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Mapping Bacterial Functional Networks and Pathways in <em>Escherichia Coli</em> using Synthetic Genetic Arrays

Phenotypes  are determined by a complex series of physical (e.g. protein-protein) and  functional (e.g. gene-gene or genetic) interactions (GI)1. While ...

University of Toronto

&#x517C;&#x5BB9;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x548C;&#x6291;&#x5236;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x5728;&#x5168;&#x7403;&#x4E00;&#x7EA7;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x53D8;&#x5316;&#x662F;&#x75C7;&#x72B6;&#x53D1;&#x5C55;&#x548C;&#x4E00;&#x822C;&#x5E94;&#x6FC0;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x7840;&#x548C;&#x4E3B;&#x673A;&#x9632;&#x5FA1;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x5927;&#x8C46;&#x690D;&#x7269;&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2; (SMV) &#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x7B2C;&#x4E00;&#x5927;&#x8C46;&#x67B3;&#x5B9E;&#x751F;&#x53F6;&#x7ACB;&#x5373; SMV &#x63A5;&#x79CD; unifoliate &#x53F6;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x662F;&#x7B2C; 7&#x3001; 14 &#x548C; 21 &#x5929; post-inoculation (&#x4FA6;&#x63A2;) &#x53D6;&#x6837;&#x5E76;&#x8BC4;&#x4F30;&#x906D;&#x53D7;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5728;&#x5927;&#x8C46;&#x4E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E2D;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684;&#x66F4;&#x6539;&#x53F6;&#x7247;&#x611F;&#x67D3; SMV &#x65F6;&#x5728;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x70B9;&#x662F;&#x4E0E;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x75C7;&#x72B6;&#x53D1;&#x5C55;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E25;&#x683C;&#x7684;&#x7504;&#x9009;&#x6807;&#x51C6; &#xFF08;&gt; &#x6216; = 2-&#x6216; &lt; = 2 &#x500D;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x548C; Q &#x503C;&#x6216; &lt; &#x6216; = 0.05&#xFF09;&#xFF0C;273 (1.5%) &#x548C; 173 &#xFF08;0.9%&#xFF09; &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x88AB;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x4E3A;&#x5411;&#x4E0A;&#x548C;&#x7F16;&#x7801;&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#x4ECE; 18 613 &#x5927;&#x8C46;&#x83DC;&#x82B1;&#x5728;&#x9635;&#x5217;&#x4E0A;&#x3002;&#x8BB8;&#x591A;&#x8A8A;&#x672C;&#x7F16;&#x7801;&#x86CB;&#x767D;&#x6FC0;&#x7D20;&#x4EE3;&#x8C22;&#x3001; &#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x58C1;&#x3001; &#x53F6;&#x7EFF;&#x4F53;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x5728; 14 &#x5929;&#x7684;&#x4FA6;&#x63A2;&#x548C;&#x538B;&#x8FEB;&#x548C;&#x88AB;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2; RNA &#x7684;&#x6700;&#x9AD8;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x7F16;&#x53F7;&#x5BF9;&#x5E94;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x53C2;&#x4E0E;&#x56FD;&#x9632;&#x7684;&#x8A8A;&#x672C;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x6216;&#x4E0D;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x611F;&#x67D3;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0A;&#x8C03;&#x7684;&#x65E9;&#x671F;&#x9636;&#x6BB5;&#x540E;&#x671F;&#xFF0C;&#x6307;&#x793A;&#x690D;&#x7269;&#x514D;&#x75AB;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E0D;&#x4F1A;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x76F4;&#x5230;&#x665A;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x70B9;&#x7684;&#x611F;&#x67D3;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5EF6;&#x8FDF;&#x7684;&#x9632;&#x5FA1;&#x53CD;&#x5E94;&#x53EF;&#x80FD; SMV &#x5EFA;&#x7ACB;&#x5176;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6027;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x534F;&#x4F1A;&#x4E0E;&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5168;&#x8EAB;&#x611F;&#x67D3;&#x5927;&#x8C46;&#x690D;&#x7269;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;

Compatible virus infection induces and suppresses host gene expression at the global level. These gene-expression changes are the molecular basis of symptom development and general stress and defence-like responses of the host. To assess transcriptional changes in soybean plants infected with soybean mosaic virus (SMV), the first soybean trifoliate leaf, immediately above the SMV-inoculated unifoliate leaf, was sampled at 7, 14 and 21 days post-inoculation (p.i.) and subjected to microarray analysis. The identified changes in gene expression in soybean leaves with SMV infection at different time points were associated with the observed symptom development. By using stringent selection criteria (>or=2- or <or=-2-fold change and a Q value of <or=0.05), 273 (1.5 %) and 173 (0.9 %) transcripts were identified to be up- and downregulated, respectively, from 18 613 soybean cDNAs on the array. The expression levels of many transcripts encoding proteins for hormone metabolism, cell-wall biogenesis, chloroplast functions and photosynthesis were repressed at 14 days p.i. and were associated with the highest levels of viral RNA in the host cells. A number of transcripts corresponding to genes involved in defence were either downregulated or not affected at the early stages of infection, but upregulated at the late stages, indicating that the plant immune response is not activated until the late time points of infection. Such a delayed defence response may be critical for SMV to establish its systemic infection.

Association of the transcriptional response of soybean plants with soybean mosaic virus systemic infection.

Infection par le virus compatible induit et supprime l&#39;expression des g&egrave;nes h&ocirc;tes au niveau mondial. Ces modifications de l&#39;expression g&eacute;nique sont les bases mol&eacute;culaires du d&eacute;veloppement de sympt&ocirc;mes et de stress g&eacute;n&eacute;ral et des r&eacute;actions semblables &agrave; la d&eacute;fense de l&#39;h&ocirc;te. Pour &eacute;valuer les changements transcriptionnelles soybean plants infect&eacute;s par le virus de la mosa&iuml;que soja (SMV), la premi&egrave;re feuille trifoli&eacute;e soja, imm&eacute;diatement au-dessus de la feuilles unifoli&eacute;es SMV-inocul&eacute;, a &eacute;t&eacute; &eacute;chantillonn&eacute;e &agrave; apr&egrave;s l&#39;inoculation jours 7, 14 et 21 (p.i.) et soumise &agrave; analyse microarray. Les modifications identifi&eacute;es dans l&#39;expression des g&egrave;nes chez le soja feuilles infect&eacute;es au SMV en des temps diff&eacute;rents points ont &eacute;t&eacute; associ&eacute;s au d&eacute;veloppement de sympt&ocirc;mes observ&eacute;s. En utilisant les crit&egrave;res de s&eacute;lection rigoureux (&gt; ou = 2 - ou &lt; ou = &agrave; 2 fois le changement et la valeur Q &lt; ou = 0,05), 273 (1,5 %) et 173 transcriptions (0,9 %) ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;es pour &ecirc;tre en amont et r&eacute;prim&eacute;s, respectivement, de l&#39;ADNc de soja 18 613 sur le tableau. Les niveaux d&#39;expression de nombreuses transcriptions codant des prot&eacute;ines pour le m&eacute;tabolisme des hormones, biogen&egrave;se des parois cellulaires, fonctions du chloroplaste et la photosynth&egrave;se ont &eacute;t&eacute; r&eacute;prim&eacute;es &agrave; p.i. de 14 jours et ont &eacute;t&eacute; associ&eacute;s avec les plus hauts niveaux d&#39;ARN viral dans les cellules h&ocirc;tes. Un certain nombre de relev&eacute;s de notes correspondant aux g&egrave;nes impliqu&eacute;s dans la d&eacute;fense ont &eacute;t&eacute; soit diminu&eacute;e ou pas affect&eacute;s aux premiers stades de l&#39;infection, mais surexprim&eacute;s dans les derniers stades, ce qui indique que la r&eacute;ponse immunitaire de plante n&#39;est pas activ&eacute;e jusqu&#39;&agrave; ce que la pointe de temps fin d&#39;infection. Une telle r&eacute;action de d&eacute;fense retard&eacute;e peut &ecirc;tre critique pour SMV &eacute;tablir son infection syst&eacute;mique.

Association de la r&eacute;ponse transcriptionnelle des plants de soja avec le soybean mosaic virus infection syst&eacute;mique.

Kompatible Virusinfektion induziert und unterdr&uuml;ckt die Host-Genexpression auf globaler Ebene. Diese Genexpression &Auml;nderungen sind die molekulare Grundlage der Symptom-Entwicklung und allgemeine Stress und Verteidigung-&auml;hnliche Reaktionen des Hosts. Transkriptionelle &Auml;nderungen in Sojapflanzen mit Soja-Mosaik-Virus (SMV) infiziert zu bewerten, war das erste Sojabohnen dreibl&auml;ttrige Blatt, unmittelbar oberhalb der SMV-geimpft unifoliate Blatt, Stichprobe bei 7, 14 und 21 Tage Post-inoculation (p.i.) und Microarray Analyse unterzogen. Die festgestellten Ver&auml;nderungen in der Genexpression in Soja Bl&auml;tter mit SMV-Infektion zu verschiedener Zeit waren Punkte die beobachtete Symptom-Entwicklung zugeordnet. Mithilfe von strengen Auswahlkriterien (&gt; oder = 2 - oder &lt; oder =-2-fach &auml;ndern und einen Q-Wert des &lt; oder = 0,05), 273 (1,5 %) und 173 (0,9 %) Abschriften wurden identifiziert, um up- und Downregulated, jeweils von 18 613 Sojabohnen cDNAs im Array sein. Der Ausdruck viele Abschriften, die Kodierung von Proteinen f&uuml;r Hormon-Stoffwechsel, Zellwand Biogenese, Funktionen Chloroplast und Photosynthese bei 14 Tage p.i. unterdr&uuml;ckt wurden und waren verbunden mit der h&ouml;chsten viraler RNA in Wirtszellen. Eine Reihe von Abschriften, die entsprechenden Genen, die Verteidigung waren entweder Downregulated oder nicht betroffen in den fr&uuml;hen Stadien der Infektion, aber herraufreguliert in den sp&auml;ten Phasen, darauf hinweist, dass die Immunantwort Pflanze bis zu den sp&auml;ten Zeitpunkte der Infektion nicht aktiviert ist. Eine solche Verteidigung verz&ouml;gerte Reaktion kann f&uuml;r SMV herstellen seine systemische Infektion entscheidend.

Vereinigung der transcriptional Antwort von Sojapflanzen mit Soja Mosaik systemische Virusinfektion.

Infezione da virus compatibile induce e sopprime l&#39;espressione genica host a livello globale. Questi cambiamenti di espressione del gene sono la base molecolare dello sviluppo del sintomo e lo stress generale e difesa-come le risposte dell&#39;ospite. Per valutare le modifiche trascrizionale nelle piante di soia infettati con virus del mosaico di soia (SMV), la prima foglia trifogliato soia, immediatamente sopra la foglia unifoliate SMV-inoculato, &egrave; stata campionata a sottotrattamento dei giorni 7, 14 e 21 (p.i.) e sottoposti ad analisi di microarray. Apportare le modifiche identificate nel gene expression in soia lascia con infezione SMV al tempo diversi punti sono stati associati con lo sviluppo di sintomi osservati. Utilizzando i criteri di selezione rigorosi (&amp;gt; o = 2 - o &lt; o =-2-fold change e il valore Q &lt; o = 0.05), 273 (1,5%) e 173 trascrizioni (0,9%) sono state identificate per essere up - e downregolata, rispettivamente, da 18 613 soia cDNAs su una matrice. I livelli di espressione dei molti trascritti codificano per proteine per metabolismo dell&#39;ormone, biogenesi della parete cellulare, funzioni di cloroplasti e fotosintesi furono repressi a 14 giorni p.i. e sono stati associati con i pi&ugrave; alti livelli di RNA virale nelle cellule ospite. Un certo numero di trascrizioni corrispondenti a geni coinvolti nella difesa era entrambi downregolata o non colpiti nelle fasi iniziali dell&#39;infezione, ma sovraregolati nelle fasi di fine, che indica che la risposta immunitaria di pianta non viene attivata fino a quando i punti di fine tempo di infezione. Tale risposta ritardata della difesa pu&ograve; essere critico per SMV stabilire la sua infezione sistemica.

Associazione della risposta trascrizionale di piante di soia con infezione sistemica da soia mosaic virus.

&#x4E92;&#x63DB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x611F;&#x67D3;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3057;&#x3001;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB; &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x3001;&#x75C7;&#x72B6;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3068;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x76E4;&#x3068;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x9632;&#x885B;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; (SMV) &#x611F;&#x67D3;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA;&#x690D;&#x7269;&#x8EE2;&#x5199;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x521D;&#x5927;&#x8C46;&#x4E09;&#x8449;&#x8449; SMV &#x63A5;&#x7A2E;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x5358;&#x8449;&#x8449;&#x306E;&#x3059;&#x3050;&#x4E0A;&#x306B; 7&#x3001;14&#x3001;21 &#x65E5;&#x5F8C; (&#x63A2;&#x5075;) &#x3092;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x3066;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x89E3;&#x6790;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8449; SMV &#x611F;&#x67D3;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x304C;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x75C7;&#x72B6;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x5225;&#x306E;&#x6642;&#x523B;&#x3002;&#x53B3;&#x683C;&#x306A;&#x9078;&#x629E;&#x57FA;&#x6E96;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066; (&#x76EE;&#x307E;&#x305F;&#x306F; 2-= &#x307E;&#x305F;&#x306F; &lt; &#x307E;&#x305F;&#x306F; = 2 &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EB;&#x30C9;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x3068; Q &#x5024;&#x306E; &lt; &#x307E;&#x305F;&#x306F; = 0.05), 273 &#xFF08;1.5 &#xFF05;&#xFF09; &#x3068; 173 (0.9%) &#x6210;&#x7E3E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068; downregulated&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C; 18 613 &#x5927;&#x8C46; Cdna &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x4E0A;&#x304B;&#x3089;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#x8449;&#x7DD1;&#x4F53;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30FB;&#x7D30;&#x80DE;&#x58C1;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x30DB;&#x30EB;&#x30E2;&#x30F3;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067; 14 &#x65E5; p.i.:nbc &#x306F;&#x93AE;&#x5727;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; RNA &#x306E;&#x6700;&#x9AD8;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x304C;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x9632;&#x885B;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x6570;&#x306F;&#x3069;&#x3061;&#x3089;&#x304B; downregulated &#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x690D;&#x7269;&#x514D;&#x75AB;&#x5FDC;&#x7B54;&#x611F;&#x67D3;&#x306E;&#x5F8C;&#x671F;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x307E;&#x3067;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x5F8C;&#x534A;&#x306E;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x304C;&#x767A;&#x73FE;&#x4EA2;&#x9032;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x306E;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x3092;&#x5F71;&#x97FF;&#x3057;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9045;&#x5EF6;&#x306E;&#x9632;&#x885B;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306F; SMV &#x3092;&#x305D;&#x306E;&#x5168;&#x8EAB;&#x611F;&#x67D3;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5168;&#x8EAB;&#x611F;&#x67D3;&#x3068;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA;&#x690D;&#x7269;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;

&#xD638;&#xD658; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC744; &#xC720;&#xB3C4; &#xD558; &#xACE0; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC5B5;&#xC81C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xBCC0;&#xD654;&#xB294; &#xC99D;&#xC0C1; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBC0F; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAE30;&#xC900; &#xBC0F; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xBC29;&#xC5B4; &#xAC19;&#xC740; &#xC751;&#xB2F5;. &#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (SMV)&#xC5D0; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB41C; &#xCF69; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC758; transcriptional &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xCF69; &#xC138; &#xC78E;, SMV &#xC8FC;&#xC0AC; unifoliate &#xC78E; &#xC704;&#xC5D0; &#xBC14;&#xB85C; 7 &middot; 14 &middot; 21 &#xC77C; post-inoculation (&#xD30C;&#xC774;)&#xB85C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xC774;&#xC5C8;&#xACE0; microarray &#xBD84;&#xC11D; &#xB300;&#xC0C1;. &#xCF69;&#xC5D0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xB41C; &#xB41C; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC744; SMV &#xAC10;&#xC5FC; &#xD3EC;&#xC778;&#xD2B8; &#xAD00;&#xCC30; &#xB41C; &#xC99D;&#xC0C1; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xB0A8;&#xAE34;&#xB2E4;. &#xC5C4;&#xACA9;&#xD55C; &#xC120;&#xD0DD; &#xAE30;&#xC900;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; (&amp;gt; &#xB610;&#xB294; = 2-&#xB610;&#xB294; &lt; = 2 &#xBC30; &#xBCC0;&#xD654;&#xC640;&#xC758; Q &#xAC12; &#xB610;&#xB294; &lt; &#xB610;&#xB294; = 0.05), 273 (1.5%) 173 (0.9%) &#xC0AC;&#xBCF8; &#xC218; &#xC5C5; &#xBC0F; downregulated, &#xAC01;&#xAC01;, &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0; 18 613 &#xCF69; Cdnas&#xC5D0;&#xC11C;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC2DD; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD638;&#xB974;&#xBAAC; &#xB300;&#xC0AC;, &#xC138;&#xD3EC; &#xBCBD; &#xC18D;, &#xC5FD;&#xB85D;&#xCCB4; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xAD11;&#xD569;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xB9CE;&#xC740; &#xC0AC;&#xBCF8; 14 &#xC77C; &#xD0D0;&#xC815;&#xC5D0; &#xC5B5;&#xC555; &#xD588;&#xB2E4; &#xD558; &#xACE0; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; RNA&#xC758; &#xC0C1;&#xBD80;&#xC640; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xBC29;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C; &#xD588;&#xB2E4; &#xC5B4;&#xB290; downregulated &#xB610;&#xB294; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xB2A6;&#xC740; &#xC2DC;&#xAC04; &#xD3EC;&#xC778;&#xD2B8;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC2DD;&#xBB3C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC18;&#xC751;&#xC774; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xD6C4;&#xBC18; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC10;&#xC5FC;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; upregulated&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC9C0;&#xC5F0;&#xB41C; &#xBC29;&#xC5B4; &#xBC18;&#xC751; SMV &#xC870;&#xC9C1;&#xC758; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xD655;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC804;&#xC2E0; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC73C;&#xB85C; &#xCF69; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC758; transcriptional &#xC751;&#xB2F5;&#xC758; &#xD611;&#xD68C;.

Infecci&oacute;n del virus compatible induce y suprime la expresi&oacute;n g&eacute;nica de anfitri&oacute;n a nivel mundial. Estos cambios de expresi&oacute;n g&eacute;nica son la base molecular del desarrollo del s&iacute;ntoma y el estr&eacute;s general y defensa-como las respuestas del host. Para evaluar los cambios transcripcionales en plantas de soja infectadas con el virus del mosaico de soja (SMV), la primera hoja trifoliadas de soja, inmediatamente por encima de la hoja unifoliolada SMV-inoculado, fue muestreada en 7, 14 y 21 post-inoculaci&oacute;n d&iacute;as (p.i.) y sometida a an&aacute;lisis de microarrays. Los cambios identificados en la expresi&oacute;n g&eacute;nica en soja deja con infecci&oacute;n SMV en tiempo diferente puntos se asociaron con el desarrollo de s&iacute;ntomas observados. Utilizando criterios de selecci&oacute;n estrictos (&gt; = 2 - o &lt; o =-2-doble cambio y el valor Q &lt; o = 0.05), 273 (1,5%) y 173 transcripciones (0,9%) fueron identificadas para ser para arriba - y o, respectivamente, de cDNAs de soja 18 613 en la matriz. Los niveles de expresi&oacute;n de muchas transcripciones que codifican las prote&iacute;nas para el metabolismo de hormonas, la biog&eacute;nesis de la pared celular, funciones del cloroplasto y fotos&iacute;ntesis fueron reprimidos en 14 d&iacute;as p.i. y se asociaron con los m&aacute;s altos niveles de ARN viral en las c&eacute;lulas hospedadoras. Un n&uacute;mero de transcripciones correspondientes a genes implicados en la defensa fueron bien reguladas o no afectados en las primeras etapas de la infecci&oacute;n, pero el alza en las &uacute;ltimas etapas, lo que indica que la respuesta inmune de planta no se activa hasta los momentos finales de la infecci&oacute;n. Una respuesta tan tard&iacute;a de defensa puede ser cr&iacute;tica para SMV establecer su infecci&oacute;n sist&eacute;mica.

Asociaci&oacute;n de la respuesta transcripcional de plantas de soja con la infecci&oacute;n sist&eacute;mica del virus del mosaico de la soja.

Physical and functional interactions define the molecular organization of the cell. Genetic interactions, or epistasis, tend to occur between gene products involved in parallel pathways or interlinked biological processes. High-throughput experimental systems to examine genetic interactions on a genome-wide scale have been devised for Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster, but have not been reported previously for prokaryotes. Here we describe the development of a quantitative screening procedure for monitoring bacterial genetic interactions based on conjugation of Escherichia coli deletion or hypomorphic strains to create double mutants on a genome-wide scale. The patterns of synthetic sickness and synthetic lethality (aggravating genetic interactions) we observed for certain double mutant combinations provided information about functional relationships and redundancy between pathways and enabled us to group bacterial gene products into functional modules.

eSGA: E. coli synthetic genetic array analysis.

&#x7269;&#x7406;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x6216;&#x4E0A;&#x4F4D;&#x6027;&#xFF0C;&#x503E;&#x5411;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x54C1;&#x53C2;&#x4E0E;&#x5E76;&#x884C;&#x8DEF;&#x5F84;&#x6216;&#x76F8;&#x4E92;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x68C0;&#x67E5;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5BF9;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x51FA;&#x6765;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x3001; &#x7C9F;&#x3001; &#x6746;&#x7EBF;&#x866B;&#x3001; &#x679C;&#x8747;&#x3001; &#x4F46;&#x6709;&#x8FC7;&#x53BB;&#x6CA1;&#x6709;&#x6C47;&#x62A5;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x76D1;&#x6D4B;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5171;&#x8F6D;&#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5220;&#x9664;&#x6216; hypomorphic &#x682A;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x4E0A;&#x521B;&#x5EFA;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7B5B;&#x9009;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;&#x7EFC;&#x5408;&#x75BE;&#x75C5;&#x548C;&#x5408;&#x6210;&#x81F4;&#x6B7B; (&#x52A0;&#x91CD;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF09; &#x6211;&#x4EEC;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x67D0;&#x4E9B;&#x6A21;&#x5F0F;&#x53CC;&#x529F;&#x80FD;&#x5173;&#x7CFB;&#x548C;&#x5197;&#x4F59;&#x8DEF;&#x5F84;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7EC4;&#x5408;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4FE1;&#x606F;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4F7F;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x7EC4;&#x5230;&#x529F;&#x80FD;&#x6A21;&#x5757;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x54C1;&#x3002;

eSGA&#xFF1A; &#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x9057;&#x4F20;&#x9635;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Les interactions physiques et fonctionnelles d&eacute;finissent l&#39;organisation mol&eacute;culaire de la cellule. Interactions g&eacute;n&eacute;tiques ou &eacute;pistasie, ont tendance &agrave; survenir entre les produits des g&egrave;nes impliqu&eacute;s dans les voies parall&egrave;les ou des processus biologiques li&eacute;s entre eux. Haut-d&eacute;bit des syst&egrave;mes exp&eacute;rimentaux pour examiner les interactions g&eacute;n&eacute;tiques sur une &eacute;chelle de tout le g&eacute;nome ont &eacute;t&eacute; imagin&eacute;s pour Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Caenorhabditis elegans et Drosophila melanogaster, mais n&#39;ont pas &eacute;t&eacute; signal&eacute;es auparavant pour les procaryotes. Nous d&eacute;crivons ici l&#39;&eacute;laboration d&#39;une proc&eacute;dure de d&eacute;pistage quantitatif pour le suivi des interactions g&eacute;n&eacute;tiques bact&eacute;riennes bas&eacute;es sur la conjugaison des souches d&#39;Escherichia coli suppression ou hypomorphic pour cr&eacute;er des doubles mutants sur une &eacute;chelle de tout le g&eacute;nome. Les patrons de maladie synth&eacute;tique et de l&eacute;talit&eacute; synth&eacute;tique (interactions g&eacute;n&eacute;tiques aggravantes) nous avons observ&eacute; pour certains double d&#39;informations mutant combinaisons fournies sur la redondance entre les voies et les relations fonctionnelles et nous a permis de regrouper les produits des g&egrave;nes bact&eacute;riens dans les modules fonctionnels.

eSGA : analyse g&eacute;n&eacute;tique synth&eacute;tique e. coli.

