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Isolation of Precursor B-cell Subsets from Umbilical Cord Blood

Umbilical cord blood is highly enriched for hematopoietic progenitor cells at different lineage commitment stages. We have developed a protocol for ...

University of Missouri-Columbia

This study examined DNA methylation associated with acute lymphoblastic leukemia (ALL) and showed that selected molecular targets can be pharmacologically modulated to reverse gene silencing. A CpG island (CGI) microarray containing more than 3,400 unique clones that span all human chromosomes was used for large-scale discovery experiments and led to 262 unique CGI loci being statistically identified as methylated in ALL lymphoblasts. The methylation status of 10 clones encompassing 11 genes (DCC, DLC-1, DDX51, KCNK2, LRP1B, NKX6-1, NOPE, PCDHGA12, RPIB9, ABCB1, and SLC2A14) identified as differentially methylated between ALL patients and controls was independently verified. Consequently, the methylation status of DDX51 was found to differentiate patients with B- and T-ALL subtypes (P = 0.011, Fisher's exact test). Next, the relationship between methylation and expression of these genes was examined in ALL cell lines (NALM-6 and Jurkat) before and after treatments with 5-aza-2-deoxycytidine and trichostatin A. More than a 10-fold increase in mRNA expression was observed for two previously identified tumor suppressor genes (DLC-1 and DCC) and also for RPIB9 and PCDHGA12. Although the mechanisms that lead to the CGI methylation of these genes are unknown, bisulfite sequencing of the promoter of RPIB9 suggests that expression is inhibited by methylation within SP1 and AP2 transcription factor binding motifs. Finally, specific chromosomal methylation hotspots were found to be associated with ALL. This study sets the stage for acquiring a better biological understanding of ALL and for the identification of epigenetic biomarkers useful for differential diagnosis, therapeutic monitoring, and the detection of leukemic relapse.

Large-scale CpG methylation analysis identifies novel candidate genes and reveals methylation hotspots in acute lymphoblastic leukemia.

Cette &eacute;tude a examin&eacute; la m&eacute;thylation de l&#39;ADN associ&eacute;e de leuc&eacute;mie lymphoblastique aigu&euml; (LLA) et a montr&eacute; que certaines cibles mol&eacute;culaires peuvent &ecirc;tre modul&eacute;es pharmacologiquement pour inverser le silen&ccedil;age g&eacute;nique. Un CpG &icirc;le microarray (CGI), contenant plus de 3 400 clones uniques cet intervalle de tous les chromosomes humains a &eacute;t&eacute; utilis&eacute;e pour des exp&eacute;riences &agrave; grande &eacute;chelle d&eacute;couverte et conduit &agrave; 262 locus CGI uniques &eacute;tant statistiquement identifi&eacute;s comme m&eacute;thyl&eacute; dans tous les lymphoblastes. L&#39;&eacute;tat de m&eacute;thylation de 10 clones qui englobe 11 g&egrave;nes (DCC, DLC-1, DDX51, KCNK2, LRP1B, NKX6-1, NOPE, PCDHGA12, RPIB9, ABCB1 et SLC2A14), identifi&eacute;s comme diff&eacute;rentiellement m&eacute;thyl&eacute;s entre tous les patients et les t&eacute;moins a &eacute;t&eacute; v&eacute;rifi&eacute;e de mani&egrave;re ind&eacute;pendante. Par cons&eacute;quent, l&#39;&eacute;tat de m&eacute;thylation des DDX51 a &eacute;t&eacute; trouv&eacute;e pour diff&eacute;rencier les patients par des sous-types B - et T-ALL (P = 0,011, test exact de Fisher). Ensuite, a examin&eacute; la relation entre la m&eacute;thylation et l&#39;expression de ces g&egrave;nes dans toutes les lign&eacute;es cellulaires (NALM-6 et Jurkat) avant et apr&egrave;s les traitements avec la 5-aza-2-d&eacute;soxycytidine et trichostatine A. Plus qu&#39;une multiplication par 10 en l&#39;expression de l&#39;ARNm a &eacute;t&eacute; observ&eacute;e pour les deux g&egrave;nes suppresseurs de tumeur pr&eacute;c&eacute;demment identifi&eacute;s (DLC-1 et le DCC) ainsi que pour RPIB9 et PCDHGA12. Bien que les m&eacute;canismes qui conduisent &agrave; la m&eacute;thylation de CGI de ces g&egrave;nes sont inconnues, s&eacute;quen&ccedil;age de bisulfite du promoteur de RPIB9 sugg&egrave;re que l&#39;expression est inhib&eacute;e par m&eacute;thylation dans SP1 et AP2 motifs de liaison de facteur de transcription. Enfin, les hotspots de m&eacute;thylation chromosomiques sp&eacute;cifiques trouv&eacute;es de s&#39;associer &agrave; tous. Cette &eacute;tude ouvre la voie pour acqu&eacute;rir une meilleure compr&eacute;hension biologique de tous et pour l&#39;identification de biomarqueurs &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques utile pour le diagnostic diff&eacute;rentiel, suivi th&eacute;rapeutique et la d&eacute;tection de rechute leuc&eacute;mique.

Analyse de m&eacute;thylation des CpG &agrave; grande &eacute;chelle identifie des g&egrave;nes nouveaux candidats et r&eacute;v&egrave;le les points chauds de la m&eacute;thylation dans la leuc&eacute;mie lymphoblastique aigu&euml;.

Questo studio ha esaminato la metilazione del DNA associata a leucemia linfoblastica acuta (ALL) e ha mostrato che selezionati bersagli molecolari possono essere modulati farmacologicamente per invertire il silenziamento genico. Un CpG island microarray (CGI) contenenti pi&ugrave; di 3.400 cloni unici che span tutti i cromosomi umani &egrave; stato utilizzato per esperimenti su larga scala scoperta e portato a 262 loci CGI unici statisticamente essere identificati come metilato in tutti i linfoblasti. Lo stato di metilazione di 10 cloni che comprende 11 geni (DCC, DLC-1, DDX51, KCNK2, LRP1B, NKX6-1,, PCDHGA12, RPIB9, ABCB1 e SLC2A14) identificati come differenzialmente metilato tra tutti i pazienti e controlli &egrave; stato verificato in modo indipendente. Di conseguenza, lo stato di metilazione di DDX51 &egrave; stato trovato per differenziare i pazienti con sottotipi B - e T-ALL (P = 0,011, test esatto di Fisher). Successivamente, il rapporto tra la metilazione e l&#39;espressione di questi geni &egrave; stato esaminato in tutte le linee cellulari (NALM-6 e Jurkat) prima e dopo trattamenti con 5-aza-2-deoxycytidine e trichostatin A. Pi&ugrave; che un aumento di 10 volte nell&#39;espressione del mRNA &egrave; stato osservato per due precedentemente identificati geni oncosoppressori (DLC-1 e DCC) e anche per RPIB9 e PCDHGA12. Sebbene i meccanismi che portano alla metilazione CGI di questi geni sono sconosciuti, bisolfuro del promotore di RPIB9 suggerisce che espressione &egrave; inibita da metilazione all&#39;interno di SP1 e AP2 transcription factor binding motivi. Infine, hotspot metilazione cromosomiche specifiche sono stati trovati per essere associato con tutti. Questo studio pone le basi per l&#39;acquisizione di una migliore comprensione biologica di tutti e per l&#39;identificazione di biomarcatori epigenetici utile per la diagnosi differenziale, monitoraggio terapeutico e il rilevamento della ricaduta leucemiche.

Analisi di metilazione CpG su vasta scala identifica i geni candidati romanzo e rivela gli hotspot di metilazione in una leucemia linfoblastica acuta.

Este estudio examin&oacute; la metilaci&oacute;n del ADN asociada con leucemia linfobl&aacute;stica aguda (ALL) y demostr&oacute; que las dianas moleculares pueden modular farmacol&oacute;gicamente para invertir el silenciamiento g&eacute;nico. Una GPC isla microarray (CGI) que contiene m&aacute;s de 3.400 clones &uacute;nicos palmo todos los cromosomas humanos fue utilizado para experimentos de descubrimiento a gran escala y condujo a los 262 loci CGI &uacute;nicos estad&iacute;sticamente identific&aacute;ndose como metilado en todos los linfoblastos. Independientemente, se verific&oacute; el estado de metilaci&oacute;n de 10 clones que abarca 11 genes (DCC, DLC-1, DDX51, KCNK2, LRP1B, NKX6-1,, PCDHGA12, RPIB9, ABCB1 y SLC2A14), identificados como diferencialmente metilado entre todos los pacientes y controles. En consecuencia, el estado de metilaci&oacute;n de DDX51 fue encontrado para diferenciar pacientes con subtipos de B y T ALL (P = 0.011, prueba exacta de Fisher). A continuaci&oacute;n, examinaron la relaci&oacute;n entre la metilaci&oacute;n y la expresi&oacute;n de estos genes en todas las l&iacute;neas de celular (NALM-6 y Jurkat) antes y despu&eacute;s del tratamiento con 5-aza-2-desoxicitidina y tricostatina A. M&aacute;s de diez veces m&aacute;s en la expresi&oacute;n del mRNA se observaron para dos genes supresores de tumor previamente identificadas (DLC-1 y DCC) y tambi&eacute;n para RPIB9 y PCDHGA12. Aunque se desconocen los mecanismos que conducen a la metilaci&oacute;n de CGI de estos genes, secuenciaci&oacute;n de bisulfito del promotor de RPIB9 sugiere que la expresi&oacute;n es inhibida por metilaci&oacute;n en motivos de uni&oacute;n de factor de transcripci&oacute;n de SP1 y AP2. Por &uacute;ltimo, hotspots de metilaci&oacute;n cromos&oacute;micas espec&iacute;ficas encontradas a asociarse con todos. Este estudio prepara el escenario para adquirir una mejor comprensi&oacute;n biol&oacute;gica de todos y para la identificaci&oacute;n de biomarcadores epigen&eacute;ticos &uacute;til para el diagn&oacute;stico diferencial, seguimiento terap&eacute;utico y la detecci&oacute;n de reca&iacute;da leuc&eacute;mica.

An&aacute;lisis de metilaci&oacute;n CpG a gran escala identifican genes de nuevo candidato y revela hotspots de metilaci&oacute;n en la leucemia linfobl&aacute;stica aguda.

Toll-like receptor 4 (TLR4) is a cell-surface receptor that activates innate and adaptive immune responses. Because it recognizes a broad class of pathogen-associated molecular patterns presented by lipopolysaccharides and lipoteichoic acid, TLR4 is a candidate gene for resistance to a large number of diseases. In particular, mouse models suggest TLR4 as a candidate gene for resistance to major agents in bovine respiratory disease and Johne's disease. The coding sequence of bovine TLR4 is divided into three exons, with intron/exon boundaries and intron sizes similar to those of human TLR4 transcript variant 1. We amplified each exon in 40 individuals from 11 breeds and screened the sequence for single-nucleotide polymorphisms (SNPs). We identified 32 SNPs, 28 of which are in the coding sequence, for an average of one SNP per 90 bp of coding sequence. Eight SNPs were nonsynonymous and potentially alter specificity of pathogen recognition or efficiency of signaling. To evaluate the functional importance of these SNPs, we used codon-substitution models to detect diversifying selection in an extracellular region that may physically interact with ligands. One nonsynonymous SNP is located within this region, and other substitutions are in adjacent regions that may interact with coreceptor molecules. The 32 SNPs were found in 20 haplotypes that can be assigned to geographic ranges of origin. Haplotype-tagging SNP analysis indicated that 12 SNPs need to be genotyped to distinguish these 20 haplotypes. These data provide a basic understanding of bovine TLR4 sequence variation and supply haplotype markers for disease association studies.

Haplotype variation in bovine Toll-like receptor 4 and computational prediction of a positively selected ligand-binding domain.

Toll-like receptor 4 (TLR4) est un r&eacute;cepteur de surface cellulaire qui active la r&eacute;ponse immunitaire inn&eacute;e et adaptative. Parce qu&#39;il reconna&icirc;t une large classe de micro-organismes pathog&egrave;nes associ&eacute;s des profils mol&eacute;culaires pr&eacute;sent&eacute;e par lipopolysaccharides et l&#39;acide lipoteicho&iuml;que, TLR4 est un g&egrave;ne candidat pour la r&eacute;sistance &agrave; un grand nombre de maladies. En particulier, des mod&egrave;les de souris sugg&egrave;rent TLR4 comme un g&egrave;ne candidat pour la r&eacute;sistance aux plus importants agents de maladie respiratoire bovine et la maladie de Johne. La s&eacute;quence codante de TLR4 bovine est divis&eacute;e en trois exons, limites de l&#39;intron/exon et tailles intron semblables &agrave; celles de la variante humaine de transcription TLR4 1. Nous avons amplifi&eacute; chaque exon &agrave; 40 individus de 11 races et projet&eacute; de la s&eacute;quence des polymorphismes mononucl&eacute;otidiques (SNP). Nous avons identifi&eacute; 32 SNP, dont 28 sont dans la s&eacute;quence codante, pour une moyenne d&#39;un SNP par 90 bp de la s&eacute;quence codante. Huit SNP ont &eacute;t&eacute; non-synonymes et potentiellement modifie la sp&eacute;cificit&eacute; de la reconnaissance de l&#39;agent pathog&egrave;ne ou d&#39;efficacit&eacute; de la signalisation. Afin d&#39;&eacute;valuer l&#39;importance fonctionnelle de ces SNP, nous avons utilis&eacute; des mod&egrave;les codon-substitution pour d&eacute;tecter une s&eacute;lection diversifi&eacute;e dans une r&eacute;gion extracellulaire qui peut-&ecirc;tre interagir physiquement avec les ligands. Un SNP non-synonymes est situ&eacute; dans cette r&eacute;gion, et autres substitutions sont dans les r&eacute;gions avoisinantes qui peuvent interagir avec les mol&eacute;cules du cor&eacute;cepteur. Les 32 SNP ont &eacute;t&eacute; trouv&eacute;s dans des 20 haplotypes pouvant &ecirc;tre assign&eacute;e &agrave; la r&eacute;partition g&eacute;ographique d&#39;origine. Analyse SNP marquage haplotype a indiqu&eacute; que 12 SNP doit &ecirc;tre g&eacute;notyp&eacute;s pour distinguer ces 20 haplotypes. Ces donn&eacute;es fournissent une connaissance de base de la variation de la s&eacute;quence des TLR4 bovine et approvisionnement haplotype marqueurs pour &eacute;tudes d&#39;association de la maladie.

