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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
在这里, 我们描述了一个详细的协议, 从诱导部位分离淋巴细胞, 包括肠道相关淋巴组织 Peyer 的补丁和引流肠系膜淋巴结, 和效应部位, 包括固有层和小肠上皮的小肠免疫系统。
肠道免疫系统在维持胃肠道屏障功能方面起着至关重要的作用, 通过对膳食抗原和共生细菌进行耐受性反应, 同时对致病进行有效的免疫应答。微生物.此外, 很明显, 局部肠道免疫对远程和全身免疫具有深远的影响。因此, 研究如何诱发肠道免疫应答以及反应的免疫学结果是很重要的。在这里, 描述了一个详细的协议, 用于隔离小肠诱导部位的淋巴细胞, 如肠道相关淋巴组织 Peyer 的补丁和引流肠系膜淋巴结和效应部位, 如固有层和肠上皮。这项技术确保从小肠组织中分离出大量的淋巴细胞, 具有最佳的纯度和生存能力, 并且在可接受的时间限制内区划污染最小。从肠道组织中分离淋巴细胞和其他免疫细胞的技术能力使人们能够理解对胃肠道感染、癌症和炎症性疾病的免疫反应。
胃肠道有许多褶皱和突起, 代表着分离内部身体和外部环境的最大界面。肠道免疫系统在维持胃肠道屏障功能方面起着至关重要的作用。它经常接触到膳食抗原、共生细菌和致病微生物。因此, 它必须保持对食物抗原和共生细菌的耐受力, 同时保持对致病微生物的有效免疫反应的能力 (1)。肠道免疫系统可以解剖划分为诱导点, 在那里天真的淋巴细胞由抗原呈现细胞激活, 携带抗原从肠道粘膜, 和效应部位, 其中活化淋巴细胞发挥特定效应函数2。诱导部位包括 Peyer 斑块 (PP) 的组织淋巴结构, 通过专门的 M 细胞和区域引流肠系膜淋巴结 (MLN) 的作用直接调查肠道腔。效应部位由固有层 (LP) 组成, 它是基底膜下面的结缔组织, 肠上皮, 位于基底膜上方的一个细胞, 含有上皮内淋巴细胞 (IEL)。淋巴细胞是适应性免疫的主要参与者, 它可以调节对感染和癌症的保护, 也可能导致炎症性疾病的免疫病理。研究这些明显的解剖黏膜隔室中的淋巴细胞, 以更好地了解它们的诱导和效应功能, 具有重要的意义。
由于探索肠道中发生的免疫事件的调查人员数量正在加速, 因此需要一个相对简单和统一的隔离这些隔间淋巴细胞的协议。几个研究小组发布了一些协议, 它们共享几个类似的过程, 用于隔离来自小鼠小肠隔间的免疫细胞3,4,5,6,7.但是, 它们之间存在着一些技术上的差异, 这取决于个别协议的重点。例如, 重点是将免疫细胞从 LP 中分离出来, 一项协议检查了各种酶消解对细胞活力、细胞表面标记表达和孤立免疫细胞组成的影响5。另一项协议突出了一种快速、可再生的方法, 用于分离无密度离心的淋巴细胞6。最后, 还存在特定的协议, 目的是从小肠的不同组织层分离单个核吞噬7。在这里, 一个高度可重复性的协议, 允许从 MLN, PP, LP, 和 IEL 室的小肠的顺序隔离淋巴细胞的数量。
我们专注于从 LP 和 IEL 隔间隔离高度纯净的人群, 这些舱基本上没有来自其他肠道的污染物。这种广泛使用的协议在可接受的时间限制范围内产生的最大纯和可行的淋巴细胞的高收益率4,8,9,10,11,12。该协议还确保从 LP 和 IEL 室隔离淋巴细胞与最小的交叉区划污染, 使一个真正的机会来研究这些不同的舱室淋巴细胞。分离的淋巴细胞可以受到进一步的操作, 如流细胞分析或功能分析。该协议已成功地应用于分离的小鼠小肠和结肠在细菌感染, 如李斯特菌, 伤寒沙门氏菌和耶尔森氏杆菌假结核菌淋巴细胞。感染和炎症条件, 如化学和病原体引起的结肠炎。该协议也可用于分离先天免疫细胞, 如树突状细胞, 巨噬菌, 中性粒蛋白, 单核, 从小鼠小肠和结肠。
