本方案将定制的生物反应器系统与超极化¹³C核磁共振波谱技术相结合,用于实时测量活细胞中的丙酮酸代谢,从而提高代谢研究和药物筛选应用中的可重复性和动力学准确性。
方法文章
本方案将定制的生物反应器系统与超极化¹³C核磁共振波谱技术相结合,用于实时测量活细胞中的丙酮酸代谢,从而提高代谢研究和药物筛选应用中的可重复性和动力学准确性。
本方案介绍了一种将自制生物反应器系统与超极化13C核磁共振(NMR)波谱技术相结合的方法,用于实时检测活细胞中的丙酮酸代谢。该方案详细描述了生物反应器系统的构建过程,该系统可在维持稳定细胞培养环境的同时,精确控制超极化底物的注入时机和NMR信号的采集。该方法可在60秒的测量窗口内可靠地检测丙酮酸向乳酸的代谢转化,并在整个过程中保持足够的信噪比。原位混合功能可加速NMR信号的检测,并减少T1 弛豫损失。本方案还包括制备海藻酸盐凝胶以包封细胞并将其置于生物反应器内的详细操作步骤。与传统方法相比,该方法具有更高的可重复性和动力学准确性,显示出在癌症代谢研究和药物筛选中的潜在应用价值。通过进一步优化系统,例如采用其他类型的凝胶基质,可提升其在多种生物学研究中的适用性。
超极化核磁共振(NMR),特别是通过动态核极化(DNP)技术,可显著增强NMR信号强度1,并以大幅提高的灵敏度实现对代谢变化的实时追踪2,3。该技术已成功应用于多种生物体系,包括酵母4,5、癌细胞模型6,7,8以及微生物9,10。此外,该技术还被用于监测关键代谢通路,如糖酵解11,12、氧化还原稳态13,14以及pH调控15,16。除基础研究外,超极化NMR目前还通过磁共振成像(MRI)应用于临床影像学,实现了从细胞水平到整体水平的代谢评估17。这些进展凸显了建立易于获取的实验方案的迫切需求,以促进超极化NMR在多种生物学背景下的广泛应用。
尽管超极化核磁共振(NMR)具有多功能性,但在活细胞中实现其实时代谢测量在技术上仍具挑战性。传统系统通常依赖复杂且实验室特定的装置,这些装置缺乏可重复性,并且在没有丰富专业知识的情况下难以操作8,18,19,20。这对希望将该技术应用于生物学或转化医学研究的研究人员构成了主要障碍。与光学成像或质谱等其他方法相比,超极化13C NMR 能够在无需破坏性取样的情况下,对特定代谢反应进行无创、时间分辨的监测。它可提供具有时间精度的直接生化信息,因此非常适用于细胞代谢的动态研究。
为解决这些局限性,本研究提出了一种实用且可重复的实验方案,专门设计用于帮助研究人员以最低的技术门槛开展活细胞代谢的超极化核磁共振(NMR)检测。本文详细描述了在活细胞中进行丙酮酸代谢基础检测的完整方法。尽管该方案可适用于其他13C标记的探针,但丙酮酸尤为合适,因其具有快速的细胞摄取能力、已被充分表征的代谢通路以及在细胞代谢中的核心作用。该实验流程包括:(i)细胞样品的制备,(ii)海藻酸盐凝胶包封,(iii)使用动态核极化(DNP)极化仪进行超极化,以及(iv)在400 MHz核磁共振波谱仪中进行实时13C NMR检测(图1)。此外,本文还提供了构建生物反应器系统的关键参数,以确保实验的可重复性及与标准NMR设备的兼容性。该方案采用市售组件进行优化,便于实施,旨在帮助研究人员——尤其是初次接触该技术的研究者——评估其是否适用于自身的实验需求。
1. 生物反应器设置(图2A-B)
2. 细胞准备(在测量前两周开始)
3. 海藻酸盐凝胶的制备
4. 使用DNP极化仪制备超极化探针(图4)
5. 核磁共振设置
6. 核磁共振测量
7. 数据处理与分析
在本研究中,将一个制备的系统与超极化13C NMR 谱学相结合,以实时测量活细胞中的丙酮酸代谢。在 1D 13C NMR 谱图中检测到的主要信号对应于丙酮酸(约 171 ppm)和乳酸(约 183 ppm)21,使我们能够在生理条件下评估丙酮酸向乳酸的代谢转化(图 4)。
光谱质量与信号动力学
在使用 SCCVII 细胞(一种常用于超极化 MRI 研究的小鼠鳞状细胞癌细胞系)对同一样本进行重复测量所获得的代表性结果如图所示 图5第一次测量显示出乳酸信号明显增加,表明存在活跃的代谢转化。然而,在间隔1.5小时的后续测量中,代谢活性呈进行性下降。这种随时间推移而减弱的现象可能反映了由初始丙酮酸注射所诱导的生物学应激或适应性反应。值得注意的是,已有文献报道过类似的短暂性代谢调节现象 体内 使用超极化 MRI 和电子顺磁共振成像(EPRI),在给予丙酮酸后,肿瘤氧合水平出现暂时性下降22这些结果表明,该测量方法的可重复性能够实现对动态代谢变化的无损追踪,而这是破坏性方法难以实现的优势。23.
