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Live Cell Cycle Analysis of <em>Drosophila</em> Tissues using the Attune Acoustic Focusing Cytometer and Vybrant DyeCycle Violet DNA Stain

Flow cytometry has  been widely used to obtain information about DNA content in a population of  cells, to infer relative percentages in different cell ...

University of Michigan 

&#x71B1;&#x5E2F;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x3067; Anopheles funestus 3 &#x3064;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30DE;&#x30E9;&#x30EA;&#x30A2; &#x30D9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x306B; 157 A. funestus &#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x7A2E;&#x306E;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53; Dna (Cdna)&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3001;Cdna &#x306E; in silico &#x30B7;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CB;&#x30FC;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9806;&#x5E8F;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x4FDD;&#x5168; A. funestus &#x3068; A. &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x9593;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x4E00;&#x74B0;&#x3068;&#x3057;&#x3066; A. &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7A2E;&#x3067;&#x540C;&#x3058;&#x4E9C;&#x5C5E;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x3068;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D1;&#x30F3;&#x30B8;&#x30FC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6700;&#x8FD1;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x5206;&#x5C90;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CB;&#x30FC;&#x306E;&#x307B;&#x307C;&#x5B8C;&#x74A7;&#x306A;&#x4FDD;&#x5168;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x8155;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x9806;&#x5E8F;&#x306E;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D5;&#x30EB;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7A2E;&#x306E;&#x767A;&#x6563;&#x4EE5;&#x6765;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 70 &#x306E;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x9006;&#x8EE2;&#x304C;&#x4FEE;&#x6B63;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x65E5;&#x306B;&#x52C9;&#x5F37;&#x4EFB;&#x610F;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8EE2;&#x4F4D;&#x306E;&#x6700;&#x9AD8;&#x901F;&#x5EA6;&#x3002;&#x8155;&#x306E;&#x9006;&#x8EE2;&#x3068;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F; colinearity &#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x7387;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044; 1 &#x3064;&#x306E;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x691C;&#x7D22;&#x3059;&#x308B;&#x5225;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x9806;&#x5E8F;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x7A2E;&#x8FD1;&#x7E01;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6CE8;&#x6587;&#x306E;&#x9006;&#x8EE2;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB; &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x3068; A. funestus &#x3067;&#x30B7;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D5;&#x30EB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC5F4; &#xB300; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74;&#xC758; Anopheles funestus 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB9D0;&#xB77C;&#xB9AC;&#xC544; &#xBCA1;&#xD130; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBB3C;&#xB9AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB9E4;&#xD551;&#xB41C; 157 A. funestus&#xC774; &#xC218;&#xC774; &#xC885; polytene &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC644; DNAs (cDNAs). &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; Cdnas&#xC758; synteny, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC21C;&#xC11C; &#xBC0F; &#xC21C;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC874; A. funestus A. gambiae &#xC0AC;&#xC774; &#xBE44;&#xAD50; &#xAC8C;&#xB188; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xC77C;&#xD658;&#xC73C;&#xB85C; A. gambiae &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; silico&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC885;&#xACFC; &#xAC19;&#xC740; subgenus&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xCE68;&#xD32C;&#xC9C0;&#xB85C; &#xAC08;&#xB77C;. Synteny&#xC758; &#xAC70;&#xC758; &#xC644;&#xBCBD; &#xD55C; &#xBCF4;&#xC874;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC21C;&#xC11C; &#xB530;&#xB77C; &#xD574;&#xB2F9; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xD314;&#xC758; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC778; &#xB354;&#xBBF8;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC885; &#xBD84;&#xAE30; &#xC774;&#xD6C4; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; 70 &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xB4A4;&#xC9D1;&#xC5B4; &#xD574;&#xACB0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xACF5;&#xBD80;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC7AC;&#xBC30;&#xCE58;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xC18D;&#xB3C4;. Paracentric &#xB4A4;&#xC9D1;&#xC5B4; &#xBC0F; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; colinearity&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xB960;&#xC744; &#xD55C; anopheline &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xCC3E;&#xB294; &#xC885;&#xC740; &#xB2E4;&#xB978; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC21C;&#xC11C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC81C;&#xD55C; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; taxa &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;.

&#xB4A4;&#xC9D1;&#xC5B4; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC21C;&#xC11C; Anopheles gambiae A. funestus&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC78;&#xC5B4; &#xAC14;&#xB2E4;.

&#x5728;&#x70ED;&#x5E26;&#x975E;&#x6D32;&#xFF0C;&#x6309;&#x868A; funestus &#x662F;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6700;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x759F;&#x75BE;&#x5A92;&#x4ECB;&#x4E4B;&#x4E00;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7269;&#x7406;&#x6620;&#x5C04; 157 A.funestus &#x4E92;&#x8865; Dna (&#x57FA;&#x56E0;) &#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x591A;&#x7EBF;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x3002;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6269;&#x589E;&#x4E86;&#x6620;&#x5C04;&#x4E2D;&#x7845; A.&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x540C;&#x7EBF;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x987A;&#x5E8F;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x517B;&#x62A4; A.funestus &#x548C; A.&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7269;&#x79CD;&#x5728;&#x540C;&#x4E00;&#x4E9A;&#x5C5E;&#x548C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x6700;&#x8FD1;&#x5173;&#x4E8E;&#x5206;&#x9053;&#x626C;&#x9573;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x8FD1;&#x5B8C;&#x7F8E;&#x4FDD;&#x62A4;&#x540C;&#x7EBF;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x57FA;&#x56E0;&#x987A;&#x5E8F;&#x6CBF;&#x76F8;&#x5E94;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x6B66;&#x5668;&#x5927;&#x6D17;&#x724C;&#x3002;&#x81EA;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x5206;&#x6B67;&#xFF0C;&#x81F3;&#x5C11; 70 &#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x53CD;&#x6F14;&#x5DF2;&#x5F97;&#x5230;&#x4FEE;&#x590D;&#xFF0C;&#x91CD;&#x6392;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x4EFB;&#x4F55;&#x771F;&#x7387;&#x6700;&#x9AD8;&#x3002;Paracentric &#x53CD;&#x6F14;&#x548C;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x5171;&#x7EBF;&#x6027;&#x7684;&#x9AD8;&#x53D1;&#x75C5;&#x7387;&#x8868;&#x660E;&#x57FA;&#x56E0;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x759F;&#x57FA;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x987A;&#x5E8F;&#x5728;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7269;&#x79CD;&#x53EF;&#x80FD;&#x9650;&#x4E8E;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x3002;

&#x53CD;&#x6F14;&#x548C;&#x6D17;&#x724C;&#x5728;&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x759F;&#x868A;&#x548C; A.funestus &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x987A;&#x5E8F;&#x3002;

In tropical Africa, Anopheles funestus is one of the three most important malaria vectors. We physically mapped 157 A. funestus complementary DNAs (cDNAs) to the polytene chromosomes of this species. Sequences of the cDNAs were mapped in silico to the A. gambiae genome as part of a comparative genomic study of synteny, gene order, and sequence conservation between A. funestus and A. gambiae. These species are in the same subgenus and diverged about as recently as humans and chimpanzees. Despite nearly perfect preservation of synteny, we found substantial shuffling of gene order along corresponding chromosome arms. Since the divergence of these species, at least 70 chromosomal inversions have been fixed, the highest rate of rearrangement of any eukaryote studied to date. The high incidence of paracentric inversions and limited colinearity suggests that locating genes in one anopheline species based on gene order in another may be limited to closely related taxa.

Inversions and gene order shuffling in Anopheles gambiae and A. funestus.

En Afrique tropicale, Anopheles funestus est l&#39;un des trois plus importants vecteurs du paludisme. Nous avons localis&eacute; physiquement funestus a. 157 ADN compl&eacute;mentaire (ADNc) sur les chromosomes polyt&egrave;nes de cette esp&egrave;ce. S&eacute;quences d&#39;ADNc ont &eacute;t&eacute; cartographi&eacute;s en silico au g&eacute;nome a. gambiae dans le cadre d&#39;une &eacute;tude g&eacute;nomique comparative de synt&eacute;nie, ordre des g&egrave;nes et la conservation de la s&eacute;quence entre a. funestus et a. gambiae. Ces esp&egrave;ces sont du m&ecirc;me sous-genre et ont diverg&eacute; au sujet plus tard que les humains et les chimpanz&eacute;s. Malgr&eacute; presque parfaite pr&eacute;servation de synt&eacute;nie, nous avons trouv&eacute; tra&icirc;nant substantielle de l&#39;ordre des g&egrave;nes le long des bras chromosomiques correspondant. Depuis la divergence de ces esp&egrave;ces, au moins 70 inversions chromosomiques ont &eacute;t&eacute; corrig&eacute;s, le plus haut taux de r&eacute;arrangement de n&#39;importe quel eucaryotes &eacute;tudi&eacute;s jusqu&#39;&agrave; maintenant. L&#39;incidence &eacute;lev&eacute;e d&#39;inversions paracentriques et colin&eacute;arit&eacute; limit&eacute;e sugg&egrave;re que localiser des g&egrave;nes dans un anoph&egrave;les esp&egrave;ces selon leur ordre de g&egrave;ne dans un autre peuvent se limiter &agrave; des taxons &eacute;troitement apparent&eacute;s.

