方法文章

组蛋白修饰的染色质免疫沉淀（ChIP）实验——以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为材料

DOI：

10.3791/57080

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2017年12月29日

 ,  ,  , 
1Department of Biological Sciences, University of Maryland

本文内容

摘要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

本文介绍了一种从芽殖酵母Saccharomyces cerevisiae中进行染色质免疫沉淀以富集修饰组蛋白的实验方案。免疫沉淀所得的DNA随后用于定量PCR，以检测组蛋白翻译后修饰在整个基因组中的丰度和定位情况。

摘要

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

组蛋白翻译后修饰（PTMs），如乙酰化、甲基化和磷酸化，由一系列酶动态调控，这些酶根据细胞接收到的信号添加或去除这些修饰标记。这些PTMs在基因表达调控和DNA修复等过程的调控中起着关键作用。染色质免疫沉淀（chIP）已成为解析在不同细胞扰动条件下全基因组范围内多种组蛋白PTMs丰度与定位的重要手段。本文介绍一种适用于酿酒酵母中翻译后修饰组蛋白的染色质免疫沉淀的通用方法。 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae） 该方法描述如下：利用甲醛处理酵母培养物，实现蛋白质与DNA的交联；通过珠击法裂解酵母细胞制备裂解液；使用微球菌核酸酶消化使染色质片段溶解；随后对组蛋白-DNA复合物进行免疫沉淀。与目标组蛋白修饰相关的DNA被纯化后，通过定量PCR分析，评估其在基因组多个位点的富集程度。文中讨论了在野生型和突变型酵母中检测组蛋白修饰H3K4me2和H4K16ac定位的代表性实验，以展示数据分析与解释方法。该方法适用于多种组蛋白翻译后修饰（PTMs），可应用于不同突变菌株，或在多种环境胁迫条件下进行，是研究不同条件下染色质动态变化的有力工具。

引言

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

组蛋白的动态翻译后修饰（PTM）是调控多种以DNA为模板的生命过程的关键机制，包括转录、复制和DNA修复1,2因此，确定这些过程中修饰组蛋白的丰度及其精确定位的能力，对于理解细胞在不同条件下对这些过程的调控机制至关重要。染色质免疫沉淀（chIP）技术的发展在很大程度上源于蛋白质与DNA相互作用的生化研究，特别是 体外 使用化学交联剂的方法，结合评估蛋白质-DNA 相互作用动态特性的需求 体内 以及基因组的特定区域3,4,5定量PCR（qPCR）和测序技术的进步也增强了开展染色质免疫沉淀（chIP）实验的能力，可实现定量比较并覆盖整个基因组，使其成为在多个层面解析DNA-蛋白质相互作用的有力工具。

目前，对于任何关注染色质介导的基因组调控的研究团队而言，染色质免疫沉淀（chIP）是一种必需的方法，因为在体内直接探究组蛋白修饰与特定基因组位点之间物理联系的方法中，尚无其他可与之相比的技术。in vivo。尽管已有采用下一代测序技术来全基因组范围内绘制组蛋白修饰图谱的chIP方法变体6,7，但这些方法可能适用于不同的科学问题，且其规模、成本和技术资源需求可能限制部分研究团队的应用。此外，靶向chIP-qPCR对于补充上述方法至关重要，它既可用于测序前优化chIP实验流程，也可用于验证表观基因组数据集的结果。基于质谱的技术也已发展用于鉴定与基因组区域相关的完整组蛋白修饰谱8,9,10,11，然而这些技术在可检测的基因组区域范围方面存在一定局限性，且需要特定的技术专长和仪器设备，并非所有研究团队均具备。因此，在不同实验条件下分析组蛋白修饰的丰度与分布，chIP仍是所有关注表观遗传学、染色质及基因组功能调控的研究团队所依赖的基础性方法。

本文介绍了一种利用芽殖酵母模型Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae)进行染色质免疫沉淀（chIP）的方法，用于研究组蛋白翻译后修饰（PTMs）在染色质上的分布。该方法基于在酵母中建立并已广泛应用于多种模式系统的chIP核心技术12,13。通过甲醛交联固定细胞内修饰组蛋白与DNA之间的相互作用。在制备裂解液后，利用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）将染色质片段化为大小均一的片段。使用商业化或实验室自制的抗体对修饰组蛋白进行免疫沉淀，随后分离与其结合的DNA，并通过qPCR检测特定基因组区域的富集情况（图1）。对于多数组蛋白修饰，本方案所获得的DNA量足以通过qPCR检测超过25个不同的基因组位点。

