形成有序的膜蛋白质阵列的二维(2D)的结晶试验评价是一个非常关键的电子晶体而艰巨的任务。在这里,我们描述了我们的方法,筛选,并确定在15范围内的主要是小膜蛋白的二维晶体 - 90kDa。
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形成有序的膜蛋白质阵列的二维(2D)的结晶试验评价是一个非常关键的电子晶体而艰巨的任务。在这里,我们描述了我们的方法,筛选,并确定在15范围内的主要是小膜蛋白的二维晶体 - 90kDa。
电子晶体学已经发展成为一个可以交替使用,也可以结合三维结晶和X射线晶体学研究膜蛋白的结构与功能的问题,以及可溶性蛋白的方法。二维(2D)晶体透射电子显微镜(EM)的筛查是在寻找关键的一步,优化,并选择冷冻电镜的高分辨率数据采集的样品。在这里,我们描述了大型和排序,以及小型二维数组,可以潜在的结晶条件的优化提供重要的信息在确定的基本步骤。
通过不同放大倍数的EM,在一系列关键参数的获取数据。下放大倍率上的形态和膜大小提供了宝贵的数据。在更高的放大倍率,确定可能的秩序和二维晶体的尺寸。在这种情况下,它是描述CCD相机和在线傅立叶变换是如何在更高的放大倍率用于评估顺序和大小proteoliposomes。
虽然膜蛋白的二维晶体,是最常用的透析重建的速度增长,筛选技术也同样适用于单层,帮助本地的二维晶体生产晶体,并下令可溶性蛋白质阵列。此外,这里介绍的方法适用于二维晶体更小,以及较大的膜蛋白,其中较小的蛋白质需要在识别相同数量的护理我们的例子中,较大的蛋白质晶格的筛选,可能会更容易识别在早期阶段的筛选。
1。电网制备二维结晶试验
2。评估EM二维结晶试验
3。代表性的成果
理想的情况下下令proteoliposomes显示容易辨认,清晰的斑点。在线FT CCD图像或光学显微衍射大型和有序的晶体很容易识别。
的例子显示,在几微米大小的18kDa的小膜蛋白的二维晶体。 "金融时报"上的斑点很容易识别和尖锐。活英尺箱的运动表明,晶格是连续的,没有mosaicity。可确定一个更大的蛋白质与更广泛的水溶性域的晶格上的小屏幕的EM。 CCD图像采集和FT是要提供一个更好的评估手段和获得信息,例如,可能mosaicity(显示英尺)。当计算一个没有下令proteoliposome FT噪音,可以初步被误为斑点。虽然生活- FT框移动,然而,斑点就会消失。另一方面,小数组,将可疑的结晶,有其时现场FT是移动的图像区域,甚至略有剩余的固定点。此外,这些小晶体可以被识别,通常具有相同的晶胞尺寸,并在不同的FTS点之间的距离可以测量各种方式,如与一个特定大小的的圆圈。脂质体显示不同的晶格形态和FT。
在初步试验中遇到的沉淀并不少见。这里没有重组蛋白沉淀,需要从虽然小脂质聚集区分开来。样品出现沉淀在低倍率频繁转出脂质聚集在更高的放大倍率观察。在30 - 50K的检查后,这些黑暗结构的边缘,显示他们没有沉淀的蛋白质组成的膜。这些都是重要的观察脂质聚集的大小可能会增加,在下面的实验大膜。
评估样品的效果差,有时连接到一个低的膜的浓度,以防止正确和快速筛选。这常常被克服二维结晶的使用提出了更高的蛋白浓度的透析。另外,膜可以留几天在底部的Eppendorf管中,在储存过程中解决。在某些情况下发生膜迅速,或几乎即时解决,移液管底部,将导致对电网的膜密度较高。另一种更快的选项离心随后从试管底部采样的样本(1-3分钟,在3000-8000 RPM)。
在最佳条件下的样品将包含一个二维晶体的很大比例。这是没有必要的膜齐亮相目标,作为最大的和最有序的二维晶体选定的数据可视化的集合。这些类型的样品,将很容易确认时的结晶试验以及用于样品时重复冷冻电镜收集数据,从而导致在高分辨率图像的最大数目。

图1此图显示了一个撕成片的Whatman#4滤纸杂交电网的边缘。
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样品进行适当的评价,需要认真评估的足够数量的膜。例如,低至2%的晶体阵列成像proteoliposomes超过180的样品给了二维结晶条件的快速优化的关键信息。
蛋白质沉淀发生时,一个网格可能被放弃进一步的筛选后,在低倍率的检查,虽然偶尔出现部分沉淀的蛋白质。即使很小小于100 nm的膜虽然可以给有关订单的有用信息,并增加二维晶体大小的参数,可以在以下透析实验实施。
实验室在筛选8,9的过程中引入不同程度的有前途的自动化过程。然而,样品将仍然需要评价和知识的二维晶体的大小,形态和秩序的步骤。在未来的日子里,它可能会变得越来越小的二维晶体分析数据,以更高的分辨率,使得这些筛选步骤,更小,更关键的结晶领域更困难的评价。
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我们感谢我们的合作者提供了宝贵的蛋白质样品,这有助于我们的方法相关的经验和观察一些。德博Schmalzing好心提供了机会,为fr加入这个项目。芭芭拉Armbruster,雅各Brink和德里克米尔斯是他们的杰出的帮助和设备上的投入表示感谢。经费是由美国国立卫生研究院授予HL090630。
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| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| 400 目铜 TEM 网格 | |||
| :常规和抗毛细管 | Dumont #5 和 Dumont N5AC 或类似移液器 | ||
| 吸头 | |||
| Whatman #4 滤纸 | |||
| 1% 乙酸 | |||
| 要筛选 2D 的透析样品 | |||
| 不含甘油/蔗糖的透析缓冲液 | 可选的 | ||
| JEOL-1400 透射电子显微镜 (TEM) | 类似 80 –配备 Lab6 或钨丝和胶片和/或 CCD 相机(Gatan Orius SC1000 和/或 UltraScan1000 CCD 相机和 Gatan 数字显微照片软件包或 Tietz 相机 (TVIPS)) 的 120kV TEM) |
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