isolation-genome-analysis-single-virions-using-single-virus

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

The J. Craig Venter Institute

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5355;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5927;&#x5927;&#x5F71;&#x54CD;&#x4E86;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4E0E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x901A;&#x8FC7;&#x4FBF;&#x5229;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x76F4;&#x63A5;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7EE7;&#x7EED;&#x906D;&#x53D7;&#x56F0;&#x96BE;&#x7684;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x8868;&#x5F81;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x62A5;&#x544A;&#x79F0;&#x4E3A;&#x5355;&#x5C31; &#39; &#x4E00;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0; &#39;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5B8C;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x5355;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x3002;&#x6DF7;&#x5408;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#xFF0C;&#x7531;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2; &#xFF1B;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53; lambda &#x548C; T4&#x3001; &#x8FDB;&#x884C;&#x6392;&#x5E8F;&#x4F7F;&#x7528;&#x6D41;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x672F;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x743C;&#x8102;&#x7CD6;&#x77E9;&#x9635;&#x4E2D;&#x3002;&#x7136;&#x540E;&#x53D6;&#x5F97;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x4E86;&#x539F;&#x4F4D;&#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927; (MDA)&#x3002;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; lambda &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x7387;&#x7EA6; 437 X &#x5E73;&#x5747;&#x6C34;&#x6DF1;&#x6536;&#x56DE;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5355;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5C06;&#x542F;&#x7528;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x9065;&#x4E0D;&#x53EF;&#x53CA;&#x7684;&#x5904;&#x7406;&#x95EE;&#x9898;&#x6709;&#x5173;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3001; &#x8FDB;&#x5316;&#x3001; &#x9002;&#x5E94;&#x548C;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x5458;&#x3002;

&#x5355;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;: &#x75C5;&#x6BD2;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x65B0;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells has significantly influenced genomics and microbial ecology by facilitating direct recovery of reference genome data. However, viral genomics continues to suffer due to difficulties related to the isolation and characterization of uncultivated viruses. We report here on a new approach called 'Single Virus Genomics', which enabled the isolation and complete genome sequencing of the first single virus particle. A mixed assemblage comprised of two known viruses; E. coli bacteriophages lambda and T4, were sorted using flow cytometric methods and subsequently immobilized in an agarose matrix. Genome amplification was then achieved in situ via multiple displacement amplification (MDA). The complete lambda phage genome was recovered with an average depth of coverage of approximately 437X. The isolation and genome sequencing of uncultivated viruses using Single Virus Genomics approaches will enable researchers to address questions about viral diversity, evolution, adaptation and ecology that were previously unattainable.

Single virus genomics: a new tool for virus discovery.

D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome entier et le s&#xE9;quen&#xE7;age des cellules microbiennes simples a fortement influenc&#xE9; l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne et la g&#xE9;nomique en facilitant la r&#xE9;cup&#xE9;ration directe des donn&#xE9;es du g&#xE9;nome de r&#xE9;f&#xE9;rence. Toutefois, la g&#xE9;nomique viral continue de souffrir en raison de difficult&#xE9;s li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;isolement et la caract&#xE9;risation des virus incultes. Nous rapportons ici une nouvelle approche appel&#xE9;e &#xAB;g&#xE9;nomique de virus unique&#xBB;, ce qui a permis l&#x26;#39;isolement et le s&#xE9;quen&#xE7;age complet du g&#xE9;nome de la particule virale premier single. Un assemblage mixte compos&#xE9; de deux virus connus; E. coli bact&#xE9;riophages lambda et T4, ont &#xE9;t&#xE9; tri&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;aide des m&#xE9;thodes de cytom&#xE9;trie en flux et par la suite immobilis&#xE9; dans une matrice d&#x26;#39;agarose. D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome a ensuite &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;alis&#xE9;e in situ par l&#x26;#39;amplification par d&#xE9;placement multiple (MDA). Le phage lambda compl&#xE8;te du g&#xE9;nome a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9; avec une profondeur moyenne de la couverture d&#x26;#39;environ 437X. L&#x26;#39;isolement et s&#xE9;quen&#xE7;age du g&#xE9;nome de virus incultes en utilisant des approches de g&#xE9;nomique de virus unique permettra aux chercheurs de r&#xE9;pondre aux questions sur la diversit&#xE9; virale, l&#x26;#39;&#xE9;volution, l&#x26;#39;adaptation et de l&#x26;#39;&#xE9;cologie qui &#xE9;taient auparavant inaccessibles.

G&#xE9;nomique seul virus: un nouvel outil pour le virus de la d&#xE9;couverte

Whole Genome Amplifikation und Sequenzierung des mikrobiellen Einzelzellen hat ma&szlig;geblich beeinflusst Genomics und Mikrobielle &Ouml;kologie durch direkte Wiederherstellung des Genoms Referenzdaten zu erleichtern. Virale Genomics weiterhin jedoch wegen der Schwierigkeiten, die Isolierung und Charakterisierung von Wildpflanze Viren zu leiden. Wir berichten hier &uuml;ber einen neuen Ansatz namens &#39;Einzigen Virus Genomics&#39;, die die Isolation aktiviert und Sequenzierung des Genoms von den ersten einzelnen Virus-Partikel. Eine gemischte Gef&uuml;ge, bestehend aus zwei bekannten Viren; E. Coli Bakteriophagen Lambda und T4, wurden sortiert, mit flie&szlig;en Cytometric Methoden und anschlie&szlig;end in eine Agarose-Matrix immobilisiert. Genom-Verst&auml;rkung wurde dann an Ort und Stelle &uuml;ber mehrere Verschiebung Verst&auml;rkung (MDA) erreicht. Das komplette Lambda Phage Genom wurde mit einer durchschnittlichen Tiefe von Berichterstattung &uuml;ber ca. 437 X wiederhergestellt. Die Isolation und Genom-Sequenzierung Wildpflanze Virenarten, die einzigen Virus Genomics Ans&auml;tze k&ouml;nnen Forscher Fragen &uuml;ber virale Vielfalt, Entwicklung, Anpassung und &Ouml;kologie, die bisher unerreichbar waren.

