preparation-of-viral-dna-from-nucleocapsids

Preparation of Viral DNA from Nucleocapsids

Viruses are obligate cellular parasites, and thus the study of their DNA requires isolating viral material away from host cell contaminants and DNA. ...

Princeton University

Alphaherpesviruses &#x662F;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x6570;&#x91CF;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5305;&#x62EC;&#x5355;&#x7EAF;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; (HSV-1&#xFF09; 1 &#x548C;&#x7B2C; 2 &#x6B3E;&#x548C;&#x6C34;&#x75D8;&#x5E26;&#x72B6;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; &#xECFD;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4E0A;&#x76AE;&#x75C5;&#x53D8;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x611F;&#x67D3;&#x4E2D;&#x67A2;&#x795E;&#x7ECF;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4F1A;&#x9020;&#x6210;&#x7EC8;&#x8EAB;&#x7684;&#x6EDE;&#x540E;&#x65F6;&#x95F4;&#x3001; &#x91CD;&#x65B0;&#x6FC0;&#x6D3B;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4F20;&#x64AD;&#x3002;&#x6709;&#x5173;&#x517D;&#x533B;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3001; &#x732A;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5; &#xFF08;&#x4E0A;&#x4E00;&#x9875;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x75BE;&#x75C5;&#x5BFC;&#x81F4;&#x91CD;&#x5927;&#x7ECF;&#x6D4E;&#x635F;&#x5931;&#x7684;&#x7272;&#x755C;&#x3002;&#x75AB;&#x82D7;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684; VZV &#x548C;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x5355;&#x7EAF;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x75AB;&#x82D7;&#x7684;&#x6709;&#x76CA;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7684;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x75AB;&#x82D7;&#x682A;&#x5DF4;&#x5C14;&#x5854;&#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6BD2;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x682A;&#xFF0C;&#x5361;&#x666E;&#x5170;&#x548C;&#x8D1D;&#x514B;&#x5C14;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5B9A;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x96C6;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x8870;&#x51CF;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269; alphaherpesvirus &#x75AB;&#x82D7;&#x682A;&#x672C;&#x65B0;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5F88;&#x591A;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7F16;&#x7801;&#x5DEE;&#x522B;&#x4E0A;&#x4E00;&#x9875;&#x5DF4;&#x5C14;&#x5854;&#x548C;&#x5F3A;&#x6BD2;&#x682A;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x878D;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x66F4;&#x6539;&#x4E4B;&#x95F4; gH &#x548C; gB &#x548C;&#x56DB;&#x5341;&#x591A;&#x5176;&#x4ED6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x86CB;&#x767D;&#x5E8F;&#x5217; inter-strain &#x53D8;&#x5316;&#x662F;&#x66F4;&#x63A5;&#x8FD1;&#x4E8E;&#x4EE5;&#x524D;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x5355;&#x7EAF;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 1 &#x6BD4;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x7A33;&#x5B9A;&#x7684; VZV &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x51E0;&#x4E4E; 20%&#x7684;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5305;&#x542B;&#x4E32;&#x8054;&#x7684;&#x77ED;&#x5E8F;&#x5217;&#x91CD;&#x590D;&#x5E8F;&#x5217; &#xFF08;SSRs&#xFF09;&#xFF0C;&#x5176;&#x957F;&#x5EA6;&#x53D8;&#x5316;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E0E; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6548;&#x7387;&#x3001; &#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x4E00;&#x7C7B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5BB6;&#x65CF;&#xFF0C;&#x6574;&#x4E2A;&#x67E5;&#x627E; SSRs &#x548C;&#x63D0;&#x4F9B; SSRs &#x4E2D;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5185;, &#x548C;&#x83CC;&#x682A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x5168;&#x7403;&#x8868;&#x5F81;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x5230; SSR &#x957F;&#x5EA6;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x5206;&#x79BB;&#x682A;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x548C;&#x5355;&#x7EAF;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2;-1&#xFF0C;&#x53EF;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x53D8;&#x5F02;&#x682A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x65B0;&#x673A;&#x5236;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x5C11;&#x91CF;&#x7684;&#x591A;&#x6001;&#x57FA;&#x5730;&#x5185;&#x6BCF;&#x4E00;&#x6591;&#x5757;&#x7EAF;&#x51C0;&#x7684;&#x4F2A;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#x6BD2;&#x682A;&#xFF0C;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x662F;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x5F71;&#x54CD;&#x901A;&#x884C;&#x548C;&#x83CC;&#x6591;&#x7EAF;&#x5316;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x5C06;&#x6DFB;&#x52A0;&#x5230;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x591A;&#x7684;&#x751A;&#x81F3;&#x6591;&#x5757;&#x51C0;&#x5316;&#x80A1;&#x5E02;&#x7A33;&#x5B9A; DNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x5C55;&#x89C8;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x975E;&#x5747;&#x8D28;&#x6027;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x53EF;&#x80FD;&#x79CD;&#x5B50;&#x672A;&#x6765;&#x5E94;&#x53D8;&#x6F14;&#x5316;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;

