慢性阻塞性肺疾病中补体化痰汤的整合多组学分析

摘要

慢性阻塞性肺疾病中八味虎汤（BTHTT）的多组学分析揭示了其调控IL-1R2/IL-1β-甲状腺激素代谢轴的潜力。本研究为BTHTT生物活性成分的进一步机制验证提供了框架，为未来确认该信号轴作用所必需的因果干预研究奠定了基础。

摘要

本研究采用多组学与计算生物学框架，探究了中药复方补脾化痰汤（BTHTT）对慢性阻塞性肺疾病（COPD）的治疗潜力。在大鼠模型中，BTHTT干预后观察到显著的生理改善。组织学分析显示肺部病理损伤得到逆转，而生化检测与转录组学进一步证实了相关指标的正常化。 IL-1β 和 IL-1R2 水平。此外，代谢谱分析显示，BTHTT 可纠正 T3 和 T4 甲状腺激素水平的紊乱。T3、T4 与 IL-1β/IL-1R2 轴以及这些甲状腺激素，表明其调控与该方剂的治疗作用相关。除直接测量外，机器学习算法从临床数据库中鉴定出10个COPD特征基因。通路富集分析提示，BTHTT可能通过细胞因子-细胞因子受体相互作用及甲状腺激素合成通路发挥作用。此外，在鉴定出的283种成分中 体内，丹参酮IIA和隐丹参酮等化合物目前被认为是候选活性物质。它们作为主要作用因子的角色得到了一个模型的支持，即这些化合物能够稳定地结合到IL-1R2；这一推断基于分子对接和分子动力学（MD）模拟，而非直接的实验分离。总体而言，数据支持BTHTT通过调节炎症反应和代谢稳态对慢性阻塞性肺疾病（COPD）产生多靶点作用的模型。这一整合性方法为BTHTT的临床应用提供了更为精确的科学依据，并指明了未来实验验证的具体通路。

引言

慢性阻塞性肺疾病（COPD）是临床实践中最常见的呼吸系统疾病之一，由于其致残率极高且常反复发生急性加重，已成为全球第三大死因¹。COPD 是导致人群劳动力丧失的重要因素，并显著增加家庭照护成本，其社会和经济负担远超大多数慢性疾病²。在《“健康中国2030”规划纲要》中，COPD 已被列为防治重点疾病。由于对 COPD 发病机制的认识尚不完善，目前仍以支气管扩张剂与糖皮质激素联合治疗为主。尽管该方案可在一定程度上缓解症状，但无法阻止肺功能进行性下降。此外，长期使用糖皮质激素不可避免地增加不良反应发生率，进一步影响药物的长期疗效及患者的耐受性³。研究表明，即使采用三联疗法，仍有 28%–31% 的患者出现急性加重或症状恶化。因此，开发针对 COPD 的有效药物仍是当前研究中的关键和首要问题⁴。

为满足这些需求，已开发出补提化痰汤（BTHTT）、生脉饮和补肺汤等经典中医方剂。其中，BTHTT 在补肺益气、化痰止咳方面效果显著，尤为突出^5,6,7,8。BTHTT 在慢性阻塞性肺疾病（COPD）的临床治疗中被广泛应用，不仅因其疗效显著且不良反应小，还因其具有逆转肺功能进行性下降的潜力。该方剂在临床和社会应用中前景广阔，具备作为重大药物“二次开发”的潜力，具有重要的科学和经济价值^9,10,11,12。然而，由于缺乏系统性、长期的科学研究，目前对 BTHTT 的研究普遍存在对其成分基础认识不清、核心作用靶点未明确的问题。其根本原因在于对 BTHTT 主要作用机制及潜在治疗物质基础的研究存在显著不足。

针对这一特性，整合代谢组学和转录组学等多种组学技术，结合多算法挖掘方法，聚焦机体微环境中特征性关键基因与关键代谢通路之间的主要关联^13,14,15，不仅有助于揭示治疗的本质，还可评估活性成分的协同作用效果。尤其值得关注的是甲状腺激素轴，因为新兴研究表明，甲状腺功能障碍是慢性阻塞性肺疾病（COPD）常见的共病，常与全身性炎症加剧及呼吸肌功能受损相关。调控该轴可能为恢复肺部疾病的代谢稳态提供一条新的途径^16,17。

