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方法文章

骨髓间充质干细胞研究中的Sirtuin家族:基于Web of Science与R的文献计量分析

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DOI:

10.3791/68913

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2025年12月30日

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本文内容

摘要

本研究提供了一种文献计量学方案,利用Web of Science和R软件来确定Sirtuin家族在骨髓间充质干细胞研究中的研究趋势。

摘要

本研究提出了一种全面的文献计量学方案,用于系统绘制Sirtuins(SIRTs)家族在骨髓间充质干细胞研究中的研究趋势与知识结构图谱。该方案包括在Web of Science核心合集数据库中使用预定义检索词进行结构化文献检索,应用明确的纳入与排除标准筛选英文文章和综述,并通过R语言中的bibliometrix软件包进行深入的文献计量分析。关键方法学步骤包括数据检索与清洗、描述性统计分析、关键词共现分析、合作网络绘制,以及主题演变和概念结构图谱的生成。我们对496篇符合条件的文章(2009–2024年)的分析显示,年度发表量显著增长,中国已成为最主要的贡献国家。苏州大学和作者LI Y分别被确定为产出最多的机构和作者。高频关键词包括“间充质干细胞”、“氧化应激”和“SIRT1”,主题图谱分析突出了衰老和氧化应激等核心研究主题。这一可重复且透明的方法学框架不仅阐明了当前的研究热点,还为大规模文献整合提供了严谨且可扩展的途径,有助于提升该领域未来科学评估与趋势分析的清晰度与可重复性。

引言

干细胞是一类具有自我更新能力和分化潜能的未分化细胞,具有重要的治疗潜力。成体干细胞(如骨髓间充质干细胞,BMSCs)由于易于获取,且与胚胎干细胞相比不存在伦理问题,因此被广泛应用于组织再生领域1。它们来源于骨髓的非造血细胞,能够分化为多种细胞类型,并参与组织修复和疾病治疗2,3。

成体干细胞存在于多种组织中,包括骨髓、脂肪和皮肤,且避免了与胚胎干细胞相关的伦理问题4。这些细胞通过分化维持干细胞库,并支持组织再生5,6。特别是骨髓中含有间充质干细胞,可迁移至受损组织并参与再生过程7,8。其应用包括癌症、椎间盘退行性病变以及免疫系统疾病的治疗9,10。

Sirtuin(SIRTs)家族由七种NAD⁺依赖性酶(SIRT1-SIRT7)组成,可调控多种细胞功能,包括基因表....

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方案

本研究仅使用公开的文献数据,未涉及人类或动物。因此,无需伦理委员会批准。

1. 研究设计

  1. 对SIRTs家族在骨髓间充质干细胞研究领域的已发表文献进行回顾性文献计量学分析。
  2. 从WOS核心合集中收集文献,并对书目数据进行结构化检索、筛选、定量分析和可视化处理。

2. 文献检索

  1. 打开 WOS 核心数据库,选择 SCI-Expanded 数据库(所有操作代码和检查点详见(补充文件 1))。
  2. 使用以下检索策略:TS=('Mesenchymal Stem Cell*' OR 'Mesenchymal Stromal Cell*' OR 'Bone Marrow Stromal Cell*' OR 'Multipotent Mesenchymal Stromal Cell' OR 'Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell*') AND TS=('SIRT*' OR 'Sirtuin' OR 'Sirtuins' OR 'SIRT1' OR 'SIRT2' OR 'SIRT3' OR 'SIRT6')
  3. 筛选结果,仅保留英文期刊文章和综述文章。
  4. 将发表日期限制为 2024 年 11 月 1 日。
  5. 将选定的参考文献以纯文....

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结果

一般出版信息

采用详细检索策略,从 WOS 核心合集共检索到 580 篇文献。在应用预设的纳入与排除标准,剔除 84 篇不相关文献(例如,研究未主要聚焦于 BMSCs 中的 SIRTs 或出版类型无关,如会议摘要)及重复文献后,最终纳入 496 篇符合条件的文献进行分析。所有纳入文献均以英文发表,且均聚焦于 BMSCs 背景下的 SIRTs 家族。

出版数量的年度趋势

第一篇相关文章发表于2009年。自2013年起,该领域的论文发表量显著增长,并于2023年达到峰值(n = 65)。这一增长趋势反映了全球范围内对SIRTs在BMSC相关研究中作用的关注日益增加(参见 图1)。这一趋势是通过使用描述性分析确定的 biblioAnalysis() 功能(方案第4.1节)

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讨论

目前,关于SIRTs家族和骨髓间充质干细胞(BMSCs)的研究众多,但尚缺乏对研究趋势的系统性综述。Sirtuin 6是已知SIRTs家族中一个独特的成员,在与DNA修复、糖酵解、糖异生、肿瘤发生、神经退行性病变以及心脏肥厚相关的不同分子通路中具有多种功能18,19。其广泛的调控作用凸显了其在衰老相关疾病和癌症治疗中的重要转化潜力。将SIRT6基因转染至BMSCs已被证明可通过旁分泌或分化机制改善特发性肺纤维化中肺成纤维细胞的衰老状态20,提示了一种具有前景的基于细胞的纤维化疾病治疗策略。研究表明,SIRT6可通过激活活化B细胞核因子κB轻链增强子(NF-κB)信号通路促进成骨分化21,22,而SIRT3则通过维持线粒体功能支持成骨作用23,

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披露

作者声明无利益冲突。

致谢

感谢我们研究团队所有成员在论文撰写过程中所做出的贡献和提供的反馈。

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材料

本文使用的材料清单
姓名公司目录编号评论
运行 Windows 11 操作系统的计算机Microsoft Corporation, Redmond, WA, USA
R版本 4.4.1,R 统计计算基金会,维也纳,奥地利bibliometrix(版本 4.3.1)、ggplot2、igraph、factoextra 和 wordcloud 软件包

参考文献

  1. Henden, C., et al. NK cell cytotoxicity towards pluripotent stem cells and their neural progeny: impacts of activating and inhibitory receptors and KIR/HLA mismatch. Stem Cells. 42 (3), sxae083(2024).
  2. Zhang, Q., et al.

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重印与许可

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