Inversions et l&#39;ordre des g&egrave;nes tra&icirc;nant dans l&#39;Anopheles gambiae et a. funestus.

Anopheles gambiae geh&ouml;rt zu den drei wichtigsten Malaria-Vektoren im tropischen Afrika. Wir physisch zugeordnet 157 A. gambiae komplement&auml;re DNA (cDNA) zu Polyt&auml;nchromosomen dieser Spezies. Sequenzen von der cDNAs wurden in Silico des Genoms A. Gambiae als Teil einer genomischen Vergleichsstudie Syntenie gen Reihenfolge und Sequenz-Erhaltung zwischen A. gambiae und A. Gambiae zugeordnet. Diese Arten sind in der gleichen Untergattung und trennten sich erst im Menschen und Schimpansen zu. Trotz nahezu perfekte Erhaltung des Syntenie fanden wir erhebliche Mischen von Gen-Reihenfolge an entsprechenden Chromosom Arme. Seit die Divergenz dieser Arten wurden mindestens 70 chromosomale Inversionen behoben, die h&ouml;chste Rate der Neuanordnung von allen Eukaryoten studierte bis Datum. Die hohe Inzidenz von Paracentric Inversionen und begrenzte Colinearity legt nahe, dass Auffinden von Genen in einem Anopheline Arten basierend auf Gen-Reihenfolge in einem anderen eng verwandten Taxa beschr&auml;nkt werden k&ouml;nnen.

Inversionen und gen-Reihenfolge in Anopheles Gambiae und A. gambiae mischen.

In Africa tropicale, Anopheles funestus &egrave; uno dei tre pi&ugrave; importanti vettori la malaria. Abbiamo mappato fisicamente 157 a. funestus complementari DNAs (cDNAs) per i cromosomi politenici di questa specie. Sequenze dei cDNAs sono stati mappati in silico per il genoma di a. gambiae come parte di uno studio di genomico comparativo di sintenia, ordine gene e conservazione di sequenza tra a. funestus e a. gambiae. Queste specie sono nel sottogenere stesso e divergevano su come recentemente come esseri umani e gli scimpanz&eacute;. Nonostante la quasi perfetta conservazione di sintenia, abbiamo trovato sostanziale rimescolamento di ordine gene lungo braccia cromosoma corrispondente. Poich&eacute; la divergenza di queste specie, almeno 70 inversioni cromosomiche sono stati fissati, il pi&ugrave; alto tasso di riarrangiamento di qualsiasi eucariote studiata fino ad oggi. L&#39;elevata incidenza di inversione paracentrica e colinearity limitata suggerisce che individuazione di geni in uno anopheline specie in base all&#39;ordine di gene in un altro pu&ograve; essere limitato a taxa strettamente correlati.

Inversioni e ordine gene shuffling in Anopheles gambiae e a. funestus.

En &Aacute;frica tropical, Anopheles funestus es uno de los tres m&aacute;s importantes vectores de la malaria. F&iacute;sicamente nos asignan 157 a. funestus DNAs complementarios (cDNAs) a los cromosomas politenizados de esta especie. Secuencias de los cDNAs fueron mapeadas en silico el genoma de a. gambiae como parte de un estudio gen&oacute;mico comparativo de synteny, orden de gene y la conservaci&oacute;n de la secuencia entre funestus a. y a. gambiae. Estas especies se encuentran en el mismo subg&eacute;nero y divergieron sobre tan recientemente como los seres humanos y los chimpanc&eacute;s. A pesar de casi perfecto estado de conservaci&oacute;n de synteny, encontramos barajando substancial de la orden de gen a lo largo de los brazos de cromosomas correspondientes. Desde la divergencia de estas especies, por lo menos 70 inversiones cromos&oacute;micas fijados, la mayor tasa de cambio de cualquier eucariotas estudiados hasta la fecha. La alta incidencia de inversiones parac&eacute;ntricas y colinealidad limitada sugiere que localizar genes en una anofelinos especie basado en orden de gene en otro podr&aacute; limitarse a taxones estrechamente relacionados.

Inversiones y orden de gene barajando en Anopheles gambiae y a. funestus.

Virtually no information regarding timing of deep lineage divergences within mosquito family (Culicidae) exists, which poses an important problem in the postgenomic era. To address this issue, the complete 15,354 bp mitochondrial genome of Anopheles funestus was assembled from both mtDNA and cDNA sequences generated from transcripts of the mtDNA-encoded protein and rRNA genes. Analysis of the transcript information allowed an improved genome annotation, revealing that the translation initiation codon for the cox1 gene is TCG, rather than atypical, longer codons proposed in several other insects. The 5'ends of nad1 and nad5 transcripts begin with TTG and GTG triplets, respectively, which apparently serve as the translation initiators for those genes. We used all the A. funestus mtDNA gene sequences and three other publicly available mosquito mtDNA genomes for the estimation of divergence time points within Culicidae. The maximum likelihood date estimates for the splits between Anopheles and Aedes (approximately 145-200 Mya), between Anopheles subgenera Cellia and Anopheles (approximately 90-106 Mya), and between lineages within subgenus Anopheles (approximately 70-85 Mya) inferred from protein-coding genes are roughly twice as high as the dates based on RNA gene sequences. Although existing evidence does not unequivocally favor one of the alternatives, fossil-based predictions of the age of the family Culicidae are in better agreement with dates inferred from protein-coding genes.

Analysis of the complete mitochondrial DNA from Anopheles funestus: an improved dipteran mitochondrial genome annotation and a temporal dimension of mosquito evolution.

Pratiquement aucune information concernant calendrier des divergences de la lign&eacute;e profonde au sein de la famille de moustiques (Culicidae) existe, qui pose un probl&egrave;me important dans l&#39;&egrave;re postg&eacute;nomique. Pour r&eacute;soudre ce probl&egrave;me, complet 15 354 bp g&eacute;nome mitochondrial d&#39;Anopheles funestus a &eacute;t&eacute; assembl&eacute; &agrave; partir de s&eacute;quences ADNmt tant ADNc g&eacute;n&eacute;r&eacute;s &agrave; partir de transcrits des g&egrave;nes prot&eacute;iques et ARNr ADNmt cod&eacute;. Analyse de l&#39;information de transcription a permis une annotation du g&eacute;nome am&eacute;lior&eacute;e, r&eacute;v&eacute;lant que le codon d&#39;initiation de traduction pour le g&egrave;ne de la cox1 est TCG, plut&ocirc;t atypiques, plus des codons propos&eacute;s dans plusieurs autres insectes. L&#39;extr&eacute;mit&eacute; 5&#39; des transcriptions nad1 et nad5 commence par TTG et GTG tripl&eacute;s, respectivement, qui sert apparemment les initiateurs de la traduction de ces g&egrave;nes. Nous avons utilis&eacute; toutes les s&eacute;quences de g&egrave;ne a. funestus ADNmt et trois autres g&eacute;nomes d&#39;ADNmt de moustique accessibles au public pour l&#39;estimation des points de temps de divergence au sein des Culicidae. Les estimations de la date du maximum de vraisemblance pour le grand &eacute;cart entre Anopheles et Aedes (environ 145-200 millions d&#39;ann&eacute;es), entre sous-genres Anopheles Cellia et Anopheles (environ 90-106 millions d&#39;ann&eacute;es), et entre lignages au sein du sous-genre Anopheles (environ 70 &agrave; 85 millions d&#39;ann&eacute;es) d&eacute;duit de g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines sont &agrave; peu pr&egrave;s deux fois plus &eacute;lev&eacute; que les dates bas&eacute;es sur les s&eacute;quences de g&egrave;nes d&#39;ARN. Bien que les preuves existantes ne favorisent pas sans &eacute;quivoque des alternatives, pr&eacute;dictions fossile de l&#39;&egrave;re de la famille des Culicidae sont en meilleur accord avec dates d&eacute;duits de g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines.

