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Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP)

Long noncoding RNAs are key regulators of chromatin states for important biological processes such as dosage compensation, imprinting, and developmental ...

Stanford University School of Medicine

Oct4&#x3001; Sox2&#x3001; &#x548C; Nanog &#x662F;&#x63A7;&#x5236;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x4E3A;&#x6240;&#x6709;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x6838;&#x5FC3;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A; Zfp281&#xFF0C;&#x950C;&#x6307;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF0C;&#x662F;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x5B83;&#x9700;&#x8981;&#x4FDD;&#x6301;&#x591A;&#x6F5C;&#x80FD;&#x3002;Zfp281 &#x662F;&#x76F4;&#x63A5;&#x6FC0;&#x6D3B; Nanog &#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x901A;&#x8FC7;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x7F51;&#x7AD9;&#x5728;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x4E2D;&#x6240;&#x793A;&#x975E;&#x5E38;&#x9760;&#x8FD1; Oct4&#x3001; Sox2 &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A; Zfp281 &#x7269;&#x7406;&#x4E0E; Oct4&#x3001; Sox2&#x3001; &#x548C; Nanog &#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x53D1;&#x73B0; 2,417 &#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x6F5C;&#x80FD;&#xFF0C;Oct4&#x3001; Sox2&#x3001; &#x548C; Nanog &#x7B49;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784;&#x7684;&#x51E0;&#x79CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; Zfp281&#xFF0C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5206;&#x6790;&#x6307;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E9B; Zfp281 &#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x88AB;&#x6FC0;&#x6D3B;&#xFF0C;&#x800C;&#x4ED6;&#x4EBA;&#x88AB;&#x538B;&#x6291;&#x540E;&#x7684; Zfp281 &#x7EC4;&#x5408;&#x5F0F;&#x3002;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x548C;&#x9547;&#x538B;&#x57DF;&#x5185; Zfp281 &#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x53D1;&#x6325;&#x53CC;&#x529F;&#x80FD;&#x89D2;&#x8272;&#x5728;&#x7F51;&#x7EDC;&#x5185;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C03;&#x63A7;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x7BC7;&#x6587;&#x7AE0;&#x7684;&#x672B;&#x5C3E;&#x627E;&#x5230;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x5229;&#x76CA;&#x51B2;&#x7A81;&#x7684;&#x62AB;&#x9732;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; Zfp281 &#x63A7;&#x5236;&#x76F4;&#x63A5;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x548C;&#x538B;&#x5236;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x591A;&#x6F5C;&#x80FD;&#x3002;

Oct4, Sox2, and Nanog are key components of a core transcriptional regulatory network that controls the ability of embryonic stem cells to differentiate into all cell types. Here we show that Zfp281, a zinc finger transcription factor, is a key component of the network and that it is required to maintain pluripotency. Zfp281 was shown to directly activate Nanog expression by binding to a site in the promoter in very close proximity to the Oct4 and Sox2 binding sites. We present data showing that Zfp281 physically interacts with Oct4, Sox2, and Nanog. Chromatin immunoprecipitation experiments identified 2,417 genes that are direct targets for regulation by Zfp281, including several transcription factors that are known regulators of pluripotency, such as Oct4, Sox2, and Nanog. Gene expression microarray analysis indicated that some Zfp281 target genes were activated, whereas others were repressed, upon knockdown of Zfp281. The identification of both activation and repression domains within Zfp281 suggests that this transcription factor plays bifunctional roles in regulating gene expression within the network. Disclosure of potential conflicts of interest is found at the end of this article.

The transcription factor Zfp281 controls embryonic stem cell pluripotency by direct activation and repression of target genes.

