在这里,我们提出了一种用于产生和验证缺氧敏感的嵌合抗原受体 (CAR)-T 细胞的方案。该方案介绍了基于慢病毒的缺氧敏感 CAR-T 细胞的产生及其表征,包括缺氧依赖性 CAR 表达和选择性细胞毒性的验证。
Method Article
在这里,我们提出了一种用于产生和验证缺氧敏感的嵌合抗原受体 (CAR)-T 细胞的方案。该方案介绍了基于慢病毒的缺氧敏感 CAR-T 细胞的产生及其表征,包括缺氧依赖性 CAR 表达和选择性细胞毒性的验证。
广泛的研究证明了嵌合抗原受体 T (CAR-T) 细胞疗法在治疗血液系统恶性肿瘤方面的前景。然而,治疗实体瘤仍然具有挑战性,当 CAR-T 细胞攻击表达靶抗原的正常细胞时出现的安全问题就是例证。研究人员已经探索了提高 CAR-T 细胞疗法肿瘤选择性的各种方法。沿着这条路线的一个代表性策略是构建缺氧敏感的 CAR-T 细胞,其设计方法是将氧依赖性降解结构域融合到 CAR 部分,并且仅在缺氧环境 - 肿瘤微环境 (TME) 中实现高 CAR 表达。本文提出了一种产生此类 CAR-T 细胞及其功能表征的方案,包括分析响应移动培养箱建立的不同氧水平的 CAR 表达和杀伤能力变化的方法。预计构建的 CAR-T 细胞将以氧敏感方式展示 CAR 表达和细胞毒性,从而支持它们区分缺氧 TME 和常氧正常组织以进行选择性激活的能力。
嵌合抗原受体 T 细胞 (CAR-T) 疗法代表了癌症治疗的重大突破。自 2017 年美国食品药品监督管理局 (FDA) 批准首个用于治疗晚期/耐药性淋巴瘤和急性淋巴细胞白血病的 CAR-T 疗法以来,1,2,3, 10 种靶向 CD19 或 B 细胞成熟抗原 (BCMA) 的 CAR-T 疗法已在全球范围内获得批准4。然而,尽管进行了广泛的研究,但复制 CAR-T 疗法在治疗血液系统恶性肿瘤方面的显着疗效对于其在实体瘤中的应用仍然具有挑战性 5,6,7,8。
免疫抑制性肿瘤微环境 (TME) 是 CAR-T 在实体瘤环境中疗效不佳的主要因素。由于营养不足、缺氧、酸性 pH 值和代谢废物的积累,TME 会阻碍 CAR-T 细胞的活性和存活 9,10,11,12。进一步的敌意来自浸润免疫抑制细胞,例如调节性 T 细胞 (Treg)、髓源性抑制细胞 (MDSC) 和肿瘤相关巨噬细胞 (TAM),这些细胞与肿瘤细胞一起分泌免疫抑制细胞因子,一旦 CAR-T 细胞进入肿瘤,就会对 CAR-T 细胞造成额外的抑制13,14。
除了治疗效果不令人满意外,安全性问题是 CAR-T 细胞在处理实体瘤时的另一个致命弱点15,16。安全性问题源于这样一个事实,即迄今为止确定的肿瘤特异性抗原 (TSA) 都没有严格限于肿瘤细胞。换句话说,选择作为 CAR 靶标的肿瘤相关抗原 (TAA) 虽然在肿瘤细胞中表达较高,但通常也由正常组织表达17。因此,CAR-T 细胞在 CAR 有效识别正常组织时意外激活可能会产生靶向、非肿瘤效应,从而导致细胞因子释放综合征 (CRS)、CAR-T 相关脑病综合征 (CRES)18 和其他不良后果19。
已经探索了许多策略来避免此类影响,包括降低 CAR 的亲和力,以允许 CAR-T 细胞根据靶向 TAA 的表达水平区分肿瘤细胞和正常细胞;为 CAR-T 细胞配备关闭开关,例如自杀基因或消除标志物,以促进它们在意外激活时被消除;将 CD3ζ 和共刺激信号分成两个 CAR 部分,因此需要同时参与是 CAR-T 细胞有效激活所必需的;利用基于合成 Notch (synNotch) 的电路,将 CAR-T 细胞的活性限制在共表达两种不同 TAA 的靶细胞上;以及通过实施一种机制来调整 CAR 表达以适应不断变化的环境线索,从而改造 CAR-T 细胞以获得 TME 敏感性 20,21,22,23,24,25,26。
上述 TME 敏感性选项的一个关键考虑因素是由于肿瘤细胞的快速增殖而导致的 TME 中的低氧水平。肿瘤细胞对缺氧的适应取决于缺氧诱导因子-1 (HIF-1) 的激活,HIF-1 是一种异二聚体转录因子,由一个诱导型亚基 HIF-1α 和一个组成型表达的亚基 HIF-1β27 组成。在常氧条件下,HIF-1α 蛋白发生泛素化和快速蛋白酶体降解,具体取决于其氧依赖性降解结构域 (ODD)28。当细胞中的氧气供应受到限制时,HIF-1 会稳定下来,并通过与缺氧反应元件 (HRE) 结合来激活其下游靶基因的转录29。鉴于 ODD 和 HRE 作为氧敏感元件的性质,已经探索了它们在缺氧 TME30 内实现 CARs 的条件表达。在这里,我们提出了一个方案,重点是缺氧敏感的 CAR-T 细胞的表型和功能表征方法,然后简要描述了 CAR 设计和这些细胞的制备程序。该协议旨在为利用缺氧反应性 CAR 生成具有抑制性肿瘤外毒性的 CAR-T 细胞提供有用的指南。
