本文提供了一种人食管类器官及其气液界面培养的实验方案。食管类器官的气液界面培养可用于研究细胞因子对食管上皮屏障功能的影响。
本文提供了一种人食管类器官及其气液界面培养的实验方案。食管类器官的气液界面培养可用于研究细胞因子对食管上皮屏障功能的影响。
食管的鳞状上皮直接暴露于外界环境,持续接触外来抗原,包括食物抗原和微生物。维持上皮屏障的完整性对于预防感染以及避免由无害食物来源抗原引发的炎症至关重要。本文提供了从患者活检组织中建立人源食管类器官和气液界面培养体系的简化实验方案,用于在组织稳态和疾病背景下研究食管的上皮结构。这些方案在过去十年中具有重要的科学意义,首次实现了从患者来源的原代细胞中构建出三维、类器官结构以及气液界面培养模型。这些模型能够在保持供体表型和遗传特性的前提下,于三维环境中研究特定细胞因子、生长因子及信号通路在食管上皮中的功能。类器官可通过细胞因子刺激后的转录组和蛋白质组分析,提供有关组织微结构的信息;而气液界面培养体系则可用于通过跨上皮电阻(TEER)或大分子通量测定来评估上皮屏障的完整性。结合使用类器官与气液界面培养体系,是推动食管上皮屏障功能障碍相关研究的有力工具。
食管炎症会破坏上皮屏障的完整性1,2,3,4,5,这在嗜酸性粒细胞性食管炎(EoE)中已有观察,EoE 是一种以 Th2 为主导的食管慢性炎症性疾病6。EoE 首次描述于 20 世纪 90 年代7,8,主要由食物抗原诱发9,10,11,12,13。成人人群中 EoE 最常见的症状是吞咽困难和食物嵌塞14。在儿童中,EoE 通常表现为生长迟滞、拒食、呕吐和腹痛15。全基因组关联研究(GWAS)已鉴定出参与上皮屏障完整性调控的 EoE 风险基因,使上皮成为 EoE 研究的重点16,17,18。EoE 转录组学进一步揭示,上皮细胞分化过程受损以及反应性基底层增生导致食管上皮屏障功能障碍3,5,19,20,21,22。早期认为 EoE 是一种由 Th2 介导的疾病6,这一认识促使研究发现 IL-13 是通过破坏上皮完整性而发挥驱动作用的关键介质3,4,21,23。实验体系能够将细胞因子介导的上皮完整性影响与遗传易感性导致的内在屏障损伤区分开来,从而为研究 EoE 中免疫细胞与上皮之间的复杂相互作用提供了可能。人源食管类器官和气液界面(ALI)培养系统已被提出作为分析细胞因子刺激对上皮完整性影响的重要工具5。
在2009年首次报道利用小肠Lgr5+成体干细胞(ASC)构建出肠类器官后的五年,才建立了首个生成成体组织特异性干细胞(ASC)来源的食管类器官的实验方案24。DeWard等人率先利用小鼠食管上皮细胞成功生成了类器官25。2018年,Kasagi等人利用永生化的人食管鳞状上皮细胞系EPC2-hTERT以及来源于患者的原代细胞,成功构建了人源食管类器官26。同年,Zhang等人成功构建了诱导性多能干细胞(iPSC)来源的食管类器官,明确了TGFβ和骨形态发生蛋白(BMP)信号通路抑制在食管前体细胞(EPC)发育过程中的重要意义,并揭示了Notch信号通路在复层鳞状上皮分化中的关键作用26,27。Trisno及其同事进一步补充了这些发现,鉴定出Sox2是一种Wnt通路抑制因子,可引导细胞发育命运向食管方向分化28。随后对实验方案、培养基成分及培养条件的不断优化,显著提高了类器官的形成率,并实现了类器官的传代培养以及冻存后的复苏26,29,30,31,32。尽管这些类器官是研究组织结构以及细胞因子刺激后潜在靶基因表达的有力工具,但它们无法用于测量跨上皮电阻(TEER)或大分子通量,而这两项指标是评估上皮屏障完整性的直接参数。正如Sherrill及其同事此前所述22,气液界面(ALI)培养模型可用于模拟上皮细胞分化4 ,并可直接评估上皮屏障的完整性。将患者来源的类器官与ALI培养系统相结合,是研究嗜酸性食管炎(EoE)中组织结构和上皮屏障完整性的有力工具。
以下是分离食管活检组织中活细胞并建立食管类器官和气液界面(ALI)培养物的操作步骤和说明,这些培养物可进一步用于研究细胞因子对屏障完整性的效应。
本研究方案已获得瑞士西北部和中部伦理委员会(EKNZ;项目编号 2019-00273)的批准。所有患者在内镜检查前均签署了书面知情同意书,同意其活检样本用于实验研究。本研究中使用的试剂和设备列于材料表中。
1. 食管类器官患者来源细胞的分离
