在拟南芥原生质体转染昼夜的表型有荧光时钟记者的快速分析

Summary

生物钟的调节有关拟南芥转录组的三分之一，但基因的反馈到报时的比例尚不清楚。在这里，我们可视化的方法来使用一昼夜记者在原生质体瞬时表达的荧光成像拟南芥突变体的任何行快速评估昼夜的表型。

Abstract

植物生物钟可以预测环境的日常变化。这种预期有助于对时间可预测的生物和非生物胁迫的反应。相反，昼夜节律计时的中断会严重损害植物健康并降低农作物产量。因此，我们必须了解植物昼夜节律的复杂调节，包括影响转录发条本身运动的因素。

测试模式植物拟南芥（拟南芥）的昼夜节律缺陷传统上涉及将特定的突变系与有节奏地表达来自生物钟基因启动子的萤火虫荧光素酶的系杂交。这种方法费力、耗时，如果突变体没有昼夜节律表型，则可能徒劳无功。这里介绍的方法允许对昼夜节律表型进行快速初步评估。分离来自突变型和野生型拟南芥的原生质体，用节奏表达的发光报告基因转染，并在恒定光照条件下成像 5 天。发光痕迹将直接揭示突变植物的自由运行期是否与野生型植物不同。该方法的优点是可以有效地筛选任何拟南芥系，而无需在该突变背景中生成稳定的转基因发光时钟标记系。

Introduction

大多数生物体具有内源性计时员，以帮助每日变动对环境的有效协商。此计时，生物钟，调节生物体的代谢和生理学的许多方面以预料的外部环境可预见的变化。在例如植物，在时间上可预见的病原体或草食动物攻击的预期强烈降低了整体的易感性^{1 - 4。}淀粉代谢紧紧生物钟调节到最后保证淀粉的储备，直到天亮在或长或短日照条件下⁵是否增长。事实上，与之搭配的24小时环境显示出增加的增长率生物钟植物固碳率和存活率相比，运行时间不匹配⁶的时钟植物。昼夜节律在所有这些过程中广泛的影响产生在很大程度上从多达三分之一有节奏的调控在拟南芥⁷的总转录。这些节律的基因产物参与广泛的细胞过程，包括代谢途径，激素信号，和应激反应^7。最重要的是，蛋白质功能的直接昼夜调节是通过磷酸化⁸昼夜调控最有可能其他翻译后后修饰成立。

在驱动这每天转录重新编程生物钟的中心位于转录网络/翻译反馈回路（TTFLs），包括早晨表达基因生物钟ASSOCIATED 1（CCA1）和LATE芒胚轴（LHY），该抑制的表达CAB的1（TOC1），GIGANTEA（GI）和晚上复杂（EC）的成员日晚基因时序 ; LUX ARRHYTHMO（LUX），早开花3（ELF3）和ELF4 ^{9 - 11。}一起机智小时假响应调节 -genes（PRR3，5，7和9），TOC1压制CCA1 / LHY表达而EC充当阳性调节器^{12 - 14。}所述TTFL网络组件的附加反馈机制，转录后和翻译后调节起着调谐昼夜节律的重要作用。到目前为止，上确定生物钟蛋白质最丰富的PTM是磷酸化^15。 CCA1由酪蛋白激酶2（CK2）的磷酸化会影响其结合靶子¹⁶和为生物钟¹⁷的温度补偿重要。该PRR蛋白磷酸化差异在昼夜周期，TOC1的磷酸化影响其负调节因子的相互作用，晚上分阶段时钟组件^{ZEITLUPE（ZTL）18。}这些实施例说明如何翻译后修饰和蛋白质 - 蛋白质相互作用调TTFL网络到24小时的转录振荡器。对于更详细的介绍了转录时钟网络及其调控，近期出色的评语是可用的（ 如参考^15）。

然而，仍不太清楚的是，以有节奏调节过程和细胞代谢的其它方面反馈到计时机构本身的程度。时钟缺陷拟南芥突变体的筛选粗放可能获得进一步的了解它的机制或信号通路可能在24小时节律的产生涉及从TTFL网络。为此，金和索先前发表的时钟功能的任何拟南芥线¹⁹中的高效率和快速分析的突破方法。基于原生质体采用瞬时表达，这种方法超越了稳定的转基因株系的需要或超过到发光的时钟标记线。在这里，我们可视化高产原生质体隔离和与优化的协议合并正方法²⁰筛选通过的瞬时表达的时钟标记发光成像昼夜缺陷在96孔板阅读器。

我们将野生型协作0拟南芥比较良好的特点时钟突变体，确认这里描述成功检测改变昼夜节律的方法。从这些行衍生的原生质体转染表达与昼夜CCA1子萤火虫荧光素酶报道构建; CCA1pro:LUC ^19。萤光素酶催化的多步反应，其中萤光素转化成电子激发氧化萤光素发射光^21，其被成像在一段时间，以评估在这些原生质体的期间，振幅和转录节律的相位。

