细胞外囊泡在生物医学应用中具有巨大潜力,但目前的分离方法耗时较长,且难以适用于临床。在本研究中,我们介绍了一种微流控装置,可对大量生物流体进行连续、步骤极少的细胞外囊泡直接分离。
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细胞外囊泡在生物医学应用中具有巨大潜力,但目前的分离方法耗时较长,且难以适用于临床。在本研究中,我们介绍了一种微流控装置,可对大量生物流体进行连续、步骤极少的细胞外囊泡直接分离。
细胞外囊泡(EVs)在多种生物医学应用中具有巨大潜力,包括诊断、药物递送和再生医学。然而,目前分离EVs的方法仍面临诸多挑战,例如操作复杂、耗时较长,且需要大型设备,这些因素限制了其在临床中的转化应用。为克服这些局限性,我们致力于开发一种基于环烯烃共聚物-非化学计量比硫醇-烯(COC-OSTE)的创新性微流控系统,以实现从大体积样本中连续高效地分离EVs。通过利用基于尺寸和浮力的分离原理,本研究所采用的技术相较于现有方法,在尿液和细胞培养基样本中获得了更窄的EV尺寸分布,从而为未来应用中特定尺寸EV亚群的靶向分离提供了可能。我们创新的COC-OSTE微流控芯片设计,结合分支式非对称流场流分离技术,为大体积样本提供了一种简便且连续的EV分离方案。此外,该微流控芯片具备大规模制造的潜力,可实现良好的可扩展性和一致性,使其有望被整合到常规临床诊断和工业流程中,满足高一致性和高通量的关键需求。
细胞外囊泡(EVs)是一类由细胞来源的膜包被颗粒,主要包括两种类型:外泌体(30–200 nm)和微囊泡(200–1000 nm)1。外泌体通过多泡体(MVB)内内涵体膜向内出芽形成,当MVB与细胞膜融合时,将腔内小泡(ILVs)释放到细胞外空间1。相比之下,微囊泡则是通过细胞膜向外出芽并发生断裂而生成2。EVs通过转运蛋白质、核酸、脂质和代谢物,在细胞间通讯中发挥关键作用,反映细胞的生理状态,包括生长、血管生成、转移、增殖以及治疗耐药性3。因此,EVs已成为包括癌症在内的多种疾病的潜在生物标志物和治疗靶点,凸显了其在诊断和药物递送系统中的应用前景4。
为了充分将细胞外囊泡(EVs)应用于疾病诊断和治疗,从各种生物液体中高效分离EVs至关重要5。 常用的方法包括超速离心法(UC)、密度梯度离心法、尺寸排阻色谱法(SEC)、过滤法以及免疫捕获法6。超速离心法是一种广泛应用的技术,但可能共沉淀出与EVs密度相似的非EV颗粒,并可能导致EV聚集7。尺寸排阻色谱法因其可根据颗粒大小而非密度进行分离,从而获得更高纯度的样品,近年来受到广泛关注8。然而,为最大限度减少乳糜微粒和低密度脂蛋白等非目标颗粒的共分离,必须谨慎选择SEC色谱柱的合适孔径,并优化色谱条件8。尽管这两种方法均有效,但它们耗时较长,且难以实现自动化,尤其对于细胞培养上清或尿液等大体积样本,限制了其在工业规模应用中的可扩展性9。
近年来,非对称场流分离技术(A4F)已发展成为一种强大的分离方法,可用于基于粒径和浮力的微米及纳米级颗粒分离10。A4F 的工作原理依赖于一种在其底部带有微孔膜的微流控通道,该结构可产生指向膜方向的力,称为横向流10。当横向流与系统固有的布朗运动和泊肃叶流相结合时,由于不同颗粒在流动动力学中的位置差异,可实现高效的颗粒分离11。尽管该方法具有诸多优势,但其仅适用于微升级别的样品体积12,且需要额外的聚焦步骤,从而延长了整个过程的时间10。
在过去十年中,微流控技术作为一种快速、高效且临床可靠的细胞外囊泡(EV)分离工具,已受到广泛关注13。然而,大多数为EV分离设计的微流控方法均针对小体积、高浓度的EV样本进行优化,或依赖复杂的分离流程14。此外,在微流控领域,聚二甲基硅氧烷(PDMS)因其光学透明性、生物相容性和易于使用而被公认为金标准材料15。尽管如此,PDMS已知会吸附包括EV在内的小型亲脂性分子,这可能对其在EV研究领域的应用造成不利影响13。