在这项研究中,将 HER2-BBz-ODD,一种靶向 HER2 (基因 ID: 2064) 的缺氧敏感 CAR 与其常规对应物 HER2-BBz 进行了比较。两种 CAR 的示意图如图 1A 所示,其中显示 HER2-BBz-ODD 是通过将 ODD 序列添加到 CD3ξ 的 C 端而从 HER2-BBz 衍生而来的。表达两种 CAR 的慢病毒载体的构建以及通过 293T 细胞转染产生相应的慢病毒已在前面描述过 31。
1. 慢病毒感染产生缺氧敏感的 CAR-T 细胞
2. 使用流式细胞术评估 CAR-T 细胞中的氧依赖性 CAR 表达
3. Western blot 分析 CAR 修饰的 Jurkat T 细胞中 CAR 表达的氧依赖性
4. 缺氧敏感 CAR-T 细胞介导的细胞毒性氧依赖性的 体外 评估
×100 (1)5. 检测缺氧敏感的 CAR-T 细胞分泌的 IL-2 和 IFN-γ
将 HIF-1α 的 ODD 结构域与 CAR 部分融合是产生缺氧敏感 CAR 的主要策略。本研究中分析的缺氧敏感的 HER2 靶向 CAR 命名为 HER2-BBz-ODD,是通过将 ODD 序列整合到其常规 HER2-BBz 中来使用这种策略构建的(图 1A)。在这项研究中,我们使用慢病毒转导表达 HER2-BBz-ODD CAR 或 HER2-BBz CAR,随后检测了它们在两种细胞类型中的氧敏感性:人 PBMC 和 Jurkat T 细胞。
第一项检查是低氧条件下 CAR 与常氧条件下的表达,通过流式细胞术在 CAR 转导的 PBMC 衍生的 T 细胞中进行,通过蛋白质印迹在 CAR 转导的 Jurkat T 细胞中进行。在 CAR 转导的 PBMC 衍生的 T 细胞的情况下,我们观察到 HER2-BBz-ODD CAR 在 1% O2 下的表达在 CAR 阳性细胞的百分比和中位荧光强度 (MFI) 方面显着高于 21% O2 下的表达(图 1B)。CAR 转导的 Jurkat T 细胞的免疫印迹分析也证实了 HER2-BBz-ODD 的缺氧依赖性诱导。
值得注意的是,在这种情况下,可以通过向培养基中添加 CoCl2(一种缺氧的化学诱导剂)来方便地模拟低氧条件。如图 1C 所示,我们的免疫印迹结果表明,暴露于 50 或 200 μM CoCl2 概括了暴露于 1% O2 的影响,显着诱导了 HER2-BBz-ODD CAR 的表达,而不是 HER2-BBz CAR 的表达。用 PBMC 来源的 CAR-T 细胞对缺氧敏感的 CAR 进行功能表征。在该研究中,使用携带萤火虫荧光素酶的 SKOV-3 细胞系作为靶细胞系。这种设置使我们能够测量靶细胞相关的荧光素酶活性,作为评估共培养 CAR-T 细胞介导的细胞毒性的代理。
如图 1D 所示,测量表明 HER2-BBz CAR-T 细胞有效杀死靶细胞,无论大气是常氧还是缺氧。相比之下,对于所有检查的三种 E:T 比率,HER2-BBz-ODD CAR-T 细胞在常氧条件下表现出显着较弱的细胞毒性。然而,当暴露于低氧条件下时,它们的细胞毒性显着增强。CAR-T 细胞与靶细胞共培养 24 h 后,ELISA 检测 IL-2 和 IFN-γ 的上清液水平。对于这两种细胞因子,观察到 HER2-BBz-ODD CAR-T 细胞在 1% O2 下的分泌高于 21% O2 ,这与细胞毒性数据一致。相比之下,HER2-BBz CAR-T 细胞在 1% O2 下显示两种细胞因子的分泌低于 21% O2,表明缺氧对细胞活性有不利影响(图 1E)。综上所述,这些结果令人信服地验证了 HER2-BBz-ODD CAR 的缺氧敏感性。

