本文介绍了一种构建集成显微系统的实用指南,该系统以经济高效的方式将传统的落射荧光成像、基于单分子检测的超分辨率成像以及多色单分子检测(包括单分子荧光共振能量转移成像)整合到一个装置中。
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本文介绍了一种构建集成显微系统的实用指南,该系统以经济高效的方式将传统的落射荧光成像、基于单分子检测的超分辨率成像以及多色单分子检测(包括单分子荧光共振能量转移成像)整合到一个装置中。
荧光显微镜是检测生物分子的一种强大工具 原位 并实时监测它们的动态变化和相互作用。除了传统的落射荧光显微镜外,已发展出多种成像技术以实现特定的实验目标。其中一些广泛应用的技术包括单分子荧光共振能量转移(smFRET),该技术可报告埃级分辨率下的构象变化和分子相互作用,以及基于单分子检测的超分辨率(SR)成像,该技术可将空间分辨率提高约十倍 相较于衍射受限显微镜,分辨率可提高至二十倍。本文介绍一种用户定制的集成化系统,该系统将多种成像方法整合于一台显微镜中,包括传统的落射荧光成像、基于单分子检测的超分辨成像,以及多色单分子检测成像(含单分子FRET成像)。通过切换光学元件,可轻松且可重复地实现不同成像模式。该装置易于被生物科学领域的各类研究实验室采用,尤其适用于需要常规开展多样化成像实验的单位,在成本和空间占用方面显著优于分别为特定用途搭建独立显微镜的方案。
荧光显微镜是现代生命科学研究的重要工具,许多生物学实验室 routinely 进行荧光成像。通过将目标生物分子与荧光染料标记结合,我们可以在显微镜下直接观察它们,并记录其在活体(in vivo)或体外(in vitro)条件下随时间变化的定位、构象、相互作用及组装状态。1,2 传统的荧光显微镜受限于衍射极限,其空间分辨率在横向约为 200 - 300 nm,轴向约为 500 - 700 nm,因此仅适用于百纳米至微米尺度的成像。为了揭示分子组装或组织结构中的更精细细节,目前已开发出多种能够突破衍射极限的超分辨率(SR)显微技术。实现超分辨率的策略包括利用非线性光学效应,如受激发射损耗(STED)显微术3,4 和结构光照明显微术(SIM)5,6,7;基于单分子随机检测的方法,如随机光学重建显微术(STORM)8 和光激活定位显微术(PALM)9;以及上述两类方法的结合,例如 MINFLUX10。在这些超分辨率显微技术中,基于单分子检测的超分辨率显微镜可相对容易地从单分子显微系统改装而来。通过对目标生物分子上标记的光激活荧光蛋白(FPs)或可光切换染料进行重复激活与成像,空间分辨率可达 10 - 20 nm11。为了实时获取分子间相互作用和构象动态的信息,需要达到埃至纳米级的分辨率。smFRET12,13 是实现该分辨率的一种方法。通常情况下,根据所研究的生物学问题,需要采用具有不同空间分辨率的成像方法。
