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The Green Monster Process for the Generation of Yeast Strains Carrying Multiple Gene Deletions

Phenotypes  for a gene deletion are often revealed only when the mutation is tested in a  particular genetic background or environmental condition1,2. ...

J. Craig Venter Institute

&#x57FA;&#x4E8E;&#x5FAE;&#x6D41;&#x63A7;&#x677F; 768 &#x53CC;&#x8F66;&#x9053; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x88AB;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x4E3A; 96 &#x9053;&#x6BDB;&#x7EC6;&#x7BA1;&#x9635;&#x5217;&#x8FD1;&#x671F;&#x7EE7;&#x4EFB;&#x8005;&#x4E86;&#x3002;&#x7535;&#x6CF3;&#x5206;&#x8272;&#x662F;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x5728;&#x5927;&#x5E45;&#x9762; &#xFF08;25 &#x5398;&#x7C73; x 50 &#x5398;&#x7C73;&#xFF09; &#x4FE1;&#x53F7;&#xFF0C;&#x5176;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#x8BC1;&#x660E;&#x5B9E;&#x9645;&#x8BFB;&#x53D6;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x3001; &#x5E76;&#x884C;&#x5904;&#x7406;&#x548C;&#x957F;&#x8BFB; de &#x4ECE;&#x5934;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7F29;&#x653E;&#x7684;&#x793A;&#x4F8B;&#x8981;&#x6C42;&#x5B9E;&#x73B0;&#x7684;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x673A;&#x5668;&#x4EBA; pipettor &#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A; 384 &#x8F66;&#x9053;&#x677F;&#x7535;&#x6CF3;&#x548C;&#x518D;&#x751F;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6216;&#x8005;&#x9A91;&#x8F66;&#x3002;&#x603B;&#x6570;&#x5927;&#x4E8E; 172000 &#x57FA;&#x5730;&#xFF0C;99%&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x6027; &#xFF08;&#x5BF9;&#x5E94;&#x4E8E;&#x8D28;&#x91CF;&#x5F97;&#x5206; 20) &#x8FBE;&#x5230;&#x4E86; 384 &#x8F66;&#x9053;&#x677F;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x8FED;&#x4EE3;&#x3002;&#x5728;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x7ECF;&#x8425;&#x72B6;&#x51B5;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x8D85;&#x8FC7; 4 megabases &#x7684;&#x539F;&#x59CB;&#x5E8F;&#x5217; (Phred 20) &#x6BCF;&#x5929;&#x5728;&#x65B0;&#x7684;&#x5E73;&#x53F0;&#x4E0A;&#x3002;&#x6807;&#x51C6;&#x7684;&#x64CD;&#x4F5C;&#x662F;&#x5728;&quot;1/32 x&quot;&#x6851;&#x5316;&#x5B66;&#xFF0C;&#x7B49;&#x4E8E;&#x5178;&#x578B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x8FD0;&#x4F5C;&#x6210;&#x719F;&#x7684;&#x6BDB;&#x7EC6;&#x7BA1;&#x9635;&#x5217;&#x673A;&#x548C;&#x7F29;&#x653E;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x8D85;&#x5FAE;&#x578B;&#x8BBE;&#x5907; 16-fold &#x6539;&#x5584;&#x3002;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8BC1;&#x636E;&#x6837;&#x672C;&#x6D53;&#x5EA6;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x51CF;&#x5C11;&#x5230; 1/256 x Sanger &#x5316;&#x5B66;&#x5728; microdevice &#x4E2D;&#x3002;&#x5BFF;&#x547D;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x8868;&#x660E;&#x4F7F;&#x7528;&#x5BFF;&#x547D;&#x5185;&#x7684; &gt; 384 &#x8F66;&#x9053;&#x677F; 150 &#x5C0F;&#x65F6; &#xFF08;&#x8D85;&#x8FC7; 50 &#x8FD0;&#x884C;&#xFF09;&#x3002;&#x8054;&#x5408;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x8FDB;&#x6B65;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x90A3;&#x4E9B;&#x5728;&#x8BFB;&#x53D6;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x548C;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x76F4;&#x63A5;&#x5904;&#x7406;&#x6210;&#x672C;&#x6A21;&#x578B;&#x8981;&#x6C42;&#x9002;&#x5E94;&#x65B0;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x6BDB;&#x7EC6;&#x7BA1;&#x9635;&#x5217;&#x6587;&#x4E66;&#x4EE5;&#x5916;&#x7684;&#x4E0B;&#x4E00;&#x6B65;&#x3002;

768 &#x53CC;&#x8F66;&#x9053;&#x8D85;&#x5FAE;&#x578B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

A 768-lane DNA sequencing system based on microfluidic plates has been designed as a near-term successor to 96-lane capillary arrays. Electrophoretic separations are implemented for the first time in large-format (25 cm x 50 cm) microdevices, with the objective of proving realistic read length, parallelism, and the scaled sample requirements for long-read de novo sequencing. Two 384-lane plates are alternatively cycled between electrophoresis and regeneration via a robotic pipettor. A total of greater than 172000 bases, 99% accuracy (corresponding to quality score 20) is achieved for each iteration of a 384 lane plate. At current operating conditions, this implies a system throughput exceeding 4 megabases of raw sequence (Phred 20) per day on the new platform. Standard operation is at "1/32x" Sanger chemistry, equal to typical genome center operation on mature capillary array machines, and a 16-fold improvement in scaling relative to previous microfabricated devices. Experiments provide evidence that sample concentration can be further reduced to 1/256x Sanger chemistry in the microdevice. Life-testing indicates a usable life of >150 hours (more than 50 runs) for the 384 lane plates. The combined advances, particularly those in read length and sample requirement, directly address the cost model requirements for adaptation of the new technology as the next step beyond capillary array instruments.

A 768-lane microfabricated system for high-throughput DNA sequencing.

Un syst&egrave;me de s&eacute;quen&ccedil;age d&#39;ADN de 768 voies bas&eacute; sur des plaques de la microfluidique a &eacute;t&eacute; con&ccedil;u comme un successeur &agrave; court terme de 96 voies tableaux capillaires. S&eacute;paration &eacute;lectrophor&eacute;tique est mises en &oelig;uvre pour la premi&egrave;re fois en microdevices grand format (25 x 50 cm), dans le but de prouver la longueur de lecture r&eacute;aliste, parall&eacute;lisme et les exigences de l&#39;&eacute;chantillon &agrave; l&#39;&eacute;chelle pour la longue lecture de s&eacute;quen&ccedil;age de novo. Deux plaques 384 voies passent alternativement entre l&#39;&eacute;lectrophor&egrave;se et la r&eacute;g&eacute;n&eacute;ration un robot &agrave; l&#39;aide. Un total de plus de bases de 172000, 99 % de pr&eacute;cision (correspondant &agrave; la qualit&eacute; marquer 20) est r&eacute;alis&eacute;e pour chaque it&eacute;ration d&#39;une plaque 384 lane. &Agrave; des conditions d&#39;exploitation actuelles, ceci implique un d&eacute;bit syst&egrave;me exc&eacute;dant 4 m&eacute;gabases de s&eacute;quence brute (20 REDSP) par jour sur la nouvelle plate-forme. Fonctionnement standard est &agrave; &laquo; x 1/32 &raquo; chimie de Sanger, &eacute;gale &agrave; op&eacute;ration centre g&eacute;nome typique sur les machines de la gamme capillaire mature et une am&eacute;lioration de 16 fois &agrave; plus grande &eacute;chelle par rapport aux pr&eacute;c&eacute;dents dispositifs microfabriques. Exp&eacute;riences fournissent la preuve que la concentration de l&#39;&eacute;chantillon peut &ecirc;tre encore r&eacute;duite &agrave; 1/256 x chimie Sanger dans la MICRODISPOSITIF. Essai de vie indique une vie utile de &gt; 150 heures (plus de 50 pistes) pour les plaques 384 lane. Les progr&egrave;s combin&eacute;s, notamment ceux de lecture longueur et exigence de l&#39;&eacute;chantillon, traitent directement les exigences de mod&egrave;le de co&ucirc;t pour l&#39;adaptation des nouvelles technologies comme la prochaine &eacute;tape au-del&agrave; des instruments de la gamme capillaire.

Un syst&egrave;me de voies 768 microfabriques pour le s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Ein 768 doppelspurige DNA Sequenzierung System mikrofluidische Platten wurde als kurzfristige Nachfolger-96-Lane-Kapillar-Arrays entwickelt. Elektrophoretische Trennungen werden zum ersten Mal im Gro&szlig;format (25 cm x 50 cm) Mikrovorrichtungen, mit dem Ziel, zum Nachweis der realistischen lesen Sie L&auml;nge, Parallelit&auml;t und die skalierte Probe-Anforderungen f&uuml;r lange-lesen-de Novo Sequenzierung implementiert. Zwei 384-spurigen Platten sind alternativ zwischen Elektrophorese und Regeneration &uuml;ber einen Roboter Mehrkanalpipetten radelte. Insgesamt gr&ouml;&szlig;er als 172000 Basen, 99 % Genauigkeit (Qualit&auml;t entspricht Ergebnis 20) wird f&uuml;r jede Iteration einer 384 Spur-Platte erreicht. Bei aktuellen Betriebsbedingungen bedeutet das einen Systemdurchsatz von mehr als 4 Megabases roh Sequenz (Phred 20) pro Tag auf der neuen Plattform. Normalbetrieb ist bei &quot;1/32 X&quot; Sanger Chemie, typische Genom Zentrum Betrieb auf Reife Kapillar Array-Rechner und eine versechzehnfacht und produziert Verbesserung der Skalierung im Vergleich zu fr&uuml;heren Microfabricated-Ger&auml;te gleich. Experimente bieten man Beweise daf&uuml;r, dass die Konzentration der Probe werden kann auf 1/256 x Sanger-Chemie in den Microdevice reduzieren. Leben-Tests haben ergeben eine nutzbare Lebensdauer von &gt; 150 Stunden (mehr als 50 Zeilen) f&uuml;r die 384 Spur-Platten. Der kombinierte Fortschritte, insbesondere in Lesen Sie L&auml;nge und Beispiel Anforderung, sprechen direkt die Modellanforderungen Kosten f&uuml;r die Anpassung der neuen Technologie als n&auml;chsten Schritt &uuml;ber Kapillar Array Instrumente.

768-Spurigen Microfabricated System zur Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung.

Un sistema di sequenziamento del DNA 768-lane basato su piastre di microfluidica &egrave; stato progettato come un successore a breve termine alle matrici capillare 96-lane. Separazioni elettroforetiche sono implementate per la prima volta in microdevices di grande formato (25 cm x 50 cm), con l&#39;obiettivo di dimostrare lunghezza lettura realistica, parallelismo e i requisiti in scala campione per la lunga lettura de novo sequencing. Due piastre 384-lane sono alternativamente pedalati tra elettroforesi e rigenerazione tramite un pipettatore robotico. Un totale di maggiore di 172000 basi, 99% di precisione (corrispondente alla qualit&agrave; punteggio 20) &egrave; ottenuto per ogni iterazione di un piatto di 384 lane. In condizioni di funzionamento corrente, questo implica un throughput di sistema superiore a 4 MB di prime sequenze (Phred 20) al giorno sulla nuova piattaforma. Standard di funzionamento &egrave; a &quot;x 1/32&quot; chimica di Sanger, uguale al funzionamento centro genoma tipico su macchine di matrice capillare matura e un magazzino a 16 posizioni miglioramento in scala rispetto al precedente microfabricated dispositivi. Esperimenti forniscono evidenza che la concentrazione del campione pu&ograve; essere ulteriormente ridotto a 1/256 x chimica Sanger nel microdevice. Test di durata indica una vita utile di &amp;gt; 150 ore (pi&ugrave; di 50 piste) per piastre 384 lane. Anticipi combinati, specialmente quelle in lettura lunghezza e requisito di campione, direttamente per soddisfare i requisiti di modello di costo per l&#39;adeguamento delle nuove tecnologie come il prossimo passo di l&agrave; di strumenti di matrice capillare.

Un sistema di microfabricated 768-lane per il sequenziamento del DNA di alto-rendimento.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x4E0A;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F; 768 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0; 96 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3; &#x30AD;&#x30E3;&#x30D4;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x914D;&#x5217;&#x3078;&#x306E;&#x77ED;&#x671F;&#x7684;&#x306A;&#x5F8C;&#x7D99;&#x8005;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x306F;&#x3001;&#x5927;&#x5224; &#xFF08;25 cm &times; 50 cm&#xFF09; &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30C7;&#x30D0;&#x30A4;&#x30B9;&#x306E;&#x73FE;&#x5B9F;&#x7684;&#x306A;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3001;&#x4E26;&#x5217;&#x51E6;&#x7406;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9577;&#x3044;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A; de novo &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x8981;&#x4EF6;&#x3092;&#x8A3C;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x76EE;&#x7684;&#x3067;&#x521D;&#x3081;&#x3066;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;2 &#x3064;&#x306E; 384 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3; &#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x307E;&#x305F;&#x30ED;&#x30DC;&#x30C3;&#x30C8; pipettor &#x7D4C;&#x7531;&#x3067;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x3068;&#x518D;&#x751F;&#x306E;&#x9593;&#x304C;&#x5FAA;&#x74B0;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5927;&#x304D;&#x3044; 172000 &#x62E0;&#x70B9;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3001;99 &#xFF05; &#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x5408;&#x8A08; (&#x54C1;&#x8CEA;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x305F;&#x30B9;&#x30B3;&#x30A2; 20) 384 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3; &#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x5404;&#x53CD;&#x5FA9;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x5B9F;&#x73FE;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x52D5;&#x4F5C;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3067; 1 &#x65E5;&#x3042;&#x305F;&#x308A; raw &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; (Phred 20) &#x306E; 4 megabases &#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x308B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x64CD;&#x4F5C;&#x3067;&#x3059;&quot;1/32 x &#x3067;&quot;&#x30B5;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x5316;&#x5B66;&#x3001;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30BB;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x904B;&#x7528;&#x6210;&#x719F;&#x3057;&#x305F;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D4;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x914D;&#x5217;&#x30DE;&#x30B7;&#x30F3;&#x3068;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x5FAE;&#x7D30;&#x52A0;&#x5DE5;&#x7D20;&#x5B50;&#x76F8;&#x5BFE;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067; 16 &#x6539;&#x5584;&#x306B;&#x7B49;&#x3057;&#x3044;&#x3002;&#x5B9F;&#x9A13;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x96C6;&#x4E2D;&#x304C;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059; 1/256 &times; &#x30B5;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x5316;&#x5B66;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30C7;&#x30D0;&#x30A4;&#x30B9;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFF;&#x547D;&#x8A66;&#x9A13;&#x306E;&#x5BFF;&#x547D;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x76EE; 150 &#x6642;&#x9593; (&#x4EE5;&#x4E0A; 50 &#x5B9F;&#x884C;) 384 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3; &#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3002;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3068;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x8981;&#x4EF6;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x76F4;&#x63A5;&#x3001;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D4;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x914D;&#x5217;&#x697D;&#x5668;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x3066;&#x6B21;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;&#x306E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8; &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x8981;&#x4EF6;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E; 768 &#x30EC;&#x30FC;&#x30F3;&#x5FAE;&#x7D30;&#x52A0;&#x5DE5;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3002;

768 &#xB808;&#xC778; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xACB0;&#xD569; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; 96 &#xB808;&#xC778; &#xBAA8; &#xC138;&#xAD00; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xAE30;&#xC801; &#xD6C4;&#xACC4;&#xC790;&#xB85C; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBD84;&#xD310; &#xD604;&#xC2E4;&#xC801;&#xC778; &#xC77D;&#xAE30; &#xAE38;&#xC774;, &#xBCD1;&#xB82C; &#xCC98;&#xB9AC;, &#xAE34; &#xC77D;&#xAE30; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD655;&#xC7A5; &#xB41C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D; &#xC99D;&#xBA85;&#xC758; &#xBAA9;&#xD45C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xB300;&#xD615; (25 c m x 50 cm) microdevices&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC98;&#xC74C;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xD604; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xB294; &#xB450; 384-&#xB808;&#xC778; &#xC811;&#xC2DC;&#xB294; &#xB85C;&#xBD07; pipettor &#xD1B5;&#xD574; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95; &#xBC0F; &#xC7AC;&#xC0DD; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC21C;&#xD658; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. 172000 &#xAE30;&#xC9C0;, &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; 99% &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD070; &#xCD1D; (&#xD488;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD3C9;&#xC810; 20) 384 &#xB808;&#xC778; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xAC01; &#xBC18;&#xBCF5;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xC774;&#xB8E8;&#xC5B4;&#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC791;&#xB3D9; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC774; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xD558;&#xB8E8; &#xCD08;&#xACFC; &#xD558;&#xB294; &#xC6D0;&#xC2DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; (Phred 20)&#xC758; 4 megabases &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;&#xC744; &#xC758;&#xBBF8; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD45C;&#xC900; &#xC791;&#xC5C5;&#xC740; &quot;x 1/32&quot; &#xC0DD;&#xC5B4; &#xD654;&#xD559;, &#xC131;&#xC219;&#xD55C; &#xBAA8; &#xC138;&#xAD00; &#xBC30;&#xC5F4; &#xBA38;&#xC2E0;&#xACFC; &#xC774;&#xC804; &#xFE59; &#xC7A5;&#xCE58;&#xB97C; &#xAE30;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC30;&#xC728; 16-fold &#xAC1C;&#xC120;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xD615;&#xC801;&#xC778; &#xAC8C;&#xB188; &#xC13C;&#xD130; &#xC791;&#xC5C5;&#xC744; &#xB3D9;&#xC77C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC0D8;&#xD50C; &#xB18D;&#xB3C4; &#xCD94;&#xAC00; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; microdevice&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC5B4; &#xD654;&#xD559; x 1/256 &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC778;&#xC0DD; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC0DD;&#xD65C; &amp;gt; 384 &#xB808;&#xC778; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; 150 &#xC2DC;&#xAC04; (50 &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC2E4;&#xD589;). &#xC77D;&#xAE30; &#xAE38;&#xC774; &#xBC0F; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D;, &#xD2B9;&#xD788; &#xACB0;&#xD569; &#xB41C; &#xC9C4;&#xBCF4;&#xB294; &#xC9C1;&#xC811; &#xBAA8; &#xC138;&#xAD00; &#xBC30;&#xC5F4; &#xC545;&#xAE30; &#xB118;&#xC5B4; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB85C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xC801;&#xC751;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xBE44;&#xC6A9; &#xBAA8;&#xB378; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC744; &#xB2E4;&#xB8F9;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;&#xC774; &#xB192;&#xC740; DNA &#xC5F0;&#xC18D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; 768 &#xB808;&#xC778; &#xFE59; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;.

