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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
该协议提出了一种通过同时检测博来霉素处理的人外周淋巴细胞的间期核中的γH 2AX和53BP1病灶来评估DNA双链断裂的形成和修复的方法。
双链断裂(DSB)是细胞核中可能发生的最严重的病变之一,如果不修复,它们可能导致严重的后果,包括癌症。因此,该细胞具有修复DSB的复杂机制,并且这些途径涉及组蛋白H2AX在Ser-139(即γH2AX)和p53结合蛋白1(53BP1)处磷酸化形式。由于这两种蛋白质都可以在DSB的位点形成病灶,因此鉴定这些标志物被认为是研究DSB及其修复动力学的合适方法。根据导致γH2AX和53BP1病灶形成的分子过程,研究它们在DSB附近的共定位可能更有用,以便建立一种替代方法,允许通过同时检测两个DNA损伤标记来量化DSB。因此,该协议旨在评估放射性模拟剂博来霉素通过在双重免疫荧光中存在γH 2AX和53BP1病灶诱导的人淋巴细胞中的基因组损伤。使用这种方法,我们还描绘了γH2AX和53BP1病灶数量随时间的变化,作为研究博来霉素诱导的DSB的修复动力学的初步尝试。
DNA损伤由内源性物质持续诱导,例如细胞氧化代谢产生的ROS,或外源性,包括化学物质和物理1。在最有害的病变中,双链断裂(DSBs)在导致基因组不稳定方面起着重要作用,因为它们会导致染色体畸变,进而引发致癌过程。因此,细胞被赋予了复杂而有效的DSB修复机制2。
当DSB发生时,细胞触发DNA损伤反应(DDR),其中与MRE11 / RAD50 / NBS1复合物一起招募ATM或ATR激酶以激活减缓或停止细胞周期的其他蛋白质3。这些激酶的一个重要靶标是组蛋白H2AX,它在DSB的几个兆碱基(即γH2AX)内的Ser-139上磷酸化,从而允许募集几种修复因子,例如BRCA1和p53结合蛋白1(53BP1)3。之后,触发同源重组(HR),非同源末端连接(NHEJ)或单链退火(SSA)之间的一种途径来修复DSB4,5。因此,53BP1参与决定HR或NHEJ之间的选择,主要促进NHEJ的激活而不是HR6。此外,H2AX组蛋白和53BP1的磷酸化形式都可以在DSB的位点形成病灶。由于这些病灶持续到双链的完整性恢复,因此在时间间隔内评估γH2AX或53BP1病灶的出现/消失被认为是评估细胞系统中DSB发生和修复的有用方法6,7。然而,根据上述分子过程,由于γH2AX和53BP1病灶预计在DDR8,9期间在DSB附近共定位,因此在双重免疫荧光中同时检测这些标志物的存在是有用的。
因此,本手稿的目的是评估同时定量γH2AX和53BP1病灶的适用性,以评估放射性模拟剂博来霉素诱导的人外周淋巴细胞的基因组损伤。使用相同的方法,我们还尝试根据先前设置的实验程序10描绘博来霉素诱导的DSB的修复动力学。
该研究得到了比萨大学伦理委员会的批准,并获得了每个捐赠者的知情和签署同意。
1. γH2AX和53BP1病灶的形成
2. 通过荧光显微镜进行分析
注意:"荧光显微镜"是指使用荧光生成图像的任何显微镜。用特定波长(或多个波长)的光照射样品,该光被荧光团吸收,使它们发出更长波长的光12。AlexaFluor568和DyLight 488分别吸收约568和488 nm的光,并发射603和520 nm的光。因此,它们分别使用TRITC或FITC滤光片可见为红色或绿色荧光。
通过荧光显微镜分析外周淋巴细胞获得的数据使我们能够评估三个主要方面:博来霉素治疗在增加γH2AX和53BP1病灶(以及DSB)数量方面的有效性,由于其诱变作用,两个病灶在DSB位点共定位的程度,以及γH2AX和53BP1病灶的时间过程,以描绘博来霉素诱导的DSB的修复动力学。正如预期的那样,在未处理和处理的细胞之间观察到γH2AX和53BP1病灶的频率非常高,从而证实了博来霉素诱导外周淋巴细胞中DSB的形成(图2)。
观察到两个标志物的病灶数量存在较大差异;特别是,γH2AX病灶比53BP1病灶多,因此表明共定位并不总是发生,并且可能取决于多种因素(图3)。
关于DSBs的修复动力学,首先,重要的是要强调如何在第一个选定的时间点(即2 h)之前开始实际的病灶修复,并且在不同的时间点,我们可以观察到新形成的病灶以及先前形成但尚未修复的病灶。
考虑到前面所说的,γH2AX和53BP1病灶随时间推移的时间过程显示出不同的行为,尽管它们有助于相同的功能。γH2AX病灶在处理后2h后增加,然后开始逐渐减少,但在治疗后24 h未达到对照值。在方差时,53BP1病灶的频率增加直到治疗后4小时,然后在6小时降低,并在处理后24小时恢复到最大值(图4)。

图 1:人外周淋巴细胞中γH2AX和53BP1的双重免疫荧光:(A)博来霉素治疗前没有γH2AX和53BP1病灶的细胞核,(B)和(C)由于博来霉素治疗而具有不同量的γH2AX和53BP1病灶的细胞核。请点击此处查看此图的大图。

图 2:两种 DSB 标志物的未处理和博来霉素处理的 (5 μg/mL) 淋巴细胞之间的比较。 误差线代表 SEM。 请点击此处查看此图的大图。

图 3:γH2AX 和 53BP1 病灶的总量(自发和诱变剂诱导)之间的比较。 误差线代表 SEM。 请点击此处查看此图的大图。

图 4:γH2AX 和 53BP1 病灶动力学。 0 小时、2 小时、4 小时、6 小时和 24 小时代表收获淋巴细胞的不同时间;误差线代表 SEM。 请点击此处查看此图的大图。
作者没有什么可透露的。
该协议提出了一种通过同时检测博来霉素处理的人外周淋巴细胞的间期核中的γH 2AX和53BP1病灶来评估DNA双链断裂的形成和修复的方法。
我们感谢全血献血者和所有采集血液样本的卫生人员。
| AlexaFluor 568 山羊抗小鼠 IgG (γ1) | Invitrogen | A21124 | 53BP1 二抗 |
| Bleoprim | Sanofi | 硫酸博来霉素(诱变剂) | |
| 青霉素-链霉素溶液 100X | Euroclone | ECB3001D | 用于培养基的抗生素 |
| PBS 10X | Termofisher | 14200075 | 磷酸盐缓冲盐水 |
| FBS | Euroclone | EC20180L | 胎牛血清用于免疫荧光 |
| 山羊抗兔 IgG (H+L) DyLight 488 Coniugated | Termofisher | #35552 | γH2AX 二抗 |
| 小鼠抗 53BP1 单克隆抗体 | Merck | MAB 3802 | 53BP1 一抗 |
| Labophot 2 | 尼康 | 荧光显微镜 | |
| P-组蛋白 H2AX (Ser139) 兔抗体 | Cell Signaling | #2577 | γH2AX 一抗 |
| 植物血凝素 | Termofisher | R30852801 | 培养基成分 |
| 延长金抗淬灭试剂,含 DAPI | Cell Signaling | #8961 | 抗淬灭溶液,用于复染 |
| RPMI 1640 | Euroclone | ECB9006L | 培养基 |
| Triton-X100 | Sigma | T9284 | 非离子去污剂透化 |