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Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

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An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (<em>P. taeda</em> L.) and Other Conifer Species

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

University of Georgia (UGA)

&#x706B;&#x70AC;&#x677E; (&#x706B;&#x70AC;&#x677E; L.&#xFF09; &#x5168;&#x7403;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5206;&#x6790;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x5DE5;&#x5177;&#x5177;&#x6709;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#x3002;PtGen2&#xFF0C;26,496 &#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#xFF0C;&#x662F;&#x634F;&#x9020;&#xFF0C;&#x5E76;&#x7528;&#x4E8E;&#x8BC4;&#x4F30;&#x706B;&#x70AC;&#x677E;&#x7E41;&#x6B96;&#x4F53;&#x6839;&#x5E72;&#x65F1;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E0E;&#x52A0;&#x6743;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x76F8;&#x5173;&#x6027;&#x7F51;&#x7EDC;&#x5206;&#x6790;&#x88AB;&#x7528;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5E72;&#x65F1;&#x654F;&#x611F;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8FA8;&#x522B;&#x706B;&#x70AC;&#x677E;&#x6297;&#x65F1;&#x6027;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x65E0;&#x6807;&#x5EA6;&#x7F51;&#x7EDC;&#x786E;&#x5B9A;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x5E72;&#x65F1;&#x5F3A;&#x8C03;&#x6839;&#x7684;&#x706B;&#x70AC;&#x677E; (&#x4F53;&#x80B2;&#x706B;&#x70AC; L.&#xFF09; &#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784;&#x3002;

Global transcriptional analysis of loblolly pine (Pinus taeda L.) is challenging due to limited molecular tools. PtGen2, a 26,496 feature cDNA microarray, was fabricated and used to assess drought-induced gene expression in loblolly pine propagule roots. Statistical analysis of differential expression and weighted gene correlation network analysis were used to identify drought-responsive genes and further characterize the molecular basis of drought tolerance in loblolly pine.

Microarray analysis and scale-free gene networks identify candidate regulators in drought-stressed roots of loblolly pine (P. taeda L.).

Analyse globale de la transcription de pin &#xE0; encens (Pinus taeda L.) est difficile en raison de l&#x26;#39;insuffisance des outils mol&#xE9;culaires. PtGen2, un micror&#xE9;seau d&#x26;#39;ADNc 26496 fonctionnalit&#xE9;, a &#xE9;t&#xE9; fabriqu&#xE9; et utilis&#xE9; pour &#xE9;valuer l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes induite par la s&#xE9;cheresse dans les racines de pins &#xE0; encens de propagules. L&#x26;#39;analyse statistique de l&#x26;#39;expression diff&#xE9;rentielle et l&#x26;#39;analyse de r&#xE9;seau pond&#xE9;r&#xE9;e g&#xE8;ne de corr&#xE9;lation ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s pour identifier les g&#xE8;nes sensibles &#xE0; la s&#xE9;cheresse et de mieux caract&#xE9;riser la base mol&#xE9;culaire de la tol&#xE9;rance &#xE0; la s&#xE9;cheresse chez le pin &#xE0; encens.

Analyse de Microarray et des r&#xE9;seaux de g&#xE8;nes sans &#xE9;chelle identifier des r&#xE9;gulateurs candidats dans la s&#xE9;cheresse de stress Racines de pin &#xE0; encens (Pinus taeda L.)

Transkriptionelle Gesamtanalyse der Weihrauch-Kiefer (Pinus Taeda L.) ist eine Herausforderung aufgrund der begrenzten Molekulare Werkzeuge. PtGen2, ein 26.496 Feature cDNA-Microarray, war hergestellt und zur Bewertung der D&uuml;rre-induzierte Genexpression in Loblolly Pine Diaspore Wurzeln verwendet. Statistische Analyse der differenziellen Ausdruck und gewichteten Gen Korrelation Netzwerkanalyse wurden zur D&uuml;rre-responsive Gene zu identifizieren und weitere charakterisieren die molekulare Basis Trockenheitstoleranz Loblolly Pine.

Microarray Analyse und skalenfreies gen Netzwerke identifizieren Kandidaten Regulatoren in D&uuml;rre-betonte Wurzeln der Weihrauch-Kiefer (p. Taeda L.).