环烯烃共聚物(COC)由于具有良好的生物相容性、对分子的低吸附性以及高化学稳定性,是微流控领域中常用的材料15。然而,COC器件的制备通常涉及复杂的工艺或需要专用设备16。相比之下,非化学计量比的硫醇-烯(OSTE)材料是一种有前景的PDMS替代材料,因其对小分子的吸附更低、化学稳定性更优、易于加工,并且可实现规模化生产17,18。然而,由于与管路连接较为复杂,器件可能发生泄漏19。
本研究旨在设计并制备一种结合OSTE与COC材料以及分叉流场流分离(A4F)原理的微流控装置,用于从尿液或细胞培养基等大体积样本中分离细胞外囊泡(EV)。
样本采集已获得拉脱维亚大学生命与医学科学研究伦理委员会批准(决定编号 N0-71-35/54)
注意:本研究中使用的材料包含在材料清单文件中。
1. 三维(3D)打印模具的制备
2. PDMS 模具的制备
3. OSTE-COC 上层通道的制备
4. OSTE-COC 底层通道的制备与装置组装
5. 设备评估
6. 设备设置
7. 使用标准化乳胶微球进行设备测试
8. 使用尿液样本进行设备测试
9. 使用条件培养基进行设备测试
10. 使用超速离心法分离细胞外囊泡
11. 使用尺寸排阻色谱法(SEC)分离EVs
12. 细胞外囊泡表征
13. 纳米颗粒跟踪分析(NTA)
14. 针对EV标志物的双抗夹心ELISA
我们采用3D打印的双负模(图1),通过软光刻技术(图2A)制备了一种微流控装置,用于基于分支场流分离(bifurcated A4F)原理的高通量EV分离(图2B、C)。该装置需要配备泵和流通池站(图3),以实现EV的自动化分离。首先,为验证该装置的概念可行性,我们制备了直径分别为100 nm和1000 nm的聚苯乙烯微球混合物,分别代表囊泡和细小细胞碎片10。对微球混合物在有无分支流条件下,以不同流速进行了实验,以研究线性流速对分离效率的影响。在所有实验中,小尺寸微球的回收率始终保持稳定且高于90%10,表明该装置在EV回收方面具有良好的潜力。
随后,我们评估并比较了 COC-OSTE 装置从复杂生物流体中无需过多预处理即可分离大量(>1 mL)外泌体(EVs)的潜力。为此,采用来自10名健康供体的尿液(图4)以及两种不同前列腺细胞系的细胞培养上清液(图5)作为样本模板,同时采用三种不同方法平行分离 EVs:超速离心法(UC)、尺寸排阻色谱法(SEC)以及基于 A4F 微流控技术的 OSTE-COC 装置。分离后,采用纳米颗粒追踪分析(NTA)测定颗粒总数及其粒径分布。平均而言,与 UC 相比,OSTE-COC 装置从生物流体中回收的总颗粒数更高;但仅当合并两个出口的颗粒数时,差异才具有统计学意义(图4A)。为与其他系统进行性能比较,应将 R 与 L 出口合并考虑。如 图4 所示,L 与 R 出口联合回收 EVs 的性能优于 UC 和 SEC。其中,L 出口设计用于捕获小尺寸 EV 组分,而 R 出口则用于收集较大尺寸 EV 组分及其他尺寸相近的分子。有趣的是,使用 OSTE-COC 装置的 R 出口进行回收的效率略高于单独使用 SEC 或 UC(图4A)。CD63 表达水平也呈现出类似趋势(图4C)。该结果表明,OSTE-COC 装置在总 EV 回收方面更具效率。除 UC 外,不同方法获得的 EV 粒径分布相似,而 UC 的粒径分布更偏向较大颗粒(图4B)。
在细胞培养基培养中也观察到了类似的结果。在两种情况下,与SEC或UC方法相比,该装置两个端口的总颗粒回收率均表现出更优的性能(如图5A、B所示)。值得注意的是,源自PC3细胞的EVs表现出独特的粒径分布特征,与其他实验组相比,L-PORT端口的分布更为均一(图5C、D)。此外,对CD63表达的分析进一步证实了使用COC-OSTE装置可实现更高的EV回收率(如图5E、F所示)。本研究中所比较的不同方法在分离特性方面的总结见表1。

图1:3DP 蛇形双负模具的尺寸与等距视图。 请点击此处查看此图的放大版本。

图2:COC-OSTE微流控器件。(A)OSTE-COC器件制备主要步骤示意图。(B)器件工作原理。(C)完成器件的图像。比例尺:15 mm。本图经Priedols等10和Bajo-Santos等20许可修改。请点击此处查看此图的放大版本。