该协议包括三个主要部分组成;分离的原生质体，用报道质粒，和发光即时转染的原生质体老化。这三个部分应该总是在一天用新鲜制备的缓冲液和试剂进行。植物生长，并有足够量的报道质粒的纯化应提前进行，并且在该协议中不可见。

Protocol

注意:在这个协议中，所描述的试剂和卷每被测试拟南芥系中表达，并且将导致该基因型六个复制孔中。与行数乘以材料分析多于一行时被分析。在视频中，野生型拟南芥会相比，生物钟突变系ZTL（尽管从附加线路代表性的结果将随后提供）。

酶液
纤维素酶	0.5％（重量/体积）
果胶酶R10	0.25％（重量/体积）
D-甘露糖醇	400毫米
氯化钙	10毫
氯化钾	20毫米
牛血清白蛋白	0.1％（重量/体积）
MES，pH值5.7	20毫米
W5的解决方案
氯化钠	150毫米
氯化钙	125毫米
氯化钾	5毫米
MES，pH值5.7	2毫米
葡萄糖	5毫米
MMG解决方案
MES，pH值5.7	4毫米
D-甘露糖醇	400毫米
氯化镁	15毫米
PEG解决方案
PEG4000	40％（重量/体积）
D-甘露糖醇	200毫米
氯化钙
成像解决方案
W5的解决方案	至最终体积
胎牛血清	5％（V / V）
荧光素	1.2毫米
氨苄青霉素	50毫克/毫升

100毫米

表1: 溶液的列表。

1.材料和缓冲液的制备

1. 植物材料
   1. 保持拟南芥山口-0在水的种子在1.5ml管中，在4℃在黑暗中四天。移液器种子的土壤上在一个锅里，并在21°C转移到漫长的一天条件（16小时光照8小时黑暗）7天。留在锅里盖子的前三天，以确保高湿度。移植6苗到一个新的8厘米×13厘米×5厘米的花盆并继续anoth在相同条件下生长的植物呃21天。确保土壤湿润各地。
2. 记者质粒
   1. 净化CCA1pro:从细菌培养LUC报告质粒¹⁹预先，使用根据制造商的说明的DNA分离试剂盒。
      注:20微克报告质粒是必需的（10微升在卫生署₂ O 2微克/微升）的转染。
3. 解决方案
   注意:对于这个协议都需要5的解决方案:酶溶液，清洗5（W5）溶液，甘露醇镁（MMG）溶液，聚乙二醇（PEG）溶液，和成像溶液（ 表1）。在继续原生质体分离步骤之前准备这些。
   1. 制备的10ml酶溶液按表1中 ，添加酶最后，并过滤消毒通过0.22μm注射器过滤该溶液。
   2. 在下面的卷准备其他的解决方案:15毫升W5的解决方案，将10毫升MMG小号olution，将1ml PEG溶液和1.5毫升成像溶液按表1中 。
      注:该PEG溶液制备不下转染前一小时，以确保PEG已完全溶解是很重要的。过滤消毒通过0.22微米注射器过滤器的成像溶液。

图1:原生质体分离成人拟南芥（A）的叶子被固定在与下表皮层朝上（B）釜磁带。 （C）的魔术胶带轻轻压到用15毫升锥形管的尖端的下表皮层。 （D）的魔术胶带除去以暴露叶肉细胞（E）。 （F）与假釜胶带条附s的浮在含有纤维素酶和果胶酶的酶溶液，释放原生质体在溶液中。 （G）骨架留在釜磁带酶消化后叶被丢弃，留下酶溶液（H）的原生质体。 （I）最终导致原生质体（比例尺= 50微米）。 请点击此处查看该图的放大版本。

2.原生质体分离

1. 标注培养皿加入10 mL过滤灭菌酶溶液。
2. 固定高压釜胶带的四个条带的粘朝上放在干净的实验室表面，并标记的条带培养皿的大小。
3. 切4周龄植物（ 图1a）的叶子，然后按上表皮到磁带釜（ 即下表皮面朝上（
4. 轻压使用一个15毫升的锥形管魔术胶带条到下表皮表面。小心不要粉碎叶组织（ 图1c）。小心地将魔术贴关闭剥去表皮下层（ 图1d）和暴露的叶肉细胞（ 图1E）。
5. 切断高压釜胶带以适合培养皿，使用镊子将磁带移动到培养皿并漂浮在酶溶液（ 图1F），叶朝下。旋转在一个平台摇床进行60分钟，在此期间，将原生质体将被释放到溶液中以60rpm。
6. 使用镊子除去并丢弃高压釜胶带（ 图1G）的条和吸管将含有原生质体（ 图1小时 ）的溶液到50毫升锥形管中。使用大孔枪头（如P5000笔尖或与端P1000的前端切断）。
7. 离心原生质体以100×克在4℃下3分钟，并用移液管去除上清。请注意，由于颗粒是非常宽松的。
8. 通过轻轻摇动管加入10 mL W5解决原生质体和悬浮。
9. 搁置在冰的原生质体30-60分钟。在此步骤中，评估通过用血细胞计数器（ 图1i）中计数原生质体的产率。
10. 收集离心原生质体在100×g下进行3分钟，4℃，并用移液管去除上清。请注意，由于颗粒是非常宽松的。
11. 悬浮原生质体，以在MMG溶液5×10 ⁵原生质体/ ml的浓度。

