方法文章

机器人平台的高通量原生质体分离和转型

DOI：

10.3791/54300

⸱

2016年9月27日

 ,  , 
1Department of Plant Sciences, University of Tennessee, Knoxville, 2Center for Renewable Carbon, University of Tennessee, Knoxville, 3Department of Mechanical, Aerospace, and Biomedical Engineering, University of Tennessee, Knoxville

本文内容

摘要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

高通量，自动化，烟草原生质体的生产和改造的方法进行描述。该机器人系统可以在模型BY-2系统应该是翻译到非模式作物大规模并行基因表达和发现。

摘要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

在过去的十年里，已经在使用植物原生质体，范围从模型物种作物物种，信号传导途径，转录调控网络，基因表达，基因组编辑，和基因沉默的分析的回潮。此外，显著进展已在植物的原生质体的再生，这已产生在使用这些系统用于植物基因组的甚至更多的利益作出。在这项工作中，一个协议已使用机器人平台已经开发了用于原生质体分离和转化的自动化从'亮黄色'2（BY-2）烟草悬浮培养。使用花椰菜花叶病毒35S启动子（35S）的控制下，为橙色荧光蛋白（OFP）报告基因（pporRFP）的转化方法进行了验证。原生质体OFP表达，荧光显微镜证实。分析还包括使用propidiu原生质体生产效率的方法米碘。最后，被用于原生质体分离过程的低成本食品级酶，绕过用于实验室级的酶，它们成本昂贵的自动化原生质体分离和分析的高通量的需求。根据此工作开发的协议，从原生质体分离到转化完成过程可以在4小时进行中，在不脱离操作者的任何输入。而在这一工作开发的协议是与BY-2细胞培养物中证实，程序和方法应该是可平移的任何植物悬浮培养/原生质体系统，该系统应使作物基因组学研究的加速度。

引言

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

近年来，一直放置在转基因作物的设计克服了各种疾病1，赋予抗除草剂2，赋予干旱3,4和耐盐5显著动力，防止虫食6，提高生物产量7，降低细胞壁顽抗8。这种趋势已经通过新的分子工具的发展，用于产生转基因植物，包括使用CRISPR和TALENS 9基因组编辑，基因通过的dsRNA 10，miRNA的11，和siRNA 12沉默辅助。虽然这些技术简化了转基因植物的一代，他们还创建了一个瓶颈，其中产生的转基因植物的数量之多，无法使用依赖于植株再生的传统系统进行筛选。与此相关的瓶颈，而沉默和基因组编辑构建体能够迅速地插进植物，许多目标性状不能产生所期望的效果，这通常没有发现直到植物在温室中进行分析。在这项工作中，我们开发了用于植物原生质体的快速，自动化，高通量筛选的方法，具体而言，以解决在大量的基因组编辑和基因沉默靶的早期筛查的当前瓶颈。

使用原生质体的，相对于完整的植物细胞，具有几个优点对自动化平台的开发。首先，原生质体的植物细胞壁的消化后分离，以及与此屏障不再存在，转化效率提高13。在完整的植物细胞，只有两种用于转化很好地建立的方法，基因枪法14和农杆菌介导的转化15。这些方法都不能够容易地转化为液体处理平台，生物射弹需要TRANSFO专门的设备细则第十五，而农杆菌介导转化需要共培养和随后的去除细菌。无论是适合于高通量方法。在原生质体的情况下，转换是经常使用聚乙二醇（PEG）介导的转染16，其仅需要几个溶液的交流，并非常适合用于液体处理平台进行。第二，原生质体，顾名思义，是单细胞培养物，从而与在植物细胞培养物结块和链的形成相关的问题，没有在原生质体观察。在使用基于平板分光光度计，细胞凝集快速筛选而言，或细胞在多个平面将导致难以取得一致的测量。因为原生质体也比其培养基稠密，它们沉淀到孔的底部，形成一单层，这有利于对基于板状光度法。最后，尽管植物细胞悬浮培养物是PRIMAR随手从愈伤组织17衍生的原生质体可以从多种植物组织的收获，从而导致识别组织特异性表达的能力。例如，能够分析根级或一个基因的叶特异性表达可以是表型的预测很重要的。由于这些原因，在该工作开发的协议使用从广泛使用的烟草（ 烟草属）"亮黄色'2（BY-2）悬浮培养物分离的原生质体进行了验证。