图 1:缺氧敏感的 CAR-T 细胞的构建和表征。 (A) 缺氧敏感的 CAR HER2-BBz-ODD 及其常规对应物 HER2-BBz 的设计示意图。两种 CAR 都由一个 N 末端 CD8α 信号肽、一个 FLAG 标签、一个靶向人 HER2 的 scFv、一个 CD8 铰链和跨膜结构域以及一个由 4-1BB 的共刺激结构域、一个 CD3ξ 信号结构域、一个 IRES 和一个 EGFP 组成的细胞内部分组成。HER2-BBz-ODD 与 HER2-BBz 的不同之处在于 ODD 结构域与 CD3ξ 信号结构域的 C 端融合,通过在常氧条件下促进其泛素依赖性降解来实现其缺氧依赖性表达。(B,C)评估 HER2-BBz-ODD CAR 的氧依赖性表达。(B) 使用流式细胞术在 1% 或 21% O2 下培养 24、48 或 72 小时后,对人 PBMC 来源的 CAR-T 细胞进行了一项评估。(C) 另一项评估是使用 CAR 转导的 Jurkat T 细胞,在 21% O2、50 或 200 μM CoCl2 或 1% O2 下培养 24 小时后收获细胞裂解物,并使用蛋白质印迹分析 CAR 表达,包括 HER2-BBz CAR 转导的细胞作为对照。(D,E)不同氧条件下 CAR-T 细胞的 体外 细胞毒性和细胞因子分泌。(D) CAR-T 细胞与表达萤火虫荧光素酶的 SKOV3 细胞共培养,指定 E:T 比率低于 1% 或 21% O2。共培养 24 小时后,通过测量细胞相关萤火虫荧光素酶活性相对于未转导 T 细胞的变化来确定靶细胞杀伤效率。(E) 收集上清液用于检测分泌的 IL-2 和 IFN-γ。结果显示为 SEM ±平均值(n = 3 个健康供体)(****p < 0.0001)。缩写: scFv = single-chain fragment variable;CAR = 嵌合抗原受体。图 C 和 D 改编自 Liao 等人31。 请单击此处查看此图的较大版本。
安全问题是任何 CAR-T 细胞疗法进入临床使用都必须解决的重要问题。利用肿瘤细胞或 TME 的独特特性已成为专注于开发选择性靶向肿瘤组织的 CAR-T 细胞的主要研究方向。在这个方向上,设计缺氧敏感的 CAR-T 是一种有吸引力的策略,正在探索几种方法,包括本研究中提出的一种方法——将 CAR 部分与天然存在的缺氧感应 ODD 蛋白结构域融合。另一种方法涉及用缺氧反应元件 (HRE) 替换通常用于驱动 CAR 表达的组成型启动子,这在以前的研究中已显示出前景。据信,结合 HRE 和 ODD 元件(提供更严格表达控制的野生型或工程版本)代表了缺氧诱导型 CAR 的最佳设计。
该协议概述了生成和验证缺氧敏感的 CAR-T 细胞的实验程序。此协议的实现涉及几个关键注意事项。主要考虑因素是创造低氧条件。在这两种方法之间,在之前的缺氧相关研究中普遍使用向培养基中添加 CoCl2,这在很大程度上要归功于它的便利性32,33。然而,无法测量这种方法模拟的缺氧程度。相比之下,使用移动式 CO2/O2/N2 培养箱的优势在于 O2 水平可以精确设置,因此适用于对 CAR-T 细胞的缺氧敏感性进行精细分析。在这方面,肿瘤内的缺氧水平因不同类型的实体瘤和不同的肿瘤进展时期而异34,而方案中仅举例说明了 1% 的 O2。研究人员根据实际需求调整氧气水平是一种最佳做法。如果 CoCl2 方法是唯一可用的方法,我们建议在分析中包括一系列 CoCl2 浓度,以模拟各种氧含量。
选择合适的方法来检查缺氧依赖性 CAR 表达是另一个关键考虑因素。虽然在 CAR 构建体优化过程中,CAR 转导的 Jurkat T 细胞的免疫印迹分析是一种方便的选择,但通过流式细胞术分析氧水平对 CAR 转导的人 PBMC 表面 CAR 表达的影响是最终验证。最好的方法是检查响应从低氧过渡到常氧条件的 CAR 表达的动力学,就像我们之前对缺氧敏感的 CAR 的改进版本,即 HiTA-CAR35 所做的那样。这将进一步证明缺氧受限的 CAR 表达。
对于缺氧敏感的 CAR-T 细胞的功能验证,方案中概述的细胞毒性测定涉及使用携带萤火虫荧光素酶的靶细胞。这种基于报告基因的测定可以被其他杀伤评估方法取代,例如 CCK8 方法和实时细胞分析 (RTCA) 方法,其中可以使用未修饰的肿瘤细胞。RTCA 分析也有利于测量 CAR-T 细胞的实时杀伤动力学。为了测量 CAR-T 细胞引起的特异性细胞毒性,应包括未转导的 PBMC 作为对照。PBMC 的高转导效率是可取的,以避免担心实验组和对照组之间检测到的细胞毒性差异是由添加不同数量的效应细胞介导的非特异性杀伤引起的。
此协议有几个限制。缺氧条件会影响靶细胞和 T 细胞的活力36,37,这引起了人们的担忧,即与 CAR-T 细胞介导的细胞毒性无关的细胞死亡可能会混淆检测结果的解释。建议在测定前立即确保 CAR-T 细胞和靶细胞都具有出色的活力,以避免或尽量减少此类担忧。还应注意的是,体外验证并不能保证体内翻译成功。始终需要体内评估来确认缺氧敏感的 CAR-T 候选药物是否可以避免靶向表达靶向抗原的正常组织
