Chlamydia pneumoniae 肺炎的临床管理与转归：基于靶向下一代测序诊断的一例报告及分析

摘要

本报告描述了通过靶向NGS实现对一名青少年C. pneumoniae肺炎的精准诊断，从而成功实施大环内酯类抗生素治疗，突显了其在非典型呼吸道感染中的应用价值。

摘要

Chlamydia pneumoniae 是社区获得性肺炎的重要病因之一，但由于其症状缺乏特异性，且传统检测方法（如血清学检测）存在局限性，诊断仍具挑战性，常导致诊断延迟。本文报告一例14岁女性患者，因咳嗽和右侧胸痛入院。初始实验室检查无明显异常，仅C. pneumoniae IgM检测呈阳性。胸部CT扫描显示右上肺叶浸润影。尽管已经验性使用阿奇霉素治疗，但患者症状改善有限。随后行支气管镜检查，并对支气管肺泡灌洗液进行靶向下一代测序（tNGS）分析，结果显示C. pneumoniae为优势病原体，序列数高达9886条，为明确病因提供了有力证据。随后继续针对性使用大环内酯类药物治疗（转换为口服多西环素），72小时内患者临床症状显著改善。纵向实验室监测显示，治疗后出现一过性转氨酶升高，且血清淀粉样蛋白A水平上升，但均自行恢复。本病例提示，tNGS可作为非典型肺炎病因诊断的一种有价值的辅助工具，能够快速、无需培养地确定病原体，有助于为复杂呼吸道感染的特定患者提供有效的治疗指导。

引言

社区获得性肺炎（CAP）是全球重要的公共卫生问题，其病原体种类复杂多样，给经验性治疗带来困难¹。 在非典型细菌中，肺炎衣原体（Chlamydia pneumoniae）是一种明确的致病原，估计在所有年龄组的 CAP 病例中占 10%–15%²。自 1986 年被确认为独立物种以来，C. pneumoniae 不仅被认为可引起急性呼吸道感染，还可能与哮喘和动脉粥样硬化等慢性疾病存在流行病学关联^3,4。

尽管具有重要的临床意义，C. pneumoniae 肺炎的准确且及时诊断对临床医生而言仍是一项严峻挑战。传统血清学方法——微量免疫荧光法（MIF）——需要配对的急性期和恢复期血清样本，因而无法实现早期诊断，且存在标准化程度差以及不同Chlamydia种之间显著交叉反应的问题^5,6。尽管基础研究已成功从支气管肺泡灌洗液等下呼吸道标本中分离出C. pneumoniae⁷，但该专性细胞内病原体的培养技术要求高、耗时长，且敏感性常不理想，因此难以在常规临床实践中应用⁸。虽然市面上的多重呼吸道PCR检测面板可实现快速检测，并能同时识别多种常见混合感染，但其依赖预设检测靶标，限制了对广泛、意外或罕见病原体的同步筛查能力。

高通量测序技术的出现正在逐步革新感染性疾病中病原体诊断的方式⁹。其中，靶向下一代测序（tNGS）通过结合广谱检测与更高的灵敏度及成本效益，代表了该领域的重要进展。与宏基因组NGS（mNGS）不同，后者对样本中所有核酸进行测序，而tNGS利用靶向富集探针，对特定病原体类群进行深度测序，从而提高相关靶标的覆盖深度，降低宿主背景噪声，并简化生物信息学分析过程^10.。这使其特别适用于需要快速获得可操作结果的临床环境。先前的研究表明，与传统培养方法相比，基于NGS的方法在检测呼吸道病原体时具有更高的灵敏度（>90%），并能够额外识别出多30%–50%的混合感染病例¹¹。此外，在传统诊断方法无法明确病因的复杂呼吸道感染中（占病例的40%–60%），tNGS已被证实具有重要应用价值¹¹。

然而，关于靶向下一代测序（tNGS）在诊断肺炎衣原体（C. pneumoniae）肺炎中的具体应用及其临床影响的报道，尤其是在儿童和青少年群体中，仍然十分有限。目前文献中尚存在明显空白，缺乏从患者筛选到结果解读及治疗决策全过程整合tNGS的标准化操作流程。本病例报告的总体目标是阐明tNGS在疑似非典型肺炎诊断流程中的潜在作用，并为其临床应用提供切实可行的实践参考。我们报告一例青少年女性患者，经支气管肺泡灌洗液（BALF）tNGS检测确诊为C. pneumoniae肺炎，此前初始检查结果不明确。本报告旨在阐明tNGS相较于其他诊断技术的优势，将其应用价值置于感染性疾病诊断领域的整体文献背景中进行讨论，并为临床医生判断何时对患者采用此类先进诊断方法提供清晰的指导信息。