Analyse de l&#39;ADN mitochondrial complet d&#39;Anopheles funestus : une annotation am&eacute;lior&eacute;e g&eacute;nome mitochondrial dipt&egrave;res et une dimension temporelle de l&#39;&eacute;volution de moustique.

Praticamente nessuna informazione per quanto riguarda tempi di divergenze di lignaggio profondo all&#39;interno della famiglia di zanzare (Culicidae) esiste, che pone un problema importante in epoca postgenomic. Per risolvere questo problema, il genoma mitocondriale completo da 15.354 bp di Anopheles funestus &egrave; stato assemblato da sequenze del mtDNA sia cDNA generate da trascrizioni dei geni della proteina e rRNA codificati dal mtDNA. Analisi delle informazioni trascrizione ha permesso un&#39;annotazione genoma migliorata, rivelando che il codone di iniziazione di traduzione per il gene cox1 &egrave; TCG, piuttosto atipici, pi&ugrave; codoni proposti in diversi altri insetti. Le estremit&agrave; 5&#39; del nad1 e nad5 le trascrizioni iniziano con triplette TTG e GTG, rispettivamente, che a quanto pare fungere da iniziatori traduzione di quei geni. Abbiamo utilizzato tutte le sequenze del gene del DNA mitocondriale a. funestus e tre altri genomi mtDNA zanzara pubblicamente disponibile per la valutazione dei punti di divergenza tempo entro Culicidae. Data la probabilit&agrave; massima stima per le spaccature tra Anopheles e Aedes (circa 145-200 Mya), tra sottogeneri Anopheles Cellia e Anopheles (circa Mya 90-106), e tra stirpi all&#39;interno del sottogenere Anopheles (circa 70-85 Mya) dedotto da geni codificanti proteine sono approssimativamente due volte alto come le date basate su sequenze di geni di RNA. Sebbene esistenti evidenze non inequivocabilmente favoriscono una delle alternative, le previsioni di fossili dell&#39;et&agrave; della famiglia Culicidae sono in accordo migliore con date dedotte dai geni codificanti proteine.

L&#39;analisi del DNA mitocondriale completo da Anopheles funestus: un&#39;annotazione del genoma mitocondriale dipteran migliorata e una dimensione temporale dell&#39;evoluzione della zanzara.

Anopheles funestus is a major vector of malaria across Africa. Understanding its complex and nonequilibrium population genetic structure is an important challenge that must be overcome before vector populations can be successfully perturbed for malaria control. Here we examine the role of chromosomal inversions in structuring genetic variation and facilitating divergence in Burkina Faso, West Africa, where two incipient species (chromosomal forms) of A. funestus, defined principally by rearrangements of chromosome 3R, have been hypothesized. Sampling across an approximately 300-km east-west transect largely contained within the Sudan-Savanna ecoclimatic zone, we analyzed chromosomal inversions, 16 microsatellite loci distributed genomewide, and 834 bp of the mtDNA ND5 gene. Both molecular markers revealed high genetic diversity, nearly all of which was accounted for by within-population differences among individuals, owing to recent population expansion. Across the study area there was no correlation between genetic and geographic distance. Significant genetic differentiation found between chromosomal forms on the basis of microsatellites was not genomewide but could be explained by chromosome 3R alone on the basis of loci inside and near inversions. These data are not compatible with complete reproductive isolation but are consistent with differential introgression and sympatric divergence between the chromosomal forms, facilitated by chromosome 3R inversions.

Divergence with gene flow in Anopheles funestus from the Sudan Savanna of Burkina Faso, West Africa.

Anopheles funestus est un vecteur majeur du paludisme en Afrique. Comprendre sa population complexe et hors d&#39;&eacute;quilibre, structure g&eacute;n&eacute;tique constitue un d&eacute;fi important qui doit &ecirc;tre surmont&eacute; avant que les populations de vecteurs peuvent &ecirc;tre perturb&eacute;es avec succ&egrave;s pour la lutte contre le paludisme. Ici, nous examinons le r&ocirc;le des inversions chromosomiques dans la structuration de la variation g&eacute;n&eacute;tique et facilitant la divergence au Burkina Faso, Afrique de l&#39;Ouest, o&ugrave; les deux esp&egrave;ces naissantes (formules chromosomiques) d&#39;a. funestus, d&eacute;finis principalement par des r&eacute;arrangements du chromosome 3R, ont &eacute;mis l&#39;hypoth&egrave;se. Pr&eacute;l&egrave;vement d&#39;&eacute;chantillons dans un environ 300 km est-ouest transect largement confin&eacute;e au sein de la zone &eacute;coclimatique savane soudanaise, nous avons analys&eacute; les inversions chromosomiques, 16 loci microsatellites distribu&eacute; incubation et 834 PB du g&egrave;ne ADNmt ND5. Les deux marqueurs mol&eacute;culaires a r&eacute;v&eacute;l&eacute; la forte diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique, presque tout ce qui s&#39;expliquait par des diff&eacute;rences entre les individus, en raison de la r&eacute;cente expansion de la population au sein des populations. Dans la zone d&#39;&eacute;tude, il y n&#39;avait aucun corr&eacute;lation entre la distance g&eacute;n&eacute;tique et g&eacute;ographique. Une diff&eacute;renciation g&eacute;n&eacute;tique significative observ&eacute;e entre formes chromosomiques sur la base de microsatellites n&#39;&eacute;tait pas incubation mais pourrait s&#39;expliquer par le chromosome 3R seul sur la base des loci &agrave; l&#39;int&eacute;rieur et pr&egrave;s des inversions. Ces donn&eacute;es ne sont pas compatibles avec un isolement reproductif complet mais sont conformes &agrave; l&#39;introgression diff&eacute;rentielle et sympatrique divergence entre les formes chromosomiques, facilit&eacute;e par les inversions de chromosome 3R.

Divergence avec les flux de g&egrave;nes dans l&#39;Anopheles funestus depuis le Soudan savane du Burkina Faso, Afrique de l&#39;Ouest.

Anopheles funestus &egrave; un importante vettore di malaria in Africa. Comprendere la sua popolazione complesso e nonequilibrium struttura genetica &egrave; una sfida importante che deve essere superata prima di popolazioni di vettore possono essere perturbate con successo per controllo di malaria. Qui esaminiamo il ruolo delle inversioni cromosomiche nella strutturazione di variazione genetica e facilitando la divergenza in Burkina Faso, Africa occidentale, dove le due specie incipiente (forme cromosomiche) di a. funestus, definita principalmente da riarrangiamenti del cromosoma 3R, hanno ipotizzati. Campionamento attraverso un est-ovest circa 300km transetto in gran parte contenuta all&#39;interno della zona di ecoclimatic Sudan-savana, abbiamo analizzato le inversioni cromosomiche, 16 microsatellite loci distribuiti genomewide e 834 bp del gene mtDNA CD5. Entrambi marcatori molecolari hanno rivelato alta diversit&agrave; genetica, quasi tutti dei quali era rappresentato da differenze all&#39;interno della popolazione fra gli individui, a causa della recente espansione della popolazione. In tutta l&#39;area di studio non non c&#39;era alcuna correlazione tra distanza genetica e geografica. Significativa differenziazione genetica tra forme cromosomiche sulla base di microsatelliti non era genomewide ma potrebbe essere spiegato da cromosoma 3R solo sulla base di loci all&#39;interno e nei pressi di inversioni. Questi dati non sono compatibili con il completo isolamento riproduttivo ma sono coerenti con differenziale introgressione e simpatrica divergenza tra le forme cromosomiche, facilitata da inversioni 3R cromosoma.

Divergenza con flusso genico in Anopheles funestus dal Sudan savana del Burkina Faso, Africa occidentale.

As Anopheles funestus is one of the principal Afro-tropical malaria vectors, a more complete understanding of its population structure is desirable. In West and Central Africa, An. funestus population structure is complicated by the coexistence of two assortatively mating chromosomal forms. Effective population size (Ne) is a key parameter in understanding patterns and levels of intraspecific variation, as it reflects the role of genetic drift. Here, Ne was estimated from both chromosomal forms, Kiribina and Folonzo, in Burkina Faso.

Effective population size of Anopheles funestus chromosomal forms in Burkina Faso.

