使用Tomoauto:一个协议，用于高通量自动化低温电子断层扫描

Summary

我们提出如何利用高通量低温电子断层扫描，以确定高分辨率的分子机器的结构原位的协议。该协议允许大量数据要处理，避免了常见的瓶颈，并减少停机时间资源，从而允许用户集中在重要的生物的问题。

Abstract

冷冻电子断层扫描 （Cryo-ET） 是一种强大的三维 （3-D） 成像技术，用于在分子水平上可视化大分子复合物在其天然环境中。该技术最初通过将样品快速冷冻在玻璃体冰中来保持样品的天然状态，然后以高放大倍率从不同角度收集一系列显微照片，最后计算重建 3-D 密度图。冷冻水合标本对电子束极其敏感，因此以非常低的电子剂量收集显微照片，以限制辐射损伤。因此，原始冷冻断层扫描具有非常低的信噪比，其特征是图像本身具有噪点。为了更好地可视化感兴趣的主题，传统的成像分析和亚断层图平均，其中对象的子断层图从初始断层图中提取并对齐和平均，以提高对比度和分辨率。大型倾斜序列数据集对于理解和解析不同状态、条件或突变下的复合物以及获得足够大的子断层图集合以进行平均和分类至关重要。收集和处理这些数据可能是阻碍进一步分析的主要障碍。在这里，我们描述了一种基于计算机控制的 300kV 冷冻电子显微镜、直接检测装置 （DDD） 相机和内部开发的高效半自动图像处理管道软件包装库 tomoauto 的高通量冷冻电子断层扫描方案。该方案已被有效地用于可视化福氏志贺氏菌微型细胞中的完整 III 型分泌系统 （T3SS）。它可以适用于任何适合冷冻电子断层扫描的项目。

Introduction

III型分泌系统（T3SS）是必不可少的毒力决定于许多革兰氏阴性病原体。的injectisome，也被称为针复杂，是所需的效应蛋白直接易位从细菌到真核宿主细胞^1,2中央T3SS机。所述injectisome包括细胞外针，一个基体，和胞质复杂也是已知作为拣杂^3。先前的研究已阐明了从沙门氏菌和 志贺氏菌纯化的injectisomes的3-D结构，随着主要基体蛋白^4,5的原子结构。最近在从沙门氏菌， 志贺氏菌和耶尔森氏菌 injectisomes 原位结构进行了揭示的低温的ET ^{6 7，}然而，胞质复杂，效应子选择和针组件必需的，还没有被可视化这些结构。

低温-ET是MOSŤ合适技术其天然细胞环境（原位）内成像分子机器在纳米级分辨率。尽管如此，通过Cryo-ET可达到的分辨率由样品厚度的限制。为了克服缺点，我们在毒痢疾杆菌菌株进行基因改造，以产生小细胞的冷冻ET足够薄成像完好injectisomes。冷冻的ET的另一个限制是样品诱导的电子束，它非常快速地破坏在样品中的高分辨率信息的辐射的敏感性。其结果是，非常低剂量用于个体倾斜图像，使合适的剂量可以分布在全倾斜系列。这大大降低了在最终的重建的信噪比（SNR），这使得难以区分的大量的断层图像噪声的被检体的结构特征和限制了可以由永冻达到的分辨率ET。 Conventi可用于Onal地区的图像处理，如傅立叶和现实空间滤波器以及向下采样，以增加对比度，但在过滤掉大部分的高分辨率信息的费用。近来，子断层图像平均化使得有可能大大提高了信噪比并随后在某些情况下，以亚纳米水平^8,9的尾声。配合物的更详细的分析成为可能通过计算提取数千含子断层图像从原来的断层图像，然后对准并平均所述子断层图像感兴趣的区域，以确定在具有较高SNR和更高分辨率的原位复杂的结构。这些方法可以用遗传学方法，以提供更大的见解大分子组装，并在天然细胞环境的动态构象进行集成。