Haplotype variation bovine Toll-like receptor 4 et computationnelle pr&eacute;diction d&#39;un domaine de liaison du ligand positivement s&eacute;lectionn&eacute;.

Recettore toll-like 4 (TLR4) &egrave; un recettore della superficie cellulare che attiva la risposta immunitaria innata e adattiva. Perch&eacute; lo si riconosce una vasta classe di pathogen-associated molecular patterns presentato da lipopolisaccaridi e acido lipoteichoic, TLR4 &egrave; un gene candidato per la resistenza a un gran numero di malattie. In particolare, i modelli del mouse suggeriscono TLR4 come gene candidato per la resistenza ai principali agenti nella bovina malattia respiratoria e la malattia di Johne. La sequenza codifica di TLR4 bovina &egrave; suddivisa in tre esoni, con confini esone/introne e introne dimensioni simili a quelle della variante di trascrizione TLR4 umana 1. Abbiamo amplificato ogni esone in 40 individui da 11 razze e proiettato la sequenza per polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs). Abbiamo identificato 32 SNPs, 28 delle quali sono nella sequenza codifica, per una media di uno SNP per 90 bp della sequenza codificante. Otto SNPs erano nonsynonymous e potenzialmente alterare la specificit&agrave; del riconoscimento del patogeno o efficienza di segnalazione. Per valutare l&#39;importanza funzionale di questi SNPs, abbiamo utilizzato modelli codone-sostituzione di rilevare diversificazione selezione una regione extracellulare che pu&ograve; interagire fisicamente con ligandi. Uno SNP nonsynonymous si trova all&#39;interno di questa regione, e altre sostituzioni sono nelle regioni adiacenti che possono interagire con molecole coreceptor. Il 32 SNPs sono stati trovati in 20 aplotipi che possono essere assegnati alle gamme geografiche di origine. Analisi SNP aplotipo-tagging indicano che devono essere genotipizzati per distinguere questi 20 aplotipi 12 SNPs. Questi dati forniscono una comprensione di base di variazione di sequenza bovina TLR4 e forniscono aplotipo marcatori per gli studi di associazione di malattia.

Aplotipo variazione nella bovina recettore Toll-like 4 e predizione computazionale di un dominio ligand-legantesi positivamente selezionato.

Toll-like receptor 4 (TLR4) es un receptor de superficie celular que activa la respuesta inmune innata y adaptativa. Porque reconoce una amplia clase de patrones moleculares asociados a pat&oacute;genos presentada por lipopolisac&aacute;ridos y &aacute;cido lipoteicoico, TLR4 es un gen candidato para la resistencia a un gran n&uacute;mero de enfermedades. En particular, los modelos de rat&oacute;n sugieren TLR4 como genes candidatos para resistencia a los agentes principales en la enfermedad respiratoria bovina y enfermedad de Johne. La secuencia de codificaci&oacute;n de TLR4 bovina se divide en tres exones, con l&iacute;mites del intr&oacute;n/del ex&oacute;n e intr&oacute;n tama&ntilde;os similares a los de la variante de transcripci&oacute;n de TLR4 humano 1. Amplificamos cada ex&oacute;n en 40 personas de 11 razas y hab&iacute;a defendido la secuencia de los polimorfismos de nucle&oacute;tido (SNPs). Se identificaron 32 SNPs, 28 de las cuales est&aacute;n en la secuencia de codificaci&oacute;n, para un promedio de un SNP por 90 bp de secuencia de codificaci&oacute;n. Ocho SNP fueron nonsynonymous y altera potencialmente la especificidad del reconocimiento del pat&oacute;geno o la eficacia de la se&ntilde;alizaci&oacute;n. Para evaluar la importancia funcional de estos SNPs, utilizamos modelos de sustituci&oacute;n de cod&oacute;n para detectar selecci&oacute;n diversificaci&oacute;n en una regi&oacute;n extracelular que puede interactuar f&iacute;sicamente con ligandos. Un SNP nonsynonymous se encuentra dentro de esta regi&oacute;n, y otras sustituciones est&aacute;n en regiones adyacentes que pueden interactuar con las mol&eacute;culas de los correceptores. El 32 SNP fueron encontrado en 20 haplotipos que pueden asignarse a las gamas geogr&aacute;ficas de origen. Etiquetado haplotipo SNP an&aacute;lisis indic&oacute; que 12 SNPs tienen que ser genotipados para distinguir estos 20 haplotipos. Estos datos proporcionan una comprensi&oacute;n b&aacute;sica de la variaci&oacute;n de la secuencia de bovino TLR4 y suministrar haplotipo marcadores para estudios de Asociaci&oacute;n de la enfermedad.

Variaci&oacute;n de haplotipo en bovino Toll-like receptor 4 y predicci&oacute;n computacional de un dominio de ligando positivamente seleccionado.

Non-Hodgkin's lymphoma (NHL) is a group of malignancies with heterogeneous genetic and epigenetic alterations. Discovery of molecular markers that better define NHL should improve diagnosis, prognosis and understanding of the biology. We developed a CpG island DNA microarray for discovery of aberrant methylation targets in cancer, and now apply this method to examine NHL cell lines and primary tumors. This methylation profiling revealed differential patterns in six cell lines originating from different subtypes of NHL. We identified 30 hypermethylated genes in these cell lines and independently confirmed 10 of them. Methylation of 6 of these genes was then further examined in 75 primary NHL specimens composed of four subtypes representing different stages of maturation. Each gene (DLC-1, PCDHGB7, CYP27B1, EFNA5, CCND1 and RARbeta2) was frequently hypermethylated in these NHLs (87, 78, 61, 53, 40 and 38%, respectively), but not in benign follicular hyperplasia. Although some genes such as DLC-1 and PCDHGB7 were methylated in the vast majority of NHLs, others were differentially methylated in specific subtypes. The methylation of the candidate tumor suppressor gene DLC-1 was detected in a high proportion of primary tumor and plasma DNA samples by using quantitative methylation-specific PCR analysis. This promoter hypermethylation inversely correlated with DLC-1 gene expression in primary NHL samples. Thus, this CpG island microarray is a powerful discovery tool to identify novel methylated genes for further studies of their relevant molecular pathways in NHLs and identification of potential epigenetic biomarkers of disease.

Discovery of novel epigenetic markers in non-Hodgkin's lymphoma.

Lymphome non-hodgkinien (NHL) est un groupe de tumeurs malignes avec des alt&eacute;rations g&eacute;n&eacute;tiques et &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques h&eacute;t&eacute;rog&egrave;nes. D&eacute;couverte de marqueurs mol&eacute;culaires qui d&eacute;finissent mieux NHL devrait am&eacute;liorer le diagnostic, de pronostic et de compr&eacute;hension de la biologie. Nous avons d&eacute;velopp&eacute; un micror&eacute;seau d&#39;ADN CpG &icirc;le pour la d&eacute;couverte de cibles de m&eacute;thylation aberrante dans le cancer et maintenant appliquer cette m&eacute;thode pour examiner des lign&eacute;es cellulaires de NHL et tumeurs primaires. Cette m&eacute;thylation profilage a r&eacute;v&eacute;l&eacute; les patrons diff&eacute;rentiels dans six lign&eacute;es cellulaires provenant de diff&eacute;rents sous-types de LNH. Nous avons identifi&eacute; 30 g&egrave;nes fait dans ces lign&eacute;es de cellules et ind&eacute;pendamment confirm&eacute; 10 d&#39;entre eux. M&eacute;thylation de 6 de ces g&egrave;nes est alors examin&eacute;e dans 75 sp&eacute;cimens de NHL primaires compos&eacute;s de quatre sous-types qui repr&eacute;sentent les diff&eacute;rents stades de maturation. Chaque g&egrave;ne (DLC-1, PCDHGB7, CYP27B1, EFNA5, CCND1 et RARbeta2) a &eacute;t&eacute; fr&eacute;quemment fait dans ces NHLs (87, 78, 61, 53, 40 et 38 %, respectivement), mais pas en hyperplasie folliculaire. Bien que certains g&egrave;nes comme DLC-1 et PCDHGB7 ont &eacute;t&eacute; m&eacute;thyl&eacute;s dans la grande majorit&eacute; des NHLs, d&#39;autres sont m&eacute;thyl&eacute;s diff&eacute;rentiellement dans des sous-types sp&eacute;cifiques. La m&eacute;thylation de la g&egrave;ne suppresseur de tumeur candidat que DLC-1 a &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;e dans une forte proportion des &eacute;chantillons d&#39;ADN plasma et la tumeur primaires en utilisant l&#39;analyse PCR quantitative m&eacute;thylation-sp&eacute;cifique. Cette hyperm&eacute;thylation du promoteur est inversement corr&eacute;l&eacute;e avec l&#39;expression du g&egrave;ne DLC-1 dans des &eacute;chantillons de NHL primaires. Ainsi, ce micror&eacute;seau d&#39;&icirc;le de CpG est un outil puissant de d&eacute;couverte &agrave; identifier de nouveaux g&egrave;nes m&eacute;thyl&eacute;s pour poursuivre ses &eacute;tudes de leurs voies mol&eacute;culaires pertinentes dans NHLs et l&#39;identification de biomarqueurs &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques potentiels de la maladie.

D&eacute;couverte de nouveaux marqueurs &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques dans le lymphome non-hodgkinien.

Linfoma non-Hodgkin (NHL) &egrave; un gruppo di tumori maligni con alterazioni genetiche ed epigenetiche eterogenei. Individuazione di marcatori molecolari che meglio definiscono NHL dovrebbe migliorare la diagnosi, la prognosi e la comprensione della biologia. Abbiamo sviluppato un&#39;isola CpG DNA microarray per la scoperta di bersagli di metilazione aberrante in cancro e ora applicare questo metodo per esaminare le linee di cellule di NHL e tumori primari. Questa analisi metilazione rivelato modelli differenziali in sei linee cellulari provenienti da differenti sottotipi di NHL. Abbiamo identificato 30 geni hypermethylated in queste linee cellulari e indipendentemente confermato 10 di loro. Metilazione di 6 di questi geni &egrave; stato poi ulteriormente esaminata in 75 esemplari di NHL primarie composte da quattro sottotipi che rappresentano differenti stadi di maturazione. Ogni gene (DLC-1, PCDHGB7, CYP27B1, EFNA5, CCND1 e RARbeta2) &egrave; stata spesso hypermethylated in queste NHLs (87, 78, 61, 53, 40 e 38%, rispettivamente), ma non nella iperplasia follicolare. Anche se alcuni geni come DLC-1 e PCDHGB7 erano metilati nella stragrande maggioranza dei NHLs, gli altri erano differenzialmente metilati in sottotipi specifici. La metilazione del gene soppressore tumorale candidato che DLC-1 &egrave; stato rilevato in un&#39;alta percentuale di campioni di DNA tumorale e plasma primari mediante analisi quantitativa di PCR metilazione-specifico. Questa ipermetilazione del promotore &egrave; inversamente correlata con DLC-1 espressione genica in campioni primari di NHL. Cos&igrave;, questo CpG island microarray &egrave; una scoperta potente strumento per identificare nuovi geni metilati per ulteriori studi di loro percorsi molecolari rilevanti in NHLs e l&#39;identificazione di potenziali biomarcatori epigenetiche della malattia.

Scoperta di nuovi marcatori epigenetici nel linfoma non-Hodgkin.

Linfoma no Hodgkin (LNH) es un grupo de tumores malignos con alteraciones gen&eacute;ticas y epigen&eacute;ticas heterog&eacute;neas. Descubrimiento de marcadores moleculares que mejor definen la NHL debe mejorar el diagn&oacute;stico, pron&oacute;stico y comprensi&oacute;n de la biolog&iacute;a. Desarrollamos un microarray de ADN de Isla CpG para el descubrimiento de los objetivos de la metilaci&oacute;n aberrante en c&aacute;ncer y ahora aplicar este m&eacute;todo para examinar las l&iacute;neas celulares de NHL y tumores primarios. Este perfil de metilaci&oacute;n revel&oacute; patrones diferenciales en seis l&iacute;neas celulares provenientes de diversos subtipos de LNH. Se identificaron 30 genes hipermetilados en estas l&iacute;neas celulares y hab&iacute;a confirmado de forma independiente 10 de ellos. Metilaci&oacute;n de 6 de estos genes luego examinaron m&aacute;s en 75 muestras de NHL primarias compuestas por cuatro subtipos que representan diferentes etapas de maduraci&oacute;n. Cada gen (DLC-1, PCDHGB7, CYP27B1, EFNA5, CCND1 y RARbeta2) era con frecuencia hipermetilados en estos NHLs (87, 78, 61, 53, 40 y 38%, respectivamente), pero no en hiperplasia folicular benigna. Aunque algunos genes como DLC-1 y PCDHGB7 fueron metilados en la gran mayor&iacute;a de NHLs, otros fueron diferencialmente metilados en subtipos espec&iacute;ficos. La metilaci&oacute;n del gen candidato tumor supresor que DLC-1 fue detectado en una alta proporci&oacute;n de muestras de ADN de plasma y el tumor primarias utilizando an&aacute;lisis PCR cuantitativo de metilaci&oacute;n espec&iacute;fica. Este hipermetilaci&oacute;n del promotor inversamente correlacionada con la expresi&oacute;n g&eacute;nica de DLC-1 en muestras de NHL primarias. As&iacute;, este microarray de Isla CpG es una herramienta de descubrimiento de gran alcance para identificar nuevos genes metilados para estudios posteriores de sus v&iacute;as moleculares relevantes en NHLs e identificaci&oacute;n de biomarcadores potenciales epigen&eacute;ticos de la enfermedad.