Analisi globale di transcriptional del loblolly pine (Pinus taeda L.) sono difficile a causa della limitata strumenti molecolari. PtGen2, un 26.496 caratteristica cDNA microarray, &egrave; stato fabbricato e utilizzato per valutare l&#39;espressione genica indotta da siccit&agrave; nelle radici propagule loblolly pine. Analisi statistica dell&#39;espressione differenziale e analisi di rete di correlazione ponderata gene sono stati utilizzati per identificare i geni sensibili alla siccit&agrave; e caratterizzare ulteriormente le basi molecolari della tolleranza alla siccit&agrave; in loblolly pine.

Analisi di Microarray e reti scale-free gene identificano regolatori candidato nella siccit&agrave;-ha sottolineato le radici di pino loblolly (p. taeda L.).

&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x8EE2;&#x5199;&#x89E3;&#x6790;&#xFF08;&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;L.&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5206;&#x5B50;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6311;&#x6226;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PtGen2&#x3001;26496&#x6A5F;&#x80FD;cDNA&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x88FD;&#x4F5C;&#x3057;&#x3001;&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;&#x306E;&#x7E41;&#x6B96;&#x306E;&#x6839;&#x3067;&#x5E72;&#x3070;&#x3064;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5DEE;&#x52D5;&#x5F0F;&#x3068;&#x91CD;&#x307F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x76F8;&#x95A2;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x5E72;&#x3070;&#x3064;&#x5FDC;&#x7B54;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x4E7E;&#x71E5;&#x8010;&#x6027;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x76E4;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x89E3;&#x6790;&#x3068;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x30D5;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3001;&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;&#x306E;&#x5E72;&#x3070;&#x3064;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30C4;&#xFF08;P.&#x30C6;&#x30FC;&#x30C0;&#x30DE;&#x30C4;L.&#xFF09;&#x306E;&#x5019;&#x88DC;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;

&#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; transcriptional &#xBD84;&#xC11D;&#xACFC; &#xC18C;&#xB098;&#xBB34; (Pinus taeda L.)&#xC758; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xBD84;&#xC790; &#xB3C4;&#xAD6C; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xC804; &#xC774;&#xB2E4;. PtGen2, 26,496 &#xAE30;&#xB2A5; cDNA microarray &#xC870;&#xC791; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0;&#xACFC; &#xC18C;&#xB098;&#xBB34; propagule &#xBFCC;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xAC00;&#xBB44;&#xC744; &#xC774;&#xC6A9;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCC28;&#xB3D9; &#xC2DD;&#xC758; &#xD1B5;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F;&#xAC00; &#xC911;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xBD84;&#xC11D; &#xAC00;&#xBB44; &#xBC18;&#xC751; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xCD94;&#xAC00; &#xD2B9;&#xC131; &#xAC00;&#xBB44; &#xAD00;&#xC6A9;&#xACFC; &#xC18C;&#xB098;&#xBB34;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAE30;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;.

Microarray &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xADDC;&#xBAA8; &#xBB34;&#xB8CC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; (P. taeda L.)&#xACFC; &#xC18C;&#xB098;&#xBB34;&#xC758; &#xBFCC;&#xB9AC; &#xAC00;&#xBB44;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD588;&#xB2E4;.

An&#xE1;lisis global de la transcripci&#xF3;n de pino taeda (Pinus taeda L.) es un reto debido a la escasez de herramientas moleculares. PtGen2, un microarray de 26.496 funci&#xF3;n de ADNc, se fabric&#xF3; y se utiliza para evaluar la sequ&#xED;a inducida por la expresi&#xF3;n de genes en las ra&#xED;ces de pino taeda de prop&#xE1;gulos. El an&#xE1;lisis estad&#xED;stico de la expresi&#xF3;n diferencial y el an&#xE1;lisis ponderado de la correlaci&#xF3;n gen&#xE9;tica de la red se utiliza para identificar genes de respuesta a la sequ&#xED;a y caracterizar las bases moleculares de la tolerancia a la sequ&#xED;a en el pino de incienso.

An&#xE1;lisis de microarrays y redes libres de escala de genes reguladores Identificar candidatos en la sequ&#xED;a estr&#xE9;s ra&#xED;ces del pino tea (P. taeda L.)

ArticleTotal : 2	Year
Publication title Cited by 6	2009
Publication title Cited by 13	2010

Yuan-Sheng Yu

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