本文介绍了在实验室中饲养中间型胚发育甲虫——斑拟 beetles(Dermestes maculatus,D. maculatus)的实验方案。同时分享了针对该物种的胚胎期和亲代RNA干扰(RNAi)实验方法,以及用于分析胚胎表型以研究基因功能的技术流程。
方法文章
本文介绍了在实验室中饲养中间型胚发育甲虫——斑拟 beetles(Dermestes maculatus,D. maculatus)的实验方案。同时分享了针对该物种的胚胎期和亲代RNA干扰(RNAi)实验方法,以及用于分析胚胎表型以研究基因功能的技术流程。
基因组学的进步使得以前所未有的规模探究生物多样性成为可能。然而,若缺乏研究基因功能的工具,仅靠序列信息将难以提供充分的生物学洞见。因此,开发并共享在实验室中建立新型模式系统的详细实验方案,以及开展功能研究所需工具的操作方法,对于充分发挥基因组学的潜力至关重要。鞘翅目(Coleoptera,即甲虫)是昆虫中种类最丰富的类群,几乎占据了地球上所有类型的生境。除了为基础研究提供理想模型外,甲虫的研究还可能对害虫防治产生重要影响,因为许多甲虫是家庭、农业和食品工业中的常见害虫。有关甲虫饲养与维持的详细实验方案 D. maculatus 实验室种群的建立及进行dsRNA介导的干扰实验 D. maculatus 呈现了胚胎和亲代RNAi实验的完整流程,包括仪器设备的准备、样品制备、显微注射以及注射后的恢复操作。同时介绍了胚胎表型分析的方法,包括存活率检测、孵化幼虫的图式形成缺陷观察,以及未孵化幼虫的体壁制备与分析。这些实验方法结合 原位 分子标记的杂交与免疫染色,进行 D. maculatus 一个适用于基础与应用研究的易得模型系统。它们还为建立其他新兴昆虫模型系统的研究流程提供了有用的信息。
1998年,Fire和Mello报道双链RNA(dsRNA)可在Caenorhabditis elegans中诱导基因功能的抑制1。这种由dsRNA触发的反应被称为RNA干扰(RNAi),并且通过RNAi介导的基因沉默现象被发现在动物、植物和真菌中均具有保守性2-7。在植物和某些动物中,RNAi具有系统性功能,即其效应可扩散至未直接引入dsRNA的其他细胞或组织(综述见8-10)。研究人员已利用这种内源性的细胞RNAi反应,设计特异性靶向目的基因的dsRNA,从而在不直接操纵基因组的情况下实现基因功能的敲低(综述见11-14)。
RNAi 因具有以下优势,成为功能研究中的强大工具。首先,即使基因序列信息有限,也可利用 RNAi 靶向特定基因。这对于缺乏基因组或转录组数据的非模式生物研究尤为重要。其次,在 RNAi 反应具有强系统性的生物中,几乎可在任何发育阶段实现 RNAi 介导的基因敲低。这一特性对于研究具有多效性功能的基因非常有用。第三,在某些情况下,RNAi 效应可扩散至生殖腺和子代,从而在后代中观察到表型15,16。这种现象被称为亲代 RNAi(pRNAi),对于影响胚胎发育的基因尤为有利,因为可通过单个注射亲本产生的大量后代进行观察,而无需直接操作卵子。基于这些原因,pRNAi 是首选方法。然而,若 pRNAi 无效(例如对于卵子发生所必需的基因),则必须采用胚胎期 RNAi(eRNAi)。第四,RNAi 可用于模拟等位基因系列效应,通过在一定范围内调整 dsRNA 的递送量,产生从轻微到严重的缺陷表型。当目标基因参与复杂过程和/或完全功能缺失致死时,这种表型梯度有助于理解基因功能。第五,dsRNA 的递送通常简便且可行,尤其适用于具有强系统性 RNAi 反应的动物。dsRNA 可通过显微注射1,5、饲喂/摄食17,18、浸泡19,20以及病毒/细菌介导的递送21,22等方式引入。第六,与某些基因靶向或编辑方法不同,使用 RNAi 无需筛选携带突变的个体,也无需进行遗传杂交以获得纯合子。因此,与其他许多研究基因功能的技术相比,RNAi 更快速、成本更低,并适用于大规模筛选23-25。
RNAi 的广泛应用为在多种生物体中开展功能研究提供了手段,从而将可用于研究的物种范围扩展到传统模式生物系统之外,而这些模式生物系统通常已有成熟的遗传学工具。例如,通过比较代表不同发育模式或具有独特形态特征的物种中直系同源基因的功能,需要利用非模式系统的研究来揭示基因及基因网络的进化规律26-29。这类研究将加深我们对生物多样性的理解,对应用研究和基础研究均具有重要意义。
