介绍了一种利用微线圈进行超高场磁共振显微成像(MRM)以高空间分辨率研究生物组织的实验方案。文中提供了微线圈表征的逐步操作指南。最后,以植物根系为例,展示了成像参数的优化过程。
方法文章
介绍了一种利用微线圈进行超高场磁共振显微成像(MRM)以高空间分辨率研究生物组织的实验方案。文中提供了微线圈表征的逐步操作指南。最后,以植物根系为例,展示了成像参数的优化过程。
本方案描述了一种用于螺线管微线圈结合生物样本的信噪比(SNR)校准与样本制备方法,适用于高分辨率磁共振成像(MRI),亦称为磁共振显微成像(MRM)。该方法可用于临床前MRI波谱仪,已在 Medicago truncatula 根样品. 微型线圈通过将射频谐振器的尺寸与目标样品的尺寸相匹配,从而在给定的数据采集时间内实现更高的成像分辨率,提高检测灵敏度。由于结构相对简单,螺线管式微型线圈易于构建、成本低廉,并可根据样品需求进行灵活调整。本文系统阐述了如何使用标准参考溶液对新型或自制微型线圈进行校准。校准步骤包括:通过进动曲线确定脉冲功率;评估射频场的均匀性;以及利用标准脉冲序列计算体积归一化的信噪比(SNR)。文中还讨论了小生物样品制备过程中的关键步骤,以及磁化率差异等可能影响成像质量的因素。通过优化后的螺线管线圈,实现了高分辨率(13 × 13 × 13 μm)成像,展示了其在实际应用中的性能表现。3, 2.2 pL)根样本的三维成像
Magnetic resonance imaging is a versatile tool to noninvasively image a wide variety of biological specimens, ranging from humans to single cells1,2,3. While MRI-scanners for medical imaging applications typically use magnets with a field strength of 1.5 T to 3 T, single-cell applications are imaged at much higher field strengths1,3,4. The study of specimens at resolutions below a hundred micrometers is referred to as magnetic resonance microscopy (MRM)5. However, MRM suffers from a low signal-to-noise ratio (SNR) compared to other available microscopy or imaging techniques (e.g., optical microscopy or CT). Several approaches can be pursued to optimize SNR6. One approach is to use a higher magnetic field strength, while a complementary approach is to optimize the signal detector for individual samples. For the latter, the dimensions of the detector should be adjusted to match the dimensions of the sample of interest. For small samples that are ≈0.5-2 mm in diameter (e.g., root tissues), microcoils are useful as the SNR is inversely proportional to the coil diameter6,7. Resolutions as high as 7.8 x 7.8 x 15 µm3 have been attained on animal cells using dedicated microcoils8. A variety of microcoil types exist, with planar and solenoid coils most commonly used depending on the application and tissue geometry9. Planar coils have high sensitivity close to their surface, which is useful for applications on thin slices. For example, a method designed specifically for imaging perfused tissue has been described for planar microcoils10. However, planar coils have a high falloff of sensitivity and no well-defined reference pulse power. Solenoid coils, being cylindrical, have a wider area of application and are more favored for thicker samples. Here, we describe the characteristics of the solenoid coil, a protocol to prepare samples for microcoil MRI, as well as the calibration of a solenoid microcoil (Figure 1A).
The solenoid coil consists of a conducting wire coiled, like a corkscrew, around a capillary holding the sample (Figure 1B). Microcoil assemblies can be constructed using only enameled copper wire, an assortment of capacitors, and a suitable base for soldering the components (Figure 1B). The major advantages are the simplicity and low cost, combined with good performance characteristics in terms of SNR per unit volume and B1 field homogeneity. The ease of construction enables fast iteration of coil designs and geometries. The specific requirements of solenoid microcoil design and probe characterization (i.e., the theory of electronics, workbench measurements, and spectrometer measurements for a variety of coil geometries) have been described extensively elsewhere7,11,12,13,14.
