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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
在这里,我们提出了一个修改后的TGA方法,用于估计草本植物生物质中的木质素含量。这种方法通过与木质素形成特定的硫化物键来估计木质素含量,并且比克拉森方法具有优势,因为它需要相对较小的木质素含量估计样本。
木质素是一种天然聚合物,是地球上仅次于纤维素的第二富足聚合物。木质素主要沉积在植物二级细胞壁中,是一种芳香异质体,主要由三种具有重要工业意义的单酚组成。木质素在植物生长发育中起着重要作用,在动物饲料、木材和工业木质素产品的质量方面具有重要的保护作用。准确估计木质素含量对于基本了解木质素生物合成和生物质的工业应用都至关重要。硫二甘油酸(TGA)方法是估算植物生物量中木质素总含量的高度可靠的方法。这种方法通过与木质素的苯酒精群形成硫化物来估计木质素的含量,这种醇组在碱性条件下是可溶性的,在酸性条件下不溶性。木质素总含量使用商业竹木质素生成的标准曲线进行估算。
木质素是植物细胞壁的重要承重成分之一,也是地球上第二丰富的聚合物1。从化学上讲,木质素是一种由高分子量复合酚类化合物组成的交联异质体,形成芳香聚合物的天然可再生来源,并合成生物材料2、3。这种天然聚合物在植物生长、发育、生存、机械支持、细胞壁刚性、水运、矿物运输、耐食性、组织和器官发育、能量沉积以及生物和生物应力4、5、6、7等方面起着重要作用。利格宁主要由三种不同的单酚组成:针叶醇、西纳皮尔和p-coumaryl酒精,它们来自苯丙酮通路8,9。木质素的数量和单体的组成因植物种类、组织/器官类型和植物发育的不同阶段而异。根据来源和单酚成分,木质素大致分为软木、硬木和草木质素。软木主要由95%的针叶醇和4%的p-coumaryl和1%的甲基醇组成。硬木有针叶醇和甲基醇的比例相等,而草木质素是由针叶醇,锡那皮尔和p-coumaryl酒精11,12的不同比例组成。单体的组成至关重要,因为它决定了细胞壁的木质素强度、分解和降解,以及确定分子结构、分支和与其他多糖13、14的交叉连接。
由于其成本低、丰度高,在觅食、纺织业、造纸业以及生物乙醇、生物燃料和生物制品方面,木质素研究越来越受到重视。各种化学方法(如乙酰溴化物、酸洗涤剂、克拉森和高锰酸盐氧化)以及仪器方法(如近红外(NIR)光谱、核磁共振(NMR)光谱和紫外线(UV)光谱仪)用于木质素定量9、17。木质素的分析方法一般根据电磁辐射、重力和溶解度进行分类。电磁辐射对木质素的估计原理是基于木质素的化学特性,木质素吸收特定波长的光。这些结果的估计依据是,木质素比碳水化合物具有更强的紫外线吸收性。1962年,博尔克和萨默维尔使用氯化钾颗粒来估计木材中的木质素含量。然而,由于存在非木质素酚类化合物,且缺乏适当的灭绝系数,这种方法在草本样品中木质素含量的估计存在缺陷。1970年,弗格斯和戈林发现瓜亚西尔和注射器的复合吸收最大度为280纳米和270纳米,这纠正了博尔克和萨默维尔方法19的灭绝系数问题。后来,红外光谱学,一种高度敏感的表诺菌特征技术,也用于木质素估计与少量植物生物质样品。这种技术的一个例子是扩散反射傅立雅转换光谱仪。然而,这种方法缺乏一个类似于紫外线方法20的适当标准。后来,NIRS(近红外光谱)和NMR(核磁共振光谱)估计了木质素含量。虽然这些方法有缺点,但它们不会改变木质素的化学结构,保持其纯度20。
重度克拉森法是木质茎木质素估计的直接和最可靠的分析方法。重力木质素估计的基础是非木质化合物的水解/溶解和重力21不溶性木质素的收集。在这种方法中,通过浓缩H2SO4对生物量进行水解,提取木质素残留物20、22。。这种方法估计的木质素含量称为酸不溶性木质素或克拉森木质素。克拉森方法的应用取决于植物种类、组织类型和细胞壁类型。单宁、多糖和蛋白质等非木质素成分的可变量存在,导致酸不溶性/可溶性木质素含量的估计存在成比例差异。因此,只建议采用克拉森法,用于木质素对木质茎等高木质物质含量生物量的估计。溶解性方法,如乙酰溴化物(AcBr)、酸不溶性木质素和硫二甘醇酸(TGA),是估计各种植物生物质来源木质素含量的最常用方法。Kim等人建立了两种通过溶解提取木质素的方法。第一种方法通过溶解纤维素和半纤维素提取木质素作为不溶性残留物,而第二种方法将木质素分离在可溶性部分,将纤维素和血细胞素作为不溶性残留物24。