作为地球上最大的动物类群,昆虫为探索生物多样性的形成机制提供了极佳的机会。此外,昆虫通常体型较小,具有较短的生命周期、较高的繁殖力,且易于在实验室中饲养。在过去的二十年中,RNAi技术已成功应用于多个昆虫目,包括双翅目(真蝇类)5、鳞翅目(蝴蝶和蛾类)30、鞘翅目(甲虫)16,31、膜翅目(锯蝇、黄蜂、蚂蚁和蜜蜂)32、半翅目(蝽类)、等翅目(白蚁)34、蜚蠊目(蟑螂)35、直翅目(蟋蟀、蝗虫、蚱蜢和螽斯)36以及虱毛目(虱子)37。RNAi的成功应用为研究早期胚胎发育中的图式形成(如前后轴32、背腹轴28、体节分割26,38)、性别决定39,40、几丁质/表皮生物合成41、蜕皮激素信号通路42、社会行为43等提供了重要的功能数据。针对不同昆虫物种所开发的RNAi方法还可能带来额外的应用价值,例如在害虫防治方面具有潜力(综述见44-46)。只要选择非保守区域作为靶标,RNAi效应将具有基因特异性和物种特异性。对于蜜蜂和家蚕等有益昆虫物种,通过靶向对病毒或寄生虫生存至关重要的基因以控制感染,可能为保护这些物种提供一种新策略47,48。
Dermestes maculatus(D. maculatus),俗称皮蠹,除南极洲外广泛分布于全球。作为一种完全变态昆虫,D. maculatus 的生命周期包括胚胎期、幼虫期、蛹期和成虫期(图1)。由于其以动物组织为食,D. maculatus 常被博物馆用于清理动物尸体以制备骨骼标本,法医昆虫学家也可利用其发育阶段推断死亡时间49,50。D. maculatus 取食多种动物性产品,包括动物尸体、干肉、奶酪以及其他昆虫的蛹或茧,因此会对家庭环境、储存食品以及丝绸、奶酪和肉类产业造成损害51,52。在该 beetle 中应用RNAi技术,可能为减少其经济危害提供一种高效且环境友好的策略。本实验室已将 D. maculatus 作为一种新的模式昆虫用于体节形成的研究53。除易于实验室饲养外,D. maculatus 在基础研究中也具有重要意义,因其属于中区胚发育类型,是研究短区胚与长区胚发育模式之间过渡机制的有用物种。

图1:D. maculatus 的生命周期。 不同发育阶段的 D. maculatus 实际照片,如图所示。在30 °C条件下,从卵到成虫的整个生命周期约为三周,而在较低温度下则需要更长时间。(A, F) 新产的胚胎呈白色至浅黄色,椭圆形,长约1.5 mm。在30 °C时,胚胎发育约需55小时。(B, C 和 G) 幼虫具有深色色素条纹,体表覆盖刚毛。幼虫经历多个龄期,具体数量取决于环境条件,体长可超过1 cm。(D, H) 初期蛹体呈浅黄色。在30 °C时,化蛹过程约需5至7天。(E, I) 羽化后不久,成虫甲虫体表开始出现深色色素沉着。成虫可存活数月,一只雌虫在其一生中可产数百枚胚胎。请点击此处查看该图的放大版本。
此前,我们已证明RNAi在D. maculatus53中可有效敲低基因功能。本文分享了我们在实验室中饲养D. maculatus种群的经验,并提供了胚胎期和亲代RNAi的建立、注射、注射后护理及表型分析的逐步操作方案。此处介绍的dsRNA介导的基因敲低与分析方法,不仅为研究D. maculatus中的科学问题提供了详尽的技术支持,也为在其他非模式甲虫/昆虫物种中应用RNAi技术提供了潜在的重要参考。
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1. D. maculatus 的饲养
注意:作者实验室使用从商业渠道购买的成虫和幼虫建立了D. maculatus的繁殖种群。物种鉴定通过DNA条形码技术完成53。

图2:D. maculatus 实验室种群。图中显示了一个典型的D. maculatus昆虫饲养笼。笼内铺有木屑,供甲虫藏匿。在小型培养皿或称量舟中加入猫粮作为食物。泡沫塑料被放置在笼内,作为末龄幼虫化蛹时的庇护所。此处所示饲养笼尺寸为30.5 × 19 × 20.3 cm3,容纳数百只幼虫、蛹和成虫。请点击此处查看此图的放大版本。
2. 胚胎收集
3. 双链RNA制备
4. 显微注射仪和显微操作器的组装
注意:参见图3。
5. 胚胎RNAi
注意:图4展示了D. maculatus胚胎RNA干扰的流程图。
6. 亲代RNA干扰
7. RNAi 后的表型分析
注意:在 30 °C 条件下,卵约需 55 小时才能孵化50。
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作者的实验室已利用RNAi技术研究调控昆虫体节形成的基因的功能演化53,55。尽管所有昆虫都具有体节,但调控该过程的基因在昆虫的辐射演化过程中似乎已发生分化26,38,56-63。在黑腹果蝇(Drosophila)中进行的遗传筛选鉴定出一组九个成对规则(pair-rule)体节基因,这些基因负责促进体节的形成64-70。本文以其中一基因paired(prd)的直系同源基因为例,说明RNAi技术在研究D. maculatus基因功能中的应用价值。
eRNAi 和 pRNAi 均能有效揭示相关基因的功能作用 Dmac-prd 在该物种的体节形成过程中。靶向设计的dsRNA浓度为2 - 3 µg/µl Dmac-prd (图8B、8D ...
