39;utilisation. Nous concluons avec des exemples d&#x26;#39;&#xE9;tudes men&#xE9;es sur des environnements m&#xE9;tag&#xE9;nomiques de complexit&#xE9;s diff&#xE9;rentes.

De bact&#xE9;rienne aux &#xE9;cosyst&#xE8;mes microbiens (m&#xE9;tag&#xE9;nomique)

Metagenomik revolutioniert das Feld der Mikrobielle &Ouml;kologie durch Techniken, die die Voraussetzung f&uuml;r die Z&uuml;chtung zu beseitigen. Durchgef&uuml;hrte metagenomische Studien von mikrobiellen Populationen in verschiedenen Umgebungen zeigen die unglaubliche Vielfalt und adaptiven F&auml;higkeiten dieser Organismen. Mit dem Aufkommen der billigeren, Hochdurchsatz-Technologien produzieren diese Studien auch Unmengen von Sequenzdaten. Hier diskutieren wir die verschiedenen Komponenten einer durchgef&uuml;hrte metagenomische Studie einschlie&szlig;lich Probenentnahme, DNA-Extraktion, Sequenzierung und Informatik. Wir markieren ihre Probleme und Herausforderungen, und &uuml;berpr&uuml;fen Sie die L&ouml;sungen, die derzeit verwendet werden. Wir schlie&szlig;en mit Beispiele f&uuml;r durchgef&uuml;hrte metagenomische Untersuchungen auf Umgebungen von unterschiedlicher Komplexit&auml;t.

Von bakteriellen mikrobiellen &Ouml;kosysteme (Metagenomik).

Metagenomica sta rivoluzionando il campo dell&#39;ecologia microbica attraverso tecniche che eliminano il prerequisito della coltura. Metagenomica studi di popolazioni microbiche nei diversi ambienti rivelano l&#39;incredibile diversit&agrave; e capacit&agrave; adattive di questi organismi. Con l&#39;avvento delle tecnologie di sequenziamento pi&ugrave; conveniente, ad alta velocit&agrave;, questi studi sono inoltre producendo grandi quantit&agrave; di dati di sequenza. Qui, discuteremo le diverse componenti di uno studio di metagenomica tra cui informatica, estrazione DNA, sequenziamento e raccolta del campione. Abbiamo evidenziare i problemi e le sfide ed esaminare le soluzioni che sono attualmente in uso. Concludiamo con esempi di metagenomica studi condotti sugli ambienti di varia complessit&agrave;.

Da batterica agli ecosistemi microbici (metagenomica).

Metagenomics &#xBC30;&#xC591;&#xC758; &#xD544;&#xC218; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xBC95;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xBD84;&#xC57C; &#xD601;&#xBA85;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0A4;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC9D1;&#xB2E8;&#xC758; Metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B4; &#xB2E4;&#xC591; &#xC131;&#xACFC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC801;&#xC751; &#xAE30;&#xB2A5; &#xACF5;&#xAC1C;. &#xC800;&#xB834;, &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xCD9C;&#xD604;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xAD11;&#xB300; &#xD55C; &#xC591;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC0B0;. &#xC5EC;&#xAE30;, metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xCEEC;&#xB809;&#xC158;, DNA &#xCD94;&#xCD9C;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;, &#xC815;&#xBCF4;&#xD559; &#xB4F1;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC0B4;&#xD3B4;&#xBD05;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBB38;&#xC81C;&#xC640; &#xACFC;&#xC81C;, &#xAC15;&#xC870; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xD604;&#xC7AC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC911;&#xC778; &#xC194;&#xB8E8;&#xC158;&#xC744; &#xAC80;&#xD1A0;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E4;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xC608;&#xC81C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xACB0;&#xB860;.

&#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4; (metagenomics)&#xC5D0;&#xC11C;.

La metagen&#xF3;mica est&#xE1; revolucionando el campo de la ecolog&#xED;a microbiana a trav&#xE9;s de t&#xE9;cnicas que eliminan el requisito previo de cultivo. Estudios de metagen&#xF3;mica de las poblaciones microbianas en ambientes diferentes muestran la incre&#xED;ble diversidad y capacidad de adaptaci&#xF3;n de estos organismos. Con el advenimiento de las tecnolog&#xED;as de secuenciaci&#xF3;n m&#xE1;s baratas y de alto rendimiento, estos estudios tambi&#xE9;n producen grandes cantidades de datos de secuencia. En este caso, hablamos de los diferentes componentes de un estudio de metagen&#xF3;mica, incluyendo la recogida de muestras, extracci&#xF3;n de ADN, la secuenciaci&#xF3;n, y la inform&#xE1;tica. Destacamos sus problemas y desaf&#xED;os, y revisar las soluciones que est&#xE1;n actualmente en uso. Se concluye con ejemplos de estudios llevados a cabo en metagen&#xF3;mica entornos de complejidad diferentes.