综上所述，本研究基于证候与方剂对应的前提，采用整合多组学与计算生物学的三方面策略。一方面，利用中药血清药物化学技术，鉴定在有效条件下BTHTT的入血成分；另一方面，聚焦慢性阻塞性肺疾病（COPD）的关键特征基因，通过全面的组织代谢组学，从内源性小分子中发现疾病生物标志物，并构建对方剂整体效应的精准评价体系。同时，结合多种算法挖掘与转录组学鉴定分析，识别在有效条件下BTHTT所调控的关键特征基因，并开展关键特征基因与关键代谢通路之间的关联分析。最后通过分子对接与分子动力学分析，筛选潜在的治疗作用物质基础。

基于我们的多组学框架及BTHTT的药理学特征，本研究提出以下可验证的预测。抗炎调节：BTHTT干预将显著降低全身性和肺部炎症标志物，特别是通过正常化IL-1β/IL-1R2表达轴以减轻组织损伤。代谢恢复：BTHTT将改变甲状腺激素合成通路中的信号，导致T3/T4水平出现可测量的纠正，并随之改善肺微环境的代谢状态。代谢恢复：BTHTT将改变甲状腺激素合成通路中的信号，导致T3/T4水平出现可测量的纠正，并随之改善肺微环境的代谢状态。

方案

注意：本研究中使用的试剂和设备列于材料表中。

临床数据获取与预处理
为探究慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子特征，从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）中获取了转录组数据集。共筛选出五个数据集：GSE11784、GSE12472、GSE16972、GSE38974 和 GSE222965。下载原始数据及平台注释文件，用于探针到基因的映射。当多个探针对应同一基因时，保留其最大表达值。将所得基因表达矩阵（行为基因，列为样本）合并为一个统一的发现数据集。为消除不同微阵列平台及研究队列间的技术差异，采用 sva R 软件包中的 ComBat 算法进行批次效应校正。通过主成分分析（PCA）图验证校正效果。完成批次校正后，使用合并的发现数据集进行差异分析。利用 limma 软件包鉴定 COPD 患者与健康对照之间的差异表达基因（DEGs），显著性阈值设定为 |logFC| ≥ 1 且 p ≤ 0.05。

为了鉴定最稳定的特征基因，整合了三种独立的机器学习算法。为确保模型的可靠性并防止数据泄露，在适用的情况下，特征筛选过程被嵌套于交叉验证循环内，并且发现数据集被严格独立于外部验证数据集。采用 glmnet 软件包对差异表达基因（DEGs）应用 LASSO 模型，并通过 10 折交叉验证确定最优惩罚参数。选择对应于最小交叉验证误差的最优惩罚参数值作为阈值，以识别核心特征基因。支持向量机（SVM）用于根据基因的判别能力对其进行排序，并采用 10 折交叉验证策略确定最小泛化误差点，从而确定最优的特征基因数量。使用 randomForest 软件包基于平均精度下降（Mean Decrease Accuracy）和基尼指数（Gini index）对差异表达基因进行排序，选取重要性评分最高的基因作为疾病相关特征。

采用LASSO、SVM和randomForest三种方法所识别特征的交集来确定最终的核心特征基因。利用受试者工作特征（ROC）曲线分析评估这些基因的诊断效能。使用pROC软件包计算曲线下面积（AUC）及其相应的95%置信区间（CI）。若基因的AUC > 0.70，则认为其具有较高的诊断价值。最后，在一个独立验证数据集中进一步验证了这些基因的表达水平和诊断准确性，以确保研究结果的可推广性。

利用 PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）和 DrugBank（https://go.drugbank.com/），共获得 12 种特定药物的资料，包括 LABAs、LAMAs、SABAs、SAMAs、丙酸氟替卡松、布地奈德、倍氯米松、氟替卡松、沙美特罗、乌美溴铵、维兰特罗和茶碱。使用 UniProt 数据库（https://www.uniprot.org/）对整合后的靶点进行校准，剔除非人类基因并删除无效的重复靶点，以获得标准化的基因名称。通过在 GeneCards（https://www.genecards.org/）、OMIM（https://www.omim.org/）和 DisGENET（https://www.disgenet.org/）数据库中输入关键词“慢性阻塞性肺疾病”和“COPD”，检索与疾病相关的靶点。将三个数据库中的所有靶点合并至一个 Excel 文件中，去除重复基因，并利用 UniProt 数据库对数据进行校准，最终获得疾病靶点基因信息。