Descubrimiento de nuevos marcadores epigen&eacute;ticos en linfoma no Hodgkin.

Mutations in caspase recruitment domain 15 (CARD15) are associated with susceptibility to Crohn's disease and Blau Syndrome. We performed comparative analyses of the bovine, murine, and human CARD15 transcripts to elucidate functionality of bovine CARD15 and examine its potential role in bovine disease resistance. Comparative analyses of intronic sequence across seven divergent species were performed to identify putative regulatory element binding motifs. High levels of interspecies conservation in sequence, genomic structure, and protein domains were detected indicating common functionality for CARD15 in cattle, human, and mouse. We identified species-specific regulatory elements in the 5' and 3' untranslated regions, suggesting that modes of regulation may have diverged across species. Thirty-one conserved putative regulatory element binding motifs were identified in the CARD15 intronic sequence of seven species. To assess the extent of genetic diversity within bovine CARD15, 41 individuals from two subspecies were sequenced and screened for polymorphisms. Thirty-six single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified. Finally, 20 subspecies-specific haplotypes were predicted with 7 and 13 unique haplotypes explaining the diversity within B. taurus taurus and B. taurus indicus animals, respectively. Strong evidence for a simple causal relationship between these SNP loci and their haplotypes with Johne's disease was not detected.

Identification of genetic variation and putative regulatory regions in bovine CARD15.

Des mutations dans le domaine de recrutement caspase 15 (CARD15) sont associ&eacute;es &agrave; la susceptibilit&eacute; &agrave; la maladie de Crohn et le Syndrome de Blau. Nous avons effectu&eacute; des analyses comparatives des transcriptions CARD15 bovines, murines et humaines &agrave; &eacute;lucider les fonctionnalit&eacute;s des bovins CARD15 et examiner son r&ocirc;le potentiel dans la r&eacute;sistance &agrave; la maladie bovine. Des analyses comparatives de s&eacute;quence intronic &agrave; travers les sept esp&egrave;ces divergentes ont &eacute;t&eacute; effectu&eacute;es afin d&#39;identifier les motifs de liaison d&#39;&eacute;l&eacute;ment r&eacute;gulateur putatif. Des niveaux &eacute;lev&eacute;s de conservation intersp&eacute;cifique dans la s&eacute;quence, la structure g&eacute;nomique et domaines prot&eacute;iques ont &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;s en indiquant les fonctionnalit&eacute;s communes pour CARD15 chez les bovins, humaines et de la souris. Nous avons identifi&eacute; des &eacute;l&eacute;ments r&eacute;glementaires propres &agrave; chaque esp&egrave;ce dans les 5&#39; et 3&#39; non traduite r&eacute;gions, ce qui sugg&egrave;re que les modes de r&egrave;glement peuvent avoir diverg&eacute; selon les esp&egrave;ces. Trente et un motifs de liaison conserv&eacute;e &eacute;l&eacute;ment r&eacute;gulateur putatifs ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s dans la s&eacute;quence de g&egrave;ne CARD15 intronic de sept esp&egrave;ces. Pour &eacute;valuer l&#39;&eacute;tendue de la diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique au sein de l&#39;esp&egrave;ce bovine CARD15, 41 personnes de deux sous-esp&egrave;ces ont &eacute;t&eacute; s&eacute;quenc&eacute;s et projet&eacute;s pour le polymorphisme. Trente-six simples de nucl&eacute;otide (SNP) ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s. Enfin, les haplotypes caract&eacute;risation 20 ont &eacute;t&eacute; pr&eacute;dites avec 7 et 13 haplotypes uniques expliquant la diversit&eacute; au sein de b. taurus taurus et animaux de b. taurus indicus, respectivement. Des preuves solides pour un simple lien de causalit&eacute; entre ces loci SNP et leurs haplotypes avec la maladie de Johne n&#39;a pas &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;.

Identification de la variation g&eacute;n&eacute;tique et les r&eacute;gions r&eacute;gulatrices putatives en CARD15 bovine.

Le mutazioni nel dominio di reclutamento di caspase 15 (CARD15) sono associate con la suscettibilit&agrave; alla malattia di Crohn e sindrome di Blau. Abbiamo effettuato analisi comparative di trascrizioni CARD15 bovina, murine e umane a delucidare la funzionalit&agrave; di bovino CARD15 ed esaminare il suo ruolo potenziale nella resistenza di malattia bovina. Analisi comparative della sequenza intronic attraverso sette specie divergenti sono state eseguite per identificare i motivi di putativo elemento normativo vincolante. Alti livelli di conservazione interspecifica in sequenza, la struttura genomica e domini della proteina sono stati rilevati che indica la funzionalit&agrave; comune per CARD15 nei bovini, umani e il mouse. Abbiamo individuato specie-specifici elementi normativi in 5&#39; e 3&#39; non tradotta regioni, suggerendo che il modalit&agrave; di regolamento hanno discostato tra specie. Trentuno motivi conservati putativo elemento normativo sono state identificate nella sequenza di sette specie intronic CARD15. Per valutare l&#39;entit&agrave; della diversit&agrave; genetica all&#39;interno di bovino CARD15, 41 individui da due sottospecie sono stati sequenziati e proiettati per polimorfismi. Trentasei polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) sono stati identificati. Infine, 20 aplotipi subspecies-specific erano predetto con aplotipi unici 7 e 13, spiegando la diversit&agrave; all&#39;interno di b. Toro Toro e b. taurus indicus animali, rispettivamente. Forte evidenza per una semplice relazione causale tra questi loci SNP e loro aplotipi con malattia di Johne non &egrave; stato rilevato.

Identificazione delle variazioni genetiche e putativi regioni regolamentare nella bovina CARD15.

Las mutaciones en el dominio de reclutamiento de caspasa 15 (CARD15) est&aacute;n asociadas con la susceptibilidad a la enfermedad de Crohn y s&iacute;ndrome de Blau. Se realizaron an&aacute;lisis comparativos de las transcripciones CARD15 bovinas murinos y humanos para dilucidar la funcionalidad de CARD15 bovina y examinar su papel potencial en la resistencia de la enfermedad bovina. Analisis comparativo de la secuencia intronic a trav&eacute;s de siete especies divergentes se realizaron para identificar los motivos de uni&oacute;n de putativo elemento regulador. Se detectaron altos niveles de conservaci&oacute;n entre las especies en secuencia, estructura gen&oacute;mica y los dominios de la prote&iacute;na que indica la funcionalidad com&uacute;n para CARD15 en bovinos, humanos y el rat&oacute;n. Se identificaron elementos reguladores espec&iacute;ficos en el 5&#39; y 3&#39; sin traducir regiones, lo que sugiere que pueden haber divergido modos de regulaci&oacute;n entre especies. Motivos de treinta y un elemento regulador putativos conservado vinculante se identificaron en la secuencia intronic CARD15 de siete especies. Para evaluar el grado de diversidad gen&eacute;tica en bovinos CARD15, 41 individuos de dos subespecies fueron secuenciados y proyectados para los polimorfismos. Se identificaron 36 polimorfismos de nucle&oacute;tido simple (SNP). Finalmente, se pronosticaban haplotipos subspecies-specific 20 con 7 y 13 haplotipos &uacute;nicos explicando la diversidad dentro de B. taurus taurus y animales B. taurus indicus, respectivamente. No se detect&oacute; evidencia de una simple relaci&oacute;n causal entre estos loci SNP y sus haplotipos con la enfermedad de Johne.

Identificaci&oacute;n de variaci&oacute;n gen&eacute;tica y supuestas regiones reguladoras en CARD15 bovina.

Impaired collagen chaperone results in preterm PROM.

Alt&eacute;r&eacute;e r&eacute;sultats de chaperon de collag&egrave;ne chez les nouveau-n&eacute;s pr&eacute;matur&eacute; PROM.

Vedenti risultati chaperone collagene nel pretermine, PROM.

Deteriorada resultados de acompa&ntilde;ante de col&aacute;geno en prematuro PROM.

Heterogeneous genetic and epigenetic alterations are commonly found in human non-Hodgkin's lymphomas (NHL). One such epigenetic alteration is aberrant methylation of gene promoter-related CpG islands, where hypermethylation frequently results in transcriptional inactivation of target genes, while a decrease or loss of promoter methylation (hypomethylation) is frequently associated with transcriptional activation. Discovering genes with these relationships in NHL or other types of cancers could lead to a better understanding of the pathobiology of these diseases. The simultaneous analysis of promoter methylation using Differential Methylation Hybridization (DMH) and its associated gene expression using Expressed CpG Island Sequence Tag (ECIST) microarrays generates a large volume of methylation-expression relational data. To analyze this data, we propose a set of algorithms based on fuzzy sets theory, in particular Possibilistic c-Means (PCM) and cluster fuzzy density. For each gene, these algorithms calculate measures of confidence of various methylation-expression relationships in each NHL subclass. Thus, these tools can be used as a means of high volume data exploration to better guide biological confirmation using independent molecular biology methods.

Relational analysis of CpG islands methylation and gene expression in human lymphomas using possibilistic C-means clustering and modified cluster fuzzy density.

Des alt&eacute;rations g&eacute;n&eacute;tiques et &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques h&eacute;t&eacute;rog&egrave;nes sont fr&eacute;quents dans humain hodgkiniens non-(LNH). Une telle modification &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique est une m&eacute;thylation aberrante de g&egrave;ne promoteur li&eacute;es &icirc;les de CpG, o&ugrave; hyperm&eacute;thylation entra&icirc;ne souvent une inactivation transcriptionnelle des g&egrave;nes cibles, alors qu&#39;une diminution ou une perte de m&eacute;thylation promoteur (hypom&eacute;thylation) est fr&eacute;quemment associ&eacute;e &agrave; l&#39;activation transcriptionnelle. D&eacute;couverte de g&egrave;nes avec ces relations en NHL ou d&#39;autres types de cancers pourrait conduire &agrave; une meilleure compr&eacute;hension de la pathologie de ces maladies. L&#39;analyse simultan&eacute;e de la m&eacute;thylation de promoteur en utilisant l&#39;hybridation diff&eacute;rentielle de m&eacute;thylation (DMH) et son expression de g&egrave;ne associ&eacute; &agrave; l&#39;aide de puces &agrave; exprim&eacute; CpG &icirc;le Sequence Tag (ECIST) g&eacute;n&egrave;re un volume important de donn&eacute;es relationnelles de m&eacute;thylation-expression. Pour analyser ces donn&eacute;es, nous vous proposons un ensemble d&#39;algorithmes bas&eacute;s sur la th&eacute;orie des ensembles flous, en particulier possibiliste c-Means (PCM) et densit&eacute; floue de cluster. Pour chaque g&egrave;ne, ces algorithmes calculer des mesures de confiance de diverses relations de m&eacute;thylation-expression dans chaque sous-classe de la NHL. Ainsi, ces outils peuvent servir comme moyen d&#39;exploration de donn&eacute;es de volume &eacute;lev&eacute; pour mieux guider confirmation biologique &agrave; l&#39;aide de m&eacute;thodes de la biologie mol&eacute;culaire ind&eacute;pendante.

Analyse relationnelle du CpG &icirc;les m&eacute;thylation et l&#39;expression g&eacute;nique dans les lymphomes humains utilisant possibiliste C-means cluster et cluster mis &agrave; jour le densit&eacute; floue.

Alterazioni genetiche ed epigenetiche eterogenei si trovano comunemente nei linfomi umani non-Hodgkin (NHL). Una tale alterazione epigenetica &egrave; aberrante metilazione del gene promotore relative isole CpG, dove ipermetilazione frequentemente provoca inattivazione trascrizionale dei geni bersaglio, mentre una diminuzione o perdita di metilazione del promotore (ipometilazione) &egrave; frequentemente associata ad attivazione trascrizionale. Alla scoperta di geni con queste relazioni in NHL o altri tipi di tumori potrebbe portare a una migliore comprensione della British di queste malattie. L&#39;analisi simultanea di metilazione del promotore mediante ibridazione differenziali di metilazione (DMH) e la sua espressione genica associati usando i microarrays espresso CpG Island sequenza Tag (ECIST) genera un grande volume di dati relazionali metilazione-espressione. Per analizzare questi dati, vi proponiamo una serie di algoritmi basati sulla teoria dei fuzzy sets, in particolare Possibilistic c-Means (PCM) e densit&agrave; fuzzy cluster. Per ogni gene, questi algoritmi calcolano misure di fiducia di vari rapporti di metilazione-espressione in ogni sottoclasse di NHL. Cos&igrave;, questi strumenti possono essere utilizzati come mezzo di esplorazione dei dati ad alto volume per meglio guidare conferma biologica mediante metodi di biologia molecolare indipendente.