Desde las bacterias a los ecosistemas microbianos (metagen&#xF3;mica)

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE;&#x6CBF;&#x6240;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x751F;&#x6210;&#x4E4B;&#x95F4;&#x5B63;&#x8282;&#x4E0A;&#x6D8C;&#x6D3B;&#x52A8;&#x671F;&#x95F4;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x673A;&#x4F1A;&#x4EE5;&#x5BA1;&#x67E5;&#x5E55;&#x5F0F;&#x8109;&#x51B2;&#x7684;&#x51B7;&#x6C34;&#x5BCC;&#x542B;&#x8425;&#x517B;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x5230;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x5357;&#x52A0;&#x5229;&#x798F;&#x5C3C;&#x4E9A;&#x6D77;&#x6E7E;&#x548C;&#x52A0;&#x5DDE;&#x5F53;&#x524D;&#x6C34;&#x57DF;&#x6CBF;&#x6D77;&#x5F00;&#x653E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6837;&#x5E26;&#x3002;&#x8DE8; 7 &#x4E2A;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5927;&#x5C0F;&#x7C7B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7531; &sim;5.8 &#x4E07;&#x9884;&#x6D4B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x6210;&#xFF1A; 0.1-0.8&#x3001; 0.8-3.0 &#x548C; 3.0 200.0 &mu; m&#x3002;&#x5206;&#x7C7B;&#x5B66;&#x548C;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE; 0.1-0.8 &#x5FAE;&#x7C73;&#x5927;&#x5C0F;&#x7C7B;&#x5173;&#x8054;&#x4E0A;&#x6D8C;&#x82B1;&#x53F6;&#x6CBF;&#x5176;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x66F4;&#x5927;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5206;&#x7C7B;&#x5B66;&#x56FE;&#x8C31;&#x5927;&#x5C0F;&#x7C7B; (0.8-200 &mu; m&#xFF09; &#x88AB;&#x4E0D;&#x5C11;&#x7684;&#x751F;&#x5883;&#x7684;&#x7EA6;&#x675F;&#x548C;&#x7279;&#x70B9;&#x589E;&#x52A0;&#x84DD;&#x85FB;&#x3001; Bacteroidetes&#x3001; Flavobacteria &#x548C;&#x53CC;&#x94FE; DNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x8DE8;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91CA;&#x6307;&#x793A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5C0F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x4E0E;&#x57FA;&#x677F;&#x7279;&#x6B8A;&#x6027;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x3001; &#x94C1;&#x3001; &#x9549;&#x3001; &#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x6D53;&#x7F29;&#x800C;&#x8F83;&#x5927;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x751F;&#x7269;&#x6709;&#x94F5;&#x548C;&#x94BE;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x8F83;&#x9AD8;&#x3002;Eukaryotic &#x578B;&#x8C37;&#x6C28;&#x9170;&#x80FA;&#x5408;&#x6210;&#x9176; (GS) &#x4E8C;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#x548C;&#x7531;&#x5F52;&#x7C7B;&#x4E3A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x3001; &#x6700;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x53F2;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7C73;&#x7C73;&#x6837;&#x9897;&#x7C92;&#x53EF;&#x80FD; GSII &#x57FA;&#x56E0;&#x804C;&#x80FD;&#x7684;&#x8F6C;&#x79FB;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x4E86;&#x4F5C;&#x7528;&#x5728; GSII&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6D8C;&#x5347;&#x7F51;&#x7AD9;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x96BE;&#x5F97;&#x7684;&#x673A;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x8BC4;&#x4F30;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B; Planctomycete &#x91C7;&#x6837; Planctomycete &#x7EFD;&#x653E;&#x3002;&#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x751F;&#x5883;&#x9A71;&#x52A8;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5C5E;&#x6027;&#x3001; &#x793E;&#x4F1A;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x517B;&#x5206;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x91CD;&#x5927;&#x5173;&#x8054;&#x6027;&#x5BE1;&#x8425;&#x517B;&#x4E0E;&#x6C34;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6C34;&#x57DF;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4E0A;&#x5F7C;&#x6B64;&#x76F8;&#x90BB;&#x3002;