Physischen und funktionale Wechselwirkungen definieren die molekulare Organisation der Zelle. Genetische Interaktionen oder Epistase, tendenziell zwischen Genprodukte parallele Wege oder vernetzten biologischen Prozessen beteiligt auftreten. Hochdurchsatz-experimentelle Systeme untersuchen genetische Interaktionen auf einer genomweiten-Skala haben f&uuml;r Saccharomyces Cerevisiae, Schizosaccharomyces Pombe, Caenorhabditis Elegans und Drosophila Melanogaster konzipiert worden, aber noch nicht zuvor f&uuml;r Prokaryoten gemeldet wurden. Hier beschreiben wir die Entwicklung einer quantitativen Screening-Verfahren f&uuml;r die &Uuml;berwachung von bakterieller genetischer Interaktionen auf der Grundlage von Konjugation von Escherichia coli L&ouml;schung oder hypomorphen St&auml;mme, doppelte Mutanten auf einer genomweiten-Skala zu erstellen. Die Muster der synthetischen Krankheit und synthetischen Letalit&auml;t (erschwerenden genetische Interaktionen) wir f&uuml;r bestimmte beobachteten verdoppeln mutant Kombinationen bereitgestellt Informationen &uuml;ber funktionelle Beziehungen und Redundanz zwischen Bahnen und erm&ouml;glichte es uns, bakterielle Genprodukte in Funktionsmodule zu gruppieren.

eSGA: E. Coli-synthetische genetische Array-Analyse.

Interazioni fisiche e funzionali definiscono l&#39;organizzazione molecolare della cellula. Interazioni genetiche o epistasi, tendono a verificarsi tra prodotti del gene coinvolti in percorsi paralleli o interdipendenti processi biologici. Sistemi sperimentali high-throughput di esaminare le interazioni genetiche su una scala genome-wide sono stati ideati per il Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Caenorhabditis elegans e Drosophila melanogaster, ma non sono stati segnalati in precedenza per procarioti. Qui descriviamo lo sviluppo di una procedura di screening quantitativa per monitoraggio interazioni genetiche batteriche basate sulla coniugazione di Escherichia coli eliminazione o hypomorphic ceppi di creare mutanti doppie su una scala genome-wide. Modelli di malattia sintetico e letalit&agrave; sintetica (interazioni genetiche aggravanti) abbiamo osservato per alcune doppie informazioni a combinazioni mutante forniti rapporti funzionali e ridondanza tra percorsi e ci ha permesso di raggruppare i prodotti del gene batterico in moduli funzionali.

eSGA: analisi sintetica matrice genetica e. coli.

&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3084;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B9;&#x30BF;&#x30B7;&#x30B9;&#x3001;&#x4E26;&#x5217;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x9023;&#x7D50;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306B;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x50BE;&#x5411;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x5B9F;&#x9A13;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306F;&#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x3001;&#x5206;&#x88C2;&#x9175;&#x6BCD;&#x3001;&#x7DDA;&#x866B;&#x3001;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8003;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x4EE5;&#x524D;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x5171;&#x5F79;&#x4E8C;&#x91CD;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x4F5C;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x524A;&#x9664;&#x307E;&#x305F;&#x306F; lrp 6 &#x30CF;&#x30A4;&#x30DD;&#x30E2;&#x30EB;&#x30D5;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x76E3;&#x8996;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x306A;&#x5BE9;&#x67FB;&#x624B;&#x7D9A;&#x304D;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5408;&#x6210;&#x75C5;&#x6C17;&#x3068;&#x5408;&#x6210;&#x81F4;&#x6B7B;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x89B3;&#x5BDF; (&#x60AA;&#x5316;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF09; &#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x95A2;&#x4FC2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x9593;&#x306E;&#x5197;&#x9577;&#x6027;&#x306E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x30C0;&#x30D6;&#x30EB;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x88FD;&#x54C1;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30FC;&#x30EB;&#x306B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3002;

eSGA: &#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x914D;&#x5217;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

&#xBB3C;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC140;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC815;&#xC758;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xB610;&#xB294; epistasis, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488; &#xBCD1;&#xB82C; &#xACBD;&#xB85C; &#xB610;&#xB294; &#xB958;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xACFC;&#xC815;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC0AC;&#xC774; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xD5A5;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xADDC;&#xBAA8;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC;&#xD560; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; Drosophila melanogaster Caenorhabditis elegans Schizosaccharomyces pombe Saccharomyces cerevisiae&#xB97C; &#xACE0;&#xC548; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xD558;&#xC9C0; prokaryotes&#xC5D0; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xADDC;&#xBAA8;&#xB85C; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB9CC;&#xB4DC;&#xB294; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xC0AD;&#xC81C; &#xB610;&#xB294; hypomorphic &#xAE34;&#xC7A5;&#xC758; &#xD65C;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC591;&#xC801; &#xC2EC;&#xC0AC; &#xC808;&#xCC28;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD569;&#xC131; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xBC0F; &#xD2B9;&#xC815; &#xAD00;&#xCC30; &#xD569;&#xC131; &#xCE58; &#xBA85;&#xB3C4; (&#xC545;&#xD654; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;)&#xC758; &#xD328;&#xD134; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xAD00;&#xACC4; &#xBC0F; &#xACBD;&#xB85C; &#xAC04;&#xC758; &#xC911;&#xBCF5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xB41C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xB450; &#xBC88; &#xD558; &#xACE0; &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBAA8;&#xB4C8;&#xB85C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

eSGA: &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC30;&#xC5F4; &#xBD84;&#xC11D;.

Interacciones f&iacute;sicas y funcionales definen la organizaci&oacute;n molecular de la c&eacute;lula. Interacciones gen&eacute;ticas o epistasis, tienden a ocurrir entre productos g&eacute;nicos en v&iacute;as paralelas o procesos biol&oacute;gicos vinculados entre s&iacute;. Sistemas experimentales de alto rendimiento para examinar las interacciones gen&eacute;ticas a escala de todo el genoma, han sido concebidos para Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Caenorhabditis elegans y Drosophila melanogaster, pero no se han divulgado previamente para procariotas. Aqu&iacute; describimos el desarrollo de un procedimiento de proyecci&oacute;n cuantitativa de control de interacciones gen&eacute;ticas bacterianas basadas en la conjugaci&oacute;n de cepas de eliminaci&oacute;n o hipom&oacute;rfica de coli Escherichia crear dobles mutantes a escala de todo el genoma. Los patrones de enfermedad sint&eacute;tico y letalidad sint&eacute;tica (interacciones gen&eacute;ticas agravantes) observamos ciertos doble mutante combinaciones tal carpetas relaciones funcionales y redundancia entre v&iacute;as y permitieron agrupar productos g&eacute;nicos bacteriana en m&oacute;dulos funcionales.

eSGA: an&aacute;lisis sint&eacute;tico matriz gen&eacute;tica de e. coli.

&#x81EA;&#x7136;&#x53D1;&#x751F;&#x7684; Rsv4 &#x8010;&#x7834;&#x9694;&#x79BB; (L-RB&#xFF09; &#x5E76;&#x5728;&#x4F26;&#x6566;&#xFF0C;&#x5B89;&#x5927;&#x7565;&#x7701;&#xFF0C;&#x52A0;&#x62FF;&#x5927;&#x5927;&#x8C46;&#x5B57;&#x6BB5;&#x4E2D;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2; (SMV) &#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x975E;&#x8010;&#x65AD;&#x88C2;&#x5206;&#x79BB; (L)&#x3002;L &#x548C; L RB &#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x88AB;&#x5B8C;&#x5168;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x9694;&#x79BB;&#x6709; 9585 &#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7F16;&#x7801;&#x5927;&#x7EA6; 350 kDa &#x7684;&#x591A;&#x805A;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5355;&#x5F00;&#x653E;&#x8BFB;&#x6846;&#x3002;L RB &#x548C; L &#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x548C;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x5404;&#x7EA7;&#x6709;&#x5F88;&#x9AD8;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027; &#xFF08;99.6%&#xFF09;&#x3002;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5206;&#x79BB;&#x682A;&#x5C5E;&#x4E8E; G2 &#x81F4;&#x75C5;&#x578B;&#x3002;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x75C5;&#x6BD2;/&#x5927;&#x8C46;&#x7EC4;&#x5408;&#xFF0C;&#x57FA;&#x4E8E;&#x8BE5;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x4E86;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x4F7F;&#x7528; L &#x548C; L RB &#x9694;&#x79BB;&#x5E76;&#x643A;&#x5E26;&#x4E0D;&#x540C;&#x6297;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5927;&#x8C46;&#xFF0C;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x5F02;&#x5E38;&#xFF0C;L RB &#x611F;&#x67D3;&#x643A;&#x5E26; Rsv4 &#x62B5;&#x6297;&#x7684;&#x5927;&#x8C46;&#x54C1;&#x79CD;&#x3002;L &#x548C; L RB &#x548C;&#x5176;&#x9AD8;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x7684;&#x65F6;&#x7A7A;&#x63A5;&#x8FD1;&#x5EFA;&#x8BAE; L RB &#x53EF;&#x80FD;&#x6765;&#x81EA; SMV L &#x51C6;&#x79CD;&#x3002;&#x91CD;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x5E76;&#x672A;&#x900F;&#x9732; L rb &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x91CD;&#x7EC4;&#x51FA;&#x73B0;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;&#x7A81;&#x53D8;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7F16;&#x7801; RNA &#x4F9D;&#x8D56;&#x7684; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5728;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x590D;&#x5236;&#x548C;&#x9009;&#x62E9;&#x538B;&#x529B;&#x671F;&#x95F4;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D1;&#x751F;&#x7684; L RB &#x4F5C;&#x51FA;&#x4E86;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;

&#x9274;&#x5B9A;&#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5929;&#x7136;&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5206;&#x79BB;&#x682A;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x7279;&#x6027;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5728;&#x514B;&#x670D; Rsv4 &#x963B;&#x529B;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x6709;&#x6240;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;

A naturally occurring Rsv4 resistance-breaking isolate (L-RB) and a closely related non-resistance-breaking isolate (L) of Soybean mosaic virus (SMV) were identified in soybean fields in London, Ontario, Canada. The viral genomes of L and L-RB were completely sequenced. Each isolate has a 9585-nucleotide genome with a single open reading frame encoding a polyprotein of approximately 350 kDa. L-RB and L have a very high sequence similarity (99.6%) at both the nucleotide and amino acid levels. Phylogenetic analysis showed that the two isolates belong to the G2 pathotype. Pathogenicity predictions of all virus/soybean combinations, based on the phylogenetic profile, were confirmed by pathogenicity tests using L and L-RB isolates and soybeans carrying different resistance genes, with an exception that L-RB infected a soybean cultivar carrying Rsv4 resistance. The temporal and spatial proximity of L and L-RB and their high sequence similarity suggest L-RB was likely derived from the SMV-L quasispecies. Recombination analysis did not reveal the evidence of genetic recombination for the emergence of L-RB. Mutations introduced by virus-encoded RNA-dependent RNA polymerase during viral genome replication and selection pressure probably contributed to the occurrence of L-RB.

Identification and molecular characterization of two naturally occurring Soybean mosaic virus isolates that are closely related but differ in their ability to overcome Rsv4 resistance.

Une rupture r&eacute;sistance Rsv4 naturellement isoler (L-RB) et un isolat de r&eacute;sistance-ins&eacute;cable &eacute;troitement apparent&eacute; (L) of Soybean mosaic virus (SMV) ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s dans les champs de soya &agrave; London, Ontario, Canada. Les g&eacute;nomes viraux de L et L-RB ont &eacute;t&eacute; compl&egrave;tement s&eacute;quenc&eacute;s. Chaque isolat a un g&eacute;nome 9585-nucl&eacute;otides avec un cadre de lecture ouvert unique codant une polyprot&eacute;ine de kDa environ 350. L-RB et L ont une similarit&eacute; de s&eacute;quence tr&egrave;s &eacute;lev&eacute; (99,6 %), aux niveaux tant les nucl&eacute;otides et acides amin&eacute;s. L&#39;analyse phylog&eacute;n&eacute;tique a montr&eacute; que les deux souches appartiennent au pathotype G2. Pr&eacute;dictions de pathog&eacute;nicit&eacute; de toutes les combinaisons de virus/soja, bas&eacute;s sur le profil de phylog&eacute;n&eacute;tique, ont &eacute;t&eacute; confirm&eacute;es par des tests de pathog&eacute;nicit&eacute; utilisant L et L-RB isolats et soja porteurs de g&egrave;nes de r&eacute;sistance diff&eacute;rents, avec une exception que L-RB infect&eacute; un cultivar de soja transportant Rsv4 r&eacute;sistance. La proximit&eacute; temporelle et spatiale de L et L-RB et leur similarit&eacute; de s&eacute;quence tr&egrave;s sugg&eacute;rer L-RB provenait probablement les quasi-esp&egrave;ces SMV-L. Analyse de recombinaison n&#39;a pas r&eacute;v&eacute;l&eacute; la preuve de la recombinaison g&eacute;n&eacute;tique pour l&#39;&eacute;mergence de L-RB. Mutations introduites par cod&eacute; virus ARN polym&eacute;rase ARN d&eacute;pendante au cours de la pression de s&eacute;lection et de la r&eacute;plication du g&eacute;nome viral a probablement contribu&eacute; &agrave; la survenance de L-RB.

Identification et caract&eacute;risation mol&eacute;culaire des deux naturellement Soybean mosaic virus isolats qui sont &eacute;troitement li&eacute;es, mais diff&egrave;rent dans leur capacit&eacute; &agrave; vaincre la r&eacute;sistance de la Rsv4.

Ein nat&uuml;rlich vorkommendes Rsv4 Widerstand brechen isolieren (L-RB) und eine eng verwandte Widerstand-gesch&uuml;tztes isolierte (L) der Sojabohne-Mosaik-Virus (SMV) wurden identifiziert in Soja-Felder in London, Ontario, Kanada. Die virale Genome von L und L-RB wurden vollst&auml;ndig sequenziert. Jedes Isolat hat ein 9585-Nukleotid-Genom mit einer einzigen offene Leseraster Codierung ein Polyprotein von etwa 350 kDa. L-RB und L haben eine sehr hohe Sequenz &Auml;hnlichkeit (99,6 %) Nukleotid sowohl Aminos&auml;ure-Ebene. Phylogenetische Analyse zeigte, dass die zwei isoliert die G2-Pathotyp angeh&ouml;ren. Pathogenit&auml;t Vorhersagen aller Virus/Soja-Kombinationen, basierend auf dem phylogenetischen Profil wurden Pathogenit&auml;t Tests best&auml;tigt, mit L und L-RB isoliert und Sojabohnen, die verschiedenen Resistenzgene tragen, mit einer Ausnahme, dass L-RB infiziert eine Soja-Zuchtform Durchf&uuml;hrung Rsv4 Widerstand. Die zeitliche und r&auml;umliche N&auml;he L und L-RB und ihrer hohen Reihenfolge &Auml;hnlichkeit vorschlagen, dass L-RB wahrscheinlich von der SMV-L-Quasispezies abgeleitet wurde. Rekombination Analyse ergab nicht der Nachweis der genetischen Rekombination f&uuml;r die Entstehung von L-RB. Mutationen eingef&uuml;hrt von Virus-codierte RNS-abh&auml;ngige RNS-Polymerase w&auml;hrend virale Genom-Replikation und Auswahl-Druck wahrscheinlich trugen zum Vorkommen von L-RB.

Identifizierung und molekulare Charakterisierung von zwei nat&uuml;rlich vorkommenden Soja-Mosaik-Virus, die isoliert sind eng miteinander verbunden, aber unterscheiden sich in ihrer F&auml;higkeit zur Rsv4 Widerstand zu &uuml;berwinden.

Una rottura resistenza Rsv4 naturalmente isolare (L-RB) e un isolato-resistenza-rottura strettamente correlato (L) del virus del mosaico di soia (SMV) sono state identificate nei campi di soia in London, Ontario, Canada. Il genoma virale di L e L-RB era completamente sequenziato. Ogni isolato ha un genoma 9585-nucleotide con un singolo open reading frame codifica una polyprotein di circa 350 kDa. L-RB e L hanno una somiglianza di sequenza molto alta (99,6%) a livello del nucleotide e dell&#39;amminoacido. Analisi filogenetica ha dimostrato che i due isolati appartengono il patotipo G2. Le previsioni di patogenicit&agrave; di tutte le combinazioni di virus/soia, basate sul profilo filogenetico, sono state confermate da prove di patogenicit&agrave; utilizzando L e L-RB isolati e soia che trasportano i geni di resistenza diversa, con un&#39;eccezione che L-RB infettato una cultivar di soia portando Rsv4 resistenza. La prossimit&agrave; spaziale e temporale di L e L-RB e loro somiglianza di sequenza alta suggeriscono L-RB era probabilmente derivato dalla quasispecie SMV-L. Analisi di ricombinazione non hanno rivelato la prova della ricombinazione genetica per l&#39;emersione del L-RB. Mutazioni introdotte da codificati dal virus RNA-dipendente RNA polimerasi durante il genoma virale replica e selezione pressione probabilmente contribuirono all&#39;occorrenza di L-RB.

Identificazione e caratterizzazione molecolare di due naturalmente virus del mosaico di soia isolati che sono strettamente correlati, ma differiscono nella loro capacit&agrave; di superare la resistenza della Rsv4.

&#x81EA;&#x7136;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B; Rsv4 &#x306E;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x6253;&#x7834;&#x5206;&#x96E2; (L-RB) &#x3068;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; (SMV) &#x306E;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x975E;&#x62B5;&#x6297;&#x533A;&#x5207;&#x308A;&#x5206;&#x96E2;&#x682A; (L) &#x30C0;&#x30A4;&#x30BA;&#x5703;&#x5834;&#x30ED;&#x30F3;&#x30C9;&#x30F3;&#x3001;&#x30AA;&#x30F3;&#x30BF;&#x30EA;&#x30AA;&#x5DDE;&#x3001;&#x30AB;&#x30CA;&#x30C0;&#x3067;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;L &#x3068; L RB &#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x914D;&#x5217;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5404;&#x5206;&#x96E2; 9585 &#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x30DD;&#x30EA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x7D04; 350 kDa &#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x958B;&#x3044;&#x305F;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30FB; &#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;L RB &#x3068; L &#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x985E;&#x4F3C; (99.6%) &#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x53CA;&#x3073;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790;&#x306F; 2 &#x3064;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x682A; G2 &#x9ED2;&#x6591;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x4E88;&#x6E2C;&#x7CFB;&#x7D71;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;/&#x5927;&#x8C46;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; L &#x3068; L RB &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x5927;&#x8C46;&#x304C;&#x4F8B;&#x5916;&#x3067;&#x611F;&#x67D3;&#x305D;&#x306E; L RB Rsv4 &#x62B5;&#x6297;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA;&#x54C1;&#x7A2E;&#x304C;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6642;&#x9593;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x8FD1;&#x63A5; L &#x3068; L RB &#x3068;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306E;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B; L RB &#x306F;&#x3001;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044; SMV L &#x6E96;&#x7A2E;&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x306E;&#x89E3;&#x6790; L RB &#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; RNA &#x4F9D;&#x5B58; RNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9078;&#x629E;&#x306E;&#x5727;&#x529B;&#x4E2D;&#x306B;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x5C0E;&#x5165;&#x5909;&#x7570; L RB &#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x540C;&#x5B9A;&#x53CA;&#x3073;&#x5206;&#x5B50;&#x89E3;&#x6790; 2 &#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304C;&#x5206;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5929;&#x7136;&#x306E;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3057;&#x304B;&#x3057; Rsv4 &#x306E;&#x62B5;&#x6297;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x304C;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC790;&#xC5F0;&#xC2A4;&#xB7FD; &#xAC8C; &#xBC1C;&#xC0DD; Rsv4 &#xC800;&#xD56D; &#xBD84;&#xB9AC; &#xACA9;&#xB9AC; (L-RB)&#xC640; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC800;&#xD56D; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C4; &#xBD84;&#xB9AC; (L) &#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (SMV)&#xC758; &#xCF69; &#xD544;&#xB4DC; &#xB7F0;&#xB358;, &#xC628;&#xD0C0;&#xB9AC;&#xC624;, &#xCE90;&#xB098;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. L&#xACFC; L-RB&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC01; &#xBD84;&#xB9AC; 9585 &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC57D; 350 Kda&#xC758; polyprotein &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC5F4;&#xB824;&#xC788;&#xB294; &#xB3C5;&#xC11C; &#xD504;&#xB808;&#xC784;&#xC5D0; &#xC788;&#xB2E4;. L-RB &#xBC0F; L &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC640; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; (99.6%)&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0;. Phylogenetic &#xBD84;&#xC11D; &#xB450; &#xACA9;&#xB9AC; g 2&#xB294; pathotype&#xC5D0; &#xC18D;&#xD574; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. L&#xACFC; L-RB&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACA9;&#xB9AC; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xC800;&#xD56D; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC6B4;&#xBC18; &#xD558;&#xB294; &#xCF69;, &#xC608;&#xC678;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xADF8; L RB &#xAC10;&#xC5FC; Rsv4 &#xC800;&#xD56D;&#xC744; &#xB4E4;&#xACE0; &#xCF69; &#xD488;&#xC885; phylogenetic &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;/&#xCF69; &#xC870;&#xD569;&#xC758; pathogenicity &#xC608;&#xCE21; pathogenicity &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. L &#xBC0F; L-RB &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC758; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC801; &#xBC0F; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xADFC;&#xC811; L RB&#xB294; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; SMV L quasispecies&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xBD84;&#xC11D; L RB&#xC758; &#xCD9C;&#xD604;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; RNA &#xC885;&#xC18D; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xBCF5;&#xC81C; &#xBC0F; &#xC120;&#xD0DD; &#xC555;&#xB825; &#xB3D9;&#xC548; &#xC544;&#xB9C8; &#xC18C;&#xAC1C; L RB&#xC758; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC2E0;&#xBD84;&#xC99D;&#xACFC; &#xB450; &#xC790;&#xC5F0;&#xC2A4;&#xB7FD; &#xAC8C; &#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBD84;&#xB9AC;&#xB294; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; Rsv4 &#xC800;&#xD56D;&#xC744; &#xADF9;&#xBCF5; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2E4;&#xB97C;.

Un rompimiento Rsv4 resistencia natural aislar (L-RB) y un aislante de resistencia-indivisible estrechamente relacionado (L) del virus del mosaico de soja (SMV) identificaron en cultivos de soya en London, Ontario, Canad&aacute;. Los genomas virales de L y L-RB fueron completamente secuenciados. Cada cepa tiene un genoma de 9585-nucle&oacute;tido con un marco de lectura abierto solo codificaci&oacute;n una poliprote&iacute;na de aproximadamente 350 kDa. L-RB y L tienen una similitud de secuencia muy alta (99,6%) en el nucle&oacute;tido tanto del amino&aacute;cido. El an&aacute;lisis filogen&eacute;tico demostr&oacute; que los dos aislantes pertenecen al patotipo G2. Predicciones de la patogenicidad de todas las combinaciones de virus/soja, basadas en el perfil filogen&eacute;tico, fueron confirmadas por pruebas de patogenicidad con L y L-RB a&iacute;sla y soja portadores de genes de resistencia diferentes, con una excepci&oacute;n L-RB infectado un cultivar soja llevar Rsv4 resistencia. La proximidad temporal y espacial de L y L-RB y su similitud de secuencia alta sugieren L-RB proven&iacute;a probablemente de los quasispecies SMV-L. An&aacute;lisis de la recombinaci&oacute;n no revel&oacute; la evidencia de recombinaci&oacute;n gen&eacute;tica para la aparici&oacute;n de L-RB. Las mutaciones introducidas por la ARN polimerasa RNA dependiente virus-codificado durante la presi&oacute;n de selecci&oacute;n y replicaci&oacute;n del genoma viral probablemente contribuyeron a la aparici&oacute;n de L-RB.