机器学习模型构建
通过依次使用 R 软件包 glmnet、e1071 和 randomForest，构建了一个多算法机器学习框架。具体而言，采用LASSO回归进行基于惩罚项的降维处理，应用支持向量机（SVM）分析，根据样本分组评估验证误差，并利用随机森林（Random Forest）根据重要性评分筛选特征。该流程生成了相应的诊断可视化结果，包括交叉验证曲线和基因重要性气泡图。在模型构建完成后，对多种算法识别出的基因集合进行维恩图分析，提取由这些算法共同识别的"交集"特征基因，从而提高潜在生物标志物的可靠性。随后提取这些交集基因的表达矩阵，通过小提琴图可视化各组间的表达差异。最后，通过循环迭代为每个基因生成ROC曲线，计算曲线下面积（AUC），以验证其作为候选生物标志物的诊断价值。

动物模型构建
实验方案经贵州医科大学动物伦理委员会批准（2303411），并遵循ARRIVE指南和动物福利法规。共使用72只雄性SPF级Sprague-Dawley（SD）大鼠（体重230 ± 20 g）。在标准条件下适应性饲养1周（25 ± 1 ℃，50 ± 5%湿度，12小时光照-黑暗循环）后，将大鼠随机分为对照组（C组）（n = 24）和模型组（M组）（n = 48）。

M组采用双因素造模：间歇性香烟烟雾暴露（9周，每周6天，每天3支科研级香烟，分2次进行，每次30分钟）和气管内滴注LPS（200 µ每次灌注 g，每两周一次^18,19. C组给予等体积的生理盐水。造模成功后，将各组随机分为M组（n = 12）、高剂量BTHTT组（H组）（High, 1× 临床剂量，n = 12），低剂量 BTHTT 组（L 组）（Low，1/2× 临床剂量，n = 12），连续灌胃干预2周。C组和M组同步给予蒸馏水。

每周记录体重和自发活动参数。在造模和治疗结束后，采集肺组织、血清以及支气管肺泡灌洗液（BALF）。根据试剂盒说明书，采用ELISA法检测炎症标志物（即TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-8、OPN和MCP-1）的水平。同时进行组织病理学及多组学分析。

治疗给药方法
补脾化痰汤（BTHTT）由九味中药组成：Astragalus membranaceus (Fisch.) Bge.（黄芪，15 g）、Pseudostellaria heterophylla (Miq.) Pax（太子参，15 g）、Cinnamomum cassia (L.) J. Presl（肉桂，15 g）、Angelica sinensis (Oliv.) Diels（当归，10 g）、Salvia miltiorrhiza Bge.（丹参，15 g）、Perilla frutescens (L.) Britt.（紫苏叶，10 g）、Raphanus sativus L.（莱菔子，10 g）、Lepidium apetalum Willd.（葶苈子，10 g）和Mahonia fortunei (Lindl.) Fedde（功劳叶，10 g）。将上述药材加水浸泡，水量为药材总重量的10倍，浸泡30分钟，随后煎煮1小时。煎煮液过滤，收集滤液，并均分为三份，用于口服给药。

根据临床安全性和有效性，成人BTHTT的标准剂量为1.57 g∙kg^-1∙天^-1 根据临床用药指南，考虑到大鼠的剂量换算系数，该系数表明标准大鼠药物剂量为6.3× 人标准剂量下，对应的大鼠H组设定为9.9 g∙kg⁻¹∙第-1天，L组剂量设为该剂量的一半（4.95 g）∙kg^-1∙天^-1由于BTHTT的最终浓缩体积为50 mL，大鼠H组的给药体积约为1.6 mL，L组约为0.8 mL。药物通过口服灌胃每日给药一次。

组织和支气管肺泡灌洗液（BALF）采集
在实验终点（第9周和第11周），通过腹腔注射5%戊巴比妥钠（1 mL/100 g）对大鼠进行麻醉。从门静脉采集血液，室温静置30分钟，随后在4 ℃条件下以13,000 × g 离心15分钟。上清液于-80 ℃保存。肺组织迅速置于液氮中冷冻，并储存在-80 ℃。通过三次冷PBS灌洗收集支气管肺泡灌洗液（BALF）。

转录组学分析
从肺组织中提取总RNA，并使用（A₂₆₀/A₂₈₀ > 1.8）进行质量控制（RIN ≥ 7.0）。构建RNA测序文库：通过oligo(dT)富集mRNA，将其片段化后合成双链cDNA，随后连接接头寡核苷酸并通过PCR扩增。在测序前对文库进行定量和质量检测，包括片段分布检查、各样本FPKM密度分布分析以及RNA-seq整体质量评估分析²⁰。