&#x5BF9;&#x8DE8;&#x6D8C;&#x5347;&#x9A6C;&#x8D5B;&#x514B;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7EC4;&#x6210;&#x517B;&#x5206;&#x548C;&#x6D0B;&#x6D41;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

Metagenomic data sets were generated from samples collected along a coastal to open ocean transect between Southern California Bight and California Current waters during a seasonal upwelling event, providing an opportunity to examine the impact of episodic pulses of cold nutrient-rich water into surface ocean microbial communities. The data set consists of âˆ¼5.8 million predicted proteins across seven sites, from three different size classes: 0.1-0.8, 0.8-3.0 and 3.0-200.0â€‰Î¼m. Taxonomic and metabolic analyses suggest that sequences from the 0.1-0.8â€‰Î¼m size class correlated with their position along the upwelling mosaic. However, taxonomic profiles of bacteria from the larger size classes (0.8-200â€‰Î¼m) were less constrained by habitat and characterized by an increase in Cyanobacteria, Bacteroidetes, Flavobacteria and double-stranded DNA viral sequences. Functional annotation of transmembrane proteins indicate that sites comprised of organisms with small genomes have an enrichment of transporters with substrate specificities for amino acids, iron and cadmium, whereas organisms with larger genomes have a higher percentage of transporters for ammonium and potassium. Eukaryotic-type glutamine synthetase (GS) II proteins were identified and taxonomically classified as viral, most closely related to the GSII in Mimivirus, suggesting that marine Mimivirus-like particles may have played a role in the transfer of GSII gene functions. Additionally, a Planctomycete bloom was sampled from one upwelling site providing a rare opportunity to assess the genomic composition of a marine Planctomycete population. The significant correlations observed between genomic properties, community structure and nutrient availability provide insights into habitat-driven dynamics among oligotrophic versus upwelled marine waters adjoining each other spatially.

Influence of nutrients and currents on the genomic composition of microbes across an upwelling mosaic.

M&#xE9;tag&#xE9;nomiques ensembles de donn&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9;es &#xE0; partir des &#xE9;chantillons pr&#xE9;lev&#xE9;s le long d&#x26;#39;un transect c&#xF4;tier pour ouvrir l&#x26;#39;oc&#xE9;an entre la Californie du Sud Bight et les eaux californiennes actuelles lors d&#x26;#39;un &#xE9;v&#xE9;nement upwelling saisonnier, fournissant l&#x26;#39;occasion d&#x26;#39;examiner l&#x26;#39;impact des impulsions &#xE9;pisodiques de froid riche en nutriments de l&#x26;#39;eau dans les communaut&#xE9;s microbiennes de surface des oc&#xE9;ans . L&#x26;#39;ensemble de donn&#xE9;es se compose de environ 5,8 millions prot&#xE9;ines pr&#xE9;dites dans sept sites, de trois classes de taille diff&#xE9;rentes: 0,1-0,8, de 0.8-3.0 et 3.0-200.0 um. Analyses taxonomiques et m&#xE9;taboliques sugg&#xE8;rent que les s&#xE9;quences de la classe de 0.1 &#xE0; 0.8 um en corr&#xE9;lation avec la taille de leur position le long de la mosa&#xEF;que d&#x26;#39;upwelling. Cependant, les profils taxonomiques de bact&#xE9;ries &#xE0; partir des classes de plus grande taille (0.8-200 um) ont &#xE9;t&#xE9; moins contraint par l&#x26;#39;habitat et caract&#xE9;ris&#xE9; par une augmentation de cyanobact&#xE9;ries, Bacteroidetes, Flavobacteria et des s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN double brin viral. Annotation fonctionnelle de prot&#xE9;ines transmembranaires indiquent que les sites comprenant des organismes avec les g&#xE9;nomes des petits ont un enrichissement des transporteurs avec des sp&#xE9;cificit&#xE9;s de substrat pour les acides amin&#xE9;s, de fer et de cadmium, tandis organismes avec de plus grandes g&#xE9;nomes ont un pourcentage plus &#xE9;lev&#xE9; de transporteurs pour ammonium et de potassium. Eucaryote glutamine synth&#xE9;tase de type (GS) des prot&#xE9;ines II ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s et class&#xE9;s comme taxonomiquement virale, la plus &#xE9;troitement li&#xE9;e &#xE0; la GSII dans Mimivirus, ce qui sugg&#xE8;re que les marins Mimivirus-particules peuvent avoir jou&#xE9; un r&#xF4;le dans le transfert des fonctions des g&#xE8;nes GSII. En outre, une fleur Planctomycete a &#xE9;t&#xE9; &#xE9;chantillonn&#xE9;e d&#x26;#39;un site d&#x26;#39;upwelling fournir une occasion rare d&#x26;#39;&#xE9;valuer la composition g&#xE9;nomique d&#x26;#39;une population Planctomycete marine. Les corr&#xE9;lations significatives observ&#xE9;es entre les propri&#xE9;t&#xE9;s g&#xE9;nomiques, la structure des communaut&#xE9;s et la disponibilit&#xE9; des nutriments donnent un aper&#xE7;u de l&#x26;#39;habitat ax&#xE9;es sur la dynamique entre oligotrophe contre les eaux marines adjacentes r&#xE9;surgence de l&#x26;#39;autre dans l&#x26;#39;espace.

