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Multiplex Detection of Bacteria in Complex Clinical and Environmental Samples using Oligonucleotide-coupled Fluorescent Microspheres

Bacterial vaginosis (BV) is a recurring polymicrobial syndrome that is characterized by a change in the "normal" microbiota from Lactobacillus-dominated ...

Agriculture and Agri-Food Canada

&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x5408;&#x5E76;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x817E;&#x51B2; 60 PCR &#x4EA7;&#x54C1;&#x5E93;&#x548C;&#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x5C0F;&#x80A0;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x7389;&#x7C73;&#x3001; &#x5C0F;&#x9EA6;&#x6216;&#x5927;&#x9EA6;&#x65E5;&#x7CAE;&#x732A;&#x6587;&#x5316;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5BA1;&#x67E5;&#x4E86; 2,751 &#x817E;&#x51B2; 60 PCR &#x4EA7;&#x54C1;&#x514B;&#x9686;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x56DE;&#x80A0;&#x98DF;&#x7CDC;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x603B;&#x6570;&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x514B;&#x9686; (81%) &#x6240;&#x8F7D;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6062;&#x590D;&#x4ECE;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5E93;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217; &#xFF1B; 372 &#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x5DF2;&#x67E5;&#x660E;&#xFF0C;&#x4F46;&#x53EA;&#x6709; 14%&#x7684; 372 &#x4E0D;&#x540C;&#x5E8F;&#x5217;&#x67E5;&#x83B7;&#x4ECE;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x3002;&#x5E93;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x5206;&#x914D;&#x5230;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x5E8F;&#x5217;&#x4E0E;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x76F8;&#x7ED3;&#x5408;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x4F5C;&#x4E86;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408;&#x732A;&#x56DE;&#x80A0;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x524D;&#x51E0;&#x4EFD;&#x62A5;&#x544A;&#x3002;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5E93;&#x4E2D;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x8BA1;&#x7B97;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x7389;&#x7C73;&#x3001; &#x5927;&#x9EA6;&#x548C;&#x5C0F;&#x9EA6;&#x5E93;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x5404;&#x4E0D;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x3002;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x5E8F;&#x5217;&#x6E05;&#x5355;&#x88AB;&#x7528;&#x4F5C; PCR &#x5F15;&#x7269;&#x96C6;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x7279;&#x5B9A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;&#x56DE;&#x80A0;&#x98DF;&#x7CDC;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x5E93;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x53EF;&#x4EE5;&#x662F;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x548C;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x751F;&#x4EA7;&#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x5728;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x6216;&#x81EA;&#x7136;&#x53D8;&#x5316;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x6D4B;&#x91CF;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#x3002;

&#x7389;&#x7C73;&#x3001; &#x5C0F;&#x9EA6;&#x6216;&#x5927;&#x9EA6;&#x578B;&#x65E5;&#x7CAE;&#x7531;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR&#xFF0C;&#x7F8E;&#x8054;&#x50A8;&#x7684;&#x732A;&#x56DE;&#x80A0;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;

We have combined the culture-independent methods of high-throughput sequencing of chaperonin-60 PCR product libraries and quantitative PCR to profile and quantify the small-intestinal microflora of pigs fed diets based on corn, wheat, or barley. A total of 2,751 chaperonin-60 PCR product clones produced from samples of ileum digesta were examined. The majority (81%) of these clones contained sequences independently recovered from all three libraries; 372 different nucleotide sequences were identified, but only 14% of the 372 different sequences were recovered from all three libraries. Taxonomic assignments of the library sequences were made by comparison to a reference database of chaperonin-60 sequences combined with phylogenetic analysis. The taxa identified are consistent with previous reports of pig ileum microflora. Frequencies of each sequence in each library were calculated to identify taxa that varied in frequency between the corn, barley, and wheat libraries. The chaperonin-60 sequence inventory was used as a basis for designing PCR primer sets for taxon-specific quantitative PCR. Results of quantitative PCR analysis of ileum digesta confirmed the relative abundances of targeted taxa identified with the library sequencing approach. The results of this study indicate that chaperonin-60 clone libraries can be valid profiles of complex microbial communities and can be used as the basis for producing quantitative PCR assays to measure the abundance of taxa of interest during experimentally induced or natural changes in a community.

Comparison of ileum microflora of pigs fed corn-, wheat-, or barley-based diets by chaperonin-60 sequencing and quantitative PCR.

Nous avons combin&#xE9; les m&#xE9;thodes ind&#xE9;pendants de la culture de s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit de chaperonine-60 biblioth&#xE8;ques de produits PCR et PCR quantitative &#xE0; cerner et &#xE0; quantifier la microflore de l&#x26;#39;intestin gr&#xEA;le de l&#x26;#39;alimentation des porcs nourris &#xE0; base de ma&#xEF;s, de bl&#xE9; ou d&#x26;#39;orge. Un total de 2,751 chaperonine-60 clones de produits PCR obtenus &#xE0; partir des &#xE9;chantillons de digesta il&#xE9;on ont &#xE9;t&#xE9; examin&#xE9;s. La majorit&#xE9; (81%) de ces clones contenaient des s&#xE9;quences ind&#xE9;pendamment r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9;s &#xE0; partir de tous les trois biblioth&#xE8;ques; 372 diff&#xE9;rentes s&#xE9;quences nucl&#xE9;otidiques ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s, mais seulement 14% des s&#xE9;quences diff&#xE9;rentes ont &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9;s 372 de tous les trois biblioth&#xE8;ques. Affectations taxonomiques des s&#xE9;quences de la biblioth&#xE8;que ont &#xE9;t&#xE9; faites par rapport &#xE0; une base de donn&#xE9;es de r&#xE9;f&#xE9;rence de chaperonine-60 s&#xE9;quences combin&#xE9;es avec une analyse phylog&#xE9;n&#xE9;tique. Les taxons identifi&#xE9;s sont compatibles avec les pr&#xE9;c&#xE9;dents rapports de la microflore il&#xE9;on. Les fr&#xE9;quences de chaque s&#xE9;quence dans chaque biblioth&#xE8;que ont &#xE9;t&#xE9; calcul&#xE9;s pour identifier les taxons qui varie en fr&#xE9;quence entre le ma&#xEF;s, l&#x26;#39;orge, de bl&#xE9; et les biblioth&#xE8;ques. L&#x26;#39;inventaire chaperonine-60 s&#xE9;quence a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; comme une base pour la conception d&#x26;#39;amorce PCR d&#xE9;finit pour un taxon sp&#xE9;cifique PCR quantitative. R&#xE9;sultats de l&#x26;#39;analyse PCR quantitative de l&#x26;#39;il&#xE9;on digesta a confirm&#xE9; les abondances relatives des taxons identifi&#xE9;s cibl&#xE9;e &#xE0; l&#x26;#39;approche de s&#xE9;quen&#xE7;age de la biblioth&#xE8;que. Les r&#xE9;sultats de cette &#xE9;tude indiquent que les biblioth&#xE8;ques chaperonine-60 clone peut &#xEA;tre profils valides des communaut&#xE9;s microbiennes complexes et peut &#xEA;tre utilis&#xE9; comme base pour la production d&#x26;#39;analyses de PCR quantitatives pour mesurer l&#x26;#39;abondance des taxa d&#x26;#39;int&#xE9;r&#xEA;t lors des changements de induite exp&#xE9;rimentalement ou naturel dans une communaut&#xE9;.

Comparaison de la microflore il&#xE9;on des porcs nourris de ma&#xEF;s, de bl&#xE9; des-, ou &#xE0; base d&#x26;#39;orge r&#xE9;gimes par Chaperonin-60 s&#xE9;quen&#xE7;age et PCR quantitative

Vergleich von Ileum Mikroflora des Schweine verf&#xFC;ttert Mais-, Weizen-, Gerste-basierte oder Di&#xE4;ten durch Chaperon-60-Sequenzierung und quantitativer PCR.

Abbiamo combinato i metodi di coltura-indipendente di sequenziamento high-throughput di chaperonina 60 biblioteche di prodotto PCR e PCR quantitativa di profilo e quantificare la microflora piccola intestino dei suini alimentati con diete basate su mais, frumento o orzo. Un totale di 2.751 chaperonina 60 PCR prodotto cloni ottenuti da campioni di ileo digesta sono stati esaminati. La maggior parte (81%) di questi cloni contenute sequenze recuperati in modo indipendente da tutte le tre biblioteche; 372 sequenze nucleotidiche differenti sono state identificate, ma solo il 14% delle sequenze diverse 372 sono stati recuperati da tutte e tre le biblioteche. Assegnazioni tassonomiche delle sequenze biblioteca sono state fatte in confronto a un database di riferimento di sequenze chaperonina 60 combinato con analisi filogenetica. I taxa individuati sono coerenti con i precedenti rapporti di maiale ileo microflora. Per identificare i taxa che variava in frequenza tra il mais, orzo e frumento librerie sono state calcolate le frequenze di ogni sequenza in ogni libreria. L&#39;inventario di sequenza chaperonina-60 &egrave; stato utilizzato come base per la progettazione di set di primer PCR per taxon specifico PCR quantitativa. Risultati dell&#39;analisi PCR quantitativa dell&#39;ileo digesta ha confermato la relativa abbondanza di taxa mirati, identificato con l&#39;approccio di sequenziamento di libreria. I risultati di questo studio indicano che clone chaperonina 60 biblioteche possono essere validi profili di comunit&agrave; microbiche complesse e possono essere utilizzate come base per la produzione di saggi PCR quantitative per misurare l&#39;abbondanza dei taxa di interesse durante le modifiche naturali o indotte sperimentalmente in una comunit&agrave;.

Confronto della microflora ileo di suini alimentati mais, frumento o diete a base di orzo di sequenziamento chaperonina 60 e PCR quantitativa.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60 PCR&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3084;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x3001;&#x5C0F;&#x9EA6;&#x3001;&#x5927;&#x9EA6;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x305F;&#x98FC;&#x6599;&#x3092;&#x8C5A;&#x306E;&#x5C0F;&#x8178;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30AB;&#x30EB;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x56DE;&#x8178;&#x6D88;&#x5316;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;2751&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60 PCR&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#xFF08;81&#xFF05;&#xFF09;&#x304C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x3066;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x56DE;&#x53CE;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;372&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x3001;372&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x306E;14&#xFF05;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x56DE;&#x53CE;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x306E;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x306F;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x305F;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#xB7;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x8B58;&#x5225;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306F;&#x30D6;&#x30BF;&#x56DE;&#x8178;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30E9;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x5404;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x5185;&#x306E;&#x5404;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x983B;&#x5EA6;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x3001;&#x5927;&#x9EA6;&#x3001;&#x5C0F;&#x9EA6;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x9593;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x3067;&#x5909;&#x5316;&#x3055;&#x305B;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A08;&#x7B97;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A2D;&#x8A08;PCR&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x56DE;&#x8178;&#x6D88;&#x5316;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3067;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x6709;&#x52B9;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3084;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x8208;&#x5473;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;PCR&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x88FD;&#x9020;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30C8;&#x30A6;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B3;&#x30B7;&#x3001;&#x5C0F;&#x9EA6;&#x3001;&#x5927;&#x9EA6;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30A8;&#x30C3;&#x30C8;&#x3046;&#x3093;&#x3056;&#x308A;&#x8C5A;&#x306E;&#x56DE;&#x8178;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30E9;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; chaperonin 60 PCR &#xC81C;&#xD488; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC640; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xC774;&#xC5B4;&#xD2B8; &#xC625;&#xC218;&#xC218;, &#xBC00;, &#xB610;&#xB294; &#xBCF4; &#xB9AC;&#xB97C; &#xBA39;&#xC778; &#xB3FC;&#xC9C0;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xCC3D; &#xC790; microflora &#xACC4;&#xB7C9; &#xC591;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; PCR&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xBB38;&#xD654; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xACB0;&#xD569;. &#xCD1D; 2751 chaperonin 60 PCR &#xC81C;&#xD488; &#xD074;&#xB860; &#xC11C; digesta &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD074;&#xB860;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; (81%) &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;; 372 &#xB2E4;&#xB978; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; 372 &#xB2E4;&#xB978; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; 14%&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD68C;&#xC218; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; taxonomic &#xD560;&#xB2F9; phylogenetic &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xD569; chaperonin 60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xCC38;&#xC870; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558; &#xC5EC; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5B4;&#xC84C;&#xB2E4;. &#xC2DD;&#xBCC4; taxa &#xB3FC;&#xC9C0; &#xC11C; microflora&#xC758; &#xC774;&#xC804; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294;. &#xAC01; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xB294; &#xAC01; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218; &#xC2DD;&#xBCC4; taxa &#xC625;&#xC218;&#xC218;, &#xBCF4; &#xB9AC;, &#xBC00; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xAC04;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xACC4;&#xC0B0; &#xD588;&#xB2E4;. Chaperonin 60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC7AC;&#xACE0; taxon &#xD2B9;&#xC815; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR PCR &#xB1CC;&#xAD00; &#xC138;&#xD2B8; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xADFC;&#xAC70;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC11C; digesta&#xC758; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC811;&#xADFC;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; taxa&#xC758; &#xC0C1;&#xB300; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB294;&#xB370;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; chaperonin 60 &#xD074;&#xB860; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC720;&#xD6A8;&#xD55C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00;&#xACFC; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C4; &#xB41C; &#xB610;&#xB294; &#xC790;&#xC5F0; &#xBCC0;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; taxa&#xC758; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xCE21;&#xC815; &#xD558; &#xC591;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; PCR &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAE30;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC218;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB3FC;&#xC9C0;&#xC758; &#xC11C; microflora &#xBE44;&#xAD50; &#xBA39;&#xC774; &#xC625;&#xC218;&#xC218;, &#xBC00; &#xB610;&#xB294; &#xBCF4; &#xB9AC; &#xAE30;&#xBC18; &#xB2E4;&#xC774;&#xC5B4;&#xD2B8; chaperonin 60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; PCR&#xC5D0; &#xC758;&#xD574;.

Hemos combinado los m&#xE9;todos independientes de la cultura de alto rendimiento de secuenciaci&#xF3;n de chaperonin-60 bibliotecas de productos de PCR y PCR cuantitativa para perfilar y cuantificar la microflora del intestino delgado de los cerdos alimentados con dietas basadas en ma&#xED;z, trigo o cebada. Un total de 2.751 chaperonin-60 clones de productos de PCR producidos a partir de muestras de digesta del &#xED;leon fueron examinados. La mayor&#xED;a (81%) de estos clones conten&#xED;an secuencias independientemente recuperados de las tres bibliotecas; 372 nucle&#xF3;tidos diferentes secuencias fueron identificados, pero s&#xF3;lo el 14% de las secuencias de 372 diferentes fueron recuperados de las tres bibliotecas. Asignaciones taxon&#xF3;micas de las secuencias de la biblioteca se hizo por comparaci&#xF3;n con una base de datos de referencia de chaperonin-60 secuencias combinadas con el an&#xE1;lisis filogen&#xE9;tico. Los taxones identificados son consistentes con los informes anteriores de la microflora del &#xED;leon de cerdos. Las frecuencias de cada secuencia en cada biblioteca se calcularon para identificar los taxones que var&#xED;a en frecuencia entre el ma&#xED;z, la cebada, el trigo y las bibliotecas. El inventario chaperonina-60 ha sido usada como base para el dise&#xF1;o de cebadores de PCR establece para cada tax&#xF3;n PCR cuantitativa. Los resultados de an&#xE1;lisis de PCR cuantitativa de &#xED;leon digesta confirm&#xF3; la abundancia relativa de los taxones identificados espec&#xED;fica con el enfoque de la secuenciaci&#xF3;n de la biblioteca. Los resultados de este estudio indican que las bibliotecas chaperonina-60 clon pueden ser v&#xE1;lidos los perfiles de las comunidades microbianas complejas y pueden ser utilizados como base para la producci&#xF3;n de los ensayos de PCR cuantitativa para medir la abundancia de los taxones de inter&#xE9;s en los cambios inducidos experimentalmente o natural de una comunidad.

La comparaci&#xF3;n de la microflora &#xED;leon de cerdos alimentados con ma&#xED;z, trigo, cebada o de las dietas basadas en chaperonin-60 Secuenciaci&#xF3;n y PCR cuantitativa

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&#xB300;&#xB2F5;&#xC740;?

&iquest;Existe una respuesta?

&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528; qPCR &#x548C;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x817E;&#x51B2;-60 (cpn60) &#x679A;&#x4E3E;&#x68AD;&#x83CC;&#x4EA7;&#x6C14;&#x835A;&#x819C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x7684;&#x63D0;&#x53D6;&#x7269;&#x9E21;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#xFF0C;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#x4F18;&#x5316;&#x8FD9;&#x4E00;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x679A;&#x4E3E;&#x4EFB;&#x4F55;&#x7EC6;&#x83CC;&#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#x7684;&#x5185;&#x5BB9;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x786E;&#x5B9A;&#x7528;&#x4E8E;&#x786E;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#x7269;&#x79CD;&#x4E30;&#x5EA6;&#x7684;&#x6700;&#x51C6;&#x786E;&#x534F;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5404;&#x79CD; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x4E0E;&#x5236;&#x4F5C;&#x6807;&#x51C6;&#x66F2;&#x7EBF;&#x7684;&#x56DB;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5F71;&#x54CD;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x5305;&#x62EC; PCR &#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x548C; &#xFF08;&#x6216;&#xFF09; &#x8367;&#x5149;&#x8367;&#x5149;&#x6DEC;&#x706D;&#x63D0;&#x7EAF;&#x548C;&#x4EA7;&#x91CF;&#x76EE;&#x6807; DNA &#x7684;&#x63D0;&#x53D6;&#x6DB2;&#x4E2D;&#x3002;C.&#x4EA7;&#x6C14;&#x835A;&#x819C;&#x4F7F;&#x7528;&#x6807;&#x51C6;&#x66F2;&#x7EBF;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x8D28;&#x7C92; C.&#x4EA7;&#x6C14;&#x835A;&#x819C; cpn60 &#x7684;&#x7247;&#x6BB5;&#x5C16;&#x523A;&#x7684;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x6837;&#x54C1;&#x542F;&#x7528;&#x51C6;&#x786E;&#x679A;&#x4E3E;&#x7684;&#x9634;&#x79BB;&#x5B50;&#x4EA4;&#x6362;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528; qPCR &#x6765;&#x679A;&#x4E3E; C.&#x4EA7;&#x6C14;&#x835A;&#x819C;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x80A0;&#x9053;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4ECE;&#x4E86;&#x7684;&#x9E21;&#x7684;&#x56DE;&#x80A0;&#x548C;&#x76F2;&#x80A0;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x6311;&#x6218; C.&#x4EA7;&#x6C14;&#x835A;&#x819C;&#x548C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x53EF;&#x884C;&#x9879;&#x7F6A;&#x540D;&#x5BF9;&#x76F8;&#x5E94;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x743C;&#x80F6;&#x9176;&#x6CD5;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x57FA;&#x4E8E; qPCR &#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x9C7C;&#x79CD;&#x5728;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x4E2D;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x679A;&#x4E3E;&#x662F;&#x53EF;&#x884C;&#x7684;&#x4F46;&#x5FC5;&#x987B;&#x91C7;&#x53D6;&#x7167;&#x987E;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x51CF;&#x8F7B;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x6DF7;&#x6742;&#x56E0;&#x7D20;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F71;&#x54CD;&#x660E;&#x663E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;

&#x679A;&#x4E3E;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x80A0;&#x793E;&#x533A;&#x57FA;&#x4E8E;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x76EE;&#x6807;&#x3002;

We used qPCR and the target gene chaperonin-60 (cpn60) to enumerate Clostridium perfringens genomes in DNA extracts from contents of the chicken gastrointestinal tract with the aim of optimizing this methodology to enumerate any bacterium of interest. To determine the most accurate protocols for determining target species abundance, we compared various DNA extraction methods in combination with four methods for producing standard curves. Factors affecting accuracy included the co-purification of PCR inhibitors and/or fluorescence quenchers and the yield of target DNA in the extract. Anion exchange chromatography of the spiked test samples enabled accurate enumeration of C. perfringens using a standard curve comprised of a plasmid containing a fragment of C. perfringens cpn60. We used qPCR to enumerate C. perfringens and other intestinal bacteria in ileum and cecum samples from chickens that had been challenged with C. perfringens and compared the results with viable counts on corresponding selective agars. We conclude that qPCR-based molecular enumeration of target species in the gastrointestinal tract is feasible, but care must be taken in order to mitigate the effects of confounding factors that can affect the apparent cell count.

Enumeration of specific bacterial populations in complex intestinal communities using quantitative PCR based on the chaperonin-60 target.

Nous avons utilis&#xE9; qPCR et le g&#xE8;ne cible chaperonine-60 (cpn60) pour &#xE9;num&#xE9;rer Clostridium perfringens g&#xE9;nomes dans les extraits d&#x26;#39;ADN &#xE0; partir du contenu du tractus gastro-intestinal de poulet dans le but d&#x26;#39;optimiser cette m&#xE9;thode pour &#xE9;num&#xE9;rer toute bact&#xE9;rie d&#x26;#39;int&#xE9;r&#xEA;t. Pour d&#xE9;terminer les protocoles les plus pr&#xE9;cises pour d&#xE9;terminer l&#x26;#39;abondance des esp&#xE8;ces cibles, nous avons compar&#xE9; diff&#xE9;rentes m&#xE9;thodes d&#x26;#39;extraction d&#x26;#39;ADN en combinaison avec quatre m&#xE9;thodes pour produire des courbes standard. Les facteurs affectant la pr&#xE9;cision inclus le co-purification d&#x26;#39;inhibiteurs PCR et / ou quenchers de fluorescence, et le rendement de l&#x26;#39;ADN cible dans l&#x26;#39;extrait. Chromatographie &#xE9;changeuse d&#x26;#39;anions des &#xE9;chantillons d&#x26;#39;analyse enrichis permis de recensement pr&#xE9;cis de C. perfringens en utilisant une courbe standard compos&#xE9; d&#x26;#39;un plasmide contenant un fragment de C. perfringens cpn60. Nous avons utilis&#xE9; qPCR d&#x26;#39;&#xE9;num&#xE9;rer C. perfringens et autres bact&#xE9;ries intestinales dans l&#x26;#39;il&#xE9;on et du caecum &#xE9;chantillons provenant de poulets qui avaient &#xE9;t&#xE9; contest&#xE9;es avec C. perfringens et compar&#xE9; les r&#xE9;sultats avec les chiffres correspondants viables sur g&#xE9;loses s&#xE9;lectives. Nous concluons que qPCR l&#x26;#39;&#xE9;num&#xE9;ration bas&#xE9;e sur des esp&#xE8;ces cibles mol&#xE9;culaires dans le tractus gastro-intestinal est faisable, mais il faut prendre soin afin d&#x26;#39;att&#xE9;nuer les effets de facteurs de confusion qui peuvent affecter la num&#xE9;ration des cellules apparente.

D&#xE9;nombrement des populations bact&#xE9;riennes sp&#xE9;cifiques dans le complexe Communaut&#xE9;s intestinale &#xE0; l&#x26;#39;aide PCR quantitative Bas&#xE9; sur le Chaperonin-60 cible

Ausz&#xE4;hlung von bestimmten bakteriellen Populationen in komplexen intestinalen Gemeinden mittels quantitativer PCR auf der Basis des Chaperonin-60 Target.

Abbiamo usato qPCR e la destinazione gene chaperonina-60 (cpn60) per enumerare i genomi di Clostridium perfringens nel DNA estratti dal contenuto del tratto gastrointestinale di pollo con l&#39;obiettivo di ottimizzare questa metodologia di enumerare qualsiasi batterio di interesse. Per determinare i protocolli pi&ugrave; precisi per determinare l&#39;abbondanza di specie bersaglio, abbiamo confrontato i vari metodi di estrazione del DNA in combinazione con i quattro metodi per la produzione di curve standard. Fattori che influenzano la precisione includevano la co-purification di inibitori della PCR e/o dissetanti fluorescenza e il rendimento del DNA dell&#39;obiettivo nell&#39;estratto. Cromatografia a scambio anionico dell&#39;enumerazione accurati test a spillo campioni abilitati di c. perfringens utilizzando una curva standard composta da un plasmide contenente un frammento di cpn60 di c. perfringens. Abbiamo usato qPCR enumerare c. perfringens e altri batteri intestinali in campioni di ileo e cieco da polli che erano stato contestato con c. perfringens e confrontato i risultati con vitali conta su corrispondente agars selettiva. Possiamo concludere che l&#39;enumerazione molecolare basata su qPCR di specie bersaglio nel tratto gastrointestinale &egrave; fattibile, ma occorre fare attenzione al fine di mitigare gli effetti dei fattori che possono influenzare il numero di celle apparente di confondimento.