Inter-strain &#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x6076;&#x6BD2;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x548C; alphaherpesviruses &#x75AB;&#x82D7;&#x682A;&#x3002;

Alphaherpesviruses are widespread in the human population, and include herpes simplex virus 1 (HSV-1) and 2, and varicella zoster virus (VZV). These viral pathogens cause epithelial lesions, and then infect the nervous system to cause lifelong latency, reactivation, and spread. A related veterinary herpesvirus, pseudorabies (PRV), causes similar disease in livestock that result in significant economic losses. Vaccines developed for VZV and PRV serve as useful models for the development of an HSV-1 vaccine. We present full genome sequence comparisons of the PRV vaccine strain Bartha, and two virulent PRV isolates, Kaplan and Becker. These genome sequences were determined by high-throughput sequencing and assembly, and present new insights into the attenuation of a mammalian alphaherpesvirus vaccine strain. We find many previously unknown coding differences between PRV Bartha and the virulent strains, including changes to the fusion proteins gH and gB, and over forty other viral proteins. Inter-strain variation in PRV protein sequences is much closer to levels previously observed for HSV-1 than for the highly stable VZV proteome. Almost 20% of the PRV genome contains tandem short sequence repeats (SSRs), a class of nucleic acids motifs whose length-variation has been associated with changes in DNA binding site efficiency, transcriptional regulation, and protein interactions. We find SSRs throughout the herpesvirus family, and provide the first global characterization of SSRs in viruses, both within and between strains. We find SSR length variation between different isolates of PRV and HSV-1, which may provide a new mechanism for phenotypic variation between strains. Finally, we detected a small number of polymorphic bases within each plaque-purified PRV strain, and we characterize the effect of passage and plaque-purification on these polymorphisms. These data add to growing evidence that even plaque-purified stocks of stable DNA viruses exhibit limited sequence heterogeneity, which likely seeds future strain evolution.

A wide extent of inter-strain diversity in virulent and vaccine strains of alphaherpesviruses.