Analisi relazionale di CpG metilazione e gene expression in linfomi umani usando possibilistic C-means clustering e densit&agrave; fuzzy cluster modificato delle isole.

Alteraciones gen&eacute;ticas y epigen&eacute;ticas heterog&eacute;neas se encuentran com&uacute;nmente en humano linfomas no Hodgkin-(NHL). Una tal alteraci&oacute;n epigen&eacute;tica es la metilaci&oacute;n aberrante del gen relacionado con el promotor islas CpG, donde hipermetilaci&oacute;n con frecuencia da lugar a la inactivaci&oacute;n transcripcional de genes diana, mientras que una disminuci&oacute;n o p&eacute;rdida de metilaci&oacute;n del promotor (hipometilaci&oacute;n) se asocia frecuentemente a la activaci&oacute;n transcripcional. Descubrir genes con estas relaciones en la NHL u otros tipos de c&aacute;ncer podr&iacute;a conducir a una mejor comprensi&oacute;n de la Biopatolog&iacute;a de estas enfermedades. El an&aacute;lisis simult&aacute;neo de la metilaci&oacute;n del promotor mediante hibridaci&oacute;n de metilaci&oacute;n diferencial (DMH) y su expresi&oacute;n de genes asociados utilizando microarrays de expres&oacute; CpG isla secuencia Tag (ECIST) genera un gran volumen de datos relacionales de metilaci&oacute;n-expresi&oacute;n. Para analizar estos datos, proponemos un conjunto de algoritmos basados en la teor&iacute;a de conjuntos difusos, en particular posibilista c-Means (PCM) y densidad difusa de cl&uacute;ster. Para cada gen, estos algoritmos calculan las medidas de confianza de varias relaciones de metilaci&oacute;n-expresi&oacute;n en cada subclase de NHL. Por lo tanto, estas herramientas pueden utilizarse como medio de exploraci&oacute;n de datos de alto volumen para guiar mejor confirmaci&oacute;n biol&oacute;gica usando m&eacute;todos independientes de biolog&iacute;a molecular.

An&aacute;lisis relacional de GPC Islas metilaci&oacute;n y expresi&oacute;n gen&eacute;tica humanas linfomas posibilista C-means clustering y densidad difusa cluster modificado.

We developed a novel approach for conducting multisample, multigene, ultradeep bisulfite sequencing analysis of DNA methylation patterns in clinical samples. A massively parallel sequencing-by-synthesis method (454 sequencing) was used to directly sequence >100 bisulfite PCR products in a single sequencing run without subcloning. We showed the utility, robustness, and superiority of this approach by analyzing methylation in 25 gene-related CpG rich regions from >40 cases of primary cells, including normal peripheral blood lymphocytes, acute lymphoblastic leukemia (ALL), chronic lymphocytic leukemia (CLL), follicular lymphoma (FL), and mantle cell lymphoma (MCL). A total of 294,631 sequences was generated with an average read length of 131 bp. On average, >1,600 individual sequences were generated for each PCR amplicon far beyond the few clones (<20) typically analyzed by traditional bisulfite sequencing. Comprehensive analysis of CpG methylation patterns at a single DNA molecule level using clustering algorithms revealed differential methylation patterns between diseases. A significant increase in methylation was detected in ALL and FL samples compared with CLL and MCL. Furthermore, a progressive spreading of methylation was detected from the periphery toward the center of select CpG islands in the ALL and FL samples. The ultradeep sequencing also allowed simultaneous analysis of genetic and epigenetic data and revealed an association between a single nucleotide polymorphism and the methylation present in the LRP1B promoter. This new generation of methylome sequencing will provide digital profiles of aberrant DNA methylation for individual human cancers and offers a robust method for the epigenetic classification of tumor subtypes.

Ultradeep bisulfite sequencing analysis of DNA methylation patterns in multiple gene promoters by 454 sequencing.

Nous avons d&eacute;velopp&eacute; une nouvelle approche pour effectuer une analyse de s&eacute;quen&ccedil;age de bisulfite d&#39;&eacute;chantillonnage multiple, multig&eacute;nique, ultradeep des profils de m&eacute;thylation de l&#39;ADN dans les &eacute;chantillons cliniques. Une m&eacute;thode de s&eacute;quen&ccedil;age par synth&egrave;se massivement parall&egrave;le (s&eacute;quen&ccedil;age 454) a &eacute;t&eacute; utilis&eacute;e pour s&eacute;quencer directement &gt; 100 produits PCR du bisulfite en une s&eacute;quence unique ex&eacute;cutent sans subcloning. Nous avons montr&eacute; l&#39;utilit&eacute;, la robustesse et la sup&eacute;riorit&eacute; de cette approche par l&#39;analyse de la m&eacute;thylation dans 25 gene-related CpG riches r&eacute;gions de &gt; 40 cas de cellules primaires, y compris des lymphocytes de sang p&eacute;riph&eacute;rique normal, leuc&eacute;mie lymphoblastique aigu&euml; (LLA), leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique (LLC), lymphome folliculaire (FL) et lymphome &agrave; cellules du manteau (MCL). Un total de 294 631 s&eacute;quences a &eacute;t&eacute; g&eacute;n&eacute;r&eacute; avec une moyenne de lire &agrave; longueur de 131 bp. En moyenne, &gt; 1 600 s&eacute;quences individuelles ont &eacute;t&eacute; g&eacute;n&eacute;r&eacute;es pour chaque amplicon PCR bien au-del&agrave; des quelques clones (&lt; 20) g&eacute;n&eacute;ralement analys&eacute; par s&eacute;quen&ccedil;age du bisulfite traditionnels. Analyse d&eacute;taill&eacute;e des profils de m&eacute;thylation de CpG &agrave; un seul niveau de mol&eacute;cule d&#39;ADN &agrave; l&#39;aide d&#39;algorithmes de regroupement a r&eacute;v&eacute;l&eacute; une m&eacute;thylation diff&eacute;rentielle entre les maladies. Une augmentation significative de m&eacute;thylation a &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;e dans l&#39;ensemble et FL &eacute;chantillons contre CLL et MCL. Par ailleurs, une diffusion progressive de m&eacute;thylation a &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;e de la p&eacute;riph&eacute;rie vers le centre de s&eacute;lection &icirc;les de CpG dans le tout et FL &eacute;chantillons. Le s&eacute;quen&ccedil;age ultradeep aussi a permis l&#39;analyse simultan&eacute;e des donn&eacute;es g&eacute;n&eacute;tiques et &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques et a r&eacute;v&eacute;l&eacute; une association entre un polymorphisme simple nucl&eacute;otide et la m&eacute;thylation pr&eacute;sente dans le promoteur LRP1B. Cette nouvelle g&eacute;n&eacute;ration de m&eacute;thylome s&eacute;quen&ccedil;age fournira num&eacute;riques profils aberrante m&eacute;thylation de l&#39;ADN pour les cancers humains individuels et propose une m&eacute;thode robuste de classement &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique des sous-types de la tumeur.

Analyse de la s&eacute;quence du bisulfite UltraDeep des profils de m&eacute;thylation de l&#39;ADN dans plusieurs promoteurs de g&egrave;nes par s&eacute;quen&ccedil;age 454.

Abbiamo sviluppato un nuovo approccio per lo svolgimento di analisi di sequenziamento del bisolfuro multisample, multigene, studio di schemi di metilazione del DNA in campioni clinici. &Egrave; stato utilizzato un metodo di sequenziamento di sintesi parallelismo massivo (sequenziamento 454) per sequenza direttamente &amp;gt; 100 prodotti di PCR del bisolfuro in una singola sequenza eseguito senza subcloning. Abbiamo dimostrato l&#39;utilit&agrave;, la robustezza e la superiorit&agrave; di questo approccio attraverso l&#39;analisi di metilazione in 25 correlato al gene CpG ricche regioni da &amp;gt; 40 casi di celle primarie, tra cui linfociti del sangue periferico normale, leucemia linfoblastica acuta (ALL), leucemia linfocitica cronica (CLL), linfoma follicolare (FL) e linfoma mantellare (MCL). Un totale di 294.631 sequenze &egrave; stato generato con una media di leggere lunghezza di 131 bp. In media, &amp;gt; 1.600 sequenze individuali sono stati generati per ogni amplicone PCR di l&agrave; di alcuni cloni (&lt; 20) in genere analizzati dal tradizionale del bisolfuro. Analisi completa dei pattern di metilazione CpG a un singolo livello di molecola di DNA usando algoritmi di clustering ha rivelato i modelli differenziali di metilazione tra malattie. &Egrave; stato rilevato un aumento significativo di metilazione in tutti e FL campioni confrontati con CLL e MCL. Inoltre, una progressiva diffusione di metilazione &egrave; stata rilevata dalla periferia verso il centro della selezione isole CpG in tutte le e FL campioni. Il sequenziamento di studio anche permesso l&#39;analisi simultanea di dati genetici ed epigenetici e ha rivelato un&#39;associazione tra un polimorfismo a singolo nucleotide e la metilazione presente nel promotore LRP1B. Questa nuova generazione di sequenziamento methylome fornir&agrave; digitali profili di aberrante metilazione del DNA per tumori umani individuali e offre un metodo affidabile per l&#39;epigenetica classificazione dei sottotipi di tumore.

Analisi di sequenziamento del bisolfuro studio di schemi di metilazione del DNA in pi&ugrave; promotori del gene mediante sequenziamento 454.

Hemos desarrollado un nuevo enfoque para la realizaci&oacute;n de an&aacute;lisis de secuencia de muestreo, multig&eacute;nica, ultraprofunda bisulfito de patrones de metilaci&oacute;n de ADN en muestras cl&iacute;nicas. Un m&eacute;todo de secuenciaci&oacute;n por s&iacute;ntesis masivamente paralelo (454 secuenciaci&oacute;n) sol&iacute;a directamente la secuencia &gt; 100 productos PCR de bisulfito en una sola secuencia correr sin subclonaje. Demostramos la utilidad, la robustez y la superioridad de este enfoque mediante el an&aacute;lisis de metilaci&oacute;n en 25 relacionado con el gen CpG regiones ricas de &gt; 40 casos de c&eacute;lulas primarias, incluyendo linfocitos de sangre perif&eacute;rica normal, leucemia linfobl&aacute;stica aguda (ALL), leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica (CLL), linfoma folicular (FL) y linfoma de c&eacute;lulas de la capa (MCL). Se gener&oacute; un total de 294.631 secuencias con un promedio de leer la longitud de 131 bp. En promedio, &gt; 1.600 secuencias individuales fueron generadas para cada amplicones PCR m&aacute;s all&aacute; de los pocos clones (&lt; 20) t&iacute;picamente analizados por la secuencia de bisulfito tradicional. An&aacute;lisis exhaustivo de los patrones de metilaci&oacute;n CpG en un solo nivel de la mol&eacute;cula del ADN utilizando algoritmos de clustering revelaron patrones de metilaci&oacute;n diferencial entre enfermedades. Se detect&oacute; un aumento significativo en la metilaci&oacute;n en todos y muestras de FL compararon con CLL y MCL. Adem&aacute;s, una progresiva difusi&oacute;n de metilaci&oacute;n se detect&oacute; desde la periferia hacia el centro de selecci&oacute;n islas CpG en todo y muestras de FL. La secuenciaci&oacute;n ultraprofunda tambi&eacute;n permite el an&aacute;lisis simult&aacute;neo de datos gen&eacute;ticos y epigen&eacute;ticos y revel&oacute; una asociaci&oacute;n entre un polimorfismo de nucle&oacute;tido simple y la metilaci&oacute;n presente en el promotor de la LRP1B. Esta nueva generaci&oacute;n de la secuencia metiloma proporcionar&aacute; digitales perfiles de metilaci&oacute;n del ADN aberrante para c&aacute;nceres humanos individuales y ofrece un m&eacute;todo robusto para la clasificaci&oacute;n epigen&eacute;tico de subtipos de tumor.

An&aacute;lisis de la secuencia de bisulfito ultraprofunda de patrones de metilaci&oacute;n de ADN en promotores de genes m&uacute;ltiples ordenando 454.

High-throughput microarray technologies were used to study DNA methylation accompanied by transcriptional changes in follicular lymphoma (FL). Using Methylated CpG Island Amplification with Microarrays to study CpG Island DNA methylation in FL, we discovered widespread hypermethylation of homeobox genes and previously identified targets of polycomb repressive complex 2 (PRC2) in cell lines and primary tumors, but not in benign follicular hyperplasia (BFH). DNA methylation for HOXA11, HOXD10, HOXB7, HOXC12, PAX6, LHX9, SFMBT2, EN2, and PAX7 was independently validated in the RL cell line and HOXA11, HOXD10, PAX6, and EN2 in primary tumors. Combined Bisulfite Restriction Analysis (COBRA) also established DNA methylation for the previously identified PRC2 targets DCC, DES, GAD2, AQP5, GPR61, GRIA4, GJD2, and AMPH in FL but not in BFH. Gene expression analyses revealed 411 genes that were hypermethylated and transcriptionally repressed in RL, 74% of which were reactivated by the demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine (5-azaD) plus or minus the histone deacetylase inhibitor trichostatin A (TSA). Forty genes were also downregulated in primary FL. Our results suggest that extensive hypermethylation in promoters of polycomb target genes is a characteristic of FL and that loss of expression of certain SUZ12 target genes could be functionally relevant for lymphomagenesis.

DNA hypermethylation accompanied by transcriptional repression in follicular lymphoma.