Influence des &#xE9;l&#xE9;ments nutritifs et des courants sur la composition g&#xE9;nomique des microbes l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;une mosa&#xEF;que Upwelling

Durchgef&uuml;hrte metagenomische Datens&auml;tze stammen aus Stichproben entlang einer K&uuml;ste Ozean &ouml;ffnen transect zwischen Southern Bight in Kalifornien und Kalifornien Strom Wasser w&auml;hrend eines saisonalen Auftrieb, bietet eine M&ouml;glichkeit, die Auswirkungen der episodischen Impulse n&auml;hrstoffreiche Wasser in Oberfl&auml;che Ozean mikrobielle Gemeinschaften zu pr&uuml;fen. Der Datensatz besteht aus &sim;5.8 million vorhergesagten Proteine an sieben Standorten, aus drei verschiedenen Gr&ouml;&szlig;enklassen: 0.1-0.8, 0.8-3.0 und 3.0-200.0 &mu;m. Taxonomische und metabolische Analysen legen nahe, die Sequenzen von 0,1-0,8 &mu;m Gr&ouml;&szlig;enklasse korreliert mit ihrer Position entlang dem Auftrieb-Mosaik. Taxonomische Profile von Bakterien aus der gr&ouml;&szlig;eren Gr&ouml;&szlig;e jedoch Klassen (0.8-200 &mu;m) waren weniger eingeschr&auml;nkt durch Lebensraum und zeichnet sich durch eine Zunahme der Cyanobakterien, Bacteroides, Flavobacteria und virale Doppelstrang-DNA-Sequenzen. Funktionale Annotation von Transmembranproteine geben, dass Websites, die von Organismen mit kleinen Genomen umfasste eine Bereicherung der Transporter mit Substrat Besonderheiten f&uuml;r Aminos&auml;uren, Eisen und Kadmium, haben, wohingegen Organismen mit gr&ouml;&szlig;eren Genome haben einen h&ouml;heren Prozentsatz an Transporter f&uuml;r Ammonium und Kalium. Eukaryotic-Typ Glutamin-Synthase (GS)-II-Proteine wurden identifiziert und taxonomisch als virale eingestuft, am engsten mit der GSII in Mimivirus, darauf hindeutet, dass die marine Mimivirus-&auml;hnliche Partikel bei der &Uuml;bertragung der GSII Genfunktionen eine Rolle gespielt haben, k&ouml;nnen verwandt. Dar&uuml;ber hinaus wurde eine Planctomycet-Bl&uuml;te aus einem Auftrieb-Site, die eine seltene Gelegenheit, die genomische Zusammensetzung der marine Planctomycet Einwohner zu bewerten abgetastet. Die signifikanten Korrelationen zwischen genomischen Eigenschaften, Struktur und N&auml;hrstoff-Verf&uuml;gbarkeit gew&auml;hren Einblicke in Lebensraum-gesteuerte Dynamik unter oligotrophen gegen&uuml;ber upwelled Meeresgew&auml;sser, die einander r&auml;umlich angrenzend.

Einfluss von N&auml;hrstoffen und Str&ouml;mungen auf die genomische Zusammensetzung der Mikroben &uuml;ber ein Auftrieb-Mosaik.

