我们介绍一种基于玻璃器皿的半水培实验系统,该系统可支持多种系统发育上不同的植物在有或无微生物条件下的生长。该系统适用于不同的生长培养基,并允许对根系分泌物进行非破坏性取样,用于后续分析。
方法文章
我们介绍一种基于玻璃器皿的半水培实验系统,该系统可支持多种系统发育上不同的植物在有或无微生物条件下的生长。该系统适用于不同的生长培养基,并允许对根系分泌物进行非破坏性取样,用于后续分析。
根系分泌物塑造了植物-土壤界面,在养分循环中发挥重要作用 ,并调节植物与土壤生物之间的相互作用。根系分泌物具有动态性,受生物、环境和实验条件的影响。由于其种类繁多且浓度较低,准确测定分泌物谱型具有挑战性,尤其在自然环境中,其他生物的存在会转化植物来源的化合物并自身产生新的化合物,使分析更加困难。本文介绍的半水培玻璃罐实验系统可有效控制生物、环境和实验因素,支持多种系统发育上不同的植物物种生长数月之久,可选择性地在有或无微生物的条件下进行,并适用于多种不同的培养基。基于玻璃的设计具有较低的代谢物背景干扰,检测灵敏度高,且对环境影响小,可重复使用。该系统可非破坏性地采集分泌物样品,并可根据需要在实验过程中调整实验条件。该装置适用于质谱分析及其他下游分析方法。总之,我们提出了一种多功能的植物培养系统,适用于多种条件下高灵敏度的根系分泌物分析。
在密集的土壤环境中,根际构成了一个富含碳的生态位。植物根系通过释放高达20%的同化碳塑造了这一区域,并孕育了与周围土壤微生物组明显不同的微生物群落1,2,3,4,5,6。随着研究人员日益关注根际相关微生物的有益功能及其在可持续农业中的应用潜力7,这一现象(常被称为根际效应)已成为科学界日益关注的焦点。然而,迄今为止,植物与微生物之间被认为驱动根际效应的化学对话仍知之甚少,因此,农业中可靠微生物解决方案的机制性理解仍然有限8,9,10。
在土壤环境中,根系分泌物中的代谢物极易被土壤颗粒吸附,并迅速被微生物群落周转,因此解析这些分泌物并非易事,尤其对于具有细根系统的植物种类(如模式植物 Arabidopsis thaliana)更是如此11。 正因如此,在大多数研究中,根系分泌物通常从水培系统中采集。在这些微宇宙系统中,植物的地上部分通过定制的植株固定装置,或更简单的材料(如尼龙网、琼脂和玻璃珠)加以固定。所使用的容器种类多样,包括培养皿、多孔板,以及各种带或不带通气滤膜的定制或商用培养盒12,13,14,15,16,17,18,19。根据具体系统不同,植物生长条件差异显著,在不同程度上反映自然环境状况。
本文介绍一种基于玻璃器皿的半水培系统,该系统易于开展实验操作,且实验结果具有高度可重复性。该系统组装和使用简便,所用材料均为常规易得物品。该系统采用装有玻璃珠的玻璃瓶作为基础,充分利用了玻璃器皿可重复使用且非特异性结合特性低的优点(图1)。玻璃珠为植物生长提供物理支撑,并模拟机械阻抗,与传统水培系统相比,有助于形成更接近土壤环境的根系结构19,20,21。若接种微生物,玻璃珠表面还可为细菌附着提供位点。
玻璃罐可封闭以保持无菌状态,系统设计允许有足够的顶空和空气流通,避免形成高湿度饱和环境。这些玻璃罐适用于多种植物物种的长期生长,并可通过使用不同尺寸的玻璃罐进行放大或缩小。本文展示了六种植物物种的应用,涵盖C3和C4禾本科植物、双子叶植物以及豆科植物。其中包括模式物种A. thaliana (双子叶植物)、Brachypodium distachyon (C3单子叶植物)、Medicago truncatula (豆科植物), 以及作物物种如Solanum lycopersicum(番茄,双子叶植物)、Triticum aestivum(小麦,C3单子叶植物)和Sorghum bicolor(高粱,C4单子叶植物)。所介绍的实验方案包括系统的实验设置、六种植物种子的灭菌与萌发、幼苗移栽至玻璃罐、不同生长培养基的使用、微生物接种、根系分泌物的采集,以及用于分析的分泌物处理过程。
1. 幼苗准备:种子表面灭菌
注意:除非另有说明,种子的表面灭菌及后续所有步骤均须在无菌条件下进行。步骤 1.1 至 1.4 专用于拟南芥(A. thaliana)种子的表面灭菌。其他植物物种在试管规格(取决于种子数量和种子大小)、溶液处理时间以及灭菌溶液方面存在不同方案(表 1)。
2. 幼苗制备:将已萌发的种子转移至新鲜培养板
注意:以下步骤仅适用于 A. thaliana,其他物种无需执行。