Enumerazione di specifiche popolazioni batteriche nel complessa comunit&agrave; intestinale mediante PCR quantitativa basato sulla destinazione chaperonina-60.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x95A2;&#x5FC3;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x5217;&#x6319;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x76EE;&#x7684;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x9D8F;&#x306E;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x6DB2;&#x4E2D;&#x306E;&#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E5;&#x83CC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x5217;&#x6319;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x3068;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#xFF08;cpn60&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5BFE;&#x8C61;&#x7A2E;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3092;&#x5224;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x6A19;&#x6E96;&#x66F2;&#x7DDA;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;4&#x3064;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3067;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x6CD5;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x306F;&#x3001;PCR&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x304A;&#x3088;&#x3073;/&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x86CD;&#x5149;&#x6D88;&#x5149;&#x5264;&#x306E;&#x5171;&#x7CBE;&#x88FD;&#x3068;&#x62BD;&#x51FA;&#x6DB2;&#x4E2D;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;DNA&#x306E;&#x53CE;&#x91CF;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B9;&#x30D1;&#x30A4;&#x30AF;&#x8A66;&#x9A13;&#x8A66;&#x6599;&#x306E;&#x9670;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x4EA4;&#x63DB;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E5;&#x83CC;cpn60&#x306E;&#x65AD;&#x7247;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x30DF;&#x30C9;&#x304B;&#x3089;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x6A19;&#x6E96;&#x66F2;&#x7DDA;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E5;&#x83CC;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x5217;&#x6319;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E5;&#x83CC;&#x306B;&#x6311;&#x6226;&#x3057;&#x3001;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x5BD2;&#x5929;&#x57F9;&#x5730;&#x4E0A;&#x3067;&#x83CC;&#x6570;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3092;&#x884C;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x9D8F;&#x304B;&#x3089;&#x56DE;&#x8178;&#x3068;&#x76F2;&#x8178;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30E5;&#x83CC;&#x3084;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x8178;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x5217;&#x6319;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5BFE;&#x8C61;&#x7A2E;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5217;&#x6319;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x7D50;&#x8AD6;&#x4ED8;&#x3051;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x6CE8;&#x610F;&#x304C;&#x660E;&#x767D;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x6570;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x4EA4;&#x7D61;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x8EFD;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6CE8;&#x610F;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;PCR&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x8178;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x5185;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x96C6;&#x56E3;&#x306E;&#x5217;&#x6319;

QPCR &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; chaperonin-60 (cpn60) &#xC5F4;&#xAC70;&#xD560; Clostridium perfringens &#xAC8C;&#xB188; DNA&#xC5D0; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xC5F4;&#xAC70; &#xD558;&#xB294;&#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xB860;&#xC744; &#xCD5C;&#xC801;&#xD654; &#xBAA9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2ED; &#xC704;&#xC7A5; &#xAD00;&#xC758; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;. &#xB300;&#xC0C1; &#xC885; &#xD48D;&#xBD80;&#xB97C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD45C;&#xC900; &#xACE1;&#xC120;&#xC744; &#xC81C;&#xC791; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; 4 &#xAC00;&#xC9C0; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xC870;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95; &#xBE44;&#xAD50;. &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC694;&#xC778; &#xCD94;&#xCD9C;&#xC5D0; PCR &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xB610;&#xB294; &#xD615;&#xAD11; quenchers&#xC758; co-purification &#xBC0F; &#xD45C;&#xC801; DNA&#xC758; &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568;. &#xC74C;&#xC774;&#xC628; &#xAD50;&#xD658; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xC758; C. perfringens C. perfringens cpn60&#xC758; &#xB2E8;&#xD3B8;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xD50C;&#xB77C;&#xC2A4; &#xBBF8;&#xB4DC;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xD45C;&#xC900; &#xACE1;&#xC120;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC544;&#xAD70;&#xB41C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC5F4;&#xAC70;&#xD615;&#xC758;. C. perfringens&#xC640; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xB2ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC11C; &#xACE0; &#xB9F9; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC7A5; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; qPCR &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; C. perfringens&#xC5D0; &#xB3C4;&#xC804; &#xD558; &#xACE0; &#xD574;&#xB2F9; &#xC120;&#xD0DD; agars&#xC5D0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xCE74;&#xC6B4;&#xD2B8;&#xC640; &#xACB0;&#xACFC; &#xBE44;&#xAD50; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xACB0;&#xB860; &#xC704;&#xC7A5; &#xAE30;&#xAD00;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC885;&#xC758; qPCR &#xAE30;&#xBC18; &#xBD84;&#xC790; &#xC5F4;&#xAC70; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xD63C;&#xB780; &#xD568;&#xC744; &#xC8FC; &#xC8E0; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC218;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC644;&#xD654; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC8FC;&#xC758; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC815;&#xB7C9; PCR&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC7A5;&#xC758; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; &#xC138;&#xADE0; &#xC778;&#xAD6C;&#xC758; &#xC5F4;&#xAC70;&#xD615; chaperonin 60 &#xB300;&#xC0C1;&#xC744; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Se utiliz&#xF3; qPCR y el gen diana chaperonin-60 (cpn60) para enumerar Clostridium perfringens genomas en extractos de ADN de los contenidos del tracto gastrointestinal de pollo con el fin de optimizar esta metodolog&#xED;a para enumerar cualquier bacteria de inter&#xE9;s. Para determinar los protocolos m&#xE1;s precisos para determinar la abundancia de las especies objetivo, se compararon diferentes m&#xE9;todos de extracci&#xF3;n de ADN en combinaci&#xF3;n con cuatro m&#xE9;todos para la producci&#xF3;n de las curvas de calibraci&#xF3;n. Factores que afectan a la precisi&#xF3;n incluye la co-purificaci&#xF3;n de inhibidores de la PCR y / o atenuadores de fluorescencia y el rendimiento de ADN diana en el extracto. Cromatograf&#xED;a de intercambio ani&#xF3;nico de las muestras de ensayo con p&#xFA;as activado enumeraci&#xF3;n precisa de C. perfringens utilizando una curva est&#xE1;ndar compuesto de un pl&#xE1;smido que contiene un fragmento de C. perfringens cpn60. Se utiliz&#xF3; PCR cuantitativa para enumerar C. perfringens y otras bacterias intestinales en el &#xED;leon y muestras cecales de pollos que hab&#xED;an sido inoculados con C. perfringens y compararon los resultados con un recuento de viables en agares selectivos correspondientes. Llegamos a la conclusi&#xF3;n de que la enumeraci&#xF3;n basada en qPCR molecular de las especies objetivo en el tracto gastrointestinal es factible, pero hay que tener cuidado con el fin de mitigar los efectos de los factores de confusi&#xF3;n que pueden afectar el recuento de c&#xE9;lulas aparente.

Enumeraci&#xF3;n de poblaciones espec&#xED;ficas de bacterias intestinales en comunidades complejas mediante PCR cuantitativa Basado en el chaperonin-60 Target

&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x751F;&#x957F;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#xFF0C;&#x5982;&#x8FDD;&#x7981;&#x3001; &#x5BB6;&#x79BD;&#x9972;&#x6599;&#x4E2D;&#x5408;&#x6210;&#x5404;&#x7EA7;&#x5217;&#x5165;&#x5177;&#x6709;&#x6B63;&#x9762;&#x7684;&#x6548;&#x679C;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x5065;&#x5EB7;&#x548C;&#x6210;&#x957F;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x5BF9;&#x4E3B;&#x673A;&#x80C3;&#x80A0;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x6709;&#x76CA;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x9E21;&#x80C3;&#x80A0;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x7406;&#x89E3;&#x548C;&#x5BF9;&#x5176;&#x7EC4;&#x6210;&#x8FDD;&#x7981;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x5728;&#x4E94;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x4F4D;&#x7F6E; &#xFF08;&#x5341;&#x4E8C;&#x6307;&#x80A0;&#x5FAA;&#x73AF;&#x3001; &#x4E2D;&#x65EC;&#x7A7A;&#x80A0;&#x3001; &#x8FD1;&#x7AEF;&#x56DE;&#x80A0;&#x3001; &#x56DE;&#x76F2;&#x90E8;&#x4EA4;&#x754C;&#x5904;&#x548C;&#x76F2;&#x80A0;&#xFF09; &#x7CAE;&#x6392;&#x9664;&#x6216;&#x5305;&#x62EC;&#x5728;&#x6574;&#x4E2A;&#x751F;&#x4EA7;&#x5468;&#x671F;&#x8FDD;&#x7981;&#x7684; 47 &#x65E5;&#x9F84;&#x9E21;&#x627E;&#x5230;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3002;&#x5341;&#x4E2A;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986; &#xFF08;&#x6765;&#x81EA;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x9E1F;&#x4E94;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x4F4D;&#x7F6E;&#xFF09; &#x7EA6; 555 bp chaperonin 60 PCR &#x4EA7;&#x7269;&#x7684;&#x51C6;&#x5907;&#xFF0C;&#x548C; 10,932 &#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x8FDB;&#x884C;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 370 &#x72EC;&#x7279; cpn60 &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5176;&#x5E45;&#x5EA6;&#x4E3A;&#x4ECE; 1 &#x5230; 2,872 &#x6062;&#x590D;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x3002;&#x5C0F;&#x80A0;&#x9053;&#x5E93;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x7531; Lactobacillales &#xFF08;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684; 90%&#xFF09;&#xFF0C;&#x800C;&#x76F2;&#x80A0;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x4ECE;&#x5E8F;&#x5217;&#x66F4;&#x591A;&#x6837;&#x5316;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC; Clostridiales (68%)&#x3001; Lactobacillales (25%) &#x548C; Bacteroidetes (6%) &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x8BC4;&#x4F30;&#x5BF9;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x8FDD;&#x7981;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;15 &#x7EC6;&#x83CC;&#x6307;&#x6807;&#x662F;&#x4F7F;&#x7528;&#x679A;&#x4E3E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x3001; &#x5B9E;&#x65F6;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x8FDD;&#x7981;&#x662F;&#x4E0E;&#x589E;&#x52A0;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053; (&#x8FD1;&#x7AEF;&#x56DE;&#x80A0;&#x5341;&#x4E8C;&#x6307;&#x80A0;&#x5FAA;&#x73AF;&#xFF09;&#xFF0C;&#xFF08;&#x56DE;&#x76F2;&#x90E8;&#x4EA4;&#x754C;&#x5904;&#x548C;&#x76F2;&#x80A0;&#xFF09; &#x8FDC;&#x7AEF;&#x5730;&#x533A;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x4E0E;&#x76EE;&#x6807;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6539;&#x8FDB;&#x6027;&#x80FD;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x9E21;&#x80A0;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x7EC4;&#x6210;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8BF4;&#x660E;&#x5BF9;&#x8FDD;&#x7981;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x53CD;&#x5E94;&#x662F;&#x5728;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x5C0F;&#x80A0;&#x4E2D;&#x6700;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;

&#x80A0;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x548C;&#x8089;&#x7528;&#x9E21;&#x65E5;&#x7CAE;&#x8FDD;&#x7981;&#x8865;&#x5145;&#x56DE;&#x5E94;&#x7684;&#x8868;&#x5F81;&#x3002;

The inclusion of antibiotic growth promoters, such as virginiamycin, at subtherapeutic levels in poultry feeds has a positive effect on health and growth characteristics, possibly due to beneficial effects on the host gastrointestinal microbiota. To improve our understanding of the chicken gastrointestinal microbiota and the effect of virginiamycin on its composition, we characterized the bacteria found in five different gastrointestinal tract locations (duodenal loop, mid-jejunum, proximal ileum, ileocecal junction, and cecum) in 47-day-old chickens that were fed diets excluding or including virginiamycin throughout the production cycle. Ten libraries (five gastrointestinal tract locations from two groups of birds) of approximately 555-bp chaperonin 60 PCR products were prepared, and 10,932 cloned sequences were analyzed. A total of 370 distinct cpn60 sequences were identified, which ranged in frequency of recovery from 1 to 2,872. The small intestinal libraries were dominated by sequences from the Lactobacillales (90% of sequences), while the cecum libraries were more diverse and included members of the Clostridiales (68%), Lactobacillales (25%), and Bacteroidetes (6%). To assess the effects of virginiamycin on the gastrointestinal microbiota, 15 bacterial targets were enumerated using quantitative, real-time PCR. Virginiamycin was associated with increased abundance of many of the targets in the proximal gastrointestinal tract (duodenal loop to proximal ileum), with fewer targets affected in the distal regions (ileocecal junction and cecum). These findings provide improved profiling of the composition of the chicken intestinal microbiota and indicate that microbial responses to virginiamycin are most significant in the proximal small intestine.

Characterization of intestinal microbiota and response to dietary virginiamycin supplementation in the broiler chicken.

L&#x26;#39;inclusion de facteurs de croissance antibiotiques, tels que la virginiamycine, aux niveaux sous-th&#xE9;rapeutiques dans les aliments pour la volaille a un effet positif sur les caract&#xE9;ristiques de sant&#xE9; et de la croissance, probablement en raison des effets b&#xE9;n&#xE9;fiques sur la microflore gastro-intestinale d&#x26;#39;accueil. Pour am&#xE9;liorer notre compr&#xE9;hension de la microflore gastro-intestinale de poulet et de l&#x26;#39;effet de la virginiamycine sur sa composition, nous avons caract&#xE9;ris&#xE9; les bact&#xE9;ries trouv&#xE9;es dans cinq endroits diff&#xE9;rents tractus gastro-intestinal (anse duod&#xE9;nale, mi-j&#xE9;junum, l&#x26;#39;il&#xE9;on proximal, de la jonction il&#xE9;o-colique, et le caecum) dans 47 jours les poussins qui ont &#xE9;t&#xE9; nourris de r&#xE9;gimes alimentaires excluant ou incluant virginiamycine tout au long du cycle de production. Dix biblioth&#xE8;ques (cinq endroits tractus gastro-intestinal &#xE0; partir de deux groupes d&#x26;#39;oiseaux) d&#x26;#39;environ 555-pb produits PCR chaperonine 60 ont &#xE9;t&#xE9; pr&#xE9;par&#xE9;s, et 10,932 s&#xE9;quences clon&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; analys&#xE9;s. Un total de 370 s&#xE9;quences distinctes cpn60 ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s, qui se situait dans la fr&#xE9;quence de r&#xE9;cup&#xE9;ration de 1 &#xE0; 2872. Les biblioth&#xE8;ques de l&#x26;#39;intestin gr&#xEA;le ont &#xE9;t&#xE9; domin&#xE9;es par des s&#xE9;quences des Lactobacillales (90% des s&#xE9;quences), tandis que les biblioth&#xE8;ques &#xE9;taient caecum plus diversifi&#xE9; et compos&#xE9; de membres des Clostridiales (68%), Lactobacillales (25%), et Bacteroidetes (6%). Pour &#xE9;valuer les effets de la virginiamycine sur le microbiote gastro-intestinal, 15 cibles bact&#xE9;riennes ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;nombr&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;aide quantitative, PCR en temps r&#xE9;el. Virginiamycine a &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;e &#xE0; l&#x26;#39;abondance a augment&#xE9; de bon nombre des cibles dans le tractus gastro-intestinal proximal (anse duod&#xE9;nale &#xE0; l&#x26;#39;il&#xE9;on proximal), avec moins de cibles affect&#xE9;es dans les r&#xE9;gions distales (jonction il&#xE9;o-colique et le caecum). Ces r&#xE9;sultats fournissent de profilage am&#xE9;lior&#xE9;e de la composition du microbiote intestinal de poulet et indiquent que les r&#xE9;ponses microbiennes &#xE0; la virginiamycine sont les plus importants dans l&#x26;#39;intestin gr&#xEA;le proximal.

Caract&#xE9;risation du microbiote intestinal et r&#xE9;ponse &#xE0; la suppl&#xE9;mentation alimentaire dans le Virginiamycine poulet de chair

Die Einbeziehung von antibiotischen Wachstumsf&ouml;rderern, z. B. Virginiamycin, auf subtherapeutic Ebenen im Gefl&uuml;gelfutter wirkt sich positiv auf die Gesundheit und das Wachstum Eigenschaften, m&ouml;glicherweise durch wohltuende Wirkung auf den Magen-Darm Microbiota Host. Um unser Verst&auml;ndnis von der Magen-Darm-Huhn-Microbiota und die Wirkung von Virginiamycin auf seine Zusammensetzung zu verbessern, gekennzeichnet wir die Bakterien, die in f&uuml;nf verschiedenen Magen-Darm-Trakt-Standorten (duodenal-Schleife, Mitte-Jejunum, proximalen Ileum, Ileocecal Kreuzung und Blinddarm) in 47 Tage alten K&uuml;ken, die Di&auml;ten ausschlie&szlig;en oder einschlie&szlig;en Virginiamycin im gesamten Produktionszyklus gef&uuml;ttert wurden gefunden. Zehn Bibliotheken (f&uuml;nf Gastrointestinaltrakt Standorte von zwei Gruppen von V&ouml;geln) von etwa 555-bp chaperonin 60 PCR-Produkte wurden vorbereitet und 10.932 geklonte Sequenzen wurden analysiert. Insgesamt 370 unterschiedliche cpn60-Sequenzen wurden identifiziert, die H&auml;ufigkeit der Wiederaufnahme von 1 bis 2.872 reichten. Die kleinen Darm Bibliotheken wurden dominiert von Sequenzen aus der Milchs&auml;urebakterien (90 % der Sequenzen), w&auml;hrend die Blinddarm-Bibliotheken wurden mehr vielf&auml;ltig und enthalten Mitglieder der Clostridiales (68 %), Milchs&auml;urebakterien (25 %) und Bacteroides (6 %). Um die Auswirkungen von Virginiamycin auf den Magen-Darm Microbiota zu beurteilen, wurden 15 bakterielle Zielen aufgez&auml;hlt mit quantitativen, Real-Time PCR. Virginiamycin wurde erh&ouml;hte F&uuml;lle an viele der Ziele im proximalen Magen-Darm-Trakt (duodenal Schleife zum proximalen Ileum), mit weniger Ziele betroffen in den distalen Regionen (Ileocecal Junction und Blinddarm) zugeordnet. Diese Erkenntnisse bieten verbesserte Profilierung der Zusammensetzung der das Huhn Darm Microbiota und anzugeben, dass die mikrobielle Antworten zu Virginiamycin bedeutendsten im proximalen D&uuml;nndarm sind.

Charakterisierung der Darm Microbiota und Reaktion auf di&auml;tetische Virginiamycin Erg&auml;nzung in das Masthuhn.

L&#39;inclusione di fattori di crescita antibiotici, quali virginiamicina, a livelli subterapeutiche in pollame feed ha un effetto positivo sulle caratteristiche di salute e la crescita, probabilmente a causa di effetti benefici per la microflora gastrointestinale host. Per migliorare la nostra comprensione della microflora gastrointestinale di pollo e l&#39;effetto della virginiamicina sulla sua composizione, abbiamo caratterizzato i batteri che si trovano in cinque posizioni differenti del tratto gastrointestinale (ciclo duodenale, met&agrave;-digiuno, ileo prossimale, giunzione ileocecale e cieco) in 47-giornata pulcini che sono stati nutriti con diete escluse o incluse virginiamicina durante tutto il ciclo di produzione. Dieci biblioteche (cinque sedi del tratto gastrointestinale da due gruppi di uccelli) di circa 555-bp chaperonin 60 prodotti di PCR sono state preparate, e sono state analizzate 10.932 sequenze clonate. Un totale di 370 sequenze distinte cpn60 sono stati identificati, che andavano nella frequenza di recupero da 1 a 2.872. Le piccole librerie intestinale sono state dominate dalle sequenze da Lactobacillales (90% delle sequenze), mentre le librerie cieco erano pi&ugrave; diversificati e inclusi membri del Clostridiales (68%), Lactobacillales (25%) e Bacteroidetes (6%). Per valutare gli effetti della virginiamicina sulla microflora gastrointestinale, 15 bersagli batterici sono stati enumerati mediante PCR quantitativa, in tempo reale. Virginiamicina &egrave; stato associato con maggiore abbondanza di molti degli obiettivi nel tratto gastrointestinale prossimale (ciclo duodenale per ileo prossimale), con obiettivi meno colpiti nelle regioni distali (giunzione ileocecale e cieco). Questi risultati forniscono migliorata profilatura della composizione del microbiota intestinale del pollo e indicano che microbial responses to virginiamicina sono pi&ugrave; significativi nel piccolo intestino prossimale.

Caratterizzazione della microflora intestinale e risposta alla supplementazione dietetica virginiamicina nel pollo da carne.

&#x5BB6;&#x79BD;&#x98FC;&#x6599;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x6CBB;&#x7642;&#x91CF;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x6210;&#x9577;&#x4FC3;&#x9032;&#x5264;&#x3001;&#x306E;&#x5305;&#x542B;&#x306F;&#x3001;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x80C3;&#x8178;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x53E2;&#x306B;&#x6709;&#x76CA;&#x306A;&#x52B9;&#x679C;&#x304C;&#x539F;&#x56E0;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x5065;&#x5EB7;&#x53CA;&#x3073;&#x751F;&#x80B2;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x3001;&#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9D8F;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x53E2;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x4E0A;&#x306E;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;47&#x65E5;&#x306B;5&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#xFF08;&#x5341;&#x4E8C;&#x6307;&#x8178;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3001;&#x534A;&#x3070;&#x7A7A;&#x8178;&#x3001;&#x56DE;&#x8178;&#x3001;&#x56DE;&#x76F2;&#x90E8;&#x3001;&#x76F2;&#x8178;&#xFF09;&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x9664;&#x5916;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x751F;&#x7523;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x305F;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x98FC;&#x6599;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x9F62;&#x306E;&#x30CB;&#x30EF;&#x30C8;&#x30EA;&#x3002;&#x7D04;555-bp&#x306E;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;60 PCR&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x5341;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#xFF08;&#x9CE5;&#x306E;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x304B;&#x3089;5&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#xFF09;&#x3092;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x3068;10932&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x89E3;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 370&#x7570;&#x306A;&#x308B;cpn60&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x306F;1&#x304B;&#x3089;2872&#x306B;&#x56DE;&#x5FA9;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x76F2;&#x8178;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x591A;&#x69D8;&#x3067;Clostridiales&#xFF08;68&#xFF05;&#xFF09;&#x3001;Lactobacillales&#xFF08;25&#xFF05;&#xFF09;&#x3001;Bacteroidetes&#xFF08;6&#xFF05;&#xFF09;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9593;&#x306B;&#x5C0F;&#x8178;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x3001;Lactobacillales&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#xFF08;&#x914D;&#x5217;&#x306E;90&#xFF05;&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x652F;&#x914D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306B;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;15&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5217;&#x6319;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x306F;&#x3001;&#x9060;&#x4F4D;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x304C;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#xFF08;&#x56DE;&#x76F2;&#x90E8;&#x3068;&#x76F2;&#x8178;&#xFF09;&#x3068;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#xFF08;&#x56DE;&#x8178;&#x306B;&#x5341;&#x4E8C;&#x6307;&#x8178;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#xFF09;&#x5185;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3001;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6240;&#x898B;&#x306F;&#x6539;&#x5584;&#x9D8F;&#x8178;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x7269;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3001;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306F;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x5C0F;&#x8178;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30D6;&#x30ED;&#x30A4;&#x30E9;&#x30FC;&#x306E;&#x8178;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x3068;&#x98DF;&#x4E8B;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30CB;&#x30A2;&#x30B5;&#x30D7;&#x30EA;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x7279;&#x6027;

&#xAC00;&#xAE08;&#xB958; &#xD53C;&#xB4DC; subtherapeutic &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; virginiamycin &#xAC19;&#xC740; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xAC74;&#xAC15; &#xBC0F; &#xC131;&#xC7A5; &#xD2B9;&#xC131; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC704;&#xC7A5; microbiota&#xC5D0; &#xC720;&#xC775;&#xD55C; &#xD6A8;&#xACFC; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xD6A8;&#xACFC;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4;. &#xCE58;&#xD0A8; &#xC704;&#xC7A5; microbiota&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC774;&#xD574; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8; &#xAD6C;&#xC131;&#xC5D0; virginiamycin&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC; 5 &#xB2E4;&#xB978; &#xC704; &#xC7A5;&#xAD00; &#xC704;&#xCE58; (&#xC2ED;&#xC774;&#xC9C0; &#xC7A5; &#xB8E8;&#xD504;, &#xC911;&#xBC18; jejunum, &#xADFC; &#xC704; &#xC11C;, ileocecal &#xC811;&#xD569; &#xBC0F; &#xB9F9;) &#xC81C;&#xC678; &#xB610;&#xB294; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xC8FC;&#xAE30;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; virginiamycin&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xC774;&#xC5B4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xBA39;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4; 47 &#xC77C; &#xB41C; &#xB2ED;&#xC5D0; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC57D; 555-bp chaperonin 60 PCR &#xC81C;&#xD488;&#xC758; 10 &#xAC1C;&#xC758; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; (&#xC0C8;&#xC758; &#xB450; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0;&#xC11C; 5 &#xC704; &#xC7A5;&#xAD00; &#xC704;&#xCE58;) &#xC900;&#xBE44; &#xD588;&#xB2E4; &#xACE0; 10932 &#xBCF5;&#xC81C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD1D; 370 &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; cpn60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xBCF5;&#xAD6C; 1&#xC5D0;&#xC11C; 2,872&#xC758; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; ranged &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC791;&#xC740; &#xCC3D; &#xC790; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xB354; &#xB9F9; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC911; Lactobacillales (&#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; 90%)&#xC5D0;&#xC11C; &#xC21C;&#xC11C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC9C0;&#xBC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; Clostridiales (68%), Lactobacillales (25%), Bacteroidetes (6%)&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD558; &#xACE0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xBA64;&#xBC84;. &#xC704;&#xC7A5; microbiota&#xC5D0; virginiamycin&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; 15 &#xC138;&#xADE0; &#xB300;&#xC0C1; &#xC591;&#xC801;, &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5F4;&#xAC70; &#xD588;&#xB2E4;. Virginiamycin &#xC6D0;&#xC2EC; &#xC601;&#xC5ED; (ileocecal &#xC811;&#xD569; &#xBC0F; &#xB9F9;)&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xC801;&#xC740; &#xBAA9;&#xD45C;&#xC640; &#xADFC; &#xC704; &#xC7A5;&#xAD00; (&#xADFC; &#xC704; &#xC11C;&#xC5D0; &#xC2ED;&#xC774;&#xC9C0; &#xC7A5; &#xB8E8;&#xD504;)&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xB2E4; &#xC218;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xD48D;&#xC694;&#xC640; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB2ED; &#xCC3D; &#xC790; microbiota&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; virginiamycin&#xB294; &#xADFC; &#xC704; &#xC18C;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC7A5; microbiota &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAD7D;&#xB294; &#xCE58;&#xD0A8;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xCDA9; &#xC2DD;&#xC774; virginiamycin&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;.

