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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
本文介绍了一种使用半自动仪器从全血中分离外泌体并通过纳米颗粒追踪进行进一步分析的方法。所提出的技术为可视化和分析液体悬浮液中的颗粒提供了一种极其灵敏的方法。
尽管外泌体的生物学重要性最近得到了越来越多的科学和临床关注,但关于它们的复杂途径、生物利用度以及它们在健康和疾病中的不同功能,仍有许多未知数。 目前的工作重点是外泌体(体外和体内)在不同人类疾病背景下的存在和行为,特别是在肿瘤学、妇科和心脏病学领域。
不幸的是,关于外泌体分离的金标准既不存在共识,也没有就这种定量分析方法达成一致。由于外泌体的纯化方法很多,定量和定性分析也有很多可能性,因此很难确定理想方法的方法组合。
在这里,我们展示了纳米颗粒跟踪分析 (NTA),这是一种通过超速离心从人血浆中分离后表征外泌体的半自动方法。提出的结果表明,这种分离方法以及确定外泌体的平均数量和大小可提供可重复和有效的数据,正如其他方法(例如扫描电子显微镜 (SEM))所证实的那样。
循环外来体的确切功能仍未知的很长一段时间。即使是现在外来体的完整路径机制尚不完全清楚。由于外来体携带的抗原,蛋白质和涉及到他们的亲本来源的细胞,它们的功能的细胞 - 细胞信号发送器的RNA(mRNA和miRNA)的主要被给予优先权。
许多不同的方法已经在文献中描述的用于分离和外来体1,2的定量检测。然而,在"金标准"没有达成共识已经达成。与此同时,大多数科学家活跃在切体研究领域的同意,孤立的一致方法非常必要的,以实现更高程度不同的报告和研究报告之间的可比性。
荧光激活细胞分选(FACS)是用于外来体分析3中最常见和普遍的工具。 FACS有奔EFIT即,通过荧光标记,来自不同来源的细胞可以在一个步骤中进行比较。 FACS的主要缺点是,该方法是不够敏感,以确定颗粒小于0.5微米4,而外来体一般是30-120纳米之间在直径为5,甚至更少来测量它们的大小。
扫描电子显微镜(SEM)和透射电子显微镜(TEM)的其他工具进行颗粒尺寸和外来体的形态学分析。但是,这两个SEM和TEM的缺点是样品的制备是费时,这两种方法涉及劳动密集的步骤和各具有工件生成的一些风险。既不方法适合于高样品通量和几千一个样品的单一颗粒的表征。此外,可以同时或至少分析在非常短的周期进行定量分析,为临床日常其中样品具有通常被难以进行。新一代的技术,现在让我们来分析外来体,恕不另行紧张的筹备工作( 例如,环境SEM)。这些现代化的技术仍然相当不方便分析含外来体,以确定它们的平均数量和规模分布6大体积悬浮液。
另一个可视化和外来体的分析高度敏感的方法是纳米粒子跟踪分析(NTA)。这种方法利用了物理两种不同的原则。首先,颗粒通过散射当它们被照射激光束的光检测。第二个现象被称为布朗运动,根据该不同的颗粒在液体中的悬浮液的扩散成反比它们的大小。在后一种情况下,该运动也取决于温度和液体的粘度。然而,这样的速度是直接关系到颗粒大小和所使用的NTA。使用软洁具为基础的分析,散射光从单颗粒数字图像记录。散射光斑点的图解和其运动速度提供便利的总粒子数和粒径分布的测定数据。这种技术是对小于100纳米的平均直径的粒子分析特别强大。
大小和浓度测量与ZetaView布朗和电泳运动视频分析显微镜进行。这是一种半自动化的桌面纳米颗粒分析仪对液体样品(以下简称为颗粒跟踪仪)。它由粒子追踪分析仪,以及与用于数据分析的软件的笔记本电脑。异质生物样品是作为适合于这种方法,无机颗粒的更均匀的悬浮液。一种激光散射显微镜用摄像机被用于颗粒的检测和用于OBSErvation他们的行动。而在显微镜轴线是水平的,并聚焦到填充有含有外来体的悬浮液的小区的信道时,激光束是垂直取向的。通过激光散射的光,这是根据90°经由显微镜( 图1)所记录的数字视频相机照射的粒子。的散射光的强度可以观察粒子大60纳米的直径。在这样一种设置的粒子的亮度不粒度的唯一指示。当没有施加电场,粒子运动只有如下布朗运动并且可以用作用于计算粒径的指标。然而,该仪器还能够在整个小区通道施加电场的。当进行这一领域的潜力,极性和离子电荷的悬浮外来体的级成为他们移动的方向的进一步的决定因素。速度和方向,导致电泳莫相容性直方图。
