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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
本研究描述了一种分离小鼠棕色脂肪细胞用于基因和蛋白质表达分析的新方法。
棕色脂肪组织(BAT)负责哺乳动物的非颤抖产热,棕色脂肪细胞(BA)是BAT的功能单位。BAs含有多房脂滴和丰富的线粒体,它们表达解偶联蛋白1(UCP1)。BA根据其起源分为两种亚型:胚胎衍生的经典BA(cBA)和白色脂肪细胞衍生的BA。由于其密度相对较低,传统的离心方法无法从BAT中分离出来。本研究开发了一种从小鼠中分离BA进行基因和蛋白质表达分析的新方法。在该协议中,用胶原酶和分散酶溶液消化成年小鼠的肩胛间BAT,并用6%碘沙醇溶液富集解离的BA。然后用Trizol试剂裂解分离的BA,以同时分离RNA、DNA和蛋白质。RNA分离后,裂解物的有机相用于蛋白质提取。我们的数据显示,6%碘沙醇溶液有效地富集了BAs,而不会干扰后续的基因和蛋白质表达研究。血小板衍生生长因子(PDGF)是一种调节间充质细胞生长和增殖的生长因子。与棕色脂肪组织相比,分离的BAs具有显着更高的 Pdgfa表达。总之,这种新方法为在单细胞类型水平上研究棕色脂肪细胞的生物学提供了一个平台。
小鼠和人类都有两种类型的脂肪组织:白色脂肪组织(WAT)和棕色脂肪组织(BAT)1。WAT以甘油三酯的形式将能量储存在白色脂肪细胞中,BAT的棕色脂肪细胞(BAs)以热量的形式耗散化学能2。根据其发育起源,BA进一步分为胚胎发育过程中形成的经典BA(cBA)和白色脂肪细胞衍生的BA(米色/白细胞,在应激条件下从白色脂肪细胞转化而来)3。BA是多房的,表达产热蛋白解偶联蛋白1(UCP1)4。肩胛间蝙蝠(iBAT)储存库是小型哺乳动物5的主要cBAs储存库之一,而米色细胞分散在WAT6内。
由于其耗散能量的性质,BAs作为减少肥胖的治疗靶点而受到广泛关注7。为了利用BA治疗肥胖症,必须了解控制BA功能,存活和募集的分子机制。脂肪组织包括BAT和WAT是异质的。除脂肪细胞外,脂肪组织还含有许多其他细胞类型,例如内皮细胞,间充质干细胞和巨噬细胞8。尽管存在特异性消耗小鼠BA候选基因的遗传工具,例如UCP1::Cre系9,但从BAT或WAT纯化BA的技术有限,因此难以在单细胞类型水平上研究BA。此外,如果没有获得纯BA,BA和非BA之间的关系将无法明确界定。例如,血小板衍生生长因子受体α(PDGFRα)已被用作未分化间充质细胞的标志物,并在BAT的内皮和间质细胞中表达。在冷应激的BAT中,PDGFRα阳性祖细胞产生新的BAs10。PDGFRα被其配体PDGF激活,PDGF是一种调节间充质细胞生长和增殖的生长因子11;然而,尚不清楚BAs是否通过分泌PDGF影响PDGFRα阳性祖细胞的行为。
最近,基于荧光激活细胞分选(FACS)的BAs分离方案已经发布12。在该方案中,使用3%牛血清白蛋白(BSA)溶液将BAs与非BAs分离,并通过FACS进一步纯化富集的BAs。该协议的应用受到FACS过程要求的限制,该过程依赖于设备和FACS操作经验。在这项研究中,开发了一种将BA与BAT分离的新协议。通过该方案分离的BA可以直接用于基因和蛋白质表达研究。此外,这项研究的数据表明,BA是PDGF的主要资源。
所有小鼠均在无病原体条件下饲养,所有程序均由共济会医学研究机构动物护理和使用委员会(IACUC)批准。UCP1::Cre9 和Rosa 26tdTomato 小鼠系13 之前已报道。将所有小鼠保持在室温下,进行12小时的光照/黑暗循环。
1. 制备溶液和棕色脂肪组织(BAT)