Alphaherp&#xE8;svirus sont tr&#xE8;s r&#xE9;pandues dans la population humaine, et incluent le virus de l&#x26;#39;herp&#xE8;s simplex 1 (HSV-1) et 2, et le virus varicelle zona (VZV). Ces agents pathog&#xE8;nes viraux causer des l&#xE9;sions &#xE9;pith&#xE9;liales, puis infecter le syst&#xE8;me nerveux de provoquer la latence tout au long, la r&#xE9;activation, et la propagation. Un virus de l&#x26;#39;herp&#xE8;s li&#xE9;es v&#xE9;t&#xE9;rinaire, pseudorage (PRV), provoque une maladie similaire &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;levage qui se traduisent par des pertes &#xE9;conomiques importantes. Les vaccins d&#xE9;velopp&#xE9;s pour le VZV et PRV servir de mod&#xE8;les utiles pour l&#x26;#39;&#xE9;laboration d&#x26;#39;un vaccin contre le HSV-1. Nous pr&#xE9;sentons &#xE0; part enti&#xE8;re des comparaisons de s&#xE9;quences du g&#xE9;nome de la souche vaccinale PRV Bartha, et deux isolats virulents PRV, Kaplan et Becker. Ces s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;termin&#xE9;es par s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit et d&#x26;#39;assemblage, et de pr&#xE9;senter de nouvelles connaissances sur l&#x26;#39;att&#xE9;nuation d&#x26;#39;une souche vaccinale alphaherp&#xE8;svirus mammif&#xE8;res. Nous trouvons de nombreux jusque-l&#xE0; inconnues des diff&#xE9;rences de codage entre PRV Bartha et les souches virulentes, y compris les modifications apport&#xE9;es &#xE0; la gH prot&#xE9;ines de fusion et GB, et plus de quarante autres prot&#xE9;ines virales. Inter-souche variation de s&#xE9;quences de prot&#xE9;ines PRV est beaucoup plus proche des niveaux observ&#xE9;s auparavant pour le HSV-1 que pour le tr&#xE8;s stable prot&#xE9;ome VZV. Pr&#xE8;s de 20% du g&#xE9;nome de PRV contient des r&#xE9;p&#xE9;titions en tandem de courtes s&#xE9;quences (SSRS), une classe de motifs d&#x26;#39;acides nucl&#xE9;iques dont la longueur de variation a &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;e &#xE0; des changements dans l&#x26;#39;efficacit&#xE9; du site de liaison d&#x26;#39;ADN, la r&#xE9;gulation transcriptionnelle et les interactions entre prot&#xE9;ines. Nous trouvons tout au long de SSR la famille des herp&#xE8;svirus, et de fournir la premi&#xE8;re caract&#xE9;risation globale de SSR dans les virus, tant &#xE0; l&#x26;#39;int&#xE9;rieur et entre les souches. Nous trouvons variation de longueur SSR entre les diff&#xE9;rents isolats de PRV et le HSV-1, qui peuvent fournir un nouveau m&#xE9;canisme de variation ph&#xE9;notypique entre souches. Enfin, on a d&#xE9;tect&#xE9; un petit nombre de bases polymorphes &#xE0; l&#x26;#39;int&#xE9;rieur de chaque souche purifi&#xE9;e de plaque PRV, et on caract&#xE9;rise l&#x26;#39;effet de passage et la plaque-purification sur ces polymorphismes. Ces donn&#xE9;es s&#x26;#39;ajoutent aux preuves de plus en plus que m&#xEA;me la plaque-purifi&#xE9; des stocks de virus &#xE0; ADN stables pr&#xE9;sentent h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; de s&#xE9;quence limit&#xE9;e, dont l&#x26;#39;&#xE9;volution probable des graines souche avenir.

Dans une large mesure de l&#x26;#39;Inter-souche diversit&#xE9; dans les souches virulentes et les vaccins des alphaherp&#xE8;svirus