为了评估本方案在其他细胞类型中的适用性,使用HeLa细胞(一种广泛使用的人类癌细胞系)进行了额外的测量。如图6所示,HeLa细胞也表现出明显的丙酮酸向乳酸的转化。尽管由于T1弛豫导致信号强度逐渐下降,但在整个60秒的采集期间,信噪比仍保持充足。这些结果表明,当前的方案具有广泛的适用性,可作为多种细胞类型实时代谢谱分析的通用工具。
尽管快速信号衰减是基于DNP的NMR技术固有的局限性,但我们的 原位 混合系统可最大限度缩短溶解与检测之间的时间延迟,从而提高检测灵敏度。进一步优化(如调整凝胶基质成分)可能拓展该方法在更广泛生物体系中的适用性。

图1:从细胞培养到超极化核磁共振检测的整体工作流程示意图。该流程始于细胞培养(约2周),随后进行海藻酸盐凝胶制备(约60分钟),以包封细胞实现稳定检测。接着使用DNP极化系统进行超极化处理(约60分钟),并利用400 MHz核磁共振谱仪进行核磁共振检测(约5分钟)。右侧照片展示了该工作流程中所使用的相应仪器。请点击此处查看此图的放大版本。

图2:用于超极化NMR测量的生物反应器装置。(A)生物反应器装置的示意图。培养基通过入口A进入NMR管,随后导向废液出口。含有活细胞的海藻酸盐微珠置于NMR管内。在进行超极化NMR测量时,超极化探针通过标记为“超极化探针入口”的入口B注入。(B)整个生物反应器装置的照片,入口和出口管路清晰标注。(C)入口管路切换装置的特写图,显示入口A(培养基灌注)和入口B(超极化探针注入)。(D)CAD设计图和(E)置于NMR管内的3D打印海绵固定组件的代表性照片。该组件包含一个用于引导输送超极化底物溶液的玻璃毛细管的孔洞,以及一个用于固定海绵的平台。该组件本身并不紧密贴合NMR管的内壁;(F)相反,在其周围插入海绵以填充间隙。该结构可稳定组件,并使废培养基向上流经海绵,从而无需额外设置出液孔。请点击此处查看该图的放大版本。

图3:海藻酸盐凝胶的制备。(A)海藻酸盐凝胶微球形成装置的示意图,以及(B)其实际装置照片。左侧图像显示了完整装置,包括在经改造的管盖上固定注射器的离心管。右上方图像显示了带有一个小孔以插入注射器针头的管盖,右下方图像则显示了带有一个方形开口以稳定固定注射器的管盖。离心管预先装入10 mL氯化钙溶液,使从注射器针头挤出的海藻酸盐溶液发生凝胶化反应,形成海藻酸盐凝胶微球。(C)代表性显微图像,显示不含细胞的海藻酸盐凝胶微球的形态。(D)代表性显微图像,显示包埋HeLa细胞的海藻酸盐凝胶微球的形态。比例尺 = 200 µm。请点击此处查看该图的放大版本。

图4核磁共振测量与超极化制备步骤的示意图 在约60分钟的DNP建立过程中,同步进行NMR系统的设置,以最大限度减少延迟。准备工作包括将海藻酸盐微珠装入NMR管,随后进行 1H 锁场调节、匀场和探头调谐,以确保系统处于可立即进行测量的状态。溶解后 原位 混合,时间分辨 13C NMR 谱显示明显的丙酮酸和乳酸峰。约在 171 ppm、179 ppm 和 183 ppm 处观察到的峰分别对应于丙酮酸、丙酮酸水合物和乳酸。约 4 × 107 用于核磁共振测量的海拉细胞被包裹在海藻酸盐凝胶中。 请点击此处以查看此图的放大版本。

图 5:重复测量中丙酮酸和乳酸信号的时间分辨检测。对同一份SCCVII细胞包埋样品,每隔1.5小时采集一次超极化13C NMR谱图,以评估重复无损测量的可行性。每次采集的丙酮酸(空心圆圈)和乳酸(实心圆圈,放大1000倍)峰强度随时间变化作图。(A) 第一次测量。(B) 1.5小时后的第二次测量显示乳酸生成显著减少。(C) 再过1.5小时后的第三次测量证实代谢活性持续处于低水平。基于曲线下面积(AUC)的定量分析表明,[乳酸]/[丙酮酸]比值从第一次测量的0.00134降至第二次的0.00019和第三次的0.00027。海藻酸盐凝胶中的最终细胞浓度约为1.0 × 107 个细胞/mL(4 mL中含4 × 107 个细胞)。请点击此处查看该图的放大版本。

图6: HeLa细胞中丙酮酸向乳酸的转化。 在活体HeLa细胞中检测了时间分辨的超极化13C NMR信号,分别对应丙酮酸和乳酸。丙酮酸信号强度归一化为其在零时刻的最大值,乳酸信号强度为便于观察放大了103倍。基于曲线下面积(AUC)的定量分析显示,[乳酸]/[丙酮酸]比值为0.00121。海藻酸盐凝胶中的最终细胞浓度约为7.5 × 106 个细胞/mL(4 mL中含有3 × 107 个细胞)。请点击此处查看该图的放大版本。