La inclusi&#xF3;n de los antibi&#xF3;ticos promotores del crecimiento, tales como la virginiamicina, a los niveles sub-terap&#xE9;uticos en los piensos de aves de corral tiene un efecto positivo sobre las caracter&#xED;sticas de la salud y el crecimiento, posiblemente debido a los efectos beneficiosos sobre la microbiota intestinal de acogida. Para mejorar nuestra comprensi&#xF3;n de la microbiota intestinal de pollo y el efecto de la virginiamicina en su composici&#xF3;n, que caracteriza a las bacterias que se encuentran en cinco lugares diferentes del tracto gastrointestinal (asa duodenal, a mediados de yeyuno, &#xED;leon proximal, uni&#xF3;n ileocecal, y el ciego) en 47 d&#xED;as -pollos que fueron alimentados con dietas de exclusi&#xF3;n o la inclusi&#xF3;n de la virginiamicina en todo el ciclo de producci&#xF3;n. Diez bibliotecas (cinco lugares del tracto gastrointestinal de los dos grupos de aves) de aproximadamente 555 pb chaperonin 60 productos de PCR se prepararon, y 10.932 secuencias clonadas fueron analizados. Un total de 370 diferentes secuencias de cpn60 fueron identificados, que iban en la frecuencia de recuperaci&#xF3;n de 1 a 2.872. Las bibliotecas intestinales peque&#xF1;as estaban dominados por las secuencias de los Lactobacillales (90% de las secuencias), mientras que las bibliotecas cecal eran m&#xE1;s diversa e incluye miembros de las Clostridiales (68%), Lactobacillales (25%), y bacteroidetes (6%). Para evaluar los efectos de la virginiamicina en la microbiota intestinal, 15 blancos bacterianos se enumeran utilizando cuantitativo, PCR en tiempo real. Virginiamicina se asoci&#xF3; con una mayor abundancia de muchas de las metas en el tracto gastrointestinal proximal (asa duodenal al &#xED;leon proximal), con un menor n&#xFA;mero de objetivos afectados en las regiones distales (uni&#xF3;n ileocecal y el ciego). Estos hallazgos proporcionan perfilado mejorado de la composici&#xF3;n de la microbiota intestinal y pollo indican que las respuestas microbianas a virginiamicina son m&#xE1;s significativo en el intestino delgado proximal.

Caracterizaci&#xF3;n de la microbiota intestinal y la respuesta a la suplementaci&#xF3;n diet&#xE9;tica en la virginiamicina del Pollo Broiler

&#x6211;&#x4EEC;&#x5BA1;&#x67E5;&#x4E86;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x4E1D;&#x72B6;&#x83CC;&#x81A8;&#x80C0;&#x673A;&#x4F53; Thiothrix eikelboomii &#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C61;&#x6CE5;&#x6DF7;&#x5408;&#x9152;&#x60AC;&#x6D6E;&#x56FA;&#x4F53; (&#x6C61;&#x6CE5;&#x6D53;&#x5EA6;) &#x6765;&#x81EA;&#x52A0;&#x62FF;&#x5927;&#x7EB8;&#x6D46;&#x548C;&#x9020;&#x7EB8;&#x3002;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x7684; chaperonin 60 (cpn60) &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x51C6;&#x5907;&#x4ECE;&#x6C61;&#x6CE5;&#x6D53;&#x5EA6;&#x603B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D; DNA &#x548C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x76F8;&#x6BD4; cpnDB&#xFF0C;cpn60 &#x5E8F;&#x5217; &#xFF08;http://cpndb.cbr.nrc.ca&#xFF09; &#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x6807;&#x8BC6;&#x5206;&#x914D;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x3002;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x540C;&#x7C7B;&#x578B;&#x5E94;&#x53D8;&#x7684; T.eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (&#x7EA6; 89%&#x8EAB;&#x4EFD;&#x8D85;&#x8FC7; 555 bp) &#x9AD8;&#x9891;&#x7387;&#x4ECE;&#x6837;&#x672C;&#x6536;&#x96C6;&#xFF0C;&#x76F8;&#x5F53;&#x4E8E;&#x4F7F;&#x7528;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x53EF;&#x7528;&#x7684; 16S rDNA &#x57FA;&#x4E8E;&#x63A2;&#x9488;&#x8367;&#x5149;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x955C;&#x89C2;&#x5BDF;&#x65F6;&#x9047;&#x5230;&#x4E86;&#x81A8;&#x80C0;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x78E8;&#x6837;&#x54C1;&#x88AB;&#x5BFB;&#x56DE;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5217;&#x4E3E;&#x4E86;&#x8FD9;&#x682A;&#x4E94;&#x78E8;&#x6D3E;&#x751F;&#x6C61;&#x6CE5;&#x6D53;&#x5EA6;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9E;&#x65F6;&#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#xFF08;qPCR&#xFF09; &#x548C;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6837;&#x672C;&#x6709;&#x9AD8;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x84EC;&#x677E;&#x7684;&#x5E94;&#x53D8; (&gt; 1012&#x5E74;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;/g &#x6C61;&#x6CE5;&#x6D53;&#x5EA6;&#xFF09; &#x548C;&#x4E24;&#x6240;&#x8F7D;&#x4F46;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x751F;&#x7269;&#x63A2;&#x6D4B;&#x6C34;&#x5E73;&#x8F83;&#x4F4E;&#x3002;&#x6CA1;&#x6709;&#x78E8;&#x6837;&#x54C1;&#x6240;&#x8F7D;&#x76F8;&#x540C;&#x7C7B;&#x578B;&#x5E94;&#x53D8;&#x7684; T.eikelboomii &#x7684; cpn60 &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x6280;&#x672F;&#x663E;&#x793A;&#x76D1;&#x6D4B;&#x7EB8;&#x6D46;&#x548C;&#x7EB8;&#x5F20;&#x5382;&#x5E9F;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x901A;&#x8FC7;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x679A;&#x4E3E;&#x6B64;&#x682A;&#x7684; T.eikelboomii&#xFF0C;&#x8FD9;&#x53EF;&#x80FD;&#x7279;&#x5B9A;&#x4E8E;&#x7EB8;&#x6D46;&#x548C;&#x7EB8;&#x5F20;&#x5382;&#x5E9F;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x627F;&#x8BFA;&#x3002;

&#x52A0;&#x62FF;&#x5927;&#x7EB8;&#x6D46;&#x548C;&#x7EB8;&#x5F20;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x8868;&#x5F81;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C61;&#x6CE5;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x65B0;&#x578B; Thiothrix eikelboomii &#x6837;&#x84EC;&#x677E;&#x957F;&#x4E1D;&#x3002;

We examined the microbial community structure and quantified the levels of the filamentous bulking organism Thiothrix eikelboomii in samples of activated sludge mixed liquor suspended solids (MLSS) from Canadian pulp and paper mills. Libraries of chaperonin 60 (cpn60) gene sequences were prepared from MLSS total microbial community DNA and each was compared with cpnDB, a reference database of cpn60 sequences (http://cpndb.cbr.nrc.ca) for assignment of taxonomic identities. Sequences similar to but distinct from the type strain of T. eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (approximately 89% identity over 555 bp) were recovered at high frequency from a mill sample that was experiencing bulking problems at the time of sample collection, which corresponded to microscopic observations using fluorescent in situ hybridization with commercially available 16S rDNA-based probes. We enumerated this strain in five mill-derived MLSS samples using real-time quantitative PCR (qPCR) and found that two samples had high levels of the bulking strain (>1012 genomes/g MLSS) and two contained lower but detectable levels of this organism. None of the mill samples contained cpn60 sequences that were identical to the type strain of T. eikelboomii. This technique shows promise for monitoring pulp and paper mill wastewater treatment systems by detecting and enumerating this strain of T. eikelboomii, which may be specific to pulp and paper mill wastewater treatment systems.

Molecular characterization of microbial communities in Canadian pulp and paper activated sludge and quantification of a novel Thiothrix eikelboomii-like bulking filament.

Nous avons examin&#xE9; la structure des communaut&#xE9;s microbiennes et de quantifier les niveaux de l&#x26;#39;organisme foisonnement filamenteux Thiothrix eikelboomii dans des &#xE9;chantillons de mati&#xE8;res solides des boues activ&#xE9;es en suspension dans la liqueur mixte (MTSS) de canadienne des p&#xE2;tes et papiers. Biblioth&#xE8;ques de chaperonine 60 (cpn60) des s&#xE9;quences de g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de l&#x26;#39;ADN microbien MTSS totale de la communaut&#xE9; et chacun a &#xE9;t&#xE9; compar&#xE9;e &#xE0; la cpnDB, une base de donn&#xE9;es de r&#xE9;f&#xE9;rence des s&#xE9;quences de cpn60 (http://cpndb.cbr.nrc.ca) pour l&#x26;#39;attribution des identit&#xE9;s taxonomiques. Des s&#xE9;quences semblables mais distinct de la souche type de T. eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (environ 89% d&#x26;#39;identit&#xE9; sur 555 pb) ont &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9;s &#xE0; haute fr&#xE9;quence &#xE0; partir d&#x26;#39;un &#xE9;chantillon usine qui &#xE9;prouvait des probl&#xE8;mes de gonflement au moment de la collecte de l&#x26;#39;&#xE9;chantillon, ce qui correspondait &#xE0; des observations microscopiques en utilisant d&#x26;#39;hybridation fluorescente in situ avec ADNr 16S commerciales &#xE0; base de sondes. Nous d&#xE9;compte de cette souche dans cinq &#xE9;chantillons MTSS moulin d&#xE9;riv&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;aide en temps r&#xE9;el de PCR quantitative (qPCR) et a constat&#xE9; que deux &#xE9;chantillons avaient des niveaux &#xE9;lev&#xE9;s de la souche de gonflement (&#x26;gt; 1012 g&#xE9;nomes ou MTSS g) et deux contenaient des niveaux inf&#xE9;rieurs, mais d&#xE9;tectable de cet organisme . Aucun des &#xE9;chantillons usine ne contenait des s&#xE9;quences de cpn60 identique &#xE0; la souche type de T. eikelboomii. Cette technique est prometteuse pour le suivi des p&#xE2;tes et papier syst&#xE8;mes eaux us&#xE9;es des usines de traitement en d&#xE9;tectant et en &#xE9;num&#xE9;rant cette souche de T. eikelboomii, qui peuvent &#xEA;tre sp&#xE9;cifiques &#xE0; des syst&#xE8;mes de p&#xE2;tes et papiers eaux us&#xE9;es des usines de traitement.

Caract&#xE9;risation mol&#xE9;culaire des communaut&#xE9;s microbiennes dans canadienne des p&#xE2;tes et boues de papier Activ&#xE9; et la quantification d&#x26;#39;un roman Thiothrix eikelboomii-comme Bulking filament

Wir untersuchten die mikrobielle Gemeinschaftsstruktur und quantifiziert die Ebenen der filament&ouml;sen F&uuml;llstoffe Organismus Thiothrix Eikelboomii in Proben von Belebtschlamm gemischt Alkohol ausgesetzt Feststoffe (MLSS) aus kanadischen Zellstoff- und Papierfabriken. Bibliotheken chaperonin 60 (cpn60) waren Gensequenzen aus MLSS Gesamt mikrobiellen Gemeinschaft DNA vorbereitet und jeder wurde verglichen mit CpnDB, einer Referenzdatenbank cpn60 Sequenzen (http://cpndb.cbr.nrc.ca) f&uuml;r die Zuweisung von taxonomischen Identit&auml;ten. Sequenzen &auml;hnlich aber eindeutig von den Typ Stamm von T. Eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (ca. 89 % Identit&auml;t &uuml;ber 555 bp) bei hoher Frequenz aus der M&uuml;hle-Probe, die bulking Probleme zum Zeitpunkt der Probenentnahme, erlebte die mikroskopische Beobachtungen mit Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung mit handels&uuml;blichen 16S rDNA-basierten Sonden entsprach wiederhergestellt wurden. Wir diese Sorte in f&uuml;nf M&uuml;hle abgeleitete MLSS Proben mit quantitativen Echtzeit-PCR (qPCR) aufgelistet, und festgestellt, dass zwei Beispiele, die hohe Niveaus der bulking Stamm hatte (&gt; 1012 Genomen/g MLSS) und zwei enthaltenen zu senken, sondern nachweisbar Ma&szlig; an diesem Organismus. Keine der Proben M&uuml;hle enthaltenen cpn60-Sequenzen, die identisch mit den Typ-Stamm von T. Eikelboomii wurden. Diese Technik zeigt Versprechen f&uuml;r die &Uuml;berwachung von Zellstoff und Papier M&uuml;hle-Abwasserbehandlung durch erkennen und Aufz&auml;hlen von dieser Sorte von T. Eikelboomii, die m&ouml;glicherweise spezifisch f&uuml;r Zellstoff und Papier M&uuml;hle Abwasserbehandlung.

Molekulare Charakterisierung der mikrobiellen Gemeinschaften in kanadischen Zellstoff- und Papierindustrie aktiviert Schlamm und Quantifizierung von einem neuartigen Thiothrix Eikelboomii-artigen bulking Filament.

Abbiamo esaminato la struttura della comunit&agrave; microbica e quantificare i livelli del filamentoso organismo Thiothrix eikelboomii in campioni di massa di fanghi miscelati solidi sospesi liquore (cooperano) dal canadese della polpa e cartiere. Librerie di chaperonin 60 (cpn60) sequenze geniche sono state preparate da comunit&agrave; microbica totale del DNA di cooperano e ciascuno &egrave; stato confrontato con cpnDB, un database di riferimento di sequenze cpn60 (http://cpndb.cbr.nrc.ca) per l&#39;assegnazione delle identit&agrave; tassonomica. Sequenze simile a ma distinto dal tipo di ceppo di T. eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (circa 89% identit&agrave; oltre 555 bp) sono stati recuperati ad alta frequenza da un campione di mulino che stava sperimentando problemi di massa al momento della raccolta del campione, che corrispondeva alle osservazioni microscopiche mediante ibridazione in situ fluorescente con sonde basate su rDNA 16S commercialmente disponibile. Abbiamo enumerato questo ceppo in cinque campioni di cooperano mill-derivato mediante Real-Time PCR quantitativa (qPCR) e ha trovato che due campioni avevano alti livelli del ceppo massa (&amp;gt; 1012 genomi/g cooperano) e due contenuti inferiori ma livelli rilevabili di questo organismo. Nessuno dei campioni mulino contenute sequenze cpn60 che erano identici al ceppo tipo di T. eikelboomii. Questa tecnica mostra la promessa per il monitoraggio di sistemi di trattamento di acque reflue mulino da carta e polpa rilevando e l&#39;enumerazione di questo ceppo di T. eikelboomii, che possono essere specifiche per sistemi di trattamento di acque reflue mulino da carta e cellulosa.

Caratterizzazione molecolare di comunit&agrave; microbiche in Canadian pulp and paper attivato fanghi e quantificazione di un romanzo Thiothrix eikelboomii-come massa filamento.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x3001;&#x30AB;&#x30CA;&#x30C0;&#x306E;&#x7D19;&#x30D1;&#x30EB;&#x30D7;&#x5DE5;&#x5834;&#x304B;&#x3089;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C5A;&#x6CE5;&#x6DF7;&#x5408;&#x6DB2;&#x6D6E;&#x904A;&#x7269;&#x8CEA;&#xFF08;MLSS&#xFF09;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x7CF8;&#x72B6;&#x30D0;&#x30EB;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x751F;&#x7269;Thiothrix eikelboomii&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;60&#xFF08;cpn60&#xFF09;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;MLSS&#x5408;&#x8A08;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;DNA&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x304C;cpnDB&#x3001;&#x5206;&#x985E;ID&#x306E;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;cpn60&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#xFF08;http://cpndb.cbr.nrc.ca&#xFF09;&#x306E;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#xB7;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x306B;&#x4F3C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;T. eikelboomii AP3&#xFF08;ATCC 49788T&#xFF09;&#x306E;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x682A;&#xFF08;555 bp&#x306E;&#x4E0A;&#x306E;&#x7D04;89&#xFF05;&#x306E;&#x540C;&#x4E00;&#x6027;&#xFF09;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x53CE;&#x96C6;&#x3001;&#x6642;&#x306E;&#x30D0;&#x30EB;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x7D4C;&#x9A13;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x5DE5;&#x5834;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x9AD8;&#x983B;&#x5EA6;&#x3067;&#x56DE;&#x53CE;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5E02;&#x8CA9;&#x306E;16S rDNA&#x306E;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x3068;&#x86CD;&#x5149;in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#xFF08;qPCR&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;5&#x5DE5;&#x5834;&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;MLSS&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x3053;&#x306E;&#x682A;&#x3092;&#x5217;&#x6319;&#x3057;&#x3001;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x30D0;&#x30EB;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x682A;&#xFF08;&#x26;gt; 1012&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;/ g&#x306E;MLSS&#xFF09;&#x3068;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x9AD8;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x4F4E;&#x3044;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5206;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x5DE5;&#x5834;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x3082;T. eikelboomii&#x306E;&#x578B;&#x682A;&#x3068;&#x540C;&#x4E00;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;cpn60&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x306F;&#x3001;&#x7D19;&#x30D1;&#x30EB;&#x30D7;&#x5DE5;&#x5834;&#x306E;&#x6392;&#x6C34;&#x51E6;&#x7406;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306B;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;T. eikelboomii&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x682A;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x3066;&#x5217;&#x6319;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x7D19;&#x30D1;&#x30EB;&#x30D7;&#x5DE5;&#x5834;&#x306E;&#x6392;&#x6C34;&#x51E6;&#x7406;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x76E3;&#x8996;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D04;&#x675F;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D5;&#x30A3;&#x30E9;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x30D0;&#x30EB;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;Eikelboomii&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5C0F;&#x8AAC;Thiothrix&#x30AB;&#x30CA;&#x30C0;&#x306E;&#x7D19;&#x30D1;&#x30EB;&#x30D7;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C5A;&#x6CE5;&#x3068;&#x5B9A;&#x91CF;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD558; &#xACE0;&#xB294; filamentous &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xCE21;&#xC815;&#xD560; bulking &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; Thiothrix eikelboomii &#xD65C;&#xC131;&#xB41C; &#xC2AC;&#xB7EC;&#xC9C0; &#xC8FC;&#xB958; &#xC77C;&#xC2DC; &#xC911;&#xC9C0; &#xACE0;&#xCCB4; (MLSS) &#xCE90;&#xB098;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD63C;&#xD569;&#xC758; &#xD384;&#xD504;&#xC640; &#xC885;&#xC774; &#xBC00;&#xC2A4;. &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; chaperonin 60 (cpn60)&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; MLSS &#xCD1D; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; DNA&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xD558; &#xACE0; &#xAC01;&#xAC01; cpnDB, cpn60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; (http://cpndb.cbr.nrc.ca)&#xC758; taxonomic id &#xD560;&#xB2F9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xD588;&#xB2E4;. T. eikelboomii AP3 &#xBE44;&#xC2B7;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xD615;&#xC2DD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC0;&#xD615; (ATCC 49788T) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; (&#xC57D; 89% &#xC815;&#xCCB4;&#xC131; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; 555 bp) &#xD615;&#xAD11; &#xC131; &#xC81C;&#xC790;&#xB9AC; &#xAD50; &#xC7A1; &#xC0C1;&#xC6A9; 16S rDNA &#xAE30;&#xBC18; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD; &#xAD00;&#xCC30;&#xC5D0; &#xB300;&#xC751; &#xD558;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C; &#xCEEC;&#xB809;&#xC158; &#xB2F9;&#xC2DC; bulking &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xBC00; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB192;&#xC740; &#xBE48;&#xB3C4;&#xB85C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; &#xC591;&#xC774; &#xB9CE;&#xC740; PCR (qPCR)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; 5 &#xBC00; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; MLSS &#xC608;&#xC81C;&#xC5D0;&#xC774; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC744; &#xC5F4;&#xAC70; &#xD558; &#xACE0; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC0D8;&#xD50C; bulking &#xAE34;&#xC7A5;&#xC758; &#xC0C1;&#xBD80;&#xB97C; &#xD588;&#xB2E4; &#xBC1C;&#xACAC; (&amp;gt; 1012 &#xAC8C;&#xB188;/g MLSS) &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xB450; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC;,&#xC774; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC10;&#xC9C0; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xB0B4;&#xB9BD;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC544;&#xBB34;&#xB3C4; &#xBC00; &#xC0D8;&#xD50C; T. eikelboomii&#xC758; &#xD615;&#xC2DD; &#xBCC0;&#xD615; &#xB3D9;&#xC77C; &#xD588;&#xB2E4; cpn60 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD3EC;&#xD568; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAE30;&#xC220;&#xC740; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xD384;&#xD504;&#xC640; &#xC885;&#xC774; &#xACF5;&#xC7A5; &#xD3D0;&#xC218; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xC815; &#xC218; &#xC788;&#xB294; T. eikelboomii&#xC758;&#xC774; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC744; &#xC5F4;&#xAC70; &#xD558; &#xC5EC; &#xD384;&#xD504;&#xC640; &#xC885;&#xC774; &#xACF5;&#xC7A5; &#xD3D0;&#xC218; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC57D;&#xC18D;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCE90;&#xB098;&#xB2E4; &#xD384;&#xD504;&#xC640; &#xC885;&#xC774;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xD2B9;&#xC131; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xC2AC;&#xB7EC;&#xC9C0; &#xC18C;&#xC124; Thiothrix eikelboomii &#xAC19;&#xC740; bulking &#xBA58;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;.

Hemos examinado la estructura de la comunidad microbiana y cuantificar los niveles del bulking filamentoso organismo Thiothrix eikelboomii en las muestras de los s&#xF3;lidos de lodos activados licor mezclado en suspensi&#xF3;n (MTSS) a partir de pulpa y papel de Canad&#xE1;. Bibliotecas de chaperonina 60 (cpn60) las secuencias de genes se prepararon a partir MLSS ADN total de la comunidad microbiana y cada uno se compar&#xF3; con cpnDB, una base de datos de referencia de cpn60 secuencias (http://cpndb.cbr.nrc.ca) para la asignaci&#xF3;n de identidades taxon&#xF3;micas. Las secuencias similares a, pero distinta de la cepa de tipo de T. eikelboomii AP3 (ATCC 49788T) (aproximadamente el 89% de identidad en 555 pb) se recuper&#xF3; a alta frecuencia a partir de una muestra de molino que se experimentan problemas de voluminosidad en el momento de la recogida de muestras, lo que correspond&#xED;a a las observaciones microsc&#xF3;picas utilizando hibridaci&#xF3;n in situ fluorescente con el 16S rDNA disponibles en el mercado basados &#x200B;&#x200B;en sondas. Hemos enumerado esta cepa en cinco muestras de MLSS derivados de molino que utilizan en tiempo real PCR cuantitativa (qPCR) y encontr&#xF3; que dos muestras ten&#xED;an niveles elevados de la tensi&#xF3;n de carga (&#x26;gt; 1012 g MLSS o genomas) y dos conten&#xED;an niveles m&#xE1;s bajos pero detectables de este organismo . Ninguna de las muestras de acero fundido contenido cpn60 secuencias que eran id&#xE9;nticas a la cepa de tipo de T. eikelboomii. Esta t&#xE9;cnica se muestra prometedor para el seguimiento de la pasta y el papel sistemas de aguas residuales de molino de tratamiento mediante la detecci&#xF3;n y la enumeraci&#xF3;n de esta cepa de T. eikelboomii, que pueden ser espec&#xED;ficas para sistemas de pulpa y papel molino de tratamiento de aguas residuales.