在一般情况下，几十甚至几十万子断层需要，以确定高被平均-分辨率结构原位 。采集的倾斜系列足够数量需要产生这种大数目的子断层图像很快成为一个瓶颈。所得倾斜系列往往受光束诱发移位，阶段齿隙，以及倍率，旋转和歪斜缺陷，这必须得到解决，以使倾斜系列对准前重建。倾斜系列典型地通过跟踪金基准标记，这是传统选过倾斜系列的检查手动，引起另一个瓶颈对齐。许多软件包已通过计算机控制的电子显微镜^{10，11，12，}倾斜系列对准和重建^13，14和子断层图像平均^15-18开发用于自动倾斜系列采集。由于这些产品的处理在低温的ET的工作流分立操作，就变成希望建立一个更高的抽象水平进入过程的Systema角度讲简化整个计划到一个单一的管道。因此，我们开发了软件包装库"tomoauto"旨在组织一些这些包成一个单一的半自动化单元，允许简单的用户操作，同时保持以集中的方式各成分的完整配置。该库是开源的，有据可查的，不断发展和可以自由使用，定制开发或进一步集成通过网上远程源代码库（http://github.com/DustinMorado/tomoauto）的手段。

这种高通量冷冻ET管道已被用来可视化完好injectisomes S中菌的微细胞。使用该方法生成总共1917断层图像，揭示一个高分辨率在完整的机器的原位结构，包括由子断层图像^均 19确定的细胞质分拣平台。连同野生型和米的分子模拟utant机，我们的高通量管道提供了一种新的途径，以了解在天然细胞环境的完整injectisome的结构和功能。

Protocol

1.小细准备

1. 为了使S.菌微细胞，变换1微升质粒pBS58，其组成型表达的大肠杆菌细胞分裂的基因ftsQ，ftsA，和ftsZ超从低拷贝壮观霉素抗性质粒入5微升电感受链霉素抗性5a血清型（M90T钐）细胞通过电穿孔的在2.5千伏为5毫秒，以1毫米试管。
2. 商店微细胞的样品在-80℃下在15％甘油在1.5ml微管中的低温。当准备使用时，刮大约5微升用枪头从unthawed微管细胞和悬浮细胞在4毫升的胰蛋白酶大豆肉汤与壮观霉素加入到100微克/毫升的浓度。成长O / N在37℃。
3. 吸管2毫升培养从1.2入200ml胰蛋白酶大豆肉汤与壮观霉素再次加入到100微克/毫升的浓度。在37℃下生长至晚对数期。
4. 为了丰富小细胞，离心200毫升从1.3的培养物在1000×g离心5分钟。小心倾上清液部分到一个新的离心管中并离心以20,000×g离心10分钟。仔细倒出并丢弃上清液部分，并轻轻混合颗粒使用一个枪头剩余的液体和到1.5ml微量离心管中传输大约100微升沉淀混合物。

2. EM网格准备

1. 放置一个R 2/2多孔碳膜200目铜网上碳朝上载玻片上。
   注:R 2/2 200目网格被选择以最大化的倾斜系列可被设置以获得在一个单一的网格，同时仍然支持试样和放置碳膜的边缘，在摄像机的视场的数目在所需的倍率。精细的网格的网格和更小的多孔碳薄膜如R1.2 / 1.3 400目，可用于成像在更高的放大倍率样本;较大的多孔碳薄膜，如R3.5 / 1 200目可使用d表示样品成像在较低的放大率，或如果显微照片不应该包含具有较大的间距，例如R 1的碳边缘和多孔碳薄膜/ 4 200目可以用来帮助进行对准阶段到感兴趣的区域和保护区域从过度曝光在聚焦和跟踪​​例程。
2. 放置在辉光放电装置在平台上的幻灯片。
   注意:我们使用一个内部装置，其中在阳极和平台已加工到真空干燥器中，由一个高频发生器供电。形成真空后，附加高频发生器探针探针上的阳极和电源1分钟到辉光放电的网格。必要的时间，以辉光放电网格的范围可以从几秒钟到一分钟。改变辉光放电时间可用于诊断问题随试样浓度和出现干燥无玻璃体冰网格。
3. 与一组镊子除去网格，并锁定镊子关闭用弹性b和。
4. 加入100微升10纳米的胶体金溶液的微量离心管中，在1.4中制备的微细胞，并通过轻弹管用手指混合。随着新的吸管发生4微升在2.2编写电网的混合物。
   注:胶体金是有各种尺寸和护理提供应采取的金的尺寸大于5个像素定在所获取的放大要处理的显微照片的像素大小，而不是过大，晦涩特征出于兴趣。
5. 准备切入冻结装置;充满液氮的外冷冻容器，然后装满液体乙烷内腔。附加镊子与电网向柱塞杆和柱塞杆锁定到升高位置。
   注:用于描述使用商业暴跌冻结设备的协议，见扬库^等 [20]。
6. 通过仔细触摸一片滤纸到t吸干电网他滴样品直到网格和滤纸分离并在滤纸上的芯吸停止之间的弯液面，然后立即释放柱塞杆，冻结的网格。小心地从柱塞杆除去钳子，并放置在网格到网格支架。
7. 用液态氮填充装载区和吸收泵容器准备冷冻电镜中转站。一旦装载区域是在液氮温度下发生的网格支架，并在装载区在显微镜标本盒。
8. 小心地取出锁环，这是早期的波拉显微镜或以后的型号C风格的夹环或者是小螺纹锁环;使用镊子将EM电网进入墨盒，然后轻轻地重新安装锁环放回盒固定网格。
9. 从显微镜中取出多个样品支架，并将其安装到中转站。将试样墨盒插入墨盒使用的镊子持有人Ð缩回从装载区域中的保持器和多个试样保持器传回的显微镜。
   注:参见陈等人 ²¹为可视的协议细节2.1-2.9。