A solenoid coil can be built by keeping in mind design rules for the desired dimensions according to the guidelines described elsewhere15,16. In this specific case, a coil was used with an inner diameter of 1.5 mm, made from enameled copper wire, 0.4 mm in diameter, looped around a capillary of 1.5 mm outer diameter. This solenoid is held on a base plate on which a circuit is made, comprised of a tuning capacitor (2.5 pF), a variable matching capacitor (1.5-6 pF) as well as copper connecting wires (Figure 1A, 1C). The tuning capacitor is chosen to achieve the desired resonant frequency of 950 MHz, while the matching capacitor is chosen to achieve the maximum signal transmission at an impedance of 50 Ohm. The larger capacitor is variable to allow for finer adjustment. In regular operation, tuning and matching are performed using capacitors in the probe base. The assembled microcoil needs to be mounted on a probe so that it can be inserted into the magnet. An additional holder may be required, depending on the system. Here we use a 22.3 T magnet combination with a Bruker Console Avance III HD in combination with a Micro5 probe. In this case, we used a modified support insert equipped with the necessary connections to connect to the 1H channel of the probe (Figure 1A).
The susceptibility-matched design of the coil includes a reservoir with perfluorinated liquid to reduce susceptibility mismatches, arising from the copper coil being in close proximity to the sample17. A reservoir was made from a plastic syringe to enclose the coil and filled with fomblin. As the perfluorinated liquid needs to enclose the coil, the available diameter for a sample is reduced to an outer diameter of 1 mm. For ease of sample changing, the sample was prepared in a capillary with an outer diameter of 1 mm and an inner diameter of 700 µm. The necessary tools for sample preparation are shown in Figure 2A.
Basic experimental MR parameters are highly dependent on the hardware of the system used, including gradient system, field strength, and console. Several parameters can be used to describe the system performance, of which 90° pulse length and power, B1-homogeneity and SNR per unit volume (SNR/mm3), are the most practically relevant. SNR/mm3 is useful to compare the performance of different coils on the same system18. While hardware differences across systems may exist, the uniform application of a benchmarking protocol also facilitates the comparison of system performance.
This protocol focuses on calibration and sample preparation. The stepwise characterization of the performance of solenoid microcoils is shown: calibrating the 90° pulse length or power; assessing the RF- field homogeneity; and calculating SNR per unit volume (SNR/mm3). A standardized spin-echo measurement using a phantom is described to facilitate a comparison of coil designs, which allows for the optimization of distinct applications. Phantom and biological specimen sample preparations, specific for microcoils, are described. The protocol may be implemented on any suitable narrow-bore (≤60 mm) vertical magnet equipped with a commercially available microimaging system. For other systems, it can serve as a guideline and can be used with some adjustments.
Biological specimen preparation for MRI measurements is usually not very extensive since the specimen is imaged as intact as possible. However, air spaces in biological tissue can cause image artifacts due to differences in magnetic susceptibility19. The effect increases with increasing magnetic field strength20. Thus, air spaces should be avoided at high field strengths, and this might require the immersion of the sample in a fluid to avoid air around the tissue and the removal of air spaces within the tissue structures. Specifically, when microcoils are employed, excision of the desired sample tissue might be required, followed by submerging it in a suitable fluid. This is followed by insertion of the sample into a pre-cut capillary, and finally sealing the capillary with capillary wax. Using wax as a sealant instead of glue, flame-sealing or alternatives, means that the sample may be easily extracted. This procedure is demonstrated on the root of Medicago truncatula, a small leguminous plant. An advantage of this protocol is the potential for subsequent co-registration of MRI data with optical microscopy, since the sample is not destroyed during the MRI measurement.
The presented protocol is suitable for high spatial resolution in situ measurements, and more elaborate designs could allow for imaging in vivo samples, where challenges related to life support systems would need to be addressed.
