更正：利用细菌接合在肠杆菌属菌株中构建高密度转座子插入文库的方法 大肠杆菌 或 福氏志贺菌

摘要

已发布更正： 利用细菌接合在大肠杆菌（Escherichia coli）或福氏志贺氏菌（Shigella flexneri）等肠杆菌菌株中构建高密度转座子插入文库。 讨论部分和参考文献部分已作更正。

摘要

已发布更正：针对利用细菌接合在肠杆菌属菌株（如Escherichia coli或Shigella flexneri）中构建高密度转座子插入文库一文。讨论部分和参考文献部分已作更正。

讨论部分的第二段已从以下内容更新：

该方法的一个显著优势在于，理论上用户在选择肠杆菌科受体菌株时具有很大的灵活性。本文及其他研究¹¹均使用 E. coli 作为受体菌株，但pJA1质粒也已成功应用于其他肠杆菌科受体菌种，例如 Shigella flexneri⁶ 和 Salmonella enterica 血清型伤寒沙门菌SL1344菌株¹⁰。理论上，pJA1质粒中的γ复制起点（ori_R6Kγ）使其可在广泛的宿主范围内维持存在¹⁹，前提是受体菌株为 pir+ 。最近已有新方法被报道，可在多种肠杆菌科菌株中构建 pir+ 基因型²⁰，从而提供了更大的灵活性。此外，pJA1质粒中含有来自RP4质粒的300个碱基对的mob 区域，可实现该质粒向多种革兰氏阴性细菌菌株的接合转移¹⁹。简而言之，只要满足以下条件，该方法理论上可适用于多种受体菌株：菌株为 pir+，且其携带的抗生素抗性标记不同于卡那霉素，并与供体菌株的抗性标记不同。

至：

该方法的一个显著优势在于，理论上用户在选择肠杆菌科受体菌株时具有很大的灵活性。本文及其他研究¹¹均使用 E. coli 作为受体菌株，但pJA1质粒也已成功应用于其他肠杆菌科受体菌种，例如 Shigella flexneri⁶ 和 Salmonella enterica 血清型鼠伤寒沙门氏菌SL1344¹⁰。理论上，pJA1质粒中的γ复制起点（ori_R6Kγ）使其可在广泛的宿主范围内维持存在¹⁹，前提是受体菌株为 pir-.  pJA1中来自RP4质粒的300个碱基对的mob 区域可实现该质粒向多种革兰氏阴性细菌菌株的接合转移¹⁹。简而言之，只要满足以下条件，该方法理论上可用于多种受体菌株：菌株为 pir-，且其携带的抗生素抗性标记不同于卡那霉素，并与供体菌株的抗性标记不同。

参考文献 部分已从以下内容更新：

18. Blattner, F. R., Plunkett, G., 等 大肠杆菌K-12的完整基因组序列。 科学 277 (5331), 1453-1462 (1997)。
19. Alexeyev, M. F., & Shokolenko, I. N. 用于插入诱变及将基因导入革兰氏阴性菌染色体的小型Tn10转座子衍生物。 基因 160 (1), 59-62 (1995)。
20. Kvitko, B. H., Bruckbauer, S., 等 构建用于维持R6K复制子质粒的pir+肠杆菌宿主的简易方法。 BMC研究笔记 5 (1), 157 (2012)。
21. Barrick, J. E., Yu, D. S., 等 大肠杆菌长期实验中的基因组进化与适应。 自然 461 (7268), 1243-1247 (2009)。
22. Jacobs, M. A., Alwood, A., 等 铜绿假单胞菌的全面转座子突变体文库。 美国国家科学院院刊 100 (24), 14339-14344 (2003)。
23. van Opijnen, T., & Camilli, A. 转座子插入测序：一种用于微生物系统水平分析的新工具。 自然综述：微生物学 11 (7), 435-442 (2013)。

至：

18. Blattner, F. R., Plunkett, G., 等 大肠杆菌K-12的完整基因组序列。 科学 277 (5331)，1453-1462 (1997)。
19. Alexeyev, M. F., & Shokolenko, I. N. 用于插入诱变及将基因导入革兰氏阴性菌染色体的小型Tn10转座子衍生物。 基因 160 (1)，59-62 (1995)。
20. Barrick, J. E., Yu, D. S., 等 大肠杆菌长期实验中的基因组进化与适应。 自然 461 (7268)，1243-1247 (2009)。
21. Jacobs, M. A., Alwood, A., 等 铜绿假单胞菌的全面转座子突变体文库。 美国国家科学院院刊 100 (24)，14339-14344 (2003)。
22. van Opijnen, T., & Camilli, A. 转座子插入测序：一种用于微生物系统水平分析的新工具。 自然综述：微生物学 11 (7)，435-442 (2013)。