作者没有需要声明的利益冲突。
这项工作得到了中国国家重点研发计划 (2016YFC1303402)、国家重点传染病特大专项 (2017ZX10202102, 2017ZX10304402-002-007) 和上海市卫生健康委员会总体计划 (201740194) 的支持。
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| 1.5 mL 离心管 | QSP | 509-GRD-Q | 上清液和细胞 cellection 方案步骤 2,3,4 |
| 10% ExpressCast PAGE | NCM 生物技术 | P2012 | 免疫印迹 方案步骤 3 |
| 10x PBS | NCM 生物技术 | 20220812 | 细胞培养 方案 步骤 4 |
| 10 mL 移液器 | Yueyibio | YB-25H | 移液 方案步骤 1 |
| 10xTRIS-甘氨酸-SDS 电泳缓冲液 | 表溶酶 | 3673020 | 免疫印迹 方案步骤 3 |
| 15 mL 离心管 | Thermo Scientific | 339650 | 上清液和细胞 cellection 方案步骤 1 |
| 25 cm2 EasYFlask | Thermo Scientific | 156367 | 细胞培养 方案步骤 3,4 |
| 4x 蛋白 SDS PAGE 上样缓冲液 | Takara | 9173 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| Thermo | Scientific | 140675 | T 细胞培养 方案 步骤 1 |
| 96 孔黑色平底组织培养板 | Greiner | 655090 | 细胞毒性测定 方案 步骤 4 |
| 96 孔 ELISA 板 | 康宁 | 3590 | ELISA 实验方案 步骤 5 |
| 96 孔板摇床 | QILINBEIER | MH-2 | Shake 实验方案 步骤 4 |
| 96 孔 U 型底组织培养板 | Thermo Scientific | 268200 | 上清液 cellectionion 实验方案 步骤 4,5 |
| 抗 FLAG 抗体 | Sigma | F1804-50UG | 免疫印迹 实验步骤 3 |
| 甲醇 | 国药集团 | 10010061 | 免疫印迹 方案步骤 3 |
| 二氧化碳培养箱 | Thermo Scientific | 360 | 细胞培养 方案步骤 1,2,3,4 |
| 细胞计数板 | Hausser scientific | 1492 | 细胞计数 方案步骤 1,3,4 |
| CELLection 泛小鼠 IgG 试剂盒 | Thermo Scientific | 11531D | 小鼠 IgG 磁珠 方案步骤 1 |
| 离心 | Thermo Scientific | 75002432 | 细胞培养 方案步骤 1,3,4 |
| 化学发光凝胶成像系统 | BIO-RAD | 12003154 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| 氯化钴溶液 (0.5 M) | bioleaper | BR4000203 | 缺氧条件 方案 步骤 2,3,4 |
| DMEM | 康宁 | 10-103-CV | 细胞培养 实验步骤4 |
| 电子天平 | 赛多利斯 | PRACTUM612-1CN | weigh 实验步骤5 |
| FBS | BI | 04-001-1ACS | 细胞培养 实验步骤3,4 |
| GAPDH 小鼠单克隆抗体 | AC002 | 免疫印迹 实验步骤3 | |
| 凝胶电泳仪 | BIO-RAD | 1645070 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| GloMax 微孔板读数仪 | Promega | GM3000 | 荧光素酶活性测定 方案 步骤 4 |