Caracterizaci&#xF3;n molecular de las comunidades microbianas en Canadian Pulp and Paper de lodos activados y cuantificaci&#xF3;n de una novela Thiothrix Eikelboomii-como filamentos Bulking

&#x6211;&#x4EEC;&#x6BD4;&#x8F83;&#x8131;&#x6C27;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807; (cpn60 UT) &#x6269;&#x589E;&#x5230;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x6D3E;&#x751F;&#x4ECE;&#x9634;&#x9053;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x6269;&#x589E;&#x3002;&#x6C47;&#x96C6;&#x4ECE;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;, &#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x5185;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x548C;&#x63ED;&#x793A;&#x66F4;&#x9AD8;&#x5C42;&#x6B21;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x5B66;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6027;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5728;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5EA6;&#x662F;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x610F;&#x89C1;&#x662F;&#x6269;&#x5927;&#x548C;&#x6210;&#x5BF9;&#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x548C;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE;&#x9634;&#x9053;&#x62ED;&#x5B50;&#x53D6;&#x81EA;&#x56DB;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x6240;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x3002;&#x65E0;&#x8BBA;&#x662F;&#x5BF9;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x548C;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6027;&#x9634;&#x9053;&#x75C5;&#xFF0C;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x63ED;&#x793A;&#x5927;&#x91CF;&#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x6CD5;&#x672A;&#x63A5;&#x6765;&#x7535;&#x7684;&#x4F4E;&#x4E30;&#x5EA6;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x751F;&#x6210;&#x53EF;&#x91CD;&#x73B0;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x5728;&#x6765;&#x81EA;&#x540C;&#x4E00;&#x793E;&#x533A;&#x7684;&#x590D;&#x5236;&#x653E;&#x5927;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7531;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684; 16S rRNA &#x6269;&#x589E;&#x5230;&#x83B7;&#x5F97;&#x4F7F;&#x7528; cpn60 &#x901A;&#x7528;&#x5F15;&#x9634;&#x9053;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x7EC4;&#x6210;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7531;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5206;&#x5B50;&#x76EE;&#x6807;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x975E;&#x5E38;&#x76F8;&#x4F3C;&#xFF0C;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7565;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x4E1A;&#x52A1;&#x5206;&#x7C7B;&#x5355;&#x4F4D;&#x7684;&#x6570;&#x76EE;&#x662F; cpn60 &#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728; 16S rRNA &#x76EE;&#x6807;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x51B3;&#x8BAE;&#x660E;&#x663E;&#x8F83;&#x9AD8;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x89C2;&#x5BDF;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684; cpn60 UT &#x6269;&#x589E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x5065;&#x58EE;&#x7684;&#x3001; &#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x786E;&#x5B9A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

We compared dideoxy sequencing of cloned chaperonin-60 universal target (cpn60 UT) amplicons to pyrosequencing of amplicons derived from vaginal microbial communities. In samples pooled from a number of individuals, the pyrosequencing method produced a data set that included virtually all of the sequences that were found within the clone library and revealed an additional level of taxonomic richness. However, the relative abundances of the sequences were different in the two datasets. These observations were expanded and confirmed by the analysis of paired clone library and pyrosequencing datasets from vaginal swabs taken from four individuals. Both for individuals with a normal vaginal microbiota and for those with bacterial vaginosis, the pyrosequencing method revealed a large number of low-abundance taxa that were missed by the clone library approach. In addition, we showed that the pyrosequencing method generates a reproducible profile of microbial community structure in replicate amplifications from the same community. We also compared the taxonomic composition of a vaginal microbial community determined by pyrosequencing of 16S rRNA amplicons to that obtained using cpn60 universal primers. We found that the profiles generated by the two molecular targets were highly similar, with slight differences in the proportional representation of the taxa detected. However, the number of operational taxonomic units was significantly higher in the cpn60 data set, suggesting that the protein-encoding gene provides improved species resolution over the 16S rRNA target. These observations demonstrate that pyrosequencing of cpn60 UT amplicons provides a robust, reliable method for deep sequencing of microbial communities.

Pyrosequencing of the chaperonin-60 universal target as a tool for determining microbial community composition.

Nous avons compar&eacute; dideoxy-ordonnancement des amplicons clon&eacute;s cible universelle de chaperonin-60 (cpn60 UT) pour pyrosequencing des amplicons provenant de communaut&eacute;s microbiennes vaginales. Dans les &eacute;chantillons mis en commun d&#39;un certain nombre d&#39;individus, la m&eacute;thode pyrosequencing a produit un ensemble de donn&eacute;es qui comprenait pratiquement toutes les s&eacute;quences qui se trouvaient dans la biblioth&egrave;que de clone et a r&eacute;v&eacute;l&eacute; un niveau suppl&eacute;mentaire de la richesse taxonomique. Cependant, l&#39;abondance relative des s&eacute;quences &eacute;tait diff&eacute;rents dans les deux ensembles de donn&eacute;es. Ces observations ont &eacute;t&eacute; &eacute;largies et confirm&eacute;es par l&#39;analyse des ensembles de donn&eacute;es appari&eacute;es clone Biblioth&egrave;que et pyrosequencing de pr&eacute;l&egrave;vements vaginaux effectu&eacute;s sur quatre personnes. Tant pour les individus avec une microflore vaginale normale et pour ceux ayant une vaginose bact&eacute;rienne, la m&eacute;thode de pyrosequencing a r&eacute;v&eacute;l&eacute; un grand nombre de taxons de faible abondance, qui ont &eacute;t&eacute; manqu&eacute;s par l&#39;approche de biblioth&egrave;que de clone. En outre, nous avons montr&eacute; que la m&eacute;thode pyrosequencing g&eacute;n&egrave;re un profil reproductible de la structure des communaut&eacute;s microbiennes dans les amplifications r&eacute;p&eacute;t&eacute;es de la m&ecirc;me communaut&eacute;. Nous avons aussi compar&eacute; la composition taxonomique d&#39;une communaut&eacute; bact&eacute;rienne vaginale d&eacute;termin&eacute;e par pyrosequencing des amplicons d&#39;ARNr 16 s &agrave; celle obtenue &agrave; l&#39;aide d&#39;amorces universelles cpn60. Nous avons constat&eacute; que les profils g&eacute;n&eacute;r&eacute;s par les deux cibles mol&eacute;culaires &eacute;taient tr&egrave;s similaires, avec de l&eacute;g&egrave;res diff&eacute;rences dans la repr&eacute;sentation proportionnelle des taxons d&eacute;tect&eacute;. Toutefois, le nombre d&#39;unit&eacute;s taxonomiques op&eacute;rationnelles a &eacute;t&eacute; significativement plus &eacute;lev&eacute; dans l&#39;ensemble de donn&eacute;es de cpn60, ce qui sugg&egrave;re que le g&egrave;ne de prot&eacute;ine-codage offre une r&eacute;solution am&eacute;lior&eacute;e esp&egrave;ces au-dessus de la cible d&#39;ARNr 16 s. Ces observations d&eacute;montrent que pyrosequencing de cpn60 UT amplicons fournit une m&eacute;thode robuste et fiable pour le s&eacute;quen&ccedil;age en profondeur des communaut&eacute;s microbiennes.

Pyrosequencing de la cible universelle chaperonin-60 comme un outil pour d&eacute;terminer la composition des communaut&eacute;s microbiennes.

Wir verglichen Dideoxy Sequenzierung des geklonten Chaperon-60 universal Ziel (cpn60 UT) Amplifikate, Pyrosequencing der Amplifikate von vaginalen mikrobiellen Gemeinschaften abgeleitet. In Proben aus einer Anzahl von Individuen in einem Pool zusammengefasst produziert die Pyrosequencing-Methode eine Datengruppe, die praktisch alle Sequenzen enthalten, die innerhalb der Klon-Bibliothek gefunden wurden, und offenbart ein zus&auml;tzliches Ma&szlig; an taxonomische Reichtum. Allerdings waren die relativen H&auml;ufigkeiten der Sequenzen in die zwei Datasets unterschiedlich. Diese Beobachtungen wurden erweitert und best&auml;tigt durch die Analyse der gepaarten Klon Bibliothek und Pyrosequencing Datasets von vaginalen Tupfer entnommen vier Individuen. Sowohl f&uuml;r Einzelpersonen mit einer normalen vaginalen Microbiota und f&uuml;r diejenigen mit bakterielle Vaginose offenbart die Pyrosequencing-Methode eine gro&szlig;e Anzahl von niedrig-F&uuml;lle-Taxa, die durch den Ansatz des Klon-Bibliothek vermisst wurden. Dar&uuml;ber hinaus haben wir gezeigt, dass die Pyrosequencing-Methode eine reproduzierbare Profil der mikrobiellen Gemeinschaftsstruktur in replizieren Verst&auml;rkungen aus der gleichen Gemeinde generiert. Wir verglichen auch die taxonomische Zusammensetzung einer vaginalen mikrobiellen Gemeinschaft festgelegten Pyrosequencing des 16S rRNA Amplifikate auf, die mit cpn60 universal Primer abgerufen. Wir fanden, dass die Profile von den zwei Molekulare Ziele erzeugt sehr &auml;hnlich, mit geringf&uuml;gigen Unterschieden in der Verh&auml;ltniswahl der Taxa erkannt. Allerdings war die Anzahl der operativen taxonomische Einheiten signifikant h&ouml;her in der cpn60-Datensatz, was darauf hindeutet, dass das Protein-Codierung-gen bietet verbesserte Arten Aufl&ouml;sung &uuml;ber 16S rRNA vorbei. Diese Beobachtungen zeigen, dass Pyrosequencing von cpn60 UT Amplifikate stellt eine robuste, zuverl&auml;ssige Methode f&uuml;r Ultratiefe Sequenzierung von Mikrobengemeinschaften.

Pyrosequencing der Chaperon-60 universal Ziel als Instrument zur Bestimmung der Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft.

Abbiamo confrontato dideoxy sequenziamento delle sequenze amplificate clonato chaperonina 60 destinazione universale (cpn60 UT) a pyrosequencing delle sequenze amplificate derivata dalla comunit&agrave; microbica vaginale. Nei campioni in pool da un certo numero di individui, il metodo pyrosequencing prodotto un set di dati che comprendeva praticamente tutte le sequenze che trovate all&#39;interno della biblioteca di clone e rivela un ulteriore livello di ricchezza tassonomica. Tuttavia, l&#39;abbondanza relativa delle sequenze era differente nei due set di dati. Queste osservazioni sono state espanse e confermate dall&#39;analisi dei DataSet libreria e pyrosequencing clone accoppiati da tamponi vaginali prelevati da quattro individui. Sia per gli individui con un normale microbiota vaginale e per quelli con vaginosi batterica, il metodo pyrosequencing ha rivelato un gran numero di taxa abbondanza bassa che sono stati mancati dall&#39;approccio libreria clone. Inoltre, abbiamo dimostrato che il metodo pyrosequencing genera un profilo riproducibile della struttura della comunit&agrave; microbica nelle amplificazioni replicare da parte della Comunit&agrave; stessa. Abbiamo anche confrontato la composizione tassonomica di una comunit&agrave; microbica vaginale determinata da pyrosequencing delle sequenze amplificate rRNA 16S a quello ottenuto utilizzando primer universale cpn60. Abbiamo scoperto che i profili generati da due obiettivi molecolari erano molto simili, con lievi differenze nella rappresentazione proporzionale dei taxa rilevato. Tuttavia, il numero di unit&agrave; tassonomiche operative era significativamente pi&ugrave; alto nel set di dati cpn60, suggerendo che il gene che codifica proteine fornisce la risoluzione migliorata specie sopra il bersaglio di rRNA 16S. Queste osservazioni dimostrano che pyrosequencing di cpn60 UT amplificati fornisce un metodo robusto, affidabile per deep sequencing delle comunit&agrave; microbiche.

Pyrosequencing della destinazione universale chaperonina 60 come uno strumento per determinare la composizione della comunit&agrave; microbica.

Dideoxy &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3; &#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#xFF08;cpn60 UT&#xFF09; amplicons &#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; amplicons &#x81A3;&#x5185;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x500B;&#x4F53;&#x6570;&#x304B;&#x3089;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4E8B;&#x5B9F;&#x4E0A;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x5185;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x8FFD;&#x52A0;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x7684;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8; &#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x751F;&#x7523;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x306F; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x89B3;&#x5BDF;&#x306F;&#x62E1;&#x5927;&#x3057;&#x3001;&#x5BFE;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3; &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3068;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x81A3;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6;&#x304B;&#x3089; 4 &#x3064;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x64AE;&#x5F71;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x901A;&#x5E38;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x81A3;&#x708E;&#x3001;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3; &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA; &#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x304C;&#x629C;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x4F4E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x30BF;&#x30AF;&#x30B5;&#x306E;&#x591A;&#x6570;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x304C;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30C8;&#x5897;&#x5E45;&#x540C;&#x3058;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x518D;&#x73FE;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x307E;&#x305F; 16S rRNA amplicons cpn60 &#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x306A;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x81A3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x7684;&#x7D44;&#x6210;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; 2 &#x3064;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306E;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x4EE3;&#x8868;&#x306E;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x3068;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x904B;&#x7528;&#x4E0A;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x7684;&#x5358;&#x4F4D;&#x6570;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6539;&#x826F;&#x7A2E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6; 16S rRNA &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506; cpn60 &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x5024;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x89B3;&#x5BDF;&#x305D;&#x306E;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x793A;&#x3059; cpn60 &#x306E; UT amplicons &#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5805;&#x7262;&#x3067;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBBF8;&#xCE58;&#xAE30; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; amplicons &#xC9C8; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; pyrosequencing amplicons &#xBCF5;&#xC81C; chaperonin 60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1; (UT cpn60)&#xC758; &#xBE44;&#xAD50;. &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD480;&#xB9C1; &#xC608;&#xC81C;&#xC5D0;&#xC11C; pyrosequencing &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xAC70;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C; &#xACE0; &#xBC1D;&#xD600; taxonomic &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC218;&#xC900;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xC81C;&#xC791;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB294;&#xB370; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xB2EC;&#xB790;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAD00;&#xCE21; &#xD655;&#xC7A5; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; 4 &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC838;&#xC628; &#xC9C8; &#xBA74;&#xBD09;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC30D;&#xC744; &#xC774;&#xB8E8;&#xB294; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xBC0F; pyrosequencing &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC9C8; microbiota &#xAC00;&#xC9C4; &#xAC1C;&#xC778; &#xBC0F; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; vaginosis &#xC788;&#xB294; &#xC0AC;&#xB78C;&#xB4E4;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xBAA8;&#xB450;, pyrosequencing &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB204;&#xB77D; &#xB41C; &#xB0AE;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; taxa&#xC758; &#xB2E4; &#xC218;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; pyrosequencing &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xAC19;&#xC740; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD655;&#xB300; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC7AC;&#xD604; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; 16S rRNA amplicons cpn60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB1CC;&#xAD00;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5BB;&#xC740; &#xADF8;&#xC758; pyrosequencing&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xC9C8; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; taxonomic &#xAD6C;&#xC131; &#xBE44;&#xAD50;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xB300;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xAC80;&#xC0C9; taxa&#xC758; &#xBE44;&#xB840; &#xB300;&#xD45C;&#xC5D0; &#xC57D;&#xAC04;&#xC758; &#xCC28;&#xC774;&#xC640; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC720;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC6B4;&#xC601; taxonomic &#xB2E8;&#xC704; &#xC218; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790; 16S rRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC704;&#xC5D0; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xC885; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; cpn60 &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD06C;&#xAC8C; &#xB192;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAD00;&#xCE21; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xADF8; pyrosequencing cpn60&#xC758; UT amplicons &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xACE0; &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC131; &#xACB0;&#xC815;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB85C; chaperonin 60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; Pyrosequencing.

Comparamos dideoxy secuenciaci&oacute;n de amplicones clonados chaperonina-60 el objetivo universal (UT cpn60) a Pirosecuenciaci&oacute;n de amplicones derivado de las comunidades microbianas vaginales. En las muestras de un n&uacute;mero de individuos, el m&eacute;todo de Pirosecuenciaci&oacute;n produjo un conjunto de datos que incluye pr&aacute;cticamente todas las secuencias que se encontraron dentro de la biblioteca de clon y revelaron un nivel adicional de riqueza taxon&oacute;mica. Sin embargo, la abundancia relativa de las secuencias era diferente en los dos conjuntos de datos. Estas observaciones se ampliaron y confirmadas por el an&aacute;lisis de pares clon biblioteca y Pirosecuenciaci&oacute;n datasets de exudados vaginales de cuatro individuos. Tanto para los individuos con una microbiota vaginal normal y para aquellos con vaginosis bacteriana, el m&eacute;todo de Pirosecuenciaci&oacute;n revel&oacute; un gran n&uacute;mero de taxones de baja-abundancia que faltaron por el acercamiento de la biblioteca de clon. Adem&aacute;s, demostramos que el m&eacute;todo de Pirosecuenciaci&oacute;n genera un perfil reproducible de la estructura de la comunidad microbiana en replicadas amplificaciones de la misma comunidad. Tambi&eacute;n comparamos la composici&oacute;n taxon&oacute;mica de una comunidad microbiana vaginal determinada por Pirosecuenciaci&oacute;n de 16S rRNA amplicones al que se obtiene utilizando cebadores universales cpn60. Encontramos que los perfiles generados por las dos dianas moleculares fueron muy similares, con ligeras diferencias en la representaci&oacute;n proporcional de los taxa detectado. Sin embargo, el n&uacute;mero de unidades taxon&oacute;micas operativas fue significativamente mayor en el conjunto de datos cpn60, sugiriendo que el gen de la prote&iacute;na-codificaci&oacute;n proporciona resoluci&oacute;n de especies mejoradas sobre el destino del rRNA 16S. Estas observaciones demuestran que Pirosecuenciaci&oacute;n de cpn60 UT amplicones proveen un m&eacute;todo robusto y fiable para la secuencia profunda de las comunidades microbianas.

Pirosecuenciaci&oacute;n del objetivo universal de la chaperonina-60 como una herramienta para determinar la composici&oacute;n de la comunidad microbiana.

Vaginose bact&eacute;rienne (VB) est une affection r&eacute;currente qui est associ&eacute;e &agrave; une gamme de r&eacute;sultats n&eacute;gatifs, y compris l&#39;acquisition de virus de l&#39;immunod&eacute;ficience humaine et autres maladies sexuellement transmissibles, naissances pr&eacute;matur&eacute;es et la maladie inflammatoire pelvienne. Contrairement &agrave; la microflore vaginale normale domin&eacute;s par les Lactobacillus, BV se caract&eacute;rise par un manque de lactobacilles et de l&#39;abondance des organismes ana&eacute;robies et Gram-n&eacute;gatives, y compris Gardnerella vaginalis et Atopobium vaginae. A ce jour, le diagnostic de laboratoire de BV s&#39;est appuy&eacute; sur l&#39;accomplissement des crit&egrave;res d&eacute;termin&eacute;s par l&#39;observation microscopique des frottis vaginaux &agrave; coloration de Gram. Nous d&eacute;crivons une m&eacute;thode mol&eacute;culaire permettant de d&eacute;terminer le profil des esp&egrave;ces au sein de la microflore vaginale bas&eacute; sur l&#39;amplification des g&egrave;nes chaperonin-60 de toutes les bact&eacute;ries pr&eacute;sentes dans l&#39;&eacute;couvillon et d&#39;hybridation de l&#39;amplicon &agrave; sp&eacute;cifique &agrave; l&#39;esp&egrave;ce perles fluorescentes oligonucl&eacute;otide coupl&eacute;s qui sont identifi&eacute;s par cytom&eacute;trie de flux avec un instrument Luminex facile. Nous avons con&ccedil;u une gamme de Luminex nineplex pour la caract&eacute;risation de la microflore vaginale et appliqu&eacute;e &agrave; l&#39;analyse des frottis vaginaux d&#39;individus d&#39;Afrique et d&#39;Am&eacute;rique du Nord. &Agrave; l&#39;aide de la pr&eacute;sence de vaginae a. g. vaginalis ou les deux, selon le crit&egrave;re d&eacute;terminant pour la BV, nous avons constat&eacute; que la m&eacute;thode &eacute;tait hautement sp&eacute;cifique et sensible pour le diagnostic de BV au microscope comme un &eacute;talon-or.

Multiplex de d&eacute;tection des bact&eacute;ries associ&eacute;e au microbiote normale et la vaginose bact&eacute;rienne dans les frottis vaginaux par utilisation de microsph&egrave;res fluorescentes oligonucl&eacute;otide coupl&eacute;s.

&#x7EC6;&#x83CC;&#x6027;&#x9634;&#x9053;&#x75C5; (BV) &#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7ECF;&#x5E38;&#x6027;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x662F;&#x4E0E;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x8D1F;&#x9762;&#x7ED3;&#x679C;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x75C5;&#x6BD2;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x6027;&#x4F20;&#x64AD;&#x75BE;&#x75C5;&#x3001; &#x65E9;&#x4EA7;&#xFF0C;&#x548C;&#x76C6;&#x8154;&#x708E;&#x91C7;&#x96C6;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x4E0E;&#x4E73;&#x6746;&#x83CC;&#x4E3A;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x6B63;&#x5E38;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x4E73;&#x9178;&#x6746;&#x83CC;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x548C;&#x4E30;&#x5EA6;&#x7684;&#x538C;&#x6C27;&#x548C;&#x9769;&#x5170;&#x9634;&#x6027;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x9634;&#x9053;&#x52A0;&#x5FB7;&#x7EB3;&#x83CC;&#x548C; Atopobium &#x9634;&#x9053;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F; BV&#x3002;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#xFF0C;BV &#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x8BCA;&#x65AD;&#x4F9D;&#x9760;&#x5C65;&#x884C;&#x7531;&#x9769;&#x5170;&#x67D3;&#x8272;&#x9634;&#x9053;&#x62ED;&#x5B50;&#x955C;&#x89C2;&#x5BDF;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x5185;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6240;&#x6709;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x62ED;&#x5B50;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x6742;&#x4EA4;&#x7269;&#x79CD;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x8026;&#x5408;&#x8367;&#x5149;&#x73E0;&#x786E;&#x8BA4; Luminex &#x4EEA;&#x5668;&#x7684;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x672F;&#x5BF9;&#x6269;&#x589E;&#x5B50;&#x6269;&#x589E;&#x7684;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x7684;&#x7B80;&#x5355;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x7684;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x8868;&#x5F81; nineplex Luminex &#x6570;&#x7EC4;&#x548C;&#x4ECE;&#x975E;&#x6D32;&#x548C;&#x5317;&#x7F8E;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x5C06;&#x5176;&#x5E94;&#x7528;&#x5230;&#x9634;&#x9053;&#x5206;&#x6CCC;&#x7269;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B58;&#x5728;&#x7684; A.&#x9634;&#x9053;&#x6216; G.&#x9634;&#x9053;&#x6EF4;&#x866B;&#xFF0C;&#x6216;&#x4E24;&#x8005;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x754C;&#x5B9A;&#x6807;&#x51C6; BV&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x662F;&#x975E;&#x5E38;&#x5177;&#x4F53;&#x548C;&#x654F;&#x611F;&#x8BCA;&#x65AD; BV &#x7684;&#x9EC4;&#x91D1;&#x6807;&#x51C6;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4F7F;&#x7528;&#x663E;&#x5FAE;&#x955C;&#x3002;

&#x591A;&#x91CD;&#x5173;&#x8054;&#x6B63;&#x5E38;&#x83CC;&#x7FA4;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6027;&#x9634;&#x9053;&#x75C5;&#x9634;&#x9053;&#x5206;&#x6CCC;&#x7269;&#x6240;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x8026;&#x5408;&#x8367;&#x5149;&#x5FAE;&#x7403;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;

Bacterial vaginosis (BV) is a recurrent condition that is associated with a range of negative outcomes, including the acquisition of human immunodeficiency virus and other sexually transmitted diseases, preterm births, and pelvic inflammatory disease. In contrast to the Lactobacillus-dominated normal vaginal microbiota, BV is characterized by a lack of lactobacilli and an abundance of anaerobic and gram-negative organisms, including Gardnerella vaginalis and Atopobium vaginae. To date, the laboratory diagnosis of BV has relied upon the fulfillment of criteria determined by microscopic observation of Gram-stained vaginal swabs. We describe a molecular-based method for the easy determination of the species profile within the vaginal microbiota based on the amplification of the chaperonin-60 genes of all bacteria present in the swab and hybridization of the amplicon to species-specific oligonucleotide-coupled fluorescent beads that are identified by flow cytometry with a Luminex instrument. We designed a nineplex Luminex array for characterization of the vaginal microbiota and applied it to the analysis of vaginal swabs from individuals from Africa and North America. Using the presence of A. vaginae or G. vaginalis, or both, as the defining criterion for BV, we found that the method was highly specific and sensitive for the diagnosis of BV using microscopy as a gold standard.

Multiplex detection of bacteria associated with normal microbiota and with bacterial vaginosis in vaginal swabs by use of oligonucleotide-coupled fluorescent microspheres.

Bakterielle Vaginose (BV) ist eine wiederkehrende Erkrankung, die mit einer Reihe von negativen Ergebnissen, einschlie&szlig;lich des Erwerbs von Human-Immunodeficiency-Virus und anderen sexuell &uuml;bertragbaren Krankheiten, Fr&uuml;hgeburt Geburten und Becken-entz&uuml;ndliche Krankheit ist. Im Gegensatz zu den Lactobacillus dominierten normalen vaginalen Microbiota ist BV gekennzeichnet durch einen Mangel an Laktobazillen und einer F&uuml;lle von anaeroben und Gramnegative Organismen, einschlie&szlig;lich Gardnerella Vaginalis und Atopobium Vaginae. Bis heute hat die Erf&uuml;llung der Kriterien, die durch mikroskopische Beobachtung der Gram-gef&auml;rbten vaginalen Putzlappen bestimmt die Labordiagnose der BV herangezogen. Wir beschreiben eine molekulare basierende Methode zur einfachen Bestimmung der Artbeschreibung innerhalb der vaginalen Microbiota basierend auf die Verst&auml;rkung der Chaperon-60-Gene alle Bakterien in der Tupfer vorhanden und Hybridisierung des Amplikons, artspezifische Oligonukleotid-gekoppelter fluoreszierenden Perlen, die mit einem Luminex-Instrument durch Durchflusszytometrie identifiziert werden. Wir entwarfen eine Nineplex Luminex-Array zur Charakterisierung von der vaginalen Microbiota und wendete sie auf die Analyse der vaginalen Putzlappen von Einzelpersonen aus Afrika und Nordamerika. Mit die Anwesenheit von A. Vaginae, G. Vaginalis oder beides, als das entscheidende Kriterium f&uuml;r die BV, fanden wir, dass die Methode hochspezifische und sensitive f&uuml;r die Diagnose von BV war mit Mikroskopie als Goldstandard.

