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MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

Rockefeller University

&#x672C;&#x767D;&#x76AE;&#x4E66;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x8D85;&#x4E34;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;-&#x6C14;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;/&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x8D28;&#x8C31; (&#x8D85;&#x4E34;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;-GC/MS) &#x7814;&#x7A76;&#x5C0F;&#x6837;&#x672C; (100 microg &#x81F3; 1 &#x6BEB;&#x514B;) &#x7684;&#x4EBA;&#x5934;&#x76AE;&#x7684;&#x5934;&#x53D1;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x8BB8;&#x591A;&#x597D;&#x5904;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x66F4;&#x5927;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x6BD4;&#x6DB2;&#x4F53;&#x63D0;&#x53D6;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x6574;&#x4E2A;&#x53EF;&#x8403;&#x53D6;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x8F6C;&#x79FB;&#x5230;&#x5206;&#x6790;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x53EA;&#x6709;&#x51E0;&#x4E2A;&#x767E;&#x5206;&#x70B9;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4F20;&#x7EDF;&#x7684;&#x6DB2;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;&#x548C;&#x6CE8;&#x5C04;&#x3002;&#x8BE5;&#x9879;&#x76EE;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x662F;&#x5934;&#x53D1;&#x7684;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x8868;&#x9762;&#x53EF;&#x8403;&#x53D6;&#x6210;&#x5206;&#x7684;&#x8D85;&#x4E34;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;-GC/MS &#x5206;&#x6790;&#x662F;&#x5426;&#x4EA7;&#x91CF;&#x4E00;&#x81F4;&#x5316;&#x5B66;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x5E76;&#x8C03;&#x67E5;&#x5982;&#x679C;&#x8DB3;&#x591F;&#x4E0D;&#x540C;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x533A;&#x522B;&#x4E8E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x5176;&#x4ED6;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5341;&#x4ECE;&#x56DB;&#x4E2A;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x5355;&#x4F4D;&#x7684;&#x8D85;&#x4E34;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;-GC/MS &#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x540C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684; mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x548C;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x4E5F;&#x662F;&#x4E0E;&#x4F17;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x800C;&#x4EA7;&#x5987;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x4EA7;&#x751F;&#x4E86;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x5728;&#x4E32;&#x8054;&#xFF0C;&#x8D85;&#x4E34;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x8403;&#x53D6;-GC/MS &#x548C; mtDNA &#x6280;&#x672F;&#x53EF;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x4EF7;&#x503C;&#x7684;&#x8865;&#x5145;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x6CD5;&#x533B;&#x5934;&#x53D1;&#x6837;&#x54C1;&#x3002;

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This paper discusses results of a supercritical fluid extraction-gas chromatography/mass spectrometry (SFE-GC/MS) study of small samples ( 100 microg to 1 mg) of human scalp hair. The method offers a number of benefits including greater sensitivity than liquid extraction methods because the entire extractable mass is transferred to the analytical system, compared with only a few percent from a conventional liquid extraction/injection. The project's goals were to determine if SFE-GC/MS analyses of the surface-extractable components of an individual's hair yield consistent chemical profiles and to investigate if the profiles are sufficiently different to distinguish them from those of other individuals. In addition, the mtDNA sequences from ten of the same individuals used in the SFE-GC/MS study from four family units were determined, and, while the families were distinguishable, the maternal relations yielded identical sequences. In tandem, SFE-GC/MS and mtDNA techniques may provide valuable complementary data from forensic hair samples.

Characterization of surface organic components of human hair by on-line supercritical fluid extraction-gas chromatography/mass spectrometry: a feasibility study and comparison with human identification using mitochondrial DNA sequences.

Cet article discute des r&eacute;sultats d&#39;une fluide supercritique d&#39;extraction-chromatographie/masse &eacute;tude de spectrom&eacute;trie (SFE-GC/MS) de petits &eacute;chantillons (100 microgrammes &agrave; 1 mg) du cuir chevelu humain. La m&eacute;thode propose un certain nombre d&#39;avantages, notamment une plus grande sensibilit&eacute; que les m&eacute;thodes d&#39;extraction liquide parce que toute la masse extractible est transf&eacute;r&eacute;e vers le syst&egrave;me analytique, compar&eacute; &agrave; seulement quelques pour cent d&#39;une extraction/injection de liquide conventionnelle. Objectifs du projet &eacute;taient de d&eacute;terminer si les analyses de SFE-GC/MS des composants surface extractibles de cheveux de l&#39;individu donne les profils chimiques conformes et de v&eacute;rifier si les profils sont suffisamment diff&eacute;rentes pour les distinguer de ceux d&#39;autres personnes. En outre, les s&eacute;quences de l&#39;ADNmt de dix des m&ecirc;mes individus utilis&eacute;s dans l&#39;&eacute;tude de la SFE-GC/MS de quatre unit&eacute;s familiales ont &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute;es, et, tandis que les familles peuvent &ecirc;tre distingu&eacute;es, les relations m&egrave;res ont donn&eacute; des s&eacute;quences identiques. En tandem, SFE-GC/MS et ADNmt techniques peuvent pr&eacute;voir des pr&eacute;cieuses donn&eacute;es compl&eacute;mentaires provenant d&#39;&eacute;chantillons de cheveux m&eacute;dico-l&eacute;gale.

Caract&eacute;risation de surfaces composants organiques de cheveux humains par en ligne fluide supercritique d&#39;extraction-gas chromatography/mass spectrometry : une &eacute;tude de faisabilit&eacute; et une comparaison avec l&#39;identification humaine, &agrave; l&#39;aide de s&eacute;quences d&#39;ADN mitochondrial.

Charakterisierung von Oberfl&#xE4;chen organischen Bestandteile des menschlichen Haares durch on-line Hochdruckextraktion-Gaschromatographie / Massenspektrometrie: eine Machbarkeitsstudie und Vergleich mit menschlichen Identifikation mit mitochondrialen DNA-Sequenzen.

Questa carta discute i risultati di una cromatografia supercritica estrazione liquido-gas/studio di spettrometria di massa (SFE-GC/MS) di piccoli campioni (100 microg a 1 mg) di capelli umani. Il metodo offre numerosi vantaggi tra cui una maggiore sensibilit&agrave; rispetto ai metodi di estrazione liquido perch&eacute; l&#39;intera massa estraibile &egrave; trasferito al sistema analitico, confrontato con solo una piccola percentuale da una convenzionale iniezione/estrazione liquido. Gli obiettivi del progetto sono stati per determinare se SFE-GC/MS analisi dei componenti estraibili per la superficie dei capelli di un individuo resa coerente profili chimici e per indagare se i profili sono sufficientemente diversi per distinguerle da quelle di altri individui. Inoltre, le sequenze di DNA mitocondriale da dieci degli individui stessi utilizzati nello studio SFE-GC/MS da quattro nuclei familiari sono state determinate, e, mentre le famiglie erano distinguibili, i rapporti materni ha reso sequenze identiche. In tandem, SFE-GC/MS e mtDNA tecniche possono fornire preziosi dati complementari da campioni di capelli forense.

Caratterizzazione dei componenti organici superficiali di capelli umani da on-line estrazione fluido supercritico-gas cromatografia/spettrometria di massa: un studio di fattibilit&agrave; e confronto con identificazione umana utilizzando sequenze di DNA mitocondriale.

&#x672C;&#x7A3F;&#x3067;&#x306F;&#x8D85;&#x81E8;&#x754C;&#x6D41;&#x4F53;&#x62BD;&#x51FA; - &#x30AC;&#x30B9;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;/&#x8CEA;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x6CD5; (SFE-GC/MS) &#x7814;&#x7A76;&#x5C0F;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB; (1 mg &#x3092; 100 0.5&#x3001;5&#x3001;50&#x3001;500) &#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x982D;&#x76AE;&#x306E;&#x6BDB;&#x3002;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x5168;&#x4F53;&#x62BD;&#x51FA;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x8CEA;&#x91CF;&#x306F;&#x5F93;&#x6765;&#x306E;&#x6DB2;&#x4F53;&#x62BD;&#x51FA;/&#x6CE8;&#x5C04;&#x304B;&#x3089;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x6570;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306B;&#x8EE2;&#x9001;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x6DB2;&#x4F53;&#x62BD;&#x51FA;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5229;&#x70B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x6BDB;&#x306E;&#x8868;&#x9762;&#x6EB6;&#x51FA;&#x6210;&#x5206;&#x306E; SFE-GC/MS &#x5206;&#x6790;&#x5316;&#x5B66;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304C;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x53CE;&#x91CF;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x533A;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5834;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;.&#x307E;&#x305F;&#x3001;mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E; SFE-GC/MS &#x7814;&#x7A76; 4 &#x3064;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x5358;&#x4F4D;&#x304B;&#x3089;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x540C;&#x3058;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E; 10 &#x304B;&#x3089;&#x65AD;&#x56FA;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3057;&#x3001;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306F;&#x533A;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x540C;&#x4E00;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6BCD;&#x5B50;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30BF;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E0;&#x3067;&#x306F;&#x3001;SFE-GC/MS &#x3068; mtDNA &#x6280;&#x8853;&#x6CD5;&#x533B;&#x5B66;&#x9AEA;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x8CB4;&#x91CD;&#x306A;&#x88DC;&#x5B8C;&#x7684;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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Este trabajo analizan los resultados de una cromatograf&iacute;a de fluidos supercr&iacute;ticos extracci&oacute;n-gas/masa estudio de espectrometr&iacute;a (SFE-GC/MS) de peque&ntilde;as muestras (100 microg a 1 mg) de pelo del cuero cabelludo humano. El m&eacute;todo ofrece varias ventajas como una mayor sensibilidad que los m&eacute;todos de extracci&oacute;n l&iacute;quido porque toda la masa extra&iacute;ble se transfiere al sistema anal&iacute;tico, en comparaci&oacute;n con s&oacute;lo un peque&ntilde;o porcentaje de extracci&oacute;n/inyecci&oacute;n de l&iacute;quidos convencional. Los objetivos del proyecto fueron determinar si SFE-GC/MS an&aacute;lisis de los componentes extra&iacute;bles superficie del cabello de una persona rendimiento consistentes perfiles qu&iacute;micos e investigar si los perfiles son suficientemente distintos para distinguirlos de los de otras personas. Adem&aacute;s, se determinaron las secuencias de mtDNA de diez de los mismos individuos utilizados en el estudio de SFE-GC/MS de cuatro unidades familiares, y, mientras que las familias eran distinguibles, las relaciones maternas rindieron secuencias id&eacute;nticas. Paralelamente, t&eacute;cnicas de SFE-GC/MS y mtDNA pueden proporcionar valiosos datos complementarios de muestras de pelo forense.

Caracterizaci&oacute;n de componentes org&aacute;nicos superficiales de cabello humano por cromatograf&iacute;a de fluidos supercr&iacute;ticos en l&iacute;nea extracci&oacute;n-gas/espectrometr&iacute;a de masas: un estudio de viabilidad y comparaci&oacute;n con identificaci&oacute;n humana mediante secuencias de ADN mitocondrial.

&#x901A;&#x8FC7;&#x4EB2;&#x548C;&#x6807;&#x8BB0;&#x86CB;&#x767D;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x5206;&#x79BB;&#x7814;&#x7A76;&#x751F;&#x7269;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5F3A;&#x5927;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6280;&#x672F;&#x5E38;&#x5E38;&#x53D7;&#x5230;&#x7684; co-enrichment nonspecifically &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x6C61;&#x67D3;&#x7269;&#x5F00;&#x6765;&#x5584;&#x610F;&#x975E;&#x540C;&#x5C0F;&#x53EF;&#xFF0C;&#x5728; immunopurifications&#xFF0C;&#x514B;&#x670D;&#x6B64;&#x6700;&#x5177;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#x7684;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;&#x5728;&#x5B9A;&#x4E49;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x4F53;&#x7684;&#x65B0;&#x6280;&#x672F; &#xFF08;&#x6211;&#x7684;&#x6C61;&#x57A2;&#xFF09;&#x3002;&#x6C61;&#x57A2;&#x5C06;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4EF7;&#x503C;&#x7814;&#x7A76;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x65B0;&#x9648;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E2D;&#x3002;

&#x6211;&#x7684;&#x987D;&#x56FA;&#x6C61;&#x6E0D;&#xFF0C;&#x533A;&#x5206;&#x7279;&#x5B9A;&#x548C;&#x975E;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x4E00;&#x822C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

Isolation of protein complexes via affinity-tagged proteins provides a powerful tool for studying biological systems, but the technique is often compromised by co-enrichment of nonspecifically interacting proteins. We describe a new technique (I-DIRT) that distinguishes contaminants from bona fide interactors in immunopurifications, overcoming this most challenging problem in defining protein complexes. I-DIRT will be of broad value for studying protein complexes in biological systems that can be metabolically labeled.

I-DIRT, a general method for distinguishing between specific and nonspecific protein interactions.

Isolement des complexes de prot&#xE9;ines par l&#x26;#39;interm&#xE9;diaire des prot&#xE9;ines par affinit&#xE9; marqu&#xE9;s fournit un outil puissant pour &#xE9;tudier les syst&#xE8;mes biologiques, mais la technique est souvent compromise par la co-enrichissement de prot&#xE9;ines qui interagissent non sp&#xE9;cifique. Nous d&#xE9;crivons une nouvelle technique (I-DIRT) qui distingue les contaminants de bonne foi dans interacteurs immunopurifications, pour surmonter ce probl&#xE8;me le plus difficile &#xE0; d&#xE9;finir des complexes de prot&#xE9;ines. I-DIRT sera d&#x26;#39;une valeur large pour l&#x26;#39;&#xE9;tude de complexes prot&#xE9;iques dans les syst&#xE8;mes biologiques qui peuvent &#xEA;tre m&#xE9;taboliquement marqu&#xE9;es.

I-DIRT, une m&#xE9;thode g&#xE9;n&#xE9;rale pour distinguer les interactions prot&#xE9;iques sp&#xE9;cifiques et non sp&#xE9;cifiques

Isolierung von Proteinkomplexen &uuml;ber Affinit&auml;t-etikettierten Proteine ist ein leistungsstarkes Tool f&uuml;r die Untersuchung biologischer Systeme, aber die Technik ist oft gef&auml;hrdet, durch Co-enrichment der nonspecifically interagierenden Proteine. Wir beschreiben eine neue Technik (I-DIRT), die Verunreinigungen von bona-fide Interaktoren in Immunopurifications, &Uuml;berwindung dieses schwierigste Problem bei der Definition von Proteinkomplexen unterscheidet. Schmutz werden von breiten Wert f&uuml;r ein Studium Proteinkomplexe in biologischen Systemen, die metabolisch beschriftet werden k&ouml;nnen.

Ich-DIRT, eine allgemeine Methode f&uuml;r die Unterscheidung zwischen spezifische und unspezifische Protein-Interaktionen.

Isolamento dei complessi della proteina attraverso proteine etichettate affinit&agrave; fornisce un potente strumento per lo studio di sistemi biologici, ma la tecnica &egrave; spesso compromessa da co-enrichment di proteine interagenti. Descriviamo una tecnica nuova (I-sporcizia) che distingue i contaminanti da bona fide interattori in immunopurifications, superare questo problema pi&ugrave; impegnativo nella definizione di complessi della proteina. SPORCIZIA sar&agrave; di ampio valore per studiare i complessi della proteina nei sistemi biologici che possono essere etichettati metabolicamente.

I-DIRT, un metodo generale per distinguere tra le interazioni della proteina specifica e aspecifica.

&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x30BF;&#x30B0;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x5206;&#x96E2;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x306F;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;&#x975E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306B;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5171;&#x540C;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5371;&#x967A;&#x306B;&#x3055;&#x3089;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x969B;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x56F0;&#x96E3;&#x306A;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3057;&#x3001;immunopurifications&#x3067;&#x5584;&#x610F;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x6C5A;&#x67D3;&#x7269;&#x8CEA;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6280;&#x8853;&#xFF08;I-DIRT&#xFF09;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; I-DIRT&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7684;&#x306B;&#x6A19;&#x8B58;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x4FA1;&#x5024;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3067;&#x3057;&#x3087;&#x3046;&#x3002;

I-DIRT&#x3001;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x975E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;

&#xC120;&#xD638;&#xB3C4; &#xD0DC;&#xADF8; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xB2E8;&#xC9C0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xACA9;&#xB9AC;&#xB294; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;, &#xACF5;&#xBD80;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xAE30;&#xC220;&#xC740; &#xC885;&#xC885;&#xC758; co-enrichment&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC190;&#xC0C1; &#xB41C; nonspecifically &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC815;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC774; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6B4; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xADF9;&#xBCF5; &#xD574; immunopurifications, &#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xC778;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC624;&#xC5FC; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC744; &#xAD6C;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; (&#xB09C; &#xD759;)&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBA3C;&#xC9C0; metabolically &#xBD84;&#xB958; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC744; &#xACF5;&#xBD80;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xAC00;&#xCE58;&#xAC00; &#xC788;&#xC744; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB09C;-&#xD759;, &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xAD6C;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;.

El aislamiento de complejos de prote&#xED;nas a trav&#xE9;s de prote&#xED;nas por afinidad con etiqueta proporciona una herramienta poderosa para el estudio de sistemas biol&#xF3;gicos, pero la t&#xE9;cnica se ve obstaculizada por la co-enriquecimiento de las prote&#xED;nas que interact&#xFA;an inespec&#xED;fica. Se describe una nueva t&#xE9;cnica (I-DIRT) que distingue a los contaminantes de buena fe en immunopurifications interactores, la superaci&#xF3;n de este problema m&#xE1;s dif&#xED;cil en la definici&#xF3;n de los complejos de prote&#xED;nas. I-SUCIEDAD ser&#xE1; de un valor amplio para el estudio de los complejos de prote&#xED;nas en sistemas biol&#xF3;gicos que pueden ser metab&#xF3;licamente marcadas.

I-DIRT, un m&#xE9;todo general para distinguir entre las interacciones entre prote&#xED;nas espec&#xED;ficas y no espec&#xED;ficas

&#x8702;&#x7A9D;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; (&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;) &#x7C92;&#x5B50;&#x52A8;&#x6001; interactome &#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4E00;&#x76F4;&#x53D7;&#x5230;&#x4E25;&#x91CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0A;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x3002;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#xFF0C;&#x60A3; RNA &#x964D;&#x89E3;&#x7684;&#x4EB2;&#x548C;&#x7EAF;&#x5316;&#x7EC6;&#x80DE;&#x88C2;&#x89E3;&#x5B8C;&#x597D;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#xFF0C;&#x635F;&#x5931;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5927;&#x5206;&#x5B50;&#x548C;&#x5DEE;&#x6574;&#x4F53;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x3002;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x9014;&#x5F84;&#x5728;&#x917F;&#x9152;&#x9175;&#x6BCD;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E8C;&#x9AD8;&#x6548;&#x5206;&#x79BB;&#x5FEB;&#x901F;&#x7684;&#x4EB2;&#x548C;&#x7EAF;&#x5316;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x514B;&#x670D;&#x4E86;&#x5F88;&#x591A;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#xFF0C;&#x8981;&#x4EA7;&#x751F;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; interactomes &#x4E0E;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x6C61;&#x67D3;&#x3002;

&#x7EFC;&#x5408;&#x5206;&#x6790;&#x5404;&#x79CD;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x3002;

The study of the dynamic interactome of cellular ribonucleoprotein (RNP) particles has been hampered by severe methodological limitations. In particular, the affinity purification of intact RNP complexes from cell lysates suffers from RNA degradation, loss of interacting macromolecules and poor overall yields. Here we describe a rapid affinity-purification method for efficient isolation of the subcomplexes that dynamically organize different RNP biogenesis pathways in Saccharomyces cerevisiae. Our method overcomes many of the previous limitations to produce large RNP interactomes with almost no contamination.

Comprehensive analysis of diverse ribonucleoprotein complexes.

