本文介绍了利用荧光素酶报告系统制备SARS-CoV-2假病毒颗粒的方法及其在筛选病毒进入抑制剂中的应用。本方案以两种不同的进入抑制剂为例进行演示:重组人ACE2-Fc融合蛋白和小分子化合物阿比多尔。
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本文介绍了利用荧光素酶报告系统制备SARS-CoV-2假病毒颗粒的方法及其在筛选病毒进入抑制剂中的应用。本方案以两种不同的进入抑制剂为例进行演示:重组人ACE2-Fc融合蛋白和小分子化合物阿比多尔。
SARS-CoV-2 病毒是一种新出现的动物源性病原体,自2019年出现以来,在全球范围内造成了巨大的疾病负担和死亡率。安全且易于获取的平台对于评估病毒进入机制及潜在抗病毒化合物至关重要,有助于持续针对新出现的变异株开展药物研发。本文介绍了一种高度优化的实验方案,用于制备表达 SARS-CoV-2 刺突蛋白并携带荧光素酶报告基因的鼠类白血病病毒(MLV)基础的假病毒颗粒,从而可在生物安全二级(BSL-2)条件下研究病毒进入过程。文中详述了优化细胞系的使用、利用低成本试剂实现高效转染、高效假病毒的生产,以及通过滴定感染性以确定筛选实验所需的最低病毒输入量。代表性结果表明,与未感染对照组相比,感染细胞中可检测到显著的荧光素酶活性;而无刺突蛋白对照组及 VSV-G 假病毒对照组则验证了该实验的特异性。此外,该系统支持化合物筛选,可通过量化其对病毒进入的抑制作用,并结合 MTT 活性检测评估细胞毒性,实现综合评价。总体而言,该可重复且可扩展的实验方案为中高通量筛选新型病毒进入抑制剂提供了一个可靠的平台,有助于发现抗病毒候选分子,并推动对 SARS-CoV-2 病毒进入机制的研究。
2019年末,严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的出现引发了一场全球大流行,导致全球数百万人死亡,且随着传染性更强、免疫逃逸潜力更高的新变异株不断出现,该病毒仍持续构成威胁1。作为一种冠状病毒科的有包膜RNA病毒,SARS-CoV-2通过其三聚体刺突(S)糖蛋白与宿主细胞的血管紧张素转换酶2(ACE2)受体结合,并经由TMPRSS2及其他宿主蛋白酶进行蛋白水解激活,从而介导病毒进入宿主细胞2,3。尽管目前已开发出多种治疗手段以缓解COVID-19症状,但病毒持续进化及新变异株的快速出现,凸显了建立安全且可扩展的研究系统以探索病毒进入机制并评估靶向感染早期阶段的新型抗病毒化合物的迫切需求4。
由于SARS-CoV-2病毒具有较高的传播潜力,在一些地区仍被归类为生物安全等级3级(biosafety level 3)的病原体5。因此,任何涉及病毒复制的实验操作都必须在高等级防护的BSL-3实验室中进行,这限制了大多数研究机构开展相关科学研究的能力。基于假病毒(pseudotyped virus)的系统,也称为伪病毒(PVs),提供了一种实用的替代方案,可在生物安全等级2级(BSL-2)实验室中进行病毒入侵研究,从而提升全球科研工作的可及性6。携带SARS-CoV-2刺突蛋白的假病毒颗粒不具备复制能力,因此可作为安全的替代工具用于评估病毒进入细胞的过程,并筛选小分子抑制剂7。这些颗粒可被设计为携带荧光素酶或荧光报告基因,通过检测感染细胞中的报告信号,实现对感染情况的快速、定量分析。基于小鼠白血病病毒(murine leukemia virus, MLV)或慢病毒骨架的假病毒系统已被广泛应用于SARS-CoV、MERS-CoV、SARS-CoV-2、埃博拉病毒等多种病毒的入侵机制研究8,9,10,11。