注意:本方案描述了内径(ID)为 1.5 mm 的螺线管线圈的使用方法及其特性评估流程(图 1)。用于演示本方案的线圈安装在磁化率匹配的储液池中,但该方案同样适用于未匹配磁化率的线圈。本方案可调整用于其他尺寸及不同的波谱仪装置。
1. 参考样品制备
2. 样品制备
3. 样品的安装
4. 确定线圈特性
(1)
(2)
(3)5. 高分辨率成像
6. 回收样品以供进一步研究或储存
线圈表征
在线圈成功调谐和匹配后,可通过线圈的品质因数(Q因子)、90°参考脉冲以及每立方毫米信噪比(SNR/mm3)来评估其性能。对于本实验中展示的内径为1.5 mm的磁化率匹配螺线管线圈,测得的无载Q因子为244,而5 mm鸟笼线圈的Q因子为561。
参考90°脉冲在0.6 W功率下的持续时间为12 µs;cf. 5 mm鸟笼线圈在45 W下的脉冲持续时间为5 µs(图4 和 图5)。这相当于射频脉冲磁场强度(B1),根据公式
计算得微线圈为0.53 mT,鸟笼线圈为1.17 mT14,其中γ为旋磁比,τ为脉冲持续时间。由于脉冲功率(P)不同,可通过发射效率
对线圈进行比较:微线圈和鸟笼线圈的发射效率分别为0.69 mT/W1/2 和0.18 mT/W1/2 14。通过90°脉冲进行比较,微线圈的灵敏度约为鸟笼线圈的4倍。
磁化率匹配的影响
在超高场强下,样品和线圈的磁化率成为影响图像质量的主要因素,这一点在 图7A,7B与未配备磁化率匹配流体储液器的线圈相比,参考样品中的信号保持时间更长且更均匀。然而,由于存在磁化率储液器,相对于无储液器的线圈,最大样品尺寸有所减小。
高分辨率成像
在 20 小时 23 分钟内,获得了紫花苜蓿(Medicago truncatula)根样本高达 13 × 13 × 13 μm3 的分辨率(图 8)。从根的表面开始,可见根皮层以及根外部残留的一些水分。此外,木质部呈现为包围韧皮部的深色条带。一些气隙表现为完全无信号的暗斑。
M. truncatula 的共生根瘤也可使用本方案进行成像(图9)。使用稍大的不匹配线圈(长度约3500 µm,内径1500 μm),可在33分钟内获得分辨率达16 × 16 × 16 μm3 的图像。

图1:螺线管微线圈。(A)螺线管线圈由螺旋缠绕的导线构成,通常绕在毛细管周围。导线的几何参数,如其厚度、直径、匝数和线间距,会影响线圈的特性。(B)一个自制的螺线管微线圈,带有用于磁化率匹配液体(Fomblin)的储液池。该线圈采用直径为0.4 mm的涂覆铜线,在外径为1500 µm的毛细管上绕制6圈,线圈长度为3500 µm。线圈浸没在一个由注射器制成的储液池中。可插入外径最大为1000 µm的样品毛细管。使用两个电容器:一个1.5 pF电容器与电感器串联,另一个可变电容器(1.5–6 pF)与电感器并联。所有元件均焊接在一块玻璃纤维板(黄色)上。该装置安装在一个商用支架(灰色聚合物)上,该支架经过改装以支撑储液池。(C)螺线管线圈设计的组成部分:1. 螺线管线圈,2. 样品毛细管,3. 1.5 pF调谐电容器,4. 可变匹配电容器,5. 玻璃纤维基板,6. 铜导线引线。 请点击此处查看此图的放大版本。

图2:体视显微镜下的样品制备。(A)制备微线圈所需的物品。从左到右:1. CuSO4参比溶液,2. 全氟十氢萘,3. 微线圈,4. 手术刀,5. 正张力镊子,6. 镊子,7. 毛细管外径 = 1000 μm,8. 蜡笔,9. 毛细管封蜡,10. 丁腈手套,11. 体视显微镜,12. 培养皿盖内的表玻璃皿,13. 生长基质中的植物材料。未显示:2 mL 注射器配 ø 0.8 × 40 mm 针头及擦镜纸。(B)使用镊子将样品插入毛细管的特写,操作过程中两者均保持浸没状态。(C)使用熔融石蜡密封毛细管。(D)将制备好的毛细管插入微线圈中。请点击此处查看该图的放大版本。