Oct4, Sox2 et Nanog sont des &eacute;l&eacute;ments cl&eacute;s d&#39;un r&eacute;seau de r&eacute;gulation transcriptionnelle central qui contr&ocirc;le la capacit&eacute; des cellules souches embryonnaires de se diff&eacute;rencier en tous types de cellules. Nous montrons ici que Zfp281, un facteur de transcription de doigt de zinc, est un &eacute;l&eacute;ment cl&eacute; du r&eacute;seau et qu&#39;il est n&eacute;cessaire de maintenir la pluripotence. Zfp281 a &eacute;t&eacute; montr&eacute; pour activer directement Nanog expression en se liant &agrave; un site dans le promoteur &agrave; proximit&eacute; des sites de liaison Oct4 et Sox2. Nous pr&eacute;sentons des donn&eacute;es montrant que Zfp281 interagit physiquement avec Oct4, Sox2 et Nanog. Exp&eacute;riences d&#39;immunopr&eacute;cipitation de la chromatine identifi&eacute; 2 417 g&egrave;nes qui sont les cibles directes pour le r&egrave;glement de Zfp281, y compris plusieurs facteurs de transcription qui sont connues des organismes de r&eacute;glementation de la pluripotence, comme Oct4, Sox2 et Nanog. Gene expression microarray analysis a indiqu&eacute; que certains g&egrave;nes cibles de Zfp281 ont &eacute;t&eacute; activ&eacute;s, alors que d&#39;autres ont &eacute;t&eacute; r&eacute;prim&eacute;es, &agrave; la pr&eacute;cipitation de Zfp281. L&#39;identification des domaines d&#39;activation et de r&eacute;pression au sein de Zfp281 donne &agrave; penser que ce facteur de transcription joue bifonctionnels r&ocirc;les dans la r&eacute;gulation de l&#39;expression g&eacute;nique au sein du r&eacute;seau. Divulgation des conflits d&#39;int&eacute;r&ecirc;ts potentiels se trouve &agrave; la fin de cet article.

Le facteur de transcription Zfp281 contr&ocirc;le la pluripotence des cellules souches embryonnaires par activation directe et de la r&eacute;pression des g&egrave;nes cibles.

Oct4, Sox2 und Nanog sind Schl&uuml;sselkomponenten einer transkriptionelle regulatorischen Kernnetz, die die F&auml;higkeit der embryonalen Stammzellen, die in allen Zellentypen steuert. Hier zeigen wir, dass Zfp281, eine Zink-Finger-&Uuml;bertragungfaktor, eine Schl&uuml;sselkomponente des Netzes ist und dass es erforderlich ist, um die Aufrechterhaltung der Pluripotenz. Zfp281 zeigt direkt aktivieren Sie Nanog Ausdruck von Bindung zu einer Site in der Projekttr&auml;ger in unmittelbarer N&auml;he zu den Oct4 und Sox2 Bindungsstellen. Wir pr&auml;sentieren Daten zeigen, dass Zfp281 Oct4, Sox2 und Nanog physisch interagiert. Chromatin Immunopr&auml;zipitation Experimente identifiziert 2.417 Gene, die sind direkte Ziele f&uuml;r Verordnung von Zfp281, darunter mehrere Transkriptionsfaktoren, die Regler der Pluripotenz, wie Oct4, Sox2 und Nanog bekannt sind. Microarray Genexpressionsanalyse angedeutet, dass einige Zfp281 Zielgene aktiviert wurden, w&auml;hrend andere, nach Niederschlag von Zfp281 unterdr&uuml;ckt wurden. Die Identifizierung von Aktivierung und Repression Dom&auml;nen innerhalb Zfp281 legt nahe, dass dieser Transkriptionsfaktor bifunktionelle Rollen bei der Regulierung der Genexpression im Netzwerk spielt. Offenlegung von m&ouml;glichen Interessenkonflikten findet sich am Ende dieses Artikels.

Der Transkriptionsfaktor Zfp281 steuert die Pluripotenz der embryonalen Stammzellen durch direkte Aktivierung und Repression Zielgene.

Oct4, Sox2 e Nanog sono componenti chiave di un core network normativo trascrizionale che controlla la capacit&agrave; di differenziarsi in tutti i tipi di cellule staminali embrionali. Qui vi mostriamo che Zfp281, un fattore di trascrizione zinc finger, &egrave; un componente chiave della rete e che &egrave; necessario mantenere la pluripotenza. Zfp281 &egrave; stata indicata per attivare direttamente espressione di Nanog legandosi ad un sito in promotore molto vicino ai siti di legame Oct4 e Sox2. Vi presentiamo i dati mostrando che Zfp281 fisicamente interagisce con Oct4, Sox2, Nanog. Gli esperimenti di immunoprecipitazione della cromatina identificato 2.417 geni che sono bersagli diretti per regolamento di Zfp281, tra cui diversi fattori di trascrizione che sono noti regolatori di pluripotenza, come Oct4, Sox2 e Nanog. Analisi di microarray gene expression indicato che sono stati attivati alcuni geni bersaglio di Zfp281, mentre gli altri sono stati repressi, su atterramento di Zfp281. L&#39;identificazione di domini di attivazione e di repressione all&#39;interno Zfp281 suggerisce che questo fattore di trascrizione svolge bifunzionali ruoli nella regolazione della espressione genica all&#39;interno della rete. Divulgazione dei potenziali conflitti di interesse si trova alla fine di questo articolo.

