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Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

Whole transcriptome sequencing by mRNA-Seq is now used extensively to perform global gene expression, mutation, allele-specific expression and other ...

Morgridge Institute for Research

&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x901A;&#x5E38;&#x8BD5;&#x56FE;&#x63A7;&#x5236;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x6761;&#x4EF6;&#x53D7;&#x5230;&#x6DF1;&#x523B;&#x5F71;&#x54CD;&#x690D;&#x7269;&#x7684;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x751F;&#x957F;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0D;&#x7EDF;&#x4E00;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6216;&#x751A;&#x81F3;&#x5728;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5F71;&#x54CD;&#x690D;&#x7269;&#x7684;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x5185;&#x3002;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x62DF;&#x5357;&#x82A5;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x88AB;&#x4E3A;&#x4E86;&#x91CF;&#x5316;&#x5BF9;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x7684;&#x7236;&#x6BCD;&#x73AF;&#x5883;&#x548C;&#x79CD;&#x5B50;&#x5927;&#x5C0F;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x5355;&#x6279;&#x79CD;&#x5B50;&#x79CD;&#x690D;&#x5728;&#x516D;&#x4E2A;&#x73AF;&#x5883;&#x5BA4;&#xFF0C;&#x8D8B;&#x6210;&#x719F;&#x3002;&#x751F;&#x4EA7;&#x7684;&#x79CD;&#x5B50;&#x662F;&#x673A;&#x68B0;&#x7B5B;&#x5206;&#x6210;&#x5C0F;&#x578B;&#x548C;&#x5927;&#x578B;&#x7684;&#x5927;&#x5C0F;&#x7C7B;&#x7136;&#x540E;&#x5728;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x957F;&#x5927;&#xFF0C;&#x53D7;&#x5230;&#x4E00;&#x5957;&#x8DE8;&#x8D8A;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x68C0;&#x5B9A;&#x3002;&#x65B9;&#x5DEE;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x79CD;&#x5B50;&#x5927;&#x5C0F;&#x5F71;&#x54CD;&#x65E9;&#x5728;&#x53D1;&#x5C55;&#xFF0C;&#x5F71;&#x54CD;&#x7740;&#x4E3B;&#x6839;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x5411;&#x91CD;&#x529B;&#x6027;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FD8;&#x5F00;&#x82B1;&#x65F6;&#x95F4;&#x5C24;&#x5176;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x80B2;&#x513F;&#x73AF;&#x5883;&#x5F71;&#x54CD;&#x540E;&#x4EE3;&#x53D1;&#x82BD;&#x65F6;&#x95F4;&#x3001; &#x5F00;&#x82B1;&#x548C;&#x540E;&#x4EE3;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x79CD;&#x5B50;&#x7684;&#x91CD;&#x91CF;&#x3002;&#x5728;&#x67D0;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x7236;&#x6BCD;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x4E25;&#x91CD;&#x7A0B;&#x5EA6; &#xFF08;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF09; &#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x79CD;&#x5B50;&#x5927;&#x5C0F;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x7236;&#x6BCD;&#x4E00;&#x4EE3;&#x7684;&#x751F;&#x6D3B;&#x53F2;&#x60C5;&#x51B5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F71;&#x54CD;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x6574;&#x4E2A;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x7684;&#x7A0B;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x5728;&#x6267;&#x884C;&#x9057;&#x4F20;&#x7814;&#x7A76;&#x65F6;&#x5E94;&#x8003;&#x8651;&#x7684;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;

&#x5206;&#x79BB;&#x7236;&#x6BCD;&#x4ECE;&#x5BF9;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x62DF;&#x5357;&#x82A5;&#x79CD;&#x5B50;&#x5927;&#x5C0F;&#x5F71;&#x54CD;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;

