从土壤样品中分离噬菌体

摘要

来源：Cross, T.，等．从土壤样本分离物中分离Arthrobacter噬菌体物种的优化富集技术．J. Vis. Exp.(2015)

本视频演示了从土壤样品中分离噬菌体的过程。采集一份土壤样品，将其悬浮于噬菌体缓冲液中，并静置使沉淀物沉降。将上清液过滤后添加营养物质，再通过真空过滤去除微生物污染物。含有噬菌体的滤液被分装至烧瓶中，并加入氯化钙，用于后续的噬菌体分离。

方案

1. 从土壤样品中收集噬菌体
   1. 从目标地点采集 200–400 g 土壤。 
      注意：由于节杆菌属的细菌是常见的土壤细菌，因此它们及其感染的噬菌体普遍存在于大多数类型的土壤中。
   2. 加入至少 400 ml 噬菌体缓冲液（PB）[68 mM 氯化钠（NaCl），10 mM 硫酸镁（MgSO₄），35 mM 柠檬酸钠，1 mM 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐（Tris-HCl），pH 7.5]。₄)，10 mM 三（羟甲基）氨基甲烷盐酸盐（Tris-Cl）（pH 7.5）] 加入土壤中，并在足够大的烧瓶中混合，使上清液中至少含有 200 ml 的 PB，以便能够进行提取。
   3. 轻轻搅拌或摇晃至土壤悬浮，静置使土壤沉淀，通常为30分钟。
   4. 通过重力过滤将“土壤提取液”经滤纸过滤，以去除土壤沉淀物和碎屑。
   5. 加入LB粉末并混匀，配制成2%的溶液（在200 ml土壤提取物中加入4 g LB粉末）。
   6. 通过真空过滤将溶液经0.22 µm滤膜过滤，以获得无菌滤液。若可能，应立即进行步骤1.7。若有必要，可将过滤后的样品在4 °C保存最多一周后再继续实验；但噬菌体活性颗粒的数量将会减少。
   7. 将过滤除菌的LB/土壤提取物混合液用无菌技术分装至若干个250 ml无菌带挡板摇瓶中，每瓶50 ml。加入无菌的2.0 M氯化钙（CaCl₂）₂）溶液至最终所需浓度（0-50 mM），因为不同 节杆菌属 噬菌体在不同 CaCl₂ 条件下生长最佳₂ 条件。
      注意：我们发现大部分的 节杆菌属 我们鉴定的噬菌体处于1 mM–2.5 mM CaCl范围内₂然而，我们分离出的多种噬菌体仅在 0 mM CaCl 条件下生长₂ 或在极高的 CaCl 浓度下₂ 浓度。立即进行噬菌体分离。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
LB肉汤粉末	Fisher	BP9722-2	建议批量订购。
0.22 µm 注射器滤器	Fisher	09-719A
0.22 µm 布氏滤器	Fisher	430320	通过小心更换接收管，可获得超过50 ml的液体。
Eppendorf管	Fisher	05-408-129
5 ml 单独移液管	Fisher	13-678-11D
50 ml 锥形管	Fisher	76002844
15 ml 锥形管	Fisher	76002845
10 ml 单独移液管	Fisher	13-676-10J
25 ml 单独移液管	Fisher	13-676-10K
Whatman定性滤纸	Fisher	1001-824