Un sistema de secuenciaci&oacute;n de ADN 768-lane basado en placas de microfluidos ha sido dise&ntilde;ado como un sucesor a corto plazo a arreglos capilares 96-lane. Separaciones electrofor&eacute;ticas se aplican por primera vez en microdispositivos de gran formato (25 x 50 cm), con el objetivo de la prueba de longitud lectura realista, paralelismo y los requisitos de escala muestra para largo-lectura de secuenciaci&oacute;n de novo. Dos placas de 384 carriles son ciclos alternativamente entre electroforesis y regeneraci&oacute;n mediante una pipeta rob&oacute;tica. Un total de mayor de bases de 172000, 99% de precisi&oacute;n (correspondiente a calidad anotar 20) se obtiene para cada iteraci&oacute;n de una placa de 384 lane. En condiciones de funcionamiento actuales, esto implica un rendimiento del sistema superior a 4 megabases de secuencia cruda (20 Phred) por d&iacute;a en la nueva plataforma. Operaci&oacute;n est&aacute;ndar est&aacute; en &quot;x 1/32&quot; qu&iacute;mica de Sanger, igual a la operaci&oacute;n del centro de genoma t&iacute;pico en m&aacute;quinas de matriz capilar maduro y una mejora de 16 veces en escala en relaci&oacute;n con la anterior microfabricated dispositivos. Experimentos proporcionan evidencia de que la concentraci&oacute;n de la muestra puede ser m&aacute;s reducido a 1/256 x qu&iacute;mica Sanger en el microdevice. Prueba de vida indica una vida &uacute;til de &gt; 150 horas (m&aacute;s de 50 carreras) para las placas de 384 lane. Los avances combinados, particularmente los de longitud leer y requisito de la muestra, abordan directamente los requisitos del modelo de costo para la adaptaci&oacute;n de la nueva tecnolog&iacute;a como el siguiente paso m&aacute;s all&aacute; de los instrumentos de la matriz capilar.

Un sistema de carriles 768 microfabricated de secuenciaci&oacute;n de ADN de alto rendimiento.

&#x6700;&#x8FD1;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#x5141;&#x8BB8;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x6D4B;&#x5E8F; [&#x62C9;&#x65AF;&#x80AF; RS&#xFF1A; &#x4F7F;&#x7528;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x56FA;&#x6001;&#x7EE7;&#x7535;&#x5668;&#x5965;&#x5E73;&#x6813;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; 2007 &#x5E74;&#xFF0C;10:510-516]&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x91CD;&#x70B9;&#x7814;&#x7A76;&#x6218;&#x7565;&#x4E3A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4ED8;&#x8BF8;&#x5B9E;&#x8DF5;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x4E2D;&#x3002;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76F4;&#x63A5;&#x7ED3;&#x679C;&#x662F;&#x5B83;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x57F9;&#x517B;&#x751F;&#x7269;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5148;&#x51B3;&#x6761;&#x4EF6;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5FAE;&#x514B;&#x7684; DNA &#x6570;&#x91CF;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x6A21;&#x677F;&#x4ECE;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E00;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x653E;&#x5927;&#x7531;&#x8C03;&#x7528;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927; (MDA) &#x907F;&#x514D;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6210;&#x957F;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x7EC6;&#x80DE; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x5C06;&#x53EF;&#x80FD;&#x8003;&#x8651;&#x5230;&#x5E7F;&#x5927;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#xFF0C;&#x9664;&#x975E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F7F;&#x7528;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x533A;&#x57DF;&#x6027;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x90FD;&#x65E0;&#x6CD5;&#x8FDB;&#x5165;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x4EA7;&#x751F;&#x5DE8;&#x5927;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6709;&#x5FC5;&#x8981;&#x5C06;&#x6269;&#x589E; DNA &#x4E0E;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x3002;&#x4ECE;&#x76EE;&#x524D;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x526F;&#x672C;&#xFF0C;MDA &#x53EF;&#x80FD;&#x65E0;&#x6CD5;&#x6062;&#x590D;&#x6574;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#x91CD;&#x6392;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x53D1;&#x751F; DNA &#x6269;&#x589E;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x5728;&#x8FC7;&#x53BB;&#x4E24;&#x5E74;&#x5185;&#x8BB8;&#x591A;&#x7814;&#x7A76;&#x5C0F;&#x7EC4;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x5F00;&#x59CB;&#x4F7F;&#x7528; MDA&#xFF0C;&#x5E76;&#x5236;&#x5B9A;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5B9E;&#x9645;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6392;&#x5E8F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x8BA8;&#x7684;&#x65B0;&#x51FA;&#x73B0;&#x7684;&#x6700;&#x4F73;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001; &#x6269;&#x589E;&#x6A21;&#x677F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x9760;&#x6027;&#x548C;&#x9002;&#x5F53;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x590D;&#x5408;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6240;&#x9020;&#x6210;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E19;&#x4E8C;&#x919B;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x4EE5;&#x5B8C;&#x6210;&#x5927;&#x4F1A;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6027;&#x7684;&#x5171;&#x8BC6;&#x3002;&#x9996;&#x9009;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x65B9;&#x6CD5;&#x88AB;&#x89C6;&#x4E3A;&#x6839;&#x636E;&#x7ECF;&#x9A8C;&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5927;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x4F4D;&#x7F6E; &gt; 70%&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x73B0;&#x5728;&#x7ECF;&#x5E38;&#x6062;&#x590D;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;Mda&#xFF0C;&#x5BA1;&#x67E5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x6837;&#x54C1;&#x3001; &#x5355;&#x4E00;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x79BB;&#x3001; DNA &#x6269;&#x589E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x998F;&#x5206;&#x5236;&#x5907;&#x548C; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

&#x73AF;&#x5883;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

Recently developed techniques allow genomic DNA sequencing from single microbial cells [Lasken RS: Single-cell genomic sequencing using multiple displacement amplification. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. Here, we focus on research strategies for putting these methods into practice in the laboratory setting. An immediate consequence of single-cell sequencing is that it provides an alternative to culturing organisms as a prerequisite for genomic sequencing. The microgram amounts of DNA required as template are amplified from a single bacterium by a method called multiple displacement amplification (MDA) avoiding the need to grow cells. The ability to sequence DNA from individual cells will likely have an immense impact on microbiology considering the vast numbers of novel organisms, which have been inaccessible unless culture-independent methods could be used. However, special approaches have been necessary to work with amplified DNA. MDA may not recover the entire genome from the single copy present in most bacteria. Also, some sequence rearrangements can occur during the DNA amplification reaction. Over the past two years many research groups have begun to use MDA, and some practical approaches to single-cell sequencing have been developed. We review the consensus that is emerging on optimum methods, reliability of amplified template, and the proper interpretation of 'composite' genomes which result from the necessity of combining data from several single-cell MDA reactions in order to complete the assembly. Preferred laboratory methods are considered on the basis of experience at several large sequencing centers where >70% of genomes are now often recovered from single cells. Methods are reviewed for preparation of bacterial fractions from environmental samples, single-cell isolation, DNA amplification by MDA, and DNA sequencing.

Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples.

Techniques r&eacute;cemment d&eacute;velopp&eacute;s permettent de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN g&eacute;nomique des cellules microbiennes isol&eacute;es [Lasken RS: s&eacute;quen&ccedil;age g&eacute;nomique de cellule unique &agrave; l&#39;aide de multiples amplification de d&eacute;placement. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. Ici, nous nous concentrons sur les strat&eacute;gies de recherche pour mettre ces m&eacute;thodes en pratique en laboratoire. Une cons&eacute;quence imm&eacute;diate du s&eacute;quen&ccedil;age de cellule unique est qu&#39;il fournit une alternative &agrave; la culture d&#39;organismes comme une condition sine qua non pour le s&eacute;quen&ccedil;age g&eacute;nomique. Les montants de microgramme d&#39;ADN requis comme mod&egrave;le sont amplifi&eacute;s d&#39;une bact&eacute;rie unique par une m&eacute;thode appel&eacute;e amplification de d&eacute;placements multiples (MDA) en &eacute;vitant la n&eacute;cessit&eacute; de la croissance de cellules. La capacit&eacute; de la s&eacute;quence d&#39;ADN de cellules individuelles auront probablement un impact immense pour microbiologie, consid&eacute;rant le grand nombre de nouveaux organismes, qui ont &eacute;t&eacute; inaccessibles sauf s&#39;il est ind&eacute;pendant de la culture m&eacute;thodes pourrait &ecirc;tre utilis&eacute;es. Toutefois, les approches particuli&egrave;res ont &eacute;t&eacute; n&eacute;cessaires pour travailler avec l&#39;ADN amplifi&eacute;. MDA ne peut recouvrer la totalit&eacute; du g&eacute;nome de l&#39;exemplaire unique pr&eacute;sent dans la plupart des bact&eacute;ries. En outre, des r&eacute;arrangements de s&eacute;quence peuvent se produire au cours de la r&eacute;action d&#39;amplification de l&#39;ADN. Au cours des deux derni&egrave;res ann&eacute;es, de nombreux groupes de recherche ont commenc&eacute; &agrave; utiliser de MDA, et certaines approches pratiques au s&eacute;quen&ccedil;age de cellule unique ont &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute;es. Nous passons en revue le consensus qui se dessine sur les m&eacute;thodes optimales et fiabilit&eacute; du mod&egrave;le amplifi&eacute; l&#39;interpr&eacute;tation correcte des g&eacute;nomes &laquo; composites &raquo; qui r&eacute;sultent de la n&eacute;cessit&eacute; de combiner des donn&eacute;es provenant de plusieurs r&eacute;actions de MDA unicellulaire afin de compl&eacute;ter l&#39;assemblage. Pr&eacute;f&eacute;r&eacute; de m&eacute;thodes de laboratoire sont consid&eacute;r&eacute;es comme sur la base de l&#39;exp&eacute;rience &agrave; plusieurs grandes centres de s&eacute;quen&ccedil;age o&ugrave; &gt; 70 % des g&eacute;nomes sont maintenant souvent r&eacute;cup&eacute;r&eacute;s &agrave; partir des cellules individuelles. M&eacute;thodes sont examin&eacute;s pour la pr&eacute;paration des fractions bact&eacute;riennes des &eacute;chantillons environnementaux, seule cellule d&#39;isolement, amplification de l&#39;ADN par MDA et le s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN.

S&eacute;quen&ccedil;age g&eacute;nomique des cellules microbiennes isol&eacute;es d&#39;&eacute;chantillons environnementaux.

Neu entwickelte Techniken erlauben genomische DNA-Sequenzierung von mikrobiellen Einzelzellen [Lasken RS: einzellige genomische Sequenzierung mit mehreren Verschiebung Verst&auml;rkung. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. Hier konzentrieren wir uns auf Forschungsstrategien f&uuml;r die Umsetzung dieser Methoden in der Praxis in der Labor-Einstellung. Eine unmittelbare Folge der Einzeller-Sequenzierung ist, dass es eine Alternative zur Kultivierung von Organismen als Voraussetzung f&uuml;r genomische Sequenzierung bietet. Die Mikrogramm Mengen DNA ben&ouml;tigt als Vorlage sind von einem einzigen Bakterium durch eine Methode namens mehrere Verschiebung Verst&auml;rkung (MDA) zu vermeiden, dass Zellen wachsen verst&auml;rkt. Die F&auml;higkeit, DNA-Sequenz von einzelnen Zellen haben wahrscheinlich einen immensen Einfluss auf Mikrobiologie in Anbetracht gro&szlig;e Zahl von neuartigen Organismen, die unzug&auml;nglich gewesen, wenn kulturunabh&auml;ngig Methoden verwendet werden k&ouml;nnten. Besondere Ans&auml;tze wurden jedoch notwendig, mit verst&auml;rkten DNA zu arbeiten. MDA kann nicht das gesamte Genom von einzigen Exemplar vorhanden in den meisten Bakterien erholen. Au&szlig;erdem k&ouml;nnen einige Sequenz-Umlagerungen w&auml;hrend der DNA-Amplifikation-Reaktion auftreten. In den letzten zwei Jahren viele Forschungsgruppen haben begonnen, MDA und einige praktische Ans&auml;tze zu Einzeller-Sequenzierung entwickelt worden. Wir &uuml;berpr&uuml;fen den Konsens, der entsteht, auf optimale Methoden, Zuverl&auml;ssigkeit der verst&auml;rkten Vorlage und die richtige Interpretation des &#39;zusammengesetzte&#39; Genome sich die Notwendigkeit daraus der Kombination von Daten aus mehreren Einzelzellen-MDA Reaktionen um die Assembly zu vervollst&auml;ndigen. Bevorzugte Labormethoden gelten aufgrund der Erfahrungen bei mehreren gro&szlig;en Sequenzierung Zentren wo &gt; 70 % der Genome sind jetzt oft von Einzelzellen erholt. Methoden werden zur Vorbereitung der bakteriellen Br&uuml;che von Umweltproben, Einzeller-Isolierung, DNA-Amplifikation von MDA, &uuml;berpr&uuml;ft und DNA-Sequenzierung.

Genomische Sequenzierung von mikrobiellen Einzelzellen von Umweltproben.

Recentemente sviluppati tecniche permettono di sequenziamento del DNA genomico da cellule microbiche singole [Lasken RS: Sequenziamento genomico cella singola utilizzando pi&ugrave; amplificazione di cilindrata. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. Qui, ci concentriamo sulle strategie di ricerca per mettere questi metodi in pratica nell&#39;impostazione del laboratorio. Una conseguenza immediata della cella singola sequenza &egrave; che fornisce un&#39;alternativa alla coltura di organismi come prerequisito per Sequenziamento genomico. Gli importi di microgrammo di DNA necessaria come modello sono amplificate da un singolo batterio da un metodo chiamato pi&ugrave; amplificazione di cilindrata (MDA) evitando la necessit&agrave; di coltivare le cellule. La capacit&agrave; di sequenza del DNA da singole celle probabilmente avr&agrave; un enorme impatto su microbiologia considerando il gran numero di nuovi organismi, che sono stati inaccessibili a meno che non potrebbero essere utilizzati metodi di coltura-indipendente. Tuttavia, approcci speciali sono state necessari per lavorare con DNA amplificato. MDA non pu&ograve; recuperare l&#39;intero genoma della singola copia presente nella maggior parte dei batteri. Inoltre, alcuni riarrangiamenti di sequenza possono verificarsi durante la reazione di amplificazione del DNA. Negli ultimi due anni molti gruppi di ricerca hanno cominciato a usare MDA e alcuni approcci pratici a cella singola sequenziamento sono stati sviluppati. Passiamo in rassegna il consenso che sta emergendo su metodi ottimali, affidabilit&agrave; del modello amplificato e la corretta interpretazione dei genomi &#39;compositi&#39; che derivano dalla necessit&agrave; di combinare dati da diverse reazioni di MDA a cella singola per completare l&#39;assemblaggio. Metodi di laboratorio sono considerati sulla base dell&#39;esperienza a parecchi grandi sequenziamento centri dove ha preferito &amp;gt; 70% dei genomi sono ormai spesso recuperati da singole celle. Metodi vengono rivisti per la preparazione delle frazioni batteriche da campioni ambientali, isolamento in cella singola, amplificazione del DNA da MDA e sequenziamento del DNA.

Sequenziamento genomico delle singole cellule microbiche da campioni ambientali.

&#x6700;&#x8FD1;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3059;&#x308B; [Lasken RS: &#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3002;10:510 &#x5FAE;&#x751F;&#x7269; 2007 Opin &#x30AF;&#x30FC;&#x30AF;&#x30FC;-516]&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30DC;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x3067;&#x7DF4;&#x7FD2;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x7F6E;&#x304F;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;.&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5373;&#x6642;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x524D;&#x63D0;&#x6761;&#x4EF6;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x57F9;&#x990A;&#x3059;&#x308B;&#x4EE3;&#x308F;&#x308A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3059;&#x3002;DNA &#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x91CF;&#x306F;&#x8907;&#x6570;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45; (MDA) &#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x304C;&#x6210;&#x9577;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3067;&#x5358;&#x4E00;&#x83CC;&#x304B;&#x3089;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x3002;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x3001;&#x30AB;&#x30EB;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x9650;&#x308A;&#x3001;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x65B0;&#x898F;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x81A8;&#x5927;&#x306A;&#x6570;&#x3092;&#x8003;&#x616E;&#x3057;&#x305F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x4E0A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x8A08;&#x308A;&#x77E5;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x7279;&#x5225;&#x306A;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x305F; DNA &#x3092;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MDA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x518D;&#x914D;&#x7F6E; DNA &#x5897;&#x5E45;&#x53CD;&#x5FDC;&#x6642;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x904E;&#x53BB; 2 &#x5E74;&#x9593;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x59CB;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B; MDA&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3078;&#x306E;&#x5B9F;&#x7528;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3001;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3092;&#x5B8C;&#x4E86;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E; MDA &#x306E;&#x53CD;&#x5FDC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x6027;&#x304B;&#x3089;&#x7D50;&#x679C; &#39;&#x8907;&#x5408;&#39; &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x9069;&#x5207;&#x306A;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x6D6E;&#x4E0A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B3;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B9F;&#x9A13;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x898B;&#x306A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7D4C;&#x9A13;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30BB;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x3069;&#x3053;&#x512A;&#x5148;&#x76EE;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E; 70% &#x306F;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x4ECA;&#x3002;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F; MDA &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898B;&#x76F4;&#x3055;&#x6E96;&#x5099;&#x74B0;&#x5883;&#x8A66;&#x6599;, &#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x96E2;, DNA &#x5897;&#x5E45;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x5206;&#x6570;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x304A;&#x3088;&#x3073; DNA &#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x3002;

&#x74B0;&#x5883;&#x8A66;&#x6599;&#x304B;&#x3089;&#x5358;&#x4E00;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3002;

&#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB41C; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; [Lasken RS: &#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xAC8C;&#xB188; &#xC5F0;&#xC18D;. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xC124;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5F0;&#xC2B5;&#xC73C;&#xB85C; &#xD37C; &#xD305;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC804;&#xB7B5;&#xC5D0; &#xCD08;&#xC810;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC989;&#xAC01;&#xC801;&#xC778; &#xACB0;&#xACFC; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC804;&#xC81C; &#xC870;&#xAC74;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC30;&#xC591; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC2E0;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD55C;&#xB2E4;&#xB294; &#xC810;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7A8; &#xC591;&#xC758; DNA &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC11C;&#xC2DD; &#xD30C;&#xC77C; &#xC140; &#xC131;&#xC7A5;&#xD560; &#xD544;&#xC694;&#xAC00; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA) &#xC774;&#xB77C;&#xB294; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB85C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC140;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; DNA &#xC218; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xBB38;&#xD654; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAD11;&#xB300; &#xD55C; &#xC22B;&#xC790;&#xB97C; &#xACE0;&#xB824; &#xD558;&#xB294; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC5D0; &#xC5C4;&#xCCAD;&#xB09C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xD2B9;&#xBCC4; &#xD55C; &#xC811;&#xADFC; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB41C; DNA&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. MDA &#xD558;&#xC9C0; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC77C;&#xBD80; &#xC21C;&#xC11C; &#xC7AC;&#xBC30;&#xC5F4; DNA &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC18;&#xC751;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9C0;&#xB09C; 2 &#xB144; &#xB3D9;&#xC548; &#xB9CE;&#xC740; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC774; MDA&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC2E4;&#xC6A9;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD5C;&#xC801;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;, &#xC99D;&#xD3ED; &#xB41C; &#xC11C;&#xC2DD; &#xD30C;&#xC77C;&#xC758; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131; &#xBC0F; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC644;&#xB8CC; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; MDA &#xBC18;&#xC751; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xACB0;&#xD569;&#xC758; &#xD544;&#xC694;&#xC131;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#39;&#xBCF5;&#xD569;&#39; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC801;&#xC808; &#xD55C; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC2E0;&#xD765; &#xD569;&#xC758; &#xAC80;&#xD1A0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC120;&#xD638; &#xD558;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xBC29;&#xBC95; &#xAC04;&#xC8FC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xACBD;&#xD5D8;&#xC744; &#xBC14;&#xD0D5;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xD615; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC13C;&#xD130; &#xC5B4;&#xB514; &amp;gt; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 70%&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC885;&#xC885; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD55C; &#xC9C0;&#xAE08;. MDA, &#xD658;&#xACBD; &#xC0D8;&#xD50C;, &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xACA9;&#xB9AC;, DNA &#xC99D;&#xD3ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xBD84;&#xC218;&#xC758; &#xC900;&#xBE44;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC80;&#xD1A0; &#xD558; &#xACE0; DNA &#xC5F0;&#xC18D;.