Il fattore di trascrizione Zfp281 controlla la pluripotenza delle cellule staminali embrionali da attivazione diretta e la repressione dei geni bersaglio.

Oct4, Sox2, &#x3068; Nanog &#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30BB;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306B;&#x533A;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x5236;&#x5FA1;&#x30B3;&#x30A2;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; Zfp281&#x3001;&#x4E9C;&#x925B;&#x30D5;&#x30A3;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;Zfp281 &#x76F4;&#x63A5; Nanog &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3078;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x8FD1;&#x63A5; Oct4 &#x3068; Sox2 &#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Zfp281 &#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x306B; Oct4, Sox2, Nanog &#x3068;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x5B9F;&#x9A13;&#x591A;&#x80FD; Oct4, Sox2, Nanog &#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x5F53;&#x5C40;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x898F;&#x5236;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; Zfp281&#x3001;&#x76F4;&#x63A5;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; 2,417 &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4ED6;&#x306E; Zfp281 &#x306E;&#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x6642;&#x3001;&#x6291;&#x5727;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B; Zfp281 &#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Zfp281 &#x5185;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3068;&#x6291;&#x5236;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x5185;&#x4E8C;&#x5B98;&#x80FD;&#x6027;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8A18;&#x4E8B;&#x306E;&#x7D42;&#x308F;&#x308A;&#x306B;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x5229;&#x76CA;&#x76F8;&#x53CD;&#x306E;&#x958B;&#x793A;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50; Zfp281 &#x306F;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3068;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6291;&#x5727;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x5FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Oct4, Sox2, &#xBC0F; Nanog&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC138;&#xD3EC; &#xC720;&#xD615;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xD575;&#xC2EC; transcriptional &#xADDC;&#xC81C; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; Zfp281, &#xC544;&#xC5F0; &#xC190;&#xAC00;&#xB77D; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;, &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC640; pluripotency &#xC720;&#xC9C0; &#xD574;&#xC57C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Zfp281 Oct4 &#xBC0F; Sox2 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xADFC;&#xC811;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC9C1;&#xC811; Nanog &#xC2DD; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD588;&#xB2E4;. Zfp281 &#xBB3C;&#xB9AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; Oct4, Sox2, &#xBC0F; Nanog&#xC640; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0;. Chromatin immunoprecipitation &#xC2E4;&#xD5D8; 2417 &#xC720;&#xC804;&#xC790; pluripotency Oct4, Sox2, Nanog &#xB4F1;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; Zfp281&#xC5D0; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C1;&#xC811;&#xC801;&#xC778; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xD604; microarray &#xBD84;&#xC11D; &#xD45C;&#xC2DC; &#xC77C;&#xBD80; Zfp281 &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB41C; &#xBC18;&#xBA74; zfp281&#xC758; &#xCD5C;&#xC800;&#xC758; &#xB530;&#xB77C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC5B5;&#xC555; &#xD588;&#xB2E4;. Zfp281 &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xBC0F; &#xC5B5;&#xC555; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC774; &#xD544; &#xC0AC; &#xC694;&#xC18C;&#xB294; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; bifunctional &#xC5ED;&#xD560; &#xC7AC;&#xC0DD; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xCDA9;&#xB3CC;&#xC758; &#xACF5;&#xAC1C;&#xB294;&#xC774; &#xBB38;&#xC11C;&#xC758; &#xB05D;&#xC5D0; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C;&#xB2E4;.