Identificaci&oacute;n y caracterizaci&oacute;n molecular de dos natural virus mosaico de la soja a&iacute;sla est&aacute;n estrechamente relacionados pero que difieren en su capacidad para vencer la resistencia de la Rsv4.

RNA &#x91CD;&#x7EC4;&#x662F;&#x521B;&#x5EFA; RNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x56E0;&#x7D20;&#x4E4B;&#x4E00;&#x3002;&#x8BC4;&#x4F30;&#x5176;&#x53D1;&#x751F;&#x7387;&#x5728;&#x690D;&#x7269; RNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x7406;&#x89E3;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x65B0;&#x682A;&#x548C;&#x4F5C;&#x7269;&#x4FDD;&#x62A4;&#x6218;&#x7565;&#x7684;&#x6210;&#x6548;&#x3002;&#x8981;&#x641C;&#x7D22;&#x5728;&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2; (SMV) &#x56E0;&#x679C;&#x4EE3;&#x7406;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x79CD;&#x5B50;&#x627F;&#x62C5;&#xFF0C;&#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x869C;&#x866B;&#x4F20;&#x64AD;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5927;&#x8C46;&#x75C5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x83B7;&#x5F97; SMV &#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5168;&#x957F;&#x5E8F;&#x5217;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5927;&#x591A;&#x6570; &#xFF08;P1 &#x86CB;&#x767D;&#x9176;) &#x548C; C &#x7AEF;&#x7F16;&#x7801; N-&#x7AEF;&#x7684;&#x90E8;&#x5206;&#x5E8F;&#x5217;&#x5927;&#x591A;&#x6570; (&#x8863;&#x58F3;&#x86CB;&#x767D; &#xFF1B;CP) &#x75C5;&#x6BD2;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x53EF;&#x80FD;&#x91CD;&#x7EC4;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E86;&#x5404;&#x79CD;&#x81EA;&#x52A8;&#x548C;&#x624B;&#x52A8;&#x91CD;&#x7EC4;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x6838;&#x67E5;&#x529E;&#x6CD5;&#x3002;&#x81EA;&#x52A8;&#x626B;&#x63CF; 3&#x3001; 10&#x3001; &#x548C; 17 &#x4E2A;&#x91CD;&#x7EC4;&#x5730;&#x70B9;&#x5728; P1&#x3001; CP&#x3001; &#x548C;&#x5168;&#x957F;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#x786E;&#x5B9A;&#x3002;&#x624B;&#x52A8;&#x5206;&#x6790;&#x8BC1;&#x5B9E; 10 &#x91CD;&#x7EC4;&#x7F51;&#x7AD9;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5168;&#x957F; SMV &#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x3002;&#x5C31;&#x6211;&#x4EEC;&#x6240;&#x77E5;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x4E0D;&#x540C; SMV &#x81F4;&#x75C5;&#x4E4B;&#x95F4;&#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x62A5;&#x544A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x4E0D;&#x540C; SMV &#x81F4;&#x75C5;&#x53EF;&#x540C;&#x65F6;&#x611F;&#x67D3;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x4EA4;&#x6362;&#x9057;&#x4F20;&#x6750;&#x6599;&#x901A;&#x8FC7;&#x91CD;&#x7EC4;&#x3002;SMV &#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x9AD8;&#x53D1;&#x7387;&#x8868;&#x660E;&#x8BE5;&#x91CD;&#x7EC4; SMV &#x6F14;&#x53D8;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x7740;&#x91CD;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x83B7;&#x5F97;&#x989D;&#x5916;&#x7684;&#x5168;&#x957F;&#x5E8F;&#x5217;&#x5C06;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x6F84;&#x6E05;&#x8FD9;&#x4E00;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

&#x5927;&#x8C46;&#x82B1;&#x53F6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x91CD;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x53D1;&#x73B0; RNA &#x91CD;&#x7EC4;&#x4E4B;&#x95F4;&#x4E0D;&#x540C;&#x81F4;&#x75C5;&#x578B;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;

RNA &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; RNA &#xAC8C;&#xB188; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xB9CC;&#xB4DC;&#xB294; &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC8FC;&#xC694; &#xC694;&#xC778; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACF5;&#xC7A5; RNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xC0AC;&#xC758; &#xBC1C;&#xBCD1; &#xB960; &#xD3C9;&#xAC00; &#xC0C8; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC758; &#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558; &#xACE0; &#xC791;&#xBB3C; &#xBCF4;&#xD638; &#xC804;&#xB7B5;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (SMV) &#xC528;&#xC557;&#xC744; &#xB9E4;&#xAC1C;&#xB85C; &#xC804;&#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xC778;&#xACFC; &#xB300;&#xB9AC;&#xC778;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xCF69; &#xC9C4;&#xB527;&#xBB3C; &#xC804;&#xC1A1; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC5BB;&#xC740; SMV&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC804;&#xC7A5; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; (P1 protease)&#xC640; C &#xB2E8;&#xC790; N &#xB2E8;&#xC790;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xBD80;&#xBD84; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; (capsid &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;; CP) &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC790;&#xB3D9; &#xBC0F; &#xC218;&#xB3D9; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC0F; &#xD655;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC01;&#xAC01; 3, 10, &#xBC0F; P1, CP, &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; 17 &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xC790;&#xB3D9; &#xAC80;&#xC0C9;. &#xC218;&#xB3D9; &#xBD84;&#xC11D; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; SMV &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; 10 &#xAC1C;&#xC758; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD655;&#xC778;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC744; &#xD558;&#xB824;&#xBA74;&#xC774; &#xBCC4;&#xAC1C; SMV pathotypes &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC7AC;&#xACB0;&#xD569;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC758;&#xBBF8; &#xD558;&#xB294; &#xAC83; &#xB2E4;&#xB978; SMV pathotypes &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC140; &#xBC0F; &#xAD50;&#xD658; &#xC720;&#xC804; &#xBB3C;&#xC9C8; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xAC10;&#xC5FC; &#xC2DC;&#xD0AC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. SMV &#xC7AC;&#xC870;&#xD569;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xB960;&#xC744; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; SMV &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC5BB;&#xB294;&#xC774; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xBA85;&#xB8CC; &#xD558; &#xAC8C; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCF69; &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0AC;&#xC774; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; pathotypes RNA &#xC7AC;&#xC870;&#xD569;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;.

RNA recombination is one of the two major factors that create RNA genome variability. Assessing its incidence in plant RNA viruses helps understand the formation of new isolates and evaluate the effectiveness of crop protection strategies. To search for recombination in Soybean mosaic virus (SMV), the causal agent of a worldwide seed-borne, aphid-transmitted viral soybean disease, we obtained all full-length genome sequences of SMV as well as partial sequences encoding the N-terminal most (P1 protease) and the C-terminal most (capsid protein; CP) viral protein. The sequences were analyzed for possible recombination events using a variety of automatic and manual recombination detection and verification approaches. Automatic scanning identified 3, 10, and 17 recombination sites in the P1, CP, and full-length sequences, respectively. Manual analyses confirmed 10 recombination sites in three full-length SMV sequences. To our knowledge, this is the first report of recombination between distinct SMV pathotypes. These data imply that different SMV pathotypes can simultaneously infect a host cell and exchange genetic materials through recombination. The high incidence of SMV recombination suggests that recombination plays an important role in SMV evolution. Obtaining additional full-length sequences will help elucidate this role.

Recombination analysis of Soybean mosaic virus sequences reveals evidence of RNA recombination between distinct pathotypes.

Recombinaison de RNA est l&#39;un des deux principaux facteurs qui cr&eacute;ent la variabilit&eacute; du g&eacute;nome RNA. &Eacute;valuer son incidence chez les virus &agrave; ARN plante permet de comprendre la formation de nouvelles souches et &eacute;valuer l&#39;efficacit&eacute; des strat&eacute;gies de protection des cultures. Pour rechercher la recombinaison Soybean mosaic virus (SMV), l&#39;agent causal d&#39;un dans le monde entier par les semences, maladie du soja virales transmissibles puceron, nous obtenu toutes les s&eacute;quences de g&eacute;nomes complets de SMV, ainsi que les s&eacute;quences partielles du N-terminal d&#39;encodage plus (prot&eacute;ase P1) et le C-terminal plupart (prot&eacute;ine de capside ; Prot&eacute;ine virale CP). Les s&eacute;quences ont &eacute;t&eacute; analys&eacute;es pour les &eacute;v&eacute;nements de recombinaison possible en utilisant une vari&eacute;t&eacute; d&#39;approches de d&eacute;tection et de v&eacute;rification automatique et manuelle de recombinaison. Balayage automatique identifi&eacute; 3, 10 et 17 sites de recombinaison dans le P1, CP et s&eacute;quences pleine longueur, respectivement. Analyses manuelles confirment 10 sites de recombinaison en trois s&eacute;quences de SMV pleine longueur. &Agrave; notre connaissance, c&#39;est le premier rapport de recombinaison entre pathotypes de SMV distinctes. Ces donn&eacute;es sugg&egrave;rent que diff&eacute;rents SMV pathotypes peuvent infecter simultan&eacute;ment un h&ocirc;te cellulaire et &eacute;change g&eacute;n&eacute;tique mat&eacute;riaux par recombinaison. L&#39;incidence &eacute;lev&eacute;e de recombinaison SMV sugg&egrave;re que la recombinaison joue un r&ocirc;le important dans l&#39;&eacute;volution de la SMV. Obtention des s&eacute;quences pleine longueur suppl&eacute;mentaires aidera &agrave; &eacute;lucider ce r&ocirc;le.

Analyse de la recombinaison des s&eacute;quences de Soybean mosaic virus r&eacute;v&egrave;le des preuves de la recombinaison de RNA entre races distinctes.

RNA-Rekombination ist eine der zwei wichtigsten Faktoren, die Variabilit&auml;t der RNA-Genom zu erstellen. Beurteilung dessen H&auml;ufigkeit in Pflanzen RNA-Viren hilft verstehen die Bildung von neuen Isolaten und die Wirksamkeit der Ernte Schutzstrategien bewerten. Zum Suchen der Rekombination in Soja-Mosaik-Virus (SMV), Erreger der eine weltweite Saatgut-getragen, gewonnen von Blattl&auml;usen &uuml;bertragene virale Soja-Krankheit, wir alle in Genomsequenzen von SMV sowie Teilsequenzen Codierung der N-terminalen, die meisten (P1-Protease) und der C-terminalen die meisten (Kapsidprotein; CP) virale Protein. Die Sequenzen wurden f&uuml;r m&ouml;gliche Rekombination Ereignisse mit einer Vielzahl von automatischen und manuellen Rekombination Erkennung und Verifizierung Ans&auml;tze analysiert. Automatisches Scannen identifiziert 3, 10 und 17 Rekombination Websites im P1, CP und in Sequenzen bzw.. Manuelle Analysen best&auml;tigt 10 Rekombination-Standorten in drei in SMV-Sequenzen. Unseres Wissens ist dies der erste Bericht der Rekombination zwischen unterschiedlichen SMV Pathotypen. Diese Daten bedeuten, dass verschiedene SMV Pathotypen gleichzeitig ein Host Zelle und Austausch genetischen Materials durch Rekombination infizieren k&ouml;nnen. Die hohe Inzidenz von SMV Rekombination schl&auml;gt vor, dass Rekombination spielt eine wichtige Rolle in der SMV-Evolution. Erlangung zus&auml;tzliche in Sequenzen wird dazu beitragen, diese Rolle zu erhellen.

Rekombination Analyse der Soja-Mosaik-Virus-Sequenzen zeigt Beweis von RNA-Rekombination zwischen verschiedenen Pathotypen.

Ricombinazione di RNA &egrave; uno dei due principali fattori che creano variabilit&agrave; del genoma RNA. Valutare la sua incidenza nei virus a RNA pianta aiuta a capire la formazione di nuovi isolati e valutare l&#39;efficacia delle strategie di protezione delle colture. Per la ricerca di ricombinazione nei virus del mosaico di soia (SMV), l&#39;agente causale di un mondiale seed-borne, malattia di soia virale trasmessa da afide, abbiamo ottenuto tutte le sequenze di genoma full-length della SMV, nonch&eacute; sequenze parziali di codifica del N-terminale, la maggior parte (proteasi P1) e il C-terminale pi&ugrave; (proteina del capside; Proteina virale CP). Le sequenze sono state analizzate per eventi di ricombinazione possibili utilizzando una variet&agrave; di approcci di rilevazione e verifica automatica e manuale di ricombinazione. Scansione automatica identificato 3, 10 e 17 siti di ricombinazione in P1, CP e sequenze full-length, rispettivamente. Analisi manuale confermato 10 siti di ricombinazione in tre sequenze SMV full-length. A nostra conoscenza, questo &egrave; il primo rapporto di ricombinazione tra distinte SMV patotipi. Questi dati implicano che diversi SMV patotipi contemporaneamente possono infettare un host cell e scambio materiale genetico attraverso ricombinazione. L&#39;elevata incidenza di ricombinazione SMV suggerisce che ricombinazione gioca un ruolo importante nell&#39;evoluzione di SMV. Ottenere ulteriori sequenze full-length aiuter&agrave; a chiarire questo ruolo.

Analisi di ricombinazione di soia mosaic virus sequenze rivelano prove di ricombinazione di RNA tra patotipi distinti.

RNA &#x7D44;&#x63DB;&#x3048; RNA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5909;&#x52D5;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3059;&#x308B; 2 &#x3064;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x306E;&#x4E00;&#x3064;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x690D;&#x7269; RNA &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3067;&#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x7387;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3057;&#x3001;&#x4F5C;&#x7269;&#x4FDD;&#x8B77;&#x6226;&#x7565;&#x306E;&#x6709;&#x52B9;&#x6027;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3061;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; (SMV)&#x3001;&#x56E0;&#x679C;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B8;&#x30A7;&#x30F3;&#x30C8;&#x306F;&#x4E16;&#x754C;&#x4E2D;&#x306E;&#x7A2E;&#x5B50;&#x4F1D;&#x67D3;&#x3092;&#x691C;&#x7D22;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30A2;&#x30D6;&#x30E9;&#x30E0;&#x30B7;&#x4F1D;&#x67D3;&#x75C5;&#x3001;&#x6211;&#x3005; SMV &#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069; (P1 &#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC;&#xFF09; &#x3068; C &#x672B;&#x7AEF;&#x306E; N &#x672B;&#x7AEF;&#x3092;&#x7B26;&#x53F7;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069; (&#x30AB;&#x30D7;&#x30B7;&#x30C9;&#x86CB;&#x767D;; &#x5F97;CP) &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x81EA;&#x52D5;&#x3068;&#x624B;&#x52D5;&#x306E;&#x518D;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x30FB;&#x691C;&#x8A3C;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x53EF;&#x80FD;&#x518D;&#x7D50;&#x5408;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x81EA;&#x52D5;&#x30B9;&#x30AD;&#x30E3;&#x30F3; 3&#x3001;10&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; 17 &#x306E;&#x518D;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E; P1&#x3001;CP&#x3001;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x8B58;&#x5225;&#x3002;&#x624B;&#x52D5;&#x89E3;&#x6790; 10 &#x306E;&#x30EA;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D3;&#x30CD;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E; 3 &#x3064;&#x306E;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9; SMV &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x77E5;&#x8B58;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x500B;&#x5225; SMV &#x5BBF;&#x4E3B;&#x9593;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308B; SMV &#x5BBF;&#x4E3B;&#x304C;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x518D;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x7D30;&#x80DE;&#x304A;&#x3088;&#x3073; exchange &#x907A;&#x4F1D;&#x7269;&#x8CEA;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;SMV &#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x7387;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x305D;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x63DB;&#x3048; SMV &#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x304C;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D5;&#x30EB;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B9;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3061;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C0;&#x30A4;&#x30BA; &#x30E2;&#x30B6;&#x30A4;&#x30AF; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F; RNA &#x7D44;&#x63DB;&#x3048;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x9593;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Recombinaci&oacute;n de RNA es uno de los dos principales factores que generan la variabilidad del genoma de RNA. Evaluar su incidencia en los virus de ARN de planta ayuda a entender la formaci&oacute;n de nuevos aislantes y evaluar la efectividad de las estrategias de protecci&oacute;n de cultivos. Para buscar recombinaci&oacute;n en virus del mosaico de la soja (SMV), el agente causal de un mundo semilla-llevadas, enfermedad viral transmitida por &aacute;fidos de la soja, se obtuvieron todas las secuencias del genoma de cuerpo entero de SMV, as&iacute; como el N-terminal de codificaci&oacute;n m&aacute;s (P1-proteasa) y el c-terminal de secuencias parciales la mayor&iacute;a (prote&iacute;na de la c&aacute;pside; Prote&iacute;na viral del CP). Las secuencias fueron analizadas para eventos de recombinaci&oacute;n posible usando una variedad de enfoques de detecci&oacute;n y verificaci&oacute;n autom&aacute;tica y manual de la recombinaci&oacute;n. Exploraci&oacute;n autom&aacute;tica hab&iacute;a identificado 3, 10 y 17 sitios de recombinaci&oacute;n en el P1, CP y secuencias largas, respectivamente. Manual an&aacute;lisis confirmaron 10 sitios de recombinaci&oacute;n en tres secuencias de SMV integrales. A nuestro conocimiento, &eacute;ste es el primer informe de recombinaci&oacute;n entre distintas patotipos de SMV. Estos datos implican que diferentes patotipos de SMV simult&aacute;neamente pueden infectar un anfitri&oacute;n celular e intercambio material gen&eacute;tico a trav&eacute;s de la recombinaci&oacute;n. La alta incidencia de recombinaci&oacute;n SMV sugiere que la recombinaci&oacute;n juega un papel importante en la evoluci&oacute;n del SMV. Obtenci&oacute;n de secuencias integrales adicionales ayudar&aacute;n a aclarar este papel.

An&aacute;lisis de la recombinaci&oacute;n de secuencias de virus de mosaico de soja revelan evidencia de recombinaci&oacute;n de RNA entre distintas patotipos.

&#x805A;&#x96C6;&#x5B9A;&#x671F; Interspaced &#x77ED;&#x590D;&#x53D1;&#x6027;&#x91CD;&#x590D; &#xFF08;CRISPRs&#xFF09; &#x548C;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; (Cas) &#x7EC4;&#x6210;&#x6297;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4E0E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x8D28;&#x7C92;&#x7684;&#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x514D;&#x75AB;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;Cas1 &#x662F; CRISPR &#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x662F;&#x6240;&#x6709;&#x542B;&#x6709; CRISPR &#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x5171;&#x540C;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x7EAF;&#x7684; Cas1 &#x86CB;&#x767D;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; (YgbT) &#x7684;&#x5C55;&#x54C1;&#x5305;&#x62EC;&#x970D;&#x5229;&#x8FEA;&#x8DEF;&#x53E3;&#x3001; &#x590D;&#x5236;&#x53C9;&#x548C; 5&#39;-&#x895F;&#x7FFC;&#x7684;&#x5355;&#x94FE;&#x548C;&#x652F;&#x94FE; Dna &#x5BF9;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x3002;YgbT &#x548C;&#x5B9A;&#x70B9;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x3002;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5C4F;&#x5E55;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A; YgbT &#x7269;&#x7406;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E0E;&#x5173;&#x952E;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x4EA4;&#x4E92;&#x7684; DNA &#x4FEE;&#x590D;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; recB&#x3001; recC &#x548C; ruvB&#x3002;&#x6309;&#x7167;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#xFF0C;ygbT &#x5220;&#x9664;&#x5E94;&#x53D8;&#x8868;&#x660E;&#x589E;&#x52A0;&#x5BF9; DNA &#x635F;&#x4F24;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x548C;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x5206;&#x79BB;&#x800C;&#x53D7;&#x635F;&#x3002;&#x5220;&#x9664; CRISPR &#x7FA4;&#x96C6;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7684; YgbT &#x4E2D;&#x4FEE;&#x590D;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x6D89;&#x53CA;&#x4E0E; CRISPRs &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x83CC;&#x682A;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x7684; YgbT&#xFF0C;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0A;&#x4E0D;&#x540C;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E8E;&#x5206;&#x652F;&#x6307;&#x5B9A;&#x56FD;&#x5BB6;&#x4E3B;&#x7BA1;&#x90E8;&#x95E8;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x81F3;&#x5C11;&#x67D0;&#x4E9B;&#x7EC4;&#x4EF6; CRISPR Cas &#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x6297;&#x75C5;&#x6BD2;&#x514D;&#x75AB;&#xFF0C;&#x9664;&#x4E86; DNA &#x4FEE;&#x590D;&#x5177;&#x6709;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

&#x53CC;&#x91CD;&#x529F;&#x80FD;&#x7684; CRISPR Cas &#x7CFB;&#x7EDF;&#x5728;&#x7EC6;&#x83CC;&#x9632;&#x75C5;&#x6BD2;&#x514D;&#x75AB;&#x548C; DNA &#x4FEE;&#x590D;&#x3002;

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) and the associated proteins (Cas) comprise a system of adaptive immunity against viruses and plasmids in prokaryotes. Cas1 is a CRISPR-associated protein that is common to all CRISPR-containing prokaryotes but its function remains obscure. Here we show that the purified Cas1 protein of Escherichia coli (YgbT) exhibits nuclease activity against single-stranded and branched DNAs including Holliday junctions, replication forks and 5'-flaps. The crystal structure of YgbT and site-directed mutagenesis have revealed the potential active site. Genome-wide screens show that YgbT physically and genetically interacts with key components of DNA repair systems, including recB, recC and ruvB. Consistent with these findings, the ygbT deletion strain showed increased sensitivity to DNA damage and impaired chromosomal segregation. Similar phenotypes were observed in strains with deletion of CRISPR clusters, suggesting that the function of YgbT in repair involves interaction with the CRISPRs. These results show that YgbT belongs to a novel, structurally distinct family of nucleases acting on branched DNAs and suggest that, in addition to antiviral immunity, at least some components of the CRISPR-Cas system have a function in DNA repair.

A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair.

Cluster r&eacute;guli&egrave;rement entrecoup&eacute;es courts palindromes r&eacute;p&egrave;te (CRISPRs) et les prot&eacute;ines associ&eacute;es (Cas) constituent un r&eacute;gime d&#39;immunit&eacute; adaptative contre les virus et les plasmides chez les procaryotes. CAS1 est une prot&eacute;ine associ&eacute;e aux CRISPR qui est commune &agrave; tous les procaryotes CRISPR contenant mais sa fonction reste obscure. Ici, nous montrons que la prot&eacute;ine purifi&eacute;e de Cas1 d&#39;Escherichia coli (YgbT) pr&eacute;sente une activit&eacute; nucl&eacute;asique contre l&#39;ADN monocat&eacute;naire et ramifi&eacute; dont les jonctions Holliday, fourches de r&eacute;plication et 5&#39;-volets. La structure cristalline du YgbT et de mutagen&egrave;se dirig&eacute;e ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; le potentiel site actif. Genome-wide &eacute;crans montrent que YgbT physiquement et g&eacute;n&eacute;tiquement interagit avec les &eacute;l&eacute;ments cl&eacute;s des syst&egrave;mes de r&eacute;paration de l&#39;ADN, y compris recB, recC et ruvB. Conform&eacute;ment &agrave; ces conclusions, la souche de suppression d&#39;ygbT a montr&eacute; une sensibilit&eacute; accrue aux l&eacute;sions de l&#39;ADN et r&eacute;duite de la s&eacute;gr&eacute;gation chromosomique. Ph&eacute;notypes semblables ont &eacute;t&eacute; observ&eacute;s chez les souches avec suppression des grappes CRISPR, sugg&eacute;rant que la fonction de YgbT en r&eacute;paration implique une interaction avec les CRISPRs. Ces r&eacute;sultats montrent que YgbT appartient &agrave; un roman, famille structurellement diff&eacute;rente des nucl&eacute;ases agissant sur ramifi&eacute;e DNAs et sugg&egrave;rent que, en plus de l&#39;immunit&eacute; antivirale, au moins certains composants du syst&egrave;me CRISPR-Cas ont une fonction de r&eacute;paration de l&#39;ADN.