&#xD658;&#xACBD; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

T&eacute;cnicas recientemente desarrolladas permiten la secuenciaci&oacute;n de ADN de las c&eacute;lulas microbianas [Lasken RS: secuenciaci&oacute;n unicelular usando la amplificaci&oacute;n m&uacute;ltiple de desplazamiento. Curr Opin Microbiol 2007, 10:510-516]. Aqu&iacute;, nos centramos en estrategias de investigaci&oacute;n para la puesta en pr&aacute;ctica en el entorno de laboratorio de estos m&eacute;todos. Una consecuencia inmediata de la secuencia unicelular es que proporciona una alternativa al cultivo de organismos como requisito previo para la secuenciaci&oacute;n. Las cantidades de microgramo de ADN necesaria como plantilla son amplificadas de una sola bacteria por un m&eacute;todo llamado amplificaci&oacute;n m&uacute;ltiple de desplazamiento (MDA) evitando la necesidad de cultivar c&eacute;lulas. La capacidad de secuencia de ADN de las c&eacute;lulas individuales probablemente tendr&aacute; un impacto inmenso en microbiolog&iacute;a, teniendo en cuenta el gran n&uacute;mero de organismos nuevos, que han sido inaccesibles, a menos que podr&iacute;an utilizarse m&eacute;todos de cultura-independiente. Sin embargo, enfoques especiales han sido necesarios para trabajar con ADN amplificado. MDA no puede recuperarse del genoma entero de la &uacute;nica copia presente en la mayor&iacute;a de las bacterias. Tambi&eacute;n, algunos cambios de secuencia pueden ocurrir durante la reacci&oacute;n de amplificaci&oacute;n de ADN. En los &uacute;ltimos dos a&ntilde;os, muchos grupos de investigaci&oacute;n han empezado a utilizar MDA, y se han desarrollado algunos enfoques pr&aacute;cticos para la secuencia unicelular. Repasamos el consenso que est&aacute; surgiendo en m&eacute;todos &oacute;ptima confiabilidad de plantilla amplificado y la interpretaci&oacute;n correcta de los genomas &#39;compuestos&#39; que se derivan de la necesidad de combinar datos de varias reacciones de MDA unicelular para completar el montaje. Preferido de m&eacute;todos de laboratorio se consideran sobre la base de la experiencia en varias grandes centros de secuenciaci&oacute;n donde &gt; 70% de los genomas ahora a menudo se recuperan de las c&eacute;lulas. M&eacute;todos son revisados para preparaci&oacute;n de fracciones bacterianas de muestras ambientales, unicelulares aislamiento, amplificaci&oacute;n del ADN por MDA y secuenciaci&oacute;n de ADN.

Secuenciaci&oacute;n de c&eacute;lulas microbianas de muestras ambientales.

Flux d&#39;accrue de glucose par la voie de polyols et le stress oxydatif qui en r&eacute;sulte est consid&eacute;r&eacute; comme un facteur majeur de m&eacute;caniste de complications microvasculaires du diab&egrave;te. L&#39;inhibition du flux &agrave; travers cette voie peut &ecirc;tre bloqu&eacute;e par l&#39;inhibition d&#39;un des 2 enzymes, aldose r&eacute;ductase (AR) ou la sorbitol d&eacute;shydrog&eacute;nase (SDH). Ce rapport d&eacute;crit la pharmacocin&eacute;tique, pharmacodynamique de biomarqueurs et de s&eacute;curit&eacute; du CP-642 931, inhibiteur puissant et sp&eacute;cifique de sorbitol d&eacute;shydrog&eacute;nase (SDI). CP-642 931 a &eacute;t&eacute; administr&eacute;e 57 volontaires sains &agrave; des doses allant de 1 &agrave; 35 mg par jour pendant 7 jours. Apr&egrave;s la dose de 35 mg, CP-642 931 a montr&eacute; un t((1/2)) de 20,1 heures et t (max) &agrave; 0,5 &agrave; 1,25 h. Apr&egrave;s qu&#39;une dose de 35 mg, une inhibition maximale de SDH &eacute;tait de 91 % (les jours 1 et 7) et augmentation de sorbitol s&eacute;rique maximale a &eacute;t&eacute; 152-fold au jour 7 par rapport au t&eacute;moin. Cinq participants ont abandonn&eacute; l&#39;&eacute;tude en raison d&#39;&eacute;v&eacute;nements ind&eacute;sirables, y compris la myalgie, spasmes musculaires et la fatigue musculaire. Tous les sympt&ocirc;mes r&eacute;solus dans tous sauf 1 participant, qui a continu&eacute; &agrave; signaler des fasciculations musculaires intermittente sur le suivi. En conclusion, CP-642 931 est un SDI puissant et sp&eacute;cifique qui est rapidement absorb&eacute; par voie orale et inhibe efficacement la SDH. Toutefois, le m&eacute;dicament n&#39;est pas bien tol&eacute;r&eacute; en raison des effets ind&eacute;sirables neuromusculaires.

Pharmacocin&eacute;tique, pharmacodynamique, tol&eacute;rabilit&eacute; et l&#39;innocuit&eacute; d&#39;un inhibiteur de d&eacute;shydrog&eacute;nase de sorbitol roman chez les participants en bonne sant&eacute;.

&#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x5143;&#x9187;&#x901A;&#x8DEF;&#x548C;&#x7531;&#x6B64;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x6C27;&#x5316;&#x5E94;&#x6FC0;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x8461;&#x8404;&#x7CD6;&#x901A;&#x88AB;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x662F;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5E76;&#x53D1;&#x75C7;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x673A;&#x68B0;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x9014;&#x5F84;&#x901A;&#x91CF;&#x7684;&#x6291;&#x5236;&#x4F5C;&#x7528;&#x53EF;&#x4EE5;&#x901A;&#x8FC7;&#x6291;&#x5236; 2 &#x9176;&#x3001; &#x919B;&#x7CD6;&#x8FD8;&#x539F;&#x9176; &#xFF08;AR&#xFF09; &#x6216;&#x5C71;&#x68A8;&#x9187;&#x8131;&#x6C22;&#x9176; (SDH) &#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x963B;&#x6B62;&#x3002;&#x672C;&#x62A5;&#x544A;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684;&#x836F;&#x4EE3;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x3001; &#x836F;&#x6548;&#x5B66;&#x3001; &#x751F;&#x7269;&#x6807;&#x5FD7;&#x7269;&#x548C; CP-642,931&#x3001; &#x70C8;&#x6027;&#x548C;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x5C71;&#x68A8;&#x9187;&#x8131;&#x6C22;&#x9176;&#x6291;&#x5236;&#x5242; (SDI) &#x7684;&#x5B89;&#x5168;&#x3002;CP-642,931 &#x7BA1;&#x7406; 7 &#x5929;&#x5230; 57 &#x5065;&#x5EB7;&#x5FD7;&#x613F;&#x8005;&#x4E2D;&#x4ECE; 1 &#x5230; 35 &#x6BEB;&#x514B;&#x6BCF;&#x65E5;&#x7684;&#x5242;&#x91CF;&#x3002;&#x540E; 35 &#x6BEB;&#x514B;&#x5242;&#x91CF;&#xFF0C;CP 642,931 &#x5728; 0.5 &#x81F3; 1.25 &#x5C0F;&#x65F6;&#x663E;&#x793A; t((1/2)) 20.1 &#x5C0F;&#x65F6;&#x548C; t(max)&#x3002;35 &#x6BEB;&#x514B;&#x5242;&#x91CF;&#xFF0C;&#x6700;&#x5927;&#x6291;&#x5236;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684; SDH &#x662F; 91%(&#x5929; 1 &#x548C; 7&#xFF09; &#x548C;&#x6700;&#x5927;&#x8840;&#x6E05;&#x5C71;&#x68A8;&#x7CD6;&#x9187;&#x589E;&#x52A0;&#x540E; 152-fold &#x7684;&#x7B2C; 7 &#x5929;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x63A7;&#x5236;&#x3002;&#x4E94;&#x540D;&#x4E0E;&#x4F1A;&#x8005;&#x4E2D;&#x6B62;&#x7531;&#x4E8E;&#x4E0D;&#x5229;&#x7684;&#x4E8B;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x808C;&#x8089;&#x75DB;&#x3001; &#x808C;&#x8089;&#x75C9;&#x631B;&#x3001; &#x808C;&#x8089;&#x75B2;&#x52B3;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x89E3;&#x51B3;&#x6240;&#x6709;&#x4F46; 1 &#x53C2;&#x4E0E;&#x8005;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x7EE7;&#x7EED;&#x62A5;&#x544A;&#x540E;&#x91C7;&#x53D6;&#x7684;&#x540E;&#x7EED;&#x884C;&#x52A8;&#x7684;&#x95F4;&#x6B47;&#x6027;&#x808C;&#x8089; fasciculations &#x4E2D;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x75C7;&#x72B6;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;CP 642,931 &#x662F;&#x70C8;&#x6027;&#x548C;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684; SDI &#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x53E3;&#x670D;&#x8FC5;&#x901F;&#x5438;&#x6536;&#xFF0C;&#x6709;&#x6548;&#x5730;&#x6291;&#x5236; SDH&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x836F;&#x7269;&#x662F;&#x4E0D;&#x80FD;&#x5F88;&#x597D;&#x5BB9;&#x5FCD;&#x7531;&#x4E8E;&#x795E;&#x7ECF;&#x808C;&#x8089;&#x7684;&#x4E0D;&#x5229;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

&#x836F;&#x4EE3;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x3001; &#x836F;&#x6548;&#x5B66;&#x3001; &#x8010;&#x53D7;&#x6027;&#x548C;&#x65B0;&#x578B;&#x5C71;&#x68A8;&#x9187;&#x8131;&#x6C22;&#x9176;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x5728;&#x5065;&#x5EB7;&#x53D7;&#x8BD5;&#x8005;&#x7684;&#x5B89;&#x5168;&#x3002;

Increased glucose flux through the polyol pathway and the resultant oxidative stress is thought to be a major mechanistic contributor to microvascular diabetic complications. Inhibition of flux through this pathway can be blocked through inhibition of either of 2 enzymes, aldose reductase (AR) or sorbitol dehydrogenase (SDH). This report describes the pharmacokinetics, biomarker pharmacodynamics, and safety of CP-642,931, a potent and specific sorbitol dehydrogenase inhibitor (SDI). CP-642,931 was administered for 7 days to 57 healthy volunteers in doses ranging from 1 to 35 mg daily. After the 35-mg dose, CP-642,931 showed a t((1/2)) of 20.1 hours and t(max) at 0.5 to 1.25 hours. After a 35-mg dose, maximum inhibition of SDH was 91% (on days 1 and 7), and maximum serum sorbitol increase was 152-fold on day 7 compared to control. Five participants discontinued the study due to adverse events, including myalgia, muscle spasm, and muscle fatigue. All symptoms resolved in all but 1 participant, who continued to report intermittent muscle fasciculations upon follow-up. In conclusion, CP-642,931 is a potent and specific SDI that is rapidly absorbed through the oral route and effectively inhibits SDH. However, the drug is not well tolerated due to adverse neuromuscular effects.

Pharmacokinetics, pharmacodynamics, tolerability, and safety of a novel sorbitol dehydrogenase inhibitor in healthy participants.

Erh&ouml;hte Glukose-Fluss durch den Polyol-Weg und die daraus resultierende oxidativem Stress ist vermutlich ein Hauptverursacher mechanistische mikrovaskul&auml;re Diabetische Komplikationen. Hemmung der Verrat durch diese Option kann durch Hemmung der entweder von 2 Enzymen, Aldose-Reduktase (AR) oder Sorbitdehydrogenase (SDH) blockiert werden. Dieser Bericht beschreibt die Pharmakokinetik und Pharmakodynamik Biomarker Sicherheit von CP-642.931, ein potenter und spezifische Sorbit-Dehydrogenase-Inhibitor (SDI). CP-642.931 wurde 57 gesunden Probanden in Dosen zwischen 1 und 35 mg t&auml;glich f&uuml;r 7 Tage verabreicht. Nach der 35-mg-Dosis zeigte CP-642.931 eine t((1/2)) von 20,1 Stunden und t(max) bei 0,5 bis 1,25 Stunden. Nach eine 35-mg-Dosis, maximale Hemmung der SDH 91 % (an den Tagen 1 und 7) und maximale Serum Sorbit Anstieg war war 152-fold bei Tag 7 Kontrolle gegen&uuml;ber. F&uuml;nf Teilnehmer stellte die Studie aufgrund unerw&uuml;nschter Ereignisse, einschlie&szlig;lich Myalgie, Muskelkr&auml;mpfe und Muskelerm&uuml;dung. Alle Symptome, die aufgel&ouml;st in allen au&szlig;er 1 Teilnehmer, die weiterhin intermittierendes Muskel Faszikulationen nach Follow-up zu melden. CP-642.931 ist ein potenter und spezifische SDI, das durch orale schnell aufgenommen und wirksam hemmt SDH. Allerdings ist das Medikament aufgrund neuromuskul&auml;rer Nebenwirkungen nicht gut vertragen.

Pharmakokinetik, Pharmakodynamik, Vertr&auml;glichkeit und Sicherheit eine neuartige Sorbit-Dehydrogenase-Inhibitor in gesunde Teilnehmer.

Glucosio aumentato flusso attraverso il pathway di poliolo e lo stress ossidativo risulta &egrave; pensato per essere un contributore importante meccanicistico di complicazioni diabetiche microvascolari. Inibizione del flusso attraverso questo percorso pu&ograve; essere bloccato attraverso l&#39;inibizione di uno dei 2 enzimi, riduttasi dell&#39;aldoso della (AR) o deidrogenasi del sorbitolo (SDH). Questo rapporto descrive la farmacocinetica, farmacodinamica biomarker e sicurezza di CP-642.931, un inibitore di deidrogenasi del sorbitolo potente e specifico (SDI). CP-642.931 &egrave; stato somministrato per 7 giorni a volontari sani 57 in dosi che vanno da 1 a 35 mg al giorno. Dopo la dose di 35 mg, CP-642.931 ha mostrato un t((1/2)) di 20,1 ore e t(max) a 0,5 a 1.25 ore. Dopo una dose di 35 mg, inibizione massima di SDH era 91% (nei giorni 1 e 7) e aumento di siero massimo sorbitolo &egrave; stato 152-fold il giorno 7 rispetto al controllo. Cinque partecipanti interrotto lo studio a causa di eventi avversi, tra cui mialgia, spasmi muscolari e affaticamento muscolare. Tutti i sintomi risolti in tutti, ma 1 partecipante, che ha continuato a segnalare fascicolazioni muscolari intermittenti su follow-up. In conclusione, CP-642.931 &egrave; un potente e specifico SDI che &egrave; rapidamente assorbito attraverso la via orale e inibisce efficacemente SDH. Tuttavia, il farmaco non &egrave; ben tollerato a causa di effetti avversi neuromuscolari.

Farmacocinetica, farmacodinamica, tollerabilit&agrave; e la sicurezza di un inibitore di romanzo sorbitolo deidrogenasi in partecipanti sani.