Plant growth and development is profoundly influenced by environmental conditions that laboratory experimentation typically attempts to control. However, growth conditions are not uniform between or even within laboratories and the extent to which these differences influence plant growth and development is unknown. Experiments with wild-type Arabidopsis thaliana were designed to quantify the influences of parental environment and seed size on growth and development in the next generation. A single lot of seed was planted in six environmental chambers and grown to maturity. The seed produced was mechanically sieved into small and large size classes then grown in a common environment and subjected to a set of assays spanning the life cycle. Analysis of variance demonstrated that seed size effects were particularly significant early in development, affecting primary root growth and gravitropism, but also flowering time. Parental environment affected progeny germination time, flowering and weight of seed the progeny produced. In some cases, the parental environment affected the magnitude of (interacted with) the observed seed size effects. These data indicate that life history circumstances of the parental generation can affect growth and development throughout the life cycle of the next generation to an extent that should be considered when performing genetic studies.

Separating parental environment from seed size effects on next generation growth and development in Arabidopsis.

La croissance des plantes et le d&eacute;veloppement est profond&eacute;ment influenc&eacute; par les conditions environnementales qui l&#39;exp&eacute;rimentation en laboratoire tente g&eacute;n&eacute;ralement de contr&ocirc;le. Toutefois, les conditions de croissance ne sont pas uniformes entre ou m&ecirc;me au sein des laboratoires et la mesure dans laquelle ces diff&eacute;rences influent sur la croissance des plantes et d&eacute;veloppement est inconnue. Exp&eacute;riences avec sauvage Arabidopsis thaliana visaient &agrave; quantifier l&#39;influence de l&#39;environnement parental et la grosseur des graines sur la croissance et le d&eacute;veloppement de la prochaine g&eacute;n&eacute;ration. Un seul lot de semences a &eacute;t&eacute; plant&eacute; en six chambres environnementales et cultiv&eacute; &agrave; maturit&eacute;. Les semences produites a &eacute;t&eacute; tamis&eacute; m&eacute;caniquement en classes de petite et grande taille puis cultiv&eacute;s dans un environnement commun et soumis &agrave; un ensemble de tests couvrant le cycle de vie. Analyse de la variance a d&eacute;montr&eacute; que les effets de taille de semences &eacute;taient particuli&egrave;rement importantes au d&eacute;but du d&eacute;veloppement, qui affectent la croissance des racines primaires et gravitropisme, mais aussi de floraison. Temps de germination de descendance environnement parental touch&eacute;, la floraison et le poids des semences provenant de la descendance. Dans certains cas, l&#39;environnement parental a affect&eacute; l&#39;ampleur de (interagi avec) les effets de taille des graines observ&eacute;es. Ces donn&eacute;es indiquent que des circonstances de vie histoire de la g&eacute;n&eacute;ration parentale peuvent influer sur la croissance et le d&eacute;veloppement tout au long du cycle de vie d&#39;une g&eacute;n&eacute;ration &agrave; un point tel que l&#39;on devrait consid&eacute;rer lors de l&#39;ex&eacute;cution des &eacute;tudes g&eacute;n&eacute;tiques.

S&eacute;paration parentale environnement contre les effets de taille de semences sur la prochaine g&eacute;n&eacute;ration croissance et le d&eacute;veloppement chez Arabidopsis.