所有动物实验都是按照国家卫生研究院的指导方针进行的, 并经石溪大学机构动物护理和使用委员会批准。
注: 确保在执行程序之前授予所有批准。
1. 解决方案准备
2. 肠系膜淋巴结、肠道和 Peyer 斑块的分离
3. 从感应部位分离淋巴细胞
4. 小肠上皮内淋巴细胞的分离
5. 小肠内固有细胞的分离
描述了协议的示意图表示形式 (图 1)。肠道粘膜诱导和效应部位的淋巴细胞有明显的组织。Peyer 的斑块 (PP) 和肠系膜淋巴结 (MLN) 在组织良好的 T 细胞区和 B 细胞卵泡中含有淋巴细胞, 而肠道上皮则含有更弥漫分布的淋巴细胞。固有层 (LP) 包含弥漫分布淋巴细胞和淋巴细胞, 如分离的淋巴滤泡 (ILF) 和 cryptopatches 的组织淋巴结构中。每个肠道免疫室也具有独特的淋巴细胞子集组成 (图 2)。MLN 主要由αβ T 细胞 (~ 70%) 组成, 而 PP 淋巴细胞大多为 B 细胞 (~ 80%)。LP 淋巴细胞组成主要由αβ T 细胞和 B 细胞组成。与其他肠道隔间不同, 住在上皮细胞的淋巴细胞主要是γδ t 细胞 (~ 60%) 和αβ t 细胞, 基本上没有 B 细胞。αβ T 细胞亚群的不同比例也存在于不同的肠道解剖位置。LP 中的αβ t 细胞主要是 CD4+ t 细胞 (~ 70%), 而 CD8α+ t 细胞 (~ 85%) 在上皮内淋巴细胞 (IEL) 室中占主导地位。CD8α中的+ αβ t 单元格在 LP 和 IEL 间隔内表示 CD8αα homodimer 或 CD8αβ heterodimer 而感应站点 CD8α+ αβ T 细胞主要表示 CD8αβ heterodimer (图 3)。IEL 室中的大多数γδ t 细胞也表达 CD8α, 而 MLN 缺少 CD8α的γδ t 细胞 (图 3)。无论是笼统的, 淋巴细胞亚群的组成可以变化的小鼠菌株和可能会改变与年龄或疾病。因此, 应在用于实验操作的背景应变中, 对稳态肠道黏膜内淋巴细胞种群进行细致的分析。
根据小鼠的应变和年龄, 以及所使用的实验条件, 细胞产量可能会有很大差异。单, 活细胞可以计数的 hemocytometer 或自动计数机使用台盼蓝排除。淋巴细胞的数量计算为: 4 号门 (图 2) 中 3 x 淋巴细胞 (%) 中的细胞计数 x CD45+单元格 (%)。大约 15 x 106 MLN 淋巴细胞, 5-10 x 106 PP 淋巴细胞, 2-5 x 106 LP 淋巴细胞, 3-6 x 106 IEL 可以从8到12周的天真 C57Bl/6 或 Balb/c 鼠标获得。或者, 基于流的计数珠可以用来量化细胞的数量, 并告诫说, 细胞损失发生在染色过程中。最后, 在实验室中必须保持计数技术的一致性, 以确保在实验中进行适当的比较。
在本协议中, DTE 治疗用于丰富 IEL, 其次是 EDTA 治疗, 以去除 IEC, 以最佳隔离高浓缩淋巴细胞。两个 DTE 治疗足以隔离 > 95% 的 IEL。在 EDTA 治疗中也可以找到极少量的淋巴细胞。这些淋巴细胞类似于 IEL 和 LP 淋巴细胞的混合物 (图 4)。还对 dte 治疗和 dte-EDTA 联合治疗分离 IEL 进行了比较。DTE-EDTA 联合治疗增加了 IEL 制剂中的 IEC 污染 (图 5), 并降低了密度梯度离心后活免疫细胞的最终产量。密度梯度离心是建议, 以隔离淋巴细胞的肠道间隔。它去除死细胞, 许多上皮细胞和粘液, 促进高度丰富的淋巴细胞的分离和大幅减少流式细胞采集时间 (图 6)。