在这些实验方案中,我们描述了基于Millet和Whittaker报道的研究8,使用三质粒系统生成基于MLV的假病毒(PVs)。所用质粒包括编码MLV核心基因gag-pol的包装质粒(pCMV-MLVgagpol)、编码报告基因荧光素酶的转移载体(pTG-Luc),以及表达对应于原始Wuhan-Hu-1变异株的SARS-CoV-2刺突糖蛋白的质粒。此外,还利用水疱性口炎病毒(VSV-G)的G糖蛋白生成假病毒,用于后续对潜在阳性化合物的反向筛选。假病毒在HEK293来源的细胞中产生,并用于感染稳定表达hACE2和TMPRSS2的高敏感性细胞。首先使用表达绿色荧光蛋白(GFP)的质粒评估转染效率。随后,在优化的转染条件下,通过共转染上述三种质粒生成假病毒,并对产生的病毒进行滴度测定。利用适当浓度的假病毒,在96孔板中开展检测,以筛选能够抑制病毒进入细胞的化合物。本方案采用支化聚乙烯亚胺(PEI)作为经济高效的转染试剂,便于实验操作的实施。
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1. 使用支化聚乙烯亚胺(PEI)高效转染衍生自HEK293T的细胞
注意:所有步骤均须在生物安全柜中进行,并采用标准无菌技术和 BSL-2 操作规程。使用 HEK293T 衍生细胞进行转染及假病毒的制备。本方法中,细胞转染在经细胞培养处理的 6 孔板中进行。PEI 储存液的配制方法参照 Yang 及其同事(2017)先前所述12。在进行三质粒共转染以生成假病毒之前,建议优化 PEI 与质粒 DNA 的最佳比例,以确保高转染效率(超过 70–80%)。该优化可通过转染表达绿色荧光蛋白(GFP)的质粒,随后使用荧光显微镜观察荧光细胞的比例来完成。在优化过程中,每孔质粒 DNA 保持恒定为 2.5 µg,测试不同体积的 PEI(范围为 1–20 µL)。以下为本批次细胞和 PEI 的最佳条件:每孔加入 5 µL PEI 储存液(1 mg/mL)和 2.5 µg GFP 表达质粒,使用 6 孔板进行转染。
2. 生成携带SARS-CoV-2刺突蛋白和VSV-G的假病毒颗粒
注意:本方法采用与第1节相同的实验流程,不同之处在于不使用GFP质粒,而是使用最佳转染条件将细胞共转染三种生成假病毒所必需的质粒,以确保高转染效率。该方案使用6孔板中的HEK293T衍生细胞,足以满足以下三个必要条件:a)未转染的细胞(1孔);b)仅转染MLV包装质粒和荧光素酶报告基因转移载体的细胞(1孔;无刺突蛋白假病毒);c)同时转染上述两种质粒及表达刺突蛋白质粒以生成SARS-CoV-2假病毒的细胞(4孔)。此处使用的表达刺突蛋白的质粒编码SARS-CoV-2武汉株的刺突蛋白,并包含序列修饰,以促进该蛋白在假病毒中的高效表达。后续感染实验中需使用无刺突蛋白的假病毒作为对照,以验证假病毒在易感细胞中的刺突蛋白依赖性进入。同样,采用相同的实验设计生成VSV-G假病毒,用于后续潜在抑制化合物的反向筛选。若需要更多体积的假病毒,可将实验规模扩大至两个6孔板,这在后续的板离心步骤中也可能更为便利。
| 用于SARS-CoV-2刺突蛋白假病毒(每孔) | 用于VSV-G假病毒(每孔) | 用于无刺突蛋白假病毒(每孔) | |
| PEI溶液: | |||
| PEI (1 mg/ml)1 | 5 µL | 5 µL | 5 µL |
| 低血清培养基 | 45 µL | 45 µL | 45 µL |
| 质粒DNA溶液:2 | |||
| pCMV-MLVgagpol | 0.79 µg | 0.79 µg | 0.79 µg |
| pTG-luc | 0.92 µg | 0.92 µg | 0.92 µg |
| pUNO1-spike | 0.79 µg | - | - |
| pVSV-G | - | 0.79 µg | - |
| 低血清培养基 | 加至50 µL | 加至50 µL | 加至50 µL |
表1:制备转染混合物以生成PVs。
3. SARS-CoV-2 和 VSV-G 假病毒颗粒的滴定
注意:此步骤对于确认所制备的假病毒颗粒具有感染性以及确定后续应用(如化合物筛选)所需的最小有效体积至关重要。每次制备新的假病毒批次均应进行滴定。为此,使用对 SARS-CoV-2 高度易感的细胞(HSI 细胞),以递减量的假病毒进行感染。72 小时后,通过发光检测法检测荧光素酶活性,以监测由刺突蛋白-人 ACE2 相互作用或 VSV-G 与其他细胞受体相互作用介导的假病毒进入细胞情况。
