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利用分流式A4F微流控芯片单步分离大体积样品中的细胞外囊泡

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DOI:

10.3791/66019

2024年2月2日

* These authors contributed equally

本文内容

摘要

细胞外囊泡在生物医学应用中具有巨大潜力,但目前的分离方法耗时较长,且难以适用于临床。在本研究中,我们介绍了一种微流控装置,可对大量生物流体进行连续、步骤极少的细胞外囊泡直接分离。

摘要

细胞外囊泡(EVs)在多种生物医学应用中具有巨大潜力,包括诊断、药物递送和再生医学。然而,目前分离EVs的方法仍面临诸多挑战,例如操作复杂、耗时较长,且需要大型设备,这些因素限制了其在临床中的转化应用。为克服这些局限性,我们致力于开发一种基于环烯烃共聚物-非化学计量比硫醇-烯(COC-OSTE)的创新性微流控系统,以实现从大体积样本中连续高效地分离EVs。通过利用基于尺寸和浮力的分离原理,本研究所采用的技术相较于现有方法,在尿液和细胞培养基样本中获得了更窄的EV尺寸分布,从而为未来应用中特定尺寸EV亚群的靶向分离提供了可能。我们创新的COC-OSTE微流控芯片设计,结合分支式非对称流场流分离技术,为大体积样本提供了一种简便且连续的EV分离方案。此外,该微流控芯片具备大规模制造的潜力,可实现良好的可扩展性和一致性,使其有望被整合到常规临床诊断和工业流程中,满足高一致性和高通量的关键需求。

引言

细胞外囊泡(EVs)是一类由细胞来源的膜包被颗粒,主要包括两种类型:外泌体(30–200 nm)和微囊泡(200–1000 nm)1。外泌体通过多泡体(MVB)内内涵体膜向内出芽形成,当MVB与细胞膜融合时,将腔内小泡(ILVs)释放到细胞外空间1。相比之下,微囊泡则是通过细胞膜向外出芽并发生断裂而生成2。EVs通过转运蛋白质、核酸、脂质和代谢物,在细胞间通讯中发挥关键作用,反映细胞的生理状态,包括生长、血管生成、转移、增殖以及治疗耐药性3。因此,EVs已成为包括癌症在内的多种疾病的潜在生物标志物和治疗靶点,凸显了其在诊断和药物递送系统中的应用前景4

为了充分将细胞外囊泡(EVs)应用于疾病诊断和治疗,从各种生物液体中高效分离EVs至关重要5。 常用的方法包括超速离心法(UC)、密度梯度离心法、尺寸排阻色谱法(SEC)、过滤法以及免疫捕获法6。超速离心法是一种广泛应用的技术,但可能共沉淀出与EVs密度相似的非EV颗粒,并可能导致EV聚集7。尺寸排阻色谱法因其可根据颗粒大小而非密度进行分离,从而获得更高纯度的样品,近年来受到广泛关注8。然而,为最大限度减少乳糜微粒和低密度脂蛋白等非目标颗粒的共分离,必须谨慎选择SEC色谱柱的合适孔径,并优化色谱条件8。尽管这两种方法均有效,但它们耗时较长,且难以实现自动化,尤其对于细胞培养上清或尿液等大体积样本,限制了其在工业规模应用中的可扩展性9

近年来,非对称场流分离技术(A4F)已发展成为一种强大的分离方法,可用于基于粒径和浮力的微米及纳米级颗粒分离10。A4F 的工作原理依赖于一种在其底部带有微孔膜的微流控通道,该结构可产生指向膜方向的力,称为横向流10。当横向流与系统固有的布朗运动和泊肃叶流相结合时,由于不同颗粒在流动动力学中的位置差异,可实现高效的颗粒分离11。尽管该方法具有诸多优势,但其仅适用于微升级别的样品体积12,且需要额外的聚焦步骤,从而延长了整个过程的时间10

在过去十年中,微流控技术作为一种快速、高效且临床可靠的细胞外囊泡(EV)分离工具,已受到广泛关注13。然而,大多数为EV分离设计的微流控方法均针对小体积、高浓度的EV样本进行优化,或依赖复杂的分离流程14。此外,在微流控领域,聚二甲基硅氧烷(PDMS)因其光学透明性、生物相容性和易于使用而被公认为金标准材料15。尽管如此,PDMS已知会吸附包括EV在内的小型亲脂性分子,这可能对其在EV研究领域的应用造成不利影响13

环烯烃共聚物(COC)由于具有良好的生物相容性、对分子的低吸附性以及高化学稳定性,是微流控领域中常用的材料15。然而,COC器件的制备通常涉及复杂的工艺或需要专用设备16。相比之下,非化学计量比的硫醇-烯(OSTE)材料是一种有前景的PDMS替代材料,因其对小分子的吸附更低、化学稳定性更优、易于加工,并且可实现规模化生产17,18。然而,由于与管路连接较为复杂,器件可能发生泄漏19