L&#x26;#39;&#xE9;tude de la dynamique de interactome cellulaires ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques (RNP) des particules a &#xE9;t&#xE9; entrav&#xE9;e par de graves limitations m&#xE9;thodologiques. En particulier, la purification par affinit&#xE9; des complexes RNP intactes de lysats cellulaires souffre de d&#xE9;gradation de l&#x26;#39;ARN, la perte des macromol&#xE9;cules qui interagissent et pauvres rendements globaux. Nous d&#xE9;crivons ici un rapide affinit&#xE9; de purification m&#xE9;thode pour l&#x26;#39;isolement efficace des sous-complexes qui organisent de mani&#xE8;re dynamique les diff&#xE9;rentes voies biogen&#xE8;se RNP chez Saccharomyces cerevisiae. Notre m&#xE9;thode permet de surmonter bon nombre des limites pr&#xE9;c&#xE9;dentes pour produire interactomes RNP grandes avec presque aucune trace de contamination.

Analyse compl&#xE8;te des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques Divers

Die Studie von der dynamischen Interaktom zellul&auml;re Ribonucleoprotein (RNP) Teilchen hat durch schwere methodische Beschr&auml;nkungen behindert. Insbesondere die Affinit&auml;tsreinigung der intakten RNP-komplexe aus Zelllysate leidet RNA-Abbau, Verlust von interagierenden Makromolek&uuml;len und Armen insgesamt ergibt. Hier beschreiben wir eine rasche Affinit&auml;ts-Reinigung-Methode f&uuml;r die effiziente Isolierung der Unterkomplexe, die unterschiedliche RNP Biogenese wegen in Saccharomyces Cerevisiae dynamisch zu organisieren. Unsere Methode &uuml;berwindet viele der fr&uuml;heren Einschr&auml;nkungen, gro&szlig;e RNP-Interactomes mit fast keine Verunreinigung zu produzieren.

Umfassende Analyse der vielf&auml;ltigen-Gebiets-komplexe.

Lo studio del interactome dinamica delle particelle della ribonucleoproteina cellulare (RNP) &egrave; stato ostacolato da gravi limiti metodologici. In particolare, la purificazione di affinit&agrave; dei complessi RNP intatti da lisati cellulari soffre di degradazione di RNA, perdita di macromolecole interagenti e poveri rendimenti nel complesso. Qui descriviamo un metodo rapido di purificazione di affinit&agrave; per l&#39;efficiente isolamento di subcomplexes che dinamicamente organizzare diversi percorsi di biogenesi RNP in Saccharomyces cerevisiae. Il nostro metodo supera molte delle precedenti limitazioni per produrre grandi RNP interactomes con quasi nessuna contaminazione.

Analisi completa dei complessi ribonucleoproteina diversificata.

&#x643A;&#x5E2F;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RNP&#xFF09;&#x306E;&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x523B;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8AD6;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x59A8;&#x3052;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x7279;&#x306B;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x30E9;&#x30A4;&#x30BB;&#x30FC;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x305D;&#x306E;&#x307E;&#x307E;RNP&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x7CBE;&#x88FD;&#x306F;&#x3001;RNA&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x3001;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x3068;&#x8CA7;&#x3057;&#x3044;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x53CE;&#x7387;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306B;&#x82E6;&#x3057;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x52D5;&#x7684;&#x306B;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30ED;&#x30DF;&#x30BB;&#x30B9;&#xB7;&#x30BB;&#x30EC;&#x30D3;&#x30B7;&#x30A8;&#xFF08;Saccharomyces cerevisiae&#xFF09;&#x306E;&#x5225;&#x306E;RNP&#x306E;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x6574;&#x7406;&#x3059;&#x308B;subcomplexes&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x96E2;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x30FC;&#x7CBE;&#x88FD;&#x6CD5;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3067;&#x5927;&#x304D;&#x306A;RNP&#x306E;interactomes&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x6790;

&#xC2EC;&#xAC01;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xB860; &#xD55C;&#xACC4; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; ribonucleoprotein (RNP) &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xC704;&#xD558;&#xC5EC; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xD574;&#xB3C4; &#xBC29;&#xD574; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. &#xD2B9;&#xD788;, &#xC140; lysates&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C; RNP &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xCE5C; &#xD654;&#xB825; &#xC815;&#xD654; RNA &#xC800;&#xD558;&#xB97C; &#xC553;&#xACE0;, &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC740; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC190;&#xC2E4;&#xC744; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xACE0;&#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xBD88; &#xC30D; &#xD55C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; Saccharomyces cerevisiae&#xC5D0; &#xB2E4;&#xB978; RNP &#xC18D; &#xACBD;&#xB85C; &#xB3D9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; subcomplexes&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xCE5C; &#xD654;&#xB825; &#xC815;&#xD654; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xAC70;&#xC758; &#xC5C6;&#xB294; &#xC624;&#xC5FC; &#xB41C; &#xD070; RNP interactomes &#xC0DD;&#xC0B0; &#xC774;&#xC804; &#xC81C;&#xD55C;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC744; &#xADF9;&#xBCF5; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; ribonucleoprotein &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xBD84;&#xC11D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El estudio de la din&#xE1;mica de interactoma celulares ribonucleoprote&#xED;na (RNP) las part&#xED;culas se ha visto obstaculizada por graves limitaciones metodol&#xF3;gicas. En particular, la purificaci&#xF3;n por afinidad de los complejos RNP intactos de lisados &#x200B;&#x200B;celulares sufre de degradaci&#xF3;n del ARN, la p&#xE9;rdida de macromol&#xE9;culas que interact&#xFA;an y pobres rendimientos globales. Aqu&#xED; se describe una r&#xE1;pida afinidad de purificaci&#xF3;n de m&#xE9;todo para el aislamiento eficiente de los subcomplejos que organizan de forma din&#xE1;mica las diferentes v&#xED;as de la biog&#xE9;nesis de RNP en Saccharomyces cerevisiae. Nuestro m&#xE9;todo supera muchas de las limitaciones anteriores para producir grandes interactomes RNP con casi ninguna contaminaci&#xF3;n.

An&#xE1;lisis Integral de ribonucleoprotein complejos diversos

&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x5DF2;&#x6DF1;&#x5165;&#x7814;&#x7A76;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x540E;&#x4FEE;&#x9970;&#x3002;&#x6709;&#x4EBA;&#x63D0;&#x8BAE;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4FEE;&#x6539;&#x6784;&#x6210;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x4EE3;&#x7801;&#x6307;&#x5B9A;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x3002;&#x4E0E;&#x6570;&#x91CF;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x9970;&#x9176;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x8F83;&#x5C11;&#x5197;&#x4F59;&#x3001; &#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x8868;&#x793A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x826F;&#x597D;&#x7684;&#x5236;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x7528;&#x6765;&#x8C03;&#x67E5;&#x4E2A;&#x522B;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x9970;&#x548C;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x9970;&#x9176;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x8D56;&#x6C28;&#x9178; (H4K4) &#x7684;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D; H4 4 T.&#x9525;&#x4F53;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x7F51;&#x7AD9;&#x6700;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x3002;T.&#x9525;&#x4F53;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5206;&#x6B67;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x6211;&#x4EEC;&#x751F;&#x6210;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x548C;&#x672A;&#x4FEE;&#x6539;&#x7684; H4K4 &#x9AD8;&#x5EA6;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x7684;&#x6297;&#x4F53;&#x3002;&#x514D;&#x75AB;&#x8367;&#x5149;&#x663E;&#x5FAE;&#x955C;&#x548C;&#x897F;&#x65B9;&#x6C61;&#x70B9;&#x4E0E;&#x5DF2;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x663E;&#x793A;&#x672A;&#x4FEE;&#x6539; H4K4 S &#x9636;&#x6BB5;&#x5F3A;&#x6D53;&#x7F29;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE; G1 G0 &#x7279;&#x6709;&#x5C4F;&#x853D;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;&#x7531;&#x4E8E;&#x975E;&#x5171;&#x4EF7;&#x952E;&#x7EA6;&#x675F;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4E59;&#x9170;&#x57FA;&#x8F6C;&#x79FB;&#x9176; 3 (HAT3) &#x662F;&#x8D1F;&#x8D23; H4K4 &#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x548C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E0E;&#x653E;&#x7EBF;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x5408;&#x6210;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x916E;&#x5BFC;&#x81F4;&#x672A;&#x4FEE;&#x6539;&#x7684; H4K4 &#x7F51;&#x7AD9;&#x51E0;&#x4E4E;&#x77AC;&#x65F6;&#x635F;&#x5931;&#x3002;&#x5982; HAT3 &#x4F4D;&#x4E8E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#x5185;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x672A;&#x4FEE;&#x6539; K4 H4 &#x8FC5;&#x901F;&#x5BFC;&#x5165;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#xFF0C;&#x5728;&#x5B83;&#x4E59;&#x9170;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x4E0D;&#x53EF;&#x9006;&#x8F6C;&#x7684;&#x65B0;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;

&#x7EC6;&#x80DE;&#x5468;&#x671F;&#x8C03;&#x8282;&#x548C;&#x4ECB;&#x5BFC; HAT3 &#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x4E2D;&#x7684; H4K4 &#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x3002;

Post-translational histone modifications have been studied intensively in several eukaryotes. It has been proposed that these modifications constitute a 'histone code' that specifies epigenetic information for transcription regulation. With a limited number of histone-modifying enzymes, implying less redundancy, Trypanosoma brucei represents an excellent system in which to investigate the function of individual histone modifications and histone-modifying enzymes. In this study, we characterized the acetylation of lysine 4 of histone H4 (H4K4), the most abundant acetylation site in T. brucei histones. Because of the large sequence divergence of T. brucei histones, we generated highly specific antibodies to acetylated and unmodified H4K4. Immunofluorescence microscopy and Western blots with sorted cells revealed a strong enrichment of unmodified H4K4 in S phase and suggested a G1/G0-specific masking of the site, owing to non-covalently binding factors. Finally, we showed that histone acetyltransferase 3 (HAT3) is responsible for H4K4 acetylation and that treatment of cells with the protein synthesis inhibitor cycloheximide led to an almost instantaneous loss of unmodified H4K4 sites. As HAT3 is located inside the nucleus, our findings suggest that newly synthesized histone H4 with an unmodified K4 is imported rapidly into the nucleus, where it is acetylated, possibly irreversibly.

Acetylation of histone H4K4 is cell cycle regulated and mediated by HAT3 in Trypanosoma brucei.

Modifications d&#39;histone post-traductionnelles ont &eacute;t&eacute; &eacute;tudi&eacute;es intensivement dans plusieurs eucaryotes. Il a &eacute;t&eacute; propos&eacute; que ces modifications constituent un &laquo; code histone &raquo; qui sp&eacute;cifie des informations &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques pour la r&eacute;gulation de la transcription. Avec un nombre limit&eacute; de modification des histones enzymes, ce qui implique moins de redondance, Trypanosoma brucei repr&eacute;sentant un excellent syst&egrave;me permettant d&#39;&eacute;tudier la fonction des modifications d&#39;histone individuels et des enzymes de modification des histones. Dans cette &eacute;tude, nous avons caract&eacute;ris&eacute; l&#39;ac&eacute;tylation de la lysine 4 de l&#39;histone H4 (H4K4), le site d&#39;ac&eacute;tylation plus abondant T. brucei histones. En raison de la divergence des s&eacute;quences de T. brucei histones, nous avons g&eacute;n&eacute;r&eacute; des anticorps hautement sp&eacute;cifiques aux H4K4 ac&eacute;tyl&eacute;s et non modifi&eacute;es. La microscopie par immunofluorescence et Western blots avec cellules tri&eacute;es ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; un fort enrichissement des H4K4 non modifi&eacute; en phase S et a sugg&eacute;r&eacute; un masquage de G0/G1-sp&eacute;cifique du site, en raison de fa&ccedil;on non covalente liaison facteurs. Enfin, nous avons montr&eacute; qu&#39;ac&eacute;tyltransf&eacute;rase d&#39;histone 3 (HAT3) est responsable de l&#39;ac&eacute;tylation de la H4K4 et que le traitement des cellules avec la prot&eacute;ine synth&egrave;se inhibiteur cycloheximide a conduit &agrave; une perte quasi instantan&eacute;e des sites de H4K4 non modifi&eacute;s. HAT3 est situ&eacute; &agrave; l&#39;int&eacute;rieur du noyau, nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que nouvellement synth&eacute;tis&eacute;e histone que H4 avec un K4 non modifi&eacute; est import&eacute; rapidement dans le noyau, o&ugrave; il est ac&eacute;tyl&eacute;, peut-&ecirc;tre de fa&ccedil;on irr&eacute;versible.

L&#39;ac&eacute;tylation des histones H4K4 est cycle cellulaire r&eacute;glement&eacute; et arbitr&eacute; par HAT3 Trypanosoma brucei.

POSTTRANSLATIONELLE Histon-Modifikationen wurden in mehreren Eukaryoten intensiv untersucht. Es wurde vorgeschlagen, dass diese &Auml;nderungen einen &quot;Histon-Code&#39; darstellen gibt epigenetische f&uuml;r Transkription-Verordnung. Mit einer begrenzten Anzahl von Histon-&auml;ndern Enzyme, was bedeutet weniger Redundanz, Trypanosoma Brucei stellt ein hervorragendes System, um die Funktion der einzelnen Histon-Modifikationen und Histon-&auml;ndern Enzyme zu untersuchen. In dieser Studie gekennzeichnet wir die Acetylierung von Lysin 4 von Histon H4 (H4K4), die am h&auml;ufigsten vorkommenden Acetylierung-Website in T. Brucei Histone. Aufgrund der abweichenden gro&szlig;e Sequenz T. Brucei Histone generierten wir hochspezifische Antik&ouml;rper gegen acetylierten und unver&auml;nderten H4K4. Immunfluoreszenz-Mikroskopie und Western Blot mit sortierten Zellen ergab eine starke Bereicherung der unver&auml;nderten H4K4 in S-Phase und schlug eine G1/G0-spezifische-Maskierung des Standortes aufgrund nicht-kovalent bindende Faktoren. Schlie&szlig;lich haben wir gezeigt, dass die Histon-Acetyltransferase 3 (HAT3) H4K4 Acetylierung und, dass die Behandlung der Zellen mit der Protein-Synthese Hemmer Cycloheximid f&uuml;hrte zu einem fast sofortigen Verlust der unver&auml;nderten H4K4 Websites verantwortet. Wie HAT3 sich innerhalb des Kerns befindet, deuten unsere Ergebnisse, dass eben synthetisierten Histon H4 mit einer unver&auml;nderten K4 schnell in den Kern importiert ist wo es, m&ouml;glicherweise irreversibel acetylierte ist.

Acetylierung der Histon H4K4 ist Zellzyklus reguliert und von HAT3 in Trypanosoma Brucei vermittelt.

Le modifiche dell&#39;istone alberino-di traduzione sono state studiate intensivamente negli eucarioti diversi. &Egrave; stato proposto che tali modifiche costituiscono un &#39;codice istonico&#39; che specifica informazioni epigenetiche per la regolazione della trascrizione. Con un numero limitato di istone-modifica degli enzimi, che implica meno ridondanza, Trypanosoma brucei rappresenta un eccellente sistema in cui indagare la funzione delle modifiche dell&#39;istone individuali e gli enzimi istone-modifica. In questo studio, abbiamo caratterizzato l&#39;acetilazione di lisina 4 dell&#39;istone H4 (H4K4), il sito di acetilazione pi&ugrave; abbondante in T. brucei istoni. A causa della divergenza grande sequenza di T. brucei istoni, abbiamo generato anticorpi altamente specifici per H4K4 acetilato e non modificato. Microscopia di immunofluorescenza e Western blot con cellule ordinate ha rivelato un forte arricchimento di H4K4 non modificati in fase S e suggerito un mascheramento G1/G0-specifici del sito, a causa della non-covalente associazione fattori. Infine, abbiamo mostrato che istone acetiltransferasi 3 (HAT3) sono responsabile per acetilazione H4K4 e che il trattamento delle cellule con la proteina sintesi inibitore cicloeximide portato ad una quasi istantanea perdita di siti H4K4 non modificati. Come HAT3 si trova all&#39;interno del nucleo, i nostri risultati suggeriscono che recentemente sintetizzati istone che H4 con un K4 non modificato viene importato rapidamente nel nucleo, dove esso &egrave; acetilato, possibilmente irreversibilmente.

Acetilazione dell&#39;istone H4K4 &egrave; ciclo cellulare regolata e mediata da HAT3 in Trypanosoma brucei.

&#x7FFB;&#x8A33;&#x5F8C;&#x4FEE;&#x98FE;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x96C6;&#x4E2D;&#x7684;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;.&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x66F4; &#39;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#39; &#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x6307;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x306E;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x6570;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x5197;&#x9577;&#x6027;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x3066;&#x9175;&#x7D20;&#x3092;&#x8868;&#x3059;&#x512A;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x3001;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x4FEE;&#x6B63;&#x3068;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;, &#x30EA;&#x30B8;&#x30F3; 4 (H4K4)&#x3001;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; H4 &#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; T. brucei &#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x767A;&#x6563; T. brucei &#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3001;&#x672A;&#x4FEE;&#x6B63;&#x306E; H4K4 &#x306B;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x6297;&#x4F53;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x86CD;&#x5149;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x3068;&#x897F;&#x6D0B;&#x3057;&#x307F;&#x4E26;&#x3079;&#x66FF;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x672A;&#x5909;&#x66F4;&#x306E; H4K4 &#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x6FC3;&#x7E2E; S &#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3057;&#x3001;G1/G0 &#x56FA;&#x6709;&#x30DE;&#x30B9;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x975E;&#x5171;&#x6709;&#x7D50;&#x5408;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; 3 (HAT3) &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x30B7;&#x30AF;&#x30ED;&#x30D8;&#x30AD;&#x30B7;&#x30DF;&#x30C9;&#x306E;&#x672A;&#x4FEE;&#x6B63;&#x306E; H4K4 &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x307B;&#x307C;&#x77AC;&#x6642;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x305F;&#x3068; H4K4 &#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;HAT3 &#x6838;&#x5185;&#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x793A;&#x5506;&#x305D;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306B;&#x5408;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; H4 &#x672A;&#x5909;&#x66F4; K4 &#x306B;&#x306F;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x3069;&#x3053;&#x305D;&#x308C;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x4E0D;&#x53EF;&#x9006;&#x5316;&#x6838;&#x306B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

H4K4 &#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30BB;&#x30EB;&#x898F;&#x5236;&#x3057;&#x3001;HAT3 &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5A92;&#x4ECB;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xB2E2; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9D1;&#xC911;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC81C;&#xC548; &#xB41C; &#xC218;&#xC815;&#xC774; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC744; &#xAD6C;&#xC131; &#39;&#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xCF54;&#xB4DC;&#39;&#xB294; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; epigenetic &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC9C0;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xD568;&#xAED8; &#xD6A8;&#xC18C;&#xB97C; &#xB35C; &#xC911;&#xBCF5;, Trypanosoma brucei&#xC744; &#xC554;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xBC0F; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xC218;&#xD55C; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; lysine 4 H4 &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC758; (H4K4), &#xD1A0;&#xB2C8; brucei &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC5D0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; acetylation &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; acetylation &#xD2B9;&#xC9D5;. T. brucei &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC758; &#xD070; &#xC21C;&#xC11C; &#xCC28;&#xC774; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; &#xD56D; &#xCCB4; acetylated &#xACE0; &#xC218;&#xC815; H4K4 &#xC0DD;&#xC131; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBA74;&#xC5ED; &#xD615;&#xAD11; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD; &#xAC80;&#xC0AC; &#xBC95; &#xBC0F; &#xC11C; &#xBD80; &#xC815;&#xB82C; &#xC140;&#xB3C4; &#xB9D0; S &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC815; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; h4k4&#xC758; &#xAC15;&#xD55C; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xBE44; &#x70AD; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC694;&#xC18C; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; G1/G0 &#xD2B9;&#xC815; &#xB9C8;&#xC2A4;&#xD06C;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; acetyltransferase 3 (HAT3)&#xC740; &#xC218;&#xC815; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; H4K4 &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC989;&#xC2DC; &#xC190;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD569;&#xC131; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; cycloheximide&#xC640; H4K4 acetylation &#xC140; &#xCE58;&#xB8CC;&#xB97C; &#xB2F4;&#xB2F9; &#xD588;&#xB2E4;. HAT3 &#xD575; &#xC548;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0C8;&#xB85C; &#xD569;&#xC131; &#xB41C; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC744; &#xC218;&#xC815; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; k4&#xC640; H4 &#xC5B4;&#xB514; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; acetylated, &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; irreversibly &#xD575;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xAC00;&#xC838;&#xC62C; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