病例报告
一名14岁女性学生，既往无显著病史，于2025年6月收治于呼吸与危重症医学科。患者主诉咳嗽伴咳出黄绿色脓痰已持续7天。入院前1天，咳嗽加重，并出现吸气时右侧尖锐、针刺样胸痛。同时伴有咽痛、鼻塞及脓性鼻腔分泌物。值得注意的是，患者否认发热、寒战、喘息、呼吸困难、咯血、夜间盗汗、关节痛或皮疹。发病后曾自行服用复方鱼腥草合剂5天，但症状未见缓解。门诊胸部CT检查显示右上肺叶阴影，提示感染可能，拟诊为社区获得性肺炎而收治入院。

入院时体格检查显示，生命体征稳定：体温36.4 °C，脉搏88次/分，呼吸频率18次/分，血压87/57 mmHg。患者神志清楚，反应灵敏。头颈部检查未见口唇发绀，咽部轻度充血。胸壁对称，双侧叩诊呈清音，听诊呼吸音清晰，未闻及干湿啰音。心脏检查示心率88次/分，心律齐，未闻及病理性杂音。腹部检查腹软，无压痛。神经系统检查无明显异常。

诊断、评估与方案
入院时初步诊断为社区获得性肺炎（右上肺叶）。为明确病因，进行了辅助检查。实验室检查结果显示血常规正常（WBC 7.05 × 10⁹/L，中性粒细胞56.6%）及炎症标志物无明显异常（高敏C反应蛋白0.55 mg/L，血清淀粉样蛋白A） <5 mg/L，降钙素原 <0.04 ng/mL）。一个关键线索是阳性结果 肺炎衣原体 IgM 血清学检测（22.9 COI，参考 <10）。然而，全面的呼吸道病毒核酸检测试剂盒（包括腺病毒、甲型/乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒） 肺炎支原体，人鼻病毒以及SARS-CoV-2）检测结果均为阴性，结核病相关检测（痰涂片抗酸染色、结核分枝杆菌DNA、重组结核分枝杆菌融合蛋白皮肤试验）及隐球菌感染检测亦为阴性。胸部CT影像显示右肺上叶存在斑片状高密度阴影，边界模糊图1).

需仔细考虑鉴别诊断。由于缺乏高热且炎症标志物正常，细菌性肺炎的可能性较小。肺结核因支持性检测结果为阴性且无全身性症状，亦被认为可能性较低。血清IgM检测阴性排除了肺炎支原体感染。主要的诊断难点在于如何解读C. pneumoniae IgM阳性结果。尽管该结果提示近期感染，但单次IgM阳性可能反映既往感染、交叉反应或非特异性免疫反应，因此单独依据此结果启动长期靶向治疗并不可靠⁶。在诊断不明确的情况下，结合影像学明确显示的肺炎证据，有必要进一步获取明确的微生物学诊断。

因此制定了该管理方案，以解决这一诊断僵局。在与患者家属讨论后，决定进行纤维支气管镜检查，直接从感染部位获取下呼吸道样本。具体方案为：（1）对受累的右上肺叶实施支气管镜检查并进行支气管肺泡灌洗（BAL）；（2）将支气管肺泡灌洗液（BALF）送检，采用靶向下一代测序技术（tNGS）进行全面的病原体分析；（3）根据tNGS检测结果调整抗感染治疗方案；（4）在治疗期间密切监测患者的临床症状和体征。该策略旨在突破血清学检测的局限性，获得明确的、针对病原体的特异性数据，从而为患者的精准医疗提供指导。

方案

本研究经乐清市第三人民医院伦理委员会批准（批准号：2026003），确保遵循人体研究的伦理标准。主要目标是获取高质量的下呼吸道标本，用于全面的病原体分析。已从患者的法定监护人处获得书面知情同意，同意进行临床操作以及本病例报告的发表。以下方案用于疑似非典型肺炎患者的诊断评估与管理，采用靶向下一代测序技术（tNGS）实现病因学诊断。所用试剂和设备列于材料表中。

1. tNGS 的患者选择与临床指征

1. 患者的选择基于社区获得性肺炎（CAP）的临床和影像学证据。
2. 进行高级分子诊断的决定由多个因素共同触发：肺炎衣原体（C. pneumoniae）IgM 血清学检测呈阳性但可能缺乏特异性、缺乏显著的全身炎症反应，以及临床需要排除结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）等其他病原体。

2. 标本采集与处理

1. 在静脉麻醉（丙泊酚 220 mg，阿芬太尼 0.4 mg）下进行支气管镜检查。将支气管镜送至受累肺叶。
   1. 为确保样本一致性，支气管肺泡灌洗（BAL）专门在肺中叶段进行，并系统性弃除前段的灌洗液。注入无菌生理盐水后，采用无菌技术抽吸约 5–10 mL 支气管肺泡灌洗液（BALF）。
2. BALF 样本立即在无菌条件下分为两份。第一份送检进行常规微生物学检查。第二份指定用于tNGS分析，置于无菌螺口管中，并在受控冷链条件（≤20 °C）下运送至实验室，以保持核酸完整性。