2. BA隔离程序
3. 从BA中分离RNA和蛋白质
肩胛间BAT用于褐色脂肪细胞分离的制备
棕色脂肪细胞(BA)分离过程如图 1A所示。从制备BAT和消化/分离溶液到获得分离的BA的整个过程大约需要4小时。
在成年小鼠中,丰富的BAT存在于肩胛间区域。这种肩胛间蝙蝠(iBAT)被肌肉层和WAT覆盖(图1B)。在开始消化程序之前,需要去除肌肉层和WAT以产生干净的iBAT(图1C)。在已发布的BA隔离协议中,切碎的BAT用于BA分离12。在这项研究中,消化 3 mm3 尺寸的 BAT(图 1D)比切碎的 BAT 产生更多的 BA。
使用 3% BSA 解决方案将 BA 与非 BA 分离
iBAT消化后,解离的BA与消化产物中的非BA混合。由于BA含有脂滴,因此其密度低于非BA;然而,BA的密度不够低,无法让它们有效地漂浮到常规PBS解决方案的顶部。含有 3% 牛血清白蛋白 (BSA) 的 PBS 已被用于分离 BA 和非 BAs12,这在本研究中成功重复(图 2A)。
Rosa 26 tdTomato 是一种报告小鼠系,在 Cre 介导的重组13 后表达强tdTomato (tdTom) 荧光蛋白。Ucp1::Cre转基因小鼠在BAs中表达Cre重组酶9。Ucp1::Cre小鼠系与Rosa 26tdTomato小鼠杂交,用tdTom对BA进行遗传标记(图2B)。为了验证BAs分离程序,将来自Ucp1::Cre;tdTom / +小鼠的iBAT解离。富含BSA溶液顶层的大多数细胞为覆盆子形,含有多房脂滴。此外,这些覆盆子形状的细胞中的大多数是tdTom阳性(图2C),证实它们是棕色脂肪细胞。
用6%碘沙醇溶液分离BA和非BAs的
3%BSA分离溶液富集BA。目前尚不清楚这些分离的BA是否可用于基因和蛋白质表达分析。然后从富集的BA中提取RNA和蛋白质。根据标准RNA分离程序成功进行RNA提取。然而,标准的Trizol蛋白分离方案,也称为硫氰酸胍-苯酚-氯仿法(GTPC法),效果不佳,繁琐且蛋白质产率非常低。因此,采用改进的蛋白质分离方法从Trizol裂解的BAs中提取蛋白质。
在该改进的GTPC方案中,乙醇,溴氯丙烷和水用于从有机相15中提取蛋白质。将乙醇,溴氯丙烷和水加入有机相后,离心后,在水相和有机相之间形成蛋白质沉淀(图3A)。然后用100%乙醇洗涤蛋白质沉淀并溶解在1%SDS中。这种改进的GTPC方法用于从iBAT和BSA溶液富集的BA中提取蛋白质。虽然BAT蛋白沉淀很容易溶解在1%SDS中,但分离的BAs蛋白沉淀的主要部分是不溶的。然后用SDS-PAGE凝胶检查溶解的蛋白质。如考马斯蓝色染色SDS-PAGE凝胶(图3B)所示,分离的BA中存在约60 kDa的大质量蛋白质条带,但不存在于BAT样品中。由于BSA的分子量为66 kDa,且BAs分离液中存在丰富的BSA,因此该优势蛋白条带应为BSA。这些数据表明,BAs分离溶液中的BSA会干扰蛋白质提取。
碘沙醇是一种非离子和等渗透梯度培养基16,已广泛用于细胞17和腺相关病毒(AAV)纯化18。为了避免蛋白质表达研究中的BSA干扰,碘二沙醇用于替代新的BAs分离溶液中的BSA。3%BSA溶液的密度为1.03,与6%碘沙醇相似。在6%碘沙醇溶液中,BAs在30-60分钟内漂浮到顶部(图3C)。用该溶液分离的BA显示出典型的覆盆子形状,并含有多房脂滴(图3D)。从这些分离的BA中提取的蛋白质在SDS-PAGE凝胶中很好地分离(图3E)。
