本方案描述了一种利用小麦无细胞系统和脂质体,通过双层透析法高效制备高质量蛋白脂质体的无细胞方法。该方法为膜蛋白的功能分析、药物靶点筛选以及抗体开发提供了适宜的技术手段。
方法文章
本方案描述了一种利用小麦无细胞系统和脂质体,通过双层透析法高效制备高质量蛋白脂质体的无细胞方法。该方法为膜蛋白的功能分析、药物靶点筛选以及抗体开发提供了适宜的技术手段。
膜蛋白在多种细胞过程中发挥着关键作用,并执行重要的生物学功能。在药物发现领域,膜蛋白具有重要的医学意义,因为超过一半的药物都以膜蛋白为靶点。然而,由于难以大量制备具有正确构象和活性的高质量膜蛋白,膜蛋白的生化、生物物理及结构研究以及抗体开发一直面临挑战。本文介绍一种“双层透析法”,利用小麦胚芽无细胞表达系统、脂质体和透析杯,可在短时间内以高成功率高效合成膜蛋白并制备纯化的蛋白脂质体。该方法可实现毫克级产量的膜蛋白表达,适用于G蛋白偶联受体(GPCRs)、离子通道、转运蛋白和四跨膜蛋白等。这种无细胞表达方法有助于显著减少制备高质量蛋白脂质体所需的时间、成本和工作量,为膜蛋白的功能分析、药物靶点筛选及抗体开发提供了理想的技术手段。
膜蛋白是诊断和治疗中最重要的药物靶点之一。事实上,约一半的小分子药物靶向膜蛋白,例如G蛋白偶联受体(GPCRs)和离子通道1。多年来,研究人员一直致力于膜蛋白的生物化学、生物物理和结构研究,以阐明其结构与功能2,3。此外,针对膜蛋白的单克隆抗体开发也正在积极进行,以加速功能与结构研究,并推动治疗和诊断应用的发展4,5,6,7,8,9。所有这些研究都需要大量高纯度的膜蛋白10。例如,抗体开发需要数毫克具有天然构象的纯化膜蛋白;而X射线晶体学则需要更大数量的高纯度膜蛋白。然而,膜蛋白的大规模生产仍是当前膜蛋白研究中的一个瓶颈11。膜蛋白具有复杂的结构,包含一个或多个跨膜螺旋,在细胞稳态中发挥重要作用。异源过表达膜蛋白会带来多种障碍,例如膜蛋白在局部高浓度下聚集,或干扰细胞信号通路。即使表达成功,后续的样品制备步骤也面临困难。例如,制备蛋白脂质体需要在膜蛋白的溶解、纯化和稳定化方面具备高水平的技术和专业经验,且耗费大量时间和精力12,13。
另一方面,近几十年来出现了一些先进技术,能够在不使用活细胞的情况下生产蛋白质14,15,16,17,18。无细胞蛋白合成技术可在试管中重建翻译反应。由于不存在细胞表达系统所具有的限制,无细胞系统具有合成多种难以在细胞中表达或对细胞具有毒性的蛋白质的潜力。将纯化的细胞提取物或重建的翻译机制与模板mRNA、氨基酸和能量来源混合,可在短时间内合成重组蛋白。在膜蛋白的合成中,通常向无细胞反应体系中添加由脂质或两亲性分子构成的某些支架,例如脂质体、双层胶束(bicelles)、纳米盘(nanodiscs)或共聚物19,20,21,22,23,24。合成的膜蛋白可与这些支架相互作用,并在水中保持稳定。无细胞合成的膜蛋白已广泛应用于功能研究和抗体生产25,26,27,28,29,30,31。
在本实验方案中,我们描述了一种利用小麦细胞-free系统和脂质体高效制备蛋白脂质体的无细胞方法。小麦细胞-free蛋白合成系统是一种强大的体外翻译系统,其提取物来源于小麦胚芽15,32,33。小麦胚芽含有丰富的翻译机制,且翻译抑制因子较少。作为真核生物的小麦,其翻译机制适用于真核蛋白的翻译,且翻译效率几乎不受模板mRNA密码子使用偏好的影响。利用小麦细胞-free系统,我们已成功合成了多种蛋白质,包括蛋白激酶34,35、泛素连接酶36、转录因子37以及膜蛋白,成功率较高。在膜蛋白的合成过程中,我们向翻译反应体系中加入脂质囊泡(liposome)作为支架19,38。膜蛋白的疏水结构域可与脂双层相互作用,并自发整合入脂质体中。尽管对翻译反应混合物进行常规离心即可实现蛋白脂质体的简单纯化20,但密度梯度离心可用于严格分离蛋白脂质体与小麦内源性蛋白。已有多种内在膜蛋白利用小麦细胞-free系统成功合成,并广泛应用于各类研究与开发中25,38,39,40,41,42,43,44。此外,我们还开发了用于大规模生产的“双层透析法”45,46。在该方法中,将杯状透析装置浸入底物供给缓冲液中,杯内形成两层结构:上层为翻译反应混合物,下层为底物供给缓冲液,如图1所示。通过该装置,可在反应混合物的顶部和底部持续高效地供给底物并清除副产物,从而长时间维持优异的翻译效率(图2A和图2B)45。
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1. pEU 表达质粒的制备
注意:pEU 表达质粒应在片段中包含起始密码子、目标膜蛋白的开放阅读框以及终止密码子(见图1)。在需要时,于适当位置添加检测或纯化标签序列。亚克隆可采用限制性酶切或无缝克隆方法。本文描述的是使用无缝克隆方法的实验方案。
2. 体外转录
注意:在转录和翻译步骤中,请使用DNase和核酸酶-free的塑料管和枪头。避免对塑料器皿进行高压灭菌,以防污染。
3. 翻译所需材料的准备
4. 脂质体的制备
注意:本文描述了两种脂质体的制备方案。一种使用即用型冻干脂质体(第4.1节),另一种通过水合薄脂膜来制备脂质体(第4.2节)。
5. 体外翻译
6. 蛋白脂质体的纯化