本研究旨在设计并制备一种结合OSTE与COC材料以及分叉流场流分离(A4F)原理的微流控装置,用于从尿液或细胞培养基等大体积样本中分离细胞外囊泡(EV)。

方案

样本采集已获得拉脱维亚大学生命与医学科学研究伦理委员会批准(决定编号 N0-71-35/54)

注意:本研究中使用的材料包含在材料清单文件中。

1. 三维(3D)打印模具的制备

  1. 在 CAD 软件中设计一个蛇形双负模具,上通道尺寸如下:高度 0.5 mm,宽度 1 mm,长度 210 mm。下通道采用相同设计,宽度为 1.5 mm,高度为 0.6 mm,长度为 210 mm。模具的宽度、长度、高度等尺寸及设计等轴测图如图1所示。将设计保存为 .stl 文件。
  2. 在 Z-Suite 中准备该文件,无需添加支撑。使用耐黑色树脂,通过紫外光液晶显示器(UV LCD)3D 打印机打印模具。
  3. 打印完成后,小心地将模具从打印机表面取下。在异丙醇(IPA)中进行超声清洗 20 分钟。
  4. 用 N2 吹干模具。
  5. 使用 ND33 滤光片对模具进行泛光曝光 810 秒,然后将其放入 60 °C 的烘箱中固化 48 小时。

2. PDMS 模具的制备

  1. 按10:1的质量比称取PDMS(每个模具使用16 g弹性体基础剂和1.6 g交联剂)。在行星式离心混合器中混合组分,以500 RPM转速混合1分钟。
  2. 将混合后的PDMS浇注至3D打印模具中,并在-800 mbar的真空干燥器中脱气30分钟,或直至观察不到气泡。
  3. 在液态PDMS表面小心放置一层100 µm厚的聚氯乙烯衬层。
    NOTE: 应从一侧缓慢覆盖衬层至另一侧,以避免产生气泡。
  4. 将含有PDMS的模具放入原位成型夹具(Mold-in-Place Jig)中,并使用设定为0.3 Nm扭矩的扭矩扳手拧紧夹具。
  5. 将夹具放入60 °C烘箱中加热3小时,使PDMS固化。
  6. 使用六角扳手拆卸夹具,并从夹具中取出3D打印模具。
  7. 小心地将PDMS模具从3D打印的母模上脱模,先用手术刀沿模具边缘划开,再用镊子取下模具。
    ​NOTE: 为便于脱模,可使用异丙醇(IPA);但之后需将模具在60 °C加热10分钟,以蒸发残留的IPA。

3. OSTE-COC 上层通道的制备

  1. 按1.09:1的质量比称取OSTE(制备5个装置需要1.56 g A组分和1.44 g B组分)。将组分在行星式离心混合器中混合:以750 RPM转速混合5分钟,然后以750 RPM转速脱气5分钟。
  2. 将混合好的OSTE转移至离心管中,在真空干燥器中于-800 mbar条件下脱气30分钟。
  3. 将带有2个16个微型鲁尔接头的COC载片在异丙醇(IPA)中超声清洗10分钟,随后用N2小心吹干。
  4. 将清洁后的COC载片放入等离子体刻蚀仪中,使平面朝上放置,并在700 W功率、0.133 mbar压力下使用800 SCCM氧气等离子体处理表面2分钟。
  5. 将经氧化处理的COC载片放置在用于上层通道的PDMS模具上,确保处理过的表面与PDMS的结构化表面接触。将组件装入原位成型夹具中,并使用设定为0.3 Nm扭矩的扭矩扳手拧紧夹具。
  6. 将压力系统连接至6 bar的压缩空气管线。取装有脱气后OSTE的离心管,按照压力系统的说明,使用内径(ID)为0.8 mm的聚四氟乙烯(PTFE)管进行组装。
  7. 将PTFE管连接至PDMS模具的入口,利用压力系统中压电泵维持的1000 mbar压力填充装置。将夹具玻璃面朝上放入掩模对准仪中,使用ND33滤光片进行850 mJ剂量的曝光。
  8. 曝光后,使用六角扳手拆卸夹具,并小心地将带有结构化OSTE层的COC载片从PDMS模具上取下。
  9. 将结构化的OSTE与一片25 mm × 75 mm、孔径为50 nm、孔密度为11.8%的膜接触,确保通道完全被膜覆盖。
    注:在操作过程中尤其需要注意保持膜尽可能平整。
  10. 将组件膜面朝上置于设定为60°C的加热板上,在膜上方放置一块干净的玻璃载片,并从上方施加1.6 kPa的压力以确保均匀键合。加热过夜。
    ​注:此步骤之后,尤其需要评估键合效果和通道形变情况。