Haut d&eacute;bit microarray technologies ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;es pour &eacute;tudier la m&eacute;thylation de l&#39;ADN accompagn&eacute;e de changements transcriptional dans le lymphome folliculaire (FL). En utilisant m&eacute;thyl&eacute;s CpG &icirc;le Amplification avec les puces &agrave; ADN pour &eacute;tudier la m&eacute;thylation de l&#39;ADN de l&#39;&icirc;le de CpG en FL, on d&eacute;couvert g&eacute;n&eacute;ralis&eacute;e hyperm&eacute;thylation de g&egrave;nes &agrave; hom&eacute;obo&icirc;te et pr&eacute;c&eacute;demment identifi&eacute; des cibles de polycomb 2 complexe r&eacute;pressif (PRC2) dans les lign&eacute;es cellulaires et les tumeurs primaires, mais pas dans l&#39;hyperplasie folliculaire (BFH). M&eacute;thylation de l&#39;ADN pour HOXA11, HOXD10, HOXB7, HOXC12, PAX6, LHX9, SFMBT2, EN2 et PAX7 a &eacute;t&eacute; valid&eacute;e dans la lign&eacute;e de cellules RL et HOXA11, HOXD10, PAX6 et EN2 dans les tumeurs primaires. Analyse combin&eacute;e de Restriction Bisulfite (COBRA) &eacute;tablis &eacute;galement m&eacute;thylation de l&#39;ADN pour les cibles pr&eacute;c&eacute;demment identifi&eacute;s de PRC2 DCC, DES, GAD2, AQP5, GPR61, GRIA4, GJD2 et AMPH &agrave; FL, mais en BFH. Analyses d&#39;expression g&eacute;nique a r&eacute;v&eacute;l&eacute; 411 g&egrave;nes qui ont &eacute;t&eacute; fait et transcriptionnellement r&eacute;prim&eacute;e en RL, dont 74 % ont &eacute;t&eacute; r&eacute;activ&eacute;es par le demethylating agent 5-aza-2&#39;-d&eacute;soxycytidine (5-azaD) plus ou moins l&#39;histone d&eacute;sac&eacute;tylase inhibiteur trichostatine A (TSA). Quarante g&egrave;nes sont &eacute;galement r&eacute;prim&eacute;s dans le primaire en Floride. Nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que vaste hyperm&eacute;thylation de promoteurs de g&egrave;nes cibles polycomb est une caract&eacute;ristique des FL et que la perte d&#39;expression de certains g&egrave;nes de cible de SUZ12 pourrait &ecirc;tre fonctionnellement pertinente pour lymphomagen&egrave;se.

ADN hyperm&eacute;thylation accompagn&eacute;e de r&eacute;pression transcriptionnelle dans le lymphome folliculaire.

Tecnologie high-throughput microarray sono stati utilizzati per studiare la metilazione del DNA, accompagnata da mutamenti transcriptional nel linfoma follicolare (FL). Usando metilato CpG Island amplificazione con Microarrays per studiare la metilazione del DNA di isola CpG in FL, abbiamo scoperto diffusa ipermetilazione dei geni homeobox e precedentemente identificato obiettivi di polycomb repressive complex 2 (PRC2) in linee cellulari e tumori primari, ma non in iperplasia follicolare (BFH). La metilazione del DNA per HOXA11, HOXD10, HOXB7, HOXC12, PAX6, LHX9, SFMBT2, EN2 e PAX7 &egrave; stata convalidata in modo indipendente nella linea cellulare RL e HOXA11, HOXD10, PAX6 ed EN2 nei tumori primari. Analisi di restrizione combinato bisolfito (COBRA) ha anche stabilito la metilazione del DNA per le destinazioni PRC2 precedentemente identificate DCC, DES, GAD2, AQP5, GPR61, GRIA4, GJD2 e AMPH in FL ma non in BFH. Analisi di espressione genica ha rivelato 411 geni che sono stati hypermethylated e transcriptionally repressa in RL, 74% dei quali sono stati riattivati dalla demethylating agente 5-aza-2&#39;-deoxycytidine (5-azaD) pi&ugrave; o meno l&#39;istone deacetylase dell&#39;inibitore trichostatin A (TSA). Quaranta geni erano anche downregolata in FL primario. I nostri risultati suggeriscono che ricco hypermethylation nei promotori dei geni bersaglio polycomb &egrave; una caratteristica di FL e che la perdita di espressione di determinati geni bersaglio SUZ12 potrebbe essere funzionalmente rilevante per lymphomagenesis.

Ipermetilazione del DNA accompagnato da transcriptional repressione nel linfoma follicolare.

Tecnolog&iacute;as microarrays de alto rendimiento fueron utilizados para estudiar la metilaci&oacute;n del ADN acompa&ntilde;ada de cambios transcripcionales en el linfoma folicular (FL). Con amplificaci&oacute;n de Isla CpG metilado Microarrays para estudiar la metilaci&oacute;n del ADN de Isla CpG en FL, hemos descubierto generalizada hipermetilaci&oacute;n de los genes homeobox y previamente identificado objetivos de polycomb represivo complejo 2 (PRC2) en l&iacute;neas celulares y tumores primarios, pero no en hiperplasia folicular benigna (BFH). Metilaci&oacute;n del ADN para HOXA11, HOXD10, HOXB7, HOXC12, PAX6, LHX9, SFMBT2, EN2 y PAX7 fue validada independientemente en la l&iacute;nea celular RL y HOXA11, HOXD10, PAX6 y EN2 en tumores primarios. An&aacute;lisis de restricci&oacute;n de bisulfito combinado (COBRA) tambi&eacute;n estableci&oacute; la metilaci&oacute;n del ADN para los objetivos previamente identificados de PRC2 DCC, DES, GAD2, AQP5, GPR61, GRIA4, GJD2 y AMPH en FL pero no en BFH. An&aacute;lisis de expresi&oacute;n g&eacute;nica revelaron 411 genes que fueron hipermetilados y transcripcionalmente reprimida en RL, 74% de los cuales se reactivaron por los desmetilantes agente 5-aza-2&#39;-desoxicitidina (5-azaD) m&aacute;s o menos la tricostatina de inhibidor de la histona deacetilasa A (TSA). Cuarenta genes tambi&eacute;n fueron reguladas en primaria FL. Nuestros resultados sugieren que amplia hipermetilaci&oacute;n en promotores de genes diana de polycomb es una caracter&iacute;stica de la Florida y que la p&eacute;rdida de expresi&oacute;n de ciertos genes diana de SUZ12 podr&iacute;a ser funcionalmente relevante para lymphomagenesis.

Hipermetilaci&oacute;n del ADN acompa&ntilde;ado por represi&oacute;n transcripcional en el linfoma folicular.

This study is a comparative epigenetic evaluation of the methylation status of the DLC1 tumor suppressor gene in naturally-occurring canine lymphoma. Canine non-Hodgkin's lymphoma (NHL) has been proposed to be a relevant preclinical model that occurs spontaneously and may share causative factors with human NHL due to a shared home environment. The canine DLC1 mRNA sequence was derived from normal tissue. Using lymphoid samples from 21 dogs with NHL and 7 normal dogs, the methylation status of the promoter CpG island of the gene was defined for each sample using combined bisulfite restriction analysis (COBRA), methylation-specific PCR (MSP), and bisulfite sequencing methods. Relative gene expression was determined using real-time PCR.

Hypermethylation of the DLC1 CpG island does not alter gene expression in canine lymphoma.

Cette &eacute;tude est une &eacute;valuation comparative &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique de l&#39;&eacute;tat de m&eacute;thylation de la g&egrave;ne suppresseur de tumeur DLC1 naturelle des lymphomes canins. Canine lymphome non hodgkinien-(LNH) a &eacute;t&eacute; propos&eacute; pour &ecirc;tre un mod&egrave;le pr&eacute;clinique pertinent qui se produit spontan&eacute;ment et peut partager les facteurs causatifs avec NHL humaine due &agrave; un environnement partag&eacute;. La s&eacute;quence d&#39;ARNm DLC1 canine a &eacute;t&eacute; d&eacute;riv&eacute;e de tissus normaux. &Agrave; l&#39;aide d&#39;&eacute;chantillons lympho&iuml;des de 21 chiens avec NHL et 7 chiens normaux, l&#39;&eacute;tat de m&eacute;thylation de l&#39;&icirc;le de CpG du promoteur du g&egrave;ne a &eacute;t&eacute; d&eacute;fini pour chaque &eacute;chantillon &agrave; l&#39;aide des combin&eacute;s analyse de restriction de bisulfite (COBRA), m&eacute;thylation-sp&eacute;cifique PCR (MSP) et les m&eacute;thodes de s&eacute;quen&ccedil;age de bisulfite. L&#39;expression des g&egrave;nes relative a &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute;e &agrave; l&#39;aide de la PCR en temps r&eacute;el.

Hyperm&eacute;thylation de l&#39;&icirc;le de CpG DLC1 n&#39;alt&egrave;re pas l&#39;expression des g&egrave;nes des lymphomes canins.

Questo studio &egrave; una valutazione comparativa epigenetica dello stato di metilazione del gene soppressore tumorale DLC1 nel linfoma canino che si verificano naturalmente. Canino linfoma non Hodgkin-(NHL) &egrave; stato proposto di essere un modello preclinico rilevante che si verifica spontaneamente e pu&ograve; condividere fattori causali con NHL umana a causa di un ambiente domestico comune. La sequenza di mRNA DLC1 canino &egrave; stata derivata dal tessuto normale. Utilizzando campioni linfoidi da 21 cani con NHL e 7 cani normali, lo stato di metilazione dell&#39;isola CpG promotore del gene &egrave; stato definito per ciascun campione utilizzando combinati analisi di restrizione del bisolfuro (COBRA), PCR metilazione-specifico (MSP) e metodi di sequenziamento di bisolfito. Espressione genica relativa &egrave; stata determinata mediante PCR in tempo reale.

Hypermethylation dell&#39;isola CpG DLC1 non altera l&#39;espressione genica nel linfoma canino.

Este estudio es una evaluaci&oacute;n comparativa de la epigen&eacute;tica del estatus de metilaci&oacute;n del gen supresor DLC1 tumor en linfoma canino natural. Linfoma no Hodgkin canina (NHL) ha comenzado a ser un modelo precl&iacute;nico relevante que ocurre espont&aacute;neamente y puede compartir factores causales con NHL humana debido a un ambiente compartido. La secuencia de ARNm de DLC1 canina se deriva de tejido normal. Usando muestras linfoides de 21 perros con 7 perros normales y de la NHL, el estatus de metilaci&oacute;n de la isla de CpG del promotor del gen se defini&oacute; para cada muestra usando an&aacute;lisis de restricci&oacute;n de Bisulfito (COBRA), metilaci&oacute;n espec&iacute;fica PCR (MSP) y m&eacute;todos de secuenciaci&oacute;n de bisulfito combinados. Expresi&oacute;n g&eacute;nica relativa se determin&oacute; mediante PCR en tiempo real.

Hipermetilaci&oacute;n de la isla CpG DLC1 no altera la expresi&oacute;n g&eacute;nica en linfoma canino.

A novel, easy to perform PCR-based method employing specific DNA methylation biomarkers to detect B-cell neoplasms in a variety of B-cell lines and B lymphoblastic leukemia (B-ALL) patient specimens has been developed. This method detects as few as 5 B-ALL cells, or 1 B-ALL cell in 1,000,000 normal background blood cells using a single marker, DLC-1 gene CpG island (CGI) methylation. By adding two additional markers PCDHGA12 and RPIB9, over 80% of B-ALL cases were detected in patients' bone marrow and/or peripheral blood specimens. We have traced clinical B-ALL cases up to 10 years retrospectively and the DLC-1 methylation is correlated with patient clinical status. Thus, this epigenetic-based molecular method demonstrates its potential use in the diagnosis of B-cell neoplasia, in addition to traditional approach such as clinical features, morphology, immunophenotype, and genetic analysis.

Molecular detection of B-cell neoplasms by specific DNA methylation biomarkers.

Un roman, facile &agrave; ex&eacute;cuter la m&eacute;thode bas&eacute;e sur la PCR utilisant des biomarqueurs de m&eacute;thylation de l&#39;ADN sp&eacute;cifiques pour d&eacute;tecter des tumeurs de cellules B dans une vari&eacute;t&eacute; de lign&eacute;es de cellules B et les &eacute;chantillons de patient B leuc&eacute;mie lymphoblastique (B-ALL) a &eacute;t&eacute; mis au point. Cette m&eacute;thode d&eacute;tecte aussi peu que 5 cellules de B-ALL, ou 1 B-tous les cellulaires dans les 1 000 000 globules de fond normale &agrave; l&#39;aide d&#39;un seul marqueur, la m&eacute;thylation de DLC-1 g&egrave;ne CpG &icirc;le (CGI). En ajoutant deux autres marqueurs PCDHGA12 et RPIB9, plus de 80 % des cas de B-ALL ont &eacute;t&eacute; d&eacute;tect&eacute;s dans la moelle osseuse et/ou des &eacute;chantillons de sang p&eacute;riph&eacute;rique des patients. Nous avons retrac&eacute; cliniques B-toutes les affaires vers le haut &agrave; 10 ans a posteriori et la m&eacute;thylation de DLC-1 est en corr&eacute;lation avec l&#39;&eacute;tat clinique du patient. Ainsi, cette m&eacute;thode mol&eacute;culaire &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique d&eacute;montre son potentiel d&#39;utilisation dans le diagnostic de n&eacute;oplasie de B-cellule, en plus de l&#39;approche traditionnelle tels que les caract&eacute;ristiques cliniques, la morphologie, lymphoblastiques et analyse g&eacute;n&eacute;tique.

D&eacute;tection mol&eacute;culaire de tumeurs de cellules B par biomarqueurs de m&eacute;thylation de l&#39;ADN sp&eacute;cifiques.