&#x30DD;&#x30EA;&#x30AA;&#x30FC;&#x30EB;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3068;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x9178;&#x5316;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x6D41;&#x306B;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x6A5F;&#x68B0;&#x7684;&#x306A;&#x8CA2;&#x732E;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x306E;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x306E;&#x5408;&#x4F75;&#x75C7;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x901A;&#x308B;&#x6D41;&#x675F;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x306F; 2 &#x9175;&#x7D20;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C9;&#x30FC;&#x30B9;&#x9084;&#x5143;&#x9175;&#x7D20; (AR) &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30BD;&#x30EB;&#x30D3;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB;&#x8131;&#x6C34;&#x7D20;&#x9175;&#x7D20; (SDH) &#x306E;&#x3069;&#x3061;&#x3089;&#x304B;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;CP-642,931&#x3001;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30BD;&#x30EB;&#x30D3;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB;&#x8131;&#x6C34;&#x7D20;&#x9175;&#x7D20;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264; (SDI) &#x306E;&#x5B89;&#x5168;&#x6027;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA; &#x30DE;&#x30FC;&#x30AB;&#x30FC;&#x306E;&#x85AC;&#x529B;&#x5B66;&#x3001;&#x85AC;&#x7269;&#x52D5;&#x614B;&#x3092;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;CP 642,931 7 &#x65E5;&#x9593; 57 &#x306E;&#x5065;&#x5EB7;&#x306A;&#x30DC;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30A2; 1 35 mg &#x306B;&#x6BCE;&#x65E5;&#x81F3;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x7528;&#x91CF;&#x3067;&#x6295;&#x4E0E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;35 Mg &#x6295;&#x4E0E;&#x5F8C; CP 642,931 &#x306F; 0.5 &#x304B;&#x3089; 1.25 &#x6642;&#x9593;&#x3067; 20.1 &#x6642;&#x9593;&#x3068; t(max) &#x306E; t((1/2)) &#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;35 Mg &#x306E;&#x7528;&#x91CF;&#x3001;SDH &#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x306F; 91 &#xFF05; &#xFF08;&#x65E5; 1 &#x3068; 7&#xFF09; &#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x4E0A;&#x3001;&#x6700;&#x5927;&#x8840;&#x6E05;&#x30BD;&#x30EB;&#x30D3;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C; 152-fold &#x5F53;&#x65E5; 7 &#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;5 &#x53C2;&#x52A0;&#x8005;&#x7814;&#x7A76;&#x7B4B;&#x8089;&#x75DB;&#x3001;&#x7B4B;&#x8089;&#x306E;&#x3051;&#x3044;&#x308C;&#x3093;&#x7B4B;&#x8089;&#x75B2;&#x52B4;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x6709;&#x5BB3;&#x4E8B;&#x8C61;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x4E2D;&#x6B62;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x75C7;&#x72B6;&#x306F;&#x3001;&#x65AD;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x7B4B; fasciculations &#x30D5;&#x30A9;&#x30ED;&#x30FC; &#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x6642;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3092;&#x7D9A;&#x3051;&#x305F; 1 &#x53C2;&#x52A0;&#x8005;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3002;&#x7D50;&#x8AD6;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306F;&#x3001;CP 642,931 &#x306F;&#x53E3;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x5438;&#x53CE;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B; SDH &#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E; SDI &#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x85AC;&#x5264;&#x526F;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x795E;&#x7D4C;&#x7B4B;&#x3088;&#x304F;&#x5BB9;&#x8A8D;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#x85AC;&#x7269;&#x52D5;&#x614B;&#x3001;&#x85AC;&#x529B;&#x5B66;&#x3001;&#x5FCD;&#x5BB9;&#x6027;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5B89;&#x5168;&#x3067;&#x5065;&#x5EB7;&#x7684;&#x306A;&#x53C2;&#x52A0;&#x8005;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x30BD;&#x30EB;&#x30D3;&#x30C8;&#x30FC;&#x30EB;&#x8131;&#x6C34;&#x7D20;&#x9175;&#x7D20;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306E;&#x3002;

&#xD3F4;&#xB9AC;&#xC62C; &#xD1B5;&#xB85C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0B0;&#xD654; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC99D;&#xAC00; &#xB41C; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD50C;&#xB7ED;&#xC2A4; microvascular &#xB2F9;&#xB1E8; &#xD569;&#xBCD1;&#xC99D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC8FC;&#xC694; &#xAE30;&#xACC4; &#xAE30;&#xC5EC; &#xC0DD;&#xAC01; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD1B5;&#xB85C; &#xD1B5;&#xD574; &#xD50C;&#xB7ED;&#xC2A4;&#xC758; &#xC800;&#xD574; aldose reductase (AR) &#xB610;&#xB294; sorbitol &#xD6A8;&#xC18C; (SDH) 2 &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xC5B5;&#xC81C;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xB9C9;&#xD790; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C; pharmacokinetics biomarker pharmacodynamics &#xBC0F; CP-642,931, &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xACE0; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC778; sorbitol &#xD6A8;&#xC18C; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; (SDI)&#xC758; &#xC548;&#xC804;&#xC5D0; &#xC124;&#xBA85;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. CP 642,931 &#xBCF5;&#xC6A9;&#xB7C9; &#xB9E4;&#xC77C; 35 m g 1&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; 57 &#xAC74;&#xAC15; &#xD55C; &#xC790;&#xC6D0; &#xBD09;&#xC0AC;&#xC790;&#xB97C; 7 &#xC77C; &#xB3D9;&#xC548; &#xD22C;&#xC5EC;. 35 Mg &#xBCF5;&#xC6A9;&#xB7C9; &#xD6C4; CP 642,931 0.5 1.25 &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; 20.1 &#xC2DC;&#xAC04; &#xBC0F; t(max) t((1/2))&#xB97C; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. 35 Mg &#xBCF5;&#xC6A9;&#xB7C9;, SDH&#xC758; &#xCD5C;&#xB300; &#xC800;&#xD574;&#xB294; 91% (1, 7), &#xC77C;&#xC5D0; &#xCD5C;&#xB300; &#xD608; &#xCCAD; sorbitol &#xC99D;&#xAC00; &#xD6C4; &#xC81C;&#xC5B4;&#xB97C; 152-fold&#xC5D0; &#xD558;&#xB8E8; 7 &#xBE44;&#xAD50; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. 5 &#xCC38;&#xAC00;&#xC790; &#xBD80;&#xC791;&#xC6A9;, &#xADFC;&#xC721; &#xD1B5;, &#xADFC;&#xC721; &#xACBD;&#xB828;, &#xADFC;&#xC721; &#xD53C;&#xB85C; &#xB4F1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC911;&#xB2E8;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC99D;&#xC0C1;&#xC744; &#xC81C;&#xC678; &#xD558;&#xBA74; &#xCD94;&#xAC00; &#xC791;&#xC5C5; &#xC2DC; &#xAC04;&#xD5D0;&#xC801;&#xC778; &#xADFC;&#xC721; fasciculations &#xBCF4;&#xACE0; &#xACC4;&#xC18D; 1 &#xCC38;&#xAC00;&#xC790; &#xD574;&#xACB0;. &#xB05D;&#xC73C;&#xB85C;, CP 642,931&#xC740; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xACE0; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC778; SDI &#xAD6C;&#xAC15; &#xACBD;&#xB85C; &#xD1B5;&#xD574; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xD761;&#xC218; &#xB418;&#xBA70; SDH&#xB97C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC57D;&#xBB3C; &#xBD80;&#xC791;&#xC6A9; &#xC2E0;&#xACBD; &#xADFC;&#xC721; &#xD559;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xC798; &#xC6A9;&#xB0A9; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Pharmacokinetics, pharmacodynamics, &#xB0B4;&#xC131;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAC74;&#xAC15; &#xD55C; &#xCC38;&#xAC00;&#xC790;&#xC758; &#xC18C;&#xC124; sorbitol &#xD6A8;&#xC18C; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C;&#xC758; &#xC548;&#xC804;.

Flujo creciente de la glucosa a trav&eacute;s de la v&iacute;a del poliol y el estr&eacute;s oxidativo resultante se cree que es un importante aporte mecanicista a complicaciones diab&eacute;ticas microvasculares. Inhibici&oacute;n del flujo a trav&eacute;s de esta v&iacute;a puede ser bloqueada mediante la inhibici&oacute;n de cualquiera de los 2 enzimas aldosa reductasa (AR) o sorbitol deshidrogenasa (SDH). Este informe describe la seguridad de CP-642.931, un inhibidor potente y espec&iacute;fico de sorbitol de la deshidrogenasa (SDI), farmacocin&eacute;tica y farmacodin&aacute;mica de biomarcadores. CP-642.931 se administr&oacute; a 57 voluntarios sanos en dosis que van desde 1 hasta 35 mg diariamente durante 7 d&iacute;as. Despu&eacute;s de la dosis de 35 mg, CP-642.931 demostr&oacute; una t((1/2)) de 20,1 horas y externo a 0,5 a 1,25 horas. Despu&eacute;s de una dosis de 35 mg, m&aacute;xima inhibici&oacute;n del SADO fue 91% (los d&iacute;as 1 y 7) y aumento del sorbitol m&aacute;ximo suero 152-fold en el d&iacute;a 7 se compar&oacute; al control. Cinco participantes suspendi&oacute; el estudio debido a eventos adversos, incluida la mialgia, espasmo muscular y fatiga muscular. Todos los s&iacute;ntomas resueltos en todos sino 1 participante, que contin&uacute;a las fasciculaciones musculares intermitentes sobre seguimiento de informe. En conclusi&oacute;n, CP-642.931 es un SDI potente y espec&iacute;fico que se absorbe r&aacute;pidamente por v&iacute;a oral e inhibe eficazmente SDH. Sin embargo, la droga no es bien tolerada debido a efectos adversos neuromusculares.

Farmacocin&eacute;tica, farmacodinamia, tolerabilidad y seguridad de un inhibidor de novela sorbitol deshidrogenasa en participantes sanos.

Intero genoma amplificazione e sequenziamento delle singole cellule microbiche ha significativamente influenzato genomica ed ecologia microbica agevolando il recupero diretto dei dati del genoma di riferimento. Tuttavia, genomica virale continua a soffrire a causa delle difficolt&agrave; relative all&#39;isolamento e caratterizzazione dei virus incolto. Abbiamo relazione qui su un nuovo approccio, chiamato &#39;Singolo Virus genomica&#39;, che ha permesso l&#39;isolamento e completare il sequenziamento del genoma della prima particella singolo virus. Un assemblaggio misto composto da due virus conosciuti; E. coli batteriofagi lambda e T4, furono ordinati utilizzando metodi cytometric di flusso e successivamente immobilizzato in una matrice di agarosio. Amplificazione del genoma &egrave; stato poi raggiunto in situ tramite amplificazione multipla di cilindrata (MDA). Il genoma del fago lambda completo &egrave; stato recuperato con una profondit&agrave; media di copertura di circa 437 X. Il sequenziamento isolamento e del genoma del virus incolto mediante approcci di genomica Virus singolo permetter&agrave; ai ricercatori di domande di indirizzo sulla diversit&agrave; virale, evoluzione, adattamento ed ecologia che erano precedentemente irraggiungibile.

Singolo virus genomica: un nuovo strumento per la scoperta del virus.

&#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC21C;&#xC11C;&#xB294; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xD559;&#xC744; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC9C1;&#xC811; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xB97C; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD558; &#xC5EC; &#xC88C;&#xC6B0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6C0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xACE0;&#xD1B5;&#xC744; &#xACC4;&#xC18D; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC5EC;&#xAE30; &#xB77C;&#xB294; &#39; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#39;, &#xC808;&#xC5F0;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD558; &#xACE0; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC644;&#xB8CC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xD63C;&#xD569;&#xB41C; &#xC870;&#xB9BD; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; bacteriophages &#xB78C;&#xB2E4; &#xBC0F; T4, &#xD750;&#xB984; cytometric &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xD6C4;&#xC5D0; agarose &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB9AD;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC77C; &#xC218; &#xC815;&#xB82C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA)&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD604;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2EC;&#xC131; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xB78C;&#xB2E4; &#xD30C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC57D; 437 X&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xC758; &#xD3C9;&#xADE0; &#xAE4A;&#xC774; &#xD568;&#xAED8; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC790;&#xC5D0; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB2EC;&#xC131; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;, &#xC9C4;&#xD654;, &#xC801;&#xC751; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC18C;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xB41C;&#xB2E4;.

&#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2F1;&#xAE00;: &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB3C4;&#xAD6C;.

&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x56DE;&#x53CE;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x5358;&#x96E2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7279;&#x6027;&#x8A55;&#x4FA1;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x56F0;&#x96E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x82E6;&#x3057;&#x3080;&#x3057;&#x7D9A;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305A;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3057;&#x3066; &#x26;quot;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x26;quot;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x3002; 2&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x6DF7;&#x5408;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3001;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x3068;T4&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x30A2;&#x30AC;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B9;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5897;&#x5E45;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#xFF08;MDA&#xFF09;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x306E;&#x5834;&#x3067;&#x9054;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30E9;&#x30E0;&#x30C0;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x7D04;437X&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x6DF1;&#x3055;&#x3067;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x672A;&#x958B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306F;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x9054;&#x6210;&#x4E0D;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3001;&#x9032;&#x5316;&#x3001;&#x9069;&#x5FDC;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x8CEA;&#x554F;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5355;&#x4E2A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5927;&#x5927;&#x5F71;&#x54CD;&#x4E86;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4E0E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x901A;&#x8FC7;&#x4FBF;&#x5229;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x76F4;&#x63A5;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7EE7;&#x7EED;&#x906D;&#x53D7;&#x56F0;&#x96BE;&#x7684;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x8868;&#x5F81;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x62A5;&#x544A;&#x79F0;&#x4E3A;&#x5355;&#x5C31; &#39; &#x4E00;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0; &#39;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5B8C;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x5355;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x3002;&#x6DF7;&#x5408;&#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#xFF0C;&#x7531;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2; &#xFF1B;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53; lambda &#x548C; T4&#x3001; &#x8FDB;&#x884C;&#x6392;&#x5E8F;&#x4F7F;&#x7528;&#x6D41;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x672F;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;&#x743C;&#x8102;&#x7CD6;&#x77E9;&#x9635;&#x4E2D;&#x3002;&#x7136;&#x540E;&#x53D6;&#x5F97;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x4E86;&#x539F;&#x4F4D;&#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927; (MDA)&#x3002;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; lambda &#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x7387;&#x7EA6; 437 X &#x5E73;&#x5747;&#x6C34;&#x6DF1;&#x6536;&#x56DE;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5355;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5C06;&#x542F;&#x7528;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x9065;&#x4E0D;&#x53EF;&#x53CA;&#x7684;&#x5904;&#x7406;&#x95EE;&#x9898;&#x6709;&#x5173;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3001; &#x8FDB;&#x5316;&#x3001; &#x9002;&#x5E94;&#x548C;&#x751F;&#x6001;&#x5B66;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x5458;&#x3002;

&#x5355;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;: &#x75C5;&#x6BD2;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x65B0;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells has significantly influenced genomics and microbial ecology by facilitating direct recovery of reference genome data. However, viral genomics continues to suffer due to difficulties related to the isolation and characterization of uncultivated viruses. We report here on a new approach called 'Single Virus Genomics', which enabled the isolation and complete genome sequencing of the first single virus particle. A mixed assemblage comprised of two known viruses; E. coli bacteriophages lambda and T4, were sorted using flow cytometric methods and subsequently immobilized in an agarose matrix. Genome amplification was then achieved in situ via multiple displacement amplification (MDA). The complete lambda phage genome was recovered with an average depth of coverage of approximately 437X. The isolation and genome sequencing of uncultivated viruses using Single Virus Genomics approaches will enable researchers to address questions about viral diversity, evolution, adaptation and ecology that were previously unattainable.

Single virus genomics: a new tool for virus discovery.

D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome entier et le s&#xE9;quen&#xE7;age des cellules microbiennes simples a fortement influenc&#xE9; l&#x26;#39;&#xE9;cologie microbienne et la g&#xE9;nomique en facilitant la r&#xE9;cup&#xE9;ration directe des donn&#xE9;es du g&#xE9;nome de r&#xE9;f&#xE9;rence. Toutefois, la g&#xE9;nomique viral continue de souffrir en raison de difficult&#xE9;s li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;isolement et la caract&#xE9;risation des virus incultes. Nous rapportons ici une nouvelle approche appel&#xE9;e &#xAB;g&#xE9;nomique de virus unique&#xBB;, ce qui a permis l&#x26;#39;isolement et le s&#xE9;quen&#xE7;age complet du g&#xE9;nome de la particule virale premier single. Un assemblage mixte compos&#xE9; de deux virus connus; E. coli bact&#xE9;riophages lambda et T4, ont &#xE9;t&#xE9; tri&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;aide des m&#xE9;thodes de cytom&#xE9;trie en flux et par la suite immobilis&#xE9; dans une matrice d&#x26;#39;agarose. D&#x26;#39;amplification du g&#xE9;nome a ensuite &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;alis&#xE9;e in situ par l&#x26;#39;amplification par d&#xE9;placement multiple (MDA). Le phage lambda compl&#xE8;te du g&#xE9;nome a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cup&#xE9;r&#xE9; avec une profondeur moyenne de la couverture d&#x26;#39;environ 437X. L&#x26;#39;isolement et s&#xE9;quen&#xE7;age du g&#xE9;nome de virus incultes en utilisant des approches de g&#xE9;nomique de virus unique permettra aux chercheurs de r&#xE9;pondre aux questions sur la diversit&#xE9; virale, l&#x26;#39;&#xE9;volution, l&#x26;#39;adaptation et de l&#x26;#39;&#xE9;cologie qui &#xE9;taient auparavant inaccessibles.

G&#xE9;nomique seul virus: un nouvel outil pour le virus de la d&#xE9;couverte

Whole Genome Amplifikation und Sequenzierung des mikrobiellen Einzelzellen hat ma&szlig;geblich beeinflusst Genomics und Mikrobielle &Ouml;kologie durch direkte Wiederherstellung des Genoms Referenzdaten zu erleichtern. Virale Genomics weiterhin jedoch wegen der Schwierigkeiten, die Isolierung und Charakterisierung von Wildpflanze Viren zu leiden. Wir berichten hier &uuml;ber einen neuen Ansatz namens &#39;Einzigen Virus Genomics&#39;, die die Isolation aktiviert und Sequenzierung des Genoms von den ersten einzelnen Virus-Partikel. Eine gemischte Gef&uuml;ge, bestehend aus zwei bekannten Viren; E. Coli Bakteriophagen Lambda und T4, wurden sortiert, mit flie&szlig;en Cytometric Methoden und anschlie&szlig;end in eine Agarose-Matrix immobilisiert. Genom-Verst&auml;rkung wurde dann an Ort und Stelle &uuml;ber mehrere Verschiebung Verst&auml;rkung (MDA) erreicht. Das komplette Lambda Phage Genom wurde mit einer durchschnittlichen Tiefe von Berichterstattung &uuml;ber ca. 437 X wiederhergestellt. Die Isolation und Genom-Sequenzierung Wildpflanze Virenarten, die einzigen Virus Genomics Ans&auml;tze k&ouml;nnen Forscher Fragen &uuml;ber virale Vielfalt, Entwicklung, Anpassung und &Ouml;kologie, die bisher unerreichbar waren.

Einzelzimmer Virus Genomics: ein neues Tool f&uuml;r Virus-Entdeckung.