补充图1. 生物反应器系统中所用瓶塞隔垫的代表性图像。(A)使用前的硅胶/聚四氟乙烯(PTFE)隔垫(直径9 mm)。(B)实际使用中的同一隔垫,聚醚醚酮(PEEK)管路穿过打孔处插入。隔垫材料的弹性使其能够在管路周围重新密封,从而在超极化底物注射过程中维持密闭的无菌环境。请点击此处下载该图
补充图2:外部混合后获得的时间分辨超极化13C核磁共振谱。 使用台式核磁共振系统检测超极化丙酮酸与细胞在核磁管外混合后的[1-13C]丙酮酸代谢过程,得到的代表性时间分辨谱图。请点击此处下载该图
补充文件1:圆柱形支架的CAD设计。 请点击此处下载该文件
实验方案的关键步骤
该实验方案的成功取决于若干关键步骤。首先,必须确保超极化13C丙酮酸盐的充分溶解和准确转移,以维持较高的信噪比。为了捕捉丙酮酸向乳酸早期代谢转化的过程,必须同步控制超极化探针的注射时间与核磁共振(NMR)信号采集时间。此外,整个实验过程中需保持细胞活性。若偏离上述参数,可能导致代谢活性降低和信号丢失。
方法的改进与故障排除
尽管本方案为实时代谢监测提供了一种可靠的方法,但某些改进可提高其适用性。例如,调整核磁共振(NMR)采集的翻转角,可在信号强度与极化衰减之间取得平衡,从而优化数据采集。此外,虽然已介绍了一种稳定制备特定尺寸海藻酸盐凝胶的方法,但通过选择不同规格的注射器或针头可轻松调节所制备凝胶的尺寸。这不仅有助于重现缺氧环境24,还能防止细胞从NMR管中逃逸。另外,海藻酸盐凝胶在NMR管内部,特别是在NMR检测区域,会变得致密且黏稠。若在通过PEEK管注入培养基或超极化探针时混入空气,气泡很可能滞留在NMR检测位点,从而导致谱图质量下降。
该方法的局限性
尽管超极化测量具有核磁共振信号高灵敏度的优点,但其本身存在局限性。由于超极化13C丙酮酸的T1 弛豫作用,代谢测量的持续时间被限制在约1分钟内,从而限制了对长期代谢变化的观察。此外,细胞样本在一次测量后数小时内难以再次进行测量,这可能与单次测量中加入大量丙酮酸有关。这一点与相关研究组在一天后才进行谱图测量的结果一致18,表明测量间隔需要达到如此长度。
与现有技术相比,该方法的重要性
与传统的代谢检测方法相比,本方法相较于质谱和生化检测等终点检测具有优势,能够实时反映细胞代谢状态。尽管不使用生物反应器也可获得类似的超极化核磁共振谱,但使用生物反应器可实现测量的即时启动 原位 混合是有益的,鉴于弛豫过程的快速性。此外,在注射前可将细胞预先置于稳定的环境中,从而提高代谢分析的可重复性和动力学准确性。这一优势得到了一项补充实验的支持(补充图2),其中使用台式核磁共振系统在外部分段混合后采集时间分辨谱。在此装置中,混合与信号采集之间约30秒的延迟导致了显著的极化损失,尤其影响乳酸的检测。这证实了 原位 混合可提高在快速T条件下动力学测量的保真度1 衰变。然而,值得注意的是,该信号强度在此 原位 设置较低,可能是由于培养基灌注引起的稀释所致——这一问题仍有待优化。
重要性与潜在应用
该方法可能为研究多种生命形式的代谢特性开辟新途径。实时测量代谢通量使研究人员能够动态评估代谢抑制剂的作用效果。将该方法与其他测量技术相结合,可进一步提高细胞内代谢分析的准确性。
我们设想了一种实用的实验工作流程:首先利用破坏性、高通量的代谢组学方法鉴定候选代谢通路,随后通过超极化13C NMR进行实时验证,以评估活细胞中酶的功能及代谢通量动态。该方法能够在生理条件下直接检测瞬时的代谢响应——而使用免疫测定或荧光传感器通常难以实现这一点,因为这些方法通常仅测量静态的代谢物水平,或需要外源性探针。尽管荧光成像和免疫测定分别在空间定位和高通量筛选方面不可或缺,但超极化NMR提供了一种互补的功能性读出手段,能够以非破坏性方式捕捉反应动力学。该策略不仅有助于在细胞水平上获得机制性认识,还可作为通向组织或整体生物尺度诊断应用的桥梁。特别是,实时捕捉功能性代谢变化的能力,可能有助于在复杂的生物系统中实现对代谢紊乱及治疗响应的早期检测。