4. OSTE-COC 底层通道的制备与装置组装

  1. 按1.09:1的质量比混合OSTE(制备5个装置需要1.56 g的A组分和1.44 g的B组分)。在行星式离心混合器中混合组分:以750 RPM转速混合5分钟,然后以750 RPM转速脱气5分钟。
  2. 将混合好的OSTE转移至离心管中,在真空干燥器中于-800 mbar下脱气30分钟。
  3. 将COC载片在异丙醇(IPA)中超声清洗10分钟,并用N2小心吹干。
  4. 将清洁后的COC载片放入等离子刻蚀仪中,在700 W功率、0.133 mbar压力条件下,使用800 SCCM的氧气等离子体处理表面2分钟。
  5. 将经氧化处理的COC载片放置在PDMS模具上,用于底部通道,确保处理过的表面与PDMS的结构化表面接触。将组件放入原位成型夹具中,使用扭矩扳手以0.3 Nm的扭矩拧紧夹具。
  6. 取装有脱气后OSTE的离心管,按照压力系统说明,使用内径为0.8 mm的PTFE管进行组装。
  7. 将PTFE管连接至PDMS模具的入口,利用1000 mbar的压力填充装置。将夹具玻璃面朝上放入光刻对准仪中,使用ND33滤光片进行1100 mJ剂量的曝光。
  8. 曝光后,使用六角扳手拆卸夹具,并小心地将带有结构化OSTE层的COC载片从PDMS模具上取下。
  9. 将结构化的OSTE层与顶部通道组件结合,使顶部和底部层的设计相互对齐,并确保OSTE底层与膜接触。
  10. 将组件插入原位成型夹具中,使用鳄鱼夹均匀施加1.6 kPa的压力。将夹具置于60°C烘箱中过夜。
    ​注意:夹子位置不均匀可能导致键合不均。

5. 设备评估

  1. 键合完成后,使用显微镜对器件进行目视检查,观察是否存在可视缺陷,例如通道变形或键合失败。
  2. 通过施加 30 mbar 压力,使 0.02 µm 过滤的去离子水流经无缺陷器件的通道,进行测试。观察流道和鲁尔接口是否存在泄漏以及水流情况。
    ​注意:若未检测到泄漏且通道内水流畅通无阻,可认为器件适用于后续实验。

6. 设备设置

  1. 用两个5 mL注射器各吸入2 mL经过20 nm滤膜过滤的3% H2O2,并将注射器安装到注射泵上(使用移动箭头调整至所需位置,插入注射器,并用顶部压杆固定)。
    警告!操作H2O2时务必小心。请穿戴实验服、防护橡胶手套和护目设备。
  2. 使用注射器针头将14 cm长、内径800 µm的PTFE管连接至注射器,并通过鲁尔接头将其连接至装置的入口。
  3. 将20 cm长、内径200 µm的聚醚醚酮(PEEK)管连接至出口。
  4. 将PEEK管的另一端连接至废液容器。装置设置如图3所示。
  5. 启动注射泵,设置每个入口的流速为500 µL/min(在仪器屏幕上操作:设置 > 系统设置 > 注射器(制造商:医用注射器,注射器:5 mL)> 返回按钮 > 参数选择:推注,重复:1,体积:1.5 mL,流速:500 µL/min)> 返回按钮 > 返回按钮)。将流出液收集至废液容器中。
  6. 取两个新的5 mL注射器,各吸入2 mL经过20 nm滤膜过滤的70%乙醇。
  7. 将先前的注射器更换为装有乙醇的注射器,并按照步骤6.5所述相同参数启动注射泵。
  8. 使用新的5 mL注射器,各吸入5 mL经过20 nm滤膜过滤的磷酸盐缓冲液(PBS)。
  9. 将先前的注射器更换为装有PBS的注射器,并重复步骤6.1和6.5,用4 mL PBS冲洗装置。
    注意:请确保将系统设置参数更改为体积:4 mL(在仪器屏幕上操作:设置 > 参数 >(选择体积:4 mL))。
  10. 断开装置上的管路,并用鲁尔封堵头封闭每个入口和出口。
    注意:保持装置内留有PBS,并在封闭前使用移液枪向每个入口和出口补充少量PBS,以避免引入气泡。
  11. 将装置在室温(RT)下避光静置过夜。
  12. 次日,用4 mL经过20 nm滤膜过滤的PBS冲洗装有PBS的装置(操作如步骤6.8所述)。
  13. 从两个出口收集最后1 mL流出液,置于2 mL低吸附蛋白管中,4 °C保存,作为装置引入颗粒的空白对照。
  14. 移除装有PBS的注射器,更换为装有空气的新的5 mL注射器。
  15. 用4 mL空气吹扫装置,直至所有液体完全排出装置和管路。