该ChIP方法具有高度的通用性，可用于监测单一组蛋白修饰在多个突变菌株或不同环境条件下的分布情况，也可用于检测野生型细胞中多个基因组位点上的多种组蛋白修饰。此外，该实验方案的多个组分均可灵活调整，以优化对高丰度或低丰度组蛋白标记的检测效果。最后，在酿酒酵母中进行修饰组蛋白的ChIP实验，可利用一些关键的对照来验证抗体的特异性，而这些对照在其他系统中大多无法实现。具体而言，可构建在特定修饰位点发生氨基酸残基定点突变的酵母菌株；在某些情况下，某一特定组蛋白残基的修饰仅由单一酶催化完成。例如组蛋白赖氨酸甲基转移酶）。因此，可在组蛋白突变株或酶缺失菌株中进行染色质免疫沉淀（ChIP）实验，以检测抗体非特异性结合的程度，并评估其是否导致假阳性结果。该对照对于新开发的抗体尤为重要，甚至可用于在其他系统中应用前，验证抗体对保守组蛋白修饰的特异性。该方法可与其他检测抗体特异性的方法相互补充，后者包括使用不同修饰状态（如单甲基化、二甲基化和三甲基化）的修饰肽芯片进行检测，以及对具有明确修饰的组蛋白或核小体进行蛋白质印迹（Western blot）分析。总体而言，在酿酒酵母中进行ChIP是一种强大的方法，可用于评估组蛋白PTM在全基因组范围内的动态变化，并解析调控这些修饰的分子机制。

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方案

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. 将抗体预结合至磁珠

  1. 充分混匀蛋白A/G磁珠，每份免疫沉淀（IP）样品取20 µL磁珠转移至1.5 mL离心管中。
    注意：吸取磁珠时，请使用宽孔、低吸附的枪头。
  2. 将装有磁珠的离心管置于磁力架上，静置使磁珠吸附至管壁一侧，随后小心移除上清液。
  3. 用1 mL预冷的Tris缓冲盐水（TBS）（50 mM Tris-HCl pH 7.5，150 mM NaCl）洗涤磁珠3次。
  4. 向磁珠中加入200 µL TBS及适量抗体，于4 °C、8 rpm条件下旋转孵育过夜。
    注意：对于多数组蛋白PTM抗体，每份IP使用1–3 µg抗体已足够。但建议通过梯度稀释实验确定最佳浓度。已充分表征的商业化组蛋白PTM抗体，其推荐使用浓度通常准确，可参考已发表文献或产品说明书。
  5. 将磁珠置于磁力架上，待磁珠吸附后移除上清液，再用1 mL TBS洗涤一次。
  6. 每份IP样品加入20 µL TBS重悬磁珠，并额外加入5 µL TBS（以补偿移液误差）。
    注意：磁珠悬液可在4 °C短期保存，直至使用。

2. 培养酵母细胞

  1. 取适量YPD培养基（10%酵母提取物、20%蛋白胨和20%葡萄糖）10 mL，接种适当菌株的单菌落，于30 °C、220 rpm摇床培养箱中过夜培养。
  2. 使用分光光度计测定酵母培养物在600 nm处的光密度（OD600），将培养物用新三角瓶中的100 mL YPD培养基稀释至OD600 = 0.2。
  3. 将细胞在30 °C、220 rpm摇床培养箱中继续培养，直至达到对数中期（OD600 = 0.6–0.8）。

3. 体内 蛋白质与DNA的交联

  1. 当培养物达到对数中期时，直接向培养基中加入 2.7 mL 的 37% 甲醛，使甲醛终浓度为 1%。将培养瓶转移至 25 °C（或室温）的摇床上，以 50 rpm 振荡 15 分钟。
  2. 向培养基中加入 5 mL 的 2.5 M 甘氨酸，并在室温下继续以 50 rpm 振荡 5 分钟，以淬灭甲醛反应。
  3. 将细胞转移至离心瓶中，在 4 °C 条件下以 5800 × g 离心 5 分钟，弃去上清液。
    1. 用 45 mL 冷 TBS 重悬细胞进行洗涤，并将悬液转移至 50 mL 圆底离心管中。在 4 °C 条件下以 2800 × g 离心 3 分钟，弃去上清液。
    2. 用 10 mL 冷的 chIP 裂解缓冲液（50 mM Tris-HCl pH 7.5，150 mM NaCl，1 mM 乙二胺四乙酸（EDTA），1% 非离子去污剂 NP-40）洗涤细胞，缓冲液储存于 4 °C。
    3. 在 4 °C 条件下以 2800 × g 离心 3 分钟，弃去上清液。
      注意：细胞可用液氮速冻后于 -80 °C 保存，直至后续处理。