Metagenomica insiemi di dati sono stati generati da campioni raccolti lungo una costiera di aprire oceano transetto tra acque ansa del Sud California e California corrente durante un evento di upwelling stagionale, fornendo la possibilit&agrave; di esaminare l&#39;impatto di impulsi episodici di acqua fredda ricca di sostanze nutritive nelle comunit&agrave; microbiche superficiali oceano. Il set di dati &egrave; costituito da &sim;5.8 milioni previsto proteine attraverso sette siti, da tre classi di differenti dimensioni: 0.1-0.8, 0.8-3.0 e 3.0-200.0 &mu;m. Analisi tassonomiche e metaboliche suggeriscono che le sequenze da 0,1-0,8 &mu;m classe dimensioni correlate con la loro posizione lungo il mosaico di risalita. Tuttavia, profili tassonomici dei batteri dalla maggiore dimensione classi (0,8-200 &mu;m) erano meno vincolata da habitat e caratterizzata da un aumento di cianobatteri, Bacteroidetes, Flavobacteria e sequenze virali di DNA double-stranded. Annotazione funzionale di proteine transmembrana indicano che siti composto da organismi con piccoli genomi hanno un arricchimento dei trasportatori con specificit&agrave; di substrato per aminoacidi, ferro e cadmio, considerando che gli organismi con genomi pi&ugrave; grandi hanno una percentuale maggiore di trasportatori per ammonio e potassio. Proteine II di eucariotica-tipo glutamina sintetasi (GS) sono state identificate e tassonomicamente classificate come virale, pi&ugrave; strettamente imparentate con il GSII in Mimivirus, suggerendo che marini Mimivirus come particelle possono hanno svolto un ruolo nel trasferimento delle funzioni del gene di GSII. Inoltre, una fioritura di Planctomycete &egrave; stata campionata da un sito di upwelling, fornendo una rara opportunit&agrave; per valutare la composizione genomica di una popolazione di Planctomycete Marina. Le correlazioni significative osservate tra propriet&agrave; genomiche, struttura comunitaria e disponibilit&agrave; di nutrienti forniscono approfondimenti in habitat-driven dinamica tra oligotrofe versus upwelled acque marine adiacente a vicenda nello spazio.

Influenza delle sostanze nutritive e delle correnti sulla composizione genomica microbica attraverso un mosaico di risalita.

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#xB7;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306B;&#x51B7;&#x305F;&#x3044;&#x6804;&#x990A;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6C34;&#x306E;&#x30A8;&#x30D4;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C9;&#x30D1;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3059;&#x308B;&#x6A5F;&#x4F1A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3001;&#x5B63;&#x7BC0;&#x306E;&#x6E67;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x4E2D;&#x306B;&#x5357;&#x30AB;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A9;&#x30EB;&#x30CB;&#x30A2;&#x6E7E;&#x3068;&#x30AB;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A9;&#x30EB;&#x30CB;&#x30A2;&#x6D77;&#x6D41;&#x6C34;&#x57DF;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x6D77;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30BB;&#x30AF;&#x30C8;&#x3092;&#x958B;&#x304F;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x53CE;&#x96C6;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; 0.1&#x304B;&#x3089;0.8&#x3001;0.8&#x304B;&#x3089;3.0&#x3068;3.0&#x304B;&#x3089;200.0&#x3BC;m&#x306E;&#xFF1A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#xB7;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;3&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;7&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x9593;&#x301C;580&#x4E07;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5206;&#x985E;&#x3068;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;0.1&#x304B;&#x3089;0.8&#x3BC;m&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x6E67;&#x6607;&#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x81EA;&#x5206;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#xFF08;0.8&#x304B;&#x3089;200&#x30DF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30F3;&#xFF09;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x4E0A;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306F;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x306E;&#x751F;&#x606F;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5236;&#x7D04;&#x3068;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CE;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3001;Bacteroidetes&#x3001;Flavobacteria&#x3068;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x819C;&#x8CAB;&#x901A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91C8;&#x306F;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x751F;&#x7269;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30F3;&#x30E2;&#x30CB;&#x30A6;&#x30E0;&#x3068;&#x30AB;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x5272;&#x5408;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3001;&#x9244;&#x3001;&#x30AB;&#x30C9;&#x30DF;&#x30A6;&#x30E0;&#x306E;&#x57FA;&#x8CEA;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x8F38;&#x9001;&#x4F53;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x578B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30BF;&#x30DF;&#x30F3;&#x5408;&#x6210;&#x9175;&#x7D20;&#xFF08;GS&#xFF09;II&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x30DF;&#x30DF;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3067;GSII&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x985E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x30DF;&#x30DF;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x69D8;&#x7C92;&#x5B50;&#x304C;GSII&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x4F1D;&#x9054;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;Planctomycete&#x30D6;&#x30EB;&#x30FC;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;Planctomycete&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x6210;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x8CB4;&#x91CD;&#x306A;&#x6A5F;&#x4F1A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;1&#x3064;&#x306E;&#x6E67;&#x6607;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x63A1;&#x53D6;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7279;&#x6027;&#x3001;&#x7FA4;&#x843D;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6804;&#x990A;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6709;&#x610F;&#x306A;&#x76F8;&#x95A2;&#x306F;&#x3001;&#x8CA7;&#x6804;&#x990A;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x96A3;&#x63A5;&#x3059;&#x308B;&#x6E67;&#x6607;&#x6D77;&#x57DF;&#x9593;&#x306E;&#x751F;&#x606F;&#x5730;&#xB7;&#x30C9;&#x30EA;&#x30D6;&#x30F3;&#xB7;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6E67;&#x6607;&#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF;&#x30A2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7D44;&#x6210;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x96FB;&#x6D41;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;

Metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC218;&#xC9D1; &#xB41C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0; &#xC601;&#xC591;&#xBD84;&#xC774; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xCC2C;&#xBB3C;&#xC758; &#xC5D0;&#xD53C;&#xC18C;&#xB4DC; &#xD384;&#xC2A4;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xAC80;&#xD1A0; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xD68C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xACC4;&#xC808; upwelling &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8; &#xB3D9;&#xC548; &#xB0A8;&#xBD80; &#xCE98;&#xB9AC;&#xD3EC;&#xB2C8;&#xC544; &#xD6C4;&#xBBF8;&#xC640; &#xCE98;&#xB9AC;&#xD3EC;&#xB2C8;&#xC544; &#xD604;&#xC7AC; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC0AC;&#xC774; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC5EC; transect. &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC740; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB2E4;&#xB978; &#xD06C;&#xAE30; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; 7 &#xAC1C;&#xC758; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &sim;5.8&#xB9CC; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD6C;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;: 0.1-0.8, 0.8 3.0 &#xBC0F; 3.0 200.0 &mu; m. Taxonomic &#xBC0F; &#xB300;&#xC0AC; &#xBD84;&#xC11D; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; 0.1-0.8&#xC5D0;&#xC11C; &mu; m &#xD06C;&#xAE30; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; upwelling &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C;&#xB97C; &#xB530;&#xB77C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xC640; &#xC0C1;&#xAD00;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB354; &#xD070;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; taxonomic &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xD06C;&#xAE30; (0.8-200 &mu; m) &#xB35C; &#xC11C;&#xC2DD; &#xC9C0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558; &#xACE0; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958;, Bacteroidetes, Flavobacteria &#xBC0F; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xC758;&#xD574; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB9C9; &#xD6A1;&#xB2E8; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC8FC;&#xC11D; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0BC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC791;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;, &#xCCA0;, &#xCE74;&#xB4DC;&#xBBB4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE30;&#xC9C8; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC758; &#xB18D;&#xCD95; &#xBC18;&#xBA74; &#xD070; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xB294; &#xC554;&#xBAA8;&#xB284;, &#xCE7C;&#xB968;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B4;&#xBC18;&#xC758; &#xB354; &#xB192;&#xC740; &#xBC31;&#xBD84;&#xC728;. Eukaryotic &#xD615; &#xAE00;&#xB8E8;&#xD0C0;&#xBBFC; &#xD569;&#xC131; (GS) 2 &#xCC28; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBC0F; taxonomically &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB85C; &#xBD84;&#xB958;, GSII Mimivirus, &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xD574;&#xC591; Mimivirus &#xAC19;&#xC740; &#xC785;&#xC790; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; GSII &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC804;&#xC1A1;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828;. &#xB610;&#xD55C;, Planctomycete &#xBE14; &#xB8F8; &#xD574;&#xC591; Planctomycete &#xBAA8;&#xC9D1;&#xB2E8;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC131; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB4DC;&#xBB38; &#xAE30;&#xD68C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xD558;&#xB098;&#xC758; upwelling &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1;. &#xC11C;&#xC2DD; &#xC9C0;&#xAC00; &#xAC04;&#xC758; &#xC5ED;&#xD559; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; genomic &#xC18D;&#xC131;, &#xC0AC;&#xD68C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC601;&#xC591;&#xC18C; &#xC0AC;&#xC774; &#xAD00;&#xCC30; &#xD558;&#xB294; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4; oligotrophic &#xACF5;&#xAC04;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC11C;&#xB85C; &#xC778;&#xC811; &#xD55C; upwelled &#xD574;&#xC591; &#xBC14;&#xB2E4; &#xB300;.