H4K4 histone acetylation &#xC138;&#xD3EC; &#xC8FC;&#xAE30; &#xD1B5;&#xC81C; &#xBC0F; Trypanosoma brucei&#xB97C; hat3&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Modificaciones post-traduccionales de las histonas se han estudiado intensamente en varios eucariotas. Se ha propuesto que estas modificaciones constituyen un &#39;c&oacute;digo de histonas&#39; que especifica informaci&oacute;n epigen&eacute;tica para la regulaci&oacute;n de la transcripci&oacute;n. Con un n&uacute;mero limitado de histona-modificar las enzimas, lo que implica menos redundancia, Trypanosoma brucei representa un excelente sistema en el que investigar la funci&oacute;n de modificaciones de las histonas individuales y enzimas modificadoras de histonas. En este estudio, hemos caracterizado la acetilaci&oacute;n de lisina 4 de histona H4 (H4K4), el sitio m&aacute;s abundante de la acetilaci&oacute;n en T. brucei histonas. Debido a la divergencia de la secuencia grande de T. brucei histonas, generamos anticuerpos altamente espec&iacute;ficos a H4K4 acetilado y sin modificar. Microscopia de la inmunofluorescencia y Western blot con c&eacute;lulas ordenadas revel&oacute; un fuerte enriquecimiento de H4K4 sin modificar en fase S y sugiri&oacute; un enmascaramiento de G1/G0-espec&iacute;fica del sitio, debido a la Uni&oacute;n no covalente factores. Finalmente, demostramos que histona acetiltransferasa 3 (HAT3) es responsable de acetilaci&oacute;n de H4K4 y que el tratamiento de las c&eacute;lulas con la s&iacute;ntesis de prote&iacute;na inhibidor cicloheximida conducido a una p&eacute;rdida casi instant&aacute;nea de sitios de H4K4 sin modificar. Como HAT3 se encuentra dentro del n&uacute;cleo, nuestros resultados sugieren reci&eacute;n sintetizado histona que H4 con un K4 no modificados se importa r&aacute;pidamente en el n&uacute;cleo, donde es acetilada, posiblemente de manera irreversible.

La acetilaci&oacute;n de histonas H4K4 es ciclo celular regulado y mediada por HAT3 en Trypanosoma brucei.

Opisthokonta (&#x52A8;&#x7269;&#x548C;&#x9175;&#x6BCD;) &#x548C;&#x7389;&#x5E26; &#xFF08;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x8D3E;&#x7B2C;&#x97AD;&#x6BDB;&#x866B;&#x548C;&#x79CD;&#x4E3B;&#x8981;&#x7EC4;&#xFF09; &#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8DDD;&#x79BB;&#x4E00;&#x4E2A;&#x91CD;&#x5927;&#x6311;&#x6218;&#x5411;&#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x548C; ortholog &#x8BC6;&#x522B;&#x3002;&#x4E9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x9AD8;&#x6D53;&#x7F29;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5668;&#x6210;&#x5206;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7F13;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x95EE;&#x9898;&#x63D0;&#x4F9B;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x548C;&#x9AD8;&#x4EA7;&#x4E3A;&#x7CBE;&#x534E;&#x4E2D;&#x5C0F;&#x578B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x7845;&#x529F;&#x80FD;&#x5206;&#x914D;&#x4E2D;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x8BF4;&#x660E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684; kinetoplastid &#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x4ECE;&#x539F;&#x5B50;&#x6838;&#x7684;&#x9AD8;&#x4EA7;&#x5206;&#x79BB;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x63CF;&#x8FF0;&#x4E86;&#x8D77;&#x4F0F;&#x7684;&#x8F66;&#x53A2;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6838;&#x819C;&#x548C;&#x6838;&#x4EC1;&#x7684;&#x540E;&#x7EED;&#x7EAF;&#x5316;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x51E0;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7B56;&#x7565;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8C03;&#x67E5;&#x4E9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7ED3;&#x6784;&#x6216;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5668;&#x3001; &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x793A;&#x4F8B;&#x4F7F;&#x7528;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x6838;&#x5B54;&#x3002;

&#x9AD8;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x7684;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x4E9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x9274;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x9525;&#x866B;&#x7684;&#x6838;&#x548C;&#x8D77;&#x4F0F;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

The vast evolutionary distance between the Opisthokonta (animals and yeast) and the excavata (a major group of protists, including Giardia and Trypanosoma) presents a significant challenge to in silico functional genomics and ortholog identification. Subcellular proteomic identification of the constituents of highly enriched organelles can alleviate this problem by both providing localization evidence and yielding a manageably sized proteome for detailed in silico functional assignment. We describe a method for the high-yield isolation of nuclei from the kinetoplastid Trypanosoma brucei. We also describe the subsequent purification of subnuclear compartments, including the nuclear envelope and nucleolus. Finally, using several proteomic strategies, we survey the proteome of a subcellular structure or organelle, using the nuclear pore complex as an example.

High-yield isolation and subcellular proteomic characterization of nuclear and subnuclear structures from trypanosomes.

La distance &#xE9;volutive entre la majorit&#xE9; Opisthokonta (animaux et les levures) et le excavata (un grand groupe des protistes, y compris Giardia et Trypanosoma) pr&#xE9;sente un d&#xE9;fi important pour la g&#xE9;nomique fonctionnelle et identification in silico orthologue. Subcellulaire d&#x26;#39;identification prot&#xE9;omique des constituants des organites hautement enrichi peut att&#xE9;nuer ce probl&#xE8;me en fournissant des preuves &#xE0; la fois la localisation et donne un prot&#xE9;ome de dimension g&#xE9;rable pour les d&#xE9;tails in silico affectation fonctionnelle. Nous d&#xE9;crivons une m&#xE9;thode pour l&#x26;#39;isolement &#xE0; haut rendement de noyaux de la kin&#xE9;toplastide Trypanosoma brucei. Nous d&#xE9;crivons &#xE9;galement la purification ult&#xE9;rieure de compartiments subnucl&#xE9;aires, y compris l&#x26;#39;enveloppe nucl&#xE9;aire et le nucl&#xE9;ole. Enfin, en utilisant plusieurs strat&#xE9;gies prot&#xE9;omiques, nous passons en revue le prot&#xE9;ome d&#x26;#39;une structure subcellulaire ou organite, en utilisant le complexe du pore nucl&#xE9;aire comme un exemple.

&#xC0; haut rendement d&#x26;#39;isolation et caract&#xE9;risation prot&#xE9;omique subcellulaire des structures nucl&#xE9;aires et subnucl&#xE9;aires de trypanosomes

Der &uuml;berwiegende evolution&auml;re Abstand zwischen der Opisthokonta (Tiere und Hefe) und der Excavata (eine gro&szlig;e Gruppe von Einzellern, einschlie&szlig;lich Giardia und Trypanosoma) stellt eine erhebliche Herausforderung f&uuml;r in Silico funktionelle Genomik und Ortholog Identifikation. Subzellulare Proteomic Identifikation der Bestandteile des hoch angereicherten Organellen kann dieses Problem lindern, woraus ein erhalten mittelst&auml;ndische Proteome f&uuml;r detaillierte in Silico funktionelle Zuordnung sowohl Lokalisierung Nachweis von. Wir beschreiben eine Methode zur Isolierung hochverzinsliche Kerne von der Kinetoplastea Trypanosoma Brucei. Wir beschreiben auch die anschlie&szlig;ende Reinigung der Elementarpartikel Abteilungen, einschlie&szlig;lich der Kernh&uuml;lle und Nukleolus. Schlie&szlig;lich Umfrage mit mehreren Proteomic-Strategien, wir das Proteom einer subzellulare Struktur oder Organell, mit die nukleare Pore, die komplexe als Beispiel.

Hochverzinsliche Isolierung und subzellulare Proteomic Charakterisierung nuklearer und Elementarpartikel Strukturen von Trypanosomen.

La vasta distanza evolutiva tra Opisthokonta (animali e lievito) ed excavata (un importante gruppo di protisti, compresi Giardia e Trypanosoma) presenta una sfida significativa in silico functional genomics e ortholog identificazione. Proteomic sottocellulari identificazione dei costituenti degli organelli altamente arricchiti pu&ograve; alleviare questo problema sia fornendo prove di localizzazione e producendo un proteome dimensione gestibili per dettagliate in silico assegnazione funzionale. Descriviamo un metodo per l&#39;isolamento ad alto rendimento dei nuclei dal Kinetoplastea Trypanosoma brucei. Descriviamo anche la purificazione successiva dei compartimenti subnucleare, tra cui l&#39;involucro nucleare e nucleolo. Infine, utilizzando diverse strategie di proteomic, noi indagine il proteoma struttura subcellulare o organello, utilizzando il poro nucleare complesso come un esempio.

Isolamento ad alto rendimento e proteomic sottocellulari caratterizzazione di strutture nucleari e subnucleari da tripanosomi.

Opisthokonta&#xFF08;&#x52D5;&#x7269;&#x53CA;&#x3073;&#x9175;&#x6BCD;&#xFF09;&#x3068;&#x30CF;&#x30CA;&#x30D0;&#x30C1;&#xFF08;&#x30B8;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B8;&#x30A2;&#x3068;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x539F;&#x751F;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#xFF09;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x5E83;&#x5927;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30EA;&#x30B3;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068;&#x30AA;&#x30EB;&#x30BD;&#x30ED;&#x30B0;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x3067;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8AB2;&#x984C;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9AD8;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5C0F;&#x5668;&#x5B98;&#x306E;&#x6210;&#x5206;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3001;&#x30B7;&#x30EA;&#x30B3;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;manageably&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3059;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x3053;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x8EFD;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30AD;&#x30CD;&#x30C8;&#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x30C8;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x6838;&#x306E;&#x9AD8;&#x53CE;&#x7387;&#x3067;&#x5206;&#x96E2;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x6838;&#x819C;&#x3068;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6838;&#x5185;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x7CBE;&#x88FD;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x4F8B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6838;&#x819C;&#x5B54;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x69CB;&#x9020;&#x3084;&#x7D30;&#x80DE;&#x5C0F;&#x5668;&#x5B98;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x306E;&#x6838;&#x3068;&#x6838;&#x5185;&#x69CB;&#x9020;&#x7269;&#x306E;&#x9AD8;&#x53CE;&#x7387;&#x3067;&#x5358;&#x96E2;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;

Opisthokonta (&#xB3D9;&#xBB3C; &#xBC0F; &#xD6A8; &#xBAA8;)&#xC640; excavata (protists, Giardia &#xBC0F; Trypanosoma &#xB4F1;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xADF8;&#xB8F9;) &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD11;&#xB300; &#xD55C; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC70;&#xB9AC; silico &#xAE30;&#xB2A5; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xBC0F; ortholog &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB3C4;&#xC804;&#xC744; &#xC120;&#xBB3C; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xB18D;&#xCD95;&#xB41C; organelles&#xC758; &#xC131;&#xBD84;&#xC758; subcellular proteomic &#xC2DD;&#xBCC4; &#xBAA8;&#xB450; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC591;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; manageably &#xD06C;&#xAE30;&#xC758; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634; silico &#xAE30;&#xB2A5; &#xD560;&#xB2F9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC790;&#xC138;&#xD55C;&#xC774; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xC644;&#xD654; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Kinetoplastid Trypanosoma brucei&#xC5D0;&#xC11C; &#xD575;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC728; &#xACA9;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC124;&#xBA85;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xD575; &#xBD09;&#xD22C; &#xB4F1; &#xD575;&#xC18C;&#xCCB4; subnuclear &#xAD6C;&#xD68D;&#xC758; &#xD6C4;&#xC18D; &#xC815;&#xD654; &#xAE30;&#xC220;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC5EC;&#xB7EC; proteomic &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC870;&#xC0AC; subcellular &#xAD6C;&#xC870; &#xB098; &#xD2B8;&#xB294;, &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634; &#xD575; &#xAE30; &#xACF5; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC608;&#xC81C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;.

&#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC728; &#xACA9;&#xB9AC; &#xBC0F; trypanosomes&#xC5D0;&#xC11C; &#xD575; &#xBC0F; subnuclear &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; subcellular proteomic &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;.

La gran distancia evolutiva entre el Opisthokonta (animales y hongos) y el excavata (un importante grupo de protistas, incluyendo Giardia y Trypanosoma) presenta un desaf&#xED;o significativo para la gen&#xF3;mica funcional y la identificaci&#xF3;n in silico ortholog. La identificaci&#xF3;n subcelular prote&#xF3;mico de los constituyentes de org&#xE1;nulos altamente enriquecido puede aliviar este problema, tanto por proporcionar pruebas de localizaci&#xF3;n y obtenci&#xF3;n de un proteoma tama&#xF1;o manejable para obtener informaci&#xF3;n detallada en la asignaci&#xF3;n de silico funcional. Se describe un m&#xE9;todo para el aislamiento de alto rendimiento de los n&#xFA;cleos de la kinetopl&#xE1;stido Trypanosoma brucei. Tambi&#xE9;n describe la posterior purificaci&#xF3;n de los compartimentos subnuclear, incluyendo la envoltura nuclear y el nucl&#xE9;olo. Por &#xFA;ltimo, el uso de varias estrategias prote&#xF3;micas, examinamos el proteoma de una estructura subcelular u organelas, utilizando el complejo de poros nucleares como un ejemplo.

De alto rendimiento de aislamiento y la caracterizaci&#xF3;n prote&#xF3;mica subcelular de las estructuras nucleares y subnuclear de tripanosomas

&#x6838;&#x5B54;&#x590D;&#x5408; &#xFF08;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;&#xFF09; &#x662F;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x6750;&#x6599;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8D28;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x53CC;&#x5411;&#x4EA4;&#x6D41;&#x7684;&#x6838;&#x4FE1;&#x5C01;&#x5185;&#x5D4C;&#x5165;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x5927;&#x4F1A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6700;&#x8FD1;&#x5173;&#x4E8E;&#x9175;&#x6BCD;&#x4EBA;&#x5927;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x5DF2;&#x663E;&#x793A;&#x7B80;&#x5355;&#x7684;&#x6A21;&#x5757;&#x6027;&#x53CA;&#x5176;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;&#x548C;&#x56CA;&#x6CE1;&#x6D82;&#x5C42;&#x590D;&#x5408;&#x4F53;&#x7956; protocoatomer &#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6210;&#x5206;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#x76EE;&#x524D;&#x4EC5;&#x4F9B;&#x56FD;&#x5BB6;&#x7B79;&#x5907;&#x810A;&#x690E;&#x52A8;&#x7269;&#x548C;&#x9175;&#x6BCD;&#x59D4;&#x5458;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4ECE;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x89D2;&#x5EA6;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5168;&#x9762;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x4E2D;&#x7684;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x7406;&#x89E3;&#x662F;&#x7A00;&#x758F;&#x7684;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#x65E0;&#x5904;&#x4E0D;&#x5728;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x6C11;&#x4EE3;&#x8868;&#x5927;&#x4F1A;&#x7684;&#x6027;&#x8D28;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5E8F;&#x5217;&#x641C;&#x7D22;&#x9065;&#x8FDC;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4E2D;&#x7684;&#x5DF2;&#x53D1;&#x73B0;&#x5947;&#x602A;&#x51E0;&#x4EBA;&#x5927;&#x7EC4;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7684;&#x4EBA;&#x5927;&#x591A;&#x4E0D;&#x53EF;&#x80FD;&#x5B88;&#x6052;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x82E5;&#x8981;&#x83B7;&#x5F97;&#x5E7F;&#x9614;&#x7684;&#x89C6;&#x91CE;&#x4E0A;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x548C;&#x6F14;&#x5316;&#x7684;&#x4EBA;&#x5927;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECE;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x514B;&#x9686; &#xFF08;&#x79CD;&#x9525;&#x4F53;) &#x6267;&#x884C;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;&#x542B;&#x5206;&#x6570;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x83B7;&#x5F97;&#x5176; nucleoporins &#x5168;&#x9762;&#x5E93;&#x5B58;&#x3002;&#x5F15;&#x4EBA;&#x6CE8;&#x76EE;&#x7684;&#x9525; nucleoporins &#x663E;&#x7136;&#x4E0E;&#x540E;&#x751F;&#x52A8;&#x7269;&#x5171;&#x4EAB;&#x548C;&#x9175;&#x6BCD;&#x5176;&#x6298;&#x53E0;&#x7C7B;&#x578B;&#x3001; &#x57DF;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3001; &#x7EC4;&#x6210;&#x548C;&#x6A21;&#x5757;&#x5316;&#x3002;&#x603B;&#x7684;&#x6765;&#x8BF4;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x786E;&#x51FF;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x8BC1;&#x660E;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x4EBA;&#x5927;&#x5EFA;&#x7B51;&#x7684;&#x786E;&#x5B88;&#x6052;&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x548C;&#x771F;&#x6838;&#x5171;&#x540C;&#x7956;&#x5148;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x786E;&#x7ACB;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x5F3A;&#x70C8;&#x652F;&#x6301;&#x7684;&#x5047;&#x8BF4;&#x90FD;&#x8BBE;&#x7ACB;&#x4E86;&#x5F88;&#x65E9;&#x7684;&#x771F;&#x6838;&#x6F14;&#x53D8;&#x548C;&#x56FD;&#x5BB6;&#x7B79;&#x5907;&#x59D4;&#x5458;&#x4F1A;&#x5206;&#x4EAB;&#x56CA;&#x6CE1;&#x6D82;&#x6599;&#x914D;&#x5408;&#x7269;&#x6709;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x3002;

&#x8BC1;&#x636E;&#x4E3A;&#x5171;&#x4EAB;&#x6838;&#x5B54;&#x4ECE;&#x771F;&#x6838;&#x5171;&#x540C;&#x7956;&#x5148;&#x5B88;&#x6052;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

The nuclear pore complex (NPC) is a macromolecular assembly embedded within the nuclear envelope that mediates bidirectional exchange of material between the nucleus and cytoplasm. Our recent work on the yeast NPC has revealed a simple modularity in its architecture and suggested a common evolutionary origin of the NPC and vesicle coating complexes in a progenitor protocoatomer. However, detailed compositional and structural information is currently only available for vertebrate and yeast NPCs, which are evolutionarily closely related. Hence our understanding of NPC composition in a full evolutionary context is sparse. Moreover despite the ubiquitous nature of the NPC, sequence searches in distant taxa have identified surprisingly few NPC components, suggesting that much of the NPC may not be conserved. Thus, to gain a broad perspective on the origins and evolution of the NPC, we performed proteomics analyses of NPC-containing fractions from a divergent eukaryote (Trypanosoma brucei) and obtained a comprehensive inventory of its nucleoporins. Strikingly trypanosome nucleoporins clearly share with metazoa and yeast their fold type, domain organization, composition, and modularity. Overall these data provide conclusive evidence that the majority of NPC architecture is indeed conserved throughout the Eukaryota and was already established in the last common eukaryotic ancestor. These findings strongly support the hypothesis that NPCs share a common ancestry with vesicle coating complexes and that both were established very early in eukaryotic evolution.