4. 制备酵母裂解液

  1. 在含有1 mM苯甲基磺酰氟（PMSF）和1:1,000稀释的酵母蛋白酶抑制剂混合物的1 mL冷ChIP裂解缓冲液中重悬细胞。将悬液转移至含有200 µL玻璃珠的2.0 mL螺口管中。
  2. 将细胞置于珠磨仪中，在4 °C下高速振荡，每次珠磨30秒，共进行6次。每次珠磨之间将细胞置于冰上至少1分钟。
  3. 使用加样枪头将裂解物转移至1.5 mL离心管中。在4 °C下以15,500 × g离心20分钟。
  4. 弃去上清液，用250 µL MNase消化缓冲液（10 mM Tris-HCl pH 7.5，10 mM NaCl，3 mM MgCl2，21 mM CaCl2，1% NP-40，4 °C保存）轻轻吹打重悬沉淀。
  5. 向反应体系中加入2.5 µL MNase。轻轻颠倒混匀4–6次，立即在37 °C水浴中孵育20分钟。
    注意：当使用新的MNase批次时，应优化消化条件。参见步骤10中的方案。
  6. 立即将离心管置于冰上以终止反应，并加入5 µL 0.5 M EDTA，使EDTA终浓度为10 mM。轻轻颠倒混匀。
  7. 在4 °C下以15,500 × g离心15分钟，将上清液转移至新的1.5 mL离心管中。
    注意：可溶性（已消化）染色质位于上清液中。沉淀物包含未消化物质及不溶性细胞碎片。

5. 免疫沉淀（IP）修饰组蛋白

  1. 使用Bradford法测定每个MNase释放的染色质组分的蛋白浓度。在8个一次性比色皿中各加入1 mL Bradford试剂，并为每个待测蛋白样品额外准备一个比色皿。
    1. 配制浓度为2 mg/mL的牛血清白蛋白（BSA）储备液。
    2. 向1 mL Bradford试剂中加入适当体积的BSA溶液，使其终浓度分别为：0 μg/mL、0.5 μg/mL、1 μg/mL、2 μg/mL、4 μg/mL、6 μg/mL、8 μg/mL和10 μg/mL。向额外的比色皿中各加入2 μL MNase释放的染色质组分。
    3. 用一小块封口膜覆盖每个比色皿口，倒置混匀4–6次，充分混匀溶液。室温孵育15分钟。
    4. 使用可见光分光光度计，在595 nm处测定标准曲线样品和实验样品的吸光度。
      注意：在进行首次测量前，使用不含BSA（0 μg/mL）的比色皿作为空白对照校准分光光度计。
    5. 利用分光光度计配套软件或电子表格软件，根据不同BSA浓度对应的吸光度值绘制标准曲线。根据标准曲线及所用稀释倍数（1:500），计算各染色质组分样品的蛋白浓度。
  2. 对于每次免疫沉淀（IP），取MNase释放的染色质组分中含50 µg总蛋白的样品，加入ChIP裂解缓冲液，调整终体积至1 mL。
    注意：若每份裂解液需进行多次IP，可先将裂解液与ChIP裂解缓冲液配制成主混合液，再分装1 mL至各个独立离心管中用于IP。
  3. 从IP反应体系中取出100 µL作为输入（input）样品进行后续处理。将输入样品于-20 °C冷冻保存，直至步骤7.1使用。
    注意：如有剩余的染色质样品，也可在-20 °C冻存，根据需要用于后续的IP实验。
  4. 向每个IP样品中加入20 µL预先与抗体结合的磁性Protein A/G珠。在4 °C、8 rpm条件下旋转孵育3小时（常规）或过夜（如需要）。