3. 实验室分析 通过 靶向高通量测序

1. 使用消化液和涡旋振荡处理黏稠的支气管肺泡灌洗液（BALF）样本以实现液化。
   1. 将处理后的液体与核酸保存剂混合，使用珠击破碎仪进行机械裂解，以确保高效破坏细胞壁。根据制造商说明书，采用自动化共提取平台提取总核酸。
2. 使用呼吸道病原体靶向富集试剂盒构建测序文库。经纯化和定量后 通过 荧光分析后，对文库进行呼吸道病原体的靶向富集。将混合文库转化为纳米球，并在高通量测序平台上进行测序。
3. 原始测序数据通过病原体分析软件自动处理，该软件进行质量控制、读长筛选，并将序列比对至经过审编的参考数据库，以鉴定检出的微生物并进行半定量分析。

4. 结果解读与治疗干预

1. 在48小时内审阅了tNGS报告。根据特定实验批次中阴性对照（NC）的背景噪音，动态确定具有临床意义的病原体载量阈值。
2. 根据检测结果调整抗感染治疗方案。对于确诊的肺炎衣原体（C. pneumoniae）感染，继续静脉使用大环内酯类抗生素，随后序贯口服四环素类抗生素（每日两次，每次100 mg，疗程10天）。

结果

该基于tNGS的诊断方案的实施提供了关键证据，确认Chlamydia pneumoniae为优势病原体，指导了精准的抗菌治疗并取得了良好的临床转归。如综合病原体谱（图2）所示，对支气管肺泡灌洗液（BALF）的tNGS分析共检出9,886条C. pneumoniae序列，同时发现鼻病毒A（Rhinovirus A）为重要的共感染病原体（6,977条序列）。临床相关病原体载量的阈值（10³ copies/mL）根据特定实验批次中阴性对照（NC）的背景噪音动态设定。此外，根据微生物固有的致病性，将检出的微生物分类为致病性、条件致病性或共生菌群¹²。该病原体谱明确了初始血清学检测结果的不确定性，并支持继续使用大环内酯类抗生素治疗。

在基于tNGS指导的治疗确认后，患者临床症状迅速改善，咳嗽明显减轻，胸痛在72小时内完全缓解。纵向实验室监测（表1）显示一过性肝毒性，表现为天冬氨酸氨基转移酶显著升...

讨论

本病例展示了靶向下一代测序（tNGS）在辅助诊断肺炎衣原体（Chlamydia pneumoniae）肺炎方面的潜在应用价值。当血清学检测结果不明确且经验性治疗反应不佳时，对下呼吸道标本进行tNGS分析可实现全面的病原体鉴定，从而指导靶向治疗干预。

与传统方法相比，靶向下一代测序（tNGS）具有显著的诊断优势。与依赖宿主免疫反应且需要配对血清才能可靠解读的微免疫荧光法（MIF）不同^5,6，tNGS能够直接检测核酸，从而实现不依赖抗体产生的早期诊断。尽管已有基础研究成功从下呼吸道标本中分离出C. pneumoniae⁷，但这种专性胞内病原体的培养在技术上要求高、耗时长，且常常灵敏度不足⁸。此外，虽然市面上现有的多重呼吸道PCR检测面板对常见病原体可实现快速检测，但其检测范围受限于预设的目标病原体。相比之下，tNGS采用更广泛的富集面板，可...

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
–80°C 超低温冰箱	Thermo Scientific	905	用于样本和核酸的长期保存。
生物安全柜	Thermo Scientific	1300 系列 A2	为样本处理提供无菌环境。
支气管肺泡灌洗（BAL）导管	Teleflex	22-160	用于支气管肺泡灌洗（BAL）过程中无菌生理盐水的灌注与回收。
计算机工作站	Dell	Precision 5860 Tower	用于数据分析的高性能计算设备。
冻存管（2.0 mL）	Thermo Scientific	375418	用于在可控温度下保存提取的DNA。
DNA/RNA Shield	Zymo Research	R1100	样本处理过程中使用的核酸保存液。
盐酸多西环素胶囊	（本地供应商）	100 mg	四环素类抗生素，用于序贯口服治疗。
纤维支气管镜	Olympus	BF-XP190	用于在清醒镇静下进行支气管肺泡灌洗（BAL）。
高速离心机	Eppendorf	5425 R	用于样本制备和处理。
高通量测序仪	MGI	MGISEQ-200	用于靶向NGS分析的基因测序平台。
微量离心管（1.5 mL）	Eppendorf	22431021	无菌、无DNase/无RNase的样本处理管。
病原体分析软件	Genseq	Genseq-PM	用于物种水平鉴定的生物信息学分析流程。
Qubit 4.0 荧光计	Thermo Fisher Scientific	Q33238	用于文库的精确定量。
测序反应试剂盒	Dian Diagnostics	编号 20240005	适用于MGI平台的通用测序反应试剂盒。
血清学检测试剂盒（肺炎衣原体IgM）	Euroimmun	EI 2390-9601 G	用于初步血清学筛查。
无菌生理盐水（0.9%）	Baxter	2B2324	支气管镜检查过程中用作灌洗液。
靶向NGS富集面板	Dian Diagnostics	呼吸道病原体200+面板	定制面板（Genseq RTI），覆盖200多种病原体。