啮齿类动物的熟练抓取任务常用于研究灵巧技能,但该任务的实施和行为分析通常需要耗费大量时间和精力。本文介绍了一种自动化熟练抓取方法,结合运动追踪与抓取轨迹的三维重建技术。
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啮齿类动物的熟练抓取任务常用于研究灵巧技能,但该任务的实施和行为分析通常需要耗费大量时间和精力。本文介绍了一种自动化熟练抓取方法,结合运动追踪与抓取轨迹的三维重建技术。
啮齿类动物熟练抓取任务常用于研究灵巧技能,但实施该任务并分析行为通常需要耗费大量时间和精力。近年来已开发出若干种自动化的熟练抓取系统。本文介绍一种可自动向大鼠呈现食物颗粒,并以高帧率(300 fps)从多个角度同步记录高清视频的系统。系统采用深度学习姿态估计算法 DeepLabCut,对动物的前爪及各个脚趾进行无标记追踪。该系统还可与生理信号记录设备同步,或用于触发生理干预措施(如电刺激或光刺激)。
人类高度依赖灵巧技能,即需要精确协调多个关节和手指运动的动作。这些技能会受到多种常见中枢神经系统病理状况的影响,包括结构性病变(例如中风、肿瘤、脱髓鞘病变)、神经退行性疾病(例如帕金森病)以及运动环路的功能异常(例如肌张力障碍)。因此,理解灵巧技能如何由中枢运动环路学习和执行,有望改善大量人群的生活质量。此外,这种理解还可能通过优化训练和康复策略,提高健康个体的运动表现。
由于技术和伦理方面的限制,解析人类灵巧技能背后的神经环路研究不得不依赖动物模型。非人灵长类动物因其运动系统和行为模式与人类相似,常被用于研究灵巧的肢体运动1。然而,非人灵长类动物饲养成本高且世代周期长,限制了研究对象的数量以及基因干预的可能性。此外,尽管适用于非人灵长类动物的神经科学研究工具比人类更多,但许多近年来的技术进展在灵长类动物中要么不可用,要么应用受到显著限制。
啮齿类动物的熟练抓取是一种研究灵巧运动控制的补充方法。大鼠和小鼠可被训练以固定的动作序列抓取、握持并取回糖丸,这些动作序列与人类的抓取模式同源2。由于其相对较短的繁殖周期、较低的饲养成本,以及在数天至数周内即可掌握熟练抓取能力的特点,研究者可在学习和技能巩固阶段对大量受试动物进行观察。使用啮齿类动物(尤其是小鼠)还有助于结合现代神经科学的强大工具(例如光遗传学、钙成像、疾病遗传模型)来研究灵巧技能的神经机制。
多年来,啮齿类动物的熟练抓取行为被用于研究正常的运动控制及其在中风和帕金森病等特定病理状态下的变化3。然而,该任务的大多数版本均耗时且劳动强度大,限制了啮齿类动物研究的优势。典型的实验方法是将啮齿类动物置于一个抓取装置中,装置前方设有一个狭窄的狭缝,动物必须通过该狭缝进行抓取。研究人员手动将糖丸放置在平台之上,等待动物完成抓取动作后,再放置下一个糖丸。抓取动作的成功或失败通常通过实时观察或回看视频的方式进行评分4。然而,仅以成功或失败来评分会忽略丰富的运动学数据,而这些数据能够揭示抓取功能受损的具体方式(而不仅仅是判断是否受损)。为解决这一问题,已有研究通过对抓取视频进行详细回放,识别并半定量评分抓取过程中的子运动阶段5。尽管这种方法增加了部分运动学信息,但也显著增加了实验人员的时间和工作负担。此外,实验过程中高度依赖人工操作可能导致方法学和数据分析上的不一致性,即使在同一实验室内部亦然。
近年来,已开发出多种自动化的熟练抓取装置。其中一些装置可直接连接至动物的饲养笼6,7,从而无需转移动物。这不仅减少了动物的应激反应,也避免了让其适应专用抓取装置的需要。其他版本则具备爪子追踪功能,可用于研究特定干预措施下的运动学变化8,9,10,或配备自动检测机制以判断颗粒是否被从支架上击落11。自动化熟练抓取任务特别适用于高强度训练,例如损伤后康复过程中所需的情况12。自动化系统使动物能够在较长时间内完成大量抓取动作,而无需研究人员大量参与。此外,具备爪子追踪和自动结果评分功能的系统可显著减少研究人员在数据分析上所花费的时间。