Comme Anopheles funestus compte parmi les principaux vecteurs de paludisme Afro-tropical, une compr&eacute;hension plus compl&egrave;te de sa structure de la population est souhaitable. En Afrique occidentale et centrale, la structure des populations a. funestus est compliqu&eacute;e par la coexistence de deux assortie d&#39;accouplement des formules chromosomiques. Taille effective de la population (Ne) est un param&egrave;tre cl&eacute; dans des mod&egrave;les de compr&eacute;hension et de la variation intrasp&eacute;cifique, car elle refl&egrave;te le r&ocirc;le de la d&eacute;rive g&eacute;n&eacute;tique. Ici, N&#39;a &eacute;t&eacute; estim&eacute;e de ces deux formes chromosomiques, Kiribina et Folonzo, au Burkina Faso.

Taille effective des formes chromosomiques de Anopheles funestus au Burkina Faso.

Come Anopheles funestus &egrave; uno dei principali vettori di malaria Afro-tropicale, una comprensione pi&ugrave; completa della sua struttura di popolazione &egrave; auspicabile. In Africa occidentale e centrale, struttura della popolazione e funestus &egrave; complicata dalla coesistenza di due assortatively accoppiamento forme cromosomiche. Dimensione effettiva della popolazione (Ne) &egrave; un parametro fondamentale nei modelli di comprensione e livelli di variazione intraspecifica, come riflette il ruolo della deriva genetica. Qui, Ne &egrave; stata stimata da entrambe le forme cromosomiche, Kiribina e Folonzo, in Burkina Faso.

Dimensione effettiva popolazione di Anopheles funestus cromosomiche forme in Burkina Faso.

The African malaria vector Anopheles gambiae is polymorphic for alternative arrangements on the left arm of chromosome 2 (2La and 2L+(a)) that are non-randomly distributed with respect to degree of aridity. Detailed studies on the ecological role of inversion 2La have been hindered by the technical demands of traditional karyotype analysis and by sex- and stage-specific limitations on the availability of polytene chromosomes favorable for analysis. Recent molecular characterization of both inversion breakpoints presented the opportunity to develop a polymerase chain reaction (PCR)-based method for karyotype analysis. Here we report the development of this molecular diagnostic assay and the results of extensive field validation. When tested on 765 An. gambiae specimens sampled across Africa, the molecular approach compared favorably with traditional cytologic methods, correctly scoring > 94% of these specimens. By providing ready access to the 2La karyotype, this tool lays groundwork for future studies of the ecological genomics of this medically important species.

Molecular karyotyping of the 2La inversion in Anopheles gambiae.

Le vecteur du paludisme africaine Anopheles gambiae est polymorphe de souples sur le bras gauche du chromosome 2 (2La et 2L+(a)) qui sont distribu&eacute;s de fa&ccedil;on non al&eacute;atoire en ce qui concerne le degr&eacute; d&#39;aridit&eacute;. Des &eacute;tudes d&eacute;taill&eacute;es sur le r&ocirc;le &eacute;cologique de l&#39;inversion 2La ont &eacute;t&eacute; entrav&eacute;s par les exigences techniques de l&#39;analyse traditionnelle et par les limites du sexe et &eacute;tape sur la disponibilit&eacute; des chromosomes polyt&egrave;nes favorables pour l&#39;analyse. La caract&eacute;risation mol&eacute;culaire r&eacute;cente de deux points d&#39;arr&ecirc;t d&#39;inversion pr&eacute;sent&eacute; l&#39;opportunit&eacute; de d&eacute;velopper une r&eacute;action en cha&icirc;ne par polym&eacute;rase (PCR)-base de m&eacute;thode pour l&#39;analyse du caryotype. Nous rapportons ici le d&eacute;veloppement de ce test de diagnostic mol&eacute;culaire et les r&eacute;sultats de validation de champ &eacute;tendue. Lors des tests sur des &eacute;chantillons de gambiae an 765 &eacute;chantillonn&eacute;s dans toute l&#39;Afrique, l&#39;approche mol&eacute;culaire compar&eacute; favorablement avec les m&eacute;thodes traditionnelles de cytologiques, correctement marquant &gt; 94 % de ces sp&eacute;cimens. En fournissant un acc&egrave;s facile au caryotype 2La, cet outil jette les bases pour de futures &eacute;tudes de la g&eacute;nomique &eacute;cologique de cette esp&egrave;ce d&#39;importance m&eacute;dicale.

Caryotypage mol&eacute;culaire de l&#39;inversion 2La dans l&#39;Anopheles gambiae.

Il vettore di malaria africana Anopheles gambiae &egrave; polimorfico per trovare soluzioni alternative sul braccio sinistro del cromosoma 2 (2La e 2L+(a)) che sono distribuite in modo non casuale rispetto al grado di aridit&agrave;. Studi dettagliati sul ruolo ecologico di inversione 2La sono stati ostacolati dalle esigenze tecniche di analisi del cariotipo tradizionale e da limitazioni di sesso e fase-specifici sulla disponibilit&agrave; dei cromosomi politenici favorevole per l&#39;analisi. Recente caratterizzazione molecolare di entrambi i punti di interruzione inversione presentata l&#39;opportunit&agrave; di sviluppare una reazione a catena della polimerasi (PCR)-base di metodo per l&#39;analisi del cariotipo. Qui riportiamo lo sviluppo di questo test diagnostico molecolare e i risultati della convalida campo vasto. Quando testato su 765 esemplari di gambiae e campionate in tutta l&#39;Africa, l&#39;approccio molecolare favorevolmente rispetto ai tradizionali metodi citologici, segnando correttamente &amp;gt; 94% di questi esemplari. Fornendo accesso pronto a cariotipo 2La, questo strumento pone basi per i futuri studi la genomica ecologiche di questa specie medicamente importante.

Cariotipo molecolare dell&#39;inversione 2La in Anopheles gambiae.

The malaria vector Anopheles gambiae maintains high levels of inversion polymorphism that facilitate its exploitation of diverse ecological settings across tropical Africa. Molecular characterization of inversion breakpoints is a first step toward understanding the processes that generate and maintain inversions. Here we focused on inversion 2Rj because of its association with the assortatively mating Bamako chromosomal form of An. gambiae, whose distinctive breeding sites are rock pools beside the Niger River in Mali and Guinea. Sequence and computational analysis of 2Rj revealed the same 14.6 kb insertion between both breakpoints, which occurred near but not within predicted genes. Each insertion consists of 5.3 kb terminal inverted repeat arms separated by a 4 kb spacer. The insertions lack coding capacity, and are comprised of degraded remnants of repetitive sequences including class I and II transposable elements. Because of their large size and patchwork composition, and as no other instances of these insertions were identified in the An. gambiae genome, they do not appear to be transposable elements. The 14.6 kb modules inserted at both 2Rj breakpoint junctions represent low copy repeats (LCRs, also called segmental duplications) that are strongly implicated in the recent (approximately 0.4N(e) generations) origin of 2Rj. The LCRs contribute to further genome instability, as demonstrated by an imprecise excision event at the proximal breakpoint of 2Rj in field isolates.

Segmental duplication implicated in the genesis of inversion 2Rj of Anopheles gambiae.

Le vecteur du paludisme Anopheles gambiae maintient des niveaux &eacute;lev&eacute;s de polymorphisme d&#39;inversion qui facilitent son exploitation de divers milieux &eacute;cologiques dans toute l&#39;Afrique tropicale. Caract&eacute;risation mol&eacute;culaire des bornes d&#39;inversion est un premier pas vers la compr&eacute;hension des processus susceptibles de g&eacute;n&egrave;rent et maintenir des inversions. Ici, nous nous sommes concentr&eacute;s sur l&#39;inversion 2Rj en raison de son association avec la forme chromosomique assortie accouplement de Bamako d&#39;a. gambiae, dont sites de reproduction distinctif sont des &eacute;tendues d&#39;eau &agrave; c&ocirc;t&eacute; du fleuve Niger au Mali et en Guin&eacute;e. S&eacute;quence et une analyse computationnelle de 2Rj a r&eacute;v&eacute;l&eacute; la m&ecirc;me insertion 14,6 Ko entre les deux points d&#39;arr&ecirc;t, qui s&#39;est produite pr&egrave;s, mais pas dans les g&egrave;nes pr&eacute;dits. Chaque insertion se compose de terminal 5,3 Ko invers&eacute; r&eacute;p&eacute;ter bras s&eacute;par&eacute;s par une entretoise de 4 Ko. Les insertions manquent de capacit&eacute; de codage et sont compos&eacute;es de restes d&eacute;grad&eacute;s de s&eacute;quences r&eacute;p&eacute;titives comprenant des classes I et II des &eacute;l&eacute;ments transposables. En raison de leur grande taille et la composition de la mosa&iuml;que, et comme aucune autre instance de ces insertions ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s dans le g&eacute;nome d&#39;a. gambiae, ils ne semblent pas &ecirc;tre des &eacute;l&eacute;ments transposables. Les modules de 14,6 Ko ins&eacute;r&eacute;s aux deux intersections de point d&#39;arr&ecirc;t 2Rj repr&eacute;sentent les r&eacute;p&eacute;titions peu de copies (LCRs, &eacute;galement appel&eacute;s duplications segmentaires) qui sont fortement impliqu&eacute;es dans la r&eacute;cente (environ 0.4N(e) g&eacute;n&eacute;rations) origine de 2Rj. Les LCRs contribuent &agrave; l&#39;instabilit&eacute; de g&eacute;nome suppl&eacute;mentaire, comme en t&eacute;moigne un &eacute;v&eacute;nement excision impr&eacute;cise au point d&#39;arr&ecirc;t proximale de 2Rj dans les isolats de champ.