通常,每种成像方式都需要特定的激发和/或发射光路配置。例如,单分子检测中最常用的照明方法之一是全内反射(TIR),该方法需要通过棱镜或物镜实现特定的激发角度。对于单分子FRET(smFRET)检测,供体和受体染料的发射光需要在空间上分离,并导向电子倍增电荷耦合器件(EMCCD)的不同区域,这可通过在发射光路中放置一系列反射镜和二向色分光镜来实现。对于三维(3-D)超分辨(SR)成像,需要在发射光路中加入光学元件(如柱面透镜14),以产生像散效应。因此,自行搭建或商业化的集成显微镜通常针对特定成像方法进行功能优化,难以在同一系统上灵活切换不同的成像模式。本文介绍一种成本较低、功能混合的系统,可在三种不同成像方法之间实现可调节且可重复的切换:传统基于衍射极限分辨率的落射荧光成像、基于单分子检测的超分辨成像,以及多色单分子检测(包括smFRET成像)(图1A)。具体而言,本系统采用光纤耦合输入的多色激光器进行激发,并在激发光路中配备商用照明臂,可程序化控制激发角度,从而在落射模式和TIR模式之间切换。在发射光路中,显微镜主体内安装了一个可拆卸的自制柱面透镜盒,用于实现3-D超分辨成像;同时,在EMCCD相机前放置了一个商用分光器,可根据需要选择性启用,以同时检测多个发射通道。
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1. 显微镜的设计与组装
2. 发射光路
注意:发射光路由一个可拆卸的柱面透镜、一个滤光轮、一个发射光分束器和一个EMCCD相机组成(图1G)。为了获得单分子最佳的点扩散函数(PSF),需将微分干涉(DIC)棱镜移出物镜光路。
3. 使用落射式激发进行衍射极限成像
4. 包括单分子FRET在内的多通道单分子成像
注意:将滤光轮移至“空”位置,以便所有波长的发射光均可到达发射光分离器中的第二组滤光片/二向色镜。
5. SR 成像
注意:这是基于单分子检测的超分辨率显微技术。
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该显微镜可灵活且可重复地在不同成像方法之间切换。此处展示了使用每种成像模块采集的样本图像。
图 5D 展示了在超分辨成像过程中闪烁开启分子的点扩散函数(PSF)。通过重建数千张此类图像,生成最终的超分辨图像(图5E). 图 5E 显示了与上图荧光显微图像中相同的细菌调控RNA 图7A. 图7 显示一个小的调控性RNA的代表性落射荧光图像 大肠杆菌 细胞和U2OS哺乳动物细胞中的mRNA。两种RNA均通过荧光标记的DNA寡核苷酸进行标记 原位 杂交17.
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这种混合显微镜系统消除了购买多台显微镜的需求。所有部件的总成本,包括光学平台、平台安装人工、软件和工作站,约为23万美元。定制加工部件(包括磁透镜和三维透镜)的成本约为700美元(具体费用取决于不同机构的实际收费标准)。目前市面上常见的基于单分子检测的超分辨显微成像集成系统价格通常超过30万至40万美元,且在没有白光光源的情况下,难以实现单分子荧光共振能量转移(smFRET)测量,或在合理视场范围内进行落射照明成像。因此,本文所介绍的方法能够以显著降低的成本实现相当于多台显微镜的成像功能。
该调制显微镜系统可基于不同制造商的显微镜主体构建。3-D透镜可安装在发射光路中的任意位置,包括发射分光器内部、显微镜主体内部,或滤光轮与物镜转盘之间的可用空间。然而,3-D透镜的物理位置将决定其实现最佳像散效应以进行3-D超分辨(SR)成像所需的焦距。我们建议初始选择10米的焦距。放大透镜(mag lens)本质上是安装在激发光路中的一个扩束系统。如果激发激光器为自由空间耦合(i.e., 未使用光纤),则在激光束准直后的任意位置安装此类扩束系统都非常简便。如果激发激光器为光纤耦...