由测序平台生成的原始转录组数据通过 Perl 脚本进行处理，以去除接头序列和低质量读段（Q 值 ≤ 25 的碱基占比超过 > 60% 或 N 碱基比例 > 5% 的读段）。经过该过滤步骤后获得干净读段。使用 HISAT2 将干净读段比对至参考基因组，并对基因表达水平进行定量以计算 FPKM 值。随后进行差异表达分析（筛选标准为 |log2FC| > 1 且 p-adj < 0.05）。转录因子注释基于 Animal TFDB 或 Pfam/DBD 数据库，通过匹配基因 ID 与蛋白质结构域信息完成²¹。

采用直系同源基因比对策略，以确保跨物种验证的方法学严谨性。该策略通过NCBI HomoloGene和Ensembl BioMart数据库获取核心人类基因（如SRPX2、IL-1R2、TFF3）在大鼠中的直系同源基因。筛选限定于具有明确"一对一"比对关系且蛋白质序列高度一致的基因对。当存在多个候选基因时，优先选择由HGNC认证的直系同源基因对。为确保高检测精度，根据鉴定出的大鼠直系同源基因的mRNA序列设计特异性RT-qPCR引物。验证标准包括表达方向的一致性和功能验证。表达方向一致性：在烟雾诱导的大鼠COPD模型中，RT-qPCR结果显示大鼠肺组织中目标基因的表达趋势与人类GEO临床数据集中的观察结果完全一致。在不同物种中呈现相同变化方向的基因被视为具有作为疾病生物标志物的保守性。病理学验证：在确认表达一致性后，进一步进行相关性分析，以验证这些基因在COPD病理演变过程中的参与作用。

代谢组学工作流程
取肺组织（20–50 mg）加入预冷的甲醇-乙腈-水溶液（2:2:1，v/v）进行匀浆，并在冰浴中进行超声处理。匀浆液于4 ℃、13,000 × g 离心20分钟。取上清液进行真空浓缩，再用乙腈-水溶液（1:1，v/v）重新溶解，经0.22 µm滤膜过滤后用于LC-MS分析²²。

采用酰胺基超高效液相色谱柱（1.7 µm，2.1 mm × 100 mm）实现色谱分离。柱温维持在25 ℃。流动相由（A）含25 mM乙酸铵和25 mM氨水的水溶液与（B）乙腈组成。流速设定为0.5 mL/min，进样体积为2 µL。梯度洗脱程序如下：0–0.5 min，95% B；0.5–7 min，B相从95%线性下降至65%；7–8 min，B相从65%线性下降至40%；8–9 min，B相保持在40%；9–9.1 min，B相从40%线性上升至95%；9.1–12 min，B相保持在95%。整个分析过程中，样品在自动进样器中保持在4 ℃。为确保系统稳定性及实验数据的可靠性，样品按随机顺序进样，并在序列中穿插质量控制（QC）样品。质谱分析采用超高效液相色谱（UHPLC）系统与质谱仪联用。样品在正离子和负离子模式下均采用电喷雾电离（ESI）方式进行离子化。ESI离子源和质谱参数设置如下：雾化气（Gas 1）设定为50，辅助气（Gas 2）设定为2，离子源温度为350 ℃，喷雾电压（ISVF）在正离子模式下为3,500 V，在负离子模式下为2,800 V。MS1的质量扫描范围设定为70至1,200 Da，分辨率为60,000，扫描累积时间为100 ms。对于MS2，采用数据依赖性采集（DDA）模式并结合阶梯式碰撞能量。MS2的质量扫描范围同样设定为70至1,200 Da，分辨率为60,000，扫描累积时间为100 ms。动态排除时间设定为4 s。

原始代谢组学数据被转换为 mzXML 格式，随后进行峰对齐、保留时间校正和峰面积提取。数据预处理流程包括以下步骤：首先，去除缺失率 > 50% 的离子峰；其次，使用 KNN 算法对剩余的缺失值进行填补；第三，剔除相对标准偏差（RSD）>50% 的代谢特征。实验数据质量通过主成分分析（PCA）以及 QC 样本的聚类情况进行评估。后续分析包括单变量统计（如 t 检验）、多变量统计（PLS-DA）、差异代谢物筛选（VIP > 1 且 p < 0.05）以及 KEGG 通路富集分析（超几何检验）^23,24。