R&eacute;paration d&#39;une double fonction du syst&egrave;me CRISPR-Cas en immunit&eacute; antivirue bact&eacute;rienne et l&#39;ADN.

Gruppierte regelm&auml;&szlig;ig Interspaced kurze palindromische wiederholt (CRISPRs) und die damit verbundenen Proteine (Cas) umfassen ein System der adaptiven Immunit&auml;t gegen Viren und Plasmide in Prokaryoten. Cas1 ist ein CRISPR-assoziierte Protein, das alle CRISPR-haltigen Prokaryoten gemein ist, aber seine Funktion bleibt unklar. Hier zeigen wir, dass das gereinigte Cas1-Protein von Escherichia coli (YgbT) Nuklease Aktivit&auml;t gegen einstr&auml;ngiger und verzweigte DNAs einschlie&szlig;lich Holliday Junctions, Replikation Gabeln und 5&#39;-Flaps aufweist. Die Kristallstruktur von YgbT und Site-verwiesene Mutagenese haben ergeben, dass der potentiellen aktiven-Site. Genomweiten Bildschirme zeigen, dass YgbT physisch und genetisch mit Schl&uuml;sselkomponenten der DNA-Reparatur-Systeme, einschlie&szlig;lich RecB, RecC und RuvB interagiert. Im Einklang mit diesen Erkenntnissen, die YgbT L&ouml;schung Belastung zeigte erh&ouml;hte Sensibilit&auml;t f&uuml;r DNA-Sch&auml;den und chromosomalen Segregation beeintr&auml;chtigt. &Auml;hnliche Ph&auml;notypen wurden beobachtet bei den St&auml;mmen mit L&ouml;schung der CRISPR-Clustern, was darauf hindeutet, da&szlig; die Funktion des YgbT in Reparatur Interaktion mit den CRISPRs verbunden. Diese Ergebnisse zeigen, dass YgbT geh&ouml;rt zu einem Roman, strukturell unterschiedliche Familie von Nukleasen auf verzweigte DNAs und schlagen vor, da&szlig; neben der antiviralen Immunit&auml;t, zumindest einige Komponenten des Systems CRISPR-Cas in DNA-Reparatur eine Funktion haben.

Eine Doppelfunktion der CRISPR-Cas-Systems in bakterielle Antiviren Immunit&auml;t und DNA reparieren.

Cluster regolarmente intervallate corto palindromo ripete (CRISPRs) e le proteine associate (Cas) comprendono un sistema di immunit&agrave; adattativa contro virus e plasmidi nei procarioti. Cas1 &egrave; una proteina associata CRISPR che &egrave; comune a tutti i procarioti contenenti CRISPR ma la sua funzione rimane oscura. Qui vi mostriamo che la proteina purificata Cas1 di Escherichia coli (YgbT) esibisce attivit&agrave; della nucleasi contro single-stranded e ramificata DNAs comprese giunzioni di Holliday, forche di replicazione e 5&#39;-flap. La struttura di cristallo di YgbT e di mutagenesi luogo-diretta hanno rivelato il potenziale sito attivo. Genome-wide schermi mostrano che YgbT fisicamente e geneticamente interagisce con componenti chiave dei sistemi di riparazione del DNA, compreso recB, recC e ruvB. Coerentemente con questi risultati, il ceppo di eliminazione ygbT ha mostrato maggiore sensibilit&agrave; al danno al DNA e alterata segregazione cromosomica. Fenotipi simili sono stati osservati in ceppi con eliminazione dei cluster CRISPR, suggerendo che la funzione di YgbT in riparazione comporta l&#39;interazione con il CRISPRs. Questi risultati dimostrano che YgbT appartiene a un romanzo, strutturalmente distinta famiglia di nucleases agendo su ramificato DNAs e suggeriscono che, oltre all&#39;immunit&agrave; antivirale, almeno alcuni componenti del sistema CRISPR-Cas hanno una funzione di riparazione del DNA.

Una duplice funzione del sistema CRISPR-Cas in immunit&agrave; batterica antivirus e del DNA di riparazione.

&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5B9A;&#x671F;&#x7684;&#x306B; Interspaced &#x77ED;&#x56DE;&#x6587;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3059; (CRISPRs) &#x3068;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; (Cas) &#x95A2;&#x9023;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3068;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x30DF;&#x30C9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x9069;&#x5FDC;&#x514D;&#x75AB;&#x306E;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Cas1 CRISPR &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x5171;&#x901A;&#x3067;&#x3059; CRISPR &#x95A2;&#x9023;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x306E;&#x3042;&#x3044;&#x307E;&#x3044;&#x306A;&#x307E;&#x307E;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x5927;&#x8178;&#x83CC; &#xFF08;YgbT&#xFF09; &#x306E;&#x7CBE;&#x88FD; Cas1 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x30DB;&#x30EA;&#x30C7;&#x30A4;&#x30B8;&#x30E3;&#x30F3;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3084;&#x8907;&#x88FD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30AF;&#x3001;5&#39; &#x542B;&#x3080;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5206;&#x5C90;&#x306E; DNAs &#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;-&#x30D5;&#x30E9;&#x30C3;&#x30D7;&#x3002;YgbT &#x3068;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x6307;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x8A98;&#x767A;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x6D3B;&#x6027;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5E83;&#x3044;&#x753B;&#x9762; YgbT &#x304C;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50; DNA &#x4FEE;&#x5FA9;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3001;recB&#x3001;recC&#x3001;ruvB &#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x3084;&#x308A;&#x53D6;&#x308A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;ygbT &#x524A;&#x9664;&#x3072;&#x305A;&#x307F; DNA &#x640D;&#x50B7;&#x306B;&#x611F;&#x5EA6;&#x306E;&#x5411;&#x4E0A;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x504F;&#x6790;&#x306E;&#x969C;&#x5BB3;&#x3002;&#x985E;&#x4F3C;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x83CC;&#x306E;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; YgbT &#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x3001;CRISPRs &#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3001;CRISPR &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x524A;&#x9664;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x793A;&#x3059; YgbT &#x306F;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x3001;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x6838;&#x9178;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5BB6;&#x65CF; DNAs &#x3092;&#x5206;&#x5C90;&#x3057;&#x3001;&#x6297;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x514D;&#x75AB;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066; CRISPR Cas &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;&#x4E00;&#x90E8;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x95A2;&#x6570; DNA &#x4FEE;&#x5FA9;&#x306B;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

CRISPR Cas &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x7D30;&#x83CC;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x514D;&#x75AB;&#x3068; DNA &#x306E;&#x4E8C;&#x91CD;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB41C; &#xC815;&#xAE30;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; Interspaced &#xC9E7;&#xC740; &#xD68C;&#xBB38; &#xBC18;&#xBCF5; (CRISPRs) &#xBC0F; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (Ca) &#xAD6C;&#xC131; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBC0F; prokaryotes&#xC5D0;&#xC11C; &#xD50C;&#xB77C;&#xC2A4; &#xBBF8;&#xB4DC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC801;&#xC751;&#xD615; &#xBA74;&#xC5ED; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;. Cas1 &#xBAA8;&#xB4E0; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; CRISPR prokaryotes&#xC5D0; &#xACF5;&#xD1B5; &#xB418;&#xB294; CRISPR &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C; &#xADF8; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC560;&#xB9E4; &#xD55C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; (YgbT)&#xC758; &#xC21C;&#xD654; Cas1 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD560;&#xB7EC;&#xB370;&#xC774; &#xC811;&#xD569;, 5&#39;-&#xD50C;&#xB7A9;, &#xBCF5;&#xC81C; &#xD3EC;&#xD06C; &#xB4F1; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5;&#xC640; &#xBD84;&#xAE30; DNAs &#xC0C1;&#xB300;&#xB85C; nuclease &#xD65C;&#xB3D9; &#xC804;&#xC2DC; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. YgbT &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8; &#xAD6C;&#xC870; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC9C0;&#xC2DC; &#xB41C; mutagenesis &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xD65C;&#xC131; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC1D;&#xD600;&#xC84C;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD654;&#xBA74; &#xD45C;&#xC2DC;&#xB294; YgbT &#xC721;&#xCCB4;&#xC801; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; DNA &#xBCF5;&#xAD6C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;, recB, ruvB, recC &#xB4F1;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;, ygbT &#xC0AD;&#xC81C; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; DNA &#xC190;&#xC0C1;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xAC10;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xACE0; &#xC7A5;&#xC560;&#xAC00; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xBD84;&#xB9AC;. &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xACE0;&#xAE30; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; YgbT &#xD568;&#xC218;&#xB294; Crisprs&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xC81C;&#xC548; CRISPR &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xC758; &#xC0AD;&#xC81C;&#xC640; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC;&#xB294; &#xC18C;&#xC124;&#xC5D0; &#xC18D;&#xD558;&#xB294; YgbT, nucleases&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD589;&#xB3D9;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xAC00;&#xC871; DNAs &#xBD84;&#xAE30; &#xBC0F; &#xD56D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; CRISPR Cas &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC77C;&#xBD80; DNA &#xBCF5;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0;, &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xBC31;&#xC2E0; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC0F; DNA CRISPR Cas &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xB4C0;&#xC5BC; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBCF5;&#xAD6C;.

Agrupado regularmente otro corto palindr&oacute;mico repite (CRISPRs) y las prote&iacute;nas asociadas (Cas) conforman un sistema de inmunidad adaptativa frente a virus y pl&aacute;smidos en procariotas. Cas1 es una prote&iacute;na asociada a CRISPR que es com&uacute;n a todos los procariotas que contienen CRISPR pero su funci&oacute;n sigue siendo obscura. Aqu&iacute; demostramos que la prote&iacute;na purificada de Cas1 de Escherichia coli (YgbT) exhibe actividad Nucleasa contra DNAs monocatenario y ramificados como uniones Holliday, horquillas de replicaci&oacute;n y 5&#39;-aletas. La estructura cristalina de YgbT y mutag&eacute;nesis sitio-dirigida han puesto de manifiesto el potencial sitio activo. Genoma pantallas muestran que YgbT f&iacute;sica y gen&eacute;ticamente interact&uacute;a con los componentes clave de los sistemas de reparaci&oacute;n del ADN, incluyendo recB, recC y ruvB. De acuerdo con estos resultados, la cepa de la eliminaci&oacute;n de ygbT demostr&oacute; mayor sensibilidad a da&ntilde;o de la DNA y deterior&oacute; segregaci&oacute;n cromos&oacute;mica. Fenotipos similares se observaron en las cepas con eliminaci&oacute;n de racimos CRISPR, sugiriendo que la funci&oacute;n de YgbT en reparaci&oacute;n implica la interacci&oacute;n con los CRISPRs. Estos resultados demuestran que YgbT pertenece a una novela, familia estructuralmente distinta de las nucleasas actuando sobre ramificado DNAs y sugieren que, adem&aacute;s de inmunidad antiviral, al menos algunos de los componentes del sistema CRISPR-Cas tienen una funci&oacute;n en la reparaci&oacute;n del ADN.

Reparaci&oacute;n de una funci&oacute;n dual del sistema CRISPR-Cas en inmunidad antivirus bacteriana y ADN.

&#x4F38;&#x957F;&#x7387;&#x56E0;&#x7D20; RbbA &#x662F;&#x9700;&#x8981; ATP &#x4F9D;&#x8D56; deacyl tRNA &#x91CA;&#x5927;&#x6982;&#x540E;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x80BD;&#x952E;&#x7684;&#x5F62;&#x6210; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#x3002;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x5728;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x672A;&#x77E5;&#x51FD;&#x6570;&#xFF0C;YhjD &#x5B88;&#x6052;&#x5185;&#x5728;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x76F8;&#x4E92; co-purified RbbA&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E5F;&#x4E0E; 30S &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x548C;&#x6210;&#x5458;&#x7684;&#x8102;&#x591A;&#x7CD6;&#x8FD0;&#x8F93;&#x673A;&#x68B0;&#x7269;&#x7406;&#x5173;&#x8054;&#x3002;RbbA &#x548C; yhjD &#x5220;&#x9664;&#x7A81;&#x53D8;&#x682A;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9057;&#x4F20;&#x5C4F;&#x5E55;&#x663E;&#x793A;&#x52A0;&#x91CD;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0E;&#x7535;&#x5B50;&#x4F20;&#x9012;&#x94FE;&#x4E2D;&#x6709;&#x7F3A;&#x9677;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x3002;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7F3A;&#x4E4F; rbbA &#x548C; yhjD &#x5C55;&#x51FA;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x88C2;&#x3001; &#x547C;&#x5438;&#x548C;&#x5168;&#x7403;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5408;&#x6210;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x589E;&#x52A0;&#x5BF9;&#x76EE;&#x6807;&#x7B49;&#x7684;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x548C;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5408;&#x6210;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; RbbA &#x6240;&#x663E;&#x793A;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0E; YhjD &#x4F5C;&#x4E3A;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x5F71;&#x54CD;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6C27;&#x5316;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x548C;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6548;&#x7387;&#x3002;

&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7684; ATPase &#x4E0E;&#x5B88;&#x6052;&#x7684;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x5728;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x8C03;&#x8282;&#x86CB;&#x767D;&#x5408;&#x6210;&#x548C;&#x6C27;&#x5316;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;

Elongation factor RbbA is required for ATP-dependent deacyl-tRNA release presumably after each peptide bond formation; however, there is no information about the cellular role. Proteomic analysis in Escherichia coli revealed that RbbA reciprocally co-purified with a conserved inner membrane protein of unknown function, YhjD. Both proteins are also physically associated with the 30S ribosome and with members of the lipopolysaccharide transport machinery. Genome-wide genetic screens of rbbA and yhjD deletion mutants revealed aggravating genetic interactions with mutants deficient in the electron transport chain. Cells lacking both rbbA and yhjD exhibited reduced cell division, respiration and global protein synthesis as well as increased sensitivity to antibiotics targeting the ETC and the accuracy of protein synthesis. Our results suggest that RbbA appears to function together with YhjD as part of a regulatory network that impacts bacterial oxidative phosphorylation and translation efficiency.

Ribosome-dependent ATPase interacts with conserved membrane protein in Escherichia coli to modulate protein synthesis and oxidative phosphorylation.

Facteur d&#39;&eacute;longation RbbA est d&eacute;pendant de l&#39;ATP deacyl-tRNA rejets vraisemblablement apr&egrave;s chaque formation de la liaison peptidique ; Toutefois, il n&#39;y a aucune information sur le r&ocirc;le cellulaire. Analyse prot&eacute;omique dans Escherichia coli a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que RbbA co-purifi&eacute;es mutuellement avec une prot&eacute;ine de la membrane interne conserv&eacute;e de fonction inconnue, YhjD. Les deux prot&eacute;ines sont aussi physiquement associ&eacute;es avec le ribosome de 30 ans et membres de la machinerie de transport lipopolysaccharide. Genome-wide &eacute;crans g&eacute;n&eacute;tiques des mutants de d&eacute;l&eacute;tion rbbA et yhjD a r&eacute;v&eacute;l&eacute; aggravantes les interactions g&eacute;n&eacute;tiques avec les mutants d&eacute;ficients dans la cha&icirc;ne de transport d&#39;&eacute;lectrons. Cellules d&eacute;pourvues rbbA tant yhjD expos&eacute; r&eacute;duite de division cellulaire, la respiration et la synth&egrave;se prot&eacute;ique globale ainsi qu&#39;accro&icirc;tre la sensibilit&eacute; aux antibiotiques ciblant le CTE et la pr&eacute;cision de la synth&egrave;se prot&eacute;ique. Nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que la RbbA semble fonctionner avec YhjD dans le cadre d&#39;un r&eacute;seau de r&eacute;glementation que la phosphorylation oxydative bact&eacute;rienne de r&eacute;percussions et l&#39;efficacit&eacute; de la traduction.

ATPase d&eacute;pendante de ribosome interagit avec la prot&eacute;ine de la membrane conserv&eacute;e chez Escherichia coli pour moduler la synth&egrave;se des prot&eacute;ines et la phosphorylation oxydative.

Dehnung Faktor RbbA ist vermutlich nach jeder Bildung der Peptidbindung ATP-abh&auml;ngigen deacyl-tRNA Freigabe notwendig; Allerdings gibt es keine Informationen &uuml;ber die zellul&auml;re Rolle. Proteomic Analysen in Escherichia coli ergab, dass RbbA sich gegenseitig mit einem konservierten inneren Membranprotein unbekannter Funktion, YhjD co-purified. Beide Proteine sind auch physisch verbunden mit dem 30S Ribosom und Mitgliedern der Lipopolysaccharid-Transportmaschinen. Genomweiten genetische Schirme von RbbA und YhjD-L&ouml;schung-Mutanten offenbart erschwerende genetische Interaktionen mit Mutanten einen Mangel an der Atmungskette. Zellen, die nicht &uuml;ber RbbA und YhjD ausgestellt, reduzierte Zellteilung, Atmung sowie globale Proteinsynthese und erh&ouml;hte Empfindlichkeit gegen&uuml;ber Antibiotika, die Ausrichtung des etc. und die Genauigkeit der Proteinsynthese. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass RbbA erscheint zusammen mit YhjD als Teil eines regulatorischen Netzes dieser Auswirkungen bakterielle Oxidative Phosphorylierung und die &Uuml;bersetzung Effizienz-Funktion.

Ribosom-abh&auml;ngigen ATPase interagiert mit konservierten Membranprotein in Escherichia coli, Proteinsynthese und Oxidative Phosphorylierung zu modulieren.

Fattore di allungamento RbbA &egrave; necessaria per il rilascio di ATP-dipendente deacyl-tRNA presumibilmente dopo ogni formazione del legame peptidico; Tuttavia, non non c&#39;&egrave; alcuna informazione circa il ruolo del cellulare. Analisi proteomic in Escherichia coli ha rivelato che RbbA co-purified reciprocamente con una proteina di membrana interna conservata dalla funzione sconosciuta, YhjD. Entrambe le proteine sono anche fisicamente associate con il ribosoma 30S e con membri dei macchinari di trasporto del lipopolisaccaride. Genome-wide schermi genetici di mutanti di delezione rbbA e yhjD rivelarono interazioni genetiche aggravanti con mutanti carenti nella catena di trasporto degli elettroni. Cellule mancano sia rbbA e yhjD esposto ridotta divisione cellulare, respirazione e sintesi proteica globale cos&igrave; come aumenta la sensibilit&agrave; agli antibiotici targeting ETC e l&#39;accuratezza della sintesi proteica. I nostri risultati suggeriscono che RbbA sembra funzionare insieme a YhjD come parte di una rete di regolamentazione che impatti batterica della fosforilazione ossidativa e l&#39;efficienza della traduzione.

ATPasi dipendente dal ribosoma interagisce con la proteina di membrana conservata in Escherichia coli di modulare la sintesi proteica e la fosforilazione ossidativa.

&#x4F38;&#x9577;&#x56E0;&#x5B50; RbbA &#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x5404;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x5F62;&#x6210;&#x5F8C;&#x306E; ATP &#x4F9D;&#x5B58;&#x6027; deacyl tRNA &#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x60C5;&#x5831;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x76F8;&#x4E92;&#x306E; RbbA &#x4E0D;&#x660E;&#x306A;&#x95A2;&#x6570;&#x3001;YhjD &#x306E;&#x7BC0;&#x7D04;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5185;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3067;&#xFF0C; &#x3053;&#x3068;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E21;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3082;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 30 s &#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x30EA;&#x30DD;&#x591A;&#x7CD6;&#x8F38;&#x9001;&#x6A5F;&#x68B0;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3067;&#x3059;&#x3002;RbbA &#x3068; yhjD &#x306E;&#x6B20;&#x5931;&#x5909;&#x7570;&#x682A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x96FB;&#x5B50;&#x8F38;&#x9001;&#x30C1;&#x30A7;&#x30FC;&#x30F3;&#x3067;&#x3068;&#x60AA;&#x5316;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;RbbA &#x3068; yhjD &#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306B;&#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BB;&#x30EB;&#x5C55;&#x793A;&#x524A;&#x6E1B;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x88C2;&#x3001;&#x547C;&#x5438;&#x3068;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB; &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x306A;&#x3069;&#x3092;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x611F;&#x5EA6;&#x3068;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3002;RbbA &#x304C; YhjD &#x3068;&#x5171;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x9178;&#x5316;&#x7684;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3068;&#x7FFB;&#x8A33;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x819C;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x3068;&#x9178;&#x5316;&#x7684;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x4F9D;&#x5B58; ATPase &#x3068;&#x3084;&#x308A;&#x53D6;&#x308A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC2E0;&#xC7A5; &#xC778;&#xC790; Rbba&#xB294; &#xAC01; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xACB0;&#xD569; &#xD615;&#xC131;; &#xD6C4; ATP &#xC885;&#xC18D; deacyl tRNA &#xB9B4;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xC5ED;&#xD560;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xC544;&#xBB34; &#xC815;&#xBCF4;&#xAC00;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC5D0;&#xC11C; Proteomic &#xBD84;&#xC11D; RbbA &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xD568;&#xC218;, Yhjd&#xC758; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xB0B4;&#xBD80; &#xB9C9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB41C;&#xB2E4; co-purified &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xB450; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; 30S &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C;&#xACFC; lipopolysaccharide &#xC804;&#xC1A1; &#xAE30;&#xACC4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xACFC; &#xBB3C;&#xB9AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. RbbA &#xBC0F; yhjD &#xC0AD;&#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD654;&#xBA74; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC804;&#xC790; &#xC218;&#xC1A1; &#xCCB4;&#xC778;&#xC5D0; &#xACB0;&#xD54D; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC640; &#xC545;&#xD654; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;. &#xAC10;&#xC18C; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xC5F4;, &#xD638;&#xD761; &#xBC0F; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD569;&#xC131; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC99D;&#xAC00; &#xAC10;&#xB3C4; &#xB4F1;&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C;&#xB97C; &#xC804;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xBD80;&#xC871; &#xD55C; rbbA &#xBC0F; yhjD &#xC140; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD569;&#xC131;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC81C;&#xC548; Rbba&#xB97C; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654; &#xC0B0;&#xD654; &#xC138;&#xADE0;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5; &#xBC0F; &#xBC88;&#xC5ED; &#xD6A8;&#xC728; &#xADDC;&#xC81C; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xC77C;&#xD658;&#xC73C;&#xB85C; Yhjd&#xACFC; &#xD568;&#xAED8; &#xC791;&#xB3D9; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xC885;&#xC18D; ATPase &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD569;&#xC131;&#xACFC; &#xC0B0;&#xD654; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;&#xB97C; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xB9C9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Factor de elongaci&oacute;n RbbA es necesario para el lanzamiento de deacyl-tRNA dependiente de ATP probablemente despu&eacute;s de la formaci&oacute;n de cada enlace pept&iacute;dico; sin embargo, no hay informaci&oacute;n sobre la funci&oacute;n celular. An&aacute;lisis prote&oacute;mico en Escherichia coli revel&oacute; que RbbA co-purified rec&iacute;procamente con una prote&iacute;na de membrana interna conservada de funci&oacute;n desconocida, YhjD. Ambas prote&iacute;nas tambi&eacute;n est&aacute;n f&iacute;sicamente asociadas con el ribosoma 30S y con miembros de la maquinaria de transporte de lipopolisac&aacute;rido. Pantallas gen&eacute;ticas del genoma de los mutantes de deleci&oacute;n rbbA y yhjD revelaron interacciones gen&eacute;ticas agravantes con mutantes deficientes en la cadena de transporte de electrones. Las c&eacute;lulas que carecen de tanto rbbA y yhjD exhibieron reducida divisi&oacute;n celular, respiraci&oacute;n y s&iacute;ntesis de la prote&iacute;na global as&iacute; como aumento de la sensibilidad a los antibi&oacute;ticos contra el etc. y la exactitud de la s&iacute;ntesis de prote&iacute;nas. Nuestros resultados sugieren que RbbA parece funcionar junto con YhjD como parte de una red de regulaci&oacute;n eso fosforilaci&oacute;n oxidativa bacteriana de impactos y la eficiencia de traducci&oacute;n.