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作者无任何利益冲突需要披露。
J.F. 感谢Searle学者项目和NIH主任新创新者奖的支持。作者感谢伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校Paul Selvin实验室在3-D镜头定位方面提供的有益建议。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 尼康 Ti-E 显微镜支架 | 尼康 | Ti-E | |
| 物镜 | 尼康 | 100X NA 1.49 CFI HP TIRF | |
| 显微成像软件 | 尼康 | NIS-Elements 高级研究/HC | HC 包括 "职位招聘" 模块,该程序化采集模块用于SR成像。 |
| 照明臂 | 尼康 | Ti-TIRF-EM 电动照明单元 M | 该臂上设有用于放大镜片的插槽 |
| 分析模块 | 尼康 | Ti-A | 这被安装在滤光片转轮中。 |
| Z轴漂移校正系统 | 尼康 | 无进展生存期 | 该系统由物镜转换器上的步进电机、红外发光二极管(IR LED)和探测器组成。 |
| 光学平台桌面 | TMC | 783-655-02R | |
| 光学平台底座 | TMC | 14-426-35 | |
| 647 nm 激光器 | Cobolt | 90346 (0647-06-01-0120-100) | 647 nm 120 mW 调制激光二极管,包含激光头、CDRH 控制盒、USB 线缆和 PSU(电源单元) |
| 561 nm 激光器 | 相干的 | 1280721 | OBIS 561 nm LS 150 mW 激光系统 |
| 488 nm 激光器 | Cobolt | 90308 (0488-06-01-0060-100) | 488 nm 60 mW 调制激光二极管,包含激光头、CDRH 控制盒、USB 线缆和电源装置(PSU) |
| 405 nm 激光器 | Crystalaser | DL405-025-O | 405(±5)nm,25 mW,圆形,M2 <1.3,低噪声,连续波,TTL 信号频率高达 20 MHz。配备 2 个用于 TTL 的 BNC 接口 &和模拟调节 |
| 散热器 | Cobolt | 11658 (HS-03) | 两个部件:无风扇散热片 HS-03,适用于 647 nm 和 488 nm 激光器的散热片 |
| 散热器 | 相干的 | 1193289 | Obis 带风扇散热片,165 x 50 x 50 mm,用于 561 nm 激光器 |
| CAB-USB-miniUSB | Cobolt | 10908 | 两套单元,用于647 nm和488 nm激光器的通信电缆 |
| 用于高度调节的铝制部件 | McMaster-Carr | 9146T35 | 多功能6061铝合金矩形棒,4毫米 × 40毫米,1英尺长,用于抬升561纳米激光器 |
| 用于高度调节的铝制部件 | McMaster-Carr | 8975K248 | 多功能6061铝合金,1-1/4" 厚 X 3" 宽度 × 1 英尺长度,用于提升 405 nm 激光 |
| BNC 电缆 | L-com | CC58C-6 | RG58C 同轴电缆,BNC 公头/公头,6.0 英尺 |
| BNC 适配器 | L-com | BA1087 | 同轴适配器,BNC穿墙式,接地型 |
| SMA转BNC适配器 | HOD | SMA-870 | Cobolt MLD 激光器具有 SMA 接口,因此该适配器用于 BNC 连接。 |
| SMB 转 BNC 适配器 | 费尔维微波 | FMC1638316-12 | SMB 插头转 BNC 母头面板安装电缆 RG316 同轴线,12 英寸,适用于 Coherent Obis 激光器 |
| 数据采集卡 | 国家仪器公司 | PCI-6723 | 13位、32通道、800 kS/s模拟输出设备,用于控制激光器、微分干涉差(DIC)LED等 |
| 屏障滤光轮控制器 | Sutter Instrument | Lambda 10-B | 光学滤光片转换器 |
| 发射光分离器 | 凯恩 | OptoSplit III | |
| 二向色分光镜 | 色度 | T640LPXR-UF2 | OptoSplit III 中用于分离红色发射光与绿色发射光的二向色分光镜 |
| 二向色分光镜 | Chroma | T565LPXR-UF2 | 分色镜分离绿色 &以及在OptoSplit III中将蓝色发射与红色发射分离 |
| 发射滤光片 | 染色 | ET700/75M | 两个单元,OptoSplit III 和 Barrier 滤光轮中的红色发射光滤光片(如 Alexa Fluor 647) |
| 发射滤光片 | 染色 | ET595/50M | OptoSplit III 和滤光片转轮中的黄色/绿色发射光滤光片(如 Cy3B)两个单元 |