7. 使用标准化乳胶微球进行设备测试

  1. 使用1.0 µm聚苯乙烯微球和0.1 µm羧基微球制备标准化微球样品。向一个15 mL离心管中加入500 µL的1.0 µm聚苯乙烯微球标准品、1 µL的0.1 µm羧基微球标准品以及9499 µL的20 nm滤过的PBS缓冲液(最终1.0 µm和0.1 µm微球混合液的浓度分别为5 × 10⁸ 个微球/mL和3.6 × 10¹⁰ 个微球/mL)。
  2. 将微球样品涡旋振荡30秒,不使用时置于+4 °C保存。
  3. 取两个新的5 mL注射器,其中一个加入1.5 mL标准化微球混合液,另一个加入1.5 mL的20 nm滤过的PBS缓冲液。
  4. 移除先前连接的注射器,将装有微球混合液的注射器连接至第一进样管路,另一个装有PBS的注射器连接至第二进样管路。
  5. 移除废液容器,并为每条出样管路准备至少五个0.5 mL的微量离心管。
  6. 将注射泵系统的启动参数设置为体积:1 mL;流速:250 µL/min。
    注意:根据用户需求,可设置不同的流速,例如250 µL/min、200 µL/min、150 µL/min、100 µL/min和50 µL/min。建议进行预实验以选择最适合目标结果的流速。
  7. 启动注射泵,收集流出液——每个微量离心管中收集5至6滴。
    ​注意:若同一装置需多次使用,请按照步骤6.8所述冲洗装置,并更换所有连接件、堵头和针头。将使用过的连接件、堵头和针头置于20 nm滤过的70%乙醇中浸泡至少30分钟;随后转移至含有20 nm滤过的去离子水的离心管中,充分震荡,再转移至含有20 mL 20 nm滤过的去离子水的培养皿中。将培养皿置于摇床上以100 rpm振荡至少30分钟,之后将各部件转移至干燥的培养皿中静置干燥(至少12小时),方可再次使用。

8. 使用尿液样本进行设备测试

  1. 按照步骤 6.1–6.15 所述准备设备。
  2. 使用无菌尿液容器收集每位供体的晨尿 100 mL,并在采集后 2 小时内送至实验室进行处理。
  3. 将每份尿液样本分装至两个 50 mL 离心管中,在室温下以 2'000 x g 离心 15 分钟。
  4. 收集上清液,弃去沉淀。
  5. 将上清液在室温下以 10'000 x g 离心 30 分钟,以去除大颗粒和细胞碎片。
  6. 收集上清液,弃去沉淀。
  7. 按照步骤 6.6 所述清洗设备。
  8. 将 5 mL 注射器更换为装有预处理尿液样本的 20 mL 注射器(用于样品入口),以及另一个装有 20 mL 经 20 nm 滤膜过滤的 DEPC-PBS 的 20 mL 注射器(用于缓冲液入口)。将注射泵设置更改为 BDPlastipak注射器:cc;体积:20 mL;流速:250 µL/min(最佳流速),设置方法与步骤 6.2 所述相同。启动注射泵,并将每个出口的穿流液分别收集至不同的 50 mL 管中。
  9. 使用 100,000 分子量截留浓度管,在 4 °C 条件下以 3,000 x g 将每份穿流液分别浓缩至 100 µL。
  10. 将浓缩液转移至 0.5 mL 微量离心管中。
  11. 涡旋震荡浓缩样品 30 秒,然后离心 10 秒。
  12. 将样品分装,每管转移 25 µL,做好标记后于 -80 °C 冻存以长期保存。

9. 使用条件培养基进行设备测试

  1. 按照步骤 6.1–6.15 所述准备设备。
  2. 将细胞在 37 °C、5% CO2 的加湿环境中培养,直至总细胞数达到 1 亿,具体参照 Bajo-Santos 等人20 的方法。将细胞传代至一个 T175 悬浮培养瓶中,加入 100 mL 无血清培养基(补充 2% B-27 血清替代物),在 37 °C、5% CO2 的加湿环境中继续培养 48 小时。
  3. 收集细胞悬液,在室温下以 300 x g 离心 5 分钟,以去除细胞。
  4. 收集上清液,并在 +4 °C 下以 3,000 x g 再次离心 30 分钟,以去除大颗粒和细胞碎片。
  5. 收集上清液并置于 +4 °C 保存,直至进行分离操作,但保存时间不得超过 3 小时。
  6. 将样品入口的 5 mL 注射器更换为装有已制备条件培养基的 20 mL 注射器,缓冲液入口更换为装有 20 mL 经 20 nm 滤膜过滤的 PBS 的 20 mL 注射器。
  7. 按照步骤 7.8 所述设置泵站参数。
  8. 启动注射泵,分别用独立的 50 mL 离心管收集每个出口的流出液。
  9. 使用 100,000 分子量截留的浓缩管,在 +4 °C 下以 3,000 x g 将每份流出液分别浓缩至 150 µL。
  10. 将浓缩液转移至 0.5 mL 微量离心管中。
  11. 涡旋震荡浓缩样品 30 秒。
  12. 将浓缩样品短暂离心 10 秒。
  13. 将样品分装,每管转移 25 µL,标记后于 -80 °C 冻存,用于长期保存。