我们开发了一套具有多种专门特性的自动化大鼠熟练抓取系统。首先,通过使用可移动的基座从下方将食物丸送至“抓取位置”,我们获得了前肢近乎无遮挡的视野。其次,利用镜面系统结合单个相机实现抓取动作的多角度同步成像,从而可使用高分辨率、高速(300帧/秒)相机对抓取轨迹进行三维(3-D)重建。随着近年来无标记运动追踪机器学习算法的成熟13,我们现在不仅能追踪 paw(爪部),还能追踪各个指节,以提取详细的抓取和握持运动学参数。第三,系统配备的图像采集卡可执行简单的视频处理,实现实时识别抓取过程中的不同阶段。该信息可用于触发视频记录(由于文件体积限制,连续视频记录不切实际),也可用于在精确时间点触发干预操作(例如光遗传学刺激)。最后,单个视频帧由晶体管-晶体管逻辑(TTL)脉冲触发,从而实现视频与神经信号记录(例如电生理或光度记录)的精确同步。本文将详细介绍该系统的搭建方法、大鼠任务训练流程、设备与外部系统的同步方式,以及三维抓取轨迹的重建过程。
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本文所述所有涉及动物使用的实验方法均已获得密歇根大学机构动物护理和使用委员会(IACUC)的批准。
1. 设置取食箱
注意:有关仪器的详细信息和示意图,请参见 Ellens 等人14。零件编号参考图 1。
2. 设置计算机和硬件
3. 行为训练
4. 使用自动化系统训练大鼠
5. 使用 DeepLabCut 分析视频
注意:每种前爪偏好(右前爪和左前爪)及每种视角(右利手大鼠的直接视角和左侧镜像视角,左利手大鼠的直接视角和右侧镜像视角)均需训练不同的网络。顶部镜像视角不用于三维重建,仅用于检测鼻部何时进入槽口,该信息可用于触发干预操作(例如光遗传学干预)。随后,每个网络用于分析针对相应前爪和视角裁剪后的视频集合。
6. 盒子校准
注意:这些说明用于确定将直接视图和镜像视图中识别的点转换为三维坐标的变换矩阵。有关最新版本以及如何使用 boxCalibration 软件包的更多详细信息,请参见 Leventhal 实验室 GitHub 页面:https://github.com/LeventhalLab/boxCalibration,其中包含其使用的分步说明。
7. 重建三维轨迹
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大鼠在适应装置后能够快速掌握熟练抓取任务,抓取次数和准确率在1–2周内即达到稳定状态(图5)。图6展示了由DeepLabCut识别出的结构的视频帧示例,图7展示了一次实验中单次抓取动作的叠加轨迹。最后,图8说明了当爪子检测触发设置不准确时(步骤4.3.4–4.3.6)可能出现的情况:爪子进入抓取狭缝时对应的帧数存在显著变异。这在分析抓取运动学时并非主要问题,但可能导致在抓取动作过程中触发干预措施(如光遗传学刺激)的时间出现变异。
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啮齿类动物的熟练抓取已成为研究运动系统生理学和病理生理学的标准工具。我们已阐述如何实施一种自动化的大鼠熟练抓取任务,该任务可实现:在几乎无需人工监督的情况下进行训练与测试,对前爪及指头在抓取、握持及前爪回缩过程中的三维运动轨迹进行重建,实时识别抓取过程中的前爪,并与外部电子设备同步。该方法非常适合将前肢运动学与生理学数据进行关联分析,或在抓取动作过程中实施精确时间控制的干预。
自从我们首次报道该设计以来14,我们的训练效率已显著提高,几乎100%的大鼠能够掌握该任务。我们已确定了若干导致训练持续成功的关键因素。与许多以饥饿为动机的任务一样,在限制热量摄入期间应密切监测大鼠,使其体重维持在预期体重的80–90%。在训练前每日对大鼠进行抓握操作至关重要,有助于使其适应人类接触。应先训练大鼠学会伸手动作,再学习返回箱体后部以索取食物颗粒——这将显著缩短训练时间,并提高大鼠掌握任务的可能性。最后,当大鼠在看似完全相同的箱体之间转移时,其伸手次数常会减少。这一现象在首次使用箱体时尤为明显。我们推测这可能是由于不同箱体间气味差异所致。无论原因如何...