Evidence for a shared nuclear pore complex architecture that is conserved from the last common eukaryotic ancestor.

Le complexe du pore nucl&#xE9;aire (CPN) est un assemblage macromol&#xE9;culaire int&#xE9;gr&#xE9; au sein de l&#x26;#39;enveloppe nucl&#xE9;aire qui m&#xE9;die l&#x26;#39;&#xE9;change bidirectionnel de mati&#xE8;re entre le noyau et le cytoplasme. Nos travaux r&#xE9;cents sur le NPC de levure a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; une modularit&#xE9; simple dans son architecture et a sugg&#xE9;r&#xE9; une origine &#xE9;volutive commune de l&#x26;#39;APN et complexes de rev&#xEA;tement des v&#xE9;sicules dans un protocoatomer g&#xE9;niteur. Toutefois, des informations d&#xE9;taill&#xE9;es sur la composition et de structure est actuellement disponible uniquement pour les PNJ vert&#xE9;br&#xE9;s et de la levure, qui sont &#xE9;troitement li&#xE9;s &#xE9;volutivement. D&#x26;#39;o&#xF9; notre compr&#xE9;hension de la composition NPC dans un contexte plein de l&#x26;#39;&#xE9;volution est clairsem&#xE9;e. En outre, malgr&#xE9; l&#x26;#39;omnipr&#xE9;sence de l&#x26;#39;APN, les recherches de s&#xE9;quences appartenant &#xE0; des taxons &#xE9;loign&#xE9;s ont identifi&#xE9; les composantes des PNJ &#xE9;tonnamment peu, ce qui sugg&#xE8;re que la plupart des NPC ne peuvent pas &#xEA;tre conserv&#xE9;es. Ainsi, pour obtenir une large perspective sur les origines et l&#x26;#39;&#xE9;volution de l&#x26;#39;APN, nous avons effectu&#xE9; des analyses prot&#xE9;omiques de NPC fractions contenant d&#x26;#39;un eucaryote divergent (Trypanosoma brucei) et a obtenu un inventaire complet de ses nucl&#xE9;oporines. Il est frappant de trypanosomes nucl&#xE9;oporines clairement de partager avec les m&#xE9;tazoaires et de la levure de leur type de pli, l&#x26;#39;organisation de domaine, la composition, et la modularit&#xE9;. Globalement, ces donn&#xE9;es fournissent une preuve concluante que la majorit&#xE9; de l&#x26;#39;architecture NPC est en effet conserv&#xE9;e tout au long de la Eukaryota et a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;j&#xE0; mis en place dans le dernier anc&#xEA;tre eucaryote commun. Ces r&#xE9;sultats appuient fortement l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se que les PNJ partagent un anc&#xEA;tre commun avec les complexes de rev&#xEA;tement des v&#xE9;sicules et que les deux ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tablies tr&#xE8;s t&#xF4;t dans l&#x26;#39;&#xE9;volution des eucaryotes.

Les preuves d&#x26;#39;une architecture partag&#xE9;e complexe du pore nucl&#xE9;aire qui est conserv&#xE9;e &#xE0; partir du dernier anc&#xEA;tre commun des eucaryotes

Die nukleare Pore komplexe (NPC) ist eine Makromolekulare Assembly eingebettet innerhalb der Kernh&uuml;lle, die bidirektionalen Austausch von Material zwischen den Kern und das Zytoplasma vermittelt. Unsere j&uuml;ngsten Arbeiten auf der Hefe NPC hat offenbart eine einfache Modularit&auml;t in der Architektur und einen gemeinsamen evolution&auml;ren Ursprung des NPC und Vesikel-Beschichtung-komplexe in einem Stammvater Protocoatomer vorgeschlagen. Detaillierte Informationen &uuml;ber Zusammensetzung und strukturelle ist jedoch derzeit nur f&uuml;r Wirbeltiere und Hefe NPCs, die entwicklungsgeschichtlich eng verbunden sind. Daher ist unser Verst&auml;ndnis von NPC-Zusammensetzung in einem vollen evolution&auml;ren Kontext sp&auml;rlich. Au&szlig;erdem haben trotz der allgegenw&auml;rtigen Natur des NPC, Sequenz Suchbegriffe in der Ferne Taxa identifiziert &uuml;berraschend wenig NPC-Komponenten, was darauf hindeutet, dass ein Gro&szlig;teil der NPC nicht erhalten werden kann. So, um eine breite Perspektive auf die Entstehung und Entwicklung der NPC zu gewinnen, wir Proteomics Analysen der NPC-haltigen Br&uuml;che von eine abweichende Eukaryote (Trypanosoma Brucei) durchgef&uuml;hrt und erhalten einen umfassenden Bestand an seiner Nucleoporins. Auffallend gei&szlig;eltragenden Nucleoporins klar mit Metazoa teilen und Hefe ihre Klappe-Typ, Dom&auml;ne Organisation, Zusammensetzung und Modularit&auml;t. Diese Daten liefern insgesamt schl&uuml;ssigen Beweise, die die Mehrheit der NPC-Architektur ist in der Tat w&auml;hrend der Eukaryota konserviert und war bereits in der letzten gemeinsamen eukaryotischen Vorfahren. Diese Befunde unterst&uuml;tzen mit Nachdruck die Hypothese, dass NPCs eine gemeinsame Vorfahren mit Vesikel-Beschichtung-komplexen teilen und beide sehr fr&uuml;h in der eukaryotischen Evolution entstanden.

Beweise f&uuml;r eine gemeinsame nukleare pore komplexe Architektur, die von den letzten gemeinsamen eukaryotischen Vorfahren erhalten bleibt.

Il complesso poro nucleare (NPC) &egrave; un assemblaggio macromolecolare incorporato all&#39;interno della busta nucleare che media bidirezionale scambio di materiale tra nucleo e citoplasma. Il nostro recente lavoro sul lievito NPC ha rivelato una componibilit&agrave; semplice nella sua architettura e suggerisce un&#39;origine evolutiva comune dell&#39;Anp e complessi rivestimento vescicola in un progenitore protocoatomer. Tuttavia, informazioni composizionali e strutturali sono attualmente disponibile solo per NPC vertebrati e lievito, che sono evolutivamente strettamente correlati. Da qui la nostra comprensione della composizione NPC in un contesto evolutivo completo &egrave; sparsa. Inoltre, nonostante il carattere ubiquitario di NPC, sequenza ricerche in taxa distanti hanno identificato sorprendentemente pochi componenti NPC, suggerendo che gran parte del NPC non pu&ograve; essere conservato. Cos&igrave;, per guadagnare una prospettiva ampia sulle origini e lo sviluppo del NPC, eseguite analisi proteomica delle frazioni contenenti NPC da un&#39;eucariote divergenti (Trypanosoma brucei) e ottenuto un inventario completo delle sue nucleoporins. Sorprendentemente nucleoporins trypanosome chiaramente condividere con metazoa e loro tipo di piega, organizzazione di dominio, composizione e modularit&agrave; del lievito. Nel complesso questi dati forniscono prove conclusive che la maggior parte dell&#39;architettura NPC &egrave; infatti conservata in tutto gli eucarioti ed &egrave; stato gi&agrave; stabilita nell&#39;ultimo antenato comune negli eucarioti. Questi risultati supportano fortemente l&#39;ipotesi che i PNG condividono una comune discendenza con complessi di rivestimento della vescicola e che entrambi sono stati stabiliti molto presto nell&#39;evoluzione eucarioti.

Prove per una condivisione nucleare poro complessa architettura che &egrave; conservato dall&#39;ultimo antenato comune negli eucarioti.

&#x6838;&#x819C;&#x5B54;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;NPC&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x6838;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x8CEA;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x6750;&#x6599;&#x306E;&#x53CC;&#x65B9;&#x5411;&#x306E;&#x4EA4;&#x63DB;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x6838;&#x819C;&#x5185;&#x306B;&#x57CB;&#x3081;&#x8FBC;&#x307E;&#x308C;&#x305F;&#x5DE8;&#x5927;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;NPC&#x306B;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x4ED5;&#x4E8B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x306E;&#x7C21;&#x5358;&#x306A;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x524D;&#x99C6;protocoatomer&#x3067;NPC&#x3068;&#x5C0F;&#x80DE;&#x88AB;&#x8986;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x8D77;&#x6E90;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x7D44;&#x6210;&#x3084;&#x69CB;&#x9020;&#x60C5;&#x5831;&#x306F;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x9032;&#x5316;&#x7684;&#x306B;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x810A;&#x690E;&#x52D5;&#x7269;&#x3068;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;NPC&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x307F;&#x4F7F;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6587;&#x8108;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;NPC&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x306E;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x304C;&#x5E0C;&#x8584;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;NPC&#x306E;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30BF;&#x30B9;&#x306A;&#x6027;&#x8CEA;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x9060;&#x3044;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x691C;&#x7D22;&#x306F;&#x3001;NPC&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x304C;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x5834;&#x5408;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x5C11;&#x6570;&#x306E;NPC&#x6210;&#x5206;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;NPC&#x306E;&#x8D77;&#x6E90;&#x3068;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x5E83;&#x3044;&#x8996;&#x91CE;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x767A;&#x6563;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#xFF08;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#xFF09;&#x304B;&#x3089;NPC-&#x542B;&#x6709;&#x753B;&#x5206;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x3053;&#x3068;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x306F;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x5F8C;&#x751F;&#x52D5;&#x7269;&#x3084;&#x9175;&#x6BCD;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x500D;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3001;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3001;&#x7D44;&#x7E54;&#x3001;&#x7D44;&#x6210;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x5171;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;NPC&#x306E;&#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30C6;&#x30AF;&#x30C1;&#x30E3;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x78BA;&#x304B;&#x306B;Eukaryota&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x65E2;&#x306B;&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306B;&#x8A2D;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x7684;&#x306A;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x77E5;&#x898B;&#x306F;&#x5F37;&#x304F;NPC&#x306F;&#x5C0F;&#x80DE;&#x88AB;&#x8986;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3068;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x304C;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x65E9;&#x3044;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x3092;&#x652F;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x5171;&#x901A;&#x7956;&#x5148;&#x304B;&#x3089;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5171;&#x6709;&#x6838;&#x819C;&#x5B54;&#x8907;&#x5408;&#x5EFA;&#x7BC9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;

&#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xD575; &#xACF5; (NPC)&#xB294; &#xD575;&#xACFC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8; &#xC0AC;&#xC774; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC758; &#xC591;&#xBC29;&#xD5A5; &#xAD50;&#xD658;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD575; &#xBD09;&#xD22C; &#xB0B4;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xACE0;&#xBD84;&#xC790; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD6A8; &#xBAA8; NPC&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC791;&#xD488;&#xC740; &#xACF5;&#xAC1C; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xAC74;&#xCD95;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; &#xBAA8;&#xB4C8;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; NPC&#xC640; &#xC870;&#xC0C1; protocoatomer&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE30; &#xCF54;&#xD305; &#xB2E8;&#xC9C0; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC9C4;&#xD654; &#xAE30;&#xC6D0; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC0C1;&#xC138;&#xD55C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC815;&#xBCF4;&#xC640; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC; &#xC9C4;&#xD654; &#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xCC99;&#xCD94;&#xC640; &#xD6A8; &#xBAA8; Npcs&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xBBC0;&#xB85C; &#xC644;&#xC804; &#xC9C4;&#xD654; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; NPC &#xAD6C;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC774;&#xD574; &#xBD80;&#xC871; &#xC774;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C; NPC&#xC758; &#xC720;&#xBE44; &#xCFFC;&#xD130; &#xC2A4; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xBA3C; taxa&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xB9CE;&#xC740; NPC &#xBCF4;&#xC874; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB180;&#xB78D;&#xAC8C;&#xB3C4; &#xBA87; NPC &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xAE30;&#xC6D0;&#xACFC; NPC&#xC758; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xAD00;&#xC810;&#xC744; &#xC5BB;&#xC73C;&#xB824;&#xBA74;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBD84;&#xAE30; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C; (Trypanosoma brucei)&#xC5D0;&#xC11C; NPC &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xBD84;&#xC218;&#xC758; proteomics &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; nucleoporins&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xBCA4;&#xD1A0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC5BB;&#xC740;. &#xAE30; &#xB9C9;&#xD788;&#xAC8C; trypanosome nucleoporins&#xB294; &#xBA85;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; metazoa&#xB97C; &#xACF5;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBC30; &#xC720;&#xD615; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC870;&#xC9C1; &#xAD6C;&#xC131;&#xACFC; &#xBAA8;&#xB4C8;&#xD654; &#xD6A8; &#xBAA8;. &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xC804;&#xC778;&#xB300; &#xC544;&#xD0A4;&#xD14D;&#xCC98;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC2E4;&#xC81C;&#xB85C; Eukaryota&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xBCF4;&#xC874; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xACF5;&#xD1B5; &#xB41C; &#xC870;&#xC0C1; &#xC9C4; &#xD575;&#xC5D0; &#xC774;&#xBBF8; &#xC124;&#xC815; &#xB41C; &#xACB0;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; &#xAC00;&#xC124; NPCs &#xAE30; &#xCF54;&#xD305; &#xB2E8;&#xC9C0; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC870;&#xC0C1; &#xACF5;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &#xBAA8;&#xB450; &#xC9C4; &#xD575; &#xC138;&#xD3EC; &#xC9C4;&#xD654; &#xCD08;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC124;&#xB9BD; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xC9C0;&#xC6D0;.

&#xD575; &#xACF5;&#xC720;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC99D;&#xAC70; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC9C4; &#xD575; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xAC74;&#xCD95; &#xAE30; &#xACF5;.

El complejo del poro nuclear (CPN) es un conjunto de macromol&#xE9;culas incrustado dentro de la envoltura nuclear que media el intercambio bidireccional de material entre el n&#xFA;cleo y el citoplasma. Nuestro trabajo reciente sobre la levadura de la APN ha puesto de manifiesto una modularidad sencilla en su arquitectura y sugiere un origen evolutivo com&#xFA;n de la APN y los complejos de las ves&#xED;culas de recubrimiento en un protocoatomer progenitor. Sin embargo, la informaci&#xF3;n detallada de la composici&#xF3;n estructural y actualmente s&#xF3;lo est&#xE1; disponible para los NPCs vertebrados y levaduras, que son evolutivamente muy relacionados. Por lo tanto nuestra comprensi&#xF3;n de la composici&#xF3;n de la APN en un contexto evolutivo completo es escasa. Por otra parte a pesar de la naturaleza ubicua de la APN, las b&#xFA;squedas en la secuencia de los taxones distantes han identificado los componentes de la APN sorprendentemente pocos, lo que sugiere que gran parte de la APN no pueden ser conservadas. Por lo tanto, para obtener una amplia perspectiva sobre los or&#xED;genes y la evoluci&#xF3;n de la APN, se realizaron an&#xE1;lisis de prote&#xF3;mica de la APN que contienen fracciones de un eucariota divergente (Trypanosoma brucei) y obtuvo un inventario completo de sus nucleoporinas. Sorprendentemente nucleoporinas tripanosoma claramente comparten con los metazoos y la levadura de su tipo de plegado, dominio de la organizaci&#xF3;n, la composici&#xF3;n y la modularidad. En general, estos datos proporcionan pruebas concluyentes de que la mayor&#xED;a de la arquitectura de la APN est&#xE1; conservada en todo el eucariota y se estableci&#xF3; ya en el &#xFA;ltimo ancestro com&#xFA;n eucariotas. Estos resultados apoyan firmemente la hip&#xF3;tesis de que el NPC comparten un ancestro com&#xFA;n con los complejos de revestimiento de la ves&#xED;cula y que ambos se establecieron desde muy temprano en la evoluci&#xF3;n de los eucariotas.

La evidencia de una arquitectura compartida Nuclear Pore Complex que se conserva desde el &#xFA;ltimo ancestro com&#xFA;n eucariotas

&#x6838;&#x5B54;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;) &#x662F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8D28;&#x4E4B;&#x95F4;&#x8FD0;&#x8F93;&#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x8C03;&#x89E3;&#x3002;&#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x6C11;&#x4EE3;&#x8868;&#x5927;&#x4F1A;&#x7531;&#x7EA6; 30 &#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A; nucleoporins &#x6216;&#x5A5A;&#x524D;&#x534F;&#x8BAE;&#x7EC4;&#x6210;&#x3002;&#x9175;&#x6BCD; (&#x6E83;&#x8D25; et al&#xFF0C;J &#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5DE5;&#x4E1A;&#x56ED;&#x6D77;&#x535A; 148:635-651&#xFF0C;2000 &#x5E74;&#xFF09; &#x53CA;&#x54FA;&#x4E73;&#x7C7B; &#xFF08;&#x514B;&#x6717; et al&#xFF0C;J &#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5DE5;&#x4E1A;&#x56ED;&#x6D77;&#x535A; 158:915-927&#x3001; 2002&#x5E74;) &#x5168;&#x56FD;&#x4EBA;&#x5927;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7269;&#x79CD;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x8981;&#x663E;&#x793A;&#x6709;&#x5173;&#x4EBA;&#x5927;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x4FE1;&#x606F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x9009;&#x62E9;&#x5B9A;&#x6027;&#x7684;&#x8FDC;&#x4EB2;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#xFF0C;&#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x4EBA;&#x5927;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x91C7;&#x53D6;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x4E9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x548C;&#x51E0;&#x79CD;&#x4E92;&#x8865;&#x7B56;&#x7565;&#x7528;&#x4E8E;&#x6807;&#x8BC6; 865 &#x76F8;&#x5173;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x6838;&#x7684;&#x4FE1;&#x5C01;&#x3002;&#x8D85;&#x8FC7; 50%&#x7684; &sim; 8,100 &#x6253;&#x5F00;&#x9605;&#x8BFB; T.&#x9525;&#x4F53;&#x5E27;&#x6709;&#x5F88;&#x5C11;&#x6216;&#x6CA1;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x56E0;&#x4E3A; T.&#x9525;&#x4F53;&#x65E0;&#x8BBA;&#x8DDD;&#x79BB;&#x7684;&#x8FDC;&#x8FD1;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5173;&#x6A21;&#x578B;&#x540E;&#x751F;&#x52A8;&#x7269;&#x548C;&#x771F;&#x83CC; (Berriman et al&#xFF0C;&#x79D1;&#x5B66; 309:416-422&#xFF0C;2005 &#x5E74;&#xFF09;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x5355;&#x72EC;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x53EA;&#x6709;&#x4E94;&#x4E2A; nucleoporins&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7AE0;&#x6982;&#x8FF0;&#x4E86;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A; 17 &#x989D;&#x5916; nucleoporins&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x529F;&#x80FD;&#x6CE8;&#x91CA;&#x6570;&#x636E;&#x5230; T.&#x9525;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x3002;

&#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x6838;&#x5B54;&#x590D;&#x5408;&#x4F53;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#xFF1A; &#x60C5;&#x62A5;&#x5B66;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#x3002;

The nuclear pore complex (NPC) is the sole mediator of transport between the nucleus and the cytoplasm. The NPC is composed of about 30 distinct proteins, termed nucleoporins or nups. The yeast (Rout et al., J Cell Biol 148:635-651, 2000) and mammalian (Cronshaw et al., J Cell Biol 158:915-927, 2002) NPC have been extensively studied. However, the two species are relatively closely related. Thus, to reveal details about NPC evolution, we chose to characterize the NPC of a distantly related organism, Trypanosoma brucei. We took a subcellular proteomic approach and used several complementary strategies to identify 865 proteins associated with the nuclear envelope. Over 50% of âˆ¼ 8,100 open reading frames of T. brucei have little or no known function because T. brucei is distantly related to model metazoa and fungi (Berriman et al., Science 309:416-422, 2005). By sequence similarity alone, we could identify only five nucleoporins. This chapter outlines our strategy to identify 17 additional nucleoporins as well as contribute functional annotation data to the T. brucei genome database.