Un romanzo, facile da eseguire basati sulla PCR metodo impiegando specifici biomarcatori di metilazione del DNA per rilevare tumori delle cellule di B in una variet&agrave; di linee di cellule B e campioni di pazienti di leucemia linfoblastica (B-ALL) B &egrave; stato sviluppato. Questo metodo rileva come pochi come 5 cellule di B-tutto, o -1 B-tutte le celle in 1.000.000 le cellule del sangue normale sfondo utilizzando un singolo marcatore, metilazione di DLC-1 gene CpG island (CGI). Con l&#39;aggiunta di due ulteriori marcatori PCDHGA12 e RPIB9, oltre l&#39;80% dei casi di B-tutti sono stati rilevati nel midollo osseo dei pazienti e/o campioni di sangue periferico. Noi abbiamo tracciato casi clinici B-tutti fino a 10 anni a posteriori e la metilazione DLC-1 &egrave; correlata con lo stato clinico paziente. Cos&igrave;, questo metodo molecolare basata su epigenetica dimostra suo potenziale utilizzo nella diagnosi delle neoplasie delle cellule B, oltre al tradizionale approccio quali caratteristiche cliniche, morfologia, immunofenotipo e analisi genetiche.

Rilevazione molecolare di neoplasie B-cellula di specifici biomarker di metilazione del DNA.

Una novela, f&aacute;cil de realizar m&eacute;todo basado en la PCR empleando biomarcadores de metilaci&oacute;n de ADN espec&iacute;ficos para detectar Neoplasias de c&eacute;lulas B en una variedad de l&iacute;neas de c&eacute;lulas B y muestras de pacientes de leucemia linfobl&aacute;stica (B-ALL) de B se ha desarrollado. Este m&eacute;todo detecta tan s&oacute;lo 5 c&eacute;lulas B-ALL o 1 B-todo celular en 1.000.000 gl&oacute;bulos de fondo normal usando un &uacute;nico marcador, metilaci&oacute;n del DLC-1 gen CpG isla (CGI). Mediante la adici&oacute;n de dos marcadores adicionales PCDHGA12 y RPIB9, m&aacute;s 80% de los casos todas fueron detectado en la m&eacute;dula &oacute;sea y/o muestras de sangre perif&eacute;rica de pacientes. Nos hemos trazado los casos cl&iacute;nicos-todas hasta a 10 a&ntilde;os retrospectivo y la metilaci&oacute;n de DLC-1 se correlaciona con el estado cl&iacute;nico del paciente. As&iacute;, este m&eacute;todo molecular basadas en epigen&eacute;tica demuestra su potencial uso en el diagn&oacute;stico de neoplasia de c&eacute;lulas B, adem&aacute;s de un enfoque tradicional como las caracter&iacute;sticas cl&iacute;nicas, morfolog&iacute;a, immunophenotype y an&aacute;lisis gen&eacute;tico.

Detecci&oacute;n molecular de las neoplasias de c&eacute;lulas B por biomarcadores de metilaci&oacute;n de ADN espec&iacute;ficos.

Certain WNT and WNT network target genes are expressed at higher or lower levels in chronic lymphocytic leukemia compared with normal B-cells. This includes upregulation of nuclear complex genes, as well as genes for cytoplasmic proteins and WNT ligands and their cognate receptors. In addition, epigenetic silencing of several negative regulators of the WNT pathway have been identified. The balance between epigenetic downregulation of negative effector genes and increased expression of positive effector genes demonstrate that the epigenetic downregulation of WNT antagonists is one mechanism, perhaps the main mechanism, that is permissive to active WNT signaling in chronic lymphocytic leukemia. Moreover, constitutive activation of the WNT network and target genes is likely to impact on additional interacting signaling pathways. Based on published studies, we propose a model of WNT signaling that involves mainly permissive expression, and sometimes overexpression, of positive effectors and downregulation of negative regulators in the network. In this model, DNA methylation, histone modifications and altered expression of microRNA molecules interact to allow continuous WNT signaling.

Epigenetic regulation of WNT signaling in chronic lymphocytic leukemia.

Certains WNT et WNT r&eacute;seau cible g&egrave;nes sont expriment au plus haut ou abaisser des niveaux dans la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique par rapport aux lymphocytes B normaux. Cela inclut la stimulation de l&#39;expression des g&egrave;nes complexes nucl&eacute;aires, mais aussi des g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines cytoplasmiques et des ligands WNT et leurs r&eacute;cepteurs apparent&eacute;s. En outre, le silen&ccedil;age &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique de plusieurs r&eacute;gulateurs n&eacute;gatifs de la signalisation Wnt ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s. L&#39;&eacute;quilibre entre la r&eacute;gulation &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique des g&egrave;nes effecteurs n&eacute;gatifs et augmentation de l&#39;expression des g&egrave;nes effecteurs positifs d&eacute;montrent que l&#39;&eacute;pig&eacute;n&eacute;tique downregulation d&#39;antagonistes WNT est un m&eacute;canisme, peut-&ecirc;tre le principal m&eacute;canisme, qui est permissif &agrave; l&#39;actif de signalisation WNT dans la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique. En outre, activation constitutive des g&egrave;nes WNT r&eacute;seau et cible est susceptible d&#39;avoir une incidence sur les autres voies de signalisation qui interagissent. Bas&eacute; sur des &eacute;tudes publi&eacute;es, nous proposons un mod&egrave;le de WNT signaling qui implique principalement expression permissive et parfois la surexpression, des effecteurs positifs et diminution de l&#39;expression des r&eacute;gulateurs n&eacute;gatifs dans le r&eacute;seau. Dans ce mod&egrave;le, la m&eacute;thylation de l&#39;ADN, des modifications d&#39;histone et expression alt&eacute;r&eacute;e de micro-ARN mol&eacute;cules interagissent pour permettre la signalisation WNT continue.

R&eacute;gulation &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique de la signalisation WNT dans la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique.

Certe WNT WNT rete bersaglio geni sono espressi al superiore o abbassare i livelli nella leucemia linfocitica cronica rispetto ai normali cellule B. Questo include la sovraregolazione di geni nucleari complessi, come pure i geni per le proteine citoplasmatiche e ligandi WNT e loro recettori affine. Inoltre, mettendo a tacere epigenetico di diversi regolatori negativi del pathway WNT sono state identificate. L&#39;equilibrio tra epigenetiche downregulation dei geni effettori negativi e aumentata espressione dei geni effettori positivi dimostrano che la downregulation epigenetiche di antagonisti WNT &egrave; un meccanismo, forse il principale meccanismo, che &egrave; permissivo per segnalazione WNT attivo nella leucemia linfocitica cronica. &Egrave; inoltre probabile che l&#39;impatto su ulteriori percorsi interagenti segnalazione attivazione costitutiva dei geni WNT rete e destinazione. Basato su studi pubblicati, proponiamo un modello di WNT segnalazione che coinvolge principalmente espressione permissiva e talvolta sovraespressione di effettori positivi e downregulation dei regolatori negativi in rete. In questo modello, la metilazione del DNA, le modifiche dell&#39;istone e alterata espressione delle molecole di microRNA interagiscono per consentire la segnalazione WNT continuo.

Regolazione epigenetica di segnalazione WNT nella leucemia linfocitica cronica.

Ciertos WNT y WNT red objetivo genes se expresan en el m&aacute;s alto o bajar los niveles en la leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica en comparaci&oacute;n con c&eacute;lulas B normales. Esto incluye la regulaci&oacute;n al alza de genes complejos nucleares, as&iacute; como de genes de prote&iacute;nas citoplasm&aacute;ticas y ligandos WNT y sus receptores cognados. Adem&aacute;s, han identificado silenciamiento epigen&eacute;tico de varios reguladores negativos de la v&iacute;a de WNT. El equilibrio entre downregulation epigen&eacute;tico de genes de efectos negativos y aumento de la expresi&oacute;n de genes efectores positivos demuestran que la epigen&eacute;tica downregulation de antagonistas WNT es un mecanismo, tal vez el principal mecanismo, que es permisivo para se&ntilde;alizaci&oacute;n de WNT activo en la leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica. Adem&aacute;s, la activaci&oacute;n constitutiva de los genes de la red y el destino WNT es probable que incidir sobre las v&iacute;as de se&ntilde;alizaci&oacute;n interacci&oacute;n adicionales. Basado en estudios publicados, se propone un modelo de WNT signaling que involucra principalmente expresi&oacute;n permisiva y a veces sobreexpresi&oacute;n de efectores positivos y regulaci&oacute;n a la baja de los reguladores negativos en la red. En este modelo, la metilaci&oacute;n del ADN, modificaciones de las histonas y expresi&oacute;n alterada de mol&eacute;culas de microARN interactuan para permitir el continuo de la se&ntilde;alizaci&oacute;n de WNT.

Regulaci&oacute;n epigen&eacute;tica de la se&ntilde;alizaci&oacute;n de WNT en la leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica.

B-leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique (LLC) est une tumeur maligne h&eacute;t&eacute;rog&egrave;ne sur le plan clinique allant d&#39;indolent &agrave; rapidement progressive. CLL, comme d&#39;autres cancers, peut &ecirc;tre affect&eacute; par les modifications &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques.

Analyse &agrave; grande &eacute;chelle de m&eacute;thylation de l&#39;ADN dans la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique.

Leucemia linfocitica cronica delle cellule B (CLL) &egrave; un tumore maligno eterogeneo che clinicamente varia da indolente a rapidamente progressiva. CLL, come altri tumori, pu&ograve; essere influenzata da alterazioni epigenetiche.

Analisi su larga scala di metilazione del DNA nella leucemia linfocitica cronica.

Leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica (LLC) de c&eacute;lulas B es una malignidad heterog&eacute;nea que cl&iacute;nicamente oscila entre indolente y r&aacute;pidamente progresiva. CLL, como otros tipos de c&aacute;ncer, puede verse afectado por las alteraciones epigen&eacute;ticas.

An&aacute;lisis a gran escala de la metilaci&oacute;n del ADN en la leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica.

B-cell chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a heterogeneous malignancy that clinically ranges from indolent to rapidly progressive. CLL, like other cancers, can be affected by epigenetic alterations.

Large-scale analysis of DNA methylation in chronic lymphocytic leukemia.

Linfoma folicular (FL) es una forma de linfoma no Hodgkin (NHL) que surge del centro germinal de c&eacute;lulas B (GC). A pesar de los significativos avances en inmunoterapia, FL es todav&iacute;a no curable. M&aacute;s all&aacute; de perfilamiento transcripcional y conjuntos de datos de gen&oacute;mica, actualmente no hay escala epigenoma dataset o enfoque de Biolog&iacute;a integrativa que puede modelar adecuadamente esta enfermedad y por lo tanto, identificar nuevos mecanismos y objetivos para la exitosa prevenci&oacute;n y tratamiento de FL.

Mapas de metilaci&oacute;n del ADN del genoma en c&eacute;lulas de linfoma folicular determinadas por la secuencia de bisulfito de metilaci&oacute;n-enriquecido.

&#x6EE4;&#x6CE1;&#x6027;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x7624; (FL) &#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x5F62;&#x5F0F;&#x7684;&#x975E;&#x970D;&#x5947;&#x91D1;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x7624; (NHL) &#x6240;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x751F;&#x53D1;&#x4E2D;&#x5FC3; (GC) B &#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x514D;&#x75AB;&#x6CBB;&#x7597;&#x4E2D;&#x7684;&#x91CD;&#x5927;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6CBB;&#x6108; FL&#x3002;&#x8D85;&#x8D8A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#xFF0C;&#x76EE;&#x524D;&#x6CA1;&#x6709;&#x4EFB;&#x4F55;&#x8868;&#x89C2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x6216;&#x7EFC;&#x5408;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5145;&#x5206;&#x6A21;&#x578B;&#x8FD9;&#x4E00;&#x75BE;&#x75C5;&#x5E76;&#x56E0;&#x6B64;&#x786E;&#x5B9A;&#x65B0;&#x578B;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x9999;&#x7CBE;&#x7684;&#x6210;&#x529F;&#x9884;&#x9632;&#x548C;&#x6CBB;&#x7597;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;

&#x6EE4;&#x6CE1;&#x6027;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x7624;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7531;&#x5BCC;&#x7532;&#x57FA;&#x4E9A;&#x786B;&#x9178;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5730;&#x56FE;&#x3002;

Follicular lymphoma (FL) is a form of non-Hodgkin's lymphoma (NHL) that arises from germinal center (GC) B-cells. Despite the significant advances in immunotherapy, FL is still not curable. Beyond transcriptional profiling and genomics datasets, there currently is no epigenome-scale dataset or integrative biology approach that can adequately model this disease and therefore identify novel mechanisms and targets for successful prevention and treatment of FL.

Genome-wide DNA methylation maps in follicular lymphoma cells determined by methylation-enriched bisulfite sequencing.

Lymphome folliculaire (FL) est une forme de lymphome non-hodgkinien (LNH) qui r&eacute;sulte du centre germinatif (GC) B-cellules. Malgr&eacute; les avanc&eacute;es significatives dans l&#39;immunoth&eacute;rapie, FL n&#39;est encore pas gu&eacute;rissable. Au-del&agrave; de profilage transcriptionnel et ensembles de donn&eacute;es de g&eacute;nomique, il n&#39;existe actuellement aucune &eacute;chelle &eacute;pig&eacute;nome dataset ou approche de la biologie int&eacute;grative qui peut mod&eacute;liser ad&eacute;quatement cette maladie et par cons&eacute;quent identifier de nouveaux m&eacute;canismes et cibles pour la pr&eacute;vention et le traitement des FL.