ATPasa dependiente de ribosoma interact&uacute;a con la prote&iacute;na de membrana conservada en Escherichia coli para modular la s&iacute;ntesis de prote&iacute;nas y fosforilaci&oacute;n oxidativa.

&#x901A;&#x8FC7;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5F00;&#x5C55;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x3002;&#x5404;&#x79CD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x8C03;&#x67E5;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#x5728;&#x5927;&#x578B;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#xFF0C;&#x8C03;&#x67E5;&#x4ECE;&#x9057;&#x4F20;&#x89D2;&#x5EA6;&#x770B;&#x751F;&#x7269;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x6743;&#x529B; &#xFF08;&#x57FA;&#x56E0;&#x57FA;&#x56E0;&#x6216;&#x4E0A;&#x4F4D;&#xFF09; &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x660E;&#x8BC1;&#x6F84;&#x6E05;&#x65B0;&#x578B;&#x529F;&#x80FD;&#x5173;&#x7CFB;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x529F;&#x80FD;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x5305;&#x62EC;&#x5BF9;&#x65B9;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x7684;&#x7F13;&#x51B2;&#x533A;&#x6216;&#x5F71;&#x54CD;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5386;&#x6765;&#x56E0;&#x88AB;&#x8C03;&#x67E5;&#x5728;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7ED3;&#x5408;&#x6210;&#x5BF9;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8; (&#x5982;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F3A;&#x5931;) &#x548C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4ECE;&#x9884;&#x671F;&#x7684;&#x4E2D;&#x6027; &#xFF08;&#x6216;&#x65E0;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF09; &#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x504F;&#x5DEE;&#x3002;&#x5065;&#x8EAB;&#x662F;&#x7279;&#x522B;&#x65B9;&#x4FBF;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x6765;&#x8861;&#x91CF;&#xFF1A; &#x5F53;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x6210;&#x957F;&#x5F97;&#x66F4;&#x5FEB;&#x6216;&#x6162;&#x4E8E;&#x9884;&#x671F;&#xFF0C;&#x636E;&#x8BF4;&#x51CF;&#x8F7B;&#x6216;&#x52A0;&#x91CD;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#x663E;&#x793A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6700;&#x5E38;&#x7528;&#x7684;&#x4E2D;&#x6027;&#x6A21;&#x578B;&#x5047;&#x5B9A;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5065;&#x8EAB;&#x7B49;&#x4E8E;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5065;&#x8EAB;&#x4EA7;&#x54C1;&#x3002;&#x5F15;&#x4EBA;&#x6CE8;&#x76EE;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7F13;&#x51B2;&#x5F7C;&#x6B64;&#x5728;&#x6267;&#x884C;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x975E;&#x5FC5;&#x8981;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E22;&#x5931;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#xFF1A; &#x5220;&#x9664;&#x4EC5;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4EA7;&#x751F;&#x65E0;&#x63A2;&#x6D4B;&#x5065;&#x8EAB;&#x7F3A;&#x9677; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#x540C;&#x65F6;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6545;&#x969C;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x75BE;&#x75C5;&#x6216;&#x81F4;&#x6B7B;&#x7387;&#x3002;&#x5C4F;&#x5E55;&#x5DF2;&#x88AB;&#x7528;&#x4E8E;&#x751F;&#x6210;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x9057;&#x4F20;&#x4E92;&#x52A8;&#x5730;&#x56FE;&#x6A21;&#x578B;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#x9175;&#x6BCD;&#xFF0C;&#x6765;&#x63CF;&#x8FF0;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x54C1;&#x529F;&#x80FD;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6210;&#x901A;&#x8DEF;&#x548C;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5185;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x8FD8;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x6A21;&#x5757;&#x5316;&#x7684;&#x5B89;&#x6392;&#x548C;&#x76F8;&#x58F0;&#x7684;&#x9014;&#x5F84;&#x548C;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x8857;&#x533A;&#x5185;&#x914D;&#x5408;&#x7269; (Dixon et al&#xFF0C;&#x9EC4;&#x82B1;&#x51AF;&#x57FA;&#x682A; 43:601-625&#xFF0C;2009&#x5E74;)&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x9057;&#x4F20;&#x9635;&#x5217; (eSGA) &#x7B5B;&#x9009;&#x8FC7;&#x7A0B;&#xFF0C;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x63A8;&#x65AD;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8BC4;&#x5206;&#x4E4B;&#x95F4;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x751F;&#x957F;&#x7F3A;&#x9677;&#x5728;&#x7ECF;&#x5178;&#x7684;&#x9769;&#x5170;&#x9634;&#x6027;&#x83CC;&#x3002;ESGA &#x65B9;&#x6CD5;&#x5229;&#x7528;&#x5FEB;&#x901F;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x589E;&#x957F;&#xFF0C;&#x6613;&#x7528;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x64CD;&#x7EB5;&#x548C;&#x5929;&#x7136;&#x9AD8;&#x6548;&#x9057;&#x4F20;&#x4EA4;&#x6362;&#x901A;&#x8FC7;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x5171;&#x8F6D;&#x3002;&#x526F;&#x672C;&#x9501;&#x5B9A;&#x7528;&#x4E8E;&#x6210;&#x957F;&#x548C;&#x4EA4;&#x914D;&#x7684;&#x5355;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x682A;&#x7684;&#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x96C6;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5927;&#x6279;&#x9009;&#x62E9;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x5E94;&#x53D8;&#x5065;&#x8EAB;&#xFF0C;&#x7528;&#x4EE5;&#x4F5C;&#x4E3A; eSGA &#x8BFB;&#x51FA;&#xFF0C;&#x662F;&#x7531;&#x6570;&#x5B57;&#x5316;&#x6210;&#x50CF;&#x677F;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x6D4B;&#x91CF;&#x548C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5355;&#x3001; &#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x83CC;&#x843D;&#x5927;&#x5C0F;&#x3002;&#x867D;&#x7136; eSGA &#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x5C4F;&#x5E55;&#x9009;&#x62E9;&#x7A81;&#x53D8;&#x6765;&#x63A2;&#x6D4B;&#x5355;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5730;&#x4F7F;&#x7528; eSGA &#x6765;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x5F88;&#x591A;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9057;&#x4F20;&#x4EA4;&#x4E92;&#x6570;&#x636E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5E2E;&#x52A9;&#x91CD;&#x5EFA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x529F;&#x80FD;&#x6027;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x7F51;&#x7EDC;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x63ED;&#x793A;&#x5C0F;&#x8BF4;&#x7684;&#x94FE;&#x63A5;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x8DEF;&#x5F84;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x610F;&#x5916;&#x7684;&#x8FDE;&#x63A5;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x5404;&#x79CD;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x672C;&#x751F;&#x7269;&#x8FC7;&#x7A0B; (&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x58C1;&#x5927;&#x4F1A;&#x3001; &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x3001; &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x590D;&#x5236;&#xFF09; &#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x836F;&#x7269;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x89D2;&#x5EA6; &#xFF08;&#x5DF4;&#x5E03; et al Mol Biosyst 12:1439-&#x7B2C; 1455&#x5E74;&#xFF0C;2009&#x5E74;)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x663E;&#x793A;&#x5982;&#x4F55;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; eSGA &#x5C4F;&#x5E55;&#x53EF;&#x7531;&#x624B;&#x52A8;&#x5C0F;&#x89C4;&#x6A21;&#x9057;&#x4F20;&#x6742;&#x4EA4;&#x548C;&#x9057;&#x4F20;&#x4E92;&#x8865;&#x53CA;&#x57FA;&#x56E0;&#x6551;&#x63F4;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x3002;

&#x57FA;&#x4E8E;&#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x5408;&#x6210;&#x9057;&#x4F20;&#x5C4F;&#x5E55;&#x7EC6;&#x83CC;&#x901A;&#x8DEF;&#x548C;&#x5728;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x7F51;&#x7EDC;&#x6620;&#x5C04;&#x3002;

Cellular processes are carried out through a series of molecular interactions. Various experimental approaches can be used to investigate these functional relationships on a large-scale. Recently, the power of investigating biological systems from the perspective of genetic (gene-gene or epistatic) interactions has been evidenced by the ability to elucidate novel functional relationships. Examples of functionally related genes include genes that buffer each other's function or impinge on the same biological process. Genetic interactions have traditionally been investigated in bacteria by combining pairs of mutations (e.g., gene deletions) and assessing deviation of the phenotype of each double mutant from an expected neutral (or no interaction) phenotype. Fitness is a particularly convenient phenotype to measure: when the double mutant grows faster or slower than expected, the two mutated genes are said to show alleviating or aggravating interactions, respectively. The most commonly used neutral model assumes that the fitness of the double mutant is equal to the product of individual single mutant fitness. A striking genetic interaction is exemplified by the loss of two nonessential genes that buffer each other in performing an essential biological function: deleting only one of these genes produces no detectable fitness defect; however, loss of both genes simultaneously results in systems failure, leading to synthetic sickness or lethality. Systematic large-scale genetic interaction screens have been used to generate functional maps for model eukaryotic organisms, such as yeast, to describe the functional organization of gene products into pathways and protein complexes within a cell. They also reveal the modular arrangement and cross talk of pathways and complexes within broader functional neighborhoods (Dixon et al., Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Here, we present a high-throughput quantitative Escherichia coli Synthetic Genetic Array (eSGA) screening procedure, which we developed to systematically infer genetic interactions by scoring growth defects among large numbers of double mutants in a classic Gram-negative bacterium. The eSGA method exploits the rapid colony growth, ease of genetic manipulation, and natural efficient genetic exchange via conjugation of laboratory E. coli strains. Replica pinning is used to grow and mate arrayed sets of single gene mutant strains and to select double mutants en masse. Strain fitness, which is used as the eSGA readout, is quantified by the digital imaging of the plates and subsequent measuring and comparing single and double mutant colony sizes. While eSGA can be used to screen select mutants to probe the functions of individual genes, using eSGA more broadly to collect genetic interaction data for many combinations of genes can help reconstruct a functional interaction network to reveal novel links and components of biological pathways as well as unexpected connections between pathways. A variety of bacterial systems can be investigated, wherein the genes impinge on a essential biological process (e.g., cell wall assembly, ribosome biogenesis, chromosome replication) that are of interest from the perspective of drug development (Babu et al., Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). We also show how genetic interactions generated by high-throughput eSGA screens can be validated by manual small-scale genetic crosses and by genetic complementation and gene rescue experiments.

Array-based synthetic genetic screens to map bacterial pathways and functional networks in Escherichia coli.

Les processus cellulaires sont r&eacute;alis&eacute;es gr&acirc;ce &agrave; une s&eacute;rie d&#39;interactions mol&eacute;culaires. Diverses approches exp&eacute;rimentales permet d&#39;enqu&ecirc;ter sur ces relations fonctionnelles &agrave; grande &eacute;chelle. R&eacute;cemment, le pouvoir d&#39;enqu&ecirc;ter sur les syst&egrave;mes biologiques, du point de vue de la g&eacute;n&eacute;tique (g&egrave;nes ou &eacute;pistatique) interactions a &eacute;t&eacute; mis en &eacute;vidence par la capacit&eacute; &agrave; &eacute;lucider les relations fonctionnelles roman. Les exemples de g&egrave;nes li&eacute;s fonctionnellement g&egrave;nes qui de l&#39;autre fonction de tampon ou empi&egrave;tent sur le m&ecirc;me processus biologique. Interactions g&eacute;n&eacute;tiques ont traditionnellement &eacute;t&eacute; &eacute;tudi&eacute;es chez les bact&eacute;ries en combinant paires de mutations (p. ex., les destructions de g&egrave;ne) et en &eacute;valuant la d&eacute;viation du ph&eacute;notype de chaque ph&eacute;notype mutant double d&#39;un neutre attendu (ou aucune interaction). Remise en forme est un ph&eacute;notype particuli&egrave;rement pratique pour mesurer : quand le double mutant cro&icirc;t plus vite ou plus lentement que pr&eacute;vu, les deux g&egrave;nes mut&eacute;s sont cens&eacute;es montrer d&#39;att&eacute;nuer ou d&#39;aggraver des interactions, respectivement. Le plus couramment utilis&eacute; mod&egrave;le neutre suppose que l&#39;aptitude du double mutant est &eacute;gale au produit de fitness mutant simple individuelle. Une interaction g&eacute;n&eacute;tique frappante est illustr&eacute;e par la perte de deux g&egrave;nes non essentiels, mettre en m&eacute;moire tampon entre eux dans l&#39;exercice d&#39;une fonction biologique essentielle : suppression de seulement l&#39;un de ces g&egrave;nes ne produit aucun d&eacute;faut d&eacute;tectables de remise en forme ; Toutefois, la perte des deux g&egrave;nes entra&icirc;ne simultan&eacute;ment d&eacute;faillance de syst&egrave;mes, conduisant &agrave; la maladie synth&eacute;tique ou la l&eacute;talit&eacute;. Syst&eacute;matique &agrave; grande &eacute;chelle interaction g&eacute;n&eacute;tique &eacute;crans ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;s pour g&eacute;n&eacute;rer fonctionnelle des cartes pour organismes eucaryotes mod&egrave;le, telles que la levure, pour d&eacute;crire l&#39;organisation fonctionnelle des produits des g&egrave;nes dans les voies et les complexes de prot&eacute;ines dans une cellule. Ils r&eacute;v&egrave;lent &eacute;galement l&#39;agencement modulaire et la diaphonie, des sentiers et des complexes au sein des quartiers fonctionnelles plus larges (Dixon et al., Genet d&#39;Annu Rev 43:601-625, 2009). Nous pr&eacute;sentons ici une haut d&eacute;bit quantitative Escherichia coli tableau g&eacute;n&eacute;tique synth&eacute;tique (eSGA) proc&eacute;dure de d&eacute;pistage, qui nous avons d&eacute;velopp&eacute; d&#39;inf&eacute;rer syst&eacute;matiquement les interactions g&eacute;n&eacute;tiques en marquant les d&eacute;fauts de croissance parmi un grand nombre de doubles mutants dans une bact&eacute;rie &agrave; Gram n&eacute;gatif classique. La m&eacute;thode de l&#39;eSGA exploite la croissance de la colonie rapide, facilit&eacute; de manipulation g&eacute;n&eacute;tique et naturel efficace &eacute;change g&eacute;n&eacute;tique via la conjugaison des souches d&#39;e. coli de laboratoire. R&eacute;plique l&#39;&eacute;pinglage est utilis&eacute; pour se d&eacute;velopper et s&#39;accouplent ensembles rang&eacute;s de souches mutantes monog&eacute;niques et s&eacute;lectionner doubles mutants massivement. Remise en forme de souche, qui sert &agrave; l&#39;affichage de l&#39;eSGA, est quantifi&eacute;e par l&#39;imagerie num&eacute;rique des plaques et suivantes, mesurer et comparer les tailles simples et doubles de colonies mutantes. ESGA peut &ecirc;tre utilis&eacute;s &agrave; l&#39;&eacute;cran de s&eacute;lection des mutants pour sonder les fonctions des g&egrave;nes individuels, &agrave; l&#39;aide d&#39;eSGA plus largement pour collecter les donn&eacute;es d&#39;interaction g&eacute;n&eacute;tique de nombreuses combinaisons de g&egrave;nes peut aider &agrave; reconstruire un r&eacute;seau d&#39;interactions fonctionnelles pour r&eacute;v&eacute;ler de nouveaux liens et composants des voies biologiques ainsi que des connexions inattendues entre les voies. Une vari&eacute;t&eacute; de syst&egrave;mes bact&eacute;riens peuvent &ecirc;tre &eacute;tudi&eacute;es, dans lequel les g&egrave;nes empi&egrave;tent sur un processus biologique essentiel (Assembl&eacute;e de la paroi cellulaire, biogen&egrave;se des ribosomes, la r&eacute;plication du chromosome) qui pr&eacute;sentent un int&eacute;r&ecirc;t du point de vue du d&eacute;veloppement du m&eacute;dicament (Bader et al., Biosyst Mol 12:1439-1455, 2009). Nous montrons aussi comment g&eacute;n&eacute;tiques interactions g&eacute;n&eacute;r&eacute;es par haut d&eacute;bit eSGA &eacute;crans peuvent &ecirc;tre valid&eacute;s par des croisements g&eacute;n&eacute;tiques &agrave; petite &eacute;chelle manuelles et compl&eacute;mentation g&eacute;n&eacute;tique et les exp&eacute;riences de sauvetage de g&egrave;ne.

Ax&eacute;e sur le tableau synth&eacute;tiques &eacute;crans g&eacute;n&eacute;tiques pour mapper les voies bact&eacute;riennes et des r&eacute;seaux fonctionnels chez Escherichia coli.

Zellul&auml;re Prozesse werden durch eine Reihe von molekularen Interaktionen durchgef&uuml;hrt. Verschiedene experimentelle Ans&auml;tze k&ouml;nnen verwendet werden, diese funktionalen Beziehungen auf eine gro&szlig; angelegte untersuchen. Vor kurzem, die Macht der biologische Systemen aus Sicht der genetischen Untersuchung (gen-gen oder epistatic) Interaktionen hat durch die M&ouml;glichkeit, neuartige funktionelle Beziehungen zu erhellen belegt worden. Beispiele f&uuml;r verwandeten Genen Gene, die Puffer-gegenseitig-Funktion oder auf den gleichen biologischen Prozess beeinflussen. Genetische Interaktionen wurden traditionell in Bakterien untersucht durch die Kombination von Paaren von Mutationen (z.B. gen-Deletionen) und Bewertung der Abweichung des Ph&auml;notyps von jedem Doppel Mutant aus einer erwarteten Neutral (oder keine Interaktion)-Ph&auml;notyp. Fitness ist eine besonders bequeme Ph&auml;notyp zu messen: Wenn der doppelte Mutant w&auml;chst schneller oder langsamer als erwartet, sollen die zwei mutierte Gene Linderung oder erschwerenden Interaktionen, bzw. zeigen. Das am h&auml;ufigsten verwendete neutrale Modell setzt voraus, dass die Fitness der doppelten Mutant gleich dem Produkt der einzelnen einzelnen mutant Fitness ist. Eine auffallende genetische Interaktion ist durch den Verlust von zwei unwesentliche Gene, die einander Puffer in eine wesentliche biologische Funktion veranschaulicht: l&ouml;schen, nur eines dieser Gene kein Mangel nachweisbar Eignung erzeugt; Verlust beider Gene f&uuml;hrt jedoch gleichzeitig Systeme versagen, was zu einem synthetischen Krankheit oder Letalit&auml;t. Systematische gro&szlig; angelegte genetische Interaktion, die Bildschirme verwendet wurden, um funktionale generieren Karten f&uuml;r eukaryotische Modellorganismen, wie Hefe, um die funktionelle Organisation des Genprodukte in Bahnen und Proteinkomplexe innerhalb einer Zelle zu beschreiben. Sie zeigen auch die modulare Anordnung und Cross-Talk von Bahnen und komplexe innerhalb der breiteren funktionale Nachbarschaften (Dixon Et Al., Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Hier pr&auml;sentieren wir eine Hochdurchsatz-quantitative Escherichia coli synthetische genetische Array (eSGA) Screening-Verfahren, die wir entwickelt, um systematisch genetische Interaktionen ableiten erzielte Wachstum M&auml;ngel unter zahlreicher Doppel Mutanten in einem klassischen Gram-negativen Bakteriums. Die eSGA-Methode nutzt das schnelle Kolonie Wachstum, einfache Genmanipulation und nat&uuml;rliche effiziente genetischen Austausch &uuml;ber Konjugation der Labor-E.-Coli-St&auml;mme. Replik zu fixieren wird verwendet, um wachsen und Paaren sich hierdurch S&auml;tze von einzelnen Gen-mutant-St&auml;mme und doppelte Mutanten massenhaft auszuw&auml;hlen. Stamm Fitness, die als das Auslesen der eSGA verwendet wird, ist durch die digitale Bildbearbeitung der Platten quantifizierte und nachfolgenden Messen und Vergleichen von Einzel- und Doppelzimmer mutant Kolonie Gr&ouml;&szlig;en. W&auml;hrend eSGA verwendet werden kann, auf dem Bildschirm w&auml;hlen Sie Mutanten um die Funktionen einzelner Gene zu untersuchen, k&ouml;nnen eSGA allgemeiner genetische Interaktion Daten f&uuml;r viele Kombinationen der Gene Hilfe eine funktionelle Interaktion-Netzwerk, um neuartige Links und Komponenten der biologischen Bahnen sowie unerwartete Verbindungen zwischen Wege offenbaren zu rekonstruieren. Eine Vielzahl von bakteriellen Systemen kann untersucht werden, wobei die Gene beeinflussen auf einem wesentlichen biologischen Prozess (z.B. Zellwand Assembly, Ribosom Biogenese, Chromosom-Replikation), die von Interesse aus der Sicht der Medikamentenentwicklung (Babu Et Al., Mol-Biosyst-12:1439-1455, 2009). Wir zeigen auch wie genetische Interaktionen erzeugt von Hochdurchsatz-eSGA, die Bildschirme durch manuelle kleine genetische Kreuze und genetische Erg&auml;nzung und gen Rettung Experimente &uuml;berpr&uuml;ft werden k&ouml;nnen.

Array-basierte synthetische genetische Schirme, bakterielle Bildungswege und funktionelle Netzwerke in Escherichia coli zuzuordnen.