A functional proteomic study of the Trypanosoma brucei nuclear pore complex: an informatic strategy.

Le complexe du pore nucl&eacute;aire (NPC) est l&#39;unique m&eacute;diateur de transport entre le noyau et le cytoplasme. Le NPC est compos&eacute; d&#39;environ 30 prot&eacute;ines distinctes, appel&eacute;es nucl&eacute;oporines ou NUP. La levure (d&eacute;route et al., 148:635 J Cell Biol-651, 2000) et mammif&egrave;res (Cronshaw et al., 158:915 J Cell Biol-927, 2002) NPC ont &eacute;t&eacute; largement &eacute;tudi&eacute;es. Toutefois, les deux esp&egrave;ces sont relativement proches. Ainsi, pour r&eacute;v&eacute;ler des d&eacute;tails sur l&#39;&eacute;volution de la PNC, nous avons choisi caract&eacute;riser les PNJ d&#39;un organisme vaguement apparent&eacute;, Trypanosoma brucei. Nous a pris une approche prot&eacute;omique subcellulaire et utilis&eacute; plusieurs strat&eacute;gies compl&eacute;mentaires pour identifier des 865 prot&eacute;ines associ&eacute;es &agrave; l&#39;enveloppe nucl&eacute;aire. Plus 50 % de &sim; 8 100 lecture trames de T. brucei ont peu ou aucune fonction connue car T. brucei est lointainement li&eacute;e au mod&egrave;le metazoa ouverts et champignons (Bey et al., Science 309:416-422, 2005). Par similarit&eacute; de s&eacute;quence seule, nous avons pu identifier que cinq nucl&eacute;oporines. Le pr&eacute;sent chapitre d&eacute;crit notre strat&eacute;gie visant &agrave; identifier 17 nucl&eacute;oporines suppl&eacute;mentaires ainsi que de contribuer &agrave; des donn&eacute;es d&#39;annotation fonctionnelle &agrave; la base de donn&eacute;es du g&eacute;nome de T. brucei.

Une &eacute;tude prot&eacute;omique fonctionnelle du Trypanosoma brucei pore nucl&eacute;aire complexe : une strat&eacute;gie informatique.

Der nukleare Pore-Komplex (NPC) ist die einzigen Mittler zwischen Zellkern und Zytoplasma. Die NPC besteht aus etwa 30 verschiedene Proteine, genannt Nucleoporins oder Nups. Die Hefe (Rout Et Al., J Cell Biol 148:635-651, 2000) und S&auml;ugetieren (Cronshaw Et Al., J Cell Biol 158:915-927, 2002) NPC wurden ausgiebig untersucht. Die beiden Arten sind jedoch relativ eng verwandt. Somit haben wir um Informationen &uuml;ber die NPC-Evolution zu offenbaren, die NPC weitl&auml;ufig Verwandte Organismen, Trypanosoma Brucei charakterisieren. Wir nahmen einen subzellulare Proteomic-Ansatz und verwendet mehrere komplement&auml;re Strategien um 865 Proteine mit der Kernh&uuml;lle verbunden zu identifizieren. Mehr als 50 % der &sim; 8.100 offen lesen Frames von T. Brucei haben wenig oder gar keine bekannte Funktion, weil T. Brucei entfernt mit Modell Metazoa verwandt ist und Pilze (Berriman Et Al., Science 309:416-422, 2005). Durch die Sequenz &Auml;hnlichkeit allein k&ouml;nnten wir nur f&uuml;nf Nucleoporins identifizieren. In diesem Kapitel werden unsere Strategie um 17 zus&auml;tzliche Nucleoporins zu identifizieren sowie funktionale Anmerkungsdaten zur T. Brucei Genom Datenbank beitragen.

Eine funktionale Proteomic-Studie von Trypanosoma Brucei nukleare Pore Komplex: eine Informatik-Strategie.

Il complesso del poro nucleare (NPC) &egrave; l&#39;unico mediatore tra il nucleo e il citoplasma di trasporto. L&#39;Anp &egrave; composto da circa 30 proteine distinte, chiamati nucleoporins o nups. Il lievito (Rout et al., 148:635 J Cell Biol-651, 2000) e mammiferi (Cronshaw et al., 158:915 J Cell Biol-927, 2002) NPC sono state ampiamente studiate. Tuttavia, le due specie sono relativamente strettamente correlate. Cos&igrave;, per rivelare dettagli sull&#39;evoluzione NPC, abbiamo scelto caratterizzare il NPC di un organismo lontanamente correlato, Trypanosoma brucei. Abbiamo preso un approccio proteomico sottocellulare e utilizzate diverse strategie complementari per identificare 865 proteine associate con la membrana nucleare. Oltre 50% di &sim; 8.100 open reading frames di T. brucei hanno poca o nessuna funzione conosciuta perch&eacute; T. brucei &egrave; tiepidi modello metazoa e funghi (Berriman et al., scienza 309:416-422, 2005). Dalla somiglianza di sequenza da solo, noi potremmo identificare nucleoporins solo cinque. Questo capitolo descrive la nostra strategia per identificare 17 nucleoporins supplementari, nonch&eacute; contribuire dati annotazione funzionale al database del genoma di T. brucei.

Uno studio di proteomica funzionale del complesso Trypanosoma brucei poro nucleare: una strategia informatica.

&#x6838;&#x819C;&#x5B54;&#x8907;&#x5408;&#x4F53; &#xFF08;NPC&#xFF09; &#x6838;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x8CEA;&#x9593;&#x8F38;&#x9001;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x8ABF;&#x505C;&#x3067;&#x3059;&#x3002;NPC &#x306F;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F; nups &#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3001;&#x7D04; 30 &#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9175;&#x6BCD; (Rout et al., J &#x7D30;&#x80DE;&#x751F;&#x7269; 148:635-651, 2000&#x5E74;) &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E; (Cronshaw et al., J &#x7D30;&#x80DE;&#x751F;&#x7269; 158:915-927, 2002&#x5E74;) NPC &#x306F;&#x5E45;&#x5E83;&#x304F;&#x7814;&#x7A76;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;2 &#x3064;&#x306E;&#x7A2E;&#x306F;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;NPC &#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306E;&#x8A73;&#x7D30;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x9060;&#x7E01;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x306E; NPC &#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x9078;&#x3093;&#x3060;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x7D30;&#x80DE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x4E0B;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x53D6;&#x308A;&#x3001;&#x6838;&#x819C;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 865 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x88DC;&#x5B8C;&#x7684;&#x306A;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4EE5;&#x4E0A; 50% &sim; 8,100 &#x306E; t. brucei &#x306E;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;T. brucei &#x9060;&#x304F;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x5F8C;&#x751F;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x3001;&#x3042;&#x308B;&#x3044;&#x306F;&#x307E;&#x3063;&#x305F;&#x304F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x8AAD;&#x3093;&#x3067;&#x958B;&#x304F;&#x3068;&#x83CC;&#x985E; &#xFF08;&#x542B;&#x3080;&#x30A2;&#x30C9;&#x30E9;&#x30FC;&#x30D9;&#x30EA;&#x30DE;&#x30F3; &#x30B7;&#x30FC;&#x30EB; et al., &#x79D1;&#x5B66; 309:416-422, 2005&#x5E74;)&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x985E;&#x4F3C;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x552F;&#x4E00;&#x306E; 5 &#x3064;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7AE0;&#x3067;&#x306F;&#x3001;17 &#x8FFD;&#x52A0;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; T. brucei &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x5F53;&#x793E;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE; brucei &#x6838;&#x819C;&#x5B54;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;: &#x6587;&#x7CFB;&#x6226;&#x7565;&#x3002;

&#xD575; &#xAE30; &#xACF5; &#xCF64;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4; (NPC)&#xB294; &#xD575;&#xACFC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD50;&#xD1B5;&#xC758; &#xC720;&#xC77C;&#xD55C; &#xC911;&#xC7AC;&#xC790;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. NPC&#xB294; nucleoporins &#xB610;&#xB294; nups &#xB418; &#xB098; &#xC57D; 30 &#xAC00;&#xC9C0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB204; &#xB8E9; (&#xD328; &#xC8FC; &#xC678;., J &#xC140; Biol 148:635-651, 2000)&#xC640; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; (Cronshaw &#xC678;., J &#xC140; Biol 158:915-927, 2002) NPC&#xB294; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB450; &#xC885;&#xC740; &#xBE44;&#xAD50;&#xC801; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC804;&#xC778;&#xB300; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC138;&#xBD80; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD558; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBA3C; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xC0DD;&#xBB3C; Trypanosoma brucei&#xC758; NPC&#xB97C; &#xC120;&#xD0DD; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; subcellular proteomic &#xC811;&#xADFC; &#xD588;&#xB2E4; &#xACE0; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBCF4;&#xC644; &#xC804;&#xB7B5; 865 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD575; &#xBD09;&#xD22C;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;. &#xC774;&#xC0C1; 50% &sim; 8100&#xC758; T. brucei&#xC758; &#xD504;&#xB808;&#xC784; T. brucei &#xBA3C; &#xBAA8;&#xB378; metazoa&#xC640; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xC788;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; &#xB610;&#xB294; &#xC804;&#xD600; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC77D;&#xAE30; &#xC5F4; &#xBC0F; &#xACF0; &#xD321;&#xC774; (Berriman &#xC678;., &#xACFC;&#xD559; 309:416-422, 2005). &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131; &#xD63C;&#xC790;, 5 nucleoporins &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;. &#xC774; &#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; 17 &#xCD94;&#xAC00; nucleoporins&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC8FC;&#xC11D; &#xB370;&#xC774;&#xD130; T. brucei &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAE30;&#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Trypanosoma brucei &#xD575; &#xAE30; &#xACF5; &#xBCF5;&#xD569; &#xAE30;&#xB2A5; proteomic &#xC5F0;&#xAD6C;: informatic &#xC804;&#xB7B5;.

El complejo de poro nuclear (NPC) es el &uacute;nico mediador de transporte entre el n&uacute;cleo y el citoplasma. La APN est&aacute; compuesta por cerca de 30 prote&iacute;nas diferentes, llamados nucleoporins o nups. La levadura (derrota et al., 148:635 J Cell Biol-651, 2000) y mam&iacute;feros (Cronshaw et al., 158:915 J Cell Biol-927, 2002) se han estudiado ampliamente NPC. Sin embargo, las dos especies son relativamente de cerca relacionadas. As&iacute;, para revelar detalles sobre la evoluci&oacute;n NPC, elegimos caracterizar el NPC de un organismo muy relacionado, Trypanosoma brucei. Tomamos un enfoque prote&oacute;mico subcelular y utiliza varias estrategias complementarias para identificar 865 prote&iacute;nas asociadas con la envoltura nuclear. M&aacute;s 50% de &sim; 8.100 abrir leer marcos de T. brucei tienen poca o ninguna funci&oacute;n conocida porque T. brucei se relaciona distante modelo metazoa y hongos (Berriman et al., ciencia 309:416-422, 2005). Por la semejanza de la secuencia solo, podr&iacute;amos identificar s&oacute;lo cinco nucleoporins. Este cap&iacute;tulo describe nuestra estrategia para identificar 17 nucleoporins adicionales as&iacute; como aportan datos de anotaci&oacute;n funcional a la base de datos del genoma T. brucei.

Un estudio de la prote&oacute;mica funcional del complejo poro nuclear Trypanosoma brucei: una estrategia inform&aacute;tica.

&#x5927;&#x80A0;&#x83CC;&#x7FA4;&#x4E73;&#x817A;&#x708E;&#x4ECD;&#x7136;&#x5976;&#x725B;&#x5E38;&#x89C1;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x91CD;&#x70B9;&#x7814;&#x7A76;&#x9002;&#x5F53;&#x90E8;&#x5206;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x63A5;&#x89E6;&#x6709;&#x9650;&#x5408;&#x4F19;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6DF1;&#x523B; intra-mammary &#x708E;&#x75C7;&#x7684;&#x6709;&#x5BB3;&#x7684;&#x526F;&#x4F5C;&#x7528;&#x6709;&#x6548;&#x6CBB;&#x7597;&#x9009;&#x62E9;&#x3002;&#x4E3A;&#x65B9;&#x4FBF;&#x65B0;&#x517D;&#x836F;&#x5BA1;&#x6279;&#xFF0C;&#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x6807;&#x5FD7;&#x7269;&#x9700;&#x8981;&#x4E0E;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E73;&#x623F;&#x708E;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x708E;&#x75C7;&#x7684;&#x8F85;&#x52A9;&#x6CBB;&#x7597;&#x7684;&#x7597;&#x6548;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x8BD5;&#x56FE;&#x63CF;&#x8FF0; LPS&#xFF0C;&#x4E3B;&#x673A;&#x54CD;&#x5E94;&#x4E0D;&#x8FC7;&#xFF0C;&#x5B8C;&#x6210;&#x4E86;&#x4F7F;&#x7528;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x53EF;&#x7528;&#x6570;&#x76EE;&#x76F8;&#x5BF9;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x725B;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x6297;&#x4F53;&#xFF0C;&#x6297;&#x4F53;&#x4F9D;&#x8D56;&#x53EF;&#x4EE5;&#x662F;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5F88;&#x5F3A;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x6807;&#x5FD7;&#x7269;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x76F8;&#x53CD;&#xFF0C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5938;&#x53E3;&#x5206;&#x6790;&#x65E0;&#x9650;&#x7684;&#x6570;&#x91CF;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x6297;&#x4F53;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x3002;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x4E32;&#x8054;&#x8D28;&#x8C31; (LC-MS/MS) &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5728;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x6DF7;&#x5408;&#x7269;&#xFF0C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7528;&#x4E8E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7B56;&#x7565;&#x5F97;&#x5230;&#x4E86;&#x666E;&#x53CA;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5B9A;&#x6027;&#x86CB;&#x767D;&#x725B;&#x4E73;&#x7EC4;&#x5206;&#xFF0C;&#x5728;&#x6B63;&#x5E38;&#x751F;&#x7406;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x4E73;&#x623F;&#x708E;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x751F;&#x7269;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x7684;&#x725B;&#x4E73;&#x672A;&#x80FD;&#x725B;&#x4E73;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x8BE0;&#x91CA;&#x3002;&#x5E38;&#x89C4;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x51CF;&#x5C11;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x5206;&#x998F;&#x548C;&#x9AD8;&#x4E30;&#x5EA6;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x53BB;&#x9664;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6539;&#x5584;&#x4E86;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x9762;&#xFF0C;&#x4F46;&#x76EE;&#x524D;&#xFF0C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x8303;&#x56F4;&#x548C;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8F83;&#x5C0F;&#x6570;&#x76EE;&#x7EE7;&#x7EED;&#x963B;&#x788D;&#x6BD4;&#x8F83;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x725B;&#x4E73;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5982;&#x6B64;&#xFF0C;&#x5728;&#x9AD8;&#x6548;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#x548C;&#x8D28;&#x8C31;&#x6CD5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x4EEA;&#x5668;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x7EB3;&#x7C73;&#x6D41;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5; (&#x7EB3;&#x7C73;-LC) &#x7EB3;&#x7C73;&#x55B7;&#x96FE;&#x7535;&#x79BB;&#x548C;&#x5FEB;&#x626B;&#x63CF;&#x901F;&#x5EA6;&#x548C;&#x7535;&#x79BB;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x8D28;&#x8C31;&#x4EEA;&#xFF0C;&#x8FDB;&#x5C55;&#x6709;&#x6539;&#x5584;&#x590D;&#x6742;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5728;&#x5F53;&#x524D;&#x6587;&#x4EF6;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5BA1;&#x67E5;&#x4E86;&#x7528;&#x6765;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5065;&#x5EB7;&#x725B;&#x548C;&#x5976;&#x725B;&#x4E73;&#x817A;&#x708E;&#x3001; &#x4E73;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x76F8;&#x5173;&#x4E3B;&#x673A;&#x54CD;&#x5E94;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A; mastitic &#x725B;&#x5976;&#x4E2D;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;-&#x8D28;&#x8C31;/&#x8D28;&#x8C31;&#x65E0;&#x6807;&#x7B7E;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5907;&#x7528;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x6DF7;&#x5408;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E2A;&#x522B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x5BF9;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x6602;&#x8D35;&#x8D34;&#x6807;&#x6218;&#x7565;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x7528;&#x9014;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5149;&#x8C31;&#x8BA1;&#x6570;&#xFF0C;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;-&#x8D28;&#x8C31;/&#x8D28;&#x8C31;&#x65E0;&#x6807;&#x7B7E;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x7B56;&#x7565;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x7B26;&#x5408;&#x6025;&#x6027;&#x65F6;&#x76F8;&#x86CB;&#x767D;&#x4E0E;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x6297;&#x4F53;&#x7684;&#x9176;&#x8054;&#x514D;&#x75AB;&#x5438;&#x9644;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x6570;&#x636E;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x65F6;&#x7A7A;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x76F8;&#x7ED3;&#x5408;&#xFF0C;&#x80FD;&#x591F;&#x8BC6;&#x522B;&#x51FA;&#x4F4E;&#x4E30;&#x5EA6;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x548C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x4EA7;&#x751F;&#x65F6;&#x7A7A;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x4F7F;&#x7528;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x751F;&#x7269;&#x6807;&#x5FD7;&#x7269;&#x53D1;&#x73B0;&#x5206;&#x6790;&#x7B5B;&#x9009;&#x5DE5;&#x5177;&#x4EE5;&#x8BC4;&#x4F30;&#x751F;&#x7269;&#x76F8;&#x5173;&#x86CB;&#x767D;&#x8C03;&#x5236;&#x671F;&#x95F4;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4EE5;&#x524D;&#x65E0;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x4F18;&#x70B9;&#x3002;

&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4F18;&#x52BF;&#xFF1A; &#x65E0;&#x6807;&#x7B7E;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x671F;&#x95F4;&#x4EBA;&#x5DE5;&#x8BF1;&#x53D1;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x4E73;&#x623F;&#x708E;&#x725B;&#x4E73;&#x4E2D;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;

Coliform mastitis remains a primary focus of dairy cattle disease research due in part to the lack of efficacious treatment options for the deleterious side effects of exposure to LPS, including profound intra-mammary inflammation. To facilitate new veterinary drug approvals, reliable biomarkers are needed to evaluate the efficacy of adjunctive therapies for the treatment of inflammation associated with coliform mastitis. Most attempts to characterize the host response to LPS, however, have been accomplished using ELISAs. Because a relatively limited number of bovine-specific antibodies are commercially available, reliance on antibodies can be very limiting for biomarker discovery. Conversely, proteomic approaches boast the capability to analyze an unlimited number of protein targets in a single experiment, independent of antibody availability. Liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), a widely used proteomic strategy for the identification of proteins in complex mixtures, has gained popularity as a means to characterize proteins in various bovine milk fractions, both under normal physiological conditions as well as during clinical mastitis. The biological complexity of bovine milk has, however, precluded the complete annotation of the bovine milk proteome. Conventional approaches to reducing sample complexity, including fractionation and the removal of high abundance proteins, has improved proteome coverage, but the dynamic range of proteins present, and abundance of a relatively small number of proteins, continues to hinder comparative proteomic analyses of bovine milk. Nonetheless, advances in both liquid chromatography and mass spectrometry instrumentation, including nano-flow liquid chromatography (nano-LC), nano-spray ionization, and faster scanning speeds and ionization efficiency of mass spectrometers, have improved analyses of complex samples. In the current paper, we review the proteomic approaches used to conduct comparative analyses of milk from healthy cows and cows with clinical mastitis, as well as proteins related to the host response that have been identified in mastitic milk. Additionally, we present data that suggests the potential utility of LC-MS/MS label-free quantification as an alternative to costly labeling strategies for the relative quantification of individual proteins in complex mixtures. Temporal expression patterns generated using spectral counts, an LC-MS/MS label-free quantification strategy, corresponded well with ELISA data for acute phase proteins with commercially available antibodies. Combined, the capability to identify low abundance proteins, and the potential to generate temporal expression profiles, indicate the advantages of using proteomics as a screening tool in biomarker discovery analyses to assess biologically relevant proteins modulated during disease, including previously uncharacterized targets.