3. 水培系统的准备:培养瓶的搭建
4. 水培系统的准备:幼苗的添加
5. 根系分泌物的收集
6. 质谱分析用根系分泌物的处理
本文介绍的实验系统可控制影响根系分泌物谱的实验和环境因素。我们在两个不同的实验室中,比较了拟南芥(A. thaliana)在不同光照条件、植株年龄和种植密度下的生长情况(图3)。在不同实验室中,植株均表现出健康的生长状态(图3A、B)。短日照条件(10小时光照 vs. 16小时光照,图3)下植株的根系生物量高于长日照条件(图3C、D)。同样,在长日照条件下所有植株的总根系生物量也小于短日照条件下的植株(图3C)。总体而言,在不同实验室中,罐内及罐间植株生长的变异性均较低。
玻璃罐系统适用于多种植物物种和发育阶段。在我们的实验条件下,根系分泌物分析的终点通常为21天,因为此时许多植物物种尚未进入生殖阶段,而正处于成熟的营养生长期(图4A-E)。植物可轻松从实验系统中取出,且根系无可见损伤,因此测定组织重量或将组织用于后续分析均十分简便。其中,小麦的地上部分重量最高,其次是高粱和番茄;高粱的根系重量最高,其次是小麦和M. truncatula。不同物种间的根冠比存在差异。总体而言,组织重量介于100 mg至800 mg之间。
允许收集根系分泌物的实验系统的一个核心特点是可在受控环境中接种微生物,以研究植物与微生物之间的相互作用。所介绍的实验系统即使经过多次操作仍可保持无菌状态(参见图5中的“对照”条件),并且能够添加并长期维持细菌的存在。当33天龄的A. thaliana植株接种了OD600为0.004的共生细菌混合液后,细菌在12天内持续存在,这与整个实验的持续时间一致(图5)。培养基中的菌落形成单位甚至增加了100倍,并且细菌成功定殖于根部(图5C)。接种细菌的植株表型与无菌植株无法区分(图5A、B)。
本实验系统可在多种实验条件下实现渗出物的收集。本文展示了从同一植株连续收集的A. thaliana Col-0根系渗出物谱,收集溶剂分别为乙酸铵或水(图6A)。渗出物收集后于-80 °C保存,按根重归一化后采用质谱分析。含有植株的培养瓶样品通过实验对照(不含植株的培养瓶)进行过滤排除背景干扰。在检测到的2,163种代谢物中,436种(20.16%)信号高于背景值,被保留用于后续分析。其中,416种(占95%)化合物在不同实验条件下表现出显著丰度差异。然而,有26种代谢物无法归类至任何已知化合物类别,因此未予定义。大多数代谢物(406种,占98%)在以水收集的渗出物中丰度更高。连续依次使用乙酸铵和水收集渗出物的操作可能影响渗出谱型,因为代谢信号可能随时间稀释。然而,几乎全部在第二时间点以水收集的样品中渗出信号更高,这一结果并不支持上述假设:纯水收集很可能对植物造成渗透冲击,从而导致代谢物丰度升高,相比之下,使用与生长溶液等渗的溶剂(20 mM乙酸铵与0.5x MS培养基等渗)收集时则无此效应。对两种生长条件下鉴定出的化合物化学类别分析显示,大多数化合物为有机酸及其衍生物(28.6%),其次为含氧有机化合物(18%)、杂环有机化合物(14.2%)和脂类(13.2%)。仅一小部分代谢物属于苯丙素类和聚酮类(8.7%)以及苯类化合物(6%)。含氮有机化合物、核苷、有机硫化合物、生物碱、木脂素及相关化合物占已分类化合物的2%至0.5%(图6B)。此处所示的代谢物分布与先前使用其他类型根系渗出物收集系统所发表的数据一致24。

图1:玻璃广口瓶装置。(A)装有玻璃珠的广口瓶。(B)准备进行高压灭菌的装有玻璃珠的广口瓶。(C)广口瓶中的幼苗(俯视图)。(D)广口瓶中的幼苗(俯视图),使用1.25 cm 微孔胶带封口。(E)广口瓶中的幼苗(侧视图),使用1.25 cm 微孔胶带封口。(F)广口瓶中的幼苗(侧视图),使用1.25 cm 微孔胶带和瓶盖封口。(G)完整的广口瓶装置(侧视图),幼苗置于瓶中,使用1.25 cm 微孔胶带、瓶盖以及2.5 cm 微孔胶带密封。(H)完整的广口瓶装置(俯视图)。(I)植株生长21天,已达到收获状态(俯视图)。广口瓶尺寸:高度147 mm,直径100 mm。请点击此处查看该图的放大版本。

