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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
在这里, 我们描述了一种定量的方法来确定突触蛋白相对于标记蛋白使用免疫荧光染色, 共聚焦显微镜, 和基于计算机的分析。
特定突触蛋白的存在、缺失或水平会严重影响突触的传播。除了阐明蛋白质的功能外, 还必须确定其分布。在这里, 我们描述了一个使用免疫荧光、共聚焦显微镜和基于计算机的分析来确定突触蛋白 mof (也称为 tprgl 或 synaptic) 的分布的协议。我们比较了切除物与突触泡蛋白突触素的分布, 从而定量地确定了运动物相对于突触囊泡丰度的分布。值得注意的是, 这种方法有可能被采用, 以便利用不同的抗体或显微镜或在不同的研究中比较蛋白质的分布。我们的方法通过产生比而不是绝对荧光水平来规避免疫荧光污渍的固有变异性。此外, 我们描述的方法使研究人员能够分析蛋白质在不同层次上的分布: 从整个大脑切片到大脑区域, 再到大脑区域的不同次区域, 如海马或感觉的不同层皮层。马剂是一种脊椎动物特有的蛋白质, 与突触囊泡有关。通过这种方法, 我们表明, 蒙特是异质分布在大脑的各个区域, 在腹侧苍白, 隔膜核, 杏仁核的高水平, 也在单个大脑区域, 如海马的不同层。
神经元之间的通信发生在称为突触的特殊接触点。突触包含无数不同的蛋白质, 这些蛋白质协调着突触的传递。其中一些蛋白质在整个神经系统中表现出异质分布, 并不是在每个突触1中都存在。这种蛋白质的一个例子是 munc13, 它参与了突触囊泡的启动过程。munc13 有不同的等形, 它们在整个大脑中分布不均, 而特定等形的存在或不存在会影响短期突触可塑性和突触囊动力学3,4 个,5. 因此, 能够识别大脑各区域存在不同的突触蛋白至关重要。
突触蛋白的定量选择方法--到目前为止--是质谱和西方印迹, 而不是免疫组织化学 6,7,8,9。在某些情况下, 有几种方法相互补充, 以评估特定蛋白质的数量和定位 (即wilhelm等人).10). 我们在这里描述的方法允许对感兴趣的蛋白质进行定位和定量, 而无需使用任何生化方法, 只需使用免疫荧光污渍。这里的另一个优点是, 量化可以在比其他方法实现的更小的区域上进行, 因此也可以更具体。然而, 人们必须考虑到, 需要一种可靠的参考蛋白质来评估感兴趣的蛋白质的分布。
免疫组织化学的荧光染色使我们能够例行识别蛋白质在大脑区域以及不同神经元隔间内的定位。若要标识不同的隔间, 请使用特定标记。通常情况下, 抗突触素和突触素11的抗体可用于标记突触囊泡, 而针对巴松突的抗体标记突触前端子 12的活动区。水泡转运体, 如水泡谷氨酸转运体 (vglot) 或水泡 gaba 转运体 (vgat), 分别用于标记兴奋13 和抑制性 14前突触前端子。在突触后, 针对荷马蛋白的抗体可用于标记突触后端子, 而针对突触后密度蛋白 95 (psd95)15、16、17或 gephyrin18的抗体可用于标记突触后端子。,19,20可分别标记兴奋或抑制突触后端子。通过对感兴趣的蛋白质和标记 (如上面描述的) 使用抗体, 可以确定这种蛋白质的定位。迄今为止, 许多研究都以定性的方式做到了这一点。然而, 要可靠地确定特定突触蛋白的差异分布, 不仅必须确定其存在或缺失, 还必须确定其相对浓度。突触的大小和密度的异质性使得建立突触标记和感兴趣的蛋白质之间的比例变得很重要。否则, 突触丰富的区域, 如海马的非锥体层和小脑的分子层, 将显示突触蛋白的高密度, 这只是由于突触的密度较高, 但不是由于该蛋白的强大存在每个突触 (例如, wallrafen 和 dresbach1)。