The proteomic advantage: label-free quantification of proteins expressed in bovine milk during experimentally induced coliform mastitis.

Restes de mammite coliformes un objectif principal de la maladie des bovins laitiers recherche en partie au manque d&#39;options de traitement efficace pour les effets secondaires nocifs de l&#39;exposition au LPS, y compris une inflammation profonde intra-mammaire. Pour faciliter les nouvelles approbations de m&eacute;dicaments v&eacute;t&eacute;rinaires, des biomarqueurs fiables sont n&eacute;cessaires pour &eacute;valuer l&#39;efficacit&eacute; des traitements d&#39;appoint pour le traitement de l&#39;inflammation associ&eacute;es &agrave; la mammite coliforme. La plupart des tentatives pour caract&eacute;riser la r&eacute;ponse de l&#39;h&ocirc;te au LPS, cependant, ont &eacute;t&eacute; ex&eacute;cut&eacute;es &agrave; l&#39;aide de tests ELISA. Parce qu&#39;un nombre relativement limit&eacute; d&#39;anticorps sp&eacute;cifiques bovine est disponible dans le commerce, la d&eacute;pendance &agrave; l&#39;&eacute;gard des anticorps peut &ecirc;tre tr&egrave;s limitatif pour la d&eacute;couverte de biomarqueurs. &Agrave; l&#39;inverse, les approches prot&eacute;omiques offrent la capacit&eacute; d&#39;analyser un nombre illimit&eacute; de prot&eacute;ines cibles en une seule exp&eacute;rience, ind&eacute;pendamment de la disponibilit&eacute; des anticorps. Chromatographie liquide coupl&eacute;e &agrave; la spectrom&eacute;trie de masse en tandem (LC-MS/MS), une strat&eacute;gie de prot&eacute;omique largement utilis&eacute; pour l&#39;identification des prot&eacute;ines dans des m&eacute;langes complexes, a gagn&eacute; en popularit&eacute; comme moyen de caract&eacute;riser les prot&eacute;ines dans les diverses fractions de lait de vache, tant dans des conditions physiologiques normales, ainsi qu&#39;au cours de la mammite clinique. La complexit&eacute; biologique du lait de vache a, toutefois, impossible de l&#39;annotation compl&egrave;te du prot&eacute;ome lait de vache. Les approches classiques pour r&eacute;duire la complexit&eacute; de l&#39;&eacute;chantillon, y compris le fractionnement et l&#39;&eacute;limination des prot&eacute;ines de grande abondance, a am&eacute;lior&eacute; la couverture du prot&eacute;ome, mais la gamme dynamique des prot&eacute;ines pr&eacute;sentes, et l&#39;abondance d&#39;un relativement petit nombre de prot&eacute;ines, continue d&#39;entraver l&#39;analyse prot&eacute;omique comparative de lait de vache. N&eacute;anmoins, les avances en chromatographie en phase liquide et en instrumentation de spectrom&eacute;trie de masse, y compris la chromatographie liquide de nano-d&eacute;bit (nano-LC), ionisation de nano-jet et balayage plus rapide vitesse et efficacit&eacute; d&#39;ionisation de spectrom&egrave;tres de masse, ont am&eacute;lior&eacute; des analyses d&#39;&eacute;chantillons complexes. Dans le pr&eacute;sent document, nous passons en revue les approches prot&eacute;omiques utilis&eacute;s pour effectuer des analyses comparatives du lait des vaches saines et des vaches souffrant de mammite clinique, mais aussi de prot&eacute;ines li&eacute;es &agrave; la r&eacute;ponse de l&#39;h&ocirc;te qui ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;es dans le lait mastitic. En outre, nous pr&eacute;sentons des donn&eacute;es qui sugg&egrave;rent l&#39;utilit&eacute; potentielle de LC-MS/MS exempte d&#39;&eacute;tiquette dosage comme une alternative aux strat&eacute;gies de l&#39;&eacute;tiquetage co&ucirc;teuses pour la quantification relative de prot&eacute;ines individuelles dans des m&eacute;langes complexes. Mod&egrave;les d&#39;expressions temporelles g&eacute;n&eacute;r&eacute;es &agrave; l&#39;aide de chefs d&#39;accusation spectrales, une strat&eacute;gie de quantification exempte d&#39;&eacute;tiquette LC-MS/MS, correspondaient bien aux donn&eacute;es ELISA pour les prot&eacute;ines de phase aigu&euml; avec des anticorps disponibles dans le commerce. Combin&eacute;es, la capacit&eacute; d&#39;identifier des prot&eacute;ines de faible abondance et le potentiel de g&eacute;n&eacute;rer des profils d&#39;expression temporelle, indiquent les avantages d&#39;utiliser la prot&eacute;omique comme outil de d&eacute;pistage dans les analyses de d&eacute;couverte de biomarqueurs pour &eacute;valuer des prot&eacute;ines biologiquement pertinentes modul&eacute;es au cours de la maladie, y compris les cibles non d&eacute;finies auparavant.

L&#39;avantage de la prot&eacute;omique : quantification des prot&eacute;ines exprim&eacute;es dans le lait de vache au cours de la mammite coliforme exp&eacute;rimentalement induite exempte d&#39;&eacute;tiquette.

Coliforme Mastitis bleibt Schwerpunkt Milchvieh-Krankheit-Forschung aufgrund teilweise auf den Mangel an wirksamer Therapie-Optionen f&uuml;r die sch&auml;dlichen Nebenwirkungen der Exposition gegen&uuml;ber LPS, einschlie&szlig;lich Tiefe intra-mammary Entz&uuml;ndung. Veterin&auml;rmedizinische Medikament Neuzulassungen zu erleichtern, bedarf es zuverl&auml;ssiger Biomarker zur Bewertung der Wirksamkeit von adjunktive Therapien zur Behandlung von Entz&uuml;ndungen coliformen Mastitis zugeordnet. Die meisten Versuche, charakterisieren die Host-Reaktion auf LPS, haben jedoch mit ELISAs erreicht worden. Da eine relativ begrenzte Anzahl von Rindern-spezifische Antik&ouml;rper im Handel erh&auml;ltlich sind, kann Vertrauen auf Antik&ouml;rper f&uuml;r Biomarker Discovery sehr begrenzt sein. Proteomic Ans&auml;tze r&uuml;hmen hingegen die M&ouml;glichkeit, eine unbegrenzte Anzahl von Protein-Ziele in einem einzigen Experiment unabh&auml;ngig von Antik&ouml;rper-Verf&uuml;gbarkeit zu analysieren. Fl&uuml;ssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS), eine weit verbreitete Proteomic-Strategie f&uuml;r die Identifizierung von Proteinen in komplexen Mischungen, hat Popularit&auml;t als Mittel zur Charakterisierung von Proteinen in verschiedenen Fraktionen der Kuhmilch, sowohl unter normalen physiologischen Bedingungen als auch bei klinischer Mastitis. Die biologische Komplexit&auml;t der Kuhmilch hat, jedoch die vollst&auml;ndige Anmerkung des Kuhmilch Proteome ausgeschlossen. Konventionelle Ans&auml;tze zur Reduktion der Komplexit&auml;t der Probe, Fraktionierung und die Beseitigung von hoher F&uuml;lle Proteine, einschlie&szlig;lich hat Proteom-Abdeckung, aber den Dynamikumfang von Proteine, verbessert und F&uuml;lle einer relativ kleinen Zahl von Proteinen, weiterhin vergleichende Proteomic Analysen der Kuhmilch zu behindern. Dennoch haben die Fortschritte in der Fl&uuml;ssigchromatographie und Massenspektrometrie Instrumentierung, einschlie&szlig;lich Nano-Flow fl&uuml;ssige Chromatographie (Nano-LC), Nano-Spray-Ionisation, und schneller Scan-Geschwindigkeiten und Ionisation Effizienz von Massenspektrometer, Analysen von komplexen Proben verbessert. Im aktuellen Papier &uuml;berpr&uuml;fen wir die Proteomic Ans&auml;tze verwendet, um vergleichende Analysen der Milch von gesunden K&uuml;hen und K&uuml;he mit klinischer Mastitis zu betreiben, als auch Proteine, die mit Bezug auf die Host-Reaktion, die in mastitic Milch festgestellt wurden. Dar&uuml;ber hinaus stellen wir Daten, die den potenziellen Nutzen von LC-MS/MS-Etikett-frei-Quantifizierung als Alternative zu kostspieligen Kennzeichnung Strategien f&uuml;r die relative Quantifizierung der einzelnen Proteine in komplexen Gemischen hindeutet. Zeitliche Ausdrucksmuster mit spektralen z&auml;hlt, eine LC-MS/MS-Etikett-freie Quantifizierung-Strategie, korrespondierte auch mit ELISA Daten f&uuml;r akute-Phase-Proteine mit kommerziell verf&uuml;gbaren Antik&ouml;rper erzeugt. Kombiniert, die F&auml;higkeit zur Identifizierung geringer F&uuml;lle Proteine und das Potenzial zum Generieren von zeitlichen Ausdruck Profile, zeigen die Vorteile der Verwendung von Proteomics als Screening-Tool Biomarker Entdeckung Analysen biologisch relevante Proteine moduliert w&auml;hrend Krankheit, einschlie&szlig;lich zuvor uncharakterisiertes Ziele zu bewerten.

Der Proteomic-Vorteil: Etikett-freie Quantifizierung der Proteine, die in Kuhmilch bei experimentell induzierten coliformen Mastitis.

Resti di mastite coliformi un obiettivo primario della malattia di bovini da latte di ricerca dovuta in parte alla mancanza di opzioni di trattamento efficace per i deleteri effetti collaterali dell&#39;esposizione a LPS, tra cui infiammazione profonda intra-mammary. Per facilitare nuove omologazioni farmaco veterinario, biomarcatori affidabili sono necessari per valutare l&#39;efficacia delle terapie aggiuntive per il trattamento dell&#39;infiammazione associata con mastite coliformi. Tuttavia, la maggior parte dei tentativi per caratterizzare la risposta dell&#39;ospite a LPS, essere stati compiuti mediante test ELISA. Perch&eacute; un numero relativamente limitato di anticorpi specifici per bovini &egrave; commercialmente disponibile, dipendenza da anticorpi pu&ograve; essere molto limita per la scoperta del biomarker. Al contrario, gli approcci di proteomica vantano la capacit&agrave; di analizzare un numero illimitato di destinazioni della proteina in un singolo esperimento, indipendente della disponibilit&agrave; dell&#39;anticorpo. Cromatografia liquida accoppiata alla spettrometria di massa tandem (LC-MS/MS), una strategia di proteomic ampiamente utilizzato per l&#39;identificazione di proteine in miscele complesse, ha guadagnato la popolarit&agrave; come un mezzo per caratterizzare le proteine in varie frazioni di latte bovino, sia in condizioni fisiologiche normali sia durante la mastite clinica. La complessit&agrave; biologica del latte bovino ha, tuttavia, precluso l&#39;annotazione completa del proteoma latte bovino. Approcci convenzionali per ridurre la complessit&agrave; di campione, compreso il frazionamento e la rimozione delle proteine alta abbondanza, ha migliorato il proteoma copertura, ma la gamma dinamica delle proteine presenti, e abbondanza di un numero relativamente piccolo di proteine, continua a ostacolare l&#39;analisi proteomica comparativa di latte bovino. Tuttavia, progressi sia cromatografia liquida e spettrometria di massa strumentazione, compreso cromatografia liquida di nano-flusso (nano-LC), ionizzazione nano-spray e la scansione pi&ugrave; veloce la velocit&agrave; e l&#39;efficienza di ionizzazione degli spettrometri di massa, hanno migliorato le analisi dei campioni complessi. Nel documento corrente, passiamo in rassegna proteomic approcci utilizzati per condurre analisi comparative di latte da mucche sane e mucche con mastite clinica, come pure le proteine correlate alla risposta dell&#39;ospite che sono state identificate nel latte mastitic. Inoltre, vi presentiamo dei dati che suggeriscono l&#39;utilit&agrave; potenziale di LC-MS/MS quantificazione privo di etichetta come un&#39;alternativa alle costose strategie etichettature per la quantificazione relativa delle singole proteine in miscele complesse. Modelli di espressione temporale generati utilizzando conti spettrali, una strategia di quantificazione privo di etichetta LC-MS/MS, corrispondevano bene con dati di ELISA per le proteine della fase acuta con anticorpi commercialmente disponibile. Combinata, la capacit&agrave; di identificare le proteine abbondanza bassa e il potenziale per generare profili di espressione temporale, indicare i vantaggi di usare la proteomica come uno strumento di screening nelle analisi di biomarker discovery per valutare le proteine biologicamente rilevanti modulate durante la malattia, compresi gli obiettivi precedentemente atipici.

Il vantaggio di proteomic: quantificazione delle proteine espresse nel latte bovino durante la mastite coliformi indotta sperimentalmente privo di etichetta.

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&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x5229;&#x70B9;: &#x30E9;&#x30D9;&#x30EB;&#x7121;&#x6599;&#x306E;&#x30A6;&#x30B7;&#x306E;&#x30DF;&#x30EB;&#x30AF;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x4E73;&#x623F;&#x708E;&#x4E2D;&#x306B;&#x767A;&#x73FE;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3002;

Coliform &#xC720;&#xC120; &#xC5FC; &#xB0A8;&#xC544; &#xC816;&#xC18C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xCD08;&#xC810;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0; LPS, &#xC2EC;&#xC624;&#xD55C; intra-mammary &#xC5FC;&#xC99D;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xB178;&#xCD9C;&#xC758; &#xD574;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBD80;&#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6A8;&#xB2A5;&#xC774; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC635;&#xC158;&#xC758; &#xBD80;&#xC871;&#xC744; &#xC5F0;&#xAD6C;. &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC218;&#xC758; &#xC57D;&#xBB3C; &#xC2B9;&#xC778; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD558;&#xC5EC; &#xBBFF;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xB9C8;&#xCEE4;&#xC758; coliform &#xC720;&#xC120; &#xC5FC;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC5FC;&#xC99D; &#xCE58;&#xB8CC; adjunctive &#xC694;&#xBC95;&#xC758; &#xD6A8;&#xB2A5;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00;&#xD560; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC2DC;&#xB3C4;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC751;&#xB2F5; LPS,, &#xC788;&#xB2E4; &#xC131;&#xCDE8; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; Elisas&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;. &#xC18C; &#xD574; &#xD2B9;&#xC815; &#xD56D; &#xCCB4;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50;&#xC801; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xC218;&#xB97C; &#xC0C1;&#xC5C5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD56D; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC758;&#xC874;&#xB3C4; biomarker &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xB300;&#xB85C; proteomic &#xC811;&#xADFC; &#xD56D; &#xCCB4; &#xC5EC;&#xBD80;&#xC5D0; &#xAD00;&#xACC4; &#xC5C6;&#xC774; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xBB34;&#xC81C;&#xD55C; &#xC218;&#xB97C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC790;&#xB791; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC561;&#xCCB4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C; &#xD0E0;&#xB364; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; (LC-MS/MS) &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xD63C;&#xD569;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xB110;&#xB9AC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; proteomic &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC18C; &#xC6B0;&#xC720; &#xBD84;&#xC218;, &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xC801;&#xC778; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBB3C;&#xB860; &#xC784;&#xC0C1; &#xC720;&#xC120; &#xC5FC; &#xB3D9;&#xC548;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC744; &#xC218;&#xB2E8;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xAE30;&#xB97C; &#xC5BB;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC18C; &#xC6B0;&#xC720;&#xC758; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131; &#xC18C; &#xC6B0;&#xC720; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC744; &#xBC30;&#xC81C;. &#xAE30;&#xC874;&#xC758; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131;, &#xBD84;&#xB958; &#xBC0F; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634; &#xBC94;&#xC704; &#xC874;&#xC7AC;, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xBC94;&#xC704; &#xC774;&#xC9C0;&#xB9CC;, &#xAC1C;&#xC120; &#xD558; &#xACE0; &#xD48D;&#xBD80;, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC801;&#xC740; &#xC218;&#xC758; &#xC18C; &#xC6B0;&#xC720;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; proteomic &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBC29;&#xD574; &#xD558; &#xACE0;. &#xADF8;&#xB7FC;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xC561;&#xCCB4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C; &#xBC0F; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; &#xACC4;&#xCE21;, &#xB098;&#xB178; &#xD750;&#xB984; &#xC561;&#xCCB4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C; (LC &#xB098;&#xB178;), &#xB098;&#xB178; &#xC2A4;&#xD504;&#xB808;&#xC774; &#xC774;&#xC628;&#xD654;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xACE0; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xBE60;&#xB978; &#xC2A4;&#xCE94; &#xC18D;&#xB3C4; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;&#xAE30;&#xC758; &#xC774;&#xC628;&#xD654; &#xD6A8;&#xC728; &#xBC1C;&#xC804; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xAC1C;&#xC120; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC2E0;&#xBB38;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; mastitic &#xC6B0;&#xC720;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBFD0; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; proteomic &#xC811;&#xADFC; &#xAC74;&#xAC15; &#xD55C; &#xC18C;&#xC640; &#xC784;&#xC0C1; &#xC720;&#xC120; &#xC5FC;&#xACFC; &#xC816;&#xC18C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xC720;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC80;&#xD1A0;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xD63C;&#xD569;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC774; &#xB9CE;&#xC774; &#xB4DC;&#xB294; &#xB77C;&#xBCA8; &#xC804;&#xB7B5; &#xB300;&#xC2E0; LC-MS/MS &#xB808;&#xC774;&#xBE14; &#xC5C6;&#xB294; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0; &#xC81C;&#xC548; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC81C;&#xC2DC;. &#xC2A4;&#xD399;&#xD2B8;&#xB7FC; &#xACC4;&#xC0B0;, LC-MS/MS &#xB808;&#xC774;&#xBE14; &#xC5C6;&#xB294; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654; &#xC804;&#xB7B5; &#xC0C1;&#xC5C5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD56D; &#xCCB4;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAE09;&#xC131; &#xC704;&#xC0C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; ELISA &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xC798; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC801;&#xC778; &#xC2DD;. &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC;, &#xB0AE;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC801; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xC0DD;&#xC131; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5; biomarker &#xAC80;&#xC0C9; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2EC;&#xC0AC; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB85C; proteomics&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC911; &#xBCC0;&#xC870; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xAD00;&#xB828; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00;&#xD560; &#xC774;&#xC810;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Proteomic &#xC7A5;&#xC810;: &#xB808;&#xC774;&#xBE14; &#xC5C6;&#xB294; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C4; &#xB41C; coliform &#xC720;&#xC120; &#xC5FC; &#xC911; &#xC18C; &#xC6B0;&#xC720;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;.