同时发现,分析分离的外泌体的最佳方法是一个问题,另一个位于从不同的媒体,如血液,腹水,尿,乳汁,羊水或细胞培养基的外来体的有效的隔离。不同的方法已被描述迄今,其基于超速离心1,工业分离试剂(如Exoquick)7,磁珠抗原采用分离8或超滤步骤9。
在这个协议中,我们展示的切体隔离,通过超速离心的全过程,并展示了如何通过分析粒子跟踪仪含停牌产生的切体。提供特定的考虑因素的人血浆或细胞培养基衍生的外来体的分析。
注:在这项工作中提出的试验已获得杜塞尔多夫大学的机构伦理委员会。
1.外来体的制备
粒子跟踪仪器2.启动程序
3.测定样品的
4.解读结果
用于此示范试样示出了用于测量的85%的灵敏度,所述灵敏度曲线的最大斜率之前( 图2)的最佳设置。亮度,最小/被选择最大值作为建议的协议。 5.3颗粒/ ml的浓度×10 6个,测定,而颗粒的平均粒径为0.149微米,其中大多数是0.137微米。
测量后收到的值可以保存在一份报告名为.pdf的文件格式或为.txt导出到数据库中。如在协议(第4节)中描述的图形可以调整为优选的。视频序列也被保存并且可以用于购买离线再分析。然而,在这样的离线分析,摄像机的事先取得设置不能追溯改变。
为了找到最佳参数设置用于测量中,我们在这里描述第对100纳米的聚苯乙烯尺寸标准的例子,仪器设置E优化。的两个参数,灵敏度和最大/最小尺寸上的视频图像和粒度分布的影响进行了详细的讨论。所有其他参数总结在表1中 。
的灵敏度(从50至94)上的模拟和数字图像的影响的视觉印象被可视化在图3中,从图像导出定量信息显示在图4中 ,基于表1中的设置,闵尺寸= 5和最大尺寸= 200检测到的颗粒相对于灵敏度的数目的典型关系示于图4A中 。在50和90中,检测到的颗粒的数量增加,灵敏度和急剧上升为灵敏度> 90。 66和86(A)之间发现敏感性的最佳范围。与DIF得到粒度分布同的灵敏度设置如图4B。的粒度分布代表三个独立测量的平均值。对于过低的灵敏度(灵敏度= 62,红色曲线),只有少数粒子进行分析从而导致比较差的统计数据。分析颗粒的数目增加,灵敏度达到70(黄色曲线)和86(棕褐色曲线)之间的最佳。进一步增加了灵敏度引线与颗粒滴和粒度分布朝着更小的尺寸(灵敏度= 94,蓝色曲线)移位的数量粒度分布的恶化。 图4C示出的数量基于X50直径的趋势(50%颗粒比这更小的直径),为灵敏度的函数。在米色间隔,粒径的相对标准偏差小于8%,并对应于最佳间隔A中的红色区域表示RSD> 8%为差统计(灵敏度太低)或宽DISTRI的结果butions与移位到更小的尺寸(灵敏度太高)。
闵尺寸与最大尺寸的设置是应用于数字图像,以便与光斑尺寸小于最小尺寸小,比最大尺寸更大去除颗粒过滤器。由于散射光的能力,一个粒子产生一定大小的一个数字图像的一个点。光点的大小被测量为像素数(像素)。当粒子散射光非常好( 例如,颗粒> 200纳米或聚集体),光点尺寸是相当大的, 例如,> 500像素。光点尺寸是相当小的( 例如,<10像素)取决于颗粒材料的小颗粒( 例如,<20纳米)。光斑大小(像素)可以不互换粒径(nm),因为它们是不相同的,并在这两个变量之间没有直接关系。的最小和最大尺寸的优化,用户可以过滤掉不需要的对象,如结块(最大尺寸)或小的对象,如背景噪声(最小尺寸)。对100nm的大小标准品的粒度分布最小/最大尺寸的影响示于图4D(灵敏度= 82)。当的时间间隔被设定为小的光斑尺寸( 例如,最小= 1,最大值= 52;橙曲线),所分析的微粒的数目被减少,并且基于数X50直径略微移向较小的尺寸。的设置对于较大的斑点(最小= 40,上限= 1000;红色曲线)的结果是宽的粒度分布转向较大尺寸。为了获得相等的总数目的颗粒,这两个橙色和红色的分布的间隔的边界进行了调整,以匹配80的颗粒。与最佳设置的分布(分= 5,最大= 200;棕褐色曲线)由360粒。