图 2:在生长室中,0.5x Murashige 和 Skoog 培养基琼脂平板上表面灭菌的幼苗。 (A)Arabidopsis thaliana(6 天龄),(B)Brachypodium distachyon(6 天龄),(C)Medicago truncatula(6 天龄),(D)A. thaliana(18 天龄)。琼脂平板尺寸为 120 mm × 120 mm。请点击此处查看此图的放大版本。

图3:Arabidopsis thaliana Col-0 植株在短日照和长日照条件下培养于培养罐中。(A)培养罐中含有三株33天龄的植株,生长于短日照条件(10小时光照/14小时黑暗,光照强度220 µmol m-2 s-1,日间温度21 °C/夜间温度18 °C);(B)培养罐中含有五株21天龄的植株,生长于长日照条件(16小时光照/8小时黑暗,光照强度150–160 µmol m-2 s-1,日间温度22 °C/夜间温度18 °C)。根重结果:(C)一个培养罐中所有植株的总根重,以及(D)单株植株的根重。** 表示 t 检验的显著性差异(p < 0.05)。请点击此处查看该图的放大版本。

图 4:无菌玻璃罐系统中第 21 天的五个系统发育上不同的物种。(A)单子叶模式植物 Brachypodium distachyon,(B)豆科模式植物 Medicago truncatula,(C)双子叶植物 Solanum lycopersicum(番茄),(D)双子叶植物 Sorghum bicolor,(E)单子叶植物 Triticum aestivum(小麦)。(F)在玻璃罐中生长的各物种根和茎的鲜重。请点击此处查看该图的放大版本。

图 5:Arabidopsis thaliana Col-0(33天龄)在短日照条件下生长。(A)无菌条件下培养,或(B)接种共生菌群培养12天。(C)无菌(对照)与接种处理组培养基质(左)和根部(右)的菌落形成单位。无菌对照组 n = 4 个培养瓶,接种组 n = 8 个培养瓶。请点击此处查看此图的放大版本。

图6:拟南芥 Col-0 在21天龄时根系分泌物谱的显著差异。 分别在无菌的20 mM醋酸铵溶液(pH 5.7)中收集2小时,随后在无菌去离子水中再收集2小时。通过直接进样法进行质谱检测代谢物。(A)在背景水平以上检测到的436种代谢物的主成分分析(比较含植株的培养瓶与不含植株的培养瓶)。PC:主成分,括号内为解释的方差比例。蓝色:水中收集的分泌物;黄色:醋酸铵溶液中收集的分泌物。(B)在不同实验条件下存在显著差异的416种代谢物的饼图(Tukey检验),按超类(superclass)着色(https://cfb.fiehnlab.ucdavis.edu/)。请点击此处查看此图的放大版本。
| 物种 | 种子预处理 | 70% 乙醇处理时间(分钟) | 次氯酸钠(NaClO)浓度(v/v % 漂白剂) | 漂白剂处理时间(分钟) | ||
| Arabidopsis thaliana | 15 | 无;100% 乙醇 | 15 | |||
| Brachypodium distachyon* | 脱壳 | 0.5 | 6 | 5 | ||
| Medicago truncatula*a | 30 | 6 | 30 | |||
| Solanum lycopersicum* | 0.5 | 6 | 5 | |||
| Sorghum bicolor* | 脱壳 | 0.5 | 6 | 30 | ||
| Triticum aestivum* | 脱壳 | 0.5 | 12 | 20 | ||
表1:多种物种的表面种子灭菌方法。 *在乙醇与次氯酸钠处理之间以及最后步骤中,用过滤去离子水洗涤4-5次;a次氯酸钠处理后孵育3-6小时,每隔30分钟更换一次过滤去离子水。
| 物种 | 移栽至罐中所需天数 | 植株数量 |
| Brachypodium distachyon | 4 至 5 | 3 |
| Sorghum bicolor | 4 至 5 | 3 |
| Triticum aestivum | 4 至 5 | 2 |
| Medicago truncatula | 5 至 6 | 3 |
| Solanum lycopersicum | 7 至 8 | 3 |
| Arabidopsis thaliana | 17 | 3 至 5 |
表2:不同植物物种移栽至培养瓶时的苗龄(天)及每瓶培养的植株数量。