Duplication segmentale impliqu&eacute;e dans la gen&egrave;se de l&#39;inversion 2Rj d&#39;Anopheles gambiae.

Il vettore di malaria Anopheles gambiae mantiene alti livelli di polimorfismo di inversione che facilitano il suo sfruttamento delle diverse impostazioni ecologiche in tutta l&#39;Africa tropicale. Caratterizzazione molecolare di punti di interruzione di inversione &egrave; un primo passo verso la comprensione dei processi che generano e mantengono inversioni. Qui ci siamo concentrati su 2Rj inversione a causa della sua associazione con il assortatively accoppiamento Bamako cromosomiche e gambiae, cui siti di riproduzione distintivo sono piscine di roccia accanto al fiume Niger in Mali e Guinea. Sequenza e analisi computazionale di 2Rj ha rivelato lo stesso inserimento 14,6 kb tra entrambi i punti di interruzione, che si &egrave; verificato vicino ma non all&#39;interno del predetti geni. Ogni inserimento &egrave; costituito da 5,3 kb terminale invertito ripetizione bracci separati da un distanziatore di 4 kb. Le inserzioni la mancanza di capacit&agrave; di codifica e sono costituite da resti degradati di sequenze ripetitive comprese di classe I ed elementi trasponibili II. A causa delle loro grandi dimensioni e composizione a mosaico, e come nessun altra istanze di questi inserimenti sono state identificate nel genoma e gambiae, non sembrano essere elementi trasponibili. I moduli di 14,6 kb inseriti in entrambe le giunzioni breakpoint 2Rj rappresentano ripete copia basso (LCR, chiamato anche duplicazioni segmentali) che sono fortemente implicati nel recente (circa 0.4N(e) generazioni) origine di 2Rj. il LCR contribuire all&#39;ulteriore instabilit&agrave; del genoma, come dimostrato da un evento di escissione imprecisa presso il punto di interruzione prossimale di 2Rj in campo isolati.

Duplicazioni segmentali implicati nella genesi dell&#39;inversione 2Rj di Anopheles gambiae.

&#x867D;&#x7136;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4F7F;&#x759F;&#x75BE;&#x868A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x90E8;&#x5206;&#xFF0C;&#x5176;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3001; &#x804C;&#x80FD;&#x548C;&#x6F14;&#x5316;&#x90FD;&#x751A;&#x5C11;&#x3002;&#x540C;&#x7EA7;&#x7684;&#x6309;&#x868A;&#x86FE;&#x5206;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x6B27;&#x6D32;&#x759F;&#x75BE;&#x7684;&#x868A;&#x5B50;&#x6ECB;&#x751F;&#xFF0C;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x6253;&#x7740;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28; &#xFF1B; &#x5F62;&#x6001;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7684;&#x8FC5;&#x901F;&#x8FDB;&#x5316;&#x8F6C;&#x53D8;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x7840;&#x662F;&#x4E0D;&#x5F97;&#x800C;&#x77E5;&#x7684;&#x3002;&#x8FD9;&#x4EFD;&#x7814;&#x7A76;&#x62A5;&#x544A;&#x5BF9;&#x7740; nonmodel A.&#x86FE;&#x5206;&#x7EC4;&#x4ECE;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x5206;&#x5B50;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x4ECE;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x7740;&#x5F25;&#x6F2B; &beta;-&#x8D28;&#x7684; A.atroparvus &#x663E;&#x5FAE;&#x5207;&#x5272;&#x6280;&#x672F;&#x83B7;&#x5F97;&#x7684;&#x77ED; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x4E86;&#x5206;&#x5B50;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x548C;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x3002;102 &#x5E8F;&#x65E0;&#x6027;&#x7CFB; Atr2R &#x5E93;&#xFF0C;&#x95F4;&#x4E8C;&#x5341;&#x4E0D;&#x5F97;&#x4E0D;&#x5E8F;&#x5217;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x56E0;&#x5B50; &#xFF08;&#x5DE5;&#x5546;&#x4E1A;&#x6C61;&#x6C34;&#x9644;&#x52A0;&#x8D39;&#xFF09; &#x6765;&#x81EA;&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x759F;&#x868A;&#x548C;&#x767D;&#x7EB9;&#x4F0A;&#x868A;&#x4F46;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;A.&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x81F3;&#x5C11;&#x516D;&#x4E2A;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x5355;&#x62F7;&#x8D1D;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x56DB;&#x4E2A;&#x5355;&#x62F7;&#x8D1D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x679C;&#x8747;&#x662F;&#x540C;&#x6E90;&#x516B;&#x4E2A;&#x514B;&#x9686;&#x5230;&#x4ECE;&#x5E93;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4FDD;&#x5B88;&#x57FA;&#x56E0;&#x5927;&#x591A;&#x5728; A.&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x5F02;&#x8272;&#x4F46; euchromatic D.&#x9ED1;&#x8179;&#x679C;&#x8747;&#x4E2D;&#x3002;&#x5176;&#x4F59; 74 &#x514B;&#x9686;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x975E;&#x7F16;&#x7801; DNA &#x91CD;&#x590D;&#x3002;&#x5341;&#x4E8C;&#x4E2A;&#x65E0;&#x6027;&#x7CFB;&#x540C;&#x7EA7;&#x7269;&#x79CD; A.atroparvus &#x548C; A.&#x5E7C;&#x4F53;&#x6BD4;&#x8F83;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x56FE;&#x8C31;&#x8868;&#x660E;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x91CD;&#x590D;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x5DE5;&#x5546;&#x4E1A;&#x6C61;&#x6C34;&#x9644;&#x52A0;&#x8D39;&#x662F;&#x7ECF;&#x8FC7;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x7279;&#x5B9A;&#x548C;&#x7269;&#x79CD;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x7684;&#x6536;&#x76CA;&#x548C;&#x635F;&#x5931;&#x5728;&#x5F62;&#x6001;&#x4E0A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7740;&#x5F02;&#x8272;&#x7684;&#x533A;&#x57DF;&#xFF0C;&#x6309;&#x7167;&quot;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x6A21;&#x5F0F;&quot;&#x3002;

&#x5728;&#x759F;&#x75BE;&#x868A;&#x5B50;&#x5728;&#x6309;&#x868A;&#x86FE;&#x5206;&#x7EC4;&#x5F02;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x5206;&#x5B50;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;

Although heterochromatin makes up a significant portion of the malaria mosquito genome, its organization, function, and evolution are poorly understood. Sibling species of the Anopheles maculipennis subgroup, the European malaria mosquitoes, are characterized by striking differences in the morphology of pericentric heterochromatin; however, the molecular basis for the rapid evolutionary transformation of heterochromatin is not known. This study reports an initial survey of the molecular organization of the pericentric heterochromatin in nonmodel species from the A. maculipennis subgroup. Molecular identity and chromosomal localization were established for short DNA fragments obtained by microdissection from the pericentric diffuse beta-heterochromatin of A. atroparvus. Among 102 sequenced clones of the Atr2R library, twenty had sequence similarity to transposable elements (TEs) from the Anopheles gambiae and Aedes aegypti genomes. At least six protein-coding single-copy genes from A. gambiae and four single-copy genes from Drosophila melanogaster were homologous to eight clones from the library. Most of these conserved genes were heterochromatic in A. gambiae but euchromatic in D. melanogaster. The remaining 74 clones were characterized as noncoding repetitive DNA. Comparative chromosome mapping of twelve clones in the sibling species A. atroparvus and A. messeae demonstrated that the noncoding repetitive sequences and the TEs have undergone independent chromosome-specific and species-specific gains and losses in the morphologically different pericentric heterochromatic regions, in accordance with the "library model."