Amplificaci&#xF3;n del genoma entero y la secuencia de las c&#xE9;lulas microbianas individuales ha influido significativamente en la ecolog&#xED;a microbiana y la gen&#xF3;mica, al facilitar la recuperaci&#xF3;n directa de datos del genoma de referencia. Sin embargo, la gen&#xF3;mica viral contin&#xFA;a sufriendo debido a las dificultades relacionadas con el aislamiento y la caracterizaci&#xF3;n de los virus no cultivadas. Presentamos aqu&#xED; un nuevo enfoque llamado &#x26;#39;Gen&#xF3;mica solo virus &#x26;quot;, lo que permiti&#xF3; el aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n completa del genoma de la part&#xED;cula del virus primer single. Un conjunto mixto compuesto por dos virus conocidos; bacteri&#xF3;fagos lambda de E. coli y T4, se ordena utilizando m&#xE9;todos de citometr&#xED;a de flujo y, posteriormente, inmovilizado en una matriz de agarosa. Genoma amplificaci&#xF3;n se logr&#xF3; luego in situ a trav&#xE9;s de la amplificaci&#xF3;n de desplazamiento m&#xFA;ltiple (MDA). El genoma del fago lambda completa se recuper&#xF3; con una profundidad promedio de cobertura de aproximadamente el 437X. El aislamiento y la secuenciaci&#xF3;n del genoma de los virus cultivados con m&#xE9;todos simples de virus Gen&#xF3;mica permitir&#xE1; a los investigadores para hacer frente a preguntas acerca de la diversidad viral, la evoluci&#xF3;n, la adaptaci&#xF3;n y la ecolog&#xED;a que antes eran inalcanzables.

Gen&#xF3;mica individuales de virus: &#xBF;una nueva herramienta para el virus de Descubrimiento

&#x4ECE;&#x8FDC;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC4;&#x5408;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x4E25;&#x91CD;&#x9650;&#x5236;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x7D22;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x5206;&#x6790;&#x88AB;&#x63D0;&#x4EA4;&#x4ECE; 6 000 &#x7C73;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x5185;&#x6CE2;&#x591A;&#x9ECE;&#x5404;&#x6D77;&#x6C9F; (PRT) hadopelagic &#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; 454-&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x3002;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 145 Mbp &#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x4ECE;&#x9A6C;&#x5C3E;&#x85FB;&#x6D77;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42;&#x6DF1;&#x6D77; metagenomes &#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4EE3;&#x8868;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6C34;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x76F8;&#x6BD4;&#x3002;&#x5728;&#x4E00;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6DF1; metagenomes &#x663E;&#x793A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8D8B;&#x52BF;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6700;&#x88AB;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x767D;&#x9886;&#x3001; &#x5305;&#x62EC;&#x6D53;&#x7F29;&#x4E3A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5206;&#x91CF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x4EFB;&#x804C;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x5305;&#x62EC;&#x5916;&#x819C;&#x5B54;&#x3001; &#x591A;&#x6837;&#x7684;&#x9633;&#x79BB;&#x5B50;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x548C;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE3;&#x8C22;&#x8FC7;&#x7A0B;&#xFF0C;&#x5982; butanoate&#x3001; &#x4E59;&#x919B;&#x9178;&#x548C;&#x4E8C;&#x7FA7;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5F88;&#x76F8;&#x914D;&#x7684; di &#x548C;&#x4E09;&#x7FA7;&#x9178;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;Sulfatases &#x786B;&#x9178;&#x591A;&#x7CD6;&#x964D;&#x89E3;&#x51FA;&#x5947;&#x9AD8;&#x4E30;&#x5EA6;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x4E5F;&#x5728;&#x573A;&#x3002;&#x7231;&#x4E50;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x6700;&#x620F;&#x5267;&#x5316;&#x987A;&#x5E94;&#x6027;&#x7279;&#x70B9;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x8010;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3001; &#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x672C;&#x4E3A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x642C;&#x8FC1;&#x5927;&#x6279;&#x6240;&#x793A;&#x3002;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x8865;&#x5145;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5355;&#x4E00;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6280;&#x672F;&#x88AB;&#x7528;&#x4E8E;&#x4ECE;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x95E8;&#x5185;&#x7231;&#x4E50;&#x3001; Alphaproteobacteria&#x3001; Gammaproteobacteria&#x3001; Bacteroidetes &#x548C; Planctomycetes &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4ECE;&#x56DB;&#x8352;&#x5730;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4E3A;&#x8BB8;&#x591A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5927;&#x91CF;&#x62DB;&#x8058;&#x76F8;&#x6BD4; 172 &#x53EF;&#x7528;&#x5F15;&#x7528;&#x6D77;&#x6D0B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; PRT metagenomic &#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x591A;&#x65B9;&#x9762;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x65B0;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x5230;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x72EC;&#x7279;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x4ECE;&#x4E0A;&#x9762;&#x66F4;&#x6709;&#x6210;&#x6548;&#x9633;&#x5149;&#x666E;&#x7167;&#x533A;&#x57DF;&#x5C45;&#x4F4F;&#x5728;&#x8FDC;&#x8FDC;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x5C42;&#x5C42;&#x5220;&#x9664;&#x3002;

&#x6DF1;&#x5165;&#xFF1A; &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; hadopelagic &#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;

The paucity of sequence data from pelagic deep-ocean microbial assemblages has severely restricted molecular exploration of the largest biome on Earth. In this study, an analysis is presented of a large-scale 454-pyrosequencing metagenomic dataset from a hadopelagic environment from 6,000 m depth within the Puerto Rico Trench (PRT). A total of 145 Mbp of assembled sequence data was generated and compared to two pelagic deep ocean metagenomes and two representative surface seawater datasets from the Sargasso Sea. In a number of instances, all three deep metagenomes displayed similar trends, but were most magnified in the PRT, including enrichment in functions for two-component signal transduction mechanisms and transcriptional regulation. Overrepresented transporters in the PRT metagenome included outer membrane porins, diverse cation transporters, and di- and tri-carboxylate transporters that matched well with the prevailing catabolic processes such as butanoate, glyoxylate and dicarboxylate metabolism. A surprisingly high abundance of sulfatases for the degradation of sulfated polysaccharides were also present in the PRT. The most dramatic adaptational feature of the PRT microbes appears to be heavy metal resistance, as reflected in the large numbers of transporters present for their removal. As a complement to the metagenome approach, single-cell genomic techniques were utilized to generate partial whole-genome sequence data from four uncultivated cells from members of the dominant phyla within the PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes and Planctomycetes. The single-cell sequence data provided genomic context for many of the highly abundant functional attributes identified from the PRT metagenome, as well as recruiting heavily the PRT metagenomic sequence data compared to 172 available reference marine genomes. Through these multifaceted sequence approaches, new insights have been provided into the unique functional attributes present in microbes residing in a deeper layer of the ocean far removed from the more productive sun-drenched zones above.

Going deeper: metagenome of a hadopelagic microbial community.

La raret&#xE9; des donn&#xE9;es sur les s&#xE9;quences de p&#xE9;lagiques assemblages microbiens profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an a s&#xE9;v&#xE8;rement restreint l&#x26;#39;exploration mol&#xE9;culaire de la plus vaste biome sur la Terre. Dans cette &#xE9;tude, une analyse est pr&#xE9;sent&#xE9;e d&#x26;#39;une grande &#xE9;chelle 454-pyros&#xE9;quen&#xE7;age donn&#xE9;es m&#xE9;tag&#xE9;nomique d&#x26;#39;un environnement hadopelagic de 6.000 m de profondeur dans la fosse de Porto Rico (PRT). Un total de 145 Mbp de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences assembl&#xE9;es a &#xE9;t&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; et par rapport &#xE0; deux p&#xE9;lagiques oc&#xE9;aniques profonds et m&#xE9;tag&#xE9;nomes deux ensembles de donn&#xE9;es repr&#xE9;sentatives de surface d&#x26;#39;eau de mer de la mer des Sargasses. Dans un certain nombre de cas, tous les trois m&#xE9;tag&#xE9;nomes profondes affich&#xE9; des tendances similaires, mais ont &#xE9;t&#xE9; les plus amplifi&#xE9;s dans l&#x26;#39;EPR, y compris l&#x26;#39;enrichissement des fonctions de deux composants m&#xE9;canismes de transduction du signal et r&#xE9;gulation de la transcription. Transporteurs surrepr&#xE9;sent&#xE9;s dans le m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR inclus porines la membrane externe, les transporteurs de cations divers, et di-et tri-carboxylates transporteurs qui correspondent bien avec les processus en vigueur cataboliques comme un m&#xE9;tabolisme butanoate, glyoxylate et dicarboxylate. Une abondance &#xE9;tonnamment &#xE9;lev&#xE9; de sulfatases de la d&#xE9;gradation des polysaccharides sulfat&#xE9;s &#xE9;taient &#xE9;galement pr&#xE9;sents dans l&#x26;#39;EPR. La caract&#xE9;ristique la plus spectaculaire d&#x26;#39;adaptation de l&#x26;#39;EPR aux microbes semble r&#xE9;sistance aux m&#xE9;taux lourds, comme en t&#xE9;moigne le grand nombre de transporteurs pr&#xE9;sents pour leur suppression. En compl&#xE9;ment &#xE0; l&#x26;#39;approche m&#xE9;tag&#xE9;nome, des techniques de g&#xE9;nomique unicellulaires ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s pour g&#xE9;n&#xE9;rer des donn&#xE9;es partielles de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome entier de quatre cellules non cultiv&#xE9;es par les membres du phylums dominante au sein de l&#x26;#39;EPR, Alphaproteobacteria, les Gammaproteobacteria, les Bacteroidetes et Planctomyc&#xE8;tes. Les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence unique de cellules fourni un contexte g&#xE9;nomique pour la plupart des attributs tr&#xE8;s abondants fonctionnels identifi&#xE9;s &#xE0; partir du m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR, ainsi que le recrutement largement les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence PRT m&#xE9;tag&#xE9;nomiques par rapport &#xE0; 172 disponibles g&#xE9;nomes marins de r&#xE9;f&#xE9;rence. Gr&#xE2;ce &#xE0; ces approches multiples de s&#xE9;quences, de nouvelles id&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; fournis dans les attributs uniques fonctionnels pr&#xE9;sents dans les microbes vivant dans une couche plus profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an loin des plus productives ensoleill&#xE9;es zones ci-dessus.

Approfondir: M&#xE9;tag&#xE9;nome d&#x26;#39;une communaut&#xE9; microbienne Hadopelagic

Der Mangel an Sequenzdaten aus pelagische Deep Ocean mikrobielle Assemblagen hat Molekulare Erforschung der gr&ouml;&szlig;ten BioM auf der Erde stark eingeschr&auml;nkt. In dieser Studie ist eine Analyse eines gro&szlig; angelegten 454-Pyrosequencing durchgef&uuml;hrte metagenomische DataSet aus einer Hadopelagic Umgebung aus 6.000 m Tiefe innerhalb der Puerto-Rico-Graben (PRT) dargestellt. Insgesamt 145 Mbp montierten Sequenz Daten wurde generiert und im Vergleich zu zwei pelagische tiefen Ozean Metagenomes und zwei repr&auml;sentative Oberfl&auml;che Meerwasser-Datens&auml;tze aus der Sargassosee. In einigen F&auml;llen alle drei tiefe Metagenomes angezeigt &auml;hnliche Tendenzen, aber waren am meisten in der PRT, einschlie&szlig;lich der Anreicherung in Funktionen f&uuml;r zwei-Komponenten-Signaltransduktion Mechanismen und transkriptionelle Regulation vergr&ouml;&szlig;ert. &Uuml;berrepr&auml;sentiert Transporteure in der PRT-Metagenome enthalten Au&szlig;enmembran Porins, diverse kation Transporter und di - und Tri-carboxylat-Transporter, die gut mit den vorherrschenden katabolischen Prozessen wie Butanoate, Glyoxylat und Dicarboxylate Stoffwechsel abgestimmt. Eine &uuml;berraschend hohe F&uuml;lle von Sulfatasen beim Abbau des sulfatierten Polysaccharide waren auch in der PRT. Das dramatischste passungslehrg&auml;nge an die PRT-Mikroben scheint Heavy-Metal-Widerstand, wie Sie sich in die gro&szlig;e Zahl der Transporter f&uuml;r ihren Umzug. Als Erg&auml;nzung zu den Metagenome Ansatz wurden einzelne Zelle genomische Techniken genutzt, um ganze-Genom Teilsequenz Daten aus vier Wildpflanze Zellen von Mitgliedern der dominanten St&auml;mme im PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroides und Planctomyceten zu generieren. Die einzelne Zelle Sequenzdaten vorgesehenen viele sehr reichlich funktionelle Attribute aus der PRT-Metagenome identifiziert, sowie die Rekrutierung stark metagenomic PRT-Sequenzdaten, die im Vergleich zu 172 verf&uuml;gbaren Referenz marine Genome genomische Kontext. Durch diese vielf&auml;ltigen Sequenz-Ans&auml;tze wurden neue Erkenntnisse vorausgesetzt in die einzigartige funktionelle Attribute im Mikroben wohnten in einer tieferen Schicht des Ozeans weit produktiveren sonnenreichen Zonen oben entfernt.

Tiefer: Metagenome einer mikrobiellen Gemeinschaft von Hadopelagic.

La scarsit&agrave; di dati di sequenza da pelagici deep ocean microbial assemblages ha gravemente limitata esplorazione molecolare del bioma pi&ugrave; grande sulla terra. In questo studio, viene presentata un&#39;analisi di un dataset metagenomica pyrosequencing 454 su larga scala da un ambiente hadopelagic da 6.000 m di profondit&agrave; all&#39;interno della trincea Puerto Rico (PRT). Un totale di 145 Mbp di dati di sequenza montata &egrave; stato generato e rispetto a due metagenomica pelagici profondo oceano e due set di dati rappresentativi dell&#39;acqua di mare superficiale dal Mar dei Sargassi. In un numero di istanze, tutte tre profonde metagenomica visualizzato un andamento simile, ma era pi&ugrave; ingrandita in PRT, tra cui arricchimento nelle funzioni per meccanismi di trasduzione del segnale del due-componente e regolazione trascrizionale. Trasportatori sovrarappresentati nel PRT metagenome includono porine della membrana esterna, i trasportatori diversi cationi e trasportatori di - e tri-carbossilato che ha trovato bene con i processi catabolici prevalenti come butanoato, gliossilato e carbossilato del metabolismo. Erano presenti in PRT anche una sorprendentemente elevata abbondanza di sulfatasi per la degradazione dei polisaccaridi. La funzione di adattamento pi&ugrave; drammatica dei microbi PRT sembra essere resistenza di heavy metal, che si riflette nel gran numero di trasportatori presenti per la loro rimozione. Come complemento all&#39;approccio metagenome, sono state utilizzate tecniche genomiche a cella singola per generare dati di sequenza del genoma intero parziale da quattro celle incolte da membri del phyla dominante all&#39;interno del PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes e Planctomycetes. I dati di cella singola sequenza fornito contesto genomico per molti degli attributi funzionali altamente abbondanti identificato da metagenome il PRT, cos&igrave; come reclutamento pesantemente i dati di sequenza metagenomici PRT rispetto ai 172 genomi marino di riferimento disponibili. Attraverso questi approcci multiforme sequenza, nuove intuizioni sono state fornite in attributi funzionali unici presenti in microbi che risiedono in uno strato pi&ugrave; profondo dell&#39;oceano lontano rimossi dalle zone assolate pi&ugrave; produttive sopra.

Andando pi&ugrave; in profondit&agrave;: metagenome di una comunit&agrave; microbica hadopelagic.

&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x523B;&#x306A;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x7CFB;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x67FB;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x30D7;&#x30A8;&#x30EB;&#x30C8;&#x30EA;&#x30B3;&#x6D77;&#x6E9D;&#xFF08;PRT&#xFF09;&#x5185;&#x306E;6000&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x304B;&#x3089;hadopelagic&#x74B0;&#x5883;&#x304B;&#x3089;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;454-&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x63D0;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;145 MBP&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x304C;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;2&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x30B5;&#x30EB;&#x30AC;&#x30C3;&#x30BD;&#x30FC;&#x6D77;&#x304B;&#x3089;2&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;&#x8868;&#x5C64;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6570;&#x3067;&#x306F;&#x3001;3&#x3064;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x50BE;&#x5411;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x4E8C;&#x6210;&#x5206;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3068;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5145;&#x5B9F;&#x3092;&#x542B;&#x3081;&#x3001;PRT&#x306B;&#x62E1;&#x5927;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5916;&#x819C;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30AB;&#x30C1;&#x30AA;&#x30F3;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B8;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x30D6;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EA;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30EB;&#x9178;&#x3068;&#x30B8;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6709;&#x529B;&#x306A;&#x7570;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3068;&#x3088;&#x304F;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA; - &#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x786B;&#x9178;&#x5316;&#x591A;&#x7CD6;&#x985E;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;PRT&#x306B;&#x3082;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002; PRT&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x5287;&#x7684;&#x306A;adaptational&#x7279;&#x5FB4;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x9664;&#x53BB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x5927;&#x91CF;&#x306B;&#x53CD;&#x6620;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x8010;&#x6027;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x88DC;&#x5B8C;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;PRT&#x3001;Alphaproteobacteria&#x3001;&#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3001;Bacteroidetes&#x3068;Planctomycetes&#x5185;&#x3067;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x9580;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;4&#x3064;&#x306E;&#x672A;&#x958B;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x8B58;&#x5225;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5C5E;&#x6027;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x304F;172&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x53C2;&#x7167;&#x30DE;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x52DF;&#x96C6;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x591A;&#x9762;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x3001;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x304C;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x4E0A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x751F;&#x7523;&#x6027;&#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x65E5;&#x5DEE;&#x3057;&#x3092;&#x6D74;&#x3073;&#x305F;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x524A;&#x9664;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6D77;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x5C64;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x5C5E;&#x6027;&#x306B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;Hadopelagic&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#xFF1A;&#x3088;&#x308A;&#x6DF1;&#x3044;&#x884C;&#x304F;

&#xC6D0;&#xC591; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; assemblages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC18C;&#xC218;&#xB294; &#xC9C0;&#xAD6C;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; biome &#xBD84;&#xC790; &#xD0D0;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xD55C; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xC11D; 6000 m &#xAE4A;&#xC774; &#xD478;&#xC5D0;&#xB974;&#xD1A0;&#xB9AC;&#xCF54; &#xD2B8;&#xB80C;&#xCE58; (PRT) &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; hadopelagic &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; 454 pyrosequencing metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD1D; 145 Mbp &#xC870;&#xB9BD;&#xB41C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC0AC;&#xB974;&#xAC00;&#xC18C; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450; &#xC6D0;&#xC591; &#xC2EC;&#xD574; metagenomes&#xC640; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB300;&#xD45C;&#xC801;&#xC778; &#xD45C;&#xBA74; &#xD574; &#xC218;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;. &#xC778;&#xC2A4;&#xD134;&#xC2A4; &#xC218;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB4E0; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; metagenomes &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xCD94;&#xC138;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xAC00;&#xC7A5; 2 &#xCEF4;&#xD3EC;&#xB10C;&#xD2B8; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xACFC; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD568;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB77C;&#xB284; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; PRT&#xC5D0; &#xD655;&#xB300; &#xD588;&#xB2E4;. PRT metagenome overrepresented &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; &#xC678;&#xBD80; &#xB9C9; porins, &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC591;&#xC774;&#xC628; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC640; &#xB514; &#xBC0F; &#xD2B8;&#xB77C;&#xC774; &#xCE74;&#xBCF5;&#xC2E4;&#xC0B0; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; butanoate, glyoxylate &#xBC0F; dicarboxylate &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xB4F1; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801; catabolic &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC640; &#xC798; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294; &#xD3EC;&#xD568;. Sulfated &#xB2E4; &#xB2F9; &#xB958; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; sulfatases&#xC758; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B8; &#xC815;&#xB3C4;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xB3C4;&#xB294; PRT&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC758; &#xD070; &#xC22B;&#xC790;&#xC5D0; &#xBC18;&#xC601; PRT &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xADF9;&#xC801;&#xC778; adaptational &#xAE30;&#xB2A5; &#xC911; &#xAE08;&#xC18D; &#xC800;&#xD56D; &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. Metagenome &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xBCF4;&#xC644;, &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xBC95; PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes &#xBC0F; Planctomycetes &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; phyla &#xD68C;&#xC6D0;&#xC758; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC140;&#xC5D0; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC2EC;&#xD558;&#xAC8C; PRT metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; 172 &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xD574;&#xC591; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xBAA8;&#xC9D1;&#xC73C;&#xB85C; PRT metagenome&#xC5D0;&#xC11C; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E4;&#xAC01;&#xC801;&#xC778; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825; &#xC704;&#xC758; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC131; &#xD587;&#xC0B4;&#xC774; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xAC70;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; &#xCE35;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE4A;&#xC774; &#xAC04;&#xB2E4;: hadopelagic &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; metagenome.

