我们提出一种基于SoFDA平台、网络药理学和中医（TCM）的“方剂-成分-靶点-通路-证候-疾病”网络构建方法。与当前主流的网络药理学方法相比，该网络引入了证候这一关键要素，体现了中医辨证论治的核心原则。
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我们提出一种基于SoFDA平台、网络药理学和中医（TCM）的“方剂-成分-靶点-通路-证候-疾病”网络构建方法。与当前主流的网络药理学方法相比，该网络引入了证候这一关键要素，体现了中医辨证论治的核心原则。
目前，中药方剂的网络药理学方法通过构建“方剂-成分-靶点-通路-疾病”网络，预测特定疾病的潜在活性成分及其作用机制。
辨证论治是中医的核心原则，体现了其整体性和动态性的诊疗理念，强调个体差异和疾病的发展过程。通过将证候特征整合到网络中，研究人员可以针对疾病的不同阶段开发多靶点药物，实现精准化和个体化的治疗。中医证候本体与多维定量关联计算平台（SoFDA）能够将中医证候纳入网络药理学分析之中。
本研究以苓桂术甘汤（方剂）为例，阐述其在治疗阳虚证和痰湿证型肥胖中的应用。我们首先从TCMSP数据库中鉴定出该方剂的关键活性成分，随后利用SoFDA构建疾病、证候、靶基因及信号通路之间的关联网络，最终整合上述数据，建立方剂-成分-靶点-通路-证候-疾病网络。
通过结合中医辨证论治的理念，并利用SoFDA1,2平台，我们探索了一种新的网络药理学方法，即整合药理学，用于构建中药方剂的方剂-药物-靶点-通路-证候-疾病网络图谱。
与近年来流行的网络药理学方法相比，该方法融入了中医的证候要素。证候是中医特有的概念之一，是对疾病在发展过程中某一阶段病理性质的概括。
证候是中医诊断和治疗的基本模式。一种疾病可表现为多种证候，随着疾病的发生、发展和痊愈，证候也会相应地发生变化。
中医 practitioners 会使用不同的方剂治疗不同的证候。因此，将证候纳入网络药理学研究，是中医药理论创新和方法学改进的重要步骤3,4。
中医证候本体与多维定量关联计算平台（SoFDA）是由中国中医科学院开发的一个开源平台1,2。这是首个可获取的 中医证候本体集合，包含证候分类工具，以及与疾病和方剂相关的特征 关联信息，用于研究&....
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服用苓桂术甘汤治疗 "阳虚证" 和 "痰湿证" 以腹型肥胖为例。苓桂术甘汤由4种草药组成： 茯苓 （涪陵） 桂枝 （桂枝），根茎 白术 （白术） 甘草根 和甘草（Gancao）。SoFDA 平台的网站为 http://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/。传统中药系统药理学（TCMSP）数据库的网站为 https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
1. 筛选方剂中的活性成分
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根据生物利用度≥30%和药效团≥0.18%的标准，我们筛选出苓桂术甘汤中四种中药的103种活性成分。主要活性成分为槲皮素、山奈酚、柚皮素、β-谷甾醇和异鼠李素。该结果与江等人的实验室提取和筛选成分结果一致14。
对于苓桂术甘汤的痰湿证和阳虚证（图1），获得阳虚证腹型肥胖相关靶点328个（图2A），痰湿证相关靶点64个（图2B）。
针对基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析（图3），共对阳虚证（328个）和痰湿证（64个）的392个靶点进行了GO与KEGG通路富集分析，获得390条富集通路（其中GO通路346条，KEGG通路44条）（p ≤ 0.05），包括279个生物过程（BP）、35个分子功能（MF）和32个细胞组.......
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SoFDA 是首个面向中医证候的开源本体数据库，其数据和分析结果完全向公众开放。这种开源特性为研究人员提供了更大的灵活性。该平台采用基于相似性的关联评估系统，利用 Jaccard 或余弦相似性度量方法，对疾病-证候及方剂-证候之间的关联进行定量评估。这种动态建模能力使 SoFDA 能够更好地模拟疾病与证候的动态变化过程，而传统的网络药理学方法通常仅提供静态的网络分析结果。
SoFDA 与网络药理学分析的整合被认为是动态的，因为传统的网络药理学缺乏能够捕捉疾病动态进展（即证候转化）以及药物干预前后变化的数据库。此外，多靶点和多通路数据库的自动整合是 SoFDA 平台的内在优势和显著特征。
利用 SoFDA2 平台构建方剂-成分-靶点-证候-通路-疾病网络，可直观展示各处方治疗疾病时可能的活性成分、作用靶点、症状表现及关键影响通路，从而获得某方剂治疗某疾病的潜在作用机制。通过对疾病-证候-方剂关联性的定量计算，研究人员可开发针对疾病不同发展阶段的个体化、分期特异性精准用药方案。这不仅.......
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所有作者均无利益冲突。
本研究由四川省科技计划项目（2024YFFK0158）、国家自然科学基金（82104716）、广东省研究生教育创新计划项目（2022SFKC073）、广东省自然科学基金项目（2023A1515220146）以及成都市科技项目（2024-YF05-00480-SN）资助。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| Cytoscape（版本 3.9.1） | 美国国家人类基因组研究所 (NHGRI) | https://cytoscape.org/ | |
| 基因本体（Gene Ontology, GO）知识库 | 全球核心生物数据资源 | https://www.geneontology.org/ | |
| KEGG：京都基因与基因组百科全书 | 金久实实验室 | https://www.genome.jp/kegg/ | |
| SoFDA 平台 | 中国中医科学院 | http://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/ | |
| STRING 12.0 网站 | 全球生物数据联盟？ELIXIR | https://cn.string-db.org/ | |
| TCMSP 平台 | 浙江九维健康科技有限公司 | https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php | |
| 卫圣新在线网站 | NEWCORE | https://www.bioinformatics.com.cn/ |
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