&#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; Zfp281 &#xBBF8; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC; pluripotency &#xC9C1;&#xC811; &#xC815;&#xD488; &#xC778;&#xC99D; &#xBC0F; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD558; &#xC5EC; &#xC81C;&#xC5B4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Oct4, Sox2 y Nanog son componentes clave de una red de regulaci&oacute;n transcripcional de central que controla la capacidad de diferenciarse en todos los tipos celulares de c&eacute;lulas madre embrionarias. Aqu&iacute; mostramos que Zfp281, un factor de transcripci&oacute;n de dedos de zinc, es un componente clave de la red y que es necesario mantener la pluripotencia. Zfp281 fue demostrado para activar directamente la expresi&oacute;n Nanog atando a un sitio en el promotor en las proximidades de los sitios de uni&oacute;n de Oct4 y el Sox2. Presentamos datos que muestran que Zfp281 interacciona f&iacute;sicamente con Oct4, Sox2 y Nanog. Experimentos de inmunoprecipitaci&oacute;n de cromatina identifican 2.417 genes que son blancos directos para la regulaci&oacute;n por parte de Zfp281, incluyendo varios factores de transcripci&oacute;n que son conocidos los reguladores de la pluripotencia, como Oct4, Sox2 y Nanog. An&aacute;lisis de microarrays de expresi&oacute;n g&eacute;nica indicaron que fueron activados algunos genes diana de Zfp281, mientras que otros fueron reprimidos, sobre la ca&iacute;da de Zfp281. La identificaci&oacute;n de dominios de activaci&oacute;n y la represi&oacute;n dentro de Zfp281 sugiere que este factor de transcripci&oacute;n desempe&ntilde;a papeles bifuncionales en la regulaci&oacute;n de la expresi&oacute;n g&eacute;nica dentro de la red. Divulgaci&oacute;n de potenciales conflictos de inter&eacute;s se encuentra al final de este art&iacute;culo.

El factor de transcripci&oacute;n Zfp281 controla la pluripotencia de c&eacute;lulas madre embrionarias por activaci&oacute;n directa y represi&oacute;n de genes diana.

&#x957F;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; Rna &#xFF08;lncRNAs&#xFF09; &#x4E3B;&#x8981;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x72B6;&#x6001;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6027;&#x8D28;&#x548C; RNA &#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4E92;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x5927;&#x591A;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x5206;&#x79BB;&#x7EAF;&#x5316; RNA (&#x5541;&#x557E;)&#xFF0C;&#x7531;&#x5E73;&#x94FA;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x68C0;&#x7D22;&#x7279;&#x5B9A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x4E0E;&#x679A;&#x4E3E;&#x7684;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;lncRNAs&#x3002;&#x5541;&#x557E; seq &#x7684;&#x4E09;&#x4E2A; lncRNAs &#x63ED;&#x793A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; RNA &#x5360;&#x7528;&#x7AD9;&#x70B9;&#x662F;&#x7126;&#x3001; &#x7279;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x548C;&#x65E0;&#x6570;&#x3002;&#x679C;&#x8747; roX2 RNA &#x5360;&#x7537;&#x6027; X &#x8FDE;&#x9501;&#x57FA;&#x56E0;&#x673A;&#x6784;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x503E;&#x5411;&#x4E8E; 3&#39; &#x7ED3;&#x675F;&#x65F6;&#xFF0C;&#x5728; ces &#x4E0A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x5CF0;&#x503C;&#x3002;&#x7AEF;&#x7C92;&#x9176; RNA TERC &#x5360;&#x636E;&#x7AEF;&#x7C92;&#x548C; Wnt &#x901A;&#x8DEF;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x70ED;&#x98CE; lncRNA &#x4F18;&#x5148;&#x5360;&#x7528; GA &#x5BCC; DNA &#x6BCD;&#x9898;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x6838; Polycomb &#x5360;&#x7528;&#x548C;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D; H3 &#x8D56;&#x6C28;&#x9178; 27 trimethylation &#x5E7F;&#x6CDB;&#x9886;&#x57DF;&#x3002;&#x70ED;&#x98CE;&#x5165;&#x4F4F;&#x72EC;&#x7ACB; EZH2&#xFF0C;&#x6697;&#x793A; Polycomb &#x5360;&#x7528; RNA &#x6307;&#x5BFC;&#x7684;&#x987A;&#x5E8F;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;&#x5541;&#x557E; seq &#x662F;&#x4E00;&#x822C;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x7167;&#x4EAE; RNA &#x548C;&#x65B0;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4E0E;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7684;&#x4EA4;&#x96C6;&#x3002;

&#x957F;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; RNA &#x5360;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x56FE;&#x8C31;&#x63ED;&#x793A; RNA &#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x539F;&#x5219;&#x3002;