Molecular organization of heterochromatin in malaria mosquitoes of the Anopheles maculipennis subgroup.

Bien que l&#39;h&eacute;t&eacute;rochromatine repr&eacute;sente une part importante du g&eacute;nome de moustiques du paludisme, son organisation, fonction et &eacute;volution sont mal compris. Esp&egrave;ces du sous-groupe Anopheles maculipennis, les moustiques du paludisme europ&eacute;en, sont caract&eacute;ris&eacute;s par la suppression des diff&eacute;rences dans la morphologie de l&#39;h&eacute;t&eacute;rochromatine p&eacute;ricentrique ; Cependant, ne conna&icirc;t pas la base mol&eacute;culaire de la rapide transformation &eacute;volutive de l&#39;h&eacute;t&eacute;rochromatine. Cette &eacute;tude rapporte une premi&egrave;re enqu&ecirc;te de l&#39;organisation mol&eacute;culaire de l&#39;h&eacute;t&eacute;rochromatine p&eacute;ricentrique non-mod&egrave;les esp&egrave;ces du sous-groupe a. maculipennis. Identit&eacute; mol&eacute;culaire et chromosomique ont &eacute;t&eacute; &eacute;tablis pour courts fragments d&#39;ADN obtenus par microdissection de la diffuse b&ecirc;ta-h&eacute;t&eacute;rochromatine p&eacute;ricentrique d&#39;a. atroparvus. Parmi les 102 clones s&eacute;quenc&eacute;s de la biblioth&egrave;que de Atr2R, vingt avait similarit&eacute; des s&eacute;quences d&#39;&eacute;l&eacute;ments transposables (TEs) de l&#39;Anopheles gambiae et les g&eacute;nomes de Aedes aegypti. Au moins six g&egrave;nes codant des prot&eacute;ines de copie unique d&#39;a. gambiae et quatre g&egrave;nes de la simple copie de Drosophila melanogaster sont homologues &agrave; huit clones de la biblioth&egrave;que. La plupart de ces g&egrave;nes conserv&eacute;s &eacute;tait h&eacute;t&eacute;rochromatique dans a. gambiae mais euchromatiques chez d. melanogaster. Les 74 autres clones ont &eacute;t&eacute; qualifi&eacute;es de non codante d&#39;ADN r&eacute;p&eacute;titif. Cartographie chromosomique comparative de douze clones dans l&#39;atroparvus de l&#39;esp&egrave;ce A. et a. messeae a d&eacute;montr&eacute; que les s&eacute;quences non codantes r&eacute;p&eacute;titives et le SEV ont subi ind&eacute;pendants sp&eacute;cifiques des chromosomes et sp&eacute;cifique &agrave; l&#39;esp&egrave;ce des gains et pertes dans les r&eacute;gions h&eacute;t&eacute;rochromatiques p&eacute;ricentrique morphologiquement diff&eacute;rents, selon le &quot;mod&egrave;le de biblioth&egrave;que&quot;.

Organisation mol&eacute;culaire de l&#39;h&eacute;t&eacute;rochromatine chez les moustiques du paludisme du sous-groupe Anopheles maculipennis.

Obwohl ein erheblicher Teil des Genoms des Malaria-M&uuml;cken Heterochromatin macht, sind seine Organisation, Funktion und Entwicklung schlecht verstanden. Nebengeordnete Arten der Anopheles Maculipennis Untergruppe, die Europ&auml;ische Malaria-M&uuml;cken, zeichnen sich durch markante Unterschiede in der Morphologie der perizentrischen Heterochromatin; die molekulare Grundlage f&uuml;r die rasche evolution&auml;re Transformation von Heterochromatin ist jedoch nicht bekannt. Diese Studie berichtet eine Erstbesichtigung der Molekulare Organisation der perizentrischen Heterochromatin in nonmodel Arten aus der A. Maculipennis-Untergruppe. Molekulare Identit&auml;t und chromosomale Lokalisation wurden f&uuml;r kurze DNA-Fragmente, die durch Microdissection aus perizentrischen diffuse Beta-Heterochromatin von A. Atroparvus eingerichtet. Unter 102 sequenzierten Klonen der Atr2R Bibliothek musste zwanzig Sequenz &Auml;hnlichkeit &uuml;bertragbar Elemente (TEs) von der Anopheles Gambiae und Aedes Aegypti Genomen. Mindestens sechs Proteinkodierung Single Copy-Gene von A. Gambiae und vier Single Copy-Gene von Drosophila Melanogaster waren homologe zu acht Klone aus der Bibliothek. Die meisten dieser konservierte Gene waren heterochromatic in A. Gambiae aber Histons D. melanogaster. Die restlichen 74 Klone zeichneten sich als nichtkodierende repetitive DNA. Vergleichende Chromosom Zuordnung von zw&ouml;lf Klone in der Atroparvus nebengeordnete Arten A. und A. Messeae gezeigt, dass die nichtkodierende repetitiven Sequenzen und die TEs unterzogen wurden unabh&auml;ngige Chromosom-spezifische und artspezifische Gewinne und Verluste in den morphologisch unterschiedliche perizentrischen heterochromatic Regionen, gem&auml;&szlig; dem &quot;Bibliotheksmodell.&quot;

Molekulare Organisation des Heterochromatin in Malaria-M&uuml;cken der Anopheles Maculipennis Untergruppe.

Sebbene eterocromatina costituisce una porzione significativa del genoma malaria zanzara, sua organizzazione, la funzione e l&#39;evoluzione sono mal capiti. Sibling species del sottogruppo Anopheles maculipennis, le zanzare della malaria europeo, sono caratterizzati da colpire le differenze nella morfologia dell&#39;eterocromatina pericentrica; Tuttavia, le basi molecolari per la rapida trasformazione evolutiva dell&#39;eterocromatina non sono noto. Questo studio riporta un&#39;indagine iniziale dell&#39;organizzazione molecolare dell&#39;eterocromatina pericentrica in specie nonmodel da a. maculipennis sottogruppo. Localizzazione cromosomica e molecolare identit&agrave; sono stati stabiliti per brevi frammenti di DNA ottenuti da microdissection dalla pericentrica diffusa beta-eterocromatina di a. atroparvus. Tra 102 sequenziati cloni della libreria Atr2R, venti avuto somiglianza di sequenza di elementi trasponibili (TEs) dall&#39;Anopheles gambiae e Aedes aegypti genomi. Almeno sei geni codificanti proteine singola copia da a. gambiae e quattro geni singola copia da Drosophila melanogaster erano omologhi a otto cloni dalla libreria. La maggior parte di questi geni conservati erano eterocromatiche in a. gambiae ma eucromatina in d. melanogaster. I restanti 74 cloni sono stati caratterizzati come non codificante del DNA ripetitivo. Mappatura comparativa cromosoma di dodici cloni il atroparvus sibling species A. e a. messeae ha dimostrato che le sequenze ripetitive non codificante e il TEs hanno subito indipendente cromosoma-specifiche e specie-utili e perdite nelle regioni Eterocromatiche pericentrica morfologicamente differenti, secondo il &quot;modello di biblioteca&quot;.

Organizzazione molecolare della eterocromatina in zanzare malaria del sottogruppo Anopheles maculipennis.