方案

已发布更正： 利用细菌接合在肠杆菌属菌株（如 Escherichia coli 或 Shigella flexneri）中构建高密度转座子插入文库。 讨论部分和参考文献部分已作更正。

讨论部分的第二段已从以下内容更新：

该方法的一个显著优势在于，理论上用户在选择肠杆菌科受体菌株时具有很大的灵活性。本文及其他研究¹¹均采用 E. coli 作为受体菌株，但pJA1质粒也已成功用于其他肠杆菌科受体菌种，例如 Shigella flexneri⁶ 和 Salmonella enterica 血清型鼠伤寒沙门氏菌SL1344¹⁰。理论上，pJA1质粒中的γ复制起点（ori_R6Kγ）使其可在广泛的宿主范围内维持存在¹⁹，前提是受体菌株为 pir+ 。最近已有新方法被报道，可在多种肠杆菌科菌株中构建 pir+ 基因型²⁰，从而提供了更大的灵活性。此外，pJA1质粒中含有来自RP4质粒的300个碱基对的mob 区域，可实现该质粒向多种革兰氏阴性细菌菌株的接合转移¹⁹。简而言之，只要满足以下条件，该方法理论上可用于多种受体菌株：菌株为 pir+，且带有除卡那霉素以外、也与供体菌株不同的抗生素抗性标记。

至：

该方法的一个显著优势在于，理论上用户在选择肠杆菌类受体菌株方面具有很大的灵活性。本文以及其他相关研究¹¹，使用 E. coli 作为受体菌株，但pJA1质粒已成功应用于其他肠杆菌科受体物种，例如 福氏志贺菌⁶ 和 肠道沙门氏菌 血清型鼠伤寒沙门菌SL1344株¹⁰理论上，γ复制起点（ori_R6KγpJA1 中的 ) 使得该质粒能在广泛的宿主范围内维持¹⁹，前提是受体菌株为 pir-. 该 300 碱基对 mob pJA1 质粒中来自 RP4 质粒的区域可实现该质粒向多种革兰氏阴性菌菌株的接合转移¹⁹简而言之，只要满足以下若干条件，该方法理论上可应用于多种受体菌株：该菌株是 pir-，并带有除卡那霉素以外的抗生素抗性标记，且与供体菌株的抗性标记不同。

参考文献 部分已更新，内容来自：

18. Blattner, F. R., Plunkett, G., 等 大肠杆菌K-12的完整基因组序列。 科学 277 (5331), 1453-1462 (1997)。
19. Alexeyev, M. F., & Shokolenko, I. N. 用于插入诱变及将基因导入革兰氏阴性菌染色体的小型Tn10转座子衍生物。 基因 160 (1), 59-62 (1995)。
20. Kvitko, B. H., Bruckbauer, S., 等 构建用于维持R6K复制子质粒的pir+肠杆菌宿主的简易方法。 BMC研究笔记 5 (1), 157 (2012)。
21. Barrick, J. E., Yu, D. S., 等 大肠杆菌长期实验中的基因组进化与适应。 自然 461 (7268), 1243-1247 (2009)。
22. Jacobs, M. A., Alwood, A., 等 铜绿假单胞菌的全面转座子突变体文库。 美国国家科学院院刊 100 (24), 14339-14344 (2003)。
23. van Opijnen, T., & Camilli, A. 转座子插入测序：一种用于微生物系统水平分析的新工具。 自然综述：微生物学 11 (7), 435-442 (2013)。

至：

18. Blattner, F. R., Plunkett, G., 等 大肠杆菌K-12的完整基因组序列。 Science. 277 (5331), 1453-1462 (1997)。
19. Alexeyev, M. F., & Shokolenko, I. N. 用于插入诱变及将基因导入革兰氏阴性菌染色体的小型Tn10转座子衍生物。 Gene. 160 (1), 59-62 (1995)。
20. Barrick, J. E., Yu, D. S., 等 大肠杆菌长期实验中的基因组进化与适应。 Nature. 461 (7268), 1243-1247 (2009)。
21. Jacobs, M. A., Alwood, A., 等 铜绿假单胞菌的全面转座子突变文库。 PNAS. 100 (24), 14339-14344 (2003)。
22. van Opijnen, T., & Camilli, A. 转座子插入测序：一种用于微生物系统水平分析的新工具。 Nature Rev Microbiol. 11 (7), 435-442 (2013)。