10. 使用超速离心法分离细胞外囊泡

  1. 使用固定角转子离心机,在 +4 °C 条件下以 100,000 x g 离心 20 mL 尿液或条件培养基 70 分钟。
  2. 弃去上清液,并将沉淀重悬于 20 mL 经 20 nm 滤膜过滤的 PBS 中。
  3. 再次离心,操作同步骤 10.1 所述。
  4. 弃去上清液,并将沉淀重悬于 12 mL 经 20 nm 滤膜过滤的 PBS 中。
  5. 使用水平转子,在 +4 °C 条件下以 100,000 x g 离心 70 分钟。
  6. 弃去上清液。
    注意:此次弃去上清液时需格外小心,建议使用移液器操作。
  7. 将沉淀重悬于 100 µL 经 20 nm 滤膜过滤的 PBS 中。
  8. 分装样品后,进入第 12 节进行细胞外囊泡(EV)表征;否则,将样品储存于 -80 °C 待后续使用。

11. 使用尺寸排阻色谱法(SEC)分离EVs

  1. 使用100 kDa分子量截留值(MWCO)离心过滤装置,在+4 °C、3,000 x g条件下离心15分钟,将20 mL尿液或条件培养基浓缩至500 µL。
  2. 将浓缩液转移至尺寸排阻色谱柱(SEC柱,上样范围35 nm)。
  3. 将经20 nm滤膜过滤的PBS加入色谱柱,并收集15个0.5 mL的组分。
  4. 按照制造商说明书,使用动态光散射(DLS)系统分析各组分。
  5. 合并选定的组分;选择衰减系数低于11且大于40 nm的颗粒占总颗粒数至少30%的组分。
  6. 使用3 kDa分子量截留值(MWCO)离心过滤装置,在+4 °C、14,000 x g条件下离心15分钟,将选定组分浓缩至100 µL。
  7. 分装样品,并进入第12节进行细胞外囊泡(EV)表征;否则,储存于-80 °C备用。

12. 细胞外囊泡表征

  1. 从冷冻柜中取出待测样品,并在冰块上或 +4 °C 条件下缓慢解冻。
  2. 进行纳米颗粒追踪分析(NTA)以测定颗粒大小分布及数量13。采用高亲和力T细胞膜蛋白4(TIM-4)双夹心酶联免疫吸附测定法(dsELISA)14,确认样品中外泌体(EV)的存在。

13. 纳米颗粒跟踪分析(NTA)

  1. 将解冻的EV样本涡旋振荡30秒,离心10秒,然后取1 µL转移至含有999 µL经20 nm滤膜过滤的PBS的2 mL微量离心管中,进行1000倍稀释。另保留1 mL用于稀释的PBS,以检测其中是否含有颗粒物。将所有样品在测量前储存于+4 °C。
    注意:使用前需将PBS通过0.02 nm滤膜过滤。
  2. 将EV样本或空白对照涡旋振荡30秒,用注射器将其注入检测模块。向模块中加入约0.7 mL样本,并将其放入仪器中。
  3. 按照仪器制造商的操作说明,使用纳米颗粒分析仪对样本进行测量。

14. 针对EV标志物的双抗夹心ELISA

  1. 配制浓度为 1 µg/mL 的 TIM4-Fc 蛋白溶液。向每个所需孔中加入 100 µL 溶液,于 +4 °C 摇床中以 200 RPM 振荡孵育过夜。
  2. 次日,配制洗涤液(1× TBS + 0.05% Tween20 + 2 mM CaCl2)。
  3. 弃去各孔中的全部液体。向每孔加入 200 µL 洗涤液,在室温下以 200 RPM 振荡 5 分钟后弃去液体。重复此步骤两次。
  4. 配制封闭液(1× TBS + 0.05% Tween20 + 1% 牛血清白蛋白)。向每孔加入 200 µL 封闭液,室温下以 200 RPM 振荡孵育 1 小时。
  5. 按步骤 14.3 所述方法洗涤各孔。
  6. 在洗涤缓冲液中配制每种样品稀释液各 220 µL(最佳 EV 浓度为 2.7 × 105 EVs/µL)。每孔加入 100 µL 稀释后的样品,设置两个重复孔。室温下以 200 RPM 振荡孵育 90 分钟。
  7. 按步骤 14.3 所述方法洗涤各孔。
  8. 向每孔加入 100 µL 对应的一抗抗体。使用适当的 EV 标记物以确认 EV 及污染物4。室温下以 200 RPM 振荡孵育 2 小时。注意:若使用二抗抗体,则重复步骤 14.7–14.8,但将二抗抗体的孵育时间缩短至 1 小时。
  9. 按步骤 14.3 所述方法洗涤各孔。
  10. 向每孔加入 100 µL 辣根过氧化物酶底物,混匀 1 分钟后,室温孵育 30 分钟。
  11. 向每孔加入 1 M H2SO4 以终止反应。
  12. 使用酶标仪在 450 nm 波长下测定吸光度。