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are key regulators of chromatin state, yet the nature and sites of RNA-chromatin interaction are mostly unknown. Here we introduce Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP), where tiling oligonucleotides retrieve specific lncRNAs with bound protein and DNA sequences, which are enumerated by deep sequencing. ChIRP-seq of three lncRNAs reveal that RNA occupancy sites in the genome are focal, sequence-specific, and numerous. Drosophila roX2 RNA occupies male X-linked gene bodies with increasing tendency toward the 3' end, peaking at CES sites. Human telomerase RNA TERC occupies telomeres and Wnt pathway genes. HOTAIR lncRNA preferentially occupies a GA-rich DNA motif to nucleate broad domains of Polycomb occupancy and histone H3 lysine 27 trimethylation. HOTAIR occupancy occurs independently of EZH2, suggesting the order of RNA guidance of Polycomb occupancy. ChIRP-seq is generally applicable to illuminate the intersection of RNA and chromatin with newfound precision genome wide.

Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions.

ARN non codant longues (lncRNAs) sont des r&#xE9;gulateurs cl&#xE9;s de l&#x26;#39;&#xE9;tat de la chromatine, mais la nature et des sites de l&#x26;#39;ARN-chromatine interaction sont la plupart du temps inconnue. Ici, nous introduisons l&#x26;#39;isolement de la chromatine par purification d&#x26;#39;ARN (CHIRP), o&#xF9; oligonucl&#xE9;otides carrelage r&#xE9;cup&#xE9;rer lncRNAs sp&#xE9;cifiques li&#xE9; aux prot&#xE9;ines et des s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN, qui sont &#xE9;num&#xE9;r&#xE9;s par s&#xE9;quen&#xE7;age en profondeur. CHIRP-seq de trois lncRNAs r&#xE9;v&#xE8;lent que les sites d&#x26;#39;occupation d&#x26;#39;ARN dans le g&#xE9;nome sont focale, la s&#xE9;quence-sp&#xE9;cifique, et de nombreux. Drosophila roX2 ARN occupe masculins organismes de g&#xE8;nes li&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;X avec une tendance croissante vers l&#x26;#39;extr&#xE9;mit&#xE9; 3 &#x26;#39;, avec un pic sur les sites de la SC&#xC9;. Human ARN de la t&#xE9;lom&#xE9;rase TERC occupe t&#xE9;lom&#xE8;res et les g&#xE8;nes de la voie Wnt. Hotair lncRNA occupe pr&#xE9;f&#xE9;rentiellement un motif d&#x26;#39;ADN GA-riche &#xE0; des domaines nucl&#xE9;&#xE9;s larges d&#x26;#39;occupation Polycomb et l&#x26;#39;histone H3 lysine 27 trim&#xE9;thylation. Occupation Hotair se produit ind&#xE9;pendamment de EZH2, ce qui sugg&#xE8;re l&#x26;#39;ordre de l&#x26;#39;orientation ARN d&#x26;#39;occupation Polycomb. CHIRP-seq est g&#xE9;n&#xE9;ralement applicable pour &#xE9;clairer l&#x26;#39;intersection de l&#x26;#39;ARN et de la chromatine avec pr&#xE9;cision retrouv&#xE9;e g&#xE9;nome entier.

Cartes g&#xE9;nomiques de non codant d&#x26;#39;occupation &#xE0; long ARN Reveal Principes de l&#x26;#39;ARN-chromatine Interactions

Lange noncoding RNAs (LncRNAs) sind wichtige Regulatoren der Chromatin-Staat, doch die Natur und die Websites der RNA-Chromatin-Interaktion sind meist unbekannt. Hier stellen wir Chromatin Isolierung von RNA Aufreinigung (ChIRP), wo Fliesen Oligonukleotide Abrufen bestimmter LncRNAs mit gebundenen Protein und DNA-Sequenzen, die von tiefen Sequenzierung aufgelistet sind. ChIRP-Seq von drei LncRNAs zeigen, dass RNA-Belegung-Websites im Genom sind fokale, Sequenz-spezifische, und zahlreich. Taufliege roX2 RNA nimmt m&auml;nnliche X-chromosomalen gen stellen mit zunehmender Tendenz zum 3&#39; Ende, H&ouml;chststand von CES-Websites. Menschlichen Telomerase RNA TERC besetzt Telomere und Wnt-Signalweg-Gene. HEI&szlig;LUFT-LncRNA nimmt bevorzugt ein GA-reiche DNA-Motiv um breite Bereiche der Polycomb Belegung und Histon H3 Lysin 27 Trimethylation nucleate. HEI&szlig;LUFT-Belegung erfolgt unabh&auml;ngig von EZH2, was auf die Reihenfolge der RNA-Anleitung von Polycomb-Belegung. ChIRP-Seq gilt allgemein, der Kreuzung von RNA und Chromatin mit neu entdeckten Pr&auml;zision Genom Breite zu beleuchten.