Multiplex Nachweis von Bakterien, die im Zusammenhang mit normalen Microbiota und bakterielle Vaginose in vaginalen Putzlappen durch Verwendung von fluoreszierenden Mikrosph&auml;ren Oligonukleotid-gekoppelt.

Vaginosi batterica (BV) sono una condizione ricorrente che &egrave; associata con una vasta gamma di esiti negativi, tra cui l&#39;acquisizione del virus dell&#39;immunodeficienza umana e altre malattie sessualmente trasmissibili, nascite pretermine e la malattia infiammatoria pelvica. In contrasto con il Lactobacillus-dominato normale vaginale microbiota, BV &egrave; caratterizzata da una mancanza di lattobacilli e un&#39;abbondanza di organismi anaerobi e Gram-negativi, tra cui la Gardnerella vaginalis e Atopobium vaginae. Ad oggi, la diagnosi di laboratorio della BV ha invocato l&#39;adempimento dei criteri fissati dall&#39;osservazione microscopica dei tamponi vaginali grammo-macchiato. Descriviamo un metodo molecolare basato per la facile determinazione del profilo di specie all&#39;interno del microbiota vaginale basata sull&#39;amplificazione di geni chaperonina 60 di tutti i batteri presenti nel tampone e l&#39;ibridazione degli ampliconi di Apetti del oligonucleotide-accoppiato perline fluorescenti che sono identificati tramite citometria a flusso con uno strumento Luminex. Abbiamo progettato una matrice Luminex nineplex per la caratterizzazione della microflora vaginale e applicato all&#39;analisi di tamponi vaginali da individui dall&#39;Africa e dall&#39;America del Nord. Mediante la presenza di a. vaginae o g. vaginalis o entrambi, come il criterio determinante per BV, abbiamo trovato che il metodo &egrave; altamente specifico e sensibile per la diagnosi di BV utilizzando la microscopia come un gold standard.

Multiplex rilevamento di batteri associati con la normale microflora e con vaginosi batterica nei tamponi vaginali mediante uso di microsfere fluorescenti del oligonucleotide-accoppiato.

&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x81A3;&#x708E; &#xFF08;BV&#xFF09; &#x306F;&#x3001;&#x3072;&#x3068;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3068;&#x4ED6;&#x306E;&#x6027;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x3001;&#x65E9;&#x7523;&#x51FA;&#x751F;&#x3001;&#x9AA8;&#x76E4;&#x5185;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x8CB7;&#x53CE;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x8CA0;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x518D;&#x767A;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x3092;&#x652F;&#x914D;&#x3057;&#x305F;&#x901A;&#x5E38;&#x815F; microbiota &#x3068;&#x5BFE;&#x7167;&#x3092;&#x306A;&#x3057;&#x3066;&#x3001;BV &#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x306E;&#x6B20;&#x5982;&#x3068;&#x30AC;&#x30EB;&#x30C9;&#x30CD;&#x30EC;&#x30E9;&#x5C5E;&#x9798;&#x3068; Atopobium &#x81A3;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5ACC;&#x6C17;&#x6027;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x9670;&#x6027;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3055;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x65E5;&#x4ED8;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;BV &#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x5BA4;&#x8A3A;&#x65AD;&#x81A3;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6; &#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x67D3;&#x8272;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x96FB;&#x9855;&#x89B3;&#x5BDF;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x57FA;&#x6E96;&#x306E;&#x5C65;&#x884C;&#x306B;&#x983C;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7A2E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x5185;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x7DBF;&#x68D2;&#x3067;&#x5B58;&#x5728;&#x306E;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306B;&#x3088;&#x308B; Luminex &#x697D;&#x5668;&#x3067;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7A2E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x86CD;&#x5149;&#x30D3;&#x30FC;&#x30BA;&#x3092;&#x5897;&#x5E45;&#x306E;&#x4EA4;&#x914D;&#x306E;&#x5897;&#x5E45;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x7C21;&#x5358;&#x306A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x81A3;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5317;&#x30A2;&#x30E1;&#x30EA;&#x30AB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x3001;nineplex Luminex &#x914D;&#x5217;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x3066;.A. &#x81A3;&#x3001;G. &#x30B3;&#x30CA;&#x30AE;&#x307E;&#x305F;&#x306F; BV &#x306F;&#x3001;&#x306E;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6211;&#x3005; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x304C;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x654F;&#x611F;&#x306A; BV &#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B4;&#x30FC;&#x30EB;&#x30C9; &#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30C0;&#x30FC;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x6B63;&#x5E38;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x3068;&#x81A3;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x81A3;&#x708E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x86CD;&#x5149;&#x5FAE;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x95A2;&#x9023;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x3002;

&#xC138;&#xADE0;&#xC131; vaginosis (BV)&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xAE30;&#xD0C0; &#xC131; &#xAC10;&#xC5FC; &#xC9C8;&#xD658;, preterm &#xCD9C;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xACE8;&#xBC18; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xC9C8;&#xD658;&#xC758; &#xC778;&#xC218;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xC640; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xC7AC;&#xBC1C; &#xC131; &#xC870;&#xAC74;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2EC;&#xB9AC;&#xB294; &#xC720;&#xC0B0; &#xADE0; &#xC9C0;&#xBC30; &#xC815;&#xC0C1; &#xC9C8; microbiota, BV lactobacilli&#xC758; &#xBD80;&#xC871;&#xACFC; &#xACE0; &#xADF8;&#xB78C; &#xC74C;&#xC131; &#xD610; &#xAE30;&#xC131; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;, Gardnerella vaginalis Atopobium vaginae &#xB4F1;&#xC758; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xC774;&#xB2E4;. &#xB0A0;&#xC9DC; &#xD558;&#xB824;&#xBA74;, BV&#xC758; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xADF8;&#xB7A8; &#xC5BC;&#xB8E9;&#xC774; &#xC9C8; &#xBA74;&#xBD09;&#xC758; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD; &#xAD00;&#xCC30;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB41C; &#xC870;&#xAC74; &#xC131;&#xCDE8;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC758;&#xC874; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB294; &#xBA74;&#xBD09;&#xC5D0;&#xC758; chaperonin 60 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC885;&#xC758; oligonucleotide &#xACB0;&#xD569; &#xB41C; &#xD615;&#xAD11; &#xAD6C;&#xC2AC; Luminex &#xC545;&#xAE30;&#xC640; cytometry&#xB85C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB418;&#xB294; &#xAC8C; amplicon&#xC758; &#xAD50; &#xC7A1;&#xC758; &#xC99D;&#xD3ED;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC9C8; microbiota &#xB0B4; &#xC885; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC758; &#xC26C;&#xC6B4; &#xACB0;&#xC815;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD84;&#xC790; &#xAE30;&#xBC18; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC9C8; microbiota&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; nineplex Luminex &#xBC30;&#xC5F4;&#xC744; &#xC124;&#xACC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74;&#xC640; &#xBD81;&#xBBF8; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C8; &#xBA74;&#xBD09;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9;. A. vaginae G. vaginalis &#xB610;&#xB294; BV, &#xC815;&#xC758; &#xC870;&#xAC74;&#xC73C;&#xB85C; &#xB458; &#xB2E4;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD55C; BV&#xC758; &#xC9C4;&#xB2E8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD669;&#xAE08; &#xD45C;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;.

&#xD615;&#xAD11; microspheres oligonucleotide &#xCEE4;&#xD50C;&#xB9C1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; microbiota&#xC640; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; vaginosis &#xC9C8; &#xBA74;&#xBD09;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xB2E4;&#xC911; &#xAC80;&#xCD9C;.

Vaginosis bacteriana (VB) es una condici&oacute;n recurrente asociado a una variedad de resultados negativos, incluyendo la adquisici&oacute;n del virus de inmunodeficiencia humana y otras enfermedades de transmisi&oacute;n sexual, nacimientos prematuros y enfermedad inflamatoria p&eacute;lvica. En contraste con la microbiota vaginal normal dominada por Lactobacillus, BV se caracteriza por una falta de lactobacilos y abundancia de organismos anaerobios y Gram-negativas, incluyendo Gardnerella vaginalis y Atopobium vaginae. Hasta la fecha, el diagn&oacute;stico de laboratorio de BV ha confiado sobre el cumplimiento de los criterios establecidos por la observaci&oacute;n microsc&oacute;pica de la tinci&oacute;n de Gram de exudados vaginales. Describimos un m&eacute;todo molecular basadas para la f&aacute;cil determinaci&oacute;n del perfil de especies dentro de la microbiota vaginal basado en la amplificaci&oacute;n de los genes de la chaperonina-60 de todas las bacterias presentes en la torunda e hibridaci&oacute;n de los amplicones a espec&iacute;ficos acoplados del oligonucle&oacute;tido fluorescentes granos que se identifican mediante citometr&iacute;a de flujo con un instrumento de Luminex. Hemos dise&ntilde;ado una gama de Luminex nineplex para la caracterizaci&oacute;n de la microbiota vaginal y hab&iacute;a aplicado al an&aacute;lisis de exudados vaginales de personas de &Aacute;frica y Am&eacute;rica del norte. Con la presencia de vaginae de a. g. vaginalis o ambos, como el criterio determinante para BV, encontramos que el m&eacute;todo era altamente espec&iacute;fica y sensible para el diagn&oacute;stico de BV usando microscopia como patr&oacute;n oro.

Detecci&oacute;n de bacterias asociadas con la microbiota normal y vaginosis bacteriana en exudados vaginales por uso de microesferas fluorescentes acoplados del oligonucle&oacute;tido de m&uacute;ltiplex.

&#x5DE5;&#x4F5C;&#x9F50;&#x683C;&#x52D2;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x53EF;&#x4EE5;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x51C6;&#x786E;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x4E00;&#x7EC4;&#x5BF9;&#x5E94;&#x7684;&#x7B26;&#x5408;&#x67D0;&#x4E9B;&#x51C6;&#x5219; [32] &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E09;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6A21;&#x578B;&#x9700;&#x8981;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6; recN&#x3001; thdF&#xFF0C;&#x548C;&#x884C;&#x52A8;&#x8BA1;&#x5212; &#x300B;&#x3002;&#x8FD9;&#x6D89;&#x53CA;&#x5230;&#x5927;&#x7EA6; 4.2 kb &#x7684;&#x4ECE;&#x8981;&#x6BD4;&#x8F83;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x751F;&#x6210;&#xFF0C;&#x901A;&#x5E38;&#x8FD8;&#x9700;&#x8981;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5F15;&#x7269;&#x6269;&#x589E;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x4E86;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x6570;&#x5B66;&#x6A21;&#x578B;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684; 542 567 &#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807; (cpn60 UT&#xFF09; &#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;Cpn60 UT &#x662F;&#x8BBF;&#x95EE;&#x4E0E;&#x4E00;&#x5957;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x901A;&#x7528;&#x5F15;&#x7269;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x5176;&#x957F;&#x5EA6;&#x662F;&#x8FD9;&#x6837;&#x5B83;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5B8C;&#x5168;&#x6392;&#x5E8F;&#x4E2D;&#x7684;&#x91CD;&#x53E0;&#x987A;&#x5E8F;&#x8BFB;&#x53D6;&#x901A;&#x8FC7; di &#x8131;&#x6C27;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x4E00;&#x5BF9;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x5B66;&#x6A21;&#x578B;&#x88AB;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x4E00;&#x5957;&#x7684;&#x817E;&#x51B2;&#x682A;&#x6765;&#x81EA;&#x6728;&#x7247;&#x5806;&#x80A5;&#x6869;&#x548C;&#x5B83;&#x4E00;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0; cpn60 &#x57FA;&#x4E8E; UT &#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x548C;&#x57FA;&#x4E8E; recN&#x3001; &#x884C;&#x52A8;&#x8BA1;&#x5212; &#x300B; &#x548C; thdF &#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6A21;&#x578B;&#x9884;&#x6D4B;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x83CC;&#x682A;&#x53EF;&#x88AB;&#x5217;&#x4E3A;&#x817E;&#x51B2; thermohydrosulfuricus &#x6240;&#x793A;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4E5F;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684; cpn60 UT &#x7ED9;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6BD4;&#x5BF9;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x7B5B;&#x9009;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x9884;&#x6D4B;&#x5176;&#x5206;&#x7C7B;&#x7684;&#x96B6;&#x5C5E;&#x5173;&#x7CFB;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9884;&#x6D4B;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;

&#x9884;&#x6D4B;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x817E;&#x51B2; 60 &#x666E;&#x904D;&#x76EE;&#x6807; (cpn60 UT) &#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x6027;&#xFF1A; &#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x5230;&#x817E;&#x51B2;&#x7684;&#x7269;&#x79CD;&#x3002;

D.R. Zeigler determined that the sequence identity of bacterial genomes can be predicted accurately using the sequence identities of a corresponding set of genes that meet certain criteria [32]. This three-gene model for comparing bacterial genome pairs requires the determination of the sequence identities for recN, thdF, and rpoA. This involves the generation of approximately 4.2kb of genomic DNA sequence from each organism to be compared, and also normally requires that oligonucleotide primers be designed for amplification and sequencing based on the sequences of closely related organisms. However, we have developed an analogous mathematical model for predicting the sequence identity of whole genomes based on the sequence identity of the 542-567 base pair chaperonin-60 universal target (cpn60 UT). The cpn60 UT is accessible in nearly all bacterial genomes with a single set of universal primers, and its length is such that it can be completely sequenced in one pair of overlapping sequencing reads via di-deoxy sequencing. These mathematical models were applied to a set of Thermoanaerobacter isolates from a wood chip compost pile and it was shown that both the one-gene cpn60 UT-based model and the three-gene model based on recN, rpoA, and thdF predicted that these isolates could be classified as Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. Furthermore, it was found that the genomic prediction model using cpn60 UT gave similar results to whole-genome sequence alignments over a broad range of taxa, suggesting that this method may have general utility for screening isolates and predicting their taxonomic affiliations.

Predicting relatedness of bacterial genomes using the chaperonin-60 universal target (cpn60 UT): application to Thermoanaerobacter species.

D.R. Zeigler a d&eacute;termin&eacute; que l&#39;identit&eacute; des s&eacute;quences des g&eacute;nomes bact&eacute;riens peut &ecirc;tre pr&eacute;dit avec pr&eacute;cision en utilisant les identit&eacute;s de la s&eacute;quence d&#39;un ensemble correspondant de g&egrave;nes qui r&eacute;pondent &agrave; certains crit&egrave;res [32]. Ce mod&egrave;le de trois g&egrave;nes pour comparer des paires de g&eacute;nome bact&eacute;rien n&eacute;cessite la d&eacute;termination de l&#39;identit&eacute; de s&eacute;quence pour recN, thdF et plan d&#39;action r&eacute;gional. Il s&#39;agit de la g&eacute;n&eacute;ration d&#39;environ 4,2 kb de s&eacute;quence d&#39;ADN g&eacute;nomique de chaque organisme &agrave; comparer et requiert &eacute;galement que les amorces soient con&ccedil;us pour l&#39;amplification et s&eacute;quen&ccedil;age bas&eacute; sur les s&eacute;quences d&#39;organismes &eacute;troitement li&eacute;s. Cependant, nous avons d&eacute;velopp&eacute; un mod&egrave;le analogue math&eacute;matique pour pr&eacute;dire l&#39;identit&eacute; des s&eacute;quences des g&eacute;nomes entiers, bas&eacute; sur l&#39;identit&eacute; de la s&eacute;quence de l&#39;objectif universel de 542-567 paires de bases chaperonin-60 (cpn60 UT). L&#39;UT de cpn60 est accessible &agrave; presque tous les g&eacute;nomes bact&eacute;riens avec un seul jeu d&#39;amorces universelles, et sa longueur est telle qu&#39;il peut &ecirc;tre compl&egrave;tement s&eacute;quenc&eacute; chez une paire qui se chevauchent le s&eacute;quen&ccedil;age se lit comme suit par l&#39;interm&eacute;diaire de di-d&eacute;soxy s&eacute;quen&ccedil;age. Ces mod&egrave;les math&eacute;matiques ont &eacute;t&eacute; appliqu&eacute;s &agrave; un ensemble d&#39;isolats Thermoanaerobacter un tas de compost de copeaux de bois et il a &eacute;t&eacute; d&eacute;montr&eacute; que tant le mod&egrave;le un g&egrave;ne cpn60 UT et le mod&egrave;le de trois g&egrave;nes bas&eacute; sur recN, plan d&#39;action r&eacute;gional et thdF pr&eacute;dit que ces isolats pouvaient &ecirc;tre qualifi&eacute;es de Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. En outre, on a constat&eacute; que le mod&egrave;le de pr&eacute;diction g&eacute;nomique &agrave; l&#39;aide de cpn60 QU&#39;UT ont donn&eacute; des r&eacute;sultats similaires d&#39;alignements de s&eacute;quences de g&eacute;nomes complets sur une large gamme des taxons, sugg&eacute;rant que cette m&eacute;thode peut avoir une utilit&eacute; g&eacute;n&eacute;rale pour le criblage des isolats et pr&eacute;dire leurs affiliations taxinomiques.

Pr&eacute;dire le degr&eacute; de parent&eacute; des g&eacute;nomes bact&eacute;riens, en utilisant la cible universelle chaperonin-60 (cpn60 UT): application &agrave; l&#39;esp&egrave;ce Thermoanaerobacter.

D.r. Zeigler festgestellt, dass die Sequenz-Identit&auml;t des Bakteriengenome vorausgesagt werden kann, genau mit die Sequenz-Identit&auml;ten eine entsprechende Gruppe von Genen, die bestimmte Kriterien [32] erf&uuml;llen. Dieses drei-gen-Modell f&uuml;r den Vergleich von bakteriellen Genoms Paare erfordert die Bestimmung der Sequenz Identit&auml;ten f&uuml;r RecN, ThdF und RpoA. Dazu geh&ouml;rt die Generierung von ungef&auml;hr 4,2 kb genomischer DNA-Sequenz aus jeder Organismus verglichen werden, und auch normalerweise m&uuml;ssen so gestaltet werden, mit der Oligonucleotidez&uuml;ndkapseln f&uuml;r die Amplifikation und Sequenzierung basierend auf die Sequenzen eng verwandten Organismen. Jedoch haben wir ein analoge mathematisches Modell zur Vorhersage der Sequenz Identit&auml;tdes ganzer Genome, die Grundlage der Sequenz-Identit&auml;t von 542-567 Basenpaar Chaperon-60 universal vorbei (cpn60 UT) entwickelt. Die cpn60-UT befindet sich in fast allen Bakteriengenome mit einem einzigen Satz universal Primer, und ihre L&auml;nge ist so, dass es komplett in einer &uuml;berlappenden Sequenzierung liest &uuml;ber di-Deoxy-Sequenzierung sequenziert werden kann. Diese mathematische Modelle wurden auf eine Reihe von Thermoanaerobacter Isolaten von Hackgut-Kompost-Haufen angewendet, und es wurde gezeigt, dass die ein-Gen-cpn60 UT-basierten Modell und das drei-gen-Modell basierend auf RecN, RpoA und ThdF voraus, dass diese Isolate als Thermoanaerobacter Thermohydrosulfuricus eingestuft werden k&ouml;nnte. Dar&uuml;ber hinaus wurde es festgestellt, dass die genomische Vorhersagemodell mit cpn60 gaben UT &auml;hnliche Ergebnisse zu ganz-Genom Sequenzalignments &uuml;ber eine breite Palette von Taxa, was darauf hindeutet, dass diese Methode allgemeine Utility f&uuml;r screening-Isolaten und Vorhersage ihrer taxonomischen Zugeh&ouml;rigkeit haben kann.

Vorhersage Verwandtschaft der bakteriellen Genome mit das Chaperon-60 universale-Ziel (cpn60 UT): Anwendung auf Thermoanaerobacter Arten.

D.R. Zeigler determinato che l&#39;identit&agrave; di sequenza del genoma batterico pu&ograve; essere previsto con precisione usando le identit&agrave; di sequenza di un corrispondente insieme di geni che soddisfano determinati criteri [32]. Questo modello di tre-gene per confrontare coppie di genoma batterico richiede la determinazione dell&#39;identit&agrave; di sequenza per recN, thdF e rpoA. Questo comporta la generazione di circa 4.2 kb della sequenza del DNA genomico da ogni organismo da confrontare e anche normalmente richiede che gli iniettori del oligonucleotide essere progettato per l&#39;amplificazione e sequenziamento basato sulle sequenze di organismi strettamente correlati. Tuttavia, abbiamo sviluppato un analogo modello matematico per predire l&#39;identit&agrave; di sequenza dell&#39;intero genoma basato sull&#39;identit&agrave; di sequenza del 542-567 base coppia chaperonina 60 universale target (cpn60 UT). L&#39;UT cpn60 &egrave; accessibile a quasi tutti i genomi batterici con un singolo set di primer universali, e la sua lunghezza &egrave; tale che pu&ograve; essere completamente sequenziato in una coppia di sovrapposti letture di sequenziamento tramite sequenziamento di-deossi. Questi modelli matematici sono stati applicati a un set di Thermoanaerobacter isolati da un mucchio di compost cippato e che &egrave; stato dimostrato che sia il modello basato su UT cpn60 one-gene e il modello di tre-gene basato su recN, rpoA e thdF previsto che questi isolati potrebbero essere classificati come Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. Inoltre, &egrave; stato trovato che il modello di previsione genomico utilizzando cpn60 che ut ha dato risultati simili a allineamenti di sequenza del genoma intero sopra una vasta gamma di taxa, suggerendo che questo metodo pu&ograve; avere utilit&agrave; generale per gli isolati di screening e predire loro affiliazioni tassonomiche.

Previsione di parentela dei genomi batterici utilizzando la destinazione universale chaperonina 60 (cpn60 UT): applicazione di Thermoanaerobacter specie.

D. r. Zeigler &#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B; [32]&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x3092;&#x6E80;&#x305F;&#x3059;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x306F;&#x3053;&#x306E; 3 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB; recN&#x3001;thdF&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; rpoA &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x7D04; 4.2 kb &#x306E;&#x4E16;&#x4EE3;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x901A;&#x5E38;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x5897;&#x5E45;&#x3068;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x7CFB;&#x5217;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306E; 542 567 &#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; (cpn60 UT) &#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x3066;&#x6570;&#x5B66;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Cpn60 UT &#x306F;&#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x307B;&#x307C;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x91CD;&#x306A;&#x308A;&#x5408;&#x3046;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x30C7;&#x30A3;-&#x30C7;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x7D4C;&#x7531;&#x306E; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x3067;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6570;&#x5B66;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x6728;&#x6750;&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x5806;&#x80A5;&#x306E;&#x5C71;&#x597D;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x3001;1 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50; cpn60 UT &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9; &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068; recN&#x3001;rpoA&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; thdF &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066; 3 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x83CC;&#x682A;&#x597D; thermohydrosulfuricus &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x985E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F; cpn60 UT &#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x5E45;&#x5E83;&#x3044;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3001;&#x4E0A;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x7684;&#x6240;&#x5C5E;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30E6;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x793A;&#x5506;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x8840;&#x7E01;&#x5EA6;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#xFF08;cpn60 UT&#xFF09; &#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;: &#x597D;&#x7A2E;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7528;&#x3002;

&#xBC15;&#xC0AC; Zeigler &#xACB0;&#xC815; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id [32] &#xD2B9;&#xC815; &#xC870;&#xAC74;&#xC744; &#xB9CC;&#xC871; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD574;&#xB2F9; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xC608;&#xCE21;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC30D; &#xBE44;&#xAD50;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;&#xC774; &#xC138; &#xC9C4; &#xBAA8;&#xB378; recN, thdF, &#xBC0F; Rpoa&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id &#xACB0;&#xC815;&#xC774; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Genomic DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBE44;&#xAD50;&#xD560; &#xC218; &#xAC01; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 4.2 k&#xC758; &#xC0DD;&#xC131; &#xC791;&#xC5C5;&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB610;&#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; oligonucleotide &#xB1CC;&#xAD00;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC124;&#xACC4; &#xC694;&#xAD6C; &#xD655;&#xB300;&#xC640; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, 542-567 &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; chaperonin 60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1; (UT cpn60) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id&#xB97C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xC218;&#xD559;&#xC801; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Cpn60 &#xC720;&#xD0C0; &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB1CC;&#xAD00;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC138;&#xD2B8;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAC70;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xC774;&#xBA70; &#xADF8; &#xAE38;&#xC774; &#xADF8;&#xB7F0; &#xB514; deoxy &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xACB9;&#xCE58;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC77D;&#xAE30; &#xD55C; &#xCF24;&#xB808;&#xC5D0; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB4DC; &#xCE69; &#xD1F4; &#xBE44; &#xB354;&#xBBF8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC218;&#xD559;&#xC801; &#xBAA8;&#xB378; Thermoanaerobacter &#xACA9;&#xB9AC; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xD55C; &#xC9C4; cpn60 &#xC720;&#xD0C0; &#xAE30;&#xBC18; &#xBAA8;&#xB378;&#xC640; 3 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBAA8;&#xB378; recN, rpoA, &#xBC0F; Thdf&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACA9;&#xB9AC; Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus&#xB85C; &#xBD84;&#xB958; &#xB420; &#xC218; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xADF8; UT &#xC900; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC815;&#xB82C; taxa&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0;&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xCC28;&#xB2E8; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; taxonomic &#xC81C;&#xD734; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC77C;&#xBC18; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0; &#xC788;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; cpn60&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC608;&#xCE21; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;.