3.原生质体转染

1. 加10微升报道质粒（2微克/微升）到15毫升锥形管中。
2. 添加400μl的原生质体的管。
3. 添加一个卷（410微升）PEG溶液中颠倒试管12次转染原生质体混合。
4. 后8-15分钟INCubation在室温下，稀有四个卷（1640微升）W5溶液的原生质体的DNA-PEG混合物，并通过反相轻轻六倍混合。
5. 收集通过离心转染的原生质体，在100×g离心在室温下2分钟，并用移液管去除上清。再次，照顾，因为颗粒是非常宽松的。
6. 重悬1250微升成像解决方案的原生质体。
7. 等份加入200μl成六个复制一个96孔板的孔中，填充W5溶液中的任何空的孔，并密封与适于发光成像的粘合剂清楚盖板。

4.成像

1. 板块转移到适合植物成像任何发光成像设置。变化对板块10-15分钟粘接盖转让后，以避免井之间的凝聚和压力差，然后开始成像。读板在室温下5天每〜45分钟（每孔3秒）。
   注意:板的频率读出并每孔的读出时间可能取决于成像设置。

5.数据分析

1. 分析使用任何分析软件（例如，生物节律分析软件系统（黄铜^）22）的发光的结果。比较突变品系与野生型对照以显示昼夜缺陷。

Results

野生型拟南芥的原生质体相比，已知的时钟突变CCA1 / LHY（短周期突变体^{2），ZTL（}长周期突变体^23），和过表达线CCA1 -OX（心律失常^24）。所有瞬时的CCA1pro转:LUC报道，并在恒光超过5天的成像板读卡器。

在这里，我们表明，在CCA1 / LHY突变体，昼夜节律控制基因表达的自由运行周期被缩短（ 图2a），符合由发光时钟的稳定的转基因表达标志物^2,9-分析发布期间。昼夜振荡在ZTL突变体的原生质体的期间是比野生型更长（ 图2b），根据从幼苗先前发表的结果，细胞悬液文化前进资源和原生质体^19,23,25。

CCA1的表达锁定在早上相时钟和全球转录成为心律失常^24。一致，我们观察到在CCA1pro没有振荡:在CCA1 -OX 原生质体 （ 图2c）LUC表达。

图2:0协作，CCA1 / LHY，ZTL和CCA1的原生质体昼夜节律原生质体-OX 瞬时转化与CCA1pro:LUC建设和发光昼夜节律成像5天以上（A - C）。 （ 四 ）根据发光痕迹上校-0，CCA1 / LHY和ZTL昼夜周期估算（A - B）。我一个±SEM，N = 3-5，t检验p值所示。 请点击此处查看该图的放大版本。

基因型	周期（原生质体）	周期（转基因）	报道:	参考
同事0	23.0±0.21	24.4±0.09	pCCA1:LUC在山口-0	（2）
CCA1 / LHY	20.6±0.13	19.9±0.11	pCCA1:LUC在山口-0	（2）
		〜18	RNA期L 呃背景	（9）
ZTL	25.1±0.12	27.4±0.5	CAB2:LUC在C24生态型	（22）
CCA1 -OX	心律失常	心律失常	pCCA1:LUC（LD数据只）	（2）
		心律失常	RNA和蛋白胶原-0背景	（23）

表2:原生质体昼夜节律相比转基因幼苗 pCCA1的昼夜周期:以首次报道的突变期的长度和（如果可用）相比，原生质体LUC的表达，与pCCA1:在山口-0 LUC表达。

Discussion

在这里，我们提出了一个快速检测筛选拟南芥线昼夜周期缺陷，包括原生质体分离，转染，并luminecent成像。在野生型的昼夜周期拟南芥和时钟突变CCA1 / LHY，ZTL 和 CCA1 -OX被从一个CCA1pro发光的测量计算:LUC报告并发现与使用更多时间从整个植物产生的公布的数据一致耗时转基因方法（ 表2）。使用该测定以筛选拟南芥属突变体避免了初始要求产生转基因发光线，这是耗时，并且可能仅揭示的特定突变显示出野生型的节奏。该协议的一个明显优势是任何拟南芥行可以在很短的时间进行筛选，改变昼夜节律的转录，这将有助于影响植物报时更多基因的鉴定。