Processi cellulari sono effettuati attraverso una serie di interazioni molecolari. Vari approcci sperimentali possono essere utilizzati per indagare su queste relazioni funzionali su un su vasta scala. Recentemente, il potere di indagare i sistemi biologici dal punto di vista della genetica (gene-gene o epistatici) interazioni &egrave; stato evidenziato dalla capacit&agrave; di delucidare romanzo rapporti funzionali. Esempi di geni funzionalmente correlati geni che di altro funzione del buffer o incidano sullo stesso processo biologico. Interazioni genetiche sono state studiate tradizionalmente nei batteri combinando coppie di mutazioni (ad es., delezioni del gene) e valutare la deviazione del fenotipo di ogni fenotipo mutante doppio da un neutrale previsto (o nessuna interazione). Fitness &egrave; un fenotipo particolarmente conveniente per misurare: quando il doppio mutante cresce pi&ugrave; velocemente o pi&ugrave; lentamente del previsto, si dicono che i due geni mutati Visualizza alleviare o aggravanti interazioni, rispettivamente. Il modello pi&ugrave; comunemente usato neutro si presuppone che l&#39;idoneit&agrave; del doppio mutante &egrave; uguale al prodotto delle singole singolo mutante fitness. Un sorprendente interazione genetica &egrave; esemplificata dalla perdita di due geni non essenziali che ogni altro tampone nell&#39;esecuzione di una funzione biologica essenziale: l&#39;eliminazione di solo uno di questi geni non produce nessun difetto rilevabile fitness; Tuttavia, perdita di entrambi i geni contemporaneamente risultati nel fallimento di sistemi, che portano alla malattia sintetico o letalit&agrave;. Sistematica interazione genetica su larga scala gli schermi sono stati usati per generare funzionale mappe per organismi eucarioti modello, come il lievito, per descrivere l&#39;organizzazione funzionale dei prodotti genici in percorsi e complessi della proteina all&#39;interno di una cella. Essi rivelano anche la disposizione modulare e cross talk delle vie e complessi all&#39;interno di pi&ugrave; ampi quartieri funzionali (Dixon et al., Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Qui di seguito, presentiamo una high-throughput quantitativa Escherichia coli matrice genetico sintetico (eSGA) procedura di screening, che abbiamo sviluppato per dedurre sistematicamente interazioni genetiche segnando difetti di crescita tra i grandi numeri doppi mutanti in un batterio gram-negativo classico. Il metodo eSGA sfrutta la crescita rapida di Colonia, facilit&agrave; di manipolazione genetica e naturale efficace scambio genetico tramite coniugazione dei ceppi di e. coli di laboratorio. Replica il blocco viene utilizzato per crescere e si accoppiano allinearono insiemi di ceppi mutanti di singolo gene e per selezionare mutanti doppie in massa. Fitness del ceppo, che &egrave; usata come la lettura eSGA, &egrave; quantificata da digital imaging delle piastre e successiva misurazione e confronto dimensioni singolo e doppio mutante Colonia. Mentre eSGA pu&ograve; essere utilizzato per schermo selezionare mutanti per sondare le funzioni dei singoli geni, usando eSGA pi&ugrave; largamente per raccogliere dati di interazione genetica per molte combinazioni di geni pu&ograve; aiutare a ricostruire una rete di interazione funzionale per rivelare nuovi collegamenti e componenti delle vie biologiche, come pure i collegamenti inaspettati tra percorsi. Una variet&agrave; di sistemi batterici possono essere studiate, in cui i geni incidano su un essenziale processo biologico (ad es., montaggio a parete delle cellule, biogenesi del ribosoma, replica di cromosoma) che sono di interesse dal punto di vista dello sviluppo del farmaco (Basile et al., Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). Mostriamo anche interazioni genetiche come generate da high-throughput eSGA schermi possono essere convalidati da manuale incroci genetici su piccola scala e di complementazione genetica ed esperimenti del salvataggio del gene.

Basato su matrice sintetici genetici schermi di mappa percorsi batteriche e funzionali reti in Escherichia coli.

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&#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC84;&#xD37C; &#xB450; &#xBD88;&#xD544;&#xC694; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; exemplified: &#xC0AD;&#xC81C;&#xB9CC;&#xC774; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC911; &#xD558;&#xB098; &#xC0DD;&#xC131; &#xC5C6;&#xC74C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; &#xACB0;&#xD568;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC190;&#xC2E4;&#xC758; &#xB450; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB294; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xD569;&#xC131; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC774;&#xB098; &#xCE58; &#xC0AC; &#xC728;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C0;&#xB294; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC624;&#xB958;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD654;&#xBA74; &#xC0DD;&#xC131; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB41C; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC0F; &#xC140; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC870;&#xC9C1;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xBAA8;&#xB378; &#xC9C4; &#xD575; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C0;&#xB3C4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB4C8; &#xBC30;&#xCE58; &#xBC0F; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC0F; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC774;&#xC6C3; &#xB0B4; &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xD06C;&#xB85C;&#xC2A4; &#xD1A0;&#xD06C; &#xACF5;&#xAC1C; (&#xB515;&#xC2A8; &#xC678;., &#xD754;&#xD558;&#xAC8C; &#xACC4; Genet 43:601-625, 2009). &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC591;&#xC801; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC30;&#xC5F4; (eSGA) &#xC2EC;&#xC0AC; &#xC808;&#xCC28;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xACE0;&#xC804; &#xADF8;&#xB78C; &#xC74C;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC7A5; &#xACB0;&#xD568; &#xC810;&#xC218; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xCD94;&#xD560; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC81C;&#xC2DC;. ESGA &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xC131;&#xC7A5;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC791; &#xBC0F; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; &#xD65C;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC790;&#xC5F0; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD50;&#xD658; &#xC6A9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xC774;&#xC6A9;. &#xBCF5;&#xC81C; &#xACE0;&#xC815; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC885;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xC900;&#xC810;&#xACFC; &#xC138;&#xD2B8; &#xCE5C;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD55C;&#xAEBC;&#xBC88;&#xC5D0; &#xC120;&#xD0DD; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; eSGA &#xD310;&#xB3C5;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB514;&#xC9C0;&#xD138; &#xC774;&#xBBF8;&#xC9D5; &#xD558; &#xC5EC; &#xC815;&#xB7C9; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D; &#xCE21;&#xC815; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC0F; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xD06C;&#xAE30; &#xBE44;&#xAD50;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. ESGA &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xAE30; &#xC120;&#xD0DD; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xB354; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC870;&#xD569;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC218;&#xC9D1; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; Esga&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC18C;&#xC124; &#xB9C1;&#xD06C; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xACBD;&#xB85C; &#xACBD;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC774; &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131; &#xB3C4;&#xC6B8; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC218; &#xC870;&#xC0AC;, &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xC138;&#xD3EC; &#xBCBD; &#xC870;&#xB9BD;, &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xC18D;, &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xBCF5;&#xC81C;) &#xC57D;&#xBB3C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xAD00;&#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; &#xCDA9;&#xB3CC; &#xD558;&#xB294; &#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; (&#xAC04;&#xB514; &#xC678;., &#xBAB0; Biosyst 12:1439-1455, 2009). &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; eSGA &#xC218;&#xB3D9; &#xC18C;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC720;&#xC804; &#xC2ED;&#xC790;&#xAC00; &#xACE0; &#xC720;&#xC804; &#xBCF4;&#xC644;&#xC131; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD6C;&#xC870; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD558; &#xC5EC; &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xD655;&#xC778;&#xD560; &#xC218;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC5B4;&#xB808;&#xC774; &#xAE30;&#xBC18; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xC138;&#xADE0; &#xD1B5;&#xB85C; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551;&#xD560;.

Procesos celulares se llevan a cabo a trav&eacute;s de una serie de interacciones moleculares. Diferentes aproximaciones experimentales pueden utilizarse para investigar estas relaciones funcionales en un a gran escala. Recientemente, el poder de investigar sistemas biol&oacute;gicos desde la perspectiva de la gen&eacute;tica (gen o epist&aacute;ticas) interacciones ha sido puesto en evidencia por la capacidad de dilucidar nuevas relaciones funcionales. Ejemplos de genes funcionalmente relacionados con genes que de mutuamente funci&oacute;n de tamp&oacute;n o inciden en el mismo proceso biol&oacute;gico. Interacciones gen&eacute;ticas tradicionalmente han sido investigadas en las bacterias mediante la combinaci&oacute;n de pares de mutaciones (p. ej., canceladuras del gene) y evaluar la desviaci&oacute;n del fenotipo de cada fenotipo mutante doble de una esperada del neutro (o ninguna interacci&oacute;n). Fitness es un fenotipo particularmente conveniente para medir: cuando el doble mutante crece m&aacute;s r&aacute;pido o m&aacute;s lento de lo esperado, los dos genes mutados se dicen que aliviar o agravar las interacciones, respectivamente. El modelo m&aacute;s utilizado neutral asume que la aptitud del doble mutante es igual al producto de aptitud mutante solo individual. Una sorprendente interacci&oacute;n gen&eacute;tica es ejemplificada por la p&eacute;rdida de dos genes no esenciales que tamp&oacute;n mutuamente en el desempe&ntilde;o de una funci&oacute;n biol&oacute;gica esencial: eliminar s&oacute;lo uno de estos genes no produce ning&uacute;n defecto de aptitud detectable; sin embargo, la p&eacute;rdida de ambos genes simult&aacute;neamente resultados en falla de sistemas, sint&eacute;tico enfermedad o mortalidad. Mapas de sistem&aacute;tica interacci&oacute;n gen&eacute;tica grande pantallas se han utilizado para generar funcional para organismos eucariotas modelo, tales como levadura, para describir la organizaci&oacute;n funcional de los productos g&eacute;nicos en v&iacute;as y complejos de la prote&iacute;na dentro de una c&eacute;lula. Tambi&eacute;n revelan el arreglo modular y la diafon&iacute;a de v&iacute;as y complejos dentro de vecindarios funcionales m&aacute;s amplias (Dixon et al., 43:601 Annu Rev Genet-625, 2009). Aqu&iacute;, presentamos un alto rendimiento cuantitativo Escherichia coli matriz gen&eacute;tico sint&eacute;tico (eSGA) procedimiento de cribado, que hemos desarrollado sistem&aacute;ticamente inferir las interacciones gen&eacute;ticas al anotar defectos de crecimiento entre el gran n&uacute;mero de dobles mutantes en una bacteria gramnegativa cl&aacute;sica. El m&eacute;todo de la eSGA explota el crecimiento r&aacute;pido de la Colonia, facilidad de manipulaci&oacute;n gen&eacute;tica y natural eficiente intercambio gen&eacute;tico mediante Conjugaci&oacute;n de cepas de e. coli de laboratorio. Fijaci&oacute;n de r&eacute;plica se utiliza para crecer y mate conjuntos vestidas de estirpes mutantes solo gen y para seleccionar a mutantes dobles masivamente. Adecuaci&oacute;n de la cepa, que se utiliza como la lectura de la eSGA, es cuantificada por la proyecci&oacute;n de imagen digital de las placas y posterior medir y comparar el tama&ntilde;o de las colonias mutantes simples y dobles. Mientras eSGA puede utilizarse para seleccionados mutantes para probar las funciones de los genes individuales de la pantalla, usando eSGA m&aacute;s ampliamente para recopilar datos de interacci&oacute;n gen&eacute;tica para muchas combinaciones de genes puede ayudar a reconstruir una red de interacci&oacute;n funcional para revelar nuevos enlaces y componentes de v&iacute;as biol&oacute;gicas as&iacute; como conexiones inesperadas entre v&iacute;as. Una variedad de sistemas bacterianas puede ser investigado, en el que los genes afectan a un proceso biol&oacute;gico esencial (p. ej., montaje de la pared celular, la biog&eacute;nesis de ribosomas, replicaci&oacute;n del cromosoma) que son de inter&eacute;s desde la perspectiva del desarrollo de medicamentos (Babu et al., 12:1439 Biosyst Mol-1455, 2009). Tambi&eacute;n mostramos c&oacute;mo gen&eacute;ticas interacciones generadas por alto rendimiento eSGA pantallas pueden ser validadas por cruces gen&eacute;ticos en peque&ntilde;a escala manual y complementaci&oacute;n gen&eacute;tica y experimentos de rescate de gene.

Pantallas gen&eacute;ticas sint&eacute;ticas basada en arreglos bacterianas v&iacute;as y redes funcionales en Escherichia coli.

&#x901A;&#x8FC7;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5F00;&#x5C55;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FDB;&#x7A0B;&#x3002;&#x5404;&#x79CD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x8C03;&#x67E5;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#x5728;&#x5927;&#x578B;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#xFF0C;&#x8C03;&#x67E5;&#x4ECE;&#x9057;&#x4F20;&#x89D2;&#x5EA6;&#x770B;&#x751F;&#x7269;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x6743;&#x529B; &#xFF08;&#x57FA;&#x56E0;-&#x57FA;&#x56E0;&#x6216;&#x4E0A;&#x4F4D;&#xFF09; &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x660E;&#x8BC1;&#x6F84;&#x6E05;&#x65B0;&#x578B;&#x529F;&#x80FD;&#x5173;&#x7CFB;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x529F;&#x80FD;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#x5305;&#x62EC;&#x5BF9;&#x65B9;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x7684;&#x7F13;&#x51B2;&#x533A;&#x6216;&#x5F71;&#x54CD;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5386;&#x6765;&#x56E0;&#x88AB;&#x8C03;&#x67E5;&#x5728;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7ED3;&#x5408;&#x6210;&#x5BF9;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8; (&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F3A;&#x5931;) &#x548C;&#x8BC4;&#x4F30;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4ECE;&#x9884;&#x671F;&#x7684;&#x4E2D;&#x6027; &#xFF08;&#x6216;&#x65E0;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF09; &#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x504F;&#x5DEE;&#x3002;&#x5065;&#x8EAB;&#x662F;&#x7279;&#x522B;&#x65B9;&#x4FBF;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x6765;&#x8861;&#x91CF;&#xFF1A; &#x5F53;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x6210;&#x957F;&#x5F97;&#x66F4;&#x5FEB;&#x6216;&#x6162;&#x4E8E;&#x9884;&#x671F;&#xFF0C;&#x636E;&#x8BF4;&#x51CF;&#x8F7B;&#x6216;&#x52A0;&#x91CD;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#x663E;&#x793A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6700;&#x5E38;&#x7528;&#x7684;&#x4E2D;&#x6027;&#x6A21;&#x578B;&#x5047;&#x5B9A;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5065;&#x8EAB;&#x7B49;&#x4E8E;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5065;&#x8EAB;&#x4EA7;&#x54C1;&#x3002;&#x5F15;&#x4EBA;&#x6CE8;&#x76EE;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7F13;&#x51B2;&#x5F7C;&#x6B64;&#x5728;&#x6267;&#x884C;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x975E;&#x5FC5;&#x8981;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E22;&#x5931;&#x7684;&#x4F8B;&#x5B50;&#xFF1A; 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(Dixon &#x4E2D;&#x5357;&#x5DE5;&#x4E1A;&#x5927;&#x5B66;&#x9EC4;&#x82B1;&#x51AF;&#x57FA;&#x682A; 43:601-625&#xFF0C;2009&#x5E74;)&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x9057;&#x4F20;&#x6570;&#x7EC4; &#xFF08;eSGA&#xFF09; &#x7B5B;&#x9009;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x7684;&#x8BC4;&#x5206;&#x751F;&#x957F;&#x7F3A;&#x9677;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5927;&#x91CF;&#x7ECF;&#x5178;&#x7684;&#x9769;&#x5170;&#x9634;&#x6027;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5728;&#x6709;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x63A8;&#x65AD;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;ESGA &#x65B9;&#x6CD5;&#x5229;&#x7528;&#x5FEB;&#x901F;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x589E;&#x957F;&#xFF0C;&#x6613;&#x7528;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x64CD;&#x7EB5;&#x548C;&#x5929;&#x7136;&#x9AD8;&#x6548;&#x9057;&#x4F20;&#x4EA4;&#x6362;&#x901A;&#x8FC7;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x5171;&#x8F6D;&#x3002;&#x6210;&#x957F;&#x548C;&#x4EA4;&#x914D;&#x7684;&#x5355;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x682A;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5173;&#x4E8E;&#x9009;&#x62E9;&#x53CC;&#x7A81;&#x53D8; en &#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x96C6;&#x526F;&#x672C;&#x9501;&#x5B9A;&#x7528;&#x4E8E;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x3002;&#x5E94;&#x53D8;&#x5065;&#x8EAB;&#xFF0C;&#x7528;&#x4EE5;&#x4F5C;&#x4E3A; eSGA &#x8BFB;&#x51FA;&#xFF0C;&#x662F;&#x7531;&#x6570;&#x5B57;&#x5316;&#x6210;&#x50CF;&#x677F;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x6D4B;&#x91CF;&#x548C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5355;&#x3001; &#x53CC;&#x7A81;&#x53D8;&#x83CC;&#x843D;&#x5927;&#x5C0F;&#x3002;&#x867D;&#x7136; eSGA &#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x5C4F;&#x5E55;&#x9009;&#x62E9;&#x7A81;&#x53D8;&#x6765;&#x63A2;&#x6D4B;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0; &#xFF1B; &#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x66F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5730;&#x4F7F;&#x7528; eSGA &#x6765;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x5F88;&#x591A;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9057;&#x4F20;&#x4EA4;&#x4E92;&#x6570;&#x636E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5E2E;&#x52A9;&#x91CD;&#x5EFA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x529F;&#x80FD;&#x6027;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x7F51;&#x7EDC;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x63ED;&#x793A;&#x5C0F;&#x8BF4;&#x7684;&#x94FE;&#x63A5;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x901A;&#x8DEF;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x8DEF;&#x5F84;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x610F;&#x5916;&#x7684;&#x8FDE;&#x63A5;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x5404;&#x79CD;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x672C;&#x751F;&#x7269;&#x8FC7;&#x7A0B; (&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x58C1;&#x5927;&#x4F1A;&#x3001; &#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x3001; &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x590D;&#x5236;&#xFF09; &#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x836F;&#x7269;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x89D2;&#x5EA6; &#xFF08;&#x516B;&#x6B65;&#x4E2D;&#x5357;&#x5DE5;&#x4E1A;&#x5927;&#x5B66; Mol Biosyst 12:1439-&#x7B2C; 1455&#x5E74;&#xFF0C;2009&#x5E74;)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x663E;&#x793A;&#x5982;&#x4F55;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; eSGA &#x5C4F;&#x5E55;&#x53EF;&#x7531;&#x624B;&#x52A8;&#x5C0F;&#x89C4;&#x6A21;&#x9057;&#x4F20;&#x6742;&#x4EA4;&#x548C;&#x9057;&#x4F20;&#x4E92;&#x8865;&#x53CA;&#x57FA;&#x56E0;&#x6551;&#x63F4;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x3002;

Cellular processes are carried out through a series of molecular interactions. Various experimental approaches can be used to investigate these functional relationships on a large-scale. Recently, the power of investigating biological systems from the perspective of genetic (gene-gene, or epistatic) interactions has been evidenced by the ability to elucidate novel functional relationships. Examples of functionally related genes include genes that buffer each other's function or impinge on the same biological process. Genetic interactions have traditionally been investigated in bacteria by combining pairs of mutations (for example, gene deletions) and assessing deviation of the phenotype of each double mutant from an expected neutral (or no interaction) phenotype. Fitness is a particularly convenient phenotype to measure: when the double mutant grows faster or slower than expected, the two mutated genes are said to show alleviating or aggravating interactions, respectively. The most commonly used neutral model assumes that the fitness of the double mutant is equal to the product of individual single mutant fitness. A striking genetic interaction is exemplified by the loss of two nonessential genes that buffer each other in performing an essential biological function: deleting only one of these genes produces no detectable fitness defect; however, loss of both genes simultaneously results in systems failure, leading to synthetic sickness or lethality. Systematic large-scale genetic interaction screens have been used to generate functional maps for model eukaryotic organisms, such as yeast, to describe the functional organization of gene products into pathways and protein complexes within a cell. They also reveal the modular arrangement and cross-talk of pathways and complexes within broader functional neighborhoods (Dixon et al. Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Here, we present a high-throughput quantitative Escherichia coli synthetic genetic array (eSGA) screening procedure, which we developed to systematically infer genetic interactions by scoring growth defects among large numbers of double mutants in a classic gram-negative bacterium. The eSGA method exploits the rapid colony growth, ease of genetic manipulation, and natural efficient genetic exchange via conjugation of laboratory E. coli strains. Replica pinning is used to grow and mate arrayed sets of single-gene mutant strains as well as to select double mutants en mass. Strain fitness, which is used as the eSGA readout, is quantified by the digital imaging of the plates and subsequent measuring and comparing single and double mutant colony sizes. While eSGA can be used to screen select mutants to probe the functions of individual genes; using eSGA more broadly to collect genetic interaction data for many combinations of genes can help reconstruct a functional interaction network to reveal novel links and components of biological pathways as well as unexpected connections between pathways. A variety of bacterial systems can be investigated, wherein the genes impinge on a essential biological process (e.g., cell wall assembly, ribosome biogenesis, chromosome replication) that are of interest from the perspective of drug development (Babu et al. Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). We also show how genetic interactions generated by high-throughput eSGA screens can be validated by manual small-scale genetic crosses and by genetic complementation and gene rescue experiments.

Les processus cellulaires sont r&eacute;alis&eacute;es gr&acirc;ce &agrave; une s&eacute;rie d&#39;interactions mol&eacute;culaires. Diverses approches exp&eacute;rimentales permet d&#39;enqu&ecirc;ter sur ces relations fonctionnelles &agrave; grande &eacute;chelle. R&eacute;cemment, le pouvoir d&#39;enqu&ecirc;ter sur les syst&egrave;mes biologiques, du point de vue de la g&eacute;n&eacute;tique (g&egrave;nes, ou &eacute;pistatique) interactions a &eacute;t&eacute; mis en &eacute;vidence par la capacit&eacute; &agrave; &eacute;lucider les relations fonctionnelles roman. Les exemples de g&egrave;nes li&eacute;s fonctionnellement g&egrave;nes qui de l&#39;autre fonction de tampon ou empi&egrave;tent sur le m&ecirc;me processus biologique. Interactions g&eacute;n&eacute;tiques ont traditionnellement &eacute;t&eacute; &eacute;tudi&eacute;es chez les bact&eacute;ries en combinant paires de mutations (par exemple, les destructions de g&egrave;ne) et en &eacute;valuant la d&eacute;viation du ph&eacute;notype de chaque ph&eacute;notype mutant double d&#39;un neutre attendu (ou aucune interaction). Remise en forme est un ph&eacute;notype particuli&egrave;rement pratique pour mesurer : quand le double mutant cro&icirc;t plus vite ou plus lentement que pr&eacute;vu, les deux g&egrave;nes mut&eacute;s sont cens&eacute;es montrer d&#39;att&eacute;nuer ou d&#39;aggraver des interactions, respectivement. Le plus couramment utilis&eacute; mod&egrave;le neutre suppose que l&#39;aptitude du double mutant est &eacute;gale au produit de fitness mutant simple individuelle. Une interaction g&eacute;n&eacute;tique frappante est illustr&eacute;e par la perte de deux g&egrave;nes non essentiels, mettre en m&eacute;moire tampon entre eux dans l&#39;exercice d&#39;une fonction biologique essentielle : suppression de seulement l&#39;un de ces g&egrave;nes ne produit aucun d&eacute;faut d&eacute;tectables de remise en forme ; Toutefois, la perte des deux g&egrave;nes entra&icirc;ne simultan&eacute;ment d&eacute;faillance de syst&egrave;mes, conduisant &agrave; la maladie synth&eacute;tique ou la l&eacute;talit&eacute;. Syst&eacute;matique &agrave; grande &eacute;chelle interaction g&eacute;n&eacute;tique &eacute;crans ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;s pour g&eacute;n&eacute;rer fonctionnelle des cartes pour organismes eucaryotes mod&egrave;le, telles que la levure, pour d&eacute;crire l&#39;organisation fonctionnelle des produits des g&egrave;nes dans les voies et les complexes de prot&eacute;ines dans une cellule. Ils r&eacute;v&egrave;lent &eacute;galement l&#39;agencement modulaire et l&#39;interf&eacute;rence des sentiers et des complexes au sein des quartiers fonctionnelles plus larges (Dixon et coll. Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Nous pr&eacute;sentons ici un haut d&eacute;bit quantitatif Escherichia coli synth&eacute;tique g&eacute;n&eacute;tique tableau (eSGA) proc&eacute;dure que nous avons d&eacute;velopp&eacute; d&#39;inf&eacute;rer syst&eacute;matiquement les interactions g&eacute;n&eacute;tiques en marquant les d&eacute;fauts de croissance parmi un grand nombre de doubles mutants dans une bact&eacute;rie &agrave; Gram n&eacute;gatif classique de d&eacute;pistage. La m&eacute;thode de l&#39;eSGA exploite la croissance de la colonie rapide, facilit&eacute; de manipulation g&eacute;n&eacute;tique et naturel efficace &eacute;change g&eacute;n&eacute;tique via la conjugaison des souches d&#39;e. coli de laboratoire. R&eacute;plique l&#39;&eacute;pinglage est utilis&eacute; pour se d&eacute;velopper et s&#39;accouplent ensembles rang&eacute;s de souches mutantes monog&eacute;niques ainsi quant &agrave; s&eacute;lectionner en doubles mutants massive. Remise en forme de souche, qui sert &agrave; l&#39;affichage de l&#39;eSGA, est quantifi&eacute;e par l&#39;imagerie num&eacute;rique des plaques et suivantes, mesurer et comparer les tailles simples et doubles de colonies mutantes. ESGA peut &ecirc;tre utilis&eacute;s &agrave; l&#39;&eacute;cran de s&eacute;lection des mutants pour sonder les fonctions des g&egrave;nes individuels ; &agrave; l&#39;aide d&#39;eSGA plus largement pour collecter les donn&eacute;es d&#39;interaction g&eacute;n&eacute;tique de nombreuses combinaisons de g&egrave;nes peut aider &agrave; reconstruire un r&eacute;seau d&#39;interactions fonctionnelles pour r&eacute;v&eacute;ler de nouveaux liens et composants des voies biologiques ainsi que des connexions inattendues entre les voies. Une vari&eacute;t&eacute; de syst&egrave;mes bact&eacute;riens peuvent &ecirc;tre &eacute;tudi&eacute;es, dans lequel les g&egrave;nes empi&egrave;tent sur un processus biologique essentiel (Assembl&eacute;e de la paroi cellulaire, biogen&egrave;se des ribosomes, la r&eacute;plication du chromosome) qui pr&eacute;sentent un int&eacute;r&ecirc;t du point de vue du d&eacute;veloppement du m&eacute;dicament (Badr al Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). Nous montrons aussi comment g&eacute;n&eacute;tiques interactions g&eacute;n&eacute;r&eacute;es par haut d&eacute;bit eSGA &eacute;crans peuvent &ecirc;tre valid&eacute;s par des croisements g&eacute;n&eacute;tiques &agrave; petite &eacute;chelle manuelles et compl&eacute;mentation g&eacute;n&eacute;tique et les exp&eacute;riences de sauvetage de g&egrave;ne.