Pflanzenwachstum und Entwicklung ist zutiefst beeinflusst durch Umweltbedingungen, die Labor-Experimente in der Regel zu kontrollieren versucht. Wachstumsbedingungen sind jedoch nicht einheitlich zwischen oder sogar in Labors und die inwieweit diese Unterschiede beeinflussen Pflanzenwachstum und Entwicklung ist unbekannt. Experimente mit Wildtyp Arabidopsis Thaliana wurden entwickelt, um die Einfl&uuml;sse der elterlichen Umgebung und Saatgut Gr&ouml;&szlig;e auf Wachstum und Entwicklung in der n&auml;chsten Generation zu quantifizieren. Einzelne viel Saatgut wurde in sechs Kammern der Umwelt gepflanzt und zur Reife gewachsen. Das Saatgut produziert wurde mechanisch in kleinen und gro&szlig;en Gr&ouml;&szlig;enklassen dann in einer gemeinsamen Umgebung angebaut und eine Reihe von Proben, die &uuml;ber den gesamten Lebenszyklus ausgesetzt gesiebt. Varianzanalyse zeigte, dass Saatgut Gr&ouml;&szlig;e Effekte besonders signifikant, fr&uuml;h in der Entwicklung, die prim&auml;re Wurzelwachstum und Gravitropism, sondern auch Bl&uuml;tezeit war. Elterliche Umfeld beeinflusst Nachkommenschaft Keimung Zeit, Bl&uuml;te und Gewicht einheimische der Nachkommenschaft Erzeugung. In einigen F&auml;llen das elterliche Umfeld beeinflusst das Ausma&szlig; der (interagierte mit) die beobachteten Saatgut-Gr&ouml;&szlig;e-Effekte. Diese Daten zeigen, dass die Umst&auml;nde der Lebensgeschichte der elterlichen Generation beeinflussen k&ouml;nnen, Wachstum und Entwicklung w&auml;hrend des gesamten Lebenszyklus der n&auml;chsten Generation in einem Ausma&szlig;, die bei der Durchf&uuml;hrung von genetischer Studies ber&uuml;cksichtigt werden sollten.

Trennen die elterliche Umfeld von Saatgut-Gr&ouml;&szlig;e-Auswirkungen auf die n&auml;chste Generation Wachstum und Entwicklung in Arabidopsis.

Crescita delle piante e lo sviluppo &egrave; profondamente influenzato dalle condizioni ambientali che esperimenti di laboratorio in genere tenta di controllo. Tuttavia, le condizioni di crescita non sono uniformi tra o anche all&#39;interno di laboratori e la misura in cui queste differenze influenzano la crescita delle piante e lo sviluppo &egrave; sconosciuto. Esperimenti con selvaggio-tipo thaliana di Arabidopsis sono stati progettati per quantificare le influenze dell&#39;ambiente parentale e dimensione seme sulla crescita e lo sviluppo della prossima generazione. Un singolo lotto di seme &egrave; stato piantato in sei camere ambientali e cresciuto alla maturit&agrave;. Le sementi prodotte meccanicamente &egrave; stata setacciata in classi piccole e grandi dimensioni quindi cresciuto in un ambiente comune e sottoposto ad una serie di saggi che coprono il ciclo di vita. Analisi della varianza ha dimostrato che effetti della dimensione seme erano particolarmente significativi all&#39;inizio in fase di sviluppo, che influenzano la crescita della radice primaria e geotropismo, ma anche tempo di fioritura. Ambiente parentale colpite tempo germinazione progenie, fioritura e peso del seme prodotto prole. In alcuni casi, l&#39;ambiente dei genitori interessati la grandezza di (interagito con) gli effetti della dimensione seme osservati. Questi dati indicano che circostanze di vita storia della generazione parentale possono influenzare la crescita e lo sviluppo in tutto il ciclo di vita della prossima generazione in una misura che dovrebbe essere considerata quando si eseguono studi genetici.

Separazione parentale ambiente dagli effetti dimensione seme sulla prossima generazione crescita e sviluppo in Arabidopsis.

