本研究将FAERS药物警戒数据与孟德尔随机化相结合,以评估TNF通路生物标志物与髋部骨折风险之间的关联。通过整合真实世界中的不良事件监测与遗传因果推断,该工作流程提供了一种可重复的方法,用于在随机对照试验不可行、不切实际或在实践中存在伦理困难时评估生物标志物与结局之间的关系。
研究文章
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 通用实验室计算机工作站 | 设备 | 通用实验室计算机 | N/A |
| FDA 不良事件报告系统数据库 | 公开的药物警戒数据库 | 美国食品药品监督管理局 | https://fis.fda.gov/extensions/FPD-QDE-FAERS/FPD-QDE-FAERS.html |
| FAERS 季度 ASCII 文件 | 公开的药物警戒数据文件 | 美国食品药品监督管理局 | 2014 年第 1 季度至 2023 年第 4 季度;DEMO、DRUG、REAC、THER、RPSR 和 OUTC 表 |
| MedDRA 字典版本 26.1 | 医学术语资源 | MedDRA 维护与支持服务组织 | https://www.meddra.org/ |
| IEU OpenGWAS 数据库 | 公开的 GWAS 数据库 | 英国布里斯托大学 MRC 整合流行病学单位 | https://gwas.mrcieu.ac.uk/ |
| TNF-α GWAS 汇总统计量 | 暴露 GWAS 数据集 | IEU OpenGWAS 数据库 | GWAS ID: prot-c-3722_49_2 |
| sTNFR1 GWAS 汇总统计量 | 暴露 GWAS 数据集 | IEU OpenGWAS 数据库 | GWAS ID: prot-c-2654_19_1 |
| sTNFR2 GWAS 汇总统计量 | 暴露 GWAS 数据集 | IEU OpenGWAS 数据库 | GWAS ID: prot-c-3152_57_1 |
| GWAS 目录 | 公开的 GWAS 数据库 | 欧洲生物信息学研究所 | https://www.ebi.ac.uk/gwas/ |
| 髋部骨折 GWAS 汇总统计量 | 结局 GWAS 数据集 | GWAS 目录 | 登录号:GCST90161240;https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90161240 |
| R 版本 4.3.2 | 统计计算环境 | R 统计计算基金会 | https://www.r-project.org/ |
| data.table 包 | R 软件包 | R 软件包仓库 / R 社区 | https://cran.r-project.org/package=data.table |
| dplyr 包 | R 软件包 | R 软件包仓库 / R 社区 | https://cran.r-project.org/package=dplyr |
| readr 包 | R 软件包 | R 软件包仓库 / R 社区 | https://cran.r-project.org/package=readr |
| stringr 包 | R 软件包 | R 软件包仓库 / R 社区 | https://cran.r-project.org/package=stringr |
| vroom 包 | R 软件包 | R 软件包仓库 / R 社区 | https://cran.r-project.org/package=vroom |
| TwoSampleMR 版本 0.5.6 | 用于孟德尔随机化的 R 软件包 | MRC 整合流行病学单位 | https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/ |
| 用于 FAERS 数据处理的自定义 R 脚本 | 分析脚本 | 由研究作者编写 | 作为补充文件提供 |
| 用于孟德尔随机化的自定义 R 脚本 | 分析脚本 | 由研究作者编写 | 作为补充文件提供 |
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