Genomische Karten &uuml;ber die lange nichtkodierende RNA-Belegung zeigen Grunds&auml;tze der RNA-Chromatin-Interaktionen.

Lunga non codificante RNAs (lncRNAs) sono regolatori chiave dello stato della cromatina, eppure la natura e i siti di interazione della RNA-cromatina sono per lo pi&ugrave; sconosciuti. Qui presentiamo cromatina isolamento da purificazione RNA (ChIRP), dove i oligonucleotides piastrellatura recuperare specifiche lncRNAs con la proteina associata e sequenze di DNA, che sono enumerate da deep sequencing. ChIRP-seq di tre lncRNAs rivelano che siti occupancy RNA del genoma sono focali, sequenza-specifico e numerosi. Drosofila roX2 RNA occupa corpi maschili gene X-linked con crescente tendenza verso l&#39;estremit&agrave; 3&#39;, piazzandosi al siti CES. Human telomerase RNA TERC occupa telomeri e geni pathway Wnt. HOTAIR lncRNA preferenzialmente occupa un motif GA-rich DNA per nucleazione ampi domini del Polycomb occupazione e istone H3 lisina 27 trimethylation. Occupazione HOTAIR si verifica indipendentemente dal EZH2, suggerendo l&#39;ordine della guida di RNA di Polycomb occupancy. ChIRP-seq &egrave; generalmente applicabile per illuminare l&#39;intersezione del RNA e della cromatina con genoma ritrovata precisione ampia.

Mappe genomiche di occupazione di RNA lunga non codificante rivelano i principi delle interazioni RNA-cromatina.