Chaperonin 60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1; (UT cpn60)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xAC8C;&#xB188; relatedness &#xC608;&#xCE21;: Thermoanaerobacter &#xC885;&#xC5D0; &#xC751;&#xC6A9;.

D.R. Zeigler determin&oacute; que la identidad de la secuencia de los genomas bacterianos puede predecirse con precisi&oacute;n utilizando las identidades de la secuencia de un correspondiente conjunto de genes que cumplan determinados criterios [32]. Este modelo de tres genes para comparar pares de genoma bacteriano requiere la determinaci&oacute;n de la identidad de secuencia para recN, thdF y hay. Esto implica la generaci&oacute;n de aproximadamente 4.2 kb de secuencia de ADN gen&oacute;mico de cada organismo para compararse y tambi&eacute;n normalmente requiere que se dise&ntilde;en cartillas del oligonucle&oacute;tido para la amplificaci&oacute;n y secuenciaci&oacute;n basada en las secuencias de organismos estrechamente relacionados. Sin embargo, hemos desarrollado un modelo matem&aacute;tico an&aacute;logo para la predicci&oacute;n de la identidad de la secuencia de los genomas todo basado en la identidad de la secuencia de los 542-567 pares chaperonina-60 universal blanco (cpn60 UT). El UT cpn60 es accesible en casi todos los genomas bacterianos con un &uacute;nico conjunto de cebadores universales, y su longitud es tal que puede ser completamente secuenciada en un par de lecturas de secuenciaci&oacute;n superpuestos mediante secuenciaci&oacute;n de di-deoxy. Estos modelos matem&aacute;ticos se aplicaron a un conjunto de Tengcongensis aislados de una pila de compost de astillas de madera y se puso de manifiesto que tanto el modelo de UT cpn60 uno-gen y el modelo de tres genes basado en recN y hay thdF predijeron que estos aislamientos podr&iacute;an clasificarse como Tengcongensis thermohydrosulfuricus. Adem&aacute;s, se encontr&oacute; que el modelo de predicci&oacute;n gen&oacute;mica mediante cpn60 que UT dieron resultados similares a alineaciones de la secuencia del genoma completo sobre una amplia gama de taxa, lo que sugiere que este m&eacute;todo puede tener utilidad general para la selecci&oacute;n de aislamientos y predecir sus afiliaciones taxon&oacute;micas.

Predecir la relaci&oacute;n de los genomas bacterianos usando el objetivo universal de la chaperonina-60 (cpn60 UT): aplicaci&oacute;n a las especies de Tengcongensis.

The chaperonin-60 universal target (cpn60 UT) is generated from a set of PCR primers and provides a universally conserved, phylogenetically informative sequence signature for determining the composition of microbial communities by DNA sequencing. Pyrosequencing of cpn60 UT amplicons is emerging as a next-generation tool for providing unprecedented sequencing depth and resolution of microbial communities in individual samples. Owing to the increase in sequencing depth, the dynamic range across which the presence and abundance of individual species can be sampled experimentally also increases, significantly improving our ability to investigate microbial community richness and diversity. The flexible format of the pyrosequencing reaction setup combined with the ability to pool samples through the use of multiplexing IDs makes the generation of microbial profiles based on the cpn60 UT both feasible and cost-effective. We describe here the methods we have developed for determining microbial community profiles by pyrosequencing of cpn60 UT amplicons, from generating amplicons to sequencing and data analysis.

Pyrosequencing of chaperonin-60 (cpn60) amplicons as a means of determining microbial community composition.

&#x817E;&#x51B2; 60 &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807; (cpn60 UT) &#x7531;&#x4E00;&#x7EC4; PCR &#x5F15;&#x7269;&#x7684;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x666E;&#x904D;&#x4FDD;&#x5B88;&#x548C;&#x7FD4;&#x5B9E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7B7E;&#x540D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7EC4;&#x6210;&#x6D4B;&#x5B9A; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;Cpn60 UT &#x6269;&#x589E;&#x7684;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x6B63;&#x5728;&#x6210;&#x4E3A;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x5DE5;&#x5177;&#x63D0;&#x4F9B;&#x524D;&#x6240;&#x672A;&#x6709;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x548C;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x7531;&#x4E8E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x7684;&#x589E;&#x52A0;&#xFF0C;&#x7A7F;&#x8D8A;&#x4E86;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x548C;&#x4E2A;&#x522B;&#x7269;&#x79CD;&#x4E30;&#x5EA6;&#x53EF;&#x4EE5;&#x52A8;&#x6001;&#x8303;&#x56F4;&#x53D6;&#x6837;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x4E5F;&#x589E;&#x52A0;&#xFF0C;&#x5927;&#x5927;&#x63D0;&#x9AD8;&#x4E86;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5B9E;&#x529B;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6027;&#x548C;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x53CD;&#x5E94;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x4E0E;&#x6C60;&#x793A;&#x4F8B;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x591A;&#x8DEF;&#x590D;&#x7528; Id &#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x76F8;&#x7ED3;&#x5408;&#x7684;&#x7075;&#x6D3B;&#x7684;&#x683C;&#x5F0F;&#x4F7F;&#x57FA;&#x4E8E; cpn60 UT &#x53EF;&#x884C;&#x548C;&#x5177;&#x6709;&#x6210;&#x672C;&#x6548;&#x76CA;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x7684;&#x751F;&#x6210;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x6B64;&#x5904;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684; cpn60 UT &#x6269;&#x589E;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x6392;&#x5E8F;&#x548C;&#x6570;&#x636E;&#x5206;&#x6790;&#x6269;&#x589E;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;

&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x817E;&#x51B2;-60 (cpn60) &#x6269;&#x589E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x786E;&#x5B9A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x624B;&#x6BB5;&#x3002;

La chaperonine-60 cible universelle (cpn60 UT) est g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; &#xE0; partir d&#x26;#39;un ensemble d&#x26;#39;amorces de PCR et fournit un universellement conserv&#xE9;, la signature s&#xE9;quence phylog&#xE9;n&#xE9;tique pour d&#xE9;terminer la composition des communaut&#xE9;s microbiennes par s&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ADN. Pyros&#xE9;quen&#xE7;age des amplicons cpn60 UT est en train de devenir un outil de nouvelle g&#xE9;n&#xE9;ration pour fournir la profondeur de s&#xE9;quen&#xE7;age et une r&#xE9;solution des communaut&#xE9;s microbiennes dans les &#xE9;chantillons individuels. En raison de l&#x26;#39;augmentation de la profondeur de s&#xE9;quen&#xE7;age, la plage dynamique &#xE0; travers laquelle la pr&#xE9;sence et l&#x26;#39;abondance des esp&#xE8;ces individuelles peuvent &#xEA;tre &#xE9;chantillonn&#xE9;es exp&#xE9;rimentalement augmente &#xE9;galement, de mani&#xE8;re significative l&#x26;#39;am&#xE9;lioration de notre capacit&#xE9; &#xE0; enqu&#xEA;ter sur la richesse et la diversit&#xE9; des communaut&#xE9;s microbiennes. Le format flexible de la configuration r&#xE9;action pyros&#xE9;quen&#xE7;age combin&#xE9;e avec la capacit&#xE9; &#xE0; des &#xE9;chantillons de piscine gr&#xE2;ce &#xE0; l&#x26;#39;utilisation des identifiants de multiplexage permet la g&#xE9;n&#xE9;ration de profils microbiens sur la base de l&#x26;#39;UT cpn60 la fois faisable et rentable. Nous d&#xE9;crivons ici les m&#xE9;thodes que nous avons d&#xE9;velopp&#xE9;s pour la d&#xE9;termination des profils des communaut&#xE9;s microbiennes par pyros&#xE9;quen&#xE7;age des amplicons UT cpn60, de g&#xE9;n&#xE9;rer des amplicons au s&#xE9;quen&#xE7;age et l&#x26;#39;analyse des donn&#xE9;es.

Pyros&#xE9;quen&#xE7;age de Chaperonin-60 (cpn60) amplicons Comme moyen de d&#xE9;termination composition des communaut&#xE9;s microbiennes

Chaperon-60 universal vorbei (cpn60 UT) generiert aus einer Reihe von PCR Z&uuml;ndkapseln und bietet eine universell konservierten, phylogenetisch informative Sequenz-Signatur zur Bestimmung der Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaften durch DNA-Sequenzierung. Pyrosequencing von cpn60 UT Amplifikate entsteht als ein Werkzeug der n&auml;chsten Generation f&uuml;r die beispiellose Sequenzierung Tiefe und Aufl&ouml;sung der mikrobiellen Gemeinschaften in einzelnen Proben. Aufgrund der Zunahme der Sequenzierung Tiefe Stichprobe der dynamische Bereich, f&uuml;r den das Vorhandensein und die F&uuml;lle der einzelnen Arten sein k&ouml;nnen, experimentell auch erh&ouml;ht, unsere F&auml;higkeit zur Untersuchung der mikrobiellen Gemeinschaft Reichtum und die Vielfalt erheblich zu verbessern. Das flexible Format des Pyrosequencing Reaktion Setups kombiniert mit der F&auml;higkeit, Schwimmbad Proben durch multiplexing IDs macht die Generation der mikrobiellen profile basierend auf der cpn60 UT sowohl machbar als auch kosteng&uuml;nstig. Hier beschreiben wir die von die uns entwickelten Methoden zur Bestimmung von mikrobiellen Gemeinschaft Profile von Pyrosequencing von cpn60 UT Amplifikate, von der Generierung der Amplifikate Sequenzierung und Analyse der Daten.

Pyrosequencing von Chaperon-60 (cpn60) Amplifikate als Mittel zur Bestimmung der Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft.

La destinazione universale chaperonina 60 (cpn60 UT) &egrave; generata da un set di primer PCR e fornisce una firma universalmente conservati, filogeneticamente informativi sequenza per determinare la composizione della comunit&agrave; microbica di sequenziamento del DNA. Pyrosequencing delle sequenze amplificate UT cpn60 sta emergendo come uno strumento di prossima generazione per fornire senza precedenti sequenziamento profondit&agrave; e risoluzione di comunit&agrave; microbiche in singoli campioni. A causa l&#39;aumento della profondit&agrave; di sequenziamento, la gamma dinamica in cui la presenza e l&#39;abbondanza delle singole specie possono essere anche campionata sperimentalmente aumenta, migliorando significativamente la nostra capacit&agrave; di indagare la diversit&agrave; e la ricchezza di comunit&agrave; microbica. Il formato flessibile del pyrosequencing reazione setup combinato con la capacit&agrave; di campioni piscina attraverso l&#39;utilizzo di IDs multiplexing rende la generazione dei profili microbici basata sull&#39;UT cpn60 fattibile e conveniente. Descriviamo qui i metodi che abbiamo sviluppato per determinare i profili di comunit&agrave; microbica di pyrosequencing delle sequenze amplificate UT cpn60, da generare sequenze amplificate di sequenziamento e analisi dei dati.

Pyrosequencing delle sequenze amplificate chaperonina-60 (cpn60) come un mezzo per determinare la composizione della comunit&agrave; microbica.

&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3;-60&#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB;&#xB7;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#xFF08;cpn60 UT&#xFF09;&#x306F;&#x3001;PCR&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x3001;DNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x767A;&#x751F;&#x7684;&#x306B;&#x6709;&#x76CA;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x7F72;&#x540D;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; cpn60 UT&#x30A2;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B3;&#x30F3;&#x306E;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x524D;&#x4F8B;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x3068;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6D6E;&#x4E0A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6DF1;&#x3055;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x7A2E;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x53CA;&#x3073;&#x5B58;&#x5728;&#x91CF;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x3068;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x3001;&#x5897;&#x52A0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3082;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x91CD;ID&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x67D4;&#x8EDF;&#x306A;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x8CBB;&#x7528;&#x5BFE;&#x52B9;&#x679C;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;cpn60 UT&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x30A2;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B3;&#x30F3;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3089;&#x3001;cpn60 UT&#x30A2;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B3;&#x30F3;&#x306E;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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Chaperonin 60 &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC0C1; (cpn60 UT) PCR &#xB1CC;&#xAD00;&#xC758; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB418; &#xACE0; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC874;, phylogenetically &#xC720;&#xC775;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xADF8;&#xB2C8;&#xCC98;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Cpn60 &#xC720;&#xD0C0; amplicons Pyrosequencing &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC804;&#xB840; &#xC5C6;&#xB294; &#xAE4A;&#xC774; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC138;&#xB300; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB85C; &#xB5A0;&#xC624;&#xB974;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE4A;&#xC774;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB3D9;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&#xB294; &#xC874;&#xC7AC;&#xC640; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC885; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xAC8C; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB610;&#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xACFC; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB2A5;&#xB825;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xB294; &#xC99D;&#xAC00; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB41C;. &#xBA40;&#xD2F0;&#xD50C;&#xB809;&#xC2F1; Id &#xD1B5;&#xD574; &#xD480; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC218;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; pyrosequencing &#xBC18;&#xC751; &#xC124;&#xCE58;&#xC758; &#xC720;&#xC5F0;&#xD55C; &#xD615;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xB450; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD558; &#xACE0; &#xBE44;&#xC6A9; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; cpn60 UT&#xB97C; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558; &#xAC8C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC5EC;&#xAE30; cpn60 UT amplicons &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D; amplicons &#xC0DD;&#xC131;&#xC5D0;&#xC11C; pyrosequencing&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Pyrosequencing (cpn60) chaperonin-60 amplicons &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC131;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xB2E8;&#xC73C;&#xB85C;.

El chaperonina-60 destino universal (UT cpn60) se genera a partir de un conjunto de cebadores de PCR y proporciona un universalmente conservadas, la firma de la secuencia filogen&#xE9;ticamente informativos para determinar la composici&#xF3;n de las comunidades microbianas de la secuenciaci&#xF3;n del ADN. Pyrosequencing de cpn60 UT amplicones se est&#xE1; convirtiendo en una herramienta de &#xFA;ltima generaci&#xF3;n para proporcionar profundidad de la secuenciaci&#xF3;n y resoluci&#xF3;n sin precedentes de las comunidades microbianas en muestras individuales. Debido al aumento en la secuenciaci&#xF3;n de profundidad, el rango din&#xE1;mico a trav&#xE9;s del cual la presencia y la abundancia de las especies individuales pueden ser muestreados experimentalmente tambi&#xE9;n aumenta, mejorando significativamente nuestra capacidad para investigar la riqueza de la comunidad microbiana y la diversidad. El formato flexible de la configuraci&#xF3;n de reacci&#xF3;n pirosecuenciaci&#xF3;n combinada con la capacidad de las muestras de la piscina a trav&#xE9;s del uso de los identificadores de multiplexaci&#xF3;n hace que la generaci&#xF3;n de perfiles microbianos sobre la base de la UT cpn60 factible y rentable. Se describe aqu&#xED; los m&#xE9;todos que hemos desarrollado para la determinaci&#xF3;n de los perfiles de la comunidad microbiana por pirosecuenciaci&#xF3;n de cpn60 amplicones UT, desde la generaci&#xF3;n de amplicones de secuenciaci&#xF3;n y an&#xE1;lisis de datos.

Pyrosequencing de chaperonin-60 (cpn60) Amplicones Como una forma de determinar la composici&#xF3;n de la comunidad microbiana

&#x53D7;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x961F;&#x5217;&#x7684;&#x5546;&#x4E1A;&#x6027;&#x6027;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8005;&#x751F;&#x6D3B;&#x5728;&#x80AF;&#x5C3C;&#x4E9A;&#x7684;&#x5185;&#x7F57;&#x6BD5;&#x62B5;&#x6297;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x5230;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x9ECF;&#x819C;&#x548C;&#x6297;&#x708E;&#x56E0;&#x7D20;&#x76F8;&#x6302;&#x94A9;&#x3002;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6027;&#x9634;&#x9053;&#x75C5; (BV)&#xFF0C;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x4F4E;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x4FDD;&#x62A4;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x751F;&#x7269;&#xFF0C;polymicrobial dysbiosis &#x662F;&#x65E2;&#x5B9A;&#x7684;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x5371;&#x9669;&#x56E0;&#x7D20;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x6211;&#x4EEC;&#x8C03;&#x67E5;&#x9634;&#x9053;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x662F;&#x5426;&#x5173;&#x8054;&#x66B4;&#x9732;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x9634;&#x6027; (HESN) &#x6216;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x9633;&#x6027; &#xFF08;HIV(+)) &#x5728;&#x6B64;&#x961F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x5730;&#x4F4D;&#x3002;44 &#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B50;&#x96C6;&#x88AB;&#x9009;&#x4E3A;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5206;&#x6790;&#x57FA;&#x4E8E; chaperonin 60 (cpn60) &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807; (UT)&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; HESN &#x4E2A;&#x4EBA; (n = 16)&#xFF0C;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x9634;&#x6027;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x63A7;&#x4EF6; &#xFF08;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;-N&#x3001; n = 16)&#xFF0C;&#x548C; HIV(+) &#x4E2A;&#x4EBA; &#xFF08;n = 12&#xFF09;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; cpn60 UT &#x4F7F;&#x7528;&#x8BFB;&#x53D6;&#x77ED;&#xFF0C;200 &#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5F02;&#x5E38;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387; bp&#xFF0C;&#x4E0E;&#x5728;&#x6B64;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230; 29 &#x5C5E; 54 &#x79CD;&#x3002;&#x4E0E;&#x6211;&#x4EEC;&#x6700;&#x521D;&#x7684;&#x5047;&#x8BBE;&#xFF0C;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230; HESN &#x548C;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2; N &#x5987;&#x5973;&#x4E4B;&#x95F4;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x51E0;&#x4E2A; HIV(+) &#x5987;&#x5973;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x4EE5;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E3A;&#x4E3B;&#x3002;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x6982;&#x51B5;&#x5BC6;&#x5207;&#x5BF9;&#x5E94; BV(+) &#x548C; BV(-) &#x7684;&#x8BCA;&#x65AD;&#x7684;&#x663E;&#x5FAE;&#x955C;&#xFF0C;&#x9610;&#x53D1; BV &#x5206;&#x5B50;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x6837;&#x54C1;&#x5177;&#x6709;&#x4E2D;&#x95F4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x548C;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x52A0;&#x5FB7;&#x7EB3;&#x7684;&#x7FA4;&#x96C6;&#xFF0C;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684; BV &#x578B;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4EE3;&#x8868; BV(+) &#x548C; BV(-) &#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8FC7;&#x6E21;&#x9636;&#x6BB5;&#x3002;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x963F;&#x5C14;&#x6CD5;&#x548C; betaproteobacteria&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x6700;&#x8FD1;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x7269;&#x79CD; Variovorax &#x5438;&#x6C14;&#x65F6;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x8981;&#x4E0E;&#x6210;&#x6B63;&#x6BD4;&#x589E;&#x52A0;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x7EA7;&#x522B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684; BV(-) &#xFF08;&quot;&#x6B63;&#x5E38;&quot;&#xFF09; &#x8868;&#x578B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA; UT &#x975E;&#x5E38;&#x9002;&#x5408;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x52A8;&#x6001;&#x53CA;&#x9ECF;&#x819C;&#x514D;&#x75AB;&#x57FA;&#x7840;&#x5728;&#x6B64;&#x961F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x827E;&#x6ECB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x62B5;&#x6297;&#x8FD9; cpn60&#x3002;

&#x5728;&#x4E1C;&#x975E;&#x7684;&#x5546;&#x4E1A;&#x6027;&#x6027;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8005;&#x9634;&#x9053;&#x83CC;&#x7FA4;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x5B9A;&#x4E49;&#x3002;

Resistance to HIV infection in a cohort of commercial sex workers living in Nairobi, Kenya, is linked to mucosal and antiinflammatory factors that may be influenced by the vaginal microbiota. Since bacterial vaginosis (BV), a polymicrobial dysbiosis characterized by low levels of protective Lactobacillus organisms, is an established risk factor for HIV infection, we investigated whether vaginal microbiology was associated with HIV-exposed seronegative (HESN) or HIV-seropositive (HIV(+)) status in this cohort. A subset of 44 individuals was selected for deep-sequencing analysis based on the chaperonin 60 (cpn60) universal target (UT), including HESN individuals (n = 16), other HIV-seronegative controls (HIV-N, n = 16), and HIV(+) individuals (n = 12). Our findings indicate exceptionally high phylogenetic resolution of the cpn60 UT using reads as short as 200 bp, with 54 species in 29 genera detected in this group. Contrary to our initial hypothesis, few differences between HESN and HIV-N women were observed. Several HIV(+) women had distinct profiles dominated by Escherichia coli. The deep-sequencing phylogenetic profile of the vaginal microbiota corresponds closely to BV(+) and BV(-) diagnoses by microscopy, elucidating BV at the molecular level. A cluster of samples with intermediate abundance of Lactobacillus and dominant Gardnerella was identified, defining a distinct BV phenotype that may represent a transitional stage between BV(+) and BV(-). Several alpha- and betaproteobacteria, including the recently described species Variovorax paradoxus, were found to correlate positively with increased Lactobacillus levels that define the BV(-) ("normal") phenotype. We conclude that cpn60 UT is ideally suited to next-generation sequencing technologies for further investigation of microbial community dynamics and mucosal immunity underlying HIV resistance in this cohort.

Molecular definition of vaginal microbiota in East African commercial sex workers.

R&eacute;sistance &agrave; l&#39;infection par le VIH dans une cohorte de travailleurs du sexe vivant &agrave; Nairobi, au Kenya, est li&eacute;e &agrave; des facteurs muqueuses et anti-inflammatoire qui peuvent &ecirc;tre influenc&eacute;es par la microflore vaginale. La vaginose bact&eacute;rienne (BV), une dysbiose polymicrobienne caract&eacute;ris&eacute;e par de faibles niveaux d&#39;organismes de lactobacilles protecteurs, &eacute;tant un facteur de risque &eacute;tabli pour l&#39;infection par le VIH, nous avons examin&eacute; si la microbiologie vaginale a &eacute;t&eacute; associ&eacute;e s&eacute;ron&eacute;gatif expos&eacute;s au VIH (HESN) ou s&eacute;ropositives (&Eacute;tat HIV(+)) dans cette cohorte. Un sous-ensemble de 44 individus a &eacute;t&eacute; s&eacute;lectionn&eacute; pour l&#39;analyse de profond-s&eacute;quen&ccedil;age bas&eacute; sur les chaperonines 60 (cpn60) universel (UT), y compris les individus HESN (n = 16), autres contr&ocirc;les s&eacute;ron&eacute;gatifs-VIH (VIH-N, n = 16) et HIV(+) personnes (n = 12). Nos r&eacute;sultats indiquent exceptionnellement haute r&eacute;solution phylog&eacute;n&eacute;tique de l&#39;UT cpn60 &agrave; l&#39;aide de lectures aussi courtes que 200 bp, avec 54 esp&egrave;ces 29 genres d&eacute;tect&eacute;s dans ce groupe. Contrairement &agrave; notre hypoth&egrave;se initiale, peu de diff&eacute;rences entre les femmes HESN et VIH-N ont &eacute;t&eacute; observ&eacute;s. Plusieurs femmes HIV(+) avaient des profils distincts, domin&eacute;s par l&#39;Escherichia coli. Le profil de phylog&eacute;n&eacute;tique de profond-s&eacute;quen&ccedil;age de la flore vaginale correspond &eacute;troitement &agrave; des diagnostics BV(+) et BV(-) par microscopie, &eacute;lucider BV au niveau mol&eacute;culaire. Un cluster d&#39;&eacute;chantillons avec abondance interm&eacute;diaire de Lactobacillus et Gardnerella dominante a &eacute;t&eacute; identifi&eacute;, d&eacute;finir un ph&eacute;notype distinct de BV qui peut-&ecirc;tre repr&eacute;senter une phase de transition entre BV(+) et BV(-). Plusieurs alpha et betaproteobacteria, y compris l&#39;esp&egrave;ce r&eacute;cemment d&eacute;crite Variovorax paradoxus, trouv&eacute;es en corr&eacute;lation positive avec une augmentation des concentrations de Lactobacillus qui d&eacute;finissent le ph&eacute;notype (&laquo; normal &raquo;) de BV(-). Nous concluons que cpn60 QU&#39;UT convient parfaitement aux technologies de s&eacute;quen&ccedil;age de prochaine g&eacute;n&eacute;ration pour compl&eacute;ment d&#39;enqu&ecirc;te de la dynamique des communaut&eacute;s microbiennes et l&#39;immunit&eacute; des muqueuses qui sous-tendent la r&eacute;sistance au VIH dans cette cohorte.