Restos de la mastitis coliforme un foco primario de la enfermedad del ganado lechero investigaci&oacute;n debido en parte a la falta de opciones de tratamiento eficaz para los efectos secundarios nocivos de la exposici&oacute;n a LPS, incluyendo la inflamaci&oacute;n intra-mammary profunda. Para facilitar nuevas autorizaciones de medicamentos veterinarios, biomarcadores confiables son necesarios para evaluar la eficacia de terapias adyuvantes para el tratamiento de la inflamaci&oacute;n asociada con mastitis coliforme. Mayor&iacute;a de los intentos para caracterizar la respuesta del hu&eacute;sped a LPS, sin embargo, se han realizado mediante ELISA. Porque un n&uacute;mero relativamente limitado de anticuerpos espec&iacute;ficos para bovinos est&aacute; comercialmente disponible, dependencia de anticuerpos puede ser muy limitante para el descubrimiento de biomarcadores. Por el contrario, los enfoques prote&oacute;micos cuentan con la capacidad de analizar un n&uacute;mero ilimitado de objetivos de la prote&iacute;na en un experimento &uacute;nico, independiente de la disponibilidad de anticuerpos. Cromatograf&iacute;a l&iacute;quida acoplada a espectrometr&iacute;a de t&aacute;ndem (LC-MS/MS), una estrategia prote&oacute;mica ampliamente utilizado para la identificaci&oacute;n de prote&iacute;nas en mezclas complejas, ha ganado popularidad como un medio para caracterizar las prote&iacute;nas en varias fracciones de la leche bovina, bajo condiciones fisiol&oacute;gicas normales, as&iacute; como durante la mastitis cl&iacute;nica. La complejidad biol&oacute;gica de leche bovina tiene, sin embargo, impidi&oacute; la anotaci&oacute;n completa del proteoma leche bovina. Enfoques convencionales para reducir la complejidad de la muestra, incluyendo el fraccionamiento y la eliminaci&oacute;n de prote&iacute;nas de alta abundancia, ha mejorado la cobertura de proteoma, pero el rango din&aacute;mico de las prote&iacute;nas presentes, y abundancia de un n&uacute;mero relativamente peque&ntilde;o de prote&iacute;nas, contin&uacute;a obstaculizando el an&aacute;lisis prote&oacute;mico comparativo de leche bovina. Sin embargo, los avances en cromatograf&iacute;a l&iacute;quida y la instrumentaci&oacute;n de la espectrometr&iacute;a de masas, incluyendo cromatograf&iacute;a de l&iacute;quidos de flujo nano (nano-LC), ionizaci&oacute;n de nano-aerosol y m&aacute;s r&aacute;pido escaneo velocidad y eficiencia de ionizaci&oacute;n de Espectr&oacute;metros de masas, han mejorado los an&aacute;lisis de muestras complejas. En el documento actual, se revisa los enfoques prote&oacute;micos utilizados para llevar a cabo an&aacute;lisis comparativos de leche de vacas sanas y las vacas con mastitis cl&iacute;nica, as&iacute; como las prote&iacute;nas relacionadas con la respuesta del hu&eacute;sped que se han identificado en leche mast&iacute;tica. Adem&aacute;s, presentamos los datos que sugieren la utilidad potencial de cuantificaci&oacute;n de etiqueta libre de LC-MS/MS como una alternativa a los costosos etiquetados estrategias para la cuantificaci&oacute;n relativa de prote&iacute;nas individuales en mezclas complejas. Patrones de expresi&oacute;n temporal mediante cuentas espectrales, una estrategia de cuantificaci&oacute;n etiqueta libre de LC-MS/MS, correspondidas bien con datos de ELISA para las prote&iacute;nas de fase aguda con anticuerpos disponibles comercialmente. Combinado, la capacidad para identificar prote&iacute;nas de baja abundancia y el potencial para generar perfiles de expresi&oacute;n temporal, indicar las ventajas de utilizar la prote&oacute;mica como una herramienta de proyecci&oacute;n en los an&aacute;lisis de descubrimiento de biomarcadores para evaluar las prote&iacute;nas biol&oacute;gicamente relevantes moduladas durante enfermedad, incluyendo objetivos previamente desacostumbradas.

La ventaja de la prote&oacute;mica: etiqueta libre de cuantificaci&oacute;n de las prote&iacute;nas expresadas en leche bovina durante la mastitis coliforme inducida experimentalmente.

&#x67F1;&#x524D;&#x6C27;&#x5316;&#x8367;&#x5149;&#x68C0;&#x6D4B;&#x9AD8;&#x6548;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x5206;&#x6790;&#x9EBB;&#x75F9;&#x6027;&#x8D1D;&#x7C7B;&#x6BD2;&#x7D20;&#x7684;&#x5316;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x548C;&#x6548;&#x7387; AOAC &#x65B9;&#x6CD5; 2005.06&#xFF0C;&#x56FA;&#x4F53;&#x6838;&#x5FC3;&#x9897;&#x7C92;&#x5217;&#x6280;&#x672F;&#x8FDB;&#x884C;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x4E86;&#x53D6;&#x4EE3;&#x539F;&#x59CB;&#x5B8C;&#x5168;&#x591A;&#x5B54;&#x9897;&#x7C92;&#x4E0E;&#x56FA;&#x4F53;&#x6838;&#x5FC3;&#x9897;&#x7C92;&#x5217;&#x5217;&#x51CF;&#x5C11;&#x91C7;&#x6837;&#x5206;&#x6790;&#x65F6;&#x95F4;&#x4ECE; 15 &#x5230; 5 &#x5206;&#x949F;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x63D0;&#x9AD8;&#x4E86;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x3002;

&#x5217;&#x7684;&#x56FA;&#x4F53;&#x6838;&#x5FC3;&#x6280;&#x672F;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x9AD8;&#x6548;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;-FD &#x7684;&#x9EBB;&#x75F9;&#x6027;&#x8D1D;&#x7C7B;&#x6BD2;&#x7D20;&#x3002;

Pre-column oxidation liquid chromatography with fluorescence detection is a chemical method for analyzing paralytic shellfish toxins. In order to improve the sample throughput and efficiency of AOAC Method 2005.06, solid core particle column technology was evaluated. We demonstrate that supplanting the original fully porous particle column with a solid core particle column reduces sample analysis time from 15 to 5 min per sample and improves resolution.

Solid core column technology applied to HPLC-FD of paralytic shellfish toxins.

Chromatographie liquide avec d&eacute;tection par fluorescence &agrave; oxydation pr&eacute;-colonne est une m&eacute;thode chimique pour l&#39;analyse des toxines paralysante. Afin d&#39;am&eacute;liorer le d&eacute;bit de l&#39;&eacute;chantillon et l&#39;efficacit&eacute; de l&#39;AOAC 2005.06 de m&eacute;thode, technologie de particule solide base de colonne a &eacute;t&eacute; &eacute;valu&eacute;e. Nous d&eacute;montrons que supplanter la colonne d&#39;origine particule enti&egrave;rement poreux avec une colonne de particules solides de base r&eacute;duit les temps d&#39;analyse d&#39;&eacute;chantillon de 15 &agrave; 5 min par &eacute;chantillon et am&eacute;liore la r&eacute;solution.

Technologie de colonne noyau solide appliqu&eacute;e &agrave; l&#39;HPLC-FD de toxines paralysante.

Pre-Column Oxydation Fl&uuml;ssigchromatographie mit Fluoreszenzdetektion ist eine chemische Methode zur Analyse von paralytischer Schalentiere Toxine. Zur Verbesserung der Probendurchsatz und Effizienz der AOAC-Methode 2005.06 wurde Monokarten Partikeltechnik Spalte ausgewertet. Wir zeigen, dass verdr&auml;ngen die urspr&uuml;ngliche voll por&ouml;se Partikel-Spalte mit einer festen Kern Teilchen Spalte Beispiel Analyse von 15 auf 5 min pro Sample reduziert und verbessert die Aufl&ouml;sung.

Feste Spalte Kerntechnologie auf HPLC-FD paralytischer Schalentiere Toxine angewendet.

Cromatografia liquida pre-column ossidazione con rilevazione a fluorescenza &egrave; un metodo chimico per analizzare le tossine paralytic shellfish. Al fine di migliorare la velocit&agrave; effettiva del campione e l&#39;efficienza del metodo AOAC 2005.06, tecnologia solid core delle particelle colonna &egrave; stata valutata. Dimostriamo che soppiantando la colonna completamente porosa della particella originale con una colonna di particelle di legno solido nucleo riduce il tempo di analisi del campione da 15 a 5 min per campione e migliora la risoluzione.

Nucleo solido colonna tecnologia applicata per HPLC-FD di paralytic shellfish tossine.

&#x30D7;&#x30EC;&#x30AB;&#x30E9;&#x30E0;&#x9178;&#x5316;&#x6DB2;&#x4F53;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x86CD;&#x5149;&#x691C;&#x51FA;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x9EBB;&#x75FA;&#x6027;&#x8C9D;&#x6BD2;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x624B;&#x6CD5;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB; &#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; AOAC &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9; 2005.06 &#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x56FA;&#x4F53;&#x30B3;&#x30A2;&#x7C92;&#x5B50;&#x5217;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x56FA;&#x4F53;&#x30B3;&#x30A2;&#x7C92;&#x5B50;&#x5217;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5143;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x591A;&#x5B54;&#x8CEA;&#x7C92;&#x5B50;&#x5217; supplanting &#x306F; 1 &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3042;&#x305F;&#x308A; 5 &#x5206;&#x306B; 15 &#x304B;&#x3089;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x5206;&#x6790;&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x77ED;&#x7E2E;&#x3057;&#x3001;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x5411;&#x4E0A;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9EBB;&#x75FA;&#x6027;&#x8C9D;&#x6BD2;&#x306E; HPLC FD &#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x56FA;&#x4F53;&#x30B3;&#x30A2;&#x5217;&#x6280;&#x8853;&#x3002;

&#xD615;&#xAD11; &#xAC80;&#xCD9C; pre-column &#xC0B0;&#xD654; &#xC561;&#xCCB4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C; &#xC911; &#xC5B4; &#xD328;&#xB958; &#xB3C5; &#xC18C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD654;&#xD559; &#xBC29;&#xBC95;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0D8;&#xD50C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC0F; AOAC &#xBC29;&#xBC95; 2005.06&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC744; &#xAC1C;&#xC120; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC194;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xCF54;&#xC5B4; &#xC785;&#xC790; &#xC5F4; &#xAE30;&#xC220; &#xD3C9;&#xAC00; &#xBC1B;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0;&#xCCB4; &#xCF54;&#xC5B4; &#xC785;&#xC790; &#xC5F4;&#xACFC; &#xC6D0;&#xB798; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xB2E4;&#xACF5;&#xC131; &#xC785;&#xC790; &#xC5F4;&#xC744; &#xB300;&#xC2E0; 15&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xB2F9; 5 &#xBD84; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC744; &#xB2E8;&#xCD95; &#xD558; &#xACE0; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xD5A5;&#xC0C1;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC194;&#xB9AC;&#xB4DC; &#xCF54;&#xC5B4; &#xC5F4; &#xAE30;&#xC220; &#xC911; &#xC870;&#xAC1C; &#xB958; &#xB3C5; &#xC18C;&#xC758; HPLC-FD&#xB97C; &#xC801;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La cromatograf&iacute;a de l&iacute;quidos de oxidaci&oacute;n precolumna con detecci&oacute;n de fluorescencia es un m&eacute;todo qu&iacute;mico para el an&aacute;lisis de las toxinas de moluscos paral&iacute;tico. Con el fin de mejorar la producci&oacute;n de muestras y la eficacia de la AOAC m&eacute;todo 2005.06, se evalu&oacute; la tecnolog&iacute;a de columna de part&iacute;cula s&oacute;lida. Demostramos que suplantando la columna original de part&iacute;culas totalmente poroso con una columna de part&iacute;cula s&oacute;lida reduce tiempo de an&aacute;lisis de muestra de 15 a 5 minutos por muestra y mejora la resoluci&oacute;n.

Tecnolog&iacute;a de base s&oacute;lida columna aplicada al HPLC-FD de toxinas de moluscos paral&iacute;tico.

&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x725B;&#x652F;&#x6C14;&#x7BA1;&#x80BA;&#x6CE1;&#x6DB2; (BAF) &#x4E0E;&#x6D77;&#x8C79;&#x6EB6;&#x8840;&#x6027;&#x66FC;&#x6C0F;&#x6746;&#x83CC;&#x4F7F;&#x7528; nanoflow &#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x4E32;&#x8054;&#x8D28;&#x8C31; (nanoLC-MS/MS) &#x540E;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x7684;&#x80BA;&#x708E;&#x5BFC;&#x81F4; 88 &#x72EC;&#x7279;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x3002;&#x66DD;&#x6C14;&#x751F;&#x7269;&#x6EE4;&#x6C60;&#x5728;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5305;&#x62EC;&#x6297;&#x83CC;&#x80BD; &#xFF08;&#x5B89;&#x57F9;&#xFF09;&#x3001; &#x8865;&#x5145;&#x56E0;&#x7D20;&#x3001; &#x6025;&#x6027;&#x671F;&#x53CD;&#x5E94;&#x86CB;&#x767D;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x548C;&#x53C2;&#x4E0E;&#x6C27;&#x5316;&#x8FD8;&#x539F;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;&#x68C0;&#x6D4B;&#x751F;&#x7269;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5DEE;&#x5F02;&#x76F8;&#x5BF9;&#x86CB;&#x767D;&#x4E30;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4F7F;&#x7528;&#x89C4;&#x8303;&#x5316;&#x7684;&#x80BD;&#x8BA1;&#x6570;&#xFF0C;&#x5230;&#x9009;&#x62E9;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5728;&#x66DD;&#x6C14;&#x751F;&#x7269;&#x6EE4;&#x6C60;&#x4ECE;&#x771F;&#x6B63;&#x4E0E;&#x6DF1;&#x6C34;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x611F;&#x67D3;&#x3002;&#x5C55;&#x793A;&#x4F7F;&#x7528;&#x89C4;&#x8303;&#x5316;&#x7684;&#x80BD;&#x7684;&#x9002;&#x7528;&#x6027;&#x8FDB;&#x884C;&#x8BA1;&#x6570;&#x8BC4;&#x4F30;&#x86CB;&#x767D;&#x8868;&#x8FBE;&#x8D8B;&#x52BF;&#x3001; &#x6025;&#x6027;&#x671F;&#x86CB;&#x767D;&#x73E0; &#xFF08;HPT&#xFF09; &#x7684;&#x6DB2;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;-&#x8D28;&#x8C31;/&#x8D28;&#x8C31;&#x6570;&#x636E;&#x4E0E;&#x9176;&#x8054;&#x514D;&#x75AB;&#x5438;&#x9644;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x6570;&#x636E;&#x4F5C;&#x4E86;&#x6BD4;&#x8F83;&#x548C;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x63ED;&#x793A;&#x534F;&#x4F1A;&#x7684;&#x6709;&#x529B;&#x63AA;&#x65BD;&#x3002;&#x6DF1;&#x6C34;&#x548C;&#x771F;&#x6B63;&#x53D7;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x73E0;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5B89;&#x57F9; cathelicidin 1 &#x548C; cathelicidin-4&#xFF0C;&#x9664; &alpha;-&#x80F0;&#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x7684;&#x91CD;&#x94FE;-4&#xFF0C;&#x76F8;&#x5F53;&#x65B0;&#x7684;&#x53C2;&#x4E0E;&#x6025;&#x6027;&#x671F;&#x53CD;&#x5E94;&#x86CB;&#x767D;&#x4E4B;&#x95F4;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x5C0F;&#x6837;&#x672C;&#x5927;&#x5C0F;&#x6709;&#x9650;&#x8303;&#x56F4;&#x7684;&#x63A8;&#x8BBA;&#xFF0C;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x53EF;&#x80FD;&#x5177;&#x6709;&#x91CD;&#x8981;&#x610F;&#x4E49;&#x7684; AMPs &#x548C;&#x6025;&#x6027;&#x671F;&#x53CD;&#x5E94;&#x86CB;&#x767D;&#x671F;&#x95F4;&#x547C;&#x5438;&#x9053;&#x611F;&#x67D3;&#xFF0C;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5173;&#x4E8E;&#x6F5C;&#x5728;&#x673A;&#x5236;&#x53C2;&#x4E0E;&#x725B;&#x7C98;&#x819C;&#x5C4F;&#x969C;&#x9632;&#x5FA1;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x4FE1;&#x606F;&#x3002;

&#x725B;&#x652F;&#x6C14;&#x7BA1;&#x80BA;&#x6CE1;&#x6DB2;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x6311;&#x6218;&#x4E0E;&#x6D77;&#x8C79;&#x6EB6;&#x8840;&#x6027;&#x66FC;&#x6C0F;&#x6746;&#x83CC;&#x4E2D;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x3002;

Proteomics analysis of bovine bronchoalveolar fluid (BAF) following induction of pneumonia with Mannheimia haemolytica using nanoflow liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (nanoLC-MS/MS) resulted in the identification of 88 unique proteins. Proteins detected in BAF included antimicrobial peptides (AMPs), complement factors, acute-phase proteins, protease inhibitors, and proteins involved in oxidation-reduction. Notwithstanding biological variation, differences in relative protein abundance, determined using normalized peptide counts, were detected for select proteins in BAF from genuinely infected versus sham-infected animals. To demonstrate the applicability of using normalized peptide counts to assess protein expression trends, LC-MS/MS data for the acute-phase protein haptoglobin (HPT) were compared with ELISA data, and statistical evaluation of the relationship between the data revealed a strong measure of association. Differences were detected between sham- and genuinely infected animals for haptoglobin, as well as the AMPs cathelicidin-1 and cathelicidin-4, and inter-Î±-trypsin inhibitor heavy chain-4, a fairly novel protein involved in the acute phase response. Though the small sample size limited the scope of the inferences, the results indicate the likely importance of AMPs and acute-phase proteins during respiratory infection, and provide additional information regarding potential mechanisms involved in the bovine mucosal barrier defense.

Evaluation of protein expression in bovine bronchoalveolar fluid following challenge with Mannheimia haemolytica.

Analyse prot&eacute;omique de bovin bronchoalv&eacute;olaire (FBA) apr&egrave;s induction d&#39;une pneumonie avec Mannheimia haemolytica nanoflow chromatographie en phase liquide coupl&eacute;e &agrave; la spectrom&eacute;trie de masse en tandem (nanoLC-MS/MS) a permis l&#39;identification de prot&eacute;ines uniques 88. Prot&eacute;ines d&eacute;tect&eacute;es dans FBA inclus des peptides antimicrobiens (amp&egrave;res), facteurs du compl&eacute;ment, prot&eacute;ines de phase aigu&euml;, les inhibiteurs de prot&eacute;ase et prot&eacute;ines impliqu&eacute;es dans l&#39;oxydo-r&eacute;duction. Malgr&eacute; la variation biologique, diff&eacute;rences dans l&#39;abondance relative de prot&eacute;ine, d&eacute;termin&eacute;e &agrave; l&#39;aide de peptide normalis&eacute;e chefs d&#39;accusation, ont &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;es pour prot&eacute;ines select en BAF de r&eacute;ellement infect&eacute;s par rapport aux animaux atteints de trompe-l&#39;&oelig;il. Pour d&eacute;montrer l&#39;applicabilit&eacute; de l&#39;utilisation de peptide normalis&eacute; compte pour &eacute;valuer les tendances d&#39;expression de prot&eacute;ine, LC-MS/MS pour l&#39;haptoglobine de prot&eacute;ines de phase aigu&euml; (HPT) ont &eacute;t&eacute; compar&eacute;es avec les donn&eacute;es de l&#39;ELISA et l&#39;&eacute;valuation statistique de la relation entre les donn&eacute;es ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; une forte mesure d&#39;association. Des diff&eacute;rences ont &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;s entre imposture - et des animaux infect&eacute;s v&eacute;ritablement l&#39;haptoglobine, ainsi que les amplis cath&eacute;licidine-1 cath&eacute;licidine-4 et inter-&alpha;-trypsine inhibiteur lourde cha&icirc;ne-4, une relativement nouvelle prot&eacute;ine impliqu&eacute;e dans la r&eacute;ponse de phase aigu&euml;. Bien que les &eacute;chantillons de petite taille limitait la port&eacute;e de l&#39;inf&eacute;rence, les r&eacute;sultats indiquent l&#39;importance probable des amplis et des prot&eacute;ines de phase aigu&euml; au cours de l&#39;infection des voies respiratoires et fournissent des informations suppl&eacute;mentaires concernant les m&eacute;canismes potentiels impliqu&eacute;s dans la d&eacute;fense de la barri&egrave;re muqueuse bovine.