进行了一系列成功的实验与外来体分离超速离心,并使用所提出的系统由NTA测量。所得到的数据是高度一致并确认再现性的高的水平。其他分离方法应该显示类似的结果。然而,稀释步骤被认定为特别关键的步骤和对所算出的总数目颗粒的影响,必须重新评估。

图1.原理图NTA的安装程序 。显微镜/视频轴和激光光束被正交定向为彼此交叉处的单元信道的横截面。光散射粒子会显示在软件的"实时视图"窗口。 请点击此处查看该图的放大版本。

请点击此处查看该图的放大版本。

被显示在模拟和数字影像。在实时取景画面上可视颗粒的灵敏度的图3的影响为50至94的灵敏度为模拟(顶行)的D数字(下排)的意见。当灵敏度太低,只有少数的粒子检测(左)。在最佳灵敏度的粒子显示为单一的点彼此(中)以及隔离。在相对 高灵敏度的粒子融合在一起,导致图像质量差(右)。 请点击此处查看该图的放大版本。

图4.影响的敏感性最小和最大大小设置为控制100纳米的聚苯乙烯颗粒的样品(A)的敏感性与颗粒的检测数量的情节。最佳间隔是从66至86,前曲线的最大斜率。与几个灵敏度设置(62至94得到的(B)的粒度分布);图表为过低(62)或太高(94)的灵敏度不捕获为100纳米的聚苯乙烯对照样品的粒度分布。 (C)的数50倍口径与敏感性; X50在米色间隔误差小于8%,最佳的间隔从66到最小值和最大值的粒度分布大小86(D)的影响;最佳参数(分= 5,最大值= 200)捕捉到正确的分布对照样品。 请点击此处查看该图的放大版本。
| 收购前的参数 | |
| 灵敏度 | 变量 |
| 快门 | 40 |
| 帧速率 | 每秒30帧 |
| 决议案 | 你好GH |
| 周期 | 10 |
| 多个收购 | 3 |
| 位置 | 1 |
| 收购后的参数 | |
| 闵亮度 | 三十 |
| 最大尺寸 | 变量 |
| 闵私迮 | 变量 |
表1的前和后采集参数为粒子跟踪仪器的设定综述。
这项工作得到了 HHU 医学院心血管外科的机构资金支持。本研究的出版费用由 Particle MetrixGmbH 提供。
本文介绍了一种使用半自动仪器从全血中分离外泌体并通过纳米颗粒追踪进行进一步分析的方法。所提出的技术为可视化和分析液体悬浮液中的颗粒提供了一种极其灵敏的方法。
作者感谢 Christina Ballázs、Hug Aubin 和 Jörn Hülsmann 对手稿的批判性阅读和出色的编辑帮助。此外,作者感谢 Gisela Mueller 的技术援助。作者感谢 Particle Metrix GmbH 提供支付出版费用的资金。
| 柠檬酸盐管 | BD | 364305 | BD Vacutainer |
| 蒸馏水 | Braun | 3880087 | Aqua ad iniectabilia |
| Falcon 管 | Greiner Bio One | 188271 | PP 管,灭菌 15 ml |
| 超速离心管 | Beckman | 357448 | 微量离心管 Polyallomer 1.5 ml |
| Polybeads | , Inc. | 07304 | 2.6% 固体 - 乳胶 对准溶液 |
| 注射器 (过滤器) | Braun | 4617053V | 5 ml |
| 注射器 (ZetaView) | Braun | 4606051V | 5 ml |
| 针头 | BD | 305180 | BD 钝填充针 |
| 头过滤器 | Sartorius Stedim | 16555 | 注射器过滤器,亲水性,450 µm |
| 超速离心机 | Beckman | L8-M | 转子:70Ti 系列号 E21078 |
| ZetaView | Particle Metrix | PMX 100,类型 101 | |
| 离心机 | Eppendorf | 5804R | 转子:A-4-44 |