Alphaherpesviruses sind in der menschlichen Bev&ouml;lkerung weit verbreitet und sind Herpes-Simplex-Virus 1 (HSV-1) und 2 und Varicella-Zoster-Virus (VZV). Diese virale Erreger epithelialen L&auml;sionen und dann infizieren das Nervensystem um lebenslange Latenz, Reaktivierung und Verbreitung zu verursachen. Eine verwandte tier&auml;rztliche Herpesvirus, Pseudorabies (PRV), verursacht &auml;hnliche Krankheit im Vieh, die zu erheblichen wirtschaftlichen Verlusten f&uuml;hren. Impfstoffe f&uuml;r VZV und PRV als n&uuml;tzliche Modelle f&uuml;r die Entwicklung einer HSV-1-Impfung dienen entwickelt. Wir pr&auml;sentieren vollst&auml;ndige Genom Sequenz Vergleiche der PRV Vakzinstammes Bartha und zwei virulenten PRV-Isolaten, Kaplan und Becker. Diese Genomsequenzen wurden von Hochdurchsatz-Sequenzierung und Assembly und vorliegende neue Einblicke in die D&auml;mpfung von S&auml;ugetier-Alphaherpesvirus Impfstoff Belastung bestimmt. Wir finden viele bisher unbekannte Kodierung Unterschiede zwischen PRV-Bartha und die virulenten St&auml;mmen, einschlie&szlig;lich &Auml;nderungen an die Fusionsproteine gH und gB und &uuml;ber 40 andere virale Proteine. Inter-Strain Schwankungen der PRV Proteinsequenzen ist viel n&auml;her an Ebenen, die zuvor f&uuml;r HSV-1 als das hochstabile VZV Proteome beobachtet. Fast 20 % des Genoms PRV enth&auml;lt Tandem kurze Sequenz Wiederholungen (SSRs), einer Klasse von Nukleins&auml;uren-Motiven, deren L&auml;nge-Variation Ver&auml;nderungen in DNA Bindung Website Effizienz, Transkriptionsregulation und Proteininteraktionen zugeordnet wurde. Wir SSRs w&auml;hrend der Herpesvirus-Familie zu finden, und die erste globale Charakterisierung der SSRs Viren, sowohl innerhalb als auch zwischen den St&auml;mmen. Wir finden die SSR L&auml;nge Variation zwischen verschiedenen Isolaten des PRV und HSV-1, die einen neuen Mechanismus f&uuml;r die ph&auml;notypische Variation zwischen St&auml;mmen vorsehen. Schlie&szlig;lich erkannten wir eine kleine Anzahl von polymorphen Basen innerhalb jeder Tafel-gereinigt PRV-Stamm, und wir charakterisieren die Wirkung der Passage und Plakette-Reinigung auf diese Polymorphismen. Diese Daten hinzuf&uuml;gen zu beweisen, dass sogar Plakette gereinigt Best&auml;nde stabil DNA-Viren begrenzte Folge Heterogenit&auml;t, zeigen die wahrscheinlich zuk&uuml;nftige Belastung Entwicklung Samen wachsen.

Einem breiten Umfang der inter-strain Vielfalt in virulenten Impfstoff Strapazen des Alphaherpesviruses.

Alphaherpesviruses sono diffusi nella popolazione umana e comprendono l&#39;herpes simplex virus 1 (HSV-1) e 2 e il virus varicella-zoster (VZV). Questi agenti patogeni virali provocano lesioni epiteliali e quindi infettano il sistema nervoso per causare la diffusione, la riattivazione e la latenza permanente. Un herpesvirus veterinarie correlate, Pseudorabbia (PRV), causa malattia simile nel bestiame che si traducono in notevoli perdite economiche. Vaccini sviluppati per VZV e PRV servono come modelli utili per lo sviluppo di un vaccino contro HSV-1. Vi presentiamo il genoma completo i confronti di sequenza del ceppo vaccino PRV Bartha e due isolati virulenti PRV, Kaplan e Becker. Queste sequenze di genoma sono state determinate da high-throughput sequencing e assemblaggio presenti nuove intuizioni l&#39;attenuazione di un ceppo del vaccino alphaherpesvirus dei mammiferi. Troviamo molte differenze codificante sconosciute tra PRV Bartha e ceppi virulenti, incluse le modifiche alle proteine di fusione gH e gB e pi&ugrave; di quaranta altre proteine virali. Inter-Strain variazione in PRV sequenze della proteina &egrave; molto pi&ugrave; vicino ai livelli precedentemente osservati per HSV-1 che per il proteoma VZV altamente stabile. Quasi il 20% del genoma PRV contiene tandem breve sequenza ripete (SSRs), una classe di acidi nucleici motivi cui variazione di lunghezza &egrave; stata associata con i cambiamenti in DNA binding sito efficienza, regolazione trascrizionale e le interazioni della proteina. Troviamo SSRs per tutta la famiglia herpesvirus e fornire la prima caratterizzazione globale di SSRs in virus, sia all&#39;interno sia tra ceppi. Troviamo la variazione di lunghezza SSR tra diversi isolati di PRV e HSV-1, che pu&ograve; fornire un nuovo meccanismo per variazione fenotipica tra ceppi. Infine, abbiamo rilevato un piccolo numero di polimorfici basi all&#39;interno di ogni ceppo PRV placca purificata e ci caratterizzano l&#39;effetto del passaggio e targa-purificazione su questi polimorfismi. Questi dati aggiungere alla crescente evidenza che anche purificato placca stock di virus a DNA stabile esibiscono eterogeneit&agrave; sequenza limitata, quale probabile evoluzione futura ceppo i semi.