4. 使用刺突蛋白假病毒筛选抑制假病毒进入的化合物
基于 MTT 的细胞活力检测

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已有多种转染方法被报道可用于生成假型病毒(PVs),包括磷酸钙法15、基于脂质的方法16以及线性和支化聚乙烯亚胺(PEI)法。本文表明,使用支化PEI转染HEK293T来源的细胞可实现高效转染(图1),其效率通常与使用商业化的脂质体转染试剂的方法相当(数据未显示)。此处展示的是在本实验条件下确定的PEI最优用量的代表性结果,即在第1节所述条件下,每2.5 µg表达GFP的质粒使用5 µL PEI储存液。然而,建议在每次使用新的质粒批次或PEI时,在此步骤中进行优化实验,测试多种表达GFP的质粒与PEI的比例,保持质粒用量恒定,而PEI用量则在1至20 µL之间梯度变化(PEI储存液浓度为1 mg/mL)。随后选择最佳比例,再进行假型病毒的制备。
需要注意的是,转染效率高达70-80%以上对于获得高滴度病毒至关重要。该效率可通过其他方法(如流式细胞术)进行更严格的定量;然而,荧光显微镜可作为一种快速、定性且便捷的方法,在转染48小...
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已有文献报道,MLV系统在构建其他病毒假型方面的多功能性,适用于多种重要病毒,例如埃博拉病毒18、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)8、严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)19、拉克罗斯病毒(La Crosse virus)20、汉坦病毒(Hantavirus)20、维斯na病毒(Visna virus)21、沙粒病毒(Arenavirus)22、流感病毒(Influenza virus)23等。这些假型病毒在多种应用中具有重要价值,包括研究病毒嗜性19、在基因治疗中的潜在应用24、中和抗体的检测与定量25
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作者无任何利益冲突需要披露。
感谢国家研究系统(SNI)和国家科学技术创新秘书处(SENACYT,巴拿马)在合同编号SENACYT No.031-2022和SNI合同No.050-2023项下提供的资金支持。我们还非常感谢Gary Whittaker博士捐赠质粒pCMV-MLVgagpol和pTG-Luc。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 0.2 µm 低蛋白吸附注射器滤器 | Thermo Scientific | 720-1320 | 注射器滤器(0.2 μm,13 mm,PES,无菌) |
| 0.25% 胰蛋白酶-EDTA 1X 溶液 | Gibco | 25200-056 | 胰蛋白酶-EDTA(0.25%),含酚红 |
| 0.45 µm PVDF 瓶顶过滤装置 | Avantor | 514-1045 | 真空瓶顶过滤系统(PVDF,250 ml,50 mm,0.45 µm) |
| 1.5 mL 无菌微量离心管 | Eppendorf | 30123611 | 安全锁 管 |
| 100 X 青霉素-链霉素溶液 | Corning | 30-002-CI | 青霉素-链霉素溶液,100倍浓缩 |
| 5 X 荧光素酶检测裂解缓冲液 | Promega | E2650 | 属于 Promega Bright-Glo 荧光素酶检测试剂盒的一部分 |
| 50 mL 无菌锥形离心管 | Corning | 352070 | 50 mL 高透明度聚丙烯离心管,锥底,无菌 |
| 6 孔组织培养板 | Thermo Scientific | 140675 | 细胞培养处理多孔板 |