在木质素估计中采用的类似方法基于溶解性是硫二甲酸 (TGA) 和乙酰溴化物 (AcBr) 方法25.TGA和乙酰溴化物方法均通过测量溶解木质素在280纳米的吸收量来估计木质素含量:然而,AcBr方法在木质素溶解过程中降解木兰,并显示木质素含量26的虚假增加。硫二甲酸酯 (TGA) 方法是更可靠的方法,因为它取决于与木质素的苯甲酸酯醇组与 TGA 的具体结合。TGA结合木质素是在酸性条件下使用HCl沉淀的,木质素的吸收量估计为280nm27。TGA 方法具有结构修饰较少、木质素估计可溶性、非木质素成分干扰少以及与 TGA 特定结合导致木质素精确估计等额外优点。
这种TGA方法是根据用于木质素含量估算的植物生物质样品的种类进行修改的。在这里,我们修改和调整了快速TGA方法的稻草27棉花组织估计木质素含量。简言之,干粉植物样品经过蛋白质溶解缓冲和甲醇提取,以去除蛋白质和酒精可溶性成分。酒精不溶性残留物在酸性条件下用TGA和沉淀木质素处理。使用商业竹木质素生成木质素标准曲线,并获得回归线(y = mx+c)。"x"值使用280纳米的木质素平均吸收值,而"m"和"c"值则从回归线输入,以计算棉花植物生物质样品中未知的木质素浓度。该方法分为五个阶段:1)植物样品的制备:2) 用水和甲醇清洗样品:3) 用TGA和酸处理颗粒,沉淀木质素:4) 木质素降水:和 5) 样品的标准曲线制备和木质素含量估算。前两个阶段主要侧重于植物材料制备,其次是水、PSB(蛋白质溶解缓冲器)和甲醇提取,以获得酒精不溶性材料。然后,它与TGA(硫二甘油酸)和HCl一起在第三阶段形成木质素复合物。最后,HCl被用来沉淀木质素,木质素溶解在氢氧化钠中,以测量其吸收量在280纳米28。
1. 植物样本的制备
2. 用水、PSB和甲醇清洗样品
3. 用TGA和酸处理颗粒以沉淀木质素
4. 木质素降水
5. 样品中的标准曲线制备和木质素估计
比较了两条不同的棉花实验线,以弥补不同组织中木质素含量的差异。每个样本提取的木质素含量测量为280纳米,并记录其各自的吸收值。将每个生物复制品的平均吸收值与木质素标准曲线的回归线(表2,图3C)进行比较。回归线,y = mx + c,用于计算提取实验线、样本1和样品2的未知木质素含量。平均OD值的结果被替换在"x"中,而"m"和"c"值则从木质素标准曲线的回归线中插入,以获得毫克中的木质素浓度"y"(表3,图3B)。在下一步,要计算每1毫克木质素含量,除以甲醇提取后的样品重量(15毫克)的"y"值。在下一步,以每克(=1,000毫克)计算,y/15值乘以1,000。为了获得木质素的百分比,我们将 y/15 值除以 1,000,乘以 100。将三个生物复制品(每行样本1和样本2)的木质素平均百分比比较了两条实验线样本1(11.7%)和样本2(10.3%)。木质素值在生物复制品中是一致的,表明TGA方法是一种可靠的方法,非常具体地测量木质素含量。还对两条实验线的不同组织类型(根、茎和叶)进行了比较研究,两条线的叶子中木质素含量相对较低(3.4%)与茎(9.4%至9.9%)相比和根 (9.4% 至 9.2%)(表4,图 4) 。

图1:植物生物质样品的制备。 (A) 从绿屋收集棉花植物材料。(B) 轻轻地翻转锅根。(C) 在水中彻底清洗,清除所有污垢。(D) 分离根、茎和叶组织。(E) 分离组织后,风干组织2天。(F) 空气干燥组织在49°C下被转移到孵化器10天。(G) 生物质研磨机用于研磨植物生物质样品。(H) 根、茎和叶的地面植物生物质样本。(I) 地面样品被装入研磨瓶中,放入冰柜磨室,以10 CPS的速度在冰柜磨坊中接地3个周期。(J) 在冰柜磨碎后,研磨小瓶显示细磨组织粉末。(K) 使用冰柜磨削后,将根、茎和叶的细磨组织粉末磨碎。请单击此处查看此图的较大版本。

图2:TGA调解木质素提取的关键步骤。使用TGA方法从植物生物质提取到木质素含量估计的关键步骤的流程图:1. 使用冰柜磨坊充分干燥和研磨成细粉,制备植物样品:2. 20毫克组织粉末受到PSB、甲醇和水洗涤、干燥和提取酒精不溶性物质的影响:3. 使用TGA和酸,木质素沉淀:4. 使用商业竹木质素编制木质素标准曲线:5. 估计木质素含量。请单击此处查看此图的较大版本。

图3:样本中的标准曲线制备和木质素估计。 (A)表显示用于从吸收读数280纳米产生木质素标准曲线的商业竹木质素的不同浓度。(B) 使用表 A. (C) 条图的值生成 Excel 程序产生的零星绘图,该图表示样本 1 和样本 2 的估计根组织木质素含量。请单击此处查看此图的较大版本。
| 溶液 | 需要的股票 | 制备 |