Zellul&auml;re Prozesse werden durch eine Reihe von molekularen Interaktionen durchgef&uuml;hrt. Verschiedene experimentelle Ans&auml;tze k&ouml;nnen verwendet werden, diese funktionalen Beziehungen auf eine gro&szlig; angelegte untersuchen. Vor kurzem, die Macht der biologische Systemen aus Sicht der genetischen Untersuchung (gen-gen, oder epistatic) Interaktionen hat durch die M&ouml;glichkeit, neuartige funktionelle Beziehungen zu erhellen belegt worden. Beispiele f&uuml;r verwandeten Genen Gene, die Puffer-gegenseitig-Funktion oder auf den gleichen biologischen Prozess beeinflussen. Genetische Interaktionen wurden traditionell in Bakterien untersucht durch die Kombination von Paaren von Mutationen (z.B. gen-Deletionen) und Bewertung der Abweichung des Ph&auml;notyps von jedem Doppel Mutant aus einer erwarteten Neutral (oder keine Interaktion)-Ph&auml;notyp. Fitness ist eine besonders bequeme Ph&auml;notyp zu messen: Wenn der doppelte Mutant w&auml;chst schneller oder langsamer als erwartet, sollen die zwei mutierte Gene Linderung oder erschwerenden Interaktionen, bzw. zeigen. Das am h&auml;ufigsten verwendete neutrale Modell setzt voraus, dass die Fitness der doppelten Mutant gleich dem Produkt der einzelnen einzelnen mutant Fitness ist. Eine auffallende genetische Interaktion ist durch den Verlust von zwei unwesentliche Gene, die einander Puffer in eine wesentliche biologische Funktion veranschaulicht: l&ouml;schen, nur eines dieser Gene kein Mangel nachweisbar Eignung erzeugt; Verlust beider Gene f&uuml;hrt jedoch gleichzeitig Systeme versagen, was zu einem synthetischen Krankheit oder Letalit&auml;t. Systematische gro&szlig; angelegte genetische Interaktion, die Bildschirme verwendet wurden, um funktionale generieren Karten f&uuml;r eukaryotische Modellorganismen, wie Hefe, um die funktionelle Organisation des Genprodukte in Bahnen und Proteinkomplexe innerhalb einer Zelle zu beschreiben. Sie zeigen auch die modulare Anordnung und Nebensprechen Wege und komplexe innerhalb der breiteren funktionale Nachbarschaften (Dixon Et Al. Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Hier pr&auml;sentieren wir eine Hochdurchsatz-quantitative Escherichia coli synthetische genetische Array (eSGA) screening-Verfahren, die wir entwickelt, um systematisch genetische Interaktionen ableiten erzielte Wachstum M&auml;ngel unter zahlreicher Doppel Mutanten in einem klassischen Gram-negativen Bakteriums. Die eSGA-Methode nutzt das schnelle Kolonie Wachstum, einfache Genmanipulation und nat&uuml;rliche effiziente genetischen Austausch &uuml;ber Konjugation der Labor-E.-Coli-St&auml;mme. Replik zu fixieren wird verwendet, um zu wachsen und Paaren sich hierdurch S&auml;tze von Einzel-gen-mutant St&auml;mme sowie hinsichtlich select Doppelzimmer Mutanten de Masse. Stamm Fitness, die als das Auslesen der eSGA verwendet wird, ist durch die digitale Bildbearbeitung der Platten quantifizierte und nachfolgenden Messen und Vergleichen von Einzel- und Doppelzimmer mutant Kolonie Gr&ouml;&szlig;en. W&auml;hrend eSGA verwendet werden kann, auf dem Bildschirm w&auml;hlen Sie Mutanten um die Funktionen einzelner Gene zu untersuchen; mit eSGA allgemeiner genetische Interaktion Daten f&uuml;r viele Kombinationen der Gene hilft Ihnen eine funktionale Interaktion-Netzwerk, um neuartige Links und Komponenten der biologischen Bahnen sowie unerwartete Verbindungen zwischen Wege offenbaren zu rekonstruieren. Eine Vielzahl von bakteriellen Systemen kann untersucht werden, wobei die Gene beeinflussen auf einem wesentlichen biologischen Prozess (z.B. Zellwand Assembly, Ribosom Biogenese, Chromosom-Replikation), die von Interesse aus der Sicht der Medikamentenentwicklung (Babu Et Al. Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). Wir zeigen auch wie genetische Interaktionen erzeugt von Hochdurchsatz-eSGA, die Bildschirme durch manuelle kleine genetische Kreuze und genetische Erg&auml;nzung und gen Rettung Experimente &uuml;berpr&uuml;ft werden k&ouml;nnen.

Processi cellulari sono effettuati attraverso una serie di interazioni molecolari. Vari approcci sperimentali possono essere utilizzati per indagare su queste relazioni funzionali su un su vasta scala. Recentemente, il potere di indagare i sistemi biologici dal punto di vista della genetica (gene-gene, o epistatici) interazioni &egrave; stato evidenziato dalla capacit&agrave; di delucidare romanzo rapporti funzionali. Esempi di geni funzionalmente correlati geni che di altro funzione del buffer o incidano sullo stesso processo biologico. Interazioni genetiche sono state studiate tradizionalmente nei batteri combinando coppie di mutazioni (ad esempio, delezioni del gene) e valutare la deviazione del fenotipo di ogni fenotipo mutante doppio da un neutrale previsto (o nessuna interazione). Fitness &egrave; un fenotipo particolarmente conveniente per misurare: quando il doppio mutante cresce pi&ugrave; velocemente o pi&ugrave; lentamente del previsto, si dicono che i due geni mutati Visualizza alleviare o aggravanti interazioni, rispettivamente. Il modello pi&ugrave; comunemente usato neutro si presuppone che l&#39;idoneit&agrave; del doppio mutante &egrave; uguale al prodotto delle singole singolo mutante fitness. Un sorprendente interazione genetica &egrave; esemplificata dalla perdita di due geni non essenziali che ogni altro tampone nell&#39;esecuzione di una funzione biologica essenziale: l&#39;eliminazione di solo uno di questi geni non produce nessun difetto rilevabile fitness; Tuttavia, perdita di entrambi i geni contemporaneamente risultati nel fallimento di sistemi, che portano alla malattia sintetico o letalit&agrave;. Sistematica interazione genetica su larga scala gli schermi sono stati usati per generare funzionale mappe per organismi eucarioti modello, come il lievito, per descrivere l&#39;organizzazione funzionale dei prodotti genici in percorsi e complessi della proteina all&#39;interno di una cella. Essi rivelano anche la disposizione modulare e cross-talk di percorsi e complessi all&#39;interno di pi&ugrave; ampi quartieri funzionali (Dixon et al Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Qui di seguito, presentiamo una high-throughput quantitativa Escherichia coli sintetica genetica matrice (eSGA) lo screening di routine, che abbiamo sviluppato per dedurre sistematicamente interazioni genetiche segnando difetti di crescita tra i grandi numeri doppi mutanti in un batterio gram-negativo classico. Il metodo eSGA sfrutta la crescita rapida di Colonia, facilit&agrave; di manipolazione genetica e naturale efficace scambio genetico tramite coniugazione dei ceppi di e. coli di laboratorio. Replica il blocco viene utilizzato per crescere e compagno allinearono insiemi del singolo-gene ceppi mutanti pure quanto a select it mutanti doppia massa. Fitness del ceppo, che &egrave; usata come la lettura eSGA, &egrave; quantificata da digital imaging delle piastre e successiva misurazione e confronto dimensioni singolo e doppio mutante Colonia. Mentre eSGA pu&ograve; essere utilizzato per schermo selezionare mutanti per sondare le funzioni dei singoli geni; utilizzando eSGA pi&ugrave; largamente per raccogliere dati di interazione genetica per molte combinazioni di geni pu&ograve; aiutare a ricostruire una rete di interazione funzionale per rivelare nuovi collegamenti e componenti delle vie biologiche, come pure i collegamenti inaspettati tra percorsi. Una variet&agrave; di sistemi batterici possono essere studiate, in cui i geni incidano su un essenziale processo biologico (ad es., montaggio a parete delle cellule, biogenesi del ribosoma, replica di cromosoma) che sono di interesse dal punto di vista dello sviluppo del farmaco (Basile et al Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). Mostriamo anche interazioni genetiche come generate da high-throughput eSGA schermi possono essere convalidati da manuale incroci genetici su piccola scala e di complementazione genetica ed esperimenti del salvataggio del gene.

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(&#x30C7;&#x30A3;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3; et al. Annu &#x306E;&#x30EC;&#x30D6; &#x30B8;&#x30E5;&#x30CD; 43:601-625, 2009&#x5E74;)&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x6210;&#x9577;&#x6B20;&#x9665;&#x306E;&#x4E8C;&#x91CD;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x756A;&#x53F7;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x53E4;&#x5178;&#x7684;&#x306A;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x9670;&#x6027;&#x7D30;&#x83CC;&#x3067;&#x5F97;&#x70B9;&#x3067;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7684;&#x306B;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3059;&#x308B;&#x958B;&#x767A;&#x624B;&#x9806;&#x306E;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5408;&#x6210;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x914D;&#x5217; (eSGA) &#x3092;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;ESGA &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x64CD;&#x4F5C;&#x3068;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x4EA4;&#x63DB;&#x5B9F;&#x9A13;&#x5BA4;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x682A;&#x306E;&#x5171;&#x5F79;&#x7D4C;&#x7531;&#x306E;&#x5BB9;&#x6613;&#x3055;&#x3092;&#x60AA;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30AB;&#x3092;&#x56FA;&#x5B9A;&#x6210;&#x9577;&#x3057;&#x3001;&#x4E8C;&#x91CD;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E; en &#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x5358;&#x4E00;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5909;&#x7570;&#x682A;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x914D;&#x5217;&#x3057;&#x305F;&#x30C1;&#x30FC;&#x30E0;&#x30E1;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x3059;&#x30DE;&#x30B9;&#x3002;ESGA &#x8AAD;&#x307F;&#x51FA;&#x3057;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3072;&#x305A;&#x307F;&#x306E;&#x30D5;&#x30A3;&#x30C3;&#x30C8;&#x30CD;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x30C7;&#x30B8;&#x30BF;&#x30EB; &#x30A4;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3068;&#x5F8C;&#x7D9A;&#x306E;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5358;&#x4E00;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E8C;&#x91CD;&#x5909;&#x7570;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x306B;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x753B;&#x9762;&#x306B; eSGA &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x9593;&#x3001;;eSGA &#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x5E83;&#x304F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x53CE;&#x96C6;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x65B0;&#x898F;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x9593;&#x306E;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x63A5;&#x7D9A;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3092;&#x52A9;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5404;&#x7A2E;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3001;&#x524D;&#x8A18;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x533B;&#x85AC;&#x54C1;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x89B3;&#x70B9;&#x304B;&#x3089;&#x95A2;&#x5FC3;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9; &#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x58C1;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x3001;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x8907;&#x88FD;) &#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B; (Babu et al. Mol Biosyst 12:1439-1455&#x5E74;, 2009&#x5E74;)&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x753B;&#x9762;&#x30DE;&#x30CB;&#x30E5;&#x30A2;&#x30EB;&#x5C0F;&#x898F;&#x6A21;&#x907A;&#x4F1D;&#x4EA4;&#x96D1;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x88DC;&#x5B8C;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30EC;&#x30B9;&#x30AD;&#x30E5;&#x30FC;&#x3092;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x691C;&#x8A3C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; eSGA &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xCE21;&#xC815;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xD788; &#xD3B8;&#xB9AC;&#xD55C; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;: &#xB54C; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBE68;&#xB9AC; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xC608;&#xC0C1; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB290;&#xB9AC;&#xAC8C;, 2 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xACBD;&#xAC10; &#xB610;&#xB294; &#xC545;&#xD654; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xAC01;&#xAC01; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC911;&#xB9BD; &#xBAA8;&#xB378; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; &#xAC19;&#xC740; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; &#xC81C;&#xD488;&#xC744; &#xAC00;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB208;&#xC5D0; &#xB744;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC84;&#xD37C; &#xB450; &#xBD88;&#xD544;&#xC694; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; exemplified: &#xC0AD;&#xC81C;&#xB9CC;&#xC774; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC911; &#xD558;&#xB098; &#xC0DD;&#xC131; &#xC5C6;&#xC74C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; &#xACB0;&#xD568;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC190;&#xC2E4;&#xC758; &#xB450; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB294; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xD569;&#xC131; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC774;&#xB098; &#xCE58; &#xC0AC; &#xC728;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C0;&#xB294; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC624;&#xB958;&#xAC00; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD654;&#xBA74; &#xC0DD;&#xC131; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB41C; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC0F; &#xC140; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC870;&#xC9C1;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xBAA8;&#xB378; &#xC9C4; &#xD575; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C0;&#xB3C4;. &#xB610;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB4C8; &#xBC30;&#xC5F4; &#xBC0F; &#xD06C;&#xB85C;&#xC2A4; &#xD1A0;&#xD06C;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xACBD;&#xB85C; &#xBC0F; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB3D9;&#xB124; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xC9C0; (&#xB515;&#xC2A8; &#xC678;. &#xD754;&#xD558;&#xAC8C; &#xACC4; Genet 43:601-625, 2009). &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC591;&#xC801; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC30;&#xC5F4; (eSGA) &#xC6B0;&#xB9AC; &#xACE0;&#xC804; &#xADF8;&#xB78C; &#xC74C;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC7A5; &#xACB0;&#xD568; &#xC810;&#xC218; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xCD94;&#xD560; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC808;&#xCC28; &#xC2EC;&#xC0AC; &#xC81C;&#xC2DC;. ESGA &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xC131;&#xC7A5;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC791; &#xBC0F; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; &#xD65C;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC790;&#xC5F0; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD50;&#xD658; &#xC6A9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xC774;&#xC6A9;. &#xC131;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xCE5C;&#xAD6C; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; en&#xC744; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD574;&#xC11C;&#xB294; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC885;&#xC790;&#xB3C4; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xC900;&#xC810;&#xACFC; &#xC138;&#xD2B8;&#xB294; &#xBCF5;&#xC81C;&#xBCF8; &#xACE0;&#xC815; &#xB300;&#xB7C9;. &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; &#xD53C;&#xD2B8; &#xB2C8;&#xC2A4; eSGA &#xD310;&#xB3C5;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB514;&#xC9C0;&#xD138; &#xC774;&#xBBF8;&#xC9D5; &#xD558; &#xC5EC; &#xC815;&#xB7C9; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D; &#xCE21;&#xC815; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC0F; &#xC774;&#xC911; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xD06C;&#xAE30; &#xBE44;&#xAD50;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. ESGA &#xD654;&#xBA74; &#xC120;&#xD0DD; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C;; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB354; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC870;&#xD569;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC218;&#xC9D1; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; Esga&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC18C;&#xC124; &#xB9C1;&#xD06C; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xACBD;&#xB85C; &#xACBD;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC774; &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC744; &#xB3C4;&#xC6B8; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC218; &#xC870;&#xC0AC;, &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xC138;&#xD3EC; &#xBCBD; &#xC870;&#xB9BD;, &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xC18D;, &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xBCF5;&#xC81C;) &#xC57D;&#xBB3C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xAD00;&#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; &#xCDA9;&#xB3CC; &#xD558;&#xB294; &#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; (&#xAC04;&#xB514; &#xC678;. &#xBAB0; Biosyst 12:1439-1455, 2009). &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; eSGA &#xC218;&#xB3D9; &#xC18C;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC720;&#xC804; &#xC2ED;&#xC790;&#xAC00; &#xACE0; &#xC720;&#xC804; &#xBCF4;&#xC644;&#xC131; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD6C;&#xC870; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD558; &#xC5EC; &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xD655;&#xC778;&#xD560; &#xC218;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Procesos celulares se llevan a cabo a trav&eacute;s de una serie de interacciones moleculares. Diferentes aproximaciones experimentales pueden utilizarse para investigar estas relaciones funcionales en un a gran escala. Recientemente, el poder de investigar sistemas biol&oacute;gicos desde la perspectiva de la gen&eacute;tica (gen, o epist&aacute;ticas) interacciones ha sido puesto en evidencia por la capacidad de dilucidar nuevas relaciones funcionales. Ejemplos de genes funcionalmente relacionados con genes que de mutuamente funci&oacute;n de tamp&oacute;n o inciden en el mismo proceso biol&oacute;gico. Interacciones gen&eacute;ticas tradicionalmente han sido investigadas en las bacterias mediante la combinaci&oacute;n de pares de mutaciones (por ejemplo, canceladuras del gene) y evaluar la desviaci&oacute;n del fenotipo de cada fenotipo mutante doble de una esperada del neutro (o ninguna interacci&oacute;n). Fitness es un fenotipo particularmente conveniente para medir: cuando el doble mutante crece m&aacute;s r&aacute;pido o m&aacute;s lento de lo esperado, los dos genes mutados se dicen que aliviar o agravar las interacciones, respectivamente. El modelo m&aacute;s utilizado neutral asume que la aptitud del doble mutante es igual al producto de aptitud mutante solo individual. Una sorprendente interacci&oacute;n gen&eacute;tica es ejemplificada por la p&eacute;rdida de dos genes no esenciales que tamp&oacute;n mutuamente en el desempe&ntilde;o de una funci&oacute;n biol&oacute;gica esencial: eliminar s&oacute;lo uno de estos genes no produce ning&uacute;n defecto de aptitud detectable; sin embargo, la p&eacute;rdida de ambos genes simult&aacute;neamente resultados en falla de sistemas, sint&eacute;tico enfermedad o mortalidad. Mapas de sistem&aacute;tica interacci&oacute;n gen&eacute;tica grande pantallas se han utilizado para generar funcional para organismos eucariotas modelo, tales como levadura, para describir la organizaci&oacute;n funcional de los productos g&eacute;nicos en v&iacute;as y complejos de la prote&iacute;na dentro de una c&eacute;lula. Tambi&eacute;n revelan la disposici&oacute;n modular y la diafon&iacute;a de v&iacute;as y complejos dentro de vecindarios funcionales m&aacute;s amplias (Dixon et al Annu Rev Genet 43:601-625, 2009). Aqu&iacute;, presentamos un alto rendimiento cuantitativo Escherichia coli sint&eacute;tico gen&eacute;tico arsenal (eSGA) proyecci&oacute;n de procedimiento, que hemos desarrollado sistem&aacute;ticamente inferir las interacciones gen&eacute;ticas al anotar defectos de crecimiento entre el gran n&uacute;mero de dobles mutantes en una bacteria gramnegativa cl&aacute;sica. El m&eacute;todo de la eSGA explota el crecimiento r&aacute;pido de la Colonia, facilidad de manipulaci&oacute;n gen&eacute;tica y natural eficiente intercambio gen&eacute;tico mediante Conjugaci&oacute;n de cepas de e. coli de laboratorio. Fijaci&oacute;n de r&eacute;plica se utiliza para crecer y mate conjuntos vestidas de estirpes mutantes de gen &uacute;nico as&iacute; como seleccionar en dobles mutantes masiva. Adecuaci&oacute;n de la cepa, que se utiliza como la lectura de la eSGA, es cuantificada por la proyecci&oacute;n de imagen digital de las placas y posterior medir y comparar el tama&ntilde;o de las colonias mutantes simples y dobles. Si bien eSGA puede utilizarse para seleccionados mutantes para probar las funciones de los genes individuales; uso eSGA m&aacute;s ampliamente para recopilar datos de interacci&oacute;n gen&eacute;tica para muchas combinaciones de genes puede ayudar a reconstruir una red de interacci&oacute;n funcional para revelar nuevos enlaces y componentes de v&iacute;as biol&oacute;gicas as&iacute; como conexiones inesperadas entre v&iacute;as. Una variedad de sistemas bacterianas puede ser investigado, en el que los genes afectan a un proceso biol&oacute;gico esencial (p. ej., montaje de la pared celular, la biog&eacute;nesis de ribosomas, replicaci&oacute;n del cromosoma) que son de inter&eacute;s desde la perspectiva del desarrollo de medicamentos (Babu et al Mol Biosyst 12:1439-1455, 2009). Tambi&eacute;n mostramos c&oacute;mo gen&eacute;ticas interacciones generadas por alto rendimiento eSGA pantallas pueden ser validadas por cruces gen&eacute;ticos en peque&ntilde;a escala manual y complementaci&oacute;n gen&eacute;tica y experimentos de rescate de gene.