本文介绍的实验系统基于玻璃罐和玻璃珠,因此提供了一种简单、低维护且用途广泛的半水培系统,可用于在多种情境下研究根系分泌物。该系统已应用于不同植物物种分泌特征的研究25、分泌作用对不同生长条件响应的研究25,以及土壤理化性质对分泌作用影响的研究22。该系统适用于本文测试的所有植物物种,支持从数周到数月不等的长期生长。维持无菌条件操作简便,接种细菌也易于实现,且细菌可在为期2周的分析生长期内持续存在。因此,该实验系统不仅可在无菌条件下实现对根系分泌物的可控收集,还可用于研究植物与微生物之间的相互作用。此外,可通过改变植物生长培养基来研究植物对不同养分水平的代谢响应,也可通过调整光照条件或使用不同尺寸的玻璃罐来调节生长周期。
在水培或半水培条件下研究根系分泌物仍是该领域的常规方法 ,主要原因是此类方法能更有效地检测低浓度代谢物11。许多水培方法依赖于培养皿、多孔板或其他小型容器,这些容器可实现无菌环境和高通量操作,但限制了实验对象仅能使用在高湿度环境中生长的小型植物或幼苗17,18,26,27。在本研究所述的玻璃罐装置中,由于使用了相对较大的玻璃罐,提供了充足的顶部空间,从而支持植物长期生长。微孔透气胶带条确保气体交换的同时维持无菌状态。因此,即使如大麦和玉米等高大的单子叶植物,也可在该玻璃罐装置中生长数周。拟南芥(A. thaliana)和三叶草等小型植物在萌发后可连续培养并研究长达4至5周,涵盖营养生长和生殖发育阶段。
对于较大的植物,也可采用其他水培装置,但这些装置通常需要使用网状材料、泡沫板和嫁接篮等定制的盒子和进液口来支撑植物15,28,29,30。此外,这些设备通常无法实现无菌设置,或者需要复杂的安装和维护程序,以防止微生物和/或化学污染。本文所介绍的实验系统在无菌条件的建立与维持方面操作简便。此外,使用玻璃材质的罐子和珠子可减少塑料中污染物的溶出,并且由于可轻松清洗和重复使用,有助于节约资源。
玻璃珠此前已被用于模拟土壤颗粒,在根系分泌物采样装置(如分泌物捕获装置31 )或其他半水培系统19中诱导自然的根系发育。玻璃罐装置利用了这一进展,并将玻璃珠引入作为微生物定植的表面。在土壤中,植物根际微生物组在半固态环境中演化,其中致密的颗粒之间充满空气或水的空隙。尽管玻璃罐装置未对生长基质进行主动通气,导致下层液相可能缺乏充足的氧气,但较大的玻璃珠体积与较小的培养基体积相结合,形成了一个湿润且通气良好的上层环境,使微生物能够在有氧条件下生长。其他研究者曾提出通过振荡培养容器26,28 或使用连接空气泵的管路19,29 来维持水培系统中的供气。然而,这些系统要么设计上无法保持无菌状态,要么需要特殊材料和持续监控以维持无菌条件。此外,在振荡的情况下,还需格外注意避免植株地上部分浸入培养液以及根系受损。尽管如此,如有需要,本文所介绍的实验装置也可通过添加通气材料进行改进。
在研究植物-微生物互作代谢过程的所有研究中,一个关键的考虑因素是微生物会降解植物来源的化合物,并自身产生代谢物。若无专门的无菌实验装置,则无法区分植物来源与微生物来源的代谢物。为了抑制微生物活性并富集植物来源的化合物,Oburger 等人提出通过化学方法对根系分泌物采集溶液进行灭菌,以抑制细菌降解32。在本实验体系中,可进一步研究化学抑制剂的作用,通过比较经或未经抑制剂处理的无菌植物与非无菌植物的分泌谱,来评估其效果。
本文所述玻璃罐装置的一个主要局限性在于,其生长条件与土壤环境相比仍非常人工化。在土壤中生长的植物所释放的渗出物,通常通过渗滤系统收集13,即在生长容器底部收集溶剂渗出液;或者通过土壤-水培复合系统收集,其中植物先在土壤中生长,随后转移至水培条件下16,33。与玻璃罐装置不同,这些方法通常具有破坏性,无法在变化的生长环境中对同一植株进行多次连续取样。此外,在渗滤系统中,土壤本底物质会与渗出物一同被采集;而在土壤-水培复合系统中,通过将植物转移至水培条件来收集渗出物,可避免高背景土壤代谢物的干扰。尽管已有研究采用恢复期以减少因根部损伤导致的代谢物泄漏11,但植株转移过程本身具有高度干扰性,根部伤口可能持续存在,且植物代谢可能因转入水培环境而发生改变。此外,在许多情况下,将植物直接转移至水中而非适宜的生长溶液,会引发渗透冲击16,33。在本方案中,通过更换为等摩尔浓度的生长溶液以维持渗透平衡,仍可在短时间内、明确的时间窗口内有效捕获渗出物。更换生长溶液是许多已发表研究中的常规操作,在水培系统中可轻松实现且无需造成根部损伤12,16,26,34。由于该实验系统具有高度可调性,可轻易改造以模拟更接近自然的条件,例如使用无菌或非无菌的土壤提取物作为生长溶液,并可选择性地添加固体土壤颗粒。逐步向自然条件靠拢的方式,有助于研究不同理化土壤特性及微生物存在对植物代谢和生理的影响。在科学界尚未充分理解不同环境下植物渗出行为之前,建议并行使用基于土壤和水培的系统,因为这两种装置各有优势与局限性13。