注意:培养人食管类器官的培养基成分列表见表1。
2. 患者来源类器官培养
3. 用于患者来源的气液界面(ALI)培养的细胞分离
4. 患者来源的气液界面(ALI)培养
5. 跨上皮电阻(TEER)测量
6. 大分子通量
食管类器官将根据所提供的实验方案,由从患者活检样本中提取的原代细胞生长而成,这一过程可通过倒置明场显微镜观察(图1)。在将分离的细胞接种于基底膜提取物(作为支架)后,上皮干细胞(ASCs)在培养的最初两天内开始以自组织方式形成细胞簇。在倒置明场显微镜下可见,细胞簇的大小和数量在第一周内持续增加(图2)。然而,此时细胞簇尚未形成食管类器官典型的洋葱样多层结构。在培养第9天,类器官呈现出明显的洋葱样多层结构,并在中心区域出现逐渐增大的角化核心(图2A)。类器官培养最多可维持21天26。然而,已有研究表明,类器官在第11至第14天之间达到完全成熟并获得最大尺寸。从第11天起,培养过程主要表现为角化程度不断加深,同时代谢活跃的活细胞数量减少5,26。因此,获取用于实验的类器官的最佳时间取决于所需的研究分化阶段,通常在培养第5至第11天之间。
由于不断增大的角蛋白核心会减少存活细胞的数量,类器官在停止生长前最多可传代3次。可根据需要在特定时间点收获类器官,用于RNA或蛋白质提取以分析基因/蛋白表达,或用于组织学检查及生物样本库保存。
气液界面培养和类器官培养的初始细胞分离步骤相同。与类器官培养方案不同,在建立气液界面培养之前,必须对新分离的原代细胞进行扩增。第二次传代后,将原代角质形成细胞接种到Transwell小室上,并在低钙浓度培养基中培养,以诱导单层形成并防止原代角质形成细胞过早分化。48小时后,当形成融合的单层细胞时,将培养基中的钙浓度提高至1.8 mM,从而诱导上皮层的分化和分层。7天后,通过气液界面将多层上皮的顶端暴露于空气中,以诱导角化。气液界面培养通常可维持长达14天(图2B)。通过跨上皮电阻(TEER)测量和大分子通量实验来监测上皮的功能性。本研究中,在来源于原代食管角质形成细胞的气液界面培养、在每个孔底部含有NIH/3T3成纤维细胞饲养层的原代角质形成细胞气液界面培养,以及在每个小室上均含有NIH/3T3成纤维细胞饲养层的原代角质形成细胞气液界面培养中进行了TEER测量(图2C)。

图1:患者来源的食管类器官培养流程。 本示意图展示了样本采集、细胞分离、类器官培养以及患者来源食管类器官潜在实验应用的全过程。请点击此处查看该图的放大版本。

图 2:患者来源的食管类器官的形成与分化。(A)由患者活检组织来源的原代细胞培养的食管类器官的代表性明场图像。(B)由活检组织来源的原代细胞在第14天培养的食管气液界面(ALI)培养物的代表性明场图像。比例尺:50μM。(C)原代食管角质形成细胞在气液界面(ALI)培养中,在指定时间点测得的跨上皮电阻(TEER)值,包括:仅原代角质形成细胞的ALI培养、在每孔底部添加NIH/3T3成纤维细胞饲养层的原代角质形成细胞ALI培养,以及在每个插入物下方角质形成细胞层之下添加NIH/3T3成纤维细胞饲养层的ALI培养。请点击此处查看该图的放大版本。
| 培养基 | KSFM | KSFM-C | |
| 基础培养基 | Keratinocyte-SFM | Keratinocyte-SFM | |
| 添加物 | 青霉素/链霉素 | 1% | 1% |
| 牛垂体提取物(BPE) | 50 μg/mL | 50 μg/mL | |
| 表皮生长因子(EGF) | 1 ng/mL | 1 ng/mL | |
| 氯化钙(CaCl2) | 0.09 mM | 0.6 mM | |
| Y-27632(ROCK抑制剂) | - | 10 μM | |
表1:源自原代细胞的食管类器官培养基。 培养人食管类器官的培养基成分列表。SFM:无血清培养基。
所提供的操作步骤可高效地培养患者来源的类器官和气液界面(ALI)培养物。类器官培养方案借鉴了首个报道人类食管类器官生成的已发表方案26,并参考了近期发表的另一项方案32。Sherill 及其同事已描述了ALI模型22。在研究食管疾病(如嗜酸性食管炎EoE5,26)背景下细胞因子及其他介质对食管上皮屏障的影响时,类器官与ALI培养模型可相互补充、协同应用。