La escasez de datos de la secuencia de asociaciones microbianas pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo ha restringido severamente la exploraci&#xF3;n molecular del bioma m&#xE1;s grande en la Tierra. En este estudio, se presenta un an&#xE1;lisis de una gran escala de 454-pirosecuenciaci&#xF3;n conjunto de datos de metagen&#xF3;mica de un ambiente hadopelagic de 6.000 m de profundidad dentro de la fosa de Puerto Rico (PRT). Un total de 145 Mbps de datos de secuencias ensambladas se gener&#xF3; y se compar&#xF3; con dos metagenomes pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo y dos conjuntos de datos representativos de la superficie del agua de mar del Mar de los Sargazos. En varios casos, los tres metagenomes profundas muestran tendencias similares, pero fueron m&#xE1;s ampliada en la PRT, incluyendo el enriquecimiento de las funciones de dos componentes de mecanismos de transducci&#xF3;n de se&#xF1;ales y la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n. Transportadores excesivamente en el metagenoma PRT incluye porinas de membrana externa, transportistas diversos cationes, y di-y tri-carboxilato transportadores que coinciden bien con los procesos predominantes catab&#xF3;licos tales como el metabolismo butanoato, glioxilato y dicarboxilato. Una abundancia sorprendentemente alto de sulfatasas para la degradaci&#xF3;n de los polisac&#xE1;ridos sulfatados tambi&#xE9;n estaban presentes en el PRT. La funci&#xF3;n adaptativa m&#xE1;s dram&#xE1;tico de los microbios PRT parece ser la resistencia a metales pesados, como se refleja en el gran n&#xFA;mero de transportadores de presentar para su eliminaci&#xF3;n. Como complemento al enfoque metagenoma, una sola c&#xE9;lula de t&#xE9;cnicas gen&#xF3;micas se utilizaron para generar parciales de todo el genoma secuencia de datos de cuatro c&#xE9;lulas cultivadas de los miembros de los filos dominante dentro de los PRT, Alphaproteobacteria, los Bacteroidetes Gammaproteobacteria y Planctomycetes. Los datos de la secuencia de una sola c&#xE9;lula proporcionado contexto gen&#xF3;mico para muchos de los atributos funcionales muy abundantes identificados a partir de la metagenoma PRT, as&#xED; como el reclutamiento fuertemente los datos metagenomic PRT secuencia en comparaci&#xF3;n con 172 genomas de referencia disponibles marinos. A trav&#xE9;s de estos enfoques multifac&#xE9;ticos de la secuencia, nuevos puntos de vista han sido proporcionados a los atributos &#xFA;nicos funcionales presentes en los microbios que residen en una capa m&#xE1;s profunda del oc&#xE9;ano lejos de las m&#xE1;s productivas zonas ba&#xF1;adas por el sol de arriba.

Profundizando: Metagenoma de una comunidad microbiana Hadopelagic

Amplificazione intero genoma con il metodo di amplificazione (MDA) cilindrata multipli permette di sequenziamento del DNA da singole cellule di batteri che non possono essere messi a coltura. Assemblare un genoma &egrave; impegnativo, tuttavia, poich&eacute; il MDA genera altamente non uniforme copertura del genoma. Qui descriviamo un algoritmo su misura per breve-lettura dati da singole celle che migliora il montaggio tramite l&#39;utilizzo di una cut-off di copertura progressivamente crescente. Celle di assemblaggio delle letture da singoli Escherichia coli e Staphylococcus aureus cattura &amp;gt; 91% dei geni all&#39;interno di contigs, avvicinando il 95% catturato da un assembly basato su molte cellule di e. coli. Applichiamo questo metodo per assemblare un genoma da una singola cellula di un incolto clade SAR324 di Deltaproteobacteria, una stirpe batterica cosmopolita nell&#39;oceano globale. Ricostruzione metabolica suggerisce che SAR324 &egrave; aerobico, motili e chemotaxic. Il nostro approccio consente acquisizione delle assemblee del genoma per singoli batteri incolti utilizzando solo brevi letture, fornendo informazioni genetiche delle cellule specifiche assente da metagenomica studi.

Efficiente de novo Assemblea dei genomi batterici cella singola da insiemi di dati di lettura breve.

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6269;&#x589E;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB; (MDA) &#x6269;&#x589E;&#x6CD5;&#x5141;&#x8BB8;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E0D;&#x80FD;&#x57F9;&#x517B;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x88C5;&#x914D;&#x4E00;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5177;&#x6709;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x4E19;&#x4E8C;&#x919B;&#x751F;&#x6210;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x975E;&#x5747;&#x5300;&#x8986;&#x76D6;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x4E3A;&#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x77ED;&#x8BFB;&#x53D6;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x63D0;&#x9AD8;&#x901A;&#x8FC7;&#x9010;&#x6B65;&#x589E;&#x52A0;&#x8986;&#x76D6;&#x8303;&#x56F4;&#x622A;&#x6B62;&#x4F7F;&#x7528;&#x88C5;&#x914D;&#x91CF;&#x8EAB;&#x5B9A;&#x505A;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x7B97;&#x6CD5;&#x3002;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x5355;&#x4E2A;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x3001; &#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6355;&#x83B7; &gt; &#x57FA;&#x4E8E;&#x8BB8;&#x591A;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0; contigs&#xFF0C;&#x63A5;&#x8FD1; 95%&#x6355;&#x83B7;&#x4ECE;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x5185;&#x7684; 91%&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5E94;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x7EC4;&#x5408;&#x6765;&#x81EA;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x4E2D;&#x7684; Deltaproteobacteria&#xFF0C;&#x5728;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x5927;&#x90FD;&#x4F1A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6; SAR324 &#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x4EE3;&#x8C22;&#x91CD;&#x5EFA;&#x8868;&#x660E; SAR324 &#x662F;&#x6709;&#x6C27;&#x3001; &#x80FD;&#x52A8;&#x6027;&#x548C; chemotaxic&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5141;&#x8BB8;&#x4F7F;&#x7528;&#x77ED;&#x53EA;&#x8BFB;&#x53D6;&#xFF0C;&#x4E2A;&#x522B;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4ECE;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x7F3A;&#x5E2D;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x91C7;&#x96C6;&#x3002;

&#x9AD8;&#x6548; de novo &#x77ED;&#x8BFB;&#x53D6;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE;&#x5355;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x3002;

Whole genome amplification by the multiple displacement amplification (MDA) method allows sequencing of DNA from single cells of bacteria that cannot be cultured. Assembling a genome is challenging, however, because MDA generates highly nonuniform coverage of the genome. Here we describe an algorithm tailored for short-read data from single cells that improves assembly through the use of a progressively increasing coverage cutoff. Assembly of reads from single Escherichia coli and Staphylococcus aureus cells captures >91% of genes within contigs, approaching the 95% captured from an assembly based on many E. coli cells. We apply this method to assemble a genome from a single cell of an uncultivated SAR324 clade of Deltaproteobacteria, a cosmopolitan bacterial lineage in the global ocean. Metabolic reconstruction suggests that SAR324 is aerobic, motile and chemotaxic. Our approach enables acquisition of genome assemblies for individual uncultivated bacteria using only short reads, providing cell-specific genetic information absent from metagenomic studies.

Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets.

Amplification du g&eacute;nome entier de la m&eacute;thode d&#39;amplification (MDA) d&eacute;placement multiple permet de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN des cellules individuelles de bact&eacute;ries qui ne peuvent pas &ecirc;tre cultiv&eacute;es. Assemblage d&#39;un g&eacute;nome est difficile, cependant, parce que MDA g&eacute;n&egrave;re une couverture tr&egrave;s uniforme du g&eacute;nome. Nous d&eacute;crivons ici un algorithme adapt&eacute; pour court-lecture des donn&eacute;es de cellules individuelles qui am&eacute;liore l&#39;Assembl&eacute;e gr&acirc;ce &agrave; l&#39;utilisation d&#39;une couverture augmentant progressivement tomb&eacute;e. Montage du lit seul Escherichia coli et Staphylococcus aureus cellules captures &gt; 91 % des g&egrave;nes au sein des contigs, approchant les 95 % captur&eacute;es &agrave; partir d&#39;un assembly bas&eacute; sur plusieurs cellules d&#39;Escherichia coli. Nous appliquons cette m&eacute;thode pour assembler un g&eacute;nome d&#39;une cellule unique d&#39;un clade inculte de SAR324 de Deltaproteobacteria, une lign&eacute;e bact&eacute;rienne cosmopolite dans l&#39;oc&eacute;an mondial. Reconstruction m&eacute;tabolique sugg&egrave;re que SAR324 est a&eacute;robie, mobile et chemotaxic. Notre approche permet la saisie des assembl&eacute;es du g&eacute;nome des bact&eacute;ries incultes individuels &agrave; l&#39;aide de seulement quelques lectures, fourniture d&#39;information g&eacute;n&eacute;tique sp&eacute;cifique des cellules absentes m&eacute;tag&eacute;nomique &eacute;tudes.

Efficace de novo Assembl&eacute;e des g&eacute;nomes bact&eacute;riens unicellulaire de court-lecture des ensembles de donn&eacute;es.

Gesamten Genoms Verst&auml;rkung durch die mehrere Methode der Verdr&auml;ngung-Verst&auml;rkung (MDA) kann Sequenzierung der DNA aus einzelnen Zellen von Bakterien, die kultiviert werden k&ouml;nnen nicht. Montage eines Genoms ist, jedoch schwierig da MDA h&ouml;chst ungleichm&auml;&szlig;ige Deckung des Genoms generiert. Hier beschreiben wir einen Algorithmus zugeschnitten f&uuml;r kurze-liest Daten aus einzelnen Zellen, die Versammlung durch den Einsatz einer allm&auml;hlich zunehmenden Abdeckung cutoff verbessert. Montage der Lesezugriffe auf einzelne Escherichia coli und Staphylococcus Aureus Zellen erfasst &gt; 91 % der Gene im Contigs, Ann&auml;herung an die 95 % erfasst aus einer Assembly basierend auf viele E. Coli Zellen. Wir wenden diese Methode ein Genoms aus einer einzigen Zelle eine Wildpflanze SAR324-Klade der Deltaproteobacteria, einer kosmopolitischen bakterielle Linie im globalen Ozean zusammenzustellen. Metabolische Rekonstruktion zufolge SAR324 aerobe, st&auml;bchenf&ouml;rmiges und chemotaxic ist. Unser Ansatz erm&ouml;glicht Erwerb von Genom-Assemblys f&uuml;r einzelne Wildpflanze Bakterien mit nur kurzen liest, zellspezifische genetische Informationen abwesend aus durchgef&uuml;hrte metagenomische Studien.

Effiziente de Novo Montage von einzelligen Bakteriengenome von kurz-Lesen von Datens&auml;tzen.

&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45; (MDA) &#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x57F9;&#x990A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E; DNA &#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MDA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x306A;&#x30AB;&#x30D0;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B8;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3001;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x6311;&#x6226;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6B21;&#x7B2C;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x30AB;&#x30D0;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B8;&#x306E;&#x30AB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AA;&#x30D5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x77ED;&#x3044;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x305F;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x7D44;&#x7ACB;&#x30BB;&#x30EB; &#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x76EE; 91% &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 95 &#xFF05; &#x306B;&#x8FD1;&#x3065;&#x3044;&#x3066; contigs &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x7D30;&#x80DE;&#x4E0A;&#x3002;&#x539F;&#x91CE;&#x306E; SAR324 &#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9; Deltaproteobacteria&#x3001;&#x30B3;&#x30B9;&#x30E2;&#x30DD;&#x30EA;&#x30BF;&#x30F3;&#x306A;&#x7D30;&#x83CC;&#x7CFB;&#x7D71;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30BB;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306E;&#x518D;&#x5EFA;&#x306F;&#x3001;SAR324 &#x304C;&#x597D;&#x6C17;&#x6027;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x3068; chemotaxic &#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x53D6;&#x5F97;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3060;&#x3051;&#x77ED;&#x3044;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x539F;&#x91CE;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x304B;&#x3089;&#x6B20;&#x5E2D;&#x30BB;&#x30EB;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x77ED;&#x3044;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x30C7; novo &#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3002;

&#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA) &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC99D;&#xD3ED; &#xAD50;&#xC591; &#xC5C6;&#xB294; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xAC8C;&#xB188; &#xC870;&#xB9BD; &#xB3C4;&#xC804; &#xC774;&#xB2E4;,, MDA &#xC0DD;&#xC131; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xB192;&#xC740; nonuniform &#xC801;&#xC6A9; &#xD558;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xCEF7;&#xC624;&#xD504; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xC810;&#xCC28;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC99D;&#xAC00; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xB294; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xB9DE;&#xAC8C; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xBC0F; &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; &#xC77D;&#xAE30;&#xC758; &#xC870;&#xB9BD; &#xC140; &#xCEA1;&#xCC98; &amp;gt; contigs &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCEA1;&#xCC98;&#xD55C; 95% &#xC811;&#xADFC; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 91% &#xB9CE;&#xC740; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; Deltaproteobacteria, &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xC138;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xC138;&#xADE0; &#xD608;&#xD1B5;&#xC758; &#xBBF8; &#xAC1C; SAR324 clade&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC870;&#xB9BD;&#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xC7AC;&#xAC74; SAR324 &#xC5D0;&#xC5B4;&#xB85C;&#xBE45;, &#xC6B4;&#xB3D9; &#xBC0F; chemotaxic &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC740; &#xAC8C;&#xB188; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xB9CC; &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xBBF8; &#xAC1C;&#xC758; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0; &#xC11D; &#xC140; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC778;&#xC218; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC870;&#xB9BD;.

Amplificaci&oacute;n del genoma entero por el m&eacute;todo de amplificaci&oacute;n (MDA) m&uacute;ltiples de desplazamiento permite la secuencia de ADN de las c&eacute;lulas de las bacterias que no pueden ser cultivadas. Montaje de un genoma es un reto, sin embargo, como la MDA genera cobertura altamente no uniforme del genoma. Aqu&iacute; describimos un algoritmo para corto-leer datos de celdas individuales que mejora la Asamblea mediante el uso de una cobertura progresivamente creciente corte. Asamblea de Lee de solo Escherichia coli y Staphylococcus aureus c&eacute;lulas capturas &gt; 91% de los genes dentro de contigs, acercando el 95% capturado de un ensamblado basado en muchas c&eacute;lulas de e. coli. Aplicamos este m&eacute;todo para montar un genoma de una sola c&eacute;lula de un inculto clade de SAR324 de Deltaproteobacteria, un linaje bacteriano cosmopolita en el oc&eacute;ano mundial. Reconstrucci&oacute;n metab&oacute;lica sugiere que SAR324 es aer&oacute;bico, m&oacute;viles y chemotaxic. Nuestro enfoque permite la adquisici&oacute;n de asambleas del genoma para bacterias incultas individuales mediante corto Lee, proporcionando informaci&oacute;n gen&eacute;tica celular inespec&iacute;fico ausente de los estudios de metagen&oacute;mica.

Eficiente de novo montaje de genomas bacterianos unicelular de conjuntos de datos de lectura corta.