&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E0E;&#x73AF;&#x5883;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x63A5;&#x53E3;&#xFF0C;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4FE1;&#x5C01;&#x5DF2;&#x5177;&#x6709;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x548C;&#x4E34;&#x5E8A;&#x610F;&#x4E49;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x8BB8;&#x591A;&#x751F;&#x7269;&#x5408;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x901A;&#x8DEF;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x786E;&#x5B9A;&#x5E76;&#x5B64;&#x7ACB;&#x5730;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x5982;&#x4F55;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x76F8;&#x4EA4;&#x529F;&#x80FD;&#x4EE5;&#x786E;&#x4FDD;&#x671F;&#x95F4;&#x4F5C;&#x51FA;&#x9002;&#x5E94;&#x6027;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x6311;&#x6218;&#x7684;&#x4FE1;&#x5C01;&#x5B8C;&#x6574;&#x6027;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;&#x4E3A;&#x6B64;&#x76EE;&#x7684;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x4E86;&#x9AD8;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x5C4F;&#x5E55;&#x751F;&#x6210;&#x5B9A;&#x91CF;&#x529F;&#x80FD;&#x5173;&#x8054;&#x5730;&#x56FE;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6DB5;&#x76D6;&#x6574;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4FE1;&#x5C01;&#x751F;&#x7269;&#x5408;&#x6210;&#x673A;&#x68B0;&#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E0B;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x8425;&#x517B;&#x7F3A;&#x9677;&#x578B; &#xFF08;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4E2D;&#x578B;&#xFF09; &#x548C; prototrophic &#xFF08;&#x6700;&#x5C0F;&#x4E2D;&#x578B;&#xFF09; &#x6587;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x9057;&#x4F20;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E4B;&#x95F4; &gt; 235,000 &#x53CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x7EC4;&#x5408;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x6A21;&#x5F0F;&#x663E;&#x793A;&#x610F;&#x5916;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x5177;&#x4F53;&#x529F;&#x80FD;&#x4E32;&#x6270;&#x548C;&#x9057;&#x4F20;&#x7684;&#x5907;&#x4EFD;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x786E;&#x4FDD;&#x6297;&#x5E94;&#x529B;&#x7684;&#x4FE1;&#x5C01;&#x88C5;&#x914D;&#x548C;&#x7EF4;&#x4FEE;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7F51;&#x7EDC;&#x8FD8;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x5168;&#x5C40;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x8FDE;&#x63A5;&#x548C;&#x52A8;&#x6001;&#x529F;&#x80FD;&#x91CD;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x4E24;&#x8005;&#x5927;&#x81F4;&#x4E0A;&#x4FDD;&#x5B88;&#x7684; eubacteria (&#x5305;&#x62EC;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;) &#x548C;&#x4E00;&#x9879;&#x91CD;&#x8981;&#x6307;&#x6807;&#x3002;

&#x5728;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x4E92;&#x52A8;&#x5730;&#x56FE;&#x63ED;&#x793A;&#x529F;&#x80FD;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4FE1;&#x5C01;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x8DEF;&#x5F84;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E32;&#x6270;&#x3002;

As the interface between a microbe and its environment, the bacterial cell envelope has broad biological and clinical significance. While numerous biosynthesis genes and pathways have been identified and studied in isolation, how these intersect functionally to ensure envelope integrity during adaptive responses to environmental challenge remains unclear. To this end, we performed high-density synthetic genetic screens to generate quantitative functional association maps encompassing virtually the entire cell envelope biosynthetic machinery of Escherichia coli under both auxotrophic (rich medium) and prototrophic (minimal medium) culture conditions. The differential patterns of genetic interactions detected among > 235,000 digenic mutant combinations tested reveal unexpected condition-specific functional crosstalk and genetic backup mechanisms that ensure stress-resistant envelope assembly and maintenance. These networks also provide insights into the global systems connectivity and dynamic functional reorganization of a universal bacterial structure that is both broadly conserved among eubacteria (including pathogens) and an important target.

Genetic interaction maps in Escherichia coli reveal functional crosstalk among cell envelope biogenesis pathways.

Comme l&#39;interface entre un microbe et son environnement, l&#39;enveloppe de la cellule bact&eacute;rienne a large signification biologique et clinique. Alors que de nombreux g&egrave;nes de biosynth&egrave;se et les voies ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;es et &eacute;tudi&eacute;es dans l&#39;isolement, comment celles-ci se croisent sur le plan fonctionnel pour assurer l&#39;int&eacute;grit&eacute; de l&#39;enveloppe lors de r&eacute;ponses adaptatives &agrave; d&eacute;fi environnemental reste floue. &Agrave; cette fin, nous avons r&eacute;alis&eacute; des &eacute;crans g&eacute;n&eacute;tiques synth&eacute;tiques haute densit&eacute;s pour g&eacute;n&eacute;rer une association fonctionnelle quantitative cartes couvrant pratiquement l&#39;ensemble cellule enveloppe biosynth&eacute;tique machines d&#39;Escherichia coli sous les deux auxotrophes (milieu riche) et prototrophes (milieu minimal) conditions de la culture. Les mod&egrave;les diff&eacute;rentiels des interactions g&eacute;n&eacute;tiques d&eacute;tect&eacute;es entre 235 000 &gt; dig&eacute;niques mutant combinaisons test&eacute;es r&eacute;v&egrave;lent inattendu diaphonie fonctionnelle de conditions sp&eacute;cifiques et des m&eacute;canismes de sauvegarde g&eacute;n&eacute;tiques qui assurent la maintenance et l&#39;Assembl&eacute;e enveloppe r&eacute;sistant au stress. Ces r&eacute;seaux fournissent &eacute;galement des aper&ccedil;us de la connectivit&eacute; des syst&egrave;mes mondiaux et une r&eacute;organisation fonctionnelle dynamique d&#39;une structure bact&eacute;rienne universelle tous deux largement conserv&eacute;e chez les eubact&eacute;ries (y compris les agents pathog&egrave;nes) et une cible importante.

Cartes d&#39;interactions g&eacute;n&eacute;tiques chez Escherichia coli r&eacute;v&egrave;lent une diaphonie fonctionnelle entre les voies de la biogen&egrave;se des enveloppe cellulaire.

Als Schnittstelle zwischen einer Mikrobe und ihrer Umgebung hat die bakterielle Zellh&uuml;llen Breite biologische und klinische Bedeutung. W&auml;hrend zahlreiche Biosynthese Gene und Wege wurden identifiziert und isoliert untersucht, bleibt wie diese funktional schneiden um Umschlag unverzerrt w&auml;hrend adaptive Reaktionen auf &ouml;kologische Herausforderung unklar. Zu diesem Zweck f&uuml;hrten wir mit hoher Dichte synthetischen genetische Bildschirme um quantitative funktionelle Zuordnung zu generieren Karten umfasst nahezu den gesamte Zelle Umschlag biosynthetischen Maschinen von Escherichia coli unter beiden auxotrophe (reiche Mittel) und prototrophic (Minimalmedium ausgestrichen) Kultur-Bedingungen. Die differenzielle Muster der genetischen Interaktionen bei &gt; 235.000 digenen mutant Kombinationen getestet festgestellt offenbaren unerwartete Bedingung-spezifische funktionelle &Uuml;bersprechen und genetische backup-Mechanismen, die Stress-resistente Umschlag-Montage und Wartung zu gew&auml;hrleisten. Diese Netze auch Einblicke in die globalen Systeme Konnektivit&auml;t und dynamische funktionelle Reorganisation einer universellen bakterielle Struktur, die beide unter den Eubakterien (einschlie&szlig;lich Krankheitserreger) und ein wichtiges Ziel im gro&szlig;en und ganzen erhalten bleibt.

Genetische Interaktion Karten in Escherichia coli zeigen funktionelle &Uuml;bersprechen Zelle Umschlag Biogenese Arten.

Come interfaccia tra un microbo e il suo ambiente, la busta di cellula batterica ha ampio significato biologico e clinico. Mentre numerosi geni della biosintesi e percorsi sono stati identificati e studiati in isolamento, come queste si intersecano funzionalmente per garantire l&#39;integrit&agrave; della busta durante risposte adattative a sfida ambientale rimane poco chiaro. A tal fine, abbiamo eseguito ad alta densit&agrave; schermate genetici sintetici per generare quantitativa associazione funzionale mappe che comprende praticamente l&#39;intera cella busta biosintetico macchinari di Escherichia coli sotto entrambi auxotrofi (ricco medio) e prototrophic (Media minimo) le condizioni della coltura. I modelli differenziali di interazioni genetiche rilevate tra &amp;gt; 235.000 digeniche mutante combinazioni testate rivelano inaspettata condizione specifiche funzionale diafonia e meccanismi genetici di backup che garantiscono la manutenzione e montaggio busta indeformabile. Queste reti forniscono anche intuizioni la connettivit&agrave; globale di sistemi e riorganizzazione funzionale dinamico di una struttura universale batterica sia ampiamente conservato tra eubatteri (compresi gli agenti patogeni) e un obiettivo importante.

Mappe genetiche interazione in Escherichia coli rivelano funzionale diafonia tra percorsi biogenesi della busta di cella.

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x9593;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30A4;&#x30B9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x30FB;&#x81E8;&#x5E8A;&#x7684;&#x610F;&#x7FA9;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7D30;&#x9053;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3066;&#x5358;&#x72EC;&#x3067;&#x7814;&#x7A76;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9593;&#x306F;&#x3001;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x9069;&#x5FDC;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306B;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x6311;&#x6226;&#x306E;&#x4E2D;&#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x6574;&#x5408;&#x6027;&#x3092;&#x78BA;&#x4FDD;&#x3059;&#x308B;&#x4EA4;&#x5DEE;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x95A2;&#x9023;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x9AD8;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x5408;&#x6210;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x884C;&#x3063;&#x305F;&#x4E8B;&#x5B9F;&#x4E0A;&#x30BB;&#x30EB;&#x5168;&#x4F53;&#x5C01;&#x7B52;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x6A5F;&#x68B0; (&#x6700;&#x5C0F;&#x5A92;&#x4F53;) &#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x4E21;&#x65B9;&#x6804;&#x990A;&#x8981;&#x6C42;&#x6027; (&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1; &#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A2;&#xFF09; &#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x3001;prototrophic &#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x57F9;&#x990A;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3057;&#x305F;&#x76EE; 235,000 digenic &#x5909;&#x7570;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x9593;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5DEE;&#x5206;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x6761;&#x4EF6;&#x56FA;&#x6709;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x30C8;&#x30FC;&#x30AF;&#x3068;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x8010;&#x6027;&#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7; &#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3084;&#x4FDD;&#x5B88;&#x3092;&#x30B9;&#x30E0;&#x30FC;&#x30BA;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x306E;&#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x63A5;&#x7D9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E21;&#x65B9;&#x306F;&#x5E83;&#x304F;&#x771F;&#x6B63;&#x7D30;&#x83CC; (&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#xFF09; &#x3068;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B5;&#x30EB;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x518D;&#x7DE8;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A8;&#x30F3;&#x30D9;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D7;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x30C8;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xACFC; &#xD658;&#xACBD; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4;&#xB85C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD09;&#xD22C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xBC0F; &#xC784;&#xC0C1; &#xC758;&#xBBF8;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC0F; &#xD1B5;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xACE0; &#xACE0;&#xB9BD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACF5;&#xBD80;&#xB97C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC801;&#xC751; &#xC751;&#xB2F5; &#xD658;&#xACBD; &#xB3C4;&#xC804; &#xC911; &#xBD09;&#xD22C; &#xBB34;&#xACB0;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC7A5; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xAD50;&#xCC28; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0;&#xBC00;&#xB3C4; &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD654;&#xBA74; &#xC591;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD611;&#xD68C; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xAC70;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xC140; &#xBD09;&#xD22C; &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; &#xAE30;&#xACC4; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xB450; auxotrophic (&#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xBBF8;&#xB514;&#xC5B4;) &#xBC0F; prototrophic (&#xCD5C;&#xC18C;&#xD55C;&#xC758; &#xB9E4;&#xCCB4;) &#xD3EC;&#xAD04; &#xBB38;&#xD654; &#xC870;&#xAC74;. &amp;gt; 235,000 Digenic &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC0AC;&#xC774; &#xC720;&#xC804; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xCC28;&#xB3D9; &#xD328;&#xD134; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; &#xC870;&#xAC74; &#xAD00;&#xB828; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB204;&#xD654; &#xBC0F; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xBC29;&#xC9C0; &#xBD09;&#xD22C; &#xC870;&#xB9BD; &#xBC0F; &#xC720;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xC218;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804; &#xBC31;&#xC5C5; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xBC0F; &#xB3D9;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB458; &#xB2E4; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; eubacteria (&#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;)&#xC640; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC911; &#xBCF4;&#xC874; &#xBC94;&#xC6A9; &#xC138;&#xADE0; &#xAD6C;&#xC870; &#xAC1C;&#xD3B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC140; &#xBD09;&#xD22C; &#xC18D; &#xD1B5;&#xB85C; &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC131; &#xD06C;&#xB85C;&#xC2A4; &#xD1A0;&#xD06C;.

Como la interfaz entre un microbio y su entorno, la envoltura celular bacteriana tiene amplia significaci&oacute;n biol&oacute;gica y cl&iacute;nica. Mientras que numerosos genes de bios&iacute;ntesis y v&iacute;as han identificado y estudiado aisladamente, c&oacute;mo &eacute;stos se cruzan funcionalmente para asegurar la integridad de la envoltura durante respuestas adaptativas al reto ambiental sigue siendo confuso. Para ello, realizamos alta densidad pantallas gen&eacute;ticos sint&eacute;ticos para generar la asociaci&oacute;n funcional cuantitativa mapas que abarca pr&aacute;cticamente la c&eacute;lula entera envolvente biosint&eacute;tico maquinaria de Escherichia coli en ambos auxotr&oacute;fica (medio ricos) y prototrophic (medio m&iacute;nimo) las condiciones de la cultura. Los patrones diferenciales de interacciones gen&eacute;ticas detectadas entre &gt; 235.000 digenic mutante combinaciones probadas revelan inesperada condici&oacute;n espec&iacute;fica funcional diafon&iacute;a y mecanismos gen&eacute;ticos de copia de seguridad que garanticen el mantenimiento y montaje de la envolvente resistente al estr&eacute;s. Estas redes tambi&eacute;n proporcionan penetraciones en la conectividad de sistemas globales y reorganizaci&oacute;n funcional din&aacute;mico de una estructura bacteriana universal que es ambos ampliamente conservada entre eubacterias (incluyendo pat&oacute;genos) y un objetivo importante.

Mapas de interacci&oacute;n gen&eacute;tica en Escherichia coli revelan interferencia funcional entre v&iacute;as de Biog&eacute;nesis de envoltura celular.

&#x7EC6;&#x83CC;&#x662F;&#x591A;&#x6837;&#x548C;&#x4E30;&#x5BCC;&#xFF0C;&#x626E;&#x6F14;&#x5173;&#x952E;&#x89D2;&#x8272;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5065;&#x5EB7;&#x548C;&#x75BE;&#x75C5;&#x3001; &#x73AF;&#x5883;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x6280;&#x672F;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5DE5;&#x7A0B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FD8;&#x6709;&#x5F88;&#x591A;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x529F;&#x80FD;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684; best-studied &#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3001; &#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#x76EE;&#x524D;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7684;&#x6279;&#x6CE8;&#x3002;&#x8D1F;&#x8D23;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x9057;&#x4F20;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7EA7;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5B9A;&#x4E49;&#x57FA;&#x672C;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x3001; &#x9632;&#x6B62;&#x6269;&#x6563;&#x7684;&#x8010;&#x836F;&#x6027;&#x7684;&#x4E34;&#x5E8A;&#x548C;&#x9A71;&#x52A8;&#x672A;&#x6765;&#x751F;&#x7269;&#x6280;&#x672F;&#x5E94;&#x7528;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x8FD9;&#x6B21;&#x5BA1;&#x67E5;&#x7A81;&#x51FA;&#x4E86;&#x6700;&#x8FD1;&#x63A8;&#x51FA;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x57FA;&#x56E0;&#x64CD;&#x7EB5;&#x548C;&#x7504;&#x522B;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x6709;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x63A2;&#x7D22;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x529F;&#x80FD;&#x3001; &#x5206;&#x5B50;&#x5173;&#x7CFB;&#x548C;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x3001; &#x901A;&#x8DEF;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5C42;&#x9762;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;

&#x4E3A;&#x63A2;&#x8BA8;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x9057;&#x4F20;&#x64CD;&#x4F5C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

Bacteria are diverse and abundant, playing key roles in human health and disease, the environment, and biotechnology. Despite progress in genome sequencing and bioengineering, much remains unknown about the functional organization of prokaryotes. For instance, roughly a third of the protein-coding genes of the best-studied model bacterium, Escherichia coli, currently lack experimental annotations. Systems-level experimental approaches for investigating the functional associations of bacterial genes and genetic structures are essential for defining the fundamental molecular biology of microbes, preventing the spread of antibacterial resistance in the clinic, and driving the development of future biotechnological applications. This review highlights recently introduced large-scale genetic manipulation and screening procedures for the systematic exploration of bacterial gene functions, molecular relationships, and the global organization of bacteria at the gene, pathway, and genome levels.

Genome-scale genetic manipulation methods for exploring bacterial molecular biology.

Les bact&eacute;ries sont diversifi&eacute;es et abondantes, jouant des r&ocirc;les cl&eacute;s dans la sant&eacute; humaine et la maladie, l&#39;environnement et la biotechnologie. Malgr&eacute; les progr&egrave;s r&eacute;alis&eacute;s dans le s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome et de la bio-ing&eacute;nierie, une grande partie reste inconnue sur l&#39;organisation fonctionnelle des procaryotes. Par exemple, environ un tiers des g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines de la bact&eacute;rie Escherichia coli, mod&egrave;le plus &eacute;tudi&eacute;s manquent actuellement les annotations exp&eacute;rimentales. Syst&egrave;mes au niveau des approches exp&eacute;rimentales pour &eacute;tudier les associations fonctionnelles des g&egrave;nes bact&eacute;riens et des structures g&eacute;n&eacute;tiques sont essentiels pour la d&eacute;finition de la biologie mol&eacute;culaire fondamentale des microbes, emp&ecirc;chant la propagation de la r&eacute;sistance antibact&eacute;rienne dans la clinique et le d&eacute;veloppement de futures applications biotechnologiques. Cet examen met en &eacute;vidence r&eacute;cemment introduite manipulation g&eacute;n&eacute;tique &agrave; grande &eacute;chelle et proc&eacute;dures pour l&#39;exploration syst&eacute;matique des fonctions des g&egrave;nes bact&eacute;riens, relations mol&eacute;culaires et l&#39;Organisation mondiale des bact&eacute;ries au niveau du g&eacute;nome, voie et g&egrave;ne de pr&eacute;s&eacute;lection.

M&eacute;thodes de manipulations g&eacute;n&eacute;tiques &agrave; l&#39;&eacute;chelle du g&eacute;nome pour explorer la biologie mol&eacute;culaire bact&eacute;rienne.

Bakterien sind vielf&auml;ltig und reichlich, spielen Schl&uuml;sselrollen in Gesundheit und Krankheit, Umwelt und Biotechnologie. Trotz der Fortschritte bei der Sequenzierung des Genoms und Bioengineering bleibt noch viel unbekanntes &uuml;ber die funktionale Organisation der Prokaryoten. Zum Beispiel, etwa fehlen ein Drittel der Protein-kodierenden Gene des Bakteriums genausten Modell, Escherichia coli, derzeit experimentelle Anmerkungen. Systemebene experimentelle Ans&auml;tze zur Untersuchung der funktionellen Verb&auml;nde der bakteriellen Gene und genetischen Strukturen sind notwendig f&uuml;r die Definition der grundlegenden Molekularbiologie der Mikroben, die Ausl&ouml;sung der antibakterielle Resistenz in der Klinik und die Entwicklung k&uuml;nftiger biotechnologische Anwendungen. Diesen Bericht beleuchtet k&uuml;rzlich eingef&uuml;hrten gro&szlig;en Genmanipulation und Screeningverfahren f&uuml;r die systematische Erforschung der bakteriellen Genfunktionen, molekulare Beziehungen und die globale Organisation der Bakterien auf den gen, Weg und Genom-Ebenen.

Genom-Scale-Genmanipulation-Methoden zur Erkundung von bakteriellen Molekularbiologie.

I batteri sono vario e abbondante, giocando ruoli chiave nella salute e malattia, ambiente e biotecnologie. Nonostante i progressi nel sequenziamento del genoma e Bioingegneria, molto rimane sconosciuto circa l&#39;organizzazione funzionale dei procarioti. Per esempio, circa un terzo dei geni codificanti proteine del batterio del modello oggetto, Escherichia coli, attualmente mancano le annotazioni sperimentale. Livello dei sistemi approcci sperimentali per indagare le associazioni funzionali di geni batterici e strutture genetiche sono essenziali per definizione la biologia molecolare fondamentale dei microbi, impedire la diffusione di resistenza antibatterica nella clinica e guida lo sviluppo di future applicazioni biotecnologiche. Questa recensione mette in evidenza recentemente introdotta su larga scala di manipolazione genetica e screening delle procedure per l&#39;esplorazione sistematica del gene batterico funzioni, rapporti molecolari e l&#39;organizzazione globale di batteri a livello gene, percorso e genoma.

Metodi di manipolazione genetica del genoma-scala per esplorare biologia molecolare batterica.

&#x7D30;&#x83CC;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x3067;&#x8C4A;&#x304B;&#x306A;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5065;&#x5EB7;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3068;&#x75BE;&#x60A3;&#x30FB;&#x74B0;&#x5883;&#x30FB; &#x30D0;&#x30A4;&#x30AA; &#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x518D;&#x751F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5DE5;&#x5B66;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x7D44;&#x7E54;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x4E0D;&#x660E;&#x306A;&#x307E;&#x307E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3068;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x305D; best-studied &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x83CC;&#x3001;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E09;&#x756A;&#x76EE;&#x73FE;&#x5728;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x5B9F;&#x9A13;&#x6CE8;&#x91C8;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3084;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x56E3;&#x4F53;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0; &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x57FA;&#x672C;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x5B50;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3001;&#x6297;&#x83CC;&#x6027;&#x306E;&#x62B5;&#x6297;&#x3001;&#x30AF;&#x30EA;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x3067;&#x306E;&#x62E1;&#x6563;&#x9632;&#x6B62;&#x3084;&#x904B;&#x8EE2;&#x3057;&#x3066;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA; &#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x3078;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x304C;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x5C0E;&#x5165;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x64CD;&#x4F5C;&#x3068;&#x5BE9;&#x67FB;&#x624B;&#x7D9A;&#x304D;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7D30;&#x83CC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7684;&#x306A;&#x63A2;&#x67FB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x30CF;&#x30A4;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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Las bacterias son diversas y abundantes, jugando papeles claves en la salud humana y la enfermedad, medio ambiente y biotecnolog&iacute;a. A pesar de avances en la secuenciaci&oacute;n del genoma y la bioingenier&iacute;a, mucho se desconoce sobre la organizaci&oacute;n funcional de procariotes. Por ejemplo, aproximadamente un tercio de los genes de la prote&iacute;na-codificaci&oacute;n de la bacteria modelo mejor estudiada, Escherichia coli, carecen en la actualidad experimentales anotaciones. Nivel de sistemas aproximaciones experimentales para investigar las asociaciones funcionales de genes bacterianos y estructuras gen&eacute;ticas son esenciales para definir la biolog&iacute;a molecular fundamental de microbios, prevenir la propagaci&oacute;n de la resistencia antibacteriana en la cl&iacute;nica y conducir el desarrollo de futuras aplicaciones biotecnol&oacute;gicas. Esta revisi&oacute;n destaca la manipulaci&oacute;n gen&eacute;tica a gran escala recientemente introducida y selecci&oacute;n de procedimientos para la exploraci&oacute;n sistem&aacute;tica de funciones de genes bacterianos, relaciones moleculares y la organizaci&oacute;n global de bacterias a nivel gene, camino y genoma.

Article	Year
Association of the transcriptional response of soybean plants with soybean mosaic virus systemic infection. The Journal of general virology\| PubMed ID: 18343851	2008
eSGA: E. coli synthetic genetic array analysis. Nature methods\| PubMed ID: 18677321	2008
Identification and molecular characterization of two naturally occurring Soybean mosaic virus isolates that are closely related but differ in their ability to overcome Rsv4 resistance. Virus research\| PubMed ID: 18793685	2008
Recombination analysis of Soybean mosaic virus sequences reveals evidence of RNA recombination between distinct pathotypes. Virology journal\| PubMed ID: 19036160	2008
A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair. Molecular microbiology\| PubMed ID: 21219465	2011
Ribosome-dependent ATPase interacts with conserved membrane protein in Escherichia coli to modulate protein synthesis and oxidative phosphorylation. PloS one\| PubMed ID: 21556145	2011
Array-based synthetic genetic screens to map bacterial pathways and functional networks in Escherichia coli. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)\| PubMed ID: 21815091	2011
Array-based synthetic genetic screens to map bacterial pathways and functional networks in Escherichia coli. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)\| PubMed ID: 21877280	2011
Genetic interaction maps in Escherichia coli reveal functional crosstalk among cell envelope biogenesis pathways. PLoS genetics\| PubMed ID: 22125496	2011
Genome-scale genetic manipulation methods for exploring bacterial molecular biology. Molecular bioSystems\| PubMed ID: 22517266	2012

Alla Gagarinova

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