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抗体微阵列:一种研究 miRNA 处理的肺癌细胞蛋白表达的技术

April 30th, 2023

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Abstract

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来源:Hossian, A. et al. 调节细胞周期和血管生成的组合 miRNA 处理分析。J. Vis. Exp. (2019 年)。

该视频介绍了通过使用抗体微阵列测量特异性基因表达来研究 miRNA 转染肺癌细胞中蛋白质表达的技术。在特色方案中,我们进行抗体微阵列以鉴定组合 miRNA 处理在停止细胞周期和血管生成中的活性。

Protocol

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1. miR-143 和 miR-506 转染

注意:在进行所述实验时,请使用乳胶手套、防护眼镜和实验室外套。需要时,在打开柜风扇的情况下使用生物安全柜,不要堵塞气道或干扰层流。始终按照制造商的说明将保护玻璃窗设置到适当的高度。

  1. NSCLC A549 细胞接种在 T25 cm2 培养瓶/6/96 孔板中的补充有 10% FBS 和 1% 青霉素 - 链霉素(培养基)的 DMEM/F12K 培养基中,在组织培养橱中,并在 37 °C 下用 5% CO2 在组织培养箱中孵育过夜。
  2. 在 500 μL 转染培养基和 1.5 mL 血清和不含抗生素的 DMEM/F12K 培养基中,以 100 nM 的最终 miRNA 浓度悬浮 miR-143 和/或 miR-506 模拟物,或用转染试剂(2.4 μg miR 与 14 μL 转染试剂混合;参见材料表)打乱 siRNA。miRNA 量可能需要针对不同的细胞和浓度进行优化。适当的方法包括用浓度增加的 miRNA(即 50-200 nM)转染细胞,并评估目标基因的表达下调。
  3. 从烧瓶/板中取出培养基,并用 1x PBS 洗涤一次。
  4. 加入 miRNA/加扰转染试剂复合物,并在 37 °C 和 5% CO2 下孵育 6 小时(培养瓶大小定义增加的孵育体积)。
  5. 用 4 mL 培养基替换培养基,并将细胞孵育 24 小时和/或 48 小时。

2. 抗体细胞周期微阵列的蛋白表达

  1. 在 T25 cm2 培养瓶中为每个样品接种 5 x 105 个细胞,并根据第 1 节步骤 1-5 中描述的方案进行转染。
  2. 24 小时和 48 小时后,通过胰蛋白酶消化收获细胞。
  3. 将细胞悬液转移至 15 mL 试管中并相应地标记。
  4. 以 751 x g 离心 5 分钟,弃去上清液。
  5. 加入 2 mL 冰冷的 1x PBS,涡旋并以 751 x g 离心 5 分钟。弃去上清液。
  6. 用 1x PBS 重复洗涤步骤。
  7. 加入 150 μL 补充有蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液。轻轻地上下吹打以破坏细胞膜。
  8. 为防止任何裂解缓冲液干扰,请使用制造商的溶剂交换柱进行缓冲液更换,用标记缓冲液替换裂解缓冲液。
  9. 用 BCA 测定定量总蛋白。
  10. 取 70 μg 蛋白质样品并添加标记缓冲液,以达到 75 μL 的最终体积。
  11. 将 100 μL 二甲基甲酰胺 (DMF) 添加到 1 mg 生物素试剂 (生物素/DMF) 中。
  12. 向每个蛋白质样品(生物素化蛋白质样品)中加入 3 μL 生物素/DMF,并在 RT 下孵育 2 小时。
  13. 加入 35 μL 终止试剂,涡旋混合。
  14. 在 RT 下孵育样品 30 分钟。
  15. 从冰箱中取出微阵列载玻片,使其在使用前加热至 RT 1 小时。
  16. 通过将载玻片与 3% 奶粉溶液(在制造商提供的封闭试剂中)在培养皿中孵育,并在室温下连续摇动 45 分钟来进行非特异性结合的封闭。
  17. 用 ddH2O 水清洗载玻片(除非另有说明,否则用 ddH2O 洗涤)。
  18. 重复洗涤步骤 ~10 次以完全去除载玻片表面的阻塞溶液。这对于实现均匀和低背景非常重要。
  19. 去除载玻片表面多余的水,然后继续进行下一步,不要让载玻片干燥。
  20. 通过将 3% 的奶粉溶解在偶联试剂中来制备偶联溶液。
  21. 加入 6 mL 偶联溶液和步骤 12 中先前制备的生物素化蛋白质样品的全量。
  22. 将一张玻片放入供应商提供的偶联室的一个孔中,并向其中添加 ~6 mL 的蛋白质偶联混合物。
    注意:确保载玻片完全浸没在蛋白质偶联混合物溶液中。
  23. 盖上偶联室,在 RT 下孵育 2 小时,并在轨道摇床中连续搅拌。
  24. 将载玻片转移到培养皿中,并加入 30 mL 的 1x 洗涤缓冲液。将培养皿放入定轨道摇床中,摇动 10 分钟,然后弃去溶液。
  25. 重复步骤 24 2 次。
  26. 按照步骤 17 和 18 中的说明,用 ddH2O 水充分冲洗载玻片,并立即进行下一步以避免干燥。
  27. 在 30 mL 检测缓冲液中加入 30 μL Cy3-链霉亲和素 (0.5 mg/mL)。
  28. 将玻片放入培养皿中,加入 30 mL 含有 Cy3-链霉亲和素的检测缓冲液。
  29. 在轨道摇床中孵育 20 分钟,连续摇动避光><。 注意:Cy-3 是一种荧光染料。用铝箔覆盖或在黑暗条件下作以保持荧光强度。
  30. 执行步骤 24-26,使用温和的气流让载玻片干燥,或将载玻片放入 50 mL 锥形管中,并以 1300 x g 离心 5-10 分钟。
  31. 将载玻片放入载玻片支架中,并用铝箔盖住。
  32. 在微阵列扫描仪中用适当的激发和发射波长扫描载玻片。在 Cy3 的情况下,激发波长峰值在 ~550 nm,发射峰在 ~570 nm。
  33. 分析数据(有关使用的软件,请参阅材料表)。

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Materials

<表格border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"> List of materials used in this article Name Company Catalog Number Comments A549 非小细胞肺癌细胞 ATCC ATCC CCL-185 青霉素-链霉素 10/10 安特兰大生物制剂 编号 B21210 胎牛血清 (FBS) Fisher Scientific 公司 10438026 抗体阵列检测试剂盒,2 次反应 满月生物 KAS02 系列 Cell Cycle 抗体阵列,2 张玻片 满月生物 ACC058 系列 ScanArray Express 扫描阵列 珀金埃尔默 步骤 2.33:微阵列分析软件 HyClone 磷酸盐缓冲盐水 (PBS) Fisher Scientific 公司 SH30256FS Thermo Scientific Pierce BCA 蛋白检测试剂盒 Thermo Scientific 公司 PI23226

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