Una misura ampia diversit&agrave; inter-strain in virulento e ceppi di vaccino di alphaherpesviruses.

Alphaherpesviruses&#x306F;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x96C6;&#x56E3;&#x306B;&#x5E83;&#x7BC4;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5358;&#x7D14;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;1&#xFF08;HSV-1&#xFF09;&#x304A;&#x3088;&#x3073;2&#x3001;&#x6C34;&#x75D8;&#x5E2F;&#x72B6;&#x75B1;&#x75B9;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#xFF08;VZV&#xFF09;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x4E0A;&#x76AE;&#x6027;&#x75C5;&#x5909;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x751F;&#x6DAF;&#x5F85;&#x3061;&#x6642;&#x9593;&#x3001;&#x518D;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3001;&#x53CA;&#x3073;&#x307E;&#x3093;&#x5EF6;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x795E;&#x7D4C;&#x7CFB;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x95A2;&#x9023;&#x306E;&#x7363;&#x533B;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3001;&#x4EEE;&#x6027;&#x72C2;&#x72AC;&#x75C5;&#xFF08;PRV&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x7D4C;&#x6E08;&#x7684;&#x640D;&#x5931;&#x3067;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x5BB6;&#x755C;&#x3067;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3002; VZV&#x3068;PRV&#x7528;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;HSV-1&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;PRV&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x682A;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x3001;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x5F37;&#x6BD2;PRV&#x5206;&#x96E2;&#x3001;&#x30AB;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x3068;&#x30D9;&#x30C3;&#x30AB;&#x30FC;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x52D5;&#x7269;alphaherpesvirus&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x682A;&#x306E;&#x6E1B;&#x8870;&#x3078;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x878D;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;GH&#x3068;GB&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;40&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x4ED6;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3078;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x542B;&#x3080;PRV&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x3068;&#x5F37;&#x6BD2;&#x682A;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x3001;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x3002; PRV&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x3072;&#x305A;&#x307F;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;VZV&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x3088;&#x308A;&#x3082;HSV-1&#x306B;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002; PRV&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x307B;&#x307C;20&#xFF05;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E0;&#x77ED;&#x3044;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#xFF08;SSRS&#xFF09;&#x3001;&#x9577;&#x200B;&#x200B;&#x3055;&#x5909;&#x5316;&#x306E;DNA&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x5168;&#x4F53;&#x3067;SSR&#x306E;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x3001;&#x5185;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7CFB;&#x7D71;&#x9593;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;SSR&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x7279;&#x6027;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x9593;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;PRV&#x304A;&#x3088;&#x3073;HSV-1&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x83CC;&#x682A;&#x9593;&#x3067;SSR&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30AF;&#x7CBE;&#x88FD;PRV&#x682A;&#x5185;&#x3067;&#x30DD;&#x30EA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x62E0;&#x70B9;&#x306E;&#x5C11;&#x6570;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x591A;&#x578B;&#x306E;&#x901A;&#x8DEF;&#x3068;&#x30D7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30AF;&#x7CBE;&#x88FD;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3042;&#x3063;&#x3066;&#x3082;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;DNA&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x682A;&#x3092;&#x30D7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30AF;&#x7CBE;&#x88FD;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x7A2E;&#x5B50;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x682A;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x6210;&#x9577;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306B;&#x8FFD;&#x52A0;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Alphaherpesviruses&#x306E;&#x6BD2;&#x6027;&#x3068;&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x682A;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x3072;&#x305A;&#x307F;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;