3.高通量自动化倾斜系列集合

1. 集低倍率地图的
   1. 通过点击"打开"的SerialEM ¹⁰的"导航"菜单中打开一个新的浏览器窗口（http://bio3d.colorado.edu/SerialEM）
   2. 查找包含可接受的成像条件方格（ 即薄冰，没有污染，感兴趣的主题）使用荧光屏幕在低倍率（〜2,300X为小细胞标本）。
      注:[可选:该步骤可以与SerialEM通过剪接整个电网自动化，但它能够更快简单地手动选择少数地区]
   3. 调整阶段eucentric高度倾斜样品架至50°再调整的z高度，直到该级的XY平移是最小的倾斜和非倾斜视图之间。
   4. 移动到方格的中心，点击Navigator窗口中的"添加阶段名次"按钮来保存当前舞台上的地位。
   5. 继续步骤3.1.1-4以上，直到所有接受方格级职位已被保存。
   6. 通过单击"文件"菜单中的"新建蒙太奇"打开一个新的蒙太奇MRC文件。在蒙太奇设置对话框打开后，选择一个数字X和Y枚将收购整个方格（ 例如，10×10的标准的200网格）的。使用高分级，如8，选择"移动相反的图像转移阶段"和"跳过用于对齐件相关"单选按钮。
   7. 在浏览器窗口中单击第一个舞台上的地位，并把它设置为通过检查"采集"复选框被收购。在浏览器窗口中的每个阶段的位置重复此。
   8. 打开浏览器获取对话框通过在"导航"菜单中单击"获取的积分"。选中"采集地图图像"和"粗eucentricity"复选框，并确保所有其他复选框都未选中。点击"继续"，收集了蒙太奇在每个阶段的位置。
2. 倾斜系列采集
   1. 在浏览器窗口中选择被收购的地图之一，并点击"载入地图"按钮。
   2. 在浏览器窗口中，单击"添加点"按钮，然后选择点在其中获得倾斜系列地图。然后点击"停止添加点"按钮。重复每个收集的地图。
   3. 在相机菜单中选择"参数"，并为重点，审判和记录模式定义的参数。 [可选:剂量分级的数据可以为拍摄模式下的参数指定]
   4. 选择Navigator窗口中的一个点，并检查"倾斜系列9;复选框。在打开选择参数倾翻式系列设置对话窗口所需的倾斜系列采集。重复在导航窗口中选定点的休息，但不要选择地图。
   5. 在导航菜单中再次选择"获取的积分"。在导航器获取对话框中选择"重新调整项"，自动对焦"和"粗eucentricity"的初步任务，并选择"获取倾斜系列"作为首要任务，并选择"关闭柱阀，在结束"当所有关闭列点的已收集。一旦继续倾斜系列将在每个地图每个点采集。