D&eacute;finition mol&eacute;culaire de flore vaginale en Afrique de l&#39;est les travailleurs du sexe.

Resistenz gegen HIV-Infektion in einer Kohorte von kommerziellen Sex-Arbeiter leben in Nairobi, Kenia, ist mit Schleimhaut und entz&uuml;ndungshemmenden Faktoren verkn&uuml;pft, die von der vaginalen Microbiota beeinflusst werden kann. Da bakterielle Vaginose (BV), einer polymikrobiellen Dysbiose zeichnet sich durch niedrige Schutzma&szlig;nahmen Lactobacillus Organismen, ein etablierter Risikofaktor f&uuml;r HIV-Infektion ist, untersuchten wir ob vaginaler Mikrobiologie HIV-exponierten seronegativen (Hasankeyf) oder HIV-seropositiven (HIV(+)) Status in dieser Kohorte. zugeordnet wurde Eine Teilmenge der 44 Personen wurde f&uuml;r tief-Sequenzierung Analyse basierend auf chaperonin 60 (cpn60) universal vorbei (UT), einschlie&szlig;lich Hasankeyf Personen ausgew&auml;hlt (n = 16), andere HIV-seronegativen Steuerelemente (HIV-N, n = 16), und HIV(+) Personen (n = 12). Unsere Ergebnisse zeigen au&szlig;ergew&ouml;hnlich hohen phylogenetischen Aufl&ouml;sung von den cpn60 UT mit liest so kurz wie 200 bp, mit 54 Arten in 29 Gattungen, die in dieser Gruppe erkannt. Entgegen unserer ersten Hypothese wurden einige Unterschiede zwischen Hasankeyf und HIV-N Frauen beobachtet. Mehrere HIV(+) Frauen hatten unterschiedliche Profile von Escherichia coli dominiert. Das tief-Sequenzierung phylogenetische Profil der vaginalen Microbiota entspricht eng BV(+) und BV(-)-Diagnosen durch Mikroskopie, die BV auf molekularer Ebene. Ein Cluster von Proben mit zwischengeschalteten F&uuml;lle von Lactobacillus und dominante Gardnerella wurde identifiziert, definieren einen eindeutigen BV-Ph&auml;notyp, der ein &Uuml;bergangsstadium zwischen BV(+) und BV(-) darstellen kann. Mehrere Alpha- und Betaproteobacteria, einschlie&szlig;lich der k&uuml;rzlich beschriebenen Arten Variovorax Paradoxus, wurden gefunden auf positiv korrelieren mit Lactobacillus-Level erh&ouml;ht, die der BV(-) (&quot;normale&quot;) Ph&auml;notyp zu definieren. Wir schlie&szlig;en die cpn60, die UT ist ideal geeignet zur Sequenzierung der n&auml;chsten Generation-Technologien f&uuml;r die weitere Untersuchung der mikrobiellen Gemeinschaft Dynamik und Schleimhaut Immunit&auml;t HIV-Resistenz bei dieser Kohorte zugrunde.

Molekulare Definition der vaginalen Microbiota im ostafrikanischen kommerzielle Sex-Arbeiter.

Resistenza all&#39;infezione da HIV in una coorte di lavoratori del sesso commerciale vive a Nairobi, in Kenya, &egrave; legata a fattori della mucosa e antinfiammatori che possono essere influenzati dal microbiota vaginale. Dal momento che la vaginosi batterica (BV), un etiologico disbiosi caratterizzata da bassi livelli di protezione degli organismi Lactobacillus, sono un fattore di rischio stabilito per l&#39;infezione da HIV, abbiamo studiato se microbiologia vaginale &egrave; stato associato con HIV-esposti sieronegativi (HESN) o HIV-sieropositivi (HIV(+)) stato in questa coorte. Un sottoinsieme di 44 individui &egrave; stato selezionato per analisi di sequenziamento profondo basato su chaperonin 60 (cpn60) universale destinazione (UT), compresi gli individui HESN (n = 16), altri controlli HIV-sieronegativo (HIV-N, n = 16) e HIV(+) individui (n = 12). I nostri risultati indicano eccezionalmente alta risoluzione filogenetica della cpn60 UT mediante letture pi&ugrave; breve 200 bp, con 54 specie in 29 generi rilevati in questo gruppo. Al contrario la nostra ipotesi iniziale, sono state osservate alcune differenze tra le donne HESN e HIV-N. Molte donne HIV(+) avevano profili distinti dominati da Escherichia coli. Il profilo filogenetico profondo-sequenziamento del microbiota vaginale corrisponde a BV(+) e BV(-) diagnosi di microscopia, chiarimento BV a livello molecolare. Un cluster di campioni con abbondanza intermedio di Lactobacillus e Gardnerella dominante &egrave; stato identificato, definendo un fenotipo BV distinto che possa rappresentare una fase transitoria tra BV(+) e BV(-). Diversi alfa - e betaproteobacteria, tra cui la specie recentemente descritte Variovorax paradoxus, sono stati trovati per correlare positivamente con aumento dei livelli di Lactobacillus che definiscono il fenotipo (&quot;normale&quot;) BV(-). Concludiamo che cpn60 che ut &egrave; ideale per tecnologie di sequenziamento di nuova generazione per ulteriori indagini di dinamiche di comunit&agrave; microbica e immunit&agrave; mucosale sottostante resistenza di HIV in questa coorte.

Definizione molecolare del microbiota vaginale in lavoratori del sesso commerciale Africa orientale.

&#x30B1;&#x30CB;&#x30A2;&#x306E;&#x30CA;&#x30A4;&#x30ED;&#x30D3;&#x306B;&#x4F4F;&#x3080;&#x5546;&#x696D;&#x7684;&#x30BB;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x52B4;&#x50CD;&#x8005;&#x306E;&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; HIV &#x611F;&#x67D3;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x7C98;&#x819C;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6297;&#x708E;&#x75C7;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x81A3;&#x708E; &#xFF08;BV&#xFF09; &#x4FDD;&#x8B77;&#x306E;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x4F4E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB; dysbiosis HIV &#x611F;&#x67D3;&#x304C;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x5371;&#x967A;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x81A3;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; HIV &#x66DD;&#x9732;&#x9670;&#x6027; &#xFF08;HESN&#xFF09; &#x307E;&#x305F;&#x306F; HIV &#x967D;&#x6027; (HIV(+)) &#x72B6;&#x614B;&#x3002; &#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;HESN &#x500B;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 (cpn60) &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B; &#xFF08;UT&#xFF09; &#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x304C;&#x9078;&#x629E;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 44 &#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8; (n = 16)&#x3001;HIV &#x9670;&#x6027;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB; (HIV-N, n = 16)&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x91CD;&#x8907;&#x611F;&#x67D3;&#x8005;&#x500B;&#x4EBA; (n = 12)&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A; 200 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77ED;&#x3044;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B; cpn60 UT &#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3092;&#x793A;&#x3059; bp 54 &#x7A2E; 29 &#x5C5E;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x521D;&#x671F;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x306B;&#x53CD;&#x3057;&#x3066; HESN &#x3068; HIV N &#x306E;&#x5973;&#x6027;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x304C;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x91CD;&#x8907;&#x611F;&#x67D3;&#x8005;&#x306E;&#x5973;&#x6027;&#x306F;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x652F;&#x914D;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x500B;&#x5225;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x7CFB;&#x7D71;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306F; BV &#x5206;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x89E3;&#x660E;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x306B;&#x3088;&#x308B; BV(+) &#x3068; BV(-) &#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;&#x306B;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x3068;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x30AC;&#x30EB;&#x30C9;&#x30CD;&#x30EC;&#x30E9;&#x306E;&#x4E2D;&#x9593;&#x306E;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x3068; BV(+) &#x3068; BV(-) &#x9593;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x6BB5;&#x968E;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x500B;&#x5225;&#x306E; BV &#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1; - &#x3068; betaproteobacteria&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x8AAC;&#x660E;&#x7A2E; Variovorax paradoxus &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7A4D;&#x6975;&#x7684;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3059;&#x308B; BV(-) (&#x300C;&#x30CE;&#x30FC;&#x30DE;&#x30EB;&#x300D;&#xFF09; &#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x4E73;&#x9178;&#x83CC;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x5897;&#x52A0;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x305D;&#x306E; cpn60 UT &#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306B;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x8ABF;&#x67FB;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x52D5;&#x614B;&#x3068;&#x7C98;&#x819C;&#x514D;&#x75AB;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30DB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; hiv &#x611F;&#x67D3;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x6700;&#x9069;&#x3067;&#x3059;&#x7DE0;&#x7D50;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6771;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x306E;&#x5546;&#x696D;&#x7684;&#x30BB;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x52B4;&#x50CD;&#x8005;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x81A3;&#x5185;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3002;

&#xCF00;&#xB0D0;&#xC758; &#xB098;&#xC774;&#xB85C;&#xBE44;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xB294; &#xC139;&#xC2A4; &#xC0C1;&#xC6A9; &#xADFC;&#xB85C;&#xC790; &#xCF54; &#xD638;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; HIV &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC800;&#xD56D; &#xC9C8; microbiota&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC810; &#xB9C9; &#xD558; &#xACE0; &#xD55C; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0;&#xC131; vaginosis (BV), &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;, &#xC720;&#xC0B0; &#xADE0; &#xBCF4;&#xD638;&#xC758; &#xB0AE;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD2B9;&#xC9D5; polymicrobial dysbiosis HIV &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC124;&#xB9BD;&#xB41C; &#xC704;&#xD5D8; &#xC694;&#xC18C; &#xC774;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC9C8; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC740; HIV &#xB178;&#xCD9C; &#xD608; &#xCCAD; &#xBD80;&#xC815; (HESN) &#xB610;&#xB294; HIV-seropositive (&#xC774; &#xCF54; &#xD638;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; HIV(+)) &#xC0C1;&#xD0DC; &#xAD00;&#xB828; &#xC5EC;&#xBD80; &#xC870;&#xC0AC;. &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBD84;&#xC11D; chaperonin 60 (cpn60) &#xC720;&#xB2C8;&#xBC84;&#xC15C; &#xB300;&#xC0C1; (&#xC720;&#xD0C0;)&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; HESN &#xAC1C;&#xC778;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; 44 &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xC120;&#xD0DD; &#xD588;&#xB2E4; (n = 16), &#xB2E4;&#xB978; HIV &#xD608; &#xCCAD; &#xBD80;&#xC815; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; (HIV-N, n = 16), &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; HIV(+) &#xAC1C;&#xC778; (n = 12). &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; phylogenetic &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; 200 &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; cpn60 UT&#xC758; &#xD608;&#xC555;&#xC774;&#xC774; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0;&#xC11C; 29 &#xC7A5;&#xAD70; 54 &#xC885;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xAC00;&#xC124;&#xC5D0; &#xBC18;&#xD558;&#xB294; HESN &#xBC0F; HIV N &#xC5EC;&#xC790; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xB7EC; HIV(+) &#xC5EC;&#xC790; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC8FC;&#xB3C4; &#xB418; &#xACE0; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC9C8; microbiota&#xC758; &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; phylogenetic &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD;, &#xBD84;&#xC790; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; BV elucidating &#xD558; &#xC5EC; BV(+) &#xBC0F; BV(-) &#xC9C4;&#xB2E8;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. BV(+)&#xC640; BV(-) &#xC0AC;&#xC774; &#xACFC;&#xB3C4; &#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0BC; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; BV &#xD615; &#xC815;&#xC758; &#xC911;&#xAC04; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC720;&#xC0B0; &#xADE0;&#xACFC; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; Gardnerella &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC54C;&#xD30C;-&#xBC0F; betaproteobacteria, &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xC124;&#xBA85;&#xB41C; &#xC885; Variovorax paradoxus &#xB4F1; BV(-) (&quot;&#xC815;&#xC0C1;&quot;) &#xD615;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC0B0; &#xADE0; &#xC218;&#xC900; &#xC99D;&#xAC00;&#xC640; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xADF8; cpn60 UT &#xC774;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC5ED;&#xD559; &#xBC0F; &#xC810; &#xB9C9; &#xBA74;&#xC5ED;&#xC774;&#xC774; &#xC77C;&#xB300;&#xC5D0; HIV &#xC800;&#xD56D; &#xAE30;&#xBCF8;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC870;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD574; &#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC5D0; &#xC801;&#xD569; &#xD55C; &#xACB0;&#xB860;.

&#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74; &#xB3D9;&#xBD80; &#xC0C1;&#xC5C5; &#xC131; &#xB178;&#xB3D9;&#xC790; &#xC9C8; microbiota&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC815;&#xC758;.

Resistencia a la infecci&oacute;n por el VIH en una cohorte de trabajadoras del sexo viven en Nairobi, Kenia, est&aacute; vinculada a factores mucosas y antiinflamatorios que pueden estar influidos por la microbiota vaginal. Puesto que la vaginosis bacteriana (VB), una disbiosis polimicrobiana caracterizada por bajos niveles de organismos protectores de Lactobacillus, es un factor de riesgo establecido para la infecci&oacute;n por VIH, investigamos si Microbiolog&iacute;a vaginal se asoci&oacute; con seronegativo expuestos al VIH (HESN) o VIH-seropositivos (estado HIV(+)) en esta cohorte. Un subconjunto de las 44 personas fue seleccionado para la secuenciaci&oacute;n del profundo an&aacute;lisis basado en la chaperonina 60 (cpn60) objetivo universal (UT), incluidos los individuos HESN (n = 16), otros controles de VIH (VIH-N, n = 16) y SIDA individuos (n = 12). Nuestros resultados indican excepcionalmente alta resoluci&oacute;n filogen&eacute;tica del UT cpn60 mediante lecturas tan cortos como 200 bp, con 54 especies en 29 g&eacute;neros detectados en este grupo. Contrario a nuestra hip&oacute;tesis inicial, se observaron algunas diferencias entre las mujeres HESN y VIH-N. Varias mujeres de SIDA ten&iacute;an distintos perfiles dominados por Escherichia coli. El perfil filogen&eacute;tico profundo-secuencia de la microbiota vaginal corresponde estrechamente a diagn&oacute;sticos BV(+) y BV(-) por microscopia, dilucidar BV a nivel molecular. Se identific&oacute; un conjunto de muestras con abundancia intermedio de Lactobacillus y Gardnerella dominante, definir un fenotipo distinto de BV que puede representar una etapa de transici&oacute;n entre BV(+) y BV(-). Se encontraron varios alfa y betaproteobacteria, incluidas las especies recientemente descritas Variovorax paradoxus, correlacionar positivamente con aumento de los niveles de Lactobacillus que definen el fenotipo BV(-) (&quot;normal&quot;). Concluimos cpn60 que UT es ideal para tecnolog&iacute;as de secuenciaci&oacute;n de &uacute;ltima generaci&oacute;n para la posterior investigaci&oacute;n de la din&aacute;mica de la comunidad microbiana e Inmunidad mucosal subyacente de la resistencia del VIH en esta cohorte.

Definici&oacute;n molecular de la microbiota vaginal en trabajadoras del sexo comercial &Aacute;frica Oriental.

&#x5728;&#x751F;&#x7269;&#x71C3;&#x6599;&#x751F;&#x4EA7;&#x65B9;&#x9762;&#x63A2;&#x8BA8;&#x4E86;&#x53CC;&#x4F4E;&#x6CB9;&#x83DC;&#x79F8;&#x79C6;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x751F;&#x7269;&#x9884;&#x5904;&#x7406;&#x53D8;&#x8272;&#x6813;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x83CC;&#x682A; (52J) &#x548C;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x4E8C;&#x7CD6;&#x8131;&#x6C22;&#x9176; &#xFF08;&#x9F0E;&#x6656;&#xFF09; &#x79F8;&#x79C6;&#x5F71;&#x54CD;-&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5E94;&#x53D8; (m4D) &#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;52J &#x5904;&#x7406;&#x7A3B;&#x8349;&#x7684;&#x6728;&#x7CD6;&#x548C;&#x8461;&#x8404;&#x7CD6;&#x5185;&#x5BB9;&#x88AB;&#x5927;&#x5927;&#x964D;&#x4F4E;&#xFF0C;&#x4F46;&#x53EA;&#x6709;&#x6728;&#x7CD6;&#x542B;&#x91CF;&#x51CF;&#x5C11; m4D &#x6CBB;&#x7597;&#x3002;&#x6728;&#x8D28;&#x7D20;&#x5DE5;&#x7F8E;&#x76F8;&#x6BD4;&#x79F8;&#x79C6;&#x771F;&#x83CC;&#x6CBB;&#x7597;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5927;&#x529B;&#x6539;&#x8FDB;&#x3002;M4D &#x5904;&#x7406;&#x79F8;&#x79C6;&#x7684;&#x6B8B;&#x7559;&#x7684;&#x7CD6;&#x5316;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7CD6;&#x4EA7;&#x91CF;&#xFF0C;&#x90E8;&#x5206;&#x5F52;&#x56E0;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x7D20;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7531; m4D &#x663E;&#x8457;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x603B;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x9F0E;&#x6656;&#x4FBF;&#x5229; T.&#x4E91;&#x829D;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x7D20;&#x8BBF;&#x95EE;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;m4D &#x6728;&#x8D28;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x6750;&#x6599;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x6728;&#x8D28;&#x7D20;&#x5DE5;&#x7F8E;&#x548C;&#x7CD6;&#x5316;&#x6548;&#x679C;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x4F1A;&#x7531;&#x4E8E;&#x771F;&#x83CC;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5E95;&#x7269;&#x635F;&#x5931;&#x672A;&#x7ECF;&#x5904;&#x7406;&#x751F;&#x7269;&#x8D28;&#x7684;&#x6539;&#x5584;&#x3002;

&#x53D8;&#x8272;&#x6813;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x4E8C;&#x7CD6;&#x8131;&#x6C22;&#x9176;&#x7F3A;&#x9677;&#x578B;&#x83CC;&#x682A;&#x751F;&#x7269;&#x9884;&#x5904;&#x7406;&#x589E;&#x5F3A;&#x4E86;&#x53CC;&#x4F4E;&#x6CB9;&#x83DC;&#x79F8;&#x79C6;&#x751F;&#x7269;&#x71C3;&#x6599;&#x7684;&#x6F5C;&#x529B;&#x3002;

The use of Trametes versicolor as a biological pretreatment for canola straw was explored in the context of biofuel production. Specifically, the effects on the straw of a wild-type strain (52J) and a cellobiose dehydrogenase (CDH)-deficient strain (m4D) were investigated. The xylose and glucose contents of the straw treated with 52J were significantly reduced, while only the xylose content was reduced with m4D treatment. Lignin extractability was greatly improved with fungal treatments compared to untreated straw. Saccharification of the residue of the m4D-treated straw led to a significant increase in proportional glucose yield, which was partially attributed to the lack of cellulose catabolism by m4D. Overall, the results of this study indicate that CDH facilitates cellulose access by T. versicolor. Furthermore, treatment of lignocellulosic material with m4D offers improvements in lignin extractability and saccharification efficacy compared to untreated biomass without loss of substrate due to fungal catabolism.

Biological pretreatment with a cellobiose dehydrogenase-deficient strain of Trametes versicolor enhances the biofuel potential of canola straw.

L&#x26;#39;utilisation de Trametes versicolor comme un pr&#xE9;traitement biologique pour le canola de la paille a &#xE9;t&#xE9; explor&#xE9;e dans le contexte de la production de biocarburants. Plus pr&#xE9;cis&#xE9;ment, les effets sur la paille d&#x26;#39;une souche de type sauvage (52J) et une d&#xE9;shydrog&#xE9;nase cellobiose (CDH)-d&#xE9;ficient souche (M4D) ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tudi&#xE9;s. Le contenu de xylose et du glucose de la paille trait&#xE9;e avec 52J ont &#xE9;t&#xE9; significativement r&#xE9;duites, alors que seule la teneur en xylose a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;duit avec le traitement M4D. Extractibilit&#xE9; lignine a &#xE9;t&#xE9; grandement am&#xE9;lior&#xE9;e avec des traitements fongiques par rapport &#xE0; la paille non trait&#xE9;e. Saccharification du r&#xE9;sidu de la paille M4D trait&#xE9; a conduit &#xE0; une augmentation significative du rendement du glucose proportionnelle, ce qui a &#xE9;t&#xE9; attribu&#xE9;e en partie &#xE0; l&#x26;#39;absence de catabolisme de la cellulose par M4D. Dans l&#x26;#39;ensemble, les r&#xE9;sultats de cette &#xE9;tude indiquent que CDH facilite l&#x26;#39;acc&#xE8;s de cellulose par T. versicolor. En outre, le traitement de la mati&#xE8;re lignocellulosique avec M4D offre des am&#xE9;liorations dans l&#x26;#39;extractibilit&#xE9; lignine et l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de saccharification par rapport &#xE0; la biomasse non trait&#xE9;e, sans perte de substrat en raison de catabolisme des champignons.

Pr&#xE9;traitement biologique avec un cellobiose d&#xE9;shydrog&#xE9;nase d&#xE9;ficiente souche de Trametes Versicolor augmente le potentiel des biocarburants de canola de paille

Die Verwendung der Schmetterlingstramete als eine biologische Vorbehandlung f&uuml;r Raps Stroh wurde im Rahmen der Biokraftstoffproduktion erforscht. Insbesondere die Auswirkungen auf das Stroh von einem Wildtyp-Stamm (52J) und eine Zellobiose-Dehydrogenase (CDH)-mangelhafte Belastung (m4D) wurden untersucht. Der Xylose und Glucose Inhalt das Stroh mit 52J behandelt wurden deutlich reduziert, w&auml;hrend nur der Xylose-Gehalt mit m4D-Behandlung reduziert wurde. Lignin-Extractability wurde mit Pilz-Behandlungen im Vergleich zu unbehandeltem Stroh stark verbessert. Verzuckerung des R&uuml;ckstands des m4D-behandelte Stroh f&uuml;hrte zu einem deutlichen Anstieg der proportional Glukose-Ausbeute, die teilweise auf den Mangel an Zellulose Katabolismus von m4D zugeschrieben wurde. Insgesamt deuten die Ergebnisse dieser Studie, dass CDH Zellulose-Zugang von T. versicolor erleichtert. Dar&uuml;ber hinaus bietet die Behandlung von Lignozellulose Material mit m4D Verbesserungen in der Lignin-Extractability und Verzuckerung Wirksamkeit im Vergleich zu unbehandelten Biomasse ohne Verlust des Substrates durch Pilz-Katabolismus.

Biologische Vorbehandlung mit einem Zellobiose-Dehydrogenase-Mangel-Stamm der Schmetterlingstramete verbessert das Biokraftstoff-Potential von Raps Stroh.

L&#39;uso di Trametes versicolor come un pretrattamento biologico per paglia di colza &egrave; stato esplorato nel contesto della produzione di biocarburanti. In particolare, gli effetti sulla paglia di un ceppo selvaggio-tipo (52J) e un Cellobiosio deidrogenasi (CDH)-ceppo carenza (m4D) sono stati studiati. Il contenuto di xilosio e glucosio della paglia trattata con 52J si &egrave; sensibilmente ridotti, mentre solo il contenuto di xilosio &egrave; stata ridotta con il trattamento di m4D. Estraibilit&agrave; lignina &egrave; stata notevolmente migliorata con trattamenti fungini rispetto alla paglia non trattata. Saccarificazione del residuo della paglia trattata m4D ha portato ad un significativo aumento nel rendimento proporzionale glucosio, che &egrave; stato parzialmente attribuito alla mancanza di catabolismo di cellulosa da m4D. Nel complesso, i risultati di questo studio indicano che CDH facilita l&#39;accesso di cellulosa da T. versicolor. Inoltre, trattamento di materiale ligno con m4D offre miglioramenti nell&#39;efficacia di estraibilit&agrave; e saccarificazione di lignina rispetto alla biomassa non trattata senza perdita del substrato a causa del catabolismo fungina.

Pretrattamento biologico con un ceppo di Cellobiosio deidrogenasi deficit di Trametes versicolor migliora il potenziale dei biocarburanti di paglia di colza.