图3:显微成像探头的组成部分。(A)Micro5探头底座,包含水冷、加热、温度传感器、梯度供电、射频(可见同轴连接器)以及可选的探头识别(PICS)所需的所有连接部件。探头底座下方设有旋钮,可用于调节可变调谐和匹配电容,同时还配有固定螺钉,用于将探头稳固安装在波谱仪内部。(B)自制微线圈安装在探头底座上方。注意探头底座上安装的可变电容器(白色陶瓷材质),用于实现调谐与匹配。(C)集成的三轴梯度线圈安装在探头底座上,配有水冷接口和镀金接地触点。请点击此处查看该图的放大版本。

图 4:倾倒曲线。 通过采集倾倒曲线以确定参考脉冲功率。参考脉冲功率(90°脉冲)定义为产生一个 B1 场所需的功率与脉冲时长的组合,该场可将 z 方向上的所有可用磁化矢量翻转至横向平面。在无梯度编码的情况下记录一系列脉冲信号,每次脉冲中,脉冲时长或脉冲功率逐次递增。本例中脉冲功率固定为 0.6 W,脉冲时长每次增加 1 µs。最大信号强度对应 90°脉冲,约为 12 µs。180°脉冲也可通过最小信号强度以同样方式确定。请点击此处查看该图的放大版本。

图5:90°脉冲功率的目视确定。在利用进动曲线找到近似的参考脉冲功率后,可通过改变脉冲长度进行目视检查。根据线圈的不同,B1 场对变化的敏感程度可能有所差异。(A)11 µs脉冲长度。(B)12 µs脉冲长度,对此线圈为最佳。(C)13 µs脉冲长度。(D)20 µs脉冲长度。若脉冲功率设置过高,则可能发生过度翻转,从而降低线圈中心区域的图像强度(箭头所示)。增强的B1场还会扩大线圈的作用范围,这可从图像的宽度上观察到。请点击此处查看该图的放大版本。

图6:感兴趣区域的放置。 可见用于体积归一化信噪比(SNR)计算的感兴趣区域(ROI)。样品平均强度取自位于参考溶液样品区域内的一个ROI。平均噪声和标准差则通过计算图像角落处一个或多个ROI的数值获得。请点击此处查看该图的放大版本。

图7:通过梯度回波成像评估射频均匀性。 采用多梯度回波(MGE)序列,利用一系列梯度回波评估射频(B1 场)的均匀性。基本参数如下:重复时间 200 ms,回波时间 3.5 ms,回波数量 48,回波间隔 3.5 ms,信号平均次数 64,采集时间 27 分 18 秒,翻转角 30°。视野为 5 × 5 mm,矩阵为 128 × 128,分辨率为 39 × 39 × 200 µm。(A)磁化率匹配线圈。围绕射频线圈的磁化率匹配液体(Fomblin)可减少线圈导线引起的磁化率效应。随着回波时间增加,微小气泡导致信号丢失。(B)直径相同的未进行磁化率匹配的线圈。在较长的回波时间下,可观察到由 B0 场不均匀性引起的逐渐加重的伪影。请点击此处查看该图的放大版本。

图8:Medicago truncatula 根切片的三维成像。(上图)FLASH图像。可分辨出根切片的多个结构特征,包括表皮(e)、皮层(c)、韧皮部(ph)和木质部(xy)。根部中的气隙(a)导致信号完全丢失。基本参数如下:重复时间70 ms,回波时间2.5 ms,累加次数256次,采集时间20小时23分钟。分辨率为13 × 13 × 13 µm3。矩阵大小为128 × 64 × 64,视场为1.6 × 0.8 × 0.8 mm。接收带宽50 kHz。(下图)MSME图像。基本参数如下:重复时间500 ms,回波时间5.2 ms,累加次数28次,采集时间15小时55分钟。分辨率为13 × 13 × 13 µm3。矩阵大小为128 × 64 × 64,视场为1.6 × 0.8 × 0.8 mm。接收带宽70 kHz。 请点击此处查看此图的放大版本。