原生质体的分离可以是费力的，特别是如果该突变行显示一个矮化表型。产生原生质体先前报道的方法涉及切割叶或苗成细条，真空渗透与酶液条，使酶达到细胞壁^26,27。随后的消化需要至少3小时温育在黑暗中的原生质体释放到酶溶液中。当不采用真空浸渗，孵化时间长达18小时建议。在这里介绍的协议，因为难以渗透到酶表皮细胞层通过胶带除去真空渗入是不必要的。当通过切割植物材料产生的原生质体，有必要从消化后的细胞壁碎片分离原生质体;这通常是通过过滤所述溶液或纯化它的糖梯度^27,26完成。这里，任何未消化的组织将保持高压釜后胶​​带上消化，所以可以省略原生质体的过滤和糖梯度纯化。还有的是，从长期的原生质体程序产生的应力影响细胞活力和生物钟的机会。这里可视化的基于磁带的原生质体法²⁰产生了大量的原生质体;和给定细胞的存活率超过昼夜时间序列和原生质体和整个幼苗（ 表2）的匹配期间的长度，在这里所描述的方法优于其他方法来产生原生质体。

该协议的转染步骤是关键步骤，关于原生质体的生存力的影响。所述PEG溶液使在该溶液中被传递到细胞中的DNA，并且两个孵育时间（步骤3.4），并应根据经验确定的PEG的百分比。标准浓度为20％，用较低的浓度降低了转化效率和高浓度降低了生存能力^28。孵育时间短五分钟可产生原生质体²⁷的有效转染。

原生质体可以在任何发光成像平台进行成像。在此视频，我们已经使用配备有外部光的发光板读数器（红色和蓝色发光二极管，630和470处，分别在〜20μE的组合强度），其允许高通量筛选和频繁的测量。其他成像设备，其检测发光，例如基于一个电荷耦合器件（CCD）照相机替代板读取器或设置，可以应用同样只要照明可用于光合作用。使用安装在一可控制柜CCD照相机的优点在于，光线和温度可被编程。一个缺点是较长的捕获时间，引入黑暗的长时间可导致应力到原生质体中除扰乱ING内源性报时。无论选择哪个实验平台，设置调整可能相比，苗或成熟植物设置是必要的。根据我们的经验，在成像缓冲器转染和/或萤光素过程中增加的报告质粒的浓度可能会解决可能发生在最初的实验中的任何不稳定或快速衰减的节奏。

在以后的实验中，这里描述的方法可以用于研究任何突变拟南芥线的昼夜表型。稍作修改，EG的各种药物对计时的影响可能在此设置进行研究。此外，转染可被修改以包括用于基因沉默¹⁹人工微RNA，进一步扩大该协议的通用性。协议生成大米原生质体成熟²⁹和这里介绍的成像协议可能同样适用于我们进一步ü在经济上重要的单子叶作物植物时钟nderstanding。

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
CELLULYSIN 纤维素酶，绿色木霉	Merck Millipore	219466
果胶酶 R10	Sigma Aldrich	P2401
D-甘露醇	Sigma Aldrich	M4125
CaCl2	Sigma Aldrich	C4901
KCl	Sigma Aldrich	P3911
牛血清 白蛋白	Sigma Aldrich	A4503
MES	Acros Organics	327765000
NaCl	Acros Organics	327300010
葡萄糖	Fischer Scientific	G/0500/60
MgCl2	Sigma Aldrich	M2670
聚乙二醇 （PEG） 4000	Acros 有机物	434630010
胎牛血清	Sigma Aldrich	F4135
D-荧光素，萤火虫	生物合成器 AG	L-8200	荧光素粉末溶于 0.1 M 三磷酸盐缓冲液 pH 8.0 中，浓度为 50 mM
氨苄青霉素	Sigma Aldrich	A9618
Comply 蒸汽指示胶带	3M	1222
魔术胶带	3M	819-1460
培养皿	科学实验室用品	SLS2002
微孔板，96 孔，平底，白色	Greiner Bio-One	655075
TopSeal-A，96 孔板的粘合盖	Perkin Elmer	6050195
注射器，10 ml，无针头	BD Plastipak	302188
注射器过滤器 0.22 µm	Merck Millipore	SLGP033RS
生物节律分析软件系统 （BRASS）			免费下载
amillar.org QIAfilter Maxiprep Kit	Qiagen	12262
改良的 Fuch-Rosenthal 计数室，双细胞	Hawksley	AC6000
明场显微镜	Optika 显微镜	B-150POL-B
LB942 TriStar2 多功能阅读器，带发光模块	Berthold Technologies Ltd	57947/57948