6. 洗涤免疫沉淀物并洗脱组蛋白-DNA复合物

  1. 将试管放入磁力架中，使磁珠吸附在管壁一侧。用移液器吸去上清液。随后依次用以下每种缓冲液各1 mL洗涤磁珠。
    1. 每次洗涤均在4 °C下以8 rpm转速旋转5分钟，然后将试管置于磁力架上，吸去上清液，再加入下一种缓冲液：ChIP裂解缓冲液（2次）、高盐洗涤缓冲液（2次）（50 mM Tris-HCl pH 7.5，500 mM NaCl，1 mM EDTA，1% NP-40，4 °C保存）、LiCl/去垢剂洗涤缓冲液（1次）（10 mM Tris-HCl pH 8.0，250 mM LiCl，1 mM EDTA，1% NP-40，1% 脱氧胆酸钠，4 °C保存）、TE缓冲液（1次）（10 mM Tris-HCl pH 8.0，1 mM EDTA，4 °C保存），以及TE缓冲液（1次）。
    2. 最后一次使用TE缓冲液洗涤时，先用0.5 mL TE缓冲液将大部分磁珠转移至新管中，再用另外0.5 mL TE缓冲液冲洗原管并将残留磁珠转移至新管。
  2. 向磁珠中加入250 µL新鲜配制的ChIP洗脱缓冲液（1% SDS，1 mM NaHCO3）。短暂涡旋混匀。室温下以8 rpm转速旋转样品15分钟。
  3. 将试管置于磁力架上，使磁珠吸附。小心地将上清液转移至新管中，避免接触磁珠。
    注意：洗脱液中含有免疫沉淀的蛋白质及其结合的DNA。
  4. 向磁珠中再加入250 µL ChIP洗脱缓冲液。室温下以8 rpm转速旋转样品15分钟。
  5. 小心地将上清液转移至含有第一次洗脱液的同一管中。如有必要，可减少取液体积（如240 µL），以避免扰动磁珠，所有免疫沉淀实验均应保持一致。

7. 反向蛋白质-DNA 交联

  1. 解冻输入样品，并向每个输入样品中加入 400 µL ChIP 洗脱缓冲液。
  2. 向输入样品和免疫沉淀（IP）样品中分别加入 20 µL 5 M NaCl、5 µL 20 mg/mL 甘油、以及 12.5 µL 20 mg/mL 蛋白酶 K。通过轻轻颠倒或弹击管壁充分混匀。将样品置于 65 °C 水浴中孵育过夜。

8. 纯化并浓缩 DNA

  1. 向输入样品和免疫沉淀（IP）样品中加入 10 µL 的 10 mg/mL RNase A。将样品置于 37 °C 水浴中孵育 30 分钟。
  2. 向水相溶液中加入 600 µL 苯酚:氯仿:异戊醇（25:24:1 PCI），充分混匀。在室温下以 15,500 × g 离心 5 分钟。
    1. 将上层水相转移至新离心管中。加入 600 µL PCI，充分混匀。在室温下以 15,500 × g 离心 5 分钟。将水相转移至新的离心管中。
      注意：使用 PCI 时应在通风橱内操作，并佩戴适当个人防护装备。液体和固体废弃物应按照机构规定进行处理。
  3. 加入 0.1 倍体积的 3 M 醋酸钠和 1 mL 冷的 100% 乙醇以沉淀 DNA。轻轻颠倒离心管 4–6 次，充分混匀溶液。在 -20 °C 下孵育过夜。
    1. 在 4 °C 下以 15,500 × g 离心 20 分钟。用移液器小心吸除上清液。
    2. 用 1 mL 冷的 70% 乙醇洗涤沉淀。在 4 °C 下以 15,500 × g 离心 10 分钟。用移液器小心吸除上清液。
    3. 在通风橱中将沉淀空气干燥约 20 分钟（直至完全干燥）。将 IP 样品重悬于 50 µL 无核酸酶水中，将输入样品重悬于 100 µL 无核酸酶水中。将 DNA 样品储存于 -20 °C，直至进行 qPCR 分析。