类器官培养方案的一个优势在于其培养过程和细胞培养基成分的简便性。与其他大多需要添加多种昂贵补充剂和生长因子的ASC和PSC相关方案24,25,27,28,33相比,KSFM培养基相对便宜,仅需添加人重组表皮生长因子(hEGF)和牛垂体提取物(BPE)。KSFM是一种为角质形成细胞培养优化的基础培养基,无需使用成纤维细胞饲养层34。必须使用CaCl2 将KSFM中的Ca2+浓度从0.09 mM滴定至0.6 mM,以获得用于类器官培养的KSFM-C培养基。气液界面(ALI)培养所需的Ca2+浓度(1.8 mM)高于类器官模型。较高的Ca2+浓度对于启动角质形成细胞分化至关重要,继而促进食管类器官中典型的多层鳞状上皮的洋葱样结构形成26,34,35,以及ALI培养中的上皮分层22。
在细胞分离过程中,为防止角质形成细胞过早分化、类器官及气液界面(ALI)培养的生成,需避免高浓度 Ca2+。早期分化会降低克隆形成能力,并阻碍类器官的自组织形成,以及未分化角质形成细胞融合单层的建立——后者是 ALI 培养的基础。在细胞分离过程中使用含血清培养基终止胰蛋白酶的酶活性,会因诱导角质形成细胞过早分化而影响类器官的成功生成,其效果类似于在细胞分离过程中使用富含 Ca2+ 的培养基36。因此,建议在活检组织经胰蛋白酶消化后,使用大豆胰蛋白酶抑制剂或其他无血清胰蛋白酶抑制剂来终止酶反应。在培养的前两天,培养基中需添加 Rho 激酶(ROCK)抑制剂 Y27632,以提高克隆形成率。抑制 ROCK 具有抗凋亡作用,可防止角质形成细胞衰老,从而提高类器官形成效率37,38。
建议在40 µL基底膜提取物(BME)液滴中接种约20,000个细胞,以确保类器官培养的良好生长;对于气液界面(ALI)培养,则建议接种150,000至400,000个细胞。适当的细胞接种数量可保证后续转录组学、蛋白质组学和组织学分析所需的足够材料。当使用如人食管上皮细胞系EPC2-hTERT等细胞系时,由于该细胞系表现出更高的类器官形成率,接种细胞数量可适当减少26。这一现象可能归因于细胞系相较于活检来源的原代细胞具有更高的均一性和更佳的细胞周期同步性。永生化的EPC2-hTERT细胞系还保留了其增殖能力,可实现类器官的无限传代。
相反,源自食管活检的人类类器官无法长期培养26,28。完全发育的食管类器官中分裂活跃的活细胞数量减少,且每次传代后类器官形成率逐渐下降26,这表明源自原代细胞的类器官增殖能力丧失是由于前体细胞发生了终末分化和角化。此前尝试通过在培养基中添加Noggin、Wnt3a或A83-01来维持其增殖能力均未成功26,28,32。因此,患者来源的食管类器官的长期生物保藏仍是未来研究中亟待解决的难题。
类器官培养技术的出现带来了新的实验可能性,极大地推动了对嗜酸性食管炎(EoE)中导致上皮改变的关键炎症介质和环境因素的发现5,39,40,41,42然而,必须指出的是,ASC 和 PSC 来源的食管类器官存在局限性,因其无法完全重现食管的所有细胞组分。ASC 来源的类器官仅能重现上皮组分24,26,27,33,而由PSC衍生的类器官可重现上皮、内皮和间充质区室28,43,44然而,目前所有的类器官模型均缺乏免疫微环境。在最近的一项研究中,研究人员利用IL-20细胞因子家族的细胞因子刺激人食管类器官和气液界面(ALI)培养物,以解析嗜酸性食管炎(EoE)中上皮屏障功能障碍的新机制。5结合这两种三维培养模型,可评估上皮屏障完整性的间接和直接指标。未来可能会有更多研究将食管类器官与气液界面(ALI)培养相结合,以阐明特定细胞因子对上皮的影响。尽管该方法通过简化免疫系统与上皮之间的复杂相互作用,有助于揭示特定介质对上皮的功能作用,但其忽略了其他许多可能参与的因素。将类器官与器官芯片技术相结合,可能为克服这一局限性提供解决方案。基于微流控的器官芯片技术能够模拟管状器官的管腔和基底外侧微环境,实现免疫细胞及其他循环和管腔组分的流入与流出,从而可在稳态和疾病状态下研究上皮与免疫细胞之间的相互作用。45,46在器官芯片平台上成功培养出具有完整上皮屏障和功能性跨上皮离子转运的生理极化肾小管类器官47 支持类器官芯片技术在患者来源样本中的扩展应用。此外,通过在管状类器官顶端的微流控通道中引入管腔流,清除脱落的上皮细胞,实现了利用原代细胞来源类器官进行长期培养,展示了类器官芯片技术的另一项进展。46此类进展凸显了该技术在复制方面的潜力 体内 环境 体外.