图3:装置的实验配置。 注射泵位于左侧,OSTE-COC装置位于中间,回收站位于右侧。该图已获许可修改自 Priedols 等人10 和 Bajo-Santos 等人20。 请点击此处查看此图的放大版本。

图4:采用超速离心法(UC)、尺寸排阻色谱法(SEC)和COC-OSTE装置从10名供体尿液中分离的细胞外囊泡(EV)的粒径分布及颗粒回收率。(A)通过纳米颗粒追踪分析(NTA)测定各分离方法回收的颗粒数量。数据以均值±标准差表示。统计学显著性以 * 表示(p<0.05)。(B)箱形图显示通过NTA评估的所有尿液样本中平均颗粒尺寸分布,须线表示最小值和最大值。P值来源于与UC组的比较,**** 表示高度显著性(p<0.0001)。(C)采用双夹心酶联免疫吸附测定法(dsELISA)评估各分离方法回收样本中CD63的平均含量,并计算其在所有样本中的中位数与范围。L-port:左端口;R-port:右端口。本图经Bajo-Santos等20许可修改。请点击此处查看该图的放大版本。

图 5:采用不同方法从PC3和LNCaP细胞中分离的细胞外囊泡(EVs)的表征结果。(A)通过纳米颗粒追踪分析(NTA)测定的从PC3培养基中回收的颗粒数量,以均值±标准差表示。(B)通过NTA测定的从LNCaP细胞培养基中回收的颗粒数量,表示为均值±标准差。(C)通过NTA测定PC3培养物来源EVs的中位颗粒尺寸分布及其范围。(D)从LNCaP培养物中分离的EVs的中位尺寸分布及其范围。(E)采用双夹心酶联免疫吸附测定法(dsELISA)检测每种分离方法获得的PC3细胞系来源EV中CD63表达的中位值及范围。(F)每种分离方法获得的LNCaP来源EV中CD63表达的中位值及范围(通过dsELISA测定)。UC:超速离心;SEC:尺寸排阻色谱;L-port:左端口;R-port:右端口。本图经Bajo-Santos等20许可修改。 请点击此处查看此图的放大版本。
| UC | SEC | COC-OSTE | |
| 每样本处理时间 | ++/+++ | +++ | + |
| 通量 | ++ | + | +++ |
| 每样本成本 | + | +++ | ++ |
| 纯度 | + | +++ | ++ |
| 自动化程度 | ++ | + | +++ |
| EV 得率 | ++ | ++ | +++ |
| 尺寸选择性 | + | ++ | ++ |
表1. 三种方法(UC、SEC和COC-OSTE装置)分离EVs特性的比较。 UC:超速离心;SEC:尺寸排阻色谱;COC-OSTE:环烯烃共聚物-非化学计量硫醇-烯。+:低;++:中;+++:高。* 取决于装置。
本文介绍的微流控装置为从生物液体中分离和提取细胞外囊泡(EVs)提供了一种颇具前景的方法,解决了现有金标准方法(如超速离心法UC和尺寸排阻色谱法SEC)的一些关键局限性12。已知UC和SEC方法操作繁琐、耗时较长,且产率较低,因此在需要大量EVs的高通量应用中适用性较差21,22。相比之下,所描述的微流控装置能够以极少的人工干预连续处理多达20 mL的生物液体,有望成为工业或临床环境中的变革性工具。该微流控装置的一个关键优势在于,相较于涉及人工操作的传统方法,它能够实现EV分离过程的标准化并提高可重复性。通过大规模生产减少EV分离装置制造过程中的变异性,可更有效地控制装置性能并保持一致性,这对于基于EV的治疗和诊断应用至关重要。此外,该装置可通过适合的基材进行反应注塑成型,兼容大体积制造,进一步增强了其在规模化生产和广泛应用方面的潜力。