&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; &#x30DE;&#x30E9;&#x30EA;&#x30A2;&#x868A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x90E8;&#x5206;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x3084;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x9032;&#x5316;&#x304C;&#x3088;&#x304F;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x540C;&#x80DE;&#x7A2E;&#x6B27;&#x5DDE;&#x30DE;&#x30E9;&#x30EA;&#x30A2;&#x868A; Anopheles &#x30DE;&#x30AF;&#x30EA;&#x30DA;&#x30CB;&#x30B9; &#x30B5;&#x30D6;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x8457;&#x3057;&#x3044;&#x9055;&#x3044;&#x756A;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x9032;&#x5316;&#x7684;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x57FA;&#x76E4;&#x306F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x756A;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; A. &#x30DE;&#x30AF;&#x30EA;&#x30DA;&#x30CB;&#x30B9; &#x30B5;&#x30D6;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x304B;&#x3089; nonmodel &#x7A2E;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30A2;&#x30A4;&#x30C7;&#x30F3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C6;&#x30A3;&#x3068;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x5C40;&#x5728;&#x3001;&#x756A;&#x30C7;&#x30A3;&#x30D5;&#x30E5;&#x30FC;&#x30BA; &#x30D9;&#x30FC;&#x30BF;-&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E; A. atroparvus &#x304B;&#x3089;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30C0;&#x30A4; &#x30BB;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x77ED;&#x3044; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8A2D;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Atr2R &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E; 102 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x9593; 20 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x985E;&#x4F3C;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#xFF08;TEs&#xFF09; &#x306E;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB; &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B9;&#x30B8;&#x30B7;&#x30DE;&#x30AB; &#x30CD;&#x30C3;&#x30BF;&#x30A4;&#x30B7;&#x30DE;&#x30AB; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x3044;&#x305F;&#x3002;A. &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x304B;&#x3089;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 6 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x5358;&#x4E00;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068; 4 &#x3064;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30AD;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x304B;&#x3089; 8 &#x500B;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x76F8;&#x540C;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306F;&#x3001;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; A. &#x30AC;&#x30F3;&#x30D3;&#x30A8;&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x3067;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x30E6;&#x30FC;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; &#x30AD;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x306E;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3002;74 &#x306E;&#x6B8B;&#x308A;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x53CD;&#x5FA9;&#x7684;&#x306A; DNA &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x53CD;&#x5FA9;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x3001;TEs&#x3001;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x3068;&#x7A2E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x5229;&#x76CA;&#x3068;&#x640D;&#x5931;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x7684;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x756A;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x5730;&#x57DF;&#x306B;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x300C;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA; &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x300D;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 12 &#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x540C;&#x80DE;&#x7A2E; A. atroparvus &#x3068; a. messeae &#x306E;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;

&#x5206;&#x5B50;&#x7D44;&#x7E54;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30DE;&#x30E9;&#x30EA;&#x30A2;&#x868A; Anopheles &#x30DE;&#x30AF;&#x30EA;&#x30DA;&#x30CB;&#x30B9; &#x30B5;&#x30D6;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x30D8;&#x30C6;&#x30ED;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x3002;

&#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C; &#xB9D0;&#xB77C;&#xB9AC;&#xC544; &#xBAA8;&#xAE30; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9; &#xBD80;&#xBD84;&#xC744;, &#xC870;&#xC9C1;, &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xC9C4;&#xD654; &#xC11C; &#xD22C;&#xB974; &#xAC8C; &#xC774;&#xD574;. Anopheles maculipennis &#xD558;&#xC704; &#xADF8;&#xB8F9;, &#xC720;&#xB7FD; &#xB9D0;&#xB77C;&#xB9AC;&#xC544; &#xBAA8;&#xAE30;&#xC758; &#xD615;&#xC81C; &#xC885; pericentric &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C;;&#xC758; &#xD615;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xB208;&#xC5D0; &#xB744;&#xB294; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC740; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C;&#xC758; &#xAE09;&#xC18D; &#xD55C; &#xC9C4;&#xD654; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD84;&#xC790; &#xBCC4;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; A. maculipennis &#xD558;&#xC704; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0;&#xC11C; nonmodel &#xC885;&#xC5D0;&#xC11C; pericentric &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC870;&#xC9C1;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xC870;&#xC0AC;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC790; &#xC815;&#xCCB4;&#xC131;&#xACFC; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xD604;&#xC9C0;&#xD654; &#xC778; A. atroparvus&#xC758; pericentric &#xD655;&#xC0B0; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; &#xC9E7;&#xC740; DNA &#xC870;&#xAC01;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xC124;&#xB9BD; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. Atr2R &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; 102 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xD074;&#xB860; &#xC911; 20 Anopheles gambiae Aedes aegypti &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; transposable &#xC694;&#xC18C; (TEs) &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC744; &#xD588;&#xB2E4;. A. gambiae&#xC5D0;&#xC11C; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; 6 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; Drosophila melanogaster&#xC5D0;&#xC11C; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBCF5;&#xC0AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD588;&#xB2E4; &#xB3D9;&#xC885; 8 &#xAC1C; &#xD074;&#xB860;&#xC744; &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00;&#xC5D0;&#xC11C;. &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; heterochromatic A. gambiae&#xC5D0;&#xC11C; &#xD588;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB514; melanogaster&#xC5D0;&#xC11C; euchromatic. &#xB098;&#xBA38;&#xC9C0; 74 &#xD074;&#xB860; noncoding &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; DNA&#xB85C; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD615;&#xC81C; &#xC885; A. atroparvus &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; A. messeae&#xC5D0;&#xC11C; 12 &#xAC1C;&#xC758; &#xD074;&#xB860;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xB9E4;&#xD551; &#xC2DC;&#xC5F0; noncoding &#xBC18;&#xBCF5;&#xC801;&#xC778; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640;&#xB294; TEs &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xBC0F; &#xC885;&#xC758; &#xC190;&#xC775; &quot;&#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xBAA8;&#xB378;.&quot; &#xB530;&#xB77C; &#xD615;&#xD0DC;&#xD559; &#xB2E4;&#xB978; pericentric heterochromatic &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACAA;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;

&#xB9D0;&#xB77C;&#xB9AC;&#xC544; &#xBAA8;&#xAE30;&#xC758; Anopheles maculipennis &#xD558;&#xC704; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xC12C;&#xC73C;&#xB85C;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC870;&#xC9C1;.

Aunque la heterocromatina constituye una parte importante del genoma del mosquito de la malaria, su organizaci&oacute;n, funci&oacute;n y evoluci&oacute;n son poco conocidos. Especies de hermano del subgrupo Anopheles maculipennis, los mosquitos de la malaria europeo, se caracterizan por sorprendentes diferencias en la morfolog&iacute;a de la heterocromatina pericentric; sin embargo, se desconoce la base molecular para la r&aacute;pida transformaci&oacute;n evolutiva de la heterocromatina. Este estudio divulga un reconocimiento inicial de la organizaci&oacute;n molecular de la heterocromatina pericentric en especies nonmodel del subgrupo a. maculipennis. Identidad molecular y localizaci&oacute;n cromos&oacute;mica se establecieron peque&ntilde;os fragmentos de ADN obtenidos por microdisecci&oacute;n de la difusa beta-heterocromatina de pericentric de a. atroparvus. Entre 102 clones secuenciados de la biblioteca de Atr2R, veinte tuvo similitud de secuencia que elementos transponibles (TEs) del Anopheles gambiae y genomas de Aedes aegypti. Al menos seis genes de solo-copia prote&iacute;na-codificaci&oacute;n a. gambiae y cuatro genes de la solo-copia de Drosophila melanogaster eran hom&oacute;logos a ocho clones de la biblioteca. La mayor&iacute;a de estos genes conservados eran heterochromatic en a. gambiae pero euchromatic en D. melanogaster. Los restantes 74 clones fueron caracterizados como los ADN repetitivo. Mapeo de cromos&oacute;mico comparativo de doce clones en la especie de hermano / A. atroparvus y a. messeae demostr&oacute; que la codifica secuencias repetitivas y los TEs han sufrido independientes cromosoma-espec&iacute;ficas y sobre ganancias y p&eacute;rdidas en las regiones heterochromatic pericentric morfol&oacute;gicamente diferentes, seg&uacute;n el &quot;modelo de biblioteca&quot;.

Organizaci&oacute;n molecular de la heterocromatina en mosquitos de la malaria del subgrupo Anopheles maculipennis.

Des &eacute;tudes ant&eacute;rieures d&#39;Anopheles funestus inversion chromosomique polymorphismes au Burkina Faso a montr&eacute; de grands d&eacute;parts de Hardy-Weinberg &eacute;quilibre and linkage disequilibrium parmi les inversions situ&eacute;s sur des chromosomes diff&eacute;rents, ce qui implique l&#39;existence de deux unit&eacute;s taxonomiques (&laquo; formes chromosomiques &raquo;) avec un flux g&eacute;n&eacute;tique limit&eacute;. Une forme chromosomique, nomm&eacute;e Folonzo, est tr&egrave;s polymorphe d&#39;autres r&eacute;arrangements 3Ra 3Rb, 2Ra et 3La ; l&#39;autre, Kiribina, est principalement caract&eacute;ris&eacute;e par la disposition standard de ces inversions. Pour &eacute;tudier la distribution temporelle de ces formes chromosomiques, autres collections ont &eacute;t&eacute; men&eacute;es dans deux villages proches de Ouagadougou o&ugrave; ils se trouvent en sympatrie.

Distribution saisonni&egrave;re des formes chromosomiques de Anopheles funestus du Burkina Faso.