在BY-2悬浮培养已被描述为高等植物的"的HeLa"细胞，因为在植物细胞中18的分子分析其无处不用途。最近，BY-2细胞已被用于研究植物的影响压力19-22，细胞内蛋白质定位23,24，以及基本的细胞生物学25-27表明在植物生物学这些培养物的广泛的实用性。 BY-2培养物的一个附加的优点是到培养物与阿非迪霉素同步，这可导致增强的基因表达的重现能力研究28。此外，已开发了用于使用低成本酶29,30 BY-2原生质体的提取，如传统上用于产生原生质体的酶是成本过高的高通量系统。因此，下面描述的协议已被使用BY-2悬浮培养验证，但它应该是易于进行的任何植物细胞悬浮培养。证明的概念实验使用CaMV 35S启动子的控制下，从硬盘珊瑚滨橙色荧光蛋白（OFP）报告基因（pporRFP） 滨 31进行。

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方案

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1.悬浮培养的建立

  1. BY-2介质通过加入4.43克Linsmaier＆Skoog基础介质30克蔗糖，200毫克KH 2 PO 4制备的液体，和200微克至900的2,4-二氯苯氧乙酸（2,4-D）毫升蒸馏水水和pH至5.8，用0.1M的KOH。调节pH值之后，调节最终体积至1000毫升蒸馏水和高压釜中。介质可以在4℃保存最多2周。
  2. 接种用100ml液体BY-2的媒体和单片BY-2愈伤组织（> 1厘米直径）上生长固BY-2介质的250ml Erlenmeyer烧瓶（液体BY-2的媒体与添加1％琼脂）中，用铝箔密封。在28-30℃下孵育培养振摇5天。
    注:BY-2愈伤组织被保持在为长期贮存的固体介质，如液体培养物将迅速长满。培养体积可以根据需要进行调整，通常的100毫升培养将能够装载三十3个6-WELL板。
  3. 转让2 ml对数相BY-2培养到98毫升的新鲜BY-2培养基中，并在28-30℃振荡孵育5-7天。
    注意:100稀释的5-7天龄培养物，而不是与愈伤接种:建立液体培养物的传代培养可以定期使用1来进行。
  4. 调匀的培养，因为细胞将迅速沉降，并转移6毫升细胞培养物至15ml锥形底离心管，并让细胞沉降至少10分钟。通过除去上清液调节红细胞体积与总体积的50％。
  5. 通过反相和吸管500微升成用于消化一个6孔板的每个孔中摇管中。使用宽孔移液管在此阶段转移的细胞，因为它们是致密的并且会阻塞标准枪头。

2.原生质体分离

  1. 打开所述机器人系统（ 图1A）的所有部件，并打开该板移动器任务调度软洁具。任务调度程序集成了其它设备，以使每件设备之间板的传送微板动。
  2. 之前的实验中，定义为实验室器皿中的协议用于每个片实验室器皿，在板移动器软件的技术规范（ 例如 ，盘，盖），以及开始和结束的位置，如下:
    1. 从板块发软件主工具栏中单击设置 ，然后选择管理容器类型命令。
    2. 如果容器类型在现有容器类型库中列出，然后选择适当的容器中。
    3. 如果容器类型没有在现有的容器类型库中列出然后单击添加以指定新的容器类型。
    4. 添加新的容器类型后，插入新容器（高度，宽度，堆放尺寸和夹具偏移量）的尺寸到相应的选项卡，然后单击保存 。
      1. 如果正确的尺寸不能从制造商，然后准确地用卡尺确定所有尺寸的精确到毫米。在测量容器尺寸误差将导致板动机故障。
    5. 重复步骤2.2.2至2.2.4.1对所有类型的容器，该板块发会遇到。此步骤为所有实验器皿完成后，有必要定义用于每个容器（步骤2.2.6）的开始和结束位置。
      注意:对于这个协议的实验室器具包括6孔板中，深孔板，和96孔荧光筛选板。
    6. 以限定每个容器的开始和结束位置，点击特定的协议的开始/结束标签。首先，选择每个容器的起始位置。接下来，检查在开始和结束位置都为带盖/ Unlidded的框。重复所有的容器。
      注意:如果集装箱将被留在另一块的EQU双模接收机设备（而不是板发）结束位置可以留空。
  3. 在这个阶段所有平板手动装载到用于整个工作流程的开始位置。用BY-2细胞加载96孔荧光隔离板成酒店2，6孔板进酒店3，96深孔板将用于转化到板加热器/冷却器巢2，和50毫升的锥形含有酶溶液（见补充文件 ，第1.2.2节）到多模饮水机管。
    1. 如果变换将在协议来进行，以10微升每孔的质粒DNA的预装载96深孔板（1微克/微升，A 260/280> 1.8）含有OFP报道构建和孵化在板加热器/冷却器在4℃。每个孔将用于单个转换，从而填充将取决于实验设置井的数量。
  4. 装载的自动完成所有物资和板ð液体处理平台，在指定地点，并定义每个项目中的自动化控制软件（ 图1B）的位置。
    1. 装载在MMG200μl的40％的PEG（0.4M甘露醇，100mM的MgCl 2的，4毫MES，pH值5.7）在第1列，将200μl碘化丙啶的预装入的96孔板（PI，1微克/毫升）在第2栏，以及200微升的在第3列（巢2）乙醇，和枪头的巢8的盒子。
    2. 要定义实验室器皿中的自动化液体处理平台的软件，从菜单中的位置，选择工具 ，然后单击编辑实验室器皿 。
    3. 选择实验室器皿从下拉菜单类型或定义使用新建医学实验按钮，一个新的实验器具类型。
    4. 定义选择的主要协议选项卡，然后单击配置选择实验室器皿每件实验室器具的位置。确保放置在自动化液体处理平台上的每一块实验室器皿是前运行协议定义。
    5. 要触发自动协议，单击配置文件资源管理器窗口，然后选择要运行的协议（ 原生质体分离 ， 细胞计数和PEG介导的转化 ）的名称。
    6. 单击运行初始化将在方案中使用的所有设备。
    7. 最后，在工作资源管理器窗口中，单击添加工作单位 ，以验证系统中的所有容器/实验室器材，并开始自动协议。
      注:的自动化协议完整的描述包含在补充文件。