7. SDS-PAGE 和考马斯亮蓝染色
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采用本方案,可在短时间内获得部分纯化的蛋白脂质体。代表性结果如图2A所示。通过双层透析法(小规模)成功合成了A、B和C类共25种G蛋白偶联受体(GPCR),并通过离心和缓冲液洗涤实现部分纯化。尽管合成蛋白的产量因蛋白类型而异,但使用大型透析杯时,每个反应通常可合成50至400 µg的膜蛋白。由于小麦细胞无细胞表达系统具有高度可扩展性,通过增加反应数量可轻松获得数毫克的膜蛋白。使用小型透析杯进行预实验足以评估目标蛋白在双层透析法中的表达效率。根据所获得的表达量,可估算使用大型透析杯生产目标蛋白的预期产量。
该方案适用于膜蛋白的表达,尤其适用于具有多个跨膜螺旋的膜蛋白。在大多数情况下,具有三个或更多跨膜螺旋的膜蛋白在合成后可有效整合到蛋白脂质体中(图2B),从而实现较高的蛋白脂质体制备效率。单跨膜螺旋蛋白通常能够顺利合成;然而,由于其疏水区域较小,很难整合到脂质体中。对于具有两个跨膜螺旋的蛋白,其是否能够锚定在脂质体上,取决于其跨膜螺旋的暴露方式。
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本方案提供了一种高效制备膜蛋白的方法,具有操作简便、高度可重复且易于放大的优点。该方法还有望降低需要大量膜蛋白的实验所耗费的时间与成本。与双层膜法或透析法相比,双层透析法的生产效率提高了4–10倍(图2B)45。在极端情况下,使用双层透析法相较于双层膜法,某种离子通道和转运蛋白的产量分别提高了30倍和20倍(数据未显示)。本方案的高产量特性在用于免疫的抗原制备中具有显著优势。蛋白脂质体常被用作免疫抗原,以开发抗膜蛋白抗体。嵌入蛋白脂质体中的高浓度、高纯度膜蛋白能够有效刺激免疫反应并诱导抗体产生41,47。利用该双层透析法,可在数天内轻松制备出含有数毫克膜蛋白的蛋白脂质体用于免疫。事实上,我们课题组已利用该方法成功合成G蛋白偶联受体(GPCRs)、离子通道和claudin蛋白,并将其作为免疫原注射小鼠,获得了针对这些蛋白的单克隆抗体31,
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作者无任何利益冲突需要披露。
本研究由日本医学研究开发署(AMED)资助,资助编号为JP20am0101077,项目名称为支持药物发现和生命科学研究的平台项目(创新药物发现和生命科学研究支持基础,BINDS)。本工作还部分得到了日本学术振兴会(JSPS)科研费资助项目(编号20K05709)的支持。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| ×3 SDS-PAGE上样缓冲液 | 含10% 2-巯基乙醇 | ||
| 5-20% 线性梯度 SDS-PAGE 凝胶 | ATTO | E-D520L | |
| 70% 乙醇 | 使用超纯水稀释乙醇。 | ||
| 琼脂糖 | Takara Bio | ||
| 乙酸铵 | Nakalai tesque | 02406-95 | 由于该试剂具有潮解性,打开后需将其全部溶于水中,并于-30℃保存。°C. |
| 氨苄西林钠 | Nakalai tesque | 02739-74 | |
| 大豆磷脂酰胆碱脂质体,冻干粉 | CellFree Sciences | CFS-PLE-ASL | 小瓶中含有10 mg冻干脂质体。 |
| BSA 标准品 | 1000 纳克、500 纳克、250 纳克、125 纳克 BSA / 10 µL ×1 SDS-PAGE 上样缓冲液 | ||
| 考马斯亮蓝凝胶染色 | |||
| 目的 cDNA 克隆 | 携带 cDNA 克隆或合成 DNA 片段的质粒 | ||
| 氯仿 | Nakalai tesque | 08402-84 | |
| 冷却培养箱 | 温度范围为 0 到 40 °C 或更宽。 | ||
| 肌酸激酶 | 罗氏诊断 | 04524977190 | |
| 透析杯(0.1 mL) | Thermo Fisher Scientific | 69570 | Slide-A-Lyzer MINI 透析装置,10K 截留分子量,0.1 mL |
| 透析杯(2 mL) | Thermo Fisher Scientific | 88404 | Slide-A-Lyzer MINI 透析装置,10K 截留分子量,2 mL |
| DNA ladder 标记物 | Thermo Fisher Scientific | SM0311 | GeneRuler 1 kb DNA Ladder |
| DpnI | Thermo Fisher Scientific | FD1703 | FastDigest DpnI |
| E. coli 菌株 JM109 | |||
| 电泳槽 | ATTO | ||
| 乙醇(99.5%) | 中村 tesque | 14713-95 | |
| 溴化乙锭 | |||
| 100 mL 蒸发瓶 | |||