Precedenti studi di Anopheles funestus inversione cromosomica polimorfismi nel Burkina Faso ha mostrato grandi partenze da Hardy-Weinberg equilibrio e linkage disequilibrium tra inversioni situati su cromosomi differenti, che implica l&#39;esistenza di due unit&agrave; tassonomiche (&quot;forme cromosomiche&quot;) con flusso genetico limitato. Una forma cromosomica, denominata Folonzo, &egrave; altamente polimorfica per alternative riarrangiamenti di 3Ra, 3Rb, 2Ra e 3La; l&#39;altra, Kiribina, &egrave; principalmente caratterizzata dalla disposizione standard di queste inversioni. Per indagare la distribuzione temporale di queste forme cromosomiche, ulteriori raccolte sono state effettuate in due villaggi vicino a Ouagadougou, dove si trovano in sympatry.

Distribuzione stagionale delle Anopheles funestus cromosomiche forme dal Burkina Faso.

Previous studies of Anopheles funestus chromosomal inversion polymorphisms in Burkina Faso showed large departures from Hardy-Weinberg equilibrium and linkage disequilibrium among inversions located on different chromosomes, implying the existence of two taxonomic units ("chromosomal forms") with limited genetic flow. One chromosomal form, named Folonzo, is highly polymorphic for alternative rearrangements of 3Ra, 3Rb, 2Ra, and 3La; the other, Kiribina, is predominantly characterized by the standard arrangement of these inversions. To investigate the temporal distribution of these chromosomal forms, further collections were carried out in two villages near Ouagadougou where they are found in sympatry.

Seasonal distribution of Anopheles funestus chromosomal forms from Burkina Faso.

The Drosophila dumpy gene consists of seventy eight coding exons and encodes a huge extracellular matrix protein containing large numbers of epidermal growth factor-like (EGF) modules and a novel module called dumpy (DPY). A molecular analysis of forty five mutations in the dumpy gene of Drosophila melanogaster was carried out. Mutations in this gene affect three phenotypes: wing shape, thoracic cuticular defects, and lethality. Most of the mutations were chemically induced in a single dumpy allele and were analyzed using a nuclease that cleaves single base pair mismatches in reannealed duplexes followed by dHPLC. Additionally, several spontaneous mutations were analyzed. Virtually all of the chemically induced mutations, except for several in a single exon, either generate nonsense codons or lesions that result in downstream stop codons in the reading frame. The remaining chemically induced mutations remove splice sites in the nascent dumpy message. We propose that the vast majority of nonsense mutations that affect all three basic dumpy phenotypes are in constitutive exons, whereas nonsense mutants that remove only one or two of the basic functions are in alternatively spliced exons. Evolutionary comparisons of the dumpy gene from seven Drosophila species show strong conservation of the 5' ends of exons where mutants with partial dumpy function are found. In addition, reverse transcription PCR analyses reveal transcripts in which exons marked by nonsense mutations with partial dumpy function are absent.

A molecular analysis of mutations at the complex dumpy locus in Drosophila melanogaster.

Le g&egrave;ne de drosophile boulotte se compose de soixante huit codage exons et code pour une prot&eacute;ine de la matrice extracellulaire &eacute;norme contenant un grand nombre de modules de (EGF) comme facteur de croissance &eacute;pidermiques et un nouveau module appel&eacute; boulotte (DPY). Une analyse mol&eacute;culaire des quarante-cinq mutations dans le g&egrave;ne boulotte de Drosophila melanogaster a &eacute;t&eacute; r&eacute;alis&eacute;e. Mutations dans ce g&egrave;ne affectent trois ph&eacute;notypes : forme, d&eacute;fauts cuticulaires thoraciques et la l&eacute;talit&eacute; de l&#39;aile. La plupart des mutations ont &eacute;t&eacute; induite chimiquement dans un seul all&egrave;le boulotte et ont &eacute;t&eacute; analys&eacute;e en utilisant une nucl&eacute;ase qui fend les non-correspondances seul nucl&eacute;otide en duplex reannealed suivie par dHPLC. En outre, plusieurs mutations spontan&eacute;es ont &eacute;t&eacute; analys&eacute;es. Pratiquement toutes les mutations induites chimiquement, &agrave; l&#39;exception de plusieurs dans un seul exon, g&eacute;n&egrave;rent les codons non-sens ou des l&eacute;sions qui entra&icirc;nent en aval arr&ecirc;ter codons dans le cadre de lecture. Les mutations induites chimiquement restantes supprimer les sites d&#39;&eacute;pissage dans le message de boulotte naissant. Nous proposons que la grande majorit&eacute; des mutations non-sens qui affectent tous les trois ph&eacute;notypes boulotte de base est dans les exons constitutives, alors que les mutants de non-sens qui retirer seulement une ou deux fonctions de base sont dans les exons &eacute;piss&eacute;s alternativement. Comparaisons &eacute;volutionnaires du g&egrave;ne boulotte de sept esp&egrave;ces de drosophile montrent forte conservation des extr&eacute;mit&eacute;s 5&#39; des exons o&ugrave; l&#39;on trouve des mutants avec fonction boulotte partielle. En outre, la transcription inverse PCR analyses r&eacute;v&egrave;lent transcriptions dans lequel exons marqu&eacute;e par des mutations non-sens avec fonction boulotte partielle sont absentes.

Une analyse mol&eacute;culaire des mutations au locus boulotte complexe chez Drosophila melanogaster.

Il gene di Drosophila dumpy consiste di otto settanta codifica esoni e codifica per una proteina extracellulare enorme contenente grandi numeri di epidermal growth factor-like (EGF) moduli e un modulo romanzo chiamato dumpy (DPY). &Egrave; stata effettuata un&#39;analisi molecolare di quaranta cinque mutazioni del gene dumpy di Drosophila melanogaster. Mutazioni in questo gene riguardano tre fenotipi: ala forma toracici difetti cuticolari e letalit&agrave;. La maggior parte delle mutazioni sono state indotte chimicamente in un singolo allele dumpy e sono stata analizzata utilizzando una nucleasi che fende incongruenze di singola coppia di basi in duplex reannealed seguita da dHPLC. Inoltre, sono state analizzate diverse mutazioni spontanee. Praticamente tutte le mutazioni indotte chimicamente, fatta eccezione per alcuni in un singolo esone, generare i codoni nonsenso o lesioni che portano a valle a interrompere i codoni nel riquadro di lettura. Le mutazioni indotte chimicamente restanti rimuovere siti di splicing nel messaggio dumpy nascente. Proponiamo che la stragrande maggioranza delle mutazioni di assurdit&agrave; che riguardano tutti i tre fenotipi dumpy base &egrave; negli esoni costitutivi, considerando che sono mutanti di sciocchezze che rimuovere soltanto uno o due delle funzioni di base in esoni impiombati alternativamente. Confronto evolutivo del gene dumpy da sette specie di Drosophila Visualizza forte conservazione delle estremit&agrave; degli esoni 5&#39; dove si trovano i mutanti con funzione dumpy parziale. Inoltre, analisi di trascrizione d&#39;inversione PCR rivelano le trascrizioni in cui gli esoni contrassegnato da mutazioni di assurdit&agrave; con funzione dumpy parziale sono assenti.

Article	Year
Inversions and gene order shuffling in Anopheles gambiae and A. funestus. Science (New York, N.Y.)\| PubMed ID: 12364797	2002
Analysis of the complete mitochondrial DNA from Anopheles funestus: an improved dipteran mitochondrial genome annotation and a temporal dimension of mosquito evolution. Molecular phylogenetics and evolution\| PubMed ID: 16473530	2006
Divergence with gene flow in Anopheles funestus from the Sudan Savanna of Burkina Faso, West Africa. Genetics\| PubMed ID: 16648581	2006
Effective population size of Anopheles funestus chromosomal forms in Burkina Faso. Malaria journal\| PubMed ID: 17125511	2006
Molecular karyotyping of the 2La inversion in Anopheles gambiae. The American journal of tropical medicine and hygiene\| PubMed ID: 17297045	2007
Segmental duplication implicated in the genesis of inversion 2Rj of Anopheles gambiae. PloS one\| PubMed ID: 17786220	2007
Molecular organization of heterochromatin in malaria mosquitoes of the Anopheles maculipennis subgroup. Gene\| PubMed ID: 19664695	2009
Seasonal distribution of Anopheles funestus chromosomal forms from Burkina Faso. Malaria journal\| PubMed ID: 19857258	2009
A molecular analysis of mutations at the complex dumpy locus in Drosophila melanogaster. PloS one\| PubMed ID: 20811586	2010

Olga Grushko

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