3.建立标准曲线用于细胞计数

  1. 在1毫升体积的1×10 6原生质体/ ml的浓度手动集中原生质体。原生质体离心在1000 XG 10分钟，取出上清液。
  2. 手动添加900微升70％的乙醇（保持在4℃）的原生质体沉淀并重新悬浮沉淀。孵育10分钟在冰上固定细胞。
  3. 添加的PI 100微升（1微克/毫升）的原生质体来标记细胞核，并允许检测由板阅读器。
  4. 负载80微升液体BY-2介质插入96孔荧光筛板起始于第2列的各列和行。
  5. 在96孔荧光屏蔽板的第1列，加入原生质体的70微升和50微升BY-2介质到每个孔中的柱。
  6. 放置板的自动化液体处理平台的巢6，并运行一个2倍连续稀释。
    1. 要进行自动化液体处理平台上的连续稀释，单击启动连续稀释向导并调整传输量（60微升），混合和体积（2，70微升），初始井数（第1列，行AF），稀释井（列2-11，行AF），以及吸入和排出性能（从井底0.5mm）的。
    2. 设置参数后，保存d运行的协议。
      注:由于所有原生质体用的PI标记（由于细胞的固定），荧光正比于原生质体的浓度。
    3. 连续稀释完成后，从窝9取下板并插入板读数器，并运行在平板阅读器软件的标准曲线协议。
      注意:标准曲线将随后由荧光从PI（激发536纳米/发射620毫微米）各孔与已知原生质体浓度进行比较来生成的。
  7. 一旦酶标仪协议完成后，取出板和收集高压灭菌或在生物安全议定书规定"等去振兴程序的任何转基因细胞。

4.转型的微观分析

  1. 与转化的原生质体从机器人系统的酒店1（自动协议3， 补充文件的产品）取下板。
  2. 转在倒置显微镜，照相机和荧光灯。
  3. 选择用于起始聚焦的原生质体的10X物镜，打开卤素灯，并关闭快门的荧光灯。
  4. 压板到微观制度和注重利用明原生质体。
  5. 着眼于原生质体后，关闭卤素灯泡和打开快门的荧光灯。
  6. 选择CY3 / TRITC过滤器由转基因原生质体表达的蛋白质pporRFP可视化设置。
  7. 扫描每个孔，以确定原生质体表达pporRFP荧光标记物的数目。
  8. 计算转化效率原生质体的表达荧光标记物的原生质体的总数量的总数。
  9. 收集含有生物安全认可袋高压灭菌或在生物安全议定书规定"等去振兴程序转基因细胞的板块。