在针对不同代谢通路的代谢探针以及为特定酶设计的合成底物的开发方面也取得了进展,这拓展了代谢研究的可能性25,26。此外,超极化技术的进步,例如通过磁隧道将超极化底物直接从极化仪输送至核磁共振仪27,可能有助于提高信号保留能力,并拓展该方法在生物医学研究中的潜在应用。
作者声明无利益冲突。
本研究由日本学术振兴会(JSPS)科学研究费补助金(KAKENHI)23KJ2179 和 24K17833(授予 T.U.)、23K27561(授予 Y.T.);文部科学省(MEXT)Q-LEAP 项目 [JPMXS0120330644(授予 Y.T.)];以及文部科学省共同利用·共同研究推进项目:卓越研究大学联盟计划(CURE)资助编号 JPMXP1323015488(Spin-L 项目编号 spin24XQ007)资助。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| [1-13C] 丙酮酸 | Cambridge Isotope Laboratories, Inc. | CLM-8077 | |
| 3D 打印机 | Elegoo | Saturn 2 | |
| 氯化钙 | Nacalai Tesque, Inc. | 06729-55 | |
| D2O | Sigma-Aldrich | 151882 | |
| 泵用外部循环套件 | AS ONE | 1-4141-02 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| 无法兰接头套装 | GL Sciences Inc. | 6010-46390 | |
| 带芯玻璃毛细管 | Narishige | GDC-1.5 | 内径约 0.9 mm,长度 90 mm |
| 磁力循环泵 | AS ONE | 1-4141-01 | |
| MestReNova | Mestrelab Research | NMR 谱图处理与分析软件 | |
| My Shot 注射器 | Nipro Corporation | 8277 | 0.5 mL/100U,30G × 10 mm,140 个 |
| OX063 | Oxford Instruments Co. Ltd. 和 Polarize IVS Co. Ltd. | - | |
| PEEK 管 | AS ONE | 3-780-05 | |
| 青霉素-链霉素 | Nacalai Tesque, Inc. | 26252-94 | |
| Peristaltic Bio Mini 泵 | ATTO | 1221200 | 高精度、宽流速型,用于稳定培养基流动 |
| 树脂 | Siraya Tech | Smoky Black | |
| RPMI-1640 培养基 | Nacalai Tesque, Inc. | 30264-85 | |
| 硅胶/PTFE 瓶塞 | GL Sciences Inc. | 1030-50009 | |
| 海藻酸钠 80-120 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 194-13321 | |
| SPINit 软件 | RS2D | DNP 极化器中的 NMR 软件 | |
| 海绵 | - | - | 市售海绵,按尺寸裁剪用于凝胶固定 |
| 三通旋塞阀 | AS ONE | 3-6247-04 | |
| TopSpin | Bruker | NMR 数据采集与处理软件 | |
| 胰蛋白酶-EDTA (0.25%) | Thermo Fisher Scientific | 07086-74 | |
| 紫外光固化树脂 | BONDIC | BD-SKCJ | |
| 水浴锅 | AS ONE | 1-5832-41 | Thermal Robot TR 系列 TR-1α,用于维持 37 °C 温度 |
| Wilmad 螺口 NMR 管 | Sigma | Z271977 | 频率 400 MHz,直径 10 mm,长度 178 mm |
申请许可以重复使用本 JoVE 文章的文本或图表
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