图 9:Medicago truncatula 根瘤的三维成像。(上图)低分辨率图像。基本参数如下:重复时间 60 ms,回波时间 2.3 ms,信号平均 4 次,采集时间 4 分钟。分辨率为 31 × 31 × 31 µm3。矩阵大小为 64 × 32 × 32,视野为 2 × 1 × 1 mm。接收带宽 50 kHz。(下图)高分辨率图像。基本参数如下:重复时间 60 ms,回波时间 2.3 ms,信号平均 8 次,采集时间 33 分钟。分辨率为 16 × 16 × 16 µm3。矩阵大小为 128 × 64 × 64,视野为 2 × 1 × 1 mm。接收带宽 50 kHz。 请点击此处查看该图的放大版本。
该方案最适合用于生物样品,因为许多材料和地质样品的 T2 弛豫时间显著更短,无法通过本实验所用的序列进行成像。即使某些表现出高磁化率异质性的生物组织,在超高场下也难以成像,因为这些效应与磁场强度相关24。该方案不仅适用于新线圈,还可用于排查和诊断潜在问题。在测试新样品或未知样品前,可先对参考溶液执行本方案,以验证实验装置是否按预期正常运行。这有助于故障排查,因为可排除波谱仪本身作为伪影或故障来源的可能性。此外,该过程还可将探头上的调谐和匹配电容设置为微线圈典型的数值。
当首次实验未记录到信号时,可扩大定位扫描的视野范围,以检查是否能观察到样品。接着,重新检查线圈是否已正确调谐,并尝试再次进行定位扫描。线圈可能存在额外的非预期共振模式,此时需要确定正确的共振模式。如果仍然无法获得图像,应取出样品,检查其在微线圈组件中的位置,并确认样品完好无损(即密封处无气泡或泄漏)。最后,有可能样品制备时误用水代替了全氟化碳(PFD)。在这种情况下,即使样品本身在定位扫描中信号微弱,毛细管周围的水仍可能被检测到。
由于微线圈理想情况下非常接近样品,空气与导线之间的磁化率差异可能导致额外的信号损失,如图所示 图7B潜在的伪影包括空间错配和异常的信号强度变化。尤其是梯度回波类脉冲序列易受这种不均匀信号丢失的影响。为此,我们提出了一种磁化率匹配的线圈,即将导线浸入氟化惰性液体(Fomblin 或 FC-43)中。 B1 本方案中包含的估算方法可用于确定是否 B1 磁化率差异的存在要求在设计线圈组件时纳入磁化率匹配策略。构建磁化率匹配线圈的另一种方法是使用磁化率匹配的导线。25此外,该方法仅解决了由线圈引起的磁化率问题。样品内部的磁化率不匹配(例如,由于空气间隙所致)仍然具有挑战性。
气穴或气泡会带来实验挑战,由于空气与液体或样本界面处的磁化率差异,导致严重的信号丢失19(图5A)。成功制备样本的一个关键环节是确保样本和毛细管均完全浸入液面以下。然而,即使微小的气泡也可能引起信号损失,尤其是对于梯度回波类序列。移动的气泡可在毛细管内迁移,直至与样本接触。可通过轻微倾斜毛细管(使其一端略高于另一端)来缓解部分此类影响。倾斜可使潜在的气泡滞留在较高的一端,从而避免干扰样本。此外,还需确保毛细管封蜡形成良好的密封,因为脱水可能导致形成较大的气泡。
对于样品内部的气隙,采用PFD填充细胞间隙中的空气,同时不穿透细胞膜26。然而,即使采用这种方法,我们仍无法完全去除所有气隙。此外,这种方法需要引入额外的试剂,通常并不理想,因为人们更希望以尽可能非侵入的方式研究系统。
毛细管的圆柱形结构意味着灌流装置应当是可行的,尤其适用于易降解的组织,例如活检样本或对活体根组织中的过程进行研究。实现灌流装置可分为两个步骤:首先,在毛细管两端分别连接培养基供给管和引流管,即可构建一个恒化器;其次,在样品毛细管内增加一个凹陷结构,可使样品在流体流动方向上固定就位。这一点类似于已发表的平面微线圈实验方案10。
磁共振成像的非侵入性,结合本实验方案中使用的惰性液体(PFD 或 Fomblin),意味着实验完成后,样品可从毛细管中取出,用于进一步研究。可结合的技术包括光学显微镜、电子显微镜及其他破坏性成像技术。我们近期已成功将该方法与光学显微镜联用,用于研究Medicago truncatula根瘤27。