分析方法的建立 在体内 以及 体外 成分
BTHTT 样品的制备 体外 检测：BTHTT 通过水煎法提取（2 次，每次 30 分钟），浓缩至 1.1–1.2 g/mL，然后冷冻干燥。分析前，取 600 µ冻干粉末溶液的 L 与 400 混合 µ甲醇，重新溶解于40%甲醇中，离心收集上清液。

用于体内测试的BTHTT样品制备：将血清与甲醇（1:1）混合，在−20 ℃下沉淀30分钟，随后离心20分钟以去除蛋白质。将上清液真空干燥后，重新溶解于40%甲醇中，得到最终样品。对于空白血清加BTHTT样品的制备，取适量空白血清加入体外BTHTT上清液，其余步骤按上述方法进行。

采用配备反相UPLC色谱柱（2.1 mm × 100 mm，1.8 µm）的超高效液相色谱（UHPLC）系统进行样品分离。色谱柱温度维持在35 °C，流速设定为0.3 mL/min。流动相由（A）含0.1%甲酸的水溶液和（B）含0.1%甲酸的乙腈组成。梯度洗脱程序如表1所示。

采用质谱仪采集MS1和MS2谱图。该质谱仪与超高效液相色谱（UHPLC）系统联用，并在正离子和负离子电喷雾电离（ESI）模式下运行。ESI参数如下：喷雾电压3,800 V（ESI+）/3,500 V（ESI-），鞘气压力45 arb，辅助气压力20 arb，离子传输管温度320 °C，汽化器温度350 °C。检测模式设定为全扫描/数据依赖性MS2（Full-MS/dd-MS2），MS1和MS2的分辨率分别为60,000和15,000。选择前10个MS1离子进行MS/MS碎裂，归一化碰撞能量梯度设置为20、40和60。MS1的质量范围设定为90至1,300 Da。

对于 在体内 分析，包括空白组样本、给药组样本和空白组加 BTHTT 样本，6 µ每份样品精确注入 L。对于 体外 BTHTT 分析，2 µ样品注入量为 L。每批空白组和给药组样品各注入一次，空白组加 BTHTT 样品注入三份，BTHTT 样品注入五份。

以 mzXML 格式存储的数据通过本地高分辨率商业中药质谱数据库进行处理并鉴定化合物。化合物鉴定标准设定如下：MS1 质量误差 <25 ppm，MS2 匹配得分 > 0.7（其中“得分”反映碎片离子的相似性，≥0.7 为可靠阈值）^25,26。统计分析包括化合物计数与分类（如黄酮类、生物碱类），并与质谱数据库提供的注释信息结合完成²⁷。

分子对接与分子动力学模拟
为探究已鉴定的特征性蛋白质与其相应配体之间可能的结合模式，进行了in silico分子对接。小分子的三维结构从PubChem数据库中获取，并对其几何构型进行优化。靶蛋白的晶体结构来自RCSB蛋白质数据库（PDB）。使用PyMOL去除水分子和异质原子，并提取共结晶配体以确定活性位点坐标。通过软件添加氢原子并分配Gasteiger电荷。对接模拟运行中每轮生成15个独立构象，选取结合能最低的构象用于进一步分析。为严格表征非共价相互作用，采用蛋白质-配体相互作用分析工具（PLIP）对受体-配体复合物进行分析。注意：这些对接结果为潜在的分子相互作用提供了结构支持，并为进一步的动力学优化奠定了基础；但其本身并不构成生物学有效性的独立证据。

为了在生理相关条件下评估预测的蛋白质-配体复合物的稳定性和构象演变，使用 GROMACS 软件包进行了分子动力学模拟。蛋白质和配体的拓扑文件基于 GROMOS96 43a1 力场生成。每个复合物被置于十二面体盒子的中心位置，确保其与盒子边缘的最小距离为 1.0 nm，并采用 SPC 水模型进行溶剂化。为确保体系电中性，根据需要添加钠离子或氯离子。使用最陡下降法进行能量最小化，直至最大作用力小于 1,000.0 kJ∙mol^-1∙nm^-1。随后，体系分两个阶段进行平衡：首先，采用 NVT 系综，通过 V-rescale 温控器在 100 ps 内将体系加热至 300 K；其次，采用 NPT 系综，通过 Parrinello-Rahman 压力耦合器在 100 ps 内将压力稳定在 1 bar。生产模拟的总时长为 10 ns，时间步长为 2 fs。长程静电相互作用采用粒子网格埃瓦尔德（Particle Mesh Ewald, PME）方法计算，而短程范德华相互作用和静电相互作用则采用 1.2 nm 的截断半径进行处理。在可行的情况下，进行了三次独立的模拟运行以确保模拟结果的可靠性。通过计算蛋白质主链原子相对于初始结构的均方根偏差（RMSD）和均方根涨落（RMSF），对复合物的稳定性进行定量评估。RMSD 曲线达到平台期被用作体系平衡和结构稳定性的主要判断标准。