| 山羊抗小鼠 IgG (H+L) | 叶森 | P1126151 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| 高速微冻离心机 | eppendorf | 5810 R | 细胞培养 方案 步骤 1 |
| 人 IFN-&γ;ELISA Set | BD | 555142 | ELISA 方案步骤 5 项目: 重组人 IFN-γ;冻干标准品,检测抗体生物素抗人 IFN-γ;, 捕获抗体纯化的抗人IFN-γ;, 酶试剂链霉亲和素-辣根过氧化物酶偶联物 (SAv-HRP) |
| 人 IL-2 ELISA 套装 | BD | 555190 | ELISA 方案步骤 5 项目: 重组人 IL-2 冻干标准品, 检测抗体生物素抗人 IL-2 , 捕获抗体纯化的抗人 IL-2, 酶试剂链霉亲和素-辣根过氧化物酶偶联物 (SAv-HRP) |
| IL-15 | 研发&D 系统 | P40933 | T 细胞培养 方案步骤 1 |
| IL-21 | 新生蛋白 | GMP-CC45 | T 细胞培养 方案 步骤 1 |
| IL-7 | R&D 系统 | P13232 | T 细胞培养 方案 步骤 1 |
| 倒置显微镜 | 奥林巴斯 | CKX41 | 细胞培养 方案 步骤 1,3,4 |
| Jurkat | ATCC | TIB-152 | CAR-Jurkat 构建 方案 步骤 3 |
| LSRFortessa | BD | LSRFortessa | 流式细胞术 方案 步骤 2 |
| 荧光素酶检测系统 | Promega | E1501 | 荧光素酶报告基因测定 方案步骤 4 项目: 被动裂解缓冲液,萤火虫荧光素酶底物 |
| 酶标仪 | BioTek | HTX | ELISA 方案 步骤 5 |
| 移动 CO2/O2/N2 培养箱 | 中国创新仪器有限公司, 有限公司。 | Smartor118 | 缺氧条件 方案步骤 2、3、4 |
| 小鼠抗六线组氨酸标签 | Sigma | SAB2702218 | 免疫印迹 方案步骤 3 |
| NcmBlot 快速转移缓冲液 | NCM 生物技术 | WB4600 | 免疫印迹 |
| NcmECL Ultra | NCM 生物技术 | P10300 | 免疫印迹 实验步骤3 项目:NcmECL超鲁明醇/增强剂试剂(A),NcmECL超稳定过氧化物试剂(B) |
| NovoNectin 包被的 48 孔平板 | Novoprotein | GMP-CH38 | CAR-T 细胞构建 方案步骤 1 |
| OPD(邻苯二胺二盐酸盐)片剂套装 | Sigma | P9187 | 底物试剂 方案步骤 5 项目:OPD 片剂(银箔),尿素过氧化氢片剂(金箔) |
| PE 偶联抗 DYKDDDDK | Biolegend | 637310 | 流式细胞术 实验步骤2 |
| 硫酸鱼精 | Sigma | P3369-1OG | 慢病毒感染 实验步骤1 |
| 蛋白质标志物 10 KDa-250 KDa | 表合酶 | WJ102 | 免疫印迹 实验步骤3 |
| 纯化的 NA/LE 小鼠抗人 CD3 | BD 566685 | T 细胞培养 方案 步骤 1 | |
| 纯化的 NA/LE 小鼠抗人 CD28 | BD | 555725 | T 细胞培养 方案 步骤 1 |
| PVDF 膜 | Millipore | 168627 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| RPMI 1640 | 康宁 | 10-040-CVRC | 细胞培养 方案步骤 3 |
| 脱脂奶粉 | Yeasen | S9129060 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| SKOV3-Luc | ATCC | HTB-77 | 细胞毒性测定 方案 步骤 4 |
| 胰蛋白酶-EDTA | NCM 生物技术 | C125C1 | 细胞培养 方案 步骤 4 |
| 吐温 20 | 国药 | 30189328 | 免疫印迹 方案 步骤 3 |
| 水浴 | 龙榴弹 | NB014467 | 加热 协议步骤 |
| 1 X-VIVO 15 | LONZA | 04-418Q | 无血清淋巴细胞培养基 方案步骤 1 |
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