培养出从上皮结构到包含大多数细胞类型的近乎完整微型器官的三维类器官的能力,促使人们探索其潜在的临床应用5,26,46。尽管近年来已取得显著进展,但在类器官应用于临床实践之前,仍需克服若干障碍。类器官临床转化的一个重大挑战是培养基和支架细胞外基质(ECM)产品中含有动物源性蛋白。虽然目前已存在无动物蛋白的角质形成细胞培养基,且不含牛垂体提取物(BPE)的KSFM变体也已陆续出现,但要开发出在性能和培养效果上与传统ECM产品相当的无动物源性ECM替代物仍更具挑战性。最近,已有研究报道了一种可能具有前景的全化学合成替代方案48。然而,目前尚无任何商业化、无动物来源的ECM产品可供使用。
食管类器官和气液界面培养是研究嗜酸性粒细胞性食管炎(EoE)的重要工具。采用本文所提供的方案进行类器官和气液界面培养,为揭示上皮组分在嗜酸性粒细胞性食管炎中的作用奠定了基础 关键词:食管类器官,气液界面培养,嗜酸性粒细胞性食管炎,上皮细胞,类器官培养,ALI培养5,26,39,41,42,49,50这些方案的简便实施以及三维细胞培养技术的持续进步,有助于实验更接近地模拟 体内 环境,从而提高研究成果的可转化性,并可能逐步减少动物实验。
作者无任何利益冲突需要披露。
J.H.N. 获得的瑞士国家科学基金会(SNSF)资助项目 310030_219210 在无任何限制条件下支持了本稿件的发表。图1 的制作得到了 BioRender.com 的协助。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 1250 µL Griptip - 滤芯吸头 | Integra | 4445 | |
| 300 µL Griptip - 滤芯吸头 | Integra | 4435 | |
| 70 µM细胞滤筛 | Sarstedt | 83.3945.070 | |
| 抗坏血酸 | Sigma-Aldrich(默克) | A4544 | |
| 牛垂体提取物 | Gibco(Thermo Fisher Scientific) | 3700015 | |
| 氯化钙 | Sigma-Aldrich(默克) | 21115 | |
| 用于悬浮培养的细胞培养多孔板 CELLSTAR | Greiner Bio-One | 7.657 185 | |
| Cultrex 基底膜提取物(BME),2 型,Pathclear | R&D Systems(Bio-Techne) | 3532-010-02 | |
| 二甲基亚砜(DMSO) >99.5% 生物科学级 | 卡尔·罗特 | A994 | |
| Dispase I | 康宁 | 354235 | |
| Dispase II | Sigma-Aldrich(默克) | D4693 | |
| 杜氏磷酸盐缓冲液 (DPBS) | Sigma-Aldrich(默克) | D8537 | |
| EVE全自动细胞计数仪 | NanoEntek | EVE-MC | |
| EVE 细胞计数板 | NanoEntek | EVS-050 | |
| Falcon 5 mL 圆底聚苯乙烯试管,带细胞滤网 snap cap | Falcon | 352235 | |
| 异硫氰酸荧光素(FITC)-葡聚糖 | Sigma-Aldrich(默克) | FD4 | 平均分子量 3000-5000 |
| Heraeus - Megafuge 40R | 赛默飞世尔科技 | 75004518 | |
| 人重组表皮生长因子 | Gibco(Thermo Fisher Scientific) | 3700015 | |
| 角质形成细胞无血清培养基 | Gibco(Thermo Fisher Scientific) | 17005042 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco(Thermo Fisher Scientific) | 15140122 | |
| 重组人KGF/FGF-7蛋白 | R&D Systems(Bio-Techne) | 251-KG-010/CF | |
| 15 mL 螺口管 | Sarstedt | 62.554.502 | |
| 单通道 EVOLVE 100-1000 µL | Integra | 3018 | |
| 单通道 EVOLVE 20-200 µL | Integra | 3016 | |
| 1 mL 注射器 | 1134950 | ||
| ThermoMixer C | Eppendorf | 5382000015 | |
| 大豆(Glycine max)胰蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich(默克) | T9128 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | SAFC 生物科学(默克) | 59418C | |
| Y27632 二盐酸盐 | Tocris(Bio-Techne) | 1254 |