综上所述,本研究所提出的半水培式、基于玻璃的实验装置因其结构简单且应用高度灵活而具有显著优势。该方法提供了一种经济、便捷的途径,可在无菌条件下或结合微生物及植物-微生物相互作用的情况下收集和研究分泌物。
作者声明无利益冲突。
我们感谢瑞士苏黎世联邦理工学院的Nicola Zamboni教授和Uwe Sauer教授提供直接进样法测定的根系分泌物谱型,以及巴塞尔大学的Klaus Schläppi教授提供拟南芥(A. thaliana)共栖细菌。此外,我们感谢瑞士国家科学基金会(项目编号PR00P3_185831,授予J.S.,用于支持S.M.、A.S.、E.M.S.)以及PSC-先正达博士后 fellowship 项目(授予Klaus Schläppi教授和J.S.,用于支持C.J.)。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 细菌学用琼脂粉 | VWR | 20767.298 | |
| 铝箔 | FORA GmbH | ||
| 乙酸铵 | Sigma-Aldrich | 32301-1KG | ACS试剂,Eur >- 98% |
| 高压灭菌器 VX-150 | Systec | 1150 | |
| 天平 | Sartorius | QUINTIX64-1S | |
| 离心机 | Hermle Labortechnik GmbH | 305.00 V05 | |
| 比色皿 | Greiner Bio-One | 613101 | |
| Difco LB 培养基,Lennox 型 | BD | 240210 | |
| 乙醇 | Reuss-Chemie AG | RC-A15-A-005L | |
| 过滤去离子水 | Merck Millipore | Milli-Q IQ7000 | |
| 玻璃珠 | Carl Roth | HH56.1 | 5 mm |
| 盐酸 | Merk | 1.00317.1000 | |
| 接种环 | Karl Hammacher GmbH | HWO_070-21 | |
| 广口瓶 | Weck | 105741 | 850 mL |
| 冷冻干燥机 | Christ | Alpha 2-4 LSCplus | |
| 六水合氯化镁 | Carl Roth | 2189.1 | |
| Matrix Orbital 恒温振荡器 | IKA | 10006248 | |
| 微量离心管 | Sarstedt AG & Co. KG | 72.695.500 | SafeSeal 反应管,2 mL,聚丙烯材质 |
| 微孔胶带 | 3M | 1530-0 | 1.25 cm x 9.1 m |
| 微孔胶带 | 3M | 1530-1 | 2.5 cm x 9.1 m |
| Murashige & Skoog 培养基 (MS) | Duchefa Biochemie | M0221.0050 | |
| 生长培养箱 | Percival | SE41-TLCU4 | 16小时光照/8小时黑暗,白天22 °C,夜间18 °C |
| 植物琼脂 | Duchefa Biochemie | P1003.1000 | |
| 氢氧化钾 | Sigma-Aldrich | 8.14353.0100 | |
| SmartSpec Plus 分光光度计 | Bio-Rad | 170-2525 | |
| 次氯酸钠溶液,12% Cl | Carl Roth | 9062.4 | |
| 方形培养皿 | Greiner Bio-One | 688102 | 120x120x17 mm,带通气孔 |
| Stericup 快速释放滤器 | Millipore | S2GPU05RE | 0.22 µm PES,500 mL |
| 无菌操作台 | FASTER S.r.l. | FlowFast H 18 |
申请许可以重复使用本 JoVE 文章的文本或图表
申请许可