9. 定量 PCR（qPCR）检测富集的基因组区域

  1. 为每对引物配制qPCR预混液。每次反应包含5 µL的2x qPCR预混液、0.25 µL的20 µM正向引物和0.25 µL的20 µM反向引物。
    注意：qPCR实验的引物设计与验证方法在其他文献中有详细描述14,15,16。
  2. 为每个DNA样本配制DNA预混液。每次反应包含0.5 µL DNA和4.0 µL无核酸酶水。
  3. 向384孔qPCR板的每个孔中加入5.5 µL相应的引物预混液和4.5 µL相应的DNA预混液。
    注意：首先向每个孔中加入5.5 µL引物预混液。在加入4.5 µL DNA预混液之前，将qPCR板在室温下以200 × g离心1分钟。
  4. 将封膜贴合到qPCR板上，并在室温下以200 × g离心1分钟。
  5. 使用实时qPCR系统进行qPCR扩增，反应条件如下：95 °C预变性3分钟；40个循环（95 °C变性10秒，55 °C退火30秒）；熔解曲线分析从65 °C升至95 °C，每步0.5 °C，每步停留5秒。
  6. 对于每对引物，根据qPCR中使用的5% input样本，计算IP样本相对于input的百分比输入量。使用技术重复三次的qPCR平均值进行计算。
    注意：如果qPCR技术重复之间存在显著差异，建议重新进行qPCR实验，并重点关注预混液配制、移液误差以及384孔板中孔间交叉污染等问题。
    1. 通过从原始Cq值中减去代表稀释倍数的循环数，将input样本的Cq值校正为100% input。
      注意：5% input代表20倍稀释，相当于4.32个循环数（log2 20 = 4.32）。
    2. 按公式2^(Cqinput - CqIP) × 100计算百分比输入量。

10. 确定MNase消化条件（建议在首次完整的chIP实验前进行）

  1. 按照前述方案的步骤 2.1 至 4.4 操作。扩大实验规模，以获得足量裂解物，用于对含染色质的沉淀进行多个样品的 MNase 消化。在步骤 4.4 中，将沉淀重悬于 1.25 mL MNase 消化缓冲液中。将样品分装至 5 个管中，每管含有 250 µL 重悬于 MNase 消化缓冲液中的染色质沉淀。
  2. 向每管分别加入 0、1.5、2.5 或 5 µL MNase。通过倒置混合 4–6 次，轻柔混匀，并立即将各管置于 37 °C 水浴中孵育 20 分钟。
  3. 立即把各管置于冰上，并加入 5 µL 0.5 M EDTA（终浓度为 10 mM）以终止反应。通过倒置轻柔混匀溶液。
  4. 在 4 °C 条件下以 15,500 × g 离心 15 分钟，将上清液转移至新的 1.5 mL 管中。
  5. 向 1.5 mL 管中的样品加入 SDS 至终浓度 1%（25 µL 10% 储存液）和 NaHCO3 至终浓度 0.1 M（25 µL 1 M 储存液）。
  6. 向 1.5 mL 管中的样品加入 20 µL 5 M NaCl、5 µL 甘油原和 12.5 µL 20 mg/mL 蛋白酶 K。在 65 °C 孵育过夜。
  7. 加入 10 µL 10 mg/mL RNaseA。在 37 °C 孵育 30 分钟。
  8. 向水相溶液中加入 300 µL PCI，充分混匀。在室温下以 15,500 × g 离心 5 分钟。
    1. 将水相层转移至新管。加入 300 µL PCI，充分混匀。在室温下以 15,500 × g 离心 5 分钟。将水相层转移至新管。
  9. 加入 3 M 醋酸钠体积的 0.1 倍（通常约为 30 µL）和 1 mL 冷的 100% 乙醇以沉淀 DNA。倒置混匀 4–6 次。在 -80 °C 孵育 1 小时或在 -20 °C 过夜。
    1. 在 4 °C 条件下以 15,500 × g 离心 20 分钟。用移液器小心吸除上清液。
    2. 用 1 mL 冷的 70% 乙醇洗涤沉淀。在 4 °C 条件下以 15,500 × g 离心 10 分钟。
    3. 将沉淀在通风橱中晾干约 20 分钟（或直至完全干燥）。用 30 µL 无核酸酶水重悬沉淀。
  10. 加入 DNA 上样染料，取 20 µL 样品在 2% 琼脂糖凝胶上电泳，以观察消化后的 DNA。

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结果

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

该实验方案的一个关键步骤是优化微球菌核酸酶（MNase）的浓度，以将染色质消化成可溶性片段，如步骤10所述。这对于获得组蛋白修饰在基因组特定区域分布的高分辨率数据至关重要。应进行MNase梯度实验，以确定最适浓度，使可溶性染色质组分中主要为单核小体，并含有少量二核小体。可通过提取经MNase消化后的染色质沉淀中的DNA，并进行琼脂糖凝胶电泳来观察结果（图2）。在本实验所用MNase的制备条件下，2.5 µL酶液（20单位/µL）可主要产生单核小体，因此该用量被用于后续的染色质免疫沉淀（chIP）实验。

本研究展示了该染色质免疫沉淀（chIP）实验的两组代表性结果（图3）。在第一个示例中，检测了野生型细胞与缺失催化该甲基化修饰的甲基转移酶的细胞中组蛋白甲基化标记的情况。具体而言，在野生型和set1Δ细胞中，分别使用针对...