另一方面, 由于神经元细胞体浓度高, 神经元 soma 中的蛋白质 (例如tgn38 22) 通常会在海马锥体细胞层或海马或小脑颗粒层中显示出强烈的存在在这些地区。因此, 这种结构的非均匀分布, 在这种情况下是突触, 会导致对感兴趣的蛋白质本身的分布的错误估计。此外, 免疫组织化学污渍样品的染色强度存在内在差异。这里描述的协议考虑到了这一点, 避免了这种偏见, 以及免疫组织化学方法引起的其他警告。
在我们最近的研究中, 我们用这种方法来描述 mof (也称为 tprgl23或 sap3024) 在16个不同大脑区域1的差异表达。m接管是一种脊椎动物特异性突触蛋白, 可与突触囊泡有关, 并影响神经递质释放25,26,27.我们有相关的运动表达突触囊的丰富, 通过染色突触素作为突触囊参考标记。我们发现了高水平的 mof, 特别是在隔膜核, 腹侧苍白, 和杏仁核。在海马区内, 我们发现了一个均匀分布的 mof, 与海马内计算相关的层数较高, 在输入和输出层的水平较低。
该协议不涉及对活体动物的实验。当地动物保护当局 (Tierschutzkommission der university ätsmedizin göttingen) 根据 t 10/30 号批准了涉及动物安乐死以获得大脑样本的实验。
注: 该方案使用了3例成年雄性 c57bl6 小鼠。
1. 样品制备
2. 免疫荧光
3. 成像
4. 基于计算机的分析
5. 数据处理
图 1显示了不同标记的代表性染色模式。模式因蛋白质的分布而异。五个星冠水平的例子在 (a)-(e) 列中显示。第一行显示了具有代表性的 dapi 染色: dapi 粘附于细胞的 dna 上, 因此细胞核被染色。这将导致点状图案。具有高细胞密度的区域比细胞密度较低的区域更明亮。在第二行可以看到异质分布蛋白的一个例子。马弗染色显示了整个大脑的差异分布, 有明亮的热点区域和较暗的区域。在第三行中, 显示了分布更均匀的参考标记突触素的一个示例。这两种蛋白质 (第四行) 的叠加显示了 mof (红色) 与标记蛋白突触素 (绿色) 的差异分布。
图 2显示了协议第4步中描述的量化。显示的是整个半球不同通道 (mof,图 2a; 突触素, 图 2 b) 和感兴趣区域 (m接管, 图 2c;图 2 d)。为了确定运动丰度相对于突触囊的数量, 将马弗荧光值与突触素荧光值的比率计算为比率。这些感兴趣区域的比率如图 2e 所示, 已经表示了 mof 的异构分布, 相对于突触囊泡, 其运动量和 mof 水平都很高和很低。为了进一步补偿固有的技术可变性, 将一个感兴趣领域的比率 (图 2e)与整个半球的比率进行了比较 (未显示), 并将其转化为百分比。这个相对的 mof 丰度 (图 2f) 给出了一个感兴趣的区域相对于平均值存在多少 mof 的度量。
如上所述, 这种技术的主要优点之一是能够确定非常小的地区, 甚至是次区域和感兴趣的区域层感兴趣的蛋白质的丰度。此应用程序的一个示例如图 3所示, 其中确定了海马子字段中不同图层的相对 m接管丰度。图 3d、图 3f和图 3 h 所示的不同层中的量化对应于图 3c、图 3e和图 3g, 带有相应的颜色。在海马区内, 蒙特是异质分布的, 在与海马内计算相关的层中, 与突触囊的类似层相比, 蒙特水平较高 (即齿状回 [dg] 的多形性层, 层半径,诺努氨 3 [ca3] 的灵芝和奥伦斯,以及科努氨酸1 [ca1] 的层辐射和东方, 以及输入和输出层 (dg 的内分子层和外分子层、ca3 和 ca1 的金字塔细胞层, 以及层腔分子。