| 凝胶成像仪 | |||
| 凝胶扫描仪 | 我们使用文档扫描仪和LED免疫仪作为替代。 | ||
| LB肉汤 | |||
| 目标脂质 | Avanti Polar Lipids | ||
| 微型离心机 | TOMY | MX-307 | |
| NTP 混合物 | CellFree Sciences | CFS-TSC-NTP | ATP、GTP、CTP、UTP 混合物,每种 25 mM |
| 无核酸酶 25 mL 管 | IWAKI | 362-025-MYP | |
| 无核酸酶塑料管 | 沃森生物实验室 | 请勿高压灭菌。需与其他实验分开使用。 | |
| 无核酸酶吸头 | 沃森生物实验室 | 请勿高压灭菌。需与其他实验分开使用。 | |
| PBS 缓冲液 | |||
| PCR纯化试剂盒 | MACHEREY-NAGEL | 740609 | NucleoSpin 凝胶与 PCR 产物纯化试剂盒 |
| pEU-E01-MCS 载体 | CellFree Sciences | CFS-11 | |
| 苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1) | Nippon Gene | 311-90151 | |
| 质粒大量提取试剂盒 | MACHEREY-NAGEL | 740410 | NucleoBond Xtra Midi |
| 引物1 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5’-CCAAGATATCACTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ 基因特异性引物,正向。大写字母表示用于无缝克隆的重叠序列,小写字母 nnnn 表示非特异性碱基…(20-30 bp)显示基因特异性序列。 |
| 引物 2 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5'-CCATGGGACGTCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ 基因特异性引物,反向。大写字母表示需添加的用于无缝克隆的重叠序列。小写字母 nnnn….(20-30 bp)显示基因特异性序列。 |
| 引物 3 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5'-GTCGACGTCCCATGGTTTTGTATAGAAT-3'' 用于载体线性化的正向引物。下划线部分在无缝克隆中作为重叠区域。 |
| 引物 4 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5'-CTAGTGATATCTTGGTGATGTAGATAGGTG-3' 用于载体线性化的反向引物。下划线部分在无缝克隆中作为重叠区域。 |
| 引物 5 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5’-CAGTAAGCCAGATGCTACAC-3’ 测序引物,正向 |
| 引物 6 | Thermo Fisher Scientific | 定制寡核苷酸合成 | 5’- CCTGCGCTGGGAAGATAAAC-3’ 测序引物,反向 |
| 蛋白质分子量标记物 | Bio-Rad | 1610394 | Precision Plus Protein 标准品 |
| 旋转蒸发仪 | |||
| 无缝克隆酶混合物 | New England BioLabs | E2611L | Gibson组装预混液 其他无缝克隆试剂也可获得。 |
| SP6 RNA聚合酶 &和 RNase 抑制剂 | CellFree Sciences | CFS-TSC-ENZ | |
| 水下电泳系统 | |||
| TAE 缓冲液 | |||
| 转录缓冲液 LM | CellFree Sciences | CFS-TSC-5TB-LM | |
| 翻译缓冲液 | CellFree Sciences | CFS-SUB-SGC | SUB-AMIX SGC (×40) 储存液(S1、S2、S3、S4)。 准备 ×使用前通过混合储备液 S1、S2、S3、S4 与超纯水配制 1 倍翻译缓冲液。 |
| 超纯水 | 建议每次实验时使用超纯水制备系统制备超纯水。请勿进行高压灭菌。 我们使用 Milli-Q Reference 和 Elix10 系统制备了超纯水。 可使用市售无核酸酶水(非DEPC处理水)作为替代。开瓶后注意防止污染。 | ||
| 超声波均质机 | Branson | SONIFIER 450D-Advanced 型号 | 超声波清洗器可作为替代品。 |
| 紫外透射仪 | |||
| 真空干燥器 | |||
| 小麦胚芽提取物 | CellFree Sciences | CFS-WGE-7240 | WEPRO7240 |
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