&#x9577;&#x3044;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;RNA&#xFF08;lncRNAs&#xFF09;&#x306F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x307E;&#x3060;&#x81EA;&#x7136;&#x3068;RNA-&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x4E0D;&#x660E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306F;&#x6DF1;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5217;&#x6319;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;DNA&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;lncRNAs&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;RNA&#x7CBE;&#x88FD;&#xFF08;&#x30C1;&#x30E3;&#x30FC;&#x30D7;&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x5358;&#x96E2;&#x3092;&#x3054;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 3 lncRNAs&#x306E;&#x30C1;&#x30E3;&#x30FC;&#x30D7;seq&#x306F;&#x914D;&#x5217;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;RNA&#x306E;&#x5360;&#x6709;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304C;&#x7126;&#x70B9;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;roX2 RNA&#x306F;&#x3001;CES&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x9054;&#x3057;&#x3001;3 &#x26;#39;&#x672B;&#x7AEF;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x5897;&#x52A0;&#x50BE;&#x5411;&#x3067;&#x7537;&#x6027;&#x306E;X&#x9023;&#x9396;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x672C;&#x4F53;&#x3092;&#x5360;&#x6709;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D2;&#x30C8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;RNA TERC&#x306F;&#x30C6;&#x30ED;&#x30E1;&#x30A2;&#x3068;Wnt&#x7D4C;&#x8DEF;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30AE;&#x30E7;&#x30EC;&#x30E1;lncRNA&#x306F;&#x3001;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306B;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30E0;&#x5360;&#x6709;&#x3068;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;H3&#x306E;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;27&#x30C8;&#x30EA;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x306E;&#x6838;&#x5E83;&#x3044;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;GA-&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;DNA&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30AE;&#x30E7;&#x30EC;&#x30E1;&#x5360;&#x6709;&#x7387;&#x306F;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30E0;&#x5360;&#x6709;&#x306E;RNA&#x6307;&#x5C0E;&#x306E;&#x9806;&#x5E8F;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;EZH2&#x3068;&#x306F;&#x7121;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x306E;Chirp-seq&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x65B0;&#x305F;&#x306B;&#x9AD8;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x3067;RNA&#x3068;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x3068;&#x306E;&#x4EA4;&#x70B9;&#x3092;&#x7167;&#x3089;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30ED;&#x30F3;&#x30B0;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;RNA&#x5360;&#x6709;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;RNA-&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xAE34; noncoding RNAs (lncRNAs) chromatin &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC758; &#xD0A4; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xC544;&#xC9C1; &#xC790;&#xC5F0;&#xACFC; RNA chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB294; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAE30;&#xC640; oligonucleotides &#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC0F; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC5F4;&#xAC70; &#xB41C; &#xD2B9;&#xC815; Lncrnas&#xC744; &#xAC80;&#xC0C9; Chromatin &#xACA9;&#xB9AC; RNA &#xC815;&#xD654; (&#xC9F9;&#xC9F9;) &#xC18C;&#xAC1C;. 3 Lncrnas&#xC758; &#xC9F9;&#xC9F9;-seq&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; RNA &#xC778; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB294; &#xCD08;&#xC810;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD00;&#xB828; &#xACF5;&#xAC1C; &#xBC0F; &#xB2E4;. Drosophila roX2 RNA CES &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC815;&#xC810;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xACBD;&#xD5A5;&#xC744; 3&#39; &#xB05D;, &#xB0A8;&#xC790; X &#xC5F0;&#xACB0; &#xC9C4; &#xC2DC;&#xCCB4;&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; telomerase RNA TERC telomeres &#xBC0F; Wnt &#xACBD;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. HOTAIR Lncrna&#xB294; &#xC6B0;&#xC120;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; Polycomb &#xC778;&#xC640; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; H3 lysine 27 trimethylation&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; nucleate&#xAC00; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; DNA &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. HOTAIR &#xC778; EZH2, Polycomb &#xC120;&#xC810;&#xC758; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xD558;&#xC5D0; RNA &#xC21C;&#xC11C; &#xC81C;&#xC548; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9F9;&#xC9F9; seq &#xBC1D;&#xD788;&#xB294; RNA&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC815;&#xBC00; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; chromatin&#xC758; &#xAD50;&#xCC28;&#xC810;&#xC5D0; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC801;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE34; noncoding RNA &#xC810;&#xB839;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xACF5;&#xAC1C; RNA chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC6D0;&#xB9AC;.

RNAs no codificantes (Long lncRNAs) son los principales reguladores del estado de la cromatina, sin embargo, la naturaleza y los sitios de ARN-cromatina interacci&#xF3;n son en su mayor&#xED;a desconocidos. Aqu&#xED; presentamos Aislamiento de la cromatina mediante la purificaci&#xF3;n de ARN (chirp), donde oligonucle&#xF3;tidos mosaico recuperar lncRNAs espec&#xED;ficos con las prote&#xED;nas y las secuencias de ADN, que son enumerados por la secuenciaci&#xF3;n de profundidad. CHIRP-siguientes de tres lncRNAs revelan que los sitios de ocupaci&#xF3;n de ARN en el genoma son focales, la secuencia espec&#xED;fica, y numerosos. Drosophila roX2 ARN ocupa hombres ligados al cromosoma X cuerpos de genes con la tendencia creciente hacia el extremo 3 &#x26;#39;, con un pico en los sitios de CES. Humanos telomerasa ARN TERC ocupa los tel&#xF3;meros y los genes Wnt v&#xED;a. AIRE CALIENTE lncRNA ocupa preferentemente un motivo de ADN GA-ricos a los dominios nucleadas generales de la ocupaci&#xF3;n Polycomb y la histona H3 lisina trimethylation 27. Ocupaci&#xF3;n de AIRE CALIENTE se produce independientemente de EZH2, lo que sugiere el orden de la orientaci&#xF3;n del ARN de ocupaci&#xF3;n Polycomb. CHIRP-ss es aplicable en general para iluminar la intersecci&#xF3;n de ARN y cromatina con precisi&#xF3;n reci&#xE9;n genoma de ancho.

Article	Year
The transcription factor Zfp281 controls embryonic stem cell pluripotency by direct activation and repression of target genes. Stem cells (Dayton, Ohio)\| PubMed ID: 18757296	2008
Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions. Molecular cell\| PubMed ID: 21963238	2011

Ci Chu

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