&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684; 16S rRNA &#x514B;&#x62C9;&#x5FB7; SAR86 &#x662F;&#x6700;&#x5C0F;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x5F53;&#x524D;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x6700;&#x4E30;&#x5BCC;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x6210;&#x5206;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x6280;&#x672F;&#x88AB;&#x7528;&#x6765;&#x4ECE;&#x6D77;&#x6D0B; metagenomes &#x88C5;&#x914D;&#x4E24;&#x4E2A;&#x63A5;&#x8FD1;&#x5B8C;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6392;&#x5E8F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E24;&#x4E2A;&#x66F4;&#x90E8;&#x5206;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x62DB;&#x8058;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B; SAR86 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5927;&#x5927;&#x589E;&#x52A0;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x77E5;&#x8BC6;&#x7684;&#x975E;&#x5149;&#x5408;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5728;&#x6D77;&#x9762;&#x3002;Phylogenomic &#x5206;&#x6790;&#x5EFA;&#x7ACB; SAR86 &#x4F5C;&#x4E3A; &gamma;-proteobacteria&#xFF0C;&#x57FA;&#x5E95;&#x548C;&#x53D1;&#x6563;&#x6CBF;&#x88AD;&#x548C;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x663E;&#x793A;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x6E29;&#x5EA6;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x9002;&#x5EA6;&#x5927;&#x5C0F;&#x4E3A; 1.25 1.7 Mbp&#xFF0C;SAR86 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x548C;&#x7EF4;&#x751F;&#x7D20;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x9014;&#x5F84;&#x4EE5;&#x53CA;&#x786B;&#x9178;&#x51CF;&#x5C11;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x5E38;&#x770B;&#x5230;&#x7684;&#x8D8B;&#x52BF;&#x3002;SAR86 &#x4F3C;&#x4E4E;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x6C27; chemoheterotroph &#x57FA;&#x4E8E; proteorhodopsin &#x7684; ATP &#x4EE3;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x660E;&#x663E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x89C6;&#x7F51;&#x819C;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5408;&#x6210;&#x9014;&#x5F84;&#x53EF;&#x80FD;&#x9700;&#x8981;&#x5B83;&#x6E05;&#x9664;&#x5916;&#x90E8;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x989C;&#x6599;&#xFF0C;&#x5229;&#x7528; proteorhodopsin&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5305;&#x542B;&#x7684;&#x8102;&#x7C7B;&#x548C;&#x78B3;&#x6C34;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x83B7;&#x5F97;&#x4F7F;&#x7528;&#x8D22;&#x5BCC;&#x901A;&#x5E03;&#x5C9B;&#x4F9D;&#x8D56;&#x5916;&#x819C;&#x53D7;&#x4F53;&#x7684;&#x964D;&#x89E3;&#x80FD;&#x529B;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x50CF;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6D6E;&#x6E38;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8FDB;&#x5316; SAR11&#xFF0C;SAR86 &#x5C55;&#x54C1;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7CBE;&#x7B80;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E5F;&#x4E0D;&#x540C;&#x78B3;&#x590D;&#x5408;&#x4E13;&#x4E1A;&#x5316;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x8BB8;&#x53EF;&#x4EE5;&#x907F;&#x514D;&#x7ADE;&#x4E89;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; SAR86&#xFF0C;&#x4E30;&#x5BCC;&#x548C;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6CBF;&#x88AD;&#x5230;&#x6DF1;&#x523B;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;

Bacteria in the 16S rRNA clade SAR86 are among the most abundant uncultivated constituents of microbial assemblages in the surface ocean for which little genomic information is currently available. Bioinformatic techniques were used to assemble two nearly complete genomes from marine metagenomes and single-cell sequencing provided two more partial genomes. Recruitment of metagenomic data shows that these SAR86 genomes substantially increase our knowledge of non-photosynthetic bacteria in the surface ocean. Phylogenomic analyses establish SAR86 as a basal and divergent lineage of Î³-proteobacteria, and the individual genomes display a temperature-dependent distribution. Modestly sized at 1.25-1.7 Mbp, the SAR86 genomes lack several pathways for amino-acid and vitamin synthesis as well as sulfate reduction, trends commonly observed in other abundant marine microbes. SAR86 appears to be an aerobic chemoheterotroph with the potential for proteorhodopsin-based ATP generation, though the apparent lack of a retinal biosynthesis pathway may require it to scavenge exogenously-derived pigments to utilize proteorhodopsin. The genomes contain an expanded capacity for the degradation of lipids and carbohydrates acquired using a wealth of tonB-dependent outer membrane receptors. Like the abundant planktonic marine bacterial clade SAR11, SAR86 exhibits metabolic streamlining, but also a distinct carbon compound specialization, possibly avoiding competition.

Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage.

Les bact&eacute;ries dans le clade des ARNr 16 s SAR86 sont parmi les plus abondantes constituants incultes des assemblages microbiennes &agrave; la surface de l&#39;oc&eacute;an pour lesquelles peu d&#39;information g&eacute;nomique est actuellement disponible. Bioinformatic techniques ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;es pour assembler les deux g&eacute;nomes presque compl&egrave;tes de marine m&eacute;tag&eacute;nomes et s&eacute;quen&ccedil;age de cellule unique fourni deux g&eacute;nomes plus partielles. Recrutement de donn&eacute;es m&eacute;tag&eacute;nomique montre que ces g&eacute;nomes SAR86 augmentent sensiblement notre connaissance des bact&eacute;ries non photosynth&eacute;tiques dans la surface de l&#39;oc&eacute;an. &Eacute;tablissent des analyses phylogenomic SAR86 comme une lign&eacute;e basale et divergente de &gamma;-prot&eacute;obact&eacute;ries et les g&eacute;nomes individuels affichent une distribution d&eacute;pend de la temp&eacute;rature. Modestement calibr&eacute;es &agrave; 1,25-1,7 Mbp, les g&eacute;nomes de SAR86 n&#39;ont pas plusieurs voies pour la synth&egrave;se d&#39;acides amin&eacute;s et de vitamines ainsi que sulfator&eacute;duction, tendances commun&eacute;ment observ&eacute;es dans les autres microbes marins abondants. SAR86 semble &ecirc;tre une chemoheterotroph a&eacute;robie avec le potentiel pour la production d&#39;ATP ax&eacute;e sur les prot&eacute;orhodopsine, bien que l&#39;absence apparente d&#39;une voie de biosynth&egrave;se de la r&eacute;tine peut exiger pour pi&eacute;ger les pigments d&eacute;riv&eacute;s de fa&ccedil;on exog&egrave;ne pour utiliser prot&eacute;orhodopsine. Les g&eacute;nomes contiennent une plus grande capacit&eacute; pour la d&eacute;gradation des lipides et des glucides acquis &agrave; l&#39;aide d&#39;une multitude de r&eacute;cepteurs de la membrane externe tonB-d&eacute;pendante. Comme l&#39;abondant planctonique marin bact&eacute;rien clade SAR11, SAR86 expositions rationalisation m&eacute;tabolique, mais aussi une sp&eacute;cialisation compos&eacute; de carbone distincts, &eacute;ventuellement &eacute;viter la concurrence.

G&eacute;nomiques aper&ccedil;us &agrave; SAR86, une lign&eacute;e bact&eacute;rienne marine abondante et inculte.

Bakterien in der 16S rRNA Klade SAR86 sind die am h&auml;ufigsten vorkommende Wildpflanze Bestandteile der mikrobiellen Assemblagen im Oberfl&auml;che Ozean f&uuml;r die wenig genomische Informationen derzeit verf&uuml;gbar ist. Bioinformatic Techniken wurden verwendet, um zwei fast vollst&auml;ndige Genome aus marine Metagenomes zusammenstellen und einzellige Sequenzierung bereitgestellt zwei mehr teilweise Genomen. Rekrutierung von durchgef&uuml;hrte metagenomische Daten zeigt, dass diese SAR86-Genome unseres Wissens nicht-photosynthetischen Bakterien in der Oberfl&auml;che Ozean erheblich steigern. Phylogenomic Analysen SAR86 als ein basaler und voneinander abweichende Abstammung der &gamma;-Proteobacteria einzurichten und die einzelnen Genome anzeigen eine temperaturabh&auml;ngige-Verteilung. Bescheiden Gr&ouml;&szlig;e bei 1,25-1.7 Mbp, SAR86 Genome fehlen mehrere Wege zur Synthese von Aminos&auml;uren und Vitamine sowie Sulfat-Reduktion, Trends beobachtet h&auml;ufig in anderen reichlichen Meeresmikroben. SAR86 scheint eine aerobe Chemoheterotroph mit dem Potential f&uuml;r Proteorhodopsin basierende ATP Erzeugung, obwohl der scheinbare Mangel an eine retinale Biosynthese-Weg es aufr&auml;umen exogen abgeleitete Pigmente f&uuml;r die Nutzung von Proteorhodopsin verlangen kann. Die Genome enthalten eine erweiterte Kapazit&auml;t beim Abbau von Lipiden und Kohlenhydraten erworben, mit eine F&uuml;lle von TonB-abh&auml;ngige &auml;u&szlig;ere Membranrezeptoren. Wie die reichlich Plankton marine bakterielle Klade SAR11 Exponate SAR86 metabolische Straffung, sondern auch eine deutliche CO2 zusammengesetzte Spezialisierung, m&ouml;glicherweise Konkurrenz zu vermeiden.

Genomische Einblicke in SAR86, reichlich vorhanden und Wildpflanze marine-bakterielle-Linie.

Batteri nel clade rRNA 16S SAR86 sono tra i costituenti pi&ugrave; abbondanti incolti di assemblaggi microbici nell&#39;oceano superficiale per cui poche informazioni genomiche sono attualmente disponibile. Bioinformatic tecniche sono state utilizzate per assemblare due genomi quasi completi da metagenomica marino e a cella singola sequenza fornito due genomi pi&ugrave; parziali. Assunzione di dati metagenomica dimostra che questi genomi SAR86 aumentano sostanzialmente la nostra conoscenza di batteri non fotosintetici nell&#39;oceano superficiale. Analisi Phylogenomic stabiliscono il SAR86 come un lignaggio basale e divergente di &gamma;-proteobacteria e i genomi individuali visualizzare una distribuzione di temperatura-dipendente. Dimensioni modestamente a 1.25-1,7 Mbp, i genomi di SAR86 mancano percorsi diversi per la sintesi di aminoacidi e vitamine cos&igrave; come solfato riduzione, tendenze osservano comunemente in altri microbi marini abbondanti. SAR86 sembra essere un chemoheterotroph aerobica con il potenziale per la generazione di ATP proteorhodopsin-based, anche se l&#39;apparente mancanza di una via di biosintesi della retina pu&ograve; richiedere di eseguire lo scavenging esogenicamente derivato pigmenti per utilizzare proteorhodopsin. I genomi contengono una capacit&agrave; espansa per la degradazione di lipidi e carboidrati acquisiti utilizzando una ricchezza di recettori di membrana esterna tonB-dipendente. Come abbondante plancton marino batterico clade SAR11, SAR86 esibisce razionalizzazione metabolici, ma anche una specializzazione di composti di carbonio distinti, possibilmente evitando la concorrenza.

Genomic intuizioni di SAR86, un lignaggio batterica marina abbondante e incolto.

&#x7D30;&#x83CC;&#x306E; 16S rRNA &#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9; SAR86 &#x306B;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x60C5;&#x5831;&#x304C;&#x73FE;&#x5728;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x672A;&#x8015;&#x4F5C;&#x6210;&#x5206;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x60C5;&#x5831;&#x6280;&#x8853;&#x6D77;&#x6D0B;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089; 2 &#x3064;&#x306E;&#x307B;&#x307C;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217; 2 &#x3064;&#x3088;&#x308A;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x52DF;&#x96C6;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089; SAR86 &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x77E5;&#x8B58;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x8868;&#x5C64;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x975E;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790; SAR86 &gamma;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA; &#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x57FA;&#x5E95;&#x3068;&#x767A;&#x6563;&#x30EA;&#x30CD;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x3001;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6E29;&#x5EA6;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x63A7;&#x3048;&#x3081;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E; 1.25 1.7 Mbp &#x3067;&#x3001;SAR86 &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x3068;&#x30D3;&#x30BF;&#x30DF;&#x30F3;&#x5408;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x6B20;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x786B;&#x9178;&#x5869;&#x306E;&#x524A;&#x6E1B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x52D5;&#x5411;&#x3092;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7DB2;&#x819C;&#x306E;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x660E;&#x767D;&#x306A;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30ED;&#x30C9;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3;&#x3092;&#x6D3B;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5EA6;&#x5916;&#x7531;&#x6765;&#x306E;&#x8272;&#x7D20;&#x3092;&#x6E05;&#x6383;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x304C; SAR86 &#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30ED;&#x30C9;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;ATP &#x306E;&#x751F;&#x6210;&#x306B;&#x306F;&#x597D;&#x6C17;&#x6027;&#x306E; chemoheterotroph&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x306F;&#x30C8;&#x30F3;&#x30D6;&#x5CF6;&#x4F9D;&#x5B58;&#x5916;&#x819C;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x5BCC;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x53D6;&#x5F97;&#x3057;&#x305F;&#x70AD;&#x6C34;&#x5316;&#x7269;&#x3068;&#x8102;&#x8CEA;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x5C55;&#x958B;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306B;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6D6E;&#x904A;&#x6027;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x3088;&#x3046; SAR11&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x70AD;&#x7D20;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x7279;&#x6B8A;&#x5316;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3092;&#x5408;&#x7406;&#x5316;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x7AF6;&#x4E89;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3059;&#x308B; SAR86 &#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

SAR86&#x3001;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x3068;&#x539F;&#x91CE;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7D30;&#x83CC;&#x7CFB;&#x7D71;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3002;

&#xC138;&#xADE0;&#xC758; 16S rRNA clade SAR86 &#xC791;&#xC740; &#xAC8C;&#xB188; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD604;&#xC7AC; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; assemblages&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xAD6C; &#xC911;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Bioinformatic &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xD574;&#xC591; metagenomes&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450; &#xAC70;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; &#xC870;&#xB9BD; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD55C; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB450; &#xB354; &#xBD80;&#xBD84; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;. Metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xBAA8;&#xC9D1;&#xC774; SAR86 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xBA74; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBE44; &#xAD11;&#xD569;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Phylogenomic &#xBD84;&#xC11D; &gamma;-proteobacteria&#xC758; &#xAE30;&#xC800; &#xBC0F; &#xBD84;&#xAE30; &#xD608;&#xD1B5;&#xC73C;&#xB85C; sar86&#xB97C; &#xC124;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xAC8C;&#xB188; &#xD45C;&#xC2DC; &#xC628;&#xB3C4; &#xB530;&#xB978; &#xC720;&#xD1B5;. 1.25-1.7 Mbp &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xACB8;&#xC190; &#xD558; &#xAC8C;, SAR86 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178; &#xC0B0;&#xACFC; &#xBE44;&#xD0C0;&#xBBFC; &#xD569;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xACBD;&#xB85C; &#xBD80;&#xC871;&#xC73C;&#xB85C; &#xD669;&#xC0B0;, &#xAC10;&#xC18C; &#xCD94;&#xC138;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30;. &#xB9DD;&#xB9C9; &#xC0DD; &#xD569;&#xC131; &#xD1B5;&#xB85C;&#xC758; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xBD80;&#xC871; &#xD65C;&#xC6A9; proteorhodopsin exogenously &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xC548;&#xB8CC;&#xB97C; &#xCCAD;&#xC18C;&#xB97C; &#xD574;&#xC57C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; SAR86 proteorhodopsin &#xAE30;&#xBC18; ATP &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xC5D0;&#xC5B4;&#xB85C;&#xBE45; chemoheterotroph &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C0;&#xC9C8;&#xACFC; &#xD0C4;&#xC218;&#xD654;&#xBB3C; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; tonB &#xC885;&#xC18D; &#xC678;&#xBD80; &#xB9C9; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4;&#xB97C; &#xC774;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5BB;&#xC740; &#xC131;&#xB2A5; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD655;&#xC7A5; &#xB41C; &#xC6A9;&#xB7C9;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568;. &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; planktonic &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0; clade SAR11, &#xAC19;&#xC740; SAR86 &#xC804;&#xC2DC; &#xB300;&#xC0AC; &#xD569;&#xB9AC;&#xD654; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xD0C4;&#xC18C; &#xBCF5;&#xD569; &#xC804;&#xBB38;&#xD654; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xACBD;&#xC7C1;&#xC744; &#xD53C;&#xD558;&#xACE0;.

SAR86, &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xD574;&#xC591; &#xC138;&#xADE0; &#xD608;&#xD1B5;&#xC744; &#xAC8C;&#xB188; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;.

Bacterias en el clade de rRNA 16S SAR86 son entre los constituyentes m&aacute;s abundantes incultos de ensamblajes microbianas en el oc&eacute;ano superficial que poca informaci&oacute;n gen&oacute;mica est&aacute; actualmente disponible. Bioinform&aacute;tica t&eacute;cnicas fueron utilizadas para montar dos genomas casi completos de metagenomas Marina y secuenciaci&oacute;n unicelular siempre dos genomas m&aacute;s parciales. Reclutamiento de metagen&oacute;mica datos muestra que estos genomas SAR86 aumentan nuestro conocimiento de las bacterias no fotosint&eacute;ticas en el oc&eacute;ano superficial. An&aacute;lisis de phylogenomic establecen SAR86 como un linaje basal y divergente de &gamma;-proteobacterias, y los genomas individuales Mostrar una distribuci&oacute;n de temperatura. En 1.25-1.7 Mbp modestamente el tama&ntilde;o, los genomas de SAR86 carecen de varios caminos para la s&iacute;ntesis de amino&aacute;cidos y vitaminas como Sulfato reducci&oacute;n, las tendencias se observaron com&uacute;nmente en otros microbios marinos abundantes. SAR86 parece ser un chemoheterotroph aer&oacute;bico con el potencial para la generaci&oacute;n de ATP basadas en proteorhodopsin, a pesar de la aparente falta de una ruta de bios&iacute;ntesis de retina puede requerir que limpie los pigmentos de origen ex&oacute;geno para utilizar proteorhodopsin. Los genomas contienen una capacidad ampliada para la degradaci&oacute;n de l&iacute;pidos y carbohidratos adquiridas utilizando una amplia variedad de receptores de membrana externa tonB-dependiente. Como abundante Plancton Marino bacteriana clade SAR11, SAR86 exhibe racionalizaci&oacute;n metab&oacute;lica, sino tambi&eacute;n una especializaci&oacute;n compuesto de carbono distinto, posiblemente evitando la competencia.

Gen&oacute;micas ideas a SAR86, un linaje bacteriano marino abundante y sin cultivar.