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结果

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在目前的研究中，BY-2的倍增速率从14-18小时取决于在该培养物温育的温度，用15小时的平均细胞周期长度的先前的报告一致变化。与此倍增速率，以1:100起始接种物用于启动培养，导致培养物在5-7天的50％的收集细胞体积（PCV）。在当前的协议，其中培养物在200ml培养基中生长，在7天，这提供了足够的细胞以填充33 6孔板生成100ml的PCV。在原生质体产率而言，产生在协议中规定的条件消化4.70×10 5±5.77×10 3个原生质体每孔，导致在2.82×10 6个原生质体每6孔板（ 图2A）。根据这些数据，214 96孔板（70微升每孔的原生质体）可以由单一的6孔板消化被加载，以fo的电位被同时消化v提供两种6孔板中，利用两个板状加热器/冷却器电台。因此，可以在单个三小时消化协议过程中产生的原生质体的最大数量是5.64×10 6。

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讨论

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

上述的协议已被成功验证为原生质体分离，计数，以及使用该BY-2烟草悬浮细胞培养物转化;然而，该协议可以很容易地扩展到任何植物悬浮培养。目前，原生质体分离和改造已经在众多的植物，包括玉米（ 玉米 ）10，红萝卜（ 胡萝卜 ）32，杨树（ 胡杨 ）33，葡萄（ 葡萄 ）34，油棕（ 油棕 ）35实现，生菜（ 莴苣 ）36，芥菜（ 雪里蕻 ）37，水稻（Oryza sativa）38，和柳枝稷（ 柳枝稷 ）39,40。而在培养和消化条件的变化因物种发生，在这项工作中开发的协议的条款，替换培养基或改变挖的条件estion不应该改变的基本协议。调整到由操作者协议的初始化之前被加载所需的消化不同的物种，培养基和酶，从而交换这些部件是微不足道的。作为一个额外的好处，该协议是易于进行筛选多种消化条件...

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披露

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

作者宣称，他们没有竞争的经济利益。

致谢

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

这项研究得到了高级研究计划署 - 能源 （ARPA-E） 奖号的支持。DE-AR0000313。

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材料

本文使用的材料清单
姓名公司目录编号评论
Orbitor RS 微孔板移动机械臂Thermo Scientific
Bravo 液体处理器Agilent
Synergy H1 多功能微孔板检测仪BioTek
MultiFlo FX 多功能分液器BioTek
TeleshakeInheco3800048
CPAC 超扁平加热器/冷却器Inheco
Vworks 自动化软件控制和编写 Agilent BravoAgilent
Momentum 软件用于控制 Orbiter RS 的 Thermo Scientific任务调度软件
液体处理控制 2.17 软件Biotek软件用于控制和编写 MultiFlo FX
IX81 倒置显微镜奥林巴斯
Zyla 3 点显微镜相机Andor
ET-CY3/TRITC 滤光片套装Chroma Technology Corp49004
Rohament CLAB 酶样品瓶低成本纤维素酶
Rohapect UFAB 酶样品瓶低成本果胶酶
Rohapect 10LAB 酶样品瓶低成本果胶酶/阿拉伯蛋白酶
Linsmaier &Skoog 基础培养基植物技术实验室L689
2,4-二氯苯氧乙酸技术实验室D295
碘化丙Sigma AldrichP4170
聚乙二醇 4000Sigma Aldrich95904-250G-F原名 Fluka PEG
碘化丙啶Fisher Scientific25535-16-4Acros Organics 公司
CaCl2>Sigma AldrichC7902-1KG
醋酸钠Fisher ScientificBP333-500
甘露醇Sigma AldrichM1902-1KG
蔗糖Fisher ScientificS5-3
KH2PO4Fisher ScientificAC424205000
KOHSigma AldrichP1767
Gelzan CMSigma AldrichG1910-250G
6 孔板Thermo Scientific103184
96 孔 1.2 ml 深孔板Thermo ScientificAB-0564
96 孔光学底板Thermo Scientific165305
Finntip 1000 大口径移液器吸头Thermo Scientific9405 163
NaClFisher ScientificBP358-10
KClSigma AldrichP4504-1KG
MESFisher ScientificAC17259-5000
MgCl2Fisher ScientificM33-500
7000190 用于方案的 软件的方案 植物啶

参考文献

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Protoplast TransformationHigh throughput ScreeningBY 2 TobaccoEnzyme DigestionFluorescent MicroscopyPropidium IodideOrange Fluorescent ProteinPolyethylene Glycol

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