4.高通量自动化倾斜系列加工和重建使用Tomoauto

1. 梁诱发运动的剂量分次数据修正[可选]
   注:Tomoauto使用MOTIONCORR ^{22（http://cryoem.ucsf.edu/software/driftcorr.ht}毫升），从剂量分次取出显微光束引起的运动。 NOTIONCORR ¹⁶必须安装在系统上。
   1. 与原来的倾斜系列，从SerialEM ¹⁰在当前工作目录输出日志和个人剂量分级的所有图像，在终端执行以下命令:
      dose_fractioned_to_stack
      是倾斜系列以处理的名称。
2. 对齐的倾斜系列和重建
   注:Tomoauto默认使用IMOD ^{13（http://bio3d.colorado.edu/imod/）}来处理倾斜系列自动基准模型生成，比对，确定对比度传递函数（CTF），CTF校正^23，和重建。另外用户在tomoauto选择使用RAPTOR ^24（包含在IMOD）的自动化基准模型生成，周大福FIND4 ^{25（http://grigoriefflab.janelia.org/ctf）}来确定CTF，和tomo3d ^{26（https://sites.google.com/site/3demimageprocessing/tomo3d），}用于重建或以软件产品的任何组合组态。此每个包中可用的配置以及参数是由可以被编辑以适合在实验室中最常用的值，同时本地配置文件还可以创建用于特定样本细节的参数，收集一个全局配置文件处理设置或个人倾斜系列。那些希望使用所有包装必须安装在系统上。
   1. 随着倾斜系列在当前的工作目录，在终端执行命令
      tomoauto --CTF --mode =对齐
      是倾斜系列进行处理并是diame之三的以纳米为单位的基准标记。此命令将调整和自动估计倾斜系列的CTF。有可能跳过CTF处理通过从命令中--CTF选项。
   2. 检查对准倾斜一系列可视在对准处理任何明显的误差和通过执行的命令检查所估计的CTF:
      3dmod <文件名​​> .ali
      submfg <文件名​​> _ctfplotter.com
      分别为， 其中 <文件名​​>是倾斜系列无后缀的名称。同时检查tomoauto命令的输出看到的一致性，这是调整的质量进行定量统计生成的平均剩余误差。
   3. 给定一个可接受的定位通过执行命令进行处理:
      tomoau以--CTF --mode =重构
      使用相同的用户替换为4.2.1。此命令将纠正周大福，从倾斜系列擦除基准标记和计算的重建。再次CTF处理可以跳过在4.2.1。
   4. [可选]要跳过目视检查步骤，并全面实现自动化处理与重建执行命令
      tomoauto --CTF
   5. [可选]要使用特定的本地配置，请参阅如何生成一个本地配置文件tomoauto文件，然后执行命令
      tomoauto [选项] -L
      其中是本地的conf名iguration文件。

5.子断层扫描平均

注:我们使用的i3包^{15（http://www.electrontomography.org/）}来处理子断层扫描平均的实验，但协议中所述，一般适用于大多数可用的子断层扫描平均软件packages16to处理子断层扫描平均的实验，但协议中所述，一般适用于大多数可用的子断层扫描平均软件包^16-18。

1. 随着当前工作目录重建的断层图像开拓断层扫描粒子采摘通过执行以下命令:
   tomopick <文件名> .REC
   其中<文件名>是在4.2.2。在打开使用鼠标左键点击第一个基础体温，然后针尖选择一个injectisome并使用向上和向下箭头键来即兴通过tomogra的切片窗口米选择这种方式的所有可见injectisomes。这存储在文本文件中定义的结构的长轴以及推定的两个3欧拉角描述结构的取向的坐标。
2. 计算提取从通过执行命令集中在定义的长轴的中点的断层图像⁴⁰⁰ 3体素立方体:
   夹大小调整-cx -cy -cz -ix 400 -Iy 400 -Iz 400
   <文件名> .REC <文件名> _001.mrc
   其中，和是结构的中点坐标和<文件名>是在4.2.2。所提取的立方体的尺寸应该由结构和所用的放大倍数而变化，并且应该足够大，以适当地包围感兴趣的结构，这对于该样品是⁴⁰⁰ 3体素。
3. 下采样（斌）子断层扫描由四个因素通过执行以下命令，以减少计算时间初始校准:
   binvol -b 4 <文件名> _001.mrc <文件​​名> _001.bin4.mrc
   其中<文件名>是在5.2。
4. 应用决定欧拉角子断层和计算的全球平均通过执行以下命令来产生初始模板。
   I3totsum.sh
5. 对准并使用胞质区域的二元分类掩模分类向下抽样子断层图像。在傅立叶空间中进行的子断层图像平均化，以尽量减少缺失槽楔工件断层扫描的特性。对于分档4的数据，请使用SAMPFACT ="4 4 4"。
   i3mramsacls.sh
6. 重复步骤5.5采用子断层图像下采样由两个（SAMPFACT =＆一个因子＃34; 2 2 2"），并再次与原始数据（SAMPFACT ="1 1 1"）。
   i3mramsacls.sh