Upwelling &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC131;&#xC5D0; &#xC601;&#xC591;&#xBD84;&#xACFC; &#xD574;&#xB958;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;.

Conjuntos de datos de metagen&#xF3;mica se generaron a partir de muestras recogidas a lo largo de la costa para abrir transecto oc&#xE9;ano entre el sur de California Bight y las aguas de la Corriente de California durante un evento de afloramiento estacional, proporcionando una oportunidad para examinar el impacto de pulsos epis&#xF3;dicas de fr&#xED;o agua rica en nutrientes en las comunidades microbianas de la superficie del oc&#xE9;ano . El conjunto de datos consta de ~ 5,8 millones de predecir las prote&#xED;nas a trav&#xE9;s de siete p&#xE1;ginas, desde tres diferentes clases de tama&#xF1;o: 0,1-0,8 0,8-3,0, las micras y 3.0-200.0. Los an&#xE1;lisis taxon&#xF3;micos y metab&#xF3;licas sugieren que las secuencias de la clase 0.1-0.8 micras de tama&#xF1;o correlaci&#xF3;n con su posici&#xF3;n a lo largo del mosaico de la surgencia. Sin embargo, los perfiles de taxonom&#xED;a de las bacterias de las clases de mayor tama&#xF1;o (0.8-200 m) fueron menos limitadas por el h&#xE1;bitat y se caracteriza por un aumento en Bacteroidetes cianobacterias, Flavobacterias y doble cadena secuencias de ADN viral. Anotaci&#xF3;n funcional de las prote&#xED;nas transmembrana indican que los sitios compuestos de organismos con genomas peque&#xF1;os tienen un enriquecimiento de los transportadores con especificidades de sustrato para amino &#xE1;cidos, hierro y cadmio, mientras que los organismos con genomas m&#xE1;s grandes tienen un mayor porcentaje de los transportadores de amonio y potasio. Eucariota de tipo glutamina sintetasa (GS), las prote&#xED;nas II fueron identificados y clasificados taxon&#xF3;micamente como viral, m&#xE1;s estrechamente relacionado con el GSII en Mimivirus, lo que sugiere que los marinos como Mimivirus-part&#xED;culas pueden haber jugado un papel importante en la transferencia de funciones de los genes GSII. Adem&#xE1;s, una flor Planctomycete se tomaron muestras desde el sitio de afloramiento uno proporcionando una oportunidad &#xFA;nica para evaluar la composici&#xF3;n gen&#xF3;mica de una poblaci&#xF3;n Planctomycete marina. Las correlaciones significativas observadas entre las propiedades del genoma, la estructura de la comunidad y la disponibilidad de nutrientes proporciona una visi&#xF3;n de h&#xE1;bitat impulsados &#x200B;&#x200B;por la din&#xE1;mica entre oligotr&#xF3;fico frente de surgencia adyacentes a las aguas marinas entre s&#xED; espacialmente.

Influencia de los nutrientes y las corrientes en la composici&#xF3;n gen&#xF3;mica de los microbios a trav&#xE9;s de un mosaico de afloramiento

Analysis of microbial communities by high-throughput pyrosequencing of SSU rRNA gene PCR amplicons has transformed microbial ecology research and led to the observation that many communities contain a diverse assortment of rare taxa-a phenomenon termed the Rare Biosphere. Multiple studies have investigated the effect of pyrosequencing read quality on operational taxonomic unit (OTU) richness for contrived communities, yet there is limited information on the fidelity of community structure estimates obtained through this approach. Given that PCR biases are widely recognized, and further unknown biases may arise from the sequencing process itself, a priori assumptions about the neutrality of the data generation process are at best unvalidated. Furthermore, post-sequencing quality control algorithms have not been explicitly evaluated for the accuracy of recovered representative sequences and its impact on downstream analyses, reducing useful discussion on pyrosequencing reads to their diversity and abundances. Here we report on community structures and sequences recovered for in vitro-simulated communities consisting of twenty 16S rRNA gene clones tiered at known proportions. PCR amplicon libraries of the V3-V4 and V6 hypervariable regions from the in vitro-simulated communities were sequenced using the Roche 454 GS FLX Titanium platform. Commonly used quality control protocols resulted in the formation of OTUs with >1% abundance composed entirely of erroneous sequences, while over-aggressive clustering approaches obfuscated real, expected OTUs. The pyrosequencing process itself did not appear to impose significant biases on overall community structure estimates, although the detection limit for rare taxa may be affected by PCR amplicon size and quality control approach employed. Meanwhile, PCR biases associated with the initial amplicon generation may impose greater distortions in the observed community structure.