Einzelzimmer Virus Genomics: ein neues Tool f&uuml;r Virus-Entdeckung.

Intero genoma amplificazione e sequenziamento delle singole cellule microbiche ha significativamente influenzato genomica ed ecologia microbica agevolando il recupero diretto dei dati del genoma di riferimento. Tuttavia, genomica virale continua a soffrire a causa delle difficolt&agrave; relative all&#39;isolamento e caratterizzazione dei virus incolto. Abbiamo relazione qui su un nuovo approccio, chiamato &#39;Singolo Virus genomica&#39;, che ha permesso l&#39;isolamento e completare il sequenziamento del genoma della prima particella singolo virus. Un assemblaggio misto composto da due virus conosciuti; E. coli batteriofagi lambda e T4, furono ordinati utilizzando metodi cytometric di flusso e successivamente immobilizzato in una matrice di agarosio. Amplificazione del genoma &egrave; stato poi raggiunto in situ tramite amplificazione multipla di cilindrata (MDA). Il genoma del fago lambda completo &egrave; stato recuperato con una profondit&agrave; media di copertura di circa 437 X. Il sequenziamento isolamento e del genoma del virus incolto mediante approcci di genomica Virus singolo permetter&agrave; ai ricercatori di domande di indirizzo sulla diversit&agrave; virale, evoluzione, adattamento ed ecologia che erano precedentemente irraggiungibile.

Singolo virus genomica: un nuovo strumento per la scoperta del virus.

&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x56DE;&#x53CE;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5358;&#x96E2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7279;&#x6027;&#x8A55;&#x4FA1;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x56F0;&#x96E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x82E6;&#x3057;&#x3080;&#x3057;&#x7D9A;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305A;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3057;&#x3066; &#x26;quot;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x26;quot;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x3002; 2&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x6DF7;&#x5408;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3001;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x3068;T4&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x30A2;&#x30AC;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#xFF08;MDA&#xFF09;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x306E;&#x5834;&#x3067;&#x9054;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x7D04;437X&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x6DF1;&#x3055;&#x3067;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306F;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x9054;&#x6210;&#x4E0D;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3001;&#x9032;&#x5316;&#x3001;&#x9069;&#x5FDC;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x8CEA;&#x554F;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#xFF1A;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;

&#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC21C;&#xC11C;&#xB294; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC744; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xB97C; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD558; &#xC5EC; &#xC88C;&#xC6B0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6C0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xACE0;&#xD1B5;&#xC744; &#xACC4;&#xC18D; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC5EC;&#xAE30; &#xB77C;&#xB294; &#39; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#39;, &#xC808;&#xC5F0;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD558; &#xACE0; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC644;&#xB8CC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xD63C;&#xD569;&#xB41C; &#xC870;&#xB9BD; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; bacteriophages &#xB78C;&#xB2E4; &#xBC0F; T4, &#xD750;&#xB984; cytometric &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xD6C4;&#xC5D0; agarose &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC77C; &#xC218; &#xC815;&#xB82C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA)&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD604;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2EC;&#xC131; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xB78C;&#xB2E4; &#xD30C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC57D; 437 X&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xC758; &#xD3C9;&#xADE0; &#xAE4A;&#xC774; &#xD568;&#xAED8; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC790;&#xC5D0; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB2EC;&#xC131; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;, &#xC9C4;&#xD654;, &#xC801;&#xC751; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC18C;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xB41C;&#xB2E4;.

&#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2F1;&#xAE00;: &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3C4;&#xAD6C;.

Amplificaci&#xF3;n del genoma entero y la secuencia de las c&#xE9;lulas microbianas individuales ha influido significativamente en la ecolog&#xED;a microbiana y la gen&#xF3;mica, al facilitar la recuperaci&#xF3;n directa de datos del genoma de referencia. Sin embargo, la gen&#xF3;mica viral contin&#xFA;a sufriendo debido a las dificultades relacionadas con el aislamiento y la caracterizaci&#xF3;n de los virus no cultivadas. Presentamos aqu&#xED; un nuevo enfoque llamado &#x26;#39;Gen&#xF3;mica solo virus &#x26;quot;, lo que permiti&#xF3; el aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n completa del genoma de la part&#xED;cula del virus primer single. Un conjunto mixto compuesto por dos virus conocidos; bacteri&#xF3;fagos lambda de E. coli y T4, se ordena utilizando m&#xE9;todos de citometr&#xED;a de flujo y, posteriormente, inmovilizado en una matriz de agarosa. Genoma amplificaci&#xF3;n se logr&#xF3; luego in situ a trav&#xE9;s de la amplificaci&#xF3;n de desplazamiento m&#xFA;ltiple (MDA). El genoma del fago lambda completa se recuper&#xF3; con una profundidad promedio de cobertura de aproximadamente el 437X. El aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n del genoma de los virus cultivados con m&#xE9;todos simples de virus Gen&#xF3;mica permitir&#xE1; a los investigadores para hacer frente a preguntas acerca de la diversidad viral, la evoluci&#xF3;n, la adaptaci&#xF3;n y la ecolog&#xED;a que antes eran inalcanzables.

Mark A. Novotny

Biography

JoVE Journal Publications

Other Publications