&#x6D77;&#x6D0B;&#x84DD;&#x85FB;&#x83CC;&#x5C5E;&#x7684;&#x8FD1;&#x6D77;&#x4EE3;&#x8868;&#x5C45;&#x4F4F;&#x5728;&#x5F00;&#x653E;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684;&#x900F;&#x5149;&#x533A;&#x6574;&#x4E2A;&#x6570;&#x5B57;&#x4E3B;&#x5BFC; photoautotrophs&#xFF0C;&#x662F;&#x5168;&#x7403;&#x78B3;&#x5FAA;&#x73AF;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x8D21;&#x732E;&#x8005;&#x3002;&#x8FD1;&#x6D77;&#x4E00;&#x76F4;&#x57FA;&#x56E0;&#x987D;&#x56FA;&#x6027;&#x7EC6;&#x83CC;&#x751F;&#x957F;&#x901F;&#x5EA6;&#x8F83;&#x6162;&#x548C;&#x4F7F;&#x7528;&#x6807;&#x51C6;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x4F4E;&#x8F6C;&#x5316;&#x6548;&#x7387;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6700;&#x8FD1;&#x5728;&#x514B;&#x9686;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x5DE5;&#x7A0B;&#x5728;&#x5BCC;&#x3001; 1.1 Mb &#x652F;&#x539F;&#x4F53;&#x72B6;&#x652F;&#x539F;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5728;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x6210;&#x529F;&#x9F13;&#x52B1;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A2;&#x7D22;&#x4E0E;&#x8FD1;&#x6D77;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x8FD1;&#x6D77; MED4 &#x6709;&#x5BCC;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#xFF0C;GC &#x542B;&#x91CF;&#x7684; 30.8%&#xFF0C;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD; &#xFF08;38%&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5305;&#x542B;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x9175;&#x6BCD;&#x8D77;&#x6E90;&#x5171;&#x8BC6;&#x7AD9;&#x70B9;&#x590D;&#x5236; (ACS) &#x5747;&#x5300;&#x5730;&#x5206;&#x5E03;&#x5728;&#x5176; 1.66 Mb &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x652F;&#x539F;&#x4F53;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x5373;&#x4F7F;&#x7528; UGA &#x5BC6;&#x7801;&#x5B50;&#x7684;&#x8272;&#x6C28;&#x9178;&#xFF0C;&#x50CF;&#x8FD1;&#x6D77;&#x4F7F;&#x7528;&#x6807;&#x51C6;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x5BC6;&#x7801;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x8FD9;&#x6837;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x51E0;&#x4E2A;&#x90E8;&#x5206;&#x548C; 15 &#x6574;&#x4E2A;&#x8FD1;&#x6D77; MED4 &#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x514B;&#x9686;&#x6CA1;&#x6709;&#x6709;&#x6BD2;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x7EAF;&#x5316;&#x540E;&#x7684;&#x9175;&#x6BCD;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8FD1;&#x6D77;&#x786E;&#x5B9A; 14 &#x5355;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x9519;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8;&#x3001; &#x4E00;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x3001; &#x4E00;&#x4E2A;&#x5355;&#x4E2A;&#x57FA;&#x66FF;&#x6362;&#x5230;&#x7EC8;&#x6B62;&#x5BC6;&#x7801;&#x548C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E8C;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x98A0;&#x6362;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x6350;&#x52A9;&#x8005;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x56E0;&#x6B64;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x8F6C;&#x6362;&#x3001; &#x590D;&#x5236;&#x548C;&#x7EF4;&#x62A4;&#x6B64; 1.66 Mb &#x5B8C;&#x6574;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;

&#x5728;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x514B;&#x9686;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; 1.66 Mb &#x8FD1;&#x6D77; marinus MED4 &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Marine cyanobacteria of the genus Prochlorococcus represent numerically dominant photoautotrophs residing throughout the euphotic zones in the open oceans and are major contributors to the global carbon cycle. Prochlorococcus has remained a genetically intractable bacterium due to slow growth rates and low transformation efficiencies using standard techniques. Our recent successes in cloning and genetically engineering the AT-rich, 1.1 Mb Mycoplasma mycoides genome in yeast encouraged us to explore similar methods with Prochlorococcus. Prochlorococcus MED4 has an AT-rich genome, with a GC content of 30.8%, similar to that of Saccharomyces cerevisiae (38%), and contains abundant yeast replication origin consensus sites (ACS) evenly distributed around its 1.66 Mb genome. Unlike Mycoplasma cells, which use the UGA codon for tryptophane, Prochlorococcus uses the standard genetic code. Despite this, we observed no toxic effects of several partial and 15 whole Prochlorococcus MED4 genome clones in S. cerevisiae. Sequencing of a Prochlorococcus genome purified from yeast identified 14 single base pair missense mutations, one frameshift, one single base substitution to a stop codon and one dinucleotide transversion compared to the donor genomic DNA. We thus provide evidence of transformation, replication and maintenance of this 1.66 Mb intact bacterial genome in S. cerevisiae.

Sequence analysis of a complete 1.66 Mb Prochlorococcus marinus MED4 genome cloned in yeast.

Les cyanobact&eacute;ries marines du genre Prochlorococcus repr&eacute;senter num&eacute;riquement dominantes photoautotrophes r&eacute;sidant dans toutes les zones euphotique dans les oc&eacute;ans ouverts et sont des contributeurs majeurs au cycle global du carbone. Prochlorococcus est rest&eacute; une bact&eacute;rie g&eacute;n&eacute;tiquement insoluble en raison de taux de croissance lente et de l&#39;efficacit&eacute; de transformation faible selon les techniques habituelles. Nos r&eacute;cents succ&egrave;s en clonage et ing&eacute;nierie g&eacute;n&eacute;tiquement le riche en AT, 1.1 Mb Mycoplasma mycoides g&eacute;nome chez levure nous a encourag&eacute;s &agrave; explorer des m&eacute;thodes similaires Prochlorococcus. Prochlorococcus MED4 poss&egrave;de un g&eacute;nome riche en AT, avec un contenu en GC de 30,8 %, semblable &agrave; celle de Saccharomyces cerevisiae (38 %) et contient abondants levure origine consensus sites de r&eacute;plication (ACS) r&eacute;partis uniform&eacute;ment autour de son g&eacute;nome de 1,66 Mb. Contrairement aux cellules de Mycoplasma, qui utilisent le codon UGA pour tryptophane, Prochlorococcus utilise le code g&eacute;n&eacute;tique standard. Malgr&eacute; cela, nous avons n&#39;observ&eacute; aucun effet toxique de plusieurs partielle et 15 toute Prochlorococcus MED4 g&eacute;nome clones chez S. cerevisiae. S&eacute;quen&ccedil;age d&#39;un Prochlorococcus g&eacute;nomique purifi&eacute; de levures identifi&eacute; 14 seul nucl&eacute;otide des mutations faux-sens, un changement de phase, une substitution de base unique &agrave; un codon stop et un dinucl&eacute;otide transversion, compar&eacute; &agrave; l&#39;ADN g&eacute;nomique du donneur. Nous fournissons ainsi des signes de transformation, de r&eacute;plication et d&#39;entretien de ce g&eacute;nome bact&eacute;rien intact de 1,66 Mb chez S. cerevisiae.

Analyse de la s&eacute;quence d&#39;un complet 1,66 Mb Prochlorococcus marinus MED4 g&eacute;nome clon&eacute;s chez la levure.

Marine Cyanobakterien der Gattung Prochlorococcus numerisch dominierende Aufbau mit Wohnsitz in der gesamten euphotische Zonen in den offenen Ozeanen darstellen und sind die Hauptverursacher f&uuml;r den globalen Kohlenstoffkreislauf. Prochlorococcus marinus blieb ein genetisch therapieresistente Bakterium durch langsame Wachstumsraten und niedrige Transformation Effizienz mit standard-Techniken. Unsere j&uuml;ngsten Erfolge in Klonen und genetisch engineering der AT-reiche, 1.1MB Mycoplasma Mycoides Genom in der Hefe ermutigte uns, &auml;hnliche Methoden mit Prochlorococcus zu erkunden. Prochlorococcus MED4 hat ein AT-reiche Genom, mit einem GC-Gehalt von 30,8 %, &auml;hnlich dem von Saccharomyces Cerevisiae (38 %), und enth&auml;lt reichlich Hefe Replikation Herkunft Konsens Standorten (ACS) gleichm&auml;&szlig;ig verteilt, um seine 1,66 Mb-Genom. Im Gegensatz zu Mycoplasma-Zellen, die die UGA-Codon f&uuml;r Tryptophan zu verwenden, verwendet Prochlorococcus standard genetischen Codes. Trotz dieser beobachteten wir keine toxischen Wirkungen von mehreren Teil- und 15 ganze Prochlorococcus MED4 Genom in S. Cerevisiae klont. Sequenzierung von einem Prochlorococcus identifizierten Genom aus Hefe gereinigtem 14 einzelner Basenpaare Missense-Mutationen, eine Frameshift, einer einzelnen base Substitution, ein Stop-Codon und ein dinucleotid Transversion im Vergleich zu den Spender genomischer DNA. Wir haben somit Beweis f&uuml;r Transformation, Replikation und Wartung dieser 1,66 Mb intakten bakteriellen Genoms in S. Cerevisiae.

Sequenzanalyse von einer kompletten 1,66 Mb Prochlorococcus Marinus MED4 Genom geklont in der Hefe.

Marini cianobatteri del genere Acinetobacter rappresentano numericamente dominante photoautotrophs residente in tutta le zone eufotica negli oceani aperti e sono maggiori contributori per il ciclo globale del carbonio. Acinetobacter &egrave; rimasto un batterio geneticamente intrattabile a causa di tassi di crescita lenta e le efficienze di trasformazione basso utilizzando tecniche standard. Nostri successi recenti nella clonazione e geneticamente ingegneria AT-rich, 1.1 Mb genoma di Mycoplasma mycoides in lievito ci ha incoraggiato a esplorare metodi simili con Acinetobacter. Prochlorococcus MED4 ha un genoma di AT-ricco, con un contenuto di GC del 30,8%, simile a quello del Saccharomyces cerevisiae (38%) e contiene abbondante lievito replica origine consenso siti (ACS) uniformemente distribuiti in tutto il genoma di 1.66 Mb. A differenza delle cellule di Mycoplasma, che utilizzano il codone UGA per triptofano, Acinetobacter utilizza il codice genetico standard. Nonostante questo, abbiamo non osservato effetti tossici di parecchi parziali e 15 intero Prochlorococcus MED4 genoma cloni in S. cerevisiae. Sequenziamento di un Acinetobacter genoma purificato dal lievito identificato 14 mutazioni missenso di singola coppia di basi, un frameshift, una singola base sostituzione di un codone di stop e un dinucleotide transversion rispetto al DNA genomico dei donatori. Abbiamo quindi fornire la prova della trasformazione, la replica e la manutenzione di questo genoma batterico intatto 1,66 Mb in S. cerevisiae.

Analisi di sequenza di un completo 1,66 Mb Prochlorococcus marinus MED4 genoma clonato in lievito.

&#x6D77;&#x6D0B;&#x85CD;&#x85FB;&#x5C5E;&#x306E; Prochlorococcus &#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6709;&#x5149;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x5168;&#x4F53;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x6570;&#x5024;&#x7684;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3001;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x8CA2;&#x732E;&#x3092;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x70AD;&#x7D20;&#x5FAA;&#x74B0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Prochlorococcus &#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x96E3;&#x6CBB;&#x6027;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x9045;&#x3044;&#x6210;&#x9577;&#x7387;&#x3068;&#x4F4E;&#x5909;&#x63DB;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6B8B;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x6210;&#x529F;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5DE5;&#x5B66; AT &#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x3067; 1.1 Mb &#x30DE;&#x30A4;&#x30B3; mycoides &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9175;&#x6BCD;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; Prochlorococcus &#x3067;&#x306E;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x63A2;&#x7D22;&#x3059;&#x308B;&#x52B1;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Prochlorococcus MED4 &#x306F; 30.8%&#x3001;&#x9175;&#x6BCD; &#xFF08;38 &#xFF05;&#xFF09; &#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306E; GC &#x5185;&#x5BB9;&#x3067;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x9175;&#x6BCD;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x8D77;&#x6E90;&#x30B3;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30B9; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x5468;&#x308A; 1.66 Mb &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x5747;&#x7B49;&#x306B;&#x5206;&#x6563; (ACS) &#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;UGA &#x30B3;&#x30C9;&#x30F3; &#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30F3;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B3; &#x30D7;&#x30E9;&#x30BA;&#x30DE;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x3001;Prochlorococcus &#x6A19;&#x6E96;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x3067; 15 &#x5168;&#x4F53; Prochlorococcus &#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3; MED4 &#x306E;&#x6BD2;&#x6027;&#x8A8D;&#x3081;&#x306A;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;Prochlorococcus &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x9175;&#x6BCD;&#x304B;&#x3089;&#x7CBE;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; 14 &#x5358;&#x4E00;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x30DF;&#x30B9;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x3001;1 &#x3064;&#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0; &#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x3001;1 &#x3064;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x7F6E;&#x63DB;&#x7D42;&#x6B62;&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x306B;&#x30C9;&#x30CA;&#x30FC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x306B;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066; 1 &#x3064;&#x306E;&#x88DC;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x610F;&#x7FA9;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x63DB;&#x3001;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x3053;&#x306E; 1.66 Mb &#x305D;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x51FA;&#x82BD;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CA;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5B8C;&#x5168;&#x306A; 1.66 Mb Prochlorococcus &#x30DE;&#x30EA;&#x30CC;&#x30B9; MED4 &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x9175;&#x6BCD;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3002;

&#xD574;&#xC591; &#xB0A8;&#xC870;&#xB958; &#xC18D;&#xC758; Prochlorococcus &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xACE0; &#xC22B;&#xC790;&#xB85C; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; photoautotrophs &#xC624;&#xD508; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; euphotic &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC788;&#xB294; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC21C;&#xD658;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xCC38;&#xC5EC;&#xC790;&#xB294;. Prochlorococcus&#xB294; &#xB290;&#xB9B0; &#xC131;&#xC7A5; &#xC18D;&#xB3C4;&#xC640; &#xB0AE;&#xC740; &#xBCC0;&#xD658; &#xD6A8;&#xC728; &#xD45C;&#xC900; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E4;&#xB8E8;&#xAE30; &#xD798;&#xB4E0; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. &#xBCF5;&#xC81C; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804; &#xACF5;&#xD559; AT&#xC774; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C;, &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC5D0; 1.1 m b Mycoplasma mycoides &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC131;&#xACF5; &#xC6B0;&#xB9AC; Prochlorococcus&#xACFC; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xD0D0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xACA9;&#xB824;. Prochlorococcus med4&#xB294; 30.8%, Saccharomyces cerevisiae (38%)&#xC640; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C;&#xC758; GC &#xCF58;&#xD150;&#xCE20;&#xB85C; AT &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188;&#xACFC; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD6A8; &#xBAA8; &#xBCF5;&#xC81C; &#xC6D0;&#xC810; &#xD569;&#xC758; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; (ACS) 1.66 Mb &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC8FC;&#xC704;&#xC5D0; &#xADE0;&#xB4F1; &#xD558; &#xAC8C; &#xBC30;&#xD3EC;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568;. UGA codon&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; tryptophane&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;, Mycoplasma &#xC138;&#xD3EC;&#xC640;&#xB294; &#xB2EC;&#xB9AC; Prochlorococcus&#xB294; &#xD45C;&#xC900; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xCF54;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7FC;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBD80;&#xBD84; &#xBC0F; 15 &#xC804;&#xCCB4; Prochlorococcus MED4 S. cerevisiae&#xC5D0; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xB3C5;&#xC131; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC5C6;&#xC774; &#xAD00;&#xCC30; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Prochlorococcus&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAC8C;&#xB188; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC815;&#xD654; 14 &#xB2E8;&#xC77C; &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; missense &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;, &#xD558;&#xB098;&#xC758; frameshift, &#xC815;&#xC9C0; codon&#xC5D0; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xB300;&#xCCB4; &#xBC0F; &#xAE30;&#xC99D;&#xC790; genomic DNA&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xD55C; &#xB514;&#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; transversion &#xD655;&#xC778;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xBCC0;&#xD658;, &#xBCF5;&#xC81C; &#xBC0F; S. cerevisiae&#xC5D0;&#xC11C; 1.66 Mb &#xADF8;&#xB300;&#xB85C; &#xC138;&#xADE0; &#xAC8C;&#xB188;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC9C0; &#xAD00;&#xB9AC;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; 1.66 mb Prochlorococcus marinus MED4 &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; &#xD6A8; &#xBAA8;&#xC5D0; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Cianobacterias marinas del g&eacute;nero Prochlorococcus representan num&eacute;ricamente dominantes photoautotrophs que residen a lo largo de las zonas euf&oacute;tica en los oc&eacute;anos abiertos y son importantes contribuyentes al ciclo mundial del carbono. Prochlorococcus ha mantenido una bacteria gen&eacute;ticamente insuperable debido a tasas de crecimiento lento y la eficiencia de transformaci&oacute;n bajo usando las t&eacute;cnicas est&aacute;ndar. Nuestros &eacute;xitos recientes en clonaci&oacute;n e ingenier&iacute;a gen&eacute;tica el AT-rich, 1.1 Mb la genoma de Mycoplasma mycoides en levadura nos animaban a explorar m&eacute;todos similares con Prochlorococcus. Prochlorococcus MED4 tiene un genoma de AT-ricos, con un contenido GC del 30,8%, similar a la de Saccharomyces cerevisiae (38%) y contiene sitios consenso del origen de replicaci&oacute;n de la levadura abundante (ACS) distribuidos uniformemente alrededor de su genoma de 1.66 Mb. A diferencia de las c&eacute;lulas del micoplasma, que utilizan el cod&oacute;n UGA de tript&oacute;fano, Prochlorococcus utiliza el c&oacute;digo gen&eacute;tico est&aacute;ndar. A pesar de ello, se observan ningunos efectos t&oacute;xicos de varios parciales y 15 todo Prochlorococcus MED4 genoma clones en S. cerevisiae. La secuencia de un Prochlorococcus genoma purificado de levadura identific&oacute; 14 mutaciones sin sentido de base par, uno frameshift, una sola substituci&oacute;n en base a un cod&oacute;n de parada y una transversi&oacute;n de dinucle&oacute;tido comparado el ADN gen&oacute;mico de donantes. As&iacute; Proporcionamos evidencia de la transformaci&oacute;n, la r&eacute;plica y el mantenimiento de este genoma bacteriano intacto de 1,66 Mb en S. cerevisiae.

Article	Year
A 768-lane microfabricated system for high-throughput DNA sequencing. Lab on a chip\| PubMed ID: 15915260	2005
Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples. Current opinion in microbiology\| PubMed ID: 18550420	2008
Pharmacokinetics, pharmacodynamics, tolerability, and safety of a novel sorbitol dehydrogenase inhibitor in healthy participants. Journal of clinical pharmacology\| PubMed ID: 20220044	2010
Single virus genomics: a new tool for virus discovery. PloS one\| PubMed ID: 21436882	2011
Going deeper: metagenome of a hadopelagic microbial community. PloS one\| PubMed ID: 21629664	2011
Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets. Nature biotechnology\| PubMed ID: 21926975	2011
Genomic insights to SAR86, an abundant and uncultivated marine bacterial lineage. The ISME journal\| PubMed ID: 22170421	2012
Sequence analysis of a complete 1.66 Mb Prochlorococcus marinus MED4 genome cloned in yeast. Nucleic acids research\| PubMed ID: 22941652	2012

Mark Novotny

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