| 蛋白质溶解缓冲区 (PSB) | 1 M 特里斯 HCl pH 8.8 和 0.5 M EDTA pH 8.0 | 要准备 100 mL 的工作解决方案,最终浓度为 50 mM 三轮车、0.5 m EDTA 和 10% SDS,使用无菌水加入 5 mL 的 1 M 三轮车、1 mL 的 EDTA 和 10 g 的 SDS 到 80 mL 无菌水,混合、溶解并组成最终体积至 100 mL。高压在121°C,15 psi压力,30分钟。 |
| 1 M 特里斯 Hcl | 要准备 100 mL 的 1 M 三轮车,在 80 mL 水中加入 12.1 克 Tris HCl(分子重量 = 121.14 克)。通过在磁搅拌器上搅拌混合 Tris HCl,将 PH 与 NaOH 调整为 8.8,并在 30 分钟内用无菌水和高压灭菌器将体积减到 100 mL。 | |
| 0.5 M EDTA(乙酰胺四乙酰胺) | 准备 100 mL 的 0.5 M EDTA 在 70 mL 水中加入 18.6 克 EDTA。使用氢氧化钠颗粒将 pH 调整到 8.0 (EDTA 在 pH 8.0 时完全溶解),并将体积放大到 100 mL。在 121 °C、15 psi 压力下自动将溶液解压,30 分钟。 | |
| 3 N 盐酸 (HCL) | 要准备 100 mL 的 3 N HCl,在 74 mL 的无菌水中加入 26 mL 的浓缩 HCL。 | |
| 4% 氢氧化钠 (NAOH) | 准备1 N氢氧化钠溶液,在90mL无菌水中加入4克氢氧化钠,溶解,将体积减到100mL,在121°C,15 psi压力下高压,30分钟。 |
表1:准备协议中使用的解决方案。表显示协议中使用的不同解决方案的准备情况。
表2:从0.5毫克到3.5毫克工业竹木质素的木质素标准曲线。 带有回归线的散射图显示m和c值。 请单击此处下载此表。
表3:用于计算未知木质素含量的木质素模板,使用280纳米(如x)样品的吸收读数和标准曲线回归线"m"和"c"值的标准曲线。请单击此处下载此表。
表4:在开花阶段,来自棉花植物不同组织(根、茎和叶)的木质素含量。请单击此处下载此表。
作者宣称他们没有利益冲突。
在这里,我们提出了一个修改后的TGA方法,用于估计草本植物生物质中的木质素含量。这种方法通过与木质素形成特定的硫化物键来估计木质素含量,并且比克拉森方法具有优势,因为它需要相对较小的木质素含量估计样本。
我们感谢植物与土壤科学与棉花公司对这项研究的部分支持。
| 生物分光光度计 kinetic | Eppendorf kinetic | 6136000010 | 用于测量 280 nm 处的吸光度 |
| 离心 | 机Eppendorf | 5424 | 用于离心 样品 |
| 商业竹木质素 | Aldrich | 1002171289 | 用于制备标准曲线 |
| 蒸馏水 | Fischer Scientific | 16690382 | 用于实验方案 |
| Falcon tubes | VWR | 734-0448 | 溶液容器 |
| 冷冻研磨 | 机Spex 样品制备 | 68-701-15 | 用于植物组织样品的精细研磨 |
| 加热块/热混合器 | Eppendorf | 13527550 | 用于木质素提取过程中的温度控制步骤 |
| 加热板搅拌器 | Walter | WP1007-HS | 用于溶液制备 |
| 盐酸 (HCL) | Sigma | 221677 | 用于方案 |
| 培养箱 | Fisherbrand | 150152633 | 用于植物组织样品的彻底干燥 |
| 测量秤 | 梅特勒-托利多 | 30243386 | 用于测量植物组织重量、标准品和微量离心管 |
| 甲醇 (100 %) | Fischer Scientific | 67-56-1 | 用于方案 |
| 微量离心管 (2 mL) | 微量离心机 | Z628034-500EA | 用于提取木质素的容器 |
| 植物生物质 gerinder | Hanchen | Amazon | 用于粉碎干燥样品 |
| pH 计 | Fisher Scientific | AE150 | 测量制备木质素提取溶液的 pH 值 |
| 温控培养箱/烘箱 | Fisher Scientific | 15-015-2633 | 在协议中使用 |
| 巯基乙酸 (TGA) | Sigma Aldrich | 68-11-1 | 用于方案 |
| 真空干燥仪 | Eppendorf | 22820001 | 用于干燥样品 |
| 涡旋混合器 | Eppendorf | 3340001 | 用于正确混合样品 |