图 1: 具有代表性的免疫荧光图像的 dapi (第一排), 马槽 (第二排), 突触素 (第三排), 和他们的覆盖 (第四排, 马转红, 突触素在绿色) 在5个转子-海索水平 (a-e).感兴趣的区域在面板的上一行以灰色着色。m1, 初级运动皮层;ioc, calleja 岛;acc, 前扣带回皮层;鼻粪, 隔膜核;vpa, 腹侧麻痹;nua, 伏隔核;cp, 尾状 putamen;s1, 初级体感皮层;hc, 海马体;am, 杏仁核;mha, 内侧哈伯努拉;pag, 导水管周围灰色;sn, 黑质;vta, 腹侧结节区;mlc, 小脑分子层;glc, 小脑颗粒层。刻度杆 = 500μm。这一数字已从 wallrafen 和 dresbach1修改。请点击这里查看此图的较大版本.

图 2: 对5个星形尾端水平上的 mof 分布进行量化.不同水平上的 mof 信号 (a) 和突触素信号 (b) 的平均荧光强度。在16个手动划定的大脑区域上, mof 信号 (c) 和突触素信号 (d) 的平均荧光强度。(e) 16个大脑区域中的 mof 和突触素的比率。(f) 对相对 mover丰度进行量化, 比较各自区域的 moverisaptophysin 比率与相应半球的比率。m1, 初级运动皮层;ioc, calleja 岛;acc, 前扣带回皮层;鼻粪, 隔膜核;vpa, 腹侧麻痹;nua, 伏隔核;cp, 尾状 putamen;s1, 初级体感皮层;hc, 海马体;am, 杏仁核;mha, 内侧哈伯努拉;pag, 导水管周围灰色;sn, 黑质;vta, 腹侧结节区;mlc, 小脑的分子层。黑点表示单个数据点。条形图显示均值 (sem) 的均值±标准误差。这一数字已从 wallrafen 和 dresbach1修改。请点击这里查看此图的较大版本.

图 3: 鼠标海马中的移动器分布.小鼠海马冠状切片的免疫荧光染色。海马体概述, 显示异质的 more 表达模式 (a) 和相应的 Synaptophysin 染色 (b)。感兴趣的三个区域 (dg,图 3c;ca3,图 3e;ca1,图 3g) 用白色虚线来描绘。(D、F、H)比较各层中的比率与相应半球的比率的量化。条形图中的颜色对应于面板c、 e和g中的相应底纹。在与海马内计算相关的水平 (即dg 的多变形层、ca3 的层辐射、灵芝和东方、ca1 的层辐射和东方) 中, 推动体表达的表达率很低, 而在主要的输入和输出层 (dg 的内外分子层、ca3 和 ca1 的锥形细胞层以及 ca1 的层腔分子)。oml, 外分子层;iml, 内分子层;grl, 颗粒层;pml, 多变形 layer/hilus;所以, 地层定向;间谍, 层金字塔;sllu, 层灵芝;sr, 层状辐射;可持续土地管理, 层腔-分子。刻度柱 = 500μm. 黑点表示单个数据点。条形图显示平均±扫描电镜。这一数字已从 wallrafen 和 dresbach1修改。请点击这里查看此图的较大版本.

表 1: 此协议中使用的解决方案。

表 2: 本协议中使用的抗体。

表 3: 数据处理示例。
作者没有什么可透露的。
在这里, 我们描述了一种定量的方法来确定突触蛋白相对于标记蛋白使用免疫荧光染色, 共聚焦显微镜, 和基于计算机的分析。
我们感谢 irmgard weiss 提供的出色技术援助。提交人感谢 hermes pofantis 和 andoniya petkova 的支持。作者还感谢欧洲神经科学研究所使用 lsm800 和技术援助, 特别是 nils halbsteut 博士提供的技术援助。这项工作是由哥廷根大学医学中心资助的。jsv 感谢大脑纳米显微镜和分子生理学中心 (cnmpb) 的支持。
| 1.5 mL 反应管 | Eppendorf | 30120094 | |
| 50 mL 反应管 | Greiner Bio-One | 227261 | |
| 多孔 24 孔 | Fisher Scientific | 087721H | |
| 塑料移液器(一次性) | Sarstedt | 861,176 | |
| 1000 mL 移液器 | Rainin | 17014382 | |
| 2 ml 移液器 | Eppendorf | 3123000012 | |
| Vortex Genius 3 | IKA | 3340001 | |
| Menzel 显微镜载玻片 | Fisher Scientific | 10144633CF | |
| 立体镜 | Leica | ||
| LSM800 | 蔡司 | 共聚焦显微镜 | |
| 冷冻切片机 | Leica | ||
| PBS (10X) | 罗氏 | 11666789001 | |
| PFA | Sigma | P6148-1kg | |
| NaCl | BioFroxx | 1394KG001 | |
| 蔗糖 | neoFroxx | 1104KG001 | |
| 纸巾 Tek | 樱花 | 4583 | OCT |
| Na2HPO4 | BioFroxx | 5155KG001 | |
| NaH2PO4 | 默克 | 1,063,460,500 | |
| 正常山羊血清 | 默克 Millipore | S26-100ML | |
| 正常驴血清 | 默克 | S30-100ML | |
| Triton X-100 | 默克 | 1,086,031,000 | |
| 兔抗移动 | 突触系统 | RRID: AB_10804285 | |
| 豚鼠抗突 | 触素突触系统 | RRID: AB_1210382 | |
| 驴抗兔 AF647 | Jackson ImmunoResearch | RRID: AB_2492288 | |
| 山羊抗小鼠 AF488 | Jackson ImmunoResearch | RRID: AB_2337438 | |
| Mowiol4-88 | 钙生化学 | 475904 | |
| ZEN2 blue 软件 | 蔡司 | 显微镜软件 | |
| FIJI | ImageJ | 分析软件 | |
| Microsoft Excel | Microsoft |