从感染致病细菌的植物叶片组织中提取基因组DNA

摘要

来源：Gulla, S., 等. 利用多重PCR和毛细管电泳对鱼类致病性细菌Yersinia ruckeri进行多位点可变数目串联重复序列分析。J. Vis. Exp. (2019)。

本方案通过将分离的菌落悬浮于超纯水中并加热裂解细胞，从而提取 Yersinia ruckeri 的基因组DNA。经离心后，含有DNA的上清液与细胞碎片分离，所得模板DNA适用于基于PCR的基因分型及流行病学分析。

方案

1. 细菌培养与基因组DNA提取

1. 将Y. ruckeri纯培养物接种于任何合适的琼脂培养基上（作者使用了5%牛血琼脂），在22 °C下培养1-2天，或在15 °C下培养3-4天。
2. 用接种环从每块琼脂平板上挑取一个典型单菌落，转移至含有50 µL超纯水的1.5 mL离心管中。悬浮菌体，短暂涡旋振荡，并在100 °C加热块上孵育7分钟。
3. 以16,000 x g离心3分钟，用移液器小心将上清液转移至新的1.5 mL离心管中。可立即进行下一步，以上清液作为模板DNA进行扩增，或于-20 °C保存备用。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒	Promega	A1120	细胞核裂解液、RNase、蛋白沉淀液和 DNA 水合液的来源
液氮	Air Products	N/A
配备控制面板的 Mastercycler pro	Eppendorf	6321000019
1250 W 微波炉	Panasonic	N/A
5424 台式离心机	Eppendorf	05-403-93
Isotemp 215 数字水浴锅	Fisher scientific	15-462-15Q
金属刮勺	Sigma-Aldrich	Z283274
研钵和研杵	Sigma-Aldrich	Z247464
LSE 涡旋混合器	Corning	6775
2-丙醇	Sigma-Aldrich	I9516
无菌 10 μL 吸头	TipOne	1161-3730
无菌 200 μL 吸头	TipOne	1163-1730
无菌 1250 μL 吸头	TipOne	1161-1750
可调移液器套装	VWR	75788-460
溴化乙锭	Sigma-Aldrich	E1510
琼脂糖	IBI Scientific	IB70041
EDTA	Thermo Fisher Scientific	17892
乙酸	Fisher Chemical	A38-212
Tris 碱	Sigma-Aldrich	10708976001
μcuvette	Eppendorf	6138000018
Biospectrometer basic	Eppendorf	6135000009