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作者无任何利益冲突需要披露。
作者感谢Karunesh Ganguly及其实验室在熟练抓取任务方面提供的建议,感谢Alexander Mathis和Mackenzie Mathis在调整DeepLabCut软件过程中给予的帮助。本研究由美国国家神经疾病与卒中研究所(资助号:K08-NS072183)和密歇根大学资助支持。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 透明聚碳酸酯板 | TAP Plastics | 按需裁剪(参见盒装设计) | |
| 红外光源/探测器 | Med Associates | ENV-253SD | 30" 范围 |
| 相机 | 巴斯勒 | acA2000-340kc | 2046 x 1086 CMV2000 340 帧/秒 彩色相机连接 |
| 相机镜头 | 百万像素(computar) | M0814-MP2 | 2/3" 8mm f1.4 带锁紧光圈 &和;聚焦 |
| 相机线缆 | 巴斯勒 | #2000031083 | Cable PoCL Camera Link SDR/MDR 全型,5 米 - 数据线缆 |
| 镜子 | 亚马逊 | ||
| 线性执行器 | 同心圆 | LACT6P | 线性执行器 6" 行程(标称值)、110磅力、12伏直流电,带电位计 |
| 沉淀物储液槽/漏斗 | 阿米科(亚马逊) | a12073000ux0890 | 6" 漏斗 |
| 导管 | ePlastics | ACREXT.500X.250 | 1/2" 光密度 × 1/4" ID 透明。挤压成型亚克力管 x 6 英尺长 |
| 沉淀物递送杆 | ePlastics | ACRCAR.250 | 0.250" DIA. 浇铸亚克力棒(2英尺长) |
| 塑料T型连接头 | 美国塑料公司 | #62065 | 3/8" x 3/8" x 3/8" 黑色高密度聚乙烯软管三通接头 |
| LED 灯 | 照明 EVER | 4100066-DW-F | 12V 柔性防水 LED 灯带,LED 胶带,日光白色,超亮 300 个 5050 LED,16.4 英尺 5 米整卷 |
| 浅色衬底 | ePlastics | ACTLNAT0.125X12X36 | 0.125" × 12" × 36" 天然乙醛酸酯板 |
| 光扩散膜 | 可发明物 | 23114-01 | .007×8.5×11",双面哑光 |
| 柜体与定制框架材料 | 各种(Home Depot 等) | 3/4" 纤维板(各结构尺寸见实验方案) | |
| 吸音泡沫 | 声学优先 | FireFlex Wedge 吸音泡沫(2" 厚 | |
| 通风风扇 | 酷冷至尊(Amazon) | B002R9RBO0 | 适用于计算机机箱和CPU散热器的80毫米静音冷却风扇 |
| 柜门铰链 | Everbilt(家得宝) | #14609 | 连续钢铰链(1.4" × 48") |
| 柜子轮子 | Everbilt(家得宝) | #49509 | 带侧边刹车、承重90磅的软橡胶旋转轮脚轮 |
| 柜门把手 | Everbilt(家得宝) | #15094 | 白光轻型门拉手(4.5") |
| 计算机 | 惠普 | Z620 | HP Z620 台式工作站 |
| Camera Link图像采集卡 | 国家仪器公司 | #781585-01 | PCIe-1473 Virtex-5 LX50 Camera Link - 全幅 |
| 多功能 RIO 板 | 国家仪器公司 | #781100-01 | PCIe-17841R |
| 模拟 RIO 板电缆 | 国家仪器公司 | SCH68M-68F-RMIO | 多功能电缆 |
| 数字 RIO 板电缆 | 国家仪器公司 | #191667-01 | SHC68-68-RDIO R系列数字电缆 |
| 模拟端子排 | 国家仪器公司 | #782536-01 | SCB-68A 抗噪声屏蔽式I/O连接器模块 |
| 数字端子排 | 国家仪器公司 | #782536-01 | SCB-68A 抗噪声屏蔽型 I/O 连接器模块 |
| 24位继电器机架 | Measurement Computing Corp. | SSR-RACK24 | 固态继电器背板(Gordos/OPTO-22型继电器),24通道 |
| 直流开关 | Measurement Computing Corp. | SSR-ODC-05 | 固态继电器模块,单路,直流开关,3 至 60 VDC @ 3.5 A |
| DC感应 | Measurement Computing Corp. | SSR-IDC-05 | 固态继电器模块,单路,直流感应,3 至 32 VDC |
| 直流电源 | BK Precision | 1671A | 三输出30V,5A数字显示直流电源 |
| 糖丸 | Bio Serv | F0023 | 无尘精密颗粒,45 mg,蔗糖(无味) |
| LabVIEW | 国家仪器公司 | LabVIEW 2014 SP1,64 位和 32 位版本 | 需要使用 64 位 LabVIEW 以访问足够的内存来传输视频,但 FPGA 编程必须在 32 位 LabVIEW 中进行 |
| MATLAB | Mathworks | Matlab R2019a | 盒子校准与轨迹重建软件使用 Matlab 编写,需要计算机视觉工具箱 |
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