为了确保可重复性和稳定的性能,必须制定详尽且明确的实验方案,以规范芯片的制备及其在实验中的使用。该芯片在设计时已考虑工业化生产的可行性。然而,在实验室环境中进行器件制备时,需特别注意避免气泡的产生,确保键合精确且牢固,并在高于实际实验预期的流速下进行充分测试。这一预防措施对于COC-OSTE器件尤为重要,因为若键合不成功,尤其是在较高流速下,器件容易发生泄漏。此外,由于OSTE是一种光敏材料,器件制备过程应在黄光环境下进行,以避免不必要的紫外光暴露。由于该技术仍处于初期发展阶段,研究人员应尝试不同的流速,以确定其特定应用下的最佳参数设置,因为目前尚未建立针对这一新型方法的标准化操作流程,且根据我们的结果,液体黏度会显著影响EV的分离效率。遵循这些指导原则并解决标准化方面的挑战,将有助于充分发挥该微流控器件在各类科研领域和应用中的潜力。
利用微流控装置分离细胞外囊泡(EV)的方法具有高度可调性和可优化性,便于针对性能进行广泛改进和故障排查。为提高颗粒分离效果,研究人员可尝试更长的通道、不同孔隙率和孔密度的膜材料,以及调整通道尺寸。若小颗粒出口处出现大量大颗粒,可尝试提高缓冲液入口流速;而若大颗粒出口中混有较多小颗粒,则建议尝试更长的通道或使用孔径更大的膜。针对颗粒吸附问题,可通过调节流速、表面修饰、调整OSTE材料组分或改变紫外光曝光时间来解决。对于存在不稳定或泄漏问题的装置,降低流速并确保正确粘合是关键步骤。为尽量减少EV的损伤,研究人员可降低流速、在装置灭菌后更彻底地用PBS洗涤,并考虑采用更小孔径的膜或改进模具设计技术与材料。通过上述优化措施,可对微流控装置进行精细调节,充分释放其在EV研究及相关领域中的广泛应用潜力。此外,为优化装置性能,可在上游对样品进行表征,包括密度和黏度测定,以相应调整流动参数。同时,必须特别关注样品本身的性质,因为生物流体本身已被证实不具备无菌性23。 因此,在临床应用中使用前,应对样品进行灭菌处理予以充分考虑。
尽管存在这些挑战,微流控装置在各个研究领域仍具有巨大的潜力。该装置能够从大量高度异质的样本中持续分离细胞外囊泡(EVs),为自动化创造了条件,有助于实现高通量应用,并推动对来自多种来源的EVs进行更深入的分析。将这一微流控模块整合到不同的设备中,例如中空纤维细胞生物反应器 cartridge 或高分辨率流式细胞仪,可使EVs的应用更贴近工业需求,并推动药物递送、诊断学和化妆品等领域的创新4。总体而言,这一微流控装置代表了EVs研究领域的重要进展,为EVs的分离提供了一种高效且标准化的方法,在广泛的科研和工业应用中展现出广阔前景。
A.A.、G.M. 和 R.R. 是 Cellbox Labs, LLC 的创始人、董事会成员及股权持有者
感谢所有参与本研究的捐赠者,以及拉脱维亚基因组数据库工作人员提供的样本。拉脱维亚大学固体物理研究所作为卓越中心,获得了欧盟“地平线2020”框架计划H2020-WIDESPREAD-01-2016-2017-TeamongPhase2(资助协议编号739508)项目CAMART2的资助。本研究得到了拉脱维亚科学委员会项目No. lzp-2019/1-0142和项目No. lzp-2022/1-0373的支持。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 0.1 µm 羧酸盐 FluoSpheres | Invitrogen | #F8803 | 储存浓度:3.6 x 1013 个微珠/毫升(依批号而定) |
| 0.5 mL 微型离心管 | Starstedt | 72.704 | |
| 1 mL 鲁尔锥形注射器,一次性使用,不带针头 | 射线 | TUB1ML | |
| 1.0 µm 多苯乙烯荧光微球 | Invitrogen | #F13083 | 储存浓度:1 × 10¹⁰ 个微珠/毫升(依批号而定) |
| 10 mL 血清移液管 | Sarstedt | 86.1254.001 | |
| 15 mL(100k)Amicon Ultra 离心滤器 | 默克密理博 | UFC910024 | |
| 2.0 mL 蛋白质低吸附管 | Eppendorf | 30108132 | |
| 20 mL 注射器 | BD PlastikPak | 10569215 | |
| 250 µm ID 聚醚醚酮管 | 达尔文微流控 | CIL-1581 | |