M&eacute;thylation de l&#39;ADN du g&eacute;nome-large des cartes dans les cellules de lymphome folliculaire d&eacute;termin&eacute;s par s&eacute;quen&ccedil;age de m&eacute;thylation enrichi de bisulfite.

Follikul&auml;res Lymphom (FL) ist eine Form des non-Hodgkin Lymphoms (NHL), die vom germinal Center (GC) B-Zellen entsteht. Trotz der erheblichen Fortschritte in der Immuntherapie ist FL noch nicht heilbar. Dar&uuml;ber hinaus transkriptionelle Profilerstellung und Genomik Datasets ist zur Zeit keine Epigenome operierenden Dataset oder integrative Biologie-Ansatz, kann diese Krankheit ad&auml;quat zu modellieren und daher identifizieren neuartiger Mechanismen und Ziele f&uuml;r erfolgreiche Pr&auml;vention und Behandlung von FL.

DNA-Methylierung genomweiten ordnet in follikul&auml;rem Lymphom-Zellen, die durch Methylierung angereicherten Bisulfit-Sequenzierung bestimmt.

Linfoma follicolare (FL) &egrave; una forma di linfoma non-Hodgkin (NHL) che nasce dal centro germinale (GC) B-cellule. Nonostante i progressi significativi nella immunoterapia, FL &egrave; ancora non curabile. Di l&agrave; di genomica DataSet e profilatura trascrizionale, attualmente non c&#39;&egrave; scala Epigenoma dataset o approccio di biologia integrativa che pu&ograve; modellare adeguatamente questa malattia e quindi identificare nuovi meccanismi e bersagli per successo prevenzione e trattamento di FL.

Genome-wide mappe di metilazione del DNA in cellule di linfoma follicolare determinate dal sequenziamento del bisolfuro arricchita di metilazione.

&#x6FFE;&#x80DE;&#x6027;&#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x816B; &#xFF08;&#x30D5;&#x30ED;&#x30EA;&#x30C0;&#x5DDE;&#xFF09; &#x304B;&#x3089;&#x80DA;&#x4E2D;&#x5FC3; B &#x7D30;&#x80DE; (GC) &#x304C;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x975E;&#x30DB;&#x30B8;&#x30AD;&#x30F3; &#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x816B; (NHL) &#x306E;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x514D;&#x75AB;&#x7642;&#x6CD5;&#x306E;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x9032;&#x6B69;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30EA;&#x30C0;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x786C;&#x5316;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x306A;&#x3044;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x898F;&#x6A21;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x75C5;&#x6C17;&#x3092;&#x9069;&#x5207;&#x306B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x5316;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3068;&#x30D5;&#x30ED;&#x30EA;&#x30C0;&#x5DDE;&#x306E;&#x6210;&#x529F;&#x306E;&#x4E88;&#x9632;&#x3068;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x7D71;&#x5408;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;

&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x914D;&#x5217;&#x3059;&#x308B;&#x91CD;&#x4E9C;&#x786B;&#x9178;&#x5869;&#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x6FFE;&#x80DE;&#x6027;&#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x816B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Follicular &#xB9BC;&#xD504; &#xC885; (&#xD50C;&#xB85C;&#xB9AC;&#xB2E4;) &#xBE44;-Hodgkin&#xC758; &#xB9BC;&#xD504; (NHL)&#xB294; B &#xC138;&#xD3EC; (GC) &#xBCF8; &#xC6D0; &#xC13C;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xD615;&#xD0DC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Immunotherapy &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBC1C;&#xC804;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xD50C;&#xB85C;&#xB9AC;&#xB2E4;&#xB294; &#xC544;&#xC9C1;&#xB3C4; &#xCE58;&#xB8CC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. Transcriptional &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xB118;&#xC5B4; &#xD604;&#xC7AC;&#xB294; epigenome &#xADDC;&#xBAA8; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB610;&#xB294;&#xC774; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xC801;&#xC808; &#xD558; &#xAC8C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC18C;&#xC124; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xBC0F; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC778; &#xC608;&#xBC29; &#xBC0F; &#xCE35;&#xC758; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD1B5;&#xD569; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xC811;&#xADFC;

&#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xB18D;&#xCD95; &#xD669;&#xC0B0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; follicular &#xB9BC;&#xD504; &#xC885; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC9C0;&#xB3C4;.

&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x5728; CD19 (+) B &#x7EC6;&#x80DE;&#x6162;&#x6027;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x7EC6;&#x80DE;&#x767D;&#x8840;&#x75C5; &#xFF08;&#x642D;&#x5EFA;&#xFF09; &#x75C5;&#x4EBA;&#x548C;&#x6B63;&#x5E38;&#x63A7;&#x5236;&#x6837;&#x54C1;&#x4F7F;&#x7528;&#x4ECE;&#x51CF;&#x5C11;&#x4EE3;&#x8868;&#x6027;&#x4E9A;&#x786B;&#x9178;&#x6D4B;&#x5E8F; (RRBS)&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684; 1.8-2.3 &#x4E07; Cpg &#x642D;&#x5EFA;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x72B6;&#x6001; &#xFF1B;&#x7EA6;&#x6709; 45%&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B; Cpg &#x4F4D;&#x4E8E;&#x591A;&#x4E2A; 23,000 CpG &#x5C9B; (Cgi)&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x5168;&#x7403; CpG &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x662F;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x642D;&#x5EFA;&#x4E0E;&#x6B63;&#x5E38; B &#x7EC6;&#x80DE;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;1764&#x5E74;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x6B63;&#x5728;&#x4E2D;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E00;&#x4E2A;&#x642D;&#x5EFA;&#x6837;&#x672C;&#x4E0E;&#x6B63;&#x5E38; B &#x7EC6;&#x80DE;&#x6837;&#x672C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x3002;19%&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x4E2D;&#x6D89;&#x53CA;&#x3002;&#x5F02;&#x5E38;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x6240;&#x6709; HOX &#x57FA;&#x56E0;&#x7C07;&#x548C;&#x5927;&#x91CF;&#x7684; WNT &#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x901A;&#x8DEF;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x7532;&#x57FA;&#x642D;&#x5EFA;&#x5305;&#x62EC;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x3001; &#x7528;&#x53CA; 3&#39;-&#x5F02;&#x5E38;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F53;&#x5185;&#x66F4;&#x9891;&#x7E41;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;NFATc1 P2 &#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x548C;&#x7B2C;&#x4E00;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#xFF0C;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x662F; hypomethylated NFATc1 RNA &#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x5728;&#x642D;&#x5EFA;&#x6697;&#x793A;&#x4E00;&#x79CD;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x673A;&#x5236;&#x53C2;&#x4E0E;&#x642D;&#x5EFA;&#x7EC6;&#x80DE; NFAT &#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x6784;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E0A;&#x8C03;&#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5168;&#x9762;&#x7684; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x5C06;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x5BF9;&#x7EC6;&#x80DE;&#x529F;&#x80FD;&#x969C;&#x788D;&#x4E2D;&#x642D;&#x5EFA;&#x7684;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x8D21;&#x732E;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7406;&#x89E3;&#x3002;

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5C0F;&#x8BF4;&#x7684;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x6162;&#x6027;&#x6DCB;&#x5DF4;&#x7EC6;&#x80DE;&#x767D;&#x8840;&#x75C5;&#x3002;

We conducted a genome-wide DNA methylation analysis in CD19 (+) B-cells from chronic lymphocytic leukemia (CLL) patients and normal control samples using reduced representation bisulfite sequencing (RRBS). The methylation status of 1.8-2.3 million CpGs in the CLL genome was determined; about 45% of these CpGs were located in more than 23,000 CpG islands (CGIs). While global CpG methylation was similar between CLL and normal B-cells, 1764 gene promoters were identified as being differentially methylated in at least one CLL sample when compared with normal B-cell samples. Nineteen percent of the differentially methylated genes were involved in transcriptional regulation. Aberrant hypermethylation was found in all HOX gene clusters and a significant number of WNT signaling pathway genes. Hypomethylation occurred more frequently in the gene body including introns, exons, and 3'-UTRs in CLL. The NFATc1 P2 promoter and first intron was found to be hypomethylated and correlated with upregulation of both NFATc1 RNA and protein expression levels in CLL suggesting that an epigenetic mechanism is involved in the constitutive activation of NFAT activity in CLL cells. This comprehensive DNA methylation analysis will further our understanding of the epigenetic contribution to cellular dysfunction in CLL.

Genome-wide DNA methylation analysis reveals novel epigenetic changes in chronic lymphocytic leukemia.

Nous avons effectu&eacute; une analyse de m&eacute;thylation d&#39;ADN en CD19 G&eacute;nome-large (+) B-cellules de malades de la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique (LLC) et les &eacute;chantillons de contr&ocirc;le normal moyen r&eacute;duit le s&eacute;quen&ccedil;age de bisulfite de repr&eacute;sentation (Orr). L&#39;&eacute;tat de m&eacute;thylation des GPC 1.8-2,3 millions dans le g&eacute;nome CLL a &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute; ; environ 45 % de ces GPC se trouvaient dans plus de 23 000 &icirc;les de CpG (CGIs). Alors que la m&eacute;thylation de CpG globale &eacute;tait similaire entre CLL et lymphocytes B normaux, 1764 promoteurs de g&egrave;nes ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s comme &eacute;tant diff&eacute;rentiellement m&eacute;thyl&eacute; au moins un &eacute;chantillon CLL en comparaison avec des &eacute;chantillons de lymphocytes B normaux. Dix-neuf pour cent des g&egrave;nes diff&eacute;rentiellement m&eacute;thyl&eacute;s sont impliqu&eacute;s dans la r&eacute;gulation transcriptionnelle. Hyperm&eacute;thylation aberrante a &eacute;t&eacute; trouv&eacute;e dans tous les groupes de g&egrave;nes HOX et un nombre important de WNT g&egrave;nes de la voie de signalisation. L&#39;hypom&eacute;thylation se produite plus fr&eacute;quemment dans le corps de g&egrave;ne, y compris les introns et exons 3&#39;-UTR de CLL. Le promoteur NFATc1 P2 et premier intron a &eacute;t&eacute; jug&eacute;e hypom&eacute;thyl&eacute;s et en corr&eacute;lation avec l&#39;augmentation des niveaux d&#39;expression NFATc1 ARN et prot&eacute;ine en CLL sugg&eacute;rant qu&#39;un m&eacute;canisme &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique est impliqu&eacute; dans l&#39;activation constitutive de l&#39;activit&eacute; dans les cellules CLL NFAT. Cette analyse de m&eacute;thylation de l&#39;ADN complet favorisera notre compr&eacute;hension de la contribution &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique au dysfonctionnement cellulaire au CLL.

Analyse de m&eacute;thylation de l&#39;ADN Genome-wide r&eacute;v&egrave;le de nouveaux changements &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques dans la leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique.

Wir haben eine genomweiten-DNA-Methylierungs-Analyse in CD19 (+) B-Zellen von chronischer lymphatischer Leuk&auml;mie (CLL) Patienten und normalen Kontrollproben mit reduzierten Darstellung Bisulfit Sequenzierung (RRBS). Der Methylierung Status 1,8-2,3 Millionen Verbrauchsg&uuml;ter im CLL Genom ermittelt wurde; etwa 45 % aller diese Verbrauchsg&uuml;ter befanden sich mehr als 23.000 CpG-Inseln (CGIs). W&auml;hrend globale CpG Methylierung zwischen CLL und normaler B-Zellen &auml;hnlich war, wurden 1764-gen-Promotoren identifiziert, als wird in mindestens eine CLL-Probe im Vergleich zu normalen B-Zell-Proben differentiell methyliert. Neunzehn Prozent der differentiell methylierte Gene wurden transkriptionelle Regulation beteiligt. Aberrant Hypermethylierung fanden sich in alle HOX-Gen-Cluster und eine betr&auml;chtliche Anzahl von WNT Signalling Pathway Gene. Hypomethylierung ist im Gen K&ouml;rper einschlie&szlig;lich von Introns und Exons 3&#39;-UTRs in CLL h&auml;ufiger aufgetreten. Die NFATc1 P2 Projekttr&auml;ger und ersten Intron wurde festgestellt, dass Hypomethylated und korreliert mit Hochregulation NFATc1 RNA und Protein-Ausdruck-Levels in CLL darauf hindeutet, dass ein epigenetischer Mechanismus die konstitutive Aktivierung von NFAT-Aktivit&auml;t in CLL-Zellen beteiligt ist. Diese umfassende Analyse der DNA-Methylierung weiter unser Verst&auml;ndnis f&uuml;r die epigenetische Beitrag zur zellul&auml;ren Dysfunktion bei CLL.

Genomweiten Analyse der DNA-Methylierung zeigt neuartige epigenetische Ver&auml;nderungen in chronischer lymphatischer Leuk&auml;mie.

Abbiamo condotto un&#39;analisi di metilazione del DNA genome-wide in CD19 (+) B-cellule da pazienti di leucemia linfocitica cronica (CLL) e campioni di controllo normale utilizzo ridotto bisolfuro di rappresentazione (RRBS). &Egrave; stato determinato lo stato di metilazione di CPG 1,8-2,3 milioni nel genoma del CLL; circa il 45% di questi produttori erano situati in pi&ugrave; di 23.000 isole CpG (CGI). Mentre CpG metilazione globale era simile tra CLL e B-cellule normali, 1764 promotori gene sono stati identificati come essendo differenzialmente metilato in almeno un campione CLL quando confrontati con campioni di cellule B normali. Diciannove per cento dei geni differenzialmente metilati sono stati coinvolti nella regolazione trascrizionale. Ipermetilazione aberrante &egrave; stato trovato in tutti i HOX gene cluster e un numero significativo di WNT geni pathway di segnalazione. Ipometilazione si &egrave; verificato pi&ugrave; frequentemente nel corpo del gene compresi gli introni, esoni e 3&#39;-UTRs in CLL. NFATc1 P2 promotore e primo introne &egrave; stato trovato per essere hypomethylated e correlato con upregulation dei livelli di espressione sia NFATc1 RNA e proteine in CLL, suggerendo che un meccanismo epigenetico &egrave; coinvolto nell&#39;attivazione costitutiva dell&#39;attivit&agrave; NFAT in cellule di CLL. Questa analisi di metilazione del DNA completa ulteriormente la nostra comprensione del contributo epigenetico alla disfunzione cellulare in CLL.

