使用不连续密度梯度按胶囊量分离细菌

Abstract

资料来源：Feltwell， T.， et.al.使用不连续密度梯度按胶囊量分离细菌。J. Vis. Exp.（2019年）

该视频演示了如何使用不连续密度梯度根据胶囊量分离细菌菌株。通过梯度离心转座子突变体文库，具有不同胶囊密度的细菌定位于不同的层。然后可以收集分离的馏分用于下游分析。

Protocol

1. 将制备的细胞添加到梯度中并通过离心分离

将

1. 600 μL 制备的细胞非常缓慢地添加到管中的梯度顶部，并且不要混合界面。
将
2. 试管放入试管适配器中，并称重组合的适配器和试管，以确保它们平衡。
   将
   1. 试管适配器放入台式离心机内的固定角度转子中。以 3,000 x g 离心 30 分钟。
   2. 离心后，小心地取出试管，将它们放在合适的架子上，并将结果拍照作为记录。
3. 回收细菌组分以进行尿酸定量或 DNA 提取。
   1. 如果不需要下游应用，请在实验室中通过适当的液体生物废物途径处理样品/梯度。
      注意：验证新细菌物种/菌株的分离非常重要。应通过显微镜、尿酸测定或其他合适的定量测定来检查梯度中的单个馏分，以确认每个馏分的胶囊表型。如果目的是根据聚集或细胞大小进行分离，则应使用独立的适当测定。

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Materials