结果

我们采用3D打印的双负模(图1),通过软光刻技术(图2A)制备了一种微流控装置,用于基于分支场流分离(bifurcated A4F)原理的高通量EV分离(图2BC)。该装置需要配备泵和流通池站(图3),以实现EV的自动化分离。首先,为验证该装置的概念可行性,我们制备了直径分别为100 nm和1000 nm的聚苯乙烯微球混合物,分别代表囊泡和细小细胞碎片10。对微球混合物在有无分支流条件下,以不同流速进行了实验,以研究线性流速对分离效率的影响。在所有实验中,小尺寸微球的回收率始终保持稳定且高于90%10,表明该装置在EV回收方面具有良好的潜力。

随后,我们评估并比较了 COC-OSTE 装置从复杂生物流体中无需过多预处理即可分离大量(>1 mL)外泌体(EVs)的潜力。为此,采用来自10名健康供体的尿液(图4)以及两种不同前列腺细胞系的细胞培养上清液(图5)作为样本模板,同时采用三种不同方法平行分离 EVs:超速离心法(UC)、尺寸排阻色谱法(SEC)以及基于 A4F 微流控技术的 OSTE-COC 装置。分离后,采用纳米颗粒追踪分析(NTA)测定颗粒总数及其粒径分布。平均而言,与 UC 相比,OSTE-COC 装置从生物流体中回收的总颗粒数更高;但仅当合并两个出口的颗粒数时,差异才具有统计学意义(图4A)。为与其他系统进行性能比较,应将 R 与 L 出口合并考虑。如 图4 所示,L 与 R 出口联合回收 EVs 的性能优于 UC 和 SEC。其中,L 出口设计用于捕获小尺寸 EV 组分,而 R 出口则用于收集较大尺寸 EV 组分及其他尺寸相近的分子。有趣的是,使用 OSTE-COC 装置的 R 出口进行回收的效率略高于单独使用 SEC 或 UC(图4A)。CD63 表达水平也呈现出类似趋势(图4C)。该结果表明,OSTE-COC 装置在总 EV 回收方面更具效率。除 UC 外,不同方法获得的 EV 粒径分布相似,而 UC 的粒径分布更偏向较大颗粒(图4B)。

在细胞培养基培养中也观察到了类似的结果。在两种情况下,与SEC或UC方法相比,该装置两个端口的总颗粒回收率均表现出更优的性能(如图5AB所示)。值得注意的是,源自PC3细胞的EVs表现出独特的粒径分布特征,与其他实验组相比,L-PORT端口的分布更为均一(图5CD)。此外,对CD63表达的分析进一步证实了使用COC-OSTE装置可实现更高的EV回收率(如图5EF所示)。本研究中所比较的不同方法在分离特性方面的总结见表1

微流控装置示意图,包含设计尺寸,用于流体控制和芯片实验室实验。
图1:3DP 蛇形双负模具的尺寸与等距视图。 请点击此处查看此图的放大版本。

微流控器件制备;PDMS,OSTE/COC工艺;分离腔示意图;细胞碎片,EVs。
图2:COC-OSTE微流控器件。A)OSTE-COC器件制备主要步骤示意图。(B)器件工作原理。(C)完成器件的图像。比例尺:15 mm。本图经Priedols等10和Bajo-Santos等20许可修改。请点击此处查看此图的放大版本。

带有自动进样器的色谱系统;分析化学实验室实验装置。
图3:装置的实验配置。 注射泵位于左侧,OSTE-COC装置位于中间,回收站位于右侧。该图已获许可修改自 Priedols 等人10 和 Bajo-Santos 等人20请点击此处查看此图的放大版本。

使用条形图和箱形图进行颗粒分析,显示分布、大小和CD63表达水平。
图4:采用超速离心法(UC)、尺寸排阻色谱法(SEC)和COC-OSTE装置从10名供体尿液中分离的细胞外囊泡(EV)的粒径分布及颗粒回收率。A)通过纳米颗粒追踪分析(NTA)测定各分离方法回收的颗粒数量。数据以均值±标准差表示。统计学显著性以 * 表示(p<0.05)。(B)箱形图显示通过NTA评估的所有尿液样本中平均颗粒尺寸分布,须线表示最小值和最大值。P值来源于与UC组的比较,**** 表示高度显著性(p<0.0001)。(C)采用双夹心酶联免疫吸附测定法(dsELISA)评估各分离方法回收样本中CD63的平均含量,并计算其在所有样本中的中位数与范围。L-port:左端口;R-port:右端口。本图经Bajo-Santos等20许可修改。请点击此处查看该图的放大版本。