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&#xC2DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC740; &#xBFCC;&#xB9AC;&#xAE4A;&#xC740; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC740; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB824;&#xACE0; &#xC2DC;&#xB3C4; &#xD558;&#xB294; &#xD658;&#xACBD; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC131;&#xC7A5; &#xC870;&#xAC74; &#xC0AC;&#xC774; &#xB610;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4;&#xACFC;&#xB294; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xCC28;&#xC774; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC740; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xBC94;&#xC704; &#xB0B4; &#xC5D0;&#xC11C;&#xB3C4; &#xADE0;&#xC77C; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; Arabidopsis thaliana&#xC640; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC138;&#xB300;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xACFC; &#xC131;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xBD80;&#xBAA8;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xBC0F; &#xC528;&#xC557; &#xD06C;&#xAE30;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xACC4;&#xB7C9; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC528;&#xC557;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB9CE;&#xC740; 6 &#xD658;&#xACBD; &#xCC54;&#xBC84;&#xC5D0; &#xC2EC;&#xC5B4; &#xC838; &#xC788;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC131;&#xC219; &#xC131;&#xC7A5;. &#xC885;&#xC790; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCE5C; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xB4E4;&#xC5B4;&#xC11C;&#xB294; &#xD06C;&#xACE0; &#xC791;&#xC740; &#xD06C;&#xAE30; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB85C; sieved &#xAE30;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC0B0; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xC528; &#xD06C;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC; &#xAE30;&#xBCF8; &#xB8E8;&#xD2B8; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; gravitropism, &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xAC1C;&#xD654; &#xC2DC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xCD08;&#xAE30;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xD788; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBD80;&#xBAA8;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC790;&#xC190; &#xBC1C; &#xC544; &#xC2DC;&#xAC04;, &#xAF43; &#xBC0F; &#xC528; &#xC790;&#xC190; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC758; &#xBB34;&#xAC8C;. &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBD80;&#xBAA8;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xC601;&#xD5A5;&#xC758; &#xC9C4;&#xB3C4; (&#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;) &#xAD00;&#xCC30;&#xB41C; &#xC528;&#xC557; &#xD06C;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xBD80;&#xBAA8; &#xC138;&#xB300;&#xC758; &#xC0DD;&#xD65C; &#xC5ED;&#xC0AC; &#xC0C1;&#xD669; &#xC218; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xB54C; &#xACE0;&#xB824;&#xD574; &#xC57C; &#xD558;&#xB294; &#xC815;&#xB3C4;&#xB97C; &#xC218;&#xBA85; &#xC8FC;&#xAE30; &#xC804;&#xBC18;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB2E4;&#xC74C; &#xC138;&#xB300;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; Arabidopsis&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xC528;&#xC557; &#xD06C;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD80;&#xBAA8;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xBD84;&#xB9AC;.

Desarrollo y crecimiento de las plantas es profundamente influido por las condiciones ambientales que experimentaci&oacute;n de laboratorio por lo general trata de control. Sin embargo, las condiciones de crecimiento no son uniformes entre o incluso en laboratorios y en la medida en que estas diferencias influyen en el crecimiento de la planta y desarrollo es desconocido. Experimentos con el salvaje-tipo Arabidopsis thaliana fueron dise&ntilde;ados para cuantificar las influencias del entorno parental y el tama&ntilde;o de la semilla en el crecimiento y desarrollo en la pr&oacute;xima generaci&oacute;n. Un solo lote de semilla fue plantado en seis c&aacute;maras ambientales y crecido hasta su vencimiento. La semilla producida mec&aacute;nicamente fue tamizada en clases de tama&ntilde;o peque&ntilde;o y grande entonces crecido en un ambiente com&uacute;n y sometidos a un conjunto de ensayos que abarca el ciclo de vida. An&aacute;lisis de varianza demostr&oacute; que el efecto del tama&ntilde;o de semilla era particularmente significativo temprano en el desarrollo, que afectan el crecimiento de la ra&iacute;z primaria y Gravitropismo, pero tambi&eacute;n tiempo de floraci&oacute;n. Tiempo de germinaci&oacute;n de progenie entorno los padres afectado, floraci&oacute;n y peso de semillas producida de la progenie. En algunos casos, el entorno de los padres afectados la magnitud de (interactu&oacute; con) los efectos del tama&ntilde;o de semilla observados. Estos datos indican que circunstancias de la historia de la vida de la generaci&oacute;n parental pueden afectar el crecimiento y desarrollo durante todo el ciclo de vida de la pr&oacute;xima generaci&oacute;n en una medida que debe ser considerado al realizar estudios gen&eacute;ticos.

Angela L. Elwell

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