Alphaherpesviruses&#xC740; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xD558; &#xACE0;&#xB294; 1 (HSV-1)&#xACFC; 2, &#xD5E4; &#xB974; &#xD398; &#xC2A4;&#xC758; &#xB2E8;&#xC21C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xC218; &#xB450; &#xB300;&#xC0C1; &#xD3EC;&#xC9C4; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (VZV). &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; &#xC0C1;&#xD53C; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558; &#xACE0; &#xD3C9;&#xC0DD; &#xB300;&#xAE30; &#xC2DC;&#xAC04;, &#xC7AC; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;, &#xD655;&#xC0B0;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0AC; &#xD558; &#xC2E0; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xAC10;&#xC5FC;. &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xC218;&#xC758;&#xD559; herpesvirus, pseudorabies (PRV) &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xACBD;&#xC81C;&#xC801; &#xC190;&#xC2E4;&#xC774; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xAC00;&#xCD95;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xC6D0;&#xC778;. &#xBC31;&#xC2E0; VZV &#xBC0F; PRV &#xC5ED;&#xD560; HSV-1 &#xBC31;&#xC2E0;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC6A9;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBE44;&#xAD50; PRV &#xBC31;&#xC2E0; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; Bartha, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC545;&#xC131; PRV &#xACA9;&#xB9AC;, &#xCE74; &#xD50C; &#xB780;&#xACFC; &#xBCA0; &#xCEE4;&#xC758; &#xD604;&#xC7AC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xC870;&#xB9BD;&#xACFC; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; alphaherpesvirus &#xBC31;&#xC2E0; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778;&#xC758; &#xAC10;&#xC1C4;&#xC5D0; &#xD604;&#xC7AC; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. PRV Bartha &#xC735;&#xD574; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC545;&#xC131; &#xBCC0;&#xC885; &#xC0AC;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xCF54;&#xB529; &#xCC28;&#xC774;&#xC810;&#xC744; &#xCC3E;&#xC744; &#xC218; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; Gh&#xC640; g b, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xC774;&#xC0C1; 40 &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;. PRV &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; inter-strain &#xD3B8;&#xCC28; &#xC218;&#xC900; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; VZV &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF4;&#xB2E4; HSV-1&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD00;&#xCC30;&#xC5D0; &#xD6E8;&#xC52C; &#xAC00;&#xAE5D;&#xB2E4;. PRV &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xAC70;&#xC758; 20% &#xD0E0;&#xB364; &#xC9E7;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC18;&#xBCF5; (SSRs)&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xBCC0;&#xD654; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;, transcriptional &#xADDC;&#xC81C;, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654;&#xC640; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB418;&#xC5B4; &#xD575; &#xC0B0; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; SSRs herpesvirus &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xCC3E;&#xC544; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;, &#xB0B4;&#xBD80;&#xC640; &#xC885;&#xC790; &#xC0AC;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; Ssrs&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xCC3E;&#xC744; SSR &#xAE38;&#xC774; &#xBCC0;&#xD615; PRV&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; HSV-1, &#xC885;&#xC790; &#xC0AC;&#xC774; phenotypic &#xBCC0;&#xD615;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAC01; &#xD328; &#xC815;&#xD654; PRV &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xD615; &#xAE30;&#xC9C0;&#xC758; &#xC801;&#xC740; &#xC218; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; polymorphisms&#xC5D0; &#xD1B5;&#xB85C; &#xD50C; &#xB77C;&#xD06C;-&#xC815;&#xD654;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xD2B9;&#xC9D5;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xCD94;&#xAC00; &#xC99D;&#xAC70; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; DNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC8FC;&#xC2DD;&#xB3C4; &#xC0C1; &#xD328; &#xC815;&#xD654; &#xC804;&#xC2DC; &#xC81C;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xAC00; &#xC9C8; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xB294; &#xBBF8;&#xB798;&#xC758; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; &#xC9C4;&#xD654; &#xC528;&#xC557; &#xC131;&#xC7A5;.