&#x85C1;&#x306F;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x71C3;&#x6599;&#x751F;&#x7523;&#x306E;&#x6587;&#x8108;&#x3067;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30AD;&#x30E3;&#x30CE;&#x30FC;&#x30E9;&#x6CB9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x524D;&#x51E6;&#x7406;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30DB;&#x30A6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30BF;&#x30B1;&#x5C5E;&#x765C;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x682A;&#xFF08;52J&#xFF09;&#x306E;&#x308F;&#x3089;&#x3068;&#x30BB;&#x30ED;&#x30D3;&#x30AA;&#x30FC;&#x30B9;&#x8131;&#x6C34;&#x7D20;&#x9175;&#x7D20;&#xFF08;CDH&#xFF09;&#x6B20;&#x640D;&#x682A;&#xFF08;m4D&#xFF09;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x30AD;&#x30B7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x542B;&#x91CF;&#x304C;m4D&#x6CBB;&#x7642;&#x3067;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;52J&#x3067;&#x51E6;&#x7406;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x308F;&#x3089;&#x306E;&#x30AD;&#x30B7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30EA;&#x30B0;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x62BD;&#x51FA;&#x7387;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x672A;&#x51E6;&#x7406;&#x306E;&#x7A32;&#x308F;&#x3089;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x83CC;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x3067;&#x6539;&#x5584;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; m4D&#x51E6;&#x7406;&#x308F;&#x3089;&#x306E;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#x306E;&#x7CD6;&#x5316;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306B;m4D&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30BB;&#x30EB;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x7570;&#x5316;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x6B20;&#x5982;&#x306B;&#x8D77;&#x56E0;&#x3057;&#x305F;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3057;&#x305F;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x53CE;&#x7387;&#x306E;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;CDH&#x304C;T. versicolor&#x306E;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30BB;&#x30EB;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x3078;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;m4D&#x3068;&#x30EA;&#x30B0;&#x30CE;&#x30BB;&#x30EB;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x6750;&#x6599;&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x306F;&#x3001;&#x83CC;&#x306E;&#x7570;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x57FA;&#x677F;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306A;&#x3057;&#x3067;&#x6CBB;&#x7642;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30B9;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x30EA;&#x30B0;&#x30CB;&#x30F3;&#x62BD;&#x51FA;&#x6027;&#x3068;&#x7CD6;&#x5316;&#x306E;&#x6709;&#x52B9;&#x6027;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DB;&#x30A6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30BF;&#x30B1;&#x5C5E;&#x765C;&#x306E;&#x30BB;&#x30ED;&#x30D3;&#x30AA;&#x30FC;&#x30B9;&#x8131;&#x6C34;&#x7D20;&#x9175;&#x7D20;&#x6B20;&#x640D;&#x682A;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x524D;&#x51E6;&#x7406;&#x306F;&#x3001;&#x30AD;&#x30E3;&#x30CE;&#x30FC;&#x30E9;&#x308F;&#x3089;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x71C3;&#x6599;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;

&#xCE74; &#xB180;&#xB77C; &#xC9DA; Trametes versicolor &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xC804;&#xCC98;&#xB9AC;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC5F0;&#xB8CC; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC758; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD0D0;&#xD5D8; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD2B9;&#xD788;, &#xC57C;&#xC0DD; &#xD615; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; (52J)&#xC640; cellobiose &#xD6A8;&#xC18C; (CDH) &#xBE68; &#xB300;&#xC5D0; &#xD6A8;&#xACFC;-&#xACB0;&#xD54D; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; (m4D) &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. Xylose &#xB0B4;&#xC6A9;&#xB9CC; m4D &#xCE58;&#xB8CC;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4; &#xB3D9;&#xC548; 52J &#xCE58;&#xB8CC; &#xC9DA; xylose &#xBC0F; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC740; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xB9AC;&#xADF8; &#xB2CC; extractability &#xACF0; &#xD321;&#xC774; &#xCE58;&#xB8CC; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294; &#xBE68; &#xB300;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC1C;&#xC120; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. M4D &#xCDE8;&#xAE09; &#xC9C0; &#xD478; &#xB77C; &#xAE30;&#xC758; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xC816; m4d&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC140; &#xB8F0; &#xB85C;&#xC2A4; &#xD480;&#xC5B4; &#xBD80;&#xC871;&#xC5D0; &#xBD80;&#xBD84;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE30;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4; &#xBE44;&#xB840; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xC218;&#xD655;&#xB7C9;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC99D;&#xAC00;&#xB97C; &#xC774;&#xB04C;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;,&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; CDH T. versicolor&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC140; &#xB8F0; &#xB85C;&#xC2A4; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC6A9;&#xC774; &#xD558; &#xAC8C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xCE58;&#xB8CC; m4D lignocellulosic &#xC18C;&#xC7AC;&#xC758; lignin extractability &#xBC0F; &#xC816; &#xD6A8;&#xB2A5; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xACF0; &#xD321;&#xC774; &#xD480;&#xC5B4; &#xAE30;&#xD310;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4; &#xC5C6;&#xC774; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xB9E4;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;&#xC5D0; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Trametes versicolor&#xC758; cellobiose &#xD6A8;&#xC18C; &#xACB0;&#xD54D; &#xBCC0;&#xD615;&#xACFC; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xC804;&#xCC98;&#xB9AC; &#xCE74; &#xB180;&#xB77C; &#xC9DA;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC5F0;&#xB8CC; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El uso de Trametes versicolor como un pre-tratamiento biol&#xF3;gico de canola paja fue explorado en el contexto de la producci&#xF3;n de biocombustibles. Espec&#xED;ficamente, los efectos sobre la paja de una cepa de tipo salvaje (52J) y una deshidrogenasa celobiosa (HDC)-cepa deficiente (M4D) fueron investigados. El contenido de xilosa y la glucosa de la paja tratada con 52J se redujeron significativamente, mientras que s&#xF3;lo el contenido de xilosa se redujo con el tratamiento M4D. Extractabilidad lignina se ha mejorado mucho con los tratamientos fungicidas en comparaci&#xF3;n con paja sin tratar. Sacarificaci&#xF3;n del residuo de la paja M4D tratada condujo a un incremento significativo en el rendimiento de glucosa proporcional, lo cual se atribuy&#xF3; parcialmente a la falta de catabolismo de celulosa por M4D. En general, los resultados de este estudio indican que la CDH facilita el acceso de celulosa por T. versicolor. Adem&#xE1;s, el tratamiento de material lignocelul&#xF3;sico con M4D ofrece mejoras en la extractabilidad lignina y la eficacia de sacarificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con la biomasa sin tratar sin p&#xE9;rdida de sustrato debido a catabolismo de hongos.

El pretratamiento biol&#xF3;gico con una celobiosa deshidrogenasa cepa deficiente de Trametes versicolor mejora el potencial de los biocombustibles de Canola de paja

&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x817E;&#x51B2; 12 &#x682A;&#x662F;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x8150;&#x70C2;&#x6728;&#x6750;&#x5806;&#x80A5;&#x6837;&#x54C1;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x53D7;&#x5230;&#x9057;&#x4F20;&#x548C;&#x8868;&#x578B;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684; 16S rRNA &#x5EFA;&#x8BAE;&#x5206;&#x79BB;&#x662F;&#x6700;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x817E;&#x51B2; pseudethanolicus &#x6216; thermohydrosulfuricus &#x55DC;&#x70ED;&#x83CC;&#x3002;&#x8F83;&#x5C0F;&#x7684;&#x5B88;&#x6052;&#x817E;&#x51B2;-60 (cpn60) &#x901A;&#x7528;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x68C0;&#x67E5;&#x663E;&#x793A;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5206;&#x79BB;&#x4E0E; T.thermohydrosulfuricus &#xFF1B; &#x5206;&#x4EAB;&#x5E8F;&#x5217;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x6700;&#x9AD8;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x4EBA;&#x5230;&#x817E;&#x51B2; wiegelii &#x548C;&#x817E;&#x51B2; sp Rt8.G4 (&#x539F;&#x817E;&#x51B2; brockii Rt8.G4)&#x3002;&#x3002;&#x6846; PCR &#x6307;&#x7EB9;&#x8BC6;&#x522B;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x786E;&#x5B9A;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x6D3E;&#x4F4D;&#x7EC4;&#x522B;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#x4E0D;&#x4EC5;&#x4E4B;&#x95F4;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x53C2;&#x8003;&#x83CC;&#x682A;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E14;&#x672C;&#x8EAB;&#x7684;&#x75C5;&#x83CC;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x8BC4;&#x4F30;&#x8868;&#x4F53;&#x73B0;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9057;&#x4F20;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x7A0B;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x5BA1;&#x67E5;&#x4E86; 30 &#x78B3;&#x57FA;&#x8D28;&#x7684;&#x5229;&#x7528;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x91CD;&#x53E0;&#x6307;&#x6570; (&#x6CB3;&#x5185;) &#x8BA1;&#x7B97;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x663E;&#x793A;&#x9AD8;&#x6CB3;&#x5185; (&gt; 0.9&#xFF09;&#xFF0C;&#x91CD;&#x5927;&#x6697;&#x793A;&#x6216;&#x8005;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x886C;&#x5E95;&#x5229;&#x7528;&#x529F;&#x80FD;&#x4E2D;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x9AD8;&#x7684;&#x5229;&#x57FA;&#x4E13;&#x4E1A;&#x5316;&#x548C;&#x673A;&#x5236;&#x5141;&#x8BB8;&#x975E;&#x7ADE;&#x4E89;&#x6027;&#x5171;&#x5B58;&#xFF0C;&#x5728;&#x573A;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x751F;&#x6001;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x5185;&#x3002;&#x589E;&#x957F;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E;&#x83CC;&#x682A;&#x662F;&#x751F;&#x7406;&#x4E0A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x589E;&#x957F;&#x7387;&#x548C;&#x53D1;&#x9175;&#x4EA7;&#x54C1;&#x6BD4;&#x7387;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x8868;&#x578B;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x5B58;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0; microdiverse &#x817E;&#x51B2;&#x682A;&#x4ECE;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x5185;&#x3002;

&#x5206;&#x79BB;&#x682A;&#x8150;&#x70C2;&#x7684;&#x6728;&#x6750;&#x5806;&#x80A5;&#x817E;&#x51B2; thermohydrosulfuricus &#x663E;&#x793A;&#x9057;&#x4F20;&#x548C;&#x8868;&#x578B;&#x7684; microdiversity&#x3002;

In this study, 12 strains of Thermoanaerobacter were isolated from a single decaying wood compost sample and subjected to genetic and phenotypic profiling. The 16S rRNA encoding gene sequences suggested that the isolates were most similar to strains of either Thermoanaerobacter pseudethanolicus or Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. Examination of the lesser conserved chaperonin-60 (cpn60) universal target showed that some isolates shared the highest sequence identity with T.Â thermohydrosulfuricus; however, others to Thermoanaerobacter wiegelii and Thermoanaerobacter sp. Rt8.G4 (formerly Thermoanaerobacter brockii Rt8.G4). BOX-PCR fingerprinting profiles identified differences in the banding patterns not only between the isolates and the reference strains, but also among the isolates themselves. To evaluate the extent these genetic differences were manifested phenotypically, the utilization patterns of 30 carbon substrates were examined and the niche overlap indices (NOI) calculated. Despite showing a high NOI (>Â 0.9), significant differences existed in the substrate utilization capabilities of the isolates suggesting that either a high degree of niche specialization or mechanisms allowing for non-competitive co-existence, were present within this ecological context. Growth studies showed that the isolates were physiologically distinct in both growth rate and the fermentation product ratios. Our data indicate that phenotypic diversity exists within genetically microdiverse Thermoanaerobacter isolates from a common environment.

Isolates of Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus from decaying wood compost display genetic and phenotypic microdiversity.

Dans cette &eacute;tude, 12 souches de Thermoanaerobacter ont &eacute;t&eacute; isol&eacute;s d&#39;un &eacute;chantillon de compost bois en d&eacute;composition unique et soumis &agrave; profilage g&eacute;n&eacute;tique et ph&eacute;notypique. L&#39;ARNr 16 s des s&eacute;quences de g&egrave;ne de codage a sugg&eacute;r&eacute; que les isolats sont plus similaires aux souches de Thermoanaerobacter pseudethanolicus ou Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. L&#39;examen de la moindre cible universelle conserv&eacute;e chaperonin-60 (cpn60) a montr&eacute; que certains isolats partagent une identit&eacute; de s&eacute;quence la plus &eacute;lev&eacute;e avec T. thermohydrosulfuricus ; Cependant, d&#39;autres de Thermoanaerobacter wiegelii et SP Thermoanaerobacter Rt8.G4 (anciennement Thermoanaerobacter brockii Rt8.G4). Profils d&#39;empreintes BOX-PCR identifi&eacute; des diff&eacute;rences dans les profils de bandes non seulement entre les isolats et les souches de r&eacute;f&eacute;rence, mais aussi parmi les isolats eux-m&ecirc;mes. Pour &eacute;valuer dans quelle mesure que ces diff&eacute;rences g&eacute;n&eacute;tiques se manifestaient ph&eacute;notypiquement, on a examin&eacute; les habitudes d&#39;utilisation de 30 substrats carbon&eacute;s et les indices de chevauchement de niche (NOI) calcul&eacute;s. Malgr&eacute; montrant une forte NOI (&gt; 0,9), importante il existe des diff&eacute;rences dans les capacit&eacute;s d&#39;utilisation de substrat des isolats sugg&eacute;rant que soit un haut degr&eacute; de sp&eacute;cialisation de niche ou de m&eacute;canismes permettant la coexistence non concurrentiel, &eacute;taient pr&eacute;sents au sein de ce contexte &eacute;cologique. Des &eacute;tudes de croissance ont montr&eacute; que les isolats &eacute;taient physiologiquement distinctes dans les taux de croissance et les rapports de produits de fermentation. Nos donn&eacute;es indiquent que la diversit&eacute; ph&eacute;notypique existe au sein des organismes g&eacute;n&eacute;tiquement microdiverse que THERMOANAEROBACTER isolats provenant d&#39;un environnement commun.

Isolats de Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus provenant de bois compost affichent microdiversity g&eacute;n&eacute;tique et ph&eacute;notypique.

In dieser Studie wurden 12 St&auml;mme von Thermoanaerobacter isoliert von einer einzigen zerfallenden Holz Kompost-Probe und genetische und ph&auml;notypische Profilerstellung unterworfen. Die 16S rRNA Codierung Gensequenzen vorgeschlagen, die isoliert St&auml;mme von Thermoanaerobacter Pseudethanolicus oder Thermoanaerobacter Thermohydrosulfuricus am &auml;hnlichsten waren. Pr&uuml;fung von geringerem konservierten Chaperon-60 (cpn60) universal vorbei zeigte, dass einige Isolate die h&ouml;chste Sequenz-Identit&auml;t mit T. Thermohydrosulfuricus gemeinsam; jedoch andere Thermoanaerobacter Wiegelii und Thermoanaerobacter SP. Rt8.G4 (ehemals Thermoanaerobacter Brockii Rt8.G4). BOX-PCR-Fingerabdruck-profile ergab Unterschiede in die Magenband-Muster nicht nur zwischen den Isolaten und die Referenzst&auml;mme, sondern auch unter die isoliert sich. Um das Ausma&szlig; zu bewerten, die, das diese genetischen Unterschiede ph&auml;notypisch manifestiert wurden, wurden die Auslastung Muster 30 Kohlenstoff-Substraten untersucht und die Nische &Uuml;berlappung Indizes (NOI) berechnet. Trotz zeigen eine hohe NOI (&gt; 0.9), erhebliche Unterschiede existierte in der Substrat-Auslastung-F&auml;higkeiten der Isolate darauf hindeutet, dass entweder ein hohes Ma&szlig; an Spezialisierung Nische oder Mechanismen, die f&uuml;r nicht-kompetitiver Zusammenleben, waren in diesem &ouml;kologischen Kontext. Wachstum-Studien zeigten, dass die isoliert physiologisch unterschiedlichen Wachstumsrate und die G&auml;rung Produkt Verh&auml;ltnisse waren. Unsere Daten zeigen, dass die ph&auml;notypische Vielfalt in genetisch Microdiverse vorhanden ist, die Thermoanaerobacter aus einer gemeinsamen Umgebung isoliert.

Isolate des Thermoanaerobacter Thermohydrosulfuricus aus zerfallenden Holz Kompost anzeigen genetische und ph&auml;notypische Microdiversity.

In questo studio, 12 ceppi di Thermoanaerobacter sono stati isolati da un singolo campione di compost legno in decomposizione e sottoposti ad analisi genetiche e fenotipiche. La codifica di sequenze di geni 16S rRNA ha suggerito che gli isolati erano pi&ugrave; simili a ceppi di Thermoanaerobacter pseudethanolicus o Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus. Esame della destinazione universale minore conservato chaperonina-60 (cpn60) ha mostrato che alcuni isolati condividevano il pi&ugrave; alta identit&agrave; di sequenza con la thermohydrosulfuricus T.; Tuttavia, gli altri a Thermoanaerobacter wiegelii e Thermoanaerobacter SP. Rt8.G4 (precedentemente Thermoanaerobacter brockii Rt8.G4). Profili di BOX-PCR fingerprinting identificato differenze nei modelli di banding non solo tra gli isolati e i ceppi di riferimento, ma anche tra gli isolati se stessi. Per valutare la misura che queste differenze genetiche sono stati fenotipicamente manifesta, sono stati esaminati i modelli di utilizzo dei substrati di carbonio 30 e calcolati gli indici di sovrapposizione di nicchia (NOI). Pur mostrando a NOI alta (&amp;gt; 0.9), significative differenze esistevano nelle capacit&agrave; di utilizzazione del substrato degli isolati, suggerendo che sia un alto grado di specializzazione di nicchia o meccanismi permettendo di convivenza non competitivo, erano presenti all&#39;interno di questo contesto ecologico. Crescita studi hanno mostrato che gli isolati sono stati fisiologicamente distinti nel tasso di crescita sia i rapporti di prodotto di fermentazione. I nostri dati indicano che la diversit&agrave; fenotipica esiste all&#39;interno di geneticamente microdiverse che Thermoanaerobacter isolati da un ambiente comune.

Isolati di Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus da compost legno in decomposizione visualizzano microdiversity fenotipici e genetici.

&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;, 12 &#x682A;&#x597D;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x8150;&#x6557;&#x6728;&#x6750;&#x5806;&#x80A5;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x53D7;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;16S rRNA &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x83CC;&#x682A;&#x306F;, &#x597D; pseudethanolicus &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x597D; thermohydrosulfuricus &#x306E;&#x83CC;&#x682A;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x9001;&#x6599;&#x7BC0;&#x7D04;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30CB;&#x30F3; 60 (cpn60) &#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x306E;&#x83CC;&#x682A;&#x304C; T. thermohydrosulfuricus &#x3068;&#x6700;&#x9AD8;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; id &#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x8A8D;&#x3081;&#x305F;;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x4EBA;&#x306B;&#x597D; wiegelii &#x3068;&#x597D; sp. Rt8.G4 &#xFF08;&#x65E7;&#x597D; brockii Rt8.G4)&#x3002;&#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9; PCR &#x30D5;&#x30A3;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x682A;&#x306E;&#x9593;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x81EA;&#x8EAB;&#x3082;&#x30D0;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5DEE;&#x7570;&#x304C;&#x660E;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5F62;&#x8CEA;&#x306E;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;30 &#x306E;&#x70AD;&#x7D20;&#x57FA;&#x677F;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x7387;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x91CD;&#x8907;&#x6307;&#x6A19; (NOI) &#x8A08;&#x7B97;&#x3002;&#x9AD8;&#x30CE;&#x30A4; (&#x76EE; 0.9)&#x3001;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x793A;&#x5506;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x57FA;&#x677F;&#x4F7F;&#x7528;&#x7387;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x8868;&#x793A;&#x4E2D;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306A;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x7279;&#x5316;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7AF6;&#x4E89;&#x5171;&#x5B58;&#x3092;&#x8003;&#x616E;&#x3057;&#x305F;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3053;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6210;&#x9577;&#x7814;&#x7A76;&#x83CC;&#x682A;&#x306F;, &#x6210;&#x9577;&#x7387;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x767A;&#x9175;&#x88FD;&#x54C1;&#x6BD4;&#x3067;&#x751F;&#x7406;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x597D;&#x5171;&#x901A;&#x74B0;&#x5883;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F; microdiverse &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x597D; thermohydrosulfuricus &#x8150;&#x6557;&#x6728;&#x6750;&#x5806;&#x80A5;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x9694;&#x96E2;&#x96C6;&#x56E3;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x30FB;&#x5F62;&#x614B;&#x306E; microdiversity &#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; Thermoanaerobacter&#xC758; 12 &#xBCC0;&#xC885; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBD80;&#xD328; &#xB098;&#xBB34; &#xD1F4; &#xBE44; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACE0;&#xB9BD; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC720;&#xC804;&#xACFC; phenotypic &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; &#xB300;&#xC0C1;. 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB97C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xAC00;&#xC7A5; Thermoanaerobacter pseudethanolicus &#xB610;&#xB294; Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus&#xC758; &#xBCC0;&#xC885; &#xC720;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB35C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; chaperonin-60 (cpn60) &#xC720;&#xB2C8;&#xBC84;&#xC15C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC2DC;&#xD5D8;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4; &#xC77C;&#xBD80; &#xACA9;&#xB9AC; T. thermohydrosulfuricus; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; id &#xACF5;&#xC720; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, Thermoanaerobacter wiegelii &#xBC0F; sp. Thermoanaerobacter Rt8.G4 (&#xAD6C; Thermoanaerobacter brockii Rt8.G4)&#xC744; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0AC;&#xB78C;. &#xC0C1;&#xC790;-PCR &#xC9C0;&#xBB38; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C; &#xC0AC;&#xC774; &#xACA9;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xCC38;&#xC870; &#xAE34;&#xC7A5; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC2A4;&#xC2A4;&#xB85C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xC904;&#xBB34;&#xB2AC; &#xD328;&#xD134;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xC2DD;&#xBCC4;. 30 &#xD0C4;&#xC18C; &#xAE30;&#xD310;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD328;&#xD134; &#xC870;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xCC28;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4; phenotypically &#xAC01; &#xC131; &#xC815;&#xB3C4; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; &#xD2C8;&#xC0C8; &#xC911;&#xBCF5; &#xC778;&#xB371;&#xC2A4; (&#xB178;&#xC774;) &#xACC4;&#xC0B0;. &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xB178;&#xC774; (&amp;gt; 0.9), &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xC874;&#xC7AC; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC758; &#xAE30;&#xD310; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xB960; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xD2C8;&#xC0C8; &#xC804;&#xBB38;&#xD654; &#xB610;&#xB294; &#xBE44; &#xACBD;&#xC7C1; &#xACF5;&#xC874;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC38;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC131;&#xC7A5; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xACA9;&#xB9AC; &#xC21C;&#xC218; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xC131;&#xC7A5; &#xC18D;&#xB3C4;&#xC640; &#xBC1C;&#xD6A8; &#xC81C;&#xD488; &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; phenotypic &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; microdiverse Thermoanaerobacter&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACA9;&#xB9AC; &#xB0B4; &#xC874;&#xC7AC;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus &#xC369; &#xC5B4; &#xB098;&#xBB34; &#xD1F4; &#xBE44;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xACA9;&#xB9AC; &#xC720;&#xC804;&#xACFC; phenotypic microdiversity&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

En este estudio, 12 cepas de Tengcongensis fueron aisladas de una sola muestra de madera de compost que se decae y sometidas a perfiles gen&eacute;ticos y fenot&iacute;picos. El rRNA 16S codificaci&oacute;n de secuencias de genes sugiere que los aislantes eran m&aacute;s similares a las cepas de Tengcongensis pseudethanolicus o Tengcongensis thermohydrosulfuricus. La examinaci&oacute;n del menor objetivo universal conservado chaperonina-60 (cpn60) demostr&oacute; que algunos aislamientos compartieron la mayor identidad de secuencia con T. thermohydrosulfuricus; sin embargo, otros a Tengcongensis wiegelii y Tengcongensis SP. Rt8.G4 (antiguamente Tengcongensis brockii Rt8.G4). Perfiles huellas dactilares caja-PCR identifican diferencias en los patrones de bandas no s&oacute;lo entre los aislamientos y las cepas de referencia, sino tambi&eacute;n entre los aislamientos de ellos mismos. Para evaluar en qu&eacute; medida que estas diferencias gen&eacute;ticas se manifiestan fenot&iacute;picamente, examinaron los patrones de utilizaci&oacute;n de sustratos de carbono 30 y calcularon los &iacute;ndices de solapamiento de nichos (NOI). A pesar de mostrando una alta NOI (&gt; 0.9), importante exist&iacute;an diferencias en las capacidades de utilizaci&oacute;n de sustrato de los aislantes, lo que sugiere que ya sea un alto grado de especializaci&oacute;n de nicho o mecanismos que permitan de convivencia no competitiva, estaban presentes dentro de este contexto ecol&oacute;gico. Crecimiento los estudios demostraron que los aislantes eran fisiol&oacute;gicamente distintos tanto en crecimiento como las proporciones de producto de la fermentaci&oacute;n. Nuestros datos indican que existe diversidad fenot&iacute;pica dentro gen&eacute;ticamente microdiverse que Tengcongensis aislantes de un entorno com&uacute;n.

Aislamientos de thermohydrosulfuricus de Tengcongensis de compuesto de madera en descomposici&oacute;n Mostrar microdiversity gen&eacute;tica y fenot&iacute;pica.

Article	Year
Comparison of ileum microflora of pigs fed corn-, wheat-, or barley-based diets by chaperonin-60 sequencing and quantitative PCR. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 15691942	2005
Is there an answer? IUBMB life\| PubMed ID: 16036562	2005
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Predicting relatedness of bacterial genomes using the chaperonin-60 universal target (cpn60 UT): application to Thermoanaerobacter species. Systematic and applied microbiology\| PubMed ID: 21392917	2011
Pyrosequencing of chaperonin-60 (cpn60) amplicons as a means of determining microbial community composition. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)\| PubMed ID: 21431768	2011
Molecular definition of vaginal microbiota in East African commercial sex workers. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 21531840	2011
Biological pretreatment with a cellobiose dehydrogenase-deficient strain of Trametes versicolor enhances the biofuel potential of canola straw. Bioresource technology\| PubMed ID: 21903381	2011
Isolates of Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus from decaying wood compost display genetic and phenotypic microdiversity. FEMS microbiology ecology\| PubMed ID: 22066958	2011

Tim J. Dumonceaux

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