| 发射滤光片 | 染色 | ET525/50M | 两个单元,OptoSplit III 和 Barrier 滤光轮中的蓝色发射滤光片(适用于 Alexa Fluor 488/GFP 等) |
| 发射滤光片 | Semrock | FF02-447/60-25 | 用于紫色发射光(如 DAPI/Alexa Fluor 405)的发射滤光片,安装在阻挡滤光轮中 |
| 二向色分光镜 | Chroma | zt405/488/561/647/752rpc-UF3 | 显微镜机身内用于647、561、488和405 nm激光激发的多波段二向色分光镜 |
| DAPI滤光片组 | 染色 | 49000 | 安装在显微镜主体中 |
| 尼康激光/TIRF滤光立方体 | 色度 | 91032 | |
| 590 长通滤光片 | Chroma | T590LPXR-UF1 | 用于结合647 nm激光与561 nm激光 |
| 525 长通滤光片 | 染色 | T525LPXR-UF1 | 用于将已合并的647 nm和561 nm激光与488 nm激光进行组合 |
| 470 长通滤光片 | 色度 | T470LPXR-UF1 | 用于将已合并的647 nm、561 nm和488 nm激光与405 nm激光进行组合 |
| 激光清理滤光片(647) | 色度 | zet640/20x | 用于清除647 nm激光的其他波长 |
| 激光清理滤光片(488) | Semrock | LL01-488-25 | 用于清除488 nm激光中的其他波长 |
| LED光源 | Excelitas | X-Cite120LED | 仅用于 DAPI 成像 |
| 镜架 | 纽波特 | SU100-F3K | |
| 光学柱 | 纽波特 | PS-2 | |
| 夹叉 | 纽波特 | PS-F | |
| 功率计 | 纽波特 | PMKIT | 用于测量激光功率 |
| 二向色性光束合束器支架 | Edmund Optics | 58-872 | C型接口运动学安装座,用于在激光激发组件中固定二向色分光镜合束器 |
| 卡环 | Thorlabs | CMRR | 用于二向色性光束合束器安装座 |
| 光纤适配器板 | Thorlabs | SM1FC | FC/PC光纤适配器板,带外置SM1(1.035)"-40) 穿线 |
| Z轴平移调节架 | Thorlabs | SM1Z | Z轴平移安装座,兼容30 mm笼式系统 |
| 消色差双合透镜 | Thorlabs | AC050-008-A-ML | Ø5 毫米,安装式消色差双合透镜,AR 镀膜:400 - 700 纳米 |
| 笼板 | Thorlabs | CP1TM09 | 带M9×0.5内螺纹和8-32丝锥的30 mm笼板 |
| 笼具组装杆 | Thorlabs | ER4 | 笼具组装杆,4" 长, Ø6 mm |
| 笼具安装支架 | Thorlabs | CP02B | 30 mm笼式系统安装支架 |
| 单模光纤 | Thorlabs | P5-405BPM-FC-2 | 补光光纤,PM,FC/PC转FC/APC,405 nm,熊猫型,2 m |
| 多模光纤 | Thorlabs | M42L01 | Ø50 µm,0.22 数值孔径,FC/PC-FC/PC 光纤跳线,1 m |
| 消色差双合透镜(放大透镜) | Thorlabs | ACN127-025-A | ACN127-025-A - f=-25.0 mm, Ø1/2" 消色差双合透镜,抗反射涂层:400-700 nm,含凹透镜 "磁透镜" |
| 消色差双合透镜(放大透镜) | Thorlabs | AC127-050-A | f=50.0 mm Ø1/2" 消色差双合透镜,抗反射涂层:400-700 nm,凸透镜 "磁透镜" |
| 卡环 | Thorlabs | SM05PRR | SM05 塑料卡环用于 Ø1/2" 透镜管和透镜支架,用于 "磁透镜" |
| 尼龙尖螺丝 | Thorlabs | SS3MN6 | M3 × 0.5 尼龙尖端紧定螺钉,6 mm 长,用于固定 "3D 透镜" |
| 3D 透镜 | CVI Laser Optics | RCX-25.4-50.8-5000.0-C-415-700 | f=10 m,矩形柱面透镜 |
| EMCCD相机 | Andor | iXon Ultra 888 | |
| 100 nm 多通道微球 | Thermo | T7279,TetraSpeck 微球 | |
| 红色染料 | 赛默飞世尔科技 | Alexa Fluor 647 | |
| 黄绿色染料 | GE Healthcare | Cy3 | |
| 绿色染料 | GE Healthcare | Cy3B | |
| 蓝色染料 | 赛默飞世尔科技 | Alexa Fluor 488 |
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