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讨论

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

本文所述方法可通过免疫沉淀高效回收酵母细胞中与修饰组蛋白结合的DNA。随后使用可扩增目标区域的引物进行qPCR，以确定特定组蛋白修饰在局部区域的富集或耗竭情况。尽管染色质免疫沉淀（chIP）技术已有近20年的发展历史，它仍然是研究不同基因组区域及多种条件下组蛋白修饰状态的决定性实验方法。虽然将chIP与下一代测序技术联用可实现全基因组范围内的组蛋白修饰分析6,7，但这些方法的成本和所需的数据分析工作量可能限制其在某些实验室环境中的应用。此外，这些表观基因组学实验之后通常还需进行与qPCR联用的chIP实验，以验证某些基因组位点处组蛋白修饰状态的观察结果。目前尚无多少其他方法能够像chIP一样，有效地将组蛋白标记（或其他蛋白质）在物理上与基因组中的特定位置关联起来，并分析该相互作用在不同环境或生物学条件下的动态变化。尽管近期已有成功从定义明确的基因组区域分离染色质，并利用质谱技术鉴定局部组蛋白修饰的报道8,9

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披露

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

作者无任何利益冲突需要披露。

致谢

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

作者感谢 Green 实验室成员提供的有益讨论。本工作部分由 NIH 资助项目 R03AG052018 和 R01GM124342 支持，资助对象为 E.M.G。

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材料

本文使用的材料清单
姓名公司目录编号评论
酵母提取物Research Products International (RPI)Y20025-1000.0
蛋白胨Research Products International (RPI)P20250-1000.0
葡萄糖ThermoScientificBP350-1
甲醛Sigma-AldrichF8775
甘氨酸Fisher ScientificAC12007-0050
TrisAmresco0497-5KG
EDTASigma-AldrichE6758-500G
NaClThermoScientificBP358-10
4-壬基苯基-聚乙二醇Sigma-Aldrich74385等同于 NP-40
MgClThermoScientificS25533
CaCl2Sigma-Aldrich20899-25G-F
LiClThermoScientificAC413271000
十二烷基硫酸钠AmrescoM107-1KG
脱氧胆酸钠Sigma-Aldrich30970-100G
乙酸钠Sigma-AldrichS2889
NaHCO3ThermoScientificS25533
PMSFSigma-AldrichP7626-5G
酵母蛋白酶抑制剂混合物VWR10190-076
25 酚:24 氯仿:1 异戊醇VWR Life Science97064-824
乙醇Sigma-AldrichE7023
无核酸酶水VWR100720-992
微球菌核酸酶Worthington BiochemicalLS004797
糖原ThermoScientificR0561
蛋白酶KResearch Products International (RPI)P50220-0.1
RNase A Sigma-AldrichR6513-50MG
 Bradford 法检测试剂ThermoScientific23238
 BSA 标准品 2 mg/mLThermoScientific23210
α H4EMD Millipore04-858
α H4K16acEMD MilliporeABE532
α H3Abcamab1791
α H3K4me2Active Motif39142
 高 Rox qPCR 混合液Accuris qMax Green, 低 Rox qPCR 混合液ACC-PR2000-L-1000
Protein A/G 磁珠ThermoScientific88803
适用于 1.5 mL 管的磁力架Fisher ScientificPI-21359
酸洗玻璃珠Sigma-AldrichG8772
 微型管匀浆器BenchmarkD1030
带密封圈的 2.0 mL 螺口管Sigma-AldrichZ763837-1000EA
加样枪头（凝胶上样用）Fisher Scientific07-200-288
比色皿Fisher Scientific50-476-476
Parafilm 封口膜Fisher Scientific13-374-10
50 mL 锥形管Fisher Scientific14-432-22
384 孔 PCR 板Fisher ScientificAB-1384W
 旋转式摇床New Brunswick Scientific型号 G10
分光光度计ThermoScientificND-2000c
 实时荧光定量 PCR 检测系统Bio-Rad1855485

参考文献

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
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