&Eacute;valuation de l&#39;expression de la prot&eacute;ine bovine bronchoalv&eacute;olaire fluide Challenge suivant avec Mannheimia haemolytica.

Analyse der Proteomics bovine Bronchoalveol&auml;re Fl&uuml;ssigkeit (BAF) nach Induktion von Lungenentz&uuml;ndung mit Mannheimia Haemolytica mit Nanoflow-Fl&uuml;ssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie (NanoLC-MS/MS) wurden bei der Identifizierung von 88 eindeutige Proteine. Proteine in BAF erkannt enthalten antimikrobielle Peptide (AMPs), Komplement-Faktoren, akute-Phase-Proteine, Protease-Inhibitoren und Oxidation-reduction-Proteine. Ungeachtet der biologischen Vielfalt wurden Unterschiede im relativen Protein &Uuml;berfluss, mit normalisierten Peptid z&auml;hlt, bestimmt f&uuml;r ausgew&auml;hlte Proteine in BAF von erkannt wirklich gegen Schein-infizierten Tieren angesteckt. Um die Anwendbarkeit der normalisierten Peptid mit z&auml;hlt, um Protein Ausdruck Tendenzen zu beurteilen, LC-MS/MS-Daten f&uuml;r die akute-Phase-Protein Haptoglobin (HPT) wurden verglichen mit ELISA Daten und statistische Auswertung der Beziehung zwischen den Daten ergab eine starke Ma&szlig;nahme des Vereins zu demonstrieren. Unterschiede gefunden zwischen Schein und wirklich infizierten Tieren f&uuml;r Haptoglobin, als auch die AMPs Cathelicidin-1 Cathelicidin-4 und inter-&alpha;-Trypsin Inhibitor schwere Kette-4, ein relativ neues Protein, das die akute-Phase-Reaktion beteiligt. Obwohl die kleine Stichprobengr&ouml;&szlig;e der Umfang dieses die Schl&uuml;sse begrenzt, die Ergebnisse geben die wahrscheinlich Bedeutung des AMPs und akute-Phase-Proteine bei Infektionen der Atemwege und bieten zus&auml;tzliche Informationen &uuml;ber die m&ouml;gliche Mechanismen der Rinder-Schleimhaut-Barriere Verteidigung beteiligt.

Bewertung der Proteinexpression in bovine Bronchoalveol&auml;re Fl&uuml;ssigkeit folgende Herausforderung mit Mannheimia Haemolytica.

Analisi proteomica del liquido broncoalveolare bovina (BAF) induzione di polmonite in seguito con Mannheimia haemolytica utilizzando nanoflow cromatografia liquida accoppiata con la spettrometria di massa tandem (MS/MS nanoLC) ha portato l&#39;identificazione di proteine uniche 88. Proteine rilevate in BAF includevano peptidi antimicrobici (AMPs), fattori del complemento, proteine della fase acuta, inibitori della proteasi e proteine coinvolte nella ossidoriduttiva. Nonostante variazione biologica, le differenze nell&#39;abbondanza relativa proteina, determinato utilizzando i conteggi del peptide normalizzata, sono state rilevate per selezionare proteine in BAF da realmente infettati contro gli animali infetti sham. Per dimostrare l&#39;applicabilit&agrave; dell&#39;utilizzo del peptide normalizzato conta per valutare le tendenze di espressione della proteina, dati di LC-MS/MS per l&#39;aptoglobina (HPT) di proteina della fase acuta sono stati confrontati con i dati di ELISA e valutazione statistica del rapporto tra i dati hanno rivelato una forte misura di associazione. Le differenze sono state rilevate tra farsa e animali infetti sinceramente per aptoglobina, cos&igrave; come gli amplificatori cathelicidin-1 cathelicidin-4 e inter-&alpha;-tripsina inibitore pesante catena-4, una romanzo abbastanza proteine coinvolte nella risposta di fase acuta. Nonostante le dimensioni ridotte del campione limitato l&#39;ambito delle inferenze, i risultati indicano l&#39;importanza probabilmente di amplificatori e proteine della fase acuta durante l&#39;infezione delle vie respiratorie e forniscono ulteriori informazioni per quanto riguarda i possibili meccanismi coinvolti nella difesa bovina Barriera mucosa.

Valutazione dell&#39;espressione della proteina nel bovino broncoalveolare fluido seguente sfida con Mannheimia haemolytica.

&#x30BF;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E0;&#x8CEA;&#x91CF;&#x5206;&#x6790; (nanoLC-MS/MS) &#x3092;&#x7D50;&#x5408; nanoflow &#x6DB2;&#x4F53;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F; Mannheimia &#x6295;&#x4E0E;&#x3067;&#x80BA;&#x708E;&#x306E;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3001;&#x6B21;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x30A6;&#x30B7;&#x6C17;&#x7BA1;&#x652F;&#x80BA;&#x80DE;&#x6D17;&#x6D44;&#x6DB2; (BAF) 88 &#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3002;BAF &#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3067;&#x306F;&#x6297;&#x83CC;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9; &#xFF08;&#x30A2;&#x30F3;&#x30DA;&#x30A2;&#xFF09; &#x6025;&#x6027;&#x76F8;&#x86CB;&#x767D;&#x3068;&#x88DC;&#x4F53;&#x56E0;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x3001;&#x9178;&#x5316;&#x9084;&#x5143;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x5909;&#x52D5;&#x306B;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x76F8;&#x5BFE;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6B63;&#x898F;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x30AB;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x9078;&#x629E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x304B;&#x3089; BAF &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x7D14;&#x7C8B;&#x306B;&#x30B7;&#x30E3;&#x30E0;&#x611F;&#x67D3;&#x52D5;&#x7269;&#x5BFE;&#x611F;&#x67D3;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6B63;&#x898F;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x3078;&#x306E;&#x9069;&#x7528;&#x6027;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x50BE;&#x5411;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30AB;&#x30A6;&#x30F3;&#x30C8;&#x3001;LC-MS/MS &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x6025;&#x6027;&#x76F8;&#x86CB;&#x767D;&#x30CF;&#x30D7;&#x30C8;&#x30B0;&#x30ED;&#x30D3;&#x30F3; (HPT) &#x3092; elisa &#x6CD5;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x5F37;&#x3044;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x5354;&#x4F1A;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x9593;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B7;&#x30E3;&#x30E0;&#x3068;&#x30CF;&#x30D7;&#x30C8;&#x30B0;&#x30ED;&#x30D3;&#x30F3;, &#x30A2;&#x30F3;&#x30DA;&#x30A2; &#x30AB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3; 1 &#x3068;&#x30AB;&#x30C6;&#x30EA;&#x30B7;&#x30B8;&#x30F3; 4&#x3001;inter-&alpha; &#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30F3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D2;&#x30D3;&#x30BF;&#x30FC;&#x91CD;&#x3044;&#x30C1;&#x30A7;&#x30FC;&#x30F3;-4&#x3001;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x65AC;&#x65B0;&#x86CB;&#x767D;&#x306E;&#x6025;&#x6027;&#x76F8;&#x53CD;&#x5FDC;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D14;&#x7C8B;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x305F;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x306F;&#x63A8;&#x8AD6;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x304C;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x7D50;&#x679C;&#x547C;&#x5438;&#x5668;&#x611F;&#x67D3;&#x4E2D;&#x30A2;&#x30F3;&#x30DA;&#x30A2;&#x3068;&#x6025;&#x6027;&#x76F8;&#x86CB;&#x767D;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x30A6;&#x30B7;&#x7C98;&#x819C;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30FC;&#x9632;&#x885B;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x8FFD;&#x52A0;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30A6;&#x30B7;&#x80BA;&#x80DE;&#x6D41;&#x4F53;&#x306E;&#x6B21;&#x306E;&#x6311;&#x6226; Mannheimia &#x6295;&#x4E0E;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3002;

Proteomics &#xBD84;&#xC11D; &#xC18C; bronchoalveolar &#xC561;&#xCCB4; (BAF) Mannheimia haemolytica nanoflow &#xC561;&#xCCB4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C; &#xD0E0;&#xB364; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; (nanoLC-MS/MS)&#xACFC; &#xD568;&#xAED8; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD3D0; &#xB834;&#xC758; &#xC720;&#xB3C4; &#xB530;&#xB978; 88 &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4;. BAF&#xC5D0; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0;&#xB294; &#xD56D;&#xADE0; &#xC131; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; (&#xC554;&#xD398;&#xC5B4;), &#xBCF4;&#xC644; &#xC694;&#xC18C;, &#xAE09;&#xC131; &#xC704;&#xC0C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, protease &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; oxidation-reduction&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD3EC;&#xD568;&#xC774;. &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xBCC0;&#xB3D9;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC0C1;&#xB300; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD48D;&#xBD80;, &#xC815;&#xADDC;&#xD654; &#xB41C; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xC218;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xCC28;&#xC774; &#xC9C4;&#xC815;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC00;&#xC9DC; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB300; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0;&#xC11C; BAF &#xC120;&#xD0DD; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC815;&#xADDC;&#xD654; &#xB41C; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC801;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xC785;&#xC99D; &#xD558; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xD2B8;&#xB80C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC138; &#xD558; &#xACE0; &#xAE09;&#xC131; &#xC704;&#xC0C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; haptoglobin (HPT)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; LC-MS/MS &#xB370;&#xC774;&#xD130; ELISA &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xC758; &#xD1B5;&#xACC4; &#xD3C9;&#xAC00; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD611;&#xD68C;&#xC758; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xCE21;&#xC815;. &#xAC00;&#xC9DC;&#xC640; haptoglobin, &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC570;&#xD504; cathelicidin-1 &#xBC0F; cathelicidin 4 &#xBC0F; &#xC778;&#xD130; &alpha; trypsin &#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xAE09;&#xC131; &#xB2E8;&#xACC4; &#xBC18;&#xC751;&#xC5D0; &#xAD00;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xC18C;&#xC124; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCCB4;&#xC778; 4 &#xBB34;&#xAC70;&#xC6B4; &#xC9C4;&#xC815;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB41C; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xAC04;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC791;&#xC740; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xCD94;&#xB860; &#xBC94;&#xC704; &#xC81C;&#xD55C;, &#xBE44;&#xB85D; &#xACB0;&#xACFC; &#xD638;&#xD761;&#xAE30; &#xAC10;&#xC5FC; &#xC2DC; &#xC570;&#xD504;&#xC640; &#xAE09;&#xC131; &#xC704;&#xC0C1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xACE0; &#xC18C; &#xC810; &#xB9C9; &#xC7A5;&#xBCBD; &#xBC29;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xAD00;&#xD55C; &#xCD94;&#xAC00; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Mannheimia haemolytica&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC18C; bronchoalveolar &#xC720;&#xCCB4; &#xB2E4;&#xC74C;&#xB3C4; &#xC804;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xACC4;&#xC0B0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

An&aacute;lisis de la prote&oacute;mica, de bovino broncoalveolar (BAF), tras la inducci&oacute;n de neumon&iacute;a con Mannheimia haemolytica mediante cromatograf&iacute;a l&iacute;quida de nanoflow juntada con espectrometr&iacute;a de masas en t&aacute;ndem (nanoLC-MS/MS) result&oacute; en la identificaci&oacute;n de prote&iacute;nas &uacute;nicas 88. Prote&iacute;nas detectadas en BAF incluyen p&eacute;ptidos antimicrobianos (amperios), factores del complemento, prote&iacute;nas de fase aguda, inhibidores de la proteasa y prote&iacute;nas implicadas en la oxidaci&oacute;n-reducci&oacute;n. A pesar de la variaci&oacute;n biol&oacute;gica, se detectaron diferencias en la abundancia relativa de la prote&iacute;na, determinada el p&eacute;ptido normalizado de cuentas, para seleccionadas prote&iacute;nas en BAF de realmente infectados frente a animales infectados simulada. Para demostrar la aplicabilidad del uso p&eacute;ptido normalizado cuenta para evaluar las tendencias de expresi&oacute;n de la prote&iacute;na, LC-MS/MS datos para la haptoglobina prote&iacute;na de fase aguda (HPT) se compararon con datos de ELISA y evaluaci&oacute;n estad&iacute;stica de la relaci&oacute;n entre los datos revel&oacute; una fuerte medida de asociaci&oacute;n. Se detectaron diferencias entre farsa - y animales realmente infectados para Haptoglobina, as&iacute; como el amp cathelicidin-1 cathelicidin-4 y inter-&alpha;-tripsina inhibidor pesada cadena-4, una novela bastante prote&iacute;na implicada en la respuesta de fase aguda. Aunque el tama&ntilde;o de muestra peque&ntilde;o hab&iacute;a limitado el alcance de las inferencias, los resultados indican la importancia probable de amperios y prote&iacute;nas de fase aguda durante la infecci&oacute;n respiratoria y proporcionan informaci&oacute;n adicional sobre posibles mecanismos implicados en la defensa de la barrera mucosa bovina.

Evaluaci&oacute;n de la expresi&oacute;n de la prote&iacute;na en reto l&iacute;quido broncoalveolar bovina con Mannheimia haemolytica.

The bacterium Staphylococcus aureus is a common foodborne pathogen capable of secreting a cocktail of small, stable, and strain-specific, staphylococcal enterotoxins (SEs). Staphylococcal food poisoning (SFP) results when improperly handled food contaminated with SEs is consumed. Gastrointestinal symptoms of SFP include emesis, diarrhea and severe abdominal pain, which manifest within hours of ingesting contaminated food. Immuno-affinity based methods directly detect, identify, and quantify several SEs within a food or clinical sample. However, the success of these assays depends upon the availability of a monoclonal antibody, the development of which is non-trivial and costly. The current scope of the available immuno-affinity based methods is limited to the classical SEs and does not encompass all of the known or emergent SEs. In contrast to antibodies, aptamers are short nucleic acids that exhibit high affinity and specificity for their targets without the high-costs and ethical concerns of animal husbandry. Further, researchers may choose to freely distribute aptamers and develop assays without the proprietary issues that increase the per-sample cost of immuno-affinity assays. This study describes a novel aptamer, selected in vitro, with affinity to staphylococcal enterotoxin B (SEB) that may be used in lieu of antibodies in SE detection assays. The aptamer, designated APT(SEB1), successfully isolates SEB from a complex mixture of SEs with extremely high discrimination. This work sets the foundation for future aptamer and assay development towards the entire family of SEs. The rapid, robust, and low-cost identification and quantification of all of the SEs in S. aureus contaminated food is essential for food safety and epidemiological efforts. An in vitro generated library of SE aptamers could potentially allow for the comprehensive and cost-effective analysis of food samples that immuno-affinity assays currently cannot provide.

A single-stranded DNA aptamer that selectively binds to Staphylococcus aureus enterotoxin B.

Saxitoxin (STX) is a low molecular weight neurotoxin mainly produced by certain marine dinoflagellates that, along with its family of similarly related paralytic shellfish toxins, may cause the potentially fatal intoxication known as paralytic shellfish poisoning. Illness and fatality rates are low due to the effective monitoring programs that determine when toxins exceed the established regulatory action level and effectuate shellfish harvesting closures accordingly. Such monitoring programs rely on the ability to rapidly screen large volumes of samples. Many of the screening assays currently available employ antibodies or live animals. This research focused on developing an analytical recognition element that would eliminate the challenges associated with the limited availability of antibodies and the use of animals. Here we report the discovery of a DNA aptamer that targets STX. Concentration-dependent and selective binding of the aptamer to STX was determined using a surface plasmon resonance sensor. Not only does this work represent the first reported aptamer to STX, but also the first aptamer to any marine biotoxin. A novel strategy of using a toxin-protein conjugate for DNA aptamer selection was successfully implemented to overcome the challenges associated with aptamer selection to small molecules. Taking advantage of such an approach could lead to increased diversity and accessibility of aptamers to low molecular weight toxins, which could then be incorporated as analytical recognition elements in diagnostic assays for foodborne toxin detection. The selected STX aptamer sequence is provided here, making it available to any investigator for use in assay development for the detection of STX.

First report of the use of a saxitoxin-protein conjugate to develop a DNA aptamer to a small molecule toxin.

Staphylococcal contamination of food products and staphylococcal food-borne illnesses continue to be a problem worldwide. Screening of food for the presence of Staphylococcus aureus and/or enterotoxins using traditional methods is laborious. Reliable and rapid multiplex detection methods from a single food extract or culture supernatant would simplify testing. A fluorescence-based cytometric bead array was developed for the detection of staphylococcal enterotoxin B (SEB), using magnetic microspheres coupled with either an engineered, enterotoxin-specific Vβ domain of the T-cell receptor (Vβ-TCR) or polyclonal antibodies. The binding affinity of the Vβ-TCR for SEB has been shown to be in the picomolar range, comparable to the best monoclonal antibodies. The coupled beads were validated with purified enterotoxins and tested in a variety of food matrices spiked with enterotoxins. The Vβ-TCR or antibody was shown to specifically bind SEB in four different food matrices, including milk, mashed potatoes, vanilla pudding, and cooked chicken. The use of traditional polyclonal antibodies and Vβ-TCR provides a redundant system that ensures accurate identification of the enterotoxin, and the use of labeled microspheres permits simultaneous testing of multiple enterotoxins from a single sample.

Novel platform for the detection of Staphylococcus aureus enterotoxin B in foods.

Botulinum neurotoxins are produced as a toxin complex (TC) which consists of neurotoxin (NT) and neurotoxin associated proteins. The characterization of NT in its native state is an essential step for developing diagnostics and therapeutic countermeasures against botulism. The presence of NT genes was validated by PCR amplification of toxin specific fragments from genomic DNA of Clostridium botulinum strain PS-5 which indicated the presence of both serotype A and B genes on PS-5 genome. Further, TC was purified and characterized by Western blotting, Digoxin-enzyme linked immunosorbent assay, endopeptidase activity assay, and Liquid chromatography-Mass spectrometry. The data showed the presence of serotype A specific neurotoxin. Based on the analysis of neurotoxin genes and characterization of TC, PS-5 strain appears as a serotype A (B) strain of C. botulinum which produces only serotype A specific TC in the cell culture medium.

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Characterization of surface organic components of human hair by on-line supercritical fluid extraction-gas chromatography/mass spectrometry: a feasibility study and comparison with human ide... Journal of forensic sciences\| PubMed ID: 12762525	2003
I-DIRT, a general method for distinguishing between specific and nonspecific protein interactions. Journal of proteome research\| PubMed ID: 16212429	2005
Comprehensive analysis of diverse ribonucleoprotein complexes. Nature methods\| PubMed ID: 17922018	2007
Acetylation of histone H4K4 is cell cycle regulated and mediated by HAT3 in Trypanosoma brucei. Molecular microbiology\| PubMed ID: 18179414	2008
High-yield isolation and subcellular proteomic characterization of nuclear and subnuclear structures from trypanosomes. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)\| PubMed ID: 18951162	2008
Evidence for a shared nuclear pore complex architecture that is conserved from the last common eukaryotic ancestor. Molecular & cellular proteomics : MCP\| PubMed ID: 19525551	2009
A functional proteomic study of the Trypanosoma brucei nuclear pore complex: an informatic strategy. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)\| PubMed ID: 20835803	2010
The proteomic advantage: label-free quantification of proteins expressed in bovine milk during experimentally induced coliform mastitis. Veterinary immunology and immunopathology\| PubMed ID: 21067814	2010
Solid core column technology applied to HPLC-FD of paralytic shellfish toxins. Toxicon : official journal of the International Society on Toxinology\| PubMed ID: 21078334	2011
Evaluation of protein expression in bovine bronchoalveolar fluid following challenge with Mannheimia haemolytica. Proteomics\| PubMed ID: 21800424	2011
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Purification and characterization of neurotoxin complex from a dual toxin gene containing Clostridium Botulinum Strain PS-5. The protein journal\| PubMed ID: 23625059	2013

Jeffrey A. DeGrasse

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