Analisi di metilazione del DNA genome-wide rivelano i cambiamenti epigenetici romanzo nella leucemia linfocitica cronica.

CD19 &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x884C;&#x3044; (+) B &#x7D30;&#x80DE;&#x6162;&#x6027;&#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x6027;&#x767D;&#x8840;&#x75C5; (CLL) &#x60A3;&#x8005;&#x3068;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x901A;&#x5E38;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB; &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x6E1B;&#x5C11;&#x8868;&#x73FE;&#x306E;&#x91CD;&#x4E9C;&#x786B;&#x9178;&#x5869;&#x306E;&#x914D;&#x5217; (RRBS)&#x3002;CLL &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067; 1.8-230&#x4E07; Cpg &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x72B6;&#x614B;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; Cpg &#x306E;&#x7D04; 45 &#xFF05; &#x4EE5;&#x4E0A; 23,000 CpG &#x306E;&#x5CF6; &#xFF08;Cgi&#xFF09; &#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316; CpG &#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB; CLL &#x3068;&#x6B63;&#x5E38; B &#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x304C;&#x3001;1764&#x5E74;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x6B63;&#x5E38; B &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x5834;&#x5408;&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 1 &#x3064; CLL &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;19 &#xFF05; &#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x7570;&#x5E38;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E; HOX &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3068; wnt &#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4F4E;&#x3044;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3088;&#x308A;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3; &#x30FB; &#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x3001;3&#39;-&#x30EA;&#x30DC;&#x30BE;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E; CLL &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x672C;&#x4F53;&#x3067;&#x304C;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;NFATc1 P2 &#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3068;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x304C; hypomethylated &#x306B;&#x898B;&#x3064;&#x304B;&#x308A;&#x3001;CLL &#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x69CB;&#x304C; CLL NFAT &#x6D3B;&#x6027;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x69CB;&#x6210;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506; NFATc1 RNA &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x91CF;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A; DNA &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x5168; CLL &#x306E;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7406;&#x89E3;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x6162;&#x6027;&#x30EA;&#x30F3;&#x30D1;&#x6027;&#x767D;&#x8840;&#x75C5;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Cd19&#xC5D0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC2E4;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC; (+) B-&#xC138;&#xD3EC; &#xB9CC;&#xC131; &#xB9BC;&#xD504;&#xBAA8;&#xAD6C; &#xBC31;&#xD608;&#xBCD1; (CLL) &#xD658;&#xC790;&#xC640; &#xC77C;&#xBC18; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD45C;&#xD604; &#xD669;&#xC0B0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (RRBS) &#xAC10;&#xC18C;. 1.8-230&#xB9CC; cpgs &#xB0B4; &#xACA0; CLL &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; cpgs &#xB0B4;&#xC774; &#xACA0;&#xC758; &#xC57D; 45% &#xC774;&#xC0C1; 23000 CpG &#xC12C; (Cgi)&#xC5D0; &#xC704;&#xCE58; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; CpG &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654;&#xB294; CLL &#xC815;&#xC0C1; B &#xC138;&#xD3EC; &#xC720;&#xC0AC;, 1764 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130; &#xCC28;&#xB3D9; &#xC815;&#xC0C1; B &#xC138;&#xD3EC; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; &#xD558;&#xB098;&#xC758; CLL &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xAC20; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xCC28;&#xB3D9; methylated &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 19 %&#xB294; transcriptional &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD0C8; &#xC120; hypermethylation &#xBAA8;&#xB4E0; HOX &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xC640; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xC218; WNT &#xC2E0;&#xD638; &#xD1B5;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB410;&#xB2E4;. Hypomethylation introns, exons, 3&#39;-Utr CLL&#xC5D0; &#xB4F1; &#xC9C4; &#xBCF8;&#xBB38;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB354; &#xC790;&#xC8FC; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. NFATc1 P2 &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBC0F; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; intron hypomethylated &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; upregulation CLL epigenetic &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC81C;&#xC815; CLL &#xC140;&#xC5D0;&#xC11C; NFAT &#xD65C;&#xB3D9; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xAD00;&#xB828; &#xC81C;&#xC548; NFATc1 RNA&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xB808;&#xBCA8;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC5F0;&#xAD00;. &#xC774; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xBD84;&#xC11D; &#xCD94;&#xAC00; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; CLL&#xC5D0; &#xC138;&#xD3EC; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC7A5;&#xC560;&#xC5D0; epigenetic &#xAE30;&#xC5EC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC774;&#xD574;.

&#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xBD84;&#xC11D; &#xB9CC;&#xC131; &#xB9BC;&#xD504;&#xBAA8;&#xAD6C; &#xBC31;&#xD608;&#xBCD1;&#xC758; &#xC18C;&#xC124; epigenetic &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Se realiz&oacute; un an&aacute;lisis de metilaci&oacute;n de ADN de genoma en CD19 (+) las c&eacute;lulas B de pacientes con leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica (CLL) y muestras de control normal con reducido secuenciaci&oacute;n de bisulfito de representaci&oacute;n (RRBS). Se determin&oacute; el estatus de metilaci&oacute;n de GPC 1.8-2.3 millones en el genoma CLL; cerca del 45% de estas GPC fueron situado en m&aacute;s de 23.000 islas de CpG (CGI). Mientras que global metilaci&oacute;n CpG fue similar entre CLL y normales de c&eacute;lulas B, promotores de genes de 1764 fueron identificados como ser metilado diferencialmente en al menos una muestra CLL comparados con muestras de c&eacute;lulas B normales. Diecinueve por ciento de los genes diferencialmente metilados estuvieron implicado en la regulaci&oacute;n transcripcional. Hipermetilaci&oacute;n aberrante fue encontrada en todos los cl&uacute;steres genes HOX y un n&uacute;mero significativo de WNT genes de la v&iacute;a de se&ntilde;alizaci&oacute;n. La hipometilaci&oacute;n ocurri&oacute; m&aacute;s frecuentemente en el cuerpo de gene incluyendo intrones y exones 3&#39;-genoma en CLL. El promotor P2 NFATc1 y primer intr&oacute;n fue encontrado para ser hypomethylated y correlacionados con regulaci&oacute;n al alza de los niveles de expresi&oacute;n tanto NFATc1 RNA y prote&iacute;nas en CLL sugiriendo que un mecanismo epigen&eacute;tico participa en la activaci&oacute;n constitutiva de la actividad NFAT en c&eacute;lulas de CLL. Este an&aacute;lisis de metilaci&oacute;n de ADN completa a&uacute;n m&aacute;s nuestra comprensi&oacute;n de la epigen&eacute;tica contribuci&oacute;n a la disfunci&oacute;n celular en CLL.

An&aacute;lisis de metilaci&oacute;n de ADN gen&oacute;mico revela nuevos cambios epigen&eacute;ticos en la leucemia linfoc&iacute;tica cr&oacute;nica.

In lymphoid malignancies, aberrant epigenetic mechanisms such as DNA methylation and histone modifications influence chromatin architecture and can result in altered gene expression. These alterations commonly affect genes that play important roles in the cell cycle, apoptosis, and DNA repair in non-Hodgkin lymphoma (NHL). The ability to identify epigenetic modifications to these important genes has increased exponentially due to advances in technology. As a result, there are well-defined, gene-specific epigenetic aberrations associated with NHL comprising follicular lymphoma (FL), mantle cell lymphoma (MCL), chronic lymphocytic leukemia (CLL), and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). The identification of these genes is important because they may be used as biomarkers for prognosis, diagnosis and in developing improved treatment strategies. Also important, in the control of gene expression, is the packaging of DNA within the nucleus of a cell. This packaging can be distorted by epigenetic alterations and may alter the accessibility of certain regions of the genome in cancer cells. This review discusses the impact of known epigenetic aberration on the regulation of gene expression in NHL and provides insight into the spatial conformation of the genome (DNA packaging) in acute lymphoblastic leukemia.

Aberrant epigenetic gene regulation in lymphoid malignancies.

Dans des malignit&eacute;s lympho&iuml;des, des m&eacute;canismes &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques aberrantes, telles que la m&eacute;thylation de l&#39;ADN et des modifications d&#39;histone influencent l&#39;architecture de la chromatine et peut se traduire par l&#39;expression des g&egrave;nes alt&eacute;r&eacute;s. Ces modifications affectent commun&eacute;ment g&egrave;nes jouant importants r&ocirc;les dans le cycle cellulaire, apoptose et l&#39;ADN de r&eacute;paration dans les lymphomes non hodgkiniens (LNH). La capacit&eacute; d&#39;identifier les modifications &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques de ces g&egrave;nes importants a augment&eacute; de mani&egrave;re exponentielle en raison des progr&egrave;s technologiques. En cons&eacute;quence, il y a des aberrations &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques bien d&eacute;finies, g&egrave;ne-sp&eacute;cifique associ&eacute;es &agrave; NHL comprenant le lymphome folliculaire (FL), lymphome &agrave; cellules du manteau (MCL), leuc&eacute;mie lympho&iuml;de chronique (LLC) et lymphome diffus de B-cellule grand (LMNH). L&#39;identification de ces g&egrave;nes est importante car ils peuvent &ecirc;tre utilis&eacute;s comme biomarqueurs pour le pronostic, diagnostic et dans l&#39;&eacute;laboration des strat&eacute;gies d&#39;am&eacute;lioration des traitements. Il est &eacute;galement important, dans le contr&ocirc;le de l&#39;expression g&eacute;nique, l&#39;empaquetage de l&#39;ADN dans le noyau d&#39;une cellule. Cet emballage peut &ecirc;tre fauss&eacute; par des alt&eacute;rations &eacute;pig&eacute;n&eacute;tiques et peut-&ecirc;tre modifier l&#39;accessibilit&eacute; de certaines r&eacute;gions du g&eacute;nome dans les cellules canc&eacute;reuses. Cette revue traite de l&#39;impact de l&#39;aberration &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique connue sur la r&eacute;gulation de l&#39;expression des g&egrave;nes dans la LNH et donne un aper&ccedil;u de la conformation spatiale du g&eacute;nome (empaquetage de l&#39;ADN) dans la leuc&eacute;mie lymphoblastique aigu&euml;.

R&eacute;gulation g&eacute;nique &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique aberrants dans des malignit&eacute;s lympho&iuml;des.

Nelle neoplasie linfoidi, aberranti meccanismi epigenetici quali la metilazione del DNA e le modifiche dell&#39;istone influenza l&#39;architettura della cromatina e pu&ograve; provocare nell&#39;espressione del gene alterato. Queste alterazioni comunemente interessano geni che svolgono importanti ruoli nel ciclo cellulare, apoptosi e DNA ripristino nel linfoma non-Hodgkin (NHL). La capacit&agrave; di identificare le modifiche epigenetiche di questi geni importanti &egrave; aumentato esponenzialmente a causa dei progressi della tecnologia. Come risultato, ci sono ben definite, di gene-specific aberrazioni epigenetiche associate NHL composto da linfoma follicolare (FL), linfoma mantellare (MCL), leucemia linfocitica cronica (CLL) e diffusa grande linfoma a cellule B (DLBCL). L&#39;identificazione di questi geni &egrave; importante perch&eacute; essi possono essere utilizzati come marcatori biologici per la diagnosi, prognosi e a sviluppare strategie di trattamento migliore. Inoltre, nel controllo dell&#39;espressione genica, &egrave; importante il packaging del DNA all&#39;interno del nucleo di una cellula. Questo imballaggio pu&ograve; essere falsato da alterazioni epigenetiche e possa alterare l&#39;accessibilit&agrave; di alcune regioni del genoma nelle cellule tumorali. Questa recensione discute l&#39;impatto delle aberrazioni epigenetiche noto sulla regolazione dell&#39;espressione genica in NHL e fornisce una visione nella conformazione territoriale del genoma (imballaggio del DNA) nella leucemia linfoblastica acuta.

Article	Year
Large-scale CpG methylation analysis identifies novel candidate genes and reveals methylation hotspots in acute lymphoblastic leukemia. Cancer research\| PubMed ID: 17363581	2007
Haplotype variation in bovine Toll-like receptor 4 and computational prediction of a positively selected ligand-binding domain. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America\| PubMed ID: 12915733	2003
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Identification of genetic variation and putative regulatory regions in bovine CARD15. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society\| PubMed ID: 16897345	2006
Impaired collagen chaperone results in preterm PROM. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America\| PubMed ID: 16938862	2006
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Ultradeep bisulfite sequencing analysis of DNA methylation patterns in multiple gene promoters by 454 sequencing. Cancer research\| PubMed ID: 17875690	2007
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Large-scale analysis of DNA methylation in chronic lymphocytic leukemia. Epigenomics\| PubMed ID: 20495622	2009
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Genome-wide DNA methylation analysis reveals novel epigenetic changes in chronic lymphocytic leukemia. Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society\| PubMed ID: 22534504	2012
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Kristen H. Taylor

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