利用变数串联重复（VNTR）分析检测鱼类病原体

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Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

本视频演示了利用毛细管电泳分离来自鱼致病细菌的荧光标记变数串联序列（VNTR）扩增子，生成尺寸特异性电泳图谱以进行细菌鉴定的过程。

Protocol

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1. 毛细管电泳的设置与运行条件

确认PCR（聚合酶链式反应）扩增后，将PCR产物以1：10（v/v）稀释于纯水中。封口、混合后短暂离心。
在烟雾柜中，准备一份由9微升甲酰胺和0.5微升标准尺寸组成的主混合液，每个PCR产物（允许10%剩余体积）。短暂涡旋，将9.5微升分发到适合现有毛细管电泳系统的板上孔中，然后加入0.5微升稀释的PCR产物。封口、混合后短暂离心。
谨慎： 小心处理。将甲酰胺与水混合会产生甲酸，这是一种有毒的物质。
使用PCR热循环仪，将样品在95°C下变性3分钟，然后无限冷却至4°C。短暂离心，然后根据制造商说明将板子装入校准的CE系统。
使用适合所选设备和以下环境的试剂进行CE片段分析：60°C;5秒注入，电压为1.6千伏（32伏/厘米）;15 kV（300 V/cm）电压下运行时间为32分钟。对24毛细管（50厘米）孔的CE碎片分析通常需约50分钟。

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Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number	Comments
Avant 3500xL 遗传分析仪	赛莫飞世尔科学	A30469	用于毛细管电泳片段分析。
BioNumerics7 模块	应用数学	那	用于从MLVA数据生成最小生成树。
离心机	按我所愿。	那
Eppendorf 安全锁管，1.5 毫升	埃彭多夫	30120086	DNA提取过程中使用的离心管。
冰箱	按我所愿。	那
烟雾柜	按我所愿。	那
基因映射软件5	赛莫飞世尔科学	4475073	用于读取毛细管电泳中的电泳图。
GeneScan 600 LIZ 染料尺寸标准 v2.0	赛莫飞世尔科学	4408399	毛细管电泳中使用的尺寸标准。
Hi-Di福酰胺	赛莫飞世尔科学	4311320/4440753	毛细管电泳期间使用的去离子甲酰胺。准备工作中的分配。
毫-Q水	那	那	PCR和毛细管电泳中使用的纯水。标准配方;由内部制作。
多路复用PCR Plus套件	奇根	206151/206152
PCR热循环仪	按我所愿。	那
POP-7聚合物用于3500 Dx/3500xL Dx基因分析仪	赛莫飞世尔科学	A26077/4393713/4393709	毛细管电泳中使用的分离基质。
纯种叶松菌	那	那	例如冷冻保存或新鲜保存。
无RNase水	奇根	那	收录于：多重PCR Plus试剂盒
三硼酸盐EDTA（TBE）缓冲液	那	那	标准配方;由内部制作。
胰蛋白酶、大豆琼脂/牛血琼脂	那	那	标准配方;由内部制作。
涡旋器	按我所愿。	那

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