| 96 孔组织培养板 | Thermo Scientific | 168055 | Nunc™ MicroWell™ 96 孔,Nunclon Delta 处理,平底微孔板 |
| 盐酸阿比朵尔 | Sigma-Aldrich | SML0860 | |
| 支化聚乙烯亚胺,25 kDa | Sigma-Aldrich | 408727 | |
| 共聚焦激光扫描显微镜 (FV 3000) | Olympus Co. | SKU: FV3000 | |
| 二甲基亚砜(DMSO) | Sigma-Aldrich | D8418 | |
| DMEM(杜尔贝科改良伊格尔培养基),含:高糖、L-谷氨酰胺、酚红、丙酮酸钠 | Gibco | 11995-065 | |
| 胎牛血清(FBS) | Gibco | 26140-079 | 经热灭活处理(56°C,30 分钟) |
| HEK293T 来源细胞(Lenti-X 293T 细胞系) | Takara Bio | 632180 | 高转染效率的 HEK293 细胞亚克隆,支持高水平病毒蛋白表达 |
| HEPES 缓冲液 | Gibco | 15630-080 | |
| 高易感性感染细胞(293T-ACE2.TMPRSS2 (mCherry) 细胞系) | BEI Resources | NR-55293 | 经基因改造稳定表达 ACE2 和 TMPRSS2 的 HEK293T 细胞系 |
| 盐酸 | Sigma-Aldrich | H1758-500ML | |
| 倒置相差显微镜 | Olympus Co. | SKU: 2404040005 | |
| 异丙醇 | Sigma-Aldrich | I9516-500ML | |
| 荧光素酶底物 | Promega | E2650 | 属于 Bright-Glo 荧光素酶检测试剂盒的一部分 |
| 带发光检测功能的微孔板读数仪 | Agilent BioTek | BTH1MG | |
| MTT [3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-2,5-二苯基四氮唑溴盐] | Sigma-Aldrich | M2128 | |
| 不透明白色 96 孔板 | Corning | 3917 | 96 孔实心白色平底聚苯乙烯组织培养处理微孔板 |
| Parafilm 封口膜 | Bemis | PM999 | |
| pcDNA3-EGFP 质粒 | Addgene | 13031 | pcDNA3-EGFP 由 Doug Golenbock 惠赠(Addgene 质粒 # 13031;http://n2t.net/addgene:13031;RRID:Addgene_13031) |
| pCMV-MLVgagpol 质粒 | - | - | 由 Gary Whittaker 博士惠赠 |
| 不含 Ca²⁺ 和 Mg²⁺ 的磷酸盐缓冲液(PBS) | Corning | 21-040-CV | 磷酸盐缓冲液,1X,不含钙和镁 |
| Promega PureYield 质粒大提系统 | Promega | A2393 | |
| pTG-Luc 质粒 | - | - | 由 Gary Whittaker 博士惠赠 |
| pUNO1-SARS-CoV-2 刺突蛋白(武汉株)质粒 | Invivogen | p1-spike | |
| pVSV-G 质粒 | Addgene | 138479 | pVSV-G 由 Akitsu Hotta 惠赠(Addgene 质粒 # 138479;http://n2t.net/addgene:138479;RRID:Addgene_138479) |
| 重组人 ACE2-Fc 融合蛋白 | Invivogen | fc-hace2 | |
| 低血清培养基(Opti-MEM) | Gibco | 31985-070 | Opti-MEM 低血清培养基 |
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