我们展示了一种在超高场核磁共振波谱仪上使用专用微线圈对植物材料进行成像的方法。该方法可在射频场均匀性良好的条件下,对相对较大的样品体积实现高分辨率研究。此外,光谱成像的分辨率可达到常规条件下无法实现的更高水平。通过一种高效测定线圈性能特征的方法,可方便地根据样品特点调整微线圈设计。该螺线管线圈方法也可便捷地应用于植物以外的其他样品,包括动物组织。
作者无任何利益冲突需要披露。
950 MHz仪器上的实验得到了uNMR-NL的支持,uNMR-NL是荷兰由NWO资助的国家路线图大型设施(项目编号184.032.207)。R.S.得到了BioSolarCells联盟项目U2.3的支持。J.R.K.得到了荷兰磁共振研究学校(NMARRS)研究生院[022.005.029]的支持。我们感谢Defeng Shen和Ton Bisseling提供了Medicago truncatula样品。我们还感谢Klaartje Houben、Marie Renault和Johan van der Zwan在uNMR-NL设施提供的技术支持。我们也感谢Volker Lehmann、Henny Janssen和Pieter de Waard提供的技术帮助。我们对Frank Vergeldt、John Philippi和Karthick B. Sai Sankar Gupta给予的建议表示衷心感谢。最后,我们感谢Jessica de Ruiter为视频提供了配音。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 标准溶液配制 | |||
| CuSO4 | Sigma-aldrich | 469130 | 用于配制标准溶液的结晶粉末 |
| D2O | Sigma-aldrich | 151882 | 用于制备标准样品的液体 |
| 电子天平 | Sartorius | PRACTUM513-1S | 用于称量化合物的天平 |
| 样品制备 | |||
| 毛细管 1000 μm(外径) | Hilbenberg GmbH | 1408410 | 样品毛细管 |
| 封蜡 | Hampton Research | HR4-328 | 用于密封样品的固体蜡 |
| 一次性手术刀 | Swann-Morton | No. 11 | 用于切除样品 |
| 全氟十氢化萘 | Sigma-aldrich | P9900 | 用于浸没样品的液体 |
| 体视显微镜 | Olympus | SZ40 | 台式双目显微镜 |
| 注射器 | 通用 | - | 用于添加PFD及操作样品 |
| 真空泵 | Vacuubrand | MZ2C | 双级膜片真空泵,用于去除样品中的气泡 |
| 蜡笔枪 | Hampton Research | HR4-342 | 手持式蜡笔枪,用于熔化并涂抹毛细管封蜡 |
| 成像硬件 | |||
| 22.3 T 磁体 | Bruker GmbH | 950 US2 | 窄孔超导磁体 |
| 空气冷却器 | Bruker GmbH | - | 用于调节探头温度 |
| 控制台 | Bruker GmbH | Avance III HD | 控制波谱仪运行 |
| Micro5梯度线圈 | Bruker GmbH | Mic5 | 可拆卸梯度线圈,安装于Micro5探头主体上 |
| Micro5探头主体 | Bruker GmbH | Mic5 | 用于固定微线圈和梯度线圈 |
| 射频微线圈 | 自制 | - | 内含Fomblin |
| 矢量网络分析仪 | Copper Mountain Technologies | TR1300/1 | 用于执行S11反射率测试,频率范围为300 kHz至1.3 GHz |
| 水冷却器 | Bruker GmbH | BCU-20 | 开环水冷系统,用于耗散梯度线圈运行产生的热量 |
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