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尽管在20世纪后期发展出少数几种复杂的模式生物系统(小鼠、果蝇、线虫),th 21世纪,st 近一个世纪以来,全球各地的实验室中涌现出一系列新动物模型系统的开发。这些新系统使科学家能够探究仅依靠“标准”模式生物无法回答的比较性与进化性科学问题。新模型的广泛应用,要求针对新物种快速建立实验室培养、基因鉴定及功能研究等技术方法。本文介绍了饲养 D. maculatus 在实验室中,本文提供了针对该甲虫的胚胎RNAi、亲代RNAi以及表型分析的逐步实验方案。目标是通过这些描述鼓励其他研究者采用 D. maculatus 在他们自己的实验中,并利用本文介绍的方法开发更多新的模式物种。
尽管 D. maculatus 实验室种群极易维持,但饲养该物种的一个局限性在于,作为甲虫食物来源的湿猫粮会散发难闻的气味。为避免这一问题,研究人员测试了乳清/大豆蛋白粉、奶酪、研磨狗粮以及 奶粉等替代食物,同时添加或不添加湿棉球以调节湿度。 其中,研磨狗粮是最有效的替代食物,可用于种群的常规...
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作者无任何利益冲突需要披露。
感谢 Alison Heffer 博士和 Yong Lu 博士协助搭建显微注射装置,并分享他们在昆虫 RNA 干扰领域的宝贵知识与经验。本工作由美国国立卫生研究院(R01GM113230,资助对象 L.P.)提供支持。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| Dermestes maculatus 活体甲虫 | 本实验室或 Carolina Biological Supply | #144168 | 本实验室菌株经 COI 条形码验证;来自 Carolina 的菌株变异尚不能排除 |
| 湿猫粮 | Fancy Feast | 含肉块和肉汁。可在大多数宠物食品店和杂货店购买 | |
| 干狗粮 | Purina Puppy Chow | 可在大多数宠物食品店和杂货店购买 | |
| 昆虫饲养笼(中号,30.5 × 19 × 20.3 cm) | Exo Terra | PT2260 | 用于种群维持。可根据需要使用更大的饲养笼 |
| 昆虫饲养笼(迷你号,17.8 × 10.2 × 12.7 cm) | Exo Terra | PT2250 | 用于胚胎收集 |
| 培养皿 | VWR | 89038-968 | |
| 棉球 | Fisher | 22-456-883 | |
| Megascript T7 转录试剂盒 | Fisher | AM1334 | 适用于 40 次反应 |
| 气动泵 | WPI | PV830 | |
| 毛细管夹持器 | WPI | ||
| 显微操作仪 | NARISHIGE | MN-151 | |
| 黑色滤纸(90 mm) | VWR | 28342-010 | |
| 食用色素(绿色) | McCormick | ||
| 硼硅酸盐玻璃毛细管 | Hilgenberg | 1406119 | |
| 拉针仪(微移液管拉制仪) | Sutter Instrument Co. | P-97 | |
| 显微镜载玻片 | WorldWide Life Sciences Division | 41351157 | |
| 封口膜(Parafilm M) | Fisher | 13-374-12 | |
| 801 型注射器(10 µl) | Hamilton | 7642-01 | |
| 针头(32 号) | Hamilton | 7762-05 | |
| 固定液(Pampel's 配方) | BioQuip Products, Inc. | 1184C | 有毒,需在通风橱中操作 |
| 镊子(DUMONT #5) | Fine Science Tools | 11252-30 | |
| 盖玻片(24 × 50 mm,No. 1.5) | Globe Scientific | 1415-15 | |
| Eppendorf Femtotips 微量移液吸头 | Fisher | E5242956003 | |
| 用于胚胎注射的解剖显微镜 | Leica | M420 | |
| 用于幼虫表型观察的解剖显微镜 | Zeiss | SteREO Discover. V12 | |
| 微分干涉相差显微镜(DIC) | Zeiss | AXIO Imager. M1 |
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