颗粒分析图;总数量、大小及CD63表达水平;PC3与LNCaP比较。
图 5:采用不同方法从PC3和LNCaP细胞中分离的细胞外囊泡(EVs)的表征结果。A)通过纳米颗粒追踪分析(NTA)测定的从PC3培养基中回收的颗粒数量,以均值±标准差表示。(B)通过NTA测定的从LNCaP细胞培养基中回收的颗粒数量,表示为均值±标准差。(C)通过NTA测定PC3培养物来源EVs的中位颗粒尺寸分布及其范围。(D)从LNCaP培养物中分离的EVs的中位尺寸分布及其范围。(E)采用双夹心酶联免疫吸附测定法(dsELISA)检测每种分离方法获得的PC3细胞系来源EV中CD63表达的中位值及范围。(F)每种分离方法获得的LNCaP来源EV中CD63表达的中位值及范围(通过dsELISA测定)。UC:超速离心;SEC:尺寸排阻色谱;L-port:左端口;R-port:右端口。本图经Bajo-Santos等20许可修改。 请点击此处查看此图的放大版本。

UCSECCOC-OSTE
每样本处理时间++/+++++++
通量++++++
每样本成本++++++
纯度++++++
自动化程度++++++
EV 得率+++++++
尺寸选择性+++++

表1. 三种方法(UC、SEC和COC-OSTE装置)分离EVs特性的比较。 UC:超速离心;SEC:尺寸排阻色谱;COC-OSTE:环烯烃共聚物-非化学计量硫醇-烯。+:低;++:中;+++:高。* 取决于装置。

讨论

本文介绍的微流控装置为从生物液体中分离和提取细胞外囊泡(EVs)提供了一种颇具前景的方法,解决了现有金标准方法(如超速离心法UC和尺寸排阻色谱法SEC)的一些关键局限性12。已知UC和SEC方法操作繁琐、耗时较长,且产率较低,因此在需要大量EVs的高通量应用中适用性较差21,22。相比之下,所描述的微流控装置能够以极少的人工干预连续处理多达20 mL的生物液体,有望成为工业或临床环境中的变革性工具。该微流控装置的一个关键优势在于,相较于涉及人工操作的传统方法,它能够实现EV分离过程的标准化并提高可重复性。通过大规模生产减少EV分离装置制造过程中的变异性,可更有效地控制装置性能并保持一致性,这对于基于EV的治疗和诊断应用至关重要。此外,该装置可通过适合的基材进行反应注塑成型,兼容大体积制造,进一步增强了其在规模化生产和广泛应用方面的潜力。

为了确保可重复性和稳定的性能,必须制定详尽且明确的实验方案,以规范芯片的制备及其在实验中的使用。该芯片在设计时已考虑工业化生产的可行性。然而,在实验室环境中进行器件制备时,需特别注意避免气泡的产生,确保键合精确且牢固,并在高于实际实验预期的流速下进行充分测试。这一预防措施对于COC-OSTE器件尤为重要,因为若键合不成功,尤其是在较高流速下,器件容易发生泄漏。此外,由于OSTE是一种光敏材料,器件制备过程应在黄光环境下进行,以避免不必要的紫外光暴露。由于该技术仍处于初期发展阶段,研究人员应尝试不同的流速,以确定其特定应用下的最佳参数设置,因为目前尚未建立针对这一新型方法的标准化操作流程,且根据我们的结果,液体黏度会显著影响EV的分离效率。遵循这些指导原则并解决标准化方面的挑战,将有助于充分发挥该微流控器件在各类科研领域和应用中的潜力。

利用微流控装置分离细胞外囊泡(EV)的方法具有高度可调性和可优化性,便于针对性能进行广泛改进和故障排查。为提高颗粒分离效果,研究人员可尝试更长的通道、不同孔隙率和孔密度的膜材料,以及调整通道尺寸。若小颗粒出口处出现大量大颗粒,可尝试提高缓冲液入口流速;而若大颗粒出口中混有较多小颗粒,则建议尝试更长的通道或使用孔径更大的膜。针对颗粒吸附问题,可通过调节流速、表面修饰、调整OSTE材料组分或改变紫外光曝光时间来解决。对于存在不稳定或泄漏问题的装置,降低流速并确保正确粘合是关键步骤。为尽量减少EV的损伤,研究人员可降低流速、在装置灭菌后更彻底地用PBS洗涤,并考虑采用更小孔径的膜或改进模具设计技术与材料。通过上述优化措施,可对微流控装置进行精细调节,充分释放其在EV研究及相关领域中的广泛应用潜力。此外,为优化装置性能,可在上游对样品进行表征,包括密度和黏度测定,以相应调整流动参数。同时,必须特别关注样品本身的性质,因为生物流体本身已被证实不具备无菌性23。 因此,在临床应用中使用前,应对样品进行灭菌处理予以充分考虑。