Results

小细胞S.样品菌 ，收集并处理的结果显示在原理图1采用tomoauto在图2中详述的管道下面。 使用SerialEM ^10，其允许高通量倾斜系列采集在上低倍率蒙太奇地图由用户指定的点（ 图3）倾斜系列收集。使用剂量分馏模式直接检测器件照相机上，以减少束诱发运动^22（图4），收集显微镜照片。 Tomoauto坐标运动校正拍摄的剂量分次显微照片与MOTIONCORR ²²处理每一集合并组装的结果成倾斜系列，以进行进一步的处理（ 电影1）。

tomoauto的最普遍的应用是部门自动化最初倾斜系列了C对齐。 Tomoauto构成顺序执行在IMOD

Discussion

此处所描述的高通量方法，使我们能够处理1917低温倾斜系列和产生超过4500分断层图像的完好S的菌 injectisome ^19。所收集的数据导致原位 injectisome的详细的表征，包括胞质排序复杂。该方法也被用来可视化几个突变的细胞与特异性缺失推定的蛋白质组分，这有助于阐明injectisome的排序平台的组成。我们的方法提供了新的途径，调查injectisome的结构与功能的关系。其结果是，新的阶段设定为底层T3SS介导的分泌和发病机制的进一步清扫。

这里介绍的协议描述完整S的高通量冷冻ET 菌 ，但也适用于适于冷冻的ET任何项目。这种方法已经在structu被用于莱姆病螺旋体 ²⁷的鞭毛马达的拉尔表征，大肠杆菌感染大肠杆菌的小细胞通过噬菌体T7 ^28，和化学感受器阵 ​​列在大肠杆菌大肠杆菌 ^29。通过促 ...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
甘油	Sigma-Aldrich	G9012
Tyrptic 大豆肉汤	Sigma-Aldrich	22092
壮观霉素	Sigma-Aldrich	S0692
电穿孔仪	Bio-rad	165-2100
1 mm 比色皿	BTX	45-0124
1.5 ml 低温管	热科学	5000-1020
1.5 ml 微量离心管	Sigma-Aldrich	Z336769
Holey 碳网格	Quantifoil （Electron Microscopy Sciences）	Q2100CR2	R2/2 200 Cu
辉光放电装置	内部		商业替代品 可用的
真空干燥器	Sigma-Aldrich	Z119016	用于内部辉光放电装置
高频发生器	Electro-Technic 产品	BD-10A	用于内部辉光放电装置。注意： 此设备会产生高电压。
离心
镊	Dumont （Electron Microscopy Sciences）	72705-D	Style 5 防磁
胶体金	Aurion		BSA 10nm
滤纸	Whatman		#2
乙烷	Matheson Tri-Gas	UN1035
氮气	Matheson Tri-Gas	UN1977
柱塞装置	内部		商业替代品 可用的
低温网格存储箱	电子显微镜科学	71166-30
透射电子显微镜	FEI		Tecnai Polara F30 （300 KeV）
直接检测设备 相机	Gatan		K2 Summit
断层扫描采集软件	SerialEM		http://bio3d.colorado.eud/SerialEM 替代方案： UCSF 断层扫描、Leginon、FEI 批量断层扫描
束诱导运动校正软件	MOTIONCORR		http://cryoem.ucsf.edu/software/driftcorr.html 需要 >2GB Nvidia GPU
倾斜系列对齐软件	IMOD		http://bio3d.colorado.edu/IMOD 替代品： XMIPP， Protomo
自动基准标记建模软件	IMOD		替代品： RAPTOR（包含在 IMOD0 中（可在 tomoauto 中使用）
CTF 测定软件	IMOD		替代品： CTFFIND http://grigoriefflab.janelia.org/ctf （可在 tomoauto 中使用）
Tilt-Series 重建软件	tomo3d		https://sites.google.com/site/3demimageprocessing/tomo3d 替代品： IMOD， XMIPP http://xmipp.cnb.csic.es ， Protomo
Tilt-Series 自动处理软件	tomoauto		https://github.com/DustinMorado/tomoauto
颗粒拾取软件	i3		http://www.electrontomography.org 替代品： IMOD
子卷平均软件	i3		替代方案：PEET http://bio3d.colorado.edu/PEET、Dynamo https://dynamo.bioz.unibas.ch、PyTom http://pytom.org