为了验证6%碘沙醇溶液是否有效地将BAs与非BAs分开,我们用tdTom对BAs进行了遗传标记,并检查了驻留在透明的6%碘沙醇溶液中的细胞。将BAs与非BAs分离后(步骤2.4),将BAs层下方的6%碘沙醇溶液用PBS稀释6次,然后以600× g 离心5分钟。离心后,底部形成一个小的红细胞沉淀,可能是基质血管部分细胞。 如图3所示,来自BAs层的细胞是tdTom阳性细胞(图3F);然而,从沉淀中回收的细胞是tdTom阴性的(图3G)。此外,在tdTom阴性细胞中没有明显的脂滴可见。这些数据表明,我们的新方案可以有效地将BA与非脂肪细胞分离。
总之,这些数据表明,用3%BSA溶液分离BA会干扰后续的生物化学研究,并表明6%碘沙醇溶液优于3%BSA溶液分离BA。
使用分离的BA进行基因和蛋白质表达分析。
为了在分子水平上验证这种新的BAs分离程序,比较了BAT和分离BAs之间三个基因的表达: Ucp1, Pdgfa和Pdgfra。 在BAT中, Pdgfra 在内皮细胞和间质细胞中表达,PDGFRα阳性细胞是推定的祖细胞10。分离的BA中 Ucp1和Pdgfa 的mRNA水平均明显高于BAT中(图4A,B)。相反, Pdgfra 的mRNA仅在BAT中检测到(图4B)。
PPARγ是控制脂肪组织发育的转录因子,UCP1是线粒体蛋白,PDGFRα是膜受体蛋白。这三种蛋白质代表分布在不同细胞区室中的蛋白质。进行蛋白质印迹以测试从Trizol裂解的BA和BAT中提取的蛋白质是否适合蛋白质表达分析。在BA和BAT中均检测到UCP1和PPARγ(图4C,D),证实从Trizol裂解的BA或BAT中分离的总蛋白适用于蛋白质免疫印迹。此外,与qRT-PCR结果一致,UCP1蛋白在BA中富集(图4C);而PDGFRα仅在BAT中检测到,而在纯BA中未检测到(图4D)。综上所述,这些数据表明我们新的BAs分离方法是有效的,并表明该方法富集的BAs可以直接用于基因和蛋白质表达研究。

图1:用于棕色脂肪细胞分离的iBAT制备 。 (A)棕色脂肪细胞分离程序的工作流程。(B)包含BAT,WAT和肌肉层的肩胛间组织的腹侧视图。(C) 肩胛间蝙蝠(iBAT)。与iBAT相邻的肌肉层和WAT被移除。(D)用于棕色脂肪细胞分离的iBAT片段的代表性图像。B-D,比例尺= 5 mm。 请点击此处查看此图的大图。

图2:从消化溶液中分离棕色脂肪细胞 。 (A)分离前后分离的棕色脂肪细胞的图像。3%BSA溶液用于分离棕色脂肪细胞和非棕色脂肪细胞。比例尺 = 1 厘米。 (B)带有tdTomato荧光蛋白的遗传标记棕色脂肪细胞的示意图。(C)分离的棕色脂肪细胞的图像。DIC,微分干涉对比。比例尺 = 50 μm。 请点击此处查看此图的大图。

图3:从裂解的棕色脂肪细胞中提取总蛋白 。 (A)蛋白质相与有机相的分离。(B)SDS-PAGE凝胶的考马斯染色。从BAT或3%BSA溶液中提取总蛋白纯化棕色脂肪细胞。BSA蛋白条带用箭头表示。(C)在6%碘沙醇溶液顶部形成的棕色脂肪细胞层。比例尺 = 1 厘米。 (D)用6%碘沙醇溶液分离的棕色脂肪细胞。棕色脂肪细胞用黄色箭头表示。比例尺 = 50 μm。 (E) SDS-PAGE 凝胶的考马斯染色。从BAT或6%碘沙醇溶液富集BAs中提取总蛋白。(F)tdTom标记的棕色脂肪细胞的图像。(G)从BAs层下方的碘沙醇溶液中回收的细胞的图像。F 和 G,比例尺 = 50 μm。 请点击此处查看此图的大图。

图 4:分离的棕色脂肪细胞的基因和蛋白质表达分析。 用碘沙醇方法分离的棕色脂肪细胞用于这些基因和蛋白质表达研究。(A,B)基因表达的qRT-PCR测量。mRNA水平标准化为36B4。N=3。学生t检验,*,P<0.01;**,第 <0.01 页。(C)PPARγ和UCP1的蛋白质印迹。(四)PDGFRα的蛋白质印迹。C和D,丽春红S染色膜作为加载对照。请点击此处查看此图的大图。