Groundtruthing next-gen sequencing for microbial ecology-biases and errors in community structure estimates from PCR amplicon pyrosequencing.

Analyse des communaut&eacute;s microbiennes par haut d&eacute;bit pyrosequencing de rRNA SSU amplim&egrave;res PCR g&egrave;ne a transform&eacute; la recherche &eacute;cologie microbienne et conduit &agrave; l&#39;observation que beaucoup de communaut&eacute;s contienne un assortiment diversifi&eacute; de rare taxons, un ph&eacute;nom&egrave;ne appel&eacute; la biosph&egrave;re Rare. Plusieurs &eacute;tudes ont &eacute;tudi&eacute; l&#39;effet de pyrosequencing lu qualit&eacute; sur la richesse de l&#39;unit&eacute; taxonomique op&eacute;rationnelle (OTU) pour les communaut&eacute;s tir&eacute;e par les cheveux, mais il existe peu d&#39;information sur la fid&eacute;lit&eacute; de communaut&eacute; structure estimations obtenues gr&acirc;ce &agrave; cette approche. &Eacute;tant donn&eacute; que les biais PCR sont largement reconnus, et encore inconnus des biais peuvent survenir depuis le processus de s&eacute;quencement lui-m&ecirc;me, des hypoth&egrave;ses a priori sur la neutralit&eacute; du processus de g&eacute;n&eacute;ration de donn&eacute;es sont au mieux non valid&eacute;es. En outre, des algorithmes de contr&ocirc;le de la qualit&eacute; post-sequencing n&#39;ont pas &eacute;t&eacute; &eacute;valu&eacute;s explicitement de l&#39;exactitude des s&eacute;quences repr&eacute;sentant r&eacute;cup&eacute;r&eacute;s et son impact sur les analyses en aval, r&eacute;duisant une discussion utile sur pyrosequencing lectures pour leur diversit&eacute; et l&#39;abondance. Nous rapportons ici sur les structures communautaires et s&eacute;quences r&eacute;cup&eacute;r&eacute;es pour dans les communaut&eacute;s simul&eacute;es par vitro compos&eacute; de g&egrave;ne de l&#39;ARNr 16 vingt s clones hi&eacute;rarchis&eacute;s &agrave; proportions connues. Biblioth&egrave;ques amplicon PCR des r&eacute;gions hypervariables V3-V4 et V6 de communautes in vitro simul&eacute;es ont &eacute;t&eacute; s&eacute;quenc&eacute;s en utilisant la plate-forme de Roche 454 GS FLX Titanium. Protocoles de contr&ocirc;le de la qualit&eacute; couramment utilis&eacute;s a entra&icirc;n&eacute; la formation de OTUs avec &gt; 1 % abondance compos&eacute;e enti&egrave;rement de s&eacute;quences erron&eacute;es, tandis que regroupement trop agressif s&#39;approche obfusqu&eacute;s OTUs r&eacute;els, r&eacute;sultats attendus. Le processus pyrosequencing lui-m&ecirc;me ne semble pas imposer des biais importants sur les estimations de la structure communautaire globale, bien que la limite de d&eacute;tection pour les taxons rares peut-&ecirc;tre &ecirc;tre affect&eacute;e par l&#39;approche de taille et de contr&ocirc;le de la qualit&eacute; amplicon PCR employ&eacute;e. Pendant ce temps, biais PCR li&eacute;s &agrave; la g&eacute;n&eacute;ration de l&#39;amplicon initial peuvent imposer davantage distorsions dans la structure de la communaut&eacute; observ&eacute;e.

S&eacute;quen&ccedil;age next-gen de v&eacute;rification sur le terrain pour l&#39;&eacute;cologie microbiennes-biais et des erreurs dans la structure de la Communaut&eacute; estime de PCR amplicon pyrosequencing.

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Publication title Cited by 5	2011
Publication title Cited by 2	2013

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Shannon J. Williamson

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