尽管存在这些挑战,微流控装置在各个研究领域仍具有巨大的潜力。该装置能够从大量高度异质的样本中持续分离细胞外囊泡(EVs),为自动化创造了条件,有助于实现高通量应用,并推动对来自多种来源的EVs进行更深入的分析。将这一微流控模块整合到不同的设备中,例如中空纤维细胞生物反应器 cartridge 或高分辨率流式细胞仪,可使EVs的应用更贴近工业需求,并推动药物递送、诊断学和化妆品等领域的创新4。总体而言,这一微流控装置代表了EVs研究领域的重要进展,为EVs的分离提供了一种高效且标准化的方法,在广泛的科研和工业应用中展现出广阔前景。

披露

A.A.、G.M. 和 R.R. 是 Cellbox Labs, LLC 的创始人、董事会成员及股权持有者

致谢

感谢所有参与本研究的捐赠者,以及拉脱维亚基因组数据库工作人员提供的样本。拉脱维亚大学固体物理研究所作为卓越中心,获得了欧盟“地平线2020”框架计划H2020-WIDESPREAD-01-2016-2017-TeamongPhase2(资助协议编号739508)项目CAMART2的资助。本研究得到了拉脱维亚科学委员会项目No. lzp-2019/1-0142和项目No. lzp-2022/1-0373的支持。

材料

本文使用的材料清单
姓名公司目录编号评论
0.1 µm 羧酸盐 FluoSpheresInvitrogen#F8803储存浓度:3.6 x 1013 个微珠/毫升(依批号而定)
0.5 mL 微型离心管Starstedt72.704
1 mL 鲁尔锥形注射器,一次性使用,不带针头射线TUB1ML
1.0 µm 多苯乙烯荧光微球Invitrogen#F13083储存浓度:1 × 10¹⁰ 个微珠/毫升(依批号而定)
10 mL 血清移液管Sarstedt86.1254.001
15 mL(100k)Amicon Ultra 离心滤器默克密理博UFC910024
2.0 mL 蛋白质低吸附管Eppendorf30108132
20 mL 注射器BD PlastikPak10569215
250 µm ID 聚醚醚酮管达尔文微流控CIL-1581
3 kDa 截留分子量离心过滤装置默克密理博,UFC200324
5 mL 医用注射器(无针头)安徽宏宇五洲医疗159646
50 mL 一次性离心管Sarstedt62.547.254
70 Ti 固定角转子超速离心机贝克曼库尔特337922
800 µm ID 聚四氟乙烯管达尔文微流控LVF-KTU-15
96孔微孔板,平底,中等结合力Greiner Bio-One655001ELISA 板
B-27添加剂(50倍浓度),无血清赛默飞世尔科技17504044
牛血清白蛋白SigmaAldrichA7906-100G
COC Topas 显微镜载玻片平台微流控芯片店10000002
COC Topas 显微镜载玻片平台 2 x 16 Mini Luer 微流控芯片店10000387
Elveflow OB1 压力控制器Elvesys 集团
鲁尔接头达尔文微流控 CS-10000095
Suss MA/BA6 掩模对准器SUSS MicroTec 集团
Mixer Thinky ARE-250Thinky Corporation
NanoSight NS300马尔文帕纳科NS300纳米颗粒分析仪 
光学显微镜 Nikon Eclipse LV150NNikon Metrology NV
OSTE 322 水晶透明Mercene Labs
PBS片剂,无钙/无镁,Fisher Bioreagents,100 gFisher ScientificBP2944-100
PC膜(50 nm孔径,11.8%密度)it4ip 股份有限公司,比利时,鲁汶-拉-讷夫
无菌培养皿Sarstedt82.1472.001
等离子体灰化仪 GIGAbatch 360 MPVA TePla America, LLC
qEVoriginal/35 nm 柱IzonSP5SEC柱
QSIL 216 硅胶弹性体试剂盒PP&S
树脂增韧型黑色Zortrax
SW40 Ti 摆动转子超速离心机Beckman Coulter331301
注射泵DK InfusetekISPLab002
T175 悬浮培养瓶Sarstedt83.3912.502
TIM4-Fc 蛋白Adipogen LifeSciencesAG-40B-0180B-3010
TMB(3,3',5,5'-四甲基联苯胺)SigmaAldrichT0440-100ML辣根过氧化物酶底物
Tween20SigmaAldrichP1379-100ML
Optima L100XP 超速离心机贝克曼库尔特
超声波清洗仪 P 60 HElma Schmidbauer GmbH
通用微孔板分光光度计Bio-Tek 仪器71777-1
尿液采集杯,150 mL,无菌APTACA2120_SG
Whatman Anotop 25 注射器滤器SigmaAldrich68092002
Zetasizer Nano ZS马尔文帕纳科动态光散射(DLS)系统 
Zortrax InkspireZortrax

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