| 3 kDa 截留分子量离心过滤装置 | 默克密理博, | UFC200324 | |
| 5 mL 医用注射器(无针头) | 安徽宏宇五洲医疗 | 159646 | |
| 50 mL 一次性离心管 | Sarstedt | 62.547.254 | |
| 70 Ti 固定角转子超速离心机 | 贝克曼库尔特 | 337922 | |
| 800 µm ID 聚四氟乙烯管 | 达尔文微流控 | LVF-KTU-15 | |
| 96孔微孔板,平底,中等结合力 | Greiner Bio-One | 655001 | ELISA 板 |
| B-27添加剂(50倍浓度),无血清 | 赛默飞世尔科技 | 17504044 | |
| 牛血清白蛋白 | SigmaAldrich | A7906-100G | |
| COC Topas 显微镜载玻片平台 | 微流控芯片店 | 10000002 | |
| COC Topas 显微镜载玻片平台 2 x 16 Mini Luer | 微流控芯片店 | 10000387 | |
| Elveflow OB1 压力控制器 | Elvesys 集团 | ||
| 鲁尔接头 | 达尔文微流控 | CS-10000095 | |
| Suss MA/BA6 掩模对准器 | SUSS MicroTec 集团 | ||
| Mixer Thinky ARE-250 | Thinky Corporation | ||
| NanoSight NS300 | 马尔文帕纳科 | NS300 | 纳米颗粒分析仪 |
| 光学显微镜 Nikon Eclipse LV150N | Nikon Metrology NV | ||
| OSTE 322 水晶透明 | Mercene Labs | ||
| PBS片剂,无钙/无镁,Fisher Bioreagents,100 g | Fisher Scientific | BP2944-100 | |
| PC膜(50 nm孔径,11.8%密度) | it4ip 股份有限公司,比利时,鲁汶-拉-讷夫 | ||
| 无菌培养皿 | Sarstedt | 82.1472.001 | |
| 等离子体灰化仪 GIGAbatch 360 M | PVA TePla America, LLC | ||
| qEVoriginal/35 nm 柱 | Izon | SP5 | SEC柱 |
| QSIL 216 硅胶弹性体试剂盒 | PP&S | ||
| 树脂增韧型黑色 | Zortrax | ||
| SW40 Ti 摆动转子超速离心机 | Beckman Coulter | 331301 | |
| 注射泵 | DK Infusetek | ISPLab002 | |
| T175 悬浮培养瓶 | Sarstedt | 83.3912.502 | |
| TIM4-Fc 蛋白 | Adipogen LifeSciences | AG-40B-0180B-3010 | |
| TMB(3,3',5,5'-四甲基联苯胺) | SigmaAldrich | T0440-100ML | 辣根过氧化物酶底物 |
| Tween20 | SigmaAldrich | P1379-100ML | |
| Optima L100XP 超速离心机 | 贝克曼库尔特 | ||
| 超声波清洗仪 P 60 H | Elma Schmidbauer GmbH | ||
| 通用微孔板分光光度计 | Bio-Tek 仪器 | 71777-1 | |
| 尿液采集杯,150 mL,无菌 | APTACA | 2120_SG | |
| Whatman Anotop 25 注射器滤器 | SigmaAldrich | 68092002 | |
| Zetasizer Nano ZS | 马尔文帕纳科 | 动态光散射(DLS)系统 | |
| Zortrax Inkspire | Zortrax |