基于热裂解的致病菌基因组DNA提取

摘要

来源：Gulla, S., 等. 利用多重PCR和毛细管电泳对鱼类致病性细菌Yersinia ruckeri进行多位点可变数目串联重复序列分析。J. Vis. Exp. (2019)。

本方案通过将分离的菌落悬浮于超纯水中并加热裂解细胞，从而提取Yersinia ruckeri的基因组DNA。经离心后，含有DNA的上清液与细胞碎片分离，获得适用于基于PCR的基因分型及流行病学分析的模板DNA。

方案

1. 细菌培养与基因组DNA提取

1. 将Y. ruckeri纯培养物接种于任何合适的琼脂培养基上（作者使用了5%牛血琼脂），在22 °C下培养1-2天，或在15 °C下培养3-4天。
2. 用接种环从每块琼脂平板上挑取一个具有代表性的单菌落，转移至含有50 µL超纯水的1.5 mL离心管中。悬浮菌体后短暂涡旋振荡，并在100 °C加热块中孵育7分钟。
3. 以16,000 x g离心3分钟，然后用移液器小心将上清液转移至另一个空的1.5 mL离心管中。随后以该上清液作为模板DNA进行下一步实验，或将其储存于-20 °C备用。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
22°C/15°C 培养箱	根据需要选择。	NA
离心机	根据需要选择。	NA
Eppendorf Safe-Lock 管，1.5 mL	Eppendorf	30120086	用于DNA提取过程中的离心管。
冷冻柜	根据需要选择。	NA
加热金属块	根据需要选择。	NA
Milli-Q 水	NA	NA	用于PCR和毛细管电泳的纯化水。标准配制方法；实验室自制。
Yersinia ruckeri 纯培养物	NA	NA	例如冷冻保存或新鲜培养的菌种。
涡旋振荡器	根据需要选择。	NA