&#xC545;&#xC131; inter-strain &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xB113;&#xC740; &#xBC94;&#xC704;&#xC640; alphaherpesviruses&#xC758; &#xBC31;&#xC2E0; &#xBCC0;&#xC885;.

Herpesvirus alfa est&#xE1;n muy extendidos en la poblaci&#xF3;n humana, e incluyen el virus del herpes simplex 1 (HSV-1) y 2, y la varicela zoster (VZV). Estos pat&#xF3;genos virales causan lesiones epiteliales, y luego infectar el sistema nervioso que causa la latencia de toda la vida, la reactivaci&#xF3;n y expansi&#xF3;n. Un virus del herpes relacionado con veterinaria, pseudorrabia (PRV), causa una enfermedad similar en el ganado que se traducen en importantes p&#xE9;rdidas econ&#xF3;micas. Las vacunas desarrolladas para VVZ y PRV servir como modelos &#xFA;tiles para el desarrollo de una vacuna de HSV-1. Se presenta completo de comparaci&#xF3;n de secuencias del genoma de la cepa Bartha vacuna VLP, y dos cepas virulentas de PRV, Kaplan y Becker. Estas secuencias del genoma se determinaron mediante secuenciaci&#xF3;n de alto rendimiento y de reuni&#xF3;n, y presentar nuevas ideas sobre la atenuaci&#xF3;n de una cepa de la vacuna alphaherpesvirus mam&#xED;feros. Encontramos muchas diferencias de codificaci&#xF3;n previamente desconocidas entre PRV Bartha y las cepas virulentas, incluyendo cambios en el GH prote&#xED;nas de fusi&#xF3;n y GB, y m&#xE1;s de cuarenta otras prote&#xED;nas virales. Inter-deformaci&#xF3;n variaci&#xF3;n en las secuencias de prote&#xED;nas PRV es mucho m&#xE1;s cercano a los niveles observados anteriormente para el HSV-1 que para la gran estabilidad proteoma VZV. Casi el 20% del genoma PRV contiene repeticiones en t&#xE1;ndem cortas secuencias (SSR), una clase de motivos &#xE1;cidos nucleicos cuya longitud-la variaci&#xF3;n ha sido asociado con cambios en la eficiencia del sitio de uni&#xF3;n al ADN, la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n, y las interacciones de prote&#xED;nas. Encontramos SSR en toda la familia de los herpesvirus, y proporcionar la primera caracterizaci&#xF3;n global de la SSR en los virus, tanto dentro como entre las cepas. Encontramos variaci&#xF3;n RSS de longitud entre los diferentes aislamientos de PRV y el VHS-1, que pueden proporcionar un nuevo mecanismo para la variaci&#xF3;n fenot&#xED;pica entre las cepas. Finalmente, se detect&#xF3; un peque&#xF1;o n&#xFA;mero de bases polim&#xF3;rficas dentro de cada cepa de placa purificado PRV, y caracterizar el efecto de paso y la placa de purificaci&#xF3;n-en estos polimorfismos. Estos datos se a&#xF1;aden a la creciente evidencia de que incluso la placa-purificado de las poblaciones de virus de ADN estables presentan heterogeneidad de la secuencia limitada, lo que es probable evoluci&#xF3;n futura semillas cepa.

Yolanda R. Tafuri

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