一般统计学分析
本实验中，组间比较采用 t 检验或单因素方差分析（ANOVA）进行。

结果

慢性阻塞性肺疾病关键特征基因的预测
在对来自多个微阵列平台的临床数据进行批次效应校正后（补充文件1–补充图S1），进行了差异表达分析。共鉴定出34个候选基因（32个上调，2个下调），包括SRPX2, CLDN10, 和 TFF3（图1A）。

为了将这些候选基因优化为一个稳健的预测性特征谱，采用了三种机器学习算法来构建联合模型。在LASSO回归分析中，基于对应最小交叉验证误差的λ值，筛选出16个特征基因（图1B，C）。在支持向量机（SVM）分析中，在最小筛选误差处确定了30个特征基因（图1D，E）；而在随机森林分析中，根据基因的重要性评分鉴定了21个基因（...

讨论

甲状腺激素水平的合成与维持对慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者具有重要意义，其影响远不止于单纯的内分泌功能，还深刻影响着疾病的进展、营养状况、肺功能及整体预后^31,32,33。尤其在急性加重期，COPD患者常表现出一种类似甲状腺功能减退的状态，称为“低T3综合征”。已有报道指出，甲状腺激素水平的降低与COPD严重程度呈正相关^34,35。首先，T3是调节基础代谢率和蛋白质合成的关键激素。T3水平下降会导致肌肉蛋白质合成减少和分解代谢增强，这是COPD患者出现肌肉萎缩、体重减轻和营养不良的重要机制之一^36,37。其次，甲状腺激素对维持呼吸肌功能和驱动呼吸至关重要；其不足可导致呼吸肌无力、易疲劳以及呼吸困难加重

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
乙腈（色谱级）	Merck, Germany	1499230-935
Agilent 4150 生物分析仪	Agilent Technologies, USA
乙酸铵	SIGMA, Germany	SRE0035-20230321
当归（Oliv.）Diels（当归根）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240807
黄芪（Fisch.）Bge.（黄芪根）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240601
ChemOffice		化学结构绘制与分子建模软件
肉桂（L.）J. Presl（肉桂皮）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240901
Eppendorf Centrifuge 5430 R	Eppendorf, Germany
实验用香烟	哈尔滨泰华，中国	20230208
GraphPad Prism 8		统计分析与绘图软件
黄山香烟		用于烟雾暴露实验的研究级香烟
IL-1β ELISA 试剂盒	上海酶联生物，中国	E-EL-R0012c-20230522
Illumina Novaseq 6000 测序平台	Illumina, USA
葶苈子（无瓣蔊菜）Willd.（葶苈子）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240201
独行菜 L.（莱菔子）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240301
脂多糖（LPS）	山东慧诺药业，中国	20230315
十大功劳（Lindl.）Fedde（功劳叶）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240301
甲醇（色谱级）	Fisher, USA	DK745764
Nanodrop ND-2000 分光光度计	Thermo Scientific, USA
紫苏（L.）Britt.（紫苏叶）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240510
太子参（Miq.）Pax（太子参根）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20250201
Qubit 4.0 荧光计	Thermo Fisher Scientific, USA
RNA文库构建试剂盒	ABclonal, USA	RK20301-20230415
SMINA		分子对接软件
丹参 Bge.（丹参根及根茎）	贵州山海通佳医药有限公司，中国	20240902
小动物自发活动记录仪（KW-ZF）	南京卡尔文生物科技，中国
戊巴比妥钠	上海实验试剂采购公司，中国	20230412
TNF-α ELISA 试剂盒	上海酶联生物，中国	E-EL-R2856c-20230522
中药质谱数据库（上海伯豪蛋白质组学技术有限公司）		商用中药质谱谱图数据库
Trizol 试剂	Magen, China	20230508
UPLC BEH Amide 色谱柱		基于酰胺的超高效液相色谱分析柱
UPLC HSS T3 色谱柱		反相超高效液相色谱分析柱（T3型）
Vanquish Neo UHPLC-Orbitrap Exploris 480 质谱系统	Thermo Scientific, USA
Vanquish UHPLC-Q-Exactive HF-X 质谱系统	Thermo Scientific, USA