图 1.隔离协议流程图.DTE, dithioerythritol。EDTA, 乙二胺乙酸。请单击此处查看此图的较大版本.

图 2.肠道组织淋巴细胞群的流式细胞术门策略.从肠系膜淋巴结 (MLN)、固有层 (LP)、Peyer 斑块 (PP) 和上皮内淋巴细胞 (IEL) 室中制备的单细胞悬浮液染色, 其活性染料 (如活/死) 和以下荧光标记抗体: CD45 用于鉴定造血细胞、CD19 B 细胞、CD3ε t 细胞、t 细胞受体 (TCR) βαβ t 细胞、TCRδγδ t 细胞、CD8α CD8α+ αβ t 细胞和 CD4 CD4+ αβ t 细胞。0号门显示了前向散射 (FSC)--a/侧散射 (SSC)--属性。1号门识别出单个细胞。2号门识别活细胞。3号门发现了造血细胞。4号门基于 FSC-a/SSC 的特性确定的淋巴细胞。5号门识别出 T 细胞和 B 细胞。6号门确定αβ t 细胞和γδ t 细胞之间的总 t 细胞。7号门在αβ t 细胞群中确定了 CD8α+和 CD4+ t 细胞。假彩色地块内的百分比 (以红色字体表示) 对应于前面的父母群体中所指明门内的细胞频率。0号门和1号门显示全部事件。请单击此处查看此图的较大版本.

图 3.表型 ofCD8α+ αβ t 细胞和肠道组织中的γδ t 细胞.CD8β的表达 CD8α+ αβ t 细胞和 CD8α的表达γδ t 细胞描述。直方图内的百分比 (以红色字体表示) 对应于表示父母群体中表示标记的单元格的频率。请单击此处查看此图的较大版本.

图 4.从 DTE、EDTA 和胶原酶治疗淋巴细胞的组成。家长门策略与在图 2中的相同。5号门识别出 T 细胞和 B 细胞。6号门确定αβ t 细胞和γδ t 细胞之间的总 t 细胞。7号门在αβ t 细胞群中确定了 CD8α+和 CD4+ t 细胞。假彩色地块内的百分比 (以红色字体表示) 对应于前面的父母群体中所指明门内的细胞频率。EDTA 分离的淋巴细胞与从 DTE 和胶原酶治疗分离的 IEL 和 LP 淋巴细胞的混合物相似。请单击此处查看此图的较大版本.

图 5.dte 治疗与联合 dte-EDTA 治疗 IEL 分离的比较.DTE 治疗根据这项协议执行。IEL 在 DTE 治疗和 EDTA 治疗之前被收集了。DTE-EDTA 联合治疗是在相同浓度的情况下进行的, 但同时使用。CD45+造血细胞的属性、生存能力和百分比显示为 FSC/SSC。请单击此处查看此图的较大版本.

图 6.密度梯度离心对 IEL 和 LP 淋巴细胞制剂纯度的影响.根据该协议隔离的单细胞悬浮液受密度梯度离心或流式细胞仪直接分析。CD45+造血细胞的属性、生存能力和百分比显示为 FSC/SSC。请单击此处查看此图的较大版本.
作者没有什么可透露的。
在这里, 我们描述了一个详细的协议, 从诱导部位分离淋巴细胞, 包括肠道相关淋巴组织 Peyer 的补丁和引流肠系膜淋巴结, 和效应部位, 包括固有层和小肠上皮的小肠免疫系统。
学理学士由 NIH 赠款 (R01 AI076457) 和石溪大学提供的资金支持。Z.Q. 得到 NIH 赠款 (K12 GM102778) 的支持。
| HEPES | Fisher Scientific | BP310-500 | |
| L-谷氨酰胺 | Sigma-aldrich | G3126-100G | |
| 青霉素-链霉素 | Life Technologies | 15140-122 | |
| 庆大霉素 | Life Technologies | 15710-072 | |
| 氢氧化钠 | Fisher Scientific | S318-500 | |
| RPMI 1640 | Life Technologies | 21870-076 | |
| 碳酸氢钠 | Fisher Scientific | S233-500 | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | 26140-079 | |
| 10x Hanks' 平衡盐溶液 | Sigma-aldrich | H4641-500ML | |
| 1,4-二硫赤藓糖醇 | Sigma-aldrich | D9680-5G | |
| 0.5M EDTA,pH 值 8.0 | Life Technologies | 15575-020 | |
| 氯化钙六水合 | 物Sigma-aldrich | 21108-500G | |
| 氯化镁六水合 | 物Sigma-aldrich | M2670-100G | |
| 胶原酶,I 型 | Life Technologies | 17100-017 | |
| DG 梯度储备液 (Percoll) | GE Healthcare | 17-0891-01 | |
| 红细胞裂解缓冲液 | Biolegend | 420301 | |
| 70-µM 细胞过滤器 | Corning | 352350 | |
| 14 mL 聚丙烯圆底管 | Corning | 352059 | |
| 锥形瓶 | Kimble | 26500R-50mL | |
| 磁力搅拌器 | Thermo Fisher | 50094596 | |
| 搅拌棒 | Fisher Scientific | 14-512-148 |