没有
本研究描述了一种分离小鼠棕色脂肪细胞用于基因和蛋白质表达分析的新方法。
Z. Lin得到了美国国立卫生研究院HL138454-01和共济会医学研究所基金的支持。
| 抗体 | |||
| Antigen | Company | 目录 | |
| PPARγ | LSBio | LS-C368478 | |
| PDGFRa | Santa Cruz | sc-398206 | |
| UCP1 | R&D 系统 | IC6158P | |
| <强>化学和溶液强> | |||
| 胶原酶,II 型 | 赛默飞世尔科技 | 17101015 | |
| 1-溴-3-氯丙烷 | Sigma-Aldrich | B62404 | |
| 牛血清白蛋白 (BSA) | Goldbio | A-421-10 | |
| 氯化钙 | 生物碱性 | CT1330 | |
| 氯仿 | IBI Scientific | IB05040 | |
| 分散酶 II、蛋白酶 | Sigma-Aldrich | D5693 | |
| EDTA | 生物碱性 | EB0107 | |
| 乙醇 | IBI Scientific | IB15724 | |
| LiQuant Universal Green qPCRMasterMix | LifeSct | LS01131905Y | |
| 氯化镁六水合 | 物波士顿生物制品 | 公司P-855 | |
| OneScrip Plus cDNA 合成 SuperMix | ABM | G454 | |
| OptiPrep(碘沙醇) | Cosmo Bio USA | AXS-1114542 | |
| PBS (10x) | Caisson Labs | PBL07 | |
| PBS (1x) | Caisson Labs | PBL06 | |
| Pierce BCA 蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 氯化钾 | Boston BioProducts | P-1435 | |
| SimplyBlue 安全染色 | 剂Invitrogen | LC6060 | |
| 十二烷基硫酸钠 (SDS) | Sigma-Aldrich | 75746 | |
| Trizol 试剂 | Life technoologies | 15596018 | |
| 引物 | |||
| 基因名称(物种) | 正 | 向反向 | |
| pdgfra (小鼠) | CTCAGCTGTCTCTCCTCACAgG | CAACGCATCTCAGAGAAAAGG | |
| pdgfa (小鼠) | TGTGCCCATTCGCAGGAAGAG | TTGGCCACCTTGACACTGCG | |
| 36B4(小鼠) | TGCTGAACATCTCCCCCTTCTCTC | TCTCCACAGACAATGCCAGGAC | |
| Ucp1 | ACTGCCACACTCCAGTCATT | CTTTGCCTCACTCAGGATTGG | |
| strong>设备< | |||
| strong>名称 | 公司 | 应用 | |
| Keyence BZ-X700 | Keyence | Imaging 棕色脂肪细胞 | |
| 磁力搅拌器 | VWR | 解离 BAT | |
| QuantStudio 6 Flex 实时荧光定量 PCR 系统 | Biosystem | 定量